MUTASI

&
PERBAIKAN DNA
Lindi Grahawanti Haritsyah, S.Si., M.Biomed

20 Juni 2019
MATERI PEMBELAJARAN
1. Definisi mutasi
2. Jenis-jenis mutasi
3. Penyimpangan kromosom
4. Mutagen
5. Perbaikan DNA

LGH 2019
CAPAIAN PEMBELAJARAN
Setelah mengikuti perkuliahan ini mahasiswa diharapkan dapat :
1. Memahami definisi mutasi
2. Memahami jenis-jenis mutasi
3. Memahami penyimpangan kromosom
4. Memahami mutagen
5. Memahami perbaikan DNA

LGH 2019
TAHUKAH ANDA?

 Sel mempunyai suatu mekanisme

untuk meningkatkan ketepatan replikasi DNA
 Sifat akurat dari replikasi sangat tinggi →
laju kesalahan dalam keseluruhan
10-9 – 10-10

TETAPI terkadang bisa terjadi kesalahan secara

spontan sehingga menimbulkan perubahan
urutan DNA yang dapat diwariskan
 DEFINISI

MUTASI → Perubahan materi genetik

yang dapat diwariskan dan
memunculkan bentuk-bentuk alternatif
gen apapun

LGH 2019
 MUTASI

 Setelah replikasi → perubahan pada DNA menghasilkan

perubahan permanen dari urutan basa dalam DNA anak.
 Perubahan yang menyebabkan mutasi termasuk:
-Kesalahan yang dibuat selama replikasi tidak dikoreksi.
-Kerusakan yang terjadi pada DNA yang sedang replikasi
atau tidak replikasi yang disebabkan oleh deaminasi
oksidatif, radiasi atau zat kimia → menghasilkan
pemotongan dari untai DNA atau perubahan kimia atau
penyingkiran basa.

LGH 2019
 secara
garis besar
JENIS MUTASI

1) Mutasi yang mempengaruhi gen

2) Mutasi yang mempengaruhi
keseluruhan kromosom
+ Mutasi gen pada tingkat nukleotida disebut mutasi titik (point mutation)

LGH 2019
 MUTASI

 Banyak mutasi terjadi akibat tidak stabilnya basa

nukleotida di dalam DNA.
 Basa nukleotida dapat mengalami perubahan
struktural disebut pergeseran tautomerik →
menyebabkan penyebaran ulang elektron & proton
yang menyebabkan basa tidak dapat berpasangan
secara normal.

LGH 2019
PERGESERAN TAUTOMERIK

(Standsfield et. al., 2006)

 MUTASI
 Transisi → kesalahan perpasangan
basa yang mengakibatkan
tertukarnya satu purin dengan
purin lain ataupun satu pirimidin
dengan pirimidin lain.
 Transversi → purin digantikan
oleh pirimidin atau sebaliknya.

04)
20
ox,
C
n &
o
Nels
(
 HUBUNGAN KLINIS

Anemia sel sabit (sickle cell anemia) terjadi akibat

transversi GAG → GUG pada kodon glutamin. Protein
hemoglobin mutan ini menghasilkan valin dan selnya
akan berbentuk seperti bulan sabit jika berada pada
tekanan oksigen rendah.
 MUTASI TITIK

Mutasi titik → substitusi basa pada gen yang

mengkode suatu polipeptida dapat
menyebabkan terjadinya:
1) Mutasi missense (salah arti)
2) Mutasi nonsense (tanpa arti)
3) Mutasi silent (diam)

LGH 2019
utasi titik: substitusi basa
.... TAC ....
.... ATG ....

TAC
ATG
↓ Transkripsi
UAC
Kodon TYR
↓ Translasi
Protein
normal

Wild type
utasi titik: substitusi basa
.... TAC ....
.... ATG ....

TAC TAT AAC TAG

ATG ATA TTG ATC
↓ ↓ ↓ ↓ Transkripsi
UAC UAU AAC UAG
Kodon TYR Kodon TYR Kodon ASN Kodon stop
↓ ↓ ↓ ↓ Translasi
Protein Protein Protein yang Protein
normal normal berbeda inkomplet

Silent Missense Nonsense

Wild type mutation mutation mutation
 MUTASI MISSENSE

1) Mutasi missense → perubahan sinonim

- Substitusi 1 kodon sense oleh kodon sense
lainnya.
- Mutasi mengubah kodon sehingga
menspesifikasi asam amino yang berbeda pada
posisi tersebut.
- Protein dikode oleh gen mutasi sehingga
memiliki perubahan asam amino tunggal.

