Full-Dikompresi Compressed

Machine Translated by Google
BIOFISIKA UCD 241:

BIOLOGI MEMBRAN
Roland Faller
Universitas Kalifornia, Davis
Universitas Kalifornia, Davis

Biofisika UCD 241: Biologi Membran
Roland Faller
Teks ini disebarluaskan melalui Proyek LibreTexts Open Education Resource (OER) (https://LibreTexts.org) dan seperti ratusan teks lain yang tersedia dalam platform
canggih ini, teks ini tersedia secara bebas untuk dibaca, dicetak, dan "dikonsumsi". Sebagian besar, namun tidak semua, halaman di perpustakaan memiliki lisensi yang
memungkinkan individu membuat perubahan, menyimpan, dan mencetak buku ini. Konsultasikan dengan cermat lisensi yang berlaku sebelum menerapkan dampak
tersebut.
Instruktur dapat mengadopsi teks LibreTexts yang ada atau melakukan Remix teks tersebut untuk dengan cepat membangun sumber daya khusus kursus guna
memenuhi kebutuhan siswanya. Tidak seperti buku teks tradisional, asal-usul LibreTexts yang berbasis web memungkinkan integrasi yang kuat dari fitur-fitur canggih
dan teknologi baru untuk mendukung pembelajaran.
Misi LibreTexts adalah untuk menyatukan mahasiswa, dosen, dan cendekiawan dalam upaya kooperatif untuk mengembangkan platform online yang mudah digunakan
untuk konstruksi, penyesuaian, dan penyebaran konten OER guna mengurangi beban biaya buku teks yang tidak masuk akal bagi siswa dan masyarakat kami. Proyek
LibreTexts adalah usaha kolaboratif multi-institusi untuk mengembangkan teks akses terbuka generasi berikutnya guna meningkatkan pendidikan pasca sekolah
menengah di semua tingkat pendidikan tinggi dengan mengembangkan lingkungan Sumber Daya Akses Terbuka. Proyek ini saat ini terdiri dari 14 perpustakaan yang
beroperasi secara independen dan saling terhubung yang terus dioptimalkan oleh mahasiswa, dosen, dan pakar dari luar untuk menggantikan buku konvensional
berbasis kertas. Alternatif buku teks gratis ini disusun dalam lingkungan terpusat yang terintegrasi secara vertikal (dari tingkat lanjut hingga dasar) dan horizontal (lintas
berbagai bidang).
Perpustakaan LibreTexts Didukung oleh NICE CXOne dan didukung oleh Proyek Percontohan Buku Teks Terbuka Departemen Pendidikan, Kantor Rektor UC Davis,
Perpustakaan UC Davis, Program Solusi Pembelajaran Terjangkau Universitas Negeri California, dan Merlot. Materi ini didasarkan pada pekerjaan yang didukung oleh
National Science Foundation berdasarkan Hibah No. 1246120, 1525057, dan 1413739.
Pendapat, temuan, dan kesimpulan atau rekomendasi apa pun yang diungkapkan dalam materi ini adalah milik penulis dan tidak mencerminkan pandangan National
Science Foundation atau Departemen Pendidikan AS.
Punya pertanyaan atau komentar? Untuk informasi tentang adopsi atau adaptasi, hubungi info@LibreTexts.org. Informasi lebih lanjut tentang kegiatan kami dapat
ditemukan melalui Facebook (https://facebook.com/Libretexts), Twitter (https://twitter.com/libretexts), atau blog kami (http://Blog.Libretexts.org).
Teks ini disusun pada 02/11/2024

DAFTAR ISI
Perizinan
1: Lipid
1.1: Lipid Bermuatan
1.2: Tipe Kelompok Kepala Lipid
1.3: Ekor Lipid dan Saturasi 1.4:
Glikolipid 1.5:
Sphingolipid 1.6: Fase
Terinduksi Sterol dan Sterol
1.7: Lipid di Lingkungan Non-Berair
2: Membran - Lipid Agregat

2.1: Fluktuasi Membran
2.2: Asimetri Membran 2.3:
Kelengkungan Membran
2.4: Kompresibilitas Membran 2.5:

Tegangan Permukaan dan Tegangan Garis
2.6: Vesikel
2.7: Difusi dalam Membran
3: Fase dan Morfologi Membran

3.1: Transisi Fase Membran
3.2: Transisi Fase Utama
3.3: Fase Fluida
3.4: Fase Gel
3.5: Riak Fase 3.6:
Rakit
3.7: Koeksistensi Fase Lipid
4: Interaksi Membran-Protein
4.1: Permeabilitas Membran
4.2: Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid
4.3: Interaksi Protein-lipid
4.4: Interaksi Fisik Lipid Protein 4.5:
Penetrasi dan Perakitan Spontan Nanopartikel di dalam dan Melalui Membran 4.6:
Rakitan Lipid Non-Membran (Misel)
5: Karakterisasi Eksperimental - Spektroskopi dan Mikroskopi

5.1: Model Membran vs. Membran Biologis 5.2: Membran
Pendukung dan Tertambat 5.3: Teknologi Styrene
Maleic Acid Lipid Particles (SMALP) 5.4: Probe Lipid 5.5: Fluoresensi pada
Membran
5.6: Mikroskop Optik Pemindaian Jarak Dekat (NSOM)

5.7: Pelacakan Molekul Tunggal
5.8: FTIR pada Membran
1 https://phys.libretexts.org/@go/page/19010
5.9: Spektroskopi Raman pada Membran 5.10: Teori

dan Solusi Resonansi Magnetik Nuklir (NMR) NMR 5.11: NMR Keadaan Padat
5.12: Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR) Membran 5.13: Hamburan Sinar-

X Membran
6: Karakterisasi Eksperimental - Spektrometri Massa dan Gaya Atom

Mikroskopi
6.1: Mikroskop gaya atom (AFM) pada Membran 6.2: Teknik
Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein Membran 6.3: Ionisasi Elektrospray (ESI)
Spektrometri Massa 6.4: Penganalisis Massa Orbitrap 6.5:
Penganalisis Massa - Waktu
Penerbangan
7: Karakterisasi Komputasi Membran

7.1: Deskripsi Kontinum Matematika Membran
7.2: Monte Carlo untuk Biomembran
7.3: Dinamika Molekuler untuk Biomembran 7.4:
Merancang Model Membran Molekuler dengan VMD 7.5: Simulasi
Membran Butir Kasar
Indeks
Glosarium
Perizinan Terperinci
Perizinan
Perincian rinci tentang lisensi sumber daya ini dapat ditemukan di Materi Belakang/ Lisensi Terperinci.
GAMBARAN UMUM BAB
1: Lipid
Lipid adalah istilah yang didefinisikan secara longgar untuk zat asal biologis yang larut dalam pelarut nonpolar. Ini terdiri dari
sekelompok molekul alami yang mencakup lemak, lilin, sterol, vitamin yang larut dalam lemak (seperti vitamin A, D, E, dan K),
monogliserida, digliserida, trigliserida, fosfolipid, dan lain-lain. Fungsi biologis utama lipid termasuk menyimpan energi, memberi sinyal,
dan bertindak sebagai komponen struktural membran sel. Lipid memiliki aplikasi dalam industri kosmetik dan makanan serta
nanoteknologi. Lipid dapat didefinisikan secara luas sebagai molekul kecil hidrofobik atau amfifilik ; sifat amfifilik dari beberapa lipid
memungkinkan mereka membentuk struktur seperti vesikel, liposom multilamelar/unilamelar, atau membran dalam lingkungan berair.

1.2: Tipe Kelompok Kepala
Lipid 1.3: Ekor Lipid dan
Saturasi 1.4:
Glikolipid 1.5: Sphingolipid
1.6: Fase Sterol dan Sterol Induksi
1: Lipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1

Lipid terdiri dari beragam kelompok senyawa yang meliputi lemak, lilin, sterol, fosfolipid dan banyak lainnya. Fungsi yang terkait
dengan lipid juga beragam, termasuk struktur membran, sinyal, dan penyimpanan energi. Meskipun sebagian besar lipid terdiri
dari struktur hidrokarbon non-polar, lipid lain dapat mengandung unsur bermuatan positif dan/atau negatif, yang sifatnya
memberikan sifat fisik tertentu yang memberikan fleksibilitas struktural dan fungsional pada lipid bermuatan. Halaman ini akan
menjelaskan struktur dan fungsi beberapa lipid bermuatan yang biasa ditemui dalam biologi.
Jenis lipid bermuatan
Asam lemak
Lipid bermuatan yang paling sederhana, asam lemak adalah sekelompok besar molekul amfipatik yang terdiri dari “ekor” hidrokarbon rantai pendek, sedang atau
panjang (C4 hingga C36) dan “kepala” asam karboksilat polar. Rantai alifatik dapat jenuh atau tidak jenuh sampai batas tertentu, dan memberikan karakter hidrofobik
dari asam lemak. Terlepas dari panjang gugus ekor alifatik, gugus asam karboksilat hidrofilik akan mempunyai pKa sekitar 4,0, yang berarti bahwa dalam kondisi
fisiologis, sebagian besar asam lemak akan mempunyai muatan negatif -1. Ekornya juga dapat mengandung struktur cincin karbon, gugus hidroksil, dan cabang
gugus metil tambahan (Gambar ). 1.1.1
Gambar 1.1.1 : Contoh asam lemak dengan panjang rantai, saturasi, dan linearitas yang berbeda. (CC BY-SA 3.0; Lojban melalui Wikipedia).
Sifat fisik asam lemak sangat bergantung pada panjang dan derajat ketidakjenuhan gugus ekor hidrokarbon.
Faktor utama yang mempengaruhi sifat-sifat seperti titik leleh dan kelarutan dalam air adalah susunan molekul air di sekitar ekor
hidrofobik. Asam lemak akan berkumpul bersama akibat efek hidrofobik. Pengelompokan gugus ekor alifatik membentuk kisi
kristal, meminimalkan luas permukaan hidrofobik yang terbuka dan pembentukan cangkang hidrasi di sekitar ekor asam lemak
individu. Dengan meningkatnya derajat ketidakjenuhan pada bagian ekor (peningkatan jumlah ikatan rangkap), efeknya menjadi
sebaliknya. Ketidakjenuhan menimbulkan kekusutan pada ekor sehingga tidak lagi terbungkus secara seragam dan rapat, yang
memungkinkan molekul air menjadi teratur di sekitar masing-masing ekor. Dengan demikian, kisi kristal melemah, meningkatkan
kelarutan asam lemak dan menurunkan titik lelehnya.
Gambar 1.1.2 : Gambar yang menggambarkan berbagai struktur yang dibentuk oleh lipid bermuatan. Sumber gambar: Wikipedia
Asam lemak memiliki beragam peran penting. Ekor hidrokarbon adalah sumber energi utama ketika setiap unit dua karbon
berturut-turut diubah menjadi asetil-KoA selama oksidasi beta, proses yang menghasilkan NADH dan FADH
2 yang selanjutnya
digunakan dalam pembentukan ATP dalam fosforilasi oksidatif. Asam lemak dan turunannya juga berfungsi sebagai sabun dan deterjen.
1.1.1 https://phys.libretexts.org/@go/page/1358
Pada konsentrasi yang cukup tinggi, asam lemak akan beragregasi membentuk struktur bola yang disebut misel, yang merupakan struktur yang menguntungkan
secara energetik yang meningkatkan entropi air dengan meminimalkan pembentukan klatrat air di sekitar daerah hidrofobik.
Mereka mencapai hal ini dengan mengelompokkan ekor hidrofobik ke tengah bola, sedangkan kepala hidrofilik membentuk cangkang yang larut dalam air. Struktur
bola lebih disukai oleh asam lemak karena luas penampang kelompok kepala lebih besar dari pada ekor, sehingga membentuk bentuk kerucut. Ketika sabun
(garam dari asam lemak) dicampur dengan air, misel yang terbentuk menyerap minyak dan “kotoran” hidrofobik ke dalam pusat misel, sedangkan kulit terluar yang
bersifat hidrofilik membantu membersihkan misel pembawa kotoran. Terakhir, asam lemak membentuk dasar di- dan triasilgliserol, suatu kelompok molekul dengan
dua atau tiga rantai asam lemak yang diikat oleh gliserol. Ketika gugus hidroksil ketiga dari gliserol terikat pada molekul bermuatan seperti fosfat dan bukan pada
rantai hidrokarbon, diasilgliserol dikenal sebagai fosfolipid.
Fosfolipid Seperti
halnya molekul apa pun, pembentukan muatan memerlukan masuknya unsur yang dapat terionisasi, paling sering terikat secara kovalen dengan senyawa induk.
Dalam kasus diacylgliserol, hidrokarbon yang tidak dapat terionisasi memerlukan penambahan kovalen gugus ionik pada PO3ÿ gliserol untuk memberikan muatan.
ini yang paling umum adalah gugus fosfat bermuatan negatif ( ) yang bila terikat secara kovalen dengan bagian gliserol dari asam lemak Sejauh
dua 4rantai, membentuk
kelompok utama asam lemak bermuatan yang dikenal sebagai fosfolipid. Fosfolipid adalah molekul amfipatik yang terdiri dari tiga bagian: digliserol, “kepala”
hidrofilik yang terdiri dari gugus fosfat bermuatan, dan molekul organik kecil yang terikat secara kovalen dengan fosfat (Gambar 1.1.3 ).
gambar: : Struktur fosfolipid, mengandung ekor asam lemak, gliserol, bagian fosfat, dan struktur gugus kepala tambahan. Gambar 1.1.3 . Sumber
Wikipedia
Fosfolipid terdiri dari komponen utama lapisan ganda lipid di membran sel. Mirip dengan asam lemak, fosfolipid akan mendukung pengelompokan ekor hidrofobik
untuk mengeluarkan air sebanyak mungkin. Berbeda dengan asam lemak, keberadaan dua ekor mendukung pembentukan membran yang lebih planar karena
luas penampang kelompok kepala dan ekor serupa, sehingga membentuk bentuk silinder yang paling efisien dikemas sebagai lapisan ganda. Pada bilayer, ekor
hidrofobik berinteraksi satu sama lain, sedangkan kelompok kepala hidrofilik berinteraksi dengan lingkungan berair di kedua sisi bilayer. Meskipun bilayer paling
praktis sebagai struktur planar dua dimensi, bilayer dapat melipat ke dalam membentuk vesikel tertutup yang disebut liposom . Berbeda dengan misel, liposom
memiliki dinding bilayer yang menutupi rongga berair, dan digunakan organisme sebagai mekanisme pengangkutan sejumlah zat.
Kompleksitas struktural lapisan ganda membran melampaui satu jenis molekul fosfolipid. Terdapat berbagai fosfolipid dengan gugus kepala dan ekor hidrokarbon
yang bervariasi. Selain itu, lipid membran tidak terdistribusi secara simetris ke seluruh lapisan ganda membran, sehingga fosfolipid tertentu lebih mungkin
ditemukan di lapisan dalam sedangkan fosfolipid lain lebih mungkin ditemukan di lapisan luar. Di sisi lain, sifat fisik dari kelompok kepala yang berbeda menentukan
interaksi masing-masing fosfolipid dengan lingkungan berair, dan mengakibatkan pergerakan lipid melintasi bilayer baik dalam arah vertikal maupun horizontal,
yang secara terus menerus mengubah bentuk dan susunan fosfolipidnya. . Untuk memberikan gambaran yang lebih baik tentang kelompok kepala fosfolipid yang
berbeda, bagian berikut akan menjelaskan fitur struktural beberapa fitur yang lebih umum.
Jenis Fosfolipid
Asam fosfatidat Sebagai
satu-satunya anggota gugus kepala, fosfat memberikan muatan -2 pada molekul lipid dan disebut sebagai asam fosfatidat (PA). Bagian fosfat menunjukkan
beberapa tingkat protonasi yang berbeda, bergantung pada pH. Di bawah pH 4,0, ia membawa
muatannya nol, sedangkan di atas pH 12, ia terdeprotonasi penuh dan dengan muatan -2. Jadi, masuk akal bahwa pada pH fisiologis,
gugus fosfat hanya terprotonasi sebagian, membawa muatan -1, dan memberikan muatan bersih -1 pada molekul PA.
Gambar 1.1.4 : Struktur kimia asam fosfatidat. Gugus asam lemak (biru dan hijau), gugus gliserol (hitam), gugus kepala fosfat (merah). Sumber gambar: Wikipedia
Peran terbesar PA adalah dalam biosintesis triasilgliserol dan fosfolipid lainnya, karena strukturnya berfungsi sebagai tulang punggung
senyawa tersebut. Meskipun PA merupakan fosfolipid yang paling sederhana, PA hanya terdapat dalam jumlah kecil pada membran biologis.
Karena sifat ionisasi unik dari gugus kepalanya, yang dapat terdeprotonasi menjadi muatan -2 dalam proses pembentukan ikatan hidrogen
antarmolekul, ia berperan penting dalam pengikatan protein dasar dan senyawa molekul kecil (2). Sifat ini tidak hanya menjadikan PA
sebagai fosfolipid penting untuk docking protein-membran, namun juga mempunyai implikasi dalam dinamika membran dan sinyal seluler.
Fosfatidilkolin
Fosfatidilkolin (PC) menambahkan gugus bermuatan positif tambahan, kolin, ke gugus kepala fosfat asam fosfatidat.
Kolin adalah kation N,N,N-trimethyletanolammonium dan nutrisi penting yang diperlukan untuk integritas struktur membran, sinyal, dan
transmisi saraf. Setelah kolin berikatan dengan asam fosfatidat, gugus fosfat kehilangan salah satu muatan negatifnya, menjadikan PC
sebagai molekul netral secara keseluruhan: muatan positif pada kolin dan muatan negatif pada fosfat. Sifat ekor hidrokarbon menentukan
jenis molekul fosfatidilkolin, dimana satu ekor biasanya merupakan hidrokarbon tak jenuh seperti asam oleat dan ekor lainnya merupakan
hidrokarbon jenuh penuh.
: Struktur kimia fosfatidilkolin. Sumber gambar: Wikipedia Gambar 1.1.5
PC adalah salah satu fosfolipid yang melimpah di membran sel, yang dapat mencakup hingga 50% dari total komposisi fosfolipid membran
dan ditemukan terutama di lapisan luar membran. Peran utama PC lainnya adalah sebagai komponen integral lipoprotein plasma, yang
menyumbang 60-80 mol% dari total fosfolipid. (3)
Sphingomyelin
Mirip dengan fosfatidilkolin, sphingomyelin zwitterionic mengandung gugus kepala fosfokolin. Tidak seperti PC dan fosfolipid lain yang
mengandung gliserol, tulang punggung sphingomyelin adalah gugus amino-alkohol 18 karbon tak jenuh yang disebut sphingosine. Rantai
hidrokarbon tambahan, biasanya dengan panjang berbeda, melekat pada gugus hidroksil sphingosin lainnya.
Gambar 1.1.6 : Struktur kimia sphingolmyelin. Sphingosine (hitam), asam lemak (biru), gugus kepala fosfokolin (merah).
Sumber gambar: Wikipedia
Selain PC, sphingomyelin (SM) adalah lipid bermuatan paling melimpah, dan sphingolipid paling melimpah, ditemukan di lapisan luar membran sel. SM adalah
molekul penting dalam fluiditas membran, karena mereka sangat terlibat dalam pembentukan rakit lipid dan domain terurut pada permukaan membran,
berikatan dengan protein spanning membran, dan terlibat dalam sinyal seluler dan homeostasis membran. (4) SM mempunyai basis rantai panjang yang
bervariasi tergantung distribusi jaringan, dengan yang paling umum adalah sphingosine (gambar di atas). Yang lainnya termasuk asam palmitat, rantai asil
SM terkait N yang umum di sel perifer mamalia, dan asam stearat, yang lebih umum terjadi pada jaringan saraf.
Fosfatidletanolamin
Fosfatidletanolamin (PE) adalah fosfolipid paling melimpah kedua dan terdiri dari asam fosfatidat khas dengan komponen gugus kepala tambahan, yaitu
etanolamin. Etanolamin adalah amina primer dan alkohol, dan melekat pada gugus kepala PA melalui hidroksil. Karena gugus amino memiliki pKa sekitar 9,5,
gugus amino tersebut terprotonasi pada pH fisiologis, menjadikan PE sebagai molekul zwitterionik dan netral.
Gambar 1.1.7 : Struktur kimia fosfatidiletanolamin. Gambar atas adalah struktur kerangka dasar dengan grup R
yang mewakili ekor hidrokarbon. Gambar di bawah adalah contoh dua jenis ekor yang berbeda. Sumber gambar: Perpustakaan Lipid
Meskipun PE sama melimpahnya (jika tidak lebih) di membran lipid seperti PC dan SM, PE lebih suka menempati selebaran bagian dalam membran,
menghadap sitoplasma. Karena gugus kepalanya lebih kecil, molekulnya berbentuk kerucut yang dapat memberikan tekanan lateral pada membran, sehingga
memodulasi kelengkungannya dan menstabilkan protein membran. (5) Selain itu, muatan positif pada kelompok kepala mampu berikatan dengan berbagai
protein pemberi sinyal dan menyeimbangkan muatan negatif lokal pada membran.
Fosfatidilserin
Fosfatidilserin (PS) terdiri dari asam fosfatidat (PA), dengan gugus fosfat bermuatan negatif melekat pada asam amino serin di ujung hidroksil. Karena adanya
gugus karboksil dan amino pada serin, selain gugus fosfat yang bermuatan negatif, PS mungkin memiliki muatan bersih -1. Hal ini disebabkan karena gugus
karboksil dan gugus amino serin mempunyai pKa masing-masing sebesar 2,21 dan 9,15, sehingga gugus karboksil tersebut akan bermuatan -1 pada pH
fisiologis; yang sebaliknya berlaku untuk gugus amino.
Gambar 1.1.8 : Struktur kimia fosfatidilserin. Gambar atas adalah struktur kerangka dasar dengan grup R yang mewakili
ekor hidrokarbon. Gambar di bawah adalah contoh dua jenis ekor yang berbeda. Sumber gambar: Perpustakaan Lipid
Fosfatidilserin hanya terdiri dari sekitar 10% dari total fosfolipid membran sel dan ditemukan hampir secara eksklusif di lapisan tunggal
bagian dalam, paling menonjol di mielin jaringan otak. Salah satu fungsi PS yang paling menonjol adalah dalam pembekuan darah, dimana
transpornya ke lapisan membran luar pada trombosit yang teraktivasi diperkirakan akan meningkatkan laju pembentukan protrombin, atau
secara alosterik mengubah kemampuan proteolitik dan kofaktor faktor protrombin X dan V. dalam aktivasi trombin. A(6) DalamA peran yang
sangat berbeda, paparan PS pada sisi ekstraseluler membran seringkali merupakan penanda seluler untuk apoptosis, atau kematian sel
terprogram. (7)
Fosfatidilinositol
Fosfatidilinositol (PI) adalah fosfolipid unik yang gugus utamanya adalah karbohidrat sikloheksana yang disebut inositol, yang terikat pada
gugus fosfat pada karbon 1'. Keunikan inositol adalah kemampuannya untuk terfosforilasi pada karbon 3', 4', dan 5' oleh sejumlah PI-
kinase, yang dapat menambahkan hingga tiga gugus fosfat pada posisi tersebut, per molekul. Fenomena ini dapat memberikan muatan
hingga -4 pada molekul PI. Meskipun hanya terdiri dari sekitar 5% dari total kandungan lipid dalam membran, fosfoinositol (PI) terkonsentrasi
pada bagian dalam lapisan ganda lipid di mana mereka memainkan peran penting dalam sinyal seluler, pengikatan protein, dan dinamika
membran. (8)
Gambar 1.1.9 : Struktur kimia fosfotidilinositol, menunjukkan gugus gula inositol yang terikat pada karbon 1' pada asam fosfatidat. Sumber gambar:
Perpustakaan Lipid
Referensi
1. David L. Nelson & Michael M. Cox, "Prinsip Biokimia, edisi keempat." WH Freeman dan Perusahaan, New York.
2005
2. Edgar Eduard Kooijman & Koert NJ Burger (2009). "Biofisika dan fungsi asam fosfatidat: Perspektif molekuler".
Biochimica et Biophysica Acta 1791 (9): 881-888.
3. Cole, LK, Vance, JE, Vace, DE (2012). "Biosintesis fosfatidilkolin dan metabolisme lipoprotein". Biochimica et Biophysica Acta
(BBA) - Biologi Molekuler dan Sel Lipid 1821 (5): 754-761.
4.Petter J.Slotte (2013). "Sifat molekul dari berbagai sfingomielin yang ditentukan secara struktural – korelasi struktur dengan
fungsi". Kemajuan dalam Penelitian Lipid 52 (2): 206-219.
5. Suetsugu, S., Kurisu, S., Takenawa, T. (2014). "Pembentukan Dinamis Membran Seluler oleh Fosfolipid dan Membran-
Deformasi Protein". Ulasan Fisiologis 94 (4): 1219-1248.
6. Barry R. Lentz (2003). "Paparan fosfatidilserin membran trombosit mengatur pembekuan darah". Kemajuan dalam Lipid
Penelitian 42 (5): 423-428.
7. Peter A. Leventis & Sergio Grinstein (2010). "Distribusi dan Fungsi Fosfatidilserin pada Membran Seluler".
Review Tahunan Biofisika 39: 407-27 8.
Gilbert Di Paolo & Pietro De Camilli (2006). "Fosfoinositida dalam regulasi sel dan dinamika membran". Alam 443: 651-
657.
1.1: Lipid Bermuatan dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1.2: Jenis Kelompok Kepala Lipid

Kelompok kepala lipid terdiri dari bagian tulang punggung hidrofilik fosfolipid membran. Ada sejumlah kelompok kepala, yang masing-masing berkorelasi dengan
jenis tulang punggung tertentu. Lipid membran dibagi menjadi tiga kategori: fosfolipid dan glikolipid (Gambar 1.2.1 ). Sterol adalah jenis lipid membran ketiga (tidak
digambarkan) yang akan dibahas.
Gambar 1.2.1 : Lipid membran bersifat polar dan dapat dipisahkan menjadi fosfolipid dan glikolipid, yang struktur dasarnya ditunjukkan. Perhatikan perbedaan pada
situs pengikatan ketiga. Fosfolipid memiliki fosfat yang terikat pada alkohol (gliserol-) atau kolin (sphingo-), sedangkan glikolipid memiliki gugus gula. Sumber: Lafer,
Eileen. “Membran Lipid I dan II: Gliserofosfolipid dan Sphingolipid.” Kuliah. San Antonio, Texas. 6 Desember 2011
Kelompok kepala lipid adalah substituen yang menempel pada gliserol, sphingosine, atau tulang punggung kolesterol lipid membran polar.
Fosfo- dan glikolipid memiliki gugus kepala yang terhubung ke tulang punggung melalui ikatan fosfodiester (Gambar 1.2.2 ).
Memahami perilaku kelompok kepala diperlukan untuk mempelajari biologi membran. Keragaman struktural yang tinggi memungkinkan berbagai fungsi, termasuk
efek pada kelengkungan membran [1] pensinyalan sel, transpor substrat [2], dan banyak lagi. Akibatnya, peran penting mereka dalam biologi membran juga
menghubungkan mereka dengan berbagai penyakit, mulai dari cacat kardiovaskular hingga kanker.
Gambar 1.2.2 : gugus kepala adalah substituen yang terikat pada gugus fosfat dari tulang punggung lipid hidrofilik. Sumber: Lafer, Eileen.
“Membran Lipid I dan II: Gliserofosfolipid dan Sphingolipid.” Kuliah. San Antonio, Texas. 6 Desember 2011
II. FOSFOLIPID
A. GLISEROPOSFOLIPID
Gliserofosfolipid diklasifikasikan berdasarkan alkohol yang terikat pada gugus fosfat pada tulang punggung gliserol. Tulang punggung selalu terdiri dari gliserol yang
teresterifikasi menjadi asam lemak pada posisi Csn-1 dan Csn-2, dengan substituen gugus kepala terikat pada fosfat pada posisi Csn-3 [2]. Menariknya,
archaebacteria memiliki kelompok utama pada posisi Csn-1 [3]. Kelas headgroup dibedakan berdasarkan substituen Csn-1 dan Csn-2 . Jika substituen Csn-1 dan
Csn-3 unik, maka karbon Csn-2 menjadi pusat kiral [4].
Asam fosfatidat memiliki substituen paling sederhana: hidrogen. Senyawa induk ini, fosfomonoester, kemudian dibuat dengan memberi nama turunan alkohol
golongan kepala (X, Gambar 1.2.2 ) dengan “fosfatidil-” sebagai awalan. Misalnya, fosfatidil-kolin, fosfatidil-etanolamin, dan fosfatidil-serin adalah lipid membran
umum lainnya [4].
Beberapa kelompok kepala gliserofosfolipid yang umum ditunjukkan pada Tabel 1:
Tabel 1: kelompok kepala yang umum ditemukan pada gliserofosfolipid dan karakteristik dasarnya. Sumber: Lafer, Eileen. “Membran Lipid I dan II:
Gliserofosfolipid dan Sphingolipid.” Kuliah. San Antonio, Texas. 6 Desember 2011
Fosfatidilinositol (PI) menarik karena dapat difosforilasi menjadi PI fosfat (PIP), PI bifosfat (PIP ), dan PI trisfosfat (PIP ). Senyawa ini ditemukan pada lembaran
2
sitoplasma membran dan
3 oleh karena itu sangat mempengaruhi antarmuka membran-sitosol. Hal ini membuat mereka sangat relevan dengan perdagangan
membran, mengatur pertumbuhan sel, proliferasi, dan apoptosis [2].
B. SPHINGOLIPID
Sphingolipid memiliki basa yang terbuat dari rantai panjang (karbon) yang disebut sphingosine, yang diikat dengan asam lemak menggunakan ikatan amino untuk
membuat ceramide (Gambar 1.2.3 ). Tulang punggung dasar sphingoid disintesis dari asil-KoA lemak rantai panjang dan serin.
Ceramide adalah sphingolipid paling basa, dengan hanya hidrogen pada posisi Csp-3 dan asam lemak terikat-amida [4] (Tabel 2).
Sphingolipid (fosfor) yang lebih kompleks memiliki gugus kepala yang melekat melalui hubungan fosfodiester [4]. Tulang punggung Sphingosine, asam lemak, dan
kelompok kepala sphingolipid juga disorot pada Tabel 2.
Gambar 1.2.3 : Struktur sphingolipid di mana R mewakili asam lemak. Sumber: Montealegre, C., dkk., Analisis
gliserofosfo- dan sphingolipid menurut CE. Elektroforesis, 2014. 35(6): hal. 779-92.
Beberapa kelompok kepala sphingolipid yang umum digambarkan pada Tabel 2:
Tabel 2: Struktur sphingolipid dan kelompok kepala yang umum. Sumber: Lafer, Eileen. “Membran Lipid I dan II: Gliserofosfolipid dan Sphingolipid.” Kuliah. San
Antonio, Texas. 6 Desember 2011
Sphingomyelin adalah sphingolipid umum yang menonjol di selubung mielin neuron. Kelompok kepala mempunyai pengaruh yang besar terhadap struktur lipid secara
keseluruhan, itulah sebabnya fosfatidil kolin (gylerofosfolipid) dan sphingomyelin (sphingolipid) terlihat sangat mirip (Gambar $\PageIndex{4}$).
Gambar 1.2.4 : Baik fosfatidilkolin maupun sfingomielin mempunyai gugus kepala kolin yang terikat pada gugus fosfat. Meskipun molekul tulang punggung
berbeda, kedua molekul ini memiliki bentuk yang sangat mirip. Sumber: Lafer, Eileen. “Membran Lipid I dan II: Gliserofosfolipid dan Sphingolipid.” Kuliah. San
Antonio, Texas. 6 Desember 2011
AKU AKU AKU. GLIKOLIPIDA
Glikolipid mengandung subkelompok sphingolipid yang memiliki struktur tulang punggung serupa dengan fosfosfingolipid (Gambar 1.2.3 ), namun memiliki
mono atau oligosakarida yang terikat pada posisi Csn-3 dan bukan pada gugus fosfat-kolin (Tabel 2). Glikosfingolipid
sangat relevan dengan membran saraf, di mana D-glukosa ditambahkan ke gugus hidroksil ceramide untuk membuat GlcCer. Jika
headgroup memiliki (satu hingga empat) asam silika yang melekat padanya, molekul baru ini disebut sebagai gangliosida [2].
Menariknya, bagian kelompok kepala karbohidrat dari sphingolipid inilah yang menentukan golongan darah manusia. Oligosakarida
kelompok kepala terdiri dari D-glukosa (Glc), D-galaktosa (Gal), N-asetil-D-galaktosamin (GalNAc), dan fucose (Fuc). Itu
penambahan GalNAc ekstra menciptakan antigen/golongan darah A, dan penambahan Gal menciptakan antigen/golongan darah B (Gambar
1.2.5).
Gambar 1.2.5 : Tipe golongan darah pada manusia ditentukan oleh headgroup glikolipid; sumber: Lafer, Eileen. “Lipid Membran I
dan II: Gliserofosfolipid dan Sphingolipid.” Kuliah. San Antonio, Texas. 6 Desember 2011
STEROL
1.2.6 Sterol dibagi lagi berdasarkan
Sterol pada mamalia terutama berasal dari kolesterol (Gambar ) dan turunannya.
fungsi biologis; steroid, sekumpulan hormon penting dan molekul pemberi sinyal [5] juga dapat dibagi lagi berdasarkan jumlah
karbon dalam kerangka inti. Estrogen termasuk dalam keluarga 18
C, sedangkan androgen termasuk dalam keluarga19C [4]. Representasi yang luas
sterol dapat dilihat di bawah ini (Gambar 1.2.6 ).
Gambar 1.2.6 : Struktur representatif untuk lipid sterol; sumber: Fahy E dkk. J.Res Lipid. 2005;46:839-862, ©2005 oleh Amerika
Masyarakat Biokimia dan Biologi Molekuler
HEADGROUP BERDAYA
Banyak lipid (baik gliserofosfolipid maupun sphingolipid) mempunyai gugus kepala bermuatan. Tuduhan ini sangat penting
menentukan perilaku kelompok kepala, karena mempengaruhi tolakan dengan molekul lain dan karakteristik membran lainnya. Misalnya,
kelompok kepala fosfolipid berinteraksi dengan protein membran lain seperti transporter multidrug P-glikoprotein, yang terkait dengan
resistensi kanker [6]. Demikian pula, kepadatan muatan dan struktur kelompok kepala mempengaruhi kekakuan membran [7], menciptakan variasi dalam
interaksi protein-lipid dan mobilitas membran liposom [8], dan menentukan kemampuan kompleks lipid-DNA untuk mentransfeksi DNA dalam
vitro [9].
Ada banyak kelompok kepala yang bermuatan negatif, sedangkan muatan positif jauh lebih jarang. Asam fosfatidat bersifat dinamis
gugus kepala yang tidak bermuatan di bawah pH 4, namun memiliki muatan -1 pada pH fisiologis (manusia) dan muatan -2 di atas pH 14. Demikian pula,
fosfatidilserin mempunyai muatan -1 dan fosfatidilkolin bersifat zwitterionik (Gambar 1.2.7 ).
Gambar 1.2.7 : Kelompok kepala yang terdapat pada membran sel dengan muatan yang bervariasi. Persentase mewakili kelimpahan relatif warna merah manusia
membran sel darah. Sumber: Faller, Roland. “Pengantar Dasar-Dasar Membran dan Lipid.” Kuliah. Davis, CA. 3 April,
2014
Kehadiran dan konsentrasi muatan mempunyai efek langsung pada orientasi kelompok kepala. Jika muatan permukaan listrik suatu membran
positif, komponen N+ dipol P—N (lihat fosfatidilkolin, Gambar ) bergerak menuju fase air, yang mana 1.2.7
menyebabkan perubahan orientasi segmen fosfat yang besar (>30ÿ). Muatan permukaan negatif memiliki efek sebaliknya, menggerakkan ujung N+ dipol
menuju area interior membran [10]. Orientasi lipid, dan pergerakan kelompok kepala, penting untuk pengikatan lipid-protein dan topologi membran. Terakhir,
muatan kelompok kepala terutama terkait dengan kelengkungan membran. Penelitian telah menunjukkan bahwa gugus kepala asam fosfatidat dan
fosfatidilserin yang bermuatan negatif mendukung kelengkungan membran negatif ketika terdapat ion berlebih (karena tolakan muatan) dan permukaan
yang hampir datar dalam air murni.
Namun, penting untuk mempertimbangkan kondisi garam dan pH, karena hal ini mungkin berdampak pada data [1, 11, 12].
KESIMPULAN
Singkatnya, ada tiga kelompok lipid membran utama: sterol, glikolipid, dan fosfolipid. Kelompok-kelompok ini ditentukan berdasarkan tulang punggung
molekul lipid. Berbagai headgroup kemudian dapat dipasang dan diubah struktur dan fungsinya. Banyak dari lipid membran ini berhubungan langsung
dengan proses seluler, dan oleh karena itu menimbulkan risiko kesehatan jika terganggu. Satu studi kasus menunjukkan bahwa kadar sphingolipid plasma
yang lebih tinggi meningkatkan risiko atau terjadinya kanker paru-paru [13]. Kelompok kepala juga sangat mempengaruhi fungsi biologis karena
kemampuannya untuk mengisi daya, dan sering kali mengubah muatan pada berbagai nilai pH yang berbeda.
Referensi
1. Sodt, AJ dan RW Pastor, Pemodelan molekuler induksi kelengkungan membran lipid oleh Peptida: lebih dari sekedar bentuk.
Biofisis J, 2014. 106(9): hal. 1958-69.
2. Montealegre, C., dkk., Analisis gliserofosfos dan sphingolipid oleh CE. Elektroforesis, 2014. 35(6): hal. 779-92.
3. Pereto, J., P. Lopez-Garcia, dan D. Moreira, biosintesis lipid leluhur dan evolusi membran awal. Tren Ilmu Biokimia,
2004.29 (9): hal. 469-77.
4. Fahy, E., dkk., Sistem klasifikasi komprehensif untuk lipid. J Lipid Res, 2005.46 (5): hal. 839-61.
5. Tsai, MJ dan BW O'Malley, Mekanisme kerja molekul anggota superfamili reseptor steroid/ tiroid. Annu Rev Biokimia, 1994. 63: hal. 451-86.
6. Sharom, FJ, Interaksi Kompleks antara Pompa Efflux Multidrug P-Glikoprotein dan Membran: Perannya dalam Memodulasi
Fungsi Protein. Oncol Depan, 2014. 4 : hal. 41.
7. Bruning, B., dkk., Pengaruh kepadatan muatan pada kekakuan lentur bilayer dalam vesikel lipid: gabungan hamburan cahaya dinamis
dan studi gema spin neutron. Materi Lunak Eur Phys JE, 2013. 36(7): hal. 77.
8. Shimanouchi, T., dkk., Hubungan antara mobilitas kelompok kepala fosfokolin dan interaksi protein-liposom: Sebuah studi spektroskopi dielektrik. Koloid
Surf B Biointerfaces, 2014. 116: hal. 343-50.
9. Zhang, XX, dkk., Efisiensi Transfeksi DNA dan siRNA yang dimediasi lipid Tergantung pada Kelompok Kepala Peptida. Materi Lunak, 2013.
9(17).
10. Scherer, PG dan J. Seelig, Efek muatan listrik pada kelompok kepala fosfolipid. Fosfatidilkolin dalam campuran dengan kationik
dan amfifil anionik. Biokimia, 1989. 28(19): hal. 7720-8.
11. Fuller, N., CR Benatti, dan RP Rand, Konstanta kelengkungan dan tekukan untuk membran yang mengandung fosfatidilserin.
Biofisis J, 2003. 85(3): hal. 1667-74.
12. Kooijman, EE, dkk., Kelengkungan spontan asam fosfatidat dan asam lisofosfatidat. Biokimia, 2005. 44(6): hal.
2097-102.
13. Alberg, AJ et al., Sphingolipid plasma dan kanker paru-paru: studi kasus-kontrol bersarang berbasis populasi. Epidemiol Kanker
Biomarker Sebelumnya. 2013.22(8): hal. 1374-82.
1.2: Jenis Kelompok Kepala Lipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1.3: Ekor Lipid dan Saturasi

Lipid adalah molekul yang tersusun dari gugus kepala hidrofilik dan ekor hidrofobik. Lapisan ganda lipid terbentuk untuk menghilangkan ekor hidrofobik dari fase
air. Ekor lipid menghadap bagian dalam membran biologis (Gambar 1.3.1 ). Fosfolipid, gliserolipid, dan sphingolipid mengandung satu atau lebih (biasanya dua)
rantai asam lemak sebagai ekor hidrofobik. Sebagian basa sphingoid juga merupakan bagian dari ekor hidrofobik sphingolipid. Ekor hidrofobik mendominasi
ukuran struktur sterol, tidak termasuk gugus hidroksil. Bentuk dan ukuran ekor lipid berkontribusi signifikan terhadap sifat fisik membran.
Gambar : Struktur Asam Lemak Esterfied Palmitoyoleoylphosphatidylcholine (1-hexadecanoyl-2-(9Z-octadecenoyl)-sn-Gambar 1.3.1 glisero-3-fosfokolin).

digunakan dari LipidsMaps.org
Asam lemak
Mayoritas ekor lipid membran terdiri dari asam lemak teresterifikasi. Artinya gugus asam karboksilat membentuk ikatan dengan tulang punggung gliserol sehingga
menghasilkan gugus ester. Ekor hidrofobik terdiri dari asam lemak. Asam lemak bervariasi dalam panjang rantai dan derajat kejenuhannya. Panjang rantai adalah
jumlah karbon dalam asam lemak. Asam lemak bisa jenuh sempurna, artinya semua karbon dihubungkan oleh ikatan tunggal, atau tak jenuh, artinya rantai
tersebut mengandung satu atau lebih ikatan rangkap. Asam lemak tertentu dapat diberi nama dengan tiga cara berdasarkan panjang rantai dan derajat
kejenuhannya. Pertama, banyak yang memiliki nama yang umum atau sepele. Misalnya, asam lemak jenuh penuh dengan 16 karbon adalah asam palmitat. Asam
lemak 18 karbon dengan satu ikatan rangkap cis pada posisi ke-9 adalah asam oleat. Sistem penamaan lainnya adalah struktur steno. Ini terdiri dari 2 angka yang
dipisahkan oleh titik dua. Angka pertama adalah jumlah karbon dalam rantai sedangkan angka kedua adalah jumlah ikatan rangkap.
Nomor tambahan ditambahkan setelah simbol delta (ÿ) untuk menunjukkan posisi ikatan rangkap. Karena sebagian besar asam lemak tak jenuh yang terbentuk
secara biologis mempunyai ikatan rangkap cis, tidak ada tambahan apa pun setelah angka yang menandakan cis. Namun jika ikatan rangkapnya trans, angkanya
ÿ9
akan diikuti dengan huruf “t”. Asam palmitat dan asam oleat masing-masing memiliki perbandingan 16:0 dan 18:1 (Sitwell 2013). Terakhir, sistem tata nama yang
didukung oleh IUPAC dan IUBMB. Dalam sistem ini, asam lemak mengambil nama asam karboksilatnya. Asam lemak jenuh 16 karbon adalah asam heksadekanoat.
Asam lemak tak jenuh tunggal dengan 18 karbon pada posisi ke-9 adalah asam 9Z-oktadekenoat. Huruf “9Z” di awal menunjukkan lokasi ikatan rangkap dan
letaknya cis. Saat memberi nama ekor fosfolipid atau gliserolipid yang mengandung asam lemak, nama ekor mendahului nama gugus kepalanya. Karena asam
lemak diesterifikasi, akhiran diubah dari -oat menjadi -oil. Nama sistematis untuk fosfolipid yang umum adalah 1- hexadecanoyl-2-(9Z-octadecenoyl)-sn-glisero-3-
fosfokolin (Fahy et al 2011). Ini memiliki asam heksadekanoat pada posisi 1 dan asam 9Z-oktadekanoat pada posisi 2 tulang punggung gliserol (Gambar 1.3.2 A).
Asam lemak juga dapat diberi sebutan omega yang ditentukan oleh posisi ikatan rangkap karbon yang paling dekat dengan ujung metil. Asam lemak omega 3
adalah salah satu karbon ke-3 dan ke-4 dari metil yang dihubungkan oleh ikatan rangkap (Uttaro 2008).
Gliserofosfolipid Jenis lipid
membran yang paling umum adalah gliserofosfolipid atau gliserolipid. Fosfogliserida menonjol pada hewan tingkat tinggi (seperti vertebrata) sedangkan
glikosilgliserida penting pada tumbuhan. Ada tiga kelas utama lipid membran yang didistribusikan secara luas – gliserolipid, sphingolipid, dan steroid. Gliserolipid,
jika dikaitkan dengan kelimpahannya, merupakan kelompok yang paling penting. Mereka dapat dibagi menjadi dua kelompok utama – fosfogliserida (mengandung
fosfor) dan glikosilgliserida (tanpa fosfor tetapi mengandung unsur gula) Fosfogliserida adalah komponen lipid utama dari sebagian besar membran biologis.
Fosfogliserida terdiri dari struktur yang beragam dan luas. Mereka adalah komponen lipid utama di sebagian besar membran, tidak termasuk membran fotosintesis
tumbuhan, alga, dan cyanobacteria serta membran archaebacterial.
Biasanya, fosfogliserida mengandung asam lemak yang teresterifikasi pada posisi 1 dan 2 gliserol menjadikannya diasilfosfogliserida.
Nama lipid ini berasal dari komponen yang terikat pada fosfat yang teresterifikasi pada posisi 3 gliserol.
Oleh karena itu, senyawa tersebut pada dasarnya merupakan turunan dari diasilgliserol yang mana hidroksil pada atom karbon 3 diesterifikasi dengan asam fosfat.
Selain itu, fosfogliserida paling sederhana hanya mengandung asam fosfat yang terikat pada diasilgliserol yang disebut asam fosfatidat. (Gurr, 2005)
Glukosilgliserida merupakan komponen utama membran fotosintesis dan memainkan peran utama dalam beberapa mikroorganisme.
Strukturnya sebanding dengan gliserofosfolipid dengan gula yang terikat secara glikosidik pada posisi 3 gliserol dan asam lemak yang teresterifikasi pada dua
posisi lainnya. Sekitar 40% berat kering membran fotosintesis tumbuhan tingkat tinggi terdiri dari dua lipid yang mengandung galaktosa –
monogalaktosildiasilglcerol dan digalaktosildiasilgliserol. Terdapat ikatan ÿ pada posisi pertama cincin galaktosa dengan gliserol sedangkan pada
digalaktosildiasilgliserol terdapat ikatan ÿ, 1,6 antar gula. Banyak kombinasi residu dalam diglikosildiasilgliserol dapat ditemukan pada bakteri-paling banyak
adalah dua glukosa, dua galaktosa, atau dua residu mannose yang dihubungkan ÿ,1-2 atau ÿ,1-6.
Selain lipid yang mengandung galaktosa, glikosilgliserida ketiga, sulfolipid tumbuhan, ditemukan di kloroplas. Ini lebih formal disebut sebagai
sulphoquinovosyliacylglycerol dan mengandung konstituen sulfonat pada karbon 6 dari residu deoksiglukosa. Ini adalah molekul bermuatan negatif alami
dengan gugus asam sulfonat yang sangat stabil. Sulfolipid ini sangat berkarakteristik pada membran fotosintesis kloroplas dan cyanobacteria. Semua glikolipid
kloroplas biasanya terdiri dari sejumlah besar asam ÿ-linolenat. Selain itu, monogalaktosildiasilgliserol mungkin memiliki hingga 97% dari total gugus asilnya
sebagai komponen ini pada beberapa tanaman. (Gurr,2005)
Sterol
Karena ekor hidrofobik sterol pada dasarnya adalah steroid, maka diberi nama sesuai dengan itu. Akhiran -ol ditambahkan untuk menunjukkan bahwa ia
adalah sterol (Gambar 1.3.2 B).
Gambar 1.3.2 B: Kolesterol
Banyak sterol merupakan unit penting dari banyak organisme terutama membran sel luarnya. Namun, sterol bukanlah komponen yang diperlukan atau krusial
oleh semua organisme bahkan organisme dengan kandungan sterol yang signifikan. Sterol tersebar luas pada eukariota, tetapi jarang pada prokariota. Ragi
dan jamur memiliki senyawa teralkilasi rantai samping, sedangkan tumbuhan dan alga mengandung sitosterol dan stigmasterol sebagai sterol yang paling
umum. Fungsi utama membran sterol adalah modulasi fluiditas yang diselesaikan melalui interaksi sterol dengan komponen gliserolipid.
Sphingolipid Ekor
hidrofobik dari sphingolipid terdiri dari asam lemak dan rantai karbon panjang pada basa sphingoid. Nama lipid dengan demikian merupakan kombinasi nama
basa sphingoid dan asam lemak (Gambar 1.3.2 C) (Fahy dkk 2011).
Diketahui dari penggunaan enzim glukosidase atau dengan analisis permetilasi. (Gurr,2002)
Biosintesis Asam Lemak

Jalur sintesis asam lemak ditempatkan dalam dua kelas yaitu tipe I dan II. Langkah-langkah dalam jalur tipe II dikatalisis oleh enzim terpisah. Pada tipe I,
multienzim mengandung banyak domain yang mengkatalisis beberapa langkah dalam jalur sintesis. Tipe II ditemukan pada eubakteri dan organel asal
prokariotik (mitokondria dan plastida) sedangkan Tipe I ditemukan pada eukariota (Schweizer dan Hofmann 2004). Meskipun organisasi enzim berbeda,
langkah dasar sintesis asam lemak dipertahankan pada bakteri dan eukariota dan melibatkan penambahan gugus asetil secara berurutan dari asetil-koA ke
rantai asam lemak yang sedang berkembang. Untuk menghasilkan asam lemak jenuh, penambahan gugus asetil berlanjut membentuk rantai yang biasanya
terdiri dari 16 atau 18 karbon (Gambar 1.3.3 ).
8Asetil-koA+7ATP+14NADPH ÿ Asam Palmitat+7ADP+7Pi +14NADP+6H2O+8coA (1.3.1)

Sintesis asam lemak tak jenuh pada bakteri terjadi dengan cara yang mirip dengan sintesis asam lemak jenuh hingga zat antara 10 karbon. Pada titik ini ikatan
rangkap terbentuk antara karbon ke-3 dan ke-4 pada rantai (penomoran dari sisi penjumlahan). Setelah ditambahkan ikatan rangkap cis maka penambahan
unit asetil dilanjutkan pada 16 atau 18 karbon, artinya ikatan rangkap masing-masing akan berada pada posisi 9 dan 11 (Chan dan Vogel 2010). Pada
eukariota, ikatan rangkap ditambahkan setelah sintesis asam lemak.
Enzim yang menghasilkan asam lemak tak jenuh tunggal secara istimewa memperkenalkan ikatan rangkap antara karbon 9 dan 10. Ini berarti bahwa 16:1 dan
ÿ9 ÿ9
18:1 umum terjadi pada ekor lipid. Kumpulan enzim lainnya menambahkan ikatan rangkap di dekat ujung metil asam lemak tak jenuh. Ini secara istimewa
menghasilkan ikatan antara karbon ke-3 dan ke-4 dan antara karbon ke-6 dan ke-7 dari ujung metil (omega 3 dan 6). Mamalia tidak memiliki enzim yang
dibutuhkan untuk menambahkan ikatan rangkap di dekat ujung metil.
Ikatan rangkap tambahan ditambahkan di dekat ujung karboksil asam lemak yang sudah mengandung ikatan rangkap yang ditambahkan oleh dua kelas enzim
lainnya (Uttaro 2008). Dengan demikian, derajat ketidakjenuhan dan penempatan ikatan rangkap ditentukan oleh enzim tersebut.
Dua rantai asam lemak terikat pada posisi 1 dan 2 gliserol-3-fosfat untuk membentuk asam fosfatidat (Gambar 1.3.4 ). Ini kemudian diubah menjadi beberapa
lipid lain dengan penambahan kelompok kepala yang beragam. Beberapa bakteri mampu memasukkan ikatan rangkap pada rantai asam
lemak setelah lipid terbentuk (Zhang dan Rock 2008).
Efek pada membran
Fluiditas dan fase membran: Fluiditas membran biologis berhubungan dengan suhu leleh ekor lipid di dalamnya. Suhu leleh dipengaruhi oleh panjang rantai
dan saturasi ekor. Rantai yang lebih panjang menyebabkan suhu leleh lebih tinggi karena mampu membentuk gaya van der Waals yang lebih kuat antar
molekul. Tingkat ketidakjenuhan yang lebih tinggi menyebabkan suhu leleh yang lebih rendah. Hal ini karena ikatan rangkap menambah kekusutan pada rantai
asam lemak yang mencegah pengepakan molekul lipid secara rapat. Secara umum, derajat kejenuhan berdampak lebih besar pada fluiditas membran
dibandingkan panjang rantai (Sitwell 2013). Membran dengan komposisi lipid tunggal ada dalam dua fase. Pada suhu tinggi mereka berada dalam fase kristal
cair yang sangat cair. Pada suhu rendah mereka berada pada fase gel yang kaku. Pada membran yang mengandung kolesterol, fase gel digantikan oleh fase
cair yang mempertahankan fluiditas (Komura dan Andelman 2014). Lipid dengan ekor jenuh rentan terhadap fase teratur cair, sedangkan lipid dengan ekor tak
jenuh rentan terhadap fase kristal cair, atau fase tidak teratur cair. Dalam cairan-
fase teratur, ikatan karbon-karbon mempertahankan trans-rotomer, yang berarti ekornya diluruskan sebanyak mungkin. Lebar bagian hidrofobik
lipid dengan ekor jenuh yang panjang akan lebih besar dibandingkan dengan ekor yang lebih pendek atau tidak jenuh karena ikatan rangkap
dapat mencegah ekor menjadi lurus sempurna dan tersusun rapat. Perbedaan lebar hidrofobik dapat menyebabkan ketidaksesuaian hidrofobik
dan pemisahan fasa (Komura dan Andelman 2014).
Gambar 1.3.5 . Meskipun terdapat bukti mengenai hal ini pada membran sintetik, membran biologis sebagian besar menggunakan protein untuk menghasilkan
kelengkungan membran (Shibata et al 2009).
Interaksi dengan protein membran: Ekor lipid hidrofobik bertanggung jawab untuk melarutkan bagian trans-membran dari protein membran
di dalam membran yang menggambarkan salah satu dari banyak perannya. Sebuah cincin lipid, disebut sebagai anulus lipid, mengelilingi
protein dan ekor yang relatif fleksibel menutupi permukaan protein (Lee 2011). Sifat-sifat membran yang dihasilkan oleh ekor lipid, seperti
ketebalan fase hidrofobik, kompresibilitas, dan kelengkungan intrinsik dapat secara signifikan mempengaruhi pelipatan dan fungsi protein di
dalam membran (Andersen dkk 2007).
Kutipan
1. Masih baiklah, William. Pengantar Membran Biologis: Dari Lapisan Ganda hingga Rakit. Bab 4 - Lipid Membran: Asam Lemak.
Amsterdam: Elsevier/Academic, 2013. hal 43-56
2. Fahy E, Cotter D, Sud M, Subramaniam S. Klasifikasi lipid, struktur dan alat. Biochim Biophys Acta.
2011;1811(11):637-47.
3. Uttaro AD. Biosintesis asam lemak tak jenuh ganda pada eukariota rendah. Kehidupan IUBMB. 2006;58(10):563-71.
4. Schweizer E, Hofmann J. Sintase asam lemak tipe I mikroba (FAS): pemain utama dalam jaringan sistem FAS seluler.
Mikrobiol Mol Biol Rev. 2004;68(3):501-17
5. Chan DI, Vogel HJ. Pemahaman terkini tentang biosintesis asam lemak dan protein pembawa asil. Biokimia J. 2010;430(1):1-19.
6. Zhang YM, Rock CO. Homeostasis lipid membran pada bakteri. Mikrobiol Nat Rev. 2008;6(3):222-33.
7. Komura S, Andelman D. Aspek fisik heterogenitas membran lipid multikomponen. Sains Antarmuka Koloid Adv.
2014;208C:34-46.
8. Shibata Y, Hu J, Kozlov MM, Rapoport TA. Mekanisme pembentukan membran organel seluler. Pengembang Sel Annu Rev
biologi. 2009;25:329-54.
9. Andersen OS, Koeppe RE. Ketebalan bilayer dan fungsi protein membran: perspektif energik. Annu Rev Biofisika
Struktur Biomol. 2007;36:107-30.
10. Sud M, Fahy E, Cotter D, Brown A, Dennis EA, Glass CK, Merrill AH Jr, Murphy RC, Raetz CR, Russell DW, Subramaniam
S. LMSD: Database struktur LIPID MAPS Penelitian Asam Nukleat 35: hal. D527-32.
11. Editor Struktur Kimia GChemPaint. http://savannah.nongnu.org/projects/gchempaint/ 12. Gurr, MI,
JL Harwood, dan KN Frayn. Biokimia Lipid. Oxford, Inggris: Blackwell Science, 2005
Kontributor dan Atribusi

Philip Day (UC Davis) dan William Scott (UC Davis)
1.3: Ekor Lipid dan Saturasi dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1.4: Glikolipid
Glikolipid adalah komponen membran sel yang terdiri dari ekor lipid hidrofobik dan satu atau lebih gugus gula hidrofilik yang dihubungkan oleh ikatan glikosidik.
Umumnya, glikolipid ditemukan pada lapisan luar membran sel dimana ia tidak hanya memainkan peran struktural untuk menjaga stabilitas membran tetapi juga
memfasilitasi komunikasi sel-sel yang bertindak sebagai reseptor, jangkar untuk protein dan pengatur transduksi sinyal [1]. Glikolipid ditemukan tersebar luas di
seluruh sel dan terutama terlokalisasi, namun tidak eksklusif, pada membran plasma.
Struktur dan Sintesis Struktur dasar
glikolipid terdiri dari gugus mono atau oligosakarida yang terikat pada sphingolipid atau gugus gliserol (dapat diasetilasi atau dialkilasi) dengan satu atau dua asam
lemak. Ini masing-masing membentuk kelas glikosfingolipid dan glikogliserolipid. Glikolipid berinteraksi dan berikatan dengan lapisan ganda lipid melalui sifat
hidrofobik dari ekor lipid yang mengikatnya ke permukaan membran plasma.
Gambar 1.4.1 . Struktur glikolipid

Sintesis glikolipid dilanjutkan oleh serangkaian enzim yang secara berurutan menambahkan gula ke lipid. Glikosfingolipid berasal dari laktosilceramida (LacCer; ÿ-
D-galaktosil(1ÿ4)-ÿ-D-glukosil-ceramida) dimana langkah pertama adalah asilasi dan desaturasi D-eritro-sphinganine. Ceramide diglukosilasi kemudian ÿ-
galaktosilasi secara ekstraseluler untuk membentuk laktosilceramida. Pemanjangan lebih lanjut dapat terjadi melalui glikosiltransferase dan sulfotransferase.
Misalnya, biosintesis glikogliserolipid utama pada tumbuhan melibatkan transfer galaktosil dari UDP-Gal ke diasilgliserol untuk menghasilkan ÿ-galaktosildiasilgliserol
melalui galaktosiltransferase. Transfer tambahan galaktosil dari UDP-Gal membentuk ÿ-D-galaktosil-(1,6)-O-ÿ-D- galaktosildiasilgliserol [2].
Metabolisme
Degradasi glikosfingolipid dimediasi oleh internalisasi melalui endositosis. Mereka diangkut ke lisosom di mana enzim mendegradasi glikosfingolipid melalui
pemutusan ikatan secara hidrolitik dan ireversibel. Sphingolipidoses, yang terdapat pada membran, juga memediasi degradasi kelas glikolipid ini [4].
Disfungsi metabolisme glikolipid dikaitkan dengan beberapa penyakit berbeda mulai dari gangguan degradasi glikolipid hingga penumpukan glikolipid. Gambar
1.4.2 mengilustrasikan penyakit yang berhubungan dengan berbagai gangguan metabolisme glikolipid. Misalnya, penyakit Tay-Sachs adalah penyakit resesif
autosomal yang merupakan anggota penyakit G gangliosidotic. M2
Penyakit ini menggambarkan gejala gangguan perkembangan psikomotorik parah yang disebabkan oleh ketidakmampuan untuk mendegradasi gangliosida terkait
membran dengan baik. Hal ini terjadi karena enzim yang dibutuhkan untuk memecah gangliosida, ÿ-heksosamindase A, tidak berfungsi akibat mutasi pada gen
HEXA. Akumulasi gangliosida ini di neuron menyebabkan kematian sel saraf.
Gambar 1.4.2 . Penyakit yang berhubungan dengan disfungsi metabolisme glikolipid
Distribusi
Mayoritas glikolipid terletak pada struktur membran di dalam sel. Dua pertiga dari total glikolipid didistribusikan di membran intraseluler seperti aparatus
golgi, endosom, lisosom, membran inti, dan mitokondria [4]. Glikolipid disintesis dalam alat golgi di mana sebagian besar diangkut ke membran untuk
mempertahankan bilayer. Beberapa glikolipid dapat ditemukan di cystol; sekitar 5% dari total glikolipid di otak ditemukan dalam fraksi larut.
Glikosfingolipid dalam membran plasma dapat berkumpul dengan kolesterol menjadi rakit yang mengandung lebih sedikit fosfolipid dibandingkan bagian
membran lainnya; sekitar 70% dari total glikolipid ditemukan di rakit ini yang membentuk interaksi hidrofobik [5]. Selain itu, sphingolipid dan glikosphingolipid
membentuk interaksi yang lemah antara kelompok kepala karbohidrat dan lipid rantai samping jenuh hidrofobik dengan kolesterol yang mengisi setiap rongga
[6]. Interaksi yang kuat antara glikolipid dan kolesterol adalah kekuatan pendorong yang memisahkan mereka dari cairan fosfolipid dalam membran [7].
Fungsi
Karbohidrat pada glikolipid adalah struktur yang paling terbuka pada permukaan ekstraseluler sel dan fleksibel dengan banyak tempat pengikatan sehingga
menjadikannya optimal untuk sinyal sel. Karena bagian lipid biasanya terkubur di dalam membran, interaksi karbohidrat-karbohidrat merupakan interaksi
utama yang mungkin terjadi antara glikolipid. Mereka dapat berinteraksi berdampingan dalam membran yang sama atau interaksi trans antara dua membran.
Interaksi trans antara glikolipid dilaporkan menjadi dasar adhesi sel ke sel yang bergantung pada glikosfingolipid yang melibatkan ion kalsium [8]. Penelitian
lebih lanjut melaporkan bahwa karbohidrat permukaan sel memainkan peran utama dalam pengenalan substrat sel dalam onkogenesis, regulasi selubung
mielin, dan adhesi sel dalam metastasis [9-11]. Glikolipid memainkan peran penting dalam beberapa fungsi biologis seperti pengenalan dan peristiwa
pemberian sinyal sel; di bawah ini adalah beberapa fungsi biologis yang berperan dalam glikolipid.
Transduksi Sinyal
Glikosfingolipid dan sphingomyelin dikelompokkan ke dalam mikrodomain di mana mereka dapat berasosiasi dengan serveral protein yang berbeda seperti
cSrc, protein G, dan kinase adhesi fokus untuk memediasi peristiwa seluler [12]. Di membran plasma, glikosfingolipid membentuk rakit dengan kolesterol
dimana daerah ini memiliki fosfolipid yang relatif lebih sedikit. Ditunjukkan pada Gambar 1.4.3 , glikosfingolipid membentuk rakit dengan kolestorol untuk
mengikat protein GPI ke daun ekstraseluler dan keluarga kinase src ke daun sistolik. Dengan demikian, glikosfingolipid telah menjadi mikrodomain ini dapat
menyebabkan respons seluler dengan berasosiasi dengan protein berlabuh GPI yang dapat menginduksi aktivasi kinase spesifik untuk mentransduksi
fosforilasi substrat yang berbeda [13]. Mikrodomain glikosfingolipid juga telah dikaitkan dengan mediasi imunoreseptor dan reseptor faktor pertumbuhan [14].
Angka
Gambar 1.4.3 . Interaksi Glikolipid dan protein terikat membran.
Proliferasi Sel
Glikolipid telah diamati berperan dalam regulasi pertumbuhan sel melalui interaksi dengan reseptor faktor pertumbuhan.
Ceramide intraseluler merangsang sintesis DNA dalam sel otot polos endotel dan juga menginduksi mitogenesis oleh faktor pertumbuhan yang diturunkan
dari trombosit [15]. Laktosilceramida mengaktifkan NADPH oksidase untuk memodulasi ekspresi molekul adhesi antar sel -1 pada sel endotel vena
umbilikalis manusia dan menginduksi proliferasi sel otot polos aorta manusia. Dengan berkurangnya ceramide, terjadi peningkatan aktivitas ceramidase,
sphingomyelin synthase yang berhubungan dengan proliferasi sel otot polos. Selain itu, gangliosida diketahui terlibat dalam menginduksi apoptosis. Sinyal
apoptosis yang dipicu oleh CD95 pada sel tumor limfoid dan myeloid meningkatkan kadar ceramide yang mengakibatkan peningkatan sintesis GD3
ganglioside; GD3 dikenal sebagai mediator ampuh kematian sel. Glikosfingolipid dalam jumlah melimpah ditemukan di membran plasma sel kanker
dimana antibodi yang menargetkan gangliosida ini menghasilkan apoptosis [16]. Pengobatan dengan antibodi monoklonal anti-gangliosida GD2
menginduksi apoptosis pada GD2 yang mengekspresikan sel kanker paru-paru manusia.
Gangliosida
Pensinyalan Kalsium berhubungan dengan ion kalsium yang diduga berperan dalam fungsi saraf. Misel ganglioslide berikatan dengan ion kalsium dengan
afinitas tinggi dan mungkin memainkan peran penting dalam transmisi sinaptik. Telah dilaporkan bahwa sphingosine dan ceramide memediasi pelepasan
kalsium dari simpanan intraseluler. Gangliosida juga mungkin berperan dalam homeostasis dan sinyal kalsium. Glikolipid ini menginduksi perubahan
kalsium seluler melalui modulasi saluran masuk kalsium, protein penukar kalsium, dan enzim yang bergantung pada kalsium yang diubah melalui asosiasi
gangliosida. [17]. Selain itu, peningkatan kadar glukosilceramide intraseluler mengakibatkan peningkatan simpanan kalsium di neuron [18]. Glikolipid
galactocerebroside telah diamati dalam pembukaan saluran kalsium dalam sel oligodendrosit.
Jenis Glikolipid
Glikosfingolipid
Glikosfingolipid adalah golongan glikolipid yang mengandung ceramide sebagai kompleks lipidnya. Ceramide adalah metabolit asam lemak dengan basa
di- atau trihidroksi rantai panjang. Gugus asil ceramide adalah asam lemak jenuh atau tak jenuh tunggal rantai panjang.
Lipid ini terutama ditemukan di jaringan saraf jaringan saraf dan memediasi sinyal sel. Glikofingolipid dapat dibagi lagi menjadi beberapa kelompok berikut:
1. Glikosfingolipid netral: Serebrosida juga dikenal sebagai monoglikosilceramida adalah glikolipid yang terutama ditemukan di otak dan jaringan
saraf tepi. Cerebroside yang paling umum mengandung molekul galaktosa yang ditemukan di mielin. Fungsinya adalah memberikan lapisan
pelindung pada setiap saraf yang bertindak sebagai isolator dengan konsentrasi tinggi pada selubung mielin.
2. Glikosfingolipid asam: Lipid ini bermuatan negatif pada pH fisiologis yang disediakan oleh asam N-asetilneuraminat (NANA) atau oleh gugus sulfat
dalam sulfatida. Gangliosida mengandung asam sialat (NANA) yang membuatnya bermuatan negatif.
Ini ditemukan di sel ganglion SSP dan sebagian besar berada di ujung saraf. Sulfatida adalah galaktoserebrosida tersulfasi yang
ditemukan di otak dan ginjal. Mereka terutama ditemukan di serabut saraf yang termodulasi dan telah dikaitkan dengan respons imun terhadap sinyal
sistem saraf.
3. Glikosfingolipid dasar 4.
Glikosfingolipid amfoter
Glikogliserolipid 1.
Glikogliserolipid netral: Biasanya mengandung satu atau dua gula yang berikatan dengan gliserol atau diasilgliserol. Lipid
ini memiliki peran penting pada tumbuhan tingkat tinggi, alga, dan bakteri di mana mereka terlokalisasi pada membran
fotosintesis. Membran fotosintesis terdiri dari sekitar 85% glikogliserolipid netral [6]. Lipid glikogliserol netral dapat dipisahkan
menjadi gugus glikosida non-terasilasi atau terasilasi.
2. Glikofosfolipid: Senyawa ini adalah glikogliserolipid yang mengandung setidaknya satu gugus fosfat yang terikat pada gula
atau gliserol. Senyawa paling sederhana ditemukan dalam sel darah merah yang disebut asam fosfatidat glukosilasi.
3. Sulfoglikogliserolipid: Senyawa ini mengandung atom belerang dan diperkirakan terlokalisasi pada membran asam
(membran permukaan sangat asam). Sulfolipid terbukti ada di membran tilakoid tanaman di dalam membran fotosintesis.
Referensi
1. "Glikolipid". Alam. Grup Penerbitan Alam. Diakses pada Mei 2016.
2. Yu dkk., RK Yu, Y. Suzuki, M. Yanagisawa. Glikolipid membran dalam sel induk. FEBS Lett., 584 (2010), hal. 1694
3.C.Neil Hunter, Fevzi Daldal, Marion C.Thurnauner, J.Thomas Beaty. Kemajuan dalam Fotosintesis dan Respirasi, Vol. 28.
Bakteri Fototrofik Ungu. Peloncat. 2009.
4. Gillard BK, Thurmon, LT, Marcus DM (1993) Variabel lokalisasi subseluler glikosfingolipid. Glikobiologi 3: 57-67.
5. Edidin M (2003)
5. Simons K, Toomre D (2000) Rakit lipid dan tranduksi sinyal. Nat Rev Mol Sel Biol 1: 31-41.
6. Brown DA, London E (2000) Struktur dan fungsi rakit membran kaya sphingolipid dan kolesterol. J Biol Kimia 275:
17221-17224.
7. Shaul PW, Anderson RG (1998) Peran guaola plasmalemnal dalam transduksi sinyal. Am J Fisiol 275: 843-851.
8. Marrow MR, Singh D, Lu D, Grant CW (1995) Susunan asam lemak glikosfingolipid dalam lapisan ganda fosfolipid: Efek kolesterol. Biophys
J 68: 179- 186 9. Kojima N,
Hakomori S (1991) Adhesi sel, penyebaran, dan motilitas sel pengekspres GM3 berdasarkan glikolipid-glikolipid
interaksi. J Biol Kimia 266: 17552-17558.
10. Boggs JM, Menikh A, Rangaraj G (2000) Interaksi trans antara galaktosil ceramide dan serebrosida sulfat melintasi
menentang bilayers. Biofisis J 78 : 874-885.
11. Schnaar RL (2004) Pengenalan sel yang dimediasi glikolipid dalam peradangan dan regenerasi saraf. Biofisika Biokimia Lengkungan
426: 163-172.
12. Malhotra R (2012) Membran Glikolipid: Heterogenitas Fungsional: Suatu Tinjauan. Biokimia Anal Biokimia 1:108. doi:10.4172/2161-
1009.1000108
13. Hakamori SI (2000) Adhesi sel, pengenalan dan transduksi sinyal melalui mikrodomain glikosfingolipid. Glikokonj J
17: 143-151.
14. Jordan S, Rodgers W (2003) Domain membran yang diperkaya glikolipid sel T secara konstitutif dirakit sebagai fase membran yang
bertranslokasi ke sinapsis imun. J Imunol 171 : 78-87.
15. Auge N, Andrieu N, Negre-Salvayre A, Thiers JC, Levade T, dkk. (1996) Jalur pensinyalan sphingomyelin-ceramide adalah
terlibat dalam proliferasi sel teroksidasi yang diinduksi lipoprotein densitas rendah. J Biol Kimia 271: 19251–19255.
16. De Maria R, Lenti L, Malisan F, d'Agostino F, Tomassini B, dkk. (1997) Persyaratan gangliosida GD3 pada apoptosis yang diinduksi
CD95 dan ceramide. Sains 277: 1652-1655.
17. Nagatsuka Y dkk., FEBS Lett 2001, 497, 141 18.
Benson AA dkk., Proc Natl Acad Sci USA 1959, 45, 1582
1.4: Glikolipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1.5: Sphingolipid
Sphingolipid adalah jenis lipid yang terdiri dari rantai asam lemak yang pertama kali disebutkan pada tahun 1884 dalam Risalah JLW Thudichum tentang komposisi kimia otak.
Mereka diberi nama setelah makhluk mitologi Yunani, sphinx, karena teka-teki yang tidak diketahui tentang fungsinya. Sphingolipid pada dasarnya ditemukan di semua tumbuhan,
[1]
hewan, jamur dan di beberapa prokariota dan virus. [2]
Secara khusus, mereka ditemukan di membran dan sebagai komponen utama lipoprotein.
Struktur
Sphingolipid adalah molekul amfipatik; mereka memiliki sifat hidrofobik dan hidrofilik. Pada daerah hidrofobik terdapat basa rantai panjang berbentuk sphingoid (rantai alifatik
dengan gugus hidroksil terikat) dengan rantai asam lemak terikat melalui ikatan Amida pada karbon 2. Pada daerah hidrofilik terdapat gugus fosfat, residu gula, dan/atau gugus
[3]
hidroksil. . Sifat amfipatik ini memungkinkan terjadinya difusi sphingolipid antar membran dan terjadinya pembalikan sphingolipid di antara selebaran membran.
Namun, sphingolipid masih lebih mungkin terakumulasi dalam lingkungan asam karena kemungkinan ionisasi gugus amino bebas. Ada beberapa kelas sphingolipid: basa
[4]
sphingoid dan turunan sederhana, ceramide, dan sphingolipid kompleks (Gambar 1.5.1 ).
Gambar 1.5.1 : Struktur umum sphingolipid. (CC BY-3.0; LHcheM).
Basa sphingoid & turunan sederhana Sphingolipid
terdiri dari banyak “basa sphingoid” tulang punggung yang disintesis dari serin dan asil-KoA lemak rantai panjang. Jika tulang punggung belum dianalisis, maka disebut sebagai
[2,5]
sfinosin, sesuai dengan nama asli komponen dasar lipid ini. Basa sfingoid dapat bervariasi dalam panjang/percabangan rantai alkil, jumlah dan posisi ikatan rangkap, jumlah dan
lokasi gugus hidroksil, dll. Basa sfinosin sederhana dapat dilihat pada Gambar 1.5.1
.
Turunan sederhana ini terutama ada sebagai tulang punggung sphingolipid yang lebih kompleks, namun mereka ada dengan sendirinya. Mereka terutama digunakan dalam
[2]
pensinyalan intra dan ekstra seluler. Struktur sphingolipid yang tepat menentukan fungsinya. Misalnya, di dermis, terdapat gugus hidroksil tambahan pada posisi 4 dan/atau 6 yang
berinteraksi dengan molekul di sekitarnya untuk memperkuat [5] permeabilitas penghalang kulit.
Ceramide
[3]
Ceramide, yang disintesis di retikulum endoplasma, adalah sphingolipid paling sederhana setelah tulang punggung. Mereka adalah turunan asam lemak dari basa sphingoid,
dihubungkan oleh ikatan amino. Mereka biasanya jenuh penuh atau tak jenuh tunggal dan terdiri dari 14-26 karbon, namun terkadang lebih panjang. Terkadang terdapat gugus
[2,5]
hidroksil pada atom ÿ atau ÿ-karbon. Strukturnya dapat berupa Ceramide yang memiliki suhu transisi fase tinggi lebih dari 37°C. Hal ini disebabkan sifat jenuhnya yang terlihat
yang lebih kompleks [2,6] ) . pada Gambar 1.5.2 , yang memungkinkan terjadinya pengepakan lipid secara rapat. Hal ini juga mendukung pemisahan ceramide (dan sphingolipid
menjadi daerah yang disebut “rakit” membran.
[3]
Ceramide adalah kunci proses pensinyalan sel. Mereka umumnya berfungsi sebagai pembawa pesan kedua dengan mengatur pertumbuhan sel, penuaan, dan apoptosis. Fungsi
[2]
pastinya tergantung pada jenis basa sphingolipid dan asam lemak. Misalnya, ceramide yang mengandung asam palmitat untuk rantai asam lemak dihasilkan sebagai respons
terhadap apoptosis. Banyak fungsi spesifik ceramide masih dalam penyelidikan [3] . Ceramide juga berfungsi sebagai prekursor sphingolipid yang lebih kompleks.
Ceramide hanya dapat hidup di membran tetapi mempunyai kecepatan berpindah antar daun yang cepat. Ini berarti mereka tidak dapat meninggalkan organel tempat mereka
diciptakan, namun akan memiliki akses ke protein pengikat dan enzim di kedua sisi bilayer. Dengan demikian, ceramide [4] biasanya hanya dapat dimodifikasi oleh enzim yang ada
di
kompartemen membran tempat ceramide diproduksi.
Sphingolipid Kompleks Sintesis

[3]
sphingolipid kompleks terjadi di aparatus Golgi. Kelompok kepala sphingolipid yang besar ini membuat perputaran di antara selebaran membran sangat tidak
mungkin terjadi tanpa bantuan flippase. Ini berarti bahwa tanpa flippase, sphingolipid terbatas pada daun Golgi lumenal/daun luar membran plasma. Dua jenis
[4]
utama sphingolipid kompleks adalah sphingolipid fosfo dan glikol.
Fosfosfingolipid [5]
Fosfosfingolipid dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Pada mamalia, fosfosfingolipid utama adalah gomyelin (ceramide fosfokolin). Pada serangga, itu adalah ceramide
fosfoetanolamin. Fosfosfingolipid utama pada jamur adalah fitoseramidafosfoinositol dan inositol fosfat. Organisme akuatik biasanya memiliki sphingolipid dimana fosfatnya telah
digantikan dengan gugus fosfono atau arsenat. Contoh fosfosfingolipid dapat dilihat pada Gambar 1.5.3
.
Glikosfingolipid
Glikosfingolipid mempunyai satu atau lebih gugus karbohidrat dalam ikatan glikosidik (biasanya; fofonositol ceramide merupakan pengecualian). Strukturnya dapat
dilihat pada Gambar 1.5.4 . Ada empat klasifikasi glikosfingolipid:
1. Glikosfingolipid netral: 1 atau lebih gula tidak bermuatan (yaitu glukosa, galaktosa, N-asetilglukosamin, N-asetilgalakosamin,
[2]
fukosa)
[2]
2. Glikosfingolipid asam: gugus fungsi terionisasi (yaitu fosfat atau sulfat) yang terikat pada gula netral atau bermuatan [5]
3. Glikosfingolipid dasar [5]

4. Glikosfingolipid amfoter
Penamaan Sphingolipid Penamaan
sphingolipid menggunakan tata nama IUPAC untuk lipid (http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/lipid/). Basa sphingoid yang paling umum adalah sphingosine. Nama resmi
sphingosine adalah (2S,3R,4E)-2-aminooctadec-4-ene-1,3-diol atau D-erythrosphingosine & E-sphing-4-enine. Singkatannya adalah d18:1. Angka pertama mewakili jumlah
atom karbon. Angka kedua [2,5] adalah jumlah ikatan rangkap. Dalam hal ini huruf 'd' mengacu pada 2 gugus hidroksil (di-).
Fungsi Biologis Ada banyak
fungsi biologis yang terkait dengan sphingolipid, termasuk regulasi seluler, sinyal dan metabolisme.
Sifat Biofisik Sphingolipid
cenderung membentuk struktur berkelompok yang disebut mikrodomain, rakit, atau guaola (bila mengandung guaolin). Rantai samping alkil jenuh memungkinkan terjadinya interaksi
van der Waals yang kuat. Hidroksil ceramide, ikatan amino, dan gugus kepala polar memungkinkan terjadinya ikatan hidrogen dan interaksi dipol. Sphingolipid diperkaya dengan
reseptor faktor pertumbuhan, transporter dan protein dengan jangkar lipid glikosilfosfatidilinositiol. Sphingolipid membantu menstabilkan lapisan ganda membran yang membantu
struktur seperti badan pipih yang menjaga permeabilitas kulit. Kelarutannya dalam air memungkinkan terjadinya pergerakan cepat antar membran. [2]
Sphingolipid bisa ada dalam bentuk kationik dan netral.
Ada tiga fase utama yang dapat dilalui oleh membran lipid (Gambar 1.5.5 ).
Pada fase gel, lapisan ganda lipid berada dalam keadaan padat. Pengikatan molekul lipid sangat rapat dan teratur, sehingga menyebabkan sedikit
pergerakan lipid melintasi permukaan membran.
Fase tidak teratur cair merupakan keadaan yang sangat cair dimana masing-masing lipid dapat bergerak tanpa hambatan melintasi permukaan membran.
Susunan lipid sangat tidak teratur dan lipid itu sendiri sering kali tertekuk karena asam lemak tak jenuh.
Fase terurut cair merupakan persilangan antara fase gel dan fase terurut cair. Masih terdapat pergerakan molekul lipid yang relatif mudah melintasi membran, namun
membran itu sendiri lebih padat, sehingga menghasilkan struktur yang lebih padat. Fase ini terjadi melalui adanya molekul sterol di dalam membran.
Gambar 1.5.5 : Fase membran berbentuk gel, tidak teratur, dan cair (Faller 2016)
Rakit membran disebabkan oleh pemisahan fasa pada membran. Mereka terjadi ketika fase teratur cair dan fase tidak teratur hidup berdampingan. Pengemasan lipid yang ketat
adalah kunci pembentukan rakit. Dalam fase terurut cair, seperti fase gel terurut, lipid memanjang dan tersusun rapat, namun masih memiliki tingkat mobilitas lateral yang lebih tinggi.
[6]
Gambar menunjukkan membran dengan rakit lipid 1.5.7 .
Rakit membran berlimpah dalam membran yang kaya kolesterol dan sphingolipid (yaitu membran plasma). Mereka penting dalam penyortiran dalam jaringan trans-Golgi, penyortiran
dalam jalur endositik, sebagai tempat berlabuhnya patogen dan racun, dan sebagai reseptor integrin .
Gambar 1.5.7 : Membran yang mengandung rakit lipid. Bagian 1 adalah lapisan ganda lipid standar dan bagian 2 adalah rakit lipid
Regulasi Seluler
Sphingolipid seluler terletak di banyak tempat di seluruh sel. Mereka ditemukan di selebaran luar membran plasma, di lumen vesikel/organel intraseluler (yaitu endosom, membran
Golgi), dan di lokasi yang tidak ditentukan di [2] mitokondria, inti, dan kompartemen intraseluler. Kelimpahan ini menjadikan mereka kandidat ideal untuk regulasi sel.
Sphingolipid seluler berinteraksi dengan ligan komplementer (yaitu protein/reseptor matriks ekstraseluler), dengan karbohidrat lain (yaitu glikosinaps) dan dengan protein pada
permukaan sel yang sama. Melalui interaksi ini, mereka dapat mengontrol lokasi suatu protein (yaitu pada rakit membran) dan memodifikasi konformasi protein serta aktivitasnya.
Mereka juga dapat dikenali oleh virus, [2] bakteri dan racun bakteri sebagai sarana penempelan dan masuknya.
Ceramide memiliki banyak peran dalam biogenesis dan regulasi membran. Mereka dapat mempengaruhi perdagangan ER ke Golgi. Mereka dapat membantu pembentukan
autofagosom. Kemungkinan juga mereka mempengaruhi interaksi ER dengan membran inti, membran luar mitokondria , dan membran plasma.
Sinyal Seluler Sphingolipid
mempengaruhi sinyal sel dengan mempengaruhi sifat-sifat reseptor secara langsung. Jalur yang tepat untuk transduksi sinyal [2] bervariasi tergantung pada fungsi sebenarnya dari
sphingolipid tetapi terdapat jalur umum.
1. Reseptor diaktifkan oleh sitokin (yaitu IL1, faktor nekrosis tumor-ÿ), faktor pertumbuhan (yaitu faktor pertumbuhan turunan trombosit), atau
agonis lainnya.
2. Hidrolisis membran sphingolipid menjadi ceramide diinduksi.
3. Sphingolipid berfungsi sebagai pembawa pesan kedua lipid, atau dapat diubah menjadi metabolit hilir (yaitu sphingosine,
sphingosine 1-fosfat, ceramide 1-fosfat).
4. Target hilir (yaitu protein kinase, fosfoprotein fosfatase) yang mengontrol perilaku sel diaktifkan atau
terhambat.
Terkadang, beberapa sphingolipid dalam sel yang sama memiliki fungsi sinyal yang berlawanan. Misalnya, sinyal cerminde dan sphingosine 1-fosfat untuk fungsi pertumbuhan sel
yang bertentangan. Yang satu menandakan terhambatnya pertumbuhan, sedangkan yang lain menandakan rangsangan pertumbuhan. (Atau dengan kata lain, induksi vs.
penghambatan apoptosis.) Jalur seluler yang diambil ditentukan oleh “rheostat ” cerminde/sphingosine 1-phosophate dalam menentukan antara penghentian pertumbuhan/apoptosis
dan proliferasi/kelangsungan hidup.
Karena sphingolipid adalah molekul kompleks, mereka dapat menerima sinyal masukan yang beragam dan menghasilkan banyak keluaran yang terkoordinasi. [2]
Sinyal dari sphingolipid juga mengubah struktur membran dan perilaku reseptor membran lain dan/atau protein.
Metabolisme
[2]
Asilasi basa sphingolipid dilakukan melalui sintase ceramide yang sangat spesifik untuk panjang rantai asil. Regulasi terjadi melalui kontrol ekspresi enzim,
modifikasi pasca translasi, dan mekanisme alosterik. Ini bisa spesifik untuk sel – mereka dapat mengontrol sintesis sphingolipid selama fase tertentu dari siklus
[3]
sel, sebagai respons terhadap sinyal tertentu. Gambar menunjukkan beberapa jalur metabolisme sphingolipid. 1.5.8
Gambar 1.5.8 – Jalur metabolisme sphingolipid
Selama metabolisme sphingolipid, pergantian sphingomyelin menghasilkan metabolit pemberi sinyal dan mengubah struktur domain membran, bergantung pada keberadaannya.
Selain itu, perubahan komposisi glikosfingolipid mempengaruhi sifat permukaan sel dan interaksinya dengan matriks ekstraseluler dan sel tetangga. Oleh karena itu, metabolisme
sphingolipid dan sinyal [2] pada dasarnya sama.
Sumber
1. Thudichum, JLW 1884. “Risalah tentang Konstitusi Kimia Otak”. Bailliere, Tindall, dan Cox, London.
2. Hirabayashi, Y., Igarashi, Y., Merrill, AH (2006). Springer Biologi Sphingolipid, Jepang.
3. Futerman, AH, Hannun, YA (2004). "Kehidupan kompleks sphingolipid sederhana." EMBO Rep 5(8): 777-782.
4. Gault, C., dkk. (2010). "Ikhtisar metabolisme sphingolipid: dari sintesis hingga pemecahan." Adv Exp Med Biol 688: 1-
23.
5. Fahy, E., dkk. (2005). "Sistem klasifikasi komprehensif untuk lipid." J Lipid Res 46(5): 839-861.
6. Brown, DA dan E. London (2000). "Struktur dan Fungsi Rakit Membran Kaya Sphingolipid dan Kolesterol." J Biol.
kimia. 275(23): 17221-17224.
1.5: Sphingolipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1.6: Fase Sterol dan Sterol Induksi

Sterol adalah kelas molekul lipid bercincin hidrofobik yang ditemukan di membran biologis seluruh eukarya. Sterol dapat mencakup lebih
dari 50% kandungan lipid membran dalam sel, dan diketahui mengubah fluiditas dan struktur membran [1]. Meskipun mekanisme efek ini
masih diperdebatkan, sterol telah terbukti menginduksi perubahan fase lipid dalam sistem bilayer, umumnya meningkatkan urutan rantai asil
sambil mempertahankan fluiditas translasi lipid. Tindakan mereka dianggap penting untuk pembentukan rakit lipid dengan berbagai efek
pada biologi sel dan berfungsi sebagai prekursor hormon steroid pada hewan.
Gambar 1.6.1 : Diagram pengisian ruang (a) sfingomielin dan (b) kolesterol yang menggambarkan ukuran relatif dan kedalaman membran. (Domain Publik;
Wlstutts melalui Wikipedia)
Struktur Sterol
Semua sterol yang terbentuk secara alami terdiri dari struktur cincin leburan tetramerik hidrokarbon dan memperoleh sedikit polaritas dari 3-
hidroksil dalam konfigurasi ÿ (gambar 2); Sterol ÿ-hidroksil tidak ditemukan di membran alami. Sterol yang paling umum juga memiliki ekor
alifatik pendek di ujung C17. Dalam lapisan ganda lipid, hidroksil bertindak sebagai gugus kepala polar dan mengarah ke gugus kepala
fosfolipid lapisan ganda, sedangkan cincin dan ekor hidrofobik pendek meluas ke inti hidrofobik membran, sejajar dengan rantai asil
fosfolipid. Topografi sterol sedemikian rupa sehingga sisi ÿ dari struktur cincin yang relatif kaku berbentuk datar sedangkan sisi ÿ memiliki
gugus metil yang menonjol; struktur ini membatasi interaksinya dengan lipid sehingga memungkinkan kontak yang signifikan pada
permukaan datar.
Sterol Umum
Banyak sterol berbeda ditemukan di membran biologis dan spesifik untuk filum tertentu. Perbedaan halus dalam strukturnya dapat mengubah
pengaruhnya terhadap struktur dan dinamika membran seperti dibahas di bawah. Kolesterol merupakan sterol yang paling umum ditemukan
pada membran hewan, mencakup sekitar 20-30% sterol yang ditemukan di dalamnya [2]. Hal ini ditandai dengan adanya ikatan rangkap
tunggal pada cincin B (C5-C6) dan tidak adanya karbon bercabang pada posisi 24. Ergosterol terdapat pada membran jamur dan protista
dan berbeda dari kolesterol karena mengandung dua ikatan rangkap karbon-karbon lagi. (satu di cincin B, satu lagi di antara karbon 22 dan
23 di daerah ekor) dan gugus metil di posisi 24.
Sterol dari tumbuhan dikenal sebagai pitosterol. Fitosterol yang umum termasuk campesterol, stigmasterol dan sitosterol, meskipun ratusan
senyawa berbeda telah diisolasi dari tumbuhan. Hopanoid merupakan senyawa pentasiklik yang memiliki struktur serupa dengan sterol dan
sering ditemukan pada membran prokariotik, dimana senyawa tersebut diduga mempunyai efek terhadap stabilitas membran dan strukturnya
mirip dengan sterol [3].
Gambar 1.6.2 : Struktur tulang punggung sterol umum dan tata nama karbon tulang punggung yang dilestarikan. Sumber: Ian Kimball.
Fase Orde Cair (l ) Hai
Sterol mempunyai efek nyata pada perilaku fase membran lipid. Ketika ditambahkan ke lipid dalam fase gel (L ) sterol cenderung mencairkan struktur
' membran
dengan mengganggu struktur miring rantai hidrokarbon. Pada suhu rendah hal ini menginduksi fase kristal cair (L ) dimana ekor lipid memanjang sepenuhnya,
tetapi tidak miring [4]. Sebaliknya, kolesterol cenderung
C' memadat lipid pada fase cair yang tidak teratur (kiri ). Dalam kedua kasus tersebut, konsentrasi kolesterol
yang lebih tinggi mengarah pada pembentukan fase perantara,
ÿ yang dikenal sebagai fase cair (l ). Pada fase l , ekor fosfolipid memiliki tatanan yang lebih tinggi
mirip dengan fase gel, namun mempertahankan fluiditas lateral serupa dengan fase L [2,5] (gbr. 3). Luas per molekul juga berkurang (lihat efek kondensasi di
Hai Hai
bawah) ÿ
Gambar 1.6.3 : Fase pesanan cair yang diinduksi sterol. Sumber: [6]
Diagram fase lipid (gambar 4) menunjukkan fase hidup berdampingan dari l dan L atau fase riak
Hai ÿ P (kadang-kadang disebut fase pra-transisi ÿ ), bergantung pada
suhu dalam kandungan kolesterol yang lebih rendah. Ketika konsentrasi relatif sterol dalam membran meningkat, fase l mendominasi karena semua fosfolipid
berkontak dekat dengan sterol [7]. Urutan rantai asil jenuh dengan adanya kolesterol telah dipelajari dengan berbagai metode termasuk simulasi H-NMR, EPR, dan
Hai
2
MD [2], yang menunjukkan bahwa sterol menginduksi keteraturan pada ekor asam lemak di sekitarnya. Kelompok kepala jenis, ekor panjang dan saturasi, dan
apakah lipid berbasis gliserol atau sphingosine semuanya mempengaruhi efek sterol [2]. Khususnya, sterol memiliki efek paling nyata pada perilaku fase fosfolipid
jenuh panjang seperti dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC); Namun, keberadaan satu ekor jenuh sudah cukup untuk memberikan efek tersebut [7]. Demikian
pula, sterol dengan konformasi ÿ atau gugus metil dalam konformasi trans tidak mampu mempengaruhi perilaku fase lipid [1].
Angka 1.6.4 : Diagram fase lipid sebagai fungsi suhu dan kandungan kolesterol. [7] (CC BY 4.0; Armstrong dkk. melalui PLOS)
Kolesterol dan transisi fase utama Pengaruh

kolesterol pada fase lipid telah dipelajari secara ekstensif dengan metode yang dikenal sebagai differential scanning calorimetry
(DSC). Dengan DSC, laju aliran panas dapat diukur seiring dengan kenaikan atau penurunan suhu sampel pada laju yang konstan.
Ketika sampel bertransisi antar fase, aliran panas berlebih dicatat sebagai lonjakan di sekitar suhu saat transisi fase tersebut terjadi.
Ketika dipanaskan atau didinginkan melewati transisi fase, lipid murni akan menunjukkan puncak yang tajam. Penambahan sterol
menyebabkan peredaman dan perluasan lonjakan entalpi yang terkait dengan pra-transisi dan transisi fase utama, secara efektif
menghilangkan transisi fase pada konsentrasi kolesterol yang lebih tinggi saat membran memasuki fase l [1]. Efek ini tergantung Hai
pada jenis dan jumlah sterol serta jenis fosfolipid [9]. Misalnya, prekursor kolesterol yang dikenal sebagai lathosterol berbeda
strukturnya hanya dengan penempatan satu ikatan rangkap. Perbedaan kecil ini berarti lathosterol menurunkan suhu transisi fase
utama sementara kolesterol meningkatkannya, meskipun kolesterol menghilangkan transisi pada persen molar tinggi sedangkan
latosterol tidak [9]
Efek Kondensasi
Ketika kolesterol ditambahkan ke membran, luas 2 dimensi per molekul berkurang sedangkan ketebalan membran meningkat; ini
dikenal sebagai efek kondensasi. Mekanisme efek ini masih belum jelas [4], namun struktur kolesterol yang kaku berarti bahwa
pengurangan luas permukaan pasti disebabkan oleh perubahan urutan ekor lipid (gambar 5). Pada membran DMPC, peningkatan
kolesterol dari 0 hingga 50% mol dapat menyebabkan pengurangan 25% area per molekul DMPC [2]. Kondensasi ini menambah
kekuatan membran dan menurunkan permeabilitas, dan paling kuat bila dipasangkan dengan lipid berbasis fosfatidilkolin [10].
Gambar 1.6.5 : Simulasi fase yang diinduksi sterol. Palmitoyoleoylphosphatidylcholine (POPC) muncul dalam warna abu-abu, palmitoylsphingomelin dalam
warna oranye, dan kolesterol dalam warna kuning. Perhatikan peningkatan urutan fase l dan perubahan dimensi membran ketika terdapat kolesterol dan PSM.
Hai
Kolesterol juga cenderung lebih banyak berinteraksi dengan PSM dibandingkan POPC. Sumber: [11]
Sterol di Rakit
Dalam membran biologis, sterol merupakan komponen penting dari rakit lipid. Kolesterol membuat ikatan hidrogen dengan kelompok kepala
sphingosine dan lebih disukai berasosiasi dengan ekor asam lemak sphingomyelin dibandingkan ekor lipid lainnya. Kolesterol dan
sphingomyelin bersama-sama memperkuat membran dan menurunkan difusi lateral lipid yang menyebabkan domain l bertahan lama di Hai
tengah
ÿ
lipid L [11]. Karakteristik lipid rakit dianggap penting dalam menentukan fungsi protein membran.
Hormon steroid
Pada hewan, kolesterol berfungsi sebagai prekursor semua hormon steroid seperti estradiol, aldosteron, dan kortisol, yang bekerja melalui
reseptor intraseluler untuk mengatur transkripsi gen di jaringan target. Hormon-hormon ini sangat penting untuk hampir semua fungsi
fisiologis termasuk pertumbuhan dan reproduksi, respon stres, keseimbangan air dan metamorfosis (pada invertebrata).
Referensi
1. RA Demel, B. De Kruyff, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Ulasan tentang Biomembran 457 (1976) 109.
2. T. Róg, M. Pasenkiewicz-Gierula, I. Vattulainen, M. Karttunen, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembran 1788
(2009) 97.
3. M. Rohmer, P. Bouvier-Nave, G. Ourisson, Jurnal Mikrobiologi Umum 130 (1984) 1137.
4. F. de Meyer, B. Smit, Prosiding National Academy of Sciences 106 (2009) 3654.
5. KJ Tierney, DE Block, ML Longo, Biophys J 89 (2005) 2481.
6. R. Penjatuh. Slide Kuliah BPH 241, UC Davis (2014)
7. CL Armstrong, D. Marquardt, H. Dies, N. Kuÿerka, Z. Yamani, TA Harroun, J. Katsaras, A.-C. Shi, MC Rheinstädter, PLoS
SATU 8 (2013) e66162.
8. MGK Benesch, RN McElhaney, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembran 1838 (2014) 1941.
9. MG Benesch, DA Mannock, RN Lewis, RN McElhaney, Biokimia 50 (2011) 9982.
10. PJ Quinn dan C. Wolfe, Biochimica et Biophysica Acta 1788 (2009) 33 11.
PS Niemelä, S. Ollila, MT Hyvönen, M. Karttunen, I. Vattulainen, PLoS Comput Biol 3 (2007) e34.

Ian Kimball
1.6: Fase Sterol dan Sterol Induksi dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Telah diketahui secara luas bahwa dengan adanya larutan berair, lipid akan secara spontan membentuk struktur teratur seperti misel dan bilayer. Proses ini
didorong oleh struktur lipid, yang terdiri dari gugus ionik polar di bagian atas lipid dan rantai hidrokarbon panjang yang bersifat nonpolar. Kelompok kepala lipid
bersifat hidrofilik, sedangkan bagian nonpolar yang panjang bersifat hidrofobik atau lipofilik. Dengan adanya air, suatu molekul polar, struktur tersebut akan
mengatur dirinya sendiri untuk meminimalkan paparan ujung hidrofobik terhadap molekul air dalam larutan. Interaksi ini didorong oleh pembentukan ikatan
hidrogen dan susunan air di sekitar kelompok kepala polar lipid (pembentukan cangkang hidrasi).
1
Gambar 1.7.1 : Struktur yang dibentuk oleh lipid dalam lingkungan berair
Dengan tidak adanya air, interaksi yang diamati antara lipid bebas dari efek ikatan hidrogen. Lingkungan non-air ini memungkinkan dilakukannya studi tentang perilaku lipid tanpa adanya air. Ada tiga klasifikasi utama
2
pelarut non-air yang digunakan untuk menggantikan air dalam sistem lapisan ganda lipid: pelarut organik, pelarut “kering”, dan media ionik murni .
Pelarut organik
Pelarut organik adalah kelas pelarut cair tidak berair yang memiliki struktur umum yang mengandung setidaknya satu karbon dan satu atom hidrogen. Mereka
umumnya lipofilik, memungkinkan penggunaannya dalam melarutkan lipid. Pelarut organik telah digunakan untuk mempelajari pengaruh air terhadap struktur lipid,
khususnya struktur dan perilaku lipid tanpa adanya air.
Gliserol merupakan pelarut organik yang telah digunakan untuk menggantikan air dalam studi membran biologis; gliserol telah terbukti menggantikan air dalam
3
sistem biologis. Liposom multilamelar dapat dibentuk dari fosfolipid dalam gliserol murni.
Dalam kondisi gliserol murni, liposom menunjukkan ruang cairan yang sama (jarak cairan antar bilayer) seperti yang diukur dalam air. Namun, dalam larutan
gliserol dan air, jarak fluida antara lapisan ganda lipid merupakan fungsi fraksi mol gliserol dalam air karena gliserol mengubah permitivitas dielektrik ruang fluida.
Konstanta dielektrik gliserol adalah sekitar 42,5 dibandingkan dengan konstanta dielektrik air ~80. Efek dari perubahan permitivitas dielektrik adalah mengubah
gaya Van der Waals jarak jauh antara lapisan ganda lipid.
3
Pengemasan rantai hidrokarbon interdigitasi Alkohol, termasuk
etanol, telah terbukti memiliki efek bifasik pada suhu transisi fase gel ke kristal cair dari lapisan ganda fosfatidilkolin jenuh. Telah diamati bahwa pada konsentrasi alkohol yang rendah
dalam larutan, lipid menunjukkan penurunan Tm dengan meningkatnya konsentrasi. Pada konsentrasi alkohol yang lebih tinggi terdapat pembalikan kemiringan perubahan Tm
terhadap peningkatan konsentrasi alkohol; pada konsentrasi tinggi terjadi peningkatan Tm dengan meningkatnya konsentrasi alkohol 4,5 .
Konsentrasi terjadinya pembalikan juga bergantung pada panjang ekor hidrokarbon lipid; lipid rantai panjang lebih menguntungkan untuk berinterdigitasi
dibandingkan lipid rantai pendek karena interaksi Van der Waals. Penurunan Tm pada rentang konsentrasi rendah dijelaskan oleh penurunan titik beku sebagai
akibat interaksi preferensi alkohol dengan fase kristal cair lipid. Pembalikan tren pada konsentrasi alkohol yang lebih tinggi disebabkan oleh fase gel yang diinduksi
di mana fosfolipid dari lapisan tunggal yang berlawanan saling berinterdigitasi/bertautan.
Gambar 1.7.2 : Pengaruh konsentrasi etanol terhadap pergeseran suhu transisi utama pada lapisan ganda DSPC dan DPPC. Sisipkan diagram bilayer
4
dengan jarak normal dan interdigitasi
Pelarut "Kering".
Integritas membran lipid dapat dipertahankan tanpa adanya air dengan menggunakan molekul tertentu. Molekul-molekul ini, biasanya
6
gula seperti trehalosa, berfungsi sebagai pengganti air dalam struktur lapisan ganda lipid.
Interaksi “Basah”.
Peran pelarut kering dalam berinteraksi dengan fosfolipid dapat dipahami dengan baik dalam konteks interaksi air dengan lipid. Ada
beberapa hal yang perlu diperhatikan mengenai interaksi air dengan lipid tersebut, yaitu pengaruh hidrasi seperti pembentukan
cangkang, pembengkakan, dan pemisahan gugus kepala antar bilayer. Misalnya, ketika air menghidrasi fosfolipid, lipid membengkak
karena air terikat pada kelompok utama lipid. Fosfatidilkolin dapat mengikat 10-12 mol air per mol lipid. Air yang berikatan dengan
7
lipid membentuk cangkang hidrasi lipid. Peningkatan hidrasi lapisan ganda fosfolipid dapat mengakibatkan peningkatan luas per
molekul lipid, peningkatan ketidakteraturan rantai hidrokarbon, dan peningkatan jarak pengulangan pipih. Jarak pengulangan pipih
adalah pemisahan kelompok kepala antara tumpukan lapisan ganda lipid.
Penurunan tingkat hidrasi (umumnya di bawah 20%) mengakibatkan peningkatan interaksi van der Waal, yang meningkatkan
7
kemungkinan lipid mengalami transisi fase kristal cair ke fase gel.
Dehidrasi
Dehidrasi lapisan ganda lipid dapat menyebabkan fusi. Dehidrasi menyebabkan penurunan kekuatan hidrasi yang menghambat fusi
lapisan ganda lipid. Penggabungan lapisan ganda lipid selama dehidrasi telah ditunjukkan dengan menggunakan teknik rekahan
7
beku. Dalam kasus di mana fusi telah diamati, fusi terjadi antara lapisan ganda yang berdekatan. Implikasi dari fusi ini terlihat jelas
pada membran sel yang mengalami dehidrasi. Penggabungan membran sel dapat mengakibatkan kebocoran selama transisi dari
fase kristal cair ke fase gel (pengeringan) dan dari gel ke fase kristal cair (rehidrasi).
POPC 1.7.3 : Peleburan endoterm untuk vesikel POPC multilamelar kering dan terhidrasi. Inset: Perubahan entalpi endoterm suhu tinggi dan rendah untuk
7
kering dan trehalosa
Pelindung Gula
Membran dapat distabilkan tanpa adanya air dengan adanya gula kering seperti trehalosa. Gula diteorikan dapat menstabilkan bilayer lipid dengan
menghambat fusi lipid tanpa adanya air. Dalam kasus trehalosa, penambahan sejumlah kecil pelarut kering (~1g trehalosa/g fosfolipid) mempertahankan
fosfolipid dalam keadaan “kering” sekaligus mempertahankan fase kristal cair fosfolipid. NMR proton resolusi tinggi dapat digunakan untuk menunjukkan
bahwa fosfolipid yang dikeringkan tanpa adanya gula kering/penstabil menghasilkan pembentuk gel pada rantai hidrokarbon, sedangkan dengan adanya
trehalosa, rantai hidrokarbon tetap berada dalam fase cair.
7
Kemungkinan ada interaksi langsung antara gugus kepala fosfat lipid dan gugus hidroksil trehalosa karena ikatan hidrogen. Gula lain seperti sukrosa, yang
tidak mudah membentuk ikatan hidrogen, juga dapat digunakan dengan berbagai tingkat keberhasilan (Gambar 1.7.4 ).
7
Gambar 1.7.4 : Plot retensi zat terlarut yang terperangkap setelah penghilangan air (pengeringan) dengan adanya berbagai gula
Pelarut Ionik Murni

Garam ionik murni, juga dikenal sebagai garam leburan merupakan pelarut unik karena mampu menyediakan media ionik murni tanpa adanya air. Dengan
demikian, pelarut ini dapat digunakan untuk mempelajari peran ikatan ionik antara gugus kepala fosfat fosfolipid dan interaksi terkait yang dihasilkan dari
8
ikatan hidrogen dalam air. Mirip dengan pelarut organik dan pelarut kering, garam leburan digunakan untuk menggantikan air dalam penelitian mengenai
lapisan ganda fosfolipid.
Ethylammonium nitrate
Ethylammonium nitrate (EAN) adalah salah satu cairan ionik suhu kamar yang paling awal diidentifikasi dengan titik leleh 12 derajat C.
Cairan ionik telah digunakan untuk mempelajari interaksi distearoylphospatidylcholine (DSPC) dan L-dipalmitoylphospatidylcholine (DPPC). Kehadiran EAN
9
memiliki pengaruh yang kecil dalam transisi fase DSPC, namun dalam penelitian selanjutnya dengan DPPC dengan adanya EAN telah diamati bahwa
transisi subgel ke kristal cair diamati.
Transisi subgel unik untuk pelarut ionik murni. Dalam interaksi cairan ionik dengan lipid, rantai asil menjadi tidak teratur, memaksa transformasi dari bilayer
subgel menjadi susunan silinder heksagonal (HII) tanpa melewati perantara L-beta, L-beta', atau L-alpha. formulir.
9
Selain itu, struktur pengepakan rantai asil (juga dikenal sebagai subsel) untuk DPPC di EAN ditemukan lebih besar daripada subsel DPPC di air. Implikasi
8
pengamatan dalam EAN ini mungkin bahwa fase gel yang diamati dalam air merupakan karakteristik interaksi air dengan lipid, namun bukan karakteristik
9
cairan ionik; fase gel mungkin hanya merupakan fase metastabil. Dalam kasus adanya cairan ionik, subsel DPPC yang lebih besar memungkinkan susunan
Heksagonal yang stabil secara termodinamika menjadi fase kristal cair suhu tinggi.
Bukti transisi fase ini ditunjukkan di bawah dalam termogram kalorimetri pemindaian diferensial berikut. Dalam (a) DPPC di EAN mengalami transisi dari Lc
ke H-alpha atau beberapa fase non lamelar. (b) Pendinginan awal menghasilkan transisi dari fase non lamelar ke fase gel. Tidak mungkin bahwa selama
pendinginan proses tersebut akan menghasilkan pembentukan fase Lc. (c) Pemanasan ulang menghasilkan transisi dua fasa yang mungkin terjadi dari Lc
ke fasa L-alfa dan kemudian dari L-alfa ke fasa susunan heksagonal.
9
Gambar 1.7.5 : Kurva DSC dispersi multilamelar DPPC di EAN (a) pemanasan pertama, (b) pendinginan (c) pemanasan ulang
Formasi Kristal Cair

Pembentukan kristal cair DSPC dengan adanya cairan ionik total EAN dapat dilihat dengan mikroskop polarisasi. Dalam 1:1
campuran DSPC dan EAN dimikrograf pada kisaran 57 hingga 100 derajat C. Dalam kisaran ini mikrograf menunjukkan tekstur
9
garis-garis berminyak. Di bawah suhu terukur sebesar 56,7 derajat, garis-garis berminyak tampak seperti kumpulan sudut yang kaku.
9
Gambar 1.7.6 : Mikrograf DSPC - EAN (campuran 1:1), T=57.6 C. Perhatikan penampakan "garis berminyak"
9
Gambar 1.7.7 : Mikrograf DSPC - EAN (campuran 1:1), T=56,1 C. Perhatikan kenampakan ikatan kaku
Bukti transisi dua fase ini serupa dengan transisi kristal-gel-cair atau gangguan keteraturan yang terkenal yang diamati dalam campuran lesitin-air.
Ringkasan
Tiga klasifikasi utama lingkungan non-air yang dapat diterapkan pada studi lipid adalah pelarut organik, pelarut kering, dan garam
ionik murni. Masing-masing lingkungan ini memberikan wawasan tentang perilaku lipid dalam ketiadaan air, memberikan informasi
berharga mengenai pentingnya air pada struktur lipid. Pelarut organik umumnya digunakan untuk melarutkan lipid. Dalam kasus
beberapa pelarut, seperti alkohol, pelarut dapat menggantikan air dalam ruang fluida antar lipid, sehingga mempengaruhi interaksi
dan jarak antar lapisan ganda lipid. Pelarut kering bisa berbentuk gula kering dan molekul lainnya. Gula ini berfungsi untuk
melindungi membran lipid dengan mencegah fusi melalui interaksi ikatan hidrogen dengan gugus kepala hidrofilik fosfolipid. Garam
leburan digunakan untuk menentukan pengaruh interaksi ionik murni tanpa adanya ikatan hidrogen. Masing-masing lingkungan ini
digunakan untuk membuat sistem model sederhana untuk mempelajari perubahan fasa, struktur bilayer, perilaku termal, dan gaya
interaksi antar bilayer. Penerapan praktis dari studi lingkungan ini sangat banyak, termasuk pelestarian membran lipid sel selama
7
pengeringan/rehidrasi.
Referensi
1. Lipid | Mikrobiologi. https://courses.lumenlearning.com/mi...hapter/lipids/. Diakses 15 Mei 2019.
2. Lis, LJ;Tamura-Lis W. Struktur dan Mekanisme Transisi Fase Lipid pada Media Nonaqueous : Dipalmitoylphosphatidylcholine
dalam Fused Salt. 1987;(6):4625-4627. doi:10.1021/j100301a039
3. McDaniel RV., McIntosh TJ, Simon SA. Substitusi nonelektrolit untuk air dalam lapisan ganda fosfatidilkolin. BBA - Biomembr.
1983;731(1):97-108. doi:10.1016/0005-2736(83)90402-9 4.Simon
SA, McIntosh TJ. Pengemasan rantai hidrokarbon interdigitasi menyebabkan perilaku transisi bifasik dalam suspensi lipid/alkohol.
BBA - Biomembr. 1984;773(1):169-172. doi:10.1016/0005-2736(84)90562-5
5. McIntosh TJ, McDaniel RV., Simon SA. Induksi fase gel interdigitasi dalam lapisan ganda fosfatidilkolin terhidrasi penuh.
BBA - Biomembr. 1983;731(1):109-114. doi:10.1016/0005-2736(83)90403-0
6. Crowe, Lois M.;Womersley, Christopher;Crowe, John H.; Reid, David; Banding, Lori; Rudolph A. Pencegahan fusi dan
kebocoran liposom kering beku oleh karbohidrat. Biokimia. 1986;861:131-140.
7. Crowe JH, Crowe LM, Tukang Kayu JF, Wistrom CA. REVIEW ARTICLE Stabilisasi lapisan ganda fosfolipid kering dan protein
oleh gula. Biokimia J. 1987;242:1-10. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/art...00261-0011.pdf.
8. Leary TJC, Levin IW. Pengaruh pelarut pada struktur biomembran: Investigasi spektroskopi Raman terhadap
dipalmitoylphosphatidylcholine yang tersebar dalam N-etilammonium nitrat. J Fisika Kimia. 1984;88(18):4074-4078.
doi:10.1021/j150662a044
9. Evans DF, Kaler EW, Benton WJ. Kristal cair dalam garam yang menyatu: .beta.,.gamma.-distearoylphosphatidylcholine dalam
N-etilammonium nitrat. J Fisika Kimia. 1983;87(4):533-535. doi:10.1021/j100227a003
1.7: Lipid di Lingkungan Non-Berair dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
GAMBARAN UMUM BAB
2: Membran - Lipid Agregat

Membran biologis terdiri dari lapisan ganda fosfolipid dengan protein tertanam, integral, dan perifer yang digunakan dalam komunikasi dan transportasi
bahan kimia dan ion. Sebagian besar lipid dalam membran sel menyediakan matriks cairan bagi protein untuk berputar dan berdifusi ke samping untuk
fungsi fisiologis. Protein beradaptasi dengan lingkungan fluiditas membran tinggi dari lapisan ganda lipid dengan adanya cangkang lipid annular, yang terdiri
dari molekul lipid yang terikat erat pada permukaan protein membran integral.

