Modul 3 - Protein
Modul 3 - Protein
PROTEIN
Kegiatan Belajar I :
Klasifikasi, Struktur dan Sifat Fisikokimia Protein
Proses Pencernaan dan Penyerapan Protein
Kegiatan Belajar II :
Metabolisme Protein
Siklus Urea
91
KEGIATAN BELAJAR I
Klasifikasi, Struktur dan Sifat Fisikokimia Protein
Proses Pencernaan dan Penyerapan Protein
MATERI PEMBELAJARAN
KLASIFIKASI PROTEIN
Protein berasal dari kata "proteios" yang berarti "pertama" atau
kepentingan primer". Protein merupakan senyawa organik yang sebagian besar
unsurnya terdiri dari Karbon, Hidrogen, Oksigen, Nitrogen, Sulfur dan Fosfor.
Ciri khusus protein adalah adanya kandungan Nitrogen. Berdasarkan bentuknya,
protein dapat diklasifikasikan dalam tiga bagian, yaitu : protein berbentuk bulat,
serat dan gabungan keduanya.
3) Glutelin tidak larut dalam air dan pelarut netral, tetapi lebih cepat larut
dalam larutan asam atau basa. Contoh yang umum terdapat pada glutelin
pada jagung yang lisinnya tinggi, dan oxyzenin pada padi,
4) Prolamin atau gliadin adalah protein sederhana yang larut dalam 70
sampai dengan 80 persen etanol tetapi tidak larut dalam air, alkohol dan
pelarut netral. Contohnya terdapat pada zein dalam jagung dan gandum,
gliading pada gandum dan rye serta hordein pada barley,
5) Histon adalah protein dasar yang larut dalam air, tetapi tidak larut dalam
larutan amonia. Histon sebagian besar bergabung dengan asam nukleat
pada sel makluk hidup. Contoh yang umum adalah globin pada
hemoglobin dan scombron pada spermatozoa mackerel
6) Protamin adalah molekul dengan bobot rendah pada protein, larut dalam
air, tidak menggumpal terkena panas berbentuk garam stabil. Contohnya
adalah salmine dari sperma ikan salmon, sturine dari ikan sturgeon,
clupeine dari ikan herring, dan scombrine dari ikan mackerel.
3) Protein asal, adalah protein yang terdegradasi yang meliputi protein primer
(misal : protean) dan protein sekunder (misal : proteosa, pepton dan
peptida).
Protein merupakan gabungan asam-asam amino dengan cara ikatan peptida, yaitu
suatu ikatan antara gugus amino (NH 2) dari suatu asam dengan gugus karboksil
dari asam yang lain, dengan membebaskan satu molekul air (H2O). Protein
disusun oleh 22 macam asam amino, tetapi dari ke 22 macam asam amino tersebut
yang berfungsi sebagai penyusun utama protein sebanyak 20 macam. Dari 20
macam asam amino tersebut ternyata ada sebagian yang dapat disintesis dalam
tubuh, sedang sebagian lainnya tidak dapat disintesis dalam tubuh sehingga harus
didapatkan dari makanan. Asam amino yang harus ada atau harus didapatkan dari
makanan disebut asam amino esensial dalam makanan (dietary essential amino
acid atau indespensible amino acid). Asam amino yang termasuk dalam
kelompok ini adalah metionin, arginin, treonin, triptofan, histidin, isoleusin,
leusin, lisin, valin dan fenilalanin. Asam amino yang dapat disintesis dalam tubuh
disebut asam amino non esensial dalam makanan, tetapi apabila esensial untuk
95
STRUKTUR PROTEIN
Protein yang aktif secara biologis adalah polimer yang tersusun oleh asam amino
yang terikat dengan ikatan kovalen. Berbagai konformasi (struktur tiga dimensi)
yang berbeda mungkin terbentuk bagi suatu molekul besar seperti protein. Dari
berbagai struktur tersebut, hanya sedikit yang memiliki aktivitas biologis; jenis ini
disebut dengan konformasi alami (native conformation). Sebagian besar protein
kelihatannya hanya mempunyai sedikit keteraturan dalam susunan atom-atomnya.
Sebagai akibatnya, berbagai protein sering digambarkan mempunyai segmen
besar berstruktur acak (juga dikenal sebagai gulungan). Istilah “acak” sebenarnya
tidak cocok, karena struktur kompleks yang sama ditemukan dalam semua
molekul protein yang mempunyai konformasi asal yang sama. Mengingat begitu
kompleksnya protein, maka biasanya didefinisikan dalam empat tingkatan struktur
agar lebih efisien.
1. Struktur Primer
Struktur primer adalah urutan asam amino pada rantai polipeptida.
Peptida yang tersusun dari H2N- Leu – Gly – Thr – Val – Arg – Asp – His –
COOH mempunyai struktur primer yang berbeda dengan peptida H 2N- Val -
Leu – Gly – Thr –– Arg – Asp – His – COOH, walaupun keduanya mempunyai
jumlah dan jenis asam amino yang sama. Struktur primer adalah satu dimensi
pertama dari struktur tiga dimensi protein.
96
2. Struktur Sekunder
Struktur sekunder adalah susunan dalam ruang atom-atom dalam tulang
punggung (selain rantai samping asam amino) pada satu rantai polipeptida.