LGH 2019
 MUTASI NONSENSE

2) Mutasi nonsense
- Mengubah kodon yang menspesifikasi asam amino
menjadi salah satu dari ketiga kodon stop/terminasi
(UGA, UAA, UAG).
- Mengakibatkan pembacaan signal berhenti.
- Polipeptida yang dihasilkan akan lebih pendek dari
yang normal.
- Tergantung berapa banyak polipeptida yang hilang →
biasanya efeknya drastis dan protein menjadi tidak
fungsional.

LGH 2019
 MUTASI SILENT

3) Mutasi silent (diam) → perubahan non-sinonim

- Kodon baru menspesifikasi asam amino yang
sama dengan kodon yang tidak bermutasi.
- Merupakan mutasi diam karena tidak memiliki
efek pada fungsi pengkode genom.
- Kode gen yang termutasi memiliki protein yang
sama dengen gen yang tidak termutasi.

LGH 2019
 MUTASI PERGESERAN
KERANGKA-BACA
 Terjadi akibat adanya insersi atau delesi basa di dalam
daerah pengkode pada suatu gen.
 Kode genetik akan ditranslasi oleh aparatus sintesis
protein dengan membaca kelompok-kelompok 3 basa
berurutan yang membentuk kodon, dimulai dari kodon
awal/start → jika 1 basa di insersi/ delesi, seluruh
kodon dari titik tersebut akan berubah.
 Protein yang dihasilkan dapat terpenggal jika kodon
termutasi menjadi salah satu kodon stop.

LGH 2019
 MUTASI PERGESERAN
KERANGKA-BACA

AUGCUAGCUAGCUUACCUAUUCGA
Met Leu Ala Ser Leu Pro Ile Arg
↓
AUGCUA CUAGCUUACCUAUUCGA-
↓

Met Leu Leu Ala Tyr Leu Phe

↓
AUGCUA CUAG UCUUACCUAUUCGA-
↓ ↓

Met Leu Leu Val Leu Pro Ile Arg

LGH 2019
 PENYIMPANGAN KROMOSOM

1) Perubahan dalam hal struktur kromosom.

- Delesi
- Duplikasi
- Inversi
- Translokasi
2) Perubahan dalam hal jumlah kromosom.
- Poliploid
- Aneuploid

LGH 2019
 PERUBAHAN STRUKTURAL
1) Delesi → perubahan kromosom berupa hilangnya satu
atau lebih segmen gen atau kromosom.
2) Duplikasi → terdapat satu atau lebih salinan segmen
kromosom pada kromosom itu sendiri atau kromosom
lain.
3) Inversi → terjadi perpatahan dalam sebuah kromosom
dan segmen tersebut berputar 180o sebelum akhirnya
bergabung kembali.
4) Translokasi → terjadi ketika kromosom-kromosom
nonhomolog patah dan saling bertukar segmen.

LGH 2019
 Penyimpangan struktural
pada kromosom.
Delesi & duplikasi dapat
terjadi dalam peristiwa
mutasi yang sama ketika 2
untai DNA homolog saling
tumpang tindih, lalu putus
secara bersamaan di dua tempat yang berbeda (nonhomolog), dan kemudian
menyambung kembali dengan untai yang salah. Salah satu untai akan
kehilangan satu atau lebih gen, sedangkan untai lain akan mendapat kelebihan
salinan satu atau lebih gen (Standsfield et. al., 2006).
 PERUBAHAN JUMLAH

1) Poliploid → terjadi jika suatu sel mempunyai satu atau lebih set
kromosom melebihi jumlah set ‘normal’nya.
- Misalnya triploid (3n) mempunyai kelebihan satu set
kromosom. Organisme triploid bersifat steril karena tidak
dapat menghasilkan gamet yang seimbang pada saat meiosis.
2) Aneuploid → terjadi akibat adanya perubahan jumlah individual
pada kromosom-kromosom homolog dalam satu set kromosom.
- Terjadi karena adanya nondisjunction (kegagalan berpisah)
selama meiosis.
- Kondisi aneuploid yang menyebabkan terjadinya 3 salinan dari
1 kromosom tertentu disebut trisomi (2n+1)