2.2: Asimetri Membran
2.3: Kelengkungan Membran
2.4: Kompresibilitas Membran 2.5:

Tegangan Permukaan dan Tegangan Garis
2.6: Vesikel
2: Membran - Lipid Agregat dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1

Pada tahun 1972, Singer dan Nicolson [1], mengusulkan model mosaik fluida untuk membran sel, yang memandang seluruh membran sebagai sistem dinamis yang
terus berubah. Sejak itu, dinamika membran sel dipelajari secara ekstensif dan telah menunjukkan bahwa membran berada dalam fluks yang lebih besar daripada
yang diklaim oleh model mosaik fluida. Membrannya tidak homogen, dengan beberapa bagian mengubah posisi dan komposisinya lebih cepat dibandingkan bagian
lain. Protein dimasukkan dan diinternalisasi ulang, rakit terbentuk dan larut, sitoskeleton direnovasi, dan membran itu sendiri mengubah ketebalan dan
kelengkungannya. Bersama-sama, semua gangguan ini disebut fluktuasi membran.
Komposisi Membran
Untuk memahami fluktuasi yang terjadi di dalam suatu membran, diperlukan gambaran singkat tentang komponen-komponen membran.
Membran terdiri dari lapisan ganda fosfolipid. Lapisan ganda ini dapat diibaratkan sebagai lautan, tempat protein-protein mengapung. Protein dapat disisipkan pada
keduanya atau pada satu lapisan membran. Juga di dalam membran, terdapat molekul sterol, yang menambah kekakuan. Di bagian dalam, membran didukung oleh
jaringan sitoskeletal, yang sebagian besar terdiri dari aktin (Gambar 2.1.1 ).
Gambar 2.1.1 : Organisasi umum membran sel. (Hak Cipta; penulis melalui sumber)
Rakit Lipid
Membrannya tidak homogen; penuh dengan rakit, atau area lipid yang berada dalam keadaan cair, yang lebih teratur dibandingkan area sekitarnya. Rakit ini penting
karena beberapa alasan; mereka lebih tebal daripada membran dengan urutan lebih rendah, dan ada protein transmembran yang hanya muat di rakit yang lebih
tebal ini [2]. Rakit ini dapat bertindak sebagai alat untuk memusatkan protein pada suatu area membran.
Gambar 2.1.2 : Representasi rakit lipid. Wilayah 1 adalah bilayer normal, wilayah 2 adalah rakit. 3 dan 4 adalah protein transmembran, masing-masing ditempatkan
di dalam dan di luar rakit. 5 menunjukkan glikosilasi protein, 7 adalah kolesterol, dan 8 adalah lipid terglikosilasi.
Gambar 2.1.3 : Difusi protein rakit vs protein non-rakit. Polanya yang serupa menunjukkan bahwa rakit tersebut bersifat dinamis.
Studi tentang laju difusi protein rakit versus protein non-rakit menunjukkan bahwa rakit berdifusi pada kecepatan yang sama dengan protein
transmembran non-rakit (Gambar 3). Hal ini menunjukkan bahwa rakit tersebut sangat kecil, dan ukurannya mirip dengan protein transmembran.
Protein
Protein Transmembran
Ada banyak protein yang tertanam di membran. Protein-protein ini terus didaur ulang, dengan protein baru dikirimkan melalui vesikel. Biasanya, protein
transmembran akan disintesis di retikulum endoplasma kasar (rER) dan kemudian diangkut dalam vesikel berlapis clathrin ke membran sel. Vesikel
menyatu dengan membran, dan protein menjadi bagiannya. Fusi vesikel adalah proses utama remodeling membran.
Protein Remodeling Membran Ada
sejumlah protein yang dapat merombak membran. Salah satunya dikenal sebagai BAR (Gambar 4) Protein ini memiliki kelengkungan bawaan, yang
memungkinkannya merasakan kelengkungan membran dan menginduksi kelengkungan lebih lanjut dengan cara mengikat. Ketika beberapa subunit
berikatan dengan membran, mereka dapat menyebabkan tubulasi.
Gambar 2.1.4 : Aksi protein BAR pada membran. Y.Yin, A.Arhipov, K.Schulten. Struktur, 17.882-892(2009)
Jaringan Aktin
Membran sel melekat pada sitoskeleton, yang sebagian besar terdiri dari aktin [3], (Gbr.5, 6). Aktin sendiri merupakan polimer dinamis
yang melakukan depolimerisasi dan polimerisasi, bergantung pada konsentrasi monomer. Aktivitas ini dikontrol dengan ketat dan
sangat penting untuk mobilitas, fagositosis, dan sebagian besar proses yang memerlukan remodeling membran skala besar. Dengan
menumbuhkan aktin pada titik tertentu di dalam sel, membran dapat dibuat untuk menumbuhkan tonjolan, yang dapat digunakan untuk
menelan partikel asing atau bergerak.
Gambar 2.1.5 : Gambar confocal sel BV2. Sel ditransfeksi dengan probe terkonjugasi RFP spesifik aktin. Perhatikan konsentrasi yang lebih tinggi di sekitar
membran sel.
Gambar 2.1.6 : Gambar fluoresen F-aktin pada fibroblas tikus
Fluktuasi Lapisan ke Lapisan Sangat
tidak menguntungkan secara energetik bagi lipid dari satu lembaran membran untuk berpindah ke lembaran lainnya. Namun, ini adalah proses yang diperlukan
untuk remodeling membran dan hal ini memang terjadi. Sekelompok enzim, yang dikenal sebagai flippases, membantu pembalikan lipid ini [4]. Sejumlah flippase
telah diidentifikasi [5], namun mekanismenya masih belum jelas.
Tonjolan dan Pembengkokan

Lipid dapat bergerak kesamping di dalam membran, atau dapat menonjol keluar dari membran. Jika mereka membentuk tonjolan,
maka dapat dideteksi dengan hamburan neutron (Gambar 7) Pembengkokan membran dianggap penting dalam agregasi clathrin
menggunakan metode komputasi [6].
Referensi
1. Penyanyi SJ, Nicolson GL (Februari 1972). "Model mosaik fluida dari struktur membran sel". Sains 175 (4023): 720– 31 2.
Jérémie Rossy, Yuanqing Ma, Katharina Gaus, "Organisasi membran sel: apakah protein mengatur lipid?", Saat ini
Opini dalam Biologi Kimia, Volume 20, Juni 2014, Halaman 54-59, ISSN 1367-5931
3. Mithilesh Mishra, Junqi Huang, Mohan K. Balasubramanian, "The yeast actin cytoskeleton" Ulasan Mikrobiologi FEMS Mar
2014, 38 (2) 213-227;
4.Bretscher, MS. (1972). "Struktur bilayer lipid asimetris untuk membran biologis." Nature New Biology 236:11-12 5. Islam,
ST dan Lam, JS (2013), "Translokasi membran yang dimediasi flippase Wzx dari prekursor polimer gula pada bakteri.
Mikrobiologi Lingkungan", 15: 1001–1015
6. Cordella, Nicholas dkk. “Fluktuasi Membran Mengganggu Kestabilan Urutan Kisi Protein Clathrin.” Jurnal Biofisika 106.7
(2014): 1476–1488
2.1: Fluktuasi Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
2.2: Asimetri Membran

Tujuan dari membran biologis adalah untuk menciptakan kompartemen yang sesuai untuk fungsi biologis tertentu. Membran biologis mencakup lapisan ganda lipid
yang berfungsi sebagai penghalang permeabel selektif untuk menghasilkan lingkungan internal, serta protein yang berpartisipasi dalam transportasi molekuler,
katalisis, sinyal, pengenalan sel-sel dan pembentukan sambungan, dan kepatuhan terhadap ruang ekstraseluler. Biomembran juga menjalankan fungsi penting
dalam transduksi sinyal dan pembentukan (de) vesikel [1].
Membran asimetris tidak memiliki keseragaman dalam komposisi dan distribusi molekul, dan secara struktural memiliki tingkat kelengkungan daun yang bervariasi.
Derajat asimetri mencakup rentang yang luas karena asimetri adalah setiap deviasi dengan proporsi 50:50 ketika membandingkan dua permukaan [2]. Asimetri
dapat terjadi pada kedua sisi membran biologis ketika selebaran dalam dan luar memiliki arsitektur molekuler yang berbeda. Satu selebaran menunjukkan asimetri
(asimetri transversal) ketika komponen molekul tidak terdistribusi secara homogen. Pemisahan fase adalah salah satu contoh paling sederhana dari asimetri
membran transversal (Gambar 2.2.1 ).
Rakit lipid adalah contoh spesifik dari asimetri membran. Mereka adalah daerah lateral bilayer dengan komposisi lipid spesifik yang terlibat dalam perdagangan lipid
dan mengandung protein yang berpartisipasi dalam berbagai fungsi biologis. Beragamnya variasi lipid, sterol, dan protein terkait membran berevolusi sesuai dengan
beragam bentuk asimetri membran. Hilangnya asimetri membran fisiologis dalam sel merugikan dan sering mengakibatkan kematian sel [18].
Gambar 2.2.1 . Transisi fase yang berbeda dari lipid yang berbeda membentuk dasar rakit lipid.
Wiki ini menjelaskan secara singkat karakteristik komponen molekul lapisan ganda membran. Kontribusi lipid, sterol, dan protein terhadap asimetri membran
tercermin dalam contoh spesifik. Bagian terakhir mengakui beberapa teknik yang digunakan untuk menilai keberadaan dan derajat asimetri membran.
Lemak
Fosfolipid
Dari perspektif sejarah, asimetri lipid pertama kali ditemukan pada membran plasma eritrosit, yang telah banyak digunakan sebagai model membran biologis [3].
Komposisi fosfolipid pada lapisan luar membran eritrosit kaya akan sfingomielin dan fofatidilkolin (PC). Sebaliknya, daun bagian dalam diperkaya dengan
fosfatidletanolamin (PE), fosfatidilinositol (PI), dan fosfatidilserin (PS), yang kesemuanya membentuk lapisan ganda yang lebih cair dibandingkan fosfolipid pada
daun bagian luar [8] (Gambar 2.2.2 ). Lebih lanjut, PS dan PI pada selebaran bagian dalam membawa muatan negatif yang berinteraksi dengan residu bermuatan
positif di dekat ujung sitoplasma domain transmembran protein membran simgle-pass. Dalam beberapa kasus, spesies fosfolipid yang sama dapat memiliki rantai
asil yang berbeda dibandingkan dengan daun yang berlawanan [4, 18].
Hebatnya, translokasi fosfolipis untuk mempertahankan asimetri dalam lapisan ganda lipid adalah proses aktif yang dilakukan oleh flippase dan floppases melalui
hidrolisis ATP [18].
Gambar 2.2.2 . Distribusi fosfolipid pada selebaran membran eritrosit manusia (Dari: Fujimoto & Parmryd, Front.
Pengembangan Sel. Biol., 4:155, 2017).
Saat ini, diketahui bahwa lipid membran bertanggung jawab atas bentuk sel secara keseluruhan. Muatan dan ukuran kelompok kepala serta jumlah, panjang
dan saturasi rantai asil merupakan faktor penting yang menentukan simetri membran. Misalnya, kelompok kepala yang besar dan bermuatan lebih cenderung
membentuk struktur melengkung. Di sisi lain, lipid yang tidak bermuatan dengan rantai asil yang lebih panjang dan gugus kepala yang lebih kecil cenderung
tidak membentuk struktur melengkung (Gambar 2.2.3 ). Dengan demikian, pengayaan lipid spesifik secara lokal dapat menginduksi kelengkungan dan domain
yang berbeda [5]. Molekul lipid cenderung berkelompok secara termodinamika dengan molekul yang memiliki panjang ekor dan saturasi yang sama sehingga
menyebabkan pemisahan fase dan domain di dalam membran.
Phophatidylserine (PS) pada selebaran luar menggambarkan pentingnya biologis menjaga asimetri membran. Fosfolipid ini umumnya ditemukan di bagian
dalam selebaran, namun flippase diketahui mengkatalisis translokasi PS dari bagian dalam ke bagian luar selebaran [6]. PS pada permukaan ekstraseluler
diketahui memicu jalur sinyal melalui aktivasi protein ADAM, yang membelah protein transmembran yang terlibat dalam pertumbuhan sel dan homeostasis. PS
ekstraseluler berfungsi sebagai penanda pada sel apoptosis untuk difagosit dan ikut serta dalam aktivasi trombosit. Cacat pada translokasi PS ke selebaran
luar dapat menyebabkan penyakit seperti sindrom Scott, dimana suatu enzim, scramblase, gagal melakukan traslokasi PS ke selebaran luar sebagai bagian
dari aktivasi plateler [7].
Sebaliknya, Neo1, sebuah P4-ATPase, adalah floppase yang baru-baru ini ditemukan mempertahankan asimetri membran yang mentranslokasi PS dan
fosfatidletanolamin (PE) ke selebaran bagian dalam dalam ragi [8]. Selain itu, translokasi PS ke selebaran luar terjadi pada adhesi eritrosit, pembentukan
myotube serta apoptosis, pengenalan sel yang akan difagosit oleh makrofag, dan keganasan sel tumor [18].
Asal usul asimetri lipid terletak pada organel jalur sekretorik sel [9]. Retikulum endoplasma dan aparatus Golgi mensintesis dan memasukkan fosfolipid secara
khusus ke dalam salah satu selebaran. Fosfogliserida, seperti fosfatidilkolin, ditranslokasi ke selebaran yang berlawanan melalui flippase dan floppases melalui
hidrolisis ATP.
transisi dan . Sifat lipid intrinsik masing-masing menyebabkan kelengkungan nol, positif, atau negatif. Jenis lipid memiliki fase yang berbeda. Gambar 2.2.3
preferensi interaksi. Contoh masing-masing jenis tercantum di bawah representasi.
Seperti disebutkan sebelumnya, fosfolipid bukan satu-satunya penyebab asimetri membran. Lipid, karbohidrat, dan protein lainnya juga mempunyai peran penting
dalam mengubah fase dan bentuk membran.
Sterol: Kolesterol
Sterol adalah hidrokarbon berbasis isoprenoid empat cincin yang memodulasi fluiditas lapisan ganda lipid dalam sel eukariotik [9]. Di antara sterol, kolesterol
ditemukan dalam membran plasma sel hewan dan merupakan salah satu sterol yang paling baru berevolusi (Gambar 2.2.4 ). Kolesterol bersifat amfipatik karena
sebagian besar bersifat hidrofobik, tetapi juga mempunyai gugus hidroksil hidrofilik.
Angka 2.2.4 . Contoh sterol dalam lapisan ganda lipid sel eukariotik (supl. ref.)
Kolesterol dapat dianggap sebagai moderator keteraturan dalam lapisan ganda lipid yang menyebabkan asimetri membran. Melalui kepalanya yang besar dan
ekornya yang panjang, kolesterol mampu mengganggu fase gel dan mengatur fase cair lipid [10]. Kehadiran kolesterol mencegah fosfolipid berada terlalu dekat
satu sama lain, sehingga menjaga fluiditas membran.
Demikian pula, kolesterol memberikan dukungan struktural pada lapisan ganda. Kehadiran kolesterol menyangga Tm (Suhu Transisi) (Gambar ) [9]. Pada rakit
lipid yang berada dalam fase
ikatan
gel, gugus kepala polar pada kolesterol berikatan dengan gugus amino 2.2.5 pada sfingomielin. Ikatan ini mencegah pembentukan
H antara air dan kolesterol, yang akan meningkatkan gangguan.
Kolesterol juga mampu mengatur fase cair dalam fosfolipid jenuh lipid rantai panjang dalam domain membran. Selain itu, kolesterol baru-baru ini dilaporkan
menjadi faktor yang menghambat translokasi PS ke selebaran luar pada eritrosit manusia, mungkin melalui penghambatan scramblase PLSCR1. Mencegah
translokasi PS ke permukaan ekstraseluler penting untuk menjaga asimetri membran mengenai komposisi fosfolipid [11].
Gambar 2.2.5 . Sterol mampu memodulasi urutan lapisan ganda lipid. Baik fase gel maupun fase cair tidak teratur
dimediasi menuju fase cair yang dipesan.
Peran fungsional protein membran dan karbohidrat merupakan faktor lain yang mempengaruhi asimetri membran.
Protein dan karbohidrat terkait dengan konsep yang telah dibahas sebelumnya karena mereka berinteraksi secara istimewa dengan kelompok kepala dan ekor
lipid yang berbeda.
Karbohidrat: Lektin Karbohidrat
terikat pada permukaan luar membran plasma [3]. Distribusi karbohidrat yang asimetris ini berkaitan dengan fungsinya pada permukaan sel, seperti adhesi dan
pengenalan antar sel, serta penjangkaran seluler ke matriks ekstraseluler. Lektin membentuk sekelompok protein pengikat gula yang berpartisipasi dalam
pengenalan sel. Lektin mengikat karbohidrat yang menempel pada protein yang terikat membran. Glukosa, manosa, galaktosa, N-asetil galaktosamin, asam sialat,
dan fukosa merupakan ligan lektin yang paling sering muncul.
Rakit Lipid
Membran biologis juga memiliki asimetri lateral, yang terbukti ditunjukkan oleh rakit lipid -wilayah selebaran luar yang terlibat dalam
fungsi tertentu seperti perdagangan lipid dan sinyal. Gagasan tentang “rakit” lipid, atau domain berbeda di dalam membran, telah
diusulkan sebagai cara untuk mengatur fungsi membran secara spasial dan temporal [12]. Secara teoritis, pembentukan rakit
menguntungkan secara termodinamika. Untuk memaksimalkan eksklusi air dan meningkatkan entropi, rantai asil dengan panjang
yang sama berinteraksi satu sama lain. Demikian pula, protein transmembran (TM), bergantung pada panjang domain TM-nya, juga
lebih disukai berinteraksi dengan rantai asil dengan panjang yang sama. Pencocokan rantai hidrofobik dan domain TM menurunkan
entalpi yang bahkan lebih menguntungkan. Pemisahan lipid secara termodinamika menghasilkan pemisahan fasa di seluruh
membran. Diameter rakit lipid rata-rata berdiameter 50nm (kisaran: 10-100nm) [4,9].
Rakit lipid diperkaya dengan glikosfingolipid dan kolesterol, terutama memiliki rantai asil jenuh. Akibatnya, rakit lipid berada dalam keadaan cair (Lo), dan lebih
tebal daripada lapisan ganda lainnya. Keunikan komposisi molekul rakit lipid konsisten dengan keragaman fungsinya [4]. Faktanya, sel terpolarisasi diketahui
memiliki domain khusus, seperti sel epitel yang memiliki daerah apikal dan basolateral. Contoh lain datang dari virus, yang hanya mengenali dan menempel pada
daerah non-acak tertentu di membran sel inang [4]. Selain itu, hanya domain membran tertentu yang dapat berpartisipasi dalam fusi sel-sel. Terakhir, rakit lipid
dapat dianggap sebagai platform pensinyalan karena proteinnya umumnya terlibat dalam penerimaan dan transduksi sinyal ekstraseluler [9].
Domain Protein dan Membran

Protein didistribusikan secara asimetris melintasi membran biologis sesuai dengan fungsi berbeda yang dilakukan pada permukaan sitoplasma dan ekstraseluler
membran [3]. Protein transmembran memiliki topologi spesifik, yang diatur pada saat sintesisnya. Akibatnya, domain sitoplasma dan ekstraseluler dapat memiliki
struktur dan fungsi yang berbeda. Sebagian besar domain ekstraseluler dari protein transmembran terglikosilasi (glikoprotein), dan rantai karbohidrat dihubungkan
dengan serin, treonin, dan asparagin, sedangkan lipoprotein mempunyai lipid yang melekat. Protein membran perifer terikat pada membran plasma melalui
interaksi elektrostatik dengan lipid, protein membran, atau keduanya. Dalam sel hewan, sebagian protein membran perifer dihubungkan ke membran melalui rantai
asil Glukosil-fosfatidil-inositol (GPI) pada selebaran luar, dan memiliki peran penting dalam transduksi sinyal. Pada lembaran bagian dalam, protein membran
terutama terikat pada lipid seperti asam miristat, asam palmitat, dan rantai asam hidrofobik terprenilasi [3,4].
Protein BAR
Meskipun banyak protein terdistribusi secara asimetris untuk berpartisipasi dalam jalur sinyal dan proses katalitik, beberapa protein lain memiliki peran struktural
dalam mempertahankan bentuk sel. Mungkin contoh terbaik dari pengaruh protein terhadap kelengkungan membran adalah protein domain Bin-amphiphysin-Rvs
(BAR) [13]. Domain BAR terlihat dalam banyak konteks biologis penting termasuk pertumbuhan vesikel dan eksosom. Tidak mengherankan jika protein yang
mengandung domain BAR termasuk yang paling dilestarikan dalam biologi. Domain BAR adalah dimer berbentuk pisang yang merasakan dan menginduksi
kelengkungan membran (Gambar 2.2.6 ). Mereka berinteraksi dengan lipid bermuatan negatif secara elektrostatis dengan residu bermuatan positif di satu sisi
permukaannya, menyebabkan sifat amfipatik dari domain heliks ini.
Gambar 2.2.6 . Efek dari aktivitas BAR bersifat aditif. Sebuah simulasi memvisualisasikan 6 domain BAR bekerja sama seiring waktu untuk membengkokkan a
lapisan ganda lipid.
Studi komputasi pada Gambar di atas penting karena menunjukkan bahwa model aditif sudah benar. Simulasi ini memberikan beberapa bukti pertama bahwa
domain BAR berikatan secara linier sepanjang membran dan efeknya bersifat kooperatif [13].
Heliks amfipatik Protein
spanning membran mempunyai peran yang sangat penting dalam penataan ruang membran. Kelengkungan lokal membran dapat sangat dipengaruhi oleh
penyisipan protein heliks [14]. Hal ini berlaku untuk protein yang berlabuh dan menjangkau membran. Yang pertama biasanya merupakan heliks amfipatik, yang
berarti mereka memiliki permukaan polar dan non-polar. Permukaan non-polar biasanya tertanam dalam membran dan berinteraksi dengan rantai asil hidrofobik
sementara permukaan polar tetap berada di dekat gugus kepala fosfolipid. Penyisipan asimetris semacam ini menginduksi kelengkungan positif pada membran
(Gambar 2.2.7 ).
Gallop 2.2.7 . Contoh penahan heliks amfipatik. Wajah hidrofobik terkubur di dalam ekor asil; permukaan polar tetap terkena pelarut. HT McMahon, JL
Alam 438, 590-596 (2005).
Salah satu cara untuk mempelajari pengaruh protein pada kelengkungan membran adalah dengan memanfaatkan mikroskop cahaya untuk memvisualisasikan
liposom atau vesikel lamelar raksasa (GUV) dengan dan tanpa adanya protein. Dengan metode ini telah ditentukan bahwa heliks yang merentang membran juga
dapat memanipulasi membran. Salah satu mekanisme umum adalah dengan oligomerisasi protein di dalam membran. Contoh manipulasi membran ini terlihat
dalam subdomain spesifik membran dalam mitokondria yang disebut persimpangan krista (CJ). CJ menghubungkan membran batas dalam ke membran krista
tempat terjadinya fosforilasi oksidatif.
CJ adalah membran yang sangat melengkung yang bertanggung jawab atas luas permukaan membran bagian dalam yang besar. Faktanya, Mic10, sebuah
subunit dari situs kontak mitokondria dan sistem pengorganisasian krista, mengoordinasikan kelengkungan CJ melalui oligomerisasi melalui heliks transmembrannya
(15).
.
Gambar 2.2.8 Mic10 mampu melengkungkan lapisan ganda lipid melalui dua motif kaya glisin. Mic10 mampu menyebabkan liposom membentuk struktur
tubulus vs deterjen kontrol (DDM) dan protein (Tim23). Barbot dkk, Metabolisme Sel (2015). Hak Cipta © 2015 Elsevier Inc. Semua hak dilindungi undang-
undang. Ini adalah terjemahan tidak resmi dari artikel yang muncul di publikasi Elsevier. Elsevier tidak mendukung terjemahan ini.
Melalui domain oligomerisasi kaya glisin dalam heliks transmembran, Mic10 mampu merakit sendiri dan melengkungkan membran (). Penghapusan Mic10
(Gambar 2.2.8 memiliki konsekuensi parah pada respirasi karena hilangnya luas permukaan membran.
Memanipulasi asimetri membran Membran pada sel hidup
terbukti bersifat asimetris. Model membran yang digunakan untuk penelitian in vitro sulit menghasilkan bilayer asimetris seperti pada sel hidup [16]. Metodologi yang
didukung lipid bilayer (SLB) adalah salah satu pendekatan pertama yang bertujuan untuk memanipulasi asimetri membran. SLB terdiri dari lapisan ganda lipid yang
diperluas pada penyangga fisik (permukaan), yang dapat berupa padatan, "bantalan" polimer, atau lapisan tunggal yang dirakit sendiri [17]. Selain itu, SLB dapat
ditambatkan ke permukaan, tersuspensi bebas, atau lapisan ganda lipid yang didukung padat dapat menjadi pendukung lapisan vesikuler (Gambar 2.2.9 ). Vesikel
awalnya ditempatkan di permukaan, dan pecah setelah deformasi akibat dukungan. Pada akhirnya lapisan ganda dari vesikel yang pecah menyatu dan membentuk
SLB (Gambar 2.2.10 ). Studi dengan SLB memungkinkan untuk menganalisis komposisi molekul, distribusi molekul, dan kelengkungan membran, yang merupakan
faktor penyebab asimetri membran.
Gambar 2.2.9 . Lapisan ganda lipid yang didukung: Tipe dasar, dan Gambar 2.2.1 0. Pembentukan SLB (Dari: Richter et al, Langmuir, Vol. 22 No. 8, 2006).
Permasalahan seperti interaksi yang tidak diinginkan pada dukungan lapisan ganda, dan fakta bahwa dalam beberapa kasus lapisan ganda yang didukung
menjadi tidak bergerak sama sekali, menyebabkan kesulitan dalam mengontrol asimetri membran [16]. Ditambah lagi, sebagian besar penelitian dengan SLB
telah menggunakan vesikel dengan komposisi simetris di kedua selebaran [18]. Ada pendekatan baru yang sedang berlangsung dalam beberapa tahun
terakhir yang bertujuan untuk secara khusus memanipulasi asimetri membran. Metodologi ini mencakup bilayer antarmuka tetesan, teknik emulsi terbalik,
serta pertukaran katalis metil-beta-siklodekstrin. Pendekatan yang terakhir pada dasarnya terdiri dari pengangkutan fosfolipid dari lembaran luar liposom
donor ke dalam lembaran luar liposom akseptor [19]. Metode ini mampu menghasilkan liposom asimetris dalam rentang diameter yang luas, dan dianggap
sebagai metode yang mudah untuk mentransfer fosfolipid anionik seperti PS ke selebaran luar lapisan ganda lipid, sehingga menyerupai asimetri membran
membran biologis. Dalam beberapa tahun terakhir, telah dimungkinkan untuk melakukan studi kuantitatif pada tingkat flip/flop lipid, memberikan kemungkinan
baru untuk analisis komposisi molekul dan distribusi membran biologis [18].
Referensi
1. Brown, DA, & London, E. (1998). Fungsi rakit lipid dalam membran biologis. Tinjauan tahunan sel dan perkembangan
biologi, 14(1), 111-136.
2. Fujimoto, T., & Parmryd, I. (2016). Kopling Interleaflet, Penyematan, dan Asimetri Leaflet—Pemain Utama dalam Plasma
Pembentukan Nanodomain Membran. Perbatasan dalam sel dan biologi perkembangan, 4.
3. Masih baik, W. (2013). Pengantar membran biologis: dari lapisan ganda hingga rakit. 1e. Pers Akademik. Elsevier. 367 hal.
4. Luckey, M. (2014). Biologi struktural membran: dengan dasar biokimia dan biofisik. 2e. Universitas Cambridge
Tekan. 411p.
5. Lebih Keras, T., Scheiffele, P., Verkade, P., & Simons, K. (1998). Struktur domain lipid dari membran plasma diungkapkan oleh
menambal komponen membran. Jurnal biologi sel, 141(4), 929-942.
6. Sommer, A., Bhakdi, S., & Reiss, K. (2016). Bagaimana asimetri membran mengatur fungsi sheddase ADAM17. Siklus sel,
15(22), 2995.
7. Zwaal, RF, Comfurius, P., & Bevers, EM (2004). Sindrom Scott, kelainan perdarahan yang disebabkan oleh kerusakan pengacakan membran
fosfolipid. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) -Biologi Molekuler dan Sel Lipid, 1636(2), 119-128.
8. Takar, M., Wu, Y., & Graham, TR (2016). Protein Neo1 esensial dari ragi yang sedang tumbuh berperan dalam membentuk asimetri
aminofosfolipid pada membran plasma. Jurnal Kimia Biologi, 291(30), 15727-15739.
9. Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C., Krieger, M., Bretscher, A., Ploegh, H., Amon, A., Scott, M. (2013). Biologi sel molekuler .
7e. New York: Buku Ilmiah Amerika. 1154p.
10. Bacia, K., Schwille, P., & Kurzchalia, T. (2005). Struktur sterol menentukan pemisahan fase dan kelengkungan fase tatanan cair dalam model
membran. Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat, 102(9), 3272-3277.
11. Arashiki, N., Saito, M., Koshino, I., Kamata, K., Hale, J., Mohandas, N., ... & Takakuwa, Y. (2016). Fungsi yang tidak dikenali
kolesterol: mengatur mekanisme mengendalikan asimetri fosfolipid membran. Biokimia, 55(25), 3504-3513.
12. Risselada, HJ, & Marrink, SJ (2008). Wajah molekul rakit lipid dalam membran model. Prosiding Nasional
Akademi Ilmu Pengetahuan, 105(45), 17367-17372.
13. Arkhipov, A., Yin, Y., & Schulten, K. (2008). Deskripsi empat skala pemahatan membran oleh domain BAR. Jurnal biofisik, 95(6), 2806-2821.
14. Zimmerberg, J., & Kozlov, MM (2006). Bagaimana protein menghasilkan kelengkungan membran sel. Ulasan alam Sel molekuler
biologi, 7(1), 9-19.
15. Barbot, M., Jans, DC, Schulz, C., Denkert, N., Kroppen, B., Hoppert, M., ... & Meinecke, M. (2015). Mic10 mengalami oligomerisasi
untuk membengkokkan membran dalam mitokondria di persimpangan krista. Metabolisme sel, 21(5), 756-763.
16. Purdie, JA, & Sanderson, JM (2016). Penyetelan Asimetri Membran. Jurnal Biofisika, 110(3), 85a.
17. Richter, RP, Berat, R., & Brisson, AR (2006). Pembentukan lapisan ganda lipid yang didukung padat: pandangan terintegrasi. Langmuir,
22(8), 3497-3505.
18. Marquardt, D., Geier, B., & Pabst, G. (2015). Membran lipid asimetris: menuju sistem model yang lebih realistis. Membran,
5(2), 180-196.
19. Markones, M., Zorzin, C., Kalie, L., Fiedler, S., & Heerklotz, H. (2017). Asimetri Membran Tuning: Penyerapan Terkendali
Lipid Bermuatan Negatif ke dalam Selebaran Luar Liposom. Jurnal Biofisika, 112(3), 43a.
Referensi tambahan: Faller, R.,
Kuliah: Dasar-dasar membran dan lipid. Dalam: Biologi Membran, UC Davis. 11 April 2017.
2.2: Asimetri Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Terdapat berbagai macam bentuk kompleks sel dan organel sel yang ditemukan di alam, dan memahami fungsi morfologi serta cara pembentukannya merupakan
pertanyaan sekaligus tantangan yang menarik. Misalnya, sel tanpa membran internal, seperti sel prokariotik dan eritrosit dapat mengambil bentuk berbeda yang
sesuai dengan tujuannya. Spirochetes, sejenis bakteri, memiliki bentuk pembuka botol yang mungkin merupakan keuntungan untuk penetrasi dan pengemasan ke
dalam sel inang, sementara bentuk eritrosit yang berbentuk cakram bikonkaf memberikan rasio permukaan-volume yang optimal untuk pertukaran oksigen antara
hemoglobin dan media luar. [4].
Terdapat perbedaan lokal yang signifikan dalam kelengkungan membran bahkan dalam satu sel dengan membran internal yang memberikan organel antar sel
berbagai bentuk. Membran plasma, membran organel Golgi, endosom dan retikulum endoplasma (ER), seperti terlihat pada Gambar 2.3.1 semuanya memiliki
,
kelengkungan yang bervariasi dan kelengkungan membrannya secara teratur mengalami remodeling dinamis untuk fungsi spesifiknya [1]. Bentuk yang ditentukan
oleh kelengkungan membran antar sel Golgi dan ER, misalnya, memaksimalkan luas permukaan sekaligus menjaga volume internal tetap rendah, yang
memungkinkan perdagangan protein masuk dan keluar organel ini secara efisien dan cepat [4].
Gambar 2.3.1 Perbedaan lokal kelengkungan membran dalam sel [1].
Konformasi (Kelengkungan dan bentuk) membran seluler atau antar sel yang terdiri dari lapisan ganda fosfolipid semi permeabel dimodulasi secara aktif oleh
interaksi antara fosfolipid, kolesterol, dan protein. Penting bagi organisme hidup untuk mengatur kelengkungan membran karena hal ini memungkinkan sel dan
organel mengambil bentuk tertentu yang sesuai dengan fungsi dan prosesnya, seperti endositosis. dan eksositosis bergantung, yang sangat penting dalam
organisme hidup, pada remodeling membran untuk mempertahankan kehidupan dan kegagalan fungsi sistem pengaturan dapat menyebabkan penyakit serius [2,
3].
Definisi kelengkungan
Membran biologis umumnya digambarkan sebagai permukaan dua dimensi, yang mencakup ruang tiga dimensi. Ada dua kelengkungan yang mencirikan bentuk
membran pada setiap titik dalam ruang, dan secara matematis disebut kelengkungan utama dan dinyatakan sebagai c dan c [4]. Kelengkungan ini sama dengan
nilai kebalikan dari jari-jari kelengkungan dan
1 Gambar
2 2.3.2 menunjukkan bagaimana jari-jari tersebut ditentukan. Dua kombinasi kelengkungan yang berbeda
digunakan untuk menggambarkan bentuk membran. Salah satunya adalah sebagai kelengkungan total,
J = c1 +c2 (2.3.1)
dan yang lainnya adalah kelengkungan Gaussian
K = c1 ×c2. (2.3.2)
Bentuk dasar membran dan kelengkungan total serta kelengkungan Gaussian yang sesuai ditunjukkan pada Gambar 2.3.3 [4]. Total
kelengkungan adalah ukuran dalam hal "kelengkungan", torsi dan arahnya serta memperhitungkan ruang 2 dan 3 dimensi
sedangkan kelengkungan Gaussian adalah ukuran "kelengkungan" yang ditampilkan permukaan dan merupakan sifat intrinsik membran, yang
Artinya ukuran ini tidak berubah selama permukaannya tidak diregangkan dan dikompresi [4].
Gambar 2.3.2 Menentukan kelengkungan membran [4].
Seperti dapat dilihat dari Gambar, 2.3.3,

kelengkungan bisa positif atau negatif. Untuk membran sel, kelengkungan positif atau negatif adalah
ditentukan oleh arah kurva menuju atau menjauh relatif terhadap kompartemen atau volume yang dikandung oleh membran [1]. Positif
kelengkungan membentuk bola sedangkan kelengkungan negatif berada pada arah yang berlawanan, seperti pada leher vesikel yang sedang bertunas.
Teori Helfrich memungkinkan penghitungan energi lentur yang diperlukan untuk menghasilkan kelengkungan ini menggunakan dua kelengkungan utama
nilai, c dan 1c serta modulus
2 , kelengkungan spontan
lentur membran suatu membran,
ÿ (Persamaan 2.3.3c 0, B ) [5].
Kelengkungan spontan bersifat intrinsik pada jenis lipid dan bergantung pada komposisi dan struktur kimianya, lipid berbeda-beda.
lebih memilih kelengkungan yang berbeda seperti yang disebutkan lebih lanjut dalam Bagian 2. Nilai khas untuk modulus lentur membran fosfolipid adalah
-19
sekitar 10 J dan dapat diukur menggunakan teknik yang disebut aspirasi mikropipet.
1 2
Ebend = 2( ÿb
+ ÿc1 c2 c0) (2.3.3)
Gambar 2.3.3 Bentuk dasar membran [4].
Komposisi Lipid
Meskipun banyak protein yang menghasilkan kelengkungan memiliki efek yang lebih besar dalam dinamika membran, komposisi lipid mempengaruhi
kelengkungan karena sifat kimia dari rantai asil lipid atau kelompok kepala yang berbeda mendukung kelengkungan membran yang berbeda [1]. Berdasarkan
kelengkungan yang diinginkan, disebut juga kelengkungan spontan, lipid dapat diklasifikasikan menjadi tiga jenis: tipe 0, tipe I, dan tipe II (Gambar 2.3.4 ).
Lipid tipe 0 seperti fosfatidilkolin (DOPC) tidak menyukai lengkungan dan sering membentuk bilayer datar. Lipid tipe I ditemukan dalam bentuk DOPC yang
dimodifikasi dimana satu residu asam lemak dihilangkan, misalnya lyso-PC [5]. Kelompok kepala mereka yang lebih besar dibandingkan dengan rantai asam
lemaknya yang panjang menyebabkan struktur berbentuk kerucut, menginduksi kelengkungan positif, dan oleh karena itu, pembentukan misel [5]. Karena
gugus kepalanya lebih kecil dibandingkan rantai asam lemaknya yang lebih lebar, lipid tipe II seperti fosfatidletanolamin (PE) lebih menyukai kelengkungan
negatif, dan sering kali membentuk apa yang disebut fase H. II
Gambar 2.3.4 Bentuk molekul lipid dapat menyebabkan kelengkungan spontan pada membran [5].
Dalam membran dengan banyak komponen lipid, lipid dapat merespons kelengkungan dengan berkonsentrasi pada domain kelengkungan yang mereka
sukai [1, 6]. Baumgart dkk. menggunakan vesikel unilamellar raksasa (GUVs) yang tersuspensi bebas, yang terdiri dari campuran terner lipid sphingomyelin,
dioleoylphophatidylcholine (DOPC) dan kolesterol, untuk mengamati secara langsung korelasi antara komposisi domain dan kelengkungan membran lokal.
(Gambar5) Dalam percobaan di sana, mereka mengamati membran lipid dari komposisi ini
fase dipisahkan menjadi fase urutan jarak pendek (L ), yang menyukai kelengkungan yang lebih rendah yang menunjukkan kekakuan membrannya yang lebih tinggi, dan
Hai
fase cair yang tidak teratur (L ), yang Dmenyukai kelengkungan yang lebih tinggi yang menunjukkan kekakuan membrannya yang lebih rendah.
Gambar 2.3.5 Struktur vesikel multikomponen [6].
Protein Membran
Protein dapat menghasilkan kelengkungan membran baik dengan mengangkut lipid melintasi membran atau membentuk templat membran.
Flippase adalah salah satu protein yang diketahui mentransfer lipid dari satu daun ke daun lainnya sehingga menciptakan asimetri membran yang menyebabkan kelengkungan
membran. Ada empat jenis protein yang bertindak sebagai mekanisme untuk membentuk kelengkungan membran: protein transmembran, protein sitoskeletal dan aktivitas
motorik mikrotubulus, protein membran perifer sebagai perancah dan heliks amfipatik yang dimasukkan ke dalam bilayer [1].
Gambar 2.3.6 Mekanisme deformasi membran [1].
Protein transmembran seperti saluran ion, transporter, dan reseptor yang berbentuk kerucut atau kerucut terbalik lebih menyukai lengkungan yang membentuk bentuknya,
menyebabkan membran terkait membengkok. Domain ekstramembran dapat berperan dalam menghasilkan kelengkungan membran bila tidak simetris pada kedua sisi
membran [7, 8]. Membran mungkin membengkok dari sisi dengan domain ekstramembran terbesar untuk menghindari penumpukan protein di satu sisi [8]. Protein
transmembran juga dapat melakukan oligomerisasi dan membentuk kelompok dan membran perancah yang menyebabkan efek lebih besar pada kelengkungan lokal [1, 7].
Pembentukan struktur kelengkungan membran tinggi sering melibatkan perancah makroskopis oleh protein sitoskeletal dan aktivitas motorik mikrotubulus [7]. Sitoskeleton
memiliki peran besar dalam menjaga ketegangan membran yang mempengaruhi bentuk membran dengan menghubungkan ke bilayer secara berkala dan menyediakan
perancah yang mendasarinya [1, 7]. Menarik atau mendorong membran aktif oleh motor molekuler seperti kinesin, dynein dan miosin juga menginduksi reorganisasi membran
dan mendukung beberapa kelengkungan membran yang membentuk organel [7, 9].
Protein membran perifer dapat berinteraksi dengan membran dengan cara seperti perancah [1]. Protein keluarga dinamin, termasuk dinamin klasik dan protein terkait dinamin,
memainkan peran aktif dalam dinamika membran untuk mengkatalisis remodeling membran, seperti pembelahan organel dan invaginasi vesikel [1, 10]. Umumnya, protein
dinamin berinteraksi dengan lipid inositol dan berkumpul menjadi oligomer yang membentuk struktur heliks untuk menginduksi membran tubular. Menariknya, data cryo-EM
menunjukkan bahwa
protein terkait dinamin ragi Dnm1 berkumpul menjadi struktur heliks yang berbeda, dan tes liposom in vitro menunjukkan bahwa Dnm1 menyempitkan membran
sintetis [10]. Data ini selanjutnya mendukung peran protein terkait dinamin ini dalam dinamika membran, khususnya, untuk pembelahan membran mitokondria
[10]. Domain protein hidrofilik oligomerisasi dapat menghasilkan kelengkungan melalui perancah nanoskopik. Misalnya, protein pelapis seperti clathrin, COPI dan
COPII dapat mempengaruhi pembengkokan membran dengan mempolimerisasi menjadi struktur melengkung. Namun, protein ini tidak mempunyai hubungan
langsung dengan membran dan bergantung pada protein adaptor untuk menghubungkannya dengan membran [1, 7]. Contoh lain dari membran perancah
membran perifer adalah melalui domain BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) yang merupakan domain dimerisasi protein yang banyak ditemukan pada protein. Mereka
berbentuk pisang yang memungkinkan mereka untuk berikatan dengan permukaan membran cekung yang bermuatan negatif dan berfungsi sebagai protein
penginderaan kelengkungan.
Gambar 2.3.7 Domain BAR dengan membran kelengkungan rendah dan membran kelengkungan tinggi [1].
Protein dengan heliks amfipatik dimasukkan ke dalam lapisan ganda untuk menginduksi kelengkungan positif [1]. Heliks amfipatik adalah heliks alfa dengan sisi
polar bermuatan dan sisi hidrofobik, sehingga dapat bertindak seperti irisan untuk dimasukkan ke dalam satu selebaran membran. Umumnya, heliks ini tidak
terstruktur sampai dimasukkan ke dalam membran di mana gugus kepala lipid dipindahkan dan rantai asil diorientasikan kembali.
Misalnya, epsin adalah protein yang terlibat dalam pembentukan lubang berlapis clathrin dalam endositosis yang membantu mendorong kelengkungan membran
dengan memasukkan heliks amfipatiknya (Gambar 2.3.8 ) [1].
Gambar 2.3.8 Heliks amfipatik dan kelengkungan membran [1].
Fungsi Renovasi Membran Dinamis

Pembentukan dan pemeliharaan kelengkungan sangat penting dalam kehidupan eukariotik karena mereka memiliki fungsi perdagangan dan seluler. Pembentukan
zat antara transpor dengan kelengkungan tinggi diperlukan untuk kompartementalisasi dan bentuk karakteristik organel dipertahankan oleh kelengkungan
membrannya seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2.3.1 [7]. Bentuk organel ini bersifat dinamis, terus-menerus mengalami perubahan sebagai respons terhadap
kebutuhan sel.
Misalnya, pemotongan membran, suatu proses yang terlibat dalam eksositosis dan pembentukan pembawa transpor, memerlukan koneksi trans dua membran
bilayer yang terlokalisasi dan tepat waktu untuk memisahkan organel dari membran asalnya. Anggota superfamili dinamin terutama mendorong pemotongan
membran dengan melakukan oligomerisasi di leher vesikel yang baru lahir dan memicu fusi antara dua lapisan ganda lipid. Hal ini dapat menyebabkan
terpotongnya leher dan terlepasnya vesikel. Konsentrasi lokal yang tinggi dari penyisipan hidrofobik di leher pembawa vesikel yang menyempit mendukung fisi
vesikel penyelundup membran yang baru lahir dengan menciptakan tekanan yang cukup pada bilayer untuk mendukung pemotongan dalam vesikel seperti vesikel
COPII [7].
Referensi
1. McMahon, HT; Gallop, JL Kelengkungan membran dan mekanisme remodeling membran sel dinamis. Alam, 2005,
438, 590-596.
2. Sodt, A.; R.Pastor. Pemodelan molekuler induksi kelengkungan membran lipid oleh peptida: Lebih dari sekedar bentuk.
Jurnal Biofisika. 2014, 106, 1958-1969.
3. Baumgart, T.; Capraro, BR; Zhu, C.; Das, SL Termodinamika dan mekanika pembangkitan kelengkungan membran dan
penginderaan oleh protein dan lipid. Ann. Pdt. Fis. kimia. 2011, 62, 483-506.
4. Zimmerberg, J.; Kozlov, MM Bagaimana protein menghasilkan kelengkungan membran sel. Alam, 2005, 7, 9-19.
5. Phillips, R.; Kondev, J.; Theriot, J.; Garcia, HG Biologi Fisika Sel, 2013, Garland Science, Taylor & Francis Group,
LLC: Abingdon, Inggris.
6. Baumgart, T.; Hess, ST; Webb, WW Imaging domain fluida yang hidup berdampingan dalam model biomembran yang menggabungkan kelengkungan dan garis
ketegangan. Alam, 2003, 425, 821-824.
7. McMahon, HT; Boucrot, E. Sekilas tentang kelengkungan membran. J. Ilmu Sel. 2015, 128, 1065-1070.
8. Salinan, A.; Latham, CF; Horlbeck, MA; D'Accangelo, JG; Miller, properti kargo EA ER menentukan persyaratan untuk
Kekakuan lapisan COPII dimediasi oleh Bagian 13p. Sains, 2012, 335, 1359-1362.
9. Leduc, C.; Kampas, O.; Joanny, JF; Prost, J.; Basseraru, P. Mekanisme pembentukan nanotube membran oleh motor molekuler. Biokimia. Biofisika.
Akta, 2010, 1798, 1418-1426.
10. Mears, JA; Kurangnya, LL; Fang, S.; Ingerman, E.; Nunnari, J.; Hinshaw, JE Perubahan konformasi pada dukungan Dnm1 a
mekanisme kontraktil untuk pembelahan mitokondria. Nat. Struktur. mol. biologi. 2011, 18, 20-26.
2.3: Kelengkungan Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
2.4: Kompresibilitas Membran

Kompresibilitas adalah ukuran perubahan volume relatif suatu zat sebagai respons terhadap stres. Kompresibilitas membran lipid telah dipelajari secara ekstensif dan
berbagai model dikembangkan. Para peneliti telah menggunakan kombinasi metode biokimia klasik dan analisis komputasi untuk tujuan mengkarakterisasi sifat elastis
lapisan mono dan bilayer. Kompresibilitas membran juga dapat dipahami dalam konteks sistem biologis. Diteorikan bahwa membran sel berevolusi miliaran tahun
yang lalu untuk memberikan penghalang antara sel dan lingkungan sekitarnya. Penghalang ini bersifat elastis, sehingga memberikan kemampuan untuk menekan dan
menyebar untuk melindungi integritas struktural sel bahkan pada saat terjadi deformasi mekanis.
Misalnya, dalam kondisi stres osmotik atau selama masuknya protein, lapisan ganda fosfolipid merespons dengan mengembang dan menyusut. Proses-proses ini telah
berevolusi untuk secara efektif melestarikan proses biologis vital antar sel, intraseluler, dan intramembran. Sel darah merah (RBC) adalah sel pertama yang digunakan
sebagai sistem model yang digunakan untuk mempelajari kompresibilitas membran biologis. Sebagian besar wawasan awal mengenai deformasi membran diperoleh
dari penelitian yang dilakukan pada tahun 1970an dan 1980an. Sel darah merah terus menjadi model yang bagus untuk menyelidiki kompresibilitas membran, sebagian
karena fakta bahwa sel darah merah mengandung berbagai jenis lipid yang penting secara biologis termasuk asam Fosfatidat (PA), Fosfatidletanolamin (PE),
Fosfatidilkolin (PC), Fosfatidilserin (PS). ), Phosphatidylinositol (PI), Lysophosphatidylcholine (LPC), dan Sphingomycin (SPH).
Elastisitas Membran Elastisitas
mengacu pada kemampuan suatu sistem untuk membalikkan deformasi ketika deformasi tidak bergantung pada pemanjangan dan kontraksi. Dengan kata lain,
membran pada dasarnya bertindak seperti karet gelang sehingga untuk memahami kompresibilitas membran, kita mempelajari elastisitas membran. Elastisitas suatu
membran secara langsung menentukan kemungkinan luas ransum per molekul lipid yang dapat dimiliki suatu membran.
Hukum Hooke menyatakan bahwa gaya yang diperlukan untuk memanjangkan atau menekan pegas sejauh tertentu, X, sebanding dengan jarak tersebut. Sampai
batas tertentu, semua material menunjukkan perilaku Hookean ketika berada di bawah tekanan atau tekanan kecil. – termasuk sistem biologis. Sekali lagi ini merupakan
cara yang disederhanakan untuk mempelajari membran lipid biologis, namun terbukti berguna untuk beberapa aplikasi.
Modulus Young digunakan untuk memprediksi seberapa besar sampel material akan memanjang pada tegangan tertentu atau memendek pada tekanan tertentu. Oleh
karena itu, modulus Young juga dikenal sebagai modulus tarik atau modulus elastis dan merupakan modulus utama yang dipelajari untuk aplikasi biologis (selengkapnya
di bawah). Modulus Young dari sampel kecil yang tidak homogen - seperti sel dan jaringan - dipelajari menggunakan mikroskop kekuatan atom (AFM). Misalnya, AFM
telah digunakan untuk menentukan modulus sel Young, yang berkisar antara 500 Pa – 100 kPa tergantung pada jenis sel. Filamen aktin dan mikrotubulus memiliki
besaran modulus Young yang lebih tinggi – diukur pada sekitar 1 GPa (109 Pa), menunjukkan bahwa filamen aktin secara eksponensial lebih “kaku” dibandingkan
membran sel.
Elastisitas mengacu pada kemampuan suatu sistem untuk membalikkan deformasi ketika deformasi tidak bergantung pada pemanjangan dan kontraksi. Hukum Hooke
menyatakan bahwa gaya yang diperlukan untuk memanjangkan atau menekan pegas sejauh tertentu, X, sebanding dengan jarak tersebut. Sampai batas tertentu,
semua sistem dapat dianggap berdasarkan Hukum Hooke – termasuk sistem biologis. Ini tentu saja merupakan cara sederhana untuk mempelajari membran lipid
biologis, namun terbukti berguna untuk beberapa aplikasi.
Peregangan dan Pemotongan Membran Biologis

Teori elastisitas klasik digunakan untuk menyelidiki perubahan energi akibat peregangan atau geser. Saat mempelajari bilayer fosfolipid cair, kita tidak perlu
memperhitungkan pergeseran karena lipid berada dalam keadaan kristal cair “cair” pada kondisi fisiologis (dengan pengecualian selubung mielin yang mengelilingi
akson saraf). Jadi modulus geser menurut definisinya nol.
Sebaliknya, kami menggunakan viskositas sebagai ukuran serupa.
Namun, peregangan penting untuk dipahami dalam kaitannya dengan membran biologis karena memerlukan energi dan oleh karena itu secara langsung mempengaruhi
struktur dan fungsi potensial dari membran itu sendiri. Dalam bentuk yang paling sederhana, kita dapat memodelkan perubahan energi (E
menggeliat ) untuk membran pada tegangan luar nol dengan luas A yang diregangkan
0 hingga ukuran A > A menggunakan0persamaan berikut:
2
1 (AÿA0)
E peregangan = Peregangan , (2.4.1)
2 A0
dimana modulusnya Kstretch adalah konstanta proporsionalitas antara deviasi kuadrat luas dari keadaan tanpa tekanan dan
energi masing-masing.
ÿ
Tegangan lateral ( ) menyatakan tegangan pada membran ketika membran mengalami regangan seperti ini:
ÿEstretch SEBUAHÿA0
ÿ := = peregangan =: peregangan kamu
(2.4.2)
ÿA A0
di mana regangan tak berdimensi didefinisikan sebagai
A
kamu = – 1. (2.4.3)
A0
Ingat hukum Hooke disebutkan di atas: stres sebanding dengan ketegangan. Untuk aplikasi ini, konstanta proporsionalitas adalah modulus regangan K Berbeda dengan modulus kompresibilitas area elastis (ÿ )
(juga disebut “modulus kompresibilitas”),

menggeliat .
K dapat diukur secara eksperimental dengan relatif mudah menggunakan eksperimen mikropipet
A untuk menentukan perubahan luas. Nilai regangan K tipikal adalah sekitar
250 mN/m.
Para peneliti telah menggunakan persamaan ini untuk menentukan secara matematis strain pecahnya membran biologis – dan telah menentukan bahwa
jumlahnya hanya beberapa persen. Artinya, dibandingkan dengan bahan yang lebih elastis, membran biologis memiliki kemampuan regangan yang rendah –
atau dengan kata lain, membran hanya dapat meregang dalam jumlah kecil sebelum “pecah” dan sel akan pecah.
Namun, beberapa membran khusus – seperti membran yang terlibat dalam endositosis dan eksositosis - dapat mengalami deformasi yang lebih ekstrim. Hal ini
sudah diduga, karena membran ini harus memindahkan “paket” molekul besar masuk dan keluar dari kompartemen membran sel tanpa mengakibatkan
keruntuhan membran dan kematian sel berikutnya.
Moduli Elastis Mekanis Lapisan Lipid Homogen

Berbeda dengan lapisan fosfolipid heterogen, lapisan ganda homogen sering kali dikarakterisasi hanya dengan menggunakan tiga modulus elastis mekanis:
1. Modulus muai luas (kompresi) (K ) A
2. Modulus lentur (K ) B
3. Energi tepi (ÿ) – tidak dijelaskan di sini. Lihat Evans dkk. 2003 untuk bacaan lebih lanjut
Modulus kompresibilitas area elastis

Lapisan mono dan bilayer lipid homogen dapat dimodelkan sebagai struktur dua dimensi, dan oleh karena itu merupakan kompresi membran
-7 -1
modulus K didefinisikan
A dalam satu bidang. Kompresibilitas sebagian besar lapisan ganda lipid dilaporkan sekitar 5,6 x 10 kPa. Sebagai perbandingan, nilai .
-7 -1
air adalah 4,5 x 10 kPa .
Studi menunjukkan bahwa kompresibilitas monolayer sangat bergantung pada ketebalan membran. Sebaliknya, kompresibilitas bilayer tidak terlalu bergantung
pada ketebalan. Gagasan ini tampaknya berlawanan dengan intuisi dan oleh karena itu telah dipelajari secara mendalam. Alasannya: lapisan ganda menolak
ekspansi sebagian besar untuk mengurangi paparan ekor hidrofobiknya terhadap air – yang karena efek hidrofobiknya lebih menguntungkan secara
termodinamika. Oleh karena itu, kompresibilitas bilayer tidak terlalu bergantung pada ketebalan dan lebih bergantung pada larutan di sekitarnya.
Penelitian telah mencoba untuk mengukur modulus kompresibilitas area elastis (K ) dari
A satu selebaran lapisan ganda lipid homogen, dan perkiraan paling
sederhana adalah sama dengan 2ÿ, di mana gamma adalah tegangan permukaan dari antarmuka air-lipid. Dengan nilai gamma khas untuk satu selebaran
berkisar antara 20-50mN/m (atau J/m2) per selebaran, K diperkirakan sekitar 80-200mN/m untuk lapisan
A ganda lipid.
Modulus lentur
Modulus lentur (K ) didefinisikan
B sebagai jumlah energi yang diperlukan untuk mengubah bentuk membran dari kelengkungan “normal” ke kelengkungan yang
berbeda. Kita tahu bahwa lapisan ganda lipid terdiri dari dua lapisan daun tunggal, jadi bisa dibayangkan bahwa agar satu daun bisa ditekuk, daun lainnya harus
diregangkan. Karena hubungan ini, para peneliti telah mengamati bahwa seiring bertambahnya ketebalan membran, semakin banyak setiap daun yang harus
berubah bentuk untuk mengakomodasi kelengkungan. Modulus kompresi luas, modulus lentur dan ketebalan bilayer (t) telah dihubungkan menggunakan
persamaan berikut (Boal et al. 2002):
Kb = Ka t (2.4.4)
Hubungan ini, walaupun sangat disederhanakan, bisa sangat berguna. Jika seseorang menentukan K dan t secara eksperimental, maka BK dapat diperkirakan
A
dengan mudah – bertindak sebagai titik awal untuk pengukuran yang lebih akurat. Sekali lagi, Anda harus ingat bahwa ini adalah
perkiraan dan yang umumnya terbatas pada deformasi kecil. Namun, karena sebagian besar membran biologis hanya mampu menahan beberapa
persen regangan sebelum pecah, persamaan ini dapat menjadi model umum yang baik.
Untuk menentukan energi lentur suatu membran biologis, pada dasarnya kita dapat menganggap membran sebagai permukaan dua dimensi yang
melengkung menjadi dimensi ketiga. Lengkungan lemah adalah jenis deformasi yang memerlukan energi jauh lebih sedikit dibandingkan tegangan regangan.
Modulus lentur suatu lembaran elastis tunggal umum (ditunjukkan di sini sebagai 'K') didefinisikan menurut:
1 2
= Peregangan (2.4.5)
h 12
dimana H
ketebalan membran; dengan energi lentur per luas ditulis sebagai:
1
1 ebend = ÿ 2
R2
(2.4.6)
R
dimana radiusnya. K
Karena lapisan ganda lipid terdiri dari dua lembar, satu perubahan harus dilakukan pada persamaan yang ditunjukkan di atas.
Hubungan yang dimodifikasi antara modulus regangan dan tekukan sering ditemukan dalam literatur sebagai berikut (untuk dua lembar yang tidak
digabungkan):
1 2
= Peregangan (2.4.7)
h 48
Persamaan ini memungkinkan modulus lentur dihitung dengan pengukuran langsung peregangan .
Terakhir, model elastisitas lentur membran Helfrich digunakan untuk menggambarkan energi yang terkait dengan kelengkungan membran. Model ini
jauh lebih maju dibandingkan sebelumnya, model yang lebih sederhana – memodelkan lipid monolayer sebagai lapisan elastis tiga dimensi.
Oleh karena itu, teori Helfrich telah banyak digunakan dalam mempelajari biologi sel, dan telah terbukti sebagai alat yang sangat baik untuk mengukur
fenomena membran yang relevan secara biologis. Untuk bacaan lebih lanjut dan kuantifikasi teori ini, lihat bacaan lebih lanjuta.
Mempelajari Vesikel Unilamellar: Kompresibilitas Volume Adiabatik Kompresibilitas adiabatik
sering digunakan untuk mempelajari vesikel lipid unilamellar. Kompresibilitas adiabatik (atau isentropik) adalah kompresibilitas suatu sistem di mana
tidak ada pertukaran panas dengan lingkungan. Kompresibilitas adiabatik biasanya digunakan untuk memahami kompresibilitas dalam sistem homogen,
dan menjadi fungsi sederhana dari kompresibilitas isotermal, koefisien kapasitas panas, dan koefisien muai volume – yang semuanya dapat ditentukan
oleh kapasitas panas sistem lipid.
Oleh karena itu, kita harus bertanya sejauh mana air yang mengelilingi membran berkontribusi terhadap penyanggaan panas selama kompresi membran
sementara. Ada beberapa kontroversi mengenai apakah pertukaran panas antara membran lipid dan air di sekitarnya terjadi atau tidak. Namun,
pendekatan ini berhasil dan oleh karena itu banyak peneliti menyimpulkan bahwa pertukaran panas antara membran dan lingkungan berair harus
diabaikan dalam rezim megahertz.
Mempelajari Kompresibilitas Lateral Bilayer Fosfolipid

Banyak model telah mencoba menggambarkan membran sel dan deformasi membran sel secara akurat. Model yang paling diterima secara luas adalah
model mosaik fluida, yang diusulkan oleh Singer dan Nicolson pada tahun 1972. Model ini memandang membran biologis sebagai lapisan ganda mirip
fluida dua dimensi di mana lipid dapat bergerak bebas. Namun, ini hanyalah titik awal.
Model yang lebih akurat, namun juga disederhanakan adalah dengan melihat membran sel sebagai lapisan ganda lipid ditambah kerangka membran
yang terdiri dari dua kategori utama protein: protein yang sebagian tertanam di lapisan ganda ( protein membran perifer) dan protein yang sepenuhnya
tertanam di lapisan ganda. tertanam dalam bilayer (protein membran integral). Model ini menggabungkan lebih banyak heterogenitas saat melakukan
penghitungan – yang penting untuk mempelajari lapisan ganda fosfolipid yang sangat heterogen.
Salah satu upaya awal untuk mengkarakterisasi deformasi bilayer fosfolipid adalah melalui penelitian pada tahun 1982 (Lis et al. 1982). Para peneliti
mengklaim bahwa deformasi lapisan ganda fosfolipid sangat non-linier, dan oleh karena itu tidak dapat dijelaskan dalam modulus sederhana.
Dalam melakukan percobaan ini, para peneliti telah menemukan perbedaan yang jelas antara lapisan tunggal lipid, lapisan ganda lipid homogen, dan
lapisan ganda fosfolipid. Misalnya, saat kompresi, lapisan tunggal tidak mengalami transisi fase sedangkan beberapa lapisan ganda mengalaminya.
Misalnya, kompresi lateral lipid tertentu (misalnya dilauril PC dan dimyristoyl PC) memaksa rantai asilnya melalui transisi “meleleh” menjadi “beku” pada
suhu yang lebih tinggi dari TM-nya . .
Keadaan penelitian ini saat ini: banyak yang berpendapat bahwa kompresibilitas lateral lapisan ganda fosfolipid harus dipelajari secara eksperimental dan bukan
dimodelkan. Hal ini sebagian besar disebabkan oleh sifat heterogen lapisan ganda fosfolipid yang ditemukan dalam sistem kehidupan. Penelitian-penelitian ini terus
berlanjut hingga saat ini, dan mungkin akan terus berlanjut di masa depan – karena sistem fosfolipid tidak hanya kompleks, namun juga tidak dapat diprediksi dan bahkan
secara teknis sulit untuk dipelajari dalam lingkungan alaminya (yang tidak dibentuk kembali).
Oleh karena itu, penelitian tambahan harus dilakukan untuk lebih memahami kompresibilitas lateral pada proses seluler penting seperti:
mobilitas perakitan
membran dan pemisahan komponen membran permeabilitas
membran yang dimediasi enzim penggabungan
protein atau obat ke dalam membran
Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Kompresibilitas dalam Sistem Biologis
Suhu
Kebanyakan lapisan ganda fosfolipid berada dalam bentuk kristal cair mendekati suhu fisiologis, namun akan mengalami transisi fase dari keadaan kristal cair ke fase
gel saat mendekati suhu lelehnya (T ). Transisi ini terjadi ketika suhu diturunkan. Penelitian telah menunjukkan bahwa selama
M transisi fase, luas lateral membran
berkurang sekitar 25%.
Tekanan
Menariknya, kompresi membran biologis dalam kondisi fisiologis dapat menyebabkan transisi fase. Jadi, peningkatan tekanan meniru efek penurunan suhu. Hubungan
ini dimodelkan menggunakan persamaan Clausius-Clapeyron :
dTm = TmÿV
(2.4.8)
dp ÿH
ÿV ÿH atau
tekanan menaikkan TM tanpa mempengaruhi . Namun, karena sifatnya Jadi heterogen, membran biologis tidak sering mengalami transisi fase. Sebaliknya efek tekanan
yang
terbatas pada tatanan bilayer. Karena peningkatan ini, ketika tekanan diterapkan pada lapisan ganda fosfolipid, hal ini dapat mengakibatkan membran melepaskan
beberapa protein membran perifer dan/atau integralnya.
Panjang dan Saturasi Ekor Lipid Penelitian
telah menunjukkan bahwa modulus kompresi membran (K ) bervariasi menurut panjang

A ekor dan ketidakjenuhannya.
Jenis Larutan
Karena peregangan dan kompresi membran memaparkan lapisan fosfolipid hidrofilik ke lingkungan berair, K lapisan ganda lipid sangat bervariasi menurut kondisi
A larutan.
Komposisi Membran
Karena membran biologis terdiri dari lipid, protein, kolesterol, dan molekul lain, membran tersebut tidak dapat dikarakterisasi dengan cara yang sama seperti vesikel
unilamellar atau bahkan lapisan tunggal homogen dapat dipahami. Kompresibilitas lapisan ganda bergantung langsung pada komposisinya – seperti adanya kolesterol
atau adanya ikatan rangkap. Misalnya, modulus kompresibilitas luas (K ) suatu membran meningkat seiring dengan meningkatnya persentase kolesterol. Selain itu,
protein dapat menyebabkan kelengkungan
A pada membran dengan mengangkut lipid atau dengan menempelkan dirinya ke dalam lapisan ganda.
Pengepakan molekul
Ketika membran mendingin, membran kehilangan fluiditasnya. Hal ini menyebabkan gugus asil memanjang sepenuhnya dan gugus kepala mengepak rapat dan
mengalami dehidrasi. Sehubungan dengan hidrasi, penelitian lain pada tahun 1985 menentukan efek hidrasi pada telur dan dioleoyl lesitin dan menemukan bahwa pada
hidrasi rendah, kelompok kepala kurang padat dibandingkan dengan kelompok yang lebih terhidrasi (White et al. 1985).
Hal ini diasumsikan disebabkan oleh tekanan osmotik yang mendorong kelompok kepala terpisah.
Alat yang digunakan untuk mempelajari kompresibilitas membran?
Sulit untuk secara eksperimental menentukan modulus kompresi lapisan ganda fosfolipid. Oleh karena itu, salah satu metode yang sering digunakan adalah mengukur
bagaimana vesikel membengkak sebagai respons terhadap tekanan osmotik. Namun, hal ini tidak langsung dan terkadang tidak akurat
metode karena polidispersitas dalam ukuran vesikel.
Metode pengukuran K yang lebih langsung adalah

A
metode aspirasi pipet. Hal ini juga dapat menimbulkan masalah, karena membran biologis pada dasarnya
tipis dan rapuh dan sulit dipelajari dalam kapasitas ini tanpa kematian sel. Namun, banyak informasi penting telah diperoleh dengan menggunakan metode
ini. Sederhananya, pengujian ini pada dasarnya adalah pengujian di mana peneliti menyedot sebagian membran ke dalam pipet, mengukur panjang yang
dihisap ke dalam pipet, lalu menghitung perubahan luas untuk menentukan elastisitas membran tersebut.
Mikroskop kekuatan atom (AFM) – juga disebutkan secara singkat di atas – juga telah digunakan untuk mengukur secara langsung sifat mekanik lapisan
ganda, namun metode ini masih dalam pengembangan. Karena kesulitan ini, modulus kompresi sering kali dihitung menggunakan nilai karakteristik
penentunya.
Metode dan teknik tambahan yang digunakan untuk mempelajari mekanika lipid meliputi (namun tidak terbatas pada):
1. Pelacakan molekul tunggal (probe fluoresen atau radiolabel): untuk menilai pergerakan lipid dalam kondisi tertentu 2. H-NMR: untuk
2
menentukan dimensi bilayer 3. Langmuir Trough:
untuk mengukur luas per lipid 4. Metode NEMD:
perubahan luas membran 5 Mikroskopi fase
kontras 6. Kalorimetri pemindaian
diferensial: untuk mengukur eksoterm selama transisi fase kristal cair ke gel dan endoterm
selama sebaliknya.
7. Spektroskopi inframerah transformasi Fourier (FTIR): transisi fase lipid 8. Difraksi
sinar-X: untuk menentukan luas per lipid sebagai fungsi aktivitas air untuk lipid yang berbeda (pengemasan molekul)
9. Mikroskop optik: untuk mengukur volume bilayer selama tekanan. 10. Difraksi neutron:
untuk menentukan pengepakan molekul
Penerapan Kompresibilitas Membran

pergerakan ion
Ketika ion menembus membran, terjadi sedikit perubahan bentuk sehingga menimbulkan biaya energi – yang dikenal sebagai energi deformasi membran.
Ka -
+ 2 Kc (kamu 2
1 ÿGmem = kamu 2+ (ÿ ) 2u + )
L 02 ÿ ) + ( (ÿ
2 ) 2u ÿ
2ÿ [ÿ
ÿ
+
+ (2(ÿu ) ÿ 2 (ÿu ) + 2 )]dxdy
Di mana +
adalah bentuk selebaran atas dan modulus
kamu kamu
-
selebaran bagian bawah; L0 keseimbangan ketebalan membran; itu
Ka
kompresi; Kc modulus lentur membran; dan tegangan permukaan. Selanjutnya persamaan
ÿ ini dikombinasikan X dengan domain yang diinginkan, , mulai dari
posisi xy, dan terhadap variasi u+ dan juga dapat digunakan sebagai alat untuk menentukan bentuk setiap leaflet. kamu
-
,
Pergerakan protein dan molekul kecil
Nilai K dan K mempengaruhi

A B kemampuan protein dan molekul kecil untuk masuk ke dalam lapisan ganda fosfolipid. Kebalikannya juga benar: sifat mekanik
bilayer telah terbukti mempengaruhi fungsi saluran ion yang diaktifkan secara mekanis.
Urutan efek tekanan pada struktur sel
Efek urutan tekanan telah dibahas sebelumnya. Contohnya termasuk mitokondria hati tikus, eritrosit manusia, dan sinaptik ikan serta vesikel mielin otak di
mana efek urutan tekanan dapat ditentukan dengan mengukur kenaikan suhu yang diperlukan untuk mengimbangi tekanan. Nilai-nilai ini telah ditentukan
-1 .
sekitar 0,13 – 0,21 °C mPa
Pengaruh tekanan tinggi pada sel Sel
sering terkena tekanan hidrostatik. Hal ini mempengaruhi banyak proses dan reaksi seluler – meskipun secara reversibel. Misalnya, sitoplasma sel eukariotik
dapat “mencair” secara reversibel dalam kondisi tekanan tinggi.
Selain itu, penelitian tentang epitel amfibi menunjukkan bahwa perubahan tekanan dapat mempengaruhi permeabilitas pasif natrium melalui membran sel.
Referensi
1. Boal, D. Mekanika Sel. Cambridge, Inggris: Cambridge University Press. 2002 2. Campelo,
F. dkk. Model pembengkokan membran Helfrich: Dari teori Gibbs tentang antarmuka cair hingga membran setebal
lapisan elastis anisotropik. 28: 25–33, 2014
3. Tentu saja, Markus. Membran Lipid Cairan – Primer. Max-Planck-Institut fu r Polymerforschung. Mainz, Jerman. 2006 4. Penentuan
modulus elastisitas sampel biologi menggunakan mikroskop gaya atom. Catatan Aplikasi Produk. Instrumen JPK. www.jpk.com.
5. Evans, E. dkk. Spektroskopi tegangan dinamis dan kekuatan biomembran. Jurnal Biofisika. 85, hal.2342-2350, 2003 6. Hallett, FR.
dkk. Sifat mekanik vesikel: II Model pembengkakan dan lisis osmotik. Jurnal Biofisika. 64. (1993)
435-442.
7. Heimburg, Thomas. Biofisika Termal Membran. Wiley-VCh, Jerman. 2007 8. Koenig, BW.
dkk. Kompresibilitas Lateral Membran Ditentukan oleh NMR dan Difraksi Sinar-X: Pengaruh Rantai Asil
Tak jenuh ganda. Jurnal Biofisika. 73: hlm.1954-1966, 1997
9. Latorraca, NR. dkk. Pendekatan Kontinum untuk Memahami Interaksi Ion dan Peptida dengan Membran. J Memb Biol.
22 Februari 2014.
10. Lis, LJ. dkk. Pengukuran Kompresibilitas Lateral Beberapa Lapisan Ganda Fosfolipid. Jurnal Biofisika. Jilid 37.
Maret 1982. 667-672.
11. Nagle, JF. dan Scott, HL. Kompresibilitas lateral lipid mono dan bilayer. Teori permeabilitas membran. Biochim Biophys Acta.
513(2): 236-43, 1978 12. Rutkowski,
CA. dkk. Elastisitas vesikel fosfolipid sintetik diperoleh dengan spektroskopi korelasi foton.
Biokimia. 30: 5688-5696, 1991
13. Sperelaki, Nicholas. Buku Sumber Fisiologi Sel: Esensi Biofisika Membran. Pers Akademik. London, Inggris. 2001 14. Waheed, Q.
dan Edholm, O. Kontribusi undulasi terhadap kompresibilitas area dalam simulasi lapisan ganda lipid. Biofisis J.97(10):
2754-2760, 2009
15. Putih, SH. dan Raja, GI. Pengemasan molekul dan kompresibilitas area lapisan ganda lipid. Biofisika. Jil. 82, hal.6532-6536,
1985

Trisha Pfluger (Universitas California, Davis)
2.4: Kompresibilitas Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
2.5: Tegangan Permukaan dan Tegangan Garis

1,2
Membran sel terdiri dari fosfolipid (paling banyak), protein, dan glikolipid (Gambar 1). Umumnya fosfolipid
dalam membran sel akan berkumpul bersama untuk memaksimalkan interaksi hidrofobik di antara ekornya dan hidrofilik
interaksi di antara kepala mereka. Peregangan membran sel dalam bidang apa pun akan mengganggu interaksi antar fosfolipid.
Namun, tegangan membran dalam bidang (T ), yangM merupakan gaya yang diperlukan untuk meregangkan membran, akan melawan membran mana pun
4
3 deformasi . T M , yang tampaknya konstan di seluruh membran sel , tergantung pada komposisi lipid dan luas permukaan
membran sel. Tanpa mengubah jumlah lipid, peningkatan luas permukaan membran sel akan meningkatkan membran
5
. Misalnya, sel akan membengkak ketika berada di lingkungan hipotonik. Pembengkakan sel akan menyebabkan peningkatan sel
ketegangan
luas permukaan membran tanpa mengubah jumlah lipid dalam membran. Selain itu, membran sel terhubung ke a
6
jaringan aktin yang saling terhubung bernama korteks . Korteks ditunjukkan sebagai jaring ungu di bawah membran pada Gambar 1. Aktin
6
sitoskeleton mendukung membran sel dan membantu sel mempertahankan bentuknya. Tegangan permukaan membran, yang terdiri dari T dan M
adhesi membran-sitoskeleton, adalah kekuatan kohesif yang menjaga membran sel tetap utuh. Untuk merusak membran sel, Anda
3,4 .
perlu mengatasi adhesi T dan membran-sitoskeleton.
M Tegangan permukaan membran membantu sel mempertahankan permukaan yang kecil
daerah.
Gambar 2.5.1 : Komposisi membran sel. Gambar diadaptasi dari referensi 2.
Seperti ditunjukkan pada Gambar 1, membran sel terdiri dari berbagai jenis lipid (misalnya kolesterol, fosfolipid jenuh/tak jenuh, dan
2
lipid glikosilasi). Interaksi antara lipid dalam membran menyebabkan pembentukan daerah membran teratur yang merekrut daerah membran lainnya
2
lipid dan protein. Akibatnya, terdapat berbagai macam domain membran dengan komposisi molekul dan berbeda
7
properti. Selain itu, segregasi lipid secara lateral menyebabkan pemisahan fase di dalam membran sel. Pemisahan fase dalam sel
membran tergantung pada suhu, tekanan, dan sifat struktural (misalnya panjang ekor hidrokarbon atau derajat ketidakjenuhan,
1
dan komposisi kelompok kepala) berbagai lipid dalam Koeksistensi membran dan Transisi Fase . Untuk informasi lebih lanjut, lihat halaman wiki untuk Fase
Membran. Di tepi domain membran atau pada pemisahan fase lipid, fosfolipid
8
ketidakcocokan ketinggian dan interaksi sterik memiliki biaya energik yang bergantung pada panjang batas fase/domain. Garis
9
ketegangan adalah energi antarmuka di tepi domain membran atau pada pemisahan fase lipid dalam membran sel .
9
meminimalkan tegangan garis, domain membran cenderung berbentuk lingkaran (Gambar 2). Hukuman energi bebas yang terkait dengan
ketegangan garis dikompensasi oleh penurunan energi bebas akibat pembentukan domain membran. Ketegangan membran memainkan peran penting
berperan dalam banyak proses biologis, seperti motilitas sel, endositosis/eksositosis, dan infeksi virus. Banyak teknik, seperti
mikroskop kekuatan atom (AFM) dan aspirasi mikropipet, digunakan untuk mempelajari ketegangan membran.
Gambar 2.5.2 : Gambar mikroskop gaya atom dari membran lipid yang dipisahkan fase dengan komposisi lipid berbeda. Gambar
referensi formulir yang disesuaikan 9.
Relevansi Biologis
Ketegangan Membran dan Pergerakan Sel
Motilitas sel melibatkan siklus penonjolan, adhesi, dan kontraksi membran sel yang terus menerus yang dimediasi penonjolan 10. Polimerisasi aktin-
membran sel yang disebut lamellipodia mempengaruhi arah migrasi. Di wilayah sel dengan rendah
ketegangan membran, beberapa lamellipodia yang menunjuk ke arah yang berbeda hidup berdampingan (Gambar 3, kiri). 11 Akibatnya terjadi migrasi sel masuk
arah tertentu tidak disukai. Sel dapat bermigrasi ke arah tertentu dengan meningkatkan ketegangan membran pada a
wilayah tertentu pada membran. Peningkatan tegangan membran akan menurunkan jumlah lamellipodia (Gambar 3 kanan). 11
Sel cenderung bermigrasi ke arah dengan lamellipodia yang lebih sedikit. 11
Gambar 2.5.3 : Ketegangan membran mempengaruhi pembentukan lamellipodia. Gambar diadaptasi dari referensi 11.
Ketegangan Membran dan Endositosis/Eksositosis

12.
Endositosis melibatkan pembentukan invaginasi membran sel, yang akhirnya terlepas dari membran sel dan membentuk vesikel. Peningkatan tegangan
membran atau adhesi membran-sitoskeleton akan menghambat langkah invaginasi dan pembentukan leher (Gambar
4) .12 Kedua langkah tersebut melibatkan deformasi membran.
Gambar 2.5.4 : Ketegangan membran yang tinggi menghambat endositosis. Gambar diadaptasi dari referensi 12.
12.
Eksositosis melibatkan vesikel yang berlabuh ke membran sel dan menyatu dengannya Berbeda dengan endositosis, ketegangan membran akan meningkat
12
sehingga mendukung fusi vesikel dan membran (Gambar 5). Berbeda dengan endositosis, eksositosis memerlukan deformasi membran yang minimal.
Gambar 2.5.5 : Ketegangan membran yang tinggi mendukung eksositosis. Gambar diadaptasi dari referensi 12.
Ketegangan Membran dan Infeksi Virus

13
Polyomavirus (misalnya Simian virus 40 (SV40), Murine polyomavirus, dan virus BK) adalah virus DNA yang tidak berselubung . kapsid
13
protein VP1 , komponen utama kapsid poliomavirus, memungkinkan poliomavirus mengatasi ketegangan membran dan menginfeksi sel.
13 13
VP1 berikatan dengan glikosfingolipid pada permukaan sel. Jenis virus yang berbeda akan berikatan dengan jenis glikosfingolipid yang berbeda. Untuk
13
misalnya, VP1 dari SV40 berikatan dengan glikosfingolipid GM1. Pengikatan VP1 ke GM1 mengurangi ketegangan membran dengan memicu aktin
13
kerusakan sitoskeleton . Akibatnya, terbentuk invaginasi membran sel, yang akhirnya menyebabkan endositosis
13
virus . Endositosis SV40 ditunjukkan pada Gambar 6.
Gambar 2.5.6 : Simian virus 40 menginfeksi sel dengan memicu pemecahan sitoskeleton aktin. Gambar diadaptasi dari referensi 13.
Metode yang Digunakan untuk Mempelajari Ketegangan Membran dan Ketegangan Garis
Metode yang Digunakan untuk Mengukur Ketegangan Permukaan:
Gambar 2.5.7 : Metode umum yang digunakan untuk mengukur tegangan membran. (a) Pengurungan pelat paralel. (b) Aspirasi mikropipet. (C)
Ekstraksi tambatan membran dengan mikropipet. (d) Ekstraksi tambatan membran dengan AFM dan pinset optik. Gambar diadaptasi
dari referensi 3.
Metode umum yang digunakan untuk mengukur tegangan membran ditunjukkan pada Gambar 7. Salah satu pengujian untuk mengukur tegangan membran adalah paralel
uji pengekangan pelat. Dalam pengujian ini, sel-sel dikompresi di antara dua pelat paralel. Jari-jari kelengkungan utama
3
membran diukur Karena jumlah. gaya yang digunakan untuk menekan sel diketahui, Anda dapat menghitung tegangan membran
3
dengan persamaan yang ditunjukkan pada Gambar 7 (Persamaan.1) . Metode lain untuk mengukur ketegangan membran adalah aspirasi mikropipet. Untuk ini
Metodenya, sebagian kecil membran sel ditarik menggunakan mikropipet, dan tegangan membran dihitung dari sel
3
radius, radius ujung mikropipet, tekanan ekstraseluler, dan tekanan isap (Gambar 7b, Persamaan 2). Aspirasi mikropipet bisa
juga digunakan untuk mengukur ketegangan membran dari tambatan membran. Karena tambatan membran tidak memiliki sitoskeleton yang kontinu,
3
Adhesi membran-sitoskeleton akan memiliki kontribusi yang sangat kecil (jika ada) terhadap tegangan membran yang diukur . Umumnya, sel adalah
3
dengan mikropipet, dan kemudian tambatan dapat diekstraksi dari membran sel (Gambar 7c, Persamaan 3). metode ekstraksi tambatan termasuk Lainnya
3
mikroskop kekuatan atom (AFM) dan pinset optik (Gambar 7d). Kantilever yang digunakan di
3
AFM juga dapat digunakan untuk mengekstraksi manik polistiren . Untuk mengekstrak tambatan membran, pinset optik dapat digunakan untuk menarik a
14
tak berlapis yang ditambatkan pada membran yang dilekatkan pada membran sel .
Gambar 2.5.8 : FRET antara fluorofor donor (hijau) dan fluorofor akseptor (merah). Efisiensi FRET menurun seiring bertambahnya jarak antara dua fluorofor.
Gambar diadaptasi dari referensi 15.
Transfer energi resonansi fluoresensi (FRET) mengacu pada transfer energi yang bergantung pada jarak dari satu fluorofor ke fluorofor lainnya
15
(Gambar 8). Untuk penjelasan lebih rinci tentang FRET, lihat referensi 15. Eksperimen FRET pada umumnya melibatkan
sepasang flourofor yang disebut pasangan FRET (donor fluorofor dan akseptor flourofor). Spektrum emisi fluoresensi dari fluorofor donor
harus tumpang tindih dengan spektrum serapan fluoresensi dari fluorofor akseptor. Dalam praktiknya, hanya fluorofor donor yang akan
tereksitasi. Umumnya, rasio intensitas kemekaran dari akseptor fluorofor terhadap donor fluorofor diukur.
Jarak antara fluorofor donor dan akseptor mempengaruhi efisiensi FRET. Efisiensi FRET meningkat seiring dengan berkurangnya jarak antara kedua
16
fluorofor. Grashoff dkk. mengembangkan biosensor berbasis FRET untuk tegangan membran Penjelasan singkat tentang metode yang digunakan.dalam
referensi 16 disajikan di sini. Biosensor terdiri dari modul sensor tegangan di antara dua bagian (Vh dan Vt) vinculin, suatu protein membran-sitoskeletal
(Gambar 9c). Modul sensor tegangan terdiri dari dua fluorofor, mTFP1 dan venus (A206K), dihubungkan bersama oleh rangkaian penghubung flagelliform
protein sutra laba-laba, (GPGGA) (Gambar 9a). Linker bertindak sebagai pegas yang menyatukan pasangan FRET, mTFP1 dan venus (A206K). Vh
8 dan Vt
membantu melokalisasi biosensor ke membran sel. Setelah sel ditransfusikan dengan biosensor ini, Anda dapat mengukur tegangan membran dengan
mengukur efisiensi FRET. Ketika ketegangan membran meningkat, efisiensi FRET menurun karena jarak antara dua fluorofor meningkat (Gambar 9b). Untuk
mengubah efisiensi FRET menjadi gaya, Anda perlu membuat kurva kalibrasi (efisiensi FRET vs Gaya). Grashoff dkk. memasang biosensor berbasis FRET
serupa ke permukaan kaca berlapis polimer dan mikrosfer. Mereka dapat memberikan kekuatan pada sensor dengan menarik mikrosfer menggunakan
penjepit optik. Mereka kemudian membuat kurva kalibrasi dengan mengukur perubahan efisiensi FRET sebagai respons terhadap jumlah gaya yang
diterapkan pada sensor.
peningkatan : Biosensor berbasis FRET untuk ketegangan membran. (a) Modul sensor tegangan. (b) Peningkatan jarak antara dua fluorofor karena
membran bidang menyebabkan penurunan FRET. (c) Biosensor berbasis FRET untuk tegangan membran.
Gambar diadaptasi dari referensi 16.
Menghitung Ketegangan Garis dari Laju Nukleasi Domain

17
Blanchette dkk. mengembangkan cara untuk menghitung tegangan garis dari laju nukleasi domain membran . Ringkasan metode yang
digunakan dalam referensi 17 disajikan di sini. Pertama, lapisan ganda lipid yang didukung dipanaskan hingga 55ÿ dan kemudian didinginkan
secara perlahan hingga terjadi nukleasi domain. Peristiwa nukleasi domain dapat dicitrakan dengan AFM. Selanjutnya, lapisan ganda lipid
dipanaskan perlahan sampai domain membran hilang. Rata-rata suhu nukleasi dan leleh akan menghasilkan suhu likuidus atau suhu bercampur
trans (T )
18
untuk koeksistensi fase cair-padat dan cair-cair. Kemudian, lapisan ganda lipid dijaga 5 ÿ di atas transisi fase. Selama proses pendinginan, peristiwa nukleasi
suhu. Setelah lapisan ganda lipid dihomogenisasi, lapisan tersebut didinginkan dengan cepat hingga berbagai suhu di bawah T trans domain
dicitrakan dengan AFM. Tegangan garis (ÿ) dihitung dengan mencocokkan kurva laju nukleasi (J) vs 1/ TÿT dengan persamaan 1 untuk nukleasi domain simetris
yang terjadi pada kedua sisi membran, dan persamaan 2 untuk nukleasi domain asimetris yang hanya terjadi pada satu sisi membran.
ÿÿÿ 2agTtrans × 1
TÿT
(1)
J = Sebuah pengalaman( 2kBÿH )
ÿÿÿ 2agTtrans × 1
TÿT
(2)
J = Sebuah pengalaman(
kBÿH )
J (diperoleh dengan AFM) adalah jumlah inti yang terbentuk per satuan luas per satuan waktu. Area molar fase gel, entalpi transisi fase, ÿH, , dan itu
G
bergantung pada komposisi lipid dari lapisan ganda lipid. T adalah suhu, dan ÿT adalah T – T. trans
18 .
A adalah faktor pra-eksponensial
Referensi
1. Kranenburg, M. & Smit, B. Perilaku Fase Model Lipid Bilayers. J.Fisika. kimia. B 109, 6553-6563 (2005).
2. Sezgin, E., Levental, I., Walikota, S. & Eggeling, C. Misteri organisasi membran: komposisi, regulasi dan peran
rakit lipid. Nat. Pendeta Mol. Sel. biologi. (2017).
3. Diz-Muñoz, A., Fletcher, DA & Weiner, OD Gunakan gaya: tegangan membran sebagai pengatur bentuk dan motilitas sel.
Biol Sel Tren. 23, 47-53 (2013).
4. Sheetz, MP Kontrol sel melalui adhesi membran-sitoskeleton. Nat. Pendeta Mol. Sel. biologi. 2, 392-396 (2001).
5. Lieber, Arnon D., Yehudai-Resheff, S., Barnhart, Erin L., Theriot, Julie A. & Keren, K. Ketegangan Membran dalam Pergerakan Cepat
Sel Ditentukan oleh Kekuatan Sitoskeletal. Saat ini. biologi. 23, 1409-1417 (2013).
6. Salbreux, G., Charras, G. & Paluch, E. Mekanika korteks aktin dan morfogenesis seluler. Biol Sel Tren. 22, 536-545.
7. Sonnino, S. & Prinetti, A. Domain Membran dan Konsep “Rakit Lipid”. Saat ini. medis. kimia. 20, 4-21 (2013).
8. García-Sáez, AJ & Schwille, P. Stabilitas domain lipid. FEBS Lett. 584, 1653-1658 (2010).
9. García-Sáez, AJ, Chiantia, S. & Schwille, P. Pengaruh Ketegangan Garis pada Organisasi Lateral Membran Lipid. J.Biol.
kimia. 282, 33537-33544 (2007).
10. Vicente-Manzanares, M., Webb, DJ & Horwitz, Sekilas tentang migrasi sel AR. J.Sel. Sains. 118, 4917-4919 (2005).
11. Pierre, S. & Julie, P. Ketegangan membran dan organisasi sitoskeleton dalam motilitas sel. J.Fisika. Memadat. Soal 27, 273103
(2015).
12. Dai, J. & Sheetz, MP Regulasi Endositosis, Eksositosis, dan Bentuk Berdasarkan Ketegangan Membran. Pelabuhan Musim Semi Dingin. Gejala.
Bergalah. biologi. 60, 567-571 (1995).
13. Ewers, H. & Helenius, A. Endositosis yang Dimediasi Lipid. Pelabuhan Musim Semi Dingin. Gejala. Bergalah. biologi. 3(2011).
14. Pontes, B., dkk. Ekstraksi Sitoskeleton Sel dan Tether. Biofisika. J.101 , 43-52 (2011).
15. Ishikawa-Ankerhold, HC, Ankerhold, R. & Drummen, GPC Teknik Mikroskopi Fluoresensi Tingkat Lanjut—FRAP, FLIP,
FLAP, FRET dan FLIM. Molekul 17, 4047 (2012).
16. Grashoff, C., dkk. Mengukur ketegangan mekanis di seluruh vinculin mengungkapkan regulasi dinamika adhesi fokus. Alam 466,
263-266 (2010).
17. Blanchette, CD, Lin, W.-C., Orme, CA, Ratto, TV & Longo, ML Menggunakan Laju Nukleasi untuk Menentukan Garis Antarmuka
Ketegangan Domain Bilayer Lipid Simetris dan Asimetris. Langmuir 23, 5875-5877 (2007).
18. Blanchette, CD, Lin, W.-C., Orme, CA, Ratto, TV & Longo, Laju Nukleasi Domain ML dan Ketegangan Garis Antarmuka di
Bilayer Campuran Ternary yang Didukung Mengandung Galactosylceramide. Biofisika. J.94 , 2691-2697 (2008).
2.5: Tegangan Permukaan dan Tegangan Garis dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
2.6: Vesikel
Definisi paling dasar dari vesikel adalah kompartemen yang terdiri dari banyak fosfolipid dengan beberapa bentuk kelompok kepala. Dalam konteks
biologis, vesikel biasanya dibentuk oleh sel untuk mengambil, mengeluarkan, atau mengangkut bahan antar kompartemen membran di dalam sel.
Vesikel sintetis, yang disebut liposom, dapat dibuat dengan mencampurkan molekul fosfolipid dalam lingkungan berair. Artikel ini menguraikan
beberapa sifat dasar vesikel, kemudian membahasnya dalam konteks biologis.
Pembentukan Vesikel
Pertama, kelengkungan harus ditetapkan dalam bilayer. Akhirnya, lekukan tersebut harus menonjol semakin jauh, hingga akhirnya terbentuklah leher.
Pemotongan leher dilakukan untuk membebaskan vesikel yang baru terbentuk dari membran. [8]
Gambar 2.6.1 : menampilkan deformasi membran awal dengan cara lekukan (kiri), invaginasi dan perkembangan kelengkungan positif dan negatif (tengah)
serta perkembangan kelengkungan sempurna kemudian pemotongan membentuk vesikel lengkap.
Lekukan awal pada bilayer memerlukan perbedaan radius kelengkungan antara selebaran dalam dan luar.
Kompensasi terhadap kebutuhan fisik ini dapat dilakukan melalui beberapa cara. Salah satu metode melibatkan asimetri daun, di mana lebih banyak
fosfolipid dipindahkan ke bagian luar daun untuk mengimbangi radius yang lebih besar. Jika jenis fosfolipid berbeda dengan geometri berbeda
digunakan, fosfolipid ini juga dapat digabungkan dengan cara yang mengkompensasi perbedaan jari-jari dengan sama baiknya. Keseimbangan yang
sama dapat dicapai dengan menggunakan protein yang dimasukkan ke dalam membran. [8,17]
kompensasi : Perbedaan jari-jari antara daun bagian dalam dan luar (kiri), perbedaan geometri lipid (tengah), dan protein digunakan Gambar 2.6.2 sebagai
jari-jari daun yang berbeda (kanan).
Dalam lingkungan in vitro , fosfolipid yang dimasukkan ke dalam lingkungan berair dapat membentuk beberapa struktur untuk mengoptimalkan
susunan bagian hidrofobik dan hidrofiliknya. Diantaranya adalah misel, liposom, dan vesikel multilamelar.
Sonikasi vesikel multilamelar dapat menghasilkan vesikel unilamellar dan vesikel unilamellar raksasa (GUVs). Menggunakan satu jenis fosfolipid
dalam kondisi ini menghasilkan membran lipid bilayer murni yang tertutup, yang telah menjadi model yang berguna untuk memahami pergeseran
fasa. antara lipid membran, mekanisme pembentukan dan deformasi membran, perilaku dinamis unsur-unsur yang berada di dalam membran, dan
interaksi antara membran dan lingkungannya. [2,4]
Konteks Biologis
Vesikel terutama berfungsi untuk memisahkan beberapa unsur biologis dari lingkungannya. Ini mungkin termasuk molekul biologis yang harus diangkut
dari satu tempat ke tempat lain atau menampung reaksi kimia tertentu hingga produknya dapat dilepaskan ke dalam sel.
Vesikel terutama terlibat dalam mengambil nutrisi dan mengeluarkan produk limbah ke luar sel, masing-masing disebut endositosis dan eksositosis.
Vesikel berfungsi sebagai moda transportasi utama antara lingkungan ekstraseluler dan berbagai kompartemen dalam sel seperti eksosom, endosom,
jaringan trans golgi (TGN), dan retikulum endoplasma.
Pesan ekstraseluler bekerja melalui sistem yang sama. Saat sinyal berdifusi ke seluruh lingkungan ekstraseluler, sinyal tersebut dapat berinteraksi
dengan reseptor yang kemudian dibawa ke dalam sel dalam vesikel atau dibawa ke dalam vesikel itu sendiri. Sejumlah pembawa pesan sekunder
mungkin berperan untuk mentransduksi sinyal, atau sinyal mungkin memiliki target intraseluler langsung yang menimbulkan beberapa perubahan –
ekspresi gen tertentu atau inisiasi beberapa modifikasi pasca-translasi, misalnya. Vesikel neuron dapat membawa sinyal antar sel melintasi celah
sinaptik atau di dalam neuron itu sendiri.
Di dalam sel, pembentukan vesikel dimulai dengan lapisan ganda lipid. Perturbasi dan deformasi pada bagian bilayer ini menciptakan kombinasi
yang tepat antara kelengkungan negatif dan positif untuk mengembangkan vesikel, suatu struktur dengan kelengkungan positif sepenuhnya. Kisaran
vesikel yang dipelajari dalam sel membentang antara 30nm hingga 1,2µm. [6]
Pembentukan Vesikel secara in vivo
Pembentukan, atau tunas, vesikel dalam sel melibatkan deformasi membran dan menciptakan kekhususan untuk muatan tertentu.
Studi mikroskop elektron awal mendeteksi 'lapisan' padat elektron pada zat antara yang sedang berkembang. Daerah padat elektron kemudian
ditemukan sebagai protein pelapis yang terlibat dalam pembuatan vesikel.[10] Protein ini melapisi bagian membran untuk membuat dan menstabilkan
kelengkungan, kemudian memilih muatan yang tepat. Vesikel kemudian harus dijepit di bagian leher untuk membuat struktur membran yang terpisah
dari membran yang lebih besar. Proses-proses ini biasanya dimediasi oleh kelompok protein. Mekanisme dengan karakteristik terbaik melibatkan
protein clathrin, protein mantel I (COPI), dan protein mantel II (COPII). [1, 9, 10]
Protein clathrin adalah trimer, yang disebut triskellion, paling baik

direpresentasikan sebagai domain pusat yang terdiri dari tiga rantai berat
(~190kDa) yang berinteraksi satu sama lain di terminal-C, terikat dengan tiga
rantai ringan (~25kDa) yang memanjang ke luar. Distal domain pusat terdapat
struktur baling-baling ÿ berbilah tujuh N-termini dengan tempat pengikatan
banyak protein adaptor untuk mentransfer berbagai jenis muatan dalam vesikel
potensial. Dalam larutan, triskelia membentuk cincin heksagonal datar dengan
relatif mudah. Untuk pembentukan vesikel, triskelia juga harus membentuk
cincin pentagonal, selain cincin heksagonal, untuk menghasilkan kelengkungan
yang cukup untuk enkapsulasi vesikel. Setidaknya 12 pentagon harus ada
dalam kisi untuk membentuk vesikel penuh. Domain berulang N-terminal dari
triskelion mengikat protein adaptor berbeda yang kemudian dapat mengikat
muatan serta membran secara langsung. Triskelion tunggal akan mengikat
yang lain, membentuk bentuk yang disebutkan di atas dan akhirnya menjadi
sangkar yang dapat merangkum vesikel. [9,10]
COPI adalah kompleks protein heptamerik yang terkait dengan perpindahan

substrat dari cis-golgi ke retikulum endoplasma kasar, yang disebut lalu lintas
retrograde. Ini terdiri dari tujuh subunit (ÿ, ÿ, ÿ', ÿ, ÿ, ÿ dan ÿ), yang terdiri dari
subkompleks F (heteromer dari subunit ÿ, ÿ, ÿ dan ÿ) dan subkompleks B (heteromer dari ÿ dan ÿ ' subunit). Subunit ÿ dan ÿ' mengandung
pengulangan WD40, seperti halnya clathrin. Protein pelapis COPII berhubungan dengan pengangkutan bahan keluar dari RE ke TGN dan membran
sel, atau transfer anterograde. Protein COPII mungkin dianggap sebagai subkompleks dari Sec13/31p dan Sec23/Sec24p. Bagian dari Sec13/31p
memiliki pengulangan WD40, sekali lagi seperti clathrin. [1,9]
Mekanisme Lain Pembentukan Vesikel
Percabangan sitoskeletal, treadmilling, dan bencana mempengaruhi bentuk membran dalam perkembangan pseudopodia dan lamellopodia, dan
mungkin dapat berkontribusi pada pembentukan vesikel. Protein dengan domain BAR (Bin/amphiphysin/Rvs) secara khusus menyisipkan heliks ke
dalam membran dengan kelengkungan dan berperan penting dalam menstabilkan kelengkungan yang dibentuk oleh protein pelapis. [8, 11, 17]
Badan Multivesikular dan Vesikula Intralumenal

Pada jalur endositik, badan multivesikular (MVB) adalah organel yang memiliki vesikel di dalam lumennya,
yang disebut vesikel intraluminal (ILT). Mereka biasanya membawa muatan yang ada di mana-mana ke
lisosom, tetapi dapat melakukan fungsi lain juga. Vesikel ini memerlukan kompleks penyortiran endosom
yang diperlukan untuk pembentukan protein transpor (ESCRT). ESCRTI, -II, dan –III bekerja bersama
protein terkait lainnya seperti protein penyortiran vakuolar 4 (Vsp4) untuk memilih muatan, membuat tunas
kecil, akhirnya melakukan pemotongan pada tunas, dan menargetkan vesikel ke tujuan akhir. Interaksi
kompleks antara protein ESCRT, protein penargetan terkait yang bekerja dengan protein ESCRT, dan
modifikasi muatan pasca-translasi mengatur proses ini. [7] Terdapat bukti bahwa protein ESCRT juga
berpartisipasi dalam pertumbuhan virus, sitokinesis, pensinyalan sel, dan pengembangan melalui interaksi membrannya. [13,14,15,16]
Referensi
1. Aridor, M., & Traub, LM (2002). Pemilihan kargo dalam transportasi vesikuler: pembuatan dan pemecahan mantel. Lalu Lintas, 3(8), 537-
546.
2. Basu, SC, & Basu, M. (Eds.). (2002). Metode dan protokol liposom (No. 199). Sains & Media Bisnis Springer.
3. Chenette, EJ (2014). ESCRTing pembentukan vesikel intraluminal. Biologi sel alam, 16(5), 400-400.
4. Dua, JS, Rana, AC, & Bhandari, AK (2012). Liposom: metode persiapan dan aplikasi. Int J Pharm Stud Res, 3,
14-20.
5. Hanson, PI, & Cashikar, A. (2012). Morfogenesis tubuh multivesikular. Tinjauan tahunan biologi sel dan perkembangan,
28, 337-362.
6. Jena, BP (2008). Dinamika Organel Intraseluler pada Resolusi nm. Metode dalam biologi sel, 90, 19-37.
7. Jouvenet, N. (2012). Dinamika protein ESCRT. Ilmu Kehidupan Seluler dan Molekuler, 69(24), 4121-4133.
8. McMahon, HT, & Gallop, JL (2005). Kelengkungan membran dan mekanisme remodeling membran sel dinamis. Alam,
438(7068), 590-596.
9. McMahon, HT, & Mills, IG (2004). COP dan tunas vesikel berlapis clathrin: jalur berbeda, pendekatan umum.
Pendapat terkini dalam biologi sel, 16(4), 379-391.
10. Pearse BM (April 1976). "Clathrin: protein unik yang terkait dengan transfer membran intraseluler melalui vesikel berlapis".
Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat 73 (4): 1255–9.
11. Peter, BJ, Kent, HM, Mills, IG, Vallis, Y., Butler, PJG, Evans, PR, & McMahon, HT (2004). Domain BAR sebagai
sensor kelengkungan membran: struktur amphiphysin BAR. Sains, 303(5657), 495-499.
12. Piper, RC, & Katzmann, DJ (2007). Biogenesis dan fungsi badan multivesikular. Tinjauan tahunan sel dan
biologi perkembangan, 23, 519.
13. Rusten, TE, Vaccari, T., & Stenmark, H. (2012). Membentuk pengembangan dengan ESCRT. Biologi Sel Alam, 14(1), 38-45.
14. Slagsvold, T., Pattni, K., Malerød, L., & Stenmark, H. (2006). Fungsi endosomal dan non-endosomal protein ESCRT.
Tren biologi sel, 16(6), 317-326.
15. Tu, C., Ahmad, G., Mohapatra, B., Bhattacharyya, S., Ortega-Cava, C., Chung, BM, dkk. al & Band, H. (2011). ESCRT
protein: Pengatur sinyal seluler bermata dua. Bioarsitektur, 1(1), 45-48.
16. Wegner, CS, Rodahl, LM, & Stenmark, H. (2011). Protein ESCRT dan pensinyalan sel. Lalu Lintas, 12(10), 1291-1297.
17. Zimmerberg, J., & Kozlov, MM (2006). Bagaimana protein menghasilkan kelengkungan membran sel. Ulasan Alam Sel Molekul
Biologi, 7(1), 9-19.
2.6: Vesikel dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Sel eukariotik dikelilingi oleh penghalang fleksibel dan dinamis yang disebut membran. Membran biologis ini adalah
terdiri dari lipid, yang beragregasi membentuk bilayer dengan sifat biokimia tertentu. Sifat amfipatik lipid
bilayer, yang ekornya bersifat hidrofobik dan berasosiasi satu sama lain, dan kelompok kepalanya bersifat hidrofilik dan berinteraksi dengannya
lingkungan berair, sangat penting untuk strukturnya. Komposisi lapisan ganda lipid juga penting untuk difusi keduanya
dan di dalam membran. Difusi membran ini penting untuk berbagai fungsi, beberapa di antaranya termasuk mengatur
fluiditas membran, penyerapan metabolit ke dalam sel dari luar, dan pembuangan produk limbah dari dalam
di dalam sel.
Model Mosaik Cairan

Setiap protein membran mempunyai orientasi tertentu di dalam membran dan tidak dapat membalik-balik membentuk satu lapisan ganda ke lapisan ganda lainnya setelahnya
telah mengambil konformasi matangnya. Namun, pergerakan lateral dalam lapisan ganda lipid yang sama masih mungkin terjadi. Difusi lateral adalah
fitur utama dari model struktur membran mosaik fluida yang pertama kali dijelaskan pada tahun 1972 oleh S. Jonathan Singer dan Garth
Nicolson (1).
Model ini didukung oleh percobaan yang sebelumnya dilakukan oleh LD Frye dan M. Edidin pada tahun 1970, yang menunjukkan bahwa sel yang diambil
dari garis tikus dan manusia dapat digabungkan menggunakan virus Sedani (Gambar 2.7.1 ). Sel fusi yang dihasilkan mengekspresikan keduanya
antigen tikus dan manusia, yang dapat diberi label secara tidak langsung oleh antibodi fluoresen dan diikuti. Pencampuran kedua orang tua
antigen terjadi empat puluh menit setelah fusi, menunjukkan bahwa difusi lateral dalam membran dapat terjadi (2). Namun, itu
waktu yang diperlukan untuk terjadinya difusi lateral bergantung pada fluiditas membran, yang pada akhirnya bergantung pada suhu dan
komposisi lipid.
Gambar 2.7.1 : Desain eksperimental awalnya dilakukan oleh Frye dan Edidin pada tahun 1970, di mana mereka mengambil sel dari manusia dan a
mouse dan menggabungkannya menggunakan virus Sedani. Antigen spesifik spesies kemudian diberi label dengan antibodi fluoresen dan
diikuti. Hasil percobaan ini menunjukkan fusi dan pencampuran antigen, menunjukkan difusi lateral di dalam membran.
Jenis Difusi Melintasi Membran Plasma

Ada prinsip termodinamika umum yang mengatur transfer molekul melintasi membran. Gambar mewakili 2.7.2
persamaan yang menunjukkan jumlah energi bebas yang diperlukan substrat untuk melintasi membran. Agar difusi dapat terjadi,
ÿG harus negatif dan sama dengan ÿG menjauh dari nol dan menjadi lebih positif, kerja menjadi diperlukan. Ketika
ÿGakan
konsentrasi menjadi sama di kedua sisi membran dan laju transpor di kedua arah = 0 menjadi sama
sama dan tidak akan terjadi transpor bersih.
(2.7.1)
ÿG = RT ln( ) C2
C1
Jika C 2 , konsentrasi substrat dalam sitosol kurang dari C negatif dan prosesnya 1, konsentrasi substrat di luar sel, maka ÿG adalah
menguntungkan. Secara bertahap, seiring dengan semakin banyaknya substrat yang ditransfer melintasi membran, C menurun1 seiring dengan meningkatnya
2 C
sampai C
2 = C dan
1 pada titik ini delta G =0 dan sistem berada pada kesetimbangan.
Difusi Sederhana
Difusi sederhana terjadi melalui difusi molekul, seperti O dan CO 2.7.3 ). Oleh karena
2 itu, 2, melintasi inti hidrofobik membran (Gambar
tidak diperlukan ATP untuk difusi melintasi membran jenis ini, ini hanyalah masalah molekul yang bergerak menuruni gradien konsentrasi. Karena difusi
sederhana tidak memerlukan ATP, molekul atau ion polar yang besar tidak dapat berdifusi melintasi membran. Hal ini disebabkan oleh daerah ekor hidrofobik
pada membran, yang memberikan penghalang energi yang terlalu besar untuk diatasi oleh potensial yang tersimpan dalam gradien.
Gambar 2.7.3 : Gambar difusi sederhana dimana senyawa nonpolar berdifusi melintasi membran melalui penggunaan gradien konsentrasi. Proses ini tidak
memerlukan protein mediator atau pori-pori.
Laju transpor bersih sebanding dengan perbedaan konsentrasi (C – C ) melintasi membran

2 (Gambar
1 2.7.4 ).
KD1(C2 ÿC1)
J=ÿ (2.7.2)
aku
Di mana
J adalah laju transpor bersih, K
adalah koefisien partisi rasio kelarutan bahan dalam lipid dan air, D1 adalah koefisien difusi zat yang
berdifusi dalam membran, dan l adalah ketebalan membran.
Untuk ion dan zat hidrofilik lainnya, K adalah angka yang sangat kecil, mengingat difusi molekul tersebut melintasi membran sangat lambat.
Transportasi yang Difasilitasi
Berbeda dengan difusi sederhana yang tidak memerlukan ATP, transportasi yang difasilitasi membutuhkan ATP untuk mengatasi penghalang energi di daerah
ekor hidrofobik membran. Selain itu, jenis difusi ini bergantung pada muatan yang mengikat saluran yang tertanam dalam membran atau protein pembawa.
Ada dua jenis transpor yang difasilitasi, transpor yang difasilitasi pori dan transpor yang difasilitasi pembawa. Untuk membedakan antara transportasi yang
difasilitasi pori dan difusi yang difasilitasi pembawa, seseorang dapat mengubah fluiditas membran dengan mengubah suhu. Perubahan suhu ini akan
menghentikan difusi yang difasilitasi pembawa karena difusi yang difasilitasi pembawa harus bergerak melalui membran agar dapat berfungsi dan tidak dapat
melakukannya ketika membran dalam keadaan tidak cair.
Transportasi yang Difasilitasi Pori
Transportasi yang difasilitasi pori menggunakan protein yang tertanam di dalam membran yang dapat membuka dan menutup untuk memfasilitasi difusi. Jenis
difusi ini memungkinkan ion-ion tertentu melewati pori-pori, seperti Cl-. Contoh penting dari transpor yang difasilitasi pori adalah transpor glukosa melalui
penggunaan mekanisme pori bergerbang, dimana pori tidak pernah terbuka pada kedua ujungnya secara bersamaan (Gambar 2.7.5 ). Sebaliknya, pori-pori
terbuka di bagian luar untuk memungkinkan masuknya glukosa, menutup lubang bagian luar, membuka lubang bagian dalam,
melepaskan glukosa ke dalam sitosol, dan akhirnya kembali ke keadaan mengikat bagian luarnya (15).
adalah 2.7.5 : Gambar glukosa yang menggunakan sistem transpor yang difasilitasi pori (hijau muda) sebagai alat untuk melintasi membran. Gambar ini
diagram sederhana yang tidak menunjukkan mekanisme gerbang pori.
Transportasi yang Difasilitasi
Pembawa Ionofor antibiotik, seperti valinomisin, suatu pembawa kation, adalah contoh transportasi yang difasilitasi pembawa. Konformasi terlipatnya
memungkinkan protein memiliki permukaan hidrofobik luar, membuatnya larut dalam lapisan ganda lipid, dengan konformasi internal yang meniru cangkang
hidrasi yang dimiliki kation dalam larutan berair. Konformasi ini memungkinkan valinomisin berdifusi dari satu permukaan membran, mengambil ion, dan
kemudian berdifusi ke permukaan lain untuk melepaskannya (Gambar 2.7.6 ).
Gambar 2.7.6 : Difusi terfasilitasi melibatkan penggunaan protein untuk memfasilitasi pergerakan molekul melintasi membran. Dalam beberapa kasus,
molekul melewati saluran di dalam protein, Dalam kasus lain, protein berubah bentuk, memungkinkan molekul untuk melewatinya. (Area publik).
Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Difusi Membran
Ada beberapa faktor yang dapat mempengaruhi difusi molekul baik di dalam maupun melintasi membran; hambatan fisik, titik tarik-menarik atau tolak-
menolak elektrostatis, dan fenomena partisi (3), hanyalah beberapa contoh.
Hambatan Fisika
Hambatan fisik dapat menjadi sangat padat, sehingga dapat menghalangi jalannya molekul secara bebas. Beberapa protein adaptor
(alfa-aktinin, talin, vinculin, dll.) dapat menempelkan sitoskeleton kortikal ke ekor sitosol panjang protein transmembran di dalam
membran plasma dan bertindak sebagai pagar, yang membatasi pergerakan molekul melintasi membran (4, 5). Obstruksi sitoskeleton
kortikal tersebut telah mengarah pada pengamatan bahwa molekul mengalami “difusi hop” di mana mereka “melompat” sebentar-
sebentar di antara zona pengurungan (4,5) untuk berdifusi (Gambar 7).
Gambar 2.7.7 : Gambar jaring sitoskeleton aktin (ungu muda) yang menempel pada protein transmembran (ungu tua) dan lipid yang terikat erat untuk
membentuk penghalang yang membatasi difusi molekul (3). Panah merah menunjukkan difusi terbatas.
Persimpangan membran-matriks juga dapat menyebabkan obstruksi fisik yang menghambat difusi membran. Hal ini disebabkan oleh pengikatan antara reseptor
integrin yang terletak di membran plasma dan matriks ekstraseluler (jaringan fibrosa protein tempat sel menempel) (Gambar 2.7.8 ). Jika interaksi ini semakin
terakumulasi pada kepadatanyang cukup tinggi, maka difusi menjadi terbatas. Sebuah studi baru-baru ini menunjukkan bahwa jenis penghalang fisik ini menghalangi
difusi molekul membran yang dimensinya melebihi lebar interaksi integrin-matriks (6).
Gambar 2.7.8 : Gambar matriks ekstraseluler (kuning) yang terhubung ke reseptor membran (ungu) untuk menghasilkan jaring yang membatasi difusi (3).
Panah merah menunjukkan difusi terbatas.
Hambatan Elektrostatik Interaksi
elektrostatik juga dapat mengganggu difusi bebas, karena protein atau lipid bermuatan dapat ditolak oleh muatan sejenis atau ditarik oleh muatan berlawanan
(Gambar 2.7.9 ). McLaughlin dan Murray pada tahun 2005 menunjukkan bahwa protein memiliki daerah terbuka yang memiliki residu basa dan hidrofobik yang
memungkinkan mereka berada di dalam lapisan ganda dan pada saat yang sama menarik lipid anionik secara elektrostatis (7). Akibatnya, residu kationik yang
terkait dengan membran bergabung bersama, menciptakan cincin bermuatan negatif di sekitar protein. Dengan demikian, cincin lipid anionik yang dihasilkan dapat
mengubah mobilitas molekul bermuatan lainnya pada bidang membran (8).
2.7.9 : Protein yang mengandung domain PH terbukti direkrut ke patch yang kaya akan lipid ligannya. Muatan negatif Gambar pada PIP (hijau)
mengakumulasi
2 dan membelokkan protein dengan muatan negatif serupa (biru) (3).
Hambatan Akibat Partisi

Dalam suatu membran, jenis lipid atau protein tertentu dapat dipartisi menjadi wilayah tertentu, sehingga menghasilkan wilayah dengan perilaku subdifusi (3).
Hubungan antara lipid dan protein sering kali didorong oleh pengenalan domain pengikatan tertentu, misalnya hubungan domain protein PH dengan fosfoinositida
(9). Cara lain pembentukan kompleks lipid-protein ini adalah melalui interaksi hidrofobik. Contoh dari kompleks yang didorong oleh interaksi hidrofobik ini adalah
mikrodomain kaya lipid dan kolesterol jenuh, yang dikenal sebagai rakit lipid (10). Terakhir, kelengkungan membran dapat berperan dalam hambatan difusi
(Gambar 10). Daerah bengkok pada membran mempunyai sifat yang berbeda, karena kelompok kepala lipid yang membentuk lapisan tunggal cekung sangat
rapat, sedangkan kelompok kepala pada lapisan tunggal cembung jaraknya sangat jauh seperti biasanya. Sisi cekung dari lapisan ganda yang bengkok dapat
mengubah difusi secara fisik atau elektrostatis, sedangkan sisi cembung menciptakan membran yang lebih mudah diakses karena berkurangnya pengepakan
kelompok kepala.
2.7.1 0: Area dimana membran mengalami kelengkungan yang tajam dapat memaksa paparan daerah hidrofobik pada bagian luar membran selain
memaksa kepala lipid pada bagian dalam untuk memadat. Kelengkungan dapat mengubah partisi lipid dan protein.
Teknik Memantau Difusi

Pemulihan fluoresensi setelah photobleaching (FRAP) awalnya sangat berguna dalam mempelajari difusi lateral komponen membran (11). Teknik ini
menggunakan probe berlabel fluoresensi untuk mengikuti molekul yang diinginkan. Dengan menggunakan laser intensitas tinggi, fluorofor di wilayah yang diinginkan
akan memutih dan kehilangan sinyal (Gambar 11). Probe yang tidak diputihkan kemudian akan berdifusi ke seluruh sampel dan menggantikan daerah yang
diputihkan. Karena metode ini mengukur perilaku rata-rata molekul, maka resolusi temporal (detik) pada akhirnya terbatas.
Spektroskopi korelasi fluoresensi (FCS) adalah analisis korelasi yang mengukur fluktuasi intensitas fluoresensi. Teknik ini memberikan presisi
spasial yang tinggi dan dapat mengukur koefisien difusi molekul (12,13). Tidak seperti FRAP, FCS dapat memperoleh resolusi waktu, namun tidak
memiliki kemampuan untuk menangkap peristiwa sementara yang ditentukan.
Pencitraan refleksi internal total (ITIR) -FCS adalah teknik yang dapat menghindari kedua masalah pada teknik lain, karena dapat menyelidiki
difusi dalam membran dengan resolusi temporal dan spasial yang baik (12). ITIR-FCS dapat diterapkan pada difusi, transpor aktif, atau bahkan
keduanya.
Referensi
1. Singer SJ dan Nicolson GL 1972. Model Struktur Membran Sel Mosaik Fluida. Sains. 175:720-31.
2. Frye LD dan Edidin M. 1970. Pencampuran Cepat Antigen Permukaan Sel Setelah Pembentukan Manusia-Tikus
Heterokaryon. Jurnal Ilmu Sel. 7:319-35.
3. Mathews CK dan Van Holde KE 1996. Biokimia. Edisi kedua. Menlo Park, CA: Penerbitan Benjamin/Cummings
Perusahaan, Inc.
4. Fujiwara TK, Ritchie H., Murakoshi K., Jacobson, Kusumi 2002. Fosfolipid mengalami difusi hop dalam kompartemen
membran sel. Jurnal Biologi Sel. 157:1071-82.
5. Suzuki KG, Fujiwara TK, Sanematsu F., Iino R., Edidin M., Kusumi A 2007. Cluster reseptor berlabuh GPI untuk sementara
merekrut Lyn dan G-alpha untuk imobilisasi cluster sementara dan aktivasi Lyn: studi pelacakan molekul tunggal. Jurnal Biologi Sel. 177:717-30.
6. Paszek MJ, DuFort CC, Rossier O., Bainer R., Mouw JK, Godula K., Hudak JN, Lakins AC, Wijekoon L., Cassereau 2014. Glikokaliks kanker
secara mekanis mengutamakan pertumbuhan dan kelangsungan hidup yang dimediasi integrin. Alam. 511:319-25.
7. McLaughlin S. dan Murray D. 2005. Organisasi fosfoinositida membran plasma oleh elektrostatika protein. Alam.
438:605-611.
8. Van den Boggart G., Meyenberg K., Risselada HJ, Amin KI, Willig BE, Hubrich M., Dier SW Hell, H., Grubmuller U., Diederichsen, Jahn R., 2011.
Pengikatan protein membran oleh protein ionik -interaksi lipid. Alam. 479: 552-55.
9. Trimble WS dan Grinstein S. 2015. Hambatan difusi bebas protein dan lipid dalam membran plasma. Jurnal dari
Sel biologi. 208:259-71
10. Lemmon MA 2008. Pengenalan membran dengan domain pengikat fosfolipid. Tinjauan Alam Biologi Molekuler dan Sel. 9:
99-111.
11. Lingwood D. dan Simons K., 2010. Rakit lipid sebagai prinsip pengorganisasian membran. Sains. 327: 46-50.
12. Chen Y., Lagerholm BC, Yang B., Jacobson K., 2006. Metode untuk mengukur difusi lateral lipid membran dan
protein. Metode. 39:147-53.
13. Sankaran J., Manna M., Guo L., Kraut R., Wohland T. 2009. Difusi, transportasi, dan organisasi membran sel diselidiki
dengan gambar spektroskopi korelasi silang fluoresensi. Jurnal Biofisika. 97:2630-39.
14. Magde D., Elson EL, Webb WW 1974. Spektroskopi korelasi fluoresensi. Biopolimer. 17:361-76.
15. Oka Y., Asaon T., Shibasaki Y., Lin JL, Tsukuda K., Katagiri H., Akanuma Y., Takaku F. 1990. C-terminal terpotong glukosa
transporter terkunci dalam bentuk menghadap ke dalam tanpa aktivitas transportasi. Alam. 345:550-53.
2.7: Difusi dalam Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
GAMBARAN UMUM BAB
3: Fase dan Morfologi Membran

Salah satu sifat terpenting dari lapisan ganda lipid adalah mobilitas relatif (fluiditas) molekul lipid individu dan bagaimana
mobilitas ini berubah seiring suhu. Respons ini dikenal sebagai perilaku fase bilayer. Perilaku fase lapisan ganda lipid sangat
ditentukan oleh kekuatan interaksi tarik menarik Van der Waals antara molekul lipid yang berdekatan. Tingkat interaksi ini pada
gilirannya ditentukan oleh seberapa panjang ekor lipid tersebut dan seberapa baik mereka dapat berkumpul bersama.
3.3: Fase Fluida
3.4: Fase Gel
3.5: Riak Fase 3.6:
Rakit
3: Fase dan Morfologi Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1

Membran biologis terutama terdiri dari fosfolipid—kelas senyawa beragam yang terdiri dari gugus kepala hidrofilik yang terikat secara kovalen pada sepasang
asam lemak hidrofobik. Struktur amfipatik ini menyebabkan molekul fosfolipid secara spontan membentuk bilayer ketika ditempatkan di dalam air, karena fosfolipid
didorong untuk mengarahkan kelompok kepalanya ke arah air dan melindungi ekor asam lemaknya dari air melalui efek hidrofobik.
Meskipun lapisan ganda ini cenderung berada dalam fase cair dalam kondisi fisiologis, komponen fosfolipidnya dapat mengalami transisi fase dalam kondisi
lingkungan yang tepat. Mirip dengan transisi umum antara fase cair, padat, dan gas pada sistem yang lebih sederhana, transisi fase lipid ini mewakili perubahan
entropi sistem melalui reorganisasi komponen sistem sebagai respons terhadap perubahan energi bebas sistem. Lipid dapat berada dalam beberapa fase, yang
dirangkum di bawah ini.
L ÿ: Fase Kekacauan Cairan Fase keteraturan
cairan, sesuai dengan namanya, adalah keadaan sangat cair dimana masing-masing lipid dapat bergerak secara lateral melintasi permukaan membran secara
relatif tanpa hambatan. Lapisan ganda yang tidak teratur cair sering kali ditandai dengan susunan molekul lipid individu yang tidak teratur, serta adanya kekusutan
pada asam lemak tak jenuh. Kekusutan ini secara efektif mengurangi luas permukaan yang dapat diakses oleh rantai asam lemak lainnya, sehingga melemahkan
interaksi Van der Waals.
Gambar 3.1.1 : Gambaran fase tidak teratur cairan, dengan tampak penampang di sebelah kiri, dan tampak atas di sebelah kanan yang menggambarkan
ketidakteraturan pengepakan. Perhatikan orientasi ekor asam lemak yang tidak teratur, yang menunjukkan tingkat fluiditas yang tinggi. (Musim Gugur 2015)
L : Fase Gel ÿ
Pada suhu di bawah Tm (suhu leleh), lapisan ganda lipid memasuki fase padat yang dikenal sebagai fase gel. Asam lemak dengan kekusutan sering mengalami
isomerisasi trans, memungkinkan rantai diperpanjang sepenuhnya dan memperkuat interaksi Van der Waals.
Interaksi Van der Waals yang lebih kuat menghasilkan pengepakan lipid yang lebih rapat dan teratur, sehingga menghambat pergerakan lateral melintasi
permukaan membran.
Gambar 3.1.2 : Penggambaran fase gel, dengan tampak penampang di sebelah kiri, dan tampak atas di sebelah kanan yang menggambarkan susunan
pengepakan yang sangat teratur. Perhatikan orientasi lurus dari ekor asam lemak, yang menunjukkan tingkat fluiditas yang rendah. (Musim Gugur 2015)
L : Fase Terurut Cairan Fase terurut cair

Hai
mewakili sesuatu yang merupakan gabungan dari fase tak teratur cair dan fase gel. Konsentrasi sterol membran yang cukup tinggi dikombinasikan dengan
kekakuan relatif molekul sterol menyebabkan pengemasan membran fase cair lebih rapat, sekaligus memisahkan lipid fase gel. Hasilnya adalah “fase terurut cair”
dengan kualitas seperti padat mirip dengan fase gel tanpa mengorbankan laju difusi lateral yang tinggi yang dapat dicapai dalam fase tidak tertata cair.
Gambar 3.1.3 : Tampilan penampang fase terurut cair dibandingkan dengan fase terurut cair dan gel, dengan molekul kolesterol digambarkan dengan warna
kuning. Perhatikan orientasi lurus dari ekor asam lemak, serta jarak antara fosfolipid yang disediakan oleh kolesterol. (Musim Gugur 2015)
Pÿ : Fase Riak
Gambar 3.1.4 : Penggambaran fase riak, dengan tampak penampang di sebelah kiri, dan tampak atas di sebelah kanan yang menggambarkan susunan
pengepakan yang sangat teratur. Perhatikan orientasi lurus dari ekor asam lemak, yang menunjukkan tingkat fluiditas yang rendah, mirip dengan fase gel.
(Musim Gugur 2015)
LC : Fase Pseudokristalin
yang : Penggambaran fase pseudokristalin, dengan tampilan penampang ke kiri. Perhatikan orientasi lurus dari ekor asam lemak Gambar 3.1.5 ,
menunjukkan tingkat fluiditas yang rendah, mirip dengan fase gel. (Musim Gugur 2015)
Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Transisi

Fase Lipid Faktor utama yang mendorong sebagian besar transisi fase adalah suhu lingkungan. Suhu di atas Tm lipid akan
mengubah lipid menjadi fase cair, sedangkan suhu yang lebih dingin akan menyebabkan transisi ke fase padat. Namun, Tm
dapat bervariasi antar lipid karena perbedaan sifat struktural. Selain itu, beberapa transisi fase, seperti transisi fase tatanan
cair, lebih bergantung pada kondisi lingkungan selain suhu.
Panjang rantai
Rantai asam lemak yang lebih panjang memiliki luas permukaan yang lebih besar dibandingkan rantai asam lemak yang lebih kecil, sehingga menghasilkan interaksi Van der Waals yang lebih kuat antara
rantai lipid yang panjang. Hal ini menyebabkan peningkatan Tm dengan bertambahnya panjang rantai, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 3.1.1 .
pada Gambar : Tabulasi data Tm dan entalpi untuk lipid dengan panjang berbeda. Perhatikan bagaimana fusi Tm dan ÿH meningkat dengan panjang rantai
3.1.6 . (Musim Gugur 2015)
Selain itu, peningkatan panjang rantai hidrokarbon secara bersamaan meningkatkan jumlah derajat kebebasan, sehingga meningkatkan kapasitas panas lipid—
sehingga juga meningkatkan entalpi fusi.
Ketidakjenuhan
Ketidakjenuhan lipid—adanya satu atau lebih ikatan rangkap pada ekor asam lemak lipid—juga mempengaruhi Tm dengan mengubah kekuatan interaksi Van der
Waals antara ekor lipid. Namun, tidak seperti panjang rantai, peningkatan ketidakjenuhan akan mengurangi Tm lipid dengan mengurangi luas permukaan yang
dapat dijangkau dari ekor asam lemak dengan membentuk kekusutan yang mencegah ekor-ekor di dekatnya untuk saling menempel erat. Hal ini melemahkan
interaksi antar-lipid Van der Waals, dan menurunkan Tm lipid.
Posisi ikatan rangkap dalam rantai asam lemak mempengaruhi derajat penurunan Tm—dengan ikatan rangkap yang lebih dekat ke tengah rantai menghasilkan
kekusutan yang lebih besar, sehingga mengurangi Tm lebih banyak daripada ikatan rangkap yang terletak lebih dekat ke salah satu ujung rantai.
Sterol
Sterol, seperti kolesterol, berperan besar dalam memodulasi fluiditas membran. Sterol—dibandingkan dengan fosfolipid di dekatnya—molekul kecil dan kaku yang
sebagian besar bersifat hidrofobik, dengan pengecualian gugus hidroksil tunggal. Akumulasi sterol dalam lapisan ganda lipid menyebabkan pengemasan ekor
asam lemak yang lebih rapat dalam lipid fase cair dan memisahkan lipid fase gel. Hasilnya adalah “fase terurut cair” dengan kualitas seperti padat mirip dengan
fase gel tanpa mengorbankan laju difusi lateral yang tinggi yang dapat dicapai dalam fase tidak tertata cair.
Konsentrasi Protein Membran
Konsentrasi lokal yang tinggi dari protein terkait membran dapat menurunkan Tm bagian membran melalui interaksi sterik antara protein yang berjejal. Meskipun
peningkatan konsentrasi protein lokal sangat penting untuk memfasilitasi proses seluler tertentu, tumbukan antara protein yang padat menciptakan tekanan lateral
yang menjadikan pemisahan domain lipid lebih menguntungkan secara termodinamika—mungkin mengarah pada transisi fase, seperti yang ditunjukkan pada
Gambar 3.1.7 .
Gambar 3.1.7 : Diagram yang mengilustrasikan bagaimana interaksi sterik antara protein membran yang padat dapat menghasilkan pemisahan domain
membran yang teratur. Protein membran diwakili oleh bola hijau dan lipid domain terurut berwarna hitam, dengan lipid membran lainnya ditandai dengan
warna merah. (Scheve dkk, 2013)
Hasil Transisi Fase Lipid

Pemisahan Fase
Membran sering kali mengandung campuran lipid dengan panjang dan derajat ketidakjenuhan yang berbeda, sehingga menghasilkan Tm yang berbeda. Jika
sistem membran seperti itu didinginkan, lipid yang lebih panjang dan jenuhnya akan mengalami transisi ke fase gel sebelum lipid lain yang lebih pendek dan
kurang jenuhnya, karena Tm-nya akan tercapai terlebih dahulu. Pelurusan rantai asam lemak yang diakibatkannya menyebabkan sebagian rantai lipid fase gel
terpapar air, sehingga menghasilkan agregasi lipid fase gel baru yang panjang dan didorong oleh efek hidrofobik. Hal ini menghasilkan pembentukan bercak lipid
fase gel yang panjang dan jenuh di dalam membran.
Agregasi Protein
Pemisahan fase antara lipid yang mengelilingi protein membran integral dapat memaparkan residu hidrofobik di tengah protein secara singkat ke air. Jika terdapat
cukup banyak protein lain yang terpapar di dekatnya, hal ini dapat mengakibatkan peristiwa agregasi protein yang dimediasi efek hidrofobik, seperti yang
ditampilkan pada Gambar 3.1.8 .
Gambar 3.1.8 : Ilustrasi agregasi protein yang didorong oleh pemisahan fase. Jenis lipid yang berbeda (ditunjukkan dengan bentuk kepala yang berbeda
kelompok) diurutkan bersama melalui proses pemisahan fase, yang dapat mengakibatkan agregasi protein membran melalui
efek hidrofobik.
Kebocoran Membran
Perbedaan laju transisi fase antara lipid yang menyusun membran dapat menyebabkan cacat pengepakan sebagai asam lemak fase gel
rantai menjadi lurus, membentuk celah berumur pendek antara rantai fase gel dan rantai tetangganya yang masih cair. Kesenjangan seperti itu
dapat membiarkan isi sitoplasma bocor keluar sel sampai tersumbat melalui difusi lateral lipid di sekitarnya.
Referensi
1. Benalcazar, Wladimir A. "Transisi Fase pada Lapisan Ganda Lipid". Esai Istilah Fisika 563. Universitas Illinois, Urbana-
Padang. Mei 2012.
2. Faller, R. Catatan Kuliah BPH241. Universitas Kalifornia, Davis. April 2015.
3. Raghunathan, VA, dan John Katsaras. "L ÿ ÿ ÿ LC ÿ Transisi Fase dalam Lapisan Bilapis Lipid Fosfatidilkolin: Transisi Tatanan
Gangguan dalam Dua Dimensi." Tinjauan Fisik E Fis. Pendeta E: 4446-449. jaring. 14 Mei 2015. .
4. Rangamani, Padmini, Shachi Katira, Berend Smit, dan George Oster. "Lipid Tilt Mengatur Perilaku Fase Ripple di Lipid
Bilayer." Jurnal Biofisika. Cell Press. Web. 14 Mei 2015.
5. Scheve, Christine S., Paul A. Gonzales, Noor Momin, dan Jeanne C. Stachowiak. “Tekanan Sterik antar Batas Membran
Protein Menentang Pemisahan Fase Lipid." J. Am. Chem. Soc. Jurnal American Chemical Society (2013): 1185-188.
Mencetak.
3.1: Transisi Fase Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Membran yang memberikan struktur dan definisi pada kompartemen seluler terdiri dari lipid dinamis dan heterogen yang berbagai
sifat kimianya memungkinkan fungsinya. Transisi antara dua fase utama bilayer lipid, fase kristal cair (L ) dan fase gel (L )
menentukan bagaimana
ÿ membran akan berperilaku
ÿ
dalam hal fluiditas pada suhu tertentu dan pembentukan mikrodomain
membran yang berguna secara biologis.
Sifat-sifat Fase Lipid yang Relevan Membran

yang terdiri dari lapisan ganda lipid dapat berada dalam fase cair atau gel, tergantung pada kekuatan interaksi antar molekul.
Kedua fase ini sangat berbeda dalam sifat fisik dan relevansi biologisnya.
SEBUAH.Lÿ
L ÿ
, atau fase "cair", ditandai dengan lebih banyak gerakan termal daripada fase gel. Gugus kepala dalam fase cair dikemas secara longgar
dengan kebebasan rotasi, sehingga menimbulkan area per molekul yang lebih besar pada suhu kamar dibandingkan yang diamati dalam fase gel [1].
Ekor rantai asil tidak kaku atau tersusun secara efisien karena adanya “kekusutan” yang disebabkan oleh orientasi rantai alkana yang tidak rata.
Dalam fase cair, molekul fosfolipid dapat bergerak bebas pada sumbu X dan Y, namun jarak antara bilayer (arah sumbu Z) lebih
pendek dibandingkan pada fase gel, seperti yang diharapkan karena adanya kekusutan pada ekor hidrofobik. 2]. Kehadiran domain
fase gel dalam bilayer dapat menghambat difusi lateral molekul fase cair [3].
B.L ÿ
Pada faseÿ
L, atau fase “gel”, ekor rantai asil memanjang sepenuhnya dan terdapat orientasi trans yang seragam untuk panjang rantai
alkil. Hal ini memberikan fase gel sumbu Z yang lebih panjang, atau panjang, karena rantai asil lebih kaku dan lurus.
Gugus kepala yang padat menghasilkan luas per molekul yang lebih rendah pada suhu kamar dibandingkan pada fase cair [1].
Definisi Transisi Fase menurut Ehrenfest

Fisikawan Austria Paul Ehrenfest memberikan definisi transisi fase, di mana perilaku fase dijelaskan dalam energi bebas (ÿG)
sebagai fungsi dari variabel termodinamika yang berbeda. “Orde” adalah turunan dari ÿG (sebagai fungsi dari beberapa variabel
fisika atau kimia) dan titik diskontinunya adalah titik perubahan fasa [4].
Perubahan fase keadaan fisik, seperti transisi antara keadaan padat, cair, gas (atau cair ke gel dari lapisan ganda lipid) adalah
transisi fase orde pertama karena kepadatannya terputus-putus pada M , yang merupakan turunan pertama dari ÿG terhadap
potensial kimia T-nya.

