FLORA NORMAL DAN

PATOGEN SALURAN CERNA

RITA ENDRIANI
Pendahuluan

Sal cerna : dari mulut anus

Flora normal habitat sal cerna
Infeksi sal cerna :
patogen opportunistik
patogen sal cerna
Mulut dan Sal cerna atas

Mukosa mulut, faring janin steril

Stlh 4-12 jam pd mulut ditemukan Streptococcus
viridans, lactobacillus.
Gambar: Mikroskopis dan kultur Lactobacillus
Lambung

Pd org sehat lambung kosong bebas

mikroorganisme
Mikroorganisme masuk mll makanan, saliva, sekret
nasofaring
Imunitas pH asam , enzim2 pcernaan
Resisten imunitas infeksi
Ex: Helicobacter pylori, Vibrio cholerae, Salmonella
sp dan Shigella sp
Sal cerna bawah

Peneliti menyampaikan:
- duodenum 103-106 bakt/gram
- jejenum 105-108 bakt/gram
- ileum 105-108 bakt/gram
- kolon 1011 bakt/gram
Samb

Komposisi bakteri di kolon = feses:

96-99% bakteri anaerob (Clostridium sp,
Bacteroides, Lactobacillus anaerob)
1-4% basil Coliform, Proteus sp, Pseudomonas,
Lactobacillus, Enterococcus, Candida sp, dll
Samb

Pd usus anak ASI >> Streptococcus ,

Staphylococcus dan Lactobacillus bifidus
Pd usus anak susu formula >> Lactobacillus
acidophilus, enterococcus, clostridium <<
Seiring berkembangnya pola makan menuju dewasa
flora sal cerna Enterobacteriaceae
Keuntungan flora normal

Menghambat pertumbuhan atau menimbulkan

resistensi bakteri patogen
Menghasilkan vitamin B kompleks dan vit K
Gangguan flora normal

Flora normal < patogen > infeksi

Status imun jelek flora normal patogen
opportunistik
Ex: diare krn E. coli
Pemberian antibiotik spektrum luas yg berlebihan
< flora normal ggn sal cerna diare
Antibotik >> penurunan produksi B kompleks
 CIRI KHAS BAKTERI PATOGEN

Dapat bertransmisi/ mempunyai kemampuan menularkan

Melekat pada sel host/ inang
Invasi sel dan jaringan host/ inang
Toksigenisitas
Kemampuan untuk lolos dari sistem imun host/ inang
Patogen opportunistik sal cerna

Family Genus Spesies

Enterobacteriaceae Esherichia E. coli
Klebsiella K. pneumonia, K.
oxytoca, dll
Enterobacter E. aerogenes.
E.agglomerans,dll
Serratia S. marescens, S.
liquefaciens, dll
Proteus P. mirabillis, P.vulgaris,
dll
Citrobacter C. freundii, C. diversus,
dll
Campylobacter C.jejuni, Coli, dll
Patogen sal cerna

Family Genus Spesies

Enterobacteriaceae Shigella Shigella dysentriae, S.
flexneri, S. boydii, S.
sonei
Salmonella Salmonella thyposa,dll
Yersinia Y. enterocolitica, Y.
pseudotuberculosis, dll
Vibrionaceae Vibrio V. cholerae,
parahaemolyticus, dll
Pseudomonaceae Pseudomonas P. aeruginosa, P. cepacia,
P.maltophia, dll

--- Helicobacter H. pylori

 Enterobacteriaceae

Secara alamiah hidup di usus manusia (sal cerna)

enteric bacili/ enterics
Dapat hidup di lingkungan manusia spt: air, tanah,
sampah, dll
Sebagian besar non patogen/ patogen opportunistik
Merupakan penyebab penyakit gastrointestinal
diare, disentri, dll
Di RS penyebab infeksi nosokomial
Masalah di RS banyak yang resisten antibiotik
 Morfologi

Bentuk batang / bacili kecil (0,5 x 3,0 um)

