Cabaran pembelajaran sains ialah memahami konsep sains.

Masalah menghadapi konsep sains merupakan salah satu halangan yang sering dihadapi semasa perlaksanaan pengajaran subjek sains. Masalah memahami konsep sains bergantung kepada beberapa faktor seperti masalah tahap kecerdikan pelajar, saiz fizikal kelas dan juga interaksi antara guru dan murid. Dengan perlaksanaan pengajaran dan pembelajaran sains dan matematik dalam bahasa Inggeris (PPSMI), penguasaan konsep sains adalah lebih sukar dicapai bagi pelajar yang lemah dalam bahasa Inggeris. Pelajar-pelajar ini tidak dapat memahami penjelasan guru yang disampaikan dalam bahasa Inggeris. Ini menyebabkan pelajarpelajar hilang minat terhadap mata pelajaran sains.

Guru-guru ini tidak dapat mencapai tahap yang memuaskan bagi mengajar dalam bahasa Inggeris serta mengaplikasi teknologi bagi mengajar dalam pengajarannya walaupun kursus-kursus yang berkaitan telah disediakan. Ini adalah satu cabaran yang amat besar kepada guru-guru yang sekian lama mengajar dalam bahasa Melayu dan kemudian terpaksa mengajar dalam bahasa Inggeris. Terdapat segelintir guru yang tidak dapat menguasai sebutan bahasa Inggeris yang tepat serta penggunaan perkataan dan tatabahasa yang penuh dengan kesilapan.

Pelajar yang banyak menimbulkan masalah disiplin dalam kelas ialah pelajar yang tidak faham apa yang dipelajari semasa dalam kelas. Apabila berada di dalam kelas dan tidak dapat memahami apa yang diajar oleh guru, maka mulalah mereka akan merasa bosan dan tertekan. Kerana itu perasaan mereka mula memberontak dan akhirnya mereka mudah terjerumus dengan masalah disiplin. Sebelum PPSMI dilaksanakan hanya segelintir pelajar-pelajar yang tidak faham P&P dalam kelas yang menimbulkan masalah disiplin. Ini tidaklah menimbulkan masalah besar kepada guru-guru di sekolah berkenaan. Disebaliknya apabila PPSMI dilaksanakan, bilangan pelajar yang tidak faham dalam bilik darjah telah

meningkat dengan ketara sekali. Secara tidak langsung bilangan pelajar yang menimbulkan masalah disiplin dalam kelas akan meningkat dengan mendadak sekali.