Pada transisi fase orde kedua, turunan pertama ÿG kontinu tetapi turunan kedua diskontinu untuk turunan kedua ÿG. Magnetisasi
adalah contoh proses transisi fase orde kedua.
Transisi fase gel menjadi cair merupakan proses orde pertama dan melibatkan panas laten, di mana sistem termodinamika
(membran) menyerap atau mengeluarkan entalpi ÿS dalam jumlah tetap. Selama transisi fase, suhu tetap konstan ketika panas
ditambahkan ke sistem [4].
Diagram perubahan fasa yang disederhanakan
Aliran panas yang diperlukan untuk perubahan fasa orde pertama dapat dimodelkan sebagai TÿS. Merencanakan aliran panas versus suhu
menunjukkan secara intuitif energi yang diperlukan untuk transisi fase, dengan integral area lengkung yang mewakili energi bebas proses:
Histeresis adalah fenomena dimana terdapat perbedaan T tergantung ke arah mana

M transisi fase berlangsung (perbedaan antara T dan T). Fenomena ini hanya
terjadi pada transisi fase orde pertama dan bukan transisi fase orde kedua [5]. cairÿgel gelÿcair
Karakteristik Transisi Fase

Pengemasan fase gel yang rapat sebagian dilakukan oleh rantai asil yang panjang dan lurus. Rantai ini dijaga tetap lurus dan kaku karena orientasi trans rantai
alkana. Selama transisi fase, bagian rantai asil dari ekor hidrofobik fosfolipid mengalami isomerisasi trans-gauche menghasilkan kekusutan, ekor yang lebih pendek
dan miring, dan menyebabkan pengemasan yang kurang efisien [6].
Membran yang relevan secara biologis ada sebagai campuran kompleks dari berbagai lipid dengan suhu leleh yang bervariasi. Ketika sebagian kecil membran
mencapai suhu transisi fase (T ), fase campuran akan muncul dengan campuran
M fase cair dan gel yang heterogen. Jika terdapat fase campuran dalam jumlah
yang cukup, sejumlah besar molekul lipid dapat terpapar ke lingkungan berair karena molekul fase cair akan lebih pendek pada sumbu Z dibandingkan fase gel,
membuat membran lebih tipis dan memperlihatkan sebagian hidrofobik. ekor molekul fosfolipid yang berdekatan. Fenomena ini dikenal sebagai “Ketidakcocokan
hidrofobik” dan merupakan kekuatan pendorong pemisahan fasa. Dengan demikian, perbedaan suhu transisi fase dalam campuran lipid kompleks dari lapisan
ganda lipid dapat dianggap sebagai kekuatan pendorong untuk pemisahan fase dan pembentukan mikrodomain [7].
Transisi Fase Penggerak Gaya Lipid mengalami
transisi fase spesifik suhu dari kristal cair ke fase gel. Suhu spesifik di mana transisi ini terjadi disebut sebagai T dan bervariasi tergantung pada molekul
spesifiknya. Molekul lipid dengan rantai asil Myang lebih panjang cenderung memiliki T lebih tinggi daripada fosfolipid berekor pendek karena ekor yang lebih
panjang memberikan lebih
M banyak peluang terjadinya interaksi Van der Waals antara dua molekul yang berdekatan, sehingga menurunkan seluruh energi dan
memerlukan lebih banyak energi panas untuk mencapai titik transisi fase. dan membuat fosfolipid lebih mungkin ada dalam fase gel [5].
Ikatan rangkap dalam rantai asil juga mempengaruhi T [8] Lipid tak
M jenuh
. memiliki T lebih rendah sedangkan lipidMjenuh memiliki T lebih tinggi. Selain derajat
ketidakjenuhan
M. atau jumlah ikatan rangkap, posisi ikatan rangkap pada rantai asil juga mempengaruhi perilaku fase [7].
Selain ekor asil, gugus kepala lipid juga mempengaruhi perilaku fase. Ukuran kelompok kepala diperkirakan memiliki pengaruh yang kuat pada kelompok kepala
T. Kelompok kepala
M. terglikosilasi telah terbukti menunjukkan lebih sedikit ikatan hidrogen dibandingkan fosfatidilkolin normal sehingga menghasilkan membran
yang lebih cair dan fleksibel [9]. Agak terkait, pH sekitar dan hidrasi membran dapat dengan pH lebih rendah dan keadaan hidrasi lebih tinggi menghasilkan T lebih
juga mempengaruhi T
M , tinggi untuk komposisi lipid yang sama dengan mempengaruhi M
ikatan hidrogen antara komponen lipid [10].
Perubahan suhu leleh lipid pada butiran serbuk sari yang mengandung kadar air berbeda [11]
Teknik Mendeteksi dan Mengukur Transisi Fase

Kalorimetri pemindaian diferensial (DSC) adalah teknik yang dapat digunakan untuk mengukur transisi fase dalam sampel lipid dan bahkan
dalam sel sederhana seperti bakteri utuh [12]. DSC bekerja dengan mengukur jumlah energi panas yang dibutuhkan untuk menaikkan suhu
sampel. Dengan menaikkan suhu sampel secara perlahan dan mengukur perubahan suhu secara akurat, DSC dapat menentukan fase transisi
fase. Dengan melakukan pemindaian DSC di kedua arah, histeresis dapat diidentifikasi.
Spektroskopi inframerah transformasi Fourier (FTIR) adalah teknik ampuh yang dapat memberikan banyak informasi tentang struktur lipid,
organisasi membran, dan perilaku fase [13]. FTIR mendeteksi serapan emisi cahaya jenis IR, yang pada panjang gelombang tertentu diserap
oleh ikatan karbon-karbon yang berbeda. Dari spektrum serapan FTIR, informasi tentang konformasi lipid dapat diekstrapolasi. Misalnya, transisi
fase dari fase gel ke fase cair mewakili perubahan dari keadaan yang lebih teratur ke keadaan yang lebih tidak teratur; keadaan yang tidak
teratur memberikan kebebasan rotasi dan vibrasi yang lebih besar pada molekul lipid, yang disertai dengan perluasan serapan IR dari molekul
berenergi lebih tinggi [14]. Telah digunakan untuk menemukan T sel utuh, termasuk trombosit manusia [15]. M
Spektrum FTIR menunjukkan regangan CH pada 6° DMPS dalam buffer berair [14]
Konsekuensi Biologis
Cacat pengepakan lapisan ganda lipid dapat menyebabkan kebocoran selama transisi fase. Pembentukan mikrodomain yang terjadi akibat
pemisahan fase dapat mengubah kelengkungan dan fluiditas membran, yang dapat memberikan karakteristik biologis baru pada membran
plasma, tonoplast, atau vesikel. Selain itu, pergerakan protein melalui membran dapat terganggu, atau protein dapat dibatasi pada lingkungan
lipid yang tidak berfungsi secara optimal.[16]
Mielin adalah pengecualian terhadap aturan umum bahwa lipid bersifat cair selama suhu fisiologis. Pada orang dengan multiple sclerosis, T
myelin diturunkan
M sebesar 20°C [17], mengubah sifat fisik selubung myelin neuron dan mungkin menyebabkan peningkatan kerentanan terhadap
degradasi [18].
Referensi
1. Nagle, JF, Teori transisi fase lipid monolayer dan bilayer: Pengaruh interaksi headgroup. Jurnal dari
Biologi Membran, 1976. 27(1): hal. 233-250.
2. John, K., dkk., Pergerakan Transbilayer Fosfolipid pada Transisi Fase Utama Membran Lipid: Implikasinya terhadap
Flip-Flop Cepat dalam Membran Biologis. Jurnal Biofisika, 2002. 83(6): hal. 3315-3323.
3. Ratto, TV dan ML Longo, Difusi terhambat pada lapisan ganda lipid pendukung yang dipisahkan fase: gaya atom gabungan
mikroskop dan pemulihan fluoresensi setelah pendekatan photobleaching. Biofisis J, 2002. 83(6): hal. 3380-92.
4. Jaeger, G., Klasifikasi Transisi Fase Ehrenfest: Pendahuluan dan Evolusi. Arsip Sejarah Tepat
Sains, 1998. 53(1): hal. 51-81.
5. Faller, R., MCB/ PBH 241 Kuliah Mata Kuliah. 2014.
6. Hjort Ipsen, J., dkk., Keseimbangan fase dalam sistem fosfatidilkolin-kolesterol. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) -
Biomembran, 1987. 905(1): hal. 162-172.
7. Wallace, EJ, NM Hooper, dan PD Olmsted, Pengaruh ketidakcocokan hidrofobik pada perilaku fase membran lipid. Biofisika
J, 2006. 90(11): hal. 4104-18.
8. Applegate, KR dan JA Glomset, Pengaruh ketidakjenuhan rantai asil pada pengemasan model diasilgliserol dalam simulasi
lapisan tunggal. J Lipid Res, 1991. 32(10): hal. 1645-55.
9. Popova, AV dan DK Hincha, Pengaruh gugus kepala gula glikogliserolipid pada perilaku fase fosfolipid
model membran dalam keadaan kering. Glikobiologi, 2005. 15(11): hal. 1150-5.
10. Seddon, JM, et al., Membran fosfatidilkolin-asam lemak: efek hidrasi headgroup pada perilaku fase dan parameter struktural fase gel
dan heksagonal terbalik (HII). Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembran, 1997. 1327(1): hal. 131-147.
11. Crowe, JH, dkk., Transisi fase lipid diukur dalam sel utuh dengan spektroskopi inframerah transformasi fourier. Kriobiologi,
1989.26 (1): hal. 76-84.
12. Lepock, JR, HE Frey, dan WE Inniss, Analisis termal bakteri dengan pemindaian diferensial kalorimetri: hubungan denaturasi protein
in situ dengan suhu pertumbuhan maksimum. Biochim Biophys Acta, 1990. 1055(1): hal. 19-26.
13. Lewis, RN dan RN McElhaney, Transisi fase lipid membran dan organisasi fase dipelajari oleh transformasi Fourier
spektroskopi inframerah. Biochim Biophys Acta, 2013. 1828(10): hal. 2347-58.
14. Lewis, RNAH dan RN McElhaney, Transisi fase lipid membran dan organisasi fase dipelajari dengan spektroskopi inframerah transformasi
Fourier. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembran, 2013. 1828(10): hal. 2347-2358.
15. Tablin, F., dkk., Transisi fase membran trombosit manusia utuh: Korelasi dengan aktivasi yang diinduksi dingin. Jurnal dari
Fisiologi Seluler, 1996. 168(2): hal. 305-313.
16. van Meer, G., DR Voelker, dan GW Feigenson, Lipid membran: di mana letaknya dan bagaimana perilakunya. Nat Rev Mol Cell Biol,
2008. 9(2): hal. 112-24.
17. Chia, LS, JE Thompson, dan MA Moscarello, Perubahan perilaku fase lipid pada mielin multiple sclerosis yang diungkapkan oleh
difraksi sinar-x sudut lebar. Proc Natl Acad Sci AS, 1984. 81(6): hal. 1871-4.
18. Moscarello, MA, dkk., Mielin pada multiple sclerosis belum matang secara perkembangan. J Clin Invest, 1994. 94(1): hal. 146-54.
3.2: Transisi Fase Utama dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
3.3: Fase Fluida

Membran sel terdiri dari berbagai jenis lipid, termasuk fosfolipid jenuh dan tak jenuh, kolesterol, dan asam lemak. Membran dalam kondisi fungsional sebagian
besar terdiri dari lapisan ganda lipid fase cair. Pemeliharaan fluiditas membran sangat penting untuk integritas dan fungsionalitas. Namun, koeksistensi fase
adalah normal karena membran terdiri dari banyak molekul lipid yang berbeda. Penambahan sphingolipid meningkatkan kemungkinan terjadinya fase gel
(padat). hidup berdampingan dengan fase fluida (cair). Hal ini disebabkan sphingolipid mengandung rantai asil yang panjang dan jenuh sehingga menyebabkan
sphingolipid terbungkus rapat di dalam membran, sehingga ruang untuk difusi lateral sangat terbatas. Beberapa sel yang rusak mengalami transisi fase lipid
dari fase cair ke fase gel di membran, yang mengakibatkan masalah fatal dan kematian sel. Hal ini juga terjadi ketika sel menua, karena lipid dalam fase cair
muncul dalam fase gel dan sebaliknya. Perubahan fisiologis dan metabolik terjadi akibat perubahan komposisi lipid.
Membran plasma adalah penghalang bilayer semi-permeabel yang memisahkan bagian dalam sel dari bagian luar dan mempertahankan metabolisme yang
berbeda dalam kompartemen seluler yang terpisah. Organel sel dalam lingkungan intraseluler juga bergantung pada keberadaan membran dan sitoskeleton
untuk struktur dan fungsinya. Fungsi bilayer dijalankan oleh protein dan ditentukan oleh sifat fisik, yang sebagian besar bergantung pada konformasi lipid
membran.
Gambar 3.3.1 Diagram. skema membran fase fluida. Visualisasi diperoleh dari simulasi dinamika molekul bilayer tersusun dari dimyristoylphosphatidylcholine (DMPC) pada 325 K. Daerah kutub fosfolipid diwakili oleh 1 garis
yang lebih berat.
Domain fluida bilayer terdiri dari fase tertata cair (L ) dan fase tak tertata cair (L ). Meskipun demikian, perlu dicatat bahwa,
Hai D untuk aplikasi praktis,
heterogenitas bio-membran tidak dapat disederhanakan menjadi sekadar diferensiasi domain lipid yang hidup berdampingan. Interaksi protein harus
dipertimbangkan sehubungan dengan termodinamika heterogenitas, karena interaksi tersebut penting bagi metabolisme sel.
Gambar 3.3.2 . Penambahan sterol secara langsung mempengaruhi fluiditas membran dengan memfluidisasi fase gel dan menyusun fase cair dari cairan-
8
terurut (disebut sebagai Ld dalam teks, Lÿ dalam Gambar) hingga terurut cair (L ). Hai
II. Membran lipid bilayer fase cair

II.a. Perubahan Suhu
Pada suhu tertentu, lipid berekor pendek memiliki lebih banyak fluiditas dibandingkan lipid berekor panjang karena karakteristik pengepakannya. Penurunan
suhu mengakibatkan hilangnya fluiditas membran karena pembentukan rantai asil lipid dengan jumlah interaksi Van der Waals yang lebih besar. Demikian
pula, peningkatan suhu menghasilkan fluiditas membran yang lebih besar karena interaksi Van der Waals terganggu dan terputus. Ketika lingkungan mencapai
suhu kritis, dan membran bertransisi dari fase gel ke fase cair:
1. Isomer rotasi muncul pada rantai hidrokarbon

2. Peningkatan difusi lateral yang cepat di antara molekul lipid
3. Membran bilayer mengembang sehingga menyebabkan penurunan energi bebas elektrostatis
Panjang rantai yang lebih pendek pada lipid jenuh telah menurunkan Tm dibandingkan dengan rantai yang lebih panjang. Seiring dengan jumlah karbon di dalamnya
rantai lipid alkana meningkat, begitu pula suhu transisi gel ke fase cair. Komposisi dipalmitoylphosphatidylcholine
Tm
3
(DPPC) dan 1,2-Distearoyl-sn-glisero-3-fosfokolin (DSPC) masing-masing bersuhu sekitar 41ÿC dan 54ÿC. Biasanya di sana
ada kurva histeresis antara pendinginan dan pemanasan.
ÿH 7
Perubahan entalpi , atau kalor yang diserap pada akhir transisi fasa, dapat dijelaskan dengan persamaan berikut:
ÿH = Tm ×ÿS. (3.3.1)
dimana ÿS adalah perubahan entropi danTm

suhu kritis (suhu transisi). ÿH dapat juga dilambangkan sebagai jumlah dari a
7
nilai non-elektrostatis, ÿHo , dan nilai elektrostatis:
ÿÿ = ÿ(fluida)ÿÿ(diurutkan). (3.3.2)
7
Jadi, dengan mempertimbangkan efek elektrostatis,ÿTm dapat dijelaskan dengan:
ÿÿ
ÿTm = Tm ÿTm
Hai
= (3.3.3)
ÿS
Di mana
ÿHÿ
Tm
Hai
= (3.3.4)
ÿS
adalah nilai Tm tanpa adanya efek elektrostatis.
Perilaku fase ditentukan oleh derajat kejenuhan ekor dan konformasi kelompok kepala. Bio-membran terdiri dari lipid dengan
berbagai derajat kejenuhan. Poli-tak jenuh dapat mencapai enam ikatan rangkap per rantai. Tak jenuh dan rantai pendek
lipid mengalami penurunan Tm , sementara lipid jenuh dan rantai panjang meningkat Tm .
8
Fase perilaku dan dipengaruhi
Tm oleh banyak faktor:
1. Ukuran vesikel (menentukan batas termodinamika)

2. Panjang rantai asil
3. Keberadaan, jumlah, dan kedudukan ikatan rangkap. Ikatan rangkap menurunkan Tm dan memungkinkan lipid mengandung rantai yang lebih panjang.
4.pH
5. Status hidrasi (fluiditas)
6. Kolesterol
7. Penambahan lipid kedua
8. Urutan rantai alkana
Perilaku fase lipid bergantung pada kekuatan interaksi Van der Waals antara molekul lipid yang berdekatan. Van der Waals
interaksi dipengaruhi oleh panjang ekor lipid; lipid berekor panjang memiliki area yang lebih luas untuk potensi interaksi dan oleh karena itu menimbulkan
interaksi Van der Waals yang lebih kuat dan penurunan mobilitas lipid. Akibatnya, Tm meningkat dan lipid bergeser menjauh
8
fase cair dan menuju fase gel. Interaksi Van der Waals juga berkontribusi terhadap derajat kejenuhan membran.
Lipid tak jenuh (lipid yang mengandung ikatan rangkap di bagian ekornya) mengganggu pengemasan membran dan membuat membran lebih rusak
hidrofilik.
Pada suhu fisiologis, membran bilayer biasanya berada dalam fase cair. Fluiditas relatif molekul lipid individu, dan
selanjutnya membran lipid, bergantung pada suhu. Pada suhu tertentu (Tm), lipid akan mengalami fase
peralihan dari fase gel ke fase cair. Dalam fase cair, molekul lipid mengalami difusi cepat dan bergerak bebas di antara keduanya
bidang dimensi yang ditempati oleh membran. Oleh karena itu, mereka dapat dengan mudah melakukan perjalanan jarak jauh di dalam pesawat selama jangka waktu tertentu
waktu. Meski begitu, terdapat kendala pada pergerakan lipid karena tekanan dari sebagian besar lipid di berbagai area bilayer.
Sebaliknya, fase gel ditandai dengan kekakuan dan mobilitas terbatas. Berbeda dengan fase cair, lipid dalam fase gel tidak
bertukar posisi satu sama lain atau “flip flop”. Oleh karena itu, lapisan ganda fase gel tidak dapat menambal lubang kecil yang dibuat di dalamnya
selaput.
II.b. Kolesterol
Penambahan kolesterol ke lapisan ganda fase cair menurunkan permeabilitas lapisan ganda terhadap air dan mengentalkan lapisan ganda, mengganggu
pengepakan lokal dan meningkatkan kekakuan lapisan ganda. Hal ini disebabkan oleh adanya interkalasi kolesterol di antara ekor alkana pada molekul lipid. Saat
ia menempati ruang bebas, ia menurunkan fleksibilitas dan elastisitas rantai lipid di sekitarnya. Akibatnya, koefisien difusi lateral berkurang secara efektif.
Kemungkinan, kolesterol memediasi pelarutan bilayer hingga seluruhnya
4
permukaan terdiri dari fase cair dengan kandungan kolesterol tinggi. Namun, pada kondisi di bawah suhu leleh, penambahan kolesterol pada membran
fosfatidilkolin menghasilkan fluiditas membran yang lebih besar.
II.c. Konsentrasi Ion dan pH

7
“Teori Gouy-Chapman” memperkirakan penurunan suhu transisi dengan meningkatnya kepadatan muatan. Sebuah penelitian lama menemukan bahwa kation
divalen seperti Mg2+ dan Ca2+ meningkatkan Tm melalui netralisasimuatan sementara kation monovalen seperti Li+, Na+, dan K+, menurunkan Tm atau secara
7
spontan memfluidisasi lapisan ganda pada suhu tertentu. Perubahan pH diperlukan untuk mengubah Tm Tm minimal, yaitu perubahan dari pH 7 ke pH 9 adalah
7
cukup untuk menurunkan suhu sebesar 20ÿC.
AKU AKU AKU. Metode Studi
Fase gel dan cairan bilayer dapat dibedakan melalui mikroskop elektron, difraksi sinar-X, dan spektroskopi resonansi magnetik. Selain itu, epi-fluoresensi mikroskop
sistem lipid menggunakan probe fluoresen untuk membedakan antara fase gel dan fase cair. Kemanjuran teknik ini dioptimalkan dengan suplementasi eksperimen
pemulihan pemutihan foto.
Informasi struktur fasa fluida sulit diperoleh, terutama untuk fasa yang tidak teratur cair. Kristalografi adalah metode yang tidak memadai karena sinyal difraksi
yang disebabkan oleh fasa fluida dihasilkan dari kristal cair dan bukan padatan. Hal ini menyulitkan pembentukan gambaran fase bilayer yang akurat. Lapisan
ganda fase fluida yang terhidrasi penuh memiliki sifat penumpukan yang berfluktuasi dan tidak stabil. Fase fluida yang terhidrasi sebagian terdiri dari struktur
nonlinier yang disebabkan oleh gaya bilayer ketika struktur bergeser lebih dekat, sehingga mempersulit perolehan data. Pilihan yang mungkin adalah dengan
menggunakan vesikel unilamellar daripada susunan kristal cair.
Dengan metode ini, data hamburan yang diperoleh dari sinar-X dapat digunakan untuk analisis.
2
Ada tiga skala umum yang digunakan untuk mengukur struktur lapisan ganda lipid:
1. Difusi jarak pendek dengan jarak kira-kira sepanjang diameter dua molekul lipid. Metode seperti hamburan neutron kuasi-elastis dan penggunaan neutron
sudut kecil digunakan. Karena pengukuran dilakukan dalam periode waktu yang singkat (< 10^ detik), jarak sebenarnya yang ditempuh partikel lipid
-9
tidak lebih dari getaran atau pergerakan partikel di lingkungan terdekatnya (lihat Gambar 3.3.3 ).
2. Difusi jarak menengah pada jarak beberapa diameter lipid.

3. Difusi jarak jauh pada beberapa mikrometer menggunakan metode seperti pemulihan fluoresensi setelah pemutihan foto (FRAP) dan teknik resonansi
magnetik. Teknik-teknik ini mengukur jumlah difusi translasi dan "perpindahan efektif" dalam rentang yang luas (Gambar 3.3.3 ).
bebas, . Kemungkinan perpindahan molekul lipid tertentu dalam model volume bebas. Molekul lipid bergerak ke Gambar 3.3.3 menempati volume
kemudian ia dapat berpindah kembali ke lokasi aslinya atau molekul lipid lain dapat bergerak menempatinya, dan seterusnya. “Perpindahan efektif” hanya
2
terjadi pada kasus terakhir.
Bilayers dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop fluoresensi. Dalam mikroskop fluoresensi, sampel dieksitasi menggunakan satu panjang gelombang
cahaya dan dipancarkan dalam panjang gelombang lain. Jadi, molekul fluoresen, yang memiliki sifat eksitasi dan emisi yang sesuai, adalah satu-satunya molekul
yang dapat divisualisasikan.
Mikroskop elektron adalah metode lain untuk memvisualisasikan lapisan ganda. Berbeda dengan mikroskop fluoresensi, mikroskop elektron menghasilkan gambar
dengan resolusi lebih tinggi karena elektron terkonsentrasi digunakan sebagai pengganti panjang gelombang cahaya. Karena elektron punya
panjang gelombang yang jauh lebih pendek dibandingkan dengan foton cahaya, resolusi yang lebih besar dapat dicapai. Hal ini kondusif untuk mempelajari
struktur sampel yang sangat kecil.
Masalah dengan penggunaan teknik yang berbeda adalah bahwa teknik tersebut mungkin sensitif terhadap aspek ketebalan bilayer yang berbeda.
Hamburan neutron merasakan perbedaan yang tinggi antara lipid terprotonasi dan molekul air yang terdeuterasi; teknik ini menggunakan kontras ini untuk
3.
menentukan ketebalan bilayer keseluruhan (D8), yang dikenal sebagai “ketebalan Luzzati”
Sebaliknya, ketebalan yang dihitung dengan hamburan sinar-X adalah
jarak yang diukur antara puncak profil kerapatan elektron, yang sesuai dengan jarak antara kelompok kepala lipid (D).
HH
Meskipun hamburan neutron atau hamburan sinar-X tidak dapat digunakan untuk menggambarkan struktur bilayer secara akurat, model profil kepadatan
hamburan (SDP) menggabungkan data hamburan sinar-X dan neutron untuk menjumlahkan luas “A” per lipid di sepanjang bilayer. permukaan.
3
Selanjutnya, ketebalan bilayer dibandingkan dengan A melalui perbandingan volume. Tergantung pada status hidrasi membran, molekul air juga dapat
berinterkalasi ke daerah headgroup dan mempengaruhi perhitungan ketebalan.
Lebih jauh lagi, “ketebalan lapisan ganda lipid” adalah istilah yang relatif longgar dan dapat dijelaskan dengan berbagai cara. Dalam literatur, ketebalan hidrofobik (DC) dapat digunakan dalam keadaan dimana protein
membran dipengaruhi oleh ketidakcocokan hidrofobik, dalam hal ini ketebalan bilayer didefinisikan sebagai rantai asil hidrokarbon dan mengabaikan keberadaan air. Namun, seperti yang disebutkan di atas, molekul air
mungkin ada di gugus kepala, sehingga ketebalan (DH) dapat diambil secara sewenang-wenang dari konformasi gugus kepala 3 dan ketebalan sterik.
Referensi
1. Chiu SW, Clark M, Balaji V, Subramaniam S, Scott HL, Jakobsson E. "Simulasi Membran Lipid Bilayer Fase Fluida: Penggabungan Ketegangan
Permukaan ke dalam Kondisi Batas Sistem". Rekayasa Molekuler 5: 45-53, 1995.
2. Vaz WLC, Almeida PF. "Difusi mikroskopis versus makroskopis dalam membran bilayer lipid fase fluida satu komponen".
Jurnal Biofisika Volume 60:1553-1554, 1991
3. Kuÿerka N, Nieh MP, Katsaras J. "Area lipid fase cair dan ketebalan bilayer fosfatidilkolin yang umum digunakan sebagai fungsi suhu". Biochimica et
Biophysica Acta 1808: 2761–2771, 2011.
4. Baumgart T, Hammond AT, Sengupta P, Hess ST, Holowka DA, Baird BA, Webb WW. "Pemisahan fase cairan/cairan skala besar dari
protein dan lipid dalam vesikel membran plasma raksasa". PNAS Vol 104 No. 9:3165-3170, 2007 5. Kuÿerka N, Liu Y, Chu N,
Petrache HI, Tristram-Nagle S, Nagle JF. "Struktur DMPC Fase Cairan Terhidrasi Penuh dan
Lapisan Ganda Lipid DLPC Menggunakan Hamburan Sinar-X dari Array Multilamellar Berorientasi dan dari Vesikel Unilamellar". Jurnal Biofisika Volume
88:2626–2637, 2005.
6. Korlach J, Schwille P, Webb WW, Feigenson GW. "Karakterisasi fase bilayer lipid dengan mikroskop confocal dan
spektroskopi korelasi fluoresensi". Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol. 96: 8461–8466, 1999.
7. Tr¬uble H, Eibl H. "Efek Elektrostatis pada Transisi Fase Lipid: Struktur Membran dan Lingkungan Ionik". Proses. Nat.
Akademik. Sains. Amerika Serikat Jil. 71, No.1, hal.214-219, 1974
8. Faller, R. Catatan Kuliah. Universitas California Davis, 2014.
3.3: Fase Fluida dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
3.4: Fase Gel

Lapisan ganda lipid adalah sistem termodinamika yang bertransisi dari fase cair yang relatif tidak teratur ke fase gel yang relatif teratur atau fase padat ketika
cukup panas yang dikeluarkan dari sistem [1]. Di halaman ini kami akan merinci fase gel dari lapisan ganda lipid.
Membran plasma biologis mengekspresikan sejumlah besar lipid, sterol, dan protein unik dan menunjukkan kompleksitas yang lebih besar dibandingkan model
sistem lipid bilayer. Pada suhu di atas titik leleh (Tm) lapisan ganda lipid berada dalam fase cair sedangkan pada suhu di bawah Tm, lapisan ganda lipid memasuki
fase gel. Dalam fase gel, lapisan ganda lipid mengalami reorganisasi molekuler mendasar yang ditandai dengan peningkatan keteraturan, hilangnya mobilitas
lateral dalam daun lapisan ganda tertentu serta perubahan konfigurasi rantai asil dalam molekul lipid tunggal, dan perubahan dalam topologi membran yang luas
[1, 2, 3].
Tinjauan fase bilayer lipid dan transisi fase Lapisan ganda lipid adalah sistem
termodinamika yang ada dalam fase. Fase-fase ini sebagian besar dicirikan oleh mobilitas lateral relatif lipid dalam lapisan ganda, konformasi molekuler lipid dalam
lapisan ganda, dan struktur topologi lapisan ganda. Lapisan ganda lipid ada dalam fase cair atau gel, pada kisaran suhu yang luas. Fase-fase ini dipisahkan oleh
suhu di mana lapisan ganda akan mengalami transisi dari satu fase ke fase lainnya, disebut Tm Tm dipengaruhi oleh banyak faktor misalnya panjang rantai asil
dan keadaan saturasi, kondisi ionik pelarut, keberadaan sterol. Pada suhu di atas Tm, lapisan ganda lipid berada dalam fase cair,. ditandai dengan tingkat mobilitas
lateral lipid individu yang relatif tinggi di dalam lapisan ganda. Pada suhu di bawah Tm secara detail di bawah ini.
, lapisan ganda lipid ada dalam fase gel atau padat [1, 2, 3]. Fase gel dijelaskan
Karakterisasi molekuler fase gel Dalam fase gel, lipid individu dalam
lapisan ganda lipid kehilangan mobilitas lateral, terkait dengan peningkatan keteraturan. Kelompok kepala lipid menjadi lebih padat dan mengalami dehidrasi, dan
ekor rantai asil lipid menjadi memanjang sepenuhnya dan lebih padat dengan peningkatan interaksi van der waals seperti terlihat pada Gambar 3.4.1 . Selama
transisi fase dari fase cair ke fase gel, ekor rantai asil mengalami isomerisasi dari konformasi gauche ke konformasi trans. Artinya, pada fase gel, rantai asil
mengandung konformasi gauche yang relatif sedikit dan berada dalam konformasi trans. Perubahan konformasi pada sebagian besar trans ini diperkirakan
mendorong pengaturan pengepakan yang lebih ketat karena menghilangkan “kekusutan” pada rantai asil yang ada dalam fase lipid. Pada fase gel, lapisan ganda
lipid juga menjadi lebih tebal dibandingkan dengan fase cair seperti terlihat pada Gambar 3.4.2 [1] .
Pada fase gel, lapisan ganda
lipid juga meningkat kekakuannya dibandingkan pada fase cair. Kekakuan lapisan ganda lipid dalam fase cair biasanya ~ 10\mkBT kB (dimana adalah konstanta
Boltzmann
dikalikan dengan suhu) sedangkan kekakuan lapisan ganda lipid pada fase gel adalah 30-50 kBT [4, 7]. Peningkatan ini secara mendasar berdampak pada
kecenderungan lapisan ganda lipid untuk melengkung dan membengkok serta fluktuasi yang melekat pada lapisan ganda lipid [metode dalam lipid membran].
Seperti disebutkan sebelumnya, panjang rantai asil lipid berdampak pada Tm. Sebagai contoh, 1,2-dilauroyl-sn-phosphatidylcholine (DLPC) dengan panjang rantai
asil 12 karbon berada dalam fase cair pada suhu kamar sedangkan 1,2-distearoyl-sn-glisero-3-fosfokolin (DSPC) dengan rantai asil dengan panjang 18 karbon
berada dalam fase gel pada suhu kamar [1]. Struktur fase gel dipalmitoylphosphatidylcholine (DMPC) juga telah diselidiki dengan difraksi sinar-X yang memberikan
wawasan tentang organisasi topologi fase gel [6]. Struktur DPPC fase gel juga telah diselidiki menggunakan metodologi serupa [10]. Organisasi topologi
fosfatidletanolamin fase gel telah dipelajari menggunakan difraksi neutron [11].
Karakterisasi biofisik fase gel Pada suhu di bawah Tm, lapisan ganda
lipid mengalami reorganisasi mendasar untuk menempati keadaan energi bebas terendah. Reorganisasi mendasar ini adalah transisi fase dari fase cair ke fase
gel. Ini adalah transisi fase orde pertama yang ditandai dengan perubahan kepadatan yang terputus-putus [1]. Sebagai contoh, lapisan ganda lipid
dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) memasuki fase gel pada suhu di bawah 15 °C [4].
Transisi antar fase telah diselidiki secara eksperimental menggunakan teknik seperti pemindaian kalorimetri dan spektroskopi inframerah transformasi fourier
(FTIR). FTIR adalah metode spektroskopi yang mengukur frekuensi getaran gugus etil pada ekor asil. Dengan demikian, dalam FTIR, lapisan ganda lipid dalam
fase gel menampilkan frekuensi getaran rendah yang meningkat sebagai fungsi suhu [1]. Transisi ke fase gel dari fase cair telah dijelaskan oleh teori nukleasi dan
pertumbuhan; di mana inti kritis terbentuk yang kemudian berfungsi sebagai peristiwa inisiasi untuk pembentukan lateral lapisan ganda lipid gel. Pembentukan inti
kritis dalam lapisan ganda lipid cair mempunyai energi bebas terkait yang dijelaskan oleh persamaan 1:
ÿG = ÿÿn+2ÿ[ÿÿn]1/2 (1)
Dimana ÿÿ adalah potensial kimia lipid fase gel, n adalah jumlah lipid dalam inti kritis, ÿ adalah tegangan garis antar fase, dan ÿ adalah luas per lipid dalam fase
gel. Peristiwa nukleasi dan pertumbuhan ini telah dimodelkan dalam simulasi dinamika molekuler [5, 9].
Fase gel pada lapisan ganda lipid yang lebih kompleks Lapisan ganda
lipid yang terdiri dari jenis lipid yang berbeda menunjukkan perilaku yang lebih kompleks dibandingkan lapisan ganda lipid sederhana yang terdiri dari satu spesies
lipid. Penambahan spesies lipid kedua, dengan Tm terkait yang berbeda ke bilayer berdampak pada transisi ke fase gel dengan mengubah Tm sistem. Perilaku
global lapisan ganda lipid yang kompleks ini sangat bergantung pada kelimpahan masing-masing spesies lipid sehingga populasi ambang batas setiap spesies
lipid diperlukan untuk pemisahan fase kooperatif [2]. Pemisahan fase telah diamati pada lapisan ganda lipid yang terdiri dari spesies lipid campuran dan telah
dimodelkan dalam simulasi dinamika molekuler seperti terlihat pada Gambar 3.4.3 [1]. Selain itu, pemisahan fase di mana satu spesies lipid berada dalam fase
cair dan spesies lipid lainnya berada dalam fase padat (gel) juga dapat terjadi. Perkiraan Tm untuk lapisan ganda lipid campuran ini dapat dihitung meskipun
penting untuk dicatat bahwa spesies lipid dengan Tm yang lebih tinggi memiliki entalpi yang lebih besar dan dengan demikian berkontribusi lebih banyak terhadap
Tm dalam lapisan ganda spesies campuran, sehingga membuat prediksi Tm menyimpang dari Tm sebenarnya [ 1].
Meskipun secara umum diterima bahwa lapisan ganda lipid biologis sebagian besar tidak ada dalam fase gel, fase sederhana yang hidup
berdampingan dalam lapisan ganda lipid telah diamati. Organisasi ini digambarkan sebagai tatanan cair, dimana domain lipid dengan
pengepakan rapat namun memiliki tingkat mobilitas lateral yang tinggi terdapat dalam area yang lebih luas dari lipid dengan kelainan cair [1, 2,
3, 12]. Namun pemahaman kita tentang fase gel memberikan wawasan langsung ke dalam pemahaman kita tentang mikrodomain lipid ini.
Jelas juga bahwa transisi fase pada membran biologis mengakibatkan cacat pengepakan dan mengakibatkan “kebocoran” selama transisi fase
[1]. Pemisahan fase telah diselidiki menggunakan mikroskop kekuatan atom. Percobaan ini telah menunjukkan bahwa domain lipid dengan
karakter topologi yang unik memang ada dalam lapisan ganda lipid [8].
Catatan Penutup Lapisan
ganda lipid adalah sistem termodinamika. Seperti sistem termodinamika lainnya, lapisan ganda lipid ada dalam fase. Pada suhu di bawah Tm
lapisan ganda lipid, lapisan ganda lipid memasuki fase gel. Fase gel dicirikan oleh tingkat keteraturan yang tinggi, penurunan mobilitas lateral
lipid dalam daun bilayer, pengepakan yang rapat, pelurusan rantai asil (karena isomerisasi rantai asil menjadi sebagian besar keadaan trans),
dan penebalan relatif bilayer. ke fase cair [1, 2, 3].
Referensi
1. Faller, R. MCB241 Kuliah (2015)
2. Mukherjee, S. dan FR Maxfield (2004). "Domain membran." Annu Rev Sel Dev Biol 20: 839-866. 3. van Meer,
G., dkk. (2008). "Lipid membran: di mana letaknya dan bagaimana perilakunya." Nat Rev Mol Sel Biol 9(2): 112-124.
4. Dopico, Alex. Metode dalam lipid membran. Humana, 2007. Cetak.
5. Marrink, SJ, dkk. (2005). "Simulasi pembentukan fase gel dan peleburan lapisan ganda lipid menggunakan model berbutir kasar."
Kimia Fis Lipid 135(2): 223-244.
6. Tristram-Nagle, S., dkk. (2002). "struktur DMPC fase gel ditentukan oleh difraksi sinar-x." Biofisis J 83.
7. Picas, L., dkk. (2012). "Pengukuran langsung sifat mekanik fase lipid dalam lapisan ganda yang didukung." Biofisis J
102(1): L01-03.
8. Goksu, EI, dkk. (2009). "AFM untuk struktur dan dinamika biomembran." Biochim Biophys Acta 1788(1): 254-266.
9. Heller, H., dkk. (1993). "simulasi dinamika molekul bilayer 200 lipid dalam gel dan fase kristal cair"
Jurnal kimia fisika 97.
10. Wiener, MC, dkk. (1989). "struktur fase gel DPPC yang terhidrasi penuh." Biofisis J 55.
11. Dibangun, G. dan J. Seeleg (1980). "konformasi fosfatidiletanolamin dalam fase gel seperti yang terlihat oleh difraksi neutron."
Biokimia 19.
12. Schram, V., dkk. (1996). "topologi domain fase gel dan sifat pencampuran lipid dalam dua komponen yang dipisahkan fase
lapisan ganda fosfatidilkolin." Biophys J 71.
3.4: Fase Gel dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
3.5: Fase Riak

Lipid terdiri dari kelompok kepala polar hidrofilik yang melekat pada rantai hidrokarbon dan menyusun dirinya dalam lapisan ganda
'
struktur membran biologis. Pada suhu yang lebih rendah, lapisan ganda berada dalam fase L 'gel' dan terjadi transisi ke fase 'cair', L ÿ
, pada suhu yang lebih tinggi karena peningkatan mobilitas lipid individu di lapisan ganda. Fase riak smectic P diamati di '
'
lapisan ganda lipid terhidrasi antara fase L dan L. Fase
ÿ
ini ditandai dengan kerutan pada permukaan membran dengan
periodisitas yang terdefinisi dengan baik dengan sumbu sejajar dengan bidang bilayer rata-rata [1]. Asal mula molekuler pembentukan fase riak adalah
secara tradisional dikaitkan dengan wilayah kelompok kepala lipid dan karenanya lipid dapat diklasifikasikan menjadi pembentuk riak dan non-riak
membentuk lipid berdasarkan kelompok kepalanya. Salah satu keluarga lipid yang termasuk dalam kelas pembentuk riak adalah fosfatidilkolin dan
telah dipelajari secara rinci [1].
Skema di atas menunjukkan keadaan fisik berbeda yang diadopsi oleh lapisan ganda lipid dalam media berair [2]
Termodinamika dan Eksistensi

Keberadaan fase riak pada pandangan pertama bersifat paradoks berdasarkan termodinamika karena melibatkan penurunan yang nyata
' '
simetri (dari L ke P ) terhadap peningkatan suhu. Beberapa model menunjukkan bahwa riak ada karena periodik lokal
kelengkungan spontan pada lapisan ganda lipid yang terbentuk karena kopling elektrostatik antara molekul air dan gugus kepala polar
atau kopling antara kelengkungan membran dan kemiringan molekul. Ada juga spekulasi bahwa riak terbentuk untuk meringankan pengepakan
frustasi yang muncul ketika ada hubungan antara luas penampang kelompok kepala dan luas penampang ekor apolar
melebihi ambang batas tertentu [1]. Namun, tidak ada satu teori konklusif yang menjelaskan pembentukan fase riak.
Diagram Fase yang Menggambarkan Fase Riak
Diagram fase percobaan untuk DMPC (1,2-dimyristoyl-sn-glisero-3-fosfokolin), diplot sebagai fungsi suhu
dan hidrasi. Garis padat menunjukkan transisi orde pertama. Panah menunjukkan arah peningkatan kemiringan pada fase
ÿÿ L. Itu
skema paling kanan menunjukkan, dari atas ke bawah, bentuk fasa LP dan L [3] ÿ,ÿÿ ÿ'
Jenis Struktur Riak

Dua fase riak berbeda yang hidup berdampingan telah dilaporkan, satu asimetris, memiliki profil gigi gergaji dengan lengan tipis dan
tebal bergantian dan periodisitas 13-15 nms dan yang lainnya simetris dan memiliki struktur sinusoidal bergelombang dengan
periodisitas dua kali lipat. struktur asimetris [4]. Pada lapisan ganda fosfatidilkolin, fase riak asimetris yang terbentuk lebih stabil yang
terbentuk pada suhu pratransisi setelah pemanasan dari fase gel. Fase riak metastabil terbentuk pada transisi fase utama setelah
pendinginan dari fase fluida dan memiliki jarak pengulangan riak sekitar dua kali lipat dibandingkan dengan fase stabil [1].
Gambar di atas menunjukkan model fase riak asimetris (atas) dan simetris (bawah) dengan 720 molekul lipid dalam bilayer [4].
Eksperimen untuk Memahami Fase Ripple

Mikroskop elektron fraktur beku (FFEM) telah digunakan untuk memahami struktur fase riak. Sediaan fraktur beku dengan cepat
membekukan suspensi lipid bilayer pada suhu tertentu (kriofiksasi) yang kemudian dipecah. Permukaan retakan yang dingin kemudian
dibayangi dengan platina atau emas yang diuapkan pada sudut rata-rata 45° dalam evaporator vakum tinggi. Lapisan karbon kedua,
diuapkan tegak lurus terhadap bidang permukaan rata-rata sering kali dilakukan untuk meningkatkan stabilitas lapisan replika.
Spesimen dikembalikan ke suhu dan tekanan kamar, kemudian replika logam permukaan rekahan yang "dibayangi sebelumnya" yang
sangat rapuh dilepaskan dari bahan biologis di bawahnya melalui pencernaan kimiawi yang cermat. Replika yang masih mengambang
dibersihkan secara menyeluruh dari semua residu kimia, dikeringkan dan kemudian dilihat di TEM (Transmission electron microscopy)
[6]. Hasil yang diperoleh melalui FFES menunjukkan susunan riak linier periodik yang berubah arah dengan sudut karakteristik 60 atau
120 derajat yang mencerminkan pengepakan heksagonal dalam lipid [1].
Mikroskop Kekuatan Atom (AFM) memungkinkan visualisasi langsung fase riak dalam bilayer terhidrasi yang didukung dan dinamika
pembentukan dan hilangnya fase riak dapat dipelajari pada suhu pratransisi [1]. Beberapa contoh gambar AFM yang menggambarkan
fase Ripple ditunjukkan di bawah ini dari Kaasgaard dkk [1]. Dalam deskripsi gambar, ÿ/2 mewakili fase asimetris dan ÿ menunjukkan
fase simetris karena periodisitas fase metastabil dua kali lipat dibandingkan fase stabil. Fase dengan periodisitas 2ÿ juga telah diamati.
Hamburan sinar-X Sudut Rendah dan Sudut Lebar juga telah digunakan untuk memahami perilaku fase riak dengan memetakan
kerapatan elektron seperti yang ditunjukkan di atas [5].
Penemuan masa depan
Meskipun banyak teori, simulasi dan eksperimen telah dilakukan pada fase Ripple, parameter pasti yang mempengaruhi pembentukannya masih belum diketahui
untuk sistem yang berbeda. Masih belum diketahui bagaimana rantai hidrokarbon berorientasi pada bilayer pada fase P ÿ' [8]. Keberadaan fase riak masih menjadi
teka-teki dan penentuan struktur molekul secara rinci tampaknya menjadi prasyarat untuk memahami interaksi yang bertanggung jawab atas pembentukannya [7].
Referensi
1. Thomas Kaasgaard,* Chad Leidy,* John H. Crowe,y Ole G. Mouritsen,z dan Kent Jørgensen* Pengatur Suhu
Struktur dan Kinetika Fase Riak pada Lapisan Ganda Lipid yang Didukung Satu dan Dua Komponen, Jurnal Biofisika Volume 85 Juli
2003 350–360 2. Gambar dari- .
http://popups.ulg.ac.be/1780-4507/index.php ?id=6568 3. Carlson, JM dan
Sethna, JP Phys. Pendeta A 36, 3359–3374 Oktober (1987).
4. Olaf Lenz, Friederike Schmid, Struktur fase “riak” simetris dan asimetris dalam lapisan ganda lipid, Phys. Pendeta Lett.
98, 058104, Januari 2007.
5. Kiyotaka Akabori dan John F. Nagle, Struktur fase riak lipid bilayer DMPC, Soft Matter, 2015, 11, 918 6. https://en.Wikipedia.org/wiki/
Electron_microscope 7. Nagle et al., Struktur lipid bilayer,
Volume 10, Edisi 4, 1 Agustus 2000, Halaman 474–480 8. Nagle JF, Tristram-Nagle S. Struktur lapisan
ganda lipid. Biochimica dan biophysica acta. 2000;1469(3):159-195.
3.5: Fase Riak dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
3.6: Rakit
Model mosaik cairan tradisional pada membran biologis menyatakan bahwa lipid tercampur secara homogen. Namun, membran biologis sebenarnya
terdiri dari campuran kompleks domain lipid yang ada dalam tingkatan yang berbeda-beda, mulai dari fase gel tingkat tinggi hingga fase cair tingkat
rendah. “Rakit” lipid adalah mikrodomain membran yang terdiri dari lipid tingkat tinggi yang memiliki interaksi erat satu sama lain relatif terhadap “lautan”
lipid fase cair yang dikenal sebagai lipid curah. Rakit ini diperkirakan berukuran 10-200 nm. Rakit kecil dapat bergabung membentuk rakit besar melalui
interaksi protein-protein dan protein-lipid.
Rakit ini penting karena protein membran tertentu secara istimewa terlokalisasi pada domain ini dan sebagai hasilnya proses biologis seperti transduksi
sinyal terjadi di sana. Protein sering kali menjadi sasaran rakit melalui palmitoylasi dan miristoylasi, yang merupakan ikatan kovalen asam lemak.
Glycosylphosphatidylinositol (GPI) -anchors juga melokalisasi protein ke rakit.
Struktur dan Formasi

1.
Rakit ada sebagai domain planar atau struktur invaginasi yang dikenal sebagai caveolae Rakit tipe caveole mengandung protein pengikat kolesterol cavin,
yang terletak di selebaran membran bagian dalam dan diperlukan untuk invaginasi membran. Cavin adalah protein membran perifer yang berikatan dengan
fosfatidilserin guaolar. Caveolin adalah protein caveolar lain yang terlibat dalam proses pensinyalan. Caveolin mengandung tiga sistein palmitoylated dan
urutan pengikat kolesterol (VTKYWFYR) yang memfasilitasi lokalisasi ke rakit.
Jan Gambar : Organisasi rakit lipid, wilayah (1) merupakan lapisan ganda lipid standar, sedangkan wilayah (2) merupakan rakit lipid. (Domain Publik; Artur
3.6.1 Fijaÿkowski.)
1
Rakit lipid juga ditemukan dalam sistem endomembran selain membran plasma yang disintesis di UGD. . Sphingolipid dan kolesterol adalah
Mereka kemudian diperdagangkan ke Golgi, tempat mereka berkumpul untuk membentuk rakit. Rakit yang berisi vesikel kemudian dikirim ke membran
plasma melalui jaringan trans Golgi, yang juga terlibat dalam daur ulang rakit. Rakit juga berpartisipasi dalam penyortiran dan penargetan membran
lipid di jaringan trans Golgi.
Komposisi Lipid dan Sifat Biofisik Rakit tersusun dari sphingolipid

2
seperti sfingomielin, kolesterol, dan fosfolipid. Sphingomyelin terdiri dari sphingosine, asam lemak dan kelompok kepala fosfokolin. Sphingomyelin
memiliki Tm yang tinggi sehingga membuat rakit tahan terhadap deterjen pada suhu rendah. Oleh karena itu, rakit sering disebut sebagai membran
tahan deterjen (DRM).
2
Gambar 3.6.1 : Struktur komponen rakit. Dicetak ulang atas izin Macmillan Publishers Ltd: Nature Review , hak cipta 2000.
Pemisahan fasa yang disebabkan oleh rakit tingkat tinggi dan lipid curah tingkat rendah merupakan kekuatan pendorong pembentukan rakit. Lipid yang
terkait dengan rakit lebih jenuh dibandingkan lipid curah dan karena itu tersusun lebih rapat. Kolesterol lebih disukai terlokalisasi pada rakit karena
memiliki struktur kaku yang lebih menyukai keadaan rakit dengan tingkat yang lebih tinggi. Gugus hidroksil dalam kolesterol berinteraksi dengan
sphingosine amide, yang berkontribusi terhadap keteraturan yang lebih tinggi. Faktanya, rakit DRM akan hilang jika kolesterol diekstraksi dari membran.
Kekuatan pendorong lain untuk pembentukan rakit adalah pemisahan fasa yang disebabkan oleh perbedaan panjang rantai asil hidrofobik dalam lipid
yang berasosiasi dan tidak berasosiasi dengan rakit. Rantai asil shpingomyelin lebih panjang dibandingkan dengan fosfolipid khas yang ditemukan
dalam sebagian besar lipid membran biologis. Campuran homogen lipid rantai panjang dan pendek akan menghasilkan paparan hidrofobik yang lebih tinggi
wilayah lipid rantai panjang ke air di sekitarnya dibandingkan jika pemisahan fase terjadi. Oleh karena itu, pemisahan fase lipid rantai
panjang dan pendek menurunkan energi bebas membran. Selebaran bagian dalam dan luar rakit dapat disatukan melalui interdigitasi rantai
asil rantai panjang dan/atau interaksi protein-lipid integral. Ketidakcocokan hidrofobik, atau perbedaan antara panjang domain transmembran
protein hidrofobik dan lebar membran hidrofobik, dapat menyebabkan protein berasosiasi atau tidak berasosiasi dengan rakit. Ketidakcocokan
hidrofobik juga dapat mempengaruhi konformasi protein dan aktivitas protein.
Penemuan dan Bukti Model

mosaik cairan membran biologis Singer dan Nicolson diusulkan pada tahun 1972. Pada awal tahun 1980-an menjadi jelas bahwa lipid
membran secara istimewa dipisahkan ke dalam fase yang berbeda dalam kondisi fisiologis dan oleh karena itu ada sebagai campuran
heterogen dalam membran yang tahan 3 . Rakit pertama kali ditemukan pada tahun 1990an ketika sebagian besar membran masih tersisa
4
terhadap Triton X- 100 deterjen pada . Namun, masih ada pertanyaan apakah DRM merupakan artefak dari hawa dingin
perlakuan 4ÿC. Untuk menjawab pertanyaan ini, transfer energi resonansi (RET) diukur dalam sel yang mengekspresikan dua jenis analog
folat fluoresen yang terkait dengan membran, reseptor folat berlabuh GPI dan reseptor folat berlabuh transmembran. 5 Probe
berlabuh GPI diperkirakan akan terlokalisasi ke domain DRM, sedangkan probe berlabuh transmembran tidak. RET probe berlabuh GPI tidak meningkat dengan
meningkatnya kepadatan probe, menunjukkan bahwa probe tidak dikelompokkan secara acak pada distribusi spasial di bawah resolusi mikroskop. RET probe
berlabuh transmembran meningkat secara linier dengan peningkatan kepadatan, menunjukkan bahwa mereka didistribusikan secara acak ke seluruh membran.
Selain itu, ketika kolesterol diekstraksi dari membran, probe yang dipasang pada GPI ditemukan terdistribusi secara acak. Data ini menunjukkan bahwa rakit
DRM memang nyata.
6 Protein
Bukti penting lainnya mengenai keberadaan rakit berasal dari eksperimen ikatan silang protein membran.
membran dihubungkan secara silang dengan menggabungkan protein tertentu dengan antibodi dan menghubungkan protein di dekatnya dengan fiksatif
aldehida. Protein membran yang terkait dengan rakit DRM dikolokasikan, sedangkan protein yang tidak terkait dengan rakit DRM tidak berkolokasi dengan
protein rakit. Kedekatan protein yang terkait dengan rakit menunjukkan bahwa rakit DRM adalah mikrodomain membran nyata.
Transduksi Sinyal Banyak

protein yang terlibat dalam transduksi sinyal telah ditemukan berkolokasi dengan mikrodomain rakit. Rakit dapat menjadi penting untuk
transduksi sinyal karena menyediakan lingkungan mikro di mana respons sinyal spesifik dapat terjadi pada pengikatan ligan ke rakit. Salah
2.
reseptor. Ada dua model untuk transduksi sinyal yang dimediasi rakit satu modelnya adalah reseptor yang terikat ligan bermigrasi ke rakit.
dimana transduksi sinyal hilir terjadi. Model lainnya adalah pengikatan ligan menyebabkan beberapa rakit dengan komponen sinyal berbeda
bergabung dan menghasilkan respons sinyal hilir. Kombinasi dari dua model di mana migrasi reseptor ke rakit menyebabkan penggabungan
rakit yang berbeda juga dimungkinkan.
Gambar 3.6.2 : Model transduksi sinyal yang dimediasi rakit yang melibatkan rakit tunggal (A) dan rakit ganda (B). Dicetak ulang atas izin Macmillan Publishers
2
Ltd: Nature Review , hak cipta 2000.
Contoh transduksi sinyal terkait rakit yang pertama kali ditemukan adalah transduksi sinyal tirosin kinase dari sinyal imunoglobulin E (IgE) dalam respons
2
imun alergi. Dalam hal ini, IgE berikatan dengan reseptor FceRI, kemudian antigen oligomer mengikat
IgE, sehingga mengikat silang kompleks reseptor. Kompleks reseptor yang berikatan silang direkrut ke rakit tempat Lyn, suatu tirosin kinase,
memfosforilasi kompleks reseptor, yang memulai kaskade sinyal fosforilasi. Rakit juga telah terbukti terlibat dalam jenis transduksi sinyal lain seperti
2.
transduksi sinyal berpasangan G-protein
Aspek baru dan menarik dari transduksi sinyal yang dimediasi rakit lipid adalah interaksi rakit dengan sitoskeleton. Aktin berikatan dengan guaolin di gua
dan tetraspanin di rakit planar. Melalui interaksi dengan sitoskeleton ini, rakit telah terbukti terlibat dalam polaritas seluler, migrasi sel, pensinyalan saraf,
1.
perbaikan membran saraf, dan aktivasi sel T.
Interaksi Virus
7.
Peran utama lainnya dari rakit lipid adalah masuk dan keluarnya virus tertentu yang Baik virus yang tidak beramplop maupun virus yang beramplop bisa
bergantung pada rakit lipid untuk masuknya sel. Mekanisme perlekatan dan masuknya dapat bergantung pada interaksi lipid-lipid, lipid-protein, dan
protein-protein. Banyak protein virus telah terbukti berinteraksi dengan kolesterol dan sphingolipid di dalam rakit. Caveoles juga dapat terlibat dalam
endositosis virus tertentu.
Ketika virus tertentu dilepaskan dari sel inang, virus tersebut bertunas dan membrannya terbentuk dari membran plasma sel inang. Kesamaan komposisi
virus tertentu dan lipid rakit menunjukkan bahwa virus yang bergantung pada rakit ini berkembang biak di lokasi rakit.
Karena satu rakit tidak cukup besar untuk membentuk membran virus penuh, beberapa rakit lipid kemungkinan besar akan terbentuk sebelum virus mulai bertunas.
7
HIV adalah contoh virus yang memiliki komposisi lipid seperti rakit. Protein HIV Gag mempunyai residu bermuatan positif dan gugus miristat yang
menargetkannya pada phophatidylinositol (PI(4,5)P2) di selebaran bagian dalam membran plasma. Agregasi gag di membran plasma menciptakan lingkungan
lipid jenuh yang merekrut mikrodomain rakit. Pertunasan HIV kemudian berlanjut di mikrodomain rakit.
Sebuah penelitian terhadap virus flu menunjukkan bahwa menghilangkan kolesterol dari membran inang akan meningkatkan perkembangbiakan virus, namun menghasilkan virus dengan
8
tingkat penularan yang sangat rendah.Hal ini menunjukkan bahwa rakit lebih penting untuk masuknya sel dibandingkan pelepasan virus.
Prevalensi Rakit Lipid Rakit secara
historis telah dipelajari pada membran hewan, namun rakit membran tumbuhan baru-baru ini juga telah dipelajari.
Tumbuhan tidak mengandung kolesterol, tetapi sterol lain berkontribusi pada pembentukan lipid tanaman. Seperti halnya rakit hewan, rakit tumbuhan
9.
juga memediasi peristiwa transduksi sinyal. Salah satu kasus yang dipelajari dengan baik adalah Pola Molekuler Terkait Patogen Peristiwa
pensinyalan yang diinduksi (PAMPs) Penelitian lain baru-baru ini mengungkapkan hubungan rakit lipid dengan plasmadesmata, yang merupakan
10 .
hubungan sitosol langsung antara sel-sel tanaman. Implikasi penuh dari temuan ini masih belum dapat dijelaskan. Rakit juga telah dijelaskan pada eukariota lain seperti i
11
sebagai jamur.
Rakit mungkin tidak hanya dimiliki oleh eukariota. Penelitian terbaru pada Bacillus subtilus telah menunjukkan lokalisasi protein yang berbeda dalam 12 .
DRM. Beberapa dari protein ini memiliki homologi dengan protein terkait rakit eukariotik dan banyak yang terlibat dalam proses pensinyalan dan
transportasi bakteri.
ÿ Mikrodomain Non-Rakit
Mikrodomain lain yang bukan merupakan rakit terkait kolesterol juga ada di membran biologis. Mikrodomain ini terkadang disebut domain “non-rakit”, sebuah istilah yang diciptakan pada Simposium Keystone tentang
Rakit Lipid dan Fungsi Sel 13 tahun 2006.
. Domain non-rakit ini mungkin memiliki komposisi dan fungsi yang cukup beragam, namun belum terkarakterisasi dengan baik.
Banyak mikrodomain non-rakit terdiri dari lipid tak jenuh ganda, yang tidak termasuk kolesterol. Beberapa protein membran diperkirakan memiliki
14
aktivitas yang berbeda ketika dilokalisasi pada mikrodomain rakit atau non-rakit.
Referensi
1. Head, BP, Patel, HH & Insel, PA Interaksi rakit membran/lipid dengan sitoskeleton: berdampak pada pensinyalan dan
fungsi: rakit membran/lipid, mediator pengaturan sitoskeletal dan sinyal sel. Biochimica et biophysica acta 1838, 532-545, doi:10.1016/
j.bbamem.2013.07.018 (2014).
2. Simons, K. & Toomre, D. Rakit lipid dan transduksi sinyal. Ulasan alam. Biologi sel molekuler 1, 31-39,
doi:10.1038/35036052 (2000).
3. Karnovsky, MJ, Kleinfeld, AM, Hoover, RL & Klausner, RD Konsep domain lipid dalam membran. Jurnal biologi sel 94, 1-6 (1982).
4. Brown, DA & London, E. Fungsi rakit lipid dalam membran biologis. Tinjauan tahunan biologi sel dan perkembangan 14, 111-136, doi:10.1146/
annurev.cellbio.14.1.111 (1998).
5. Protein berlabuh Varma, R. & Mayor, S. GPI diatur dalam domain submikron di permukaan sel. Alam 394, 798-801,
doi:10.1038/29563 (1998).
6. Struktur domain lipid T, H., P, S., P, V. & K, S. dari membran plasma terungkap melalui penambalan komponen membran. Jurnal biologi sel
4, 929-942 (1998).
7. Lorizate, M. & Krausslich, HG Peran lipid dalam replikasi virus. Perspektif Cold Spring Harbor dalam biologi 3, a004820,
doi:10.1101/cshperspect.a004820 (2011).
8. Barman, S. & Nayak, DP Gangguan lipid akibat penipisan kolesterol meningkatkan pertumbuhan virus influenza A dari sel MDCK. Jurnal
Virologi 81, 12169-12178, doi:10.1128/JVI.00835-07 (2007).
9. Simon-Plas, F., Perraki, A., Bayer, E., Gerbeau-Pissot, P. & Mongrand, S. Pembaruan tentang rakit membran tanaman. Pendapat saat ini
dalam biologi tumbuhan 14, 642-649, doi:10.1016/j.pbi.2011.08.003 (2011).
10. Raffaele, S. dkk. Remorin, protein solanaceae yang terdapat di rakit membran dan plasmodesmata, mengganggu pergerakan virus X
kentang. Sel Tumbuhan 21, 1541-1555, doi:10.1105/tpc.108.064279 (2009).
11. Malinsky, J., Opekarova, M., Grossmann, G. & Tanner, W. Mikrodomain membran, rakit, dan membran tahan deterjen pada tanaman dan
jamur. Review tahunan biologi tumbuhan 64, 501-529, doi:10.1146/annurev-arplant-050312-120103 (2013).
12. Lopez, D. & Kolter, R. Mikrodomain fungsional dalam membran bakteri. Gen & perkembangan 24, 1893-1902, doi:10.1101/
gad.1945010 (2010).
13. Syaikh, SR & Edidin, MA Membran bukan sekedar rakit. Kimia dan fisika lipid 144, 1-3, doi:10.1016/
j.chemphyslip.2006.06.017 (2006).
14. Domain asam Wassall, SR & Stillwell, W. Docosahexaenoic: domain membran non-rakit utama. Kimia dan fisika
lipid 153, 57-63, doi:10.1016/j.chemphyslip.2008.02.010 (2008).
3.6: Rakit dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Koeksistensi fase lipid terjadi ketika membran terdiri dari campuran heterogen keadaan fisik lipid yang diorganisasikan ke dalam domain lateral yang dapat
berkisar dari gel (fase padat) hingga fase cair yang tidak teratur dan fase cair.
Perbedaan fase lipid dalam bidang membran menimbulkan heterogenitas dalam keseluruhan fungsi dan struktur membran. Heterogenitas struktural
disebabkan oleh adanya berbagai jenis lipid dengan berbagai sifat fisik seperti: keadaan jenuh, adanya ikatan rangkap, panjang rantai asil hidrofobik serta,
menurut beberapa pendapat, ukuran gugus kepala. Koeksistensi fase ditandai dengan beragamnya jenis lipid dan interaksinya satu sama lain dalam membran
yang sama. Umumnya, setiap komponen fisik lipid yang menyebabkan berkurang atau bertambah afinitas pengepakan antara lipid lain akan mempengaruhi
keadaan fase pada kondisi lingkungan tertentu. Koeksistensi fase disebabkan oleh heterogenitas fase lipid dalam kondisi lingkungan yang sama.
Fase Lipid Berganda Keadaan
lipid yang teratur secara umum dapat dianggap sebagai "kepadatan" lipid yang secara khusus ditentukan oleh orientasi ekor asil hidrofobik - lurus dan
memanjang (teratur) atau bebas membengkok dan relatif tidak terbungkus (tidak teratur). ).
Ada fase-fase terurut cair dan tak tertata cair yang masing-masing ekor asilnya tersusun bersama-sama dalam susunan yang seragam. Lipid dengan sifat
fisik yang berbeda akan berada dalam berbagai fase (gel atau cair) secara bersamaan bahkan pada suhu yang sama.
Lipid fase gel dan lipid fase cair hidup berdampingan di bidang membran sebagai domain lateral yang berbeda. Hal ini sering terjadi ketika lipid dengan titik
leleh rendah bercampur dengan lipid dengan titik leleh tinggi - dalam hal ini lipid dengan titik leleh rendah (Tm rendah) akan tetap berada dalam fase cair
pada suhu tertentu dimana lipid dengan titik leleh tinggi akan berada dalam fase cair. fase gel. Struktur fisik lipid fase gel ini mengubah keseluruhan struktur
membran dengan mengubah ketinggian membran pada domain tersebut dan menyebabkan ketegangan sepanjang batas antara domain yang berbeda.
Perbedaan sifat fisik antara lipid teratur dan tidak teratur juga mengubah kecenderungan membran untuk melengkung atau melentur ke arah tertentu.
Kelengkungan antara domain fase cair dan gel menimbulkan tegangan di dalam lapisan lipid - yang dapat dilihat pada gambar mikroskop elektron sebagai
kemiringan lipid sebagai respons terhadap tegangan yang disebabkan oleh perbedaan fisik domain fase lipid. Selain itu, kelenturan dan kelengkungan
membran penting untuk fungsi membran yang tepat yang melibatkan pembentukan vesikular, tubulasi membran, dan proses perdagangan seluler lainnya.
Metode Observasi
Berbagai metode untuk mendeteksi koeksistensi fase lipid dalam membran dan menguji hipotesis terkait digunakan termasuk menggunakan probe fluoresen
unik dengan spektrum sensitif fase, mengukur spektrum inframerah lipid dalam membran, dan memeriksa permukaan membran. Meskipun metode-metode
ini agak beragam--dari pengamatan topologi hingga penggunaan fluorofor dan eksitasi dan emisi cahaya inframerah untuk mendeteksi heterogenitas lipid--
masing-masing sangat berguna dalam menjelaskan sifat dan organisasi koeksistensi fase lipid dalam membran.
Spektroskopi Inframerah Transformasi Fourier (FTIR): Teknik umum dalam mendeteksi perbedaan fasa pada membran adalah dengan menyinari
cahaya inframerah pada sampel dan mengukur sifat spektroskopi sampel setelah eksitasi dengan berbagai panjang gelombang. Perbedaan spektrum
sama dengan perbedaan komposisi membran atau, lebih khusus lagi, perbedaan fase lipid. FTIR memiliki beragam kegunaan tetapi sangat berguna
dalam studi membran dan lipid karena kemampuannya menangkap spektrum sampel lipid nonhomogen pada resolusi yang sangat tinggi.
Mikroskop Kekuatan Atom (AFM): Koeksistensi fase membran lipid dapat dengan mudah diamati secara real time, saat lipid menjalani transisi
fase, menggunakan AFM sambil menyesuaikan suhu untuk menginduksi perubahan fase. Umumnya, dengan menggunakan probe yang dipasang
pada ujung tuas (yang menjadi tempat laser diarahkan) untuk memindai bagian atas sampel, tuas tersebut akan bergerak ke atas dan ke bawah
sesuai dengan topologi permukaan sampel, sehingga menyebabkan defleksi laser. berubah--yang kemudian dapat diartikan sebagai permukaan
sampel. Karena lipid dalam fase yang berbeda menunjukkan karakteristik ketinggian yang berbeda ketika ekornya diluruskan atau dikendurkan, AFM
memungkinkan Anda memvisualisasikan perbedaan ketinggian tersebut dengan memindai topologi permukaan membran.
Laurdan (6-dodecanoyl-2-dimethylaminonaphthalene): Laurdan adalah pewarna molekuler fluoresen yang dimasukkan ke dalam lapisan
ganda membran pada batas antara bagian hidrofobik dan hidrofilik lipid. Kegunaan molekul ini adalah pergeseran spektrum emisi yang luas
yang dialaminya saat memasuki lingkungan kutub yang berbeda. Ketika lipid di sekitar molekul Laurdan berubah fase dan menjadi kurang atau lebih
teratur sebagai respons terhadap rangsangan (misalnya suhu)
lingkungan polaritas juga bergeser. Molekul Laurdan sensitif terhadap perubahan polaritas membran sehingga panjang gelombang emisi
berubah secara signifikan. Perbedaan emisi ini, yang dimodulasi oleh lingkungan fase lipid, memungkinkan peneliti dengan mudah
membedakan lipid pada fase berbeda dan transisi berikut. Pewarna Laurdan dapat digunakan untuk mempelajari koeksistensi fase dengan
menunjukkan dengan tepat area fase yang berbeda dalam membran.
Signifikansi biologis
Heterogenitas pada tingkat fase lipid penting untuk fungsi membran yang tepat dalam sel, terutama mengingat beragamnya fungsi dan struktur yang
melibatkan membran. Yang paling penting, perbedaan fase lipid dalam membran bilayer memungkinkan (dan bahkan mendorong) berbagai macam
perubahan bentuk yang diperlukan untuk proses seluler mendasar seperti perdagangan vesikuler (melalui produksi vesikel) serta pensinyalan sel dan
asosiasi membran. fungsi protein.
Kelengkungan membran
Meskipun protein diketahui memediasi kelengkungan membran, komposisi lipid dan keadaan fase juga berperan dalam kelengkungan dan
pembengkokan bilayer menjadi beragam bentuk membran yang kita lihat di dalam sel. Secara khusus, lipid dengan fase berbeda dapat mendorong
kelengkungan membran pada batas antara dua fase. Domain lipid fase gel dan cair, misalnya, menciptakan tegangan garis di sepanjang perbatasan
domain fase. Perbedaan sifat pembengkokan antara dua lipid pada fase berbeda mendorong pembengkokan membran di luar bidang, yang kemudian
dapat menyebabkan tunas atau pembelahan vesikel. Dengan mengubah suhu, Anda dapat mengubah fase lipid dan kelengkungan membran seiring
pergeseran karena perbedaan organisasi fisik lipid.
Perdagangan intraseluler
Kelengkungan membran sangat penting untuk proses seluler seperti perdagangan endomembran (misalnya, endositosis) di mana vesikel bertunas
dan menyatu ke berbagai membran seperti membran plasma, tumpukan aparatus Golgi, tubulus retikulum endoplasma, dan banyak organel lainnya.
Oleh karena itu, koeksistensi fase lipid dan heterogenitas membran penting dalam menjaga komposisi lipid dan membran antara organel/lokasi
subseluler (dengan mendorong pertunasan membran dan karenanya daur ulang/aliran membran ke seluruh sel) tetapi juga berperan dalam
perdagangan bahan yang penting secara fisiologis di dalam sel. sel.
Koeksistensi fase dan protein membran
Koeksistensi fase lipid juga dapat mempengaruhi fungsi protein terkait membran dengan mengubah struktur dan sifat mekanik membran tempat
protein tertanam. Selain itu, beberapa protein lebih suka berada dalam satu fase dibandingkan fase lainnya; protein alfa-heliks lebih umum ditemukan
dalam domain lipid fase cair. Sebaliknya, protein membran dapat mempengaruhi keadaan fase lipid di sekitarnya dengan mengubah organisasi lokal
lipid di lapisan ganda dan interaksi antara rantai lipid.
Ringkasan
Model membran seringkali terdiri dari lipid homogen untuk menjaga keseragaman dalam percobaan. Namun, pada kenyataannya membran bisa
sangat heterogen dalam komposisi lipid dan keadaan fase lipid tersebut. Lipid ini disusun dalam domain lateral di membran dan berkontribusi pada
banyak proses mendasar di dalam sel seperti endositosis dan sekresi.
Sifat mekanik membran yang ditentukan oleh fase lipid dimodulasi oleh koeksistensi berbagai tipe dan fase lipid dalam berbagai kondisi. Bentuk dan
kelengkungan membran juga dipengaruhi langsung oleh fase lipid pembuatannya.
Pekerjaan lebih lanjut difokuskan pada penguraian rincian koeksistensi fase lipid dan hubungannya dengan proses biologis.
Referensi
1. Baumgart, T., Das, S., Webb, WW, & Jenkins, JT (2005). Elastisitas membran pada vesikel raksasa dengan fase fluida yang hidup berdampingan.
Biofisis J, 89(2), 1067-1080. doi: 10.1529/biophysj.104.049692
2. Baumgart, T., Hess, ST, & Webb, WW (2003). Pencitraan domain fluida yang hidup berdampingan dalam kopling model biomembran
kelengkungan dan tegangan garis. Alam, 425(6960), 821-824. doi: 10.1038/nature02013
3. Esquembre, R., Pinto, SN, Poveda, JA, Prieto, M., Mateo, CR (2012). Imobilisasi dan karakterisasi vesikel unilamellar raksasa (GUVs)
dalam gelas silika berpori. Materi Lunak, 2(8), 408-417. doi: 10.1039/C1SM06264F 4. Parasassi, T., & Gratton, E. (1995). Domain
dan dinamika lipid membran seperti yang dideteksi oleh fluoresensi Laurdan. J Fluoresc, 5(1), 59-69. doi: 10.1007/BF00718783 5. Risselada,
HJ, & Marrink, SJ (2009). Proses pembekuan
vesikel lipid kecil pada resolusi molekuler. Materi Lunak, 22(5),
4531-4541. doi: 10.1039/B913212D
6. Tokumasu, F., Jin, AJ, & Dvorak, JA (2002). Perilaku fase membran lipid dijelaskan secara real time dengan mikroskop kekuatan
atom lingkungan terkendali. J Elektron Mikro (Tokyo), 51(1), 1-9.
7. van Meer, G., Voelker, DR, & Feigenson, GW (2008). Lipid membran: di mana letaknya dan bagaimana perilakunya. Nat Rev Mol
Biol Sel, 9(2), 112-124. doi: 10.1038/nrm2330
8. Veatch, SL, & Keller, SL (2005). Bintik-bintik penglihatan: perilaku fase kompleks pada membran sederhana. Biochim Biophys Acta,
1746(3), 172-185. doi: 10.1016/j.bbamcr.2005.06.010

Takdir Davis (UC Davis)
3.7: Koeksistensi Fase Lipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
GAMBARAN UMUM BAB
4: Interaksi Membran-Protein
Protein membran adalah protein umum yang merupakan bagian atau berinteraksi dengan membran biologis. Protein membran terbagi dalam beberapa kategori
besar tergantung pada lokasinya. Protein membran integral adalah bagian permanen dari membran sel dan dapat menembus membran (transmembran) atau
berasosiasi dengan satu atau sisi lain membran (monotopik integral).
Protein membran perifer terikat secara sementara dengan membran sel. Protein membran sering kali penting secara medis — sekitar sepertiga dari seluruh protein
manusia adalah protein membran, dan ini merupakan target bagi lebih dari separuh seluruh obat. Meskipun demikian, dibandingkan dengan kelas protein lain,
menentukan struktur protein membran masih menjadi tantangan karena sulitnya menetapkan kondisi eksperimental yang dapat mempertahankan konformasi protein
yang benar dalam isolasi dari lingkungan aslinya.
4.1: Permeabilitas Membran 4.2:
Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid 4.3: Interaksi
Protein-lipid 4.4: Interaksi Fisik Lipid
Protein 4.5: Penetrasi dan Perakitan Spontan
Nanopartikel di dalam dan Melalui Membran 4.6: Rakitan Lipid Non-Membran (Misel)
4: Interaksi Membran-Protein dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1
4.1: Permeabilitas Membran

Sel adalah unit organisasi utama dalam biologi. Semua sel dikandung oleh membran sel (biomembran) yang terbuka secara selektif terhadap beberapa
bahan kimia dan ion tetapi bertindak sebagai penghalang terhadap komponen yang tidak diinginkan. Dengan kata lain, biomembran adalah membran
penutup yang berfungsi sebagai penghalang permeabel selektif terhadap bahan kimia dan ion. Perlu dicatat bahwa judul biomembran dapat menunjukkan
berbagai definisi; khususnya, membran sel tidak sama dengan jaringan isolasi yang dibentuk oleh lapisan sel (misalnya, selaput lendir). Di sini fokusnya
adalah pada membran biologis dalam bentuk membran sel, seringkali terdiri dari lapisan ganda fosfolipid dengan protein tertanam, integral, dan/atau perifer
yang bertanggung jawab untuk komunikasi dan transportasi bahan kimia dan ion.
Selektivitas Biomembran Ketika
membran memisahkan dua kompartemen berair, beberapa bahan kimia dapat bergerak melintasi membran sementara yang lain tidak. Perilaku ini dapat
dilihat pada membran fosfolipid sintetik murni, yang secara praktis merupakan biomembran tanpa protein.
Protein membran memainkan peran penting sebagai transporter dalam mempercepat transfer ion dan bahan kimia melintasi membran sel.
Berdasarkan mekanisme transpor dan permeabilitasnya, zat terlarut dapat dibagi menjadi tiga kelompok utama sebagai berikut [2]:
1. Molekul lipofilik kecil (larut dalam lemak) yang berpindah melalui membran melalui difusi tunggal.
2. Molekul yang melintasi membran dengan bantuan saluran protein.
3. Molekul sangat besar yang tidak melintasi membran sama sekali.
Kartun skema yang diberikan pada Gambar 4.1.1 dapat dengan jelas menggambarkan permeabilitas selektif biomembran untuk zat terlarut yang berbeda.
Beberapa zat lipofilik bergerak bebas melintasi membran sel melalui difusi pasif. Lipofilisitas adalah ukuran kecenderungan suatu senyawa untuk berpartisi
menjadi pelarut nonpolar (organik) (dibandingkan pelarut berair). Sebagian besar molekul/ion kecil memerlukan bantuan saluran protein spesifik untuk
mengangkutnya melalui membran sel. Saluran protein dari dalam ke luar ini disebut transporter.
Akhirnya, molekul yang sangat besar tidak melintasi membran, kecuali dalam kasus khusus tertentu.
Gambar 4.1.1 : Permeabilitas selektif biomembran [2]
Secara umum, dua kelas transpor membran yang berbeda dapat dipertimbangkan [3]:
Transportasi cepat yang dimediasi protein stereo-selektif

Difusi molekul yang lambat dan non-spesifik melintasi membran sel
Perlu dicatat bahwa transportasi yang dimediasi dapat digunakan dalam pemberian obat dan cacat dalam transportasi adalah penyebab banyak penyakit.
Molekul Lipofilik Kecil (Difusi Pasif)

Zat tertentu dengan mudah melewati membran melalui difusi pasif. Contoh bahan kimia yang berdifusi secara pasif melintasi membran sel adalah gas,
seperti O dan CO dan molekul kecil yang relatif
2 2,
hidrofobik, seperti asam lemak dan alkohol.
Logaritma koefisien partisi oktanol/air zat terlarut (K ) dapat menjadi ukuran lipofilisitas
o/ w (semakin tinggi log(K ), semakin tinggi lipofilisitas zat terlarut).
o/ w
Namun, nilai lipofilisitas yang lebih besar tidak selalu diartikan sebagai difusi pasif yang lebih baik. Alasan yang mendasarinya adalah bahwa ada dua
parameter efek samping: selain larut dalam lemak (untuk melintasi membran), zat terlarut juga harus memiliki kelarutan dalam air yang cukup untuk larut
dalam cairan tubuh. Biasanya, senyawa dengan log(K ) > 5 terlalu hidrofobik untuk berdifusi secara pasif melalui membran biologis.
o/ w
Berbeda dengan molekul lipofilik kecil, tanpa adanya saluran protein, air sulit melewati membran fosfolipid murni melalui difusi. Selain itu, hampir semua
molekul polar dan bermuatan seperti gula, asam amino, dan ion gagal melintasi membran fosfolipid murni.
Molekul Polar dan Bermuatan (Transfer yang Dimediasi Protein)

Membran biologis permeabel tidak hanya terhadap gas dan molekul lipofilik kecil (melalui proses difusi pasif), tetapi juga terhadap banyak molekul polar
dan bermuatan, termasuk air, tetapi melalui jalur yang berbeda. Ada banyak protein berbeda yang terletak di dalamnya
biomembran dengan fungsi utama mengangkut zat terlarut tertentu secara efektif melintasi membran. Berdasarkan fungsinya, ada dua kelompok utama protein
transpor: protein saluran dan protein pembawa. Protein saluran mendorong transfer molekul air dan ion tertentu dengan membentuk pori-pori hidrofilik, sedangkan
protein pembawa mengikat zat terlarut tertentu dan membawanya melintasi membran [2]. Secara keseluruhan, baik itu tipe saluran atau pembawa, protein berfungsi
sebagai enzim yang mempercepat transfer molekul polar dan bermuatan. Semua protein saluran dan beberapa protein pembawa memfasilitasi transfer bahan kimia/
ion menurun sesuai gradien konsentrasi, suatu proses yang dikenal sebagai difusi terfasilitasi. Difusi terfasilitasi tidak memerlukan masukan energi, berbeda dengan
proses transpor aktif (transpor zat terlarut melawan gradien konsentrasi) yang memerlukan sumber energi eksternal [2].
Molekul Besar (Hambatan Membran)
Molekul yang sangat besar seperti protein, polisakarida atau asam nukleat, tidak berdifusi melintasi membran sel sama sekali. Mereka dapat melewati membran hanya
jika dipecah menjadi monomer komponennya (misalnya asam amino, gula, atau nukleotida).
Transpor Pasif dan Aktif Sebagian besar zat
terlarut yang penting secara biologis memerlukan pembawa protein untuk melintasi membran sel, melalui proses transpor pasif atau aktif. Transpor aktif mengharuskan
sel mengeluarkan energi untuk memindahkan bahan, sedangkan transpor pasif dapat dilakukan tanpa menggunakan energi seluler [4]. Dengan kata lain, transpor aktif
menggunakan energi untuk memindahkan zat terlarut "menanjak" melawan gradiennya, sedangkan dalam difusi terfasilitasi, zat terlarut bergerak menuruni gradien
konsentrasinya dan tidak diperlukan masukan energi.
Oleh karena itu, secara ringkas, pengangkutan zat terlarut melintasi membran sel oleh pembawa protein dapat terjadi melalui salah satu dari dua cara [2]:
Pergerakan zat terlarut menurun dari daerah dengan tingkat konsentrasi lebih tinggi ke lebih rendah, dengan bantuan pembawa protein untuk melewati
membran. Proses ini disebut transpor pasif atau difusi terfasilitasi, dan tidak memerlukan energi.
Pergerakan zat terlarut ke atas melawan gaya penggerak gradien konsentrasi (dari daerah dengan konsentrasi lebih rendah ke lebih tinggi).
Berdasarkan gaya penggerak kimianya, proses ini tidak menguntungkan dan memerlukan beberapa bentuk energi kimia untuk terjadinya (transpor aktif).
Jenis proses transpor, transpor terfasilitasi/aktif, yang digunakan sel biologis sangat bergantung pada kebutuhan spesifiknya dan tingkat konsentrasi bahan kimia/ion.
Misalnya, sel darah merah menggunakan difusi terfasilitasi untuk mentransfer glukosa melintasi membran, sedangkan sel epitel usus mengandalkan transpor aktif
untuk mengambil glukosa dari usus [2]. Difusi terfasilitasi efektif untuk sel darah merah terutama karena konsentrasi glukosa dalam darah stabil dan lebih tinggi dari
tingkat sel. Sebaliknya, transpor aktif dibutuhkan usus karena terjadi fluktuasi besar kadar glukosa akibat makan.
4.1.2 merangkum berbagai mekanisme transfer yang telah dibahas sejauh ini. Harap dicatat bahwa gambar gaya penggerak gradien konsentrasi
diasumsikan ke bawah dalam diagram skematik ini.
Angka 4.1.2 - Transpor pasif dan aktif [3]
Difusi yang terfasilitasi
Pada prinsipnya terdapat dua jenis pembawa difusi terfasilitasi sebagai berikut:
1. Molekul air atau ion tertentu dapat diangkut melalui protein saluran. Dengan membentuk jalur berlapis protein melintasi
membran, protein dapat mempercepat laju transfer zat terlarut tersebut. Namun perlu dicatat bahwa setiap jenis protein saluran sangat selektif terhadap
+
ion/kimia tertentu. Misalnya, beberapa saluran hanya mengizinkan ion K untuk lewat, sedangkan saluran tersebut bertindak seperti penghalang bagi ion lain.
Selain itu, banyak dari saluran ini yang memiliki gerbang. Untuk menjelaskan masalahnya secara sederhana, pertimbangkan bahwa
jalur ditutup dan tidak tersedia untuk transportasi kecuali sinyal khusus diberikan. Salah satu fungsi paling vital dari saluran berpintu adalah dalam
mengatur konduksi saraf pada hewan [2].
2. Molekul organik, seperti gula dan asam amino, dapat ditransfer melintasi membran melalui uniporter yang membawa molekul sepanjang gradien
konsentrasi. Hampir semua jaringan pada makhluk hidup mana pun mempunyai berbagai porter untuk transfer glukosa dan asam amino ke dalam
selnya.
Gambar 4.1.3 - Berbagai Jenis pembawa difusi terfasilitasi [2]
Transport Aktif
Transporter aktif membuat reaksi endergonik (K < 1) menjadi lebih eksergonik (K > 1) dengan menggabungkan reaksi pertama dengan reaksi kedua yang
persamaan persamaan
sangat eksergonik (misalnya, hidrolisis ATP) melalui zat antara yang umum untuk mengubah arah transpor (misalnya, Ekspor Na dari konsentrasi rendah ke
tinggi) [3]. Lebih tepatnya, ketika transfer tidak menguntungkan secara elektrokimia, sumber energi lain (yang dapat berasal dari reaksi lain) diperlukan untuk
memaksa transfer. Hal ini dapat dicapai dengan hasil langsung dari hidrolisis ATP (pompa ATP) atau dengan menggabungkan pergerakan satu zat dengan
zat lain (symport atau antiport) [2]. Transpor aktif dapat menggunakan energi untuk mengangkut zat terlarut ke dalam atau ke luar sel, namun selalu
berlawanan arah dengan gaya penggerak elektrokimia.
Seperti disebutkan sebelumnya, biomembran memisahkan lingkungan intraseluler dan ekstraseluler yang berbeda dalam banyak aspek seperti tingkat
konsentrasi ion dan bahan kimia. Misalnya, pada jaringan manusia, semua sel memiliki tingkat konsentrasi ion natrium yang lebih tinggi di luar sel
dibandingkan di dalam sel, sedangkan kondisi sebaliknya terjadi pada ion kalium (C > C ). di dalam di luar
Mengenai zat terlarut dan ion bermuatan, selain gradien konsentrasi, tegangan listrik juga ikut berperan; terdapat gaya penggerak listrik bagi kation dan anion
untuk bergerak searah dan berlawanan dengan medan listrik.
Seperti mendorong suatu benda ke atas melawan medan gravitasi, menggerakkan molekul melawan gaya penggerak elektrokimia yang menguntungkannya
memerlukan energi. Dalam hal ini, sel biologis telah mengembangkan pengangkut protein aktif yang dapat mentransfer ion dan molekul bermuatan ke arah
yang secara elektrokimia tidak menguntungkan.
Secara teori, transpor aktif dapat dijelaskan dengan fakta sederhana: Perubahan Energi Bebas Standar bersifat Aditif. Pertimbangkan dua reaksi:
Aturan ini dapat menunjukkan bagaimana suatu reaksi endergonik (K < 1) dapat bergeser ke RHS (menghasilkan lebih banyak produk) dengan digabungkan ke reaksi yang sangat eksergonik lainnya (K >> 1) melalui
persamaan
zat antara yang umum [3]. Untuk memperjelas masalah ini mari kita pertimbangkan persamaan transpor aktif ion natrium sebagai berikut:
Reaksi 1: Transportasi Ion
Persamaan transpor ion dapat ditulis sebagai
Co ÿG = RT ln +zFV (4.1.1)
Ci
+
yang untuk Na memberikan energi bebas Gibbs sebesar 2,98 kkal/mol, atau setara dengan konstanta kesetimbangan 0,0065. Dalam persamaan ini, R adalah
konstanta gas universal (1,987 cal/(mol.K)), T adalah suhu absolut (K), F adalah konstanta Faraday (23060 cal/(volt.mol)) dan z adalah valensi (nomor
muatan) ion. Selain itu, subskrip i dan o menunjukkan bagian dalam dan luar sel.
Reaksi 2: Hidrolisis ATP
Seperti disebutkan sebelumnya, kelebihan energi yang dibutuhkan untuk transpor aktif dapat berasal dari hidrolisis ATP. Perubahan energi bebas Gibbs yang
umum untuk hidrolisis ATP adalah sekitar -13 kkal/mol, sehingga total perubahan energi bebas Gibbs sebesar 2,98 - 13 = -10,02 kkal/mol.
Oleh karena itu, reaksi keseluruhan sangat bergeser untuk menghasilkan lebih banyak produk dengan digabungkan dengan reaksi hidrolisis ATP yang sangat
eksotermik.
Osmosis: Permeabilitas Air Osmosis
(transfer molekul air melalui bilayer) adalah fungsi dari tingkat konsentrasi relatif molekul zat terlarut dalam lingkungan intraseluler dan ekstraseluler. Molekul
air dapat dengan mudah melewati saluran protein khusus. Jika konsentrasi total semua zat terlarut tidak seimbang (C ~= C ), akan terjadi aliran air bersih
masuk atau keluar dari sistem biologis. di dalam di luar
sel [5]. Arah dan besarnya aliran air sangat bergantung pada apakah lingkungan sel isotonik,
hipotonik, atau hipertonik yang merupakan ukuran ilustrasi untuk konsentrasi relatif zat terlarut di dalam dan di luar sel.
Larutan Isotonik (C di dalam = C di) luar

Dalam kasus isotonik, konsentrasi molar total zat terlarut adalah sama untuk lingkungan intraseluler dan ekstraseluler.
Dalam kondisi ini, aliran masuk dan keluar molekul air seimbang (ditunjukkan pada Gambar 4.1.4 ). Seperti yang ditunjukkan di
4.1.4
Bayangkan , bersih air adalah nol dan jumlah total molekul air (atau konsentrasi air yang setara, C ) adalah
aliran w
tetap konstan di setiap sisi. Larutan natrium hidroksida 0,9% adalah contoh sempurna larutan isotonik untuk sel hewan [2].
Selama percobaan, seperti memaparkan membran pada larutan yang berbeda, sangat disarankan untuk menggunakan larutan isotonik
mencegah efek osmotik (misalnya pembengkakan dan penyusutan sel) yang dapat merusak sel biologis secara serius.
Gambar 4.1.4 - Transportasi molekul air melalui saluran protein dalam kondisi isotonik [2]
Larutan Hipotonik (C di dalam> di

C luar )
Dalam kondisi hipotonik, konsentrasi molar total zat terlarut lebih tinggi di dalam sel dibandingkan di ekstraseluler.
lingkungan. Jelasnya, konsentrasi zat terlarut yang rendah dalam larutan berair dapat diartikan sebagai konsentrasi air yang tinggi.
Oleh karena itu, mudah untuk melihat apakah C > C ÿ diCdalam
< C , memberikan
di luar gayaw,penggerak jaring ke dalam air
di dalam w, di luar
mengalir ke sel. Oleh karena itu, ketika sel terkena kondisi hipotonik seperti itu, terjadi pergerakan air bersih ke dalam sel dan keluar
waktu, konsentrasi molekul air di dalam sel akan meningkat. Karena akumulasi air yang cukup besar ini
molekul, sel akan membengkak dan bahkan mungkin pecah jika kelebihan air yang terkumpul tidak dikeluarkan dari lingkungan intraseluler.
Larutan Hipertonik (C di dalam < C di) luar

Perilaku sel dalam kondisi hipertonik adalah kebalikan dari apa yang dijelaskan pada kasus hipotonik (C <CÿC
di dalam di luar w,
> C ). Dalam hal ini, konsentrasi air di dalam sel lebih tinggi dibandingkan di luar sel, sehingga akan terdapat jaring di bagian luar
di dalam w, di luar
aliran air dari sel. Oleh karena itu, seiring berjalannya waktu, tingkat konsentrasi air di dalam sel akan berkurang dan sel akan menyusut. Sebagai
konsekuensi penting dari rendahnya tingkat air, kemampuan sel untuk berfungsi atau membelah akan hilang secara bertahap [2]. Ini menarik
bahwa larutan hipertonik seperti sirup pekat telah digunakan sejak zaman kuno untuk pengawetan makanan. Hal ini dapat dijelaskan
melalui fakta bahwa sel-sel mikroba yang akan menyebabkan pembusukan mengalami dehidrasi di lingkungan yang sangat hipertonik dan akan mengalami dehidrasi
tidak dapat berfungsi [2].
Gangguan Transportasi
Mengingat kekhususan alat pengangkut yang luar biasa, tidak mengherankan jika terkadang terdapat kerusakan pada sistem transportasi.
Saat ini, beberapa penyakit berbeda diketahui disebabkan oleh cacat transportasi. Pada banyak penyakit membran sel, protein tidak
mengangkut material dengan benar. Beberapa penyakit transpor membran bersifat herediter. Contoh pola dasar transportasi semacam itu
penyakitnya adalah Sistinuria, penyakit resesif autosomal bawaan yang ditandai dengan tingginya asam amino (sistin) yang tidak normal
tingkat konsentrasi dalam urin, yang dapat menyebabkan pembentukan batu sistin di ginjal. Contoh lainnya adalah Kistik
Fibrosis (CF) yang disebabkan oleh mutasi pada regulator konduktansi transmembran fibrosis kistik, CFTR, suatu protein yang membantu
memindahkan garam dan air melintasi membran. Ini adalah kelainan genetik yang mempengaruhi sebagian besar paru-paru tetapi juga pankreas, hati, ginjal,
dan usus. Masalah jangka panjang termasuk masalah pernapasan dan batuk berlendir akibat seringnya infeksi paru-paru. Di sebuah
pasien dengan CF, sel-selnya tidak mengeluarkan cukup air; bila terjadi di paru-paru, menyebabkan lendir menjadi sangat kental.
Perlu juga disebutkan bahwa racun paling mematikan seperti Dendrotoxin (ular mamba hitam Afrika) dan Batrachotoxin (Ular Kolombia
katak Phyllobates aurotaenia) bekerja langsung pada saluran ion spesifik membran plasma untuk mengganggu potensial aksi.
+
Dendrotoxin, sebagai neurotoksin presinaptik, memblokir subtipe spesifik saluran K dengan gerbang tegangan di neuron, sehingga meningkatkan
+
pelepasan asetilkolin pada sambungan neuromuskular. Dalam hal ini, satu molekul dendrotoksin berasosiasi secara reversibel dengan K
saluran untuk menerapkan efek penekannya. Sederhananya, racun mematikan ini berikatan dengan situs anionik di dekat permukaan ekstraseluler tubuh
saluran dan secara fisik menghalangi jalur dan konduktansi ion. Batrachotoxin di sisi lain, sebagai bahan yang sangat kardiotoksik dan
+
alkaloid steroid neurotoksik, bekerja dengan mengikat saluran Na dan menyebabkan perubahan konformasi (memodifikasi ion-ionnya
selektivitas dan sensitivitas tegangan). Singkatnya, batrachotoxin mengikat saluran natrium secara permanen, memaksanya untuk tetap tinggal
membuka.
Kekuatan Penggerak
Permeabilitas suatu membran dapat didefinisikan sebagai laju difusi pasif molekul yang meresap melintasi biomembran. Dia
dengan suara bulat menerima bahwa permeabilitas molekul tertentu bergantung terutama pada jumlah muatan, polaritas, ukuran, dan beberapa hal lainnya
sampai batas tertentu, dengan massa molar molekul. Namun perlu dicatat bahwa keduanya bersifat bilayer dan lazim
lingkungan juga dapat memainkan peran penting. Seperti disebutkan sebelumnya, karena sifat hidrofobik yang tidak dapat dihindari
biomembran, molekul kecil tak bermuatan melewati membran lebih mudah dibandingkan molekul besar bermuatan [6].
+
Dengan spesies bermuatan (misalnya, Na ), pengaruh potensial membran (V) harus diperhitungkan. Kebanyakan sel memang demikian
-
ditandai dengan beda potensial membran sebesar -70 mV (V isunya. Untuk di dalam - V di
). Mari
luar kita perhatikan contoh ion Cl terlebih dahulu untuk memperjelas
Cl - = 125 mM & C
, gradien konsentrasi mengarah ke dalam sel (C Ekstraseluler Intraseluler = 9mm). Jadi, ada sebuah
-
kekuatan pendorong difusi Cl untuk berdifusi sepanjang gradien konsentrasi ke dalam sel. Namun medan listrik diarahkan ke
-
sel (V < V ), dimendorong
dalam di keluar
luar ion bermuatan negatif. Oleh karena itu, keseimbangan tercapai ketika masuk dan keluarnya Cl
saling menyamakan kedudukan. Potensi membran tempat terjadinya kesetimbangan ini disebut potensial kesetimbangan, yang dapat dihitung dengan
Persamaan Nernst [7]:
\[V_{\text {kesetimbangan}}=\frac{RT}{F_{Z}} \ln \kiri(\frac{C_{o}}{C_{i}}\kanan)]
Perhatikan bahwa hubungan ini diperoleh dari persamaan transpor ion untuk perubahan energi bebas Gibbs nol (yaitu, termodinamika
keseimbangan).
Maka, akan berguna untuk mendefinisikan beda potensial gaya penggerak sebagai V = V sel
- VDF
. Dengan definisi ini, V negatif DF
-
, DF
kesetimbangan berarti pengambilan dan keluarnya kation dan anion secara pasif. Misalnya untuk kasus Cl V = 0,3 mV menunjukkan
- + +
difusi Cl ke dalam sel. Hal yang sama juga berlaku untuk Na dimana V = -127,3
DF mV. Namun, hal ini tidak berlaku untuk ion lain seperti K
yang akan didorong keluar oleh potensial listrik bersih V sebesar 11,2
DFmV.
+ +K +
Selain itu, nilai V yang DF
sangat besar (perbedaan besar antara V dan sel
V ) dari beberapa ion seperti kesetimbangan Na , , dan Ca menyarankan itu disana
adalah gaya lain selain gradien kimia dan listrik yang diperlukan untuk pengangkutan. Dalam kondisi seperti itu, pasif (protein
saluran) atau transporter aktif diperlukan untuk transfer ion.
Model Permeabilitas
Diagram skema difusi melalui lapisan ganda digambarkan pada Gambar 4.1.5 di mana dua larutan berair S dan S adalah 1 2
dipisahkan oleh biomembran. Superskrip "aq" dan "m" menunjukkan konsentrasi zat terlarut pada larutan massal dan permukaan
membrannya masing-masing. Seperti dapat dilihat, gradien konsentrasi dianggap dari S ke S gaya penggerak pengangkutan.
1 2 , menyediakan bahan kimia
Untuk mendeskripsikan permeabilitas secara matematis, pertama-tama mari kita perkenalkan konsep partisi yang berguna
koefisien. Pada kesetimbangan termodinamika, persamaan potensial kimia zat terlarut j dalam dua intraseluler dan yang berbeda
fase ekstraseluler dapat dinyatakan sebagai
ÿ J+RT ln = C
Saya
J
+RT
sayaln
ÿ
J
Hai
CJ Hai (4.1.2)
Kemudian, koefisien partisi dapat didefinisikan sebagai
J J
CJ ÿ ÿ(ÿ ÿsaya
) ÿ Hai
ÿ
(4.1.3)
Saya
Ki/o = = exp ÿ
RT
ÿ
CJ
ÿ ÿ
Hai
Angka 4.1.5 - Diagram skema perpindahan massa melalui bilayer [3]

2
Memiliki koefisien partisi, fluks massa (mol/(m .s)) melintasi membran (Gambar 4.1.5 ) diberikan oleh
K1/2D
J= ( C1
ÿ ) ÿC2 (4.1.4)
dimana D menunjukkan difusivitas ion melalui membran dan K adalah 1/2koefisien partisi dua fase (rasio kelarutan dalam lipid dan
air). Terakhir, koefisien perpindahan massa dalam persamaan di atas disebut permeabilitas (dalam satuan m/s) difusi zat terlarut
melalui membran:
P=ÿ
K1/2D
(4.1.5)
Referensi
1. Membran Biologis. Wikipedia: https://en.Wikipedia.org/wiki/Biological_membrane 2.
Ruang Latihan Pearson - Simulasi Lab. www.schenectady.k12.ny.us/putman/biology/data/biomembrane1/intro.html 3.
WD Stein. Transportasi dan Difusi melintasi Membran Sel. Pers Akademik, 1986.
4. Membran Permeabel Selektif. Study.com: http://study.com/academy/lesson/selectively-permeable-membranes-definition-
contoh-kuis.html
5. R. Fettiplace & DA Haydon. Permeabilitas Air Membran Lipid. Ulasan Fisiologis 1980 (60) 510 - 550.
6. Membran Sel. Wikipedia: https://en.Wikipedia.org/wiki/Cell_membrane#Permeability 7.
Persamaan Pertama. Wikipedia: https://en.Wikipedia.org/wiki/Nernst_equation
4.1: Permeabilitas Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
4.2: Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid

Protein membran integral terdapat di mana-mana di seluruh organisme hidup, mulai dari prokariota hingga mamalia, terhitung sekitar 20-30% dari seluruh
protein. (Wallin et al. 1998) Mereka melakukan beragam fungsi mulai dari transduksi sinyal, transportasi ion atau bahkan pusat reaksi fotosintesis. Meskipun
aktivitasnya mungkin sangat bervariasi, semua protein ini mengalami tantangan serupa. Mereka harus melintasi membran lipid amfifilik untuk mencapai keadaan
terlipat dengan benar.
Cara alam mengatasi tantangan ini akan menjadi fokus utama halaman ini.
Ciri-ciri dan keanekaragaman protein membran Sebelum membahas
mekanisme penyisipan membran, penting untuk mengkarakterisasi ciri-ciri utama protein transmembran dan topologinya.
Karakteristik domain transmembran

Domain transmembran (TMD) didefinisikan sebagai wilayah rantai polipeptida yang sepenuhnya melintasi wilayah hidrofobik bilayer. TMD yang paling umum
memiliki panjang 20 asam amino dan struktur melingkar rapat yang dikenal sebagai ÿ-helix. Struktur ÿ-heliks adalah struktur yang disukai karena memaksimalkan
ikatan hidrogen dalam tulang punggung rantai, secara efektif melindungi daerah hidrofilik tulang punggung asam amino dari rantai asil lipid di sekitarnya. Protein
membran integral (IMD) terdiri dari satu atau lebih TMD. Saat mempelajari urutan protein membran integral, TMD dapat diidentifikasi dengan membuat plot
hidrofilisitas. TMD akan sesuai dengan daerah asam amino yang bersifat hidrofobik (Kyte & Doolittle 1982). Penentuan TMD melalui metode ini tidak selalu
akurat karena penyisipan sangat dipengaruhi oleh plot hidrofilisitas reseptor berpasangan G yang terbukti memiliki asam amino polar.
asam amino proksimal dan distal. Pada Gambar 4.2.1 ,

dalam domain transmembrannya.
Gambar 4.2.1 : Keanekaragaman struktur protein membran (Shao & Hegde 2011)
Penentu topologi Topologi IMP
mengacu pada orientasi protein dalam membran. Suatu protein dapat berada dalam topologi tipe I atau tipe II. Tipe I menunjukkan bahwa ujung-N protein
melewati membran terlebih dahulu. Topologi tipe II menyiratkan bahwa N-terminus tidak melintasi membran, sehingga menyebabkan segmen protein selanjutnya
melewatinya terlebih dahulu. Kekuatan pendorong untuk memilih satu konformasi dibandingkan konformasi lainnya terdiri dari beberapa fitur aditif protein. Efek
yang paling menonjol, setidaknya bagi bakteri, berasal dari aturan positif di dalam. Aturan dalam positif menyatakan bahwa asam amino bermuatan positif,
seperti arginin dan lisin, tidak akan melintasi membran dan tetap berada di sitosol (Hatmann et al. 1989). Hal ini ditentukan oleh muatan positif yang kuat yang
berinteraksi secara tolak-menolak dengan saluran yang akan saya jelaskan nanti di halaman ini. Pada bakteri, asimetri antara daun dan kuatnya gaya gerak
proton melintasi membran menyebabkan sisi sitosol membran jauh lebih disukai untuk asam amino positif dibandingkan dengan sisi periplasma. (van
Klompenburg 1997)
Penyisipan protein membran kotranslasional

Jalur penyisipan protein membran telah sangat terpelihara di seluruh organisme dan memiliki dua langkah berbeda: pengenalan dan
penargetan IMP yang baru lahir dan kemudian penyisipannya ke dalam membran.
Pengenalan dan Penargetan

