EKSTRAKSI DNA

PENGERTIAN
EKSTRAKSI DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam
langkah-langkah kerja analisis DNA.

TUJUAN UTAMA : mengisolasi asam nukleat dari suatu sel, kemudian

juga akan mempurifikasi asam nukleat tersebut yang sudah terisolasi.

PRINSIP UMUM:
1. Penghancuran (lisis)
2. Ekstraksi atau memisahkan DNA dari bahan padat seperti selulosa
dan protein.
3. Pemurnian DNA
 prosesEKSTRAKSI DNA
• Secara konvensial : menggunakan senyawa
organik
• Secara modern: menggunakan manetic deep
atau spin colom
 PERTIMBANGAN UNTUK MENENTUKAN
METODE EKSTRAKSI DNA

1. Kualitas sampel
2. Jumlah sampel
3. Biaya per sampel
4. Waktu pelaksaan
5. Kerumitan metode
6. Pengalaman
7. Otomatisasi
8. Keamanan
 JENIS SAMPEL
1. Darah (Paling umum)
2. Saliva
3. Jaringan otot,kulit,hati
4. Sum sum tulang
5. Semen
6. Rambut
7. dll
 TAHAP EKSTRAKSI DNA
1. LISIS SEL
• Buang kontaminan yang meliputi protein, RNA
dan makromolekul lainnya.
• Konsentrasikan DNA yang di purifikasi
PROSES LISIS SEL
MEMISAHKAN DNA DARI LISAT SAMPEL

Setelah sel dipecah DNA harus dipisahkan dari

protein-protein.

Metode pemisahan:
1. Ekstraksi dengan senyawa organik
2. Salting out (menggunakan konsentrasi garam
yang tinggi)
 a. Ekstraksi dengan senyawa organik
• Phenol kloroform untuk
ekstraksi DNA.
• Bila phenol dicampur dengan
lisat sel akan terbentuk 2 fase,
bagian atas fase aqueous atau
bagian DNA, sedangkan bagian
bawah fase organik atau
bagian protein terdenaturasi.
• Phenol bekerja mendenaturasi
protein dan melarutkan
protein yang telah ter
denaturasi.
 Ekstraksi DNA dengan senyawa organik
Kelebihan :
• DNA hasil Ekstraksi relative murni
• Untuk DNA yang BM besar hasilnya bagus
• Untuk DNA yang berantai ganda juga baik

Kekurangan:
• Butuh waktu yg lama
• Memerlukan banyak tabung (kontaminasi)
• Banyak mengunakan bahan berbahaya, sehingga kurang
aman.
 b. Salting out
• Biasanya menggunakan sodium chloride
• Protein yang terpresipitasi dibuang dengan
cara sentrifugasi.
• DNA tetap tertingal dalam supernatan.
 Metode pemisahan secara salting out
Prinsip dasar:
• Lisis sel
• Protein di digesti dengan proteinnase
• Proteinnya di presipitasi dengan garam
berkonsentrasi tinggi
• Dilakukan proses sentrifugasi
• Supernatant terdapat DNA
• DNA kemudian di presipitasikan dengan
penambahan etanol
 Presipitasi DNA dengan Etanol
• Presipitasi DNA Ethanol
absolut berada pada
lapisan atas larutan DNA
terkonsentrasi
• Untaian untaian DNA dapat
ditarik dengan Batang kaca
• DNA dicuci untuk
menhilangkan larutan
garam dari DNA
( menggunakan alkohol
70%)
VISUALISASI HASIL EKSTRAKSI DNA
Agarose gel elektropoesis
Agarose Gel Elektropoesis
transiluminator UV
 Prinsip dasar ekstraksi DNA Genom dari
darah dengan spin colums
1. Preparasi sampel darah
2. Lisis sel
3. DNA bindiing
4. Elusi
5. Visualisasi ( Agarose Gel Electropoesis)