Sifat Gram negatif
Tidak membentuk spora/ spora (-)
Motil dan non motil
Sebagian mempunyai kapsul bisa jelas atau hanya
sebagai slime layer
Sebagian lagi tidak mempunyai kapsul
Mempunyai pili/ fimbria
 Kultur/Biakan

Kultur pada media differensial Agar Endo, Eosin

Methilen Blue (EMB), Mac Conkeys
Dapat dibedakan:
- lactose femented (koloni bewarna merah)
- non lactose fermented ( koloni tidak bewarna/ pucat)
bisa digunakan untuk dugaan bakteri patogen/ tidak
Media untuk identifikasi digunakan TSIA, semi solid,
Simon Citrat, Urease, dll
 Identifikasi Laboratorium
Pemeriksaan mikroskopis: Batang Gram negatif
Kultur: lactose fermented coloni /LFC atau non lactose
fermented coloni (non LFC)
Reaksi bokimia:
- Uji IMVIC (Indol, Methyl red, Voges-Proskauer, dan
Citrat)
- uji Triple Sugar Iron Agar (TSIA).
- hidrolisis urea
- motilitas
- hidrogen sulfida
- dll
 Uji TSIA

Hasil Uji TSIA ; dari kiri ke kanan : tidak diinokulasi, slant

alkali / butt asam H2S +, slant alkali / butt asam, slant asam /
butt asam gas +, slant asam, butt asam
Diferensiasi mikroorganisme enterik pada reaksi TSIA
Agar Semi solid

Uji motilitas pada agar semisolid. Kiri : motilitas positif,

organisme yang motil akan menunjukkan pertumbuhan difus
dari garis inokulasi yang menyebar ke sekelilingnya. Kanan :
motilitas negatif, organisme non motil akan menunjukkan
pertumbuhan hanya sepanjang garis inokulasi saja
Agar Simon Citrats

Uji Citrat ; kiri negatif, kanan positif

 Enterobacteriaceae

Morfologi batang pendek Gram (-)

Kultur di Endo/ Mac Conkey

Lactose fermented Non Lactose fermenting

- E. coli - Salmonella
- Klebsiella - Shigella
- Enterobacter - Pseudomonas

Reaksi Biokimia (TSIA, SS, SC. Dll)

Uji Sensitivity Antibiotik

Sensitif/ Resisten antibiotik

ESCHERICHIA COLI
 Morfologi & identifikasi

Bentuk batang Gram (-) pendek/ cocobacil

Motilitas (+), Fakultatif anaerob
Koloni berbentuk bulat, cembung, tidak rata,
lembut
Pd medium EMB metallic sheen
Pd agar darah hemolisis beta
Test indol (+)
Fermentasi laktosa
Produksi gas dari glukosa
Gambar: kiri: metallic sheen. kanan: LAD dg
hemolisis beta
Struktur Antigen
Antigen O, H dan K guna
untuk penelitian epidemiologi
dan penentuan jenis penyakit
diare
Contoh:
- Serotipe O157:H7
produksi shiga toksin
(STEC) penyebab diare
berdarah dan hemolytic
uremic syndrome tu anak
umur < 5 th
 Patogenisitas
1. Ag permukaan
- Ag K1pelekatan bakteri pd sel epitel sblm
invasi ke sal cerna
- Ag O produksi S fimbriae
2. Enterotoksin
Ada 2: - heat labile enterotoksin (LT)
- heat stable enterotoksin (ST)
 Patogenesis

LT meransang adeniksiklase dlm sel mukosa usus

peningkatan kadar cAMP permeabilitas
permukaan intestinal pelepasan cairan dan
elektrolit diare profuse =choleragen

ST berikatan kuat dg reseptor usus spesifik

aktifkan guanilatsiklase usus hambatan absorbsi
Na dan Cl oleh membran brush border lumen usus
teregang air terjadi hipermotilitas diare ringan,
dehidrasi (-)
 Identifikasi Laboratorium

Mikroskopis; Batang Gram (-)

Kultur: Endo, EMB, Mc Conkey
- Fermentasi laktosa

Reaksi biokimia:
- TSIA: +/+ or A/A or kuning/kuning, gas (+),
H2S (-)
- SS : (+)
- SC : (-)