Pengakuan terjadi pada ribosom ketika rantai polipeptida yang baru muncul muncul dari saluran keluar melalui Signal Recognition Particle
(SRP). Protein ini mempunyai saluran hidrofobik nonspesifik yang berinteraksi dengan asam amino yang akan membentuk domain
transmembran berdasarkan adanya banyak residu hidrofobik. Setelah berikatan, translasi ditahan dan kompleks SRP-ribosom mencari
Reseptor SRP (SR) eukariotik atau FtsY bakteri. Setelah kompleks reseptor ribosom-SRP terbentuk terikat, ia berdifusi melalui membran
sampai berinteraksi dengan translocon Sec. Rantai yang baru lahir kemudian ditransfer ke saluran. Aspek penting dari proses ini adalah
melarang daerah hidrofobik polipeptida terkena sitosol hidrofilik untuk menghindari kesalahan lipatan dan agregasi (Grudnik dkk. 2009).
Angka 4.2.2 : Langkah umum penyisipan protein membran kotranslasional. (Shao & Hegde 2011)
Translokasi detik
Baik pada prokariota maupun eukariota, terdapat saluran konduktif protein yang umumnya disebut sebagai Sec translocases. Saluran ini
memiliki dua fungsi mendasar yang memungkinkan penyisipan protein ke dalam membran. Mereka mengandung saluran hidrofilik yang
memungkinkan residu hidrofilik polipeptida melewati membran serta gerbang lateral yang terbuka untuk memaparkan bagian dalam saluran
ke rantai asil lipid. Hal ini memungkinkan residu hidrofobik masuk melalui saluran dan kemudian berinteraksi langsung dengan ekor lipid
sambil menghindari kelompok kepala polar. Oleh karena itu, saluran-saluran ini memungkinkan rantai baru yang sedang diterjemahkan
untuk secara efektif “memasukkan” ke dalam dan ke luar membran sebanyak yang diperlukan untuk mencapai struktur akhir. (van den Berg dkk. 2004).
Gambar 4.2.3 : Translocon Sec61 dan faktor aksesori potensial. (Shao & Hegde 2011)
Faktor aksesori
Meskipun kompleks translocase merupakan persyaratan utama bagi sebagian besar protein membran, IMP yang lebih kompleks memerlukan faktor
tambahan untuk membantu penyisipan dan pematangannya. Di bawah ini adalah rincian berbagai faktor tambahan untuk prokariota dan eukariota.
Eukariota
Banyak protein membran lain yang ditemukan berinteraksi dengan kompleks translokon Sec pada eukariota, namun kebutuhannya masih belum jelas.
Enzim seperti sinyal peptidase dan oligosaccharyl transferase telah ditemukan membantu pelipatan dan pematangan IMP tertentu dengan cara pembelahan
atau glikosilasi (Yamagisi et al. 2011). Kompleks protein terkait translocon (TRAP) dapat membantu membentengi kompleks ribosom-translocon. Protein
translocating-chain associating membran (TRAM) saat ini diharapkan dapat menyisipkan TMD dengan hidrofobisitas lemah dan oleh karena itu hanya
diperlukan untuk IMP tertentu. (Heinrich dkk. 2000)
Prokariota
Seperti pada eukariota, ada beberapa faktor tambahan yang ditemukan membantu dalam penyisipan IMP pada prokariota. SecA adalah ATPase yang
terbukti penting untuk mendorong protein yang sangat hidrofilik melalui saluran Sec (Zimmer et al. 2008). Insertase YidC telah terbukti membantu dalam
partisi lateral IMP keluar dari saluran ke dalam membran. Perannya diharapkan sebagai lipatan yang membantu pembentukan heliks ÿ (Beck dkk. 2001).
Juga telah ditemukan bahwa keberadaan fosfolipid fosfatidletanolamin (PE) diperlukan untuk pelipatan IMP tertentu. Karena PE adalah lipid bermuatan
positif, ia berinteraksi dengan residu asam yang mengapit TM dan menghentikan keinginan residu untuk bertranslokasi ke sisi periplasma membran yang
bermuatan positif (Bogdanov dkk. 2008).
Referensi
1. Beck K, Eisner G, Trescher D, Dalbey RE, Brunner J, Muller M. 2001. YidC, situs perakitan untuk Escherichia coli politopik
protein membran yang terletak dekat dengan translocon dan lipid SecYE. Rep.EMBO 2:709–14
2. Bogdanov M, Xie J, Heacock P, Dowhan W. 2008. Membalik atau tidak: interaksi muatan lipid-protein merupakan penentu topologi protein membran
akhir. J. Biol Sel. 182:925–35 3. Dalbey, RE, Wang, P., & Kuhn, A.
(2011). Perakitan Protein Membran Dalam Bakteri. Tinjauan Tahunan Biokimia,
80(1), 161–187.
4. Grudnik, P., Bange, G. & Sinning, I. (2009). Penargetan protein oleh partikel pengenalan sinyal. Kimia Biologi, 390(8),
hal.775-782.
5. Hartmann E, Rapoport TA, Lodish HF. 1989. Memprediksi orientasi protein rentang membran eukariotik. Proses. Natal.
Akademik. Sains. AS 86:5786–90
6. Heinrich SU, Ibu W, Brunner J, Rapoport TA. 2000. Kompleks Sec61p memediasi integrasi protein membran
dengan memungkinkan partisi lipid dari domain transmembran. Sel 102:233–44
7. Kyte, J., & Doolittle, RF (1982). Sebuah metode sederhana untuk menampilkan karakter hidropatik suatu protein. Jurnal Molekuler
Biologi, 157(1), 105–132.
8. Shao, S., & Hegde, RS Penyisipan Protein Membran di Retikulum Endoplasma. Ann. Pendeta Sel Dev. biologi. 2011. 27:25–
56
9. van den Berg B, Clemons WM, Collinson I, Modis Y, Hartmann E, dkk. 2004. Struktur sinar-X dari saluran penghantar protein. Alam 427:36–44
10. van Klompenburg W, Nilsson I, von Heijne G, de Kruijff B. 1997. Fosfolipid anionik merupakan penentu protein membran
topologi. EMBO J.16:4261–66
11. Wallin E, von Heijne G. 1998. Analisis genom luas protein membran integral dari eubakteri, archaean, dan eukariotik
organisme. Ilmu Protein. 7:1029–38
12. Yamagishi M, Fujita H, Morimoto F, Kida Y, Sakaguchi M. 2011. Rantai gula pada posisi tertentu dalam polipeptida yang baru lahir
rantai menginduksi gerakan maju selama translokasi melalui translocon. J. Biokimia. 149:591–600
13. Zimmer J, Nam Y, Rapoport TA. 2008. Struktur kompleks ATPase SecA dan saluran translokasi protein.
Alam 455:936–43
4.2: Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
4.3: Interaksi Protein-lipid

Lipid dan protein adalah elemen penting dari organisme hidup. Protein, sebagai salah satu makromolekul kehidupan yang paling melimpah, memiliki fungsi
yang tak terhitung jumlahnya mulai dari mengkatalisis reaksi biologis penting hingga mengangkut nutrisi. Demikian pula, lipid juga memainkan peran integral
seperti menyimpan energi atau menjadi komponen utama membran [12]. Terlepas dari kepentingan masing-masing, interaksi antara kedua molekul ini dapat
memberikan fungsi yang tidak mungkin dilakukan secara individual. Jumlah terbesar dari interaksi ini terlihat pada membran sel, yang terdiri dari berbagai
macam lipid dan protein. Meskipun membran biologis secara elegan memenuhi banyak peran struktural, kompleksitas interaksi lipid-protein memfasilitasi
potensi keragaman fungsi dan interaksi yang menakjubkan.
Latar Belakang
Membran biologis yang padat (Gambar 4.3.1 ) menyediakan

antarmuka yang tak terhitung jumlahnya untuk interaksi ini. Dalam membran, rasio protein terhadap
lipid diyakini setinggi 60:40 [15], dan protein membran diyakini merupakan sekitar 30% genom manusia [5]. Hal ini tidak hanya menyiratkan pentingnya
protein dan lipid terhadap fungsi membran biologis, namun juga potensi kompleksitas yang mendasari interaksi protein dan lipid satu sama lain. Pemahaman
tentang cara protein dan lipid berinteraksi memerlukan pertimbangan berbagai faktor, mulai dari sifat sebagian besar membran hingga gaya antarmolekul
yang berkontribusi terhadap perilaku lipid individu di dalam membran.
Gambar 4.3.1 : Lingkungan membran sel yang padat menunjukkan bahwa interaksi protein-lipid bersifat umum dan kompleks.
Model membran plasma dengan kompleksitas penuh. Menampilkan: lapisan ganda lipid yang terdiri dari ratusan lipid berbeda, dipenuhi dengan berbagai
macam protein yang tertanam dan terikat di perifer, kerangka aktin pendukung, situs sitoplasma yang penuh dengan protein, dan gradien metabolit, ion, dan
pH yang realistis. (CC BY-NC-ND; Marrink dkk. melalui Chem. Rev. 2019, 119, 6184ÿ6226)
Protein yang ditemukan dalam membran biologis memiliki peran penting dalam sinyal sel, transduksi dan transportasi [9]. Salah satu cara umum untuk
mengklasifikasikan interaksi protein-lipid ditunjukkan di bawah ini:
Lipid dalam membran biologis dapat dibagi menjadi tiga kelompok umum [9].
1. Lipid curah: Lipid yang membentuk struktur utama membran tanpa berkontak dengan protein membran disebut lipid curah
lemak.
2. Lipid berbentuk cincin: Beberapa lipid mengelilingi protein membran dan berinteraksi secara relatif tidak spesifik dengannya. Lipid ini disebut lipid
annular, karena mirip dengan cangkang annular (lapisan berbentuk cincin yang bersentuhan erat dengan permukaan protein).
3. Lipid non-annular: Lipid ini berinteraksi secara spesifik dengan beberapa protein membran dan terkubur di dalam struktur protein.
Lipid non-annular sering dianggap serupa dengan kofaktor protein – molekul kecil yang diikat oleh protein dalam konformasi fungsionalnya.
Beberapa kosakata yang digunakan untuk membahas sifat membran dan protein dirangkum pada Gambar 4.3.2 :
Gambar 4.3.2 . Sebuah ilustrasi kartun menunjukkan protein membran yang berbeda
Protein membran integral: Protein yang berada di setidaknya satu selebaran (lapisan) membran sel.
Protein transmembran: Suatu kelas protein membran integral yang mencakup seluruh lebar membran sel.
Protein membran perifer: Protein yang terikat secara sementara dengan bagian luar dari satu selebaran atau protein membran integral.
Ketebalan hidrofobik: Ketebalan bagian membran yang terdiri dari ekor lipid asam lemak.
Interaksi Lipid-Protein Massal

Pengaruh Viskositas Membran Pergerakan
setiap molekul atau bagian molekul di dalam membran dipengaruhi oleh fluiditas lingkungan ini [9].
Setiap molekul mengalami gaya tarik gesekan selama pergerakannya di dalam struktur lapisan ganda lipid pada membran biologis, dan ketahanan fluida
terhadap gerakan ini dapat dinyatakan dalam viskositas. Menurut Hukum Stokes (Persamaan 4.3.1 ), laju gerak partikel dapat dinyatakan sebagai fungsi
dari gaya drag, viskositas membran, dan ukuran partikel [3]. Persamaan ini mengasumsikan tidak adanya aliran turbulen (asumsi yang baik untuk membran
sel yang relatif tenang).
F
v= (4.3.1)
6ÿÿR
Di mana
F : gaya tarik (misalnya Newton) :

viskositas membran (misalnya sentipoise, Pascal*detik) ÿ
R : ukuran partikel (misal meter, nanometer) :
ay kecepatan gerak partikel (misal meter per detik)
Partikel yang lebih besar, membran yang lebih kental, dan gerakan yang lebih cepat semuanya menghasilkan gaya drag yang meningkat. Membran yang
lebih kental dapat muncul dari fase (misalnya cairan yang tidak teratur, cairan yang teratur, atau gel) dari lipid dalam membran; fase ini ditentukan oleh
jumlah ikatan rangkap pada ekor asam lemak lipid dan suhu lingkungan, dengan ikatan rangkap yang lebih sedikit atau suhu di bawah suhu kritis lipid
sehingga menghasilkan membran yang lebih kental.
Pergerakan protein dalam membran ditentukan oleh hambatan gesekan dan gaya pemulih molekul yang bekerja padanya. Studi anisotropi polarisasi
fluoresensi pada rotasi residu triptofan (Trp) menunjukkan bahwa gerakan Trp dipengaruhi oleh viskositas lingkungan lipid untuk gerakan skala kecil, dan
amplitudo gerakan ini meningkat seiring dengan suhu seiring dengan penurunan viskositas. Misalnya, pada viskositas 1 centipoise (kira-kira viskositas air
pada suhu kamar dan urutan besarnya viskositas membran) penulis memperkirakan gerakan rotasi lokal dari peptida tertentu di dalam protein akan sangat
ditentukan oleh residu peptida di sekitarnya [17].
Meskipun viskositas membran dapat mempengaruhi laju gerak protein, konformasi protein yang paling menguntungkan secara termodinamika tidak
boleh bergantung pada viskositas membran [9]. Hal ini karena sifat termodinamika suatu sistem pada dasarnya tidak bergantung pada waktu,
namun viskositas merupakan parameter yang berhubungan dengan waktu (karena viskositas memiliki satuan tekanan*waktu). Ini berarti perubahan
viskositas tidak dapat secara langsung meningkatkan atau menurunkan energi aktivasi yang diperlukan untuk menginduksi perubahan konformasi--
konformasi paling stabil suatu protein tidak bergantung pada viskositas membran. Namun, perubahan viskositas membran dapat mengubah jumlah
waktu yang dibutuhkan protein untuk melakukan konformasi ini. Selain itu, jika perubahan viskositas membran disebabkan oleh perubahan suhu,
laju fungsi protein akan terpengaruh karena konstanta laju bergantung pada suhu [9]. Efek tidak langsung ini bermanfaat untuk dipertimbangkan
dalam studi protein membran terisolasi, yang mungkin terjadi pada suhu kamar daripada pada suhu lingkungan alami protein.
Efek penting lainnya dari viskositas membran juga telah terungkap melalui simulasi dinamika molekul. Telah diilustrasikan bahwa pengaruh
viskositas pelarut terhadap pergerakan protein penting jika protein tersebut berkontak langsung dengan pelarut dan memiliki laju pergerakan yang
sebanding dengan lingkungan. Dengan kata lain, gerakan frekuensi tinggi suatu protein yang tidak tumpang tindih dengan gerakan pelarut tidak
bergantung pada viskositas pelarut [2]. Lipid penting dalam konteks ini karena viskositas membran biologis terutama dipengaruhi oleh jenis lipid
yang ada, karena komposisi lipid merupakan salah satu penentu utama fluiditas.
Membran yang sangat kental menunjukkan peningkatan urutan ekor asam lemak lipid, sering kali difasilitasi oleh interaksi dengan molekul yang
lebih kecil seperti sfingomielin atau kolesterol. Hal ini dapat mengakibatkan peningkatan daya tahan dan impermeabilitas membran.
Selain itu, fluiditas lingkungan membran yang mengelilingi protein membran dapat mempengaruhi fungsinya. Misalnya, reseptor faktor pertumbuhan
epidermal manusia (EGFR) ditemukan tidak berfungsi dalam lingkungan di mana terdapat domain dengan susunan cairan yang sangat cair dan
domain dengan susunan cairan yang lebih kental. Namun, dalam lingkungan yang murni cair, EGFR mempertahankan fungsinya, menunjukkan
ketergantungan fungsional pada fluiditas membran [3].
Gambar 4.3.3 : Elastisitas lapisan ganda seringkali difasilitasi oleh molekul kecil seperti sfingomielin dan kolesterol, dan dapat mempengaruhi perilaku protein
membran [15].
(Lihat transisi fase utama halaman untuk informasi lebih lanjut tentang fluiditas membran.)
Area lokal dengan viskositas membran tinggi juga dapat menjadi indikasi adanya rakit lipid, yang diyakini berperan dalam isolasi dan fungsi protein.
Rakit lipid kaya akan sphingomyelin dan kolesterol sementara: (diameter 10-200 nm) di dalam membran sel. Kelimpahan lokal sphingomyelin dan/
atau kolesterol menghasilkan pemisahan fase cair-cair, yang berarti rakit lipid biasanya terdiri dari fase cair (L ). Ini berarti lipid di dalam rakit lebih
padat dan tertata dibandingkan membran curah, sehingga menyebabkan peningkatan kekakuan lokal dan penurunan fluiditas [18]. Beberapa
Hai
protein dapat mengikat glikosfingolipid atau sfingomielin, yang terlibat dalam rekrutmen protein menjadi rakit lipid.
Pengaruh Kelengkungan Membran
Kelengkungan dinamis plasma atau membran antar sel dapat ditentukan oleh interaksi antara protein dan lipid. Faktanya, sel dapat menggunakan
berbagai mekanisme untuk merasakan kelengkungan sebagai cara untuk menciptakan daerah perdagangan membran aktif. Komposisi lipid
mempunyai pengaruh besar terhadap kelengkungan membran berdasarkan sifat kimianya dan/atau ukuran gugus kepalanya.
Kehadiran lipid tertentu adalah kunci untuk berinteraksi dengan protein membran perifer tertentu untuk menginduksi kelengkungan yang diperlukan.
Misalnya, fosfoinositida diperlukan untuk pertunasan vesikel berlapis clathrin, karena mesin yang diperlukan (misalnya protein pelapis) dapat secara
spesifik mengikat lipid ini. Alasannya adalah gugus kepala fosfoinositida bermuatan negatif, menghasilkan tolakan elektrostatik yang dapat
menyebabkan kelengkungan membran [14].
Studi lain mengilustrasikan bahwa NSA4(1-48), protein transmembran kunci yang memediasi replikasi virus Dengue (virus RNA untai positif tunggal
yang dilahirkan oleh nyamuk), memiliki afinitas terhadap permukaan cembung dari daerah vesikel bilayer sintetik yang sangat melengkung, seperti
dipantau dengan spektroskopi dichroism melingkar [8].
Demikian pula, reseptor serotonin berpasangan protein G (5-HT) ditemukan

1A berfungsi lebih cepat pada membran yang lebih melengkung [7]. Efek
kelengkungan ini dapat timbul dari kecocokan yang lebih baik pada ketebalan bagian hidrofobik membran yang mengelilingi protein, sehingga menstabilkan
bentuk protein aktif.
Selain merespons perubahan kelengkungan lokal, protein membran juga dapat mempengaruhi kelengkungan lokal membran.
Beberapa protein membran melakukan hal ini dengan memperdagangkan lipid individu melintasi membran, sehingga menghasilkan komposisi lipid yang
tidak merata di kedua selebaran membran. Membran harus melengkung sehingga selebaran dengan lipid lebih sedikit berada di bagian dalam kurva untuk
mempertahankan pengepakan kelompok kepala yang optimal [6]. Demikian pula, selebaran membran yang mengandung lipid dengan luas kelompok kepala
yang berbeda mungkin juga memiliki beberapa kelengkungan intrinsik karena perbedaan luas permukaannya [6]. Dalam kedua kasus, integritas membran
sebagai penghalang difasilitasi oleh kelengkungan, yang melindungi ekor asam lemak hidrofobik dari lingkungan berair dan menjaga pemisahan antara
kompartemen yang terikat membran dan bagian luarnya.
Contoh lain dari interaksi antara protein membran dan kelengkungan membran adalah proses pembentukan vesikel. Kemampuan untuk membentuk vesikel
penting dalam perdagangan protein yang baru terbentuk, daur ulang komponen membran sel, dan asupan partikel melalui endositosis, di antara banyak
fungsi sel lainnya. Pembentukan vesikel melibatkan daerah kelengkungan yang kompleks, termasuk kelengkungan positif rendah saat vesikel pertama kali
mulai terbentuk, kelengkungan positif lebih besar saat vesikel membengkak, dan kelengkungan negatif sangat tinggi saat vesikel bertemu dengan membran
induk. Kelengkungan kompleks ini sebagian difasilitasi oleh dinamin protein membran, yang bertanggung jawab untuk menciptakan “leher” yang memisahkan
membran induk dari vesikel yang hampir terbentuk sempurna. Hal ini merupakan hasil dari pengikatan dinamin pada membran dan mengambil konformasi
heliks, yang secara fisik memaksa membran induk untuk mengambil bentuk seperti tabung [14]. Coatomer adalah protein kecil yang juga berperan dalam
pembentukan vesikel dengan mengikat protein membran yang ada di area yang relatif terbatas. Coatomer menghasilkan tolakan sterik, menyebabkan
kelengkungan membran dan tunas [6].
Gambar 4.3.4 : Protein yang mengandung domain penginderaan kelengkungan (merah muda) dapat memainkan peran penting dalam pembentukan vesikel,
yang penting untuk komunikasi antar sel dan intraseluler [25].
Pengikatan heliks amfipatik di dalam membran adalah mekanisme umum lainnya yang menyebabkan kelengkungan membran akibat protein.
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar di bawah, satu bagian heliks bersifat hidrofobik, sedangkan bagian lainnya bersifat hidrofilik. Bagian hidrofobik
berasosiasi dengan rantai asil lemak pada membran, sedangkan bagian hidrofilik berinteraksi dengan gugus kepala. Hal ini mengubah area per kelompok
kepala untuk selebaran terikat pada membran, dan membran harus melengkung untuk mengimbanginya.
Angka 4.3.5 : Kelengkungan membran akibat penyisipan heliks amfipatik ke dalam satu selebaran.
Beberapa cara lain yang dipahami dengan baik mengenai interaksi lipid-protein dengan kelengkungan membran dibahas dalam kelengkungan membran .
secara terperinci.
Pengaruh Perubahan Ketebalan Membran Ciri penting
lipid yang dapat mempengaruhi fungsi protein adalah ketebalan lapisan ganda. Seperti ditunjukkan pada Gambar 4.3.2 , ketebalan hidrofobik suatu , itu
membran adalah jarak antara gugus kepala hidrofilik pada salah satu daun, yang berhubungan dengan panjang ekor asam lemak lipid penyusun membran.
Protein membran harus sesuai dengan ketebalan hidrofobik rantai asil karena dua alasan. Pertama, rantai asil dan gugus hidrofobik dari protein membran
tidak membentuk ikatan hidrogen dengan air, dan cenderung meminimalkan kontaknya dengan air karena hal ini lebih menguntungkan secara termodinamika
(lihat efek hidrofobik). Ketika ketebalan hidrofobik membran dan protein membran tidak cocok, terjadi ketidakcocokan hidrofobik. Untuk meminimalkan
paparan bagian hidrofobik dari bilayer lipid dan protein transmembran ke lingkungan berair, bilayer dapat terdistorsi dengan berbagai cara. Ia dapat meregang
(Gambar 4.3.5 ), menekan, atau bahkan memiringkan. Peregangan melibatkan perpanjangan rantai asam lemak lipid yang mengelilingi protein, memberikan
ketebalan hidrofobik yang lebih besar agar lebih sesuai dengan ukuran domain hidrofobik protein. Hal ini meminimalkan jumlah protein membran hidrofobik
yang terpapar pada lingkungan berair, sehingga lebih menguntungkan secara energi. Sebaliknya, kompresi melibatkan kontraksi ekor asam lemak yang
mengelilingi protein.
Gambar 4.3.6 . Peregangan lapisan ganda lipid agar sesuai dengan ketebalan hidrofobik protein (hijau). Perpanjangan ekor asam lemak menghasilkan
ketebalan hidrofobik yang lebih besar, sehingga melindungi bagian hidrofobik protein dari lingkungan hidrofilik.
Selanjutnya, protein membran dapat beragregasi (Gambar 4.3.3 ) untuk meminimalkan area yang terkena air [16]. Selain lebih menguntungkan secara
termodinamika (yaitu memaksimalkan entropi dengan mengurangi jumlah molekul air dalam kontak teratur di sekitar residu hidrofobik), menghindari paparan
protein transmembran ke lingkungan berair juga penting untuk fungsi optimal karena rantai samping hidrofobik dari protein dapat mengubah konformasi
ketika bersentuhan dengan air, merusak struktur aslinya, dan menyebabkan hilangnya fungsi. Studi tentang distorsi membran yang dilakukan dengan model
membran (lapisan ganda buatan), menunjukkan bahwa ketebalan daerah rantai asil merupakan bagian penting dari fungsi protein. Misalnya, retikulum
sarkoplasma Ca-ATPase, yang merupakan protein penting dalam regulasi kalsium di otot, terbukti sangat dipengaruhi oleh jumlah karbon dalam rantai asil,
yang menentukan ketebalan hidrofobik membran [16]. Selain itu, simulasi dinamika molekuler menunjukkan kemungkinan agregasi protein (Gambar 4.3.3 )
karena ketidakcocokan hidrofobik [17].
Gambar 4.3.7 . Protein teragregasi untuk meminimalkan ketidakcocokan hidrofobik [21].
Protein membran juga dapat mengubah konformasi sebagai respons terhadap perubahan tegangan membran, yang dapat menjadi indikasi perubahan
kondisi eksternal yang memerlukan respons dari sel. Misalnya, pembengkakan atau penyusutan osmotik sel masing-masing akan menghasilkan
tegangan membran yang lebih tinggi atau lebih rendah. Di bawah tekanan yang meningkat, lapisan ganda akan cenderung menipis, sehingga
meningkatkan ketidakcocokan hidrofobik. Salah satu kemungkinan untuk mengurangi hal ini adalah dengan mengubah konformasi membran sehingga
ketebalan domain hidrofobiknya sesuai dengan ketebalan protein transmembran. Kemungkinan lain adalah bahwa perubahan konformasi pada
struktur protein membran dapat menghilangkan ketidaksesuaian hidrofobik, sehingga respons terhadap tegangan membran menjadi mekanisme
gerbang yang efektif. Hal ini biasanya lebih menguntungkan secara energi jika terjadi deformasi membran yang signifikan, sehingga energi yang diperlukan untuk beru
konformasi membran agar sesuai dengan ketebalan hidrofobik protein akan lebih besar daripada biaya untuk mengubah konformasi protein [11]. Perubahan
konformasi tersebut meliputi perubahan sudut kemiringan domain transmembran atau pelepasan domain transmembran alfa-heliks [11]. Respon protein
membran terhadap ketidakcocokan hidrofobik yang timbul dari ketegangan membran terbukti dalam banyak kasus saluran mekanosensitif bakteri, yang
pada tegangan membran lebih tinggi cenderung terbuka (15).
Misalnya, energi interaksi lipid-protein untuk protein membran dengan enam domain transmembran heliks diperkirakan meningkat sekitar 10 J/molekul lipid
untuk ketidakcocokan hidrofobik 10 Å, memberikan-20
kekuatan pendorong yang cukup besar bagi membran atau protein untuk berubah. konformasinya [11].
Pada suhu kamar, biaya energi untuk membengkokkan membran lipid biasanya sekitar 10 J, meskipun hal ini dapat berubah secara signifikan berdasarkan
-20
suhu lokal dan komposisi lipid [24]. Menghidrolisis satu ATP, cara khas untuk mendorong perubahan konformasi protein, menghasilkan sekitar 10 J [6].
-19
Semua nilai-nilai ini berada dalam urutan besarnya yang sama, menunjukkan metode yang paling efektif untuk mengatasi ketidaksesuaian hidrofobik untuk
membran dan protein tertentu mungkin bergantung pada faktor intrinsik dan lingkungan.
Interaksi Lipid-Protein Annular dan Non-Annular

Interaksi Protein-Lipid dalam Istilah Molekuler Selain
interaksi lipid dan protein yang dimediasi oleh perubahan fisik dalam lingkungan lipid, ada baiknya untuk mempertimbangkan interaksi lipid-protein pada
tingkat molekuler. Jenis lipid yang telah didefinisikan sebelumnya berinteraksi secara berbeda dengan 4.3.4 adalah representasi dasar dari interaksi lipid
interaksi lebih curah dan lipid annular dengan permukaan protein. Protein lipid. Gambar yang terdapat pada cangkang pertama, yang memiliki tingkat
tinggi dengan protein dan pergerakan yang lebih terbatas, adalah “lipid annular.”
Cangkang kedua menunjukkan sebagian besar lipid.
Gambar 4.3.8 . Ilustrasi sederhana interaksi lipid annular dan bulk dengan permukaan protein [6].
Lipid dan protein berbentuk cincin berinteraksi secara lemah melalui interaksi van der Waals, ikatan hidrogen, dan/atau interaksi elektrostatis.
Interaksi yang lemah ini memungkinkan lipid annular sering ditukar dengan lipid dalam lapisan ganda massal karena gerakan acak yang diharapkan terjadi
dalam sistem fluida apa pun, yang menyiratkan bahwa interaksinya dengan protein tidak spesifik. Tingkat interaksi antara lipid annular, yang sangat dinamis,
merupakan bidang penelitian yang sedang berlangsung karena masih merupakan tugas yang menantang untuk menganalisis strukturnya. Salah satu contoh
interaksi lipid tersebut dengan protein membran menunjukkan bahwa muatan lipid annular penting untuk fungsi protein tertentu. Oleh karena itu, sejenis
protein pengangkut ABC, yang dapat terlibat dalam penyakit seperti resistensi multi-obat, lebih suka berinteraksi dengan fosfatidilgliserol, fosfolipid bermuatan
negatif, dan bukan dengan fosfatidletanolamin, suatu fosfolipid zwitterionik. Hal ini menunjukkan adanya titik afinitas yang lebih tinggi pada protein [1].
Syntaxin-1A protein neuronal, yang terlibat dalam pelepasan neurotransmitter, juga telah terbukti berinteraksi secara istimewa dengan lipid bermuatan
negatif [23]. Syntaxin-1A ditemukan terutama dalam kelompok terpisah karena kelebihan lipid anionik tertentu secara lokal. Interaksi elektrostatik antara
protein dan lipid memfasilitasi pembentukan mikrodomain protein tanpa perubahan fase lokal lipid di sekitarnya (23).
Keberadaan cangkang lipid berbentuk cincin di sekitar domain transmembran protein membran muncul dari distorsi ekor asam lemak lipid pada antarmuka
lipid-protein. Masuknya permukaan padat yang secara geometris kompleks—protein—ke dalam membran memaksa penataan ulang ekor asam lemak di
sekitarnya untuk menjaga impermeabilitas membran.
Tanpa annulus lipid, ekor hanya akan mampu mengemas protein dengan buruk, sehingga menyebabkan kebocoran membran. Hukuman entropik dalam
mempertahankan cangkang lipid annular yang teratur bermanfaat untuk menjaga integritas struktural membran [15].
Berbeda dengan lipid curah dan annular, lipid non-annular berinteraksi secara spesifik dengan protein. Lipid ini terkubur di dalam protein, dan dianggap
penting untuk fungsi optimal. Contoh interaksi tersebut ditemukan berguna dalam sitokrom c oksidase jantung sapi, dimana 13 jenis lipid yang berbeda
disarankan memiliki situs pengikatan spesifik. Disarankan juga dua
Ekor palmitat dari fosfatidilgliserol mempunyai peran dalam menghambat2 jalur transfer O dari protein ini (19). Situs pengikatan lipid
pada bagian luar protein serupa ditunjukkan pada Gambar di bawah.
Gambar 4.3.9 : Situs pengikatan lipid dapat ditemukan di banyak posisi pada protein membran [26].
Interaksi lipid non-annular dengan protein mungkin juga mempunyai implikasi dalam pelarutan deterjen pada protein membran —
metode umum yang digunakan untuk mengisolasi protein dari membran aslinya untuk lebih memahami struktur atau fungsi protein. Jika
deterjen yang digunakan cukup mirip dengan lipid annular yang biasanya mengelilingi protein, terdapat kemungkinan bahwa deterjen
dapat menembus cangkang lipid ini dan berinteraksi dengan protein selama proses pelarutan [13]. Hal ini dapat mengubah konformasi
protein, sehingga berpotensi mempengaruhi fungsinya. Misalnya, pengangkut asam amino LeuT telah terbukti mengikat molekul
deterjen di salah satu situs aktifnya (yang menggantikan lipid yang biasanya berada di sana). Hal ini mengurangi aktivitas LeuT. Namun,
ketika molekul deterjen yang lebih besar digunakan, molekul tersebut tidak mampu menembus cangkang lipid annular selama proses
pelarutan, sehingga mengakibatkan retensi fungsi protein [13]. Hal ini menunjukkan bahwa pemahaman tentang lipid annular dalam
membran asli suatu protein sangat penting untuk menjaga struktur dan fungsinya jika dilarutkan.
Metode Eksperimental yang Digunakan untuk Mempelajari Interaksi

Lipid-Protein Beberapa teknik yang digunakan untuk mempelajari sifat fisik lingkungan lipid yang berinteraksi dengan protein membran
meliputi spektroskopi fluoresensi, dan resonansi paramagnetik elektron (EPR). Ada metode yang digunakan untuk memahami interaksi
dalam istilah molekuler berdasarkan penyelesaian struktur tiga dimensi protein, yang juga membantu memperjelas fungsi beberapa
lipid non-annular [20]. Kristalografi sinar-X, NMR atau EPR adalah salah satu alat umum yang menganalisis interaksi lipid-protein dalam
istilah molekuler. Simulasi dinamika molekul adalah area fokus lain yang dapat membantu peneliti memahami interaksi protein dan lipid
baik secara molekuler maupun fisik.
Gambar 4.3.9 : Gambaran seniman tentang kontras antara lingkungan encer dari proteoliposom dan lingkungan padat pada membran asli [15].
Isolasi protein membran pada proteoliposom juga menjadi metode yang relatif umum untuk mempelajari fungsi protein membran,
termasuk interaksi lipid-protein. Proteoliposom adalah vesikel bulat kecil tempat protein dimasukkan. Proteoliposom dapat dibentuk
dengan komposisi lipid yang diketahui, memungkinkan studi tentang pengaruh komposisi lipid-- yang berdampak pada viskositas
membran, pemisahan fasa, dan ketebalan membran-- pada fungsi protein. Membran proteoliposom dengan demikian dapat bertindak
sebagai tuan rumah bagi berbagai protein membran. Meskipun metode ini tidak serta merta meniru kepadatan dan kompleksitas yang
melekat pada membran sel asli, metode ini dapat memberikan pemahaman tentang sifat membran relatif yang diperlukan untuk fungsi
protein atau afinitas ligan protein, dan banyak hal lainnya.
Referensi
1. Bechara, C., Noll, A., Morgner, N., Degiacomi, M., Tampe, R., & Robinson, C. (2015). Subset Lipid Annular terkait dengan
Aktivitas Flippase dari Transporter ABC. Jurnal Biofisika.
2. Brooks, CL; Karplus, M. Efek pelarut pada gerak protein dan efek protein pada gerak pelarut. J.Mol. biologi. 208 (1989)
159–181.
3. Coskun, Ü.; Grzybek, M.; Drechsel, D.; Simons, K. Regulasi Reseptor EGF Manusia oleh Lipid. Proses. Natal. Akademik. Sains. 2011,
108 (22), 9044–9048.
4. Deen, W. Analisis Fenomena Transportasi, edisi ke-2; Pers Universitas Oxford, 2011.
5. Fagerberg, L.; Jonasson, K.; von Heijne, G.; Uhlén, M.; Berglund, L. Prediksi Proteom Membran Manusia.
Proteomik 2010, 10, 1141–1149.
6. Faller, R., MCB/BPH 241 Kuliah Mata Kuliah. 2019.
7. Gutierrez, MG; Mansfield, KS; Malmstadt, N. Aktivitas Fungsional Reseptor Serotonin 5-HT1A Manusia Adalah
Dikendalikan oleh Komposisi Lipid Bilayer. Biofisika. J.2016 , 110 (11), 2486–2495.
8. Digantung, Y.;Schwarten, M.; Schünke, S.; Thiagarajan-Rosenkranz, P.; Hoffmann, S.; Sklan, E.; Koenig, B. (2015). Domain
sitoplasma virus dengue NS4A yang berikatan dengan liposom sensitif terhadap kelengkungan membran. Biochimica Et Biophysica
Acta (BBA) - Biomembran, 1119-1126.
9. Lee, AG (2004). Bagaimana lipid mempengaruhi aktivitas protein membran integral. Biochimica Et Biophysica Acta (BBA) -
Biomembran, 62-87.
10. Lee, AG (2011). Membran biologis: Pentingnya detail molekuler. Tren Ilmu Biokimia, 493-500.
11. Lee, AG Interaksi Lipid-Protein. Biokimia. sosial. Trans. 2011, 39 (3), 761–766.
12. Lehninger, A. (1982). Prinsip biokimia. New York, NY: Layak.
13. LeVine, MV; Khelashvili, G.; Shi, L.; Cepat, M.; Javitch, JA; Weinstein, H. Peran Lipid Annular dalam Fungsional
Sifat Leusin Transporter LeuT Proteomicelles. Biokimia 2016, 55 (6), 850–859 14. McMahon, HT;
Gallop, JL Kelengkungan Membran dan Mekanisme Remodeling Membran Sel Dinamis. Alam 2005,
438 (7068), 590–596.
15. Phillips, R.; Ursell, T.; Wiggins, P.; Sens, P. Munculnya Peran Lipid dalam Membentuk Fungsi Membran-Protein. Alam 2009,
459, 379–385
16. Razvan, L., & Thomas, D. (1994). Pengaruh Ketebalan Membran terhadap Dinamika Molekuler dan Aktivitas Enzimatik Ca-
ATPase yang Dilarutkan. Biokimia, 33, 2912-2920.
17. Rholam, M., Scarlata, S., & Weber, G. (1984). Resistensi gesekan terhadap rotasi lokal fluorofor dalam protein.
Biokimia, 6793-6796.
18. Sezgin, E.; Levental, saya.; Walikota, S.; Eggeling, C. Misteri Organisasi Membran: Komposisi, Regulasi dan Peran
dari Rakit Lipid. Nat. Pendeta Mol. Biol Sel. 2017, 18 (6), 361–374
19. Shinzawa-Itoh, K. dkk. (2007) Struktur dan peran fisiologis 13 lipid integral sitokrom c oksidase jantung sapi.
EMBO J.26, 1713–1725
20. Sperotto, MM Model teoritis untuk hubungan peptida transmembran amfifilik dalam lapisan ganda lipid. euro. Biofisika.
J., 26 (1997), hlm.405–416
21. Ketidakcocokan hidrofobik. (2013, 20 September). Di Wikipedia, Ensiklopedia Gratis. Diakses pada 21:05, 13 Mei 2015, dari
en.Wikipedia.org/w/index.php?title=Hydrophobi_mismatch&oldid=5737297
22. Engelman, Membran DM Lebih Mosaik daripada Cairan. Alam 2005, 438 (7068), 578–580. 23. van
den Bogaart, G.; Meyenberg, K.; Risselada, HJ; Amin, H.; Willig, KI; Hubrich, JADILAH; Dier, M.; Sial, SW;
Grubmüller, H.; Diederichsen, U.; dkk. Penyerapan Protein Membran melalui Interaksi Ionik Protein-Lipid. Alam 2011, 479 (7374), 552–
555.
24. Palivan, CG; Penonton, R.; Najer, A.; Zhang, X.; Mobil, A.; Meier, W. Vesikel dan Membran Polimer Terinspirasi Bio untuk Aplikasi
Biologis dan Medis. kimia. sosial. Wahyu 2016, 45, 377–411.
25. Harayama, T.; Riezman, H. Memahami Keanekaragaman Komposisi Lipid Membran. Nat. Pendeta Mol. Biol Sel. 2018, 19,
281–296.
26. Hasan, SS; Cramer, WA Arsitektur Lipid Internal Kompleks Sitokrom B6f Hetero-Oligomer. Struktur 2014,
22 (7), 1008–1015.
4.3: Interaksi Protein-lipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
4.4: Interaksi Fisik Lipid Protein

Membran biologis memainkan peran penting dalam biologi sel. Lapisan ganda lipid terdiri dari berbagai macam molekul lipid yang secara alami membentuk
penghalang fisik yang menciptakan kompartemen yang diperlukan untuk regulasi sel [1]. Bentuk membran biologis ditentukan oleh komposisi lipidnya dan
sejumlah besar protein membran yang disisipkan di dalamnya. Lingkungan lipid dan protein membran tunduk pada interaksi kimia dan fisik. Interaksi kimia
meliputi efek residu antara lipid dan protein pada tingkat molekuler [3]. Interaksi fisik meliputi rangsangan mekanis antara lipid dan protein.
Pada tahun 1972, Singer dan Nicolson mengusulkan model mosaik fluida yang menggambarkan lipid sebagai lingkungan netral terhadap aktivitas protein
[1,2]. Namun, penelitian terbaru menunjukkan bahwa lipid sangat terikat dengan protein membran dan terkadang lapisan ganda lipid memiliki peran utama
dalam menentukan fungsi protein membran [3, 8,10]. Satu kasus studi khusus yang menyoroti interaksi fisik lipid-protein berkaitan dengan saluran ion
mekanosensitif (MS).
Saluran Ion Mekanosensitif

Suatu protein membran dianggap sensitif terhadap mekanisme jika aktivitasnya dikendalikan oleh tegangan membran sekitar 20 nN/m.
Gaya mekanis dapat meregangkan, menekan dan membengkokkan lapisan ganda lipid sehingga menyebabkan ketegangan membran [4,5]. Saluran ion MS
kemudian bertindak seperti sensor gaya mekanis yang mengubah rangsangan mekanis menjadi sinyal intraseluler penting. Secara umum saluran MS dapat
dibagi menjadi dua kelompok: prokariotik (bakteri dan archaeal) dan eukariotik (jamur, tumbuhan dan hewan dan manusia) [11]. Pada kedua kelompok ini
fungsi saluran MS berbeda. Misalnya, pada hewan dan manusia, mereka penting dalam sensasi sentuhan, keseimbangan, dan pendengaran. Pada bakteri,
saluran ion MS berhubungan dengan kontrol osmoregulasi] [7,8]. Saluran ion MS menyoroti interaksi fisik lipid-protein dan fungsinya bergantung pada
parameter mekanis membran seperti tegangan dan ketebalan [5]. Ketegangan dan ketebalan akibat gangguan yang disebabkan oleh lipid terhadap bentuk
membran dan biaya energi bebas dari gangguan tersebut dapat diperkirakan secara kuantitatif dengan model matematika sederhana.
Saluran Ion Mekanosensitif Prokariotik Berdasarkan homologi urutan
primernya, saluran MS pada sel prokariotik Saluran MS diklasifikasikan menjadi dua kategori: Saluran MS konduktansi besar (MscL) dan saluran MS konduktansi
kecil (MscS). Pada prinsipnya saluran MscL dan MscS mengalami konformasi yang sama dari keadaan tertutup ke keadaan terbuka dan termodinamikanya dapat
dijelaskan dengan model dua keadaan [9]. Saluran MS dari bakteri MscL mengalami perluasan area dalam bidang yang besar ketika terbuka. Dalam kasus MscL,
gerbang pori berfungsi sebagai “katup pelepas tekanan” dan ekspansi dalam bidang menghasilkan penurunan energi bebas sistem saluran membran jika
membran berada di bawah tekanan dan sebagai hasilnya, membran lebih menyukai keadaan terbuka. [6,9]. Untuk memahami perubahan energi bebas, tegangan
4.4.1 di sini dianalogikan dengan medan gravitasi yang cenderung menurunkan beban [6]. Gambar A terlihat ketika saluran ditutup tegangannya kecil dan beban
bergerak, jika beban diturunkan maka timbul tegangan dan saluran terbuka (Gambar 4.4.1 B). tidak
4.4.1 . A) saluran ion MS ditutup. B) Saluran ion MS terbuka. Ilustrasi diadaptasi dari YR Guo dan R.
Gambar MacKinnon 10.7554/eLife.33660
Perbedaan energi bebas saluran buka-tutup diberikan sebagai berikut:
ÿG = ÿG(ÿ = 0)ÿÿÿA (4.4.1)

dimana ÿG (ÿ=0) adalah perubahan energi bebas pada tegangan nol, ÿ adalah tegangan membran dan ÿA adalah luas penampang dalam bidang.
2
Dalam MscL perubahan area dalam bidang ÿA yang telah dihitung secara eksperimental adalah sekitar 20 nm saluran . Jadi, energi yang dibutuhkan untuk
MscL terbuka penuh sekitar 20 kT. Selain itu, hasil percobaan dari MscL pada Escherichia coli tidak hanya menunjukkan efek tegangan tetapi juga
menunjukkan bahwa panjang ekor lipid, saturasi dan kelompok kepala mempengaruhi sifat saluran gerbang [2,7]. Data pada Gambar A menunjukkan
probabilitas4.4.2
terbuka sebagai fungsi tekanan untuk MscL. Jejak yang berbeda berhubungan dengan panjang yang berbeda
4.4.2
ekor lipid. Ekornya memiliki 16, 18 dan 20 atom karbon di tulang punggungnya [2,7]. Gambar B menunjukkan berapa ketebalan lipid
bilayer dipengaruhi oleh panjang ekor lipid, perbedaan ketebalan ini sering disebut sebagai ketidakcocokan hidrofobik.
Gambar 4.4.2 . Data dari patch-clamp menunjukkan bagaimana probabilitas terbuka bergantung pada panjang ekor lipid PC15 (abu-abu), PC18
(hijau) dan PC20 (Biru). B) Diagram menunjukkan bagaimana ekor lipid yang berbeda menyiratkan ketidaksesuaian hidrofobik yang berbeda. Data dan
ilustrasi diadaptasi dari E. Perozo dkk,. Nat, Struktur. biologi. 9:696, 2002
Teknik yang digunakan untuk memahami mekanisme gerbang saluran ion MS dalam sel prokariotik termasuk perangkap disulfida,
penyelidikan spektroskopi, skrining mutagenesis dan modifikasi kimia [9]. Selain itu, percobaan penjepit tempel telah dilakukan
menunjukkan bahwa gerbang saluran bakteri MscL merespons peningkatan tekanan trans bilayer [7].
Saluran Ion Mekanosensitif Eukariotik

Pada sel eukariotik terdapat empat jenis saluran MS yang meliputi anggota DEG/EnaC, saluran 2P tipe K, TRP dan saluran Piezo.
keluarga [11]. Secara khusus, saluran ion Piezo 1 yang mirip dengan saluran MscL dan MscS untuk membuka hanya memerlukan efek lipid
bilayer saja tanpa memerlukan komponen seluler lainnya [11].
Saluran ion piezo 1 peka terhadap gaya mekanis dan mentransduksinya menjadi sinyal listrik di neuron sensorik untuk mencapainya
kontrol sensasi sentuhan, keseimbangan dan regulasi kardiovaskular. Karakteristik biofisik penting saluran ion Piezo 1
termasuk kontrol gerbang melalui gaya mekanosensitif dan selektivitas kation [6]. Telah disarankan bahwa saluran Piezo 1 masuk akal
memaksa langsung melalui membran lipid dengan cara yang sama saluran MS dari bakteri MscL. Namun, saluran Piezo 1 punya
pori-pori sempit dibandingkan dengan saluran MscL dan efek pada membran tidak berhubungan langsung dengan area dalam bidang
ekspansi, sebaliknya saluran Piezo merusak membran dengan menghasilkan kelengkungan lokal (bentuk kubah) [6]. Perluasan
Sistem saluran membran terjadi ketika bentuk kubah menjadi lebih datar sehingga terjadi perbedaan energi bebas antara buka-tutup
saluran diberikan sebagai berikut:
ÿG = (ÿGprot +ÿGbend)ÿÿÿAproj (4.4.2)

dimana dan ÿGprot
ÿGbend mengacu pada perbedaan energi bebas yang intrinsik pada gerbang protein dan pembengkokan membran, ÿ adalah membran
ketegangan dan
ÿAproj
perubahan luas kubah yang diproyeksikan ke bidang membran (Gambar 4.4.3 B). Karena kompleksnya
struktur, nilai A belum ditentukan secara eksperimental. Misalnya saluran ion Piezo 1 menjadi lengkap
2
planar, luas proyeksi ÿAproj adalah sekitar 20 nm [6]. Maka energi yang dibutuhkan untuk membuka saluran ini kurang lebih 40 kT.
2
Namun, jika saluran Piezo 1 hanya rata sebagian maka ÿAproj harus kurang dari 120 nm dan energinya akan kurang dari
40 kT. Selain itu, jika ÿG > 20 kT berarti saluran Piezo 1 lebih sensitif terhadap tegangan dibandingkan MscL.
2 2
Gambar 4.4.3 . A) Kurva aktivasi teoritis (ÿG + ÿG ) = 20 kT (merah) dan 40 kT (biru) dan ÿAproj = 20 nm atau 60 nm B) Area proyeksi berubah seiring .
prot membengkokkan
dengan perubahan kelengkungan permukaan saluran dan membran lokal. Data diadaptasi dari YR Guo dan R. MacKinnon 10.7554/eLife.33660
Teknik yang digunakan untuk mempelajari saluran ion MS dalam sel eukariotik meliputi kristalografi, cryo-EM, SDSL EPR, spektroskopi
SDFL FRET, fluorometri jalur, spektroskopi massa dan pemodelan komputer [11].
Ringkasan
Dalam sel prokariota dan eukariotik, saluran MS merasakan rangsangan dari ketegangan membran. Secara khusus, saluran MscL, MscS dan
Piezo 1 hanya memerlukan efek lapisan ganda lipid tanpa memerlukan komponen seluler lainnya.
Dalam kasus MscL, saluran terbuka yang sensitif terhadap mekanis disebabkan oleh pembukaan beberapa pori terhadap perluasan area
dalam bidang. Namun, dalam saluran Piezo, perataan saluran dan membran di sekitarnya menyebabkan perluasan bidang membran
dengan memindahkan area membran keluar bidang ke dalam bidang membran.
Model matematika sederhana dapat digunakan untuk memahami dan mendapatkan wawasan tentang bagaimana gangguan pada bentuk membran
mempengaruhi fungsi saluran ion mekanosensitif.
Referensi
1. DM Engelman, Membran Lebih Banyak Mosaik Dibanding Cairan, Alam (London) 438, 578 (2005).
2. Phillips dkk., 2008 Phillips RKJ, Theriot J, Garcia HG. Biologi Fisik Sel. Sains Karangan Bunga. 2013.
3. Phillips dkk., 2009R. Phillips, T. Ursell, P. Wiggins, P. Sens. Muncul peran lipid dalam membentuk protein membran
function.Nature, 459 (2009), hlm. 379-385 4.
Brown, MF Soft Matter dalam Interaksi Lipid-Protein. Dalam Tinjauan Tahunan Biofisika; Dill, KA, Ed.; Ulasan Tahunan: Palo Alto, 2017; Jil.
46, hal 379– 410 5. Reeves, D., Ursell, T.,
Sens, P., Kondev, J. & Phillips, R. Mekanika membran sebagai penyelidikan mekanisme gerbang saluran ion.
Fis. Pendeta E Stat. Nonlin. Fisika Materi Lunak. 78, 041901 (2008).
6. YR Guo, R. MacKinnon. Mekanisme kubah membran berbasis struktur untuk sensitivitas mekanik Piezo Elife, 6 (2017),
10.7554/eLife.33660
7. Perozo,E.,Kloda,A.,Cortes,DM&Martina,B.Prinsip fisika yang mendasari transduksi gaya deformasi bilayer selama
gerbang saluran mekanisosensitif. Struktur Alam. biologi. 9, 636–637 (2002).
8. Brohawn, SG, Su, Z. & MacKinnon, R. Sensitivitas mekanik dimediasi langsung oleh membran lipid di TRAAK dan
Saluran TREK1 K+. Proses. Natal Acad. Sains. AS 111, 3614–3619 (2014).
9. Zhang XC, Liu Z, Li J. Dari tegangan membran ke saluran gating: mekanisme transfer energi utama untuk mekanisme sensitif
saluran. Sains Protein 25:1954 –1964 (2016).
10. Pivetti, CD, Yen, M.-R., Mille, S., Busch, W., Tseng, Y.-H., Booth, IR dan Saier, MH, Jr (2003). Dua keluarga dari
protein saluran mekanosensitif. Mikrobiol. mol. biologi. Wahyu 67, 66-85.
11. Pertempuran, A.; Ridone, P.; Bavi, N.; Nakayama, Y.; Nikolaev, YA; Martinac, B. Interaksi lipid-protein: Pelajaran dari
menekankan. Biokimia. Biofisika. Acta (BBA) -Biomembran 2015, 1848, 1744–1756.
4.4: Interaksi Fisik Lipid Protein dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
4.5: Penetrasi dan Perakitan Spontan Nanopartikel dalam dan Melalui Membran
Ilmu nanomaterial adalah bidang studi yang berkembang pesat untuk mendekati banyak pertanyaan ilmiah di berbagai bidang. Mulai dari sensor,
sistem pengiriman obat, augmentasi seluler, dan probe hingga menyoroti beberapa kegunaannya. Namun, partikel-partikel ini ketika diaplikasikan
sering kali bersentuhan dengan membran lipid dan dapat berinteraksi dengan buah beri dalam berbagai cara. Nanopartikel (NP) telah terbukti
merestrukturisasi membran lipid untuk menembus atau menempel ke dalam lipid secara spontan. Cara mereka mencapai hal ini, dan efektivitas NP
ini bergantung pada berbagai faktor yang dapat disesuaikan. Elemen-elemen ini telah dipelajari secara rinci, memungkinkan kemampuan untuk
merancang material nano seseorang tidak hanya untuk menyelesaikan tugasnya tetapi juga untuk memprediksi interaksinya dengan membran yang bersangkutan [1
Artikel ini akan memperkenalkan elemen-elemen yang menentukan interaksi lipid yang berbeda, terutama berfokus pada perjalanan spontan NP
melalui membran bersama dengan alat pemodelan untuk memprediksi interaksi. NP dapat menggunakan saluran seluler atau menempel pada
membran; namun, hal ini terbukti merupakan topik yang terlalu luas untuk dibahas meskipun informasi dapat ditemukan [2, 3]. Namun, masih ada
cara lain untuk mendekati topik interaksi NP dengan membran sel, atau model membran. Saya memilih di sini untuk mengeksplorasi konsep sentral
penetrasi spontan dan konsep sekitar yang mendukung interaksi ini dan studinya. Dengan semakin berkembangnya bidang dan penerapan NP,
keterlibatan dan paparan kita terhadap NP dalam kehidupan sehari-hari menimbulkan kekhawatiran akan toksisitas yang sering menjadi fokus
interaksi membran NP dan cara terbaik untuk menyebarkan NP yang tertanam atau melewati membran. . [4-7].
Pemahaman Singkat tentang Nanopartikel yang Difungsikan Salah
satu konsep dasar dari sebagian besar penerapan NP adalah bahwa nanopartikel tersebut difungsikan dengan memasukkan pengotor yang sering
kali mengganggu bentuk, muatan, ukuran alaminya, dll. Misalnya, jika Anda ingin memfungsikan karbon berdinding tunggal nanotube (SWNT), Anda
akan menghiasinya dengan polimer lain, yaitu DNA, Pd, dll. Dalam contoh ini, unit yang difungsikan dapat berasosiasi seluruhnya atau sebagian
dengan inti SWNT. Ini hanyalah satu contoh kasus spesifik dari fungsionalisasi partikel SWNT.
Namun, banyak jenis NP lainnya yang dapat difungsikan untuk berbagai cara dan dapat dieksplorasi lebih mendalam di berbagai aplikasi topik mulai
dari sistem pencitraan, medis, dan tanaman hidup [4-7].
Penetrasi dan Perakitan Spontan di dalam dan Melalui Membran

NP dapat secara spontan bergerak melalui membran ganda bio-lipid, namun karena bahan partikelnya, ukuran, bentuk, permukaan, muatan, korona,
dan faktor lainnya, efisiensi dan cara merombak membran dapat bervariasi (gambar 1B) [1, 8 ]. NP dapat bergerak sepenuhnya melalui membran
atau terperangkap/terbungkus, terbungkus saat melewati atau bertranslokasi melalui celah, semua berdasarkan karakteristik partikel yang
bersangkutan dan dapat diprediksi. Melalui proses ini, NP juga dapat membentuk pori-pori dengan berbagai cara (Gambar 1A). Di bawah ini kita
akan mengeksplorasi bagaimana sifat fisik ini mengubah hubungan lintasan pasif NP secara spontan melintasi membran biologis dan model. Namun,
sifat fisik partikel bukan satu-satunya faktor yang harus dipertimbangkan, begitu juga dengan lingkungan, dan karakteristik membran itu sendiri juga
perlu diperhatikan. Pada halaman ini, kita akan fokus pada karakteristik partikel yang mengatur hubungan dengan penetrasi membran; namun, untuk
gambaran yang lebih holistik tentang topik ini lihat kutipan berikut [9].
Gambar 4.5.1 . Gambar diambil dari [10]. A. Rentang kelengkungan fitur permukaan skala nano di mana membran lipid kehilangan integritas dan membentuk
pori-pori telah ditemukan secara eksperimental. Pori-pori secara eksperimental diamati pada membran l-ÿ-dimyristoyl fosfatidilkolin sekitar 1,2ÿ22 nm
nanopartikel polar yang diendapkan pada permukaan mika. Lapisan ganda lipid menyelubungi atau mengikuti fitur permukaan dengan kelengkungan di luar
wilayah tersebut. Temuan ini memberikan informasi penting untuk memahami interaksi membran nanopartikel-lipid, sitotoksisitas, persiapan templat
biomolekuler dan membran lipid pendukung pada permukaan kasar dan berpola. Sifat yang mempengaruhi interaksi NP-membran. Karakteristik intrinsik
suatu NP, lingkungan sekitar dan substrat biologis yang mempengaruhi interaksi antara NP dan membran biologis [9].
Translokasi Pembungkus Vs Penanaman NP

dapat melewati atau tertanam dalam membran dengan dua cara berbeda. Salah satu metodenya adalah ketika membran ditekuk untuk
memaksimalkan jumlah interaksi kontak dengan NP; ini disebut pembungkus dan menginduksi kelengkungan positif [11]. Kelompok
kepala membran membentuk vesikel di sekitar nanopartikel dan bergantung pada muatannya dapat menempel pada permukaan luar NP,
dibahas lebih lanjut di bawah. Pembungkusan menyerupai proses penyerapan. Hal ini pada dasarnya berbeda dengan partikel yang
tertanam karena proses penyisipan memiliki gangguan minimal terhadap struktur membran dibandingkan dengan pembungkus.
Menggunakan prediksi pemodelan dengan studi biologi yang terinformasi, penelitian dapat memahami dampak ukuran NP pada lipid. NP hidrofilik sebesar 20Å menjadi terbungkus sedangkan
NP yang lebih kecil dan mendekati 10Å tertanam dalam lapisan ganda yang berinteraksi dengan gugus kepala hidrofilik saat ia terbungkus seperti yang ditunjukkan pada Gambar 4.5.2 a. NP
hidrofobik berapapun ukurannya bahkan hingga 60Å, tidak terbungkus oleh lipid dan malah menembus membran untuk tertanam ke dalam inti hidrofobik (gambar 2 c)
[12]. Namun, di sini mereka hanya memodelkan satu jenis membran, dan dapat disesuaikan dengan NP, juga telah ditunjukkan bahwa kelompok kepala lipid
dan panjang ekor memainkan peran penting dalam interaksi keduanya [11]. Dalam kasus saluran pembungkus, kekuatan kemampuan dan sambungan
pembungkus kelompok kepala terbukti dihambat oleh interaksi hidrofobik dari rantai PEG hidrofilik yang lebih panjang yang memungkinkan NP lebih mudah
melewati rap dan keluar dari sisi lain membran.
Karena NP mengganggu membran saat memasuki selebaran, kelengkungan positif pembungkus dapat dimodulasi oleh panjang ekor unit fungsionalisasi
yang menjorok di sepanjang NP. Bentuk keseluruhan dari struktur ini, yaitu batang vs bola, juga dapat berperan dalam cara mereka melewati membran [11,
13].
dengan 4.5.2 . Gambar yang Diadaptasi dari [7]. Cuplikan konfigurasi akhir untuk simulasi dijalankan pada sistem LIME yang berisi Gambar NP hidrofilik
ukuran berbeda dan membran bilayer DPPC. Skema warnanya adalah ungu (entitas kolin DPPC), oranye (gugus fosfat DPPC), merah (gugus ester DPPC),
cyan (gugus ekor alkil DPPC), merah (NPs). Lihat juga Gambar 4.5.6 untuk ketergantungan bentuk [13]
Muatan Dapat Menyebabkan Rekonstruksi Membran Telah terbukti
bahwa NP dapat melewati membran fosfolipid secara spontan, yang merupakan salah satu dari banyak faktor yang menjadikannya ideal untuk penghantaran obat
dan pembuatan sensor. NP hanya dapat melewati membran fosfolipid secara spontan jika bermuatan positif atau negatif (gambar 3). Dimana partikel bermuatan
negatif menimbulkan gelasi lokal pada bilayer fluida sedangkan partikel bermuatan positif mendapatkan lintasan dengan menargetkan membran gel untuk
melakukan fluidisasi secara lokal [8]. Muatan ini menyebabkan transisi fasa yang menyimpang dari suhu transisi fasa nominal sebesar puluhan derajat tetapi
ditunjukkan pada tipe lipid DOPC (dioleoyl phosfocholine (PC)), DLPC (dilauryl PC), dan DPPC (dipalmitoyl PC), dengan perbedaan gel-ke- suhu transisi fase
fluida (Tm) masing-masing sekitar ÿ20 °C, ÿ1 °C, dan +40 °C. Kedua muatan diserap ke kelompok fosfolipid PC dan menunjukkan bahwa liposom yang ditembus
oleh NP dapat mempertahankan integritasnya dengan penyusutan minimal oleh NP yang bermuatan negatif. Kekakuan fisik partikel-partikel ini diperkirakan
memungkinkan terjadinya interaksi unik dengan membran fosfolipid, sedangkan DNA, sebuah partikel Anionik, tidak menghasilkan rekonstruksi membran yang
sama seperti NP anionik bermuatan serupa [8]. Fenomena ini merupakan hal yang baru karena adanya benda asing non-biologis yang menyebabkan perubahan
ini karena membran sering melewati keadaan yang berbeda-beda untuk memungkinkan terjadinya ion dan remodeling membran alami. Ditambah dengan fakta
bahwa proses ini tidak diklasifikasikan sebagai endositosis tetapi suatu perjalanan melalui membran ketika terjadi gangguan ketika lipid berikatan dengan partikel
itu sendiri (gbr. 4)
.
Gambar 4.5.3 Diambil dari [8]. Diagram skema vesikel bilayer fosfolipid dengan NP terikat. Pengikatan NP anionik ke selebaran dalam fase cair menyebabkan
NP membentuk fase gel di tempat pengikatan NP. Reorientasi kelompok kepala PC yang diinduksi pengikatan menyebabkan lipid dalam fase cair memiliki
-
kepadatan lebih rendah (A) dibandingkan dalam fase gel (B). Pada kelompok kepala PC, P dan N masing-masing dilambangkan dengan warna biru dan
+
merah.
Fenomena ini juga telah ditandai pada tanaman dengan NP yang berbeda-beda. Di sini model Penetrasi Amplop Pertukaran Lipid atau
model “LEEP” menunjukkan bahwa muatan partikel yang didoping dapat mempunyai efek pada penetrasi spontan dan Menunjukkan
lokalisasi dalam sel hingga ke organel tunggal, seperti kloroplas [14, 15]. Pada Gambar 4.5.4 sel dan kompartemeninternal. kemampuan untuk melakukan penetrasi
berdasarkan muatan seperti yang diilustrasikan melalui potensial zeta (perbedaan energi yang ada antara permukaan partikel padat yang direndam dalam
cairan penghantar (misalnya air) dan sebagian besar cairan) untuk mengambil memperhitungkan lingkungan berair yaitu sel. Sebagaimana dinyatakan di atas
dalam Pemahaman Singkat tentang Nanopartikel yang Difungsikan, doping atau muatan suatu partikel dapat mempunyai pengaruh yang signifikan terhadap
dinamika partikel dalam hal bentuk, ukuran, muatan, dan karakteristik penting lainnya.
4.5.4 . Diadaptasi dari [14,15]. A. (i) NP SWNT dengan potensial zeta tinggi mendekati membran luar yang juga bermuatan negatif. Hal ini
menginduksi muatan gambar pada lapisan ganda lipid dan menyebabkan perluasan dan pelunakan membran. (ii)
Gliserolipid membungkus SWNT saat berinteraksi dengan membran. Interaksi antara lipid dan SWNT dikonfirmasi oleh pergeseran
solvokromatik yang diamati pada penambahan dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) ke SWNT. (iii) SWNT yang terikat lipid masuk dan
berikatan dengan bagian dalam. Membran lipid dari membran sembuh. B. Model LEEP menjelaskan masuk dan distribusi NP di dalam
protoplas. Model LEEP untuk protoplas dan kloroplas masing-masing ditunjukkan dengan garis biru dan merah, sedangkan ambang batas
untuk mempertahankan viabilitas protoplas ditunjukkan dengan garis putus-putus berwarna hijau. Model LEEP tidak hanya dapat menjelaskan
observasi eksperimental pada penelitian ini, tetapi juga NP yang diselidiki pada penelitian sebelumnya (dilambangkan dengan *).
Model yang Digunakan untuk Prediksi
Ada perpustakaan yang terus berkembang dari berbagai jenis polimer NP yang difungsikan dengan dekorasi berbeda yang semuanya
mempengaruhi karakteristik keseluruhan NP secara keseluruhan. Mustahil untuk menguji kelayakan dan dinamika semua polimer berbeda
yang dapat dibuat dengan kombinasi tulang punggung dan dekorasi yang berbeda. Oleh karena itu, banyak modul telah dibuat untuk
memprediksi dan mensimulasikan dinamikanya berdasarkan informasi yang dikumpulkan oleh bagian perpustakaan yang dipelajari baik in
vivo maupun in vitro [12]. Model yang digunakan untuk memprediksi jenis interaksi dapat terbagi dalam dua jenis kategori, model resolusi
tinggi atau atomistik dan resolusi rendah atau model kasar yang memberikan perspektif dan waktu keluaran informasi yang berbeda. Lihat
Tabel 1 untuk ringkasannya.
Model atomistik atau resolusi tinggi dapat memberikan gambaran yang mewakili geometri dan energi semua molekul yang biasanya
diperhitungkan dalam pergerakan setiap atom, termasuk setiap atom pelarut. Ini sering digunakan untuk mempelajari transpor pasif NP
melalui membran lipid. Salah satu penelitian tersebut dilakukan oleh Bedrov et al. untuk memahami gerakan pasif C60fullerene menjadi
lipid di-myristoly-phosphatidylcholine (DMPC) [16].
Gambar 4.5.6 . Diadaptasi dari [16]. Diilustrasikan adalah konfigurasi sistem dengan cuplikan membran DMPC terhidrasi yang mengandung fullerene C60 dan
menggambarkan tiga wilayah yang terdefinisi dengan baik: (1) sebagian besar air di luar lapisan ganda lipid, (2) lapisan padat kelompok kepala hidrofilik lipid, dan
(3) daerah hidrofobik dari ekor lipidik. Atom hidrogen yang berasosiasi dengan ekor lipid tidak ditampilkan.
Atom karbon fullerene ditampilkan dalam warna abu-abu gelap, atom oksigen air dalam warna hijau, dan atom hidrogen dalam warna putih. Pada molekul DMPC:
atom karbon tulang punggung ekor berwarna kapur tua, atom nitrogen berwarna biru tua, atom fosfor berwarna oranye, dan atom oksigen berwarna merah.
Model beresolusi rendah atau berbutir kasar masih memperhitungkan lipid dan NP tetapi merupakan representasi geometri dan energi molekul yang
disederhanakan. Di sini alih-alih memperhitungkan keseluruhan sistem, satu situs interaksi digunakan untuk mewakili sekelompok beberapa atom. Oleh
karena itu, penghitungan awal menjadi lebih cepat seiring dengan berkurangnya jumlah total situs. Sekali lagi, transpor pasif dapat dipelajari dengan
menggunakan tipe model ini. Dalam satu studi biologi informatif, endositosis pasif NP berlapis ligan dipelajari berdasarkan geometri ukuran, cakupan bentuk,
dan kekuatan pengikatan membran yang berbeda [13]. Molekul fosfolipid dimodelkan oleh tiga bidang; satu untuk kelompok kepala hidrofilik, dan dua untuk
ekor hidrofobik. Demikian pula, NP hanya dinyatakan sebagai bola dengan ukuran yang sama dengan kelompok ekornya. Meskipun sederhana, kelompok
ini mampu menunjukkan bahwa model tersebut cukup untuk menunjukkan bahwa partikel bola yang lebih besar lebih mudah melakukan endositosis
dibandingkan partikel yang lebih kecil karena energi yang menguntungkan untuk kekakuan lentur dan adhesi permukaan sekaligus menggambarkan energi
yang menguntungkan untuk NP sferosilindris terhadap bola normal. partikel.
.
Gambar 4.5.6 Diambil dari [13] Representasi model endositosis sferosilinder yang dihasilkan. Spherocylinder awalnya berorientasi tegak lurus terhadap membran.
Ia mengubah orientasi dan menjadi paralel saat berikatan dengan membran (t = 10.000); kemudian berputar dan dienkapsulasi lebih lanjut. Pelepasan dari membran
terjadi di ujung sferosilinder. Permukaan partikel terdiri dari 50% ligan yang berinteraksi sebesar 5,0 kT dengan 50% gugus kepala lipid yang mewakili reseptor
membran. Potongan menembus membran pada posisi partikel digambarkan untuk kejelasan. Kode warna: nanopartikel, manik-manik kuning adalah ligan dan manik-
manik abu-abu murni menjijikkan; membran, manik-manik biru adalah reseptor membran, oranye adalah kelompok kepala, dan abu-abu dan oranye adalah manik-
manik ekor.
Baru-baru ini model resolusi menengah telah dikembangkan untuk menggambarkan pelarut implisit untuk molekul lipid atau LIME [12]. Keuntungan dari hal
ini adalah resolusi yang lebih baik daripada model kasar yang sebenarnya, tetapi juga lebih efisien dalam waktu dibandingkan prediksi model atom resolusi
tinggi. Peningkatan kecepatan ini disebabkan oleh penggunaan dinamika molekuler yang terputus-putus. Sejauh ini, model ini telah digunakan untuk
menangkap interaksi antara NP hidrofilik dan hidrofobik serta membran bilayer DPPC, dengan mempertimbangkan parameter geometris dan energik
membran dan NPS. Namun, seperti tipe model lainnya, ada kekurangannya. Gambar 4.5.2 dihasilkan dengan menggunakan model LIME.
Tabel 1.
Referensi
1. Nel, AE, dkk., Memahami interaksi biofisikokimia pada antarmuka nano-bio. Nat Mater, 2009.8 (7): hal. 543-57.
2. Lesniak, A., dkk., Adhesi nanopartikel pada membran sel dan pengaruhnya terhadap efisiensi serapan nanopartikel. J Am Chem Soc, 2013.135
(4): hal. 1438-44.
3. Behzadi, S., dkk., Penyerapan nanopartikel seluler: perjalanan di dalam sel. Chem Soc Rev, 2017.46 (14): hal. 4218-4244.
4. Kwak, SY, dkk., Teknologi Nanosensor Diterapkan pada Sistem Tumbuhan Hidup. Annu Rev Anal Chem (Palo Alto California), 2017. 10(1): hal.
113-140.
5. Thiruppathi, R., dkk., Fungsionalisasi Nanopartikel dan Potensinya untuk Pencitraan Molekuler. Adv Sci (Weinh), 2017.4 (3): hal. 1600279.
6. Vijayan, V., S. Uthaman, dan IK Park, Nanopartikel Tersamar Membran Sel: Strategi Biomimetik yang Menjanjikan untuk Terapi Kanker. Polimer
(Basel), 2018. 10(9).
7. Schroeder, V., dkk., Sensor Kimia Karbon Nanotube. Chem Rev, 2019.119 (1): hal. 599-663.
8. Wang, B., dkk., Rekonstruksi permukaan membran fosfolipid yang diinduksi nanopartikel. Proc Natl Acad Sci AS, 2008. 105(47): hal. 18171-5.
9. Contini, C., dkk., Interaksi nanopartikel-membran. Jurnal Nanosains Eksperimental, 2018. 13(1): hal. 62-81.
10. Roiter, Y., dkk., Interaksi nanopartikel dengan membran lipid. Nano Lett, 2008.8 (3): hal. 941-4.
11. Lee, H., Dispersi antarpartikel, kelengkungan membran, dan penetrasi yang disebabkan oleh tabung nano karbon berdinding tunggal yang
dibungkus dengan lipid dan lipid PEGylated. J Fisika Kimia B, 2013. 117(5): hal. 1337-44.
12. Curtis, EM, dkk., Pemodelan pembungkus atau translokasi nanopartikel dalam membran bilayer. Skala nano, 2015. 7(34): hal. 14505-14.
13. Vacha, R., FJ Martinez-Veracoechea, dan D. Frenkel, Endositosis nanopartikel yang dimediasi reseptor dalam berbagai bentuk. Nano Lett,
2011. 11(12): hal. 5391-5.
14. Wong, MH, dkk., Penetrasi Amplop Pertukaran Lipid (LEEP) Nanopartikel untuk Rekayasa Pabrik: Mekanisme Lokalisasi Universal. Nano Lett,
2016.16 (2): hal. 1161-72.
15. Lew, TTS, dkk., Prinsip Desain Rasional untuk Transportasi dan Distribusi Subseluler Nanomaterial ke dalam Protoplas Tumbuhan. Kecil, 2018. 14(44): hal.
e1802086.
16. Bedrov, D., dkk., Transpor pasif fullerene C60 melalui membran lipid: studi simulasi dinamika molekul. J Fisika Kimia B, 2008. 112(7): hal. 2078-84.
4.5: Penetrasi dan Perakitan Spontan Nanopartikel dalam dan Melalui Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh
LibreTexts.
4.6: Rakitan Lipid Non-Membran (Misel)

Senyawa amfipatik (deterjen) adalah sekumpulan molekul unik yang memiliki kemampuan memanipulasi (distorsi atau pembentukan) senyawa tersebut.
interaksi hidrofobik-hidrofilik dalam sampel biologis. Deterjen dalam larutan air berasosiasi sendiri dengan partikel koloid.
1.
Pembentukan agregat koloid oleh deterjen disebut misel Dalam penelitian, deterjen pembentuk misel memberikan
lingkungan amfipatik yang dapat meniru lapisan ganda lipid, digunakan untuk melisiskan sel (melepaskan protein larut), melarutkan membran
protein dan lipid, dan mengontrol kristalisasi protein.
Deterjen dan Konsentrasi Misel Kritis

Seperti disebutkan di atas, deterjen adalah molekul amfipatik (Gambar 4.6.1 ), yang tersusun atas gugus kepala hidrofilik (polar)
dan ekor hidrofobik (non-polar). Deterjen golongan kepala hidrofilik dapat berupa ionik (anion atau kation bermuatan), nonionik
(tidak bermuatan), atau zwitterionic (mengandung komponen bermuatan positif dan negatif sehingga memiliki muatan nol bersih).
Gambar 4.6.1 : Molekul amfipatik. (CC BY-NC; mit Kaya)
Ekor hidrofobik merupakan rantai asil (rantai panjang hidrokarbon alifatik alias rantai karbon dengan gugus samping hidrogen). Dia
2
sifat amfipatik memungkinkan deterjen melarutkan senyawa yang larut dalam air dan minyak, seperti sabun. Dalam sabun, partikel
tidak larut dalam air (minyak/lemak) berasosiasi dengan ekor hidrofobik misel (Gambar 4.6.2 ), melindungi partikel yang tidak larut
dari air, membuatnya larut. Deterjen dengan konsentrasi rendah dalam larutan air membentuk lapisan tunggal pada antarmuka udara-cair. Itu
3
Monomer deterjen kemudian dapat mulai berkumpul menjadi agregat pada dan di atas konsentrasi misel kritis (CMC) menjadi
struktur yang disebut misel (Gambar 4.6.2 ). Viskositas inti misel ditemukan 17-50cP (cP: centipoise) melalui depolarisasi
4
studi tentang penyelidikan fluoresensi. Jadi, bagian dalamnya seperti cair. Namun dalam beberapa kasus, interiornya ternyata lebih kokoh, dengan
kental naik menjadi 151 cP. Misel dasar umumnya digambarkan berbentuk bulat kasar (Gambar 4.6.2 A) dengan pemisahan
bagian hidrofilik dan hidrofobik.
A B C
Gambar 4.6.2 : Struktur ideal misel deterjen (A) berbentuk bola, (B) silindris, (c) seperti cacing. (CC BY-NC; mit Kaya)
Tergantung pada struktur dan kondisi fisikokimia, yaitu. suhu, keberadaan elektrolit, agregat sendiri
strukturnya juga bisa berbentuk silinder (Gambar 4.6.2 B) atau seperti cacing (Gambar 4.6.2 C). Monomer deterjen mengubur ekor nonpolar
mengarahkannya ke dalam untuk menghindari kontak dengan air dan mengarahkan kelompok kepala kutub ke luar untuk berinteraksi dengan air. Dalam deterjen
dengan lebih dari satu rantai hidrofobik, mirip dengan lipid alami, pembentukan misel silinder dapat terjadi. Itu
misel silinder kemudian dapat merentang menjadi dua dimensi membentuk bilayer.
Gambar 4.6.3 : Penyajian skema kesetimbangan antara deterjen pada permukaan, deterjen bebas, dan dalam misel. (CC BY-NC; mit Kaya)
Di bawah CMC, peningkatan deterjen akan menurunkan tegangan permukaan sekaligus meningkatkan tekanan osmotik larutan (Gambar 2).
4.6.4) 5. Hal ini berkorelasi dengan lipid dalam larutan yang berkumpul hampir secara eksklusif pada antarmuka udara-air seperti yang ditunjukkan di bawah ini. Pada
Tegangan permukaan CMC telah diminimalkan semaksimal mungkin sesuai dengan lipid yang memenuhi udara-air secara penuh
antarmuka sehingga seluruh permukaan sekarang menjadi lapisan lipid kontinu. Di atas CMC, dengan peningkatan deterjen, permukaannya
ketegangan akan tetap konstan karena jenuh penuh. Dengan demikian kelebihan lipid akan dipaksa masuk ke dalam air dan akan membentuk misel
melindungi ekor hidrofobiknya, yang kemudian mampu melarutkan senyawa yang sebelumnya tidak larut (seperti minyak). Permukaan
proses saturasi mengikuti kinetika Langmuir (saturasi) dan dapat dijelaskan menggunakan isoterm Langmuir.
Gambar 4.6.4 : Perubahan ketergantungan konsentrasi berbagai besaran fisika-kimia di lingkungan sekitar
konsentrasi misel kritis. (CC BY-NC; mit Kaya)
6.
Pembentukan misel dapat dijelaskan dengan isoterm adsorpsi Gibbs. Jumlah monomer deterjen “n” untuk membentuk misel adalah
disebut nomor agregasi dan merupakan karakteristik molekul surfaktan. Oleh karena itu, miselisasi dapat dijelaskan dengan a
°
M
keseimbangan (Gambar4.6.5 )ekspresi. Dengan konstanta kesetimbangan, K =[Z ]/[Z] mm
. Energi bebas kesatuan ÿG untuk
M
transfer a
amphiphile tunggal dari larutan berair ke misel berukuran m. Ekspresi energi bebas dapat dihitung dengan mengganti RTln K M
dengan -m MÿG °, dengan konsentrasi dinyatakan dalam satuan fraksi mol. Karena itu,
ÿm ÿ Astaga
lnKm = X1 +m ln + lnm (4.6.1)
RT
Dimana X 1adalah fraksi mol amfifil dalam bentuk monomer dan X adalah fraksi mol
M yang tergabung dalam misel berukuran m, yaitu,
X M=m [Z ]. Persamaan
M 1 dapat dianggap sebagai fungsi distribusi ukuran misel, memberikan X sebagai fungsi
M m pada nilai tertentu
dari X . Kooperatifnya pembentukan misel tercermin dalam istilah m ln X CMC jika ingin , dan membatasi nilai X pada kisaran sempit yang mendekati
1 1 1
diperoleh nilai X yang wajar.
M
Gambar 4.6.5 : Miselisasi dapat dijelaskan dengan kesetimbangan. (CC BY-NC; mit Kaya)
Lebih dari 70 jenis metode telah diterapkan untuk menentukan CMC dari tahun 1962-2010. Seperti pengukuran spektroskopi
(probe fluoresensi, pewarna serapan), pengukuran elektrokimia (elektroforesis, elektroforesis kapiler, konduktimetri),
pengukuran tegangan permukaan (pengukuran sudut kontak), pengukuran optik (hamburan cahaya, serat optik, refraksi-metrik),
dan masih banyak7 . Namun, metode yang paling umum adalah tegangan permukaan. Metode ini menentukan tegangan permukaan larutan
lainnya menuju beberapa konsentrasi yang berbeda. Titik balik plot tegangan permukaan terhadap grafik log[C] (C: konsentrasi).
adalah CMC. Metode tegangan permukaan biasa digunakan karena sederhana dan nyaman.
Aplikasi Penelitian
Deterjen sangat penting untuk proses pelarutan, pemurnian, dan kristalisasi yang diperlukan untuk struktur protein membran
tekad 6
. Deterjen sering digunakan untuk melarutkan protein membran penting dengan menghasilkan kompleks protein-deterjen-lipid yang larut
dalam air (Gambar 4.6.6 A). Deterjen meniru membran lipid dengan mengelilingi wilayah hidrofobik
protein membran integral dan meninggalkan daerah hidrofilik yang berorientasi ke arah air. Maltosida dan glukosida adalah dua yang paling banyak
deterjen yang umum digunakan untuk kristalografi protein membran, meskipun kelas deterjen masih banyak.
Oleh karena itu, biasanya dilakukan screening untuk menentukan deterjen yang paling sesuai dengan target protein yang diinginkan. Untuk setiap deterjen,
varietas panjang ekor hidrokarbon umumnya tersedia, memungkinkan penyesuaian ukuran dan stabilitas kompleks protein-deterjen-lipid.
Gambar 4.6.6 : (a) skema proses pelarutan. Dari kiri ke kanan: monomer deterjen bebas, misel deterjen di atas
CMC, campuran membran dan misel, misel mengekstrak protein membran dari lapisan ganda lipid untuk membuat kompleks protein-deterjen-lipid. (b)
Beberapa deterjen umum digunakan dalam pelarutan, pemurnian, dan kristalisasi protein membran. (CC BY-NC; mit Kaya)
Setelah protein membran integral dilarutkan dan dimurnikan, maka perlu dikonsentrasikan (melalui sentrifugasi dan dialisis) ke tingkat yang lebih tinggi.
larutan lewat jenuh agar kristalisasi berhasil. Sambil berkonsentrasi penting untuk menjaga CMC agar bebas
misel deterjen dan mempertahankan kompleks protein-deterjen-lipid. Jika CMC tidak dipertahankan, protein membran integral akan keluar dari larutan. Deterjen
yang digunakan selama pelarutan mungkin sama dengan yang digunakan saat kristalisasi tetapi paling sering diubah atau ditambahkan deterjen tambahan. Ada
beberapa parameter fisikokimia yang perlu dipertimbangkan selain deterjen untuk mengkristalkan protein membran integral, seperti buffer, pH, pengendap, garam,
8.
aditif, dan banyak lainnya. Selama beberapa tahun terakhir telah terjadi peningkatan eksponensial struktur protein membran integral yang diterbitkan dalam jurnal
Bank Data Protein dan banyak wawasan unik telah diberikan mengenai kondisi keberhasilan kristalisasi protein membran (Gambar 4.6.7 ).
8.
Gambar 4.6.7 : Kristalisasi protein membran alfa-heliks menunjukkan tren keberhasilan penggunaan deterjen
Referensi
1. McBain, JB Trans Faraday Soc, 1913, 9, 93-107 2.
Wennerstrom, H.; Lindman, B. Laporan Fisika, 1997, 52, 1-86 3. Ruckenstein,
E.; Nagarajan, jurnal R Ilmu Koloid dan Antarmuka, 1976, 57, 388-390 4. Zoller, U.; Broze, G. Buku Pegangan
deterjen; Marcel Dekker: New York, 1999 5. Chakrabory, T.el alt. Jam Arab Kimia, 2011, 4, 265-270
6. Tanford, C. Proc. Nat. Akademik. Sains. AS, 1974, 71, 1811-15 7. Newby, ZER el.
alternatif. Protokol Alam, 2009, 4, 619-638 8. Newstead, S.; Ferrandon,
S.; Iwata, S. Protein Sci., 2008, 17, 466-476 9. Moraes, I. el alt. Biokimia &
Biofisika, 2014, 1838, 78-87Moraes, I. el alt. Biokimia & Biofisika, 2014, 1838, 78-
87
4.6: Rakitan Lipid Non-Membran (Misel) dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
GAMBARAN UMUM BAB
5: Karakterisasi Eksperimental - Spektroskopi dan Mikroskopi

5.1: Model Membran vs. Membran Biologis 5.2: Membran
Pendukung dan Tertambat 5.3: Teknologi
Styrene Maleic Acid Lipid Particles (SMALP) 5.4: Probe Lipid
5.5: Fluoresensi pada Membran

5.9: Spektroskopi Raman pada Membran 5.10:

Teori dan Solusi Resonansi Magnetik Nuklir (NMR) NMR 5.11: NMR Keadaan Padat
5.12: Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR) Membran 5.13: Hamburan

Sinar-X Membran
5: Karakterisasi Eksperimental - Spektroskopi dan Mikroskopi dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1
5.1: Model Membran vs. Membran Biologis

Studi tentang sel telah menjadi bidang penelitian yang menantang dan aktif sejak abad ketujuh belas ketika Robert Hooke pertama kali mengamati sel melalui
mikroskop majemuknya. [1] Sel terdiri dari sitoplasma, yang mengandung biomolekul seperti asam nukleat dan protein, dan ditutupi oleh membran plasma.
Membran ini memainkan peran penting dalam perlindungan sel serta dalam kontrol dan pengangkutan ion, nutrisi dan berbagai molekul kecil melalui saluran
protein atau proses seperti difusi dan endositosis.
Salah satu perkembangan penting dalam menentukan struktur membran plasma adalah usulan “Model Mosaik Fluida” oleh SJ Singer dan GL Nicolson pada tahun
1972. Model tersebut menyatakan bahwa membran terdiri dari tulang punggung lapisan ganda fosfolipid dengan kolesterol, protein, dan kolesterol yang tertanam
di dalamnya. dan karbohidrat yang memberikan sifat cair pada membran. [11] Struktur komposit ini memungkinkan membran melakukan berbagai fungsi seperti
pengenalan molekul, katalisis enzimatik, adhesi seluler, dan fusi membran. Evolusi paling penting dari model ini terjadi pada tahun 1997 melalui karya Simons
dkk. dan Brown dkk. yang mengusulkan agar lipid membran diorganisasikan ke dalam domain mikro yang dipisahkan fase, yang disebut rakit lipid, dengan
komposisi lokal yang berbeda dan dinamika molekuler dari fase kristal cair di sekitarnya. Validitas hipotesis ini merupakan topik perdebatan hangat selama lebih
dari satu dekade namun sejak itu telah dibuktikan oleh banyak peneliti dan telah mengarah pada pengembangan teknologi untuk mendeteksi heterogenitas lateral
pada membran biologis. [10] Pemahaman komprehensif tentang seluruh komponen membran plasma dan cara kerja sinergisnya dapat membantu meningkatkan
pemahaman kita tentang evolusi kehidupan di bumi dan memainkan peran penting dalam kemajuan biologis di masa depan.
Membran Biologis: Komposisi dan Fungsi

Membran biologis memiliki komposisi lipid dan protein yang kompleks dan bervariasi sehingga membuat penentuan komposisi pastinya dalam sel cukup sulit.
Meski begitu, komponen utamanya sudah mapan.
Komponen utama pertama dari membran biologis adalah lipid. Semua membran biologis mengandung lapisan ganda lipid sebagai unit struktural dasarnya.
Lapisan ganda lipid adalah kumpulan ribuan molekul lipid amfifilik yang disatukan melalui interaksi hidrofobik antara rantai asilnya. Lipid membran dapat dibagi
menjadi tiga kelompok berdasarkan struktur kimianya: lipid berbasis gliserol (fosfolipid), sphingolipid berbasis ceramide, dan sterol. (Gambar 5.1.1 a) Konstituen
ini tidak tersusun secara homogen dalam membran plasma sel tetapi sebenarnya terdapat sebagai domain mikro lateral yang kompleks. (Gambar b) Variabilitas
5.1.1 dalam sifat susunan lipid, selain perbedaan signifikan dalam sifat fisik seperti luas penampang, ketidakjenuhan, fluiditas, muatan listrik, berat molekul,
alasan adalah
mengapa membran lipid merupakan struktur yang sangat kompleks. . Hubungannya dengan komponen membran lain seperti protein dan karbohidrat menambah
kesulitan dalam mempelajari struktur membran. [12]
Komponen utama kedua dari membran sel adalah protein. Mereka merupakan sebagian besar membran sel yang khas dan melakukan berbagai fungsi [1]. Protein
membran dapat berasosiasi dengan membran dalam berbagai cara seperti memiliki domain yang melintasi membran, domain yang berasosiasi hanya dengan
satu sisi membran, gugus kimia yang mengikatnya pada membran, atau domain yang berasosiasi dengan protein terikat membran lainnya. . Rendahnya
permeabilitas membran sel terhadap segala sesuatu kecuali air, molekul kecil tak bermuatan, dan beberapa molekul pemberi sinyal hidrofobik mengharuskan
membran sel memiliki mesin untuk memfasilitasi pertukaran molekul antara sitoplasma dan lingkungan luarnya. Protein membran memfasilitasi fenomena
semacam ini. Misalnya, protein yang bertindak sebagai saluran untuk memungkinkan transpor cepat ion dan molekul lain cukup umum terjadi [2]. Jenis protein
membran lainnya bertindak sebagai reseptor untuk menerima sinyal eksternal atau internal, dermaga untuk pengenalan dan fusi vesikel yang membawa muatan
seluler, enzim yang mengkatalisis reaksi kimia tertentu pada membran, saluran yang memfasilitasi pengangkutan protein lain melintasi membran, dan dapat
berasosiasi. dalam kompleks protein dengan berbagai ukuran dan komposisi [1]. Jelasnya, terdapat keragaman yang sangat besar pada membran sel dalam hal
komposisi lipid dan protein serta bagaimana komponen-komponen ini mempengaruhi sifat-sifat membran.
Karbohidrat yang terikat secara kovalen dengan protein (glikoprotein) atau lipid (glikolipid) juga merupakan bagian dari membran sel, dan berfungsi sebagai
adhesi dan alamat lokus sel sehingga membantu dalam kontak sel-sel, pengenalan diri (melalui presentasi karbohidrat spesifik sel yang dikenali dan diabaikan
oleh sel imun), dan komunikasi. [17]
Membran sel adalah struktur yang sangat dinamis. Mereka adalah antarmuka antara sel dan lingkungannya. Mereka merasakan sinyal dari lingkungan sekitar,
mentransduksi sinyal tersebut, dan mengubahnya menjadi respons seluler. Mereka seperti jalan raya yang sibuk dalam sel dalam arti bahwa informasi dengan
cepat dikirimkan melalui dan melintasi sel-sel tersebut. Sel-sel hidup juga secara konstitutif memodifikasi membrannya sebagai bagian dari fungsi sel normal dan
dengan cara tertentu sebagai respons terhadap rangsangan eksternal. Hal lain yang sangat penting
Properti membran sel adalah bahwa mereka memiliki gradien listrik dan kimia yang dihasilkan oleh protein penduduk. Gradien ini penting untuk fungsi sel hidup
seperti produksi energi, penyerapan zat terlarut, dan transduksi sinyal.
Gambar 5.1.1 : (a) Struktur kimia beberapa lipid yang ditemukan dalam membran biologis [10] (b) Penggambaran membran sel ini menunjukkan asimetri lipid
membran serta mikrodomain yang diperkaya dengan lipid tertentu dan yang diinduksi oleh protein membran. [12]
Model Membran Sistem Model
organisme sering digunakan oleh para ilmuwan untuk membantu memahami proses biologis karena mereka mudah untuk berkembang biak, dipelihara dan
dimanipulasi. Demikian pula, model membran dapat digunakan untuk mendapatkan wawasan tentang sifat dan fungsi berbagai komponen membran biologis [3].
Kompleksitas membran sel, dan kesulitan dalam mengisolasinya serta mempertahankan kondisi fisiologis aslinya menjadikannya tantangan untuk mengekstraksi
data yang berarti dari eksperimen pada sel utuh. Oleh karena itu, para ilmuwan sering menggunakan membran buatan yang memiliki struktur dan komposisi yang
sangat disederhanakan untuk membuat eksperimen lebih mudah dilakukan.
Model membran adalah alat yang berguna untuk menyelidiki perilaku protein dan lipid dalam membran dengan mengisolasi berbagai aspek fungsi membran dan
mempelajarinya secara mendetail untuk mendapatkan gambaran yang lebih besar. Mereka dapat digunakan untuk mempelajari hal-hal seperti struktur dan fungsi
jenis lipid, pengaruh kelengkungan kompleks protein membran, saluran ion, dan juga mempelajari interaksi lipid dengan obat atau nanopartikel lainnya [3]. Sistem
biomimetik yang paling terkenal dan umum digunakan untuk tujuan tersebut adalah lapisan tunggal lipid, vesikel lipid, dan lapisan ganda lipid yang didukung.
Meskipun masing-masing sistem ini mempunyai kelebihan dan kekurangan, semuanya meniru susunan lipid membran sel alami.
Lapisan Tunggal Lipid
Lapisan tunggal lipid yang merupakan setengah lapisan ganda, dibentuk dengan menyebarkan molekul amfipatik pada permukaan cairan. Mereka memberikan
model sederhana untuk mengevaluasi penyisipan membran senyawa dan untuk mempelajari interaksi lipid-lipid dengan mengubah parameter seperti sifat dan
susunan molekul yang menyebar, komposisi subfase (pH, kekuatan ionik) dan suhu. Isoterm kompresi sering digunakan untuk mendapatkan informasi tentang
fase lipid (gel atau cair) dan untuk mempelajari sifat campuran lipid untuk fenomena seperti pemisahan fase. Ini diperoleh dengan mengukur tekanan permukaan
(ÿ) film antarmuka sebagai fungsi dari rata-rata luas molekul (A) dalam palung Langmuir-Blodgett. (Gambar 5.1.3 a,b) Untuk mempelajari penyisipan molekul
seperti obat ke dalam membran, lapisan tunggal ditahan pada tekanan awal menggunakan penghalang palung Langmuir dan perubahan tekanan pada penyisipan
senyawa terlarut yang diinginkan adalah dicatat setelah tekanan sistem stabil. Dengan memplot peningkatan tekanan permukaan (ÿÿ) yang diamati sebagai fungsi
dari tekanan permukaan awal lapisan tunggal lipid, kita mendapatkan tekanan penyisipan maksimum (ÿ ) yang mencerminkan daya penetrasi molekul yang
diinginkan ke dalam 2-D yang terdefinisi dengan baik. membran model.
M
(Gambar 5.1.3c ) [10]
Gambar 5.1.3 : (kiri) Representasi skema teknik palung Langmuir yang digunakan untuk mengevaluasi kekuatan penetrasi senyawa bioaktif ke dalam lapisan
tunggal lipid biomimetik; (tengah) Teoritis ÿ -A isoterm yang diperoleh dengan mengompresi lapisan tunggal lipid yang tidak larut yang terbentuk pada
antarmuka udara-air; (kanan) Peningkatan tekanan permukaan vs plot tekanan permukaan awal yang digunakan untuk menentukan tekanan eksklusi dari lipid
monolayer [10]
Vesikula Lipid
Vesikel lipid atau liposom adalah model paling sederhana dari membran sel tertutup. Mereka adalah lapisan ganda lipid berbentuk bola dengan kompartemen
berair internal dan dapat dibentuk dalam berbagai ukuran, SUV (vesikel unilamellar kecil, diameter 20-50 nm), LUV (vesikel unilamellar besar, diameter
100-500 nm), dan GUV (vesikel unilamellar besar, diameter 100-500 nm). vesikel unilamellar, diameter 10-100 µm). [12,13] GUV memiliki ukuran yang paling
dekat dengan sel sebenarnya dan biasanya dibuat menggunakan campuran lipid murni yang terdefinisi dengan baik tetapi tidak jelas bagaimana perilaku
sistem model ini dibandingkan dengan membran biologis sebenarnya yang merupakan campuran lipid yang jauh lebih kompleks. protein, dan sakarida.
(Gambar 4a) Vesikula membran plasma raksasa (GPMV), atau bleb, merupakan sumber bahan lipid biologis yang lebih langsung. Menanggapi tekanan
kimia, membran plasma sel menonjol dan terlepas membentuk gumpalan ini, yang ukurannya mirip dengan GUV. Komposisi lipid bleb mirip dengan sel
induknya sehingga bleb juga mengandung protein membran yang berdifusi ke area yang terlepas selama pembentukannya. [14]
Aplikasi GUV dan GPMV yang paling umum adalah untuk mempelajari perilaku fase, (Gambar 5.1.4 a) efek hambatan dan kelengkungan permeabilitas
membran. [13] Mereka juga digunakan untuk menyelidiki proses membran seperti fusi membran, pengenalan molekul, adhesi sel, dan perdagangan
membran. Ukuran vesikel raksasa ini memungkinkan penggunaan teknik mikroskop optik seperti mikroskop fluoresensi atau confocal, serta manipulasi mikro
vesikel individu.
Meskipun teknik ini memiliki resolusi lateral yang lebih rendah dibandingkan AFM, teknik ini memungkinkan penyelidikan interaksi molekuler dengan vesikel
lipid dalam larutan massal sedangkan AFM memerlukan fusi vesikel lipid ke dalam penyangga padat. [10]
Salah satu kelemahan penggunaan vesikel adalah struktur metastabil yang menawarkan stabilitas jangka panjang yang buruk. Setelah menua, dispersi
vesikel dapat beragregasi, menyatu, atau berevolusi menjadi wilayah dua fase yang stabil secara termodinamika (terdiri dari fase pipih yang terdispersi
dalam pelarut berlebih) dari mana mereka terbentuk. Namun, bergantung pada komposisi dan ukuran vesikel lipid serta parameter lingkungan (suhu, pH,
kekuatan ionik, keberadaan molekul dan ion eksternal), sistem yang secara termodinamika tidak stabil ini dapat stabil untuk jangka waktu yang lama ( hingga
beberapa bulan) dan kemudian menjadi model membran yang cocok untuk menyelidiki sifat membran dan proses biologis.
ÿ Metode Persiapan Vesikel Lipid
SUV dan LUV dibuat dengan melarutkan lipid dalam pelarut organik. Kemudian pelarut diuapkan dalam ruang hampa untuk membentuk lapisan tipis
lipid di dasar labu alas bulat. Film lipid kering disuspensikan kembali dalam buffer yang diinginkan untuk membentuk liposom. Suspensi liposom
divorteks sampai lapisan lipid benar-benar larut, diikuti dengan ultrasonikasi. Prosedur ini biasanya menghasilkan liposom multi-lammelar (MLV), yang
mengalami 3–5 siklus pembekuan/pencairan untuk keseragaman ukuran liposom. GUV dibuat dengan elektroformasi. Dalam metode ini, film lipid
dikeringkan di bawah medan listrik yang berosilasi. Biasanya, generator gelombang standar digunakan untuk menerapkan 1 V pada 10 Hz antara
elektroda yang lapisan tipis lipidnya telah dikeringkan dengan adanya air untuk membentuk GUV. [12] (Gambar 4b)
Vesikel Tertambat
Beberapa kelompok peneliti telah menambatkan vesikel lipid ke lapisan ganda padat menggunakan hibridisasi DNA atau elemen pengenalan biotin-
streptavidin. Dengan melakukan hal ini, protein yang dimasukkan ke dalam vesikel yang tertambat terlindung dari dukungan padat dengan adanya lapisan
ganda yang didukung (SLB). Vesikel yang terikat DNA dibatasi untuk berdifusi dalam dua dimensi pada bidang yang sejajar dengan permukaan. Interaksi
antara vesikel dengan komponen membran reaktif seperti DNA atau protein dapat diamati saat vesikel berdifusi dan bertabrakan satu sama lain. Vesikel
yang ditambatkan dengan penggabungan biotin-streptavidin melalui lipid yang terbiotinilasi sering kali terjadi
diamati tidak berdifusi, sehingga sistem ini tidak berguna untuk mempelajari interaksi antara vesikel yang tertambat tetapi ini dapat menjadi sistem yang sangat
baik untuk merangkum reaktan dalam volume kecil untuk pengukuran fluoresensi dan untuk melihat reaksi vesikel yang tertambat dengan vesikel bebas yang
mengalir di permukaan dari solusi massal. [14] (Gambar 4c)
Gambar 5.1.4 : (kiri) Struktur lateral vesikel unilamellar raksasa (GUVs) yang divisualisasikan dengan mikroskop fluoresensi (Campuran DOPC/DPPC/Chol
2:2:1 pada 20C); [13] (tengah) Skema persiapan vesikel lipid; [16] (kanan) Vesikel ditambatkan ke lapisan ganda lipid yang didukung oleh DNA. [14]
Lipid Bilayer – Didukung dan Ditambatkan Didukung
dan Ditambatkan Lapisan ganda lipid yang didukung (SLB) adalah membran model stabil yang terdiri dari lapisan ganda lipid datar yang didukung pada permukaan
padat seperti wafer mika, kaca atau silikon oksida, dengan kepala kutub menghadap penyangga. Tidak seperti vesikel, membran model ini mudah disiapkan dan
mengontrol komposisi keseluruhan serta asimetri lipid. [10] SLB digunakan untuk memprediksi perilaku fase dan organisasi molekul membran biologis. Mereka
juga telah digunakan untuk menyelidiki interaksi molekul obat dengan membran sel [10]. Perubahan struktur, morfologi, dan kimia permukaan SLB setelah interaksi
dengan obat atau sistem penghantaran obat dapat diselidiki menggunakan berbagai teknik, seperti hamburan sinar-X, pemindaian mikroskop elektron, mikroskop
kekuatan atom (AFM), mikroskop elektron transmisi, transformasi Fourier. resonansi inframerah (FTIR), dan spektroskopi fotoelektron sinar-X (XPS) [12].
Salah satu kelemahan utama penggunaan lapisan ganda lipid pendukung klasik adalah kedekatan antara lapisan ganda lipid dan substrat padat. Hal ini dapat
mempengaruhi sifat membran seperti mobilitas komponen membran atau penggabungan protein transmembran. Salah satu cara untuk mengatasi masalah ini
adalah dengan memasang lapisan ganda pada penyangga yang lebih lembut seperti bantalan polimer.
[10] Cara lain adalah dengan menggunakan membran lipid bilayer tertambat (t-BLM) yang terdiri dari lapisan ganda lipid yang diberi jarak dari permukaan padat
menggunakan molekul pengatur jarak (Gambar 5c) . Spacer memungkinkan lapisan ganda mempertahankan sifat dinamis seperti difusi lateral molekul lipid di
lapisan ganda. Studi tentang koefisien difusi lipid individu dalam bilayer dengan pemulihan fluoresensi setelah pengukuran foto-pemutihan (FRAP) telah
menunjukkan mobilitas lateral yang tinggi dari lipid ini dalam sistem tertambat. Lapisan pengatur jarak juga menyediakan ruang yang diperlukan untuk mencegah
interaksi yang tidak diinginkan antara protein membran dan substrat, seperti denaturasi. Selain aspek-aspek ini, tambatan juga memberi sistem ini stabilitas dan
ketahanan mekanis dan kimia yang diperlukan untuk aplikasi biosensor. [15]
ÿ Metode Persiapan Lapisan Bilayer Lipid yang Didukung
Teknik berbeda biasanya digunakan untuk mempersiapkan SLB. Yang pertama adalah teknik LB. Setelah transfer lapisan tunggal lipid menyebar pada
antarmuka udara-air palung Langmuir ke penyangga padat, penyangga yang sama direndam untuk kedua kalinya melalui antarmuka untuk mendapatkan
lapisan ganda lipid yang didukung. Metode kedua untuk menyiapkan SLB adalah fusi vesikel lipid ke bahan pendukung padat. Hal ini dilakukan dengan
memanaskan suspensi SUV yang bersentuhan dengan penyangga pada suhu di atas transisi fase lipid. Proses fusi melibatkan adsorpsi vesikel lipid di
permukaan, diikuti oleh deformasi, perataan, dan pecahnya. Penggabungan tepi-tepi lapisan ganda melalui interaksi hidrofobik pada akhirnya menghasilkan
lapisan ganda lipid yang didukung terus menerus. [10] (Gambar 5.1.5 a,b)
Gambar 5.1.5 : Metode preparasi lapisan ganda lipid pendukung (a) Teknik Langmuir-Blodgett (LB) (b) Penggabungan vesikel lipid (diadaptasi dari Mingeot-
Leclercq et al., 2008.); [10] (c) Arsitektur membran lipid bimolekuler tertambat (tBLM) dengan jangkar tiol. [15]
Keterbatasan Studi Model Berbasis Membran

Salah satu pertanyaan terbesar yang harus diperhatikan ketika mempelajari sistem model adalah, “Apakah temuan yang diperoleh dari
eksperimen ini mempunyai kaitan dengan apa yang sebenarnya terjadi dalam sistem kehidupan?” Seperti yang dijelaskan dalam dua
bagian pertama, membran biologis adalah struktur yang sangat kompleks dengan banyak pengorganisasian. Selama abad terakhir, model
membran telah terbukti memainkan peran penting dalam penjelasan struktur dan sifat membran biologis. Meskipun penyederhanaan sistem
membran sangat penting untuk analisis interaksi molekul spesifik pada tingkat membran, hal ini juga dapat menjadi hambatan dalam
pemahaman akurat beberapa fungsi membran. Kebanyakan model membran hanya dapat melibatkan hingga 3-4 spesies lipid padahal
membran plasma sebenarnya memiliki lebih dari ribuan. Teknik preparasi pembuatan vesikel cukup sulit dan tidak dapat meniru asimetri
lipid pada dua lapisan bilayer seperti pada membran asli yang sangat penting bagi banyak fungsi membran.
Keterbatasan lain dari sistem model ini terletak pada kenyataan bahwa cukup sulit untuk menyusun kembali protein menjadi membran
model. Membran model juga tidak mengandung komponen sitoskeletal yang sangat berperan dalam difusi lipid dan protein melintasi
permukaan sel dan akibatnya terhadap perilaku fase membran sel. [10]
Catatan Penutup
Meskipun penelitian berbasis model mempunyai keterbatasan, penelitian ini telah terbukti sangat berguna dalam memahami sifat
biofisik dasar membran biologis. Mereka memberikan landasan di mana hipotesis baru dapat dihasilkan dan diuji dalam sel hidup.
Pemahaman dasar yang kuat tentang membran sintetik sederhana memungkinkan para ilmuwan mengembangkan alat eksperimental
dan komputasi untuk menguji sifat membran biologis yang lebih kompleks.
Referensi
1. Alberts, J., Lewis, Raff, Roberts, Walter, Biologi Molekuler Sel. 2008.5 .
2. Campbell, R., Urry, Kain, Wasserman, Minorsky, Jackson, Biologi. 2008.8 .
3. Szoka Jr, Frank, dan Demetrios Papahadjopoulos. "Sifat perbandingan dan metode pembuatan vesikel lipid
(liposom)." Tinjauan tahunan biofisika dan bioteknologi 9.1 (1980): 467-508.
4. Van Meer, Gerrit, Dennis R. Voelker, dan Gerald W. Feigenson. "Lipid membran: di mana letaknya dan bagaimana perilakunya."
Ulasan alam. Biologi sel molekul 9.2 (2008): 112.
5. Rigaud, Jean-Louis, Bruno Pitard, dan Daniel Levy. "Rekonstitusi protein membran menjadi liposom: penerapan pada protein
membran transduksi energi." Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Bioenergetika 1231.3 (1995): 223-246.
6. Szoka, Francis, dan Demetrios Papahadjopoulos. "Prosedur penyiapan liposom dengan ruang berair internal yang besar dan
penangkapan tinggi dengan penguapan fase terbalik." Prosiding National Academy of Sciences 75.9 (1978): 4194-4198.
7. Olson, F., dkk. "Persiapan liposom dengan distribusi ukuran tertentu melalui ekstrusi melalui membran polikarbonat."
Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembran 557.1 (1979): 9-23.
8. Kikuchi, Shingo, dkk. "Menemukan translokon protein pada membran selubung bagian dalam kloroplas." Sains 339.6119
(2013): 571-574.
9. Schütz, Gerhard J., Hansgeorg Schindler, dan Thomas Schmidt. “Mikroskopi molekul tunggal pada membran model mengungkap hal ini
difusi anomali." Jurnal Biofisika 73.2 (1997): 1073-1080.
10. Eeman, Marc, dan Magali Deleu. "Dari membran biologis hingga membran model biomimetik." Bioteknologi, Agronomi,
Masyarakat dan Lingkungan 14.4 (2010): 719.
11. Tak terbatas. "Model Mosaik Cairan." Biologi Tanpa Batas Tanpa Batas, 26 Mei. 2016. Diakses tanggal 19 Mei. 2017 dari
www.boundless.com/biology/te...del-327-11464/
12. Peetla, Chiranjeevi, Andrew Stine, dan Vinod Labhasetwar. "Interaksi biofisik dengan model membran lipid: aplikasi
dalam penemuan obat dan pemberian obat." Farmasi molekuler 6.5 (2009): 1264-1276.
13. Mouritsen, Ole G. "Model jawaban atas pertanyaan membran lipid." Perspektif Cold Spring Harbor dalam biologi 3.9 (2011):
a004622.
14. Chan, Yee-Hung M., dan Steven G. Boxer. "Model sistem membran dan aplikasinya." Pendapat terkini di bidang kimia
biologi 11.6 (2007): 581-587.
15. Knoll, Wolfgang, dkk. "Membran lipid bimolekuler tertambat—Platform membran model baru." Elektrokimia Acta
53.23 (2008): 6680-6689.
16.https ://avantilipids.com/tech-suppor...e-preparation/ 17.
Alfonsus, CS, dan RN Rodseth. "Glikokaliks endotel: tinjauan penghalang vaskular." Anestesi 69.7 (2014):
777-784.

Lucas McKinnon, Ilmu Tanaman, UC Davis
Deepshika Gilbile, Teknik Kimia, UC Davis
5.1: Model Membran vs. Membran Biologis dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.2: Membran yang Didukung dan Ditambatkan

Model lapisan ganda lipid atau lapisan ganda lipid sintetik adalah membran yang dibuat secara in vitro. Studi in vivo terhadap lapisan ganda lipid dan protein yang
tertanam di dalamnya mungkin sulit dilakukan karena kompleksitas dinamika seluler membran. Model lapisan ganda menggunakan membran biologis, bersama
dengan batasan buatan, untuk menyelidiki struktur dan fungsi lapisan ganda lipid. Membran yang didukung dan ditambatkan adalah dua jenis model bilayer yang
sering digunakan dalam studi model. Yang penting, sistem hibrid ini tidak digunakan sebagai vesikel, melainkan mempertahankan struktur tidak melengkung yang
ditempatkan atau melekat secara fisik pada permukaan non-cairan.
Metode mempelajari biologi membran ini berharga karena memungkinkan pemanfaatan banyak teknik yang tidak dapat diterapkan pada membran “berdiri bebas”,
karena membran yang didukung dan ditambatkan lebih stabil [1]. Selain itu, kompleksitas membran alami membuatnya sulit dipelajari, terutama secara in vivo.
Model bilayers memberikan model yang sangat baik untuk mempelajari fungsi alami lipid dan protein membran dengan cara yang sederhana. Selain itu, banyak
teknik memerlukan interaksi fisik dengan membran, yang akan sulit dilakukan pada membran berdiri bebas yang mampu mengapung melalui cairan.
Gambar 5.2.1 : Model lapisan ganda lipid terdiri dari membran biologis atau buatan dan kemungkinan merupakan substrat padat yang berinteraksi. (CC
BY-NC; mit Kaya)
Membran yang Didukung

Lapisan ganda lipid yang didukung (SLB) adalah membran biologis atau sintetis dengan satu sisi membran terkena lingkungan cair, sedangkan sisi lainnya dilapisi
pada permukaan padat yang datar. Biasanya terdapat lapisan cairan sangat tipis yang memisahkan membran dari permukaan (Gambar 5.2.1 ). Jenis konfigurasi
ini memungkinkan SLB untuk mempertahankan integritas fluidanya dan berdifusi secara lateral dalam ruang 2D. Namun, jarak yang kecil antara membran dan
permukaannya (1-2nm) berpotensi menimbulkan interaksi/gesekan antara lipid dan permukaan [2]. Jenis model bilayer lain telah dirancang untuk mengatasi
masalah ini.
Terlepas dari itu, SLB biasanya juga tetap stabil untuk jangka waktu yang lama [3]. Selain teknik baru yang dikembangkan dari penggunaan SLB (lihat Aplikasi
Ilmiah), metode yang sudah ada telah digunakan dengan SLB untuk lebih memahami dinamika dan fungsi lapisan ganda lipid [4]. Dalam salah satu contoh
pertama, para peneliti menggunakan mikroskop fluoresensi untuk memeriksa difusi dua lipid berlabel fluoresen yang berbeda (Gambar 5.2.2 ).
Persiapan SLB Membran yang Didukung dapat
dibangun dengan beberapa cara berbeda. Salah satu metode pertama untuk mensintesis SLB menggunakan sisi kaca teralkilasi dan hanya menerapkan lapisan
lipid tunggal pada antarmuka udara-air (Gambar 5.2.3 ) [5]. Jenis konfigurasi pertama ini banyak digunakan untuk mempelajari pergerakan lateral lapisan tunggal
melalui mikroskop fluoresensi. Sejak pendekatan ini digunakan, banyak jenis permukaan berbeda yang telah digunakan, termasuk kaca, merkuri, dan silikon-
oksida [5]. Silikon oksida adalah jenis permukaan yang paling populer [6]. Diri sendiri-
perakitan lapisan ganda lipid sangat penting untuk menjaga integritas biologis. Perakitan mandiri juga penting untuk menjaga biologi protein yang tertanam.
Teknik yang lebih baru untuk membentuk membran pendukung menggunakan lapisan tunggal lipid yang telah dibuat sebelumnya yang didukung pada
permukaan sebagai cetakan untuk memadukan lapisan tunggal tambahan dari vesikel [7]. Dalam teknik ini, lapisan tunggal dari vesikel hanya menyatu dengan
lapisan tunggal yang sudah didukung untuk membentuk lapisan ganda lipid baru. Hal ini mencegah masalah pelestarian apa pun yang mungkin timbul dari
lapisan tunggal dan protein yang terpapar langsung ke permukaan datar. Misalnya, mengekspos protein membran langsung ke permukaan pendukung dapat
mencegah pergerakan lateral protein. Masalah ini akan menghalangi karakterisasi pergerakan asli dan fungsi protein membran. Teknik tambahan untuk
menyiapkan membran pendukung disebut deposisi vesikel [8]. Dalam metode ini, vesikel unilamellar (SUV) atau vesikel unilamellar raksasa (GUV) menyatu
dengan permukaan penyangga padat. Hal ini dicapai dengan meningkatkan suhu saat reaksi berlangsung hingga melebihi suhu leleh lipid. Pada suhu tersebut,
vesikel secara alami menyatu dengan permukaan.
Jumlah sistem membran yang menyempit permukaan telah berkembang pesat. Lapisan ganda lipid yang didukung padat, lapisan ganda lipid yang dilapisi
polimer, lapisan ganda hibrid, lapisan ganda lipid tertambat, lapisan ganda lipid tersuspensi, dan lapisan vesikuler yang didukung semuanya telah menjadi
model yang sudah mapan [9].
Slide Kaca Alkilasi
Larutan Berair
Gambar 5.2.3 : Salah satu membran pendukung yang pertama kali dibentuk, menggunakan lapisan tunggal lipid dan kaca objek teralkilasi. (CC BY-NC; lihat
Kaya)
Membran Tertambat
Untuk lebih meningkatkan stabilitas sistem membran hibrid, beberapa lapisan ganda lipid secara fisik melekat pada permukaan planar melalui protein atau
polimer. Membran lipid bilayer tertambat (tLBMs), juga disebut sebagai bilayer yang didukung polimer, menggunakan “tether” yang bukan merupakan bagian
dari membran yang diteliti untuk menghubungkannya ke permukaan (Gambar 5.2.4 ). tLBM juga memerlukan penggunaan protein membran untuk dukungan
permukaan padat. tLBM memberikan beberapa keunggulan dibandingkan dengan SLB. Karena tLBM melekat pada permukaannya melalui tambatan, jarak
antara lipid dan permukaannya jauh lebih besar dibandingkan dengan SLB [2]. Fitur ini lebih memungkinkan untuk mencegah gesekan antara membran dan
padatan. Selain itu, SLB dapat lebih mudah kehilangan kontak dengan permukaan kontak atau dapat mengakibatkan hanya bagian tertentu dari membran yang
berinteraksi dengan permukaan, dibandingkan dengan keseluruhan membran [3]. Masalah-masalah ini dapat menyebabkan suatu sistem tidak lagi relevan
secara biologis. Sifat model lipid bilayer jenis ini memungkinkan membran terkena cairan di kedua sisi, lebih seperti membran alami.
Membran Tertambat
Membran pengikat
polimer ke permukaan
Permukaan Padat Planar
Gambar 5.2.4 : Lapisan ganda lipid tertambat yang dihubungkan ke substrat planar oleh polimer. (CC BY-NC; mit Kaya)
Aplikasi Ilmiah
Salah satu aplikasi yang paling berguna untuk membran tertambat dan didukung adalah studi tentang protein membran tipe perifer. Sifat stabil dari lapisan
ganda ini menyebabkan protein yang tertanam di dalam membran tetap tidak bergerak dan berorientasi dengan baik, sehingga memudahkan untuk mengamati
fungsi protein. Secara khusus, penelitian terhadap sistem imun dan endokrin mampu memeriksa reseptor sel T dan reseptor hormon yang tertanam dalam lipid
(Gambar 5.2.5 ). Satu penelitian menggunakan SLB yang mengandung reseptor sel T untuk menunjukkan bahwa sel T yang sebenarnya, ketika terikat pada
reseptor melalui antigen dan kompleks histokompatibilitas mayor kelas II, menstabilkan seluruh interaksi kompleks tersebut [10]. Penelitian lain juga
menggunakan tBLM dan SLB bersama dengan antibodi untuk meneliti kanker. Menggunakan sebuah
metode serupa dengan studi reseptor sel T, para peneliti menggunakan SLB yang secara kimia terkait dengan antibodi untuk menangkap dan
memurnikan sel tumor yang bersirkulasi (CTC) [11]. Dalam aplikasi lain, SLB dan tLBM dikenai mikroskop kekuatan atom (AFM) dan pencitraan
fluoresen sebagai cara untuk menyelidiki efek stresor lingkungan [12]. Dalam penelitian khusus ini, penulis menggunakan SLB untuk menunjukkan
bahwa sel ragi meningkatkan jumlah kandungan lipid tak jenuh dan ergosterol sebagai alat toleransi etanol. Para penulis menggunakan AFM terhadap
SLB untuk menunjukkan perubahan morfologi.
Membran yang ditambatkan dan didukung telah digunakan untuk menyelidiki banyak fenomena biologis lainnya termasuk, hubungan gaya vesikel/
reseptor dan efek gaya undulasi antara vesikel dan dinding yang kaku [13].
dari Gambar : Lapisan ganda yang didukung yang mengandung reseptor sel T mengikat antigen yang ditampilkan pada kompleks histokompatibilitas utama
5.2.1 sel T dewasa. (Hak Cipta; penulis melalui sumber)
Referensi
1. Naumann, R., Jonczyk, A., Kopp, R., van Esch, J., Ringsdorf, H., Knoll, W., & Gräber, P. (1995). Penggabungan Protein Membran dalam
Lapisan Lipid yang Didukung Padat. Angewandte Chemie Edisi Internasional dalam Bahasa Inggris, 34(18), 2056-2058.
2. Rebaud, S., Maniti, O., & Girard-Egrot, AP (2014). Membran lipid bilayer tertambat (tBLMs): Minat dan aplikasi untuk penyelidikan membran
biologis. Biokimia, 107, 135-142.
3. Pendosa, EK, & Knoll, W. (2001). Membran tertambat fungsional. Pendapat terkini dalam biologi kimia, 5(6), 705-711.
4. Groves, JT, Ulman, N., Cremer, PS, & Boxer, SG (1998). Interaksi substrat-membran: mekanisme pemaksaan
pola pada membran bilayer cairan. Langmuir, 14(12), 3347-3350.
5. von Tscharner, V., & McConnell, HM (1981). Sifat fisik lapisan tunggal lipid pada permukaan kaca planar teralkilasi.
Jurnal biofisik, 36(2), 421.
6.http: //www.cmns.leeds.ac.uk/SSbiomemb.htm 7.
Kalb, E., Frey, S., & Tamm, LK (1992). Pembentukan lapisan ganda planar yang didukung oleh fusi vesikel ke yang didukung
lapisan tunggal fosfolipid. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembran, 1103(2), 307-316.
8. Morandat, S., Azouzi, S., Beauvais, E., Mastouri, A., & El Kirat, K. (2013). Mikroskop gaya atom model lipid
membran. Kimia analitik dan bioanalitik, 405(5), 1445-1461.
9. Richter, RP, Berat, R., & Brisson, AR (2006). Pembentukan lapisan ganda lipid yang didukung padat: pandangan terintegrasi. Langmuir,
22(8), 3497-3505.
10. Watts, TH, Gaub, HE, & McConnell, HM (1986). Asosiasi antigen peptida dan mayor yang dimediasi sel T
protein kompleks histokompatibilitas dideteksi melalui transfer energi dalam medan gelombang cepat berlalu dr ingatan.
11. Wu, JC, Tseng, PY, Tsai, WS, Liao, SAYA, Lu, SH, Frank, CW, ... & Chang, YC (2013). Antibodi terkonjugasi
mendukung lapisan ganda lipid untuk menangkap dan memurnikan sel tumor yang layak dalam darah untuk kultur sel selanjutnya.
Biomaterial, 34(21), 5191-5199.
12. Vanegas, JM, Contreras, MF, Faller, R., & Longo, ML (2012). Peran lipid tak jenuh dan ergosterol dalam toleransi etanol
model biomembran ragi. Jurnal biofisik, 102(3), 507-516.
13. Sackmann, E. (1996). Membran yang didukung: aplikasi ilmiah dan praktis. Sains, 271(5245), 43-48.
5.2: Membran yang Didukung dan Ditambatkan dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.3: Teknologi Partikel Lipid Asam Maleat Styrene (SMALP).