LGH 2019
 Penyimpangan kromosom yang mempengaruhi jumlah kromosom.
Pembentukan gamet aneuploid akibat nondisjunction selama (a) meiosis I
dan (b) meiosis II (Standsfield et. al., 2006).
 MUTAGEN

 Mutagen → agen alam atau buatan manusia (fisik

atau kimia) yang dapat mengubah struktur atau
urutan DNA
 Akibatnya → insersi, delesi atau basa membentuk
pasangan yang salah.

LGH 2019
 MACAM MUTAGEN

Basa analog
 Mirip dengan basa nitrogen normal.
 Dapat masuk ke DNA yang sedang replikasi melalui DNA
polimerase.
 Memiliki sifat perpasangan basa yang abnormal →
menyebabkan terjadinya mutasi pada siklus replikasi
DNA selanjutnya.
 Contoh : 5-bromourasil (dapat berpasangan dengan
adenin atau guanin) & 2-amino-purin.

LGH 2019
 MACAM MUTAGEN

Agen alkilasi
 Mengubah basa secara kimiawi sehingga basa
akan berpasangan dengan basa tertentu yang
bukan basa komplementer normalnya.
 Contoh: EMS (ethyl methane sulfonate)
mengubah guanin menjadi 7-etilguanin yang
akan berpasangan dengan timin.

LGH 2019
 MACAM MUTAGEN

Agen interkalasi
 Merupakan molekul planar yang dapat menyisip ke
dalam susunan basa di dalam DNA heliks ganda.
 Agen ini mengubah DNA sehingga DNA polimerase
dapat menyisipkan atau melewatkan 1 atau lebih
basa pada saat replikasi → akibatnya mutasi
pergeseran kerangka-baca.
 Contoh : proflavin, akridin jingga, etidium bromida.

LGH 2019
 MACAM MUTAGEN

Radiasi Sinar UV
 Jika sinar UV diabsorpsi oleh
pirimidin yang bersebelahan
pada salah satu untai DNA →
terbentuk struktur dimer pada
untai DNA.
 Dimer mengganggu
perpasangan basa yang benar
saat replikasi.
Dimer timin (Alberts, 2008)
LGH 2019
 EFEK MUTASI

Pada organisme multiseluler

1. Hilangnya fungsi
- Merupakan akibat normal mutasi yang
menghapus aktivitas protein.
- Bersifat resesif
2. Bertambahnya fungsi
- Kurang umum
- Bersifat dominan

LGH 2019
 PERBAIKAN DNA
 DNA dapat rusak akibat berbagai macam proses,
beberapa terjadi secara spontan, sedangkan lainnya
terjadi akibat dikatalisis oleh agen tertentu.
 Beberapa kesalahan juga dapat terjadi ketika proses
replikasi DNA.
 Enzim-enzim yang berperan dalam replikasi
terkadang menyisipkan basa yang salah pada untai
yang baru disintesis.
 Sekitar 1000 mutasi terjadi setiap sel manusia
membelah.

LGH 2019
MEKANISME PERBAIKAN DNA

 Proofreading → memperbaiki kesalahan yang

terjadi ketika replikasi.
 Perbaikan eksisi → membuang basa abnormal dan
menggantinya dengan basa fungsional.
 Perbaikan mismatch → memindai DNA secara
langsung tepat ketika direplikasi dan memperbaiki
pasangan basa yang salah.
 Perbaikan langsung → memperbaiki DNA yang
rusak tanpa membuang basa atau nukleotida.

