Rangkuman #1 Pengenalan-Enzim sebagai Katalis Biologis

Mia Sari Setiawan

Teknologi Bioproses Universitas Indonesia 2012

Penemuan Enzim

Pra Penemuan yang menunjang

1783 Penemuan aktivitas sel bebas dari pencernaan daging oleh jus gastrik dari elang.

Lazzaro Spallanzani

1814 Konversi pati menjadi gula dari komponen gandum (glutinous)

Gustav Robert Kirchoff

Penemuan Enzim

Pra Penemuan yang menunjang

1830 Hidrolisis amygdalin oleh bitter almonds.

Robiquet

1831 deskripsi kegiatan diastesi oleh ptialin dari ludah

Penemuan Enzim
Penemuan enzim pertama Payon dan Persoz 1833, penemuan hidrolisis pati oleh ekstraksi malt dengan etanol dan dipresipitasi dengan bahan labil panas. Fraksi ini kemudian disebut diastase (artinya pemisahan).

Penemuan Enzim
Pasca
1834 Schwann menemukan pepsin dan pada 1836 mengekstrak cairan asam dari dinding perut. (mengindikasikan kegiatan katalisis)
Theodor Schwann

Konsep Dasar Katalisis

1835-1837 Berzelius mengungkapkan bahwa aksi ini mempengaruhi dan memacu reaktivitas dan affinitas dari suatu badan kompleks dan mengubah aransemen badan kompleks tersebut.

Jons Jacob Berzelius

Perkembangan Teori Enzim

Pada fermentasi, katalisis disebabkan makhluk hidup.
Fermentasi merupakan proses perubahan kimia sebagai bagian dari proses hidup suatu mikroorganisme. Aksi ini disebut ferment

Perkembangan Teori Enzim

Teori Kimia Fermentasi

Stahl dan Liebig

Ferment terorganisme
Yang terdapat pada permukaan yeast dan bakteri asam laktat.

Ferment non-organisme
Contoh: diastase dan pepsin (tidak berhubungan dengan organisme).

Perkembangan Teori Enzim

Ferment adalah substansi kimia yang dihasilkan oleh dekomposer. Dimana, atom-atomnya terus bergerak dan merubah posisinya. Ferment dan molekul mengikat lemah, memecah suatu molekul menjadi molekulmolekul yang berikatan kuat.

Pembuktian Teori Enzim

Memaserasi yeast dan mendapatkan fraksi alkohol presipitan yang dapat mengkonversi gula. Kesimpulan : katalis atau zat invertase ini terdapat di dalam yeast. 1987 Mengekstrak jus bebas sel dari yeast dengan tujuan terapeutik dengan mengkulturkan yeast ini dalam sukrosa. Hasilnya terbentuk etanol dan CO2. 1987 mengamati bahwa beberapa enzim membutuhkan faktor dialisabel yang disebut kofaktor.

Penamaan Enzim
1878 mengusulkan nama enzyme (yang artinya di dalam yeast) untuk kedua jenis ferment (terorganisme dan nonorganisme).

1898 menambahkan akhiran ase pada penamaan enzim.

Perkembangan Matematis
Henri and Brown (1902) Menyarankan bahwa enzim-substrat adalah obligat intermediet dalam reaksi katalisis. Hal ini berdasarkan hubungan antara kecepatan reaksi dan konsentrasi substrat berkonsep teori lock-and-key (Emil Fischer, 1984).

Konsep lock-and-key enzim

Perkembangan Matematis
Michaelis-Menten (1913) Mengembangkan dari persamaan sederhana Henri, menghasilkan persamaan Henri-Michaelis-Menten yang berdasarkan kesetimbangan kimia sederhana. Briggs dan Haldane (1925) Memperkenalkan konsep kondisi tunak.

Perdebatan Asal Enzim

Hingga akhir 1920
Tidak setuju bahwa enzim adalah protein. (meski pada tahun 1877, Traube mensugesti bahwa segala kegiatan metabolik dikatalisis oleh substansi sejenis protein)

Sumner (1926)
Mengkristalkan enzim urease (argumentasi menyatakan bahwa enzim tsb adalah zat asing yang teradsorpsi ke dalam kristal protein).

Northrop dan co-workers (1930)

Mengkristalisasi pepsin, tripsin, dan chimotripsin dan mendemonstrasikan bahwa kristal protein tersebut murni adalah enzim.