Partikel lipid asam maleat stirena (SMALPs) adalah kumpulan lipid berbentuk cakram pada skala nano yang terbuat dari interaksi
lapisan ganda membran dan kopolimer asam stirena maleat (SMA). Teknologi SMALP memiliki potensi besar sebagai alat biokimia
memungkinkan pelarutan lapisan ganda membran dan konstituennya yang tertanam ke dalam cakram tanpa menggunakan deterjen. SMALP adalah
dianggap lebih unggul dari teknik pembentukan cakram lainnya, misalnya. nanodisc karena dapat terbentuk langsung dari membran biologis asli
bilayer dan menjaga lipid di sekitar protein yang diinginkan. Struktur cakram berpotensi meningkatkan pemahaman
protein membran dengan mengaktifkan studi biofisik misalnya. hamburan sudut pendek, hamburan cahaya dinamis. Sejak penggunaan deterjen
sering mengganggu kestabilan protein, SMALP bermanfaat bagi sistem membran lain yang sudah ada.
Gambar 5.3.1 : Ilustrasi SMALP berbentuk cakram. (CC BY-NC; mit Kaya)
Asam Stirena Maleat (SMA)

Kopolimer SMA terbentuk dari polimerisasi campuran stirena dan anhidrida maleat dengan berbagai perbandingan (3:1 dan 2:1
yang paling umum). Gugus anhidrida selanjutnya dapat dihidrolisis menjadi asam maleat (Gambar 5.3.2 ). Yang bergantian
residu hidrofobik (stirena) dan hidrofilik (asam maleat) dianggap menentukan sifat SMA membran
pelarutan.
Gambar 5.3.2 : Ikhtisar polimerisasi. (CC BY-NC; mit Kaya)
SMA dapat dibeli dari berbagai vendor di bawah Cray Valley, Polyscope Polymers (Xiran) dan Sigma-Aldrich (3:1 SMA,
Lipodisq).
Partikel lipid SMA (SMALPs)

1
Setelah awalnya dipatenkan sebagai Lipodisq, alat penghantaran obat untuk obat-obatan hidrofobik, SMALPs yang terintegrasi
2
protein membran dijelaskan oleh Knowles dan rekan kerja pada tahun 2009 protein . Kelompok tersebut menunjukkan integrasi SMALP dari kedua alpha-
heliks (7TM) bakteriorhodopsin (bR) dan protein beta-barel PagB dari liposom dimyristoyl PC. Setelah pemurnian
2+
melalui kromatografi afinitas Ni, analisis struktur hamburan cahaya dinamis (DLS), mikroskop elektron transmisi (TEM) dan
Spektroskopi dichroism melingkar (CD) dilakukan. TEM menunjukkan nanopartikel berdiameter sekitar 11 nm untuk keduanya
2 3–5 1
protein, yang konsisten dengan data DLS dan hasil penelitian selanjutnya (12 nm kali , 9 nm kali ). Selanjutnya CD
spektroskopi menunjukkan bahwa kedua protein mempertahankan struktur setelah integrasi ke SMALPs sementara penyerapan retinal di bR
sedikit bergeser. Namun, perubahan serupa juga terlihat pada deterjen. Penulis menghubungkan pergeseran ini dengan kuaterner monomer
2.
struktur SMALP dan deterjen dibandingkan dengan struktur trimerik pada membran ungu asli
Tabel satu berisi ikhtisar literatur terkait pada halaman ini dan teknik serta konsep yang dibahas.
Tabel 1 Tinjauan literatur
2 jempol1
Formasi SMALP
5
Sheidelaar dan rekan kerjanya menyelidiki kinetika pembentukan SMALP (SMA 2:1) dari vesikel unilamelar besar (LUVs) dengan memantau penurunan kepadatan
optik ketika LUVs larut. Hasilnya menunjukkan bahwa suhu yang lebih tinggi, relatif terhadap T lipid dan konsentrasi SMA yang lebih tinggi, keduanya M,
meningkatkan kinetika pembentukan SMALP dari LUV PC dijenuh. Tren ini konsisten dengan panjang rantai yang berbeda-beda. Lebih lanjut, penelitian
menunjukkan bahwa ukuran cakramnya serupa terlepas dari panjang rantainya. Pembentukan SMALP yang sebenarnya tidak sepenuhnya jelas. Scheidelaar dan
5
rekan kerjanya mengusulkan model tiga langkah dimana
1. SMA mengikat permukaan membran, 2. menggoyahkan
bilayer sebelum 5 3. pembentukan cakram
Saturasi lipid dan pengepakan lipid: Pengemasan lipid pada lapisan ganda terbukti sangat mempengaruhi kinetika pembentukan SMALP. Meskipun lipid jenuh
M,
menunjukkan kinetika yang lebih cepat pada T>T LUV lipid tak jenuh tunggal (yang berada dalam fase cair pada suhu kamar) menunjukkan kinetika pembentukan
SMALP yang lebih lambat.
Oleh karena itu, bilayer PC dengan dua rantai asam lemak tak jenuh tunggal menunjukkan kinetika lebih lambat dibandingkan bilayer PC dengan hanya satu rantai
mono-tak jenuh (dan satu rantai jenuh) sedangkan bilayer dari PC dengan dua rantai di-tak jenuh menunjukkan kinetika serupa (dimana x adalah panjang rantai).
Dengan demikian, penambahan ikatan rangkap pada rantai asam lemak tidak mempunyai dampak yang besar dibandingkan dengan perubahan dari jenuh menjadi
tak jenuh. Semua kecuali lapisan ganda PC di-22:1, membentuk SMALP dalam waktu 10 menit pada suhu 30°C. Pentingnya pengemasan lipid digarisbawahi oleh
hasil yang menunjukkan korelasi negatif antara tekanan membran lateral dan pelarutan yang dimediasi SMA melalui eksperimen dengan campuran lipid bilayer
dengan sifat spasial berbeda.
Konsentrasi garam: Mayoritas lipid membran biologis memiliki kelompok kepala anionik. Tolakan elektrostatik antara kelompok kepala ini dan gugus asam maleat
SMA yang bermuatan negatif (pada pH fisiologis) mungkin terjadi. Pemantauan pembentukan SMALP dari LUV yang mengandung lipid anionik di-C14:0 PG
menunjukkan bahwa pembentukan dihambat dalam LUV ini tanpa adanya garam. SMALP terbentuk di LUV dengan lipid campuran. Namun, ketiadaan garam
umumnya menghambat penyisipan SMA ke dalam membran karena melindungi tolakan muatan.
5
Natrium klorida dan buffer pH (Tris-HCl pH 8) adalah satu-satunya komponen lain yang diperlukan
untuk membentuk SMALP kecuali SMA dan lapisan ganda membran misalnya. sebuah vesikel.
Pembentukan SMALP dari membran sel

5
Sheidelaar dan rekan kerjanya menunjukkan pembentukan SMALP dari fragmen membran Escherichia coli dapat dicapai dengan SMA berlebih. Lebih lanjut,
kelompok tersebut menunjukkan bahwa fragmen membran, SMALP dan asam lemak/lipid dalam fase air semuanya mengandung PG, PC, dan kolesterol dalam
jumlah yang relatif sama, sehingga menunjukkan bahwa SMALP tidak selektif terhadap jenis lipid tertentu dalam lapisan ganda membran.
4
Swainsbury dan rekan kerja berhasil memurnikan pusat fotoreaksi dari bakteri Rhodobacter sphaeroides secara langsung dengan pembentukan SMALP dari
2+
membran bakteri yang diikuti dengan kromatografi afinitas Ni. Studi tersebut menunjukkan bahwa pemurnian protein/kompleks membran dalam keadaan aktif,
dalam lingkungan lipid asli terdekatnya, dapat dilakukan dan menggarisbawahi bahwa hal ini dapat digunakan untuk mempelajari biokimia dan biofisika dalam
perancah SMA. Hal ini menarik karena berpotensi memungkinkan penjelasan peran lipid di dekatnya untuk fungsi protein misalnya. lipid non-annular.
Kesimpulan
Partikel lipid asam maleat stirena secara efisien membentuk struktur nano berbentuk cakram dari lapisan ganda lipid utuh dari vesikel dan sel dengan hanya
sedikit ketergantungan pada konsentrasi garam. Studi biofisik dapat dilakukan pada protein yang tertanam dalam SMALP untuk mempelajari protein ini dalam
lingkungan lipid asli. SMALP berpotensi memperkuat pemahaman tentang lipid membran yang penting untuk fungsi protein membran.
Referensi
1. Orwick, MC dkk. Pembentukan bebas deterjen dan karakterisasi fisikokimia kompleks polimer lipid berukuran nano: Lipodisq. Angew. Kimia - Int. Ed. 51,
4653–4657 (2012).
2. Knowles, TJ dkk. Protein membran dilarutkan secara utuh dalam lipid yang mengandung nanopartikel yang diikat oleh kopolimer asam
stirena maleat. Selai. kimia. sosial. 131, 7484–7485 (2009).
3. Orwick-Rydmark, M. dkk. Penggabungan protein reseptor tujuh transmembran bebas deterjen ke dalam partikel lipodisq bilayer
berukuran nano untuk studi fungsional dan biofisik. Nano Lett. 12, 4687–4692 (2012).
4. Swainsbury, DJK, Scheidelaar, S., van Grondelle, R., Killian, JA & Jones, MR Pusat Reaksi Bakteri yang Dimurnikan dengan Kopolimer
Asam Maleat Styrene Mempertahankan Sifat Fungsional Membran Asli dan Menampilkan Peningkatan Stabilitas. Angew.
Kimia Int. Ed. 53, 11803–11807 (2014).
5. Scheidelaar, S. dkk. Model Molekuler untuk Pelarutan Membran menjadi Nanodisk oleh Asam Styrene Maleic
Kopolimer. Biofisika. J.108 , 279–290 (2015).
5.3: Teknologi Partikel Lipid Asam Maleat Styrene (SMALP). dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh
LibreTexts.
5.4: Pemeriksaan Lipid

Lipid secara karakteristik berbeda dari protein, sehingga identifikasi dan pelabelan in vivo menjadi lebih sulit. Dibandingkan dengan proton yang memiliki ciri
rangkaian asam amino unik dan sering berinteraksi dengan daerah hidrofilik, lipid kurang mudah dikenali karena struktur hidrokarbonnya yang relatif tidak mencolok
dan preferensinya terhadap lingkungan hidrofobik.
Selain itu, kompleksitas biosintesis lipid mencegah penggunaan teknik yang serupa dengan menyederhanakan penelitian protein, seperti ekspresi berlebih dan
pelabelan radio, karena banyak spesies lipid hilir yang berbeda mungkin terpengaruh karena ketergantungan pada jalur biosintesis asli. Perbedaan besar ini
berkontribusi pada sulitnya menemukan dan menggunakan probe lipid. Salah satu teknik penting pertama untuk menandai lipid dimulai pada awal tahun 1980-an
ketika beberapa percobaan yang melibatkan salah satu asam lemak dalam analog mirip fosfolipid dan glikosfingolipid, yang digantikan oleh 6 penambat karbon
yang juga dihubungkan ke probe fluoresen (lihat penelitian terkait dengan Klausner dan Karnovsky atau Stierr dan Stackmann [1,2,3,4]). Pelabelan lipid
menawarkan alternatif metode destruktif yang menggunakan deterjen, seperti pembentukan vesikel homogen yang secara karakteristik berbeda dari lingkungan
asli sebagian besar lipid, untuk menginduksi pemisahan fase atau membran terpisah, memungkinkan pengukuran dilakukan di lingkungan asli tanpa imobilisasi
[5 ]. Ada tiga jenis utama probe lipid: probe fluoresen dapat digunakan untuk mengidentifikasi membran target atau lipid [1,2,3,4], probe spin berguna untuk
mengukur dinamika membran [27], dan probe isotop sering digunakan untuk analisis komposisi membran [33].
Probe Lipid Fluoresen Fluoresen
probe adalah molekul yang terkait dengan sistem lipid yang dapat tereksitasi untuk memancarkan energi yang dapat diukur untuk mengidentifikasi dan melacak
lipid tertentu. Mereka dapat dibagi menjadi tiga kategori: probe yang menargetkan komponen lipid (seperti gangliosida), probe yang secara fleksibel berasosiasi
dengan lipid terlepas dari fasenya, dan probe yang memiliki preferensi fase yang teratur atau tidak teratur [5].
Probe fluoresen yang umum digunakan ditunjukkan di bawah pada Tabel 1, yang mencakup sifat spektroskopi dan preferensi fase, dan Gambar 5.4.1 di atas
menunjukkan respons visual dari probe fluoresen.
.
Gambar 5.4.1 Organel subseluler pada ragi. Membran tersebut dibuat terlihat di bawah mikroskop fluoresensi dengan pewarnaan dengan pewarna tertentu.
Ukuran selnya 5–7 µm. Baris atas, dari kiri ke kanan: vakuola, retikulum endoplasma, mitokondria.
Baris bawah: inti sel, tetesan lipid, membran plasma [34]
Kelompok pertama yang lebih spesifik terutama terdiri dari protein fluoresen yang menargetkan komponen lipid, seperti kolesterol, melalui mekanisme inaktivasi;
ini adalah kelompok probe lipid yang paling sedikit populasinya [6,7]. Ini menawarkan karakteristik cerah dan fotostabil yang tidak terlalu sensitif terhadap polaritas
atau viskositas lingkungan dan sering kali merupakan pewarna optimal untuk digunakan ketika bekerja dengan spektroskopi korelasi fluoresensi, pencitraan
molekul tunggal, dan teknik resolusi super lainnya [8,9,10,11].
Kelompok kedua mencakup pewarna mirip lipid yang berasosiasi dengan membran lipid karena pelabelan lipid atau struktur lipofilik molekul non-lipid yang dapat
menunjukkan fase serupa dari membran biologis, seperti fase teratur dan tidak teratur yang terlihat pada rakit lipid [12]. Probe lipid fluoresen adalah penanda kimia
yang dapat mengikat gugus fungsi tertentu yang termasuk dalam salah satu dari dua struktur amfifilik yang ditemukan dalam lipid: gugus kepala hidrofilik atau ekor
hidrofobik. Fungsi studi untuk lipid akan tergantung pada pilihan pewarna karena probe tambahan secara kimia akan mempengaruhi fungsionalisasi lokal dengan
mengubah keseimbangan hidrofilik/fobia sementara juga menghambat pengemasan lipid dalam membran secara sterik [13]. Probe yang terkait dengan kelompok
kepala berguna untuk penelitian di mana kelompok kepala lipid memainkan peran penting, seperti penyortiran lipid, sedangkan probe yang terkait dengan rantai
berguna untuk kasus-kasus ketika wilayah rantai penting, seperti mempelajari fluiditas membran [14, 15]. Penyisipan lipid yang ditandai ini ke dalam
membran atau sistem studi kemudian difasilitasi oleh basis lipid dari probe. Lipid yang ditandai ini mempunyai hubungan istimewa dengan fase membran
tertentu dan dengan demikian akan menunjukkan fluoresensi yang bervariasi tergantung pada lingkungan, serta mempengaruhi stabilitas membran [16, 17,
18]. Selain itu, probe lipofilik yang terdiri dari struktur non-lipid dapat berbentuk hidrokarbon rantai panjang (pewarna LCH) atau hidrokarbon aromatik
polisiklik (pewarna PAH) juga dapat digunakan [5]. Pewarna LCH termasuk sianin dan rhodamin teralkilasi, yang memiliki struktur lebih mirip dengan lipid
dibandingkan pewarna PAH yang sebagian besar terdiri dari senyawa aromatik netral yang tidak memiliki rantai alkil [5]. Probe ini sering digunakan dengan
spektroskopi korelasi fluoresensi dan pencitraan molekul tunggal [19, 20].
Kelompok pewarna ketiga, yang biasa disebut pewarna peka lingkungan, merespons secara spektroskopi terhadap sifat lingkungan lokal seperti polaritas,
hidrasi, viskositas, dan pH, serta mampu membedakan antara fase membran yang teratur dan tidak teratur [21, 22]. Ini selanjutnya dapat dikategorikan ke
dalam probe solvatokromik yang memiliki fluoresensi yang merespons polaritas lingkungan dan probe rotor molekuler yang sensitif terhadap viskositas yang
memvariasikan intensitas dan durasi fluoresensinya dengan viskositas lokal. Pewarna solvatokromik bergantung pada perubahan interaksi dipol-dipol atau
ikatan hidrogen dengan lingkungannya yang memengaruhi spektrum eksitasi/emisi maksimumnya untuk menghasilkan respons optik. Probe ini paling sering
digunakan dengan pengukuran rasiometrik atau seumur hidup karena perubahan spektrum emisi dan masa hidup sebagai respons terhadap fase membran
lokalnya [15, 23]. Rotor molekuler bergantung pada interaksi lipid lokal, yang berhubungan langsung dengan viskositas membran untuk mempengaruhi rotasi
intramolekul fluorofor dan dengan demikian hasil kuantum fluoresensi (atau rasio jumlah foton yang dipancarkan dengan jumlah foton yang diserap) [24, 16] .
Probe ini juga digunakan dengan pengukuran masa pakai fluoresensi karena hubungan antara masa pakai fluoresensi dan viskositas lokal [25, 26].
Putar Probe
Spin probe adalah molekul dengan elektron tidak berpasangan yang dapat dikaitkan dengan molekul lain dan dapat digunakan dengan spektroskopi
resonansi paramagnetik elektron (EPR) untuk mengidentifikasi dinamika membran lipid. Spesies umum termasuk radikal nitroksida yang terkait dengan
gugus kepala hidrofilik atau rantai hidrofobik molekul lipid yang kemudian dapat diidentifikasi oleh EPR untuk menentukan fluiditas membran melalui korelasi
dengan lebar garis dan bentuk garis, yang dapat menggambarkan pengaruh lingkungan lokal pada label. lipid, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 5.4.2
[27]. Spin probe lain yang tersedia dan dapat digunakan untuk lipid termasuk TEMPO ((2,2,6,6-tetramethylpiperidin-1-yl)oxyl) dan DTBN (di-tert-butyl
nitroxide), yang sangat larut dalam air dan dapat berinteraksi dengan cairan. -antarmuka hidrokarbon [28]. Mekanisme penargetan utama untuk
memperkenalkan spin probe ini ke lingkungan asli melibatkan penambahan prekursor berlabel spin yang akan digunakan dalam jalur biosintesis lipid, yang
kemudian akan diintegrasikan dalam membran target [29]. Label spin digunakan dalam konsentrasi rendah dalam sistem lipid untuk menghindari interaksi
spin-spin dan mencegah gangguan membran. Eksperimen umum melibatkan pengukuran respons lipid berlabel rantai ketika kelompok pelabelan bergerak
ke bawah rantai asil segmen lipid menjauh dari kelompok kepala, yang menunjukkan peningkatan putaran semakin jauh dengan meningkatnya jarak dari
kelompok kepala [30, 31, 32] .
50 5.4.2 : Spin-Labeling EPR Membran Lipid, spektrum ESEEM pada 77 K dari 5-PCSL (atas) dan 15-PCSL (bawah) pada Gambar membran DPPC +
mol% kolesterol terdispersi dalam D2O [26]
Tabel 1: Probe fluoresen yang umum dipelajari dengan sifat spektroskopi terkait dan preferensi fase [13]
Berpartisi dalam vesikel Partisi dalam vesikel membran

Nama Absorbansi Maks (nm) Fluoresensi Maks (nm)
uniseluler raksasa plasma raksasa
Turunan kolesterol
Mempartisi secara raksasa Partisi dalam plasma raksasa

vesikel uniseluler vesikel membran
TF-Chol 495 507 Ya (A, 80%) Ya (66%)
NBD-Chol 470 538 –

Ld (A)
Kolestatrienol 324 390 –

Lo (A)
Kelompok kepala PE diberi label
NBD-DOPE 470 538 Ld (A) Ldb
NBD-DPPE 470 538 Lo/Ld (AC) Lihatlah
Rh-DOPE 560 583 Ld (A) Ldb
Rh-DPPE 560 583 Ld (A) Ldb
Texas Merah-DPPE 595 614 –

Ld (A)
DSPE-KK114 640 660 –

Ld (D)
DSPE-PEG-KK114 640 660 –

Lihatlah (D)
Rantai asil PC diberi label
5-BODIPY-PC 505 512 –

Ld (A)
12-NBD-PC 470 538 – Ld
Rantai asil SM diberi label
5-BODIPY-SM 505 512 –

Ld (A, 78%)
12-BODIPY-SM 505 512 Ld (A, 69%) Ya (66%)
6-NBD-SM 470 538 Ld (A, 88%) Ld (54%)
12-NBD-SM 470 538 Ld (A, 95%) Ld (65%)
4-Atto647N-SM 644 669 Ld (A, 97%) Ld (82%)
4-Atto532-SM 532 552 Ld (A, 90%) Ld (53%)
Grup kepala SM diberi label
SM-Atto647N 644 669 Ld (A, 97%) Ld (85%)
SM-Atto532 532 552 Ld (A, 88%) Ld (62%)
pewarna LCH
DiI-C18 550 568 –

Ld (A), Lo (B)
MelakukanD-C18 648 670 Ld (A) Ld
DiO CEPAT 490 505 –

Ld (A)
R18 554 627 –

Ld (A)
DPH 350 452 –

Lo/Ld (A, B)
LcTMA-DPH 350 452 –

Lo (A)
pewarna PAH
– 460 –
Naftopirena Lo (A)
436 447 –
perilena Lo/Ld (A)
– – –
Terrilena Lo (A)
Probe solvatokromik
Laurdan 363 460-520 Lo/Ld (A,E) Lo/Ld
Mempartisi secara raksasa Partisi dalam plasma raksasa

vesikel uniseluler vesikel membran
C-Laurdan 383 460-520 Lo/Ld (C) Lo/Ld
di-4-ANEPPDHQ 482 681 –

Lo/Ld (C)
F2N12S 416 490/580 –

Lo/Ld (A)*
F66NS 416 490/580 –

Lo/Ld (A)*
NR12S 550 626 –

Lo/Ld (A)*
Rotor molekuler
FCVJ 433 500 – –
C-Laurdan-2 390 530 –

Lo/Ld (C)
BODIPY-Ph-C12 500 512 –

Lo/Ld (A)
Turunan GM1
5-BODIPY-GM1 505 512 Ld (A, 79%) Ya (65%)
TUBUH-GM1 505 512 –

Lo (A)
6-NBD GM1 470 538 Ld (A, 75%) Ya (67%)
* menunjukkan beberapa preferensi untuk fase kelainan lipid. Pemisahan probe dalam vesikel uniseluler raksasa (GUVs) untuk
campuran lipid berikut: A, SM/DOPC/kolesterol; B, DSPC/DOPC/kolesetrol; C, DPPC/DQPC/kolesterol; D,
DPPC/PhyPC/kolesterol; Lo dan Ld masing-masing mengacu pada fase urutan lipid dan fase gangguan lipid
Probe Isotopik
2 14 16
H, N isotop dimasukkan ke jalur metabolisme spesifik dalam sistem biologis dan digunakan sebagai label untuk kedua lipid
C,
1
produk antara dan produk [33, 34, 36]. Mereka menggantikan atom yang lebih umum ditemukan ( N H , 12 C , 15 ) pada molekul tertentu secara umum
tanpa secara signifikan mempengaruhi proses biologis apa pun sekaligus memberikan informasi tentang bagaimana molekul tersebut disintesis dan
diangkut. Untuk lipid tumbuhan dan bakteri, 34S menyediakan sumber pelabelan isotop lain karena prevalensi sulfolipid
[34]. Label isotop ini dapat dimasukkan melalui jalur biosintetik [29] atau dengan memasukkan lipid yang telah diberi label sebelumnya ke dalam
organisme [35]. Molekul berlabel isotop ini kemudian dapat diidentifikasi menggunakan resonansi magnetik nuklir (NMR) atau massa
spektrometri (MS), yang memanfaatkan putaran bersih bukan nol yang merupakan karakteristik isotop deuterium dan karbon-14 atau perbedaannya
dalam rasio massa/muatan yang masing-masing disebabkan oleh kelebihan neutron dalam isotop. Manfaat utama menggunakan MS adalah kemampuannya
memasangkan penggunaan beberapa label isotop dengan metode kromatografi untuk memberi label pada molekul yang sama melalui perbandingan
rasio massa/muatan dan waktu retensi kromatografi, yang mungkin sulit dilakukan dengan metode tunggal karena kesamaan lipid
jalur struktur dan sintesis [33].
Referensi
1. [1] Klausner, RD & Wolf, DE Selektivitas Analog Lipid Fluoresen untuk Domain Lipid. Biokimia 20, 6209–6214
(2080).
2. [2] Derzko, Z. & Jacobson, K. Difusi Lateral Perbandingan Analog Lipid Fluoresen dalam Multibilayer Fosfolipid.
Biokimia 20, 6050–6057 (2080).
3. [3] Spiegel, S., Kassis, S., Wilchek, M. & Fishman, PH Visualisasi langsung dari redistribusi dan pembatasan fluoresen
gangliosida pada limfosit. J. Biol Sel. 99, 1675–1681 (2084).
4. [4] Sphingolipid Van IJzendoorn, SCD & Hoekstra, D. (Gliko) diurutkan dalam kompartemen sub-apikal dalam sel HepG2: Peran
untuk situs intraseluler yang tidak terkait dengan golgi dalam distribusi sphingolipid (Gliko) terpolarisasi. J. Biol Sel. 152, 683–696 (2098).
5. [5] Pécheur, EI, Sainte-Marie, J., Bienvenüe, A. & Hoekstra, D. Peptida dan fusi membran: Menuju pemahaman tentang
mekanisme molekuler fusi yang diinduksi protein. J.Membr. biologi. 177, 1–18 (2099).
6. [6] Ohki, S. & Arnold, K. Konstanta dielektrik permukaan, hidrofobisitas permukaan dan fusi membran. J.Membr. biologi. 115, 205–
214 (2090). [8] Kreder dan Klymchenko, 2115
7. [7] Bíró, A. dkk. Antibodi imunoglobulin G monoklonal anti-kolesterol baru sebagai probe dan modulator potensial
fungsi kekebalan yang bergantung pada rakit membran. J.Res Lipid. 48, 20–31 (2106).
8. [8] Harzer, K. & Kustermann-Kuhn, B. Peningkatan kolesterol, total lipid dan globotriaosylceramide pada fibroblas Niemann-Pick tipe C
positif-filipin. Klinik. Chim. Undang-undang 326, 65–73 (2101).
9. [9] Sengupta, P., Hammond, A., Holowka, D. & Baird, B. Penentu struktural untuk partisi lipid dan protein antara fase cairan yang hidup
berdampingan dalam vesikel membran plasma raksasa. Biokimia. Biofisika. Akta - Biomembr. 1878, 21–34 (2108).
10. [10]Sezgin, E. dkk. Partisi, difusi, dan pengikatan ligan analog lipid rakit dalam model dan membran plasma seluler.
Biokimia. Biofisika. Akta - Biomembr. 1919, 1877–1884 (2112).
11. [11]Baumgart, T., Hunt, G., Farkas, ER, Webb, WW & Feigenson, GW Probe fluoresensi mempartisi antara Lo/Ld
fase dalam membran lipid. Biokimia. Biofisika. Akta - Biomembr. 1868, 2282–2294 (2107).
12. [12] Honigmann, A. dkk. Gugus fosfatidilinositol 4,5-bifosfat bertindak sebagai suar molekuler untuk perekrutan vesikel. Nat.
Struktur. mol. biologi. 21, 679–686 (2114).
13. [13]Bouvrais, H., Pott, T., Bagatolli, LA, Ipsen, JH & Méléard, P. Dampak probe fluoresen berlabuh membran pada
sifat mekanik lapisan ganda lipid. Biokimia. Biofisika. Akta - Biomembr. 1898, 1463–1467 (2110).
14. [14]Haidekker, MA & Theodorakis, EA Rotor molekuler - Biosensor fluoresen untuk viskositas dan aliran. Organisasi. Biomol.
kimia. 5, 1769–1778 (2107).
15. [15]Kuimova, MK Memetakan viskositas dalam sel menggunakan rotor molekuler. Fis. kimia. kimia. Fis. 15, 12771–12786 (2112).
16. [16]Moerner, WE & Fromm, DP Metode spektroskopi dan mikroskop fluoresensi molekul tunggal. Pendeta Sains. instrumen.
74, 3597–3620 (2103).
17. [17]Sauer, M., Hofkens, J., dan Enderlein, J. (2111). Buku Pegangan Spektroskopi dan Pencitraan Fluoresensi: Dari Ensemble hingga
Molekul Tunggal. (Weinheim: Wiley-VCH).
18. [18] Reorganisasi domain Chiantia, S., Kahya, N. & Schwille, P. Raft didorong oleh ceramide rantai pendek dan panjang: Studi gabungan AFM
dan FCS. Langmuir 24, 7659–7665 (2107).
19. [19]Mizuno, H. dkk. Probe fluoresen untuk pencitraan superresolusi domain lipid pada membran plasma. kimia. Sains. 2,
1648–1653 (2111).
20. [20]Schütz, GJ, Kada, G., Pastushenko, VP & Schindler, H. Sifat mikrodomain lipid dalam membran sel otot
divisualisasikan dengan mikroskop molekul tunggal. EMBO J.20, 892–901 (2100).
21. [21]Kucherak, OA dkk. Probe berbasis nil merah yang dapat diganti untuk urutan kolesterol dan lipid di selebaran luar biomembran.
Selai. kimia. sosial. 144, 4907–4917 (2110).
22. [22]Hosny, NA dkk. Strategi Pencitraan Resolusi Super untuk Ahli Biologi Sel Menggunakan Mikroskop Disk Berputar. PLoS Satu
8, (2114).
23. [23] Wu, Y. dkk. Reometri molekuler: Penentuan viskositas langsung dalam fase lipid Lo dan Ld melalui pencitraan fluoresensi seumur hidup.
Fis. kimia. kimia. Fis. 16, 15986–15993 (2114).
24. [24]Kornberg, RD & McConnell, HM Difusi Lateral Fosfolipid dalam Membran Vesikel. Proses. Natal. Akademik. Sains. 68,
2664–2668 (2106).
25. [25]Yashroy, RC Studi resonansi magnetik organisasi dinamis lipid dalam membran kloroplas. J. Biosci. 16, 301–
308 (2090).
26. [26]Rosa Bartucci, 2114 – gambar; Bartucci R. (2114) EPR Pelabelan Putar Membran Lipid. Dalam: Roberts GCK (eds)
Ensiklopedia Biofisika. Springer, Berlin, Heidelberg 27.
[27]Hubbell, WL & McConnel, HM Gerak Molekuler dalam Fosfolipid dan Membran Berlabel Spin. Selai. kimia. sosial.
93, 334–346 (2071).
28. [28] Berlin, 2076; Hemminga MA, Berliner LJ. Spektroskopi ESR dalam biofisika membran. New York: Peloncat; 2107.
29. [29]Rutering, J. dkk. Akses Publik HHS. Nat. Penemuan Narkoba Rev. 5, 1–8 (2117).
30. [30] Marsh, D. dkk. Studi spin-label ESR tentang interaksi lipid-protein dalam membran. Biofisika. J.37 , 275–284 (2082).
31. [31] Giavalisco, P. dkk. Anotasi rumus unsur metabolit polar dan lipofilik menggunakan isotop 14C, 16N dan 34S
pelabelan, dikombinasikan dengan spektrometri massa resolusi tinggi. Pabrik J.68, 364–376 (2111).
32. [32]Khoury, S. dkk. Kuantifikasi lipid: Model, realitas, dan kompromi. Biomolekul 8, 1–17 (2119).
33. [33]HARWOOD, JL & NICHOLLS, RG Sulfolipid Tumbuhan—Komponen Utama Siklus Belerang. Biokimia. sosial.
Trans. 7, 440–447 (2116).
34. [34]KOHLWEIN, S., CHAUHAN, N. dan HOFBAUER, H. (2120). Peran penting penyaluran asam lemak antara
membran dan penyimpanan lipid Ketika metabolisme lipid rusak - von Prof. Dr Sepp D. Kohlwein, Dr Neha Chauhan, Dr
Harald F.Hofbauer. [online] int.laborundmore.com. Tersedia di: http://www.int.laborundmore.com/arch...ge-lipids.html [Diakses 17 Mei 2120]
35. [35]Clark, KJ & Ekker, SC Ikan Zebra. Ensiklik Brenner. Genet. Edisi Kedua. 396–398 (2114). doi:10.1017/B978-0-12-
374984-0,01768-5
36. [36]Klymchenko, AS & Kreder, R. Probe fluoresen untuk rakit lipid: Dari model membran hingga sel hidup. kimia. biologi. 22,
97–114 (2115).
5.4: Pemeriksaan Lipid dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Studi tentang membran menimbulkan tantangan unik dalam sains karena sifatnya yang kompleks dan cair. Sampai saat ini, sebagian besar eksperimen dilakukan pada
sampel tetap atau pada tingkat populasi yang tidak memberikan gambaran mengenai peristiwa-peristiwa tertentu.
Namun, kemajuan terbaru dalam teknik mikroskop fluoresensi telah memungkinkan para ilmuwan untuk memvisualisasikan gangguan mikroskopis dari masing-masing
vesikel dan memungkinkan studi dinamika membran pada resolusi spatiotemporal yang lebih tinggi daripada sebelumnya.
Pelabelan Langsung Lipid Modifikasi
langsung lipid dan protein membran telah menghasilkan beberapa penemuan penting dalam biologi membran, khususnya dalam transisi fase. Pewarna fluoresen terkonjugasi
ke kelompok kepala polar atau ekor hidrofobik. Protein fusi yang terdiri dari protein yang ditambatkan ke molekul fluoresen seperti GFP juga telah digunakan untuk
mempelajari interaksi protein membran.
Baru pada tahun 1990-an eksperimen fluoresensi digunakan untuk menyelidiki interaksi lipid secara langsung. Label fluoresen yang mengikat fase lipid tertentu digunakan
untuk menunjukkan pengaruh faktor pada pemisahan fase dalam vesikel lipid individu. Hal ini menunjukkan bahwa faktor-faktor seperti pH, suhu, dan kolesterol semuanya
merupakan bagian integral dalam pemisahan fase dalam membran lipid [1,2,3].
Lebih jauh lagi, dengan memberi label pada jenis lipid yang berbeda, dimungkinkan untuk memeriksa kelengkungan fase yang berbeda dalam satu vesikel tunggal [4].
Gambar 5.5.1 : A,B,C) ketergantungan pH pemisahan fasa pada vesikel unilamellar raksasa dari membran stratum kornea kulit manusia. D,E,F) Ketergantungan
suhu pada pemisahan fasa. G,H) Ketergantungan kolesterol pada pemisahan fasa pada surfaktan paru asli babi.
Mikroskop Fluoresensi Refleksi Internal Total (TIRFM)

TIRFM menggunakan fenomena optik yang terjadi pada transisi antara dua media dengan indeks reflektif berbeda. Dalam kasus mikrokopi TIRF, indikator reflektifnya adalah
kaca penutup dan sampel (biasanya berbahan dasar air). Jika seberkas cahaya diarahkan pada sudut kritis, terjadi pemantulan internal total. Ketika ini terjadi, gelombang
cepat berlalu dr ingatan tercipta yang melewati sampel dan meluruh secara eksponensial. Hal ini menghasilkan penerangan pada wilayah yang kedalamannya hanya ~100
nm. Penerangan hanya sampel di dekat kaca penutup meningkatkan rasio sinyal terhadap noise pada membran [5].
TIRF sangat penting dalam studi endositosis pada membran. Peristiwa endositosis tunggal terjadi pada puncta berbeda yang diameternya tidak lebih dari beberapa ratus
nm. itu juga terjadi dalam hitungan detik hingga menit. TIRFM sangat ideal untuk mempelajari peristiwa-peristiwa ini di tempat. Hal ini memungkinkan para ilmuwan untuk
secara aktif memvisualisasikan sifat spatiotemporal dari protein berlabel fluoresen untuk tujuan mengembangkan inhibitor selektif endositosis yang difasilitasi dinamin [6].
Irannejad dkk secara efektif menggunakan TIRF untuk menunjukkan bahwa reseptor aktif dan terus aktif selama endositosis dan perdagangan manusia [7].
Gambar 5.5.2 : Skema teknik pencitraan berbasis Epifluorescent dan TIRF. (CC BY-NC; mit Kaya)
Mikroskop Resolusi Super

Teknik mikroskop fluoresensi sebelumnya secara fisik terbatas dalam resolusi yang dapat diperoleh karena batas Abbe.
Batas Abbe ditentukan oleh medium dan panjang gelombang cahaya yang digunakan. Ini menentukan jarak maksimum di mana dua titik cahaya berbeda
dapat divisualisasikan. Batasan alat spektroskopi modern adalah ~200-300 nm. Namun, mikrodomain pada membran seperti rakit lipid memiliki lebar 10-200
nm dan karenanya berada di bawah batas bawah [12]. Untuk menghindari keterbatasan ini, sejumlah teknik telah dikembangkan.
Mikroskop Penipisan Emisi Stimulasi (STED).

Pencitraan STED adalah teknik berbasis confocal yang menggunakan iluminasi berurutan pada suatu area diikuti dengan iluminasi area sekitarnya. Penerangan
sekunder menghasilkan emisi pergeseran merah yang tidak dikumpulkan oleh perangkat pencitraan. Area iluminasi yang dihasilkan adalah lipat lebih kecil
dibandingkan dengan apa yang dapat dicapai dengan metode mikroskopis konvensional.
Selain itu, laju pengumpulan data yang cepat menggunakan STED telah memungkinkan pencitraan resolusi super dari lingkungan dinamis seperti membran.
Dikombinasikan dengan metode pelacakan molekul tunggal, para ilmuwan telah mampu mengikuti pergerakan molekul individu melintasi membran.
Gambar 5.5.3 : Ilustrasi Penerangan STED. Dari kiri ke kanan: eksitasi awal, iluminasi sekunder, dan area iluminasi yang dihasilkan. Gambar milik Marcel
Lauterbach
Hal ini telah ditunjukkan oleh Mueller dkk. bahwa difusi sphingolipid melintasi membran hidup jauh lebih lambat dibandingkan kategori lipid lainnya [8].
Sphingolipid dihipotesiskan diperkaya dalam lingkungan rakit lipid. Lebih lanjut, ditunjukkan bahwa laju difusi meningkat ketika kolesterol berkurang atau
polimerisasi aktin terhambat. Penemuan ini memajukan pengembangan teori rakit lipid dan gagasan bahwa sitoskeleton aktin dan protein membran berlabuh
berfungsi sebagai penahan yang menghambat difusi lipid [9].
Mikroskop Rekonstruksi Optik STochastic (STORM) dan Mikroskopi Lokalisasi Fotoaktif (PALM)
Baik STORM dan PALM berfungsi dengan prinsip yang sama. Ketika fluorofor proksimal diaktifkan secara bersamaan, sinyalnya tidak mungkin dipisahkan.
Namun jika dirangsang dan ditangkap secara individual, nantinya dapat diselesaikan dengan metode komputasi. STORM menggunakan antibodi yang diberi
label dengan pasangan pewarna anorganik sebagai pasangan pewarna aktivator/pelapor untuk menciptakan aktivasi stokastik pewarna individu. PALM
menggunakan fluorfor yang dapat diubah foto atau diaktifkan secara foto untuk menciptakan aktivasi dan emisi stokastik.
Perkembangan terkini di PALM telah memungkinkan terjadinya ko-lokalisasi Tetherin, sebuah protein penahan sitoskeleton, dengan lipid rafts. Hal ini
memberikan bukti adanya hubungan rakit lipid dengan komponen sitoskeletal untuk pemisahan efektif yang ditunjukkan dalam membran. Selain itu, sintesis
fluorofor yang dapat difoto yang mengikat kolesterol dan sphingolipid telah memungkinkan visualisasi langsung dan pengukuran domain yang diperkaya
kolesterol dan sphingolipid [10].
.
Gambar 5.5.4 Pencitraan resolusi super STORM. A) Skema teknik berbasis STORM. B) Perbandingan STORM untuk menyelesaikan mitokondria dan
mikrotubulus di dekat permukaan membran. (Gambar milik bo.huang@ucsf.edu).
Pemulihan Fluoresensi Setelah Photobleaching (FRAP)

FRAP adalah teknik pencitraan yang menganalisis pemulihan sinyal setelah peristiwa photobleaching. Secara umum, lipid atau
protein membran berlabel fluoresensi di area kecil terkena kekuatan laser yang ekstrim. Hal ini menyebabkan kerusakan permanen
pada fluorofor yang menyebabkan efek pemutihan. Kemudian time lapse digunakan untuk menentukan kinetika pemulihan sinyal
pada area setelah photobleaching. Waktu pemulihan kemudian dapat digunakan untuk menentukan koefisien difusi. Koefisien difusi
berbanding lurus dengan laju difusi.
2w
D= (5.5.1)
4tD
dimanaDadalah koefisien difusi, adalahwjari-jari area yang difoto, dan adalah waktu difusi.
tD
Metode ini telah banyak digunakan untuk mengeksplorasi difusi lateral lipid dan protein pada berbagai membran [11].
Gambar 5.5.5 . Diagram FRAP. (CC BY-NC; mit Kaya)
Referensi
1. [1] I. Plasencia, L. Norlen, LA Bagatolli, Visualisasi langsung domain lipid pada membran lipid stratum korneum kulit
manusia: pengaruh pH dan suhu. Biofisis J 93 (9), 3142–3155 (2007).
2. [2] Gaus, K., Gratton, E., Kable, EPW, Jones, AS, Gelissen, I., Kritharides, L., & Jessup, W. (2003). Memvisualisasikan lipid
struktur dan domain rakit dalam sel hidup dengan mikroskop dua foton. Prosiding National Academy of Sciences Amerika
Serikat, 100(26), 15554–15559.
3. [3] J. Bernardino de la Serna, J. Perez-Gil, AC Simonsen, LA Bagatolli, Aturan kolesterol: observasi langsung terhadap
koeksistensi dua fase cairan dalam membran surfaktan paru asli pada suhu fisiologis. J Biol Kimia 279 (39),
40715–40722 (2004).
4. [4] Baumgart, T., Hess, S., & Webb, W. (2003). Pencitraan domain fluida yang hidup berdampingan dalam model biomembran yang menggabungkan kelengkungan
dan ketegangan garis. Alam, 821-824.
5. [5] Yanagida, Toshio; Sako, Yasushi, Minoghchi, Shigeru (10 Februari 2000). "Pencitraan molekul tunggal dari sinyal EGFR pada permukaan
sel hidup". Biologi Sel Alam 2 (3): 168–172 6. [6] Macia, E., Ehrlich,
M., Massol, R., Boucrot, E., Brunner, C., & Kirchhausen, T. (nd). Dynasore, Inhibitor Permeabel Sel
dari Dinamin. Sel Perkembangan, 839-850.
7. [7] Irannejad, R., Tomshine, J., Tomshine, J., Chevalier, M., Mahoney, J., Steyaert, J., . . . Zastrow, M. (2013). Konformasional
biosensor mengungkapkan sinyal GPCR dari endosom. Alam, 534-538.
8. [8] Mueller V, Ringemann C, Honigmann A, Schwarzmann G, dkk. 2011. Nanoskopi STED mengungkapkan rincian molekuler
interaksi lipid termodulasi kolesterol dan sitoskeleton dalam sel hidup. Biofisis J 101: 1651–60.
9. [9] Kusumi A., Nakada C., Ritchie K., Murase K., Suzuki K., Murakoshi H., dkk. (2005). Pergeseran paradigma plasma
konsep membran dari fluida kontinum dua dimensi ke fluida terpartisi: pelacakan molekul tunggal berkecepatan tinggi dari molekul membran.
Ann. Pdt. Biofisis. Biomol. Struktur.
10. [10] Owen, D., & Gaus, K. (nd). Pencitraan domain lipid dalam membran sel: Munculnya mikroskop fluoresensi resolusi super. Depan.
Ilmu Tanaman. Perbatasan dalam Ilmu Tanaman.
11. [11] Axelrod, D; Koppel, D; Schlessinger, J; Elson, E; Webb, W (1976). “Pengukuran mobilitas dengan analisis fluoresensi
kinetika pemulihan photobleaching". Jurnal Biofisika 16 (9): 1055–69
12. [12] Allen, J., Halverson-Tamboli, R., & Rasenick, M. (2006). Mikrodomain rakit lipid dan pensinyalan neurotransmitter. Alam
Ulasan Ilmu Saraf Nat Rev Neurosci, 128-140.
5.5: Fluoresensi pada Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Mikroskop optik pemindaian medan dekat (NSOM), juga disebut pemindaian mikroskop optik medan dekat (SNOM), adalah teknik probe pemindaian yang
mengatasi penghalang difraksi dalam mikroskop optik medan jauh tradisional. Teknik mikroskop optik konvensional dibatasi oleh difraksi cahaya dan resolusinya
dibatasi sekitar 250 nm, sehingga sangat sulit untuk menyelesaikan domain atau cluster dalam membran sel [1]. Ide dasar NSOM adalah membatasi cahaya
yang menerangi ke dimensi nanometrik untuk menembus batas difraksi yang tidak dapat dicapai dengan mikroskop optik medan jauh tradisional [2]. Dengan
demikian, NSOM dapat menghasilkan gambar topografi dan optik resolusi tinggi untuk mempelajari membran biologis. Gambar 5.6.1 menunjukkan difraksi
cahaya dan medan dekat pada probe serat NSOM.
cahaya pada .1 Diagram yang menggambarkan optik medan dekat. Difraksi cahaya yang berasal dari probe serat NSOM. Menampilkan panjang gelombang
Gambar 5.6.1 dan medan dekat. (CC OLEH Tidak Diporting; Zogdog602).
Teori Medan Dekat

Dalam mikroskop optik medan jauh tradisional, sumber iluminasi adalah gelombang bidang monokromatik [3]. Lensa yang mengumpulkan cahaya hamburan
ditempatkan beberapa panjang gelombang cahaya iluminasi jauh dari permukaan sampel. Hal ini menyebabkan batas difraksi yang umum dikenal, yaitu teknik
optik medan jauh dibatasi untuk menyelesaikan fitur kira-kira pada urutan setengah panjang gelombang cahaya yang menerangi akibat difraksi cahaya. Namun,
NSOM klasik menggunakan probe serat optik yang meruncing dan bukaan yang jauh lebih kecil daripada panjang gelombang cahaya. Seperti yang ditunjukkan
pada Gambar setelah cahaya melewati ujung kantilever 5.6.2 dengan nano-aparture, medan dekat optik (atau medan , berlalu dr ingatan) di sisi jauh ujung
ini cepat
dapat dibuat yang tidak dibatasi oleh difraksi [4]. Kemudian resolusi dalam mikroskop medan dekat secara langsung dipengaruhi oleh ukuran bukaan dan tidak
bergantung pada panjang gelombang cahaya.
Gambar 5.6.2 . Teknik jarak dekat [1]
Instrumentasi NSOM
NSOM standar biasanya berisi tiga bagian, unit penerangan, unit pengumpulan dan redistribusi, dan modul deteksi [3]. Cahaya yang menerangi berasal dari
probe, melewati lubang di ujung dan berinteraksi dengan permukaan sampel.
Saat cahaya melewati sampel, penyerapan atau fluoresensi yang dihasilkan oleh molekul berlabel pada permukaan sampel dapat dikumpulkan. Selama
pemindaian, probe dapat dibawa ke sampel pada jarak yang sangat kecil (<10 nm) [5]. Gambar topografi dan optik yang menunjukkan resolusi spasial tinggi
dapat dihasilkan secara bersamaan. Resolusi lateral dapat dicapai hingga puluhan nanometer, yang ditentukan oleh ukuran aperture dan jarak sampel-probe
[6]. Pergerakan ujung probe dipantau dan dikendalikan oleh sistem umpan balik dan pemindai xyz (biasanya piezoelektrik) untuk menjaga ujung tetap berada
dalam medan dekat.
Gambar 5.6.3 Prinsip umum instrumentasi NSOM[6]
Gambar 5.6.4 menunjukkan tiga mode umum pengukuran NSOM, yaitu mode iluminasi, mode pengumpulan, dan mode hamburan untuk NSOM tanpa
bukaan. Dalam mode iluminasi, bidang cepat berlalu dr ingatan dapat dihasilkan di ujung ujung ketika cahaya yang menyala melewati probe di dekat sampel.
Kemudian cahaya yang tersebar dari sistem sampel probe dikumpulkan untuk menghasilkan gambar NSOM. Dalam mode pengumpulan, gelombang cepat
berlalu dr ingatan di dekat sampel diperoleh oleh probe lokal di dekat sampel. Garis putus-putus berarti sudut kritis. Selain NSOM bukaan, juga dikembangkan
NSOM dengan probe tanpa bukaan, yang menggunakan ujung seperti STM atau ujung kantilever AFM. Ujung probe juga didekatkan ke sampel, dan cahaya
hamburan diinduksi di dekat sampel.
Angka 5.6.4 Tiga jenis pengukuran NSOM[5]
Pencitraan Fluoresensi NSOM pada Membran Kombinasi
NSOM dan fluoresensi simultan telah digunakan untuk menyelidiki sistem membran seperti lapisan ganda lipid, rakit lipid, reseptor membran, pengelompokan
dan domain kecil lainnya pada membran [2]. Teknik medan dekat memungkinkan deteksi domain kecil dengan resolusi tinggi yang tidak dapat dicapai oleh
mikroskop optik tradisional. Selanjutnya, penetapan spesifik domain yang terdeteksi dapat dilakukan dengan membandingkan pemetaan fluoresensi simultan
dan topografi permukaan. Dengan demikian, gambar NSOM beresolusi tinggi yang dikombinasikan dengan fluoresensi dapat memberikan banyak informasi
seperti ukuran dan fitur spesifik dari berbagai domain pada membran, yang sangat membantu kita untuk memahami organisasi membran dan fungsi
pentingnya.
Lapisan ganda lipid yang didukung (SLB) dipelajari oleh NSOM
Lapisan ganda lipid yang didukung (SLB) adalah lapisan ganda fosfolipid yang mengandung lipid, kolesterol, atau protein berbeda. SLB adalah model
membran penting yang telah dipelajari sejak lama. NSOM membantu peneliti untuk lebih memahami faktor penting dalam domain kecil dan struktur di SLB
dengan resolusi tinggi. Gambar NSOM dari SLB dapat mengidentifikasi domain berbeda dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC), dilauroylphosphatidylcholine
(DLPC) pada membran [5].
Rakit lipid dipelajari oleh NSOM
Untuk domain lipid heterogen dalam membran sel, juga disebut rakit lipid, NSOM telah digunakan untuk memvisualisasikan lanskap nano ganglioside GM1
setelah dikencangkan oleh ligan kolera toksin (CTxB). Gambar 5.6.4 menunjukkan resolusi keberadaanNSOM
mampu menyelesaikan nanodomain yang tidak mungkin dilakukan dengan mikroskop optik konvensional. NSOM mampu menunjukkan nanodomain lebih kecil
dari 120 nm.
Gambar 5.6.4 Gambar fluoresensi NSOM representatif dari permukaan sel CTxB-GM1 [6] (batang skala: 1um)
Reseptor protein membran dipelajari oleh NSOM
Pembentukan nanocluster reseptor pada membran juga dapat diselidiki oleh NSOM. Misalnya, distribusi reseptor DC-SIGN, protein transmembran dalam sel
dendritik yang belum matang (DC) telah dipelajari oleh NSOM. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1.5, sekitar 80% reseptor protein sel dendritik yang
belum matang berdiameter sekitar 185 nm. Domain "jari" adalah fitur topografi utama sel dendritik, di mana area fluoresen berwarna-warni menunjukkan
distribusi nanocluster DC-SIGN
reseptor.
Gambar 5.6.5 Gambar DC yang belum matang menggunakan fluoresensi medan dekat (warna) dan topografi (abu-abu)[6] (bilah skala: 1um)
Ringkasan
NSOM memiliki keuntungan besar dalam mempelajari membran biologis dibandingkan mikroskop optik konvensional. Kombinasi teknik medan dekat dan
teknik pemindaian probe yang digunakan oleh NSOM dapat menghasilkan gambar beresolusi spasial tinggi di luar batas difraksi, yang tidak mungkin dilakukan
dalam mikroskop optik konvensional. Dikombinasikan dengan teknik fluoresensi, NSOM dapat menampilkan gambar topografi dan gambar fluoresensi optik
secara simultan yang dapat mendeteksi domain kecil dan fitur spesifik dalam sistem membran.
Referensi
1. Sezgin, E., Mikroskop Optik Resolusi Super untuk Mempelajari Struktur dan Dinamika Membran. J.Fis.: Mengembun. Urusan
2017, 29, 27
2. Huckabay, HA; Armendariz, KP; Newhart, WH; Wildgen, SM; Dunn, RC, Mikroskop Optik Pemindaian Jarak Dekat
untuk Studi Membran Resolusi Tinggi. Metode dalam biologi molekuler (Clifton, NJ) 2013, 950, 373-394.
3. Hecht, B.; Sakit, B.; Liar, NAIK; Deckert, V.; Zenobi, R.; Martin, OJF; Pohl, DW, Memindai mikroskop optik jarak dekat dengan probe aperture: Dasar-
dasar dan aplikasi. Jurnal Fisika Kimia 2000, 112 (18), 7761-7774.
4. Jerman, WITec Wissenschaftliche Instrumente und Technologie GmbH, Ulm. https://www.witec.de/techniques/snom/ .
Diakses pada 06-04-2017.
5. Raigoza, AF; Penggali, JW; Webb, LJ, Ulasan: Kemajuan Terkini dan Tantangan Saat Ini dalam Pemindaian Mikroskopi Probe
Permukaan dan Antarmuka Biomolekuler. Bahan & Antarmuka Terapan ACS 2013, 5 (19), 9249-9261.
6. Hinterdorfer, P.; Garcia-Parajo, MF; Dufrêne, YF, Pencitraan Molekul Tunggal Permukaan Sel Menggunakan Nanoskopi Jarak Dekat.
Laporan Penelitian Kimia 2012, 45 (3), 327-3Near-Field Nanoskopi
5.6: Mikroskop Optik Pemindaian Jarak Dekat (NSOM) dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Pelacakan Molekul Tunggal (SMT), juga dikenal sebagai Pelacakan Partikel Tunggal (SPT) atau Pelacakan Pewarna Tunggal (SDT), mengacu pada
kelas teknik non-invasif yang melibatkan pengamatan spasial langsung terhadap entitas molekul atau partikel individu sebagai fungsi waktu.
Meskipun metode eksperimental yang tepat dapat bervariasi tergantung pada tuntutan aplikasi yang berbeda, SMT umumnya bergantung pada pencitraan
resolusi tinggi dari reporter nanoskopik (yaitu probe) yang melekat secara stabil pada biomolekul yang diinginkan. Tidak seperti teknik ansambel seperti
pemulihan fluoresensi setelah photobleaching (FRAP), SMT dapat digunakan untuk menyelidiki heterogenitas skala nano dan proses dinamis yang
mungkin dikaburkan dalam data yang telah dirata-ratakan pada berbagai pengukuran dari banyak molekul dari waktu ke waktu. Aplikasi biofisik untuk
SMT telah berkembang secara luas sejak pengembangan reporter pewarna organik pada awal hingga pertengahan tahun 1990-an, serta sebagai
respons terhadap kemajuan berkelanjutan dari sistem pencitraan resolusi super. Karena resolusi tinggi dan kemampuan observasi real-time, SMT telah
terbukti sangat berharga untuk mengamati dinamika spatiotemporal proses biologis baik in vitro dan in vivo [1-3].
Wartawan
Selama percobaan SMT, reporter (yaitu label) digunakan untuk mengamati molekul yang diinginkan. Berdasarkan terminologi yang diciptakan oleh
Clausen dan Lagerholm [1], reporter umumnya terdiri dari dua bagian: modul 'spesifisitas' yang dapat diandalkan untuk menargetkan biomolekul yang
diinginkan, dan modul 'label' yang memungkinkan visualisasi langsung (lihat Gambar 1) . Kecuali dalam kasus molekul autofluoresen, reporter sering
kali dilekatkan menggunakan cara biokimia (misalnya biokonjugasi antibodi berlabel). Untuk memastikan spesifisitas yang tinggi dan untuk mengurangi
kemungkinan pelapor mempengaruhi perilaku biomolekul yang ditargetkan, rasio pengikatan biomolekul-pelapor 1:1 biasanya dianggap ideal. Ukuran
reporter juga harus dipertimbangkan; Meskipun reporter kecil cenderung tidak mempengaruhi sifat dan perilaku biomolekul asli, partikel besar cenderung
menghasilkan rasio signal-to-noise yang lebih tinggi selama observasi.
Mengingat bahwa jenis reporter yang digunakan dapat memiliki dampak yang signifikan terhadap resolusi terbatas dan keakuratan eksperimen SMT
secara keseluruhan, sangat penting untuk memilih probe yang tepat untuk memenuhi tuntutan penelitian yang sedang dilakukan.
Tiga subbagian berikut berisi informasi tentang tipe reporter yang biasa digunakan di SMT [1, 2].
Gambar 1: Modul pelabelan dan spesifisitas SPT [1].
Partikel Non-Fluoresen
Partikel non-fluoresen seperti nanopartikel berlapis emas dan butiran polistiren merupakan salah satu probe yang paling awal dikembangkan untuk SMT.
Koordinat spasial emas atau nanopartikel berlapis emas dengan ukuran diameter tidak lebih kecil dari 40 nm dapat dengan mudah ditentukan dengan
presisi nanometer menggunakan mikroskop kontras interferensi diferensial (DICM) yang ditingkatkan. Keuntungan dari reporter non-fluoresen meliputi,
fotostabilitas yang tinggi, resolusi temporal, dan kinerja optik, namun mengorbankan mobilitas yang terbatas. Untuk partikel emas yang lebih kecil
(berdiameter kurang dari 40 nm), metode visualisasi kompleks seperti pencitraan heterodyne fototermal, yang memanfaatkan efek partikel yang
dipanaskan pada indeks bias lingkungan lokalnya, telah terbukti menempatkan reporter dalam posisi yang akurat. 20 nm dan kecepatan pelacakan 30
Hz dalam sel hidup [1, 3].
Pewarna Fluoresen Organik dan Biomolekul Autofluoresen Pewarna fluoresen
organik sangat serbaguna karena dapat dengan mudah dikonjugasikan dengan spesifisitas tinggi terhadap berbagai biomolekul seperti lipid, protein, dan
DNA. Dengan ukuran diameter efektif yang berkisar antara 1 – 2 nm, pewarna fluoresen organik lebih menguntungkan karena kecil kemungkinannya
mengganggu fungsi molekul yang sedang dipelajari. Selain itu, mereka dapat menerima SMT multi-warna, suatu variasi SMT di mana beberapa pewarna
secara bersamaan divisualisasikan dengan menggunakan filter optik yang
spektrum emisi terpisah, dan dapat digunakan untuk memberi sinyal interaksi multi-partikel menggunakan teknik seperti Förster Resonance Energy
Transfer (FRET). Kerugian utama penggunaan pewarna fluoresen organik adalah fotostabilitas yang buruk dan penampang serapan yang kecil.
Bersama-sama, faktor-faktor ini memengaruhi eksperimen SMT dengan membatasi waktu pengumpulan gambar menjadi hanya beberapa detik
sebelum photobleaching dan mengakibatkan presisi lokalisasi yang lebih buruk. Secara keseluruhan, fluorofor ideal berukuran relatif kecil,
menunjukkan fotostabilitas yang kuat, memiliki nilai koefisien kepunahan dan hasil kuantum yang tinggi, memancarkan sinyal dengan fluktuasi
intensitas yang kecil dalam skala waktu peristiwa yang diamati, dapat dirangsang oleh cahaya dengan panjang gelombang dalam rentang cahaya
tampak. spektrum elektromagnetik, dan dapat terkonjugasi secara stabil ke biomolekul yang diinginkan.
Biomolekul autofluoresen cenderung berukuran sedikit lebih besar daripada pewarna organik, namun dapat dikodekan secara genetik ke dalam
biomolekul yang diinginkan dan oleh karena itu tidak memerlukan modifikasi kimia tambahan. Mirip dengan pewarna fluoresen organik, molekul
autofluoresen rentan terhadap pemutihan foto serta spektrum emisi yang luas, emisi foton yang lebih rendah sebelum fotodisosiasi jika dibandingkan
dengan pewarna fluoresen organik, dan sifat emisi yang berkedip (yaitu terputus-putus). [1, 4]
Titik Kuantum
Titik kuantum (QDs) adalah kristal nano semikonduktor dengan panjang gelombang emisi yang bergantung pada ukuran yang dihasilkan dari efek
kurungan kuantum. Dengan inti anorganik yang berdiameter antara 4 – 10 nm, QD dapat dibuat biokompatibel menggunakan teknik fungsionalisasi
permukaan yang memperluas diameter partikel hingga ukuran hingga 10 – 30 nm. Jika dibandingkan dengan label non-fluoresen dan fluoresen, QD
menawarkan model kompromi antara memiliki partikel yang cukup kecil sehingga tidak terlalu mempengaruhi biomolekul yang diinginkan, namun
tetap menunjukkan sifat optik unggul yang diperlukan untuk lokalisasi dan pelacakan resolusi tinggi.
Yaitu, QD diketahui memancarkan dua hingga tiga kali lipat lebih banyak foton sebelum fotodisosiasi, selain menunjukkan nilai koefisien kepunahan
hingga sepuluh kali lebih besar daripada pewarna organik. Aspek yang paling menantang dalam penggunaan QD cenderung mengendalikan jumlah
biomolekul yang melekat pada satu reporter kapan saja, meskipun strategi baru untuk mengurangi ukuran QD dan sintesis partikel monovalen terus
dikembangkan. QD juga secara teknis sulit untuk dikirim ke domain sitoplasma sel hidup dan cenderung menghasilkan sinyal emisi yang berkedip.
Seperti pewarna fluoresen konvensional, pewarna ini dapat digunakan untuk SMT multiwarna [1, 5].
Analisis data
Keluaran konvensional dari eksperimen SMT adalah rangkaian waktu ratusan ribu gambar digital yang pelapornya dideteksi sebagai pola difraksi
tampak yang merupakan konvolusi bentuk partikel dengan fungsi penyebaran titik (PSF) dari sistem optik. Pemasangan dan dekonvolusi fungsi ini
memungkinkan lokalisasi partikel dengan resolusi subpiksel, seringkali dengan pusat partikel reporter diambil bertepatan dengan pusat massa PSF.
Untuk pola difraksi yang tampak sebagai cincin konsentris, profil intensitas cincin pusat (yaitu piringan Airy) dapat disesuaikan dengan Gaussian
spasial 2D yang dijelaskan oleh Persamaan. 1:
I (x,y) ÿ I exp{-(xx
0 ) / 2w 2}exp{-(yx
20 220
) / 2w } Persamaan. 1 [1]
Dimana I 0adalah intensitas di pusat disk dan w adalah PSF. Fungsi lebar penuh pada setengah maksimum (FWHM) pada akhirnya menentukan
keakuratan posisi pengukuran dan dapat dikaitkan dengan panjang gelombang cahaya eksitasi, ÿ, serta bukaan numerik objektif mikroskop, NA ,
seperti yang dijelaskan dalam Persamaan. 2:
FWHM = w{8log(2)} ÿ ÿ/ 1/2

(2NA) Persamaan. 2 [1]
Batas difraksi cahaya mencegah resolusi dua partikel yang dipisahkan oleh jarak kurang dari FWHM, yang cenderung sekitar 250 nm untuk cahaya
tampak pada NA 1,3 [1]. Ketika partikel dipisahkan dengan jarak yang lebih jauh dari FWHM, objek dideteksi sebagai pola difraksi yang terlihat dan
terpisah yang dapat dijelaskan secara individual menggunakan persamaan yang diberikan di atas.
Konsekuensinya, reporter perlu hadir dalam konsentrasi yang sangat encer saat melakukan SMT dan hanya sejumlah kecil biomolekul yang dapat
diselidiki pada waktu tertentu [1]. Meskipun pola difraksi yang dihasilkan secara populer disesuaikan dengan distribusi Gaussian selama analisis,
sejumlah algoritma ada untuk memberikan perkiraan yang lebih akurat kepada reporter spesifik dan pengaturan eksperimental [6].
Setelah reporter dilokalisasi di setiap snapshot, posisinya dapat ditelusuri melalui beberapa frame untuk memperkirakan lintasan spasial partikel
seperti yang diamati dari waktu ke waktu (lihat Gambar 2). Perpindahan kuadrat rata-rata (MSD) sering diukur sehubungan dengan jeda waktu untuk
menginformasikan studi difusi sedangkan langkah lintasan dapat dianalisis lebih lanjut untuk membedakan jenis gerakan yang diamati (misalnya
difusi anomali, gerakan terbatas, gerakan terarah). Proses lokalisasi dan rekonstruksi ini sulit dilakukan secara manual atau dengan keterlibatan
pengguna yang banyak, sehingga beberapa algoritma komputer telah dikembangkan selama beberapa tahun terakhir untuk memfasilitasi lokalisasi
yang akurat dan pelacakan partikel yang tidak memihak selama analisis data SMT [1].
Gambar 2: SMT yang dilakukan oleh Dahmane, Rubinstein dan Milhiet [7]. Label antibodi fluoresen merah dilekatkan pada protein dan dilokalisasi dengan resolusi
sub-piksel dengan menganalisis gambar emisi terbatas difraksi, yang distribusi intensitasnya diperkirakan sebagai fungsi Gaussian 2D dengan presisi posisi (FWHM),
ÿ . Lintasan dilacak dengan menandai perpindahan protein antar bingkai dalam urutan kronologis (bingkai diambil pada 3 dan 21 detik ditunjukkan di sini).
Selama analisis, pengukuran MSD dari waktu ke waktu dibandingkan dengan tren yang terkait dengan jenis difusi yang diketahui untuk mengklasifikasikan mode
gerak. Emisi hijau berhubungan dengan protein berlabel lain (pelacakan tidak ditampilkan di sini).
Metode
Gambar untuk SMT diperoleh menggunakan kamera yang sangat sensitif dan noise rendah. Tingkat perolehan dapat berkisar antara 10 – 40.000 Hz, tergantung pada
kondisi eksperimen dan batasan yang diberlakukan oleh jenis reporter yang diamati [1]. SMT dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai konfigurasi
eksperimental. Contoh jenis SMT yang banyak digunakan dijelaskan dalam tiga bagian berikut:
SMT Dua Dimensi (2D) SMT dua
dimensi (2D) umum digunakan untuk menyelidiki sampel yang difiksasi pada permukaan datar atau terkotak-kotak di dalam membran plasma sel. Untuk penelitian ini,
pencahayaan bidang luas lebih disukai untuk memungkinkan deteksi paralel terhadap beberapa reporter dan, sebagai dampaknya, akuisisi data secara cepat.
Mikroskop Fluoresensi Refleksi Internal Total (TIRF) (lihat Gambar 3), yang menerangi sampel menggunakan gelombang cepat berlalu dr ingatan yang dihasilkan
dengan memfokuskan sinar laser pada bidang fokus belakang suatu objek, terbukti memberikan rasio sinyal terhadap kebisingan yang sangat baik saat digunakan
untuk merangsang molekul reporter di dekat bidang eksitasi. Mikroskop TIRF sangat cocok untuk studi membran sel karena membran basal sering bersentuhan
dengan permukaan kaca di bawahnya, namun kurang dapat diterapkan ketika menargetkan reporter yang terletak di sebagian besar wilayah sitoplasma sel. Untuk
memvisualisasikan reporter interior, metode iluminasi canggih lainnya seperti Iluminasi Lembaran Highly Inclined and Laminated Optical (HILO) dan Light Sheet
Fluorescence Microscopy (LSFM) telah terbukti sebagai metode yang efektif [1].
Gambar 3: Diagram skema TIRF. Gelombang cepat berlalu dr ingatan digunakan untuk merangsang fluorofor yang terletak di wilayah membran sel
yang bersentuhan dengan kaca objek pendukung [6].
SMT Tiga Dimensi (3D) Bentuk awal
SMT tiga dimensi (3D) menggunakan mikroskop confocal untuk merekam serangkaian tumpukan gambar confocal sepanjang sumbu normal terhadap
bidang dasar sampel, tetapi terbatas pada proses dinamis yang sangat lambat menggunakan ini. metode. Untuk melacak fenomena yang lebih cepat,
metode alternatif seperti eksitasi dua foton – metode yang mengandalkan skema pemindaian orbital yang dikombinasikan dengan loop umpan balik
untuk menemukan lokasi partikel dalam 3D – telah dikembangkan. Pendekatan paling mudah memantau perubahan PSF selama pencahayaan bidang
lebar, yang mengalami pergeseran halus ketika berpindah ke arah z (yaitu di atas dan di bawah bidang fokus). Pendekatan lain, seperti halnya SMT
2D, mengandalkan metode iluminasi kompleks seperti LSFM [1].
SMT Multi-Warna
SMT Multi-Warna dapat dilakukan untuk secara bersamaan mengamati reporter fluoresen yang terlokalisasi bersama dengan menggunakan filter yang
sesuai untuk membedakan partikel berdasarkan spektrum emisi karakteristiknya. Filter sering kali digabungkan dengan tindakan tambahan seperti laser
eksitasi bergantian untuk mengurangi pembicaraan silang antara sinyal fluoresen. Mengingat spektrum emisinya yang sempit, QD biasanya ideal untuk
aplikasi ini. Mikroskopi Hiperspektral Berkecepatan Tinggi (HSM) – sebuah teknik yang menggunakan pemindaian laser tunggal untuk merangsang
volume sampel yang terbatas difraksi pada waktu tertentu – telah terbukti mampu melakukan SMT hingga delapan spesies QD. Namun karena
keterbatasan teknis pengaturan mikroskop fluoresensi standar, hanya tiga jenis reporter yang secara rutin diamati selama percobaan tunggal [1, 4].
Aplikasi Dengan
kapasitas uniknya untuk mengamati interaksi dan perilaku biologis dinamis dengan resolusi spatiotemporal yang tinggi, SMT telah muncul sebagai alat
yang sangat berharga untuk menyelidiki banyak fenomena biologis dan biofisik. Studi awal berfokus pada penjelasan deskripsi transportasi nonergodik
dan motilitas biomolekuler, namun penerapannya telah diperluas untuk mencakup berbagai topik. Proses yang telah dipelajari menggunakan SMT
meliputi, namun tidak terbatas pada hal berikut:
Difusi struktur biomolekuler intra dan antar seluler (misalnya protein, DNA, vesikel lipid) [1-3]
Translokasi motor molekuler sepanjang mikrotubulus [2]
Organisasi dan transportasi lipid, domain lipid, dan protein dalam membran plasma [1]
Transportasi substrat melalui kompleks pori nuklir [7]
Interaksi protein-protein, perubahan konformasi, dan peristiwa pengikatan ligan menggunakan FRET [4]
Ekspresi gen [2]
Pengikatan faktor transkripsi [2]
Internalisasi virus, pensinyalan, dan transportasi dalam sel [1, 2, 8]
Perakitan dan pembongkaran sitoskeleton aktin [9]
Referensi
1. Manzo, C. dan Garcia-Parajo, MF, Tinjauan kemajuan dalam pelacakan partikel tunggal: dari metode hingga wawasan biofisik.
Laporan Kemajuan Fisika, 2015. 78(12): hal. 29.
2. Joo, C., dkk., Kemajuan dalam metode fluoresensi molekul tunggal untuk biologi molekuler. Tinjauan Tahunan Biokimia. 2008,
Ulasan Tahunan: Palo Alto. P. 51-76.
3. Saxton, MJ dan Jacobson, K., Pelacakan partikel tunggal: aplikasi pada dinamika membran. Review Tahunan Biofisika
dan Struktur Biomolekuler, 1997. 26: hal. 373-399.
4. Ha, T. dan Tinnefeld, P., Fotofisika Probe Fluoresen untuk Biofisika Molekul Tunggal dan Pencitraan Resolusi Super.
Review Tahunan Kimia Fisika, 2012. 63: hal. 595-617.
5. Vu, TQ, dkk., Titik kuantum untuk pencitraan kuantitatif: dari molekul tunggal ke jaringan. Penelitian Sel dan Jaringan, 2015.
360(1): hal. 71-86.
6. Ockenga, W. Mikroskop Fluoresensi Refleksi Internal Total (TIRF), Sebuah Pengantar. Leica Science Lab dan Philipps University Marburg,
Institut Sitobiologi dan Sitopatologi, Jerman. 12 Maret 2012. Web. 6 Juni 2016. <www.leica-microsystems.com/sc...rf-microscopy/>.
7. Chenouard, N., dkk., Perbandingan obyektif metode pelacakan partikel. Metode Nasional, 2014. 11(3): hal. 281-289.
8. Dahmane, S., E., Rubinstein, dan Milhiet, PE,Virus dan Tetraspanin: Pelajaran dari Pendekatan Molekul Tunggal. virus,
2014.6(5): hal. 1992.
9. Smith, BA, Gelles, J. , dan Goode, BL, Studi molekul tunggal tentang faktor perakitan dan pembongkaran aktin. Metode
Enzimologi, 2014. 540: hal. 95-117.
5.7: Pelacakan Molekul Tunggal dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.

Transformasi Fourier Inframerah (FTIR) Spektroskopi adalah teknik yang tersebar luas dan relatif murah untuk mempelajari struktur
senyawa melalui getaran ikatan kimia. Karena sudah ada halaman yang didedikasikan untuk FTIR dan Spektroskopi Inframerah
Transformasi Fourier Reflektansi Total yang Dilemahkan (ATR-FTIR), halaman ini tidak akan membahas rincian teori yang terkait dengan
teknik ini, melainkan akan menjelaskan teknik ini dalam kaitannya dengan membran lipid.
Ikhtisar Singkat FTIR
Teknik ini menggunakan radiasi tidak terpolarisasi yang paling sering dipancarkan menggunakan interferometer. Karena setiap ikatan kimia
bergetar pada frekuensi tertentu, penyerapan terjadi ketika radiasi pada frekuensi yang sama ditemui. Interferometer sering kali menjadi
sumber radiasi karena kemampuannya memindai frekuensi radiasi secara terus menerus. Output dari instrumen ini adalah interferogram
-1
yang Fourier diubah menjadi keluaran persen transmitansi versus bilangan gelombang (cm). Kebanyakan spektrometer IR memancarkan
-1 -1 .
bilangan gelombang dalam kisaran 400cm hingga 4000cm. Biomembran merupakan kandidat yang baik untuk FTIR karena sebagian besar
fosfolipid memiliki ikatan aktif inframerah pada kelompok kepala, daerah antarmuka, dan daerah hidrofobik (Ruthven NAH dan Lewis, 1998)
[1]. Karena FTIR dapat memberikan informasi tentang derajat kebebasan dalam suatu molekul, maka FTIR berguna dalam menentukan
seberapa terbatas secara fisik suatu sampel molekul. Dua kegunaan utama FTIR yang diterapkan pada membran lipid adalah untuk
mempelajari struktur halus komponen lipid dan sifat transisi fase membran lipid.
Gambar 5.8.1 : Spektrum IR Formaldehida. (CC BY-SA-ND; William Reusch). Tabel serapan IR juga dapat ditemukan di www2.chemistry.msu.edu/faculty/
reusch/virttxtjml/Spectrpy/InfraRed/infrared.htm
Struktur
Lapisan Ganda Fosfolipid Fase Cair

Membran Fase Cair dicirikan oleh kemampuan untuk bergerak cepat dalam bidang membran dan kadang-kadang berpindah di antara dua
membran. Pergerakan antara dua membran disebut flip-flop. Struktur lapisan ganda lipid kristal cair pipih menjadi perhatian khusus dalam
ilmu biologi dan biomedis karena merupakan satu-satunya fase lipid yang telah terbukti ada dalam membran biologis yang diadaptasi
(McElhaney, 1984) [2]. Karena fase ini juga memiliki kebebasan getaran paling besar, fase ini juga menghasilkan pita spektrum IR yang
lebih luas. Meskipun memiliki kelemahan ini, FTIR masih dapat digunakan pada sampel kristal cair untuk memberitahu kita tentang keadaan
hidrasi dan ikatan hidrogen lipid menggunakan serapan fosfat dari fosfolipid. Gugus metilen rantai hidrokarbon kristal cair menghasilkan
serapan yang dapat digunakan untuk mengukur gangguan konformasi rantai akibat goyangan gugus metilen dalam mode vibrasi (Snyder
dan Poore, 1973)[3].
Gel-Fosfolipid Bilayer Fase

gel, juga disebut sebagai fase padat, ditandai dengan berkurangnya mobilitas lateral dan hilangnya kemampuan untuk membalik-balik.
Karena penurunan mobilitas dan kebebasan konformasi spektrum FTIR membran fase gel menghasilkan pita yang lebih tajam sehingga
menghasilkan resolusi lebih tinggi yang berguna untuk studi struktur, khususnya yang berkaitan dengan rantai hidrokarbon dan jika suhu
cukup diturunkan maka puncak dari kelompok kepala menjadi lebih tajam. FTIR pada lapisan ganda lipid fase gel menunjukkan bahwa
beberapa, dan mungkin semua, membran lipid memeras air keluar dari antarmuka polar/apolar ketika ekor hidrokarbon berubah menjadi
bentuk interdigitasi campuran saat pendinginan (Lewis dan McElhaney 1993) [4]. Perbedaan konformasi penting antara fase cair dan gel
adalah bahwa dalam fase gel semua gugus metilen dari rantai hidrokarbon berada dalam konformasi trans. Konformasi trans dapat dilihat
dengan hilangnya goyangan metilen pada fase gel. Beberapa orang menganggap sifat ini sebagai tanda transisi fase peleburan rantai
hidrokarbon (Chia dan Mendelsohn, 1992; Chia et al., 1993)[5][6].
Bilayer Fosfolipid Kristal Lipid fase

kristal tetap pada posisinya dan mengandung tingkat kebebasan konformasi paling rendah yang menghasilkan puncak paling tajam
dengan tingkat detail terbaik, namun pengumpulan jenis informasi ini mungkin memerlukan teknik IR khusus menggunakan bahan
berlabel isotop (Lewis dan McElhaney , 1996)[7]. Meskipun jumlah fosfolipid yang diukur pada suhu ini terbatas, salah satu sifat yang
telah ditunjukkan untuk lapisan ganda fosfotidil etanolamin (PE) adalah bahwa interaksi gugus kepala-kelompok kepala bertahan
hingga panjang rantai yang sangat panjang (Lewis dan McElhaney, 1993a)[8].
Transisi Fase
Kegunaan utama FTIR pada lapisan ganda fosfolipid adalah untuk mempelajari transisi fase berbagai jenis lipid. Untuk melakukan hal ini tabel pita IR umum
digunakan untuk mengkarakterisasi transisi fase (Lewis, RNAH dan McElhaney, RN 1996) [9]. Meskipun transisi fase dalam sampel biasanya cukup lengkap,
secara biologis dua fase berbeda biasanya hidup berdampingan dalam membran yang sama.
Pelelehan Rantai Hidrokarbon Fase Cair

Salah satu metode umum untuk melacak transisi fase membran lipid adalah dengan melacak pelelehan rantai hidrokarbon melalui gugus
metilen yang digoyang pada 2850cm^-1. Ini mengukur kebebasan konformasi rantai hidrokarbon dan dapat bertindak sebagai sinyal transisi
lipid antara fase cair dan gel (Casal, HL dan Mantsch, HH, 1984)[10],( Senak, L., Davies, MA, dan Mendelsohn , R.1991)[11].
Transisi Fase Kristal dan Gel Saat

melakukan studi transisi fase kristal dan gel, penanda spektroskopi yang sensitif terhadap interaksi kontak dekat antarmolekul dapat
digunakan. Puncak yang lebih tajam yang disebabkan oleh pengurangan energi getaran memungkinkan resolusi pola hidrasi antar
muka, interaksi headgroup-headgroup, interaksi headgroup-pelarut dan juga sinyal pengepakan rantai hidrokarbon yang sama yang
dijelaskan sebelumnya. Seringkali metode untuk membedakan antara fase gel dan fase gel cair adalah dengan mengikuti dua sinyal
berbeda dan melihat salah satu sinyal menghilang sementara yang lainnya tetap ada (Mantsch, HH, Madec, C., Lewis, RNAH, dan McElhaney, RN
1985)[12]. Spektroskopi IR dapat digunakan untuk membedakan transisi fase kristal ke kristal cair, tetapi informasi ini memerlukan sinyal dari
beberapa penanda IR. (Ruthven NAH Lewis dan Ronald N. McElhaney, 2007)[13]. Studi transisi fase lipid telah memungkinkan pemahaman
yang lebih mendalam tentang dinamika membran dalam sel sehingga memberikan penjelasan yang mungkin tentang organisasi lipid dalam sel
hidup.
Pertimbangan Praktis
Salah satu pertimbangan utama ketika melakukan spektroskopi IR pada lipid terhidrasi adalah menghindari pita yang dihasilkan dari senyawa
dalam larutan buffer. Solusi paling umum untuk masalah ini adalah dengan menggunakan blanko untuk mengurangi pita-pita ini, namun radiasi
IR mungkin tidak mencapai detektor jika pita serapannya sangat kuat. Salah satu solusi potensial untuk masalah ini adalah ATR-FTIR. Untuk
teknik ini sampel dimasukkan ke dalam kristal anorganik dan radiasi IR dilewatkan melalui sampel pada sudut yang lebih tinggi dari sudut kritis
refleksi internal total (Frengeli, UP 1977) [14]. Salah satu masalah potensial dengan ATR-FTIR pada lipid terhidrasi adalah bahwa bahan yang
digunakan bisa sangat polar sehingga dapat berinteraksi dengan sampel sehingga mengubah sifat bilayer (Cevc, GC dan Marsh, D.
1987)[15]. Salah satu manfaat FTIR adalah kemampuannya menganalisis sel hidup. Salah satu penerapan metode ini digunakan untuk
mengidentifikasi spesies bakteri tertentu dengan cepat. Hal ini memanfaatkan fakta bahwa spesies bakteri yang berbeda memiliki susunan
makromolekul yang unik. Perbedaan komposisi ini bertindak sebagai sidik jari untuk identifikasi mikroba (Duygu et al., 2009)[16]
Referensi
1. Ruthven NAH dan Lewis, 1998. Struktur dan organisasi lapisan ganda fosfolipid seperti yang diungkapkan oleh spektroskopi inframerah.
Kimia dan Fisika Lipid 96, 9–21.
2. McElhaney, RN, 1984. Hubungan antara fluiditas lipid membran dan keadaan fase serta kemampuan bakteri dan
mikoplasma untuk tumbuh dan bertahan hidup pada berbagai suhu. Dalam: Kates, M., Manson, L. (Eds.), Biomembranes, vol. 12.
Academic Press, New York, hlm.249–278.
3. Snyder, RG, Poore, MW, 1973. Struktur konformasi rantai polietilen dari spektrum inframerah sebagian
polimer deuterasi. Makromolekul 6, 708–715.
4. Lewis, RNAH, McElhaney, RN, 1993. Studi rantai campuran diasil fosfatidilkolin dengan rantai asil yang sangat asimetris. Sebuah studi
spektroskopi inframerah transformasi Fourier tentang hidrasi antarmuka dan pengemasan rantai hidrokarbon dalam fase gel interdigitasi
campuran. Biofisika. J.65, 1866–1877.
5. Chia, NC, Mendelsohn, R., 1992. Mode pengibaran CH2 dari rantai asil tak jenuh sebuah probe IR dengan tatanan konformasi dalam
metil alkenoat dan lapisan ganda fosfolipid. J.Fisika. kimia. 96, 10543–10547.
6. Chia, NC, Vilcheze, C., Bittman, R., Mendelsohn, R., 1993. Interaksi kolesterol dan sterol sintetik dengan
fosfatidilkolin seperti yang disimpulkan dari intensitas perkembangan goyangan CH2 inframerah. Selai. kimia. sosial. 115, 12050-2055
7. Chia, NC, Vilcheze, C., Bittman, R., Mendelsohn, R., 1993. Interaksi kolesterol dan sterol sintetik dengan
fosfatidilkolin seperti yang disimpulkan dari intensitas perkembangan goyangan CH2 inframerah. Selai. kimia. sosial. 115, 12050–2055
8. Lewis, RNAH, McElhaney, RN, 1993. Studi kalorimetri dan spektroskopi tentang perilaku fase polimorfik dari
rangkaian homolog 1,2-diasil fosfatidletanolamin jenuh N. Biofisika. J.64, 1081–1096.
9. Lewis, RNAH, McElhaney, RN, 1996. Spektroskopi FTIR dalam studi lipid terhidrasi dan membran lapisan ganda lipid. Di dalam:
Mantsch, HH, Chapman, D. (Eds.), Spektroskopi Inframerah Biomolekul. Wiley, New York, hal.159–202.
10. Casal, HL dan Mantsch, HH (1983) Perilaku fase termotropik dipalmitoyl n-metilasi
fosfatidiletanolamin. Biokimia. Biofisika. Undang-undang 735, 387–396.
11. Senak, L., Davies, MA, dan Mendelsohn, R. (1991) Sebuah studi IR kuantitatif konformasi rantai hidrokarbon dalam alkana dan fosfolipid:
mode goyangan CH2 dalam fase bilayer dan HII yang tidak teratur. J.Fisika. Kimia. 95, 2565–2571.
12. Mantsch, HH, Madec, C., Lewis, RNAH, dan McElhaney, RN (1985) Perilaku fase termotropik model
membran terdiri dari fosfatidilkolin yang mengandung asam lemak isobranched. II. Studi spektroskopi inframerah dan 31 P-NMR.
Biokimia 24, 2440–2446.
13. Ruthven NAH Lewis dan Ronald N. McElhaney, 2007, Metode dalam Biologi Molekuler: Metode dalam Membran Lipid, 225.
14. Frengeli, UP (1977) Struktur lipid dan protein dipelajari dengan spektroskopi inframerah total reflektansi (ATR) yang dilemahkan. Z.
Alamforsch. 32B, 20–45.
15. Cevc, GC dan Marsh, D. (1987) Bilayer Fosfolipid, Prinsip dan Model Fisik. Wiley, New York, hlm.246–257.
16. Duygu, D., Baykal, T., Acikgoz, I., Yildiz, K. (2009) Spektroskopi Inframerah Transformasi Fourier untuk Studi Biologi. gu
Jurnal Sains. 22(3): 117-121
5.8: FTIR pada Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.9: Spektroskopi Raman pada Membran

Spektroskopi Raman adalah teknik spektroskopi yang dikembangkan oleh fisikawan India Sir Chandrasekhara Venkata Raman di
kuartal pertama abad ke-20 yang menghasilkan hadiah Nobel bidang fisika pada tahun 1930.1 Hadiah Nobelnya didasarkan pada penemuan
dan kemampuan untuk memahami struktur molekul secara kuantitatif melalui deteksi cahaya yang tersebar secara inelastis ketika a
sampel terkena radiasi dengan frekuensi tertentu.
Model Hamburan Klasik

Model klasik hamburan cahaya dalam spektroskopi Raman adalah suatu proses dimana medan listrik berosilasi ( ) dari suatu Eÿ
frekuensi cahaya tertentu ( ) menginduksi momen dipol ÿÿdiinduksi ) dalam suatu molekul. Besarnya momen dipol bergantung pada
( polarisasi molekul ( ). ÿ
ÿÿdiinduksi = ÿEÿ (5.9.1)
Medan listrik yang berosilasi pada frekuensi tertentu ( ) dapat direpresentasikan sebagai:
ÿ
E = cos(2ÿt)
Eo ya (5.9.2)
Dalam model klasik ini, dipol yang berosilasi menghasilkan energi yang seluruh frekuensi cahayanya dipancarkan ke segala arah
kecuali posisi sejajar dengan dipol induksi. Hamburan cahaya ini disebut “Rayleigh” atau hamburan elastis karena
perbedaan energi nol karena frekuensi cahaya yang dipancarkan sama dengan frekuensi cahaya datang. Namun karena
getaran molekul suatu molekul, terjadi variasi dalam kemampuan polarisasi molekul. Hal ini paling baik direpresentasikan melalui karya klasik
model osilator harmonik untuk molekul diatomik. Ekspansi deret Taylor untuk polarisasi diatomik sebagai fungsinya
koordinat getaran menjadi dasar untuk memahami variasi kemampuan polarisasi. Menggunakan pendekatan relatif orde pertama
ke posisi setimbang:
ÿÿ
(5.9.3)
ÿ = ÿo +( ) QÿQ Hai
Q = A cos(2ÿÿit) (5.9.4)
Melalui substitusi balik dari dan ke ,dalam

Pertanyaan ÿ muncul hasil sebagai berikut:
ÿÿdiinduksi = ÿoE + [SEBUAH aku

cos(2ÿ
Eo t)] [ cos(2ÿ
ya t)]
ÿ ( ) ÿÿÿQ Hai
= ÿoE + Eo [Acos(2ÿ t)] [cos(2ÿ t)] ya

saya
ÿ ( ) ÿÿÿQ Hai
1
Eo A [cos(2ÿ ( +
ÿo )t)+cos(2ÿ
ÿi ÿo ÿi ( ÿ )t)]
= ÿoEo cos(2ÿÿot)+( ) 2 ( ÿÿ
) ÿQ Hai
Hasil pendekatan osilator harmonik ini menghasilkan tiga proses hamburan kunci, suku pertama adalah Rayleigh
hamburan dijelaskan di atas, namun ada dua proses menarik yang muncul. Istilah ( ) menunjukkan peningkatan frekuensi sebesar saya
dari hamburan Rayleigh istilah ini dinamakan hamburan Raman “anti-Stokes” , sedangkan istilah ( ) menunjukkan penurunan
frekuensi sebesar , istilah ini dinamakan hamburan Raman “Stokes” .2 Hamburan Raman Stokes dan Anti-stokes didefinisikan sebagai inelastis
hamburan frekuensi cahaya datang, dan intensitas pergeseran di wilayah tampak jauh lebih kecil dibandingkan intensitas di wilayah tampak
cahaya kejadian. Pergeseran tersebut dapat dilihat pada grafik tingkat energi di bawah ini:
Gambar 5.9.1 . Diagram tingkat energi hamburan cahaya elastis dan inelastis
Model Kuantum
Penjelasan mekanika kuantum untuk hamburan Raman sampai pada kesimpulan yang sama dengan model klasik, namun dengan fungsi gelombang molekul.
Penjelasan singkat tentang intensitas relatif frekuensi Raman Stokes dan anti-Stokes dijelaskan melalui pendudukan v = 0 dan v = 1 terlihat bahwa Raman anti-
Stokes mengisi keadaan v = 1 pada suhu kamar dan Raman Stokes mengisi v =kuantum
keadaan 0 Pada getaran.
suhu kamar, populasi
Seperti relatif negara-negara
yang ditunjukkan 5.9.1 , ini dinyatakan melalui
pada Gambar bagian
rasio berikut: pada suhu kamar.
3
tidak=1 ÿÿE/kbT
ÿe (5.9.5)
tidak=0
Dalam keadaan setimbang dan pada suhu kamar, rasio v = 1 terhadap v = 0 akan sangat kecil, karena eksponensial Boltzman, yang berarti hampir semua
kemungkinan keadaan berada dalam keadaan dasar. Hal ini membantu menarik kesimpulan bahwa karena sebagian besar negara bagian berada dalam keadaan
dasar, maka frekuensi Raman Stokes akan lebih banyak populasinya sehingga memiliki intensitas yang lebih besar dibandingkan frekuensi anti-stokes Raman.
Simetri suatu molekul berbanding lurus dengan transisi yang diperbolehkan antara dua tingkat energi getaran dalam spektrum Raman yang diharapkan. Transisi
yang diperbolehkan ini ditentukan oleh aturan seleksi, yang berarti elemen matriks polarisasi antara dua keadaan. Dalam notasi braket:4
(5.9.6)
ÿÿo|ÿ|ÿ1ÿ >= ÿ ÿÿ 0ÿÿ1dQ
Jika elemen matriksnya nol, maka polarisasinya adalah konstan sehingga tidak bergantung pada getaran sepanjang koordinat.4
Berbeda dengan Spektroskopi Inframerah, elemen matriks untuk transisi antar keadaan ditentukan oleh operator momen dipol, dan aturan yang sama berlaku.
Namun, ada aturan dimana spektrum Raman dan Inframerah dapat dibedakan melalui molekul yang memiliki pusat inversi. Ketika suatu molekul menjalani
operasi inversi, operator momen dipol listrik berubah tanda, sehingga (x,y,z) menjadi (-x,-y,-z). Namun kemampuan polarisasinya tidak berubah ketika dilakukan
inversi, sehingga molekul dengan pusat inversi yang telah mengamati getaran pada spektrum inframerah, tidak akan teramati pada spektrum Raman dan
sebaliknya.1
Teori Grup dan Mode Getaran Simetri

memainkan peran besar dalam menguraikan struktur molekul saat menggunakan spektrum Inframerah atau Raman.
Dengan menggunakan teori grup, dapat ditentukan banyaknya mode vibrasi, rotasi, dan translasi yang kemudian dapat
dijadikan acuan pada tabel karakter gugus titik molekul. Untuk setiap molekul, jumlah mode getarannya sama dengan:
jika molekulnya non-linier
(5.9.7)
Mode Getaran = { 3Natomsÿ6
3Natomÿ5 jika molekulnya linier
Untuk menentukan mode getaran, kelompok titik molekul harus ditentukan dan setiap atom dalam molekul akan diberi sumbu koordinat Cartesian. Setiap
kelompok titik mempunyai kumpulan operasi simetrinya sendiri dan ini direpresentasikan melalui tabel karakter.5 Dalam tabel karakter terdapat simbol-simbol
yang disebut simbol Mulliken yang mewakili bagaimana suatu molekul ditransformasikan berdasarkan operasi elemen simetri. Simbol Mulliken dapat memiliki
karakter seperti “A1” yang mewakili spesies yang sepenuhnya simetris dan dengan setiap simbol Mulliken, jumlah puncak Inframerah atau Raman dapat
diidentifikasi. Puncak inframerah berkorelasi erat dengan koordinat translasi (x,y,z) dan rotasi (Rx,Ry,Rz), sedangkan puncak Raman berkorelasi dengan koordinat
tensor (xy,yz,xz, x2– y2,.. dst). Setelah molekul menjalani operasi simetri, jumlah total simbol Mulliken akan ditabulasikan untuk membentuk representasi yang
dapat direduksi. Representasi yang dapat direduksi kemudian diubah menjadi representasi yang tidak dapat direduksi melalui rumus berikut:5
1
ni = (5.9.8)
h ÿc xixr
ni
Dimana adalah H operasi simetri, gc adalah jumlah total operasi simetri jenis tertentu, ci adalah karakter representasi
banyaknya simbol Mulliken, adalah jumlah total
tak tereduksi dan cr adalah karakter representasi tereduksi. Dari representasi yang tidak dapat direduksi ini, jumlah mode translasi dan rotasi dapat dikurangi dan
jumlah total mode getaran akan ditemukan. Selain itu, dalam mode getaran mungkin ada dua jenis gerakan yang dapat disimpulkan, yaitu mode lentur dan
peregangan. Mode regangan dapat ditemukan dengan menetapkan vektor pada panjang ikatan yang diinginkan dalam molekul, dan melakukan operasi simetri
untuk menentukan representasi tak tereduksi. Modus lentur kemudian dapat ditemukan melalui pengurangan modus regangan dari modus getaran total.5
Karena simetri suatu molekul, maka polarisasi yang merupakan tensor peringkat kedua memiliki bentuk yang berbeda-beda.
ÿ kapak
ÿ ÿ ÿxxÿxyÿxz ÿ
ÿ
ya
( ) = ÿ ÿxÿyÿz ÿ
ÿyxÿyyÿyz
ÿ
(5.9.9)
ÿ ÿz
ÿ ÿ ÿzxÿzyÿzz ÿ
Polarisasi ( ) sekarang dapat ditulis dalam bentuk matriks:
ÿ ÿxxÿxyÿxz ÿÿ Mantan
ÿ = ÿ Px ÿ
ÿ
ÿyxÿyyÿyz
ÿ ÿ
Ya
ÿ ÿ
Py
ÿ
(5.9.10)
ÿ ÿzxÿzyÿzz ÿ ÿ Ez ÿ ÿ hal ÿ
Dengan mendiagonalisasi matriks polarisasi, hanya ada tiga polarisasi yang bukan nol di sepanjang sumbu utama molekul dan bergantung pada simetri, unsur-
unsur polarisasi dapat disamakan atau tidak. Aspek penting dari eksperimen polarisasi dalam Spektroskopi Raman adalah kemampuan untuk mendepolarisasi
cahaya Raman yang tersebar. Peregangan yang benar-benar simetris seperti “a1” akan sangat terpengaruh bila cahaya datang ortogonal terhadap intensitas
cahaya yang tersebar. Depolarisasi cahaya yang tersebar ini akan terlihat jelas dalam rasio intensitas yang relevan antara spektrum Raman dari spektrum
terdepolarisasi dan spektrum terpolarisasi.5
Lipid Umum Ada banyak
sekali molekul yang dipelajari melalui pergeseran getaran Raman, termasuk molekul organik, anorganik, polimer, dan senyawa biokimia. Senyawa biokimia yang
menarik seperti lipid telah dipelajari dan pergeseran Raman yang sesuai telah dikarakterisasi. Lipid dicirikan sebagai molekul berminyak yang larut dalam pelarut
non-polar dan tidak dapat bercampur dalam air. Beberapa lipid umum yang dapat dipelajari adalah Kolesterol, asam jenuh dan lemak, Trigliserida dan Fosfolipid
dan masih banyak lagi. Kolesterol, yang merupakan bagian dari kelas struktural Sterol dikenali melalui perpaduan tiga cincin beranggota enam dan cincin
beranggota lima. Kolesterol bersifat amfipatik dan dicirikan dengan gugus kepala polar (hidroksil) dan badan hidrokarbon non-polar. Sterol ini memiliki komponen
struktural dalam membran dan juga sebagai prekursor sintesis berbagai kompleks steroid.6 Asam lemak bebas seperti yang ditunjukkan pada Gambar 5.9.2
memiliki turunan umum seperti lemak dan minyak dan dicirikan oleh asam karboksilat terminal. gugus fungsi dan ekor asam lemak. Derajat ketidakjenuhan pada
,
bagian ekor menentukan banyak sifat berbeda dan diklasifikasikan menjadi asam lemak tak jenuh dan jenuh. Trigliserida adalah produk esterifikasi yang dicirikan
oleh tiga asam lemak yang terikat secara kovalen pada masing-masing tiga gugus hidroksil dalam Gliserol. Jika gugus kepala polar terikat secara kimia melalui
ikatan fosfodiester maka fosfolipid akan terbentuk.6 Trigliserida dan Fosfolipid sangat umum ditemukan pada bahan makanan seperti minyak zaitun, mentega,
dan bahkan lemak bir. Sifat-sifat kimia yang berbeda, seperti titik leleh, semuanya ditentukan oleh identitas ekor molekul yang non-polar. Umumnya jika suatu
minyak tersusun dari ekor-ekor tak jenuh (ikatan rangkap) maka minyak tersebut akan berbentuk padat pada suhu kamar, dan jika minyak tersebut seluruhnya
terdiri dari ekor-ekor jenuh maka minyak tersebut akan berbentuk cair.6
Gambar 5.9.2 . Kolesterol, Asam Lemak dan Lipid Umum lainnya dalam Biokimia
Mode Raman dalam Metil Ester Asam Lemak (FAME)
Gambar 5.9.3 . Spektrum khas Raman dari tak jenuh (asam oleat, 18:1) dan jenuh (stearat, 18:0) FAME sebagai padatan (sol.) atau cair
(liq.) Angka puncak mengacu pada penugasan pada Tabel 1.7
Spektroskopi Raman dapat digunakan pada jenis lipid ini untuk membedakan lipid dengan jumlah karbon yang berbeda. Di bawah ini
Gambar 5.9.3 , adalah spektrum Raman tak jenuh (asam oleat, 18:1), jenuh (stearat, 18:0) dan Asam Lemak Metil Ester (FAME) sebagai
padatan(sol).7 Terlihat pada spektrum Raman terdapat cukup banyak puncak karakteristik pada rentang frekuensi ini yaitu
umum dalam kimia organik, puncak-puncak umum ini dirangkum dan ditetapkan pada Gambar 5.9.4 di bawah.
Angka 5.9.4 . Penetapan Mode yang Sesuai untuk Posisi Pita pada Gambar.7
Frekuensi Raman yang sesuai dengan mode getaran berbeda yang sebagian dijelaskan di bagian teori grup, dapat berupa
ditentukan dari spektrum dan struktur kimianya. Salah satu mode peregangan paling menonjol yang umumnya dicari di a
Spektrumnya adalah regangan karbonil (C=O) pada rentang bilangan gelombang ~1730 hingga 1750 cm-1,7 Biasanya ini yang paling banyak diikuti
mode peregangan karena mudah diidentifikasi pada spektrum dan umumnya hanya ada satu karbonil dalam molekul asam lemak.
Karena keunikan frekuensi regangan karbonil untuk setiap molekul FAME yang berbeda, maka identitasnya belum diketahui
Molekul FAME dapat diketahui jika spektrum Raman diketahui. Eksperimen ini dilakukan pada molekul FAME yang berbeda
dengan jumlah karbon yang berbeda pada Ekor Asam Lemak, kurva yang dihasilkan ditunjukkan pada Gambar 5.9.5 . Percobaan ini menunjukkan bahwa sebagai
Jika jumlah karbon bertambah dalam satu ekor, frekuensi regangan karbonil dalam molekul FAME umumnya mengikuti dan
tren meningkat. Ini merupakan hasil yang penting, karena identitas molekul FAME dapat ditemukan dengan mengukur spektrum Raman
dan merujuk pada frekuensi regangan karbonil.7
Gambar 5.9.5 . Pengaruh Panjang Rantai (4-24 karbon) terhadap posisi mode regangan karbonil untuk keadaan cair jenuh
KETENARAN.7
Ringkasan
Spektroskopi Raman melibatkan hamburan cahaya inelastis pada suatu molekul dan bagaimana tabulasi nilai-nilai ini mengarah pada hal tersebut
pergeseran getaran yang unik untuk setiap molekul.
Nilai ekspektasi polarisasi menentukan apakah transisi getaran akan terjadi atau tidak.
Jumlah dan identitas mode getaran suatu molekul dapat ditentukan dengan memanfaatkan hubungan teori grup.
Spektroskopi Raman dapat diterapkan pada molekul biologis yang diinginkan, terutama lipid.
Referensi
1. en.Wikipedia.org/wiki/Raman_spectroskopi (diakses 18 Mei 2018)
2. Pembuat Sepatu, DP; Karangan Bunga, CW; Nibler, Eksperimen JW dalam Kimia Fisika; McGraw Hill: New York, NY, 1989.
3. McQuarrie, DA; Simon, JD Kimia fisik: pendekatan molekuler; Universitas. Buku Sains: Sausalito, CA, 1997.
4. Sakurai, JJ Mekanika kuantum modern: edisi revisi; Pendidikan Pearson: Delhi, India, 2006.
5. Miessler, GL; Fischer, PJ; Tarr, DA Kimia anorganik / Gary L. Miessler, Paul J. Fischer dan Donald A. Tarr; Pearson:
Boston, 2014.
6. https://en.Wikipedia.org/wiki/Lipid (diakses 18 Mei 2018).
7. Beattie, JR; Bell, SEJ; Moss, BW Lipid 2004, 39 (5), 407–419.
8. Czamara K., Majzner K., Pilarczyk M., Kochan K., Kaczor A., dan Baranska M. (2014) Spektroskopi Raman lipid: A
ulasan, J. Raman Spectrosc., 46; halaman 4–20, doi: 10.1002/jrs.4607.
5.9: Spektroskopi Raman pada Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.10: Teori Resonansi Magnetik Nuklir (NMR) dan Solusi NMR

Resonansi magnetik nuklir (NMR) terjadi ketika inti dalam medan magnet yang tidak bergerak diganggu oleh medan magnet yang berosilasi; inti
menghasilkan sinyal elektromagnetik, yang frekuensinya bergantung pada medan magnet yang diterapkan. Hal ini terjadi di dekat resonansi, dimana
frekuensi osilasi sejajar dengan frekuensi inti. Kekuatan medan magnet, lingkungan kimia, dan isotop mempengaruhi resonansi. Spektroskopi NMR
digunakan untuk menjelaskan struktur molekul organik, mempelajari kristal dan non-kristal, dan dapat diterapkan pada pencitraan diagnostik medis. NMR
memiliki tiga langkah dasar: putaran nuklir diselaraskan dalam medan magnet, putaran nuklir diganggu oleh pulsa frekuensi radio (RF), sinyal NMR dideteksi
selama atau setelah pulsa RF. NMR dijelaskan oleh Isidor Rabi pada tahun 1938 dan ia memenangkan Hadiah Nobel Fisika pada tahun 1944. Felix Bloch
dan Edward Mills Purcell menggunakan NMR pada lipid dan padatan dan memenangkan Hadiah Nobel Fisika pada tahun 1952. Yevgeny Zavoisky
mengamati MNR pada tahun 1941, sebelum Bloch dan Purcell; namun, dia menganggap hasilnya tidak dapat direproduksi. Selain kristalografi sinar-X dan
mikroskop elektron kriogenik, NMR adalah salah satu dari tiga teknik yang digunakan untuk menjelaskan struktur protein.
Putaran Nuklir
Inti atom dari proton dan neutron memiliki spin, suatu sifat kuantum intrinsik; ini adalah momentum sudut yang mirip dengan momentum sudut bola yang
berputar. Putaran keseluruhan inti ditentukan oleh bilangan kuantum putaran, S. Jika jumlah proton dan neutron dalam inti genap, S=0, berarti tidak ada
putaran keseluruhan. Pasangan elektron dalam orbital atom yang tidak mengalami degenerasi; jumlah proton atau neutron yang genap, yaitu putaran 1/2
1
fermion, juga tidak memberikan putaran keseluruhan.
Proton dan neutron memiliki energi yang lebih rendah ketika putarannya sejajar; penyelarasan putaran paralel partikel tidak melanggar prinsip pengecualian
Pauli. Struktur quark proton dan neutron bertanggung jawab atas energi yang lebih rendah; keadaan dasar putaran inti deuterium, yang memiliki satu proton
dan satu neutron, adalah satu, bukan nol. Tritium, karena prinsip pengecualian Pauli, memiliki dua spin neutron anti-paralel, dan spin proton 1/2; nilai
1 H. Untuk inti non-
putaran inti tritium adalah 1/2, sebanding dengan H. Frekuensi penyerapan resonansi magnetik nuklir (NMR) untuk tritium serupa dengan
radioaktif, putaran keseluruhan bukan nol; sebagai contoh, inti Al mempunyai putaran1keseluruhan 5/2.
27 1
Putaran bukan nol berhubungan dengan momen dipol magnet bukan nol, µ: µ=gamma·S; gamma adalah rasio gyromagnetik. Hal ini berkaitan dengan
hubungan momentum sudut dan momen dipol magnet suatu bola yang berputar. Mereka adalah vektor-vektor yang sejajar dengan revolusi horizontal;
panjangnya bertambah langsung dengan frekuensi putaran. Interaksi momen magnet dengan medan magnet memungkinkan kajian nilai NMR; ini terkait
dengan perubahan antara tingkat putaran nuklir selama penghasutan RF atau karena presesi momen magnet Larmor setelah stimulasi. Inti dengan jumlah
proton dan neutron genap mempunyai momen dipol magnet inti nol dan tidak memiliki sinyal NMR. C, P, Cl, dan Cl menghasilkan sinyal NMR, sedangkan
13 31 35 37 18 4
O tidak.
17
Berbeda dengan NMR, resonansi putaran elektron (ESR) mendeteksi transisi dalam putaran elektronik, bukan putaran nuklir. Sejumlah kecil molekul
dengan spin elektron tidak berpasangan menunjukkan penyerapan ESR (atau resonansi paramagnetik elektron (EPR)) dibandingkan NMR; namun, ESR
17
memiliki sinyal per putaran yang lebih tinggi daripada NMR. Meskipun NMR dapat diterapkan pada protein, EPR/ESR terutama digunakan untuk mempelajari logam
17
kompleks dan radikal organik.
dX/dB adalah . Kekuatan medan magnet vs. spektrum sinyal untuk EPR/ESR. Sinyal serapan diukur dan turunan pertamanya pada Gambar 5.10.1 dihitung.
sinyalnya; itu adalah turunan dari kerentanan magnetik. Ketika spektrum melewati nol, itulah puncak serapan spektrum. Gambar ini dari: upload.wikimedia.org/
wikiped.../EPR_lines.png.
Pemintalan Sudut Ajaib (MAS)

1 2
Dalam NMR, pemintalan sudut ajaib (MAS) adalah pendekatan yang digunakan dalam NMR keadaan padat dan H NMR. Sampel diputar dengan frekuensi
2
1 hingga 130 kiloHertz (kHz) pada sudut ÿ =54,7356°,Mterhadap medan magnet. Garis lebar menjadi lebih sempit, yang mana
2
meningkatkan resolusi spektrum. Putaran nuklir mengalami tiga interaksi interaksi: dipolar, anisotropi pergeseran kimia
2
(CSA), dan segi empat; garis spektrum yang dihasilkan lebar dan sulit dianalisis. Namun, interaksi ini bergantung
2 6
pada posisi dan MAS digunakan untuk menghitung rata-ratanya. Interaksi dipol antar inti kira-kira nol pada 54,7356°. Interaksi inti-elektron dikenal sebagai CSA,
6 6
dan tidak nol. MAS dapat meratakan sebagian interaksi kuadrupolar. Dalam solusi,
interaksi ini dirata-ratakan karena pergerakan molekul; dalam padatan, MAS menyebabkan garis spektral sempit, yang dapat digunakan untuk itu
menentukan CSA. 6
5.10.2 . MAS NMR. Sampel biru berputar pada 70 kHz dalam medan magnet B0 . Gambar ini berasal dari:
Gambar upload.wikimedia.org/wikiped...leSpinning.svg; itu dibuat oleh Dtrx.
Putar Momentum Sudut
Putaran nuklir adalah momentum sudut intrinsik yang terkuantisasi. Nilai S dibatasi dan komponen x, y, dan z dikuantisasi;
mereka adalah kelipatan (setengah) bilangan bulat dari ÿ, konstanta Planck tereduksi. Bilangan kuantum (setengah) bilangan bulat yang terkait dengan putaran di sampingnya
sumbu z atau medan magnet adalah bilangan kuantum magnetik, m, yaitu +S hingga -S, dalam nilai bilangan bulat. Untuk semua inti, ada totalnya
4
keadaan momentum sudut 2S+1. Komponen z dari momen magnet adalah
ÿZ = ÿSZ = ÿmÿ. (5.10.1)
Gambar 5.10.3 . Pemisahan energi putaran inti dalam medan magnet yang diterapkan. Gambar ini berasal dari:
https://teaching.shu.ac.uk/hwb/chemi...spec/nmr1.htm#.
Putar Energi dalam Medan Magnet
1 13 19
Inti dengan spin 1/2, seperti H, C, atau F memiliki dua keadaan spin linier independen, dengan m=1/2 atau -1/2 untuk bagian z; jika sebuah
medan magnet tidak ada, maka negara-negara mempunyai energi yang sama. Pada kesetimbangan termal, jumlah inti tiap keadaan adalah sama.
Bila ditempatkan dalam medan magnet, energinya berubah-ubah akibat interaksi momen dipol magnet inti dan gaya magnet
lapangan diterapkan. Energi momen dipol magnet, µ, dalam medan magnet, B 0, adalah
E = ÿµB0 = ÿµ ÿ xB0x
µyB0y µzB0z
-
. (5.10.2)
Sumbu z terletak pada B 0 , dan persamaan barunya adalah
= ÿÿmÿ .zB0 B0 E = ÿµ (5.10.3)

Oleh karena itu, dalam medan magnet, energinya bervariasi. Keadaan putaran 1/2 berarti putaran sejajar dengan medan magnet, dan semakin rendah
keadaan energi; sebaliknya, keadaan putaran -1/2 berarti putaran tersebut tidak sejajar dengan medan magnet, dan merupakan keadaan energi yang lebih tinggi. A
gamma positif menunjukkan bahwa m=1/2 adalah keadaan energi yang lebih rendah. Perbedaan antara negara bagian tinggi dan rendah adalah
ÿE = ÿÿB0. (5.10.4)
1
Keadaan energi yang lebih rendah lebih disukai pada kesetimbangan termal. Jika lebih banyak putaran ke atas daripada ke bawah, terjadi magnetisasi putaran bersih
0 selain B.
Presesi Larmor & Pulsa Frekuensi Radio

Magnetisasi putaran sebanding dengan jumlah vektor putaran inti atom pada lokasi magnet yang sama dan bergerak dalam kerucut
di sekitar medan, B. Pada keadaan non-ekuilibrium, presesi magnetisasi di B muncul dengan
0 frekuensi Lamor
ÿL = 2ÿÿL = ÿÿB0. (5.10.5)

Energi penduduk tidak berubah karena konstan. Magnetisasi transversal yang dibentuk oleh medan berosilasi adalah
terdeteksi di NMR ketika medan atau pulsa RF diterapkan. 4
Pelindung Kimia (Shift)

