1,2
Marhaen Hardjo
1
Head of Biochemistry Department, Medical Faculty of Hasanuddin University
2
Director of Stem Cell Center Hasanuddin University Hospital
DEPARTMENT OF BIOCHEMISTRYY
MEDICAL FACULTI OF
HASANUDDIN UNIVERSITY
LIVING ORGANISMS NEED ENERGY FOR:
2
PENGERTIAN METABOLISME
1. Catabolic pathways
2. Anabolic pathways
6
FASE (LINTAS) METABOLISME
10
A METABOLIC PATHWAY MUST SATISFY
MINIMALLY TWO CRITERIA
1. The reactions of the pathway must be
specific:
This criterion is accomplished by enzymes
2. The entire set of reactions must be
thermodynamically favored.
A reaction can occur spontaneously only if
G, the change in free energy, is negative.
11
AN IMPORTANT THERMODYNAMIC FACT
12
The two reactions are catalyzed by the same enzyme
13
14
15
16
17
18
►Proses katatabolisme dan anabolisme
terjadi secara bersamaan di dalam sel dan
kecepatannya diatur sendiri-sendiri.
SKEMA METABOLISME
NUTRIEN MAKROMOLEKUL
PENGHASIL SEL
ENERGI
PROTEIN, POLISAKARIDA
KARBOHIDRAT LIPID
LEMAK ASAM NUKLEAT
PROTEIN ENERGI
KIMIA
KATA- ANABO-
BOLISME ATP LISME
NADPH
PRODUK AKHIR
MOLEKUL PEMULA
YANG MISKIN
ENERGI ASAM AMINO, GULA,
CO2
ASAM LEMAK,
H2O
NH3
BASA NITROGEN
TAHAP-TAHAP LINTAS KATABOLISME
T
A SIKLUS
H ASAM
A SITRAT
P
PRODUK AKHIR
III
NH3 H2O CO2 METABOLISME
TAHAP-TAHAP LINTAS ANABOLISME
H2O
1. Biosintesis
Katabolisme 2. Kontraksi dan Mobilitaas
3. Transport aktif
4. Pemindahan informasi Genetik
O2
ADP
+
Pi
Bahan bakar
►NADPH membawa energi dalam bentuk
tenaga pereduksi.
►Cara lain untuk membawa energi kimia dari
reaksi-reaksi katabolisme menuju reaksi
anabolisme (biosintesis) yang memerlukan
energi adalah dalam bentuk atom hidrogen
atau elektron.
►Bentuk molekul pembawa atom hidrogen
dari koenzim adalah Nikotinamid Adenin
Dinukleotida Hidrogen (NADPH). Molekul ini
merupakan pembawa elektron yang kaya
energi dari reaksi katabolik menuju reaksi
anabolik yang memerlukan elektron.
Skema peran NADPH
NADP+ NADPH
30
ATP IS THE ENERGY CURRENCY IN
BIOLOGICAL SYSTEMS
ATP is an energy-rich molecule because its
triphosphate unit contains two
phosphoanhydride bonds.
A large amount of free energy is liberated
when ATP is hydrolyzed to ADP and (Pi) or
to AMP and PPi.
31
ATP IS THE ENERGY CURRENCY IN
BIOLOGICAL SYSTEMS
G '0 RT ln K ' eq
G '0
ln K ' eq
RT
G ' 0
K ' eq 10 RT
34
ATP IS AN ENERGY COUPLING AGENT:
[ B ]eq
2.67 10 2 500 1.34 105
[ A]eq
36
METABOLISME ENERGI
PENGERTIAN
►Sebagian besar aliran energi di dalam Biosfer
(lapisan hidup) berhubungan dengan daur karbon
►Organisme yang berfotosintesis menyerap energi
matahari secara langsung dan mengubahnya
menjadi bentuk energi kimia: glukosa dan
senyawa organik lainnya
►Organisme heterotrop menggunakan hasil energi
ini sebagai sumber untuk pembentukan struktur
Biomolekul dan senyawa kimia berenergi tinggi
yang diperlukan untuk segala macam kegiatan
yang memerlukan energi
PADA HAKEKATNYA:
►Energi matahari merupakan sumber kehidupan
semua organisme (jasad hidup), baik yang
berfotosintesis maupun yang heterotrop
►Energi matahari merupakan sumber awal energi
dalam sel hidup
►Aliran energi dimulai dari sinar matahari,
ditangkap oleh sel yang berfotosintesis, lalu
diubah menjadi energi kimia (ATP dan NADPH),
selanjutnya dipakai oleh sel heterotrop untuk
melangsungkan segala macam kegiatan di dalam
sel, seperti proses kontraksi, pengangkutan,
biosintesis, dan akhirnya didegradasi menjadi
bentuk energi yang tak terpakai lagi, seperti panas
yang dilepaskan ke alam lingkungan. Proses ini
disebut Metabolisme Energi
►Pertimbangan jumlah energi yang masuk ke
dalam dan ke luar dari suatu organisme
merupakan proses yang pokok dalam
sistem kehidupan. Tanpa energi yang
masuk secara kontinu dan konstan,
kehidupan akan terhenti.