Serologi
- PCR
KLEBSIELLA
Klasifikasi

Family : Enterobactericeae
Genus : Klebsiella
Spesies : - K. pneumoni (Friedlanders bacillus)
- K. ozoenae
- K. rhinoscleromatis
 Morfologi dan Identifikasi

Batang Gram negatif

Aerob dan fakultatif anaerob
Khas: Koloni berkapsul tebal besar, basah,sangat
lengket, mukoid
Fermentasi laktosa /LFC
Non motil
Non spora
Srtuktur Antigen

Ag K serologic typing
Ag O
Identifikasi Laboratorium

Mikroskopis: batang Gram (-)

Kultur : medium Diff * koloni PINK LFC
* kapsul tebal
Rx biokimia:
* TSIA : +/+, Gas (+), H2S (-)
* SS : (-)
* SC : (+)
Serologi : jarang dilakukan
PROTEUS sp
MORFOLOGI

Bentuk batang pendek

Ukuran 0,5m x 3,0m,
Gram negatif,
Motil flagel peritrik
Non spora
Khas: pada agar darah swarming (lapisan tembus
pandang bergelombang)
Struktur antigen

Memiliki Ag O, H, K guna untuk antigen typing

Antigen typing u/ diagnosis Ricketsia Galur P.
vulgaris memiliki kesamaan dg Ag Ricketsia
Reaksi Weil felix
Identifikasi Lab
CAMPYLOBACTER SP
 Morfologi dan Identifikasi
Flora normal sal cerna
Gram negatif
Batang bengkok mirip vibrio, huruf S atau sayap
burung camar (gull wing)
Motil flagel uni/bipolar
Gerakannya cork screw-darting motility
Khas Mikroskopis tampak gambaran berpasang-
pasangan (seagul appearance)
Spora (-)
Kultur

Tumbuh pada media yg diperkayadarah domba

10%, vankomicin, dll ex. Champythio
Mikroaerofilik O2 5% dan CO2 10%,
Inkubasi 36-37C terbaik 42C
oksidase +, urease +, katalase +
Patogenisitas

Kemampuan melekatkan diri pd sel hospes

Kemampuan invasi ke jar hospes
Menghasilkan enterotoksin dan sitotoksin
Kemampuan bergerak dalam lapisan mucin
Kemampuan hidup dalam sel fagosit
 Patogenesis

C. jejuni sensitif asam lambung

Dosis infeksitf 104 organisme
Rute fecal-oral makanan dan minuman
terkontaminasi kolonisasi di mukosa intestin
multiplikasi invasi epitel inflamasi mukosa sel
eritrosit dan leukosit pd feses
Aktivitas Enterotoksin enteritis
SHIGELLA DYSENTRIAE
 Morfologi dan Identifikasi

Penyebab shigelosis/ disentri basiler terutama

diare infantil (1-10 tahun)
Batang Gram negatif
Aerob dan fakultatif anaerob
Koloni konveks, bulat, transparan, tepi utuh
Non motil
Fermentasi glukosa
Tidak fermentasi laktosa
Membentuk asam dari karbohidrat
Tidak produksi H2S
Daya Tahan dan Struktur Ag
- tahan agen fisis 500C lgs mati
- tahan desinfektan dan asam tinggi

Semua Shigella mempunyai Ag O serotyping

A, B, C dan D
Beberapa mempy Ag K tidak u/ serotyping ttp
dpt menganggu reaksi serologi Ag O
Tidak mempunyai Ag H non motil
Patogenisitas

Fc permukaan Antigen O
Daya invasi ke mukosa dan epitel
ttp jarang ke lamina propia
Toksin
Sitotoksin Shiga toxin Labile
Toxin (LT)
- Sifat toksin:
* Enterotoxin watery diarrhea
* Neurotoxin abdomen cramps,
tenesmus ani
 Patogenesis

Infeksi terbatas pd sal cerna

Sangat menular dosis
infektif 102 -103 bakteri

Mekanismenya:
Bakteri invasi ke pili/ epitel
mukosa usus multiplikasi
inflamasi, nekrosis
membran mukosa, ulcerasi
superfisialis gangguan
absorbsi cairan pd kolon
BAB darah, nanah dan
lendir
 Identifikasi laboratorium