Tidak semua inti unsur yang sama beresonansi pada frekuensi yang sama. Elektron bermuatan dan berputar serta menghasilkan medan magnet
itu adalah kebalikan dari medan magnet yang diterapkan. Pelindung elektronik mengurangi medan magnet pada inti; frekuensi
diperlukan untuk mendapatkan resonansi berkurang. Hal ini dikenal sebagai pergeseran kimia, dan memberikan penjelasan atas kemampuan NMR dalam hal ini
memastikan struktur kimia, yang bergantung pada kerapatan elektron. Inti dengan tingkat perlindungan yang lebih tinggi karena elektron yang lebih tinggi
kepadatan mengalami pergeseran frekuensi NMR ke atas, yang berhubungan dengan pergeseran kimia yang rendah; sebaliknya, semakin sedikit pelindung yang menggeser NMR
frekuensi turun, yang menghasilkan pergeseran kimia yang tinggi. Dalam NMR keadaan padat, pemintalan sudut ajaib menghasilkan rata-rata keadaan ini
1
nilai frekuensi pada shift rata-rata. Secara reguler, NMR, penurunan molekul rata-rata CSA.
Gambar 5.10.4 . Contoh sumbu pergeseran kimia. Puncak hijau adalah senyawa referensi untuk referensi; puncak merah adalah sampelnya
menggabungkan. Dalam contoh ini, jarak antara dua sinyal adalah 8.000 Hz; frekuensi spektrofotometer adalah 800
MHz. Jika puncak referensi berada pada 0, jarak antara kedua puncak adalah: 8,000(106)/800(106)=10 ppm. Ini akan menjadi sebuah contoh
elektronegatif
A proton
terikat dari: ke sebuah
elemen, menyukai
oksigen. Gambar ini adalah
https://users.cs.duke.edu/~brd/Teach...s/flemming.pdf.
Relaksasi
Relaksasi terjadi ketika putaran inti kembali ke kesetimbangan termodinamika; ini dikenal sebagai relaksasi T dan menunjukkan
1
waktu rata-rata yang diperlukan inti untuk kembali ke kesetimbangan termal. Inti yang mengalami presesi pada akhirnya berhenti menghasilkan sinyal ketika hal tersebut terjadi
tidak sejajar; ini disebut relaksasi T.
2 Relaksasi T biasanya
1 lebih lama dibandingkan relaksasi T, karena dipol-dipolnya
2 kecil
interaksi. 1
Gambar 5.10.5 . Animasi menunjukkan hubungan antara frekuensi Larmor dan T1 dan T2. T2 hampir tidak terpengaruh. Gambar ini adalah
dari: commons.wikimedia.org/wiki/F...NmrrelaxM2.gif; itu dibuat oleh Pondrthis.
Solusi NMR
Kurang dari 2% dari 120.000 struktur protein terpecahkan merupakan protein membran; sangat sedikit dari struktur tersebut yang diselesaikan melalui
7
NMR. Protein dalam jumlah besar harus digunakan dan harus diekstraksi dari lingkungan asli menggunakan bahan kimia yang dapat memelihara
8 8
integritas struktural dan fungsional. Jika NMR digunakan, kristalisasi tidak diperlukan, namun timbul masalah baru. Solusi NMR bisa
digunakan untuk menentukan struktur makromolekul yang mengalami difusi rotasi cepat pada rentang waktu kurang dari 100
15 13
nanodetik. Akibatnya, protein harus ditempatkan dalam misel lipid, bisel kecil, dan nanodisc. Protein dengan ukuran kurang lebih 40 kiloDalton
14
atau kurang dapat diperoleh dengan larutan NMR; hal ini disebabkan oleh dinamika dan lebar garis resonansi.
18 penentuan struktur, protein diberi
Metode NMR heteronuklear yang digunakan untuk protein larut dapat diterapkan pada protein membran. Untuk
label N- dan C15melalui ekspresi
13 15
dalam media minimal dengan N-amonium sulfat dan 13
C-glukosa sebagai sumber nitrogen dan karbon. Rantai
5 2 13 7 13
samping protein dideuterasi melalui H, C-glukosa untuk mendapatkan resolusi spektral yang lebih baik. Hal ini menurunkan relaksasi C, yang
1
menyebabkan resonansi lebih rendah; namun, lebih sedikit proton yang tersedia untuk mengukur H-NOE, sehingga memberikan batasan yang
11 2
jauh. H2O digunakan untuk pertumbuhan kultur dan proton Amida diganti dengan pelarut selama pemurnian dan persiapan; jika deuterium
7
digunakan dalam pelarut, spektroskopi NMR akan mencerminkan hal ini. Laju pertukaran proton di tengah memberikan informasi mengenai gugus
yang terekspos dan terkubur. 9
5.10.6
Gambar Solusi dan. metode persiapan sampel NMR solid-state. Misel lipid digunakan untuk persiapan protein membran untuk larutan NMR. Dodesilfosfokolin (DPC)
memiliki kepala fosfokolin dan aktivitas deterjen ringan menjadikannya umum dalam larutan NMR. Fosfolipid pendek, seperti dihexanoyl-phosphatidylcholine (DHPC)
atau diheptanoylphosphatidylcholine dapat digunakan. Deterjen lainnya adalah liso-fosfatidilgliserol, lauril-dimetilamin oksida (LDAO), n-dodesil-ÿ-maltosida (DDM), dan
oktil-ÿ-glukosida (ÿ-OG). Bicelles adalah campuran lipid pembuat bilayer; yang umum adalah dimyristoyl-phosphatidylcholine (DMPC), dan lipid pembuat non-bilayer,
seperti DHPC. Rasio lipid panjang dan pendek adalah nilai q. Ukuran bicelle tergantung pada lipid yang digunakan. Dalam larutan NMR, bisel kecil dengan lebih
banyak lipid pembuat non-bilayer bekerja; nilai q berkisar antara 0,25-0,5. Bisel kecil melakukan difusi rotasi, mirip dengan misel, yang dideteksi dengan larutan NMR.
Nanodisk adalah lapisan ganda lipid yang dilapisi oleh protein heliks amfipatik yang menstabilkan struktur. Nanodisc dibuat dengan dua MSPD1 (lipoprotein) di bagian
tepinya. Nanodisc kosong berukuran sekitar 150 kiloDalton, yang terlalu besar untuk solusi NMR. Protein MSPD1 pendek telah dibuat, menurunkan ukurannya menjadi
60-120 kiloDalton, yang bagus untuk larutan NMR. Gambar ini dari: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5444674/. Kutipan makalahnya adalah: Liang,
Binyong, dan Lukas K. Tamm. "NMR sebagai Alat untuk Menyelidiki Struktur, Dinamika dan Fungsi Protein Membran." Alam struktur & biologi molekuler 23.6 (2016):
468.
Masalah Korelasi-Waktu
Waktu korelasi rotasi protein penting untuk NMR. Ini menentukan kondisi ekstraksi, analisis instrumental, dan metode pemrosesan data. Sulit
untuk mendapatkan spektrum resolusi tinggi dari protein besar atau teragregasi dengan NMR karena reorientasi yang lambat. Masalah korelasi-
waktu dapat diatasi dengan dua cara jika menyangkut protein membran. Dalam NMR keadaan padat, protein membran dalam lapisan ganda lipid
atau bisel yang cukup besar dilumpuhkan oleh kondisi lingkungan; iradiasi frekuensi radio, pemintalan sampel sudut ajaib, atau penyelarasan
sampel merupakan pengganti gerakan molekuler untuk mekanisme penyempitan garis. Untuk protein membran kecil, misel atau bisel kecil dapat
digunakan untuk menyiapkan sampel; ini mengarah pada reorientasi cepat, yang dapat dideteksi oleh solusi NMR.
4
Gambar 5.10.7 . Menghubungkan waktu korelasi dan keselarasan protein. Sampel diberi label dengan rasio q untuk bisel, mulai dari 0 untuk misel isotropik hingga 3
untuk bisel besar hingga tak terhingga untuk bilayer. Spektra AC adalah NMR 1H satu dimensi dari protein membran dalam berbagai sampel: (A) q=0 (misel isotropik);
(B) q=0,5 (sepeda berukuran sedang); (C) q=3 (sepeda besar). Masalah korelasi waktu terlihat di sini. Sinyal besar dan lemah dari protein dalam bisel sedang (B) dan
besar (C) berbeda dengan protein dalam misel (A). Gambar ini dari: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3270942/. Kutipan makalahnya adalah: Opella,
Stanley J., dan Francesca M. Marassi. "Penentuan struktur protein membran dengan spektroskopi NMR." Ulasan kimia 104.8 (2004): 3587-3606.
Protein NMR
NMR protein tidak seperti pencitraan resonansi magnetik (MRI), yang memperoleh gambar secara langsung; protein NMR menggunakan algoritma
untuk membuat model tiga dimensi dari sampel yang diinginkan. 3Protein NMR dilakukan pada sampel yang telah dimurnikan secara menyeluruh
16
volume sekitar 500 ÿL dan konsentrasi sekitar 0,2 mM. Biasanya, protein diperoleh melalui
13
DNA rekombinan, yang dilakukan melalui rekayasa genetika; metode ini memungkinkan pelabelan isotop untuk melacak atom tertentu.
13
Setelah protein dilarutkan dalam buffer, protein ditempatkan dalam tabung NMR tipis untuk spektroskopi.
Molekul besar, seperti protein, memiliki ribuan resonansi, yang akan menunjukkan spektrum satu dimensi yang tumpang tindih. Sebagai akibat, 10
eksperimen multidimensi sedang dilakukan; ini mengurangi tumpang tindih dan berfokus pada inti tertentu di satu bagian sampel. Federasi Rusia 10
pulsa memungkinkan transfer magnetisasi dari ikatan kimia dan ruang (struktur tidak relevan); ini memungkinkan untuk
10 lebih tinggi membutuhkan lebih banyak waktu daripada
penentuan pergeseran kimia dan batasan jarak, masing-masing. Eksperimen dimensi yang
percobaan dimensi yang lebih rendah. 10
Gambar 5.10.8 . Spektra NMR protein terlipat (atas) dan tidak terlipat (bawah). Gambar ini berasal dari:
https://users.cs.duke.edu/~brd/Teach...s/flemming.pdf.
Gambar 5.10.9 . Spektrum proton NMR lisozim putih telur (ayam). -NH, aromatik, alfa-karbon, alifatik, dan metil proton
segmen shift diberi label. Gambar ini dari: https://users.cs.duke.edu/~brd/Teach...s/flemming.pdf.
NMR homonuklir
Jika protein yang diinginkan tidak diberi label, spektroskopi korelasi (COSY) dilakukan; dua jenis COSY adalah korelasi total
12 spektrum dua dimensi. Kedua sumbu tersebut merupakan
spektroskopi (TOCSY) dan spektroskopi efek Overhauser nuklir (NOESY). NMR dua dimensi ini memberikan
12
pergeseran kimia, dalam satuan. 12
Eksperimen ini membangun sistem putaran, daftar resonansi
12 sistem putaran pada jalur yang benar, harus digunakan NOESY yang menggunakan relaksasi spin-lattice.
pergeseran kimia proton protein. Untuk menghubungkan
Magnetisasi ditransfer12
melalui ruang di NOESY, yang dapat digunakan untuk menghitung hubungan jarak. BERBISING 12
12
juga dapat menentukan perubahan kimia dan konformasi. Tumpang tindih puncak adalah masalah NMR homonuklir; sebagai hasilnya, memang demikian
terbatas pada protein kecil. 12
Gambar 5.10.1 0. Perbandingan spektrum COSY dua dimensi dan TOCSY dua dimensi untuk asam amino (misalnya glutamat atau
metionin). TOCSY menampilkan puncak silang diagonal antara semua proton. COSY hanya menampilkan lintas puncak antar tetangga. Ini
gambar berasal dari: upload.wikimedia.org/wikiped.../Tocsycosy.jpg; itu dibuat oleh Kjaergaard menggunakan GIMP.
intensitas puncak1. NMR dua dimensi yang menampilkan efek Nuclear Overhauser antara dua inti, G dan R. NOE adalah Gambar 5.10.1 diukur dengan
biru pada (r,g) dan (g,r) Gambar ini diambil dari: https ://users.cs.duke.edu/~brd/Teach...s/flemming.pdf.
Referensi
1.Abragam, Anatole, dan Anatole Abramam. Prinsip magnetisme nuklir. Nomor 32. Pers universitas Oxford, 1961.
2.Andrew, E.Raymond. "Sudut ajaib berputar." Studi NMR Solid State tentang Biopolimer 2 (2010): 83.
3. Clore, G. Marius, dan Angela M. Gronenborn. Penentuan struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat di
solusi dengan spektroskopi resonansi magnetik nuklir." Tinjauan kritis dalam biokimia dan biologi molekuler 24.5 (1989): 479-
564.
4. Feynman, Richard P., Robert B. Leighton, dan Matthew Sands. "Feynman kuliah tentang fisika; vol. i." Jurnal Fisika Amerika 33.9 (1965):
750-752.
5. Jerman, James. "Pola sintesis DNA pada kromosom sel darah manusia." Jurnal biologi sel 20.1
(1964): 37-55.
6. Hennel, Jacek W., dan Jacek Klinowski. "Pemintalan sudut ajaib: perspektif sejarah." Teknik baru dalam nmr solid-state.
Springer, Berlin, Heidelberg, 2005.1-14.
7. Johnson, Richard S., dan Kenneth A. Walsh. "Pengukuran spektrometri massa nilai tukar protein di tengah hidrogen
apoÿdan holoÿmioglobin." Ilmu Protein 3.12 (1994): 2411-2418.
8. Jørgensen, Thomas JD, dkk. "Aktivasi tabrakan oleh spektrometri massa waktu penerbangan tandem MALDI menginduksi
migrasi intramolekul hidrogen amino dalam peptida terprotonasi." Proteomik Molekuler & Seluler 4.12 (2005): 1910-1919.
9. Jørgensen, Thomas JD, dkk. "Migrasi intramolekul hidrogen amino dalam peptida terprotonasi setelah aktivasi tumbukan."
Jurnal American Chemical Society 127.8 (2005): 2785-2793.
10. Liang, Binyong, dan Lukas K. Tamm. "NMR sebagai Alat untuk Menyelidiki Struktur, Dinamika dan Fungsi Protein Membran."
Alam struktur & biologi molekuler 23.6 (2016): 468.
11. Marley, Jonathan, Min Lu, dan Clay Bracken. "Sebuah metode pelabelan isotop yang efisien pada protein rekombinan." Jurnal NMR
biomolekuler 20.1 (2001): 71-75.
12. Opella, Stanley J., dan Francesca M. Marassi. "Penentuan struktur protein membran dengan spektroskopi NMR."
Ulasan kimia 104.8 (2004): 3587-3606.
13. Phinney, Karen W. "Ekspresi Protein Berlabel Isotop Stabil untuk Digunakan sebagai Standar Internal untuk Spektrometri Massa
Kuantitas Biomarker Protein Klinis." (2009).
14. Polshakov, Vladimir I., Berry Birdsall, dan James Feeney. "Kesan pengikatan ligan kooperatif pada protein amide NH
pertukaran hidrogen." Jurnal biologi molekuler 356.4 (2006): 886-903.
15. Rand, Kasper D., dkk. "Disosiasi penangkapan elektron berlangsung dengan migrasi intramolekul hidrogen peptida tengah tingkat
rendah." Jurnal American Chemical Society 130.4 (2008): 1341-1349.
16. Wüthrich, Kurt. "Penentuan struktur protein dalam larutan dengan spektroskopi NMR." Jurnal Kimia Biologi 265.36
(1990): 22059-22062.
17. Zavoisky, E. "Resonansi spin-magnetik dalam paramagnetik." J Phys Uni Soviet 9 (1945): 211-245.
18. Zhang, Zhongqi, dan David L. Smith. Penentuan pertukaran hidrogen amino dengan spektrometri massa: alat baru untuk
penjelasan struktur protein." Ilmu Protein 2.4 (1993): 522-531.
5.10: Teori Resonansi Magnetik Nuklir (NMR) dan Solusi NMR dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.11: NMR keadaan padat

Dalam biologi struktural, kristalografi sinar-X, mikroskop krio-elektron, dan resonansi magnetik nuklir (NMR) adalah teknik yang paling berguna.
1
alat untuk memecahkan struktur protein. Namun, jika menyangkut protein membran yang dikodekan pada 20~30% sebagian besar genom,
tantangan muncul. Karena protein membran tertanam di dalam membran dan struktur serta fungsinya sangat bergantung
pada molekul lipid bilayer lokalnya, faktor lingkungan tersebut membahayakan studi struktur protein membran asli.
2
Di antara semua struktur protein yang diketahui, hanya 1,7% yang merupakan protein membran. Untuk kristalografi sinar-X, persyaratan dasar untuk
memiliki urutan difraksi jangka panjang yang berarti molekul amfipatik diperlukan untuk menyelaraskan dalam kisi kristal berulang. Jadi, memang demikian
tidak mudah untuk mendapatkan kristal besar protein membran yang memiliki topologi protein campuran. Mikroskop krio-elektron adalah
3
teknologi baru dan menjanjikan untuk mendapatkan struktur protein membran resolusi tinggi. Namun, proses kriogenik untuk
pengambilan sampel mengorbankan interaksi dinamis protein dan komponen bilayer. Peran fase lipid dihilangkan dalam
studi mikroskopis krio-elektron dari protein membran.
Metode resonansi magnetik nuklir keadaan cair yang sudah mapan juga mengalami tantangan ketika berhadapan dengan membran
protein. Dalam eksperimen NMR keadaan cair, spektrum yang sangat terselesaikan diperoleh karena jatuhnya yang cepat, atau pendek
kali korelasi ( ), molekulÿcyang rata-rata interaksi anisotropiknya nol. Hanya interaksi isotropik dengan eksternal
medan magnet seperti kopling skalar tetap ada yang memungkinkan penetapan puncak pada masing-masing inti dan tetangganya.
4
Namun, protein membran harus ditanamkan ke dalam misel deterjen, bisel lipid, atau nanodisc lipid untuk NMR keadaan cair.
Ukuran besar kendaraan ini secara dramatis meningkatkan waktu korelasi, sehingga terjadi efek anisotropik seperti anisotropi pergeseran kimia
dan melalui ruang kopling dipolar tidak dapat dikurangi. Interaksi dipolar proton-proton yang tidak dirata-rata menghasilkan a
5
broadband tunggal tanpa fitur dalam pergeseran kimia yang dapat menjangkau lebar 25 kHz untuk proton NMR.
Meskipun terdapat kelemahan interaksi anisotropi pada molekul yang lambat atau tidak berjatuhan yang menyebabkan pita lebar pada spektrum NMR,
broadband dapat digunakan untuk memecahkan kode informasi anisotropik molekul. Dalam NMR keadaan padat (ssNMR), anisotropik
interaksi dalam fase terkondensasi termasuk anisotropi pergeseran kimia (CSA), kopling dipolar internuklear, quadrupolar
interaksi, dan kopling J anisotropik dipelajari. Ukuran sampel5NMR solid-state dapat bervariasi dari mikrokristal protein hingga 6
7 8 9
kompleks seperti biofilm, membran utuh dan bahkan seluruh sel.
10
Gambar 5.11.1 : Contoh analisis konformasi dengan menggunakan ssNMR .
Anisotropi Pergeseran Kimia

Elektron yang mengelilingi inti dapat melindungi medan magnet luar, mengganggu interaksi Zeeman, dan menyebabkan pergeseran kimia.
Namun, awan elektron tidak terdistribusi secara bola karena perbedaan anisotropi ikatan. Anisotropi yang lebih
gugus fungsi asimetris seperti karbon karbonil lebih signifikan dibandingkan gugus fungsi simetris seperti karbon
0 ,
dari metil. Orientasi berbeda terhadap medan eksternal yang diterapkan, B akan mengalami pergeseran kimia yang berbeda di dalamnya
inti dan muncul sebagai broadband. Misalnya bandwidth, ÿ ÿ , dari spektrum broadband yang diamati secara tidak berorientasi
lapisan ganda fosfolipid dapat berhubungan dengan ÿ ÿ = ÿÿ - ÿ dimana
ÿ , ÿ adalahÿpergeseran kimia lapisan ganda yang berorientasi sejajar dengan lapisan luar.
medan magnet dan ÿ adalah
ÿ pergeseran kimia yang tegak lurus terhadap medan magnet luar. ÿ ÿ mengkodekan viskositas kualitatif dan
orientasi spesifik molekul membran. Teknik ini sering digunakan untuk mempelajari protein membran yang terdiri dari primer
heliks transmembran 5.
Interaksi Dipolar
Inti dengan spin lebih besar dari nol mempunyai momen dipol. Inti yang mempunyai momen dipol berpasangan dengan inti lain yang mempunyai inti
spin I = ½ akan muncul sebagai doublet dalam spektrum. Pemisahan antara dua maksimum dapat dihitung berdasarkan:
2
ÿ0 ÿiÿj H 3 cos (ÿ)ÿ1
ÿvD(ÿ) = 4ÿ
2
(5.11.1)
R3 2ÿ 2 ( )
aku j
dimana ÿ 0adalah permeabilitas vakum, ÿ dan ÿ adalah rasio

Saya
J
gyromagnetik inti, r adalah jarak antar inti, h adalah aku j
Konstanta Planck, dan ÿ adalah sudut antara vektor penghubung dua inti dengan medan magnet luar, sampel B, setiap . Dalam bentuk bubuk padat
0
orientasi interaksi dipolar menghasilkan himpunan doublet, dengan mengintegrasikan setiap orientasi maka akan terbentuk pola Pake
muncul. Jika jarak antar inti tetap sama tetapi molekul berfluktuasi pada sudut rata-rata, maka persamaannya adalah 0 ,
harus ditulis ulang menjadi:
2
ÿ0 ÿiÿj H 3 cos (ÿ)ÿ1
ÿvD (ÿ0) = 4ÿ
2
(5.11.2)
R3 2ÿ 2 ÿ ÿ
aku j
dimana suku di dalam tanda kurung mewakili distribusi probabilitas sudut terhadap fluktuasi yang cepat. ÿ ÿ mencerminkan D
jarak antar inti, orientasi dan gerak relatif sepasang inti, tetapi masing-masing parameternya perlu ditentukan
secara independen untuk menyimpulkan parameter ketiga. Fluktuasi ÿ di sekitar ÿ dapat diminimalkan
0 dengan mendinginkan sampel,
sedangkan jarak antar inti dapat ditentukan dari pengukuran difraksi neutron. Dalam banyak kasus, ÿ ÿ sangat kecil dan genap
D
sulit diukur.
1
13
Secara keseluruhan, interaksi dipolar C-H memberikan informasi penting namun relatif lemah dibandingkan dengan H quadrupolar 2
5
kopling.
Interaksi Quadrupolar
Momen kuadrupolar terjadi bila inti mempunyai spin I > 1/2. Interaksi quadrupolar kuat dan mendominasi Zeeman
2
memengaruhi. Inti yang paling berguna dalam studi struktur membran adalah H dengan I = 1. Ketika2 H berikatan dengan
12
C, pembelahan kuadrupolar
ÿ ÿ dapat digambarkan sebagai:
Q
2
3 3 cos (ÿ)ÿ1
ÿvQ(ÿ) = ÿQ (5.11.3)
2 ( 2 )
dimana ÿ adalah
Q konstanta kopling kuadrupolar dan merupakanÿ sudut antara vektor yang menghubungkan dua inti dan inti luar
medan magnet, .
0 Dalam sistem membran fluida, molekul dapat berputar mengelilingi bilayer normal dengan sangat cepat sehingga efektif
sumbu simetri rata-rata B dari momen kuadrupolar sejajar dengan garis normal bilayer. ÿÿ dapat ditulis ulang
Q menjadi :
2 2
3 cos (ÿ)ÿ1 3 cos (ÿ)ÿ1
2 2
(5.11.4)
ÿvQ(ÿ) = ÿQ ÿ ÿ( )
12 2
ÿ
dimana adalah sudut antara normal bilayer dan medan magnet luar dan ÿ adalah sudut sesaat antara ikatan CH dan normal bilayer seperti ditunjukkan pada
Gambar 5.11.2 .
Gambar 5.11.2 : Definisi sudut yang digunakan dalam persamaan.
Jika garis normal bilayer bergetar pada sudut rata-rata ÿ , persamaannya

0 dapat diturunkan lebih lanjut sebagai:
3 cos2 (ÿ)ÿ1 3 cos2 (ÿ)ÿ1

2 2
(5.11.5)
ÿvQ (ÿ0) = ÿQ ÿ ÿÿ ÿ
dimana suku di dalam tanda kurung mewakili rata-rata waktu fluktuasi dan goyangan dan disebut tatanan segmental
parameter SCD .
3 cos2 (ÿ)ÿ1 3 cos2 (ÿ)ÿ1

2 2 SflucSwob
(5.11.6)
SCD = ÿ ÿÿ ÿ=
14
ÿ ÿ dapat menjadi
Q lebih rumit jika gerak cepat momen kuadrupolar tidak memiliki simetri aksial, atau jika N adalah
terlibat dalam interaksi kuadrupolar.
Bentuk garis NMR solid-state memberikan informasi orientasi. Untuk gerak lambat dengan waktu korelasi lebih besar dari 1/ÿ , Q
lebar garis akan tetap sama meskipun bentuk garis terdistorsi. Untuk gerak cepat seperti vesikel membran yang disonikasi, garis
bentuknya bisa dipersempit menjadi hanya satu garis.
Meskipun parameter dinamis SCD penting dapat diperoleh dari pemisahan kuadrupol, parameter urutan segmental di
lipid tidak dapat secara langsung menyimpulkan informasi struktural. Untuk memperoleh struktur rata-rata lengkap suatu molekul, seluruh ordonya
matriks, yang berisi sembilan elemen, perlu ditentukan. Tanpa matriks yang lengkap, spektrum hanya dapat memberikan probabilitas
dan batas-batas konformasi dengan cara yang tidak bergantung pada model. Itulah sebabnya parameter tatanan segmental dalam lipid sering dinyatakan
5.
dalam istilah yang sulit dipahami seperti ''probabilitas berada dalam trans konformasi'
J-Kopling
Kopling J, atau kopling skalar, adalah interaksi isotropik ikatan kimia. Ini adalah interaksi dipol-dipol tidak langsung yang dimediasi
oleh elektron lokal antara dua spin nuklir. J-coupling memberikan informasi tentang konektivitas molekul, ikatan
jarak, dan sudut ikatan. Intensitas kopling J relatif lemah dibandingkan dengan dipolar atau quadrupolar anisotropik
interaksi.
Pemintalan Sudut Ajaib

Teknik yang paling umum digunakan dalam NMR solid-state adalah Magic-Angle Spinning (MAS). Hal ini dikemukakan oleh ER Andrew, A.
11 13 . 2
Bradbury, dan RG Eades pada tahun 1958 ,Karena
dan olehinteraksi anisotropik
IJ Lowe pada mencakup
tahun 1959 ( 3 cos (ÿ)ÿ1 )
2
karena
istilahnya, dengan memutar sampel pada sudut ÿ = 54,74° dimana demikian ÿ = 1/3
3 cos2 (ÿ)ÿ1 = 0, (5.11.7)
kita dapat meminimalkan interaksi anisotropik dan hanya menyisakan interaksi isotropik. Sudut ini disebut dengan “Sudut Ajaib” dan
12 . MAS bisa
metode ini diistilahkan dengan “Magic-Angle Spinning” oleh Cornelis J. Gorter pada kongres AMPERE di Pisa pada tahun 1960
secara dramatis mengurangi pelebaran puncak akibat interaksi anisotropik dan memberikan resolusi yang lebih baik pada spektrum bulu lebih lanjut.
analisis dan identifikasi struktur.
Dengan menempatkan molekul pada sudut 54,74°, setiap ikatan mungkin memiliki orientasi yang berbeda, ÿÿ, terhadap Sudut Ajaib, namun
setelah menerapkan putaran cepat di sekelilingnya, orientasi semua momen dipolar akan rata-rata ke Sudut Ajaib. Sudut seperti yang
ditunjukkan pada Gambar berikut.
Gambar 5.11.3 : Sudut ajaib berputar untuk menghilangkan interaksi anisotropik.
Probe berputar digerakkan oleh udara atau gas nitrogen dengan frekuensi rotasi berkisar antara 1 hingga 130 kHz. Ketika frekuensi putaran
lebih besar dari lebar garis statis, anisotropi pergeseran kimia juga dapat dirata-ratakan menjadi nol. Interaksi kuadrupolar merupakan
12 2
interaksi anisotropik terkuat (170 kHz untuk ikatan C-H), oleh karena itu diperlukan frekuensi putaran 14
yang sangat tinggi untuk menghilangkan
kopling kuadrupolar, sehingga hanya menyisakan kopling J isotropik dalam spektrum.
Peningkatan Sensitivitas
Sensitivitas NMR solid-state dapat ditingkatkan dengan berbagai teknik. Seperti NMR fase cair biasa, medan magnet yang lebih tinggi dapat
meningkatkan efek Zeeman dan meningkatkan magnetisasi bersih akibat distribusi Boltzmann, sehingga meningkatkan
sensitivitas sinyal NMR. Polarisasi nuklir dinamis (DNP) juga merupakan15metode populer dalam NMR cair dan padat.
Dasar DNP sangat mirip dengan Nuclear Overhauser Effect (NOE) tetapi transfer saturasinya terjadi dari elektron ke inti, bukan dari inti ke
inti di NOE. Karena elektron yang tidak berpasangan diperlukan untuk menjadi jenuh, spesies diradikal harus berada di dekat inti target,
sehingga eksperimen berlabel spin sering kali diperlukan untuk melakukan peningkatan DNP. Cryoprobe juga merupakan teknik umum dalam
NMR keadaan cair. Kumparan dan preamplifier sinyal didinginkan dengan nitrogen cair atau aliran gas helium dingin untuk mengurangi
16.
kebisingan termal elektronik dan mencapai peningkatan empat kali lipat dalam rasio signal-to-noise.
Referensi
1. Piccoli, S.; Suku, E.; Garonzi, M.; Giorgetti, A., Prediksi Struktur Protein Membran Seluruh Genom. Genomik Saat Ini 2013,
14 (5), 324-9.
2. Hendrickson, WA, Analisis tingkat atom struktur protein membran. Struktur Nat Mol Biol 2016, 23 (6), 464-7.
3. Abe, K.; Fujiyoshi, Y., Mikroskop krio-elektron untuk analisis struktur protein membran dalam lapisan ganda lipid. Biol Struktur Opin
Saat Ini 2016, 39, 71-78.
4. Wylie, BJ; Lakukan, markas besar; Borcik, CG; Hardy, EP, Kemajuan dalam NMR solid-state protein membran. Mol Fisika 2016, 114
(24), 3598-3609.
5. Warschawski, DE; Traikia, M.; Devaux, PF; Bodenhausen, G., NMR solid-state untuk studi sistem membran: penggunaan interaksi
anisotropik. Biokimia 1998, 80 (5-6), 437-50.
6. Sperling, LJ; Berthold, DA; Sasser, TL; Jeisy-Scott, V.; Rienstra, CM, Strategi penugasan untuk protein besar dengan pemintalan
sudut ajaib NMR: enzim pembentuk ikatan disulfida 21-kDa DsbA. J Mol Biol 2010, 399 (2), 268-82.
7. Cegelski, L., Pendekatan NMR solid-state bottom-up dan top-down untuk komposisi matriks biofilm bakteri. J Magn Reson
2015, 253, 91-7.
8. Fu, R.; Wang, X.; Li, C.; Santiago-Miranda, AN; Pielak, GJ; Tian, F., Karakterisasi struktural in situ dari protein rekombinan dalam membran Escherichia coli
asli dengan NMR pemintalan sudut ajaib keadaan padat. J Am Kimia Soc 2011, 133 (32), 12370-3.
9. Beras, DM; Romaniuk, JA; Cegelski, L., REDOR selektif frekuensi dan relai difusi putaran dalam label utuh yang seragam
sel. Resonansi Nuklir Magn Padat 2015, 72, 132-9.
10. Cho MK, Gayen A, Banigan JR, Leninger M, Traaseth NJ., Plastisitas Konformasi Intrinsik dari EmrE Asli Memberikan
Jalur Resistensi Multi-Obat. J Am Kimia Soc 2014, 136, 8072-80.
11. Andrew, UGD; Bradbury, A.; Eades, RG, Spektrum Resonansi Magnetik Nuklir dari Kristal yang Diputar dengan Kecepatan Tinggi. Alam 1958,
182 (4650), 1659-1659.
12. Lowe, IJ, Peluruhan Induksi Gratis pada Padatan Berputar. Fis Rev Lett 1959, 2 (7), 285-287.
13. Hennel, JW; Klinowski, J., Pemintalan sudut ajaib: perspektif sejarah. Kimia Arus Teratas 2005, 246, 1-14.
14. Seelig, J., Resonansi magnetik deuterium: teori dan aplikasi pada membran lipid. Q Rev Biofisika 1977, 10 (3), 353-418.
15. Griffin, RG, Polarisasi nuklir dinamis frekuensi tinggi. Abstr Pap Am Kimia S 2005, 229, U721-U721.
16. Griffiths, J., Probe NMR solid-state. Kimia Anal 2008, 80 (5), 1381-1384.
5.11: NMR keadaan padat dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.12: Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR) Membran

Resonansi paramagnetik elektron (EPR) adalah teknik yang diterapkan di berbagai cabang ilmu pengetahuan, termasuk fisika, biologi, dan kimia.
Konsep dasar EPR diketahui analog dengan NMR Keadaan Padat , hanya saja putaran elektronlah yang tereksitasi dan bukan putaran inti atom. EPR
sering dianggap sebagai kelanjutan dari eksperimen terkenal yang dilakukan pada tahun 1922 oleh fisikawan Jerman Otto Stern dan Walter Gerlach,
yang menunjukkan bahwa momen magnet elektron dalam sebuah atom hanya dapat mengasumsikan orientasi diskrit dalam medan magnet, meskipun
atom bersifat bola. [1]. Pada tahun 1945, Zavoisky mencatat pengamatan pertama puncak EPR ketika ia mendeteksi garis serapan frekuensi radio dari
sampel CuCl ÿ 2H O [1]. 2 2
Sejak awal, EPR telah digunakan secara luas sebagai metode spektroskopi untuk menentukan dinamika, struktur, dan distribusi spasial spesies
paramagnetik [2].
Dasar-dasar EPR
Asal usul sinyal EPR Karena
sudah ada halaman yang didedikasikan untuk Resonansi Paramagnetik Elektron, halaman ini tidak akan membahas teori spesifik di balik cabang
spektroskopi resonansi magnetik ini. Sebaliknya, gambaran singkat tentang asal usul sinyal EPR akan dirangkum. Momen magnet suatu molekul
terutama disumbangkan oleh elektron yang tidak berpasangan. Jika medan magnet luar diperbesar, jarak antara dua tingkat energi akan melebar
hingga setara dengan energi gelombang mikro. Fenomena ini diwakili oleh panah ganda pada diagram berikut [3].
Gambar 5.12.1 . Tingkat energi untuk spin elektron (M = ±1/2) dalam

S medan magnet yang diterapkan B [3] 0
Selama kondisi resonansi, ÿE = hv terpenuhi, elektron yang tidak berpasangan dapat berpindah antara dua tingkat energi dengan menyerap atau
B0 ,
memancarkan foton berenergi hv. Selisih kedua keadaan energi tersebut dapat dituliskan sebagai ÿE = hv = gÿ B dimana g adalah faktor g elektron
dengan nilai 2,002 319 304 386 [4] dan ÿ adalah magneton Bohr. Ketika intensitas medan
B magnet yang diterapkan meningkat, perbedaan energi
antara tingkat energi meningkat hingga sesuai dengan radiasi gelombang mikro, sehingga mengakibatkan penyerapan foton. Ini adalah prinsip dasar
di balik spektroskopi EPR.
Kopling Sangat Halus
Masuk akal untuk berasumsi bahwa seluruh spektrum EPR untuk satu putaran elektron harus terdiri dari satu garis karena sumber spektrum EPR
adalah perubahan keadaan putaran elektron. Sebaliknya, interaksi elektron yang tidak berpasangan melalui momen magnetnya dengan putaran inti di
dekatnya menyebabkan pembentukan keadaan energi tambahan yang diperbolehkan, yang selanjutnya akan menghasilkan spektrum multilini. Dalam
hal ini, jarak antara garis spektral EPR menunjukkan tingkat interaksi antara elektron yang tidak berpasangan dan inti yang terganggu. Konstanta
kopling hiperhalus suatu inti dikaitkan dengan jarak garis spektral [3].
Kopling dimoderasi oleh dua proses: dipolar (melalui ruang) dan isotropik (melalui ikatan) [5].
Elektron dan inti dapat berinteraksi melalui dua metode standar: interaksi kontak Fermi dan interaksi dipolar. Interaksi kontak Fermi berlaku terutama
pada kasus interaksi isotropik, yang tidak bergantung pada orientasi sampel dalam medan magnet.
Sebaliknya, interaksi dipolar berlaku untuk interaksi anisotropik, yang spektrumnya bergantung pada orientasi sampel dalam medan magnet. Polarisasi
spin adalah metode ketiga untuk interaksi antara elektron tidak berpasangan dan spin nuklir dan sangat penting untuk radikal organik elektron ÿ [1].
Metode Pelabelan Putar
Karena sebagian besar sampel kimia dan biologi yang diinginkan untuk spektroskopi EPR tidak memiliki elektron stabil yang tidak berpasangan,
sebagian besar mekanisme EPR bergantung pada penggunaan reagen pelabelan spin. Oleh karena itu, suatu radikal harus dimasukkan, yang
biasanya disebut sebagai label spin atau probe spin. Radikal yang paling sering digunakan adalah radikal nitroksida, yang menampilkan struktur
hiperhalus tiga garis yang bentuk puncak dan pemisahannya bergantung pada lingkungan radikal. Label nitroksida ini memonitor
gerakan. Bentuk sinyal EPR juga bergantung pada orientasi medan magnet relatif terhadap sumbu radikal.
Oleh karena itu, metode spin probe dapat digunakan untuk mempelajari lingkungan radikal, yang juga merupakan struktur polimer pada tingkat molekuler [1].
Umumnya, turunan 2,2,6,6-tetramethyl-1-piperidinyloxy (TEMPO) digunakan karena menawarkan stabilitas yang memadai pada elektron tidak berpasangan dan
sensitivitas EPR yang luar biasa yang dicampur dengan gugus yang dapat disesuaikan untuk mengikat sampel melalui reaksi kimia itu sendiri.
Gambar 5.12.2 menunjukkan spektrum EPR larutan TEMPO dalam air (0,02% berat). Spektrum tersebut mengandung tiga puncak simetris karena radikal NO*
dari TEMPO (atau dengan turunan asam 5-, 12-, dan 16-doksilstearat) bebas bergerak di sekitar larutan. Ketiga puncak tersebut hampir sama tinggi dan simetrinya
[6].
Gambar 5.12.2 : Spektrum resonansi paramagnetik elektron larutan TEMPO dalam air (0,02% berat) [6]
Diagram Blok Spektrometer EPR

Gambar 5.12.3 menggambarkan diagram blok untuk spektrometer EPR standar. Klystron umumnya digunakan sebagai sumber radiasi.
Klystron adalah tabung vakum yang dikenal sebagai sumber gelombang mikro yang stabil dan berdaya tinggi, yang memiliki karakteristik kebisingan rendah
sehingga memberikan sensitivitas tinggi. Kebanyakan spektrometer EPR beroperasi pada frekuensi sekitar 9,5 GHz, yaitu sekitar 32 mm [1]. Radiasi dapat
mengenai sampel secara terus menerus atau berdenyut. Sebagian besar aplikasi EPR menggunakan metode gelombang kontinu karena perekaman dan
interpretasi spektrum pulsa EPR memerlukan peralatan teknis yang canggih dan latar belakang teori yang lebih maju. Sampel ditempatkan dalam rongga resonansi
antara dua elektromagnet, yang memungkinkan gelombang mikro melalui iris. Beberapa jenis dioda solid-state sensitif terhadap energi gelombang mikro, sehingga
memungkinkan garis serapan terdeteksi ketika pemisahan tingkat energi sama atau sangat dekat dengan frekuensi foton gelombang mikro yang datang. Dalam
prakteknya, sebagian besar komponen eksternal terbungkus dalam kontrol jembatan gelombang mikro [7].
Gambar 5.12.3 . Diagram blok untuk spektrometer resonansi paramagnetik elektron tipikal [7]
Contoh Aplikasi EPR pada Membran

Fungsi Membran Eritrosit Pada tahun 2000, Tsuda
dkk. melakukan penelitian menggunakan spektroskopi EPR dan spin-labeling untuk mengetahui peran nitric oxide (NO) dalam regulasi fungsi membran eritrosit
pada pasien dengan hipertensi esensial. Donor NO S-nitroso-N-acetylpenicillamine (SNAP) menurunkan parameter urutan (S) untuk 5-nitroxide stearate (5-NS)
dan rasio tinggi puncak (h /h ) untuk 16-NS yang diperoleh dari spektrum EPR eritrosit membran dengan cara yang tergantung pada dosis [8]. Gambar 5.12.4
0 -1
menggambarkan spektrum EPR eritrosit untuk agen spin-label asam lemak yang diperoleh penulis. Spektrum EPR digunakan untuk membedakannya
perubahan kebebasan bergerak pada membran biologis dan memberikan kontribusi indikasi fluiditas membran. Dalam spektrum EPR
untuk 5-NS, penulis mengevaluasi nilai pemisahan hyperfine luar dan dalam untuk menghitung parameter urutan (S). Di EPR
spektrum untuk 16-NS, mereka menggunakan nilai rasio ketinggian
o -1 puncak (h /h) untuk memastikan indeks fluiditas membran [8].
Gambar 5.12.4 : Spektrum EPR standar eritrosit untuk agen spin-label asam lemak (5-NS dan 16-NS). Parameter pesanan (S),
pemisahan hyperfine luar (T'), pemisahan hyperfine dalam (T' ), konstanta
ÿ hyperfine (T dan T ), rasio tinggi
zz puncakxx (h /h ). Itu o -1
semakin tinggi nilai parameter orde dan rasio tinggi puncak maka semakin rendah fluiditas membran eritrosit [8].
Transportasi Oksigen dalam Membran Tilakoid

Pada tahun 1998, Ligeza dkk. menggunakan spektroskopi EPR untuk mempelajari transpor oksigen dalam membran tilakoid kloroplas bayam dengan
mengamati tumbukan molekul oksigen dengan label spin [9]. Lebar garis spektrum EPR diukur dengan adanya dan
tidak adanya oksigen molekuler digunakan untuk memperkirakan tingkat tumbukan. Selain itu, penulis memperkirakan permeabilitas oksigen
koefisien membran tilakoid dari profil produk konsentrasi difusi oksigen melintasi membran. Ini
profil dikembangkan dengan memeriksa perluasan oksigen dari spektrum EPR label spin yang larut dalam lemak yang terletak di banyak
jarak dari permukaan membran, yang ditentukan oleh produk konsentrasi oksigen lokal dan oksigen lokal
koefisien difusi. Dengan menggunakan hasil ini, mereka dapat menghitung perbedaan konsentrasi oksigen yang dapat dihasilkan
melintasi membran tilakoid selama penerangan kloroplas. Mereka menyimpulkan bahwa dalam kondisi stabil, oksigen
perbedaan konsentrasi melintasi membran tilakoid seharusnya tidak penting [9].
Lebih lanjut, Ligeza dkk. menunjukkan bahwa setiap tumbukan oksigen dengan radikal nitroksida dalam air mengkatalisis garis yang dapat diamati
perluasan spektrum EPR. Hasil ini memungkinkan mereka untuk menghubungkan persamaan Smoluchowski untuk molekul yang bertabrakan [10],
ÿ = 4ÿpRD(x)C(x), (5.12.1)
dengan perluasan garis yang diinduksi oksigen pada spektrum label putaran EPR:
ÿ = ÿ3/2ÿÿHpp(x). (5.12.2)
C(x) konsentrasi oksigen lokal pada tekanan parsial oksigen 1 atm, adalah jarak interaksi R
dimana adalah antara oksigen dan
radikal nitroksida, adalah
p probabilitas bahwa suatu peristiwa yang dapat diamati dicatat ketika tumbukan terjadi, adalah difusi D(x)
konstan, ÿ rasio magnetogyric elektron [10].
ÿHpp(x) adalah pelebaran garis puncak-ke-puncak yang diinduksi oksigen, dan merupakan
Lebar garis komponen utama spektrum spin-label EPR pada akhirnya digunakan sebagai parameter yang paling sensitif
mengevaluasi efek perluasan oksigen terlarut dalam lapisan ganda lipid [9].
Oksidasi Membran Lipid

Spektroskopi EPR juga telah digunakan dalam studi proses penuaan dan perkembangan penyakit terkait usia. Gabbit dkk
Al. menggunakan spektroskopi EPR bersama dengan label putaran spesifik lokasi untuk menyelidiki beberapa hipotesis terkait apakah atau tidak
stimulasi suksinat pada mitokondria menghasilkan modifikasi oksidatif lipid membran. Hipotesis utama bahwa
yang penulis uji adalah bahwa pembatasan kalori melindungi mitokondria otak dan komponen biomolekulernya serta menurunkan metabolisme
pembentukan radikal oksigen, sehingga memodulasi regulasi kerusakan membran lipid [11]. Mirip dengan Tsuda dkk sebelumnya
menganalisis penelitian, Gabbita et al. memperoleh spektrum EPR untuk 5-NS. Setelah inkubasi 3 jam pada suhu 22°C, pengukuran EPR dilakukan
amplitudo (B ) dari
0 garis resonansi pusat sinyal 5-NS dan parameter fluiditas (T ' dan T ') dilakukan, yaitu || ÿ
ditampilkan pada Gambar 5.12.5 .
Gambar 5.12.5 . Struktur dan perwakilan spektrum EPR 5-NS [11]

Sinyal 5-NS EPR mencerminkan rata-rata semua membran berlabel yang ada dalam populasi campuran sinaptosom dan
mitokondria dan dipengaruhi oleh komposisi lipid membran. Dari hasil tersebut, penulis menyimpulkan bahwa secara keseluruhan
efek konsentrasi suksinat diamati sehubungan dengan hilangnya amplitudo sinyal 5-NS dan penurunan urutan sinaptosomal dan
Membran lipid mitokondria menunjukkan bahwa stres metabolik yang diinduksi pada mitokondria dapat menyebabkan peningkatan produksi
radikal oksigen melalui wilayah kompleks II-ubiquinone-sitokrom b dari rantai transpor elektron. Ada yang tergantung dosis
penurunan amplitudo sinyal 5-NS konsisten dengan peningkatan pembentukan radikal oksigen pada sistem pernapasan mitokondria
stimulasi dengan suksinat.
Keuntungan Kekurangan
Dapat dilakukan dengan sangat cepat (15-20 menit) Hanya dapat digunakan untuk mengidentifikasi radikal bebas
Selektivitas yang lebih baik daripada spektroskopi NMR Proses harus dilakukan pada suhu rendah
Berbeda dengan kristalografi sinar-X, EPR tidak memerlukan kristal protein Memerlukan beberapa mutasi yang diarahkan ke lokasi
Hasilnya mudah dipahami dan dipahami Hanya dapat memberikan batasan jarak yang sedikit
Protein diberi label sebelum fibrilasi, sehingga tidak perlu ditusuk

inti fibril
Referensi
1. Weil, JA dan JR Bolton, Resonansi Paramagnetik Elektron: Teori Dasar dan Aplikasi Praktis. Wiley, Baru
York, 2007: hal. 3.
2. Schweiger, A., dan Gunnar Jeschke. Prinsip Resonansi Paramagnetik Elektron Pulsa. Oxford, Inggris: Universitas Oxford
Pers, 2001.
3. Khulbe, KC, AF Ismail, T. Matsuura, Bab 3 - Spektroskopi Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR), Membran
Karakterisasi, Elsevier, 2017, hal. 47-68.
4. Odom B., Hanneke D., D'Urso B., Gabrielse G. Pengukuran baru momen magnet elektron menggunakan satu elektron
siklotron kuantum. Surat Tinjauan Fisik, 2006, 97(3).
5. Cammack, R., EPR, Metode, Ensiklopedia Spektroskopi dan Spektrometri, 1999, hal. 457-469.
6. Khulbe, KC, F. Hamad, C. Feng, T. Matsuura, T. Gumi, C. Palet, spektrum ESR spin probe dalam membran PPO, Polimer, 44,
2003, hal. 695-701.
7. Kwon, J., Shahbaz, H., Ahn, J. Spektroskopi Resonansi Paramagnetik Elektron Tingkat Lanjut untuk Identifikasi Iradiasi
Makanan. Laboratorium Amerika, 2014, 46. hal.1-4.
8. Tsuda, K., K. Kimura, I. Nishio, Y. Masuyama. Oksida nitrat meningkatkan fluiditas membran eritrosit secara penting
hipertensi: penyelidikan resonansi paramagnetik elektron. Biokimia. Biofisika. Res. Kommun., 275 (3), 2000, hal. 946-954.
9. Ligeza, A., dkk. Permeabilitas oksigen membran tilakoid: studi pelabelan putaran resonansi paramagnetik elektron. Biokimia.
Biofisika. Acta, 1998, 1365 (3), hal. 453-463.
10. Hyde, JS, WK Subczynski, LJ Berliner, J. Reuben, Resonansi Magnetik Biologis, Vol. 8, Pelabelan Putar: Teori dan
Aplikasi, Pleno, New York, 1989, hal. 399-425.
11. SP Gabbita, DA Butterfield, K. Hensley, W. Shaw, JM Carney. Penuaan dan pembatasan kalori mempengaruhi mitokondria
status pernapasan dan membran lipid: penyelidikan resonansi paramagnetik elektron. Radikal Bebas. biologi. Med., 23, 1997, hal. 191-201.
5.12: Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR) Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
5.13: Hamburan Sinar-X Membran

Hamburan membran mencakup berbagai macam metode untuk mengkarakterisasi membran lipid. Misalnya, beberapa teknik populer termasuk reflektivitas
dan difraksi sinar-X atau neutron, mikroskop sudut Brewster, ellipsometri, interferometri sinar-X, spektroskopi adsorpsi refleksi inframerah, spektroskopi
pembangkitan frekuensi jumlah getaran, dan teknik hamburan elektron seperti SEM atau TEM [3] [4]. Metode ini dapat digunakan dengan berbagai jenis
model membran yang berbeda (dijelaskan secara singkat di bawah). Agar singkatnya, artikel ini hanya akan fokus pada reflektivitas sinar-X dan neutron
sudut kecil serta difraksi sinar-X sudut kecil.
Motivasi di balik reflektifitas sinar-X dan neutron serta difraksi sinar-X sebagian besar untuk mengkarakterisasi struktur membran lipid seperti ketebalan
membran, organisasi sel satuan, atau di mana protein lebih suka berada di dalam membran. Untuk hamburan sinar-x dan neutron, pengukuran dilakukan
menggunakan membran model datar yang berada pada antarmuka udara-air atau pada substrat yang didukung. Artikel ini akan memberikan gambaran
singkat tentang teknik hamburan membran yang umum dan memberikan beberapa informasi latar belakang tentang membran model datar.
**catatan untuk pembaca: software text editor pada website ini tidak mendukung simbol huruf yunani, sehingga pada teks huruf kecil 'A' dan simbol alpha
akan tampil sama. Untungnya saya percaya bahwa, dengan menggunakan konteks kalimat, seseorang seharusnya dapat menentukan arti dari variabel-
variabel dalam pendahuluan ini, meskipun saya dengan tulus meminta maaf atas ketidaknyamanan ini.
Gambar 5.13.1 : Kartun membran fosfolipid bilayer [9]
Membran Model
Karena kompleksitas sel biologis dan membran plasma yang sangat besar, peneliti sering menggunakan model membran yang disederhanakan untuk
mempelajari aspek spesifik tentang fungsi membran biologis atau untuk membuat membran lebih mudah diukur.
Yang penting, membran model tidak sepenuhnya berperilaku seperti membran alami, dan lebih bertindak sebagai panduan yang menunjukkan perilaku
apa yang paling mungkin ditunjukkan pada membran sebenarnya. Selain itu, berbagai jenis model membran juga dapat bertindak berbeda; makalah ini
oleh Lab Kuhl di UC Davis mengeksplorasi beberapa perbedaan struktural menggunakan difraksi sinar-X [2].
Untuk percobaan hamburan sudut kecil, hanya model membran dengan permukaan datar yang dapat digunakan, yang meliputi membran monolayer,
membran bilayer terdukung, dan membran multilapis/multilamelar terdukung. Hal ini karena berkas cahaya yang masuk mendekati sampel secara horizontal
dan memiliki tapak yang lebih panjang karena sudut datangnya kira-kira 1ÿ.
Gambar 5.13.2 : Kartun membran bilayer yang didukung [10]
Gambar 5.13.3 : Kartun lapisan tunggal mengambang di palung Langmuir-Blodgett (perhatikan fungsi penghalang bergerak untuk mengatur tekanan permukaan
membran model) [11]
Teknik Karakterisasi Hamburan Meskipun

tebalnya hanya beberapa nanometer, lapisan ganda terdiri dari beberapa daerah kimia yang berbeda melalui penampang melintangnya.
Selama beberapa dekade terakhir reflektivitas neutron, reflektivitas sinar-X, dan difraksi sinar-X penting untuk mengkarakterisasi fase, interaksi, dan
struktur nano membran.
SAXS Hamburan Sinar-X Sudut Kecil (atau Reflektivitas Sinar-X)

Hamburan Sinar-X sudut kecil (SAXS), atau reflektifitas sinar-X, adalah teknik yang dapat mengukur kerapatan elektron rata-rata pada lapisan permukaan
tipis. Teknik ini dapat menyelesaikan tinggi rata-rata sebuah monolayer dengan resolusi sub-angstrom, namun memiliki keterbatasan yaitu hanya bekerja
pada arah luar bidang z dan hanya mampu menampilkan data rata-rata dari area sampel yang relatif besar. Namun, salah satu keunggulannya adalah,
tidak seperti GIXD (dijelaskan selanjutnya), SAXS tidak terbatas hanya bekerja dengan fase terurut dan dapat menentukan posisi gugus kepala dan
gugus ekor rantai asil molekul fosfolipid. Selain itu, SAXS mempunyai keuntungan karena hal ini dapat dilakukan (walaupun mungkin tidak mudah dalam
banyak kasus) dengan sumber sinar-X non-sinkronisasi dengan intensitas sinar-X yang masih cukup tinggi (seperti sumber sinar-X yang berputar atau
anoda cair) .
Konsep dasar di balik SAXS adalah sinar-X yang masuk akan menghamburkan elektron dalam sampel (dalam hal ini model membran).
Karena membran menciptakan antarmuka, hukum Snell dan Fresnel dapat digunakan untuk memprediksi di mana dan dengan intensitas berapa sinar-
X akan menyebar ke arah yang tidak sesuai bidangnya. Intensitas hamburan ini ternyata merupakan fungsi dari kerapatan elektron rata-rata pada arah
z. Jadi, untuk menentukan kerapatan elektron suatu sampel, dibuat model kerapatan elektron sampel dan disempurnakan hingga cocok dengan data
reflektifitas.
Pertama-tama, gelombang yang datang pada antarmuka yang sangat tajam akan dipantulkan atau dibiaskan menurut hukum Snell (yang mempunyai
bagian sinus dan cosinus) dimana a dan
R
SAYA
a adalah kejadian dan mencerminkan intensitas:
Gambar 5.13.4 : Klip dari artikel review yang menunjukkan skema hukum Snell, menunjukkan berkas sinar-X yang masuk pada sudut ÿ sebagai
,
serta berangkat pada sudut ÿ dan dibiaskan pada sudut ÿ'. Sinar masuk I mempunyai vektor gelombang k yang dimiliki sinar pantul
SAYA
R
vektor gelombangR ,k dan sinar bias mempunyai vektor gelombang k' Indeks
T . bias n udara dinyatakan sebagai 1, dan indeks biasnya adalah
diberikan oleh persamaan kompleks, di mana ÿ bergantung pada adsorpsi dan ÿ bergantung pada panjang hamburan. [7]
Sudut pantulan sinar juga biasa digambarkan dengan transfer vektor gelombang di luar bidang q , yaitu selisihnya z
antara sinar pantul dan sinar datang, seperti gambar dibawah ini.
Gambar 5.13.5 : Perpindahan vektor gelombang keluar bidang q ditunjukkan

z sebagai fungsi sudut ÿ dan sebagai selisih antara
sinar datang k dan sinar pantul k [7]
Saya F
Salah satu perilaku aneh dan penting yang terkait dengan pemantulan adalah ketika sudut ÿ semakin kecil, maka semakin banyak sinar yang masuk
dipantulkan, bukan dibiaskan, hingga akhirnya pada sudut kritis ÿ berkas dipantulkan seluruhnya.
C
Untuk membran lipid, sudut ini adalah
pada urutan sekitar 1ÿ. Pengertian sudut kritis pemantulan total adalah:
2 4ÿ
C ÿav | (5.13.1)
ÿ ÿ ( ) | k2
Hal ini dapat dengan mudah divisualisasikan dalam grafik di bawah ini, yang mana sebagai sudut (diberikan sebagai sudut dibagi sudut kritis,
yang sama dengan perpindahan vektor gelombang dibagi dengan perpindahan vektor gelombang pada sudut kritis) berkurang, intensitas pantulan
meningkat. Grafik juga berfungsi untuk menunjukkan bagaimana perilaku adsorpsi yang tidak ideal dapat mempengaruhi intensitas sinar pantul bahkan di bawah
panjang gelombang kritis.
Gambar 5.13.6 : Grafik ini menunjukkan bagaimana ketika sudut mencapai sudut kritis, reflektifitas mencapai maksimum yang sesuai dengan pantulan seluruh
sinar datang dan bukannya dibiaskan pada antarmuka [7]. Sebagai catatan tambahan, ini adalah konsep yang sama yang digunakan kabel serat optik untuk
menjaga agar cahaya yang merambat sepanjang kabel tersebut tidak keluar.
Eksperimen harus dilakukan mendekati sudut kritis ini untuk mencapai reflektifitas yang cukup tinggi sehingga seseorang dapat memperoleh sinyal yang berarti dari
pengukurannya.
Hukum Fresnel, elemen reflektifitas penting berikutnya, dapat diturunkan dengan menggunakan hukum Snell, definisi sudut kritis, dan persamaan kompleks untuk indeks
bias. Itu dapat diberikan sebagai:
atau
Dimana R didefinisikan sebagai perbandingan antara intensitas sinar datang dan sinar pantul. Reflektivitas kemudian, juga dikenal sebagai reflektivitas Fresnel, dinyatakan
sebagai kuadrat besaran R.
Saat sebenarnya mengukur reflektifitas suatu sampel, kedua nilai ini sangat penting karena intensitas yang dipantulkan suatu sampel
Sinar X-ray dari sampel dicatat sebagai R/R .
F
Pada kenyataannya, karena antarmuka tidak tajam secara ideal, reflektifitas Fresnel dan hukum Fresnel seperti yang ditunjukkan di atas tidak berlaku sebagaimana adanya.
Perkiraan kinematik menjelaskan perilaku tidak ideal dan memberikan reflektifitas Fresnel yang dimodifikasi sebagai:
Persamaan ini juga digunakan untuk menentukan bagaimana kerapatan elektron ÿ menentukan intensitas pantulan yang diamati. Dengan membangun model kerapatan
elektron, seseorang dapat bekerja mundur menggunakan persamaan ini untuk menyesuaikan kerapatan elektronnya dengan pantulan yang diamati, dan dengan demikian
membangun model akurat kerapatan elektron rata-rata sampelnya dalam arah z.
Sebagai referensi, spektrum reflektifitas dan profil kerapatan elektron yang cocok ditunjukkan di bawah ini. Data tersebut untuk lapisan tunggal lipid dalam palung Langmuir.
Dalam profil kerapatan elektron, gugus kepala lipid, ekor rantai asil, dan lokasi antarmuka udara dan air semuanya dapat ditentukan.
Angka 5.13.7 : Grafik reflektifitas dan salah satu spektrum kerapatan elektron untuk lapisan tunggal lipid [20]
Difraksi Sinar-X Insiden Penggembalaan (GIXD)

GIXD, juga disebut difraksi sinar-X sudut kecil, adalah teknik lain yang menggunakan pendekatan sudut kecil. Selain itu, karena
intensitas sinar-X yang sangat tinggi diperlukan untuk melakukan eksperimen difraksi pada membran lipid, studi GIXD paling sering
dilakukan pada sumber sinkrotron.
GIXD dapat menyelesaikan susunan atom dan dimensi sel satuan (hingga 0,1 angstrom terdekat) dari membran lipid dan dapat
mengukur sudut kemiringan ekor lipid hingga beberapa derajat. Sebagai satu-satunya teknik yang dapat mengukur organisasi lateral
membran lipid pada skala nano, teknik ini menjadi sangat berguna untuk menyelidiki teori rakit lipid yang kontroversial.
Gambar 5.13.8 : Klip dari artikel ulasan (disebutkan dalam bacaan lebih lanjut) yang menunjukkan pengaturan eksperimental untuk GIXD dari a
membran monolayer pada fasilitas sinkrotron [7]
Namun, GIXD terbatas karena diperlukan keteraturan tingkat tinggi untuk difraksi, dan bahkan fase membran lipid yang terurut
hanya membentuk fase heksatik (fasa kristal cair yang memiliki tingkat orde jarak pendek yang tinggi tetapi tidak memiliki orde jarak jauh). Ini mengarah
banyak keterbatasan yang dihadapi teknik ini. GIXD tidak dapat “melihat” gugus kepala lipid karena hanya ekor rantai asil yang dapat melihatnya
dipesan cukup untuk difraksi. Meski begitu, karena rotasi rantai asil dan kurangnya keteraturan jarak jauh, difraksi hanya dapat terjadi
diamati dari seluruh unit ekor lipid dan bukan dari atom individu yang menyusun ekor lipid seperti pada kebanyakan bahan. Faktanya
bahwa hanya rantai asil dan bukan atom individu yang berdifraksi yang menyebabkan membran lipid monolayer dan bilayer (tetapi tidak multilayer) terdifraksi.
hanya menunjukkan perilaku difraksi 2 Dimensi; yaitu alih-alih mengamati sel satuan kubik atau ortorombik, seseorang akan mengamati
sel satuan persegi atau persegi panjang dalam membran lipid.
Pada saat GIXD dilakukan, sinar X datang mendekati sampel dengan vektor gelombang k dengan sudut ÿ lebih kecil dari sudut kritis.
Saya Saya
sudut pantulan total ÿ .

C Karena terjadi pemantulan total, maka ketika sinar-X bersentuhan dengan sampel, maka akan terjadi kilatan cahaya
gelombang di bagian atas ~10 nm sampel alih-alih menembus lebih dalam. Artinya, teknik ini sangat sensitif terhadap permukaan
dan hanya mampu mengukur 10 nm teratas suatu sampel, yang sangat berguna untuk mempelajari membran lipid (lapisan ganda adalah
tebalnya sekitar 5-7 nm). Sinar-X kemudian didifraksikan dari bidang Miller dalam sampel dengan vektor gelombang baru k The F
.
Selisih antara k dan k disebut

F perpindahan vektor gelombang, dilambangkan dengan q. q kemudian dapat dibagi lagi menjadi transfer vektor gelombang
Saya
dalam bidang dan luar bidang, masing-masing

xy
q dan
z q . q berhubungan
z dengan sudut luar bidang seperti yang ditunjukkan pada pantulan sinar-X
bagian, sedangkan q berhubungan dengan sudut 2ÿ dalam bidang yang digunakan dalam eksperimen difraksi sinar-X standar dengan (dengan ÿ sebagai sinar-X
xy
panjang gelombang):
Gambar 5.13.9 : Skema sinar X-ray yang mendifraksikan sampel dalam eksperimen GIXD [16]
Setelah berkas difraksi, pola difraksi yang dihasilkan dikumpulkan oleh sensor sinar-X dan kebisingan latar belakang dikurangi.
(yang dalam beberapa kasus bisa sangat sulit). Setelah latar belakang dikurangi, pola yang mirip dengan di bawah ini dapat dibuat
dianalisis.
Gambar 5.13.1 0: Pola difraksi GIXD yang dikurangi latar belakang. Pola difraksi ini mempunyai dua puncak difraksi yang terlihat [17]
Untuk menganalisis polanya, diintegrasikan pada q untukz menghasilkan spektrum puncak Bragg dan diintegrasikan pada q untuk menghasilkan batang Bragg
xy
spektrum [17]. Namun, penting untuk dicatat bahwa dibandingkan dengan pola difraksi sinar-X standar, pelat gambar GIXD saja
mencakup sebagian kecil dari spektrum 2ÿ, sehingga sangat sedikit puncak yang diamati secara umum.
Gambar 5.13.1 1: Puncak Bragg dan batang Bragg dari sampel yang hanya memiliki satu puncak difraksi terlihat [18]
Puncak Bragg dapat diindeks menggunakan hukum Bragg atau metode standar lain (seperti bola Ewald) untuk menganalisis pola difraksi. Batang Bragg untuk
membran lipid umumnya lebih sulit dianalisis secara langsung dan diselidiki dengan membuat model struktur difraksi yang mencakup kemiringan rantai asil) dan
mengukur seberapa cocok prediksi difraksi dari model dengan pola batang Bragg yang diamati. Dari metode ini, simetri dan ukuran sel satuan dapat dihitung.
Selain itu, panjang koherensi dalam bidang L dihitung C, yang merupakan ukuran sejauh mana tatanan kristal jarak pendek dapat diperluas
menggunakan lebar penuh setengah maks (fwhm) dari puncak Bragg:
Reflektivitas Neutron
Hamburan neutron umumnya mengikuti metode matematika dan eksperimen yang sama seperti hamburan sinar-X. Namun, prinsip dasarnya dan informasi yang
dapat diambilnya sedikit berbeda, karena alih-alih menghamburkan elektron dalam suatu sampel, neutron malah menghamburkan inti atom dalam suatu sampel.
Oleh karena itu, neutron, tidak seperti sumber hamburan umum lainnya, akan berinteraksi secara berbeda dengan isotop terpisah dari atom yang sama. Hal ini
terutama terlihat pada hidrogen dan deuterium, yang merupakan hal yang mudah dilakukan karena semua molekul organik yang biasanya terdapat dalam membran
biologis memiliki banyak gugus hidrogen. Oleh karena itu, merupakan hal yang umum untuk memberi label pada protein, air, atau benda lain yang menarik dengan
deuterium dan menggunakan reflektifitas neutron untuk menemukan lokasinya di dalam membran [5].
5.13.1 panjang 2: Perbedaan antara garis putus-putus dan garis tersegmentasi menunjukkan perbedaan ekstrim antara panjang hamburan neutron. Gambar
hamburan untuk air hidrogen dan air deuterium (panjang hamburan merupakan faktor penting dalam menentukan intensitas pantulan). Sementara sinar-X,
yang diwakili oleh garis padat, tidak menunjukkan perbedaan hamburan yang dapat diamati antara air hidrogen dan air deuterium.
Salah satu jenis studi refleksi neutron yang umum digunakan adalah untuk menentukan bagaimana protein virus dapat menembus membran sel. Dengan
menggunakan air deuterium di satu sisi membran dan air hidrogen di sisi lain membran, para ilmuwan dapat mengamati bagaimana air perlahan-lahan
melintasi membran seiring dengan penambahan lebih banyak protein [21]. Ini adalah contoh bagus tentang bagaimana neutron umumnya digunakan untuk
mengamati fenomena yang sangat spesifik, biasanya melalui pelabelan deuterium.
Sayangnya, salah satu kendala tersulit yang terkait dengan neutron adalah intensitas sumber neutron yang sangat rendah. Hal ini berarti diperlukan waktu
lebih lama untuk menjalankan eksperimen hamburan neutron dibandingkan eksperimen hamburan sinar-X yang setara. Namun, hal ini juga membuat
eksperimen difraksi neutron pada membran lipid menjadi sangat sulit dan eksperimen difraksi neutron membran saat ini sangat jarang dan hanya dapat
menggunakan membran model lipid multilapis; jenis membran ini memiliki sinyal difraksi yang jauh lebih kuat dibandingkan lapisan tunggal atau lapisan
ganda [6].
Sumber Sinar
Semua teknik hamburan membran memerlukan beberapa jenis gelombang atau partikel, seperti berkas sinar-X atau neutron, untuk dipercepat menuju
sampel. Efeknya kemudian diukur dan inilah bagaimana sifat-sifat sampel ditentukan. Seringkali memahami sumber partikel atau gelombang seringkali
merupakan bagian integral dari pemahaman metode eksperimen.
Sumber Sinar-X
Karena sinar-X menghamburkan elektron dan sebagian besar membran lipid hampir seluruhnya terdiri dari unsur-unsur yang lebih ringan, yang berarti
mereka memiliki kerapatan elektron yang rendah, akan sulit untuk mendapatkan rasio sinyal terhadap noise yang signifikan dengan hamburan sinar-X pada
membran lipid. . Oleh karena itu, penggunaan sumber sinar-X sinkrotron sangat umum sehingga dengan menggunakan intensitas sinar-X yang jauh lebih
tinggi, akan lebih mudah untuk menentukan data yang berarti dari kebisingan latar belakang. Selain memiliki intensitas sinar-X yang sangat tinggi (yang
berarti fluks foton sinar-X yang tinggi), hal ini juga mempunyai keunggulan energi foton yang bervariasi. Selain itu, karena intensitasnya yang tinggi, sinkrotron
mampu menyelesaikan eksperimen jauh lebih cepat dibandingkan sumber sinar-X lainnya. [1]
Sinkronisasi, yang merupakan fasilitas besar dengan cincin penyimpan elektronnya yang sering kali berdiameter sekitar satu kilometer, beroperasi dengan
mempercepat elektron atau positron hingga mendekati kecepatan cahaya dan kemudian memaksanya berosilasi. Dalam proses osilasi, elektron
memancarkan sinar-X yang dapat monokromatik (biasanya melalui difraksi dari kristal tunggal germanium) dan kemudian difokuskan pada sampel
menggunakan optik sinar-X.
Gambar 5.13.1 3: Penjelasan yang mencakup fungsi dasar sinkrotron yang diterbitkan oleh lab sinkrotron Spanyol ALBA [14]
Untuk eksperimen reflektifitas membran yang tidak memerlukan sinar-X intensitas tinggi, sumber sinar-X anoda berputar atau anoda cair juga dapat
berguna (namun, sumber sinar-X generasi sebelumnya seperti sumber sinar-X tabung tertutup standar mungkin tidak memiliki intensitas yang cukup
tinggi). Misalnya, pengukuran reflektifitas sinar-X lapisan tunggal kemungkinan dapat dilakukan dengan salah satu lapisan ini karena lapisan tunggal
memberikan rasio sinyal terhadap kebisingan yang relatif besar dan ruang sampelnya memiliki tingkat penyerapan sinar-X yang sangat kecil.
Gambar 5.13.1 4: Skema sumber sinar-X anoda berputar. [15] Membuat perangkat ini dapat diandalkan merupakan lompatan teknologi pada pertengahan tahun
1900-an karena ruang bagian dalam tidak hanya harus berada pada kondisi vakum tinggi, namun juga telah melumasi bagian yang bergerak.
Sumber Neutron
Neutron untuk karakterisasi dihasilkan melalui salah satu dari dua metode: reaksi fisi nuklir atau spalasi. Sumber fisi nuklir adalah generasi yang lebih
tua, dan cara kerjanya mirip dengan reaktor fisi nuklir: unsur radioaktif berat difisi dalam reaksi berantai yang mengeluarkan neutron dari inti atom,
dan reaksi berantai ini dimoderasi (diperlambat/dikendalikan) oleh air berat. . Dalam sumber fisi, panjang gelombang (energi) neutron yang masuk
dikendalikan oleh suhu medium moderating. [12]
Sumber spalasi kini lebih dipilih dibandingkan sumber neutron karena sumber tersebut mempunyai intensitas neutron (jumlah neutron yang
dipancarkan dari suatu sumber) yang jauh lebih tinggi dibandingkan sumber fisi dan dapat dikendalikan dengan lebih mudah; sementara sumber fisi
uranium mengeluarkan 3 neutron per peristiwa, sumber spalasi dapat mengeluarkan 20-30 neutron per peristiwa! Karena salah satu keterbatasan
utama hamburan neutron adalah intensitas sumber yang rendah, sumber neutron generasi baru ini merupakan langkah penting dalam membuat
eksperimen hamburan neutron dapat diterapkan secara lebih luas. Dalam spalasi, target logam dibombardir oleh proton berenergi tinggi, dan setiap
kali inti terurai, ia melepaskan neutron dalam peristiwa spalasi. Karena intensitas neutron yang dihasilkan oleh sumber spalasi jauh lebih tinggi,
monokromator atau filter waktu terbang (teknik penyaringan panjang gelombang) dapat digunakan untuk membatasi sumber pada rentang yang sangat sempit.
distribusi panjang gelombang, yang sangat membantu untuk eksperimen hamburan (diperlukan sumber intensitas yang lebih tinggi karena penyaringan yang
intens dapat menurunkan intensitas sinar secara signifikan).
Selain itu, hal yang perlu diwaspadai saat menggunakan fasilitas hamburan neutron adalah bahwa neutron berpotensi membuat sampel Anda menjadi radioaktif.
Jika sampel memiliki radioaktivitas yang cukup tinggi, laboratorium tempat sumber neutron berada mungkin menganggapnya tidak aman untuk ditangani dan akan
menunggu beberapa bulan hingga bertahun-tahun untuk mengembalikannya atau memusnahkannya sebagai limbah radioaktif.
Gambar 5.13.1 5: Tata letak fasilitas Spallation Neutron Source (SNS) dengan label Lab Nasional yang bertanggung jawab membangun setiap bagian.
Sistem front-end bertanggung jawab untuk menghasilkan proton, dan Linac mempercepatnya hingga sepersekian kecepatan cahaya.
Proton berenergi tinggi kemudian disimpan dalam cincin akumulator sampai diperlukan untuk diarahkan ke target spalasi.
Setelah proton mencapai target spalasi, neutron dihasilkan yang dapat digunakan untuk mempelajari sampel menggunakan berbagai sistem instrumen berbeda
yang dikenal sebagai beamlines [13]
Bacaan Lebih Lanjut
Untuk melihat lebih dalam hamburan sinar-X dan neutron, ada tiga sumber utama yang menjadi sumber informasi terpenting untuk penelitian ini.
Yang pertama adalah referensi [1], 'Elements of Modern X-ray Physics', oleh Als-Nielsen dkk. Ini adalah buku komprehensif tentang hamburan dan difraksi sinar-
X menggunakan sumber sinkrotron dan juga menyentuh teori neutron.
Berikutnya adalah artikel ulasan besar [7], sekali lagi oleh Als-Nielsen dkk., 'Prinsip dan penerapan kejadian penggembalaan sinar-x dan hamburan neutron dari
lapisan tunggal molekuler pada antarmuka udara-air.' Meskipun jauh lebih pendek dari sebuah buku, artikel ini masih memberikan ulasan yang cukup komprehensif
tentang subjek tersebut.
Yang terakhir adalah oleh Kjaer [8], dan merupakan pengenalan singkat tentang hamburan dan reflektifitas sinar-X, dan akan sangat berguna bagi mereka yang
sudah akrab dengan konsep kisi terbalik.
Semoga sukses untuk semua dalam studi selanjutnya!
Catatan untuk kontributor selanjutnya
Untuk semua kontributor di masa depan, silakan terus posting deskripsi teknik hamburan membran lainnya. Masih banyak metode hamburan membran yang perlu
dijelaskan.
Referensi
1. J. Als-Nielsen, D. McMorrow, Elemen Fisika Sinar-X Modern, Wiley (2001), hal. 83.
2. Watkins, Erik B., dkk. "Keseimbangan atau pendinginan: perbedaan mendasar antara lapisan tunggal lipid, lapisan ganda yang didukung, dan
membran." ACS nano 8.4 (2014): 3181-3191.
3. Gözen, Irep, dan Aldo Jesorka. "Metode instrumental untuk mengkarakterisasi film fosfolipid molekuler pada penyangga padat."
Kimia analitik 84.2 (2012): 822-838.
4. Losche, Mathias. "Karakterisasi sinar-X yang sensitif terhadap permukaan dan hamburan neutron dari membran model lipid planar dan interaksi
lipid/peptida." Topik terkini di Membran 52 (2002): 117-161.
5. Zheng, Songyan, dkk. "Studi struktural Vpu protein aksesori HIV-1 di lapisan tunggal Langmuir: reflektifitas sinar-x sinkrotron." Jurnal biofisika 80.4
(2001): 1837-1850.
6. Harroun, TA, dkk. "Difraksi neutron dan Vitamin E." Jurnal Fisika: Seri Konferensi. Jil. 251. No.1. TIO
Penerbitan, 2010.
7. Als-Nielsen, Jens, dkk. Prinsip dan aplikasi penggembalaan kejadian sinar-X dan hamburan neutron dari molekul yang dipesan
lapisan tunggal pada antarmuka udara-air." Laporan Fisika 246.5 (1994): 251-313.
8. Kjaer, Kristian. "Beberapa ide sederhana tentang refleksi sinar-X dan difraksi insiden penggembalaan dari film surfaktan tipis." Fisika B:
Materi Terkondensasi 198.1-3 (1994): 100-109.
9. Villarreal, Marina Ruiz; nama pengguna: LadyofHats. File: Struktur larutan berair fosfolipid.svg; Wikimedia Commons. 6
November 2007. commons.wikimedia.org/wiki/File%3APhospholipids_aqueous_solution_structures.svg
10. Alessandrini, Andrea, dan Paolo Facci. "Transisi fase dalam lapisan ganda lipid yang didukung dipelajari oleh AFM." Materi lunak 10.37
(2014): 7145-7164.
11. Ciumac, Daniela. “Palung Langmuir.” Jaringan SNAL Marie Curie ITN. 28 Oktober 2014. Diakses: 7 Juni 2017 12. Kovnir,
Kirill. “Kuliah 7: Neutron, TEM.” Kimia 217. UC Davis, California. 5 Agustus 2017 13. Nama Pengguna: Horakcm.
File: Sns-facility-design.jpg; Wikimedia Commons. 3 November 2011 14. “Apa itu Sinkronisasi.”
ALBA. Diakses: 7 Juni 2017. Diperoleh dari https://intranet.cells.es/AboutUs/WhatIs 15. Nama Pengguna: Mohamed.ah; drawhunt
dkk. “Fisika Tabung Sinar-X.” 13 Okt 2012. Diakses 7 Jun 2017 16. Username: Jaknelaps. File: Difraksi kejadian
penggembalaan GIXD.png; Wikimedia umum. 7 April 2014. commons.wikimedia.org/wiki/
File:Grazing_incidence_diffraction_GIXD.png
17. Watkins, Erik B., dkk. "Keseimbangan atau pendinginan: perbedaan mendasar antara lapisan tunggal lipid, lapisan ganda yang didukung, dan
membran." ACS nano 8.4 (2014): 3181-3191.
18. Wydro, Paweÿ, Michaÿ Flasiÿski, dan Marcin Broniatowski. Difraksi Sinar-X Insiden Penggembalaan dan Sudut Brewster
Studi mikroskop tentang pembentukan domain pada monolayer fosfatidletanolamin/kolesterol meniru lapisan dalam membran eritrosit
manusia." Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes 1828.6 (2013): 1415-1423.
19. Kjaer, Kristian. "Beberapa ide sederhana tentang refleksi sinar-X dan difraksi insiden penggembalaan dari film surfaktan tipis." Fisika B:
Materi Terkondensasi 198.1-3 (1994): 100-109.
20. Graber, ZT, dkk. "Pengikatan kation kompetitif pada domain fosfatidilinositol-4, 5-bifosfat diungkapkan oleh sinar-X
fluoresensi." RSC Maju 5.129 (2015): 106536-106542.
21. Choi, D., dkk. "Mekanisme penyisipan peptida penembus sel ke dalam membran fosfolipid yang didukung diungkapkan oleh sinar-X dan
refleksi neutron." Materi Lunak 8.32 (2012): 8294-8297.
5.13: Hamburan Sinar-X Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
GAMBARAN UMUM BAB
6: Karakterisasi Eksperimental - Spektrometri Massa dan Mikroskop Gaya Atom

6.1: Mikroskop gaya atom (AFM) pada Membran 6.2:
Teknik Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein Membran 6.3:
Ionisasi Elektrospray (ESI) Spektrometri Massa 6.4:
Penganalisis Massa Orbitrap
6.5: Penganalisis Massa - Waktu Penerbangan
6: Karakterisasi Eksperimental - Spektrometri Massa dan Mikroskop Gaya Atom dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-
remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1
6.1: Mikroskop gaya atom (AFM) pada Membran

Mikroskop gaya atom (AFM) adalah teknik dengan banyak aplikasi dalam biologi. Metode ini adalah anggota dari keluarga besar pemindaian mikroskop probe dan
pada awalnya dikembangkan pada tahun 1986 oleh Binnig dkk untuk mengatasi kelemahan dari pemindaian mikroskop terowongan (STM) [1]. Dalam kasus STM,
hanya bahan konduktif yang dapat dipelajari karena resolusinya diperoleh dengan menggunakan arus terowongan antara probe tajam dan permukaan sampel [1].
Sebaliknya, AFM menggunakan gaya kecil pada permukaan oleh sebuah probe, sehingga tidak merusak sampel dan dapat memberikan informasi topografi
permukaan bahan biologis. AFM segera menarik perhatian para ilmuwan biofisik dalam penelitian biomembran dan membran sintetik karena kemampuannya
mengamati sistem molekuler biologis dengan resolusi pada skala nanometer dan kemungkinan pencitraan tiga dimensi [2].
Elemen Dasar AFM

Mikroskop gaya atom terdiri dari kantilever fleksibel yang berisi probe tajam, laser, detektor fotodioda, pemindai piezoelektrik, dan elektronik umpan balik [3].
Mikroskop memperoleh topografi permukaan dengan memindai ujungnya dengan sentuhan lembut pada sampel. Gerakan ujung dipantau oleh pemindai
piezoelektrik. Saat ujung memindai sampel, gaya antara ujung dan permukaan sampel menyebabkan kantilever membengkok. Detektor fotodioda mendeteksi
pembelokan sinar laser yang dipantulkan dari bagian belakang kantilever ke fotodioda dua segmen. Dalam sebagian besar mode pengoperasian, rangkaian
umpan balik yang terhubung ke sensor defleksi kantilever menjaga interaksi antara ujung dan sampel pada nilai tetap dan mengontrol jarak ujung-sampel. Sinyal
umpan balik direkam oleh komputer untuk merekonstruksi gambar 3D topografi permukaan.
Gambar 6.1.1 : Pengaturan mikroskop gaya atom (AFM): Lendutan kantilever mikrofabrikasi dengan ujung tajam diukur dengan memantulkan sinar laser dari
bagian belakang kantilever saat memindai permukaan sampel. (CC-BY-2.5,; Buku Pegangan Nanosains dan Nanoteknologi Opensource).
Gaya antara probe dan permukaan sampel bergantung pada konstanta pegas (kekakuan kantilever) dan jarak ujung sampel). Besarnya gaya dihitung berdasarkan
hukum Hooke:
F = ÿkx (6.1.1)
F : Memaksa
k : konstanta pegas :
X defleksi kantilever.
Mode pencitraan
Ada tiga mode pencitraan utama di AFM: mode kontak, non-kontak, dan intermiten (mengetuk) [4]. Selama mode kontak, probe bersentuhan dengan sampel dan
gaya tolak menolak Van der Waals berlaku, sedangkan gaya tarik menarik Van der Waals dominan ketika ujung bergerak menjauh dari permukaan sampel [5].
Gambar 6.1.2 : Gaya sebagai fungsi pemisahan probe-sampel [5]
Modus Kontak
Dalam mode kontak, ujungnya selalu bersentuhan dengan permukaan sampel. Gaya yang diterapkan dijaga konstan sementara ujungnya memindai permukaan,
menciptakan gambar permukaan [4]. Mode pencitraan ini cocok untuk sampel dengan permukaan kasar dan kaku karena menyediakan pemindaian cepat
dengan resolusi tinggi. Salah satu kelemahan mode pencitraan ini adalah sampel lunak seperti jaringan dapat berubah bentuk atau rusak karena gaya yang
diberikan. Kelemahan ini dapat diatasi dengan mengukur sampel di lingkungan berair untuk mengurangi gaya interaksi antara ujung dan sampel.
Mode Mengetuk
Dalam mode penyadapan, ujungnya tidak selalu bersentuhan dengan permukaan sampel. Sebaliknya, kantilever terombang-ambing pada frekuensi
resonansinya, yang membuat ujungnya menyentuh permukaan dengan ringan selama pemindaian. Interaksi tip-sampel yang konstan dipertahankan dengan
memantau amplitudo osilasi dan gambar diperoleh [4]. Beberapa parameter yang mempengaruhi kontras gambar adalah tinggi, fasa sinyal dan amplitudo [6].
Sinyal fasa dipengaruhi oleh sifat material sampel, misalnya viskoelastisitas [6].
Gaya selama pemindaian sangat berkurang, oleh karena itu mode ini berguna untuk sampel biologis, yang sampelnya mudah rusak atau terikat longgar pada
permukaannya. Namun, mode pencitraan ini memerlukan kecepatan pemindaian yang lebih lambat dan lebih sulit untuk diukur dalam cairan.
Gambar 6.1.3 : Representasi skema AFM yang beroperasi dalam mode ketukan [4]
Mode non-kontak
Tidak ada kontak antara permukaan sampel dan probe dalam mode non-kontak. Probe berosilasi di atas permukaan sampel, membentuk gaya tarik menarik
yang lemah antara ujung atom puncak dan atom permukaan sampel. Sinyal umpan balik diperoleh dengan mengukur pergeseran frekuensi osilasi mekanis
kantilever [6].
Gaya yang diberikan pada sampel permukaan dalam kasus ini sangat rendah. Selain itu, karena tidak ada kontak antara probe dan permukaan, masa pakai
probe dapat diperpanjang. Keuntungan lain dari mode operasi ini adalah kemungkinan untuk mengamati cacat atom jika gaya tarik yang sangat lemah dapat
dideteksi. Kelemahan dari mode ini adalah penurunan resolusi, dan osilasi kantilever terpengaruh jika terdapat kontaminan pada permukaan sampel. Biasanya
mode operasi ini memerlukan pengendalian lingkungan yang cermat (dalam UHV) untuk dapat dijalankan [7].
Kantilever dan Tip Probe
pemindaian merupakan komponen penting dari AFM. Dimensi kantilever berada pada kisaran mikrometer, sedangkan ujungnya memiliki radius beberapa
nanometer [4]. Panjang, bentuk, dan bahan kantilever yang berbeda menyebabkan konstanta pegas dan frekuensi resonansi yang berbeda-beda. Bahan probe
yang paling umum adalah silikon nitrida (Si N ) atau silikon (Si) [5]. Gambar 6.1.4 menunjukkan gambar pemindaian
34 mikroskop elektron (SEM) dari chip
kantilever silikon nitrida (4a, 4b) dan silikon (4c, 4d), di mana ujung kecil berbentuk piramida terintegrasi di ujungnya. Probe silikon nitrida sering digunakan
dalam mode kontak statis, dimana kekakuan kantilever harus serendah mungkin [4]. Probe silikon biasanya digunakan dalam mode operasi dinamis, yang
memerlukan nilai konstanta pegas yang lebih tinggi untuk mengurangi kebisingan dan ketidakstabilan [4].
Gambar 6.1.4 : Gambar SEM kantilever dan tip buatan mikro. Mikrograf elektron dari kantilever AFM bekas. Lebar gambar ~100 mikrometer (kanan) Lebar
gambar ~30 mikrometer. Gambar digunakan dengan izin (CC BY-SA 3.0; Wikipedia).
-1 -1
Biasanya, konstanta pegas kantilever AFM bervariasi antara 0,01 Nm dan 100 Nm. Sensitivitas gaya , memungkinkan sensitivitas gaya 10-11N [4].
dipengaruhi oleh kebisingan termal, listrik, dan optik. [5] Untuk sampel biologis, kantilever dalam mode kontak sering kali memiliki frekuensi resonansi antara 5
dan 50 kHz dalam ruang hampa [8]. Gambar 6.1.5 melaporkan ujung AFM yang terbuat dari karbon nanotube (CNT), yang merupakan terobosan dalam hal
resolusi. Tip CNT memiliki rasio aspek yang tinggi, diameter kecil, dan kimia permukaan yang terdefinisi dengan baik, oleh karena itu tampaknya menjadi probe
ideal untuk aplikasi biologis [4].
Gambar 6.1.5 : Ujung CNT multiwall dipasang pada ujung ujung silikon kristal tunggal. Inset: tampilan perbesaran lebih tinggi dari ujung yang sama diputar 180
0
relatif terhadap gambar utama. Bilah skala adalah 1ÿm [4]
AFM pada membran
Membran asli dipelajari oleh AFM

Persiapan sampel biomembran
Untuk mempelajari membran menggunakan AFM, membran perlu difiksasi pada penyangga padat yang datar [8]. Beberapa bahan pendukung padat seperti
mika, grafit pirolit tertata tinggi (HOPG), emas terkelupas templat, dan molibdenum disulfida telah terbukti menghasilkan gambar beresolusi tinggi [6, 8]. Mika
bersifat isolator dan memiliki permukaan hidrofilik, sedangkan HOPG merupakan konduktor yang baik dan hidrofobik [8]. Kesamaan antara kedua substrat ini
adalah permukaan atomnya rata [8]. Berdasarkan mekanisme adsorpsi kimia, membran dilekatkan pada penyangga padat dengan mengatur pH dan kekuatan
ion. Karena jarak antara membran dan penyangga sangat kecil (0,5-2nm), hal ini dapat menyebabkan gangguan mobilitas protein membran yang langsung
menempel pada penyangga [6].
Selain itu, gaya adsorpsi dapat mempengaruhi konformasi protein membran. Singkatnya, metode preparasi sampel saat ini masih memerlukan pertimbangan
lebih lanjut untuk mempelajari dinamika dan struktur protein membran asli.
Gambar AFM dari membran asli

AFM dapat memperoleh gambar membran asli pada resolusi submolekul, yang merupakan keuntungan besar dibandingkan metode lain [6]. Hal ini efektif
dalam memberikan informasi tentang organisasi asli protein membran dan kompleksnya. Gambar menunjukkan contoh studi membran asli menggunakan
AFM. Membran disk dibuat dari retina tikus dan kemudian 6.1.6 ditempelkan pada penyangga mika [6]. Gambar AFM menunjukkan deretan dimer yang
dikemas dalam susunan struktur rhodopsin [6].
Ini menyediakan platform untuk interaksi dengan penangkapan dan transdusin.
Gambar 6.1.6 : Topografi membran asli.: Membran cakram murine menunjukkan susunan rhodopsin asli yang rapat. Sebagian besar rhodopsin tersusun
sebagai dimer yang membentuk barisan memanjang. Bilah skala :10nm, sisipan: 5nm [6]
Model membran lipid dipelajari oleh AFM

Persiapan lapisan ganda lipid yang didukung.
Lapisan ganda lipid yang didukung (SLB) telah digunakan sebagai model biomimetik untuk biomembran dalam banyak penelitian [3, 9]. Sistem ini terdiri
dari dua selebaran lipid yang tersebar pada penyangga padat [3]. Meskipun model ini tidak memiliki beberapa fitur dari membran sebenarnya, model ini
masih memberikan wawasan tentang organisasi struktural dan karakteristik membran sel. Metode pertama untuk menyiapkan SLB adalah fusi vesikel
lipid pada penyangga padat [9]. Vesikel dibuat melalui sonikasi atau ekstrusi, kemudian diadsorpsi pada permukaan penyangga padat. Vesikel yang
teradsorpsi membentuk vesikel yang lebih besar dengan cara menyatu, atau langsung pecah dan membentuk SLB.
Metode lain adalah dengan menggunakan substrat hidrofilik di mana dua lapisan lipid tunggal berturut-turut diendapkan melalui transfer Langmuir-
Blodgett [3]. Palung berlapis Teflon berisi larutan berair, dengan dua penghalang Teflon bergerak yang digunakan untuk mengontrol area penyebaran
lipid dan membentuk lapisan tunggal pada antarmuka udara-air. Ada juga keseimbangan untuk mengukur tekanan permukaan, mengendalikan
pengemasan lipid. Penopang padat kemudian ditarik secara vertikal melalui lapisan tunggal lipid, mengendapkan lapisan lipid pertama pada substrat.
Pemindahan lapisan lipid kedua dapat diselesaikan dengan mencelupkan penyangga lipid secara horizontal atau vertikal.
Teknik ini dapat diterapkan untuk membuat SLB yang memiliki dua komposisi lipid berbeda.
Studi AFM tentang pembentukan SLB.
Proses pembentukan SLB dengan menggabungkan vesikel lipid pada penyangga padat dapat dipelajari secara in situ dengan teknik AFM, seperti diilustrasikan pada
Gambar. 6.1.7
Vesikel menyebar dari tepi ke arah tengah, lalu bertumpuk satu sama lain. Tepi bilayer atas dan bawah disatukan untuk membentuk tambalan
yang lebih besar.
Gambar 6.1.7 : Rangkaian gambar AFM yang menunjukkan pembentukan SLB pada silika. (a) liposom yang menempel, (p) liposom yang pipih sebagian, (m)
lapisan ganda lipid, (s) permukaan silika yang terbuka, (x) liposom yang tidak berubah sepanjang pencitraan dan tampak terperangkap di bawah membran.
Ukuran gambar adalah 1,67x1,67ÿm [9]
Protokol yang berbeda untuk menyiapkan SLB multi-komponen dan fase yang dipisahkan dapat mempengaruhi asimetri SLB yang dihasilkan. Dalam vesikel
0
Gambar 6.1.8 , unilamellar kecil (SUV) yang diekstrusi yang terdiri dari DLPC/DSPC dipanaskan pada suhu 65 C, kemudian dilebur pada mika pada suhu
0 0
20 C. SLB yang dihasilkan merupakan membran cairan/gel yang sepenuhnya simetris. Di sisi lain, penggunaan SUV tersonikasi yang dipanaskan pada suhu 20
C sebelum fusi menghasilkan SLB yang sepenuhnya asimetris.
6.1.8 kira-kira : Protokol berbeda untuk mempersiapkan SLB DLPC/DSPC. Warna yang lebih cerah menunjukkan area yang lebih tinggi. (A): Domain Gambar
1,8nm lebih tinggi dari fase fluida DLPC di sekitarnya. (B): perbedaan langkah tinggi adalah 1,8 dan 1,1nm. (C). Perbedaannya adalah 1,1nm. [3]
Ringkasan
AFM adalah teknik yang ampuh bagi para ilmuwan untuk memiliki wawasan dalam biofisika membran. Kelebihan metode ini antara lain :
Kemampuan untuk menggambarkan permukaan sel, kumpulan molekul di lingkungan berair aslinya pada resolusi yang sangat tinggi.
Tidak ada persyaratan sampel konduktif.
Menyediakan profil permukaan 3-D.
Kemampuan untuk beroperasi di lingkungan cair dan udara sekitar.
Kekurangan AFM adalah terbatasnya area pemindaian dan kecepatan pemindaian.
Baru-baru ini ada beberapa kemajuan dalam meningkatkan kecepatan dan resolusi pemindaian AFM, misalnya AFM kecepatan tinggi (HS-AFM) atau AFM
resolusi tinggi (HR-AFM) [10, 11]. HF-AFM terdiri dari komponen-komponen yang dimodifikasi untuk memaksimalkan pemindaian benih, misalnya kantilever kecil
yang lembut yang memiliki frekuensi resonansi tinggi, pemindai frekuensi resonansi tinggi, dan perangkat akuisisi data yang cepat [10]. AFM juga dikombinasikan
dengan beberapa teknik seperti mikroskop fluoresensi untuk memperoleh data yang lebih efisien [9]. Potensi peningkatan AFM akan meningkatkan kemungkinan
penerapan teknik ini di bidang biologi yang lebih luas.
Referensi
1. Binnig, G., CF Quate, dan C. Gerber, Mikroskop gaya atom. Fis. Pendeta Lett, 1986(56): hal. 930–933.
2. DJMuller, YFD, Mikroskop gaya atom sebagai kotak peralatan molekuler multifungsi dalam nanobioteknologi. Nat.Nanoteknologi,
2008. 3 : hal. 261-269.
3. Morandat, S., dkk., Mikroskop gaya atom model membran lipid. Kimia Bioanal Anal, 2013. 405(5): hal. 1445-61.
4. Alessandrini, A. dan P. Facci, AFM: alat serbaguna dalam biofisika. Sains dan Teknologi Pengukuran, 2005. 16(6): hal. R65-
R92.
5. Bullen, RAWaAHA, Catatan kuliah: Pengantar Mikroskop Probe Pemindaian 6. Frederix, PL, PD
Bosshart, dan A. Engel, Mikroskop gaya atom membran biologis. Biofisis J, 2009. 96(2): hal. 329-
38.
7. S. Morita, RW, E. Meyer, Mikroskop Kekuatan Atom Nonkontak. Springer, 2002.1 .
8. Muller, DJ dan A. Engel, Mikroskop gaya atom dan spektroskopi protein membran asli. Nat Protoc, 2007. 2(9): hal.
2191-7.
9. Goksu, EI, dkk., AFM untuk struktur dan dinamika biomembran. Biochim Biophys Acta, 2009. 1788(1): hal. 254-66.
10. Ando, T., T. Uchihashi, dan N. Kodera, AFM berkecepatan tinggi dan aplikasi pada sistem biomolekuler. Annu Rev Biofisika, 2013.
42: hal. 393-414.
11. Bippes, CA dan DJ Muller, Mikroskopi kekuatan atom resolusi tinggi dan spektroskopi protein membran asli. Laporan
tentang Kemajuan Fisika, 2011. 74(8): hal. 086601.
6.1: Mikroskop gaya atom (AFM) pada Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
6.2: Teknik Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein Membran

Spektrometri massa adalah teknik di mana partikel bermuatan dari suatu sampel dianalisis untuk mendapatkan struktur dan
informasi komposisi tentang sampel. Spektrometri massa sangat relevan ketika mempelajari protein. Dengan ini
instrumen, penentuan struktur, fungsi, dan interaksi protein dimungkinkan. Spektrometer massa juga dapat mendeteksi pos
modifikasi translasi pada campuran kompleks, melakukan analisis kuantitatif dan kualitatif, dan memantau reaksi enzim,
.1
modifikasi kimia, dan jalur pencernaan Sampai saat ini, dua metode ionisasi utama digunakan untuk analisis protein, elektron
Ionisasi (ESI) dan desorpsi/ionisasi laser berbantuan matriks (MALDI). Kedua metode ionisasi ini akan dirinci dalam hal ini
halaman beserta metode yang digunakan sebelum penemuan ini seperti pengeboman elektron (EI) dan pengeboman atom cepat (FAB). A
beberapa aplikasi spektrometri massa untuk analisis protein membran juga akan dibahas.
Pengantar Spektrometri Massa

Diagram spektrometer massa konvensional digambarkan pada Gambar 6.2.1 .
2
Gambar 6.2.1 . Spektrometer Massa Konvensional
Seperti yang ditunjukkan, spektrometer massa terdiri dari masukan sampel, ruang ionisasi, akselerator, pembelot, detektor, dan
penguat. Singkatnya, sampel yang diinginkan disuntikkan ke dalam spesifikasi massa dan diionisasi untuk membentuk partikel bermuatan. Partikel bermuatan
kemudian dipercepat dengan meningkatkan energi kinetik partikel. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar, ada tiga pelat dengan celah di dalamnya
wilayah percepatan; pelat-pelat ini memiliki potensi yang bervariasi sehingga memungkinkan partikel-partikel tersebut meningkatkan energi kinetiknya dan membentuk partikel yang tersetel dengan baik
balok ketika mereka melewati setiap celah. Sinar ini terdiri dari campuran ion-ion berbeda sebelum mengenai deflektor. Deflektor
mengambil campuran ini dan memisahkan ion-ion berdasarkan rasio massa terhadap muatan (m/z); ini dilakukan dengan menerapkan medan magnet. Angka
6.2.2 menyajikan diagram apa yang terjadi pada deflektor.
Gambar 6.2.2 . Deflektor spektrometer massa
6.2.2 ion-ion dari steam B adalah ion-ion yang mempunyai a

Ion yang berbeda berinteraksi secara berbeda dengan medan magnet. Pada Gambar misalnya,
rasio m/z yang rendah. Ini berarti bahwa ion-ion yang menyusun berkas ini mempunyai massa yang rendah atau muatan yang tinggi atau keduanya. Di samping itu
ion-ion dari aliran C hampir tidak berinteraksi dengan medan magnet yang diterapkan; artinya mereka memiliki rasio m/z yang tinggi. Ion-ion dalam uap B,
namun, berinteraksi dengan medan magnet sedemikian rupa sehingga ion melewati detektor. Medan magnet dapat diubah
untuk memilih rentang m/z yang diinginkan. Misalnya, jika seseorang ingin mendeteksi rentang massa yang lebih tinggi (uap C), maka medan magnetnya
perlu lebih besar untuk membelokkan ion lebih banyak. Persamaan 1 (Gaya Lorentz) dan 2 (hukum gerak kedua Newton) adalah
penting dalam memahami bagaimana sebagian bergerak dalam medan listrik atau magnet.
F = Q(E +v×B) (6.2.1)

F = bu (6.2.2)
QFgaya
ion, adalah Dimana
yangadalah muatan
diterapkan pada ion, v×B adalah perkalian antara kecepatan dan medan magnet, massa dan a adalah percepatan. M adalah
Menyamakan kedua persamaan tersebut maka menghasilkan diferensial sebagai berikut (Persamaan6.2.3 )
(m/Q)a = E +vxB (6.2.3)
Setelah ion-ion terpilih melewati deflektor, ion-ion tersebut bergerak menuju detektor dimana m/z dicatat. Singkatnya, ketika ion menumbuk detektor logam,
dihasilkan arus dari pergerakan elektron yang kemudian dapat direkam sebagai sinyal. Karena elektron yang terpengaruh oleh tumbukan ini biasanya sangat
sedikit, penguatan sinyal hampir selalu diperlukan. Ion-ion dalam fase gas biasanya sangat reaktif dan mempunyai masa pakai yang singkat sehingga instrumen
harus dijalankan dalam vakum tinggi (biasanya dari tekanan 10 torr hingga 10 torr).
ÿ3 ÿ6
Ada beberapa spektrometer massa berbeda yang tersedia secara komersial yang disesuaikan dengan kebutuhan berbeda, seperti kuantifikasi data, data
kualifikasi, analisis sampel protein, analisis sampel kecil, dll. Teknik ionisasi telah menjadi kunci untuk menentukan jenis sampel apa yang dapat dianalisis
3
dengan spektrometri massa.
Ionisasi Keras dan Lembut
Sebelum membahas secara rinci tentang berbagai metode ionisasi, penting untuk memahami dua kategori utama ionisasi, yaitu ionisasi keras dan ionisasi lunak.
4
A. Ionisasi keras- ionisasi keras menimbulkan sejumlah besar energi pada sampel yang diinginkan untuk mengionisasi sampel. Karena jumlah energi yang
lebih besar, ikatan di dalam molekul cenderung lebih banyak putus, sehingga mengakibatkan peningkatan fragmentasi. Teknik ionisasi keras biasanya
menghasilkan sejumlah besar fragmen bermassa rendah dibandingkan dengan massa yang lebih tinggi. B. Ionisasi lunak- Metode
ionisasi lunak menggunakan jumlah energi yang lebih kecil untuk mengionisasi sampel, sehingga menyebabkan penurunan
fragmentasi. Teknik ini menghasilkan fragmen bermassa tinggi dalam jumlah yang lebih besar.
Ionisasi Elektron (EI)

Teori
5
Ionisasi Elektron (EI) adalah salah satu teknik ionisasi pertama yang dikembangkan untuk spektrometri massa. EI adalah metode ionisasi keras di mana berkas
elektron berenergi tinggi digunakan untuk membombardir sampel yang diinginkan untuk menghasilkan banyak ion. Seperti disebutkan sebelumnya, penggunaan
partikel berenergi tinggi menyebabkan fragmentasi ekstensif, yang dapat berguna untuk karakterisasi struktur. Diagram EI ditunjukkan pada Gambar 6.2.3
.
6
Gambar 6.2.3 . Ionisasi Elektron (EI)
Seperti yang ditunjukkan, peralatan yang digunakan untuk mengionisasi molekul melalui EI terdiri dari blok sumber, saluran masuk sampel, repeller, magnet,
0
filamen, perangkap elektron, dan pelat keluar pada potensial dasar. Blok sumber terbuat dari logam yang dipanaskan hingga 300 C untuk mencegah sampel
mengembun. Sampel pertama-tama harus dimasukkan ke dalam blok sumber dalam fase gas. Hal ini dapat dicapai dengan “mendidih” sampel dari probe melalui
7 Begitu partikel fase
desorpsi termal atau dengan memasukkan gas melalui kapiler.
gas netral ini memasuki blok sumber, mereka dibombardir oleh seberkas elektron di mana elektron tersebut mengeksitasi molekul dan menyebabkan molekul
tersebut mengeluarkan elektron dari orbital molekul yang terisi tertinggi (HOMO). Proses ini menghasilkan ionisasi ejeksi dan fragmentasi molekul. Proses
5
ionisasi elektron yang terjadi dijelaskan di bawah ini:
-
M +e ÿ +2
ÿ M+ ÿe (6.2.4)
M
dimana molekul analitnya, eÿ M+ÿ
adalah elektron, dan merupakan ion molekul bermuatan positif yang dihasilkan.
Sumber elektron (katoda) biasanya berupa filamen tipis kawat tungsten atau renium yang dipanaskan hingga suhu pijar untuk menghasilkan elektron yang
disebut emisi termionik. Elektron ini harus mempunyai energi yang cukup untuk mengatasi energi ionisasi molekul sampel. Potensi 70 V diterapkan antara katoda
dan blok sumber untuk mempercepat elektron hingga 70 eV. Pada sekitar 70 eV, panjang gelombang elektron de Broglie sama dengan panjang bahan organik
pada umumnya
ikatan molekul. Transfer energi ke molekul analit organik dimaksimalkan sehingga menghasilkan ionisasi dan fragmentasi yang paling kuat. Pelat
7
perangkap elektron yang sedikit positif (anoda) ditempatkan di ujung blok sumber. Kelebihan elektron yang tidak ikut serta dalam ionisasi sampel
dikumpulkan di sini. Medan magnet kecil diterapkan sejajar dengan jalur elektron, sehingga elektron bergerak dalam jalur heliks dan dengan demikian
meningkatkan panjang jalurnya yang pada gilirannya meningkatkan kemungkinan interaksi antara sampel dan elektron. Molekul sampel bermuatan positif
yang dihasilkan dipercepat oleh repeller ke daerah percepatan. Dengan mempertahankan celah keluar pada potensial tanah, ion-ion memasuki penganalisis
massa dengan energi kinetik tetap.
7
Proses fragmentasi dan ionisasi dapat digambarkan dengan menggunakan kurva potensial Born Oppenheimer yang digambarkan pada Gambar 6.2.4 .
Gambar 6.2.4 . Kurva potensial Oppenheimer lahir 6
Gambar tersebut menunjukkan kurva potensial Born Oppenheimer dari molekul metanol sebelum dan sesudah tumbukan elektron. Panah merah
menggambarkan transisi energi antara molekul netral dan molekul terionisasi tanpa fragmentasi sampel. Namun dengan metode ini hal ini biasanya tidak
terjadi. Karena tingginya energi elektron yang datang, kemungkinan disosiasi molekul lebih besar. Transisi energi yang dijelaskan diilustrasikan oleh panah
biru.
Karena ini adalah teknik ionisasi keras, EI baik untuk pengurutan polipeptida tetapi sangat sulit untuk memperoleh informasi tentang protein besar dan
jalur interaksinya. Seperti yang akan kita lihat nanti, semua teknik ionisasi mempunyai kelebihan dan kekurangan.
a) Keuntungan
Fragmentasi tinggi dapat membantu karakterisasi molekul Sampel

dapat berbentuk padat, cair, atau gas
Fragmentasi tinggi memungkinkan spektrum sidik jari terdefinisi dengan
baik Dapat dilengkapi dengan berbagai penganalisis massa termasuk waktu penerbangan, GC-MS, LC-MS, dll.
5
Cepat dan mudah (biasanya metode pilihan pertama saat menyaring sampel)
b) Kekurangan
Karakterisasi molekul besar hampir mustahil Sampel harus mudah

menguap Muatan ganda
dapat mengakibatkan spektrum massa yang sangat membingungkan.
Kisaran massa rendah biasanya kurang dari 600 Da. (Protein bisa berada dalam kisaran kDa)
Fragmentasi yang luas dapat mempersulit interpretasi data.
Hanya ion positif yang terbentuk
Penerapan pada Protein
Spektrometri Massa Ionisasi Elektron (EI-MS) telah digunakan dalam penelitian pergantian protein. Tingkat sintesis protein pada manusia merupakan hal
yang sangat menarik, terutama di era saat ini dimana keadaan “sehat” dan “bugar” serta mendapatkan otot tanpa lemak merupakan hal yang sangat
menarik. Sebuah studi yang dilakukan pada tahun 1992 oleh Calder AG melaporkan penggunaan EI-MS untuk menentukan pengayaan asam amino yang
20 sintesis protein manusia. Hal ini dilakukan dengan mengukur pengayaan d-5 dari konversi fenilalanin
dimasukkan ke dalam protein jaringan selama studi
menjadi feniletilamina melalui EI-MS. Metode analisis terbukti sangat efisien untuk tugas ini karena deteksi bebas dan
d-fenilalanin yang terikat protein terdeteksi secara bersamaan dan hanya diperlukan 1 mg protein untuk melakukan penelitian. 20
Namun, EI-MS tidak umum digunakan lagi untuk analisis protein karena, karena ini adalah metode ionisasi keras, kisaran massa rendah biasanya kurang
dari 600 Da terdeteksi dan Protein biasanya berada dalam kisaran kDa.
Pengeboman Atom Cepat (FAB)
Teori
Sebelum tahun 1980an, EI merupakan sumber utama ionisasi untuk analisis massa. Seperti yang telah dibahas sebelumnya, salah satu keterbatasan utama
bagi semua ahli kimia dan biokimia yang menggunakan teknik ini adalah ketidakmampuan untuk mengionisasi molekul bioorganik yang lebih besar seperti
polipeptida. Keterbatasan ini memotivasi ilmuwan untuk mengembangkan teknik ionisasi baru dan lebih baik yang memungkinkan molekul yang lebih besar ini
terionisasi dan dideteksi. Pengeboman atom cepat (FAB), MALDI, dan ESI semuanya dirancang untuk menghindari batasan ini. Teknik-teknik ini merevolusi
7
analisis biomolekuler. Pengeboman atom cepat (FAB) adalah teknik ionisasi lunak di mana rangkaian atom berenergi tinggi menumbuk suatu permukaan untuk
menghasilkan ion. Gambar 6.2.5 menyajikan diagram cara kerja FAB.
8
Gambar 6.2.5 . Pengeboman Atom Cepat
Seperti yang ditunjukkan aliran partikel cepat, biasanya gas inert seperti Argon atau Xenon, membombardir sampel yang diinginkan dengan mengeluarkan analit dengan
berbagai massa dari plum.
Dalam keadaan alaminya, Argon dan Xenon merupakan partikel yang bergerak relatif lambat. Untuk mempercepat molekul-molekul tersebut agar dapat digunakan sebagai
sumber pancaran, gas harus terionisasi terlebih dahulu, hal ini dilakukan dengan cara menumbuk partikel-partikel kecil atau atom. Setelah terionisasi, gas kemudian dapat
dipercepat hingga potensi tertentu. Saat bergerak, ion-ion yang bergerak cepat ini menjadi dinetralkan oleh awan padat gas alam berlebih yang mengelilinginya dalam sel
tumbukan, proses ini dikenal sebagai pertukaran muatan. Proses ini dapat diungkapkan di bawah ini:
9
Ar ÿ Ar + + e
-
(6.2.5)
+ )
Ar + ÿ Ar (cepat (6.2.6)
+
Ar (cepat)+Ar ÿ Ar(cepat)+Ar + (6.2.7)
Karena FAB adalah teknik ionisasi lunak, sebagian besar ion yang dikeluarkan melalui bombardir atom inert netral ini akan memiliki massa yang tinggi. Sampel itu sendiri
tidak hanya konsisten dengan analitnya, seperti Ionisasi Distorsi Laser Berbantuan Matriks yang akan dibahas nanti dalam artikel ini; FAB menggunakan matriks untuk
membantu ionisasi. FAB beroperasi menggunakan matriks cair, di mana sampel dan matriks berlebih dicampur. Campuran sampel-matriks ditempatkan pada pelat sampel
yang biasanya menggunakan probe penyisipan. Memiliki matriks cair melayani FAB dengan mengurangi kerusakan pada sampel akibat dampak berkas ion, terus-menerus
mengisi permukaan dengan sampel baru setelah dibombardir dengan berkas datang, dan menjaga sampel agar tidak berkumpul. Di bawah ini adalah daftar faktor yang
10
perlu dipertimbangkan ketika memilih matriks untuk sampel:
Sampel harus larut dalam matriks

Matriks tidak dapat bereaksi dengan ion sampel
Matriks harus memiliki volatilitas yang rendah dalam kondisi vakum untuk mempertahankan cairan
11
Salah satu matriks cair yang paling umum digunakan untuk ionisasi FAB adalah gliserol dan m-nitrobenzyl alkohol (NBA). Setelah sampel disiapkan dan ditempatkan pada
probe, instrumen ditempatkan di bawah vakum tinggi (biasanya dari tekanan 10 torr hingga 10 torr) untuk memastikan bahwa tidak ada molekul lain ÿ3
yang akan ÿ6
mengkontaminasi sampel atau bereaksi dengan ion sangat reaktif yang dihasilkan. Sampel kemudian diiradiasi dengan pancaran atom berenergi tinggi secara terus
menerus (dari 4000 hingga 10.000 elektron volt) menghasilkan ion yang dapat dianalisis menggunakan spektrometer massa. Di bawah ini tercantum keuntungan dan
10
kerugian menggunakan FAB sebagai metode ionisasi.
a) Keuntungan
· Karena merupakan teknik ionisasi lunak, sampel dengan massa besar dapat dianalisis · Mampu menghasilkan
sampel biologis berukuran besar seperti protein kecil, peptida, DNA, dll.
· Dapat menganalisis sampel polar, ionik, dan bertanggung jawab secara termal dan energi
· Dapat dilengkapi dengan empat kali lipat ·

Memungkinkan spektrum yang tidak terlalu rumit karena kecenderungannya untuk menghasilkan sebagian besar partikel bermuatan tunggal.
b) Kekurangan
· Karakterisasi menggunakan fragmen yang lebih kecil bisa jadi sangat sulit
· Biasanya membentuk partikel bermuatan tunggal yang mengurangi jangkauan efektif penganalisis massa.
· Sensitivitas rendah dibandingkan dengan MALDI ·
Kisaran massa yang lebih rendah dibandingkan dengan teknik Ionisasi lainnya yang dibahas kemudian dalam laporan ini (~300-6000 Da)
· Sampel harus larut dalam matriks ·
Kontaminasi garam dapat menekan pembentukan ion molekul ·
Biasanya spektrum memiliki latar belakang kimia yang tinggi
Aplikasi untuk Protein
Secara teoritis FAB akan sangat berguna untuk membran protein karena seperti disebutkan sebelumnya, matriks/campuran sampel biasanya adalah gliserol
21
dan dalam matriks ini protein akan naik ke permukaan campuran. Senyawa pada permukaan matriks mudah terionisasi. Namun, banyak penelitian
21
menunjukkan penurunan arus ion seiring bertambahnya massa sampel, yang berarti protein besar (lebih besar dari 3000 Da) akan sulit terionisasi.
21
Sebelumnya FAB telah digunakan untuk analisis peptida besar dan hormon adrenokortikotropik dan juga telah digunakan untuk mengurutkan
23 24 26
protein yang lebih kecil seperti peptida 25 , glukagon, melittin
27
kecil Proinsulin.
Ionisasi Elektrospray (ESI)
Teori
Kebutuhan akan metode ionisasi yang baru dan lebih baik menjadi jelas ketika para ilmuwan mulai mempelajari protein secara lebih mendalam.
Sebelum ionisasi elektrospray, metode ionisasi seperti pengeboman atom cepat digunakan untuk mengionisasi protein kecil. Namun, seperti yang telah
dibahas sebelumnya, salah satu keterbatasan besar dalam metode ionisasi ini adalah ketidakmampuan untuk mengionisasi molekul besar seperti protein besar
12
hasil yang tinggi. Keterbatasan ini diatasi ketika Fenn mengembangkan teknik yang dikenal sebagai Electrospray Ionization pada tahun 1989.
ESI adalah teknik ionisasi lembut di mana ion dikeluarkan dari tetesan uap bermuatan untuk menghasilkan aerosol. Gambar 6.2.6 menyajikan diagram probe
ESI.
13
Gambar 6.2.6 . Pemeriksaan ESI
Sampel encer dimasukkan dengan pompa jarum suntik mekanis melalui jarum suntik dengan laju aliran rendah biasanya 1–20 ÿL/menit. Kapiler biasanya
12 hingga 100–300°C agar ion-ion terlarut sepenuhnya. Seperti yang ditunjukkan pada diagram di atas, tegangan (~4000 volt) diterapkan antara
dipanaskan
kapiler yang berisi sampel (kiri) dan pelat sampel (kanan).
Tegangan menyebabkan pemisahan muatan di ujung kapiler. Pemisahan muatan dan penuhnya medan listrik pada ion positif mengatasi tegangan permukaan
cairan sehingga membentuk kerucut Taylor di ujung kapiler yang mengandung muatan berlebih. Ujung kerucut yang merupakan titik paling tidak stabil,
14
memanjang menjadi filamen cair. Untuk kasus di atas (Positive Ion Electrospray), ion-ion bermuatan positif tersusun di ujung kerucut Taylor. Kerucut ini
dibentuk untuk menghilangkan tolakan kolumbik di ujung kapiler setelah batas tegangan permukaan Rayleigh tercapai. Dari kerucut ini terbentuk aliran
tetesan. Saat tetesan bergerak menuju pelat sampel, pelarut dalam tetesan mulai menguap. Proses ini dapat dibantu dengan menggunakan gas inert seperti
N untuk membantu nebulisasi tetesan. Ketika pelarut menguap, kerapatan muatan menjadi lebih pekat dan pada gilirannya menyebabkan muatan sejenis
saling2 tolak menolak (efek Coulomb). Efek ini dapat dijelaskan dengan menggunakan Persamaan 4 (hukum Coulomb).
Tolak-menolak muatan ini menyebabkan dan meningkatkan tegangan permukaan tetesan; ketika tetesan tidak dapat lagi bertahan, batas Rayleigh terlampaui. Proses
15
ini terulang kembali karena semakin banyak pelarut yang menguap dalam setiap tetesan hingga masing-masing ion mencapai pelat sampel; pada titik ini semua ion
harus dipisahkan, proses ini dikenal sebagai model residu muatan Dole. Persamaan 5 menjelaskan muatan maksimum yang dapat dibawa oleh tetesan sebelum
16
batas tegangan permukaan Rayleigh tercapai.
Namun, ada teori lain tentang apa yang terjadi ketika tetesan berpindah ke pelat sampel, yang dikenal sebagai teori ionisasi Iribarne Thompson. Di sini, dikatakan
bahwa suatu titik tercapai di mana tolakan antar ion begitu besar sehingga secara termodinamika tidak stabil bagi ion-ion untuk tetap bersatu dan oleh karena itu
menguntungkan bagi ion-ion terhidrasi untuk dibebaskan dari tetesan ke dalam fase gas. Ketika tetesan tersebut bergerak menuju pelat sampel, jari-jari tetesan
tersebut menjadi semakin kecil akibat penguapan pelarut. Teori ionisasi Iribarne Thompson menyatakan bahwa ada suatu titik yang jari-jarinya sangat kecil (kurang
dari
14
10nm) yang emisi ionnya mendominasi fisi Rayleigh. Proses ini tidak mengharuskan tetesan yang sangat kecil hanya mengandung satu ion seperti yang terlihat pada
12 12
model Residu Muatan. Teori ionisasi Iribarne Thompson menyatakan bahwa menggunakan Persamaan 6.
.Pelarut yang umum digunakan dalam ESI meliputi campuran air dengan senyawa organik yang mudah menguap seperti metanol. Untuk mengurangi ukuran tetesan
awal, sejumlah kecil asam asetat biasanya ditambahkan. Penting untuk memiliki pelarut yang tepat untuk mengoptimalkan hasil ionisasi molekul gas. Seperti
disebutkan sebelumnya, kerucut Taylor terbentuk di ujung ujung kapiler yang terbentuk dari mengatasi tegangan permukaan zat cair. Medan listrik yang diperlukan
untuk menggerakkan kerucut Taylor yang menghasilkan uap tetesan dijelaskan menggunakan Persamaan 7.
14
Perhatikan ketergantungan tegangan permukaan zat cair pada medan listrik. Zat cair dengan tegangan permukaan yang tinggi akan memerlukan medan listrik yang
lebih tinggi.
Ionisasi ion-ion dalam tetesan bermuatan bergantung pada keberadaan muatan yang berasal dari pemisahan ion elektrolit positif dan negatif pada kerucut Taylor.
Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa konsentrasi elektrolit ini berperan besar dalam mengoptimalkan ionisasi molekul. Telah ditunjukkan bahwa diperlukan
-5
konsentrasi minimum konsentrasi 10 M.
Seiring dengan semua teknik ionisasi, ESI mempunyai kelebihan dan kekurangan dalam menggunakan teknik ini.
c) Keuntungan
· Karena merupakan teknik ionisasi lunak, sampel dengan massa besar dapat dianalisis · Mampu
menganalisis sampel biologis berukuran besar seperti protein, peptida, DNA, dll.
· Dapat dilengkapi dengan kromatografi empat kali lipat, perangkap ion, dan cair · Tidak
ada gangguan atau batasan matriks
· Pengisian ganda memungkinkan analisis ion bermassa tinggi dengan instrumen rentang m/z yang relatif rendah
d) Kekurangan
· Karakterisasi menggunakan fragmen yang lebih kecil bisa sangat sulit ·

