GC-MS dan LC-MS biasanya menggunakan mekanisme yang sama sekali berbeda
untuk ionisasi. Dalam GC-MS sampel biasanya terionisasi langsung (EI), maupun
tidak langsung (CI) oleh berkas elektron. Elektron berenergi tinggi menyebabkan
pembentukan ion radikal bebas. Ini adalah ion karena mereka telah kehilangan
elektron, sehingga mereka memiliki massa yang sama sebagai orangtua, tetapi
ganjil elektron.
Perhatikan bahwa ion utama sekarang 179amu. Ini adalah ion pseudomolecular,
dibentuk oleh hilangnya H +. Hal ini cukup khas di electrospray: ion utama
terbentuk tanpa fragmentasi (tidak seperti EI), dan dibentuk oleh hilangnya H +
dalam mode negatif, atau dengan gain dari H +, Na +, atau ion lain (ammonium
dan kalium yang cukup umum ) dalam modus positif. Sangat sering dalam mode
positif, seseorang melihat campuran. Puncak 22amu terpisah hampir selalu
berarti + H dan Na + ion dari hal yang sama.
Asetil salisilat adalah molekul yang sangat mudah terfragmentasi, jadi dua
fragmen yang masih terlihat bahkan di bawah kondisi ringan ESI. Ini adalah ionion di 137 dan 93amu. Sayangnya ESI tabrakan diinduksi fragmentations sering
tidak sangat peak-kaya, sehingga mereka sering tidak baik seperti "sidik jari"
sebagai spektrum EI. Mereka juga dapat bervariasi dengan instrumen dan
kondisi.
Perhatikan juga puncak pada 225 dan 381amu. Ini adalah hasil adisi. Sayangnya
analit sering mengasosiasikan lemah di semprot-ruang di ESI, dan kemudian
muncul sebagai hasil adisi dari dua hal bersama-sama. 225amu mungkin adalah
adisi asam format asetil salisilat (46 + 179), dan 381 adalah dimer sodium (179
+ 179 + 23; melihat masih ada muatan negatif tunggal). Adduct yang paling
bermasalah pada konsentrasi tinggi.
LCMS
Sejak tahun 1970-an instrumen gas cromatography mass spectrometry (GC-MS)
telah populer dalam penelitian di bidang ilmu pnegetahuan kimia dan bidang
terkait lainnya.namun pengetahuan akan teknik ionisasi yang lebih spesifik
seperti ionisasi tekanan atmosfer dan metode analisis ion lainnya yang lebih
unggul membuat sebagian besar ilmuan sepakat untuk menggunakan
spektrometri massa yang lebih spesifik.
LCMS merupakan satu-satunya teknik kromatografi cair dengan detektor
spektrometer massa.penggunaan LC-MS/MS untuk pengelitian dimulai pada akhir
1980-an.
Kelebihan LCMS :
1. Spesifisitas.hasil analisis yang khas dan spesifik diperoleh dari
penggunaan spektrometer massa sebagai detektor.
2. Aplikasi yang luas dengan sistem yang praktis.berebda dengan GCMS
sebagai spektrometer massa klasik.penerapan LCMS tidak terbatas
untuk molekul volatil(biasanya dengan berat molekul di bawah