LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

(Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah: Bioteknologi)

DISUSUN OLEH :
BREMA ALOY HAGANTA SITEPU (201959013)
PASKALINA CLARA INDEN (201959003)

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN (FKIP)

UNIVERSITAS PAPUA
TAHUN AJARAN 2020/2021
 PRAKTIKUM I
FERMENTASI YOGHURT
Tujuan:
Mengenal proses pembuatan Yoghurt dan memandingkan produk Yoghurt dengan produk komersial.
A. CARA KERJA
1. Cairan susu dipanaskan secara perlahan di atas kompor selama 30 menit, tetapi jangan sampai mendidih.
2. Dilakukan pengadukkan dengan sendok untuk menjaga cairan susu bagian bawah tidak terlalu terpapar panas.
3. Cairan susu ditutup menggunakan plastic wrap/penutup wadah, kemudian didinginkan di suhu ruang atau
direndam dalam Loyang yang berisi asir agar cepat dingin.
4. Cairan susu yang sudah dingin kemudian dituang ke dalam wadah dan diberi starter/ yohgurt kemasan berupa
plain yogurt sebanyak 2% (±3—4 sendok makan per liter). Jika yoghurt kemasan yang tersimpan di kulkas
sebelum digunakan, dibiarkan samapai suhu mencapai suhu ruangan, setelah itu dapat dicampurkan dengan susu
cair.
5. Cairan susu yang sudah diberi starter bakteri/yoghurt kemasan kemudian ditutup dengan plastic wrap dengan
kuat atau dengan penutup wadah, dan dibungkus lagi dengan kain bersih atau serbet agar menjaga suhu
permukaan wadah hangat, kemudian di simpan di tempat yang hangat di dalam rumah.
6. Dilakukan pengamatan hasil fermentasi pada waktu inkubasi 24 jam dengan produk komersial: a. Uji
organoleptik (aroma, rasa, tekstur dan warna).
Pembahasan:
Dalam proses pembuatan fermentasi yoghurt yaitu Pembuatan starter bertujuan untuk mendapatkan
mikroba pelaku fermentasi yang memiliki produktifitas tinggi. Mikroba yang akan digunakan untuk produksi
yoghurt ditumbuhkan terlebih dahulu pada media yang tepat. Selama waktu inkubasi, diharapkan mikroba
melewati fase adaptasi sehingga pada saat produksi sedang berada pada fase logaritmik atau fase exponensial.
Pada fase ini mikroba memiliki aktifitas produksi yang maksimum sehingga diharapkan proses fermentasi saat
produksi berlangsung singkat dengan massa produk hasil fermentasi yang banyak/melimpah.
Pembuatan starter diawali dengan pemanasan susu segar pada suhu 85-90°C. Suhu pemanasan ini
merupakan suhu pasteurisasi sehingga diharapkan mikroba yang tidak diinginkan dalam fermentasi (patogen)
dapat mati sedangkan mikroba yang diinginkan dipertahankan. Selain itu pemansan yang terlalu tinggi tentu
akan merusak sebagian besar zat gizi alami dalam susu yang merupakan nutrisi bagi bakteri.
Setelah dingin, mencapai suhu 45°C inokulum ditambahkan. Fungsi pendinginan adalah untuk asidifikasi