LGH 2019
3 langkah dalam proses
perbaikan DNA

DNA yang rusak harus

dikenali, dihilangkan,
diganti

LGH 2019
DNA proofreading memastikan proses replikasi DNA terjadi secara
akurat. Laju kesalahan hanya 1 dari 10.000 pb (Nelson & Cox, 2004)
 PERBAIKAN EKSISI

Eksisi basa
 Menyingkirkan basa yang rusak di sekitar pembentukan
situs AP dan mensintesis kembali menggunakan DNA
polimerase.
 Prosesnya diinisiasi oleh DNA glikosilase yang memecah
ikatan β-N-glikosida
antara basa yang
rusak dengan
komponen gula.
 Contoh: deaminasi
spontan C → U
(AP : apurinic atau apyrimidinic)
Perbaikan eksisi (Alberts, 2008)
 PERBAIKAN EKSISI

Eksisi nukleotida
 Bagian dari untai tunggal DNA yang mengandung nukleotida
yang rusak dieksisi dan diganti dengan nukleotida baru.
 Memperbaiki DNA akibat karsinogen benzopyrene (ditemukan
pada tembakau rokok, coal tar, asap pembuangan mesin
diesel), atau dimer pirimidin (T-T, T-C, atau C-C) yang
disebabkan sinar UV.
 Perbaikan pada E.coli memerlukan
kompleks multienzim ABC eksinuklease
(UvrA, UvrB, UvrC endonuklease).
 Pada manusia → eksinuklease.
 Cth: penggabungan 2 residu pirimidin.
 PERBAIKAN
MISMATCH
 Protein MutS menemukan
ketidakcocokan.
 Binding MutL dan
endonuklease MutH menggigit
untaian progeni pada urutan 3-
CTAG-5.
 MutU helicase melepaskan
oligonukleotida sobek dengan
ketidakcocokan (merah).
 Pencernaan exonuclease,
diikuti oleh perbaikan DNA
polimerase III dan DNA ligase,
menyelesaikan operasi.
 Perbaikan ketidakcocokan yang salah
telah dikaitkan dengan kanker usus
nonpolyposis herediter (HNPCC)

•• Gen
GenhMSH2
hMSH2menyandikan
menyandikananalog
analogmanusia
manusiadari
dariE.E.coli
coli
Protein
ProteinMutS
MutSyang
yangterlibat
terlibatdalam
dalamperbaikan
perbaikanmismatch.
mismatch.
•• hMLH1
hMLH1adalah
adalahanalog
analogmanusia
manusiadari
dariketidakcocokan
ketidakcocokanbakteri
bakteri
memperbaiki
memperbaikigen
genMutL.
MutL.
•• Mutasi
Mutasiakun
akunhMSH2
hMSH2untuk
untuk50-60%
50-60%dari
dariHNPCC
HNPCCkasus.
kasus.
•• Gen
GenhMLH1
hMLH1dikaitkan
dikaitkandengan
dengansebagian
sebagianbesar
besarkasus
kasuslainnya.
lainnya.
 PERBAIKAN LANGSUNG

Bekerja langsung pada nukleotida yang rusak,

mengubahnya kembali ke struktur asli.
 Nick dapat diperbaiki dengan DNA ligase jika
kerusakannya pada ikatan fosfodiester.
 PERBAIKAN LANGSUNG

Kerusakan alkilasi
 Contoh: senyawa dimetilsulfat dapat menyebabkan
metilasi guanin menjadi O-metilguanin → diperbaiki
oleh enzim metiltransferase.
 PERBAIKAN LANGSUNG

Dimer siklobutil diperbaiki oleh fotoreaktivasi

 Pada E.coli proses ini melibatkan peran enzim DNA fotoliase.
-Sel diiluminasi dengan sinar tampak.
-Enzim DNA fotoliase menyerap energi cahaya sehingga
dapat memecah ikatan kovalen pada dimer timin.
 DNA fotoliase tidak terdapat pada sel plasenta mamalia
(termasuk manusia).
 KESIMPULAN
 Mutasi → Perubahan materi genetik yang dapat diwariskan dan memunculkan
bentuk-bentuk alternatif gen apapun.
 Perubahan yang menyebabkan mutasi → kesalahan yang dibuat selama
replikasi tidak dikoreksi; kerusakan yang terjadi pada DNA yang sedang replikasi
atau tidak replikasi yang disebabkan oleh deaminasi oksidatif, radiasi atau zat
kimia.
 Jenis mutasi: salah perpasangan basa (transisi, transversi); mutasi titik (mutasi
missense, mutasi nonsense, mutasi silent); mutasi pergeseran kerangka-baca;
perubahan dalam hal struktur kromosom (delesi, duplikasi, inversi, translokasi);
perubahan dalam hal jumlah kromosom (poliploid & aneuploid).
 Mutagen → agen alam atau buatan manusia (fisik atau kimia) yang dapat
mengubah struktur atau urutan DNA
 Macam mutagen → basa analog, agen alkilasi, agen interkalasi, radiasi sinar UV.
 Mekanisme perbaikan DNA → proofreading, perbaikan eksisi (basa &
nukleotida), perbaikan mismatch, perbaikan langsung.
 DAFTAR PUSTAKA