ATP-ASE
ADP + Pi ATP
►ATP yang terbentuk kemudian diangkut ke setiap
bagian dalam sel yang memerlukan energi. Dalam
hal ini ATP berperan sebagai alat pengangkut
energi bebas
►Sebagian dari energi kimia yang terkandung
dalam ATP itu dipindahkan ke molekul penerima
energi yang khas
►Proses pengangkutan energi kimia lainnya di
dalam sel berlangsung dengan proses
pengangkutan elektron dengan perantaraan
enzim, dari reaksi penghasil energi (katabolisme)
ke reaksi pemakai energi (anabolisme) melalui
suatu senyawa koenzim pembawa elektron
►NAD dan NADP adalah dua koenzim yang
berperan sebagai molekul pembawa elektron
berenergi tinggi dari reaksi katabolisme ke reaksi
anabolisme
SKEMA DAUR NAD/NADH ATAU
NADP/NADPH
ZAT ZAT
(BENTUK REDUKSI) (BENTUK OKSIDASI)
KATABOLISME
O2 ADP + Pi
►Dalam hal ini, gugus fosfat ujung pada molekul
ATP dipindahkan ke molekul penerima gugus
fosfat dan secara kontinu diganti oleh gugus fosfat
lainnya selama proses katabolisme
NH3 CO2 2H
CO2 2H
2H Asetil-KoA
Oksaloasetat Sitrat
2H
Malat Isositrat
Siklus
Asam 2H
Fumarat Sitrat
-Ketoglutarat
2H
2H
Suksinat Suksinil-KoA
FADH
Dan
NADH
FADH
Dan
NADH
ADP + Pi
NADH DEHIDROGENASE
ATP
UBIKUINON
FOSPORILASI
OKSIDATIF SITOKROM-b
ADP + Pi
&
TRANSPORT
ELEKTRON SITOKROM-c1
ATP
SITOKRON-c
ADP + Pi
SITOKROM OKSIDASE
ATP
2H + ½ O2 H2O
►Rantai respirasi terdiri dari serangkaian protein
dengan gugus prostetik yg terikat kuat, dan
mampu menerima dan memberikan elektron ke
molekul anggota berikutnya, melalui urutan reaksi
yang spesifik
►Elektron yang masuk ke dalam rantai transport
elektron kaya akan energi, tetapi pada saat
elektron tersebut melewati rantai menuju oksigen,
secara bertahap, elektron tersebut kehilangan
kandungan energi bebasnya.
►Banyak dari energi bebas tersebut disimpan
dalam molekul ATP
►Transport elektron dan fosforilasi oksidatif
terjadi pada membran mitokondria
►Reaksi pemindahan elektron merupakan
reaksi oksidasi reduksi
►Reaksi oksidasi-reduksi adalah reaksi kimia
yang melibatkan pemindahan elektron dari
satu molekul ke molekul lain
►Molekul pemberi elektron pada reaksi redok
disebut pereduksi (reduktor), molekul
penerima elektron disebut pengoksidasi
(oksidator)
►Senyawa pereduksi dan pengoksidasi
berfungsi sebagai pasangan reduktor-
oksidator (pasangan redok)
►Reaksi secara umum:
Pemberi elektron ê + penerima elektron
Reduktor ê + oksidator
Fe2+ ê + Fe3+
THE STRUCTURAL BASIS OF THE HIGH
PHOSPHORYL TRANSFER POTENTIAL OF
ATP
1. Resonance stabilization:
ADP and, particularly, Pi, have greater resonance stabilization
than does ATP.
2. Electrostatic repulsion:
At pH 7, the triphosphate unit of ATP carries about four
negative charges in close proximity.
The repulsion between them is reduced when ATP is
hydrolyzed.
3. Stabilization due to hydration:
Water can bind more effectively to ADP and Pi than it can to
the phosphoanhydride part of ATP, stabilizing the ADP and Pi
by hydration.