Aplikasi Enzim
Membentuk bidang biologi molekuler bersama dengan genetika dan biokimia. 1943, sekitar 25 enzim dikristalisasi.
1955, Sanger mensekuens rangkaian asam amino dari insulin. 1960, sekuensi dari enzim pertama (ribonuklease). 1969, sintesis enzim ribonuklease. 1957, Kendrew mendeduksi struktur 3 dimensi dari Myogoblin dari studi difraksi sinar-X.

Perkembangan Matematis
Pertengahan 1950-Awal 1960
Analisis digunakan untuk reaksi lebih dari 1 reaktan.
Dalziel, Alberty, Hearon, dkk. merumuskan konsep kondisi tunak, namun terlalu kompleks dan notasinya tidak familiar (Km, Ki, dan Vmax). Pada 1963, Cleland membuat sebuah prosedur penulisan persamaan kinetik kondisi tunak untuk multireaktan dengan notasi yang baik dan seragam. 1965, Monod, Wyman, dan Changeux membuat model kinetik enzim allosterik (menunjukkan grafik sigmoidal). 1966, Koshland, Nemethy, dan Filmer membuat model alternatif menurut konsep enzim induced-fit oleh Koshland (1959).

Enzim sebagai Katalis

Reaksi dalam metabolisme berlangsung sama dengan kombinasi antara reaksi endergonik dan eksergonik. Misalkan digambarkan dengan reaksi sbb. A-B A+B+energi G negatif (eksergonik) E+F+energi E-F G positif (endergonik)
Dimana, reaksi eksergonik = katabolisme dan endergonik = anabolisme Kedua reaksi ini saling melengkapi untuk melaksanakan fungsinya di lokasi tertentu.

Enzim sebagai Katalis

Reaksinya dapat dituliskan sbb. E+F A-B A+B E-F

Energi untuk membentuk ikatan E-F berasal Dari energi pemutusan ikatan A-B

Enzim sebagai Katalis

1. Menurunkan energi aktivasi
G negatif reaktan tidak stabil secara termodinamik. Secara kinetik, cukup stabil. BUTUH ENERGI AKTIVASI!! Enzim menurunkan energi aktivasi

Energi aktivasi

Enzim sebagai Katalis

1. Menurunkan energi aktivasi
Batas energi minimum dimana ikatan substrat terdistorsi.

Energi aktivasi tanpa katalis

Laju reaksi tergantung kepada banyaknya molekul yang mencapai kondisi transisi per satuan waktu

Enzim sebagai Katalis

1. Menurunkan energi aktivasi
Selain dibantu enzim, energi aktivasi dapat dicapai dengan menaikkan temperatur. Masalahnya, sel hidup hanya mampu berada pada temperatur rendah (0-1000C). Oleh karena itu, BUTUH ENZIM!!

Enzim sebagai Katalis

2. Tidak terdapat dalam reaksi keseluruhan
Reaksi dengan enzim dapat disingkat dalam beberapa tahap reaksi sbb. (misalkan enzim untuk reaksi 1 & 2 X & Y) A-B + X A~X + B A~X + Y A + X~Y X~Y + E E~X + Y E~X + F E~F + X Sum A-B + E+ F E-F + A + B (sama dengan reaksi pada slide 19) Jadi, enzim tidak ikut terkonsumsi.

Enzim sebagai Katalis

3. Tidak mengubah konstanta kesetimbangan reaksi k1
Misalkan reaksi S P
k-1

dengan kecepatan reaksi sama untuk kedua arah reaksi, maka:

= 1

= = 1

Memberikan nilai Keq= [P]eq/[S]eq = k1/k-1

Enzim akan memberikan kenaikan yang sama baik pada k1 maupun k-1.

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

Reaksi katalitik dituliskan Reaksi katalitiknya
S + E ES E + P Pembentukan kompleks ES disebabkan karena 1. Spesifitas enzim yang tinggi (Fischer, 1894). 2. Bentuk kurva kecepatan vs konsentrasi (Brown, 1902; Henri, 1902). 3. Fakta bahwa substrat melindungi enzim dari inaktivasi (OSullivan dan Tompson, 1890).

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

1. Spesifitas Enzim (Lock-and-Key Theory) Reaksi katalitiknya

Konsep lock-and-key

Jadi, pada enzim terdapat suatu bagian (yang disebut active site) Yang berkomplementer secara bentuk, ukuran, dan sifat kimia terhadap molekul substrat.