Mikroskopik: Batang Gram(-) dg lekosit banyak, bbrp

eritrosit.
Kultur: EMB, Mc Conkey, SS koloni non lactose
fermented (NLF)
RBK:
-TSIA: +/-, Gas (-), H2S (-)
- SS : (-)
- SC : (+)
Serologi: Tidak banyak berperan
SALMONELLA sp
 Klasifikasi
Klasifikasi Salmonella kompleks
Grup I : tdd serotipe salmonella menginf manusia
S enterica subspesies enterica serotipe
Typhimurium Salmonella Typhimurium (nama
genus ditulis miring dan nama serotipe ditulis
tegak)
Manifestasi tersering Salmonella Typhimurium
Demam tifoid hanya S. typii
Morfologi dan Identifikasi

Batang Gram negatif

(-) fermentasi laktosa, >> motil,
flagela peritrik
Media sederhana, penghasil asam
dan gas dari glukosa & mannosa
Identifikasi Laboratorik H2S
Mampu adaptasi dg empedu dg
konsentrasi tinggi merancang
media buatan
 Struktur antigen
Antigen H Antigen flagel antigen diphase
spesifik dan non spesifik
Antigen O Antigen somatik (LPS) ; koloni
halus virulen
Antigen Vi Antigen capsular mencegah
destruksi intrasesluler dlm sel hospes krn tidak
difagositosis oleh PMN
Faktor virulensi
Tergantung serotipe:
Surface antigen reseptor hidup intraseluer
krn Ag O atau Ag Vi
Fc invasi
Endotoksin stadiun bakteriemi demam
enterik
Sitotoksin proses invasi
Enterotoksin mirip LT, ST E. coli
 Patogenesis demam tifoid
Ingesti imunitas usus halus multiplikasi
mononuklear Peyers patch nodus limf intestinal
bermultiplikasi di makrofag masuk ke sirk limfatik
di nodus limf mesenterik, & semua elemen RES
masuk ke sirk darah fagosit di hepar, sum-sum
tulang, limpa aliran darah lagi berbagai organ
tmsk ginjal, kandung empedu, usus multiplikasi di
usus keluar feses l
Shg ketika masuk intestinal utk yang kedua kalinya
Respon inflamasi > kuat Risiko perforasi (mg ke 2)
Patogenesis Enterokolitis Salmonella/ Salmonelosis
Identifikasi lab
Kultur : EMB, MC,SS Inkubasi 1-2 hari
Mikroskopis: batang Gram negatif
R BK: TSIA, Semi solid dan Simons citrat
VIBRIO CHOLERA
 Morfologi dan Identifikasi
Gram negatif aerob 2-4m,
berbentuk koma, motil
Koloni konveks, licin dan opak
Agar thiosulfate-citrate-bile-
sucrose (TCBS) koloni kuning
pd agar berwarna hijau tua
Fermentasi sukrosa dan
mannosa, (-) fermentasi
arabinosa
Reaksi oksidase positif
 Faktor virulensi

Enterotoksin kholeragen
Pili faktor perlekatan kolonisasi pada
mukosa usus Tcp pili (toxin-coregulated pili)
krn gen yang mengkode pili mirip yg mengkode
toksin
flagel pd kutubnya bantu bakteri masuk ke
mukosa intestinal
Mucinase melakukan penetrasi ke dalam
lapisan mukus dari usus halus
Patogenesis
Identifikasi laboratorium

Mikroskopis: Pewarnaan Gram,

mikroskop dark-field / fase kontras utk
lihat motilitas bakteri
Kultur agar pepton, agar darah
dengan pH 9 atau agar TCBS
Tes Spesifik: Slide agglutination
menggunakan antiserum anti-O grup 1
& biokimiawi
Pseudomonas aeruginosa

RITA ENDRIANI
 Morfologi & Identifikasi

- Tersebar luas di alam lingk RS yg lembab

- Jumlah < flora normal sal cerna & kulit
- Patogen opportunistik
- Penyebab infeksi nosokomial
- Batang Gram negatif, Ukuran 0,6 x 2 um
- Bersifat obligat aerob, tumbuh baik pd 370C- 420C
- Motil aktif flagel polar
- Oksidase positif
- Tidak fermentasi karbohidrat
 Samb...

