Ternyata hanya 5% bakteri yang bersifat merugikan, sisanya 95% adalah bakteri yang menguntungkan.
Aktivitas Arkhaea dan bakteri yang menguntungkan antara lain:
a) Membantu proses pembusukan
Kelompok saprofit menguraikan sampah organik dan bangkai menjadi zat anorganik dalam usus besar
manusia terdapat bakteri yang membusukkan sisa pencernaan yaitu Escherechia coli (bakteri ini juga
menghasilkan vitamin K yang berguna pada proses pembekuan darah). Desulfovibrio
desulfuricans membusukkan bangkai serta menguraikan sulfat di tempat becek dan menghasilkan
hidrogen sulfida (H2S)
c) Menghasilkan oksigen
Penghasil oksigen adalah kelompok fotoautotrof. Biasanya terdapat di perairan menghasilkan oksigen
bagi organisme lainnya.contoh : Cyanobakteria, bakteri sulfur dan non-sulfur hijau, serta bakteri sulfur
dan non-sulfur ungu.
d) Menghasilkan biogas
Kelompok penghasil biogas adalah metanogen seperti Methanobacterium.bahan yang digunakan
berupa kotoran hewan ternak atau limbah organik lain yang dimasukkan dalam tangki penampungan
besar. Selanjutnya akan diubah menjadi gas metana dan sejumlah energi. pada beberapa tempat, biogas
ini dimanfaatkan untuk memasak, penerangan dan bahan bakar kendaraan
Rhzobium leguminosarum bersimbiosis pada akar tanaman kacang kacangan dan dapat mengikat nitrogen.
Nitrosomonas dan Nitrosococcus, dapat mengubah amoniak menjadi nitrit dan nitrobacter dapat mengubah
nitrit menjadi nitrat.
c) Pembusukan Makanan
Bakteri merupakan salah satu jenis organisme yang tidak mempunyai inti sel selayaknya organisme
lainnya. Ia masuk ke dalam kelompok prokariota dengan ukuran yang sangat kecil . Untuk melihat
keberadaan bakteri ini, manusia mutlak memerlukan alat pembesar berupa mikroskop. Sebagai sel
prokariot, bakteri memiliki struktur yang teramat sangat sederhana. Ia hanya terdiri atas kerangka sel dan
juga organel-organel semisal mitokondria juga kloroplas. Bakteri bisa dijumpai di semua tempat. Misalnya
di udara, air, tanah dan tempat lainnya. Selama ini bakteri selalu identik dengan penyakit. Memang ada
beberapa jenis organisme ini yang bisa menyebabkan infeksi juga penyakit. Meski demikian, sesungguhnya
terdapat juga beragam jenis bakteri yang menguntungkan. Tak percaya? Simak uaraian berikut ini.
Bakteri yang bermanfaat secara umum dipergunakan dalam berbagai bidang seperti lingkungan, pangan,
industri maupun pengobatan. Misalnya saja bakteri sporafit, ia berperan penting dalam menguraikan jasad
makhluk hidup yang telah mati juga sisa atau kotoran dari organisme lainnya di dunia ini. Bakteri tersebut
bekerja dengancara mengurai karbohidrat, protein juga komponen senyawa lainnya agar menjadi senyawa
amoniak, CO2 maupun komponen senyawa lainnya yang lebih sederhana dari asalnya. Jenis bakteri
saporafit atau bakteri pengurai antara lain proteus juga clostridium.
Bakteri yang menguntungkan lainnya adalah bakteri yang digolongkan ke dalam kelompok nitrifikasi,
yakni kelompok bakteri yang memiliki kemampuan untuk menyusuk sejumlah senyawa nitrat yang secara
umum berlangsung di dalam tanah. Bakteri yang masuk ke dalam kelompok ini memiliki sifat kemolitotrof.
Di dalam pertanian, keberadaan bakteri ini tentu menguntungkan sebab nitrat yang ia hasilkan sangat
berperan dalam meningkatkan kualitas tanaman. Adapun bakteri yang masuk ke dalam kelompok ini
antara lain Pseudomonas stutzeri, paracoccus denitrificans, Pseudomonas aeruginosa dan lain-lain. Selain
bakteri ini, ada pula kelompok bakteri yang diberi nama bakteri nitrogen. Bakteri ini juga menguntungkan
petani sebab ia mampu mengikat nitrogen yang ada di udara dan menyimpannya di akar sehingga tanaman
akan semakin subur. Jenis bakteri nitrat ini antara lain bakteri rhizobium, sinorhizobium, mesorhizobium
dan lain-lain.