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

Reaksi katalitiknya
Tidak perlu berbentuk kantong atau berlubang. Sisi aktif bersifat spesifik dan memiliki susunan rangka dengan rangkaian asam amino yang tepat.

Enzim dan substrat

Mengikat substrat dgn berat molekul kecil atau sebagian kecil substrat.

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

Reaksi katalitiknya
Sisi aktif hanya yg mengikat substrat, rantai lain berfungsi menyokong strukturnya yang kompleks dengan ikatan antar asam amino.

Pengikatan antara enzim dan substrat

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

Penempelan pada Tiga Lokasi Reaksi katalitiknya
Kespesifikan kerja enzim lebih dari sekedar lock and key kepada substrat, namun terdapat titik pengikatan untuk enzim dan struktur tertentu. Contohnya pada enzim alkohol dehidrogenase. H | CH3 C O H + NAD+ CH3CHO + NADH + H+ | H

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

Penempelan pada Tiga Lokasi Reaksi katalitiknya
Enzim tersebut akan mentransfer gugus metilen hidrogen kepada NAD+ dan sebaliknya.

3 titik etanol akan berikatan dengan enzim, yaitu Gugus metil H pasti berikatan dengan NAD+ Gugus hidroksil | CH3 C O H + NAD+ CH3CHO + NADH + H+ Hidrogen
| H

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

1. Fleksibilitas Konsep Induced-Fit Reaksi katalitiknya
Melengkapi teori lock-and-key, dimana substrat yang berkomposisi kurang tidak mampu mengikat enzim. Oleh Koshland, dicetuskan teori induced-fit. Teori ini menyatakan bahwa substrat menimbulkan perubahan pada enzim yang merubah susunannya menjadi mampu mengikat substrat.

Aktif Site Enzim Aktif Site Enzim

1. Fleksibilitas Konsep Induced-Fit Reaksi katalitiknya
Bukti yang mendukung hipotesis induced-fit. 1. 2.
Substrat menginduksi perubahan pada reaktivitas kimiawi gugus R tertentu pada enzim. Substrat menginduksi perubahan sifat absorbansi pada gugus R tertentu.

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

SUHU

o Suhu optimum berkisar di suhu normal

sel organisme tersebut. o Kenaikan suhu 100C akan meningkatkan aktivitas enzim hingga 2x, dan sebaliknya. o Kenaikan suhu dalam batas tidak wajar akan menyebabkan perubahan struktur enzim (denaturasi) dan tidak bisa mengkatalis.

Tumbukan antar molekul

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

PH
o Enzim akan nonaktif dalam pH ekstrim, tergantung fungsi kerjanya pula. (misalnya kondisi asam untuk enzim di dalam lambung). o Jumlah muatan positif dan negatif dan bentuk permukaan enzim ditentukan oleh nilai pH.

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

Konsentrasi Enzim, Substrat, dan Kofaktor

o Konsentrasi enzim mempengaruhi laju reaksi. o Konsentrasi substrat mempengaruhi batas reaksi. o Kofaktor menentukan laju keseluruhan berdasarkan konsentrasi substrat.

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

Inhibitor Enzim
Inhibitor menghambat reaksi dengan berkompetisi dengan substrat untuk berikatan dengan sisi aktif enzim. Hal ini disebabkan karena molekul inhibitor mempunyai kemiripan kimiawi dengan molekul substrat.

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

Faktor Kedekatan & Posisi
o Orbital Steering (Koshland; Bruice & Pandit, 1960)
Sisi aktif membentuk orbital sehingga posisinya optimal untuk membentuk fase transisi.

o Stereopopulation Control (Milstien & Cohen) o Substrate Anchoring (Reuben)

Penempelan pada beberapa titik mengikat kebebasan rotasi substrat.

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

Faktor Kedekatan & Posisi
o Rack Mechanism
Ikatan antara enzim dan substrat mendistorsi ikatan internal substrat menuju bentuk transisi. Energi aktivasi berasal dari ikatan enzim dengan substrat.

Rack Mechanism

Faktor yang mempengaruhi Katalisis Enzim

Faktor Kedekatan & Posisi
o Two-Step Binding (Fano, 1947)
Enzim berkonformasi mengunci substrat dalam bentuk berentropi rendah, lalu menormalisasikan konformasinya dan memutus ikatan substrat.

Two Site binding