Kesulitan dalam menganalisis campuran ·
Muatan ganda dapat mengakibatkan spektrum massa yang sangat membingungkan.
· Kisaran massa rendah-tinggi biasanya kurang dari 200.000 Da.
· Tidak bekerja dengan baik untuk garam yang tidak mudah menguap (buffer)
· Tidak berguna untuk senyawa non-polar
ESI adalah alat yang sangat umum dan berguna untuk analisis protein terutama karena ESI mampu mengionisasi protein tanpa mendenaturasinya.
artinya non-kovalen, kompleks ligan reseptor tetap utuh. Ini karena ESI mengizinkan beberapa status pengisian daya
protein besar dapat terionisasi dan dideteksi sehingga memungkinkan ESI digunakan untuk berbagai aplikasi. Karakterisasi Hemoglobin
varian darah selalu menjadi perhatian klinis; namun di masa lalu hal ini sangat memakan waktu dan
28
menantang dengan metode lain. Dengan ESI-MS, kini dimungkinkan untuk menganalisis lebih dari 250 sampel dalam waktu tidak lebih dari 2 hari. ESI adalah
juga biasa digunakan untuk profil asam amino untuk mendeteksi penyakit utama seperti fenilketonuria, penyakit urin sirup maple,
homosistinuria, dan galaktosemia. 28
Ionisasi Distorsi Laser Berbantuan Matriks (MALDI)
Teori
Desorpsi/Ionisasi Laser berbantuan matriks (MALDI) bersama dengan ionisasi elektrospray, kini termasuk di antara ionisasi terdepan
metode untuk senyawa dengan berat molekul tinggi yang tidak mudah menguap. MALDI secara khusus telah banyak digunakan untuk menganalisa, nonvolatile
17
biomolekul, khususnya peptida, protein, oligonukleotida, dan oligosakarida.
MALDI adalah teknik ionisasi lembut di mana matriks penyerap energi laser digunakan untuk membuat ion. Gambar 6.2.7 menyajikan a
diagram bagaimana fungsi MALDI.
18
Gambar 6.2.7 . MADLI
Langkah penting dalam pemanfaatan teknik MALDI adalah pembentukan kokristal matriks-analit. Komposisi Matriks adalah kuncinya
perbedaan antara ionisasi FAB dan MALDI. Seperti disebutkan sebelumnya FAB beroperasi dengan memanfaatkan matriks cair sedangkan MALDI
menggunakan matriks kokristal. Kokrisal dibuat dengan melarutkan analit ke dalam larutan senyawa matriks. Solusinya adalah itu
terlihat pada pelat target, dan setelah pelarut menguap, campuran analit dan senyawa matriks tertinggal. Seperti yang ditunjukkan,
pelat target menampung sampel (oranye) dan senyawa matriks (hijau). Matriks tersebut berada dalam kelebihan yang sangat besar untuk memastikan bahwa matriks tersebut didapat
diserap dengan sampel target yang diinginkan.
Salah satu komponen kunci yang mendorong ionisasi molekul di MALDI adalah matriks tempat sampel ditempatkan. Matriks tersebut
senyawa yang digunakan dalam MALDI umumnya memiliki massa yang rendah; ini untuk memastikan bahwa setelah laser mengenai sampel, matriksnya mudah
menguap menjadi fasa gas. Agar matriks memiliki energi yang cukup tinggi untuk mentransfer energi ke analit, hal ini penting
bahwa senyawa tersebut mampu mempunyai daya serap UV yang tinggi. Biasanya analit yang sangat polar bekerja paling baik dengan matriks yang sangat polar, dan
18
demikian pula analit nonpolar bekerja lebih baik jika dikombinasikan dengan matriks nonpolar. Di bawah ini adalah tabel matriks yang umum digunakan
analit yang berbeda.
Tabel 1. Matriks yang digunakan adalah MALDI 18
Menggabungkan Akronim Aplikasi ke
Asam nikotinat TIDAK Peptida, protein
Asam pikolinat PA Oligonukleotida, DNA
Asam 3-hidroksipikolinat HPA, 3-HPA Oligonukleotida, DNA
Asam 3-Aminopikolinat 3-APA Oligonukleotida, DNA
6-Aza-2-tiotimin ATTA Oligonukleotida, DNA
Menggabungkan Akronim Aplikasi ke
Asam 2,5-Dihidroksibenzoat DHB Protein, oligosakarida
Campuran berbasis DHB DHB/XY dan super-DHB Protein, oligosakarida
3-Aminoquinoline 3-AQ Oligosakarida
Peptida, protein yang lebih kecil, triasilgliserol,

Asam ÿ-Cyano-4-hidroksisinamat ÿ-CHC, ÿ-CHCA, 4-HCCA, CHCA
banyak senyawa lainnya
Asam 4-Kloro-ÿ-siano-sinamat ClCCA Peptida
Asam 3,5-Dimetoksi-4-hidroksisinamat SA Protein
2-(4-Hidroksifenilazo) asam benzoat HABA Peptida, protein, glikoprotein, polistiren
2-Mercaptobenzothiazole MBT Peptida, protein, polimer sintetik
5-Kloro-2-merkaptobenzotiazol CMBT Glikopeptida, fosfopeptida, dan protein
2,6-Dihidroksiasetofenon DHAP Glikopeptida, fosfopeptida, protein
2,4,6-Trihidroksiasetofenon ITU Oligonukleotida yang didukung padat
Ditranol (1,8,9-antrasenatriol) Tidak ada Polimer sintetik
9-Nitroantrasena 9-NA Fullerene dan turunannya
Benzo[a]pirena Tidak ada Fullerene dan turunannya
2-[(2E)-3-(4-tert-Butilfenil)-2-metilprop-2-
DCTB Oligomer, polimer, dendrimer, molekul kecil
enilidena]malonitril
Setelah sampel dibuat, pulsa laser berenergi tinggi (biasanya UV) diterapkan pada sampel sehingga menciptakan gumpalan ion yang kemudian dapat
dianalisis. Jenis laser yang digunakan adalah perbedaan utama lainnya antara FAB dan MADI, sedangkan FAB menggunakan serangkaian atom untuk melakukannya
membombardir sampel; MADI beroperasi menggunakan berkas ion. Beberapa laser yang umum digunakan termasuk laser nitrogen (ÿ=337 nm) dan a
11menandai sampel, titik yang diiradiasi dipanaskan dan menjadi
frekuensi laser Nd-YAG tiga kali lipat (ÿ=355 nm). Setelah laser
bersemangat secara getaran. Desorpsi molekul tereksitasi terjadi ketika molekul (terdiri dari analit dan matriks) meninggalkannya
pelat target dalam fase gas. Mekanisme pasti dari ablasi ini tidak diketahui, namun ada teori yang menyatakan bahwa hal ini juga terjadi
karena sublimasi setelah eksitasi atau tekanan yang disebabkan oleh perluasan kisi kristal yang cepat. Selama proses ini, 11
molekul matriks bertabrakan dengan molekul yang diinginkan dan memprotonasi atau mendeprotonasi molekul tersebut sehingga menghasilkan ion. Ionnya kemudian
dapat melakukan perjalanan ke penganalisis massa. Meskipun mekanisme pasti dari ablasi ini tidak diketahui, namun telah diajukan
mekanisme tentang apa yang berpotensi terjadi ketika sampel difoto. Di bawah ini adalah skema fotoionisasi
jalur reaksi yang diusulkan oleh Ehring, Karas, dan Hillenkamp pada tahun 1992 (Gambar 6.2.8 ).
Gambar 6.2.8 . Jalur reaksi terfotoionisasi

19
Seiring dengan semua teknik ionisasi, MSI memiliki kelebihan dan kekurangan dalam menggunakan teknik ini.
a) Keuntungan
· Karena merupakan teknik ionisasi lunak, sampel dengan massa besar dapat dianalisis
· Mampu menganalisis sampel biologis berukuran besar seperti protein, peptida, DNA, dll.
· Dapat dilengkapi dengan empat kali lipat yang pada gilirannya menghasilkan akurasi tinggi saat menentukan massa sampel karena rentang m/z empat kali lipat bersifat
selektif dan relatif kecil.
· Memungkinkan spektrum yang tidak terlalu rumit karena kecenderungannya untuk menghasilkan sebagian besar partikel bermuatan tunggal.
· Dapat digunakan untuk mengambil sampel
gambar · Kisaran massa yang sangat tinggi biasanya kurang dari 500.000 Da.
· Toleransi terhadap garam
· Dapat digunakan untuk menganalisis campuran kompleks
b) Kekurangan
· Karakterisasi menggunakan fragmen yang lebih kecil bisa sangat sulit · Biasanya
membentuk partikel bermuatan tunggal sehingga mengurangi jangkauan efektif penganalisis massa.
· Kontaminasi sampel dapat mempunyai pengaruh yang signifikan dalam pembuatan matriks kristal.
· Matriks dapat menyebabkan kebisingan latar belakang
yang tinggi · Kemungkinan fotodegradasi oleh desorpsi/ionisasi laser
MALDI, bersama dengan ESI, juga merupakan metode ionisasi yang sangat umum digunakan untuk analisis protein. Karena MALDI adalah metode ionisasi lunak, ion-ion yang
dihasilkan memiliki energi rendah sehingga memungkinkan produksi dan deteksi molekul utuh/terfragmentasi rendah. Produksi molekul utuh memungkinkan identifikasi dan
karakterisasi protein. Setelah protein didenaturasi, MALDI juga dapat digunakan untuk pengurutan protein dengan sidik jari massa peptida.
Salah satu keuntungan utama MALDI adalah kemampuannya dalam menggambarkan protein. Pencitraan MALDI dapat memberikan komposisi molekul lokal, kelimpahan relatif
dan distribusi spasial peptida dan protein dalam membran.
Catatan Penutup
Ionisasi adalah komponen yang sangat penting dalam spektrometri massa dan, seperti yang ditunjukkan, merupakan kunci untuk menentukan jenis sampel yang dapat dianalisis.
Seperti yang telah dibahas, ada parameter dan batasan penting yang terkait dengan setiap metode ionisasi, dan memahami batasan yang terkait dengan masing-masing metode
tersebut diperlukan untuk memilih metode yang tepat ketika mencoba menganalisis sampel. Sampai saat ini hasil ionisasi sampel molekul besar seperti protein relatif rendah
(1/1000 molekul) sehingga membatasi sensitivitas spektrometer massa. Teknik ionisasi baru sedang dicari untuk mengatasi keterbatasan besar ini. Tabel 2 merangkum dan
14
membandingkan teknik ionisasi yang dibahas dalam artikel ini.
24
Tabel 2. Ringkasan teknik ionisasi yang dibahas dalam makalah ini.
Kisaran massa Matriks Kompleks

Sumber ionisasi Degradasi Sensitivitas yang dapat diterima LC/MS
tipikal (Da) gangguan campuran
Ionisasi elektron Terbatas kecuali

500 TIDAK TIDAK ADA Sangat terbatas Pikomole
(EI) digunakan dengan GC/MS
Komentar: Sensitivitas bagus; data fragmentasi unik yang dihasilkan; Database National Institute of Science and Technology (NIST) (>100.000 senyawa) tersedia
untuk membandingkan data fragmentasi; dekomposisi termal merupakan masalah utama bagi biomolekul; Kisaran massa terbatas karena kebutuhan desorpsi
termal.
Reaksi matriks
Agak
luar biasa 7.000 YA dan beberapa termal Sangat terbatas Nanomol
menerima
degradasi
Komentar: Relatif tidak sensitif; sedikit fragmentasi; ionisasi lembut; toleransi garam tinggi hingga 0,01 M, diperlukan kelarutan dengan matriks
semprotan listrik Femtomole tinggi ke

70.000 TIDAK Panas Terbatas Bagus sekali
Ionisasi (ESI) pikomole rendah
Komentar: Alat LC/ MS yang luar biasa; toleransi garam rendah (milimolar rendah); pengisian berulang kali berguna, tetapi terjadi penekanan yang signifikan
dengan campuran; toleransi rendah terhadap campuran; ionisasi lunak (fragmentasi kecil diamati).
Degradasi foto dan

Cocok untuk campuran Rendah hingga tinggi
MALDI 300.000 YA matriks Mungkin
yang kompleks femtomole
reaksi
Komentar: Agak toleran terhadap garam; sensitivitas yang sangat baik; latar belakang matriks dapat menjadi masalah bagi ion bermassa rendah; ionisasi lunak
(hanya sedikit fragmentasi yang diamati); kemungkinan fotodegradasi; cocok untuk campuran kompleks. Pengisian ganda yang terbatas terjadi sehingga data MS/
MS tidak luas.
Referensi
1. Jürgen Cox dan Matthias Mann (Juli 2011). "Proteomik Kuantitatif dan Resolusi Tinggi untuk Biologi Sistem Berbasis Data".
Tinjauan Tahunan Biokimia. 80: 273–299. doi:10.1146/ annurev-biochem-061308-093216. PMID 21548781. – melalui Tinjauan
Tahunan (perlu berlangganan)
2. Spektrometer massa - cara kerjanya. https://www.chemguide.co.uk/analisis/masspec/howitworks.html (diakses 25/04/2019)
3. McLafferty, FW Spektrometri massa lintas sains. Prosiding National Academy of Sciences 2008, 105, 18088-
18089.
4. Bertani, R.; Cecchetto, W.; Poloni, R.; Crociani, B.; Seraglia, R.; Traldi, P. Perbandingan teknik penguapan keras dan ionisasi lunak
dalam spektrometri massa beberapa kompleks paladium(II) dan platinum(II) dengan ligan heterosiklik terikat C.
Anorganika Chimica Acta 1990, 174, 61-66.
5. Taylor, T. Ionisasi Elektron untuk GC – MS. LCGC Amerika Utara 2012, 30, 6.
Ionisasi elektron.commons.wikimedia.org/wiki/File:Electron_Ionization_-_Born_Oppenheimer_Potential_Curves.png.
Wikipedia (diakses 25/04/2019)
7. Sparkman, JTW a. OD: Pengantar Spektrometri Massa: Instrumentasi, Aplikasi, dan Strategi Data
Penafsiran; John Wiley & Putra, 2007; Jil. 4.
8. Barber, M. Fast Atom Bombardment (FAB) & Spektrometri Massa Ion Sekunder Cair (LSIMS). Jurnal Kimia
Masyarakat 1981, 35.
9. . Lafont, HHR Pengeboman atom cepat. Modul Referensi Ilmu Hayati 2017.
10. Tukang Cukur, M.; Bordoli, RS; Sedgwick, RD; Tyler, AN Pemboman atom cepat pada padatan (FAB): sumber ion baru untuk massa
spektrometri. Jurnal Masyarakat Kimia, Komunikasi Kimia 1981, 325-327.
11. Caprioli, RM; Petani, TBC; Gile, J. Pencitraan Molekuler Sampel Biologis: Lokalisasi Peptida dan Protein Menggunakan MALDI-TOF
MS. Kimia Analitik 1997, 69, 4751-4760.
12. JB Fenn, MM, CK Meng, SF Wong, dan CM Whitehouse. Ionisasi elektrospray untuk spektrometri massa besar
biomolekul. Sains, 246, 64-71.
13. Ionisasi elektrospray. en.Wikipedia.org/wiki/Electrospray_ionization (diakses 25/04/2019).
14. Kebarle*, P. Tinjauan singkat tentang status mekanisme yang terlibat dalam spektrometri mas elektrospray. JURNAL DARI
SPEKTROMETRI MASSA 2000, 35, 804-817.
15. Brackbill, JU; Kothe, DB; Zemach, C. Metode kontinum untuk memodelkan tegangan permukaan. Jurnal Fisika Komputasi
1992, 100, 335-354.
16. Wilm, M. Prinsip ionisasi elektrospray. Proteomik molekuler & seluler : MCP 2011, 10, M111.009407-
M009111.009407.
17. KNOCHENMUSS, FORMASI ION ZA DALAM SPEKTROMETRI MASSA MALDI. Ulasan Spektrometri Massa, 1998, 337–
366.
18. Spektrometri Massa MALDI-TOF. www.creative-proteomics.com/technology/maldi-tof-mass-spectrometry.htm (diakses
25/04/2019)
19. Berkenkamp, SK, M.; Hillenkamp, F. Peran fotoionisasi dan fotokimia dalam proses ionisasi organik
molekul dan relevansinya untuk spektrometri massa desorpsi/ionisasi laser berbantuan matriks. Spektrom Massa Org 1992, 30, 1303.
20. Calder, AG, Anderson, SE, Grant, I. , McNurlan, MA dan Garlick, PJ (1992), Penentuan d - 5
pengayaan fenilalanin (kelebihan 0,002–0,09 persen atom), setelah konversi menjadi feniletilamina, dalam kaitannya dengan studi pergantian
protein dengan kromatografi gas/spektrometri massa ionisasi elektron. Komunikasi Cepat. Spektrum Massa., 6: 421-424. doi:10.1002/rcm.1290060704
21. Julian P, Whitelegge, Stephen M, GómezKym FFaull. Proteomik Protein Membran. Kemajuan dalam kimia protein 2003.
22. Siuzdak, G. Pengantar Ionisasi Spektrometri Massa: Kutipan dari Perluasan Peran Spektrometri Massa dalam Bioteknologi, edisi
ke-2; MCC Press: dan
San Diego, 2005. The Scripps Research Institute, Pusat Spektrometri Massa 2004.
23. M. Barber, RS Bordoli, GJ Elliott, NJ Horoch, dan BN Green. Biokimia. Biofisika. Res. Coomun. 110:753-757.
24. M. Barber, RS Bordoli, RD Sedgwick, AN Tyler, GV Garner, DB Gordon, LW Tetler, dan RC Hider. Bioma. Spektrum Massa. 9:
265-269 (1982)
25. A. Dell dan GR Morris. Biokimia. Biofisika. Res. Komunitas. 106: 1456-1462 (1982).
26. M. Barber, RS Bordoli, GJ Elliott, NJ Horoch, dan BN Green. J.kimia. sosial. kimia. Komunitas. 936-938 (1982).
27. HR Morris, M. Panico, M. Barber, RS Bordoli, RD Sedgwick, dan AN Tyler. Biokimia. Biofisika. RES. Coomun. 101:623-
631 (1981).
28. Whitelegge, JP, Gundersen, CB dan Faull, KF (1998), Spektrometri massa ionisasi elektrospray dari intrinsik utuh
protein membran. Ilmu Protein, 7: 1423-1430. doi:10.1002/pro.5560070619
6.2: Teknik Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau
dikurasi oleh LibreTexts.
6.3: Spektrometri Massa Ionisasi Elektrospray (ESI).

Spektrometri Massa Ionisasi Elektrospray adalah teknik yang digunakan untuk menentukan berat molekul protein, peptida, dan lainnya
1
makromolekul biologis seperti oligosakarida. Awalnya dijelaskan oleh Fisikawan Kanada-Amerika Sir Arthur J. Dempster
7
dalam artikel berjudul "Metode baru analisis sinar positif". Karyanya adalah spektrometer massa modern pertama yang menggunakan positif
sinar untuk menentukan rasio massa terhadap muatan berbagai isotop litium dan magnesium. Dempster menunjukkan bahwa hal itu mungkin dilakukan
7.
menentukan proporsi relatif dan berat atom isotop menggunakan metode ini Spektrometri massa secara umum berguna untuk
penjelasan struktur (bila dikombinasikan dengan teknik pemisahan kromatografi), sekuensing peptida (bila dikombinasikan dengan ion
perangkap), dan kuantifikasi (bila dikombinasikan dengan penganalisis massa tiga kuadrupol) misalnya, dan terutama dibatasi oleh kemampuan
ion-ion yang dihasilkan tetap stabil sampai tiba di detektor. Ionisasi Electrospray menjelaskan metode dimana
makromolekul terionisasi melalui ionisasi “lunak”, yang tidak memecah atau mendegradasi makromolekul secara kasar dan terionisasi
1 2
dengan beberapa pengisian daya. Sebaliknya, makromolekul terionisasi menjadi tetesan kecil. Tetesan tersebut kemudian dilarutkan lebih lanjut,
1
secara efektif mengurangi ukuran tetesan menjadi molekul dengan proton. Molekul yang terprotonasi/terlarut memasuki penganalisis massa
1
dan selanjutnya detektor untuk menentukan rasio massa/muatan. Keuntungan. utamanya adalah sampel dapat dengan mudah dimasukkan
ke instrumen dalam larutan dengan kemampuan mendeteksi massa yang sangat kecil (massa atom) hingga molekul yang sangat besar (MDalton) dengan
5
batas deteksi hingga tingkat kepentingan pico-, femto-, dan atomole dalam . Selain itu, teknik analisis ini menjadi sangat hebat
dekade terakhir ini karena kemajuan yang memungkinkan sensitivitas yang lebih tinggi dan kemampuannya untuk digabungkan dengan
otomatisasi throughput tinggi untuk studi -"omics" dengan penerapan tinggi dalam penemuan obat.
Persiapan Sampel
Sampel untuk ESI-MS biasanya dimurnikan, yang ideal untuk instrumen karena campuran komponennya berbeda
1
sifat fisikokimia bukanlah analit yang baik untuk teknik ini (misalnya glikan vs. peptida). Metode seperti kinerja tinggi
kromatografi cair, elektroforesis kapiler, dan kromatografi kolom cair-padat biasanya digunakan untuk
1
tahap pemurnian, dan selanjutnya disuntikkan ke ESI-MS 1 . Biasanya metode pemurnian ditempelkan langsung pada kapiler
jarum .
Gambar 6.3.1 : Diagram Spektrometri Massa Ionisasi Elektrospray (Murphy, 2016)
Ionisasi Elektrospray (ESI)

Pompa jarum suntik mekanis menyuntikkan sampel cair (biasanya kurang dari satu mM dalam pelarut polar yang mudah menguap) ke dalam kapiler
1
jarum, dan dengan demikian melakukan nebulisasi menjadi kabut halus . Biasanya analit akan menjalani tiga proses utama setelah injeksi dan
ditransfer ke fase gas: ini akan menghasilkan tetesan bermuatan dari ujung kapiler tegangan tinggi, yang berulang kali menguapkan pelarut
5
tetesan bermuatan diikuti oleh disintegrasi tetesan menjadi tetesan yang jauh lebih kecil, dan terakhir transfer ion ke fase gas.
Jarum kapiler biasanya memiliki diameter dalam ~0,1mm dan diameter luar ~0,2mm, dan laju aliran rendah sekitar 1 hingga 20
1
ÿL/menit. Tegangan diterapkan ke ujung kapiler sekitar 2-6 kV, tempat kerucut pengambilan sampel sumber di sekitarnya berada
2
sekitar 1-3 cm dari ujung jarum penyemprot (lihat Gambar 6.3.1 ).
Medan listrik yang kuat menyebabkan partikel yang dinebulasi membawa muatan, sehingga menjadi tetesan semprotan listrik tempat pengeringan atau
gas selubung mengalir di sekitar kapiler meningkatkan nebulisasi 1.
Gambar 6.3.2 : Diagram Ionisasi Electrospray (Banerjee & Mazumdar, 2012)
Medan listrik juga mengarahkan semprotan ke arah spektrometer massa sementara ukuran tetesan berkurang (penguapan pelarut). 1 Ini
Prosesnya dijelaskan secara bergambar pada Gambar 6.3.3 di bawah. Setelah tetesan electrospray melewati kapiler pemanas (Gambar
1.
6.3.2 , diberi label sebagai kapiler pelarutan pada Gambar ),6.3.1
ion-ion terlarut sempurna Kapiler pemanas biasanya berada di sekitar
Diameter dalam 0,2 mm, panjang 60 mm, pada suhu yang dikontrol dalam kisaran 100-300 C untuk desolvasi dan proses desolvasi berkelanjutan.
Hai
penyusutan tetesan. 1 Pada titik ini ada dua gaya yang menjadi dominan: tegangan permukaan pada tetesan yang berfungsi mempertahankan bentuk
2
tetesan, dan gaya tolak menolak Coulomb antara muatan sejenis di permukaan yang berperan untuk memecah bentuk tetesan.
Saat tetesan bergerak melalui kapiler pemanas, mereka memiliki kerapatan medan listrik yang cukup tinggi sehingga menyebabkan muatan sejenis tolak menolak
satu sama lain, meningkatkan tegangan permukaan (langkah pertama ke kedua pada Gambar 6.3.3
). 2 Tetesan tersebut kemudian mencapai batas Rayleigh, yang mana
menggambarkan batas jumlah muatan yang dapat terdapat pada tetesan bermuatan sebelum terjadinya fisi dan penguraian
(langkah ketiga pada Gambar )6.3.3
. 1 Pada titik inilah tegangan permukaan tidak dapat lagi menahan gaya tolak-menolak Coulomb, dan a
Terjadi “ledakan Coulomb” atau “fisi Coulomb” (langkah keempat pada Gambar ) . Tetesan induknya hancur menjadi banyak
6.3.3 1
tetesan bermuatan positif atau negatif yang lebih kecil, dengan rasio massa terhadap muatan yang jauh lebih 1. Tetesan kecil ini mempunyai daya transfer massa yang tinggi.
tinggi karena porsi muatan induk yang lebih kecil terbawa dan didistribusikan ke banyak tetesan turunan dibandingkan dengan tetesan bermuatan positif atau negatif.
massa terbawa dari tetesan induk. Contoh riwayat waktu ditunjukkan di bawah tentang tetesan metanol yang dihasilkan oleh penyemprotan listrik di
Gambar 6.3.4 .
Gambar 6.3.3 : Diagram Proses Fisi (McFarland, 2008)
6.3.4 : Tetesan Metanol yang dihasilkan melalui proses mikroelektrospray. Tetesan kiri atas adalah tetesan induk yang dibuat pada ujung kapiler
electrospray Gambar. N adalah jumlah muatan dasar, R adalah jari-jari tetesan dalam mikrometer, ÿt adalah waktu dalam mikrodetik penguapan pelarut
untuk mengecilkan tetesan (panah kanan) ke titik terjadinya fisi Coulomb (panah bawah).
Hanya tiga langkah pertama penguapan pelarut/fisi Coulomb berturut-turut yang ditampilkan. Sisipannya adalah gambar tetesan yang sedang mengalami
pembelahan jet (Banerjee & Mazumdar, 2012).
Penguraian tetesan dari ESI terjadi dengan cara yang mirip dengan inset persamaan Gambar 6.3.4 : , dan didikte oleh Rayleigh
2 3
q = 8 ÿ2 ÿo
ÿ D (6.3.1)
Dimana q adalah muatan, epsilon 'tidak ada' adalah permisifitas medium, gamma adalah tegangan permukaan tetesan, dan D adalah diameter tetesan.
Analisis Massal
Dari berkas ion, penganalisis massa mengambil berbagai jenis ion dan memisahkannya berdasarkan rasio massa terhadap muatannya.
Setelah itu, ion dilewatkan ke detektor. Ada banyak jenis seperti penganalisis massa sektor magnetik (B)/listrik (E), perangkap ion kuadrupol linier (LIT),
perangkap ion qudrupol tiga dimensi (QIT), orbitrap (Mass Analyzer Orbitrap), penganalisis massa waktu penerbangan (TOF, Penganalisis Massa Waktu
1
Penerbangan), dan penganalisis massa resonansi siklotron ion (ICR). Semuanya memanfaatkan dinamika medan magnet/listrik statis berdasarkan hukum
gaya Lorentz (Persamaan (1), suatu muatan mengalami gaya listrik dan magnet ketika merambat melalui medan magnet/listrik) dan hukum gerak kedua
3
Newton (Persamaan (2), benda dipercepat berdasarkan massanya dan gaya total yang bekerja pada benda tersebut).
4
F = qE +qvxB (6.3.2)
F = mxa (6.3.3)
Dimana pada Persamaan (2), F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan ion, E adalah medan listrik, v adalah kecepatan ion, dan B adalah medan magnet. Pada
Persamaan (3), F adalah Gaya, m adalah massa, dan a adalah percepatan.
Tabel 1 di bawah ini merangkum secara singkat perbandingan antara alat analisa massa yang berbeda. Penganalisis massa menggunakan lensa elektrostatis
-3 -6
(lihat Gambar 6.3.1 ) untuk mengarahkan sinar ke dalam penganalisis, dan disimpan pada ruang hampa tinggi (tekanan sekitar 10 torr hingga 10 torr) untuk
1
mencegah interaksi molekuler yang tidak diinginkan antara ion dan atmosfer.
Tabel 1: Perbandingan alat analisa massa (de Hoffmann & Stroobant, 2007)
Lima karakteristik utama untuk mengukur kinerja penganalisis massa adalah batas rentang massa, kecepatan analisis, transmisi,
5
akurasi massa, dan resolusi . Menurut de Hoffmann dan Stroobant, rentang massa adalah batas massa terhadap muatan (m/z) massa
penganalisis dapat mengukur ion, dinyatakan dalam satuan Th (Thomson), atau u (satuan massa atom terpadu) untuk ion dengan muatan unsur
kamu Ya -8 5
(z=1), dimana {1 Th=1 / = 1 / =e 1,036426*10
e kg/ } . Kecepatan analisisC(kecepatan pemindaian) adalah kecepatan yang diukur oleh penganalisis a
5
rentang massa tertentu, dinyatakan dalam satuan massa per detik (u/s) atau dalam milidetik (u/ms) . Transmisi adalah perbandingan antara
jumlah ion yang mencapai detektor dan jumlah ion yang masuk ke penganalisis massa, termasuk kehilangan ion dari bagian lain
5 5
penganalisis massa, seperti lensa listrik . Keakuratan massa, kedengarannya, adalah keakuratan m/z yang disediakan oleh penganalisis massa.
Ini adalah perbedaan antara m/z teoritis (m teoretis ) dan diukur m/z (m diukur ), dinyatakan dalam satuan milimassa (mmu) atau
5
bagian per juta (ppm). Parameter ini erat kaitannya dengan stabilitas dan resolusi alat analisa, misalnya low-
5
instrumen resolusi tidak dapat memberikan akurasi yang tinggi. Resolusi atau kemampuan penganalisis untuk menghasilkan sinyal yang berbeda dari dua sinyal
5
ion-ion dengan perbedaan m/z yang hampir sama hingga kecil dapat dinyatakan sebagai berikut pada Persamaan (4) .
M
R= (6.3.4)
ÿm
2
Dimana m adalah massa puncak pertama, dibagi dengan selisih ÿm antara puncak-puncak yang berdekatan. Data ditingkatkan dengan
5
lebih banyak resolusi (R lebih tinggi).
Detektor
Jenis detektor yang umum digunakan bersama dengan penganalisis massa kuadrupol misalnya, adalah pengganda elektron (EM)
5
5 detektor . Dalam detektor jenis ini, elektron dipercepat hingga kecepatan tinggi, sehingga meningkatkan efisiensi pendeteksian. Untuk mencapai hal ini, sebuah
5
elektroda yang disebut dinoda konversi ditahan pada potensial tinggi dari + 3 kV hingga + 30 kV, berlawanan dengan muatan ion. Sekali ion
5
menyerang dinoda konversi, beberapa partikel sekunder dipancarkan elektron, dan . Partikel sekunder biasanya berupa ion negatif dan positif,
5
partikel netral. Misalnya, jika ion positif menyerang dinoda konversi, ion negatif dan elektron akan menjadi
5
partikel sekunder yang diinginkan, demikian pula, jika ion negatif menumbuk dinoda konversi, partikel sekundernya adalah ion positif .
5
Partikel sekunder kemudian diperkuat dalam efek kaskade untuk menghasilkan arus .
Gambar 6.3.8 : Skema pengganda elektron dynode diskrit, dinode pertama (pada -5000 V) mengubah ion menjadi elektron (de
Hoffmann & Stroobant, 2007)
5
Gambar 6.3.8 menunjukkan skema detektor pengali elektron dynode diskrit potensial (tetapi . Dynode pertama dimulai pada magnitudo yang lebih tinggi
5
negatif), menyebabkan partikel sekunder memancarkan elektron dinode berikutnya . Partikel sekunder dan elektron saling berakselerasi
(karena potensial yang lebih rendah) hingga elektron mencapai keluaran pengali elektron, yang ditahan pada
5
potensi tanah. Aliran elektron dibuat di ujungnya, dan arus dihasilkan dan diperkuat oleh elektronik konvensional
5
amplifikasi.
Ionisasi Electrospray pada Protein Membran

6
Protein membran menjadi perhatian khusus karena pentingnya dalam sinyal sel, transportasi, interaksi adhesi. Beberapa , dan antar sel
keuntungan metode spektrometri massa dalam mempelajari protein membran adalah pembekuan atau kristalisasi (seperti
6
dalam kristalografi sinar-X) tidak diperlukan, dan dimungkinkan untuk mempelajari protein-protein ini dalam keadaan aslinya (terbuka). .
Spektrometri massa (MS) ionisasi elektrospray (ESI) pada protein membran biasanya terbagi dalam dua kategori: MS asli dan
6
pelabelan MS . MS asli melibatkan pemeliharaan interaksi non-kovalen, yang mempertahankan struktur tersier dan kuaterner, dan memang demikian
6
dilakukan dalam ruang hampa
. Pelabelan metode MS melibatkan ikatan silang kimia, pertukaran hidrogen-deuterium, dan radikal hidroksil
6
jejak kaki (HRFP) adalah beberapa di . Untuk setiap metode, protein diberi label dalam larutan (peptida bereaksi dengan label kimia),
6
antaranya yang menjalani proteolisis, dan selanjutnya diukur/dikuantifikasi melalui metode MS (lihat Gambar 6.3.9 di bawah).
Gambar 6.3.9 : Ringkasan metode Spektrometri Massa (MS) Asli (Utuh) dan Pelabelan (Fragmen). MS utuh/asli terlibat
mempertahankan struktur tersier dan kuaterner untuk analisis, sedangkan metode MS fragmen/pelabelan melibatkan ikatan silang kimia,
pertukaran, atau penandaan peptida diikuti dengan proteolisis. Metode pelabelan MS kemudian mempelajari pola fragmentasi dari label
segmen peptida (Calabrese dan Radford 2018).
Pertimbangan ESI pada Protein Membran
Pertimbangan yang cermat dalam mengoptimalkan parameter mutlak diperlukan ketika menganalisis bahan biologis secara massal
6
metode spektrometri. Dua contoh parameter ini adalah tegangan tumbukan dan pemilihan deterjen. Tabrakan
5
tegangan adalah tegangan yang diterapkan pada ion molekul, mempercepatnya ke dalam sel tumbukan dengan gas inert. Optimalisasi
tegangan tumbukan melibatkan pemilihan tegangan yang memungkinkan ion fragmen diamati, tetapi juga diselesaikan dengan baik. Tegangan ini hilang
bergandengan tangan dengan pertimbangan yang cermat terhadap buffer/deterjen. Idealnya, buffer/deterjen harus mampu efisien
6
melarutkan protein, dan juga mudah dihilangkan agar protein dapat terdesolvasi dengan baik (lihat Gambar 3 dan 4). Deterjen
6
digunakan untuk protein membran karena sifat amfifiliknya, mirip dengan protein membran itu sendiri, dua parameter bersatu ketika . Dimana ini
kompleks protein-deterjen membran berpindah ke fase gas: tegangan tumbukan
harus cukup tinggi untuk melarutkan protein membran dari deterjen, dan deterjen tidak boleh melarutkan protein membran dengan kuat. Deterjen dengan
6
pelarut kuat memerlukan energi lebih tinggi yang berisiko mengganggu kestabilan protein sebelum dideteksi dalam penganalisis massa.
Jika protein membran tidak terbebas dari deterjen, mungkin karena tegangan tumbukan yang rendah, sinyal protein membran mungkin tertekan oleh noise dari
sisa deterjen (lihat Gambar 6.3.1 0b dan 10f). Gambar 6.3.1 0 di bawah ini juga menunjukkan konsep pemilihan tegangan tumbukan yang tepat dikombinasikan
dengan deterjen yang sesuai.
6.3.1 0: Contoh dari spektrometri massa asli protein membran (Calabrese dan Radford 2018). (a) Menunjukkan Gambar bahwa tegangan/ energi
tumbukan yang rendah menghasilkan penghilangan sebagian deterjen/ amfifil, sehingga menghasilkan puncak yang tidak terselesaikan. Sebaliknya,
tegangan tumbukan yang cukup tinggi menghasilkan penghilangan deterjen/ amfifil secara menyeluruh, sehingga menghasilkan puncak yang teratasi.
(b) menggemakan konsep dari 10a yang menunjukkan spektrum massa teoritis dari tegangan tumbukan rendah (hijau/ depan) ke tegangan tumbukan
tinggi (merah/ belakang). (cd) Menunjukkan perbedaan dalam penggunaan deterjen DDM (c) dan amphipol (d) pada PagP, menunjukkan adanya dua
konformasi. (ef) Menunjukkan perbedaan spektrum massa protein DgkA menggunakan DDM (e) vs. amphipol (f). Penggunaan amphipol untuk DgkA
menunjukkan solvasi proteinnya yang kuat, sehingga menghasilkan kebisingan yang lebih tinggi. Pemilihan deterjen yang cermat untuk protein membran yang
diinginkan diperlukan karena deterjen tunggal mungkin tidak cocok untuk semua protein membran. (gh) Menunjukkan spektrum massa yang dihasilkan
saat melarutkan DgkA dalam bisel dan nanodisc (Calabrese dan Radford 2018).
Ringkasan
Electrospray (ESI) adalah teknik ionisasi lembut yang mendapatkan popularitas dalam aplikasi biologis karena mampu mempertahankan
interaksi protein non-kovalen.
Penggunaan buffer/deterjen/kondisi instrumen yang dioptimalkan menjadikan spektrometri massa (MS) ESI menjadi alat yang ampuh dan
sensitif untuk menjelaskan struktur protein membran.
ESI dapat digabungkan dengan berbagai penganalisis massa (lihat Tabel 1), memberikan fleksibilitas analisis kepada pengguna spektrometri massa.
ESI juga dapat digabungkan di bagian hilir dari berbagai teknik kromatografi seperti HPLC untuk meningkatkan studi berbasis spektrometri
massa pada struktur molekul yang kompleks.
Referensi
1. Banerjee, S., & Mazumdar, S. (2012). Spektrometri Massa Ionisasi Elektrospray: Teknik untuk Mengakses Informasi di luar Berat Molekul Analit.
Jurnal Internasional Kimia Analitik.
2. Murphy, J. (2016, 8 Oktober). Spektrometer Massa Ionisasi Elektrospray. Diperoleh dari Chemistry LibreTexts(TM): https://chem.libretexts.org/
Core/Ana...s_Spectrometry 3. Burung, RB, dkk. (2001). Fenomena
Transportasi, Wiley.
4. Muda, HD, Freedman, RA, & Sears, FW (2004). Fisika universitas Sears dan Zemansky (edisi ke-11). San Fransisco,
California: Pearson/Addison Wesley.
5. de Hoffmann, E., & Stroobant, V. (2007). Prinsip dan Aplikasi Spektrometri Massa. Sussex Barat, Inggris: John Wiley &
Putra, Ltd.
6. AN Calabrese, SE Radford, Metode (2018). https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2018.02.020 7. Dempster,
AJ (1921). "Analisis Sinar Positif dari Litium dan Magnesium." Tinjauan Fisik 18(6): 415-422.
8. McFarland, S. (Ed.). (2008, 19 April). File:Fission.jpg. Diakses pada 13 Juni 2018, dari http://
www.appropedia.org/File:Fission.jpg 9. Burung,
RB, dkk. (2001). Fenomena Transportasi, Wiley.
10. (2003). Fisika Universitas Dengan Fisika Modern,11/e, Pearson Education.

Christopher Ranque
6.3: Spektrometri Massa Ionisasi Elektrospray (ESI). dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
6.4: Orbitrap Penganalisis Massa

Spektrometri massa (MS) merupakan instrumen analisis yang digunakan untuk mengukur rasio massa terhadap muatan (m/ z) sampel untuk memperoleh
informasi kualitatif dan kuantitatif [1]. Perkembangan MS dimulai sekitar tahun 1920 ketika MS digunakan untuk mempelajari kelimpahan unsur isotop[1].
Kemampuan MS telah meningkat pesat sejak tahun 1920. Dalam 90 tahun terakhir, MS telah digunakan untuk mempelajari campuran organik dan anorganik
yang kompleks, komposisi permukaan padat, sampel biologis, dan banyak lagi [1-2]. Saat ini, MS hadir dalam berbagai bentuk karena kemampuannya yang
dapat digabungkan dengan instrumen analisis lainnya [1-2]. Hal ini memungkinkan MS menjadi sangat serbaguna menjadikannya salah satu instrumen analisis
yang paling banyak digunakan saat ini. Salah satu kemajuan terbaru dalam MS adalah penganalisis massa Orbitrap yang memungkinkan peneliti
mengkarakterisasi sampel biologis seperti membran sel [2].
Dasar-dasar
Prinsip MS didasarkan pada pemisahan rasio m/ z dan menganalisisnya untuk mendapatkan spektrum massa sampel [1-2]. MS memiliki tiga komponen utama
yaitu sumber ionisasi, penganalisis massa, dan detektor [1-2]. Skema keseluruhan instrumen MS ditunjukkan pada Gambar 6.4.1
.
Gambar 6.4.1 : Diagram kotak dasar Spektrometer Massa [1]
Sampel disuntikkan menggunakan sistem saluran masuk yang memurnikan analit, dan selanjutnya menjadi terionisasi [1]. Metode standar ionisasi untuk
penganalisis massa Orbitrap menggunakan Electrospray Ionization (ESI) [1]. Setelah ionisasi, penganalisis massa menyaring sampel untuk rasio m/ z yang
diinginkan . Dalam hal ini, Orbitrap adalah penganalisis massa yang diminati[1]. Ion m/ z yang diinginkan kemudian dialirkan ke detektor untuk diolah menjadi
spektrum massa [1]. Sinyal ini diproses yang memberi kita pembacaan. Pembuatan jalur bebas ion penting untuk memandu ion menuju detektor karena ruang
-5 -8
hampa (10 hingga 10 ) meminimalkan kemungkinan ion bertabrakan dengan molekul lain secara tidak sengaja. Jika tumbukan yang tidak disengaja ini terjadi,
sinyal yang berkurang dapat dihasilkan. Dengan menggunakan sistem vakum tinggi, ion dapat bertransisi melalui MS dengan kemungkinan tumbukan yang
rendah dengan ion lain.
Ionisasi
Metode ionisasi dapat diklasifikasikan menjadi ionisasi lunak atau keras[1-2]. Metode ionisasi keras menghasilkan ion dengan energi sisa yang tinggi [1-2].
Metode ini biasanya menghasilkan fragmentasi molekul [1-2]. Untuk ionisasi keras, ionisasi elektron adalah salah satu metode yang paling umum digunakan
dalam MS untuk menghasilkan ion untuk analisis MS [2]. Tidak seperti ionisasi keras, metode ionisasi lunak menggunakan energi sisa yang lebih rendah untuk
mengionisasi sampel di mana kecil kemungkinan terjadinya fragmentasi. Hal ini ideal ketika mempelajari sampel biologis yang mengutamakan integritas
sampel[1-2]. ESI adalah contoh metode ionisasi lunak untuk MS[1-2]. Untuk penganalisis massa Orbitrap, ESI adalah metode yang paling umum digunakan
untuk sumber ionisasi [1-2]. Dengan menggunakan penganalisis massa, ion bermuatan dapat dibuat dan pergerakannya dikendalikan oleh medan magnet dan
listrik [1].
Penganalisis Massa
Penganalisis massa adalah salah satu komponen terpenting MS. Ini menyaring ion untuk rasio m/ z yang diinginkan untuk memungkinkan detektor mengeluarkan
spektrum massa [1-2]. Selain menyaring rasio m/ z , mereka juga dapat bertindak sebagai pusat penyimpanan ion, ruang fragmentasi atau bahkan kompartemen
pelepasan ion [1-2]. Dalam penganalisis massa Orbitrap, terdapat quadrupole dan Orbitrap [1-2]. Komponen quadrupole memungkinkan pemilihan massa dan
mengarahkan ion dengan m/z yang diinginkan ke Orbitrap[1-2].
Orbitrap adalah penganalisis massa berbasis perangkap ion yang dikembangkan dari perangkap Kingdon [2-6]. Dikembangkan pada tahun 1923 oleh KH
Kingdon, perangkap Kingdon pada awalnya dibuat untuk mengeksplorasi potensi listrik dalam elektroda yang panjangnya tak terhingga [4]. Gambar 6.4.2 di
bawah menunjukkan diagram skema perangkap Kingdon.
Gambar 6.4.2 : Diagram skema perangkap Kingdon [4]
60 tahun setelah KH Kingdon meninggal, RD Knight, salah satu orang seangkatan KH Kingdon mengembangkan jebakan Ksatria berdasarkan KH
Karya asli Kingdon[5]. Perangkap Knight memperbaiki keterbatasan perangkap Kingdon dengan menurunkan m/z dari potensial listrik [5]. Meskipun RD Knight
mampu membuat hubungan antara potensial listrik suatu elektroda dengan rasio m/z, perangkap Knight masih memiliki keterbatasan. Perangkap Knight
memiliki masalah dalam membedakan antara rasio m/z yang serupa dan fokus pekerjaan RD Knight adalah pada ejeksi ion dari perangkap Knight [5].
Pada tahun 2000, fisikawan Rusia Alexander Alexeievich Makarov menerbitkan karyanya tentang orbitrap yang memecahkan keterbatasan jebakan Knight[6].
Selama lima tahun berikutnya, penganalisis massa Orbitrap tersedia secara komersial, memungkinkan para peneliti mengukur rasio m/z dari sampel biologis
yang besar [3]. Gambar 6.4.3 menunjukkan desain asli Orbitrap yang ditemukan oleh Dr. Makarov. Orbitrap mendapat perhatian besar untuk analisis MS sampel
biologis karena resolusinya yang tinggi dan batas massanya yang tinggi [2]. Kebanyakan penganalisis massa lainnya terbatas pada molekul berukuran 2 kDa/z
hingga 4 kDa/[2,6]. Hal ini memerlukan sampel yang memiliki muatan lebih besar dari 50 agar dapat mengukur sampel dengan massa 100 kDa. Dalam kasus
Orbitrap, batas resolusinya adalah dari 50kDa/z hingga 100kDa/z[2]. Untuk sampel biologis dengan berat 100kDa, kita hanya memerlukan biaya sebesar 1
untuk mendeteksinya di Orbitrap. Hal ini disebabkan sensitivitas tinggi Orbitrap yang memiliki salah satu batas resolusi tertinggi dibandingkan penganalisis
massa lainnya.
Gambar 6.4.3 : Desain Orbitrap Alexeievich Makarov [3]
Teori Orbitrap
Penganalisis massa Orbitrap beroperasi dengan berosilasi ion dalam elektroda silinder dengan ujung meruncing dan mendeteksi sinyal untuk m/z berdasarkan
transformasi Fourier (FT)[2-3,6]. Elektroda ini ditenagai oleh frekuensi RF yang membuat ion berosilasi di sekitar elektroda bagian dalam [6]. Cara yang lebih
baik untuk menggambarkan detail Orbitrap ditunjukkan pada Gambar 6.4.4 di bawah yang menunjukkan tampilan samping dan penampang Orbitrap saat ion
bersirkulasi melalui perangkap (berwarna merah)3].
Angka 6.4.4 : Penampang orbitrap dan tampak samping lintasan ion [3]
Pada penyuntikan awal ion-ion pada Orbitrap akan menghasilkan Gambar 6.4.4a dimana terdapat garis tipis yang menunjukkan lintasannya [3].
Coba “Saat ion pertama kali disuntikkan, ion biasanya mengikuti gerakan osilasi yang tidak sempurna, dengan frekuensi di luar fase elektroda (Gambar 6.4.4
a, garis abu-abu)[3]. Seiring berjalannya waktu, ratusan osilasi dimasukkan ke dalam Orbitrap dan mengikuti lebih banyak revolusi melingkar dalam satu
fase (Gambar 6.4.4 b, wilayah hitam)[3]. Namun, jika injeksi awal ion beresonansi dengan elektroda, orbit melingkar dapat diperoleh dari awal (Gambar 6.4.4
c, lingkaran abu-abu) [3]. Potensi elektrostatis Orbitrap dapat dijelaskan dengan persamaan:
k 2 2 hal k 2 R
z (Rm) (6.4.1)
kamu(r, z) =2( ÿ ) + 2 2 Rm)
dalam( +c
Potensial di dalam perangkap didasarkan pada koordinat silinder r dan z , kelengkungan medan k, radius karakteristik R (radius dapat disimpulkanMbentuknya
pada saat ion-ion menolak bukannya menarik), dan nilai konstan C [2,6] . Dari Persamaan 6.4.1 ,
aksial sepanjang sumbu z direpresentasikan sebagai:
ÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿ
2
2
hal
-
(R1,2) 2 R1,2
z1,2(r) = + (Rm) (6.4.2)
2 2 R )
ÿ dalam(
Ketika z diatur ke nol, dapat dilihat bahwa jari-jari maksimum elektroda adalah R [6]. 1,2
Kembali ke lintasan ion, pasti ada beberapa kondisi awal yang harus dipenuhi ketika berada di [6] Kondisi t = 0 ini
dicantumkan sebagai:
r(0) = r0 rÿ(0) = rÿ0

ÿ(0) = ÿ0 ÿÿ(0) = ÿÿ0 (6.4.3)
z(0) = z0 zÿ(0) = zÿ0
Dengan kondisi berikut ini, maka diperoleh tiga persamaan yang mewakili sistem koordinat kutub Orbitrap yang tercantum
sebagai:
2
ÿ Q k (Rm)
M 2 R
(a)r¨ÿrÿÿ = ÿ [ ÿr]
ÿÿÿÿ
(6.4.4)
(B) d dt( r 2ÿÿ ) = 0
Q
ÿ ÿÿÿÿ (c) z¨ = Mkz ÿ
Ketiga persamaan koordinat kutub ini masing-masing mempunyai persamaan energi tersendiri yang ditunjukkan sebagai:
2
qEr = ( ) m = (rÿ0)
2
2
qEÿ ( ) m (r0ÿÿ 0)
2
2
qEz (zÿ0)
= ( )m2
Dengan memenuhi kondisi yang ditentukan pada Persamaan 6.4.4 , seseorang dapat menentukan energi kinetik awal ion yang merupakan jumlah ketiganya
energi pada Persamaan??? [6]. Yang lebih penting adalah Ez adalah faktor energi osilator harmonik untuk Orbitrap[6].
Kembali ke Persamaan 6.4.1 , seseorang dapat menemukan gradien tegangan yang diperlukan untuk sistem tertentu yang ditunjukkan sebagai:
ÿU(r, z) = kz
(6.4.5)
ÿz
Gradien tegangan difokuskan hanya sepanjang sumbu z Orbitrap [2]. Gradien tegangan ini dapat dijelaskan lebih lanjut dengan
persamaan di bawah ini:
ÿU
Fz = mz¨ = ÿq = ÿqkz (6.4.6)
ÿz
atau
z¨ = ÿqkz (6.4.7)
Gaya yang diinduksi oleh medan listrik pada sumbu z dijelaskan pada Persamaan 6.4.7 [2] yang solusi tepat diberikan di bawah ini sebagai:
ÿÿÿÿÿ
z(t) = z0 cos(ÿt)+ 2Ez/ksin(ÿt)

ÿ (6.4.8)
Persamaan6.4.8 ukuran frekuensi korelasi di Orbitrap hanya bergantung pada sumbu z [2] yang ditunjukkan di bawah ini:
ÿÿÿÿÿÿ
Q
ÿ = (ÿ)k M
(6.4.9)
Dari persamaan terakhir ini, kita dapat melihat hubungan frekuensi dengan rasio massa terhadap muatan dan tidak bergantung pada kinetik
energi[2]. Di sinilah FT berperan penting dalam mendapatkan spektrum massa saat menggunakan penganalisis massa Orbitrap [2]. Ditampilkan di
Persamaan 6.4.9 kita dapat melihat hubungan antara m/z dengan frekuensi [2]. Dengan penganalisis massa Orbitrap, seseorang dapat melampaui
batas sampel biomolekul untuk analisis MS yang merupakan sampel biologis bermassa tinggi [2]. Rentang resolusi batas massa untuk
quadrupole adalah 2.000 m/ z hingga 4000 m/ z sedangkan rentang resolusi batas massa untuk Orbitrap adalah 50.000 m/z hingga 100.000 m/z[2]. Ini terserah
perbedaan massa dua magnitudo dengan menggunakan penganalisis massa Orbitrap [2].
Detektor
Tidak seperti instrumen MS lainnya, detektor penganalisis massa Orbitrap dibangun ke dalam Orbitrap itu sendiri (Gambar 6.4.5 ) [3,6].
Gambar 6.4.5 : Skema tampilan samping dari penganalisis massa Orbitrap[6]
Detektor pada Orbitrap adalah pendeteksi arus gambar[6]. Untuk Orbitrap, medan elektrostatis dihasilkan dalam massa
penganalisa oleh ion yang sedang diukur melalui serangkaian pemrosesan sinyal [6]. Sinyal yang diukur dapat dijelaskan dibawah ini:
Q ÿÿ(r, ÿ, z)
kamu
(6.4.10)
Q = ÿ( )
Persamaan 6.4.10 menggunakan teorema timbal balik Green untuk mendapatkan tegangan sinyal yang diinduksi oleh ion berosilasi di Orbitrap[6] Ini
persamaan menunjukkan hubungan antara muatan gambar (Q) yang menginduksi elektroda terhadap muatan (q) pada titik koordinat (r,ÿ,z) [6]. Itu
tegangan yang diperoleh pada Persamaan 6.4.10 , dapat digunakan untuk menurunkan arus induksi Orbitrap, seperti yang ditunjukkan pada Persamaan 2.2 di bawah ini :.
dQ Q ÿÿÿ(r, z) ÿÿÿ(r, z)
Saya(t) = = ÿdt R (6.4.11)
kamu [ zÿ + ÿr ÿr ]
Persamaan 6.4.11 adalah total arus gambar untuk awan ion di Orbitrap yang menyatakan total arus gambar didasarkan pada
penjumlahan arus individu [6]. Nilai rata-rata r dan z akan digunakan untuk sistem ini[6]. Ketika berbicara tentang sistem berbasis satu ion, sumbu z akan menjadi hal
utama yang diperlukan untuk menentukan rasio m/ z tetapi ketika banyak ion ditambahkan ke
sistem, seseorang memerlukan sumbu radial untuk membedakan ion-ion yang berbeda [6]. Ini bergantung pada energi yang berbeda
terkait dengan setiap koordinat kutub yang ditunjukkan pada Persamaan ??? [6]. Total gambar akan ditentukan oleh persamaan di bawah ini:
Q ÿÿÿ(r, 0) ÿz
zÿ
ÿ
(6.4.12)
Saya(t) ÿkamu
ÿN( ÿz ) ÿ ÿqNÿ( ) dosa(ÿt)
Persamaan 6.4.12 memberikan total arus gambar yang dapat menggambarkan celah efektif (lambda) antara elektroda pendeteksi [6].
Dengan persamaan tersebut dan menggunakan FT, diperoleh spektrum yang ditunjukkan pada Gambar 6.4.6 dan dapatkan data spektrum massa pada Gambar
56 + 6.4.7 adalah
[6]. Gambar 6.4.6 Fe adalah
elemen yang berosilasi ribuan kali di sekitar penganalisis massa Orbitrap dan Gambar 6.4.7
FT data memberikan spektrum massa [6].
56+
Angka 6.4.6 : Sinyal ion Fe di Orbitrap [6]
Gambar 6.4.7 : FT dari Sinyal ion Fe 56+

di Orbitrap[6]
Aplikasi
Salah satu aplikasi utama penganalisis massa Orbitrap adalah menggunakannya untuk mempelajari biomolekul besar seperti membran sel [3]. Beberapa
pekerjaan awal menggunakan penganalisis massa Orbitrap adalah mempelajari insulin sapi yang pernah dilakukan sebelumnya tetapi tidak dapat menjelaskan dengan jelas
MS puncak [2-3]. Gambar 6.4.8 memberikan data spektrum massa insulin sapi yang menggambarkan puncak resolusi yang baik dan tidak
dapat diperoleh tanpa orbitrap [3]. Hal ini menunjukkan kemampuan alat analisa massa Orbitrap yang mendapatkan resolusi 100.000
m/z[3]
Gambar 6.4.8 Data MS Insulin Bovine menggunakan penganalisa massa ESI Orbitrap [3]
Saat ini penganalisis massa Orbitrap telah digunakan dalam analisis protein seperti proteomik, glikoproteomik, dan oligopeptida [7-8].
Ini dapat diterapkan pada analisis membran sel [7-8]. Alasan mengapa Orbitrap ideal karena mampu membedakan sampel biologis kompleks yang
memiliki rasio m/z yang serupa [7]. Orbitrap bukan satu-satunya MS yang dapat digunakan untuk analisis membran sel.
Gambar 6.4.9 memberikan semua ionizer dan penganalisis massa yang mungkin dapat digabungkan satu sama lain untuk melakukan analisis MS tetapi
berdasarkan kemampuan resolusi, penganalisis massa Orbitrap adalah yang terbaik [9].
Gambar 6.4.9 : Berbagai komponen yang dapat digunakan untuk analisis MS pada membran sel
Munculnya penggunaan Orbitrap dibandingkan instrumen MS lainnya karena kemampuan resolusi tinggi dari Orbitrap[2,9]. Karena sensitivitas
Orbitrap yang tinggi, seseorang dapat mengukur beberapa peristiwa pengikatan bersamaan yang tidak mungkin dilakukan sebelumnya [9].
Sensitivitasnya yang tinggi memungkinkan Orbitrap membedakan perubahan massa kecil. Salah satu aplikasi biologis adalah lipid, dimana
perbedaan massanya bisa kecil [9]. Dengan menggunakan Orbitrap, seseorang dapat membedakan perbedaan massa sekecil 12Da yang tidak
mungkin dilakukan pada MS generasi lama[9]. Selain dapat membedakan molekul bermassa rendah, Orbitrap juga dapat memperoleh spektrum
yang baik dari molekul biologis bermassa tinggi. Keunggulan lain dari Orbitrap adalah mempelajari proteoform, glikoform dan modifikasi pasca
translasi yang terjadi pada membran sel [9]. Sebuah makalah baru-baru ini diterbitkan Metode Alam membahas aplikasi Orbitrap saat ini pada
protein membran dan pengikatan lipid [10]. Makalah ini dapat ditautkan ke doi ini: 10.1038/nmeth.3771 [10]
Ringkasan
Penganalisis massa Orbitrap telah membuka jalur baru untuk analisis biologis, karena memiliki batas resolusi tinggi 100kDa/z. Hal ini menjadikan
Orbitrap sebagai alat yang ampuh dalam memahami sistem biologis besar yang biasanya tidak dapat dipelajari dengan MS generasi lama. Orbitrap
saat ini sedang diterapkan ke dalam bidang proteomik, glikoprotemik, dan glikolip yang dapat berhubungan dengan membran sel [7-9]. Meskipun
alat analisa massa Orbitrap telah memajukan penelitian kami dalam sistem biologis, masih ada keterbatasan pada instrumen tersebut [2-3,7-9].
Meskipun demikian, Orbitrap masih memiliki banyak potensi kemajuan di masa depan yang dapat melampaui keterbatasannya saat ini sehingga
membantu para peneliti di bidang biofisika.
Referensi
1. Skoog, DA; Leary, JJ, Prinsip Analisis Instrumental. Penerbitan Saunders College: Philadelphia, PA, 1992; hal 420-461.
2. Hoffmann, ED; Stroobant, V., Spektrometri massa: prinsip dan aplikasi. John Wiley & Sons Ltd: Chicester, Barat
Sussex, 2007; hal 1-503.
3. Hu, Q.; Tidak, RJ; Li, H.; Makarov, A.; Hardman, M.; Graham Cooks, R., The Orbitrap: spektrometer massa baru. J Massa
Spektrum 2005, 40 (4), 430-43.
4. Kingdon, KH, Metode Netralisasi Muatan Ruang Elektron dengan Ionisasi Positif pada Tekanan Gas Sangat Rendah.
Tinjauan Fisik 1923, 21 (4), 408-418.
5. Knight, RD, Penyimpanan ion dari plasma yang diproduksi laser. Surat Fisika Terapan 1981, 38 (4), 221-223.
6. Makarov, A., Perangkap Orbital Harmonik Aksial Elektrostatik: Teknik Analisis Massa Kinerja Tinggi. Analitis
Kimia 2000, 72 (6), 1156-1162.
7. Perry, RH; Koki, RG; Noll, RJ, Spektrometri massa Orbitrap: instrumentasi, gerak ion dan aplikasi. Spektrom Massa Rev
2008, 27 (6), 661-99.
8. Kailemia, MJ; Xu, G.; Wong, SAYA; Li, Q.; Goonatilleke, E.; Leon, F.; Lebrilla, CB, Kemajuan Terkini dalam Metode
Spektrometri Massa untuk Glikomik dan Kanker. Kimia Analitik 2017.
9. Calabrese, AN; Radford, SE, Biologi struktural protein membran yang mendukung spektrometri massa. Metode 2018.
10. Gault, J.; Donlan, JAC; Liko, saya.; Pelompat, JTS; Gupta, K.; Housden, NG; Struwe, WB; Marty, MT; Mize, T.;
Bechara, C.; Zhu, Y.; Wu, B.; Kleanthous, C.; Belov, M.; Damoc, E.; Makarov, A.; Robinson, CV, Spektrometri massa
resolusi tinggi dari molekul kecil yang terikat pada protein membran. Metode alam 2016, 13 (4), 333-336.
6.4: Orbitrap Penganalisis Massa dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
6.5: Penganalisis Massal - Waktu Penerbangan

Membran sel dianggap sebagai salah satu struktur terpenting dalam biologi karena memainkan peran penting dalam proses biologis dan pengobatan. Meskipun
penting, masih ada hipotesis yang bisa diperdebatkan mengenai sifatnya, terutama susunan spasial lipid dan molekul terikat membran lainnya. Misalnya, sulit
1
untuk mempelajari lipid dengan resolusi spasial yang baik namun tidak mengganggu informasi kimia penting yang ada pada membran sel. Artikel ini akan fokus
membahas spektrometri massa, waktu terbang (ToF, detektor massa) dan waktu terbang ditambah dengan spektrometri massa ion sekunder (ToF-SIMS)
sebagai alat untuk mempelajari lipid membran. Dalam beberapa tahun terakhir, spektrometri massa telah menjadi alat yang banyak digunakan untuk
menganalisis sistem biologis yang kompleks. Dalam istilah sederhana, analisis dilakukan dengan memperoleh rasio massa terhadap muatan (m/z) yang sesuai
dengan massa atom atau molekul. Gambar menampilkan diagram alir yang menggambarkan sistem spektrometer massa. Di sini, kita akan fokus pada 6.5.1
komponen penganalisis massa dari sistem spektrometer massa.
Gambar 6.5.1 . Diagram alir sederhana dari sistem spektrometer massa.
Penganalisis Massa
Penting untuk dicatat bahwa setiap penganalisis massa memiliki parameter dan aplikasi unik serta keterbatasannya sendiri. Tabel 1 menunjukkan berbagai
jenis alat analisa massa. Beberapa spektrometer massa memiliki alat analisa massa tunggal dan yang lain memiliki kombinasi keduanya, dengan tujuan untuk
2
meningkatkan kinerja analitisnya. Ini dikenal sebagai spektrometer massa hibrida dan memiliki kombinasi penganalisis massa seperti quadrupole yang
digabungkan dengan waktu penerbangan (QToF). Spektrometer massa QToF hibrid memiliki kemampuan melakukan spektrometri massa tandem atau analisis
MS/MS. Dalam analisis MS/MS, ion primer dipilih untuk dikirim melalui penganalisis massa pertama. Ion-ion primer ini kemudian difragmentasi untuk
menghasilkan ion-ion sekunder dalam suatu unit tumbukan dan terakhir dianalisis oleh penganalisis massa kedua. Analisis sekunder ini menghasilkan fragmen
ion yang khas dan menghasilkan peningkatan selektivitas dan sensitivitas.
3
4
Tabel 1. Jenis penganalisis massa dengan parameternya yang berbeda.
Waktu Penerbangan (ToF)
Penganalisis massa yang akan dibahas dalam artikel ini adalah time-of-flight (ToF). Prinsip penganalisis massa ToF melibatkan pemisahan ion berdasarkan
2
waktu yang diperlukan ion untuk melakukan perjalanan melalui tabung penerbangan dengan panjang yang diketahui dan mencapai detektor. Lintasan ion
melalui penganalisis massa ToF bergantung pada momentum dan energi kinetiknya karena tegangan percepatan pulsa yang diterapkan dan rasio m/ z ion.
2
Berdasarkan fisika klasik, ion dengan m/ z lebih kecil akan bergerak paling cepat dan tiba di detektor terlebih dahulu, sedangkan ion dengan m/ z lebih besar
akan bergerak paling lambat dan tiba di detektor terakhir. Tata letak ToF ditunjukkan pada Gambar 6.5.2 .
Gambar 6.5.2 : Diagram skema ToF linier. Spektrometer massa waktu penerbangan ionisasi laser di mana ion berada
dipercepat dan dipisahkan berdasarkan massa di daerah penyimpangan bebas medan sebelum terdeteksi. (CC BY-SA 4.0; KK
Murray dan Wikipedia).
4
Derivasi berikut untuk menggambarkan dinamika penganalisis ToF diadaptasi dari Hoffman dkk 2007. Waktu yang diperlukan ion untuk bergerak melintasi tabung
4
penerbangan antara sumber ion dan detektor memungkinkan kita menentukan rasio m /z . Dalam spektrum ToF, puncak yang terekam untuk setiap m/z akan sesuai dengan
jumlah sinyal yang terkait dengan beberapa ion independen yang tiba di detektor massa. Hal ini dapat ditunjukkan dalam persamaan berikut dimana energi potensial yang
diberikan kepada ion-ion di daerah percepatan diubah menjadi energi kinetik untuk semua ion:
1
ZeVs = 2 mv (6.5.1)
ÿÿÿÿÿÿ 2
energi potensial ÿÿÿÿÿÿÿÿ
energi kinetik
Selanjutnya, kita selesaikan persamaan persamaan di atas untuk kecepatan.

ay
ÿÿÿÿÿ
2ezVs
v= (6.5.2)
ÿ M
Karena kecepatan sama dengan panjang lintasan drift dibagi waktu, maka diperoleh:
L L
v=ÿt= (6.5.3)
T ay
Kemudian selesaikan waktu dan kita mendapatkan persamaan berikut yang digunakan untuk mendeskripsikan waktu dalam penganalisis ToF.
ÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿ
M L2
(6.5.4)
t = (ÿ) ( z 2eVs )
Dengan menata ulang persamaan di atas secara aljabar, ekspresi dari ditentukanm/z
seperti yang ditunjukkan di bawah ini.
M 2eVs 2
z =(
ton
(6.5.5)
L2 )
Kita juga dapat menggambarkan resolusi massa ion dengan membedakan persamaan di atas terhadap massa dan waktu, kita mendapatkan hubungan berikut:
1 2eVs
z dm = (
(6.5.6)
L2 ) 2tdt
Dengan memanipulasi persamaan di atas, kita mendapatkan relasi berikut yang digunakan untuk menyatakan resolusi massa.
M T t M
= ÿ = = R, resolusi massa dm 2ÿt ÿm (6.5.7)
2dt
4 yang menyebabkan resolusi massa yang buruk ditunjukkan pada Gambar.
Salah satu kelemahan penggunaan ToF linier adalah resolusi massa yang buruk. Faktor-faktor
6.5.3. Waktu mulai dan lokasi ion sebelum dipercepat ke dalam tabung penerbangan berbeda-beda dan mempengaruhi resolusi. Di dalam
Selain itu, perbedaan energi kinetik ion dan orientasi awal ion juga mempengaruhi resolusi massa dan memberikan hasil yang buruk.
5
Gambar 6.5.3 . Faktor-faktor yang mempengaruhi resolusi massa dalam penganalisis massa TOF linier.
Untuk mengoreksi resolusi massa yang buruk, reflektron ditambahkan ke penganalisis ToF. Tata letak ToF reflektor ditunjukkan pada Gambar 6.5.4
. Jenis ToF ini terkadang disingkat ReTOF. 5
Gambar 6.5.4 . Ilustrasi skema penganalisis ToF reflektron. Dalam pemantulan, ion berenergi lebih tinggi menempuh jalur yang lebih panjang tetapi
tiba di detektor bersamaan dengan ion berenergi lebih rendah dengan massa yang sama. (CC BY-SA 4.0; KK Murray melalui Wikipedia)
5
Terdapat potensial yang diterapkan pada reflektor, yang memantulkan ion dalam arah yang berlawanan dengan detektor. Ion-ion yang ditunjukkan pada
Gambar 6.5.4 memiliki jarak jarak yang sama sebelum mereka tiba di reflektron dan setelah reflektron ion-ion tersebut berjauhan.
Alasannya adalah karena perbedaan energi kinetik yang dibawa ion-ion tersebut. Ion m/ z yang lebih berat memiliki energi kinetik yang lebih besar daripada ion yang lebih ringan
ion m/ z sebelum dan sesudah reflektor. Oleh karena itu, ion yang lebih berat akan membutuhkan waktu lebih lama untuk mencapai detektor dan ion yang lebih ringan akan mencapainya
detektor yang tercepat. Perbedaan waktu lintasan terbang ion sebanding dengan m/ z ion. Contoh dari
resolusi massa yang ditingkatkan ditunjukkan pada Gambar 6.5.5 .
6
Gambar 6.5.5 . Ilustrasi resolusi massa dalam spektrum TOF linier dan reflektron TOF.
Spektrometri Massa Ion Sekunder dan ToF (ToF-SIMS)

Teknik Spektrometri Massa Ion Sekunder (SIMS) telah digunakan dalam pencitraan permukaan biomedis selama lebih dari tiga tahun.
dekade karena sensitivitas tinggi yang melekat pada teknik berbasis spektrometri massa. 7
2
Beberapa contoh tekniknya antara lain:
SIMS Statis: digunakan untuk analisis elemen sub-monolayer

SIMS Dinamis: digunakan untuk memperoleh informasi komposisi sebagai fungsi kedalaman di bawah permukaan
SIM Pencitraan: digunakan untuk analisis unsur yang diselesaikan secara spasial
Instrumen SIMS bekerja dengan terlebih dahulu menginisiasi berkas ion primer, yang dapat menghasilkan ion positif atau negatif. Ion-ion ini adalah
terfokus langsung ke permukaan analit yang menghasilkan ion sekunder. Ion sekunder ditransfer ke spektrometer massa
melintasi potensial elektrostatis yang tinggi. Gambar 6.5.6 8
menunjukkan representasi sederhana tentang cara kerja SIMS. Unsur-unsur yang terionisasi
diproduksi dalam kondisi vakum dari interaksi antara berkas ion primer dan analit dipercepat, difokuskan, dan dianalisis
dengan spektrometer massa.
Gambar 6.5.6 . Diagram skema instrumentasi SIMS, diadaptasi dari Geochrom Research Group
Ada beberapa desain SIM yang berbeda: NanoSIMS, UDANG ASI, SIM ToF, dll. Pembedaan antara instrumen-instrumen ini bergantung pada
dalam perbedaan intensitas, energi dan orientasi sinar primer.
Spektrometri Massa Ion Sekunder Time-of-Flight (ToF-SIMS) adalah metode analisis sensitif permukaan yang mampu menghasilkan hasil yang tinggi
resolusi gambar kimia. ToF-SIMS adalah salah satu metode yang paling cocok untuk analisis lipid yang melekat berbeda pada sel
9 3+ +
membran dan bahan biologis secara umum. Metode tersebut menggunakan berkas ion primer berenergi tinggi (misalnya Au hingga 40 , Cs ) dengan pulsa 1
keV. Berkas ion primer menghilangkan partikel dari permukaan terluar sampel sehingga menyebabkan desorpsi ion sekunder
(metode SIMS) seperti Gambar 6.5.7 mengilustrasikan. Secara khusus, dalam ToF yang digabungkan dengan SIMS, partikel-partikel tersebut berakselerasi menjadi “tabung penerbangan”
10
(Metode ToF) di mana mereka terdeteksi berdasarkan waktu tepat mereka mencapai detektor (time-of-flight).
9
Gambar 6.5.7 . Skema SIM ToF.
Pencitraan Lipid ToF-SIMS dalam Membran Sel
5
Gambar 6.5.8 . Contoh spektrum massa ToF-SIMS dari jaringan biologis. Gambar 6.5.9 . Contoh gambar ToF-SIMS dari
5
jaringan biologis.
Gambar 6.5.8 menunjukkan spektrum massa dari bagian otak tikus yang dibekukan dan dikeringkan. Grafik atas (8a) menunjukkan gambaran umum
spektrum sedangkan bagian bawah (8b) menunjukkan wilayah terpilih yang sesuai dengan puncak sulfatida dan fosfatidilinositol. Angka
6.5.9 menunjukkan otak tikus beku-kering yang dicitrakan menggunakan ion primer, Au+. Tiga gambar berbeda3 menunjukkan tiga
5
lipid yang berbeda: kolesterol, sulfatida (ST 18:0 + jam 18:0) dan fosfatidilinositorl (PI 38:4).
Kesimpulan
Spektrometri massa (MS) adalah teknik analisis yang berguna untuk mengukur rasio massa terhadap muatan molekul.
SIMS memungkinkan pemeriksaan dan karakterisasi lipid langsung dari bahan biologis.
ToF-SIMS adalah teknik analisis permukaan yang meningkatkan resolusi gambar kimia pada bahan biologis untuk memberikan
pemahaman yang mendalam.
ToF-SIMS adalah platform baru untuk studi pencitraan berbasis lipid.
Referensi
1. Berselancar. Antarmuka Anal. 2006; 38: 1401–
1412 2. Greaves, J.; Roboz, J., Spektrometri massa untuk pemula. Pers CRC: 2013.
3. McLafferty, FW, Spektrometri Massa Tandem. Sains. 1981, 214, 280-287.
4. De Hoffmann, E.; Stroobant, V., Spektrometri massa: prinsip dan aplikasi. John Wiley & Putra: 2007.
5. Gross, JH, Spektrometri massa: buku teks. Sains & Media Bisnis Springer: 2006.
6. Loo, JA, Mempelajari kompleks protein nonkovalen dengan spektrometri massa ionisasi elektrospray. Ulasan spektrometri massa
1997, 16 (1), 1-23.
7. 5.5 Spektrometri Massa Ion Sekunder, Notasi Indeks Miller 8. Holec,
M., Kléma, J., Železný, F., Bÿlohradský, J., & Tolar, J. (2009). Penggabungan data ekspresi berbasis pengetahuan lintas genom.
Dalam Konferensi Internasional tentang Bioinformatika, Biologi Komputasi, Genomik dan Kemoinformatika, BCBGC 2009 (hlm. 43-50).
9. Biochim Biophys Acta. November 2011 ; 1811(11): 976–990. doi:10.1016/j.bbalip.2011.05.007 .

10. Benninghoven, A., Analisis Kimia Permukaan INorganik dan Organik serta Film Tipis dengan Spektrometri Massa Ion Sekunder Waktu
Penerbangan Statis (ToF-SIMS), 1994, Angewandte Chemie International (dalam bahasa Inggris), vol 33 #10, 1023 -1043.
6.5: Penganalisis Massal - Waktu Penerbangan dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
GAMBARAN UMUM BAB
7: Karakterisasi Komputasi Membran

7.1: Deskripsi Kontinum Matematika Membran 7.2: Monte Carlo
untuk Biomembran
7.3: Dinamika Molekuler untuk Biomembran

7.4: Merancang Model Membran Molekuler dengan VMD
7.5: Simulasi Membran Butir Kasar
7: Karakterisasi Komputasi Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
1
7.1: Deskripsi Kontinum Matematika Membran

Membran memainkan peran penting dalam fungsi seluler. Mereka bertindak sebagai penghalang terhadap lingkungan luar, namun juga harus memungkinkan
pertukaran nutrisi dan limbah. Mereka juga harus fleksibel secara fisik untuk memungkinkan pertumbuhan dan pergerakan sel, seperti selama
pembelahan dan migrasi sel [1]. Membran terdiri dari lapisan ganda fosfolipid. Fosfolipid bersifat amfipatik,
mengandung kepala hidrofilik dan ekor hidrofobik. Membran terdiri dari dua lapisan lipid yang berdekatan, dengan ekor
saling berhadapan, dan kepala hidrofilik menghadap ke lingkungan berair luar (Gambar 7.1.1 A). Membran ini mempunyai a
rasio aspek tinggi dengan ketebalan rendah sekitar 5 nm [1]. Ini karena membrannya hanya setebal dua molekul lipid. Namun,
bagian dalam hidrofobik bilayer merupakan penghalang kuat terhadap pengangkutan molekul hidrofilik melintasi membran.
Difusi melintasi membran sangat lambat untuk molekul dan ion hidrofilik (transportasi memerlukan protein transporter) (Gambar 2).
7.1.1B). Selain itu, lipid dapat berpindah antar daun, namun hal ini sangat lambat karena memerlukan kepala hidrofilik untuk melewatinya.
2
daerah hidrofobik (Gambar 7.1.1 B). Difusi lateral bisa sangat cepat untuk lipid (~ 1 µm/s dan bahkan protein transmembran
2
(0,1 µm/s ) (Gambar 7.1.1 B). Karena sifat-sifat membran sel yang dijelaskan, mereka biasanya dimodelkan sebagai 2-
7.1.2
planar dimensi, lembaran elastis dalam ruang 3 dimensi (Gambar ). Struktur biologis seperti vesikel dan bahkan seluruh sel
dapat digambarkan sebagai bentuk tertutup yang dibuat oleh lembaran-lembaran ini. Deskripsi ini dikenal sebagai deskripsi kontinum membran.
Hal ini berbeda dengan deskripsi membran berbasis molekul dan partikel, yang berfokus pada skala waktu dan panjang yang lebih kecil
sisik membran.
Gambar 7.1.1 : Struktur Membran Biologis (Diadaptasi dari [1]). A) Membran sel tersusun dari fosfolipid
bilayer. B) Lipid dan protein dapat mengalami difusi lateral, sedangkan molekul dan ion hidrofilik memerlukan transporter. Lipid bisa
juga membalik di antara selebaran.
Untuk memahami bentuk dan dinamika membran, kita perlu mendeskripsikan geometri permukaan membran itu sendiri. Di dalam
Selain itu, kami akan menjelaskan bagaimana perubahan energi untuk konfigurasi membran yang berbeda. Secara khusus, kita akan melihat bagaimana
perubahan energi ketika membran diregangkan, dibengkokkan, dicukur, dan diubah ketebalannya (Gambar 7.1.2 ).
Gambar 7.1.2 : Membran biologis dapat dimodelkan sebagai lembaran dua dimensi yang meregang, menekuk, dan mengubah ketebalannya.
Diadaptasi dari [1].
Perubahan Wilayah
Deformasi luas dapat dengan mudah diparameterisasi dengan variabel tunggal ÿa atau fungsi ÿa(x, y) jika luas deformasinya adalah
tergantung pada posisi. Kita dapat memperlakukan lipid dalam membran sebagai sistem pegas elastis yang terhubung, dengan bertambahnya luas area
setara dengan meregangkan pegas (Gambar 7.1.3 ).
Dengan demikian, energi peregangan sepotong membran adalah:
1 Kaÿa 2
Ea =
2
(7.1.1)
a0
di mana Ka adalah modulus luas, yang merupakan bagian intrinsik membran, dan merupakan
a0 suatu luas acuan yang menyebabkan perubahan luas.
dihitung (yaitu ÿa = aÿa0 ). Persamaan ini setara dengan pegas Hookean. Tentu saja, ketika melihat keseluruhan sistem, ini
istilah ini harus diintegrasikan pada total area:
Ka ÿa 2
) ya (7.1.2)
Ea = ÿ ( 2 a0
Jika perubahan luas permukaan membran konstan, maka integralnya direduksi menjadi Persamaan (1).
Modulus luasnya mempunyai nilai sekitar 55-70 k T atau

B 230-290 mN/m [1].
Angka 7.1.3 : Perubahan luas suatu membran dapat dimodelkan dengan memperlakukan membran sebagai jaringan pegas. Diadaptasi dari [1].
Perubahan Ketebalan
Kompresi membran secara sederhana dapat dijelaskan dengan fungsi yang menampilkan ketebalan pada titik . Sekali lagi, kita bisa
w(x, kamu) (x, kamu)
memodelkan perubahan ketebalan sebagai sistem pegas (Gambar 7.1.4 ). Jika setengah lebar membran (pada dasarnya panjang lipid masuk
,
membran pada kesetimbangan) didefinisikan sebagai dan ketebalannya (Gambar 7.1.4 ), maka kita mendapatkan persamaan serupa untuk
Hukuman energi 2w0 w0 untuk mengubah ketebalan:
2
Kt w(x, y)ÿw0
ketebalan E ya (7.1.3)
=ÿ2( w0 )
Di mana Kt adalah kekakuan untuk variasi ketebalan, yang bersifat intrinsik pada membran. Ia memiliki satuan energi/luas dan
2
sekitar 60 k T/nm [1]. B
Gambar 7.1.4 : Perubahan ketebalan suatu membran dapat dimodelkan dengan memperlakukan membran sebagai jaringan pegas. Diadaptasi
dari [1].
Perubahan Geser:
Membran fosfolipid murni pada dasarnya adalah cairan dua dimensi. Karena sifat cair dari lapisan ganda fosfolipid, maka
membran tidak dapat menahan regangan geser dan tidak memiliki modulus geser. Oleh karena itu, seperti terlihat pada Gambar7.1.2 , perubahan geser statis
tidak merusak membran fluida dan tidak memerlukan energi apa pun. Namun, sebagian besar sistem biologis bukanlah membran fluida murni.
Misalnya, sel darah merah memiliki jaringan sitoskeletal yang mendasarinya, yang dapat mendukung geseran. Jika elastisitas gesernya adalah
efek penting yang perlu dimodelkan, harus diperhitungkan untuk memodelkan bentuk keseimbangan dan dinamika sel tersebut.
Contohnya akan dijelaskan nanti.
Selingan tentang Geometri Membran

Untuk memahami bagaimana biaya energi pembengkokan ditentukan, penting untuk menggambarkan geometri membran.
Jika kita mengambil referensi bidang dua dimensi, kita dapat mendefinisikan suatu fungsi h(x, y) yang mencirikan ketinggian membran di atasnya
bidang acuan di titik (x, y) . Dalam kebanyakan situasi, ini dapat secara akurat mewakili bentuk membran. Representasi ini
dikenal sebagai parameterisasi Monge (Gambar 7.1.5 ). Dari parameterisasi Monge, sekarang kita dapat menghitung kelengkungan a
selaput. Hal ini penting karena biaya energi bebas untuk membengkokkan membran bergantung pada kelengkungan.
Gambar 7.1.5 : Representasi monge. Diadaptasi dari [1].
Dalam dimensi tunggal, jika kita mempunyai fungsi halus jari-jari kamu = h(x) , maka pada suatu titikXkita dapat mendefinisikan kelengkungan sebagai
(x) kebalikannya
lingkaran yang mendekati kurva di suatu titik (Gambar 2). X 7.1.6A):
1
= (7.1.4)
R
Dapat diduga bahwa suatu garis lurus mempunyai kelengkungan 0. Memang benar, karena lingkaran yang mendekati garis lurus adalah lingkaran
1
radius tak terhingga, kelengkungannya adalah ÿ = = 0 (Gambar 7.1.7 ).
ÿ
Gambar 7.1.6 : A) Kelengkungan didefinisikan sebagai kebalikan dari jari-jari lingkaran yang paling mendekati kurva pada suatu titik tertentu.
B) Untuk suatu permukaan, kelengkungan ditentukan oleh dua nilai, yaitu kelengkungan kurva ketika permukaan tersebut dipotong ortogonal
pesawat. Diadaptasi dari [1].
Angka 7.1.7 : Sebuah garis mempunyai jari-jari kelengkungan yang tak terhingga sehingga kelengkungannya sama dengan nol.
Untuk menggeneralisasikannya pada kasus dua dimensi, kita dapat memotong permukaan dua dimensi dengan sebuah bidang, sehingga diperoleh sebuah kurva,
dari situ kita dapat menghitung kelengkungan. Namun, tergantung pada orientasi bidang yang digunakan untuk memotong permukaan, nilainya
kelengkungan untuk orientasi itu berbeda. Dapat ditunjukkan bahwa kelengkungan dua arah menggambarkan satu titik pada a
permukaan. Secara khusus, ada satu pilihan bidang ortogonal yang kelengkungannya mempunyai nilai ekstrim. Nilai-nilai ini c1, c2
dikenal sebagai kelengkungan utama (Gambar 7.1.6 B). Faktanya, seseorang dapat menghitung kelengkungan ke arah lain dengan menggunakan
rumus:
2 cX = c1 cos ÿX + c2 dosa2 ÿX (7.1.5)
dimana adalah
cx kelengkungan pada arah X, dan merupakan sudut antara arah X dan arah kelengkungan ÿX. Pernyataan ini dikenal dengan Rumus Kelengkungan Euler.
c1
.
1/R jari-jari kelengkungannya adalah

Sebagai contoh kelengkungan utama, kelengkungan utama sebuah silinder berada di sekeliling keliling silinder (karena
R ,0tapi sepanjang silinder.
Besaran kelengkungan lainnya yang dihitung dari kelengkungan utama juga biasanya ditentukan:
K = c1 +c2
KG = c1c2 (7.1.6)
H = K = c1+c2
2 2
K
dimana adalah G
kelengkungan ekstrinsik, adalah kelengkungan H
Gaussian, dan merupakan kelengkungan rata-rata.
Dengan parameterisasi Monge, kelengkungan dapat dinyatakan dalam fungsi ketinggian. Dapat ditunjukkan bahwa kelengkungan ekstrinsik adalah:
(7.1.7)
K=ÿÿ( ) ÿh(r)
1 +(ÿh(r)) ÿ ÿÿÿÿÿÿÿÿÿÿ2
Untuk gradien kecil, kelengkungan ekstrinsik dapat diperkirakan sebagai berikut K ÿ ÿh(r) .
Mengapa parameterisasi Monge dan ekspresi kelengkungan menggunakan parameterisasi itu penting? Hal ini penting karena energi lentur bergantung pada
kelengkungan, dan untuk menentukan bentuk kesetimbangan sistem membran, fungsi ketinggian yang meminimalkan energi bebas total sistem akan ditentukan
untuk mewakili bentuk akhir membran.
Penting untuk dicatat bahwa parameterisasi Monge bukan satu-satunya cara untuk mendeskripsikan suatu permukaan. Ini bukanlah parameterisasi yang paling
umum atau parameterisasi yang paling nyaman dalam banyak kasus. Ini tidak akan berfungsi jika ada lipatan atau tumpang tindih pada permukaan.
Ini hanyalah pengenalan geometri membran/permukaan, yang merupakan sebagian kecil dari bidang geometri diferensial.
Untuk informasi lebih lanjut tentang geometri diferensial dalam kaitannya dengan membran, pembaca dapat merujuk ke [3]. Untuk pengenalan geometri diferensial
yang lebih umum dan lanjutan, pembaca dirujuk ke [4].
Perubahan Lentur – Teori Helfrich:

Energi lentur suatu membran dijelaskan oleh teori Helfrich yang terkenal. Energi lentur Helfrich didefinisikan dalam bentuk kelengkungan ekstrinsik dan Gaussian:
1 ¯¯¯ ¯¯¯
ÿb (c1 +c2 ÿc0) 2+ ÿ
bc1c2 1 ÿb c0 ÿ b (7.1.8)
Ebend = ÿ ( 2 ) dA = ÿ ( (K ÿ2 )+ G) dA
dimana adalah
yab kekakuan lentur dan merupakan kekakuan
¯ÿ¯¯ b lentur Gaussian. Persamaan ini juga mengandung kelengkungan spontan c0 Bukan nol jika terdapat beberapa .
kelengkungan pada membran pada keadaan setimbang, yang terjadi jika terdapat bilayer asimetris (komposisi lipid berbeda untuk setiap lapisan tunggal). Nilai tipikalnya adalah 10-20
k T [1]. yab B
Penting untuk dicatat bahwa suku lentur Gaussian dalam banyak kasus dapat diabaikan karena teorema Gauss-Bonnet. Teorema Gauss-Bonnet menyatakan
bahwa jika topologi sistem tetap tidak berubah, integral pada kelengkungan Gaussian akan menjadi konstan. Topologi (genus) dapat ditentukan oleh jumlah lubang/
pegangan yang dimiliki permukaan. Misalnya, sebuah bola tidak memiliki lubang dan oleh karena itu memiliki genus 0, tetapi donat memiliki satu lubang dan genus
1. Oleh karena itu, kecuali genus dari sistem tersebut berubah, istilah Gaussian akan hilang. Hal ini terjadi pada banyak membran biologis. Namun, untuk morfologi
retikulum endoplasma dan mitokondria yang rumit, kelengkungan Gaussian dapat memberikan kontribusi yang signifikan dalam pembuatan dan penghancuran
lubang membran, tabung, dan tori.
Kita dapat menyederhanakan persamaan di atas untuk parameterisasi Monge, tanpa kelengkungan spontan. Dapat ditunjukkan untuk parameterisasi Monge dA =
elemen luasnya adalah dA = (1 + (ÿh ) dxdy dengan dxdy 1 +(ÿh) ÿ ÿÿÿÿÿÿÿÿ2 bahwa . Untuk perkiraan gradien kecil, ini setara dengan
1 2 2
tegangan membran.
2
) karena
Oleh (berdasarkan ekspansi Taylor sederhana). Kita juga bisa menghukum peregangan area dengan istilah 12
ÿ(ÿh )
ÿ
itu, a Persamaan energi Helfrich untuk parameterisasi Monge, dengan pendekatan gradien kecil, dan mencakup tekukan dan tegangan adalah:
1 2 2
yab ) ) (7.1.9)
Ebend =2ÿ dxdy [ (ÿh +ÿ(ÿh ]
Vesikel dan Biaya Energi Gratis Vesikel adalah
struktur lapisan ganda lipid berbentuk bola. Vesikel digunakan untuk banyak proses seluler untuk mengangkut muatan dalam jumlah besar di dalam sel atau
bahkan antar sel. Contoh yang terakhir adalah pengangkutan neurotransmitter antar neuron di celah sinaptik.
Kita dapat menghitung biaya energi bebas vesikel. Kelengkungan utamanya sama: 1/R Oleh karena itu, biaya energi bebasnya adalah:
2 2
yab yab
4ÿ = R2
8ÿ ÿb (7.1.10)
Vesikel = ÿ2dA 2 R
()= 2 ( )R
2
Menariknya, ini berarti terdapat biaya energi tetap untuk membuat vesikel terlepas dari ukuran vesikel tersebut. Jika ÿb ÿ 10kBT maka protein Evesicle ÿ
250kBT seperti clathrin, yang berarti harus ada mekanisme aktif pembentukan vesikel di dalam sel. Memang lapisan vesikel
menurunkan penghalang energi ini sehingga pembentukan vesikel menguntungkan.
Aplikasi
Penambat membran
Ketika gaya tarik diterapkan pada satu titik pada vesikel, hal itu akan menghasilkan tubulus membran yang diekstrusi yang dikenal sebagai tambatan
membran. Penambatan membran mempunyai banyak implikasi biologis. Misalnya, neutrofil dapat menggunakan pengikat membran untuk menempel pada
dinding endotel saat menggelinding. Penambatan membran juga memiliki peran penting dalam sistem endomembran. Selain itu, energi dan dinamika
tambatan membran serupa dengan proses biologis lainnya, seperti endositosis, dan proyeksi aktin selama motilitas sel.
Eksperimen menggunakan pinset optik atau motor molekuler untuk menerapkan gaya pada satu titik pada membran. Kita akan menggunakan model yang
7.1.8 RL ) dari proses di mana kita memiliki bola berjari-jari yang melekat pada silinder berjari-jari dan panjang.
disederhanakan (Gambar R Pada akhir
silinder terdapat tutup setengah bola.
Gambar 7.1.8 : Model tambatan membran yang disederhanakan. Diadaptasi dari [1].
Kita dapat menuliskan energi bebas sistem vesikel+tambatan dengan menghitung kontribusi tekukan, regangan luas, dan kompresi. Energi lentur sistem
adalah:
L
Pembengkokan = 8ÿÿb +ÿÿb
R +4ÿyab
L (7.1.11)
= 12ÿÿb +ÿÿb R
Istilah pertama berhubungan dengan vesikel berbentuk bola (seperti yang ditunjukkan sebelumnya). Suku kedua berhubungan dengan silinder, (0 + ) 1 yang
2
dengan mengkuadratkan jumlah kelengkungan utama dan mengalikannya dengan luas. Istilah
dihitung
terakhir
R berhubungan dengan tutup hemisferis.
Peregangan area juga berkontribusi terhadap energi bebas sistem:

2
Ka (aÿa0)
Area = (7.1.12)
2 a0
2
dimana adalah luas acuan dan a = 4ÿR +2ÿrL adalah luas sistem. Suku pertama berhubungan dengan bola berjari-jari R a0 Perhatikan bahwa luas tutup belahan bola adalah 4ÿr
2
dan suku kedua sesuai dengan silinder raidus yang diasumsikan r ÿ R . diabaikan sebagaimana adanya
R, L .
Perhatikan bahwa sistem ini tidak mengalami perubahan ketebalan membran dan oleh karena itu tidak berkontribusi terhadap energi bebas sistem.
hal
Dalam kasus lapisan ganda tertutup seperti vesikel, perbedaan tekanan melintasi membran juga berkontribusi terhadap energi sistem:
4 2
R3 hal (7.1.13)
EpV = ÿÿp ÿ dV = ÿÿp ( ÿ + ÿL) 3
Sekali lagi, kontribusi dari tutup hemispherical diabaikan. Tanda minus muncul karena kelebihan tekanan internal meningkatkan volume.
Terakhir, gaya yang menarik membran juga harus berkontribusi terhadap energi bebas sistem:
Eload = ÿfL (7.1.14)

di manaFgaya diterapkan. Tanda minus muncul karena peningkatan gaya menyebabkan panjang tambatan menjadi tinggi.
Menjumlahkan persamaan 11, 12, 13, dan 14, kita mendapatkan:
2
L Ka (aÿa0) 4 2
Etot = 12ÿÿb +ÿÿb + R3 hal (7.1.15)
R 2 a0 ÿÿp ( ÿ + 3ÿL) ÿfL
Pada kesetimbangan, energi total diminimalkan. Oleh karena itu, bentuk kesetimbangan dapat
ditentukan dengan meminimalkan energi bebas.
Dalam hal ini, kita dapat mengambil turunan dari Persamaan 15 terhadap masing-masing variabel untuk meminimalkan energi.
Perhatikan itu
ÿArea aÿa0 ÿa
= Ka = ÿ8ÿR ÿR (7.1.16)
ÿR a0
K (aÿ
A ) a0 .
dimana ÿadalah tegangan permukaan membran, yang dapat dihubungkan dengan luas regangan dengan rumus = Demikian pula, bisa jadi
a0
menunjukkan itu Dan
ÿEarea/ÿr = ÿ2ÿL ÿEarea/ÿL = ÿ2ÿr . Karena itu:
ÿEtot 2ÿ
R2=
= 0 ÿ 8ÿÿRÿ4ÿÿp = 0 ÿ ÿp
ÿR R
ÿEtot L
ÿr = 0 ÿ ÿÿ +2ÿÿLÿ2ÿÿprL = 0 ÿb 2 r (7.1.17)
ÿEtot 1 2
hal
= 0 ÿ ÿ +2ÿÿrÿÿÿp ÿf = 0 ÿb r
ÿL
Minimisasi pertama menghasilkan persamaan yang dikenal sebagai relasi Laplace-Young, yaitu persamaan terkenal yang menghubungkan
.
Perbedaan tekanan ÿp melintasi antarmuka fluida (di sini membran) dan tegangan permukaan memperhitungkan ÿ Bentuk yang lebih umum menjadi
kedua jari-jari kelengkungan:
1 1
(7.1.18)
ÿp = ÿ (+) R1 R2
Kita dapat memasukkan relasi Laplace-Young ke dalam persamaan minimal lainnya:
4ÿÿrL
ÿÿÿb +2ÿÿLÿ =0
aku r2 R
1 2 2ÿÿr
(7.1.19)
ÿÿb +2ÿÿrÿf
R ÿ=0 R
Karena r ÿ R (Gambar 7.1.8 ) sukuterakhir dapat diabaikan:
L
2ÿÿL = ÿÿb 2
(7.1.20)
hal
ÿÿÿ
yab
r= (7.1.21)
ÿ 2ÿ
ÿÿÿ
ÿÿÿ
1 2ÿ yab
ÿÿb +2ÿÿrÿf = 0 ÿ ÿ ÿb +2ÿÿ =f (7.1.22)
R
ÿ
yab ÿ 2ÿ
ÿÿÿÿ
f = 2ÿ 2Kbÿ
ÿ (7.1.23)
Kita sekarang mendapatkan hubungan antara jari-jari tambatan, energi lentur, dan tegangan membran. Selain itu, kita mendapatkan hubungan antara gaya
yang diterapkan, energi lentur, dan tegangan. Hubungan serupa sebenarnya dapat digunakan untuk menentukan kekakuan lentur dengan menggunakan
yab a
aspirasi mikropipet dan pinset optik digunakan untuk membuat penambat membran [5].
Kerangka umum dalam menentukan bentuk kesetimbangan (kalkulus variasional): Bagian sebelumnya
membahas bagaimana hubungan antara besaran fisis yang bermakna dapat diturunkan jika bentuk sistem diketahui. Hal ini dilakukan dengan menghitung biaya
energi bebas untuk bentuk membran dan meminimalkannya terhadap variabel sistem. Namun, pendekatan berbeda juga bisa diambil. Bagaimana jika besaran
fisika suatu sistem diketahui, tetapi bentuk kesetimbangannya perlu ditentukan? Hal ini dapat dilakukan dengan meminimalkan fungsi energi sistem, yang
merupakan dasar kalkulus variasional.
Kita dapat mendefinisikan fungsi sebagai fungsi yang memberikan nilai skalar untuk fungsi tertentu. Dalam hal ini, kita dapat menganggap energi bebas sistem
Etot sebagai fungsi yang bergantung pada fungsi ketinggian h(x, y) . Kalkulus variasional menyediakan alat untuk
menemukan fungsi yang meminimalkan fungsi tersebut. Inilah yang kita perlukan untuk menentukan bentuk kesetimbangan! Kalkulus variasi dapat h(x, y)
untuk mencari fungsi bentuk yang meminimalkan
digunakan
energi Etot
Dalam kalkulus variasional, dalam kasus satu dimensi, minimalisasi fungsi:
' (7.1.24)
J[y] = ÿ L(x, y, y ) dx
diselesaikan dengan solusi persamaan diferensial:
ÿL D ÿL
-
=0 (7.1.25)
ÿf dx ÿf ÿ
dimana meminimalkan
y = f(x) fungsional. Persamaan ini dikenal dengan persamaan Euler-Lagrange. Memang persamaan Etot berbentuk seperti ini.
Sebagai catatan tambahan, banyak persamaan dalam fisika memiliki bentuk ini dan persamaan Euler-Lagrange digunakan. Faktanya, dinamika sistem fisik dapat
direpresentasikan sebagai fungsi yang dikenal sebagai Lagrangian, dan menyelesaikan persamaan Euler-Lagrange untuk Lagrangian ini akan menghasilkan
persamaan gerak. Pendekatan mekanika klasik ini dikenal sebagai mekanika Lagrangian.
Kembali ke membran, jika kita menggunakan Persamaan (9), kita mendapatkan persamaan Euler-Lagrange berikut:
ÿÿÿh ÿÿÿh = 0 (7.1.26)

Persamaan diferensial parsial ini dapat diselesaikan untuk fungsi ketinggian yang menggambarkan bentuk membran pada kesetimbangan.
Ini disebut persamaan bentuk.
Meminimalkan sel darah merah:

Meskipun menyelesaikan persamaan bentuk bukanlah hal yang sepele dan tidak akan ditampilkan di sini, beberapa hasil dalam kasus sel darah merah akan
ditampilkan.
Penting untuk dicatat bahwa sering kali ada dua istilah energi tambahan yang ditambahkan ke energi pembengkokan Helfrich untuk mendapatkan energi bebas
total untuk sel darah merah.
Ketika membran yang awalnya datar dibengkokkan, lapisan tunggal bagian luar diregangkan, dan lapisan tunggal bagian dalam dikompresi dan jumlah lipid per
satuan luas lebih tinggi untuk permukaan bagian dalam dan lebih rendah untuk permukaan luar. Biaya energi ini ditambahkan ke model sebagai model berikut:
ÿ
ÿADE 2
EADE = (ÿAÿÿA0) (7.1.27)
2 IKLAN2
dimana AD adalah energi lentur tersendiri, yang merupakan parameter material, luas membran, dan ketebalan membran. ÿADE
Hal ini dikenal sebagai model elastisitas perbedaan luas (ADE).
Selain itu, suku elastis ditambahkan dalam bentuk:
KA 2ÿ (7.1.28)
Ee = ÿ 2dA+ÿÿ ÿdA
2
di mana 2dan
ÿ adalah
ÿ invarian area lokal dan regangan, KA ÿ dan masing-masing
merupakan modulus elastis untuk regangan dan regangan.
Ketika total energi bebas Ebend +EADE +Ee diminimalkan, bentuk keseimbangan sel darah merah dapat ditentukan.
Gambar di bawah menunjukkan perbandingan bentuk yang ditentukan secara teoritis dan bentuk yang ditemukan secara eksperimental.
Gambar 7.1.9 : Perbandingan bentuk sel darah merah yang diamati secara eksperimental (sisi kiri) dan keseimbangan yang ditentukan secara teoritis
bentuk (sisi kanan). Diadaptasi dari [7]
Referensi:
1. Phillips, R.; Kondev, J.; Theriot, J.; Garcia, HG Biologi Fisika Sel, 2013, Garland Science, Taylor & Francis
Grup, LLC: Abingdon, Inggris.
2. Boal, D. Mekanika Sel. Cambridge University Press: Cambridge, Inggris. 2002
ÿ
3. Tentu saja, Markus. Membran Lipid Cairan – Primer. Max-Planck-Institut untuk Polymerforschung. Mainz, Jerman. 2006
ÿ
4. Tentu saja, Markus. Catatan tentang Geometri Diferensial. Max-Planck-Institut untuk Polymerforschung. Mainz, Jerman. 2004
5. Bo, Lin, dan Richard E. Waugh. “Penentuan Kekakuan Bending Membran Bilayer dengan Formasi Tether dari Giant,
Vesikel Berdinding Tipis.” Jurnal Biofisika, vol. 55, doi:10.1016/S0006-3495(89)82844-9. Diakses 13 Juni 2019.
6. Li, Xuejin, dkk. Pemodelan Bentuk dan Dinamika Sel Darah Merah Berbasis Kontinuum dan Partikel dalam Kesehatan dan Penyakit.
Materi Lembut, jilid. 9, tidak. 1, 2013, hlm. 28–37., doi:10.1039/c2sm26891d.
7. W., G. Lim H., dkk. “Urutan Stomatosit-Diskosit-Ekinosit Sel Darah Merah Manusia: Bukti Bilayer-
Hipotesis Pasangan dari Mekanika Membran.” Prosiding National Academy of Sciences, vol. 99, tidak. 26, 2002, hal.
16766–16769., doi:10.1073/pnas.202617299.
7.1: Deskripsi Kontinum Matematika Membran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh
teks gratis.
7.2: Monte Carlo untuk Biomembran

Kompleksitas Membran Biologis
Model mosaik cair diusulkan oleh Jonathan Singer dan Garth Nicolson pada tahun 1972 menjadi titik awal bagi pemahaman modern kita tentang membran
protein. biologis 7.2.1 sebagai integrasi
biologis [1]. Contoh visual dari modelnya digambarkan pada Gambar. Model mereka menggambarkan lapisan ganda membran
dan lipid – yang mampu berkomunikasi dan berinteraksi untuk menjalankan fungsi penting sel. Interaksi ini dapat mengontrol pergerakan bahan masuk dan
keluar sel melalui pori-pori protein, membentuk rakit lipid, dan mengatur pembentukan vesikel. Artikel ini akan fokus pada metode komputasi yang digunakan
untuk mempelajari biomembran (khususnya Monte Carlo) tetapi akan mulai dengan mengkaji kebutuhan alat tersebut.
Angka 7.2.1 :Ilustrasi model mosaik fluida [1].
Pendekatan Berbeda: Eksperimen dan Komputasi Berbagai teknik

eksperimental telah membantu mengungkap banyak kompleksitas biomembran. Ini termasuk fotolabeling lipid, kristalografi sinar-X,
dan NMR; masing-masing dengan batasan dan informasi yang berbeda yang diberikan [1,2]. Pemahaman kita tentang biomembran
tidak hanya ditingkatkan melalui teknik eksperimental, namun karakterisasi struktur-fungsi protein membran juga telah memberikan
target untuk aplikasi medis yang sukses [1].
Namun, meskipun teknik ini sukses, beberapa penelitian biomembran saat ini terlalu rumit untuk dilakukan eksperimen.
Analisis spektroskopi dan struktural agregat lipid, misalnya, rata-rata pada beberapa konformasi agregat dan tidak dapat memberikan informasi mengenai
konformasi individu [3]. Fase bilayer non-lamelar, yang berhubungan dengan keadaan heterogenik membran transien, juga sulit dipelajari menggunakan teknik
eksperimental [3].
Alat komputasi dapat memfasilitasi penelitian ini, dan telah memperdalam pengetahuan kita tentang biomembran dalam hubungannya dengan eksperimen.
Misalnya, dinamika molekuler dan simulasi Monte Carlo – bersama dengan berbagai studi mikroskop – telah meningkatkan pemahaman kita tentang
nanodomain lipid dan perannya dalam pembentukan rakit membran [3-6].
Metode Komputasi dalam Biomembran: Pendahuluan Meskipun

beberapa metode komputasi telah dikembangkan untuk menguji dinamika biomembran, dua metode yang banyak digunakan adalah
simulasi dinamika molekuler (MD) dan Monte Carlo (MC). MD melibatkan integrasi numerik lintasan makromolekul berdasarkan
persamaan Newton dan menjelaskan perkembangan posisi makromolekul, orientasi, dan medan gaya sepanjang waktu [3-5,7-9].
Meskipun MD relatif jelas dan sangat rinci, MD dibatasi oleh waktu simulasi yang singkat (~fs - µs) dan tidak dapat memperhitungkan dinamika membran yang
lebih lambat (~ms) – seperti lipid flip-flop dan pembentukan domain lipid – karena waktu integrasi yang singkat -langkah (~fs) [2,5,7,9]. MC dapat melewati
ketergantungan waktu ini dan berpotensi memberikan hasil yang serupa dengan MD [2]. MC mengandalkan pengambilan sampel dan menghasilkan
kemungkinan konfigurasi sistem berdasarkan kondisi termodinamika dan gangguan yang diterapkan [6-8]. Namun, MC memiliki keterbatasannya sendiri: MC
berisi transisi konfigurasi yang bias, dan beberapa algoritme lebih rumit dan khusus dibandingkan MD
[7]. Meskipun kedua pendekatan mempelajari biomembran dengan cara yang berbeda, keduanya tidak eksklusif; Pendekatan MD dan MC punya
telah dikombinasikan untuk memperkaya studi keseimbangan bilayer [2].
Monte Carlo – Prinsip Dasar

Variasi MC yang beragam telah dikembangkan untuk menjawab pertanyaan luas terkait biomembran: sebuah eksplorasi algoritma
difusi dalam membran dua komponen memasukkan perhitungan yang melibatkan energi bebas Hamiltonian dan Gibbs, sementara yang lain
studi yang berfokus pada reaksi enzim dalam kisi 2D menggabungkan kinetika Michaelis-Menten [10,11]. Meski demikian, banyak MC
metode berbagi properti serupa.
Pada dasarnya, skema MC melibatkan pemodelan sistem yang dipilih dengan serangkaian fungsi kepadatan probabilitas (PDF), dan berulang kali
mengambil sampel fungsi-fungsi ini untuk menghasilkan hasil potensial dari sistem [12]. Tergantung pada output yang diinginkan, detailnya
modelnya akan berbeda-beda. Dalam kasus biomembran, termodinamika mengatur fungsi probabilitas ini [8].
Dinamika Lagrangian dan Hamiltonian mengontrol evolusi sistem makromolekul di MC, serta MD [8]. Orang Lagrangian
adalah perbedaan antara energi kinetik dan potensial, dan Hamiltonian, yang didefinisikan dalam Persamaan 7.2.1 , adalah Legendre
transformasi Lagrangian:
3N
3N ÿ 3N 3N 3N 3N
H (q , P )= P qÿ ÿL ( Q ,Q (Q ,P )) (7.2.1)
3N ÿÿ=1
Persamaan 1: Hamiltonian [8].
dimana q 3N 3N
adalah koordinat umum, p adalah momentum 3N
umum, dan qÿ adalah kecepatan umum. Partisi
fungsi, yang menggambarkan berbagai probabilitas keadaan sistem yang berbeda, diberikan dalam Persamaan 7.2.2 sebagai:
N
Z(N, V N rN rN hal
, )] (7.2.2)
, T) ÿ ÿ dp d exp[ÿÿH (
Persamaan 2: Fungsi partisi [8].

N
dimana r mewakili koordinat Cartesian sistem dan ÿ adalah beta termodinamika. Kemungkinan bahwa suatu makromolekul
N N :
berada dalam keadaan tertentu dengan posisi r dan momen p diberikan oleh Persamaan 7.2.3
N N
N N N N exp[ÿÿH (r , )]dd hal P N rN
R
Pr(r , )ddP= P (7.2.3)
Z(N, V , E)
Persamaan 3: Fungsi probabilitas yang menggambarkan probabilitas suatu molekul dengan energi tertentu [8].
dan keadaan rata-rata sistem yang diamati (entalpi, entropi, dll.) dapat dihitung dengan menjumlahkan nilai-nilai keadaan dan nilai-nilainya.
probabilitas terkait, diberikan oleh Persamaan 7.2.4 :
N N N N N N
R R P R P ) (7.2.4)
ÿOÿ = ÿ dp d O( , )Pr( ,
Persamaan 4. Rata-rata sistem yang dapat diamati O [8].
Menghasilkan keadaan yang mewakili sistem memerlukan pengambilan sampel rantai Markov dari ruang konfigurasi, yang terintegrasi secara numerik
fungsi probabilitas, dan menghitung keadaan rata-rata yang diamati [8]. Contoh simulasi MC bilayer disajikan pada Gambar 2.
Transisi antar keadaan dalam sampel bergantung pada energi. Di Metropolis MC, transisi ke keadaan energi yang lebih rendah diterima setiap orang
waktu, sementara transisi ke keadaan energi yang lebih tinggi diterima dengan probabilitas tertentu [8].
Gambar 7.2.2 : Simulasi MC lapisan ganda DPPC. (AD) Gambar simulasi pada langkah #N MC. (E) Perhitungan entalpi setelah #N langkah waktu. (F)
Histogram nilai entalpi langkah MC [2].
Masalah yang Perlu Dipertimbangkan
Meskipun MC dapat berguna untuk mempelajari populasi keadaan konfigurasi biomembran, ada beberapa masalah yang perlu dipertimbangkan. Sangat sulit
untuk menghasilkan distribusi independen untuk setiap biomolekul (atau entitas lain) dalam sistem karena keterbatasan komputasi; Pengambilan sampel MC
juga dapat melewatkan ruang konfigurasi yang jarang tergantung pada ukuran pengambilan sampel [13]. Mendefinisikan pengambilan sampel yang memadai
akan bergantung pada sistem yang diinginkan dan sumber daya komputasi yang tersedia.
Selain itu, kondisi awal model dapat mempengaruhi pengambilan sampel MC [11]. Dalam kasus pelipatan protein, kondisi awal yang mendekati keadaan tidak
terlipat dapat memperpanjang waktu pengambilan sampel yang cukup hingga jangka waktu yang tidak wajar [13]. Hal ini disebabkan oleh luasnya ruang
konfigurasi yang mengelilingi keadaan terlipat. Memahami dan mengendalikan sensitivitas model terhadap kondisi awal dapat membantu mengoptimalkan
pengambilan sampel MC.
Tingkat Detail – Model Berbutir Atom hingga Kasar
Meskipun ada beberapa tingkatan pemodelan biomembran, artikel ini hanya akan membahas secara singkat model atomistik dan model kasar.
Model atomistik menggambarkan atom – sudut ikatan, sudut torsi, interaksi elektrostatik dan van der Waals – dan bagaimana sifat fisik ini mendasari struktur
lipid yang kompleks [9]. Sebaliknya, butiran kasar (Gambar 3), mengkaji perilaku kolektif (atom, dll.) dan bagaimana kontribusinya terhadap fenomena membran
kolektif (transisi fase, fusi vesikel) [2-5,9].
Gambar 7.2.3 : Contoh lipid berbutir kasar [14].
Pilihan detailnya akan bergantung pada studi dan sumber daya yang tersedia. Meskipun model atomistik memberikan analisis yang sangat detail, model tersebut
memerlukan daya komputasi dalam jumlah besar dan dibatasi pada rentang waktu pikodetik hingga mikrodetik [2,3,5,9]. Model berbutir kasar mengorbankan
beberapa detail namun secara signifikan mempercepat waktu komputasi karena berkurangnya derajat kebebasan, dan model tersebut dapat memeriksa perilaku
di atas skala waktu mikrodetik [2-5,9].
Aplikasi MC untuk Biomembran

MC telah digunakan untuk berbagai penelitian biomembran. Studi-studi ini meliputi:
Mengkarakterisasi interaksi protein-membran:
Kerjasama antara reseptor berpasangan G-protein dan rakit lipid [15].

Pembentukan domain yang dimediasi Annexin dengan kolesterol [16].
Struktur dan dinamika biomembran:
Struktur vesikel pada konsentrasi nematogen yang berbeda [17].