 Alberts B, Johnson A, Lewis J, et.al. Molecular Biology of the Cell. 6th ed.
Garland Science, 2008.
 Nelson DL & Cox MM. Lehninger Principles of Biochemistry. 4th ed. Freeman
and Co.; 2004
 Stansfield WD, Colomѐ JS, Cano RJ. Schaum’s Easy Outlines – Biologi Molekuler
dan Sel. Alih bahasa: Varian Fahmi. Jakarta: Penerbit Erlangga; 2006
 Raven PH & Johnson GB. Biology. 6th ed. Boston: The McGraw-Hill Companies,
2002.
 Swanson TA, Kim SI, Glucksman MJ. Essensial Biokimia Disertai Biologi
Molekular dan Genetik, ed.5. Alih bahasa: Rudiharso W & Hartono A.
Tangerang: Binarupa Aksara; 2012.
 Toha AHA. Ensiklopedia Biokimia & Biologi Molekuler. Jakarta: EGC; 2010

TERIMA KASIH
LGH 2019
Recombination
Repair
Mechanism
Macam kerusakan yang terjadi pada DNA
1. Perubahan pada satu basa
• depurinasi
• deaminasi sitosin menjadi urasil
• deaminasi adenin menjadi hipoxantin
• alkilasi pada basa
• insersi atau delesi nukleotida
• inkorporasi analog basa
2. Perubahan pada dua basa :
• Sinar UV induksi dimer timin0timin
• cross linkage oleh bifungsionil alkylating agent
3. Pemutusan rantai:
• radiasi pengion
• desintegrasi radioaktif dari element yang menjadi tulang punggung
• oksidasi oleh radikal bebas yang terbentuk
4. Cross-linkage :
• diantara basa diantara strand yang sama atau strand lawannya
• antara DNA dan molekul protein (mis: histon)
DNA polimerase I
Fungsi:
1. Polimerisasi 5’  3’
2. Memperbaiki kesalahan (repair)
* Aktivitas eksonuklease 3’  5’
- Diaktifkan oleh ujung 3’-OH yang tidak berpasangan
* Aktivitas endonuklease 5’3’
- Memotong hingga 10 nukleotida dari ujung 5’ pada untai tunggal
- Berperan pada:
 reparasi pada mutasi akibat radiasi UV & mutagen kimia
 pemotongan primer RNA

DNA polimerase II (tanpa enzim ini, E.coli dapat tumbuh normal)

Fungsi:
1. Polimerisasi 5’  3’
2. Memperbaiki kesalahan
* Aktivitas eksonuklease 3’  5’
DNA polimerase III
Merupakan enzim untuk replikasi DNA (DNA polimerase I hanya untuk mengisi celah)

Fungsi:
1. Polimerisasi 5’  3’
2. Memperbaiki kesalahan (repair)
* Aktivitas eksonuklease 3’  5’
- Editor utama replikasi DNA  ketelitian replikasi meningkat hingga 200x
DNA polimerase pada sel eukariot :
1) Polimerase a (polimerase maxi) - berperan pada gap filling dan sintesis lagging
strand
2) Polimerase b (polimerase mini) - repair DNA
3) Polimerase g (terdapat pada mitokondria) - berperan untuk replikasi DNA
mitokondria
4) Polimerase d berperan pada leading strand
5) Polimerase e dapat pula melakukan fungsi repair terhadap kerusakan DNA
karena sinar UV dan DNA proofreading.
 Deaminasi guanin tidak mutagenik karena xantin
akan menghambat replikasi pada template
polinukleotida.
 Deaminasi adenin membentuk hipoxantin yang
berpasangan dengan C, bukan dengan T.
 Deaminasi sitosin akan membentuk urasil yang
berpasangan dengan A, bukan dengan G.