Susunan α – helik dan lembaran terlipat β yang terikat melalui ikatan hidrogen
adalah dua jenis struktur sekunder protein. Konformasi rantai samping asam
amino tidak termasuk bagian dari struktur sekunder. Pada protein yang sangat
besar, pelipatan bagian-bagian rantai dapat terjadi secara tidak langsung dari
pelipatan bagian yang lain. Bagian yang melipat secara tidak langsung pada
protein disebut domain atau struktur super sekunder.
Strukktur α – helik dan lembaran terlipat β adalah struktur periodik,
bentuk ini berulang pada interval yang teratur. Bentuk α – helik seperti batang dan
hanya melibatkan satu rantai polipeptida. Bentuk lembaran terlipat β dapat
menghasilkan susunan dua dimensi dan dapat melibatkan satu atau lebih rantai
polipeptida.
Bentuk α – helik
Struktur α – heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen dalam tulang
punggung dari satu rantai polipeptida. Dihitung dari ujung N-terminal, gugus CO
dari masing-masing residu asam amino terikat melalui ikatan hidrogen dengan
gugus NH residu asam amino keempat setelahnya pada tulang punggung.
Konformasi heliks menyebabkan susunan linier dari atom-atom yang terlibat
dalam ikatan hidrogen yang memberikan kekuatan maksimum pada ikatan dan
97
membuat konformasi heliks sangat stabil. Ada 3,6 residu asam amino setiap
putaran heliks dan jaraknya adalah 5,4 A (1 A = 10-8 cm) yang cukup leluasa
untuk jarak antar atom dalam molekul.
Protein memiliki struktur α – helik dalam jumlah yang bervariasi mulai
beberapa persen sampai mendekati 100 persen. Berbagai faktor dapat menganggu
α – helik. Asam amino prolin dapat membuat belokan pada tulang punggung
karena memiliki struktur siklik. Asam amino ini tidak pas dalam struktur α – helik
karena dua alasan; (1) rotasi di sekitar ikatan antara nitrogen dan karbon α sama
sekali terbatas.; (2) gugus α-amino prolin tidak dapat berpartisipasi pada ikatan
hidrogen dalam rantai polipeptida. Faktor lain adalah melibatkan rantai samping
termasuk gaya elektrostatik kuat yang disebabkan gugus bermuatan dengan tanda
yang sama. Misalnya gugus bermuatan positif pada residu lisin dan arginin atau
gugus-gugus bermuatan negatif residu glutamat dan aspartat. Kemungkinan lain
adalah kesesakan yang disebabkan berbagai rantai samping. Pada konformasi α –
heliks semua rantai samping mencuat ke luar heliks; tidak cukup ruang baginya
untuk tetap berada di dalam heliks. Atom karbon β justru berada di luar heliks dan
kesesakan dapat terjadi jika atom karbon β terikat pada dua atom lain selain
hidrogen, seperti pada kasus valin dan treonin.
Keratin alfa.
100
Keratin alfa adalah segolongan protein serat yang membentuk jaringan kuku
hewan ternak, lapisan kulit luar (epidermis), rambut, wol, kuku hewan menyusui.
Molekul protein kompleks yang terdiri dari heliks alfa putar kanan yang panjang
yang saling melilit (supercoil) menjadi tali tambang yang terdiri dari tiga atau
tujuh rantai.
Untuk membuat serat wol yang kuat tapi elastic diperlukan banyak tambang
saling lilit ini. Jika anda pernah mencuci pakaian dari wol, anda tentu mengetahui
bahwa serat wol yang basah dan hangat dapat diregang, tetapi akhirnya kembali
pada keadaan semula atau bahkan mengerut. Hal ini terjadi karena heliks alfa dari
serat lembab mudah dipanjangkan. Bentuk memanjang ini kurang mantap
dibandingkan heliks alfa, yang pada saatnya akan menyusun kembali menjadi
konformasi rantai heliks alfa. Jembatan disulfida, baik dalam-rantai atau anta-
rantai, menyebabkan kekakuan keratin alfa; keratin alfa dari kuku hewan yang
keras memiliki lebih banyak jembatan disulfida dibandingkan epidermis yang
lebih elastis.
Keratin beta
Beberapa keratin alfa dihasilkan oleh unggas dan reptil, tetapi keratin beta
menyusun cakar dan lapisan hewan pelindung ini. Serat tipis panjang yang
disekresikan oleh ulat sutra dan laba-laba tersusun dari fibroin, yakni keratin β
yang telah diketahui dengan baik. Fibroin, terutama terdiri dari lapisan lembaran
terlipat β. Rantai peptida fibroin terutama terdiri dari residu glisin dan alanin.
Rantai samping kecil dari kedua residu tersebut penting dalam organisasi fibroin,
karena rantai samping yang lebih besar akan mengganggu lembaran terlipat
menjadi lapisan-lapisan.
Kolagen
Kolagen adalah protein terbanyak dalam vertebrata. Hampir sepertiga
protein dalam tubuh manusia berada dalam kolagen tulang, gigi, lapisan kulit
dalam (dermis), tendon (urat daging), dan tulang rawan. Bahan di bagian dalam
101
lensa mata dapat dikatakan tersusun dari kolagen murni. Kolagen ada dalam
semua organ yang menampilkan kekuatan dan kekakuan.
Kolagen