Pemisahan fase dan pembentukan nanodomain.
Struktur membran dengan komposisi kolesterol dan protein yang bervariasi.
Ini mewakili beberapa dari banyak aplikasi MC pada biomembran.
Ringkasan
Alat komputasi – bersamaan dengan eksperimen – dapat memperkuat pengetahuan kita tentang biomembran secara signifikan.
MC adalah salah satu alat komputasi yang dapat kita gunakan, dan mengekstrak informasi tentang konfigurasi potensial dalam biomembran.
Ada banyak masalah yang perlu dipertimbangkan ketika menggunakan alat komputasi, yang bergantung pada studi dan ketersediaan
sumber daya.
Referensi
1. Xia, Y. dan Peng, L. 2013. Probe Lipid yang Dapat Diaktifkan untuk Mempelajari Biomembran dengan Pelabelan Fotoafinitas. Kimia Rev.
113: 7880-7929.
2. Wüstner, D. dan Skelenar, H. 2014. Simulasi Atomistik Monte Carlo Membran Lipid. Int J Mol Sci. 15:1767-1803.
3. Marrink, SJ dkk. 2009. Lipid bergerak: Simulasi pori-pori membran, domain, tangkai dan kurva. Biofisika Biochim
tindakan. 1788: 149-168.
4. Elson, EL dkk. 2010. Pemisahan fase dalam membran biologis: integrasi teori dan eksperimen. Annu Rev Biofisika. 39:
207-226.
5. Rouse, S. dkk. 2010. Simulasi Molekuler dan Biomembran: Dari Biofisika hingga Fungsi. Edisi pertama. Cambridge CB4
0WF, Inggris: Royal Society of Chemistry.
6. Heimburg, T. 2000. Simulasi Monte Carlo mengenai lapisan ganda lipid dan interaksi protein lipid berdasarkan eksperimen terbaru.
Sains Antarmuka Koloid Opin Saat Ini. 5: 224-231.
7. Pastor, RW 1994. Dinamika molekuler dan simulasi Monte Carlo lapisan ganda lipid. Biol Struktur Opin Saat Ini. 4: 486-492.
8. Paquet, E. dan Viktor, HL 2015. Dinamika Molekuler, Simulasi Monte Carlo, dan Dinamika Langevin: Sebuah Komputasi
Tinjauan. BioMed Res Int. jilid. 2015, ID Artikel 183918, 18 halaman. doi:10.1155/2015/183918.
9. Müeller, M. dkk. 2006. Membran biologis dan sintetik: Apa yang dapat dipelajari dari deskripsi kasar? Fis
Ulangan 434: 113-176.
10. Hac, AE dkk. 2005. Difusi dalam Membran Lipid Dua Komponen – Spektroskopi Korelasi Fluoresensi dan Monte
Studi Simulasi Carlo. Biofisis J.88 : 317-333.
11. Berry, H. 2002. Simulasi Monte carlo reaksi enzim dalam dua dimensi: kinetika fraktal dan segregasi spasial.
Biofisis J.83 : 1891-1901.
12. Harrison, RL 2010. Pengantar Simulasi Monte Carlo. Proses Konferensi AIP. 1204: 17-21.
13. Zuckerman, DM 2011. Pengambilan Sampel Kesetimbangan dalam Simulasi Biomolekuler. Annu Rev Biofisika. 40: 41-62.
14. Ingólfsson, HI dkk. 2014. Kekuatan butiran kasar dalam simulasi biomolekuler. Wiley Interdiscip Rev Comput Mol Sci.
4: 225-248.
15. Fallahi-Sichani, M. dan Linderman, JJ 2009. Regulasi G-Protein Coupled Receptor Signaling yang Dimediasi oleh Rakit Lipid oleh
Ligan yang Mempengaruhi Dimerisasi Reseptor: Studi Komputasi. PLoS Satu. 4: e6604.
16. Almeida, PF dkk. 2011. Simulasi Monte Carlo Demixing Lipid yang Diinduksi Protein dalam Membran dengan Interaksi yang Diturunkan
dari Eksperimen. Biofisis J.101: 1930-1937.
17. Sreeja, KK dkk. 2015. Simulasi vesikel fluida Monte Carlo. J Phys Memadatkan Materi. 27:273104. doi: 10.1088/0953-
8984/27/27/273104.
7.2: Monte Carlo untuk Biomembran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
7.3: Dinamika Molekuler untuk Biomembran

Dinamika molekul (MD) adalah metode simulasi yang digunakan di banyak bidang untuk membantu memahami pergerakan atom dan molekul.
Metode ini didasarkan pada persamaan gerak Newton dan umumnya tidak mencakup mekanika kuantum. Setiap atom atau molekul dalam simulasi
ditentukan oleh medan gaya dan massa, dan diperbolehkan berinteraksi selama jangka waktu tertentu. Periode waktu ini dibuat singkat karena penyebaran
kesalahan setelah banyak perkiraan. Banyak permasalahan yang menggunakan dinamika molekul sering kali memiliki jumlah atom yang besar dan sulit
diselesaikan secara analitis. Penggabungan kondisi batas memungkinkan peneliti untuk mengurangi ukuran simulasi tanpa mengorbankan informasi
terkait. Seseorang dapat menjalankan simulasi yang diinginkan pada unit sekecil mungkin, dan mengelilinginya dengan replika yang meluas tanpa batas
ke segala arah. Hal ini menghasilkan simulasi yang “lebih besar” yang masih memerlukan komputasi minimal.
Biomembran memainkan peran yang sangat penting dalam organisme, memisahkan sel dari lingkungannya dan mengelompokkan organel dengan fungsi
unik dan individual. Membran berkontribusi pada struktur sel dan organel melalui komposisi lipid spesifik dan mengontrol molekul apa yang melintasi
membran melalui jaringan saluran protein yang diselingi di antara kelompok lipid. Mengingat banyaknya peran penting biomembran, memahami komposisi,
struktur, dan interaksinya dengan bahan intraseluler dan lingkungan adalah penting untuk penemuan dan pengiriman obat. Karena sifat elektrostatik dan
kimia biomembran yang unik, sulit dan melelahkan untuk memvisualisasikannya secara eksperimental dengan cara yang mencerminkan sifat dinamisnya.
Karena alasan ini, simulasi dinamika molekul telah menjadi metode yang banyak digunakan untuk memvisualisasikan perilaku membran dan interaksi
dengan molekul yang diinginkan.
Dasar Fisika: Hukum Kedua Newton

Dinamika molekul (MD) menggunakan persamaan dari mekanika klasik untuk menggambarkan cara atom dan molekul kecil berinteraksi. Persamaan
kuantum dan relativitas diabaikan, namun pengecualian ini berdampak minimal pada implikasi pengujian yang dijalankan. Perkiraan berdasarkan mekanika
klasik biasanya cukup untuk membuat kesimpulan yang akurat. MD berpusat pada hukum kedua Newton tentang gerak. Daripada notasi tradisional,
1
persamaan ini dinyatakan sebagai gradien energi potensial :
ÿ
1ÿi ÿ
F= ¯r¯V3( }) (7.3.1)
Persamaan ini menyatakan gradien terhadap posisi partikel, i. F melambangkan gaya konservatif antar atom dalam sistem, ÿÿiV adalah gradien energi
potensial, dan merupakanposisi atom. Persamaan ini dapat disesuaikan untuk menyatakan percepatan dengan menggunakan F=ma, dimana percepatan
merupakan turunan kedua kali dari posisi:
ÿ
rÿ
2
ton ÿi {rj
Saya
(7.3.2)
mÿ = ÿ V ( })
Sisi kanan perhitungan ini adalah massa dikalikan percepatan hukum kedua Newton. Dalam sistem biomembran, sifat statistik dan termodinamika akan
1.
mereduksi persamaan Hamilton menjadi persamaan yang sama di atas
Menggunakan Integrator Verlet untuk menyelesaikan Hukum Kedua Newton
Saat menjalankan simulasi MD, integrator diterapkan pada persamaan diferensial parsial ini untuk menghitung posisi dan kecepatan molekul berdasarkan
kondisi awal. Ada banyak jenis integrator yang umum digunakan oleh para peneliti. Sebagian besar didasarkan pada perluasan posisi Taylor sebagai
fungsi waktu:
ÿ Saya
(tÿt0) ÿ itu
rÿt=t0 (7.3.3)
r(ÿ t) =ÿ saya!
saya=0
Integrator yang umum adalah integrator Verlet, yang memperluas persamaan di atas ke orde ketiga. Turunan pertama menggambarkan kecepatan suatu
partikel, turunan kedua adalah percepatan, dan turunan ketiga adalah sentakan. Persamaan tersebut dilakukan secara positif dan negatif terhadap waktu
2
untuk menjaga simetri yang diperlukan untuk deskripsi mekanis statistik yang akurat :
Ekspansi ke Depan
2
aÿ (t0)ÿt ÿt 3rÿ (t0)ÿt 3 4
r(ÿ t) = rÿ (t0)+vÿ (t0)ÿt + 2 + +HAI(ÿ )

ton
(7.3.4)
6
Ekspansi Mundur
2 3
aÿ (t0)ÿt - ÿt 3rÿ (t0)ÿt 4
r(ÿ t) = rÿ (t0)ÿvÿ (t0)ÿt + +HAI(ÿ )

ton
(7.3.5)
2 6
Dalam persamaan ini, percepatan dilambangkan dengan a. O adalah konstanta yang digunakan untuk menyingkat ekspansi Taylor orde keempat dari persamaan posisi.
Persamaan ini kemudian digabungkan untuk memberikan algoritma posisi yang diperluas ke urutan keempat. Persamaan ini memungkinkan kita untuk memprediksi posisi
semua atom dalam suatu sistem asalkan kita mengetahui langkah waktu sebelumnya dan selanjutnya:
2 4
rÿ (t0 +ÿt) = 2rÿ (t0)ÿrÿ (t0 ÿÿt)+aÿ (t0)ÿt +O(ÿ )

ton
(7.3.6)
Ensemble Isobarik-Isotermal
Untuk mensimulasikan lingkungan biomembran yang umum, ansambel isobarik-isotermal digunakan 20 .
Ansambel statistik adalah sekumpulan besar
keadaan mikro yang direplikasi dan mempunyai keadaan makro yang sama. Hal ini serupa dengan seorang ilmuwan yang menggunakan kondisi yang sama untuk menguji
sistem yang mungkin tidak identik secara mikroskopis.
Ansambel isobarik-isotermal juga disebut ansambel NPT, di mana jumlah partikel N dikekalkan, dan tekanan konstan P serta suhu konstan T diterapkan. Ini meniru
lingkungan biomembran pada umumnya: cairan pada suhu konstan dengan kemampuan lipid dan protein untuk mengembang dan berkontraksi.
Barostat Berendsen adalah alat umum untuk menjaga tekanan efektif sistem. Hal ini dilakukan dengan mengubah skala ukuran kotak dan posisi partikel untuk mengembalikan tekanan target
1
(p ). Hal ini dilakukan dengan menggunakan persamaan berikut : target
V baru ÿt P
(7.3.7)
Vold = (1ÿ + target )
Dalam persamaan ini, tau menunjukkan frekuensi penyesuaian ulang posisi partikel. V dan V menunjukkan volume kotakbaru
pada dua langkah
tua waktu yang berdekatan.
22
Termostat Nose-Hoover mengontrol derajat kebebasan kinetik untuk menjaga suhu benda Hamiltonian tetap konstan dan faktor skala turunan waktu, . Menggunakan banyak-
persamaan gerak isotermal dapat dinyatakan sebagai persamaan gerak berganda di mana s adalah faktor skala, Q adalah posisi, P adalah momentum, dan masing-masing
merupakan turunan orde satu:
ÿ
Pÿ saya
= sFi
Q = / Pis,mi
Saya
(7.3.8)
ÿ
hal2
Saya
kB
sÿ
2 salah
(7.3.9)
sÿ = sÿPs, P = [ ÿDT] Saya
Metode ini bersifat deterministik, dapat dibalik waktu, dan mudah diterapkan. Masalahnya adalah tidak semua sistem bersifat ergodik (rata-rata probabilitas tidak akan
menjadi rata-rata jangka panjang).
Pemodelan MD Membran
memungkinkan kita memantau pergerakan dan interaksi atom individu dalam suatu molekul. Proses ini memakan waktu dan komputasi yang intensif, sehingga membatasi
skala waktu dan area di mana perhitungan tersebut dapat dilaksanakan. Dalam model biomembran, memodelkan molekul air yang menarik secara kimia saja akan memakan
waktu lebih lama daripada waktu praktisnya, dan hanya sedikit kelompok lipid yang dapat dimodelkan. Melihat keseluruhan unit yang menarik dengan cara ini akan dibatasi
pada waktu simulasi nanodetik. Banyak simulasi bilayer seluruh atom hanya memodelkan 128 lipid, atau 64 lipid pada setiap lapisan.
1
Gaya simulasi ini memiliki sejumlah
penerapan yang berguna, termasuk melihat karakteristik struktur lokal dan dinamika membran serta bagaimana komponen spesifik seperti sterol mempengaruhi struktur
membran lokal. Namun, peristiwa seperti perakitan bilayer serta transisi dan pemisahan fase terjadi pada skala waktu yang tidak masuk akal untuk model atomistik.
Penggunaan timestep yang terlalu besar mungkin akan melewatkan transisi penting yang memengaruhi properti sistem, namun timestep yang terlalu pendek akan memakan
biaya komputasi yang besar. Getaran sudut berada pada urutan 10 femtodetik, dan disarankan untuk membuat langkah waktu dengan urutan besarnya lebih pendek
daripada peristiwa terkecil yang teramati. 1. Umumnya 1 femtodetik hingga beberapa pikodetik merupakan rentang yang dapat diterima.
Parameter yang digunakan untuk Biomembran
Perhitungan yang digunakan untuk setiap parameter berbeda-beda tergantung programnya, namun fungsinya akan dirangkum secara singkat di sini.
Sudut ikatan dan panjang ikatan: Sudut dan panjang ikatan biasanya dibatasi pada nilai yang relevan secara biologis. Setiap residu memiliki rentang sudut yang
diharapkan untuk diadopsi, dan ekspektasi ini diterapkan ke dalam parameter model. Apakah ikatan diperbolehkan meregang atau berosilasi di antara sudut yang berbeda
atau tidak, merupakan parameter yang dapat dikontrol.
Derajat kebebasan torsi: Derajat kebebasan torsi adalah sudut ikatan berbeda yang membuat suatu molekul dapat stabil. Misalnya, dalam CO molekulnya linier, sehingga
tidak ada konfigurasi2sudut ikatan berbeda yang diperlukan. Dalam n-butana, yang mengambil
bentuk CH -CH 3-CH -CH

2 3 2 , dimana masing-masing ikatan tersebut dapat mengambil 3 posisi energik. Parameter ini dibatasi secara berkala.
Parameter urutan rantai: Urutan rantai adalah ukuran sudut ikatan CH ekor dan garis normal bilayer. Ini dapat didefinisikan untuk a
1
lipid tunggal. Parameter orde dapat dihitung menggunakan persamaan berikut (S adalah parameter orde, dan Theta CD adalah
sudut antara ikatan CH dan garis normal ganda):
2
ScD = 0,5 ÿ3 cos ÿcp ÿ1ÿ (7.3.10)
Parameter urutan dihitung untuk semua karbon jenuh. Karbon tak jenuh tidak lagi memiliki orientasi tetrahedral dan
parameter pesanan tidak berlaku.
Pengaruh parameter
Premis dasar MD adalah membangun persamaan atau himpunan persamaan untuk menggambarkan energi bebas suatu sistem berdasarkan parameter
yang cukup menggambarkan kimia dan fisika yang diamati. Meskipun setiap program, model, dan lab menggunakan rangkaian individual
parameter, ada beberapa yang umum untuk hampir semua simulasi MD. Interaksi tidak terikat, seperti Lennard-Jones, van der
Interaksi waals, elektrostatik, dan ikatan kimia, dihitung untuk atom yang berdekatan dan berdekatan secara spasial. Urutan rantai
memberikan wawasan tentang betapa padatnya ekor lipid di dalam bilayer, yang pada gilirannya berimplikasi pada fase pencairan
1
suhu, dan fluiditas bilayer. Ekor lipid yang benar-benar jenuh, misalnya, akan terbungkus rapat dan terbatas
3
bergerak, namun ekor dengan ikatan tak jenuh akan memiliki kekusutan pada rantai yang menyebabkan rantai menjadi kurang rapat (Gambar 7.3.1 ).
Gambar 7.3.1 . Ekor asam lemak jenuh dan tak jenuh. Ekor jenuh mempertahankan struktur linier, sedangkan ikatan rangkap dalam an
ekor tak jenuh menyebabkan kekusutan.
Ukuran kelompok kepala dan panjang lipid selanjutnya memungkinkan kita untuk membatasi simulasi MD dengan memberikan perkiraan urutan dan
fase bilayer. Fungsi distribusi radial menggambarkan morfologi dan struktur membran yang bila digabungkan
1
dengan informasi tentang kepadatan struktur dapat memberikan pandangan spasial holistik dari bilayer.
Air dan pelarut menimbulkan tantangan yang cukup besar dalam MD, karena mereka terdiri dari sebagian besar atom dan berinteraksi dengan molekul dalam a
banyak cara, tergantung pada suhu, tekanan, dan kedekatan dengan kelompok polar dan hidrofobik. Meskipun banyak model
mewakili air sebagai cairan, model ini tidak cukup jika perubahan suhu ekstrem menyebabkan perubahan fasa. Itu
Model air yang paling banyak digunakan untuk mengakomodasi perubahan fasa ini adalah model SPC, yang membatasi molekul air
4,5 6
interaksi dengan oksigen dan memperlakukan hidrogen sebagai muatan tetap (Gambar 7.3.2 ) . Lebih banyak yang akan dikatakan tentang pelarut dalam
Bagian Model Pelarut Implisit versus Eksplisit.
Gambar 7.3.2 . Simulasi MD bilayer fosfilipid (hijau) dikelilingi oleh molekul air (merah dan putih). Molekul air adalah
mahal secara komputasi, derajat kebebasannya sering kali berkurang dalam simulasi.
Menghitung Muatan Membran

Dalam simulasi MD, muatannya harus sama dengan nol. Namun, kita tahu bahwa biomembran biasanya mengandung daerah bermuatan, serta interaksi unik
jangka panjang yang tidak umum ditemukan dalam interaksi molekul kecil. Integral potensial ( V(r) untuk interaksi jarak jauh adalah:
ÿ
2
hal
(7.3.11)
ÿ 0V(r)dr = ÿ
R
dimana adalah radius ruang yang dimodelkan. Untuk mempermudah, bentuk ini diasumsikan sebagai bola simetris. Bahwa divergensi integral ini merupakan
suatu permasalahan, namun sejumlah teknik telah dikembangkan untuk mengatasi tuduhan tersebut secara tidak langsung. Salah satu solusinya (teknik
Particle Mesh Ewald) menerapkan perhitungan berbeda yang berada di atas dan di bawah batas muatan yang ditentukan. Di bawah cut-off, interaksi
elektrostatik dihitung secara langsung, dan di atas cut-off dihitung dengan analisis Fourier menggunakan transformasi Fourier cepat 3-D. Metode ini lebih
disukai karena sangat7 .akurat di lingkungan lokal dan juga cukup cepat. Integral di atas berbeda dengan integral Lennard-Jones dan interaksi jarak pendek,
yang konvergen dan dapat dihitung dengan mudah.
Medan Kekuatan
23 umum
Medan gaya adalah sekumpulan parameter dan persamaan yang menentukan energi potensial dan pergerakan suatu sistem. Empat medan gaya yang
dan terkini untuk molekul biologis adalah Amber, CHARMM, GROMOS, dan OPLS. Masing-masing mengalami revisi seiring perubahan teknik eksperimental.
Meskipun masing-masing medan gaya yang disebutkan di atas umumnya digunakan untuk biomolekul, studi tentang fosofillipid paling banyak dikembangkan di
medan gaya CHARMM dan Berger.
Medan gaya CHARMM27 adalah medan gaya seluruh atom untuk lipid, asam nukleat, dan asam amino yang sedang dikembangkan oleh berbagai ilmuwan
termasuk Martin Karplus. Medan gaya ini adalah bagian dari paket medan gaya CHARMM. Potensi Lennard-Jones mirip dengan medan gaya lainnya tetapi
komponen elektrostatisnya murni tolak menolak. Ini
Medan gaya Berger merupakan tambahan parameter yang terdapat pada Amber dan OPLS yang menggunakan medan gaya atom gabungan yang
mengelompokkan setiap karbon dalam suatu rantai dengan hidrogennya. Dibandingkan dengan medan gaya CHARMM27, hal ini mengurangi jumlah atom dalam
suatu sistem sebesar sepertiga dan secara drastis mengurangi jumlah interaksi berpasangan. Metode ini memerlukan daya komputasi yang lebih kecil namun
kurang akurat dibandingkan medan gaya semua atom dengan asumsi kesalahan tidak besar dari langkah ke langkah.
Simulasi Protein Membran

Protein adalah bagian penting dari membran sel dan harus dipertimbangkan ketika memodelkan biomembran. Protein di sepanjang dan di dalam membran
merupakan dasar bagi banyak fungsi sel termasuk: sinyal, motilitas, kontraksi, pembangkitan dan konsumsi energi, serta regulasi. Penggunaan MD untuk
memahami perilaku protein membran dalam situasi yang berbeda merupakan teknik penting dalam mempelajari mekanisme individu setiap protein.
Kandt dkk. menjelaskan sistem empat langkah untuk menyiapkan simulasi protein membran: 23
1) Arahkan proteinnya
Untuk mengarahkan protein, kotak protein dan bilayer harus memiliki dimensi yang sama. Kemudian domain transmembran hidrofobik disejajarkan dengan lokasi
ekor lipid. Hal ini dapat dengan mudah dilakukan dengan antarmuka grafis dan di GROMACS menggunakan alat editconf .
2) Siapkan bilayer
Terdapat beberapa teknik, namun teknik yang paling sederhana dan paling umum adalah dengan mengisi koordinat lipid dengan lipid dan kemudian menggunakan
potongan panjang untuk menghapus konfigurasi yang secara fisik tidak mungkin atau tidak mungkin. Masalahnya adalah kepadatan lokal memerlukan waktu
simulasi tambahan untuk kembali ke keseimbangan, yang dapat menyebabkan kesalahan lebih besar. Dalam simulasi non-ekuilibrium, hal ini tidak terlalu menjadi
masalah, namun skala waktu yang diperlukan untuk mencapai keseimbangan mungkin berada dalam rentang nanodetik, mirip dengan simulasi lengkap.
Metode yang lebih efisien adalah dengan membuat kisi lipid dengan jarak lebih besar dari bilayer sebenarnya, memasukkan protein, dan kemudian mengompres
bilayer tersebut. Langkah kompresi melewati dua sub-langkah yang berulang: kompresi dan minimalisasi energi. Hal ini dapat dilakukan dengan grid dan kemudian
mengompresi ukuran kotak lipid, atau dengan melapiskan protein, memperluas bilayer untuk mencegah tumpang tindih, dan kemudian menskalakan posisi lipid.
3) Pecahkan sistem
Menambahkan air ke dalam lapisan ganda itu mudah dan cepat, tetapi protein mempersulit hal ini. Permasalahannya meliputi air yang mungkin terperangkap di
dalam membran oleh protein dan rongga pada protein yang diisolasi dari sebagian besar protein. Pendekatan paling sederhana adalah dengan menjalankan
analisis rongga untuk menghindari penempatan air di area yang tidak seharusnya ada. Di GROMACS, jari-jari van der Waals disimpan di vdwradii.dat dan
digunakan oleh alat genbox . Dengan meningkatkan jari-jari vdW ekor lipid, tidak ada air yang terdapat dalam protein atau lapisan ganda.
4) Menyeimbangkan struktur
Kopling tekanan adalah bagian penting untuk mencapai keseimbangan yang realistis. Kopling tekanan isotropik tidak memungkinkan terjadinya fluktuasi membran,
sedangkan kopling anisotropik dapat menyebabkan sistem berubah bentuk. Kopling tekanan semi-isotropik harus digunakan dalam sistem antarmuka, di mana
arah x dan y digabungkan.
Elektrostatika adalah parameter lain, yang dibahas pada bagian "Menghitung Muatan Membran". Singkatnya, interaksi berpasangan dianggap di bawah radius
batas, dan di atas batas tersebut, analisis Fourier digunakan untuk menentukan interaksi.
Kemudian simulasi harus dijalankan pada durasi minimum untuk menyeimbangkan sistem. Dalam contoh lapisan ganda DPPC, dibutuhkan simulasi 10-20 ns
untuk menyeimbangkannya. Hal ini sebanding dengan waktu simulasi penuh sehingga langkah-langkah harus diambil untuk mengoptimalkan langkah ini. Difusi
rotasi dan lateral adalah langkah yang membatasi kecepatan, sehingga lapisan ganda lipid harus diatur sedemikian rupa sehingga waktu ini diminimalkan.
Koordinat protein harus dibatasi.
Energi potensial akan turun dan mengecil dengan cepat tetapi hal ini bukan merupakan tanda kesetimbangan. Sebaliknya, lihatlah energi interaksi berpasangan.
Struktur aneh
Molekul lain sering dikaitkan dengan protein membran seperti kofaktor atau ligan yang mungkin tidak ada dalam paket simulasi.
23
Dua solusi untuk hal ini mungkin dengan menggunakan medan gaya dengan topologi yang diperlukan atau membuatnya sendiri. Untuk membangun
kembali molekul kompleks, salah satu pendekatan yang umum adalah memperkirakan struktur menggunakan asam amino jika strukturnya serupa, atau
menemukan sesuatu lain dalam medan gaya yang dapat mendekatinya. Dengan cara ini medan gaya yang sama dan oleh karena itu serangkaian parameter
dapat digunakan untuk protein membran dan lipid. Pertimbangan lain adalah bahwa lingkungan membran berperilaku berbeda dibandingkan dengan sistem air.
Penggunaan medan gaya yang dimaksudkan di dalam air menyebabkan masalah pada struktur dan fungsi protein membran, misalnya saluran kalium yang
25
menerima natrium .
Model Pelarut Implisit versus Eksplisit

26
.
Model pelarut implisit memperlakukan pelarut sebagai sebuah kontinum. Pelarut didekati sebagai medan dengan konstanta dielektrik terkait. Energi bebas solvasi
zat terlarut dimasukkan sebagai istilah energi efektif dalam medan gaya. Pendekatan ini meningkatkan efisiensi komputasi dengan menghilangkan potensi
interaksi pelarut-zat terlarut. Hal ini juga mengurangi derajat kebebasan dalam sistem, sehingga menghasilkan reproduktifitas antara simulasi dan relaksasi pelarut
seketika dalam sistem membran.
Model pelarut eksplisit memperlakukan pelarut sebagai atom yang terikat secara individual. Model semua atom digunakan dalam sistem ini. Untuk hal ini, pilihan
medan gaya dan radius cut-off merupakan pertimbangan penting. Dalam medan gaya CHARMM27, ekor lipid cenderung menuju konformasi kompak all-trans,
yang lebih kecil dari kenyataan. Medan gaya CHARMM36 lebih sesuai dengan eksperimen.
Selain itu, orientasi kompleks protein membran juga diperlukan, jika tidak, pelarut mungkin terperangkap atau situasi pembengkokan yang tidak mungkin terjadi.
Pelarut eksplisit jauh lebih mahal secara komputasi.
Pemodelan Atomistik vs. Pemodelan Berbutir Kasar Meskipun
model atomistik memberi kita wawasan tentang interaksi sebenarnya yang terjadi di dalam membran, tingkat detail ini memerlukan biaya komputasi yang mahal.
Memodelkan proses skala besar seperti perakitan bilayer, interaksi lipid-protein, dan transisi fase dengan metode ini tidaklah praktis. Untuk mengakomodasi
besarnya daya komputasi maka dilakukan simulasi skala besar
permintaan, model butiran kasar (CG) mengabaikan detail yang tidak mempengaruhi peristiwa skala panjang. Model CG meminimalkan pengambilan sampel
8
Misalnya, lipid mungkin
dengan menggabungkan atom menjadi kelompok partikel, atau “atom semu”, berdasarkan sifat kimia dan elektrostatis yang sama.
terkondensasi menjadi molekul “kepala” polar, gugus fosfat, dan gugus ekor hidrofobik (Gambar 7.3.3 ). Teknik lain yang digunakan untuk mengurangi derajat
kebebasan dalam model CG adalah dengan mengabaikan dinamika jarak pendek. Ketika melihat peristiwa berskala lebih besar, interaksi ini cenderung
9
memiliki efek yang dapat diabaikan, dan secara efektif tidak penting untuk pertanyaan yang menarik seperti model kasar, . Model MD skala lebih besar,
penggunaan parameter berskala lebih besar. Dua parameter umum adalah ruang yang ditempati oleh masing-masing molekul serta ketebalan membran.
Properti ini dihitung menggunakan variasi persamaan luas dan volume standar.
1
Gambar 7.3.3 . Fosfolipid dipartisi menjadi empat “atom semu” berdasarkan hidrofobisitas. 5 adalah ekor hidrofobik, 6 adalah ikatan ester polar, 7 adalah
kepala gliserol, dan 8 adalah kepala fosfat hidrofilik yang bermuatan negatif.
Penerapan
Sekarang kita telah membahas beberapa variabel yang digunakan dalam pembuatan simulasi MD membran, kita akan membahas beberapa penerapan teknik
ini. Daftar ini hanya menyoroti bidang penelitian yang luas, namun harus memberikan gambaran umum tentang luasnya pengetahuan yang mungkin diperoleh
dengan teknik-teknik ini.
Kita tahu bahwa sebagian besar molekul membran terlibat dalam ikatan hidrogen pada tingkat tertentu, namun hal ini secara efektif mustahil untuk diamati secara
eksperimental. Model atomistik yang memanfaatkan geometri yang diharapkan dari sistem ikatan hidrogen menciptakan gambaran yang relevan secara
fungsional dari interaksi ini. Sudut dan panjang ikatan harus dibatasi pada pengamatan eksperimental, namun model yang akurat telah dihasilkan dengan cara
10
ini. Dalam memodelkan ikatan hidrogen, penting juga untuk membatasi gugus fungsi mana yang dapat berfungsi sebagai
11
donor dan akseptor ikatan.
Simulasi MD dapat digunakan untuk mempelajari transisi fase dan pembentukan rakit lipid. Dengan memvariasikan suhu model, peneliti dapat mengamati bagaimana kelas molekul
membran berinteraksi dan melokalisasi atau menyebar di antara membran lain. 12,13 Kekakuan serta fluiditas membran dapat diukur menggunakan MD; sifat-sifat ini ditentukan oleh
. yang mengamati kepadatan dan profil lipid membran. Cara kolesterol berkontribusi terhadap kekakuan dan fluiditas membran telah dipelajari secara ekstensif
pada membranmolekul
14.
Akhirnya, interaksi protein-membran dan interaksi molekul-membran kecil adalah dua bidang penelitian yang berkembang pesat yang saat ini sedang dilakukan menggunakan MD.
Meskipun
ada terlalu banyak contoh untuk dimasukkan dalam ulasan ini, kami akan mencatat bahwa saluran ion, reseptor permukaan sel , dan protein sitoskeleton semuanya telah dipelajari
dengan MD. .
Perbandingan dengan Teknik Monte Carlo MD dibuat
sebagai tanggapan atas keberhasilan teknik Monte Carlo. Di Monte Carlo (MC), pengambilan sampel secara acak dibatasi oleh
27 .
aturan dari probabilitas, aturan proses, dan fisika statistik untuk menghasilkan serangkaian keadaan yang banyak Teknik-teknik ini digunakan untuk
diterapkan mulai dari fisika dan kimia hingga perjudian. Teknik MC saat ini didasarkan pada rantai Markov, model yang mencari kemungkinan kejadian berikutnya
hanya berdasarkan keadaan sebelumnya. Angka acak dihasilkan sebagai titik awal dengan variabel acak dan kumpulan statistik yang membatasi sistem.
Dibandingkan dengan MD, MC jauh lebih murah secara komputasi dan lebih mudah diimplementasikan. Namun, sulit untuk mendefinisikan dan melihat
pergerakan fisik suatu sistem dan beberapa lintasan mungkin membawa partikel ke posisi yang mustahil. Ini tidak menunjukkan keadaan peralihan serta MD,
dan energi dalam sistem tidak mudah dilacak atau diperhitungkan. Untuk sistem dengan kepadatan rendah, kelemahan MC tidak sepenting molekul berinteraksi
lebih jarang.
Referensi 1
1. Dickey AN dan Faller R. Pemodelan Molekuler Biomembran: Pendekatan Cara. Dalam Aplikasi Biomedis
Biofisika; Jue, T., Ed.; Humana Pers, Springer, 2010; hal 35-58. 2
2. Verlet L. 1967. 'Eksperimen' komputer pada fluida klasik, I: sifat termodinamika molekul Lennard-Jones.
Fisika Wahyu 159: 98-103.
3
3. Tieleman DP, Marrink SJ, Berendsen HJC. 1997. Perspektif komputer tentang membran: studi dinamika molekuler sistem lapisan ganda lipid. Biochim
Biophys Acta 1331: 235-270. 4
4. Berendsen HJC, Postma JPM, van Gunsteren WF, Hermans J. Model interaksi air dalam kaitannya dengan protein
hidrasi. Dalam gaya antarmolekul; Pullman B.; Ed.; Dordrecht, Reidel, 1981; hal 331-342. 5
5. Berendsen HJC, Grigera JR, Straatsma TP. 1987. Istilah yang hilang dalam potensi pasangan efektif. J Fisika Kimia 91: 6269-
6271.6
6. Werten PJL, Rémigy HW, de Groot BL, Fotiadis D, Philippsen A, Stahlberg H, Grubmüller H, Engel A. 2002. Kemajuan dalam analisis struktur dan fungsi protein
membran. Surat FEBS 529: 65-72. 7 7. Essman U, Perela L, Berkowitz ML, Darden HLT, Pedersen
LG. 1995. Metode Ewald mesh partikel halus. J Kimia
Fisika 81: 3684-3690. 8
8. Muller M, Katsov K, Schick M. 2006. Membran biologis dan sintetik: apa yang dapat dipelajari dari deskripsi kasar? Rep Fisika 434: 113-176. 9
9. Lopez CF, Moore PB, Shelley JC, Shelley MY, Klein ML. 2002. Studi simulasi komputer biomembran menggunakan a
model butiran kasar. Komputasi Fisika Commun 147:1-6. 10
10. Lindahl E, Hess B, van der Spoel D. 2001. GROMACS 3.0: paket untuk simulasi molekuler dan analisis lintasan.
J Mol Model 7: 306-317. 11
11. Dickey AN, Faller R. 2007. Bagaimana panjang rantai dan konsentrasi alkohol memodulasi pembentukan ikatan hidrogen dalam lipid
bilayer. Biofisis J 92: 2366-2376. 12 12.
Jørgensen K, Mouritsen OG. 1995. Dinamika pemisahan fase dan organisasi lateral lipid dua komponen
membran. Biofisis J 69 (3): 942-954. 13
13. Baoukina S, Mendez-Villuendas E, Bennett WFD, Tieleman DP. 2013. Simulasi komputer pemisahan fasa pada
membran model. Farad Diskusi 161, 63-75. 14
14. Oldfield E, Chapman D. 1972. Dinamika lipid dalam membran: Heterogenitas dan peran kolesterol. FEBS Lett
23 (3) 285-297. 15
15. Lee BW, Faller R, Sum AK, Vattulainen I, Patra M, Karttunen M. 2004. Efek struktural molekul kecil pada
lapisan ganda fosfolipid diselidiki dengan simulasi molekuler. Kesetimbangan Fase Fluida 225 : 63-68 16
16. Lindahl E, Sansom MSP. 2008. Protein membran: simulasi dinamika molekul. Struktur Operasi Curr Biol 18 (4): 425-
431.17
17. Obligasi PJ, Holyoake J, Ivetac A, Khalid S, Sansom MSP. Simulasi dinamika molekul membran berbutir kasar
protein dan peptida. J Struktur Biol 157 (3) 593-605. 18 18. Isralewitz
B,
Gao M, Schulten K. 2001. Mengarahkan dinamika molekuler dan fungsi mekanik protein. Operasi saat ini
Struktur Biol 11 : 224-230. 19
19. Paavilainen VO, Berling E, Falck S, Lappalainen. 2004. Regulasi dinamika sitoskeletal dengan pengikatan aktin-monomer
protein. Tren Sel Biol 14 (7): 386-394.
20
20. Adas, KA; Bromberg, S.; Stigter, D. 2003, Kekuatan Penggerak Molekuler. New York: Ilmu Karangan Bunga.
21
21. Berendsen HJC, Postma JPM, van Gunsteren WF, Dinola A, Haak JR. 1984. Dinamika molekul dengan gandingan ke luar
mandi. J Kimia Fisika 81:3684–3690.
22
22. Posch HA, Hoover WG, Vesely FJ. 1986. Dinamika kanonik osilator Hidung: Stabilitas, keteraturan, dan kekacauan. Fis. Pendeta A.
33(6):4252-4256.
23
23. Kandt C, Ash AL, Tieleman DP. 2006. Menyiapkan dan menjalankan simulasi dinamika molekul protein membran.
Metode 41475-488. 24
24. Sapay, N. dan Tieleman, DP 2011. Kombinasi medan gaya CHARMM27 dengan medan gaya lipid atom bersatu. J.
Hitung. Kimia, 32: 1400–1410.
25
25. Domene, C., & Sansom, MSP 2003. Saluran Kalium, Ion, dan Air: Studi Simulasi Berdasarkan Tinggi
Struktur Sinar-X Resolusi KcsA. Jurnal Biofisika, 85(5), 2787–2800.
26
26. Mori T., Miyashita N., Im W., Feig M., Sugita Y. 2016. Simulasi dinamika molekul membran biologis dan
protein membran menggunakan algoritma pengambilan sampel konformasi yang ditingkatkan. Biochimica et Biophysica Acta, 1858:1635-1651
27
27. Schlick, T. 2010. Pemodelan dan Simulasi Molekuler: Panduan Interdisipliner edisi ke-2. New York: Peloncat.
7.3: Dinamika Molekuler untuk Biomembran dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
7.4: Merancang Model Membran Molekuler dengan VMD

Perkenalan
Meskipun teknik eksperimental modern mampu menyelesaikan fungsi protein yang terikat membran, penentuan struktur masih menjadi tantangan. Untuk
memberikan wawasan tentang perilaku membran dan protein yang berada di dalamnya, ahli biologi komputasi menggunakan simulasi dinamika molekuler
(MD). Sejak awal tahun 2000-an telah terjadi peningkatan luar biasa dalam jumlah metode komputasi, perangkat lunak, dan alat bantu visualisasi, yang
memperkuat kebutuhan akan MD [Ref. 1]. Tutorial ini ditujukan agar pengguna terbiasa memproduksi dan memvisualisasikan membran atomistik untuk
simulasi MD. Tutorial ini akan menggunakan Visual Molecular Dynamics (VMD), program visualisasi molekuler dari sistem biomolekuler besar, untuk
memvisualisasikan model membran. Selain itu, tutorial ini akan membahas bagaimana CHARMM-GUI, antarmuka web generasi sistem molekuler, dapat
digunakan untuk membuat model membran. Penyelesaian tutorial ini akan memungkinkan pengguna untuk:
1. Rancang, visualisasikan, dan pilih bagian lipid tertentu menggunakan antarmuka perintah VMD.
2. Visualisasikan membran fosfatidiletanolamin (POPE) dan fosfatidilkolin (POPC) homogen menggunakan VMD's
Alat ekstensi MembraneBuilder .
3. Membuat model membran lipid terlarut dan heterogen menggunakan alat ekstensi CHARMM-GUI Membrane Builder .
Tutorial ini menggunakan VMD versi Linux 64 (ver. 1.9.3 OpenGL). Unduhan sistem lainnya dapat ditemukan di sini: www.ks.uiuc.edu/Development/
Download/download.cgi?PackageName=VMD [Ref. 2]. Versi lain mungkin menghasilkan terjemahan tutorial yang tidak tepat, namun konsepnya tetap
valid dan harus dipraktikkan. Eksperimen dianjurkan. Ekstensi Pembuat Membran CHARMM-GUI dapat ditemukan di sini: http://www.charmm-gui.org/?
doc=input/membrane.bilayer [Ref. 3-8].
Catatan: teks yang dicetak miring menunjukkan teks/alat/perintah kata demi kata yang dapat ditemukan/diketik di layar Anda saat membaca tutorial.
Latihan pengguna juga ditandai dengan huruf miring. Referensi gambar ditandai dengan huruf tebal untuk menunjukkan visual yang bermanfaat.
1. Visualisasi VMD dasar POPE
Bank Data Protein (PDB) adalah gudang online terbesar yang berisi lebih dari 150.000 struktur biologis tiga dimensi hingga saat ini [Ref. 9-11]. Ahli
biologi komputasi sering menggunakan PDB sebagai titik awal untuk model molekuler mereka, baik mengimplementasikan struktur PDB yang ada
(sebagai format file .pdb) atau memformat templat PDB mereka sendiri untuk dinamika molekuler (MD).
Namun, sebagian besar file PDB tidak mengandung komponen struktur membran; ahli biologi komputasi biasanya merancang membran mereka sendiri
dan memasukkan struktur protein ke dalamnya. Oleh karena itu, bagian ini merupakan pengenalan bagi pengguna baru tentang cara menavigasi
perangkat lunak Visual Molecular Dynamics (VMD) sebelum membuat membran. Bagian ini akan menggunakan lipid fosfatidletanolamin (POPE) sebagai
contoh struktur. Untuk ulasan tentang jenis lipid dan sifat-sifatnya, kunjungi halaman web BPH 241 Lipid: https://phys.libretexts.org/Courses/
University_of_California_Davis/UCD%3A_Biophysics_241_-_Membrane_Biology/Lipids
1.1. Isi file .pdb dan memuat model POPE
Fosfatidletanolamin ( POPE) adalah gliserofosfolipid dan salah satu jenis lipid paling melimpah pada bakteri. Di bagian file yang dapat diunduh (bagian
bawah halaman), Anda akan menemukan file 1.1_single_POPE.pdb. File .pdb adalah file Bank Data Protein yang berisi semua informasi koordinat
eksperimental dan tiga dimensi yang diperlukan untuk memvisualisasikan biomolekul (Gambar 1.1).
Informasi lebih lanjut tentang file .pdb dan sintaksnya dapat ditemukan di sini: http://www.wwpdb.org/documentation/file-format [Ref. 12-13].
Gambar 7.4.1.1 . Contoh teks dari file .pdb. 1)Bagian KETERANGAN adalah untuk komentar pengguna. 2) Bagian ATOM berisi informasi koordinat dan
jenis atom. 3) Indeks (nomor urut) masing-masing atom. Perhatikan bahwa file PDB dimulai dari 1, indeks untuk VMD dimulai dari 0. 4) Nama atom. 5) Nama
residu/ molekul 6) Nomor urut residu/ molekul. 7) Koordinat ortogonal X, Y, dan Z dalam Angstrom. 8) Tingkat hunian. 9) Faktor suhu. 10) Informasi yang
belum dibaca menyatakan bahwa ini adalah bagian dari membran. Penjelasan lebih lanjut mengenai sintaks .pdb dapat ditemukan di [Ref. 12].
Setelah mengunduh perangkat lunak VMD, arahkan ke folder VMD dan buka file README untuk petunjuk instalasi. Selain instalasi, pengguna Linux harus
menambahkan jalur VMD ke file .bashrc mereka untuk memanggil dari terminal. Di baris terakhir file .bashrc Anda, tambahkan ekspor PATH=/ type/ your/
directory/ here/ vmd:$PATH (Gambar 1.2). Sekarang, kata kunci vmd dapat diketik di terminal Linux untuk meluncurkan VMD. Catatan: Beberapa perangkat
distribusi Linux, Windows, dan Mac serta distribusi perangkat lunak VMD mungkin berbeda; selalu baca file README untuk panduan instalasi terbaik.
Gambar 7.4.1.2 . Contoh menambahkan VMD ke file .bashrc Anda, terletak di direktori home Anda.
Setelah meluncurkan VMD, Anda akan melihat dua jendela: VMD Utama dan Tampilan VMD. Jendela Utama VMD berisi perintah dan opsi yang dapat
dieksekusi untuk memanipulasi molekul pada Tampilan VMD. Selanjutnya, dari jendela utama VMD , muat file single_POPE.pdb menggunakan File ÿ New
Molecule... Sebuah jendela baru bernama Molecule File Browser akan muncul. Dari sini, klik Telusuri dan navigasikan ke folder yang berisi single_POPE.pdb.
Setelah memilih, klik Load di jendela Molecule File Browser untuk memuat molekul POPE ke Tampilan VMD (Gambar 1.3).
Gambar 7.4.1.3 . Cara memuat file PDB. 1) Jendela utama VMD berisi semua perintah dan opsi untuk memanipulasi model.
Untuk membuat sesi baru, klik File ÿ New Molecule... 2) Di Molecule File Browser, file dapat dipilih dengan tombol Telusuri.
Setelah file dipilih, Molecule File Browser akan menentukan jenis file. File dimuat dengan mengklik tombol Load.
3) Setelah file dimuat, file tersebut akan muncul di jendela Tampilan VMD. Dalam contoh ini, satu molekul POPE ditampilkan sebagai garis.
1.2 Fitur dasar visualisasi VMD: orientasi, rotasi, dan representasi
Tampilan VMD memiliki dua mode manipulasi mouse utama: putar (tekan r pada keyboard) dan terjemahkan (tekan t pada keyboard).
Perintah mode mouse lainnya dapat ditemukan di sini: www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/ug/node32.html [Ref. 14-15].
Untuk mode putar, perintah mouse berikut adalah:
Klik kiri dan tahan = rotasi tiga dimensi bebas
Klik kanan tahan = memutar sejajar layar komputer

Roda mouse = memperbesar/memperkecil bagian tengah
Untuk mode terjemahan, perintah mouse berikut adalah:
Klik kiri dan tahan = menerjemahkan molekul sejajar dengan layar komputer
Klik kanan dan tahan roda mouse = memperbesar/memperkecil bagian tengah
Pada Tampilan VMD, Anda akan melihat representasi Garis dari molekul POPE; Representasi garis adalah ketika tipe atom diwakili oleh garis berwarna yang
menunjukkan tipe elemen. Dalam model ini, warna untuk setiap elemen adalah:
cyan = karbon
putih = hidrogen
merah = oksigen
oranye = fosfor biru =
nitrogen
Representasi Garis berguna untuk memvisualisasikan keseluruhan molekul, namun ada representasi lain yang dapat digunakan . Dari VMD Main, buka Graphic ÿ
Representations… Sebuah jendela baru bernama Graphical Representations akan muncul (Gambar 1.4). Di sini Anda akan melihat tab molekul yang dipilih di
mana Anda dapat memvisualisasikan molekul yang berbeda. Anda juga akan melihat tab Gaya Gambar, Pilihan, Lintasan, dan Periodik yang mengubah
representasi visual setiap molekul.
Gambar 7.4.1.4 . Tab Representasi Grafis memungkinkan Anda mengubah representasi visual model Anda. 1) Pilih molekul untuk diedit. 2) Buat representasi
dari molekul yang dipilih. Ini berguna untuk merepresentasikan model yang sama dalam gaya grafis yang berbeda. 3) Jendela semua representasi yang
dibuat. Sorot representasi untuk mengaktifkannya untuk diedit. 4) Jendela perintah yang dapat digunakan untuk memilih bagian tertentu dari atom untuk
visualisasi. 5) Menu pemilihan tab dengan tab Draw Style terbuka. Tab Draw Style mengontrol representasi visual model. Tab Pilihan memungkinkan
pemilihan atom tertentu secara tepat dalam model. Tab Trajectory mengontrol fitur animasi sedangkan tab Periodik mengontrol tampilan gambar secara
periodik; keduanya tidak akan dibahas dalam tutorial ini tetapi dijelaskan dalam Panduan Pengguna VMD [Ref. 15]. 6) Semua kontrol di tab Gaya Gambar;
Metode Pewarnaan mengontrol bagaimana atom diwarnai, Metode Menggambar mengontrol bagaimana model digambar, Metode Material mengontrol
bagaimana model diarsir, dan Ketebalan mengontrol ketebalan garis model. Pilihan lain mungkin muncul saat Metode Menggambar berbeda dipilih. 7)
Setelah representasi grafis selesai, perubahan harus diterapkan dan dapat diubah agar diterapkan secara otomatis.
Fokus pada tab Gaya gambar . Di dalamnya, Anda dapat mengubah Metode Pewarnaan, Metode Menggambar , Bayangan Bahan , dan Ketebalan representasi.
Ubah Ketebalan garis dari 1 menjadi 5. Sekarang akan lebih mudah untuk memvisualisasikan molekulnya. Atur Ulang Ketebalan ke 1.
Di panel pilihan Metode Menggambar Anda akan menemukan skema visualisasi molekul yang berbeda. Beberapa gaya yang umum adalah Garis, VDW, dan CPK
(Gambar 1.5), namun ada gaya lain yang tersedia (Tabel 1.1). Gaya Garis adalah gaya tertua yang digunakan
garis sebagai ikatan dan titik sebagai atom. VDW adalah gaya Van der Waals dan merupakan representasi pengisian ruang yang bermanfaat. Gaya CPK
dapat dianggap sebagai kombinasi Garis dan VDW dengan menyediakan atom berskala sebagai bola yang dihubungkan oleh ikatan silinder.
Di panel pilihan Metode Pewarnaan, Anda akan menemukan skema pewarnaan berbeda tergantung pada tipe atom, kumpulan molekul, ID residu, dan
beberapa sifat fisik. Efektivitas skema ini akan bergantung pada parameter file .pdb Anda. Untuk saat ini, file single_POPE.pdb hanya berguna dengan
metode Nama . Bereksperimenlah dengan berbagai metode menggambar/mewarnai.
Selanjutnya dilakukan reset molekul dengan Cara Pewarnaan: Nama dan Cara Menggambar: CPK.
Gambar 7.4.1.5 . Visualisasi POPE menggunakan gaya gambar Garis (Kiri), Van Der Waals (Tengah), dan gambar CPK (Kanan).
Gaya Garis berguna untuk memahami struktur, gaya VDW untuk pengisian ruang, dan gaya CPK sebagai campuran
gaya memanfaatkan struktur Garis dan pengisian ruang CPK.
Tabel 1.1. Gaya gambar molekul dari Panduan Pengguna VMD Versi 1.9.3 [Ref. 15]
1.3. Identifikasi jenis atom
Untuk memberi label pada atom tertentu, buka jendela Utama VMD dan pilih Mouse ÿ Label ÿ Atoms. Mengklik atom akan menampilkan nama molekul
diikuti dengan nama atom. Dari skema warna, beri label pada atom fosfor diikuti dengan nitrogen. Untuk mengelola label, buka jendela Utama VMD dan
pilih Grafik ÿ Label… Di sini Anda dapat menemukan koleksi label yang telah Anda buat. Anda dapat mengklik setiap label dan menampilkan,
menyembunyikan, menghapus, dan mengubah posisinya di Tampilan VMD (Gambar 1.6). Misalnya,
pilih label atom POPE1:P (fosfor). Di bawah tab Picked Atom Anda akan menemukan informasi penamaan (ResName, ResID, dll). Di tab Properti Anda
dapat menyeret garis bidik di bagan Offset untuk mengubah orientasi label. Di tab Properti Global Anda dapat menyesuaikan ukuran dan ketebalan teks
Anda.
Selain memvisualisasikan label atom, Anda juga dapat memvisualisasikan panjang dan sudut ikatan. Sekali lagi, dari jendela Utama VMD , pilih Mouse ÿ
Label ÿ Bonds. Untuk memvisualisasikan panjang atau jarak ikatan antar atom, Anda harus mengklik dua atom yang ingin Anda ukur. Anda dapat menemukan
jarak berlabel dari Grafik ÿ Label di jendela Utama VMD . Demikian pula, Anda dapat menghitung sudut dengan mengklik tiga atom (Gambar 1.7). Penting
untuk dicatat bahwa VMD tidak dapat menampilkan ikatan rangkap karena file .pdb tidak berisi informasi ikatan. Memang, file PDB hanya berisi informasi
koordinat. VMD mengkompensasi hal ini dengan menggunakan algoritma pengukuran jarak untuk menentukan atom mana yang terikat. File Struktur Protein
juga dapat digunakan untuk menyatakan informasi ikatan secara eksplisit tetapi berada di luar cakupan tutorial ini. Oleh karena itu, pemahaman intuitif
terkadang diperlukan agar pemirsa dapat memahami model sepenuhnya.
Gambar 7.4.1.6 . Jendela label tempat Anda dapat mengidentifikasi skema penamaan atom dan menyesuaikan label visual. 1) Pilih antara pelabelan atom,
ikatan, sudut, dihedral, dan pegas. 2) Pemilihan atom yang diberi label saat ini. Label yang ditampilkan pada Tampilan VMD diberi teks hitam, sedangkan
label tersembunyi ditampilkan dalam teks merah. 3) Menu pemilihan Tab. 4) Tab Picked Atom menampilkan informasi koordinat dan penamaan atom yang
dipilih. 5) Tab Grafik memplot data untuk label yang dipilih dan tidak akan dibahas dalam tutorial ini. 6) Tab Properties memungkinkan pengguna untuk
memindahkan label Offset yang digambarkan pada Tampilan VMD serta mengganti nama label Format. 7) Tab Properti Global memungkinkan penyesuaian
pada label Ukuran dan Ketebalan Teks.
Angka 7.4.1 .7. Molekul POPE menunjukkan: 1) Label atom atom fosfor "POPE1:P".
2) Jarak atom antara dua atom hidrogen adalah 2,03 Angstrom.
3) Sudut antara atom karbon dan dua mitra ikatan hidrogennya adalah 105,48 derajat.
Latihan (bagian 1.3)
Latihan 1.1: Identifikasi satu atom dari setiap unsur: Karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen, dan fosfor. Susun ulang setiap label sehingga semuanya terlihat
dan menunjukkan atomnya dengan jelas.
Latihan 1.2: Berapa banyak ikatan rangkap yang terdapat pada POPE? Di mana Anda mengharapkan obligasi ganda?
1.4. Seleksi lanjutan untuk wilayah tertentu
Saat Anda membuat model yang lebih kompleks, Anda pasti ingin dapat menentukan wilayah tampilan. Hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan jendela
Representasi Grafis (Gambar 1.4). Sekali lagi, dari VMD Main, pilih Graphics ÿ Representations… untuk membuka jendela Graphical Representations . Pertama,
buat representasi baru dari molekul yang dipilih dengan mengklik Buat Rep. Di kotak representasi, Anda sekarang akan melihat dua representasi. Dengan
mengklik dua kali Anda dapat menyembunyikan representasi; representasi tersembunyi dalam teks merah sedangkan representasi terlihat dalam teks hitam.
Sorot representasi yang terlihat untuk memungkinkannya diedit.
Di kotak atom yang dipilih, Anda dapat menggunakan kata kunci tertentu untuk mengaktifkan atau menonaktifkan bagian model Anda. Anda bahkan dapat
menggunakan string yang lebih kompleks serta nilai boolean atau numerik untuk menentukan kriteria pilihan Anda; Sistem ekspresi VMD didasarkan pada
sintaksis PERL (bahasa komputasi). Contoh ekspresi reguler ini dapat ditemukan di bagian 6.3 Panduan Pengguna VMD [Ref. 15]. Kembali ke jendela Labels
(Graphics ÿ Label) Anda mungkin memperhatikan label tertentu memiliki informasi tipe di tab Picked Atom (Gambar 1.6). Kata kunci seperti ResName, ResID,
Name, Type, Chain, SegName, dan Index dapat digunakan untuk menentukan pilihan (Tabel 1.2); deskripsi semua kata kunci dapat ditemukan di bagian 5.48
Panduan Pengguna VMD [Ref. 15]. Untuk saat ini, karena hanya ada satu molekul POPE yang diberi label ResName: POPE dan ditetapkan sebagai Rantai: X,
urutkan jenis atomnya untuk latihan. Untuk memvisualisasikan semua atom karbon, gunakan ekspresi reguler seperti (Gambar 1.8):
nama “C.*”
dimana C mewakili konvensi penamaan atom karbon kanonik dan .* menunjukkan atom karbon mana pun dalam model. Secara ekspresi, contoh ini berarti
mencari apa pun yang diklasifikasikan sebagai nama yang dimulai dengan C. Cara lain untuk memvisualisasikan atom karbon saja adalah dengan mengetik:
bukan nama “O.*” dan bukan nama “P.*” dan bukan nama “H.*” dan bukan nama “N.*”
Representasi Anda seharusnya tidak berubah karena Anda hanya akan melihat jenis atom karbon. Dalam model yang lebih kompleks, Anda dapat menentukan
rantai molekul tunggal atau bahkan jenis molekul:
ganti nama POPE

rantai X
Dalam kedua kasus ini Anda akan melihat seluruh molekul fosfatidletanolamin ( POPE). Ekspresi pemilihan selengkapnya dapat ditemukan di Bab 6.3 Panduan
Pengguna VMD 1.9.3 [Ref. 15]
Tabel 1.2. Contoh kata kunci yang umum ditemukan untuk pemilihan model tertentu
wilayah. Pengidentifikasi argumen adalah: str=string dan num=number. Informasi lebih lanjut
pada kata kunci lainnya dapat ditemukan di [Ref. 15].
Gambar 7.4.1.8 . Memahami pemilihan atom. 1) Jendela semua representasi yang dibuat. Sorot representasi untuk mengaktifkannya untuk diedit. Teks
berwarna merah menunjukkan representasi tersembunyi. 2) Ekspresi dapat dimasukkan di jendela perintah Selected Atoms. Dalam contoh ini, hanya atom
karbon yang dipilih. Contoh lebih lanjut dapat ditemukan di Panduan Pengguna VMD [Ref. 15]. 3) VMD menyediakan daftar semua ekspresi yang dapat
digunakan untuk menentukan pilihan. 4) Contoh semua atom karbon POPE ditampilkan dari input (nama "C.*").
Latihan 1.3. Visualisasikan semua atom kecuali karbon dalam file single_POPE.pdb.
Latihan 1.4. Dengan menggunakan notasi indeks, visualisasikan kelompok kepala kutub. Petunjuk: notasi indeks untuk VMD dimulai dari nol.
1.5 Menyimpan dan memuat sesi Anda
Dari VMD Main, pilih File ÿ Save Visualization State… Di sini Anda dapat menentukan folder mana dan nama file apa yang Anda inginkan menggunakan
sintaks jalur file tradisional: user/ home/ my_folder/ my_file_name.vmd Pastikan Anda menyimpan sebagai .vmd atau Anda akan menyimpannya tidak dapat
memuat file! Jika Anda lupa, ganti nama file Anda sehingga Anda menyertakan jenis file .vmd. Untuk memuat sesi Anda, mulai VMD dan dari VMD Utama pilih
File ÿ Muat Status Visualisasi… Catatan: File ÿ Molekul Baru… hanya untuk mengimpor jenis file molekul baru. Lebih baik menggunakan Load Visualization
State jika Anda ingin mempertahankan pengaturan representasi model Anda (Gambar 1.9).
Gambar 7.4.1.9 . Sesi menyimpan dan memuat. 1) Untuk menyimpan sesi, navigasikan ke File ÿ Simpan Status Visualisasi… 2) Jendela penyimpanan akan
muncul. Sesi VMD disimpan sebagai file .vmd. 3) Untuk memuat sesi, navigasikan ke File ÿ Load Visualization State… 4)
Jendela muat akan muncul. Muat file .vmd untuk melanjutkan sesi.
2. Membran homogen menggunakan alat MembraneBuilder VMD
Tujuan dari alat MembraneBuilder Visual Molecular Dynamics (VMD) adalah untuk menghasilkan model membran yang dikelilingi oleh air yang kemudian
dapat ditempatkan protein. Model lipid/protein/air lengkap ini kemudian dapat digunakan untuk menjalankan simulasi dinamika molekuler setelah pembuatan
komponen medan gaya dan parameter simulasi; tinjauan tentang medan gaya dapat ditemukan di [Ref.
16]. Untuk tutorial ini, alat MembraneBuilder memperluas interpretasi kita terhadap molekul fosfatidletanolamin ( POPE) individu ke membran POPE yang
homogen. Sayangnya, alat MembraneBuilder dapat 1) hanya menghasilkan membran POPE dan fosfatidilkolin (POPC) yang homogen dan 2) hanya
menghasilkan air di sekitar molekul. Untuk informasi lebih lanjut tentang bagaimana MembraneBuilder menjalankan algoritmanya, kunjungi di sini:
www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/membrane/ [Ref. 17]. Untuk membran homogen atau heterogen dengan pilihan solvasi ion, lewati bagian ini dan
lanjutkan ke Bagian 3 yang menggunakan antarmuka CHARMM-GUI untuk menghasilkan membran.
2.1 Menghasilkan membran POPE
Dari VMD Main, pilih Extensions ÿ Modeling ÿ Membrane Builder untuk membuka jendela Membrane . Di jendela ini, pilih fosfatidletanolamin (POPE) sebagai
2
lipid, dan hasilkan area 50x50 Angstrom. Ubah awalan keluaran menjadi POPE_membrane. Bagian topologi menyediakan dua medan gaya CHARMM yang
dapat digunakan: CHARMM27 dan CHARMM36.
Secara umum, CHARMM27 untuk asam nukleat dan lipid sedangkan CHARMM36 untuk protein dan lipid; CHARMM36 diketahui memiliki parameter lipid yang
unggul dan karenanya harus digunakan untuk sebagian besar model biologi membran [Ref. 18]. Setelah memilih CHARMM36
2
(c36), klik Hasilkan Membran. Anda sekarang akan melihat membran POPE berukuran 50x50 Angstrom dengan selebaran dikelilingi oleh air. Anda juga akan
mencatat beberapa pola keacakan dan diskontinuitas; membran yang sempurna secara fisiologis tidak mungkin sehingga stokastisitas (keacakan) dimodelkan.
Visualisasikan membran menggunakan Metode Gambar CPK seperti dijelaskan pada Bagian 1.2 (Gambar 2.1).
Gambar 7.4.2.1 . Merancang membran dengan MembraneBuilder. 1) Akses jendela MembraneBuilder dari menu Extensions.
2) Membran
jendela memungkinkan pengguna untuk menghasilkan area membran tertentu (dalam Angstrom). Opsi membrannya adalah POPE dan POPC dengan
medan gaya pembangkitan
menggunakan CHARMM27 (c27) atau CHARMM36 (c36) 3) Tampak samping membran POPE yang dihasilkan dengan air di sekitarnya dari instruksi
tutorial.
Selanjutnya, verifikasi panjang membran xy yang dihasilkan. Dari jendela Graphical Representations (Gambar 1.4), keluarkan air dengan mengetikkan di
kotak teks Selected Atoms :
bukan air
Di VMD Utama, pilih Mouse ÿ Label ÿ obligasi. Dengan menggunakan bidang x, y, dan z, lakukan 5 pengukuran kasar dan catat rata-ratanya; ulasan tentang
2
cara melakukan ini ada di Bagian 1.3. Anda akan melihat bahwa luas membran akan kurang dari 50 Angstrom (rata-rata sekitar 45 Angstrom). Hal ini mungkin
2
disebabkan oleh pengaturan pengepakan yang ketat yang dilakukan setelah pembuatan model awal. Anda dapat menyimpan model ini seperti yang dibahas
pada Bagian 1.5 atau menyimpan membran sebagai file koordinat PDB. Dari VMD Main, File ÿ Save Coordinates… akan membuka jendela Save Trajectory
di mana Anda dapat memilih molekul, atom, dan format file yang ingin Anda simpan.
Latihan 2.1. Lakukan rata-rata 5 pengukuran untuk menentukan ketebalan lapisan ganda membran. Apakah ini cocok dengan nilai eksperimen? Bagian 1.3
menjelaskan cara mengukur jarak.
Latihan 2.2. Lakukan rata-rata 5 pengukuran untuk menentukan ketebalan air. Mengapa model tersebut membutuhkan air? Apakah ketebalannya harus lebih
rendah? Apakah ketebalannya harus lebih tinggi?
3. Pembuatan membran heterogen menggunakan CHARMM-GUI Membrane Builder
Medan gaya CHARRM (Kimia di HARvard Macromolecular Mechanics) pada awalnya dikembangkan untuk protein dan asam nukleat tetapi sejak itu diperluas
untuk menampilkan serangkaian tipe lipid yang kuat [Ref. 19-20]. Medan gaya terbaru, CHARMM36, mendukung protein, asam nukleat, karbohidrat, lipid,
dan molekul kecil [Ref. 21]. CHARMM-GUI adalah antarmuka pengguna grafis online yang memungkinkan pembuatan beberapa model MD dan file input
awal untuk memulai simulasi [Ref. 4-8]. Bagian ini akan membahas alat Membrane Builder yang memungkinkan pengguna mengembangkan model membran
dengan opsi untuk memasukkan kompleks protein. Untuk tutorial kali ini yang akan dibahas hanyalah bagian pembangun bilayer saja, tanpa penyisipan
protein, dan tanpa pembuatan simulasi awal. Meskipun ada opsi pembuatan membran lainnya, pembuat bilayer adalah alat atom paling sederhana yang
dapat digunakan oleh pemula. Alternatifnya, beberapa alat pembuat membran tidak menggunakan pemodelan semua atom; untuk skema pemodelan atom
alternatif, lihat Simulasi Berbutir Kursus:
https://phys.libretexts.org/Courses/University_of_California_Davis/UCD%3A_Biophysics_241_- _Membrane_Biology/
Extra_Credit/Coarse_Grain_Simulations_of_Membranes.
Catatan : jika Anda ingin mencoba pembuatan model membran protein di masa mendatang, pastikan PDB protein Anda memiliki orientasi yang benar relatif
terhadap membran atau Anda akan memasukkan protein secara tidak benar. Penyisipan protein yang tidak tepat akan menghasilkan simulasi yang tidak
mencerminkan prediksi kehidupan nyata karena protein tidak dalam keadaan fisiologis. Tutorial tentang penyisipan protein dapat ditemukan di sini:
www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/membrane/mem-tutorial.pdf [Ref. 22].
3.1. Menentukan komponen lipid, ukuran, dan solvasi
Klik tautan berikut untuk membuka halaman web Bilayer Builder Membrane Builder CHARMM-GUI : http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane.bilayer
[Ref. 3]. Gulir ke bawah untuk menemukan penjelasan singkat tentang alur kerja, opsi untuk menyertakan file Protein Data Bank (.pdb), dan opsi untuk
menghasilkan sistem hanya membran. Klik Sistem Hanya Membran untuk diarahkan ke halaman Opsi Penentuan Ukuran Sistem (Gambar 3.1).
Gambar 7.4.3.1 . Awal halaman web Pembuat Membran CHARMM-GUI.
1) Tersedia opsi untuk membuat sistem protein/ membran dengan .pdb.
2) Untuk tutorial ini, pilih "Sistem Hanya Membran".
Untuk tutorial ini, pengguna akan membuat ulang model yang telah digunakan untuk mempelajari efek saturasi lipid tail [Ref. 6]. Modelnya adalah model CPRÿ1, model mirip
ragi yang mengandung lipid tak jenuh dengan konsentrasi relatif tinggi. Dalam Opsi Penentuan Ukuran Sistem, klik opsi Lipid Heterogen, Ketebalan air , dan Rasio komponen
lipid . Selanjutnya masukan 20 Angstrom sebagai ketebalan air, dan masukan 80 Angstrom sebagai tebakan awal XY (Gambar 3.2). Tebakan XY awal bergantung pada
masalah yang dipecahkan; misalnya, protein membran yang lebih besar akan memerlukan area membran yang lebih besar untuk dapat tertanam. Di bawah ukuran sistem
terdapat pilihan komponen lipid (Gambar 3.3). Isikan rasio lipid seperti yang ditunjukkan pada Tabel 3.1. Setelah selesai, klik tombol Tampilkan Info Sistem dan verifikasi
dimensi yang dihasilkan. Idealnya, kedua selebaran harus memiliki luas permukaan yang hampir sama; area yang tidak rata dapat menyebabkan artefak pembengkokan
membran selama simulasi dan karenanya bersifat non-fisiologis. Setelah dimensi sistem dihitung di dekat area selebaran yang identik, klik Langkah Berikutnya: Tentukan
Ukuran Sistem yang terletak di kanan bawah halaman web CHARMM-GUI. Langkah ini mungkin memerlukan waktu. Jangan menutup atau menyegarkan halaman web
CHARMM-GUI.
Gambar 7.4.3 .2. Opsi penentuan ukuran sistem untuk digunakan dalam tutorial. Nilai ukuran
akan bervariasi tergantung pada parameter fisiologis yang diinginkan yang sedang dipelajari,
kecepatan pemrosesan komputasi yang diinginkan, dan perangkat lunak MD yang digunakan.
Untuk tutorialnya, gunakan 80 Angstrom sebagai tebakan awal XY.
7.4.3 .3. Opsi komponen lipid pada Gambar Pembuat Membran CHARMM-GUI
Pastikan Anda mengklik "Tampilkan info sistem" setelah Anda memasukkan lipid yang Anda inginkan
untuk memverifikasi area selebaran yang dekat dengan lokasi yang sama!
Tabel 3.1. Komponen model yang representatif dari tambahan Tabel 2 di So S. et al, 2009 [Ref. 6]. Lipid ini
komponen akan digunakan pada bagian tutorial untuk menunjukkan bagaimana CHARMM-GUI dapat digunakan untuk memodelkan masalah biofisik.
Di halaman web berikutnya, Anda akan melihat kotak keluaran sistem yang menunjukkan berbagai file parameter CHARMM yang dihasilkan dari langkah sebelumnya (Gambar
3.4). Anda dapat mengunduh file parameter sistem kapan saja selama tutorial dengan mengklik download.tgz di kanan atas halaman web CHARMM-GUI. Anda dapat melihat
Sistem Paket yang Dihasilkan dengan mengklik lihat struktur; ini akan membuka jendela tambahan yang dapat dimanipulasi mirip dengan tampilan Visual Molecular Dynamics
(VMD). Melihat struktur setelah setiap langkah berguna dalam memahami bagaimana CHARMM-GUI membangun model. Pada langkah ini yang ditentukan hanyalah susunan
pengepakannya (Gambar 3.4). Di bawah kotak keluaran sistem Anda akan melihat bagian Ukuran Sistem yang Ditentukan dengan parameter ukuran untuk membangun sistem.
Lebih jauh ke bawah Anda akan melihat bagian System Building Options (Gambar 3.5). Komponen kunci dari pembangunan sistem adalah memutuskan apakah metode
penyisipan atau penggantian untuk menambahkan komponen model harus digunakan.
Umumnya, metode penyisipan dimaksudkan untuk penyisipan protein ke dalam lapisan ganda, sedangkan model khusus membran harus menggunakan metode penggantian.
Selain itu, aktifkan kotak Periksa penetrasi cincin lipid untuk memverifikasi bahwa penggantian lipid tidak menghasilkan artefak posisi. Selanjutnya, di bagian Opsi Pembuatan
Komponen , ion dimasukkan ke dalam sistem untuk menghasilkan model muatan netral untuk perhitungan elektrostatis selama simulasi. Untuk kasus ini, kami ingin meniru jumlah
ion yang tercantum pada Tabel 3.1.
Sesuaikan konsentrasi ion hingga Anda mendapatkan jumlah ion yang tepat. Untuk tutorial ini, gunakan metode penempatan ion Monte Carlo (Gambar 3.5). Setelah selesai, klik
Next Step: Build Components yang terletak di kanan bawah halaman web CHARMM-GUI.
Langkah ini mungkin memerlukan waktu. Jangan menutup atau menyegarkan halaman web.
Gambar 7.4.3.4 . File parameter CHARMM yang dapat diunduh di setiap langkah berguna untuk memahami bagaimana model dibangun.
1) Klik pada step3_packing.pdb (panah biru) untuk melihat strukturnya. 2) Tampilan susunan pengepakan dari atas ke bawah ditunjukkan sebagai
bola oranye.
Kotak merah muda dan biru masing-masing menunjukkan muka daun atas dan bawah. Tampilan model ini dapat diputar mirip dengan Tampilan
VMD.
Gambar 7.4.3.5 . Opsi Ukuran Sistem, Pembuatan Sistem, dan Pembuatan Komponen untuk tutorial ini. 1) Ukuran sistem yang ditentukan merupakan
pemeriksaan mandiri yang baik untuk memverifikasi dimensi yang benar sebelum membangun lebih lanjut. 2) Untuk membran, digunakan metode penggantian
(penggantian lipid) daripada metode penyisipan (penyisipan molekul seperti protein). Sistem yang dibangun memverifikasi bahwa lipid tidak memiliki benturan
posisi. Opsi pembuatan komponen memungkinkan solvasi ion, baik dengan metode penempatan jarak jauh atau Monte-Carlo. Untuk tutorial ini akan
digunakan KCl 0,085 M dengan metode penempatan Monte-Carlo.
3.2. Perakitan akhir, ekspor, dan visualisasi
Langkah 4 dari Pembuat Membran CHARMM-GUI menyediakan pemeriksaan mandiri untuk penetrasi cincin lipid serta pembentukan kotak ion/air.
Pada kotak keluaran sistem di bagian atas halaman Anda dapat menemukan struktur step4_lipid.pdb untuk dilihat (Gambar 3.6). Klik Langkah
Berikutnya: Merakit Komponen.
Gambar 7.4.3.6 . Perspektif samping membran lipid dari tutorial setelah menyelesaikan Langkah 3: Tentukan Ukuran Sistem.
Model ini adalah langkah sebelum solvasi.
Langkah 5 dari Pembuat Membran CHARMM-GUI menyediakan opsi medan gaya, opsi pembangkitan input, dan opsi keseimbangan untuk
menghasilkan parameter simulasi MD. Opsi masukan dapat dihasilkan untuk berbagai medan gaya MD seperti GROMACS, AMBER, dan CHARMM,
antara lain. Penggunaan medan gaya akan sangat bergantung pada pertanyaan eksperimental dan keahlian komputasi lab Anda. Tinjauan yang
menjelaskan perlunya medan gaya dan beberapa tipe umum dapat ditemukan di [Ref. 16].
Di bagian atas kotak keluaran sistem Anda akan melihat file .pdb rakitan yang diberi label step5_assembly.pdb. Anda dapat mendownload file .pdb ini
atau seluruh folder CHARMM-GUI dengan mengklik ikon download.tgz di kanan atas halaman web CHARMM-GUI.
Setelah diunduh, model akhir dapat divisualisasikan menggunakan VMD seperti dijelaskan pada Bagian 1 (Gambar 3.7).
Gambar 7.4.3.7 . (Kiri) tampilan atas model membran yang dihasilkan dari tutorial
(Kanan) tampilan samping model membran yang dihasilkan dari tutorial.
Latihan 3.1. Dari model lengkap (Gambar 3.7), isolasi setiap kelas atom lipid, ion, dan air sebagai representasinya masing-masing.
Petunjuk: Anda mungkin perlu melihat file .pdb di editor teks atau di fitur Label VMD untuk menemukan skema penamaan yang umum.
Latihan 3.2. Hasilkan dua model lainnya dari Jo, S. et al 2009 (Tabel 3.1) [Ref. 6]. Menurut Anda, apa perbedaannya dibandingkan model CPRÿ1?
Latihan 3.3. Temukan biomembran lain yang menarik dan buat modelnya. Parameter apa yang harus Anda ketahui untuk memastikan relevansi
fisiologisnya?
Latihan 3.4. Suhu dapat menjadi faktor penting selama keseimbangan sistem MD. Seperti yang terlihat pada CHARMM-GUI Membrane Builder langkah
5, ada opsi untuk menyesuaikan suhu. Berapa suhu yang masuk akal/ tidak masuk akal? Apa aturan praktis yang baik? Petunjuk: Fluiditas membran.
Latihan 3.5. Tinjau artikel berikut [Ref. 23] untuk contoh bagaimana simulasi molekuler telah membantu memvalidasi dan mempromosikan temuan
eksperimental. Apa yang menonjol bagi Anda? Eksperimen manakah yang menurut Anda paling menarik?
Ucapan Terima Kasih
Beberapa gambar dibuat dengan dukungan VMD/NAMD/BioCoRE/JMV/perangkat lunak lainnya. VMD/NAMD/BioCoRE/JMV/ dikembangkan dengan
dukungan NIH oleh kelompok Biofisika Teoritis dan Komputasi di Institut Beckman, Universitas Illinois di Urbana-Champaign.
Beberapa gambar dibuat dengan alat visualisasi CHARMM-GUI online selama Bagian 3: Pembuatan membran heterogen menggunakan Pembuat Membran
CHARMM-GUI.
Referensi
[1] Rumah Sakit, A., Goñi, JR, Orozco, M., Gelpí, JL (2015). Simulasi dinamika molekul: kemajuan dan aplikasi. Adv Appl Bioinform Chem. 8(1): 37-47. doi:
10.2147/AABC.S70333
[2] Unduhan perangkat lunak unduh VMD. Tersedia di www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?

Nama Paket=VMD
[3] Pembuat Membran CHARMM-GUI. Tersedia di http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane.bilayer
[4] Jo, S., Kim, T., Iyer, VG, Im, W. (2008). CHARMM-GUI: antarmuka pengguna grafis berbasis web untuk CHARMM. J Komputasi Kimia. 29(11): 1859-1865.
doi: 10.1002/jcc.20945
[5] Wu, EL, Cheng, X., Jo, S., Rui, H., Lagu, KC, Dávila-Contreras, EM, Qi, Y., Lee, J., Monje-Galvan, V., Venable , RM, Klauda, JB, Im, W. (2014).
Pembangun Membran CHARMM-GUI menuju simulasi membran biologis yang realistis. J Komputasi Kimia. 35(27): 1997-2004. doi: 10.1002/jcc.23702
[6] Jo, S., Lim, JB, Klauda, JB, Im, W. (2009). Pembuat Membran CHARMM-GUI untuk lapisan ganda campuran dan penerapannya pada membran ragi.
Biofisis J.97(1): 50-58. doi:10.1016/j.bpj.2009.04.013
[7] Jo, S., Kim, T., Im, W. (2007) Pembangun otomatis dan database kompleks protein/membran untuk simulasi dinamika molekul. PLoS Satu 2(9): e880.
doi: 10.1371/journal.pone.0000880
[8] Lee, J., Patel, DS, Ståhle, J., Park, SJ, Kern, NR, Kim, S., Lee, J., Cheng, X., Valvano, MA, Holst, O., Knirel , YA, Qi, Y., Jo, S., Klauda, JB, Widmalm,
G., Im, W. (2019). Pembangun Membran CHARMM-GUI untuk simulasi membran biologis kompleks dengan glikolipid dan lipoglikan. Komputasi Teori Kimia
J. 15(1): 775-786. doi: 10.1021/acs.jctc.8b01066
[9] Statistik PDB: pertumbuhan keseluruhan struktur yang dirilis per tahun. (2019). Tersedia di: www.rcsb.org/stats/growth/overall
[10] Berman, HM, Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, TN, Weissig, H., Shindyalov, IN, Bourne, PE (2000). Bank Data Protein. Asam Nukleat Res.
28(1): 235-242. doi: 10.1093/nar/28.1.235
[11 ] Burley, SK, Berman, HM, Bhikadiya, C., Bi, C., Chen, L., Di Costanzo, L., Christie, C., Dalenberg, K., Duarte, JM, Dutta, S. , Feng, Z., Ghosh, S.,
Goodsell, DS, Green, RK, Guranovic, V., Guzenko, D., Hudson, BP, Kalro, T., Liang, Y., Lowe, R., Namkoong, H., Peisach, E., Periskova, I., Prlic, A.,
Randle, C., Rose, A., Rose, P., Sala, R., Sekharan, M., Shao, C., Tan, L., Tao, YP, Valasatava, Y., Voigt, M., Westbrook, J., Woo, J., Yang, H., Young, J.,
Zhuravleva, M., Zardecki, C. (2019). Bank Data Protein RCSB: struktur makromolekul biologis yang memungkinkan penelitian dan pendidikan di bidang
biologi dasar, biomedis, bioteknologi, dan energi. Asam Nukleat Res. 47(D1): D464-D474. doi: 10.1093/nar/gky1004
[12] Dokumentasi format file PDB. Tersedia di: http://www.wwpdb.org/documentation/file-format
[13] Berman, H., Henrick, K., Nakamura, H. (2003). Mengumumkan Bank Data Protein di seluruh dunia. Biol Struktur Nat. 10(12): 980.doi: 10.1038/nsb1203-980
[14] Mode tetikus. (2019). Tersedia di: www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/ug/node32.html
[15] Panduan pengguna VMD versi 1.9.3. (2016). Tersedia di www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/ug.pdf
[16] González, MA (2011) Medan gaya dan simulasi dinamika molekul. Koleksi SFN 12(1): 169-200. doi: 10.1051/sfn/201112009
[17] Balabin, I. Plugin membran, versi 1.1. Tersedia di www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/membrane/
[18] Huang, J., MacKerell, AD Jr. (2013) Medan kekuatan protein aditif semua atom CHARMM36: validasi berdasarkan perbandingan dengan data NMR. J
Komputasi Kimia. 34(25): 2135-2145. doi: 10.1002/jcc.23354
[19] Brooks, BR, Bruccoleri, RE, Olafson, BD, Serikat, DJ, Swaminathan, S., Karplus, M., (1983). CHARMM: Program untuk perhitungan energi makromolekul,
minimalisasi, dan dinamika. J Komputasi Kimia. 4(2) 187-217. doi: 10.1002/jcc.540040211
[20] Brooks, BR, Brooks III, CL, MacKerell Jr., AD, Nilsson, L., Petrella, RJ, Roux, B., Won, Y., Archontis, G., Bartels, C., Boresch, S ., Caflisch, A., Caves, L., Cui,
Q., Makan Malam, AR, Feig, M., Fischer, S., Gao, J., Hodoscek, M., Im, W., Kuczera, K. , Lazaridis, T., Ma, J., Ovchinnikov, V., Paci, E., Pendeta, RW, Post, CB,
Pu, JZ, Schaefer, M., Tidor, B., Venable, RM, Woodcock, HL , Wu, X., Yang, W., York, DM, Karplus, M. (2010). CHARMM: program simulasi biomolekuler. J
Komputasi Kimia. 30(10): 1545-1614. doi: 10.1002/jcc.21287
[21] Kessel, A. dan Ben-Tal, N. (2018) Pengantar struktur, fungsi, dan gerak protein edisi kedua. Boca Raton, FL: CRC Press, Grup Taylor & Francis.
[22] Aksimentiev, A. Sotomayor, M., Wells, D., Mahinthichaichan, P. (2016) Tutorial Protein Membran. Tersedia di http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/
membrane/mem-tutorial.pdf
[23] Hollingsworth SA, Dror, RO (2018) Simulasi dinamika molekul untuk semua. Neuron 99(6): 1129-1143. doi: 10.1016/j.neuron.2018.08.011
7.4: Merancang Model Membran Molekuler dengan VMD dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
7.5: Simulasi Membran Butir Kasar

Selama akhir tahun 1960-an pada awal mula paradoks Levinthal, pemahaman mekanisme pelipatan protein menjadi bidang studi yang penting. Hal ini kemungkinan merupakan
kekuatan pendorong utama untuk metode butiran kasar untuk menangkap fenomena seluruh proses pelipatan protein. Levitt dan Warshel-lah yang merupakan orang pertama yang
berhasil mencapai hal ini selama pekerjaan mereka di awal tahun 1970an. Metode butiran kasar mereka, yang diterbitkan pada tahun 1975, memodelkan protein penghambat trypsin
pankreas sapi kecil menggunakan pseudoatom pada posisi karbon alfa; model tersebut mengurangi derajat kebebasan menjadi derajat yang menggambarkan rotasi sepanjang ikatan
semu pusat untuk tiga atom karbon alfa yang berurutan; medan gaya yang digunakan dijelaskan oleh potensi Lennard Jones; dan Brownian Dynamics digunakan sebagai skema
pengambilan sampel. Karya perintis ini membuktikan kebenarannya tetapi gagal menjelaskan pengepakan dan interaksi berpasangan dari rantai samping yang merupakan kekuatan
pendorong integral untuk memperoleh struktur lipatan tertentu. Setahun kemudian, Levitt mengusulkan model yang lebih baik yang memperhitungkan orientasi rantai samping dan
sejak itu metode butiran kasar terus mengalami kemajuan dalam akurasi dan meluas ke biomolekul lain seperti asam nukleat, karbohidrat, air, dan lipid. Pengembangan model berbutir
kasar yang pertama ini telah menghasilkan banyak kemajuan dalam metode yang ada saat ini karena telah menjadi alat pemodelan komputasi yang penting untuk mensimulasikan
fenomena biologis skala meso .
Dasar-dasar simulasi berbutir kasar Menangkap skala
waktu dan panjang proses biologis menggunakan metode komputasi masih menjadi tantangan bagi pemodelan molekuler karena resolusi terbatas pada urutan kurang dari 100 ns dan
10 nm pada detail semua atom. Butiran kasar mengurangi derajat kebebasan sistem untuk mencapai ukuran dan skala waktu yang lebih besar dengan mengorbankan detail molekuler
untuk mensimulasikan proses biologis yang saat ini tidak dapat diakses oleh semua model atom. Selain meningkatkan keterbatasan spatiotemporal dari simulasi dinamika molekuler
semua atom, butiran kasar juga bermanfaat karena memungkinkan studi throughput tinggi yang secara sistematis mengeksplorasi ribuan kondisi keadaan secara paralel; hal ini
mengungkapkan rincian mana yang penting untuk mereproduksi hasil resolusi lebih tinggi yang memberikan wawasan tentang kekuatan pendorong biologis yang berperan; hal ini
menghaluskan lanskap energi potensial dari sistem sehingga memungkinkan dilakukannya pengujian jalur biofisik baru yang murah secara komputasi.
1
Gambar 7.5.1 : Skala spasial dan temporal untuk metode komputasi
Cara Menggiling Biji Kasar
Model berbutir kasar lengkap (CG) menyelesaikan hal-hal berikut: (1) model tersebut harus mewakili model atomistik sebagai “manik-manik” CG yang disederhanakan yang merangkum
perkiraan yang diinginkan dari sekelompok atom dan (2) model tersebut harus memiliki sekumpulan potensial yang disebut a medan gaya yang menggambarkan bagaimana manik-
manik berinteraksi satu sama lain.
Gambar 7.5.2 : Semua deskripsi atom hingga berbutir kasar. Dalam representasi yang disederhanakan ini rasio atom:manik 4:1 digunakan dengan manik abu-abu
1
untuk hidrokarbon, manik-manik merah muda untuk gliserol, manik-manik emas untuk fosfat, dan manik-manik biru untuk jenis kolin.
Pemetaan atom
11 hanya
Pemetaan adalah langkah pertama menuju butiran kasar dan sangat menentukan keakuratan, efisiensi, dan kemampuan transfer model. Karena perhitungan kasar
bergantung pada pemanfaatan derajat kebebasan esensial, maka penting untuk menilai mana yang diperlukan untuk mendapatkan resolusi yang diinginkan untuk
representasi sistem atau fenomena yang relevan secara biologis. Ada dua metode umum pemetaan atom yang digunakan untuk membuat butiran kasar suatu sistem:
berdasarkan bentuk dan “residu”.
Berbasis bentuk: menggunakan tingkat penyederhanaan tertinggi untuk memodelkan gerakan berskala besar sehingga jumlah manik-maniknya sesedikit
mungkin. Dua manik CG mewakili setiap selebaran bilayer lipid, satu untuk kepala dan satu untuk kelompok ekor, yang dihubungkan oleh potensi harmonik
dan selebaran atas dan bawah berinteraksi melalui Lennard-Jones dan potensi Coulomb. Model lipid CG berbasis bentuk memungkinkan simulasi dinamika
19
molekuler dalam hitungan ratusan mikrodetik dan seterusnya.
Berbasis residu: menggunakan strategi menjadikan sekelompok atom berat yang terhubung menjadi partikel satuan di mana sekitar 10-20 atom yang terikat
secara kovalen dipetakan ke dalam satu manik CG. Meskipun mengakibatkan hilangnya detail yang tidak dapat dihindari, hal ini memungkinkan rentang
waktu yang lebih lama sehingga menghasilkan efisiensi komputasi yang lebih tinggi dibandingkan model atom bersatu. Biasanya menggunakan keluarga ini
21
metode ketika diinginkan kecepatan 1-2 orde besarnya dari simulasi semua atom.
Selain resolusi (jumlah manik CG) yang digunakan untuk mewakili sekelompok atom, penting untuk mempertimbangkan penempatan manik CG sehubungan
dengan struktur atom. Biasanya molekul kecil seperti lipid dipetakan secara lokasi menggunakan intuisi kimia di mana situs CG digunakan untuk setiap gugus
5
fungsi dalam suatu molekul.
Gedung Lapangan Angkatan
Merupakan tantangan berkelanjutan untuk mengembangkan medan kekuatan CG yang akurat dan dapat ditransfer. Cara umum untuk membangun medan gaya
simulasi CG adalah dengan menggunakan pencocokan gaya dari bawah ke atas (butir kasar berbasis struktur) atau pendekatan berbasis energi bebas dari atas
ke bawah (butir kasar berbasis termodinamika).
Bottom-up/Berbasis struktur: menggunakan interaksi efektif berdasarkan referensi simulasi semua atom. Metode sistematis yang umum mencakup invers Monte
3
Carlo, inversi Boltzmann berulang, dan Force Matching alias penyesuaian variasi (IMC, IBI, dan FM). Metode IBI menggunakan fungsi distribusi radial (RDF)
dari simulasi atomistik untuk menghitung fungsi CG RDF dan secara berulang meningkatkan potensi pasangan CG sehubungan dengan semua potensi pasangan
atom. Persamaan yang digunakan untuk memperbaiki potensi pasangan CG untuk metode iteratif ini adalah:
6
CG
C Gu C ÿ (kanan)
(r) ÿu
aku
saya+1 Saya
(7.5.1)
G(r)ÿkBT ln( terbesar
(r) ÿ )
ÿ(r) , adalah
Di sini potensial RDF efektif
pasangan dan, , diperoleh dari perhitungan potensial gaya rata-rata. Pada dasarnya persamaan tersebut menyatakan bahwa tebakan adalah
kamu
masukan untuk RDF awal dan ini diulang berkali-kali hingga nilainya menyatu pada RDF target. Iterasi dilanjutkan hingga konvergensi pada pasangan potensial
unik untuk distribusi radial tertentu tercapai dalam kesalahan yang dapat diterima. Demikian pula, metode IMC menggunakan RDF sebagai properti target untuk
memperkirakan Hamiltonian berbutir kasar untuk sistem, tetapi tidak seperti metode IBI, metode ini secara eksplisit menangani parameter medan gaya CG
dengan menyelesaikan serangkaian persamaan linier pada setiap langkah berulang untuk mencapai konvergensi yang berhasil. Model berbutir kasar multi-skala
6
(MS-CG) Voth yang dijelaskan secara singkat adalah
mewakili metode pencocokan gaya dan menggunakan sistem persamaan linier untuk menemukan kecocokan kuadrat terkecil dari konfigurasi sampel dari simulasi
1,4
atomistik untuk mengoptimalkan medan gaya CG. Inverse Monte Carlo berbeda dari ini karena merupakan metode Newton yang tepat dan mencoba menyesuaikan
nilai referensi yang tepat versus log natural sedangkan pencocokan gaya mengekstrak potensi optimal dari data konformasi besar yang dihasilkan oleh perhitungan ab
initio.
Berbasis top-down/Termodinamika: menggunakan potensi interaksi analitis dan diparameterisasi dalam prosedur berulang yang bertujuan untuk mereproduksi sifat
3
termodinamika dari data eksperimen, yang biasanya menghasilkan medan gaya yang lebih mudah ditransfer. Medan gaya Martini adalah contoh metode top-down yang
umum digunakan di mana interaksi terikat ditentukan oleh fungsi energi potensial tetapi unik dalam deskripsi interaksi tak terikat. Struktur antarmolekul dan
1
termodinamika sistem target bergantung pada interaksi tak terikat yang dimodelkan menggunakan potensial Lennard-Jones dan parameternya dipilih untuk mereproduksi
pengukuran eksperimental spesifik, yaitu massa jenis, energi bebas hidrasi, tekanan uap, dll.
12
Sebagian besar medan gaya CG mengandalkan kombinasi kedua metode tersebut untuk mengoptimalkan akurasi dan kemampuan transfer. Meskipun tidak lengkap
1
tabel di bawah ini dari Bradley dkk. memberikan ringkasan yang sangat baik tentang jenis konstruksi medan gaya dan penerapannya.
Tabel 1: Medan gaya umum yang digunakan dalam simulasi butiran kasar
Model Metode Utama Data Sasaran Utama
Pencocokan struktur, pencocokan energi, inversi Distribusi massa jenis, tegangan antar muka, luas per lipid, modulus
CMM-CG
Boltzmann, membalikkan Monte Carlo lentur, modulus kompresibilitas luas, parameter tatanan lipid
Situs atom ke situs fungsi distribusi radial, distribusi kepadatan,

Pencocokan gaya dari bawah ke atas, pengoptimalan variasi,
MS-CG modulus kompresibilitas lentur dan luas, laju difusi lipid
CG analitik-sistematis hibrid, elektrostatika tersaring
Pencocokan energi dari atas ke bawah, potensi gaya Energi bebas hidrasi dan penguapan, energi bebas partisi,
Martini rata-rata antar fase, profil tegangan bilayer, energi bebas tegangan permukaan dan antarmuka, distribusi massa jenis,
desorpsi lipid atau flip-flop, elektrostatika jarak pendek modulus lentur, luas per lipid
BAGAIMANA CARA MENGAMBIL MODEL BERGRAIN KASAR?
Medan gaya mengubah ruang konformasi datar sistem biologis menjadi permukaan yang sangat kasar. Skema pengambilan sampel memungkinkan permukaan dilintasi
untuk mencari konformasi sistem yang diinginkan. Dua skema yang paling umum digunakan dalam pemodelan CG adalah dinamika molekuler (MD) dan Monte Carlo
(MC). Skema MD menghasilkan konformasi baru dengan memanfaatkan mekanika klasik yang dijelaskan oleh persamaan gerak Newton. Dengan menggunakan
metode ini, suatu lintasan dihasilkan yang menggambarkan evolusi waktu dari sistem dan memungkinkan penilaian observasi yang bergantung pada waktu. Skema MC
melintasi ruang konformasi dengan cara yang sepenuhnya independen terhadap waktu yang memberikan sampel acak konformasi yang berasal dari distribusi yang
diinginkan, biasanya Boltzmann (halaman tertaut ini menjelaskan lebih mendalam tentang metode pengambilan sampel ini: Monte carlo untuk Biomembran).
Metode ini menggunakan lompatan tidak fisik di ruang angkasa untuk memungkinkan pelepasan energi minimum lokal dan merupakan algoritma yang sepenuhnya
6
berbasis statistik.
Butir kasar untuk membran

MENGAPA MEMBRAN Gandum Kasar?
Meskipun satu molekul lipid itu sendiri relatif kecil, hanya sekitar 100 atom, sifat sebagian besar lapisan ganda lipid bergantung pada perilaku kolektif ratusan hingga
ribuan lipid individu sehingga membuat model atomistik menjadi sangat mahal secara komputasi.
Membran biologis nyata bersifat heterogen dan mengandung sifat multiskala dengan membran tipikal berada pada skala makroskopis--mikron dan mikrodetik--yang saat ini tidak dapat diakses untuk simulasi dinamika
molekul resolusi atom 8 .
DAN BAGAIMANA DENGAN AIR?
Mengingat bahwa air merupakan komponen penting dari sistem biologis dan biasanya terdiri dari lebih dari 80% total partikel sistem, maka perlu untuk mereproduksi
struktur dan transisi fase untuk menciptakan model kasar yang relevan dan akurat. Efek dinamis air pada sistem biologis timbul dari ikatan hidrogen, polaritas, dan
3,11
geometrinya yang tidak dapat sepenuhnya ditangkap menggunakan metode CG oleh karena itu model harus diparameterisasi untuk mereproduksi sifat makroskopis
yang diinginkan. Metode CG menggunakan beberapa teknik pemetaan dan parameterisasi berbeda yang menghasilkan tiga teknik berikut
18
1
kategori model: (1) implisit, (2) eksplisit dan (3) terpolarisasi.
1. Dua strategi umum untuk memperhitungkan air secara implisit adalah dengan menyesuaikan interaksi tak terikat antara molekul non-air atau menambahkan istilah medan gaya yang menjelaskan efek
hidrofobik menggunakan teori model Generalized-Born DeBye-Huckel, yang didasarkan pada teori DeBye-Huckel tentang model Generalized-Born. pada pemodelan zat terlarut sebagai sekumpulan bola yang
konstanta dielektrik internalnya berbeda dari 3 pelarut eksternal.
2. Dua tipe parameterisasi untuk representasi eksplisit molekul air sebagai partikel van der waals menggunakan keduanya
struktur atau metode termodinamika. Metode berbasis struktur biasanya menggunakan rasio molekul:manik 1:1 dan dibuat dari simulasi atomistik air menggunakan IBI atau FM.
Model air berbasis termodinamika diparameterisasi dengan menyesuaikan dengan hasil eksperimen makroskopis ( seperti kepadatan, laju difusi, tegangan permukaan, dll.) dan
3
menggunakan berbagai rasio pemetaan.
3. Model air eksplisit tidak memiliki muatan sehingga mencegahnya menyaring elektrostatis yang dapat diatasi dengan model terpolarisasi.
Hal ini dicapai dengan memasukkan partikel semu bermuatan yang dikendalikan oleh potensial sudut yang memungkinkan untuk meniru penyaringan
17
elektrostatis air karena kemampuan polarisasinya. Pemetaan molekul: manik bervariasi dari bentuk V kaku 4:1, dipol titik terinduksi A 1:1, atau model air
3
yang terkoordinasi secara tetrahedral 11:4, misalnya.
MODEL MEMBRAN BERGRAIN KASAR APA YANG BIASA DIGUNAKAN?

Dalam model berbutir kasar, observasi dari model atomistik sering kali didefinisikan dengan analogi dan menghasilkan apa yang dikenal sebagai masalah
20
keterwakilan. Secara praktis, ini berarti bahwa pertanyaan yang diajukan menentukan model CG mana yang tepat untuk digunakan. Untuk memilih model yang
3
tepat untuk setiap masalah, penting untuk memahami penerapan dan keterbatasan model Anda. Meskipun terdapat banyak model lipid berbutir kasar, beberapa
3 9
model lipid berbutir kasar yang umum digunakan antara lain: (1) Klein (2)
12 7 8 13
Martini (3) ELBA (4) Voth (5) DPD Smit
1. Model perintis yang membangun medan gaya CG dari semua data simulasi atom yang mempelajari membran dimyristoylphosphatidylcholine (DMPC). Meskipun akurat secara struktural, namun memiliki
kemampuan transfer yang terbatas sehingga telah diperbaiki dengan menggabungkan parameterisasi top down dan bottom up. Model pengantar menghubungkan masing-masing dari 13 manik
CG menggunakan ikatan harmonik dan potensi sudut kuartik yang disesuaikan dengan simulasi atomistik, sementara interaksi tidak terikat diwakili oleh fungsi distribusi radial dan disempurnakan dengan IBI.
Penerapan model terkini telah memperluas penerapannya pada 16 struktur molekul dan kondisi lingkungan yang berbeda.
2. Model ini awalnya dikembangkan untuk lipid dan sengaja disederhanakan dengan menggunakan parameter minimal dan beberapa standar
potensi interaksi dalam upaya menjadi serbaguna dalam penerapannya dengan tetap menjaga akurasi. Ia menggunakan pemetaan atom:manik 4:1 dengan
ukuran manik tetap dengan 18 jenis kelompok polaritas/muatan berbeda. Ikatan dan sudut digambarkan dengan potensial harmonik dan VdW serta
elektrostatika dijelaskan dengan menggunakan potensial bergeser. Parameter model disesuaikan untuk mencocokkan data struktural dan
termodinamika dari sistem eksperimental dan simulasi. Aplikasinya sangat luas dan berkisar dari pembentukan domain rakit hingga tambatan membran.
3. Medan gaya lipid CG berbasis elektrostatika yang berfokus pada interaksi air lipid yang dirancang untuk penerapan multiskala. Setiap molekul air diwakili
oleh bola lunak Lennard-Jones dengan dipol titik dan manik-manik lipid CG menggabungkan elektrostatika sebagai muatan titik eksplisit atau dipol
titik dengan konstanta dielektrik relatif 1. Model ini diparameterisasi untuk air fase cair curah dan terutama dapat diterapkan untuk memodelkan perilaku fase
lipid dan pergerakan obat serta molekul lain melintasi lapisan ganda lipid.
4. Voth dan rekannya telah mengembangkan beberapa model lipid CG yang seperti model Klein menggunakan medan gaya yang berasal dari semua simulasi
atom yang disebut medan gaya CG multiskala (MS-CG) yang berisi komponen analitis dan sistematis yang memanfaatkan pencocokan gaya vs
struktur rata-rata. properti. Metode mereka menggunakan serangkaian pemetaan atom dari CG agresif dengan satu manik untuk mewakili seluruh lipid yang
8
digunakan untuk mensimulasikan sistem yang sangat besar hingga 13-15 manik CG per lipid; perlakuan bergantung pada model interaksi elektrostatis
dan representasi air, baik eksplisit maupun implisit. Model mereka telah digunakan untuk memodelkan beberapa lipid seperti membran DMPC, DOPC, DOPE
dan kolesterol dan telah digunakan untuk mempelajari berbagai fenomena biologis termasuk perakitan mandiri liposom (~200nm) dan perilaku fase membran
15
campuran biner.
5. Model lipid ini memanfaatkan gaya tolak-menolak lunak yang digunakan dalam dinamika partikel disipatif yang menggantikan potensi Lennard-Jones untuk
mempelajari lapisan ganda DMPC. Parameter tolakan DPD ditentukan dengan menggunakan studi DPD terkait sebelumnya; pemetaan atom mereka terdiri
dari model yang terdiri dari kelompok kepala lipid dari 3 manik hidrofilik dan 10 manik sisanya terdiri dari 2 ekor hidrofobik; dan modelnya telah
terbukti menggambarkan perilaku bilayer multikomponen dengan akurat dan cepat.
Referensi
1. Bradley, Ryan, dan Ravi Radhakrishnan. “Model Berbutir Kasar untuk Interaksi Membran Protein-Sel.” Polimer jilid. 5,3
(2013): 890-936.
2. Schindler, Tanja, Dietmar Kröner, dan Martin O. Steinhauser. "Tentang Dinamika Perakitan Mandiri Molekul Dan
Analisis Struktur Membran Bilayer Menggunakan Simulasi Dinamika Molekuler Berbutir Kasar." Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes
1858.9 (2016): 1955-1963.
3. Ingólfsson, Helgi I. dkk. "Kekuatan Butir Kasar Dalam Simulasi Biomolekuler." Ulasan Interdisipliner Wiley: Ilmu Molekuler Komputasi 4.3
(2013): 225-248.
4. Izvekov, Sergei, dan Gregory A. Voth. "Metode Butir Kasar Multiskala Untuk Sistem Biomolekuler." Jurnal dari
Kimia Fisika B 109.7 (2005): 2469-2473.
5. Zhang, Zhiyong dkk. "Metodologi Sistematis Untuk Mendefinisikan Situs Berbutir Kasar Dalam Biomolekul Besar." Biofisik
Jurnal 95.11 (2008): 5073-5083.
6. Kmiecik, Sebastian dkk. "Model Protein Berbutir Kasar Dan Penerapannya." Tinjauan Kimia 116.14 (2016): 7898-
7936.
7. Orsi, Mario, dan Jonathan W. Essex. "Medan Gaya ELBA Untuk Pemodelan Membran Lipid Butir Kasar." PLoS SATU
6.12 (2011): e28637.
8. Ayton, Gary S., dan Gregory A. Voth. "Pendekatan Berbutir Kasar Hibrid Untuk Lapisan Ganda Lipid Dengan Panjang Dan Waktu Yang Besar
Timbangan." Jurnal Kimia Fisika B 113.13 (2009): 4413-4424.
9. Shelley, John C. dkk. "Model Butir Kasar Untuk Simulasi Fosfolipid." Jurnal Kimia Fisika B105.19
(2001): 4464-4470.
10. Kamerlin S.L . dkk. “Simulasi Berbutir Kasar (Multiskala) dalam Studi Sistem Biofisika dan Kimia” Annu. Putaran.
Fis. kimia. (2011): 62:41-64.
11. Noid, WG "Perspektif: Model Berbutir Kasar Untuk Sistem Biomolekuler." Jurnal Fisika Kimia 139.9 (2013):
090901.
12. Marrink SJ dkk. “Medan gaya MARTINI: model berbutir kasar untuk simulasi biomolekuler.” J Fisika Kimia B. 2007;
111:7812–7824.
13. Kranenburg M, Nicolas JP, Smit B. “Perbandingan model air fosfolipid mesoskopik.” Fisika Kimia Kimia Fisika.
2004;6:4142–4151.
14. J.Baschnagel, dkk. Materi Lunak Komputasi “Simulasi Polimer Monte Carlo: Model Berbutir Kasar” : Dari
Polimer Sintetis menjadi Protein. (2004): 23; 83-140.
15. Lu, Lanyuan, dan Gregory A. Voth. "Graining Kasar Sistematis Dari Bilayer Lipid Multikomponen." Jurnal dari
Kimia Fisika B 113.5 (2009): 1501-1510.
16. Shinoda W, DeVane R, Klein ML. “Majelis lipid Zwitterionik: studi dinamika molekuler pada lapisan tunggal, lapisan ganda, dan
vesikel menggunakan medan gaya butiran kasar baru.” J Fisika Kimia B. 2010;114:6836–6849.
17. Yesylevskyy, Semen O dkk. “Model air terpolarisasi untuk medan gaya MARTINI berbutir kasar.” komputasi PLoS
biologi jilid. 6,6 e1000810
18. Hadley, Kevin R, dan Clare McCabe. “Model Molekuler Air Berbutir Kasar: Suatu Tinjauan.” Simulasi molekul vol.
38,8-9 (2012): 671-681.
19. Arkhipov, Anton dkk. “Deskripsi empat skala pemahatan membran berdasarkan domain BAR.” Jurnal biofisik vol. 95,6 (2008):
2806-21.
20. Wagner, Jacob W. dkk. "Tentang Masalah Keterwakilan Dan Arti Fisik Model Berbutir Kasar." Itu
Jurnal Fisika Kimia 145.4 (2016): 044108.
21. Freddolino PL, Arkhipov A, Shih AY, Yin Y, Chen Z, dkk. (2008) Penerapan kasar berbasis residu dan berbasis bentuk
graining untuk simulasi biomolekuler. Dalam: Voth GA, editor, Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, Chapman dan
Hall/CRC Press, Taylor dan Francis Group, bab 20. hlm. 299–315.
7.5: Simulasi Membran Butir Kasar dibagikan di bawah CC BY 4.0 lisensi dan ditulis, di-remix, dan/atau dikurasi oleh LibreTexts.
Indeks
A Model Helfrich 2.4: O
aktin Kompresibilitas Membran

orbitrap 6.4:
2.1: Fluktuasi Membran Orbitrap Penganalisis Massa
SAYA
Mikroskop Gaya Atom 6.1: Mikroskop

gaya atom (AFM) pada Membran Membran integral 4.2:
Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid
Pola P Pake 5.11:
C NMR keadaan padat
caveolae Asam fosfatidat 1.1:

3.6: Rakit Lipid Bermuatan
Cavin Perangkap K Kingdon
Fosfatidletanolamin 1.1: Lipid
3.6: Rakit 6.4: Orbitrap Penganalisis Massa
Bermuatan
Perangkap Ksatria
Parameter urutan rantai 7.3: Phosphatidylinositol 1.1:
6.4: Orbitrap Penganalisis Massa
Dinamika Molekuler untuk Biomembran Lipid Bermuatan
Muatan Fosfolipid 1.1: Lipid
4.5: Penetrasi dan Perakitan Spontan
L Bermuatan
Nanopartikel dalam dan Melalui Membran koefisien difusi lateral
anisotropi pergeseran kimia (CSA) 3.3: Fase Fluida
Q
5.11: NMR keadaan padat Laurdan
Interaksi quadrupolar (NMR)
urutan pengikatan kolesterol 3.7: Koeksistensi Fase Lipid 5.11: NMR keadaan padat
3.6: Rakit Lektin
Simulasi Butir Kasar 2.2: Asimetri Membran
7.5: Simulasi Membran Butir Kasar Kelompok Kepala Lipid
Spektroskopi R Raman 5.9:
kompresibilitas 2.4: 1.2: Jenis Kelompok Kepala
Spektroskopi Raman pada Membran
Kompresibilitas Membran Lipid Koeksistensi fase lipid 3.7:
Reflectron
modulus kompresibilitas Koeksistensi Fase Lipid Rakit
6.5: Penganalisis Massa - Waktu Penerbangan
2.4: Kompresibilitas Membran lipid
3.6: Rakit
S
E Lipid 1:
Sec translocon 4.2:
Electrospray 6.3: Lipid 1.3:
Lipid Ekor dan Saturasi Ketebalan Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid
Ionisasi Elektrospray (ESI) Spektrometri Massa
Luzzati
ESI Spektrometri
3.3: Fase Fluida parameter urutan segmental
Massa 6.3: Ionisasi Elektrospray (ESI)
5.11: NMR keadaan padat
Spektrometri Massa
Partikel Pengenalan Sinyal 4.2: Penyisipan
M
Protein Membran ke dalam Membran Lipid
sudut ajaib berputar
F 5.11: NMR keadaan padat
Pelacakan Molekul Tunggal 5.7:
asam lemak saluran ion mekanosensitif (MS) 4.4: Interaksi Pelacakan Molekul Tunggal KECIL
1.1: Lipid Bermuatan Protein Lipid Fisik Gedung Membran
Model Mosaik Cairan
5.3: Partikel Lipid Asam Maleat Styrene (SMALP)
2.7: Difusi dalam Membran 7.4 : Merancang Model Membran Molekuler dengan Teknologi
Probe Lipid Fluoresen 5.4: Probe Lipid ionisasi lembut
Kelengkungan Membran VMD
FRAP 6.2: Teknik Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein
2.3: Kelengkungan Membran Membran
5.5: Fluoresensi pada Membran energi deformasi membran 2.4: Sphingolipid 1.5:
FTIR Kompresibilitas Membran misel Sphingolipid
5.8: FTIR pada Membran 4.6: Rakitan Sfingomielin
Lipid Non-Membran (Misel) 1.1: Lipid Bermuatan
G Desain Molekuler sphinosine
Kelengkungan Gaussian 7.4: Merancang Model Membran Molekuler dengan saturasi 1.5: Sphingolipid
molekul
2.3: Kelengkungan Membran Putar Probe
VMD
Fase Gel 5.4: Probe Lipid
1.3: Ekor Lipid dan Saturasi Simulasi STED
3.4: Fase Gel
Monte Carlo 5.5: Fluoresensi pada Membran
gliserofosfolipid
7.2: Monte Carlo untuk Biomembran sterol
glikolipid 1.4:
N Sterol
Glikolipid
Nanopartikel 4.5: 1.6: Fase Sterol dan Sterol Induksi
Penetrasi dan Perakitan Spontan Nanopartikel dalam Lapisan ganda lipid yang didukung (SLB)
dan Melalui Membran
Ionisasi keras H 6.2: 5.2: Membran yang Didukung dan Ditambatkan
Membran yang Didukung 5.2:

Teknik Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein Membran
Membran yang Didukung dan Ditambatkan
kelengkungan total V
Vesikel
Membran lipid bilayers T tertambat (tLBM) Fluoresensi Refleksi Internal Total
2.6: Vesikel
5.2: Membran yang Didukung dan Mikroskopi Visual Molecular Dynamics 7.4: Perancangan
Ditambatkan Membran 5.5: Fluoresensi pada Membran Model Membran Molekuler dengan Visualisasi VMD
domain transmembran
Tertambat 5.2: Membran Didukung dan
Ditambatkan waktu 4.2: Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid
7.4: Perancangan Model Membran Molekuler dengan VMD
penerbangan 6.5: Penganalisis Massa
VMD
- Waktu Penerbangan TIRFM
7.4:
Perancangan Model Membran Molekuler dengan VMD
Glosarium
Contoh Kata 1 | Contoh Definisi 1
Perizinan Terperinci
Ringkasan
Judul: UCD: Biofisika 241 - Biologi Membran
Halaman web: 67
Semua lisensi ditemukan:
CC OLEH 4.0: 95,5% (64 halaman)

Tidak diumumkan: 4,5% (3 halaman)
Berdasarkan Halaman
UCD: Biofisika 241 - Biologi Membran - CC OLEH 4.0 4.5: Penetrasi dan Perakitan Spontan Partikel Nano dalam
Masalah Depan - CC OLEH 4.0 dan Melalui Membran - CC BY 4.0 4.6: Rakitan Lipid Non-
Membran (Misel) -
Judul Halaman - CC OLEH
CC OLEH 4.0
4.0 Halaman Info - CC
OLEH 4.0 Daftar isi - Tidak diumumkan 5: Karakterisasi Eksperimental - Spektroskopi dan Mikroskopi -
Perizinan - Tidak diumumkan CC BY 4.0
1: Lipid - CC OLEH 4.0 5.1: Model Membran vs. Membran Biologis - CC OLEH 4.0 5.2:
Membran
1.1: Lipid Bermuatan - CC OLEH 4.0
yang Didukung dan Ditambatkan - CC OLEH 4.0 5.3: Partikel Lipid
1.2: Jenis Kelompok Kepala Lipid - CC OLEH 4.0
Asam Maleat Styrene (SMALP)
1.3: Ekor Lipid dan Saturasi - CC OLEH 4.0 1.4:
Teknologi - CC BY 4.0 5.4:
Glikolipid - CC OLEH 4.0 1.5:
Pemeriksaan Lipid - CC OLEH 4.0
Sphingolipid - CC OLEH 4.0 1.6: Fase
5.5: Fluoresensi pada Membran - CC OLEH 4.0
Sterol dan Sterol Induksi - CC OLEH 4.0
5.6: Mikroskop Optik Pemindaian Jarak Dekat (NSOM) -
1.7: Lipid di Lingkungan Non-Berair - CC BY 4.0
CC BY 4.0 5.7: Pelacakan
Molekul Tunggal - CC OLEH 4.0 5.8: FTIR pada
2: Membran - Lipid Agregat - CC OLEH 4.0
Membran - CC OLEH 4.0
2.1: Fluktuasi Membran - CC OLEH 4.0
5.9: Spektroskopi Raman pada Membran - CC OLEH 4.0 5.10:
2.2: Asimetri Membran - CC OLEH 4.0 2.3: Teori dan Solusi Resonansi Magnetik Nuklir (NMR) NMR - CC
Kelengkungan Membran - CC OLEH 4.0 2.4: BY 4.0 5.11: NMR keadaan padat - CC
Kompresibilitas Membran - CC OLEH 4.0 2.5: Tegangan OLEH 4.0
Permukaan dan Tegangan Garis - CC OLEH 4.0
5.12: Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR) Membran - CC
2.6: Vesikel - CC OLEH 4.0 BY 4.0
2.7: Difusi dalam Membran - CC OLEH 4.0
5.13: Hamburan Sinar-X Membran - CC OLEH 4.0 6:
3: Fase dan Morfologi Membran - CC OLEH 4.0 Karakterisasi Eksperimental - Spektrometri Massa dan Mikroskop
3.1: Transisi Fase Membran - CC OLEH 4.0 3.2: Transisi Gaya Atom - CC BY 4.0 6.1: Mikroskop gaya atom
Fase Utama - CC OLEH 4.0
(AFM) pada Membran
3.3: Fase Fluida - CC OLEH 4.0 - CC OLEH 4.0
3.4: Fase Gel - CC OLEH 4.0
6.2: Teknik Ionisasi Spektrometer Massa untuk Protein
3.5: Fase Riak - CC OLEH 4.0 3.6: Rakit - Membran - CC BY 4.0 6.3: Spektrometri
CC OLEH 4.0
Massa Ionisasi Elektrospray (ESI).
3.7: Koeksistensi Fase Lipid - CC OLEH 4.0 - CC OLEH 4.0
4: Interaksi Membran-Protein - CC OLEH 4.0 6.4: Orbitrap Penganalisis Massa - CC OLEH 4.0
4.1: Permeabilitas Membran - CC OLEH 4.0 4.2: 6.5: Penganalisis Massal - Waktu Penerbangan - CC OLEH
Penyisipan Protein Membran ke dalam Membran Lipid - 4.0 7: Karakterisasi Komputasi Membran - CC BY 4.0
CC BY 4.0 4.3: Interaksi
Protein-lipid - CC OLEH 4.0 4.4: Interaksi Fisik Lipid

7.1: Deskripsi Kontinum Matematika Membran - CC BY
Protein - CC OLEH 4.0 4.0
7.2: Monte Carlo untuk Biomembran - CC OLEH 4.0
7.3: Dinamika Molekuler untuk Biomembran - CC BY 4.0 Masalah Kembali - CC OLEH 4.0
Indeks - CC OLEH 4.0

7.4: Perancangan Model Membran Molekuler dengan VMD - CC Glosarium - CC OLEH 4.0
BY 4.0
Perizinan Terperinci - Tidak diumumkan
7.5: Simulasi Butir Kasar pada Membran - CC
OLEH 4.0

Full-Dikompresi Compressed

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Full-Dikompresi Compressed

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Machine Translated by Google

BIOFISIKA UCD 241:

Universitas Kalifornia, Davis

Teks ini disusun pada 02/11/2024

1.7: Lipid di Lingkungan Non-Berair

2: Membran - Lipid Agregat

2.4: Kompresibilitas Membran 2.5:

3: Fase dan Morfologi Membran

5: Karakterisasi Eksperimental - Spektroskopi dan Mikroskopi

5.6: Mikroskop Optik Pemindaian Jarak Dekat (NSOM)

5.9: Spektroskopi Raman pada Membran 5.10: Teori

5.12: Resonansi Paramagnetik Elektron (EPR) Membran 5.13: Hamburan Sinar-

6: Karakterisasi Eksperimental - Spektrometri Massa dan Gaya Atom

7: Karakterisasi Komputasi Membran

GAMBARAN UMUM BAB

1.1: Lipid Bermuatan

1.1: Lipid Bermuatan

Jenis lipid bermuatan

: Struktur kimia fosfatidilkolin. Sumber gambar: Wikipedia Gambar 1.1.5

1.2: Jenis Kelompok Kepala Lipid

Beberapa kelompok kepala gliserofosfolipid yang umum ditunjukkan pada Tabel 1:

Beberapa kelompok kepala sphingolipid yang umum digambarkan pada Tabel 2:

AKU AKU AKU. GLIKOLIPIDA

1.3: Ekor Lipid dan Saturasi

Gambar : Struktur Asam Lemak Esterfied Palmitoyoleoylphosphatidylcholine (1-hexadecanoyl-2-(9Z-octadecenoyl)-sn-Gambar 1.3.1 glisero-3-fosfokolin).

Gliserofosfolipid Jenis lipid

Gambar 1.3.2 B: Kolesterol

Biosintesis Asam Lemak

8Asetil-koA+7ATP+14NADPH ÿ Asam Palmitat+7ADP+7Pi +14NADP+6H2O+8coA (1.3.1)

Efek pada membran

Kontributor dan Atribusi

Struktur dan Sintesis Struktur dasar

Gambar 1.4.1 . Struktur glikolipid

Gambar 1.4.2 . Penyakit yang berhubungan dengan disfungsi metabolisme glikolipid

Gambar 1.4.3 . Interaksi Glikolipid dan protein terikat membran.

Gambar 1.5.1 : Struktur umum sphingolipid. (CC BY-3.0; LHcheM).

Basa sphingoid & turunan sederhana Sphingolipid

Sphingolipid Kompleks Sintesis

3. Glikosfingolipid dasar [5]

Penamaan Sphingolipid Penamaan

Fungsi Biologis Ada banyak

Sifat Biofisik Sphingolipid

Sphingolipid bisa ada dalam bentuk kationik dan netral.

Sinyal Seluler Sphingolipid

sphingolipid tetapi terdapat jalur umum.

dan proliferasi/kelangsungan hidup.

Gambar 1.5.8 – Jalur metabolisme sphingolipid

sphingolipid dan sinyal [2] pada dasarnya sama.

1.6: Fase Sterol dan Sterol Induksi

Fase Orde Cair (l ) Hai

Kolesterol dan transisi fase utama Pengaruh

Kontributor dan Atribusi

1.7: Lipid di Lingkungan Non-Berair

Pengemasan rantai hidrokarbon interdigitasi Alkohol, termasuk

Pelarut Ionik Murni

Formasi Kristal Cair

GAMBARAN UMUM BAB

2: Membran - Lipid Agregat

2.1: Fluktuasi Membran

2.4: Kompresibilitas Membran 2.5:

2.1: Fluktuasi Membran

Protein Remodeling Membran Ada

Gambar 2.1.6 : Gambar fluoresen F-aktin pada fibroblas tikus