Tumbuh baik pd semua perbenihan u/ enterik

Kadang baunya khas bau manis spt jagung/ anggur
(corn tacolike odor)
Koloni bulat, halus warna fluoresensi kehijauan
Pada agar darah hemolisa beta
Pada Mac Conkey pigmen piosianin pigmen yg
bewarna kehijauan yg didistribusikan ke dalam media
perbenihan
Selain itu jg hasilkan pigmen yg fluoresensi:
- pioverdin
- piorubin
- piomelanin
Daya Tahan

> tahan terhadap desinfektan dan antiseptik

dibanding Gram negatif lain
Desinfekstan efektif gol fenol dan glutaraldehid
Sterilisasi alat yg baik dg autoklaf
Umumnya multiresisten antibiotik
Struktur Antigen

Dinding sel LPS

Antigen O dan H
Slime layer bersifat antigenik fungsi
mempersulit proses fagositosis
Membedakan galur dilakukan dg:
- rx serologis Ag O
- phage typing
- produksi piosianin
Pemindahan materi genetik konjugasi dan
transduksi
Faktor- Faktor Virulensi
Patogenesis

Pd daerah yg fs pertahanan abnormal selaput

mukosa dan kulit rusak perlekatan & kolonisasi
bakteri invasi scr lokal infeksi lokal
menyebar sistemik penyakit sistemik
septikemia 80% kematian
 Identifikasi Laboratorium

Mikroskopis: batang Gram negatif

Kultur
Agar darah bulat, licin, hemolisis beta
McConkey pigmen piosianin
Agar Endo tidak fermentasi karbohidrat
Rx biokimia
TSIA: -/- gas (-) H2S (-)
SS : (+)
SC : (+)
HELICOBACTER PYLORI
 GAMBARAN UMUM

Bentuk batang Gram negatif bengkok, melengkung

mirip Campylobacter
Diyakini inbalance asam lambung-pepsin & integritas
mukosa
Penyebab: gastritis, ulkus peptikum, adenocarcinoma
gaster
30 50 % lambung orang dewasa di dunia positif H.pylori
20% usia < 30 tahun
40-60% usia > 60 tahun
 Morfologi dan Identifikasi

Mirip Campylobacter
Batang Gram negatif bentuk spiral
Flagel multipel polar
Gerak aktif
Mikroaerofilik
Khas : oksidase test (+), urease test (+) , katalase (+)
 Penentu patogenitas

Kemampuan berkolonisasi
* Flagel mampu mencapai dan menembus
mukosa lambung infeksi epitel lambung
* Enzim urease memecah urea Amonia
Menetralkan lingk yg asam di dlm lambung

Adherence factor adhesin yg dihasilkan H.

pylori penting u/ menahan dari gerakan
peristaltik yg menyebabkan bakteri keluar
 Samb...

Bahan metabolit yg menyebabkan kerusakan sel

- Enzim fosfolopase, protease
- Toksin vacuolating cytotoxic (vac-A) kematian sel
- Protein cag inflamasi berhub dg Ca Gaster &
lymphoma gaster
 Identifikasi laboratorium

Miksroskp: pewarnaan Giemsa Bakteri batang

melengkung
Biakan:Media kultur = Campylobacter
Test urease (+)
Antibodi IgG spesifik
Uji khusus: urea breath os ingesti urea berlabel ; bila
urease + maka akan terdeteksi CO2 pd nafas os
Pengobatan

Rehidrasi:
- dehidrasi ringan rehidrasi oral
- dehidrasi berat cairan infus
Obat-obatan:
- Ciprofloxacin
- Amficillin
- doxisiklin
- trimetoprim sulfametoxasol
- kloramfenikol
TERIMAKASIH