68
PHOSPHORYL TRANSFER POTENTIAL
69
PHOSPHORYL TRANSFER POTENTIAL
70
71
FOSFORILASI OKSIDATIF
suksinil KoA -
b). 6 NADH terbentuk pada oksidasi 2
molekul dari isositrat, -ketoglutarat, -
dan malat
Urutan reaksi ATP yang
dihasilkan
D. Reaksi fosforilasi oksidatif (dalam
Mitokondria)
a). 2 NADH terbentuk pada glikolisis:
masing-masingnya menghasilkan 2 ATP +4
b). 2 NADH terbentuk pada dekarboksilasi
oksidatif piruvat: masing-masing menghasilkan 3 +6
ATP
c). 2 FADH2 terbentuk dalam siklus asam +4
sitrat: masing-masing menghasilkan 2 ATP
d). 6 NADH terbentuk dalam siklus asam +18
sitrat: masing-masingnya menghasilkan 3 ATP
TOTAL ATP PER GLUKOSA +36
(Lubert Stryer, 1981: 325)
BESAR ENERGI YANG DIHASILKAN GLUKOSA
►Oksidasi sempurna glukosa menghasilkan
36 ATP
Reaksi total:
Glukosa + 36 ADP + 36 Pi + 36 H+ + 6O2
6 CO2 + 42 H2O + 36 ATP
►Perbandingan atom P:O adalah 1:3 karena
36 ATP terbentuk dari 12 atom O yang
bereaksi
►Kebanyakan ATP (32 dari 36 ATP)
dihasilkan dari reaksi fosforilasi oksidatif
►Efisiensi pembentukan ATP dari glukosa cukup
tinggi. Pada kondisi standar, oksidasi glukosa
menghasilkan 686 kkal
Glukosa + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O
G° = -686 kkal
►Energi bebas yang tersimpan dalam 36 ATP
adalah 263 kkal karena G° untuk hidrolisis ATP
adalah -7,3 kkal
ATP HIDROLISIS ADP + Pi G° = -7,3 kkal
►Karena itu, efisiensi termodinamik pembentukan
ATP dari glukosa adalah:
263 x 100 % = 38 % (Kondisi standar)
686
SOURCES OF ATP DURING EXERCISE
81
ATP-ADP CYCLE
Only 100g of ATP in the body, turnover is
very high.
This amount must be constantly recycled
every day. The ultimate source of energy
for constructing ATP is food; ATP is
simply the carrier and regulation-storage
unit of energy. The average daily intake of
2,500 food calories translates into a
turnover of a 180 kg of ATP
Resting human consumes 40 kg of ATP in
24 hours.
Strenuous exertion: 0.5 kg / minute.
2hr run: 60kg utilized
82
CARBON FUELS- AN IMPORTANT SOURCE OF
CELLULAR ENERGY
The more reduced a carbon is, the more energy
its oxidation will give.
83
Fats are a more efficient fuel source than
carbohydrates such as glucose due to the fact
that carbon in fats is more reduced.
Energy derived from carbon oxidation is used in:
creating a high phosphoryl transfer potential
compound
creating an ion gradient.
In both cases, the end point is the formation of ATP.
84
THE COMPLEXITY OF METABOLISM IS
SIMPLIFIED BY UNIFYING THEMES
The use of activated carriers
is a recurring motif in
biochemistry:
- We’ve seen that phosphoryl
transfer can be used to drive
otherwise endergonic reactions,
- alter the energy of conformation
of a protein,
- or serve as a signal to alter the
activity of a protein. The
phosphoryl-group donor in all of
these reactions is ATP. So ATP is
an activated carrier of phosphoryl
groups because it is an exergonic
process.
85
1. ACTIVATED ELECTRONS CARRIERS FOR
FUEL OXIDATION.
87
Flavin Adenine Dinucleotide
FAD/FADH2
88
FAD, like NAD+, can accept
two electrons. In doing so,
FAD, unlike NAD+, takes up
two protons.
89
2. AN ACTIVATED CARRIER OF ELECTRONS
FOR REDUCTIVE BIOSYNTHESIS
90
3. AN ACTIVATED CARRIER OF TWO-CARBON
FRAGMENTS.
Coenzyme A, another central molecule in
metabolism, is a carrier of acyl groups
The terminal sulfhydryl group in CoA is the
reactive site.
Acyl groups are linked to CoA by thioester
bonds. The resulting derivative is called an
acyl CoA.
91
An acyl group often linked to CoA is the
acetyl unit:
92
ACTIVATED CARRIERS
94
KEY REACTIONS ARE REOCCURRING
THROUGHOUT METABOLISM
Types of chemical reactions in metabolism:
95
1. OXIDATION-REDUCTION REACTIONS
Oxidation: Reduction:
Loss of electrons Gain of electrons
Loss of hydrogen Gain of hydrogen
Gain of oxygen Loss of oxygen
96
2. LIGATION REACTIONS
97
3. ISOMERIZATION REACTIONS
98
4. GROUP-TRANSFER REACTIONS
99
5. HYDROLYTIC REACTIONS
100
6. THE ADDITION OF FUNCTIONAL GROUPS
TO DOUBLE BONDS OR THE REMOVAL OF
GROUPS FORM DOUBLE BONDS
101
102
IMPORTANT GENERAL PRINCIPLE OF
METABOLISM
Biosynthetic and degradative pathways are
almost always distinct.
It facilitates the control of metabolism.
Metabolic regulation and flexibility are
enhanced by compartmentalization:
For example, fatty acid oxidation takes place in
mitochondria, whereas fatty acid synthesis takes
place in the cytosol
103
METABOLIC PROCESSES ARE
REGULATED IN THREE PRINCIPAL
WAYS
1. The amounts of enzymes
2. Their catalytic activities
3. The accessibility of substrates
104
1. THE AMOUNTS OF ENZYMES
105
2. THEIR CATALYTIC ACTIVITIES:
106
3. THE ACCESSIBILITY OF
SUBSTRATES
Controlling the flux of substrate
Transfer of substrate from one
compartment of the cell to the other.
107