yaitu untuk menjaga kadar asam yang diberikan  tidak terlalu tinggi. Inokulum yang digunakan
yaitu Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus thermophilus. Penggunaan dua kultur campuran ini
dikarenakan penggunaan keduanya dalam kultur starter yogurt secara bersama sama terbukti telah bersimbiosis
dan meningkatkan efisiensi kerja kedua bakteri tersebut.
L bulgaricus, yang umum digunakan sebagai starter yoghurt bersama dengan St. thermophillus adalah
spesies homofermentatif, menghasilkan sekitar 2% berat asam laktat per volume susu. Temperatur optimum
pada 42 °C dan tetap hidup dan tumbuh pada 45 °C atau lebih, dapat memfermentasi heksosa untuk
menghasilkan asam laktat dan tidak dapat memfermentasi pentosa.  Spesies ini tidak menyukai lingkungan
dengan kadar garam rendah.
Sedangkan S. thermophillus memiliki ciri-ciri merupakan bakteri gram positif, diameter 0,7 – 0,9 μm dan
umumnya berpasangan atau membentuk rantai panjang, bersifat fakultatif anaerob, dapat memfermentasi
fruktosa, manosa, laktosa tetapi tidak dapat memfermentasi galaktosa dan sukrosa. Pada akhir perlakuan,
wadah ditutup dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 30 °C karena diharapkan pada suhu ini bakteri hanya
mendegradasi gula susu menjadi asam laktat. Fungsi diinkubasi adalah untuk memberikan lingkungan hidup
yang sesuai bagi pertumbuhan mikroba, sehingga mikroba dapat tumbuh optimal.
Kesimpulan:
1. Pembuatan starter diawali dengan pemanasan susu segar pada suhu 85-90°C.
2. Setelah dingin, mencapai suhu 45°C inokulum ditambahkan.
3. Pada akhir perlakuan, wadah ditutup dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 30 °C
Daftar Pustaka
 http://materi-kuliah-13.blogspot.com/2015/11/laporan-kelompok-acara-pembuatan.html
 https://classroom.google.com/c/MjYxODU4NjgwNjky
 PRAKTIKUM II
BIOREAKTOR TERTUTUP
Tujuan:
adalah sebuah peralatan atau sistem yang mampu menyediakan sebuah lingkungan biologis yang dapat
menunjang terjadinya reaksi biokimia dari bahan mentah menjadi bahan yang dikehendaki
A. Cara kerja:
1. 2 Botol dan penutup botol dicuci bersih, di basuh dengan air hangat.
2. 2 Tutup botol dilubangi sebesar selang plastik, kemudian masukan selang plastik usahakan tidak ada
lubang/celah.
3. Semua bahan di campur jadi satu, kemudian masukan ke dalam 1 botol
4. Sedangkan botol yang satunya dibiarkan kosong.
5. Kedua botol ditutup dgn penutup botol yang diberi selang untuk menghubungkan botol yang satu
dengan botol yang lainnya.
6. Amati perubahan yang terjadi selama 1 minggu.
7. Amati adakah cairan yang mengalir ke botol yang kosong.
C. Hasil Pengamatan Bioreaktor Tertutup

Adakah cairan di botol Aroma yg berisi larutan Rasa dari larutan

kosong gula + nanas tersebut
Ada sedikit di samping- Seperti bau tape Rasa tape yang begitu
samping botol kosong kuat di tenggorakan

Pembahasan:
Pada praktikum kali ini tujuan yang hendak dicapai , yaitu pembuatan wine. Bahan baku yang digunakan
untuk pembuatan wine ini adalah buah nanas. Kemudian proses frementasi yang digunakan adalah proses
fermentasi secara anaerob.
Hal yang harus diperhatikan selama proses pembentukan wine antara lain kadar gula sebelum proses
fermentasi , kadar gula serta kadar alkohol selama dan setelah proses fermentasi berlangsung. Mikroba yang
digunakan untuk proses fremnetasi ini, yaitu Saccaromyces Sereviciae.
Nanas yang digunakan untuk proses fermentasi ini merupakan sari nanas yang dikontrol kadar gulanya.
Kadar gula yang ingin dicapai sebesar 6,8 °Brix .Untuk mengontrol kadar gula tersebut dilakukan dengan
penambahan gula hingga mencapai nilai brix yang dibutuhkan.
Proses yang dibutuhkan sebelum penanaman bakteri, yaitu proses pasteurisasi dengan tujuan untuk
membunuh bakteri patogen yang terdapat dalam sari nanas yang dapat menganggu berlangsungnya proses
fermentasi.
Untuk proses fermentasi dilakukan penanaman mikroba secara bertahap, yaitu dengan pembuatan starter
terlebih dahulu . Proses fermentasi secara anaerob dilakukan dengan menggunakan erlenmeyer dengan leher
angka yang telah diisi dengan larutan H2SO4 terlebih dahulu. Larutan Asam Sulfat ini bertujuan agar tidak ada
udara yang masuk serta mencegah mikroba atau benda lainnya masuk ke dalam erlenmeyer.
 Pengujian terhadap wine terbentuk dilakukan selama proses fermentasi berlangsung untuk
menganalisis nilai brix serta lakohol dan terakhir dilakukan uji organicleptic untuk mengetahui
rasanya.
Berdasarkan hasil pengujian diperoleh hasil bahwa kadar gula selama proses fermentasi
mengalami penurunan begitu juga pada kadar alkohol. Kadar gula yang terus menurun menunjukkan
bahwa terjadi proses perubahan atau reaksi perombakan gula menjadi alkohol. Namun hasil
pengukuran pada alkohol menunjukkan ketidaksesuaian dengan teori, dimana kadar alkohol akan
semakin meningkat seiring dengan lamanya proses fermentasi.
Hal tersebut dapat terjadi karena beberapa faktor, antara lain . Proses perombakan gula tidak
terkonversi dengan baik menjadi alkohol dikarenakan terdapat kontaminasi oleh senyawa lain. Selain
itu, dapat dipengaruhi oleh kondisi operasi yang tidak sesuai seperti temperatur yang terlalu tinggi
ketika proses pasteurisasi, kinerja mikroba selama proses fermentasi berkurang.
Pengujian organoleptic dilakukan untuk mengetahui rasa wine yang dihasilkan untuk
membandingkan dengan wine pada umumnya. Rasa wine yang diperoleh cukup pekat ditenggorokan
serta rasanya tidak begitu manis tetapi aroma yang dihasilkan seperti aroma tape.
Kesimpulan
1. Penerapan proses pembentukan wine dengan bantuan mikroba jenis khamir di agroindustri
telah dilakukan karena prosesnya yang cukup efisien apabila ditinjau dari segi ekonomis
dalam skala industri.
2. Wine yang dihasilkan dari sari buah nanas dengan menggunakan mikroba Saccharomyces
cerevisiae memiliki karakteristik fisik bentuk liquid dengan warna kuning kecoklatan serta
dari hasil organoleptic memiliki rasa yang cukup kuat ditenggorokan serta bau yang
menyerupai bau tape.
3. Hasil pengamatan selama proses fermentasi menunjukkan bahwa kadar alkohol mengalami
penurunan selama proses fermentasi begitu juga dengan kadar gula/nilai brix.
Daftar Pustaka
https://id.scribd.com/document/395733666/333409972-Laporan-Praktikum-Wine-Fix-1-docx
https://classroom.google.com/c/MjYxODU4NjgwNjky
 PRAKTIKUM III
BIOINFORMATIKA
Tujuan
Melalui praktikum ini mahasiswa diharapkan dapat:
1. Memperoleh data molekular dari web NCBI
2. Membuat pohon filogenetikberdasarkan data molekular mengg.softwere MEGA
10/MEGA X dan CRUSTAL X.

Alat dan Bahan

1. Alat: Laptop/komputer, Software Crustal X, software MEGA 10 dan Web NCBI.

.
A. Cara Kerja
1. Preparasi sequence
 Sequence 16S rDNA dapat diunduh dari database internasional (Ex: GenBank)
 LANJUTAN
 Panjang sequence setara (±1500 bp)
 LANJUTAN
 Data berupa text file di copy dan disimpan dalam text file, gunakan notepad
Start → All program → Accessories → Notepad
 Berikan tanda fasta format (>) di depan nama sequence, nama tidak lebih dari
10 karakter, dipisahkan dengan spasi.
 Buka contoh file
 LANJUTAN
2. Aligment sequence
 Mengatur sequence agar daerah homologi berada pada posisi yang sesuai.
 Buka Clustal X, File, Load Sequence (cari file text yang diinginkan)
 LANJUTAN
 Tentukan Output file:
Alignment, Output Format Option, Centang pada kolom Clustal, GDE, dan Phylip, OK

 Do Complete Aligment, Tentukan lokasi output, OK

 LANJUTAN
3. Rekonstruksi phylogeny tree dengan MEGA X (Tamura et al., 2011)
 Buka file .aln lalu ubah ke .meg
 Jalankan MEGA X, Align, Edit/Build Align, Retrieve Sequences from a file,
pilih format .aln, ENTER
 Data, Export Alignment, MEGA format, pilih lokasi yang diinginkan, tutup
layar MEGA X, Alignment explorer
 Kembali ke layar utama, lalu buka file .meg yang dihasilkan sebelumnya:
 File, Open a file/Session, pilih file
 Muncul TA, klik pada simbol TA
 Kembali pada layar utama MEGA, pilih menu Phylogeny, Contruct/ Test
Neighbor joining Tree
 Lakukan pengaturan yang diperlukan, pilih bootstrap 1000, klik compute
 Pohon yang muncul dapat disimpan melalui menu File.
 Kalo beda dgn jurnal liht allogaritma, subtitusi (kimura dll)
 Kenapa pake philip krna banyak program berbayar.
 61/1446 ada 61 nukleotida yg temukan berbeda
 LANJUTAN
 LANJUTAN

4. Pengaturan Rekonstruksi pohon dengan MEGA X

 LANJUTAN

5. Pohon Hasil Rekonstruksi dengan MEGA X

B. HASIL DAN PEMBAHASAN
1. Hasil
2. Pembahasan
 Apa itu bioinformatika
Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari
penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis
informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-
metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-
masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam
amino serta informasi yang berkaitan dengannya. 
 Apa itu NCBI
National Center for Biotechnology Information adalah bagian dari United States
National Library of Medicine, sebuah cabang dari National Institutes of Health.
NCBI terletak di Bethesda,
 Fungsi Aplikasi Clustal X dan Mega X
Fungsi aplikasi Clustal X untuk penyelarasan urutan ganda
Fungsi aplikasi Mega X untuk mensejajarkan sekuens
 Mengapa sequence DNA harus Di Alignment?
Sequence alignment digunakan untuk mempelajari evolusi sekuen-sekuen dari
leluhur yang sama (common ancestor).
 LANJUTAN

 Apa itu/perbedaan dari Test Maximum Likelihood Tree dan Test Neighbor-
Joining Tree?
Dalam metode ini, pohon awal pertama kali dibangun menggunakan metode yang
cepat tetapi kurang optimal seperti Neighbor-Joining, dan panjang cabangnya
disesuaikan untuk memaksimalkan kemungkinan kumpulan data untuk topologi
pohon tersebut di bawah model evolusi yang diinginkan. Kemudian varian topologi
tersebut dibuat menggunakan metode NNI (Nearest Neighbor Interchange) untuk
mencari topologi yang lebih sesuai dengan datanya. Panjang cabang Kemungkinan
Maksimum dihitung untuk topologi pohon varian ini dan kemungkinan terbesar
dipertahankan sebagai pilihan terbaik sejauh ini.
KESIMPULAN
Pentingnya pemahaman bagaimana mengggunakan analisis filogenetika khususnya
filogentika molekuler yang berasal dari data nukleotida atau asam amino sangat
berperanan dalam pembuatan pohon filogenetik terbaik dan dapat dipercaya.
Metode filogenetika yang telah dibahas dalam makalah ini digunakan untuk tipe
analisis yang berbeda. Nilai bootstrap merupakan untuk menguji seberapa baik set
data model yang kita gunakan. Jika nilai bootstrap rendah maka sekuen seharusnya
dikeluarkan dari analisis untuk mendapatkan sebuah pohon filogenetika yang dapat
dipercaya.
 
DAFTAR PUSTAKA
https://drive.google.com/file/d/124A1W7JKnb-67JP-D1IylcS5GbQYooyn/view
https://www.academia.edu/37570872/
Tutorial_Multiple_Alignment_Sequences_Msa_Menggunakan_Muscle_MEGA_X_
Clustal_W_Bioedit_Dan_Clustal_X
https://www.megasoftware.net/web_help_7/hc_maximum_likelihood_ml_.htm
https://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika
https://id.wikipedia.org/wiki/National_Center_for_Biotechnology_Information
SEKIAN DAN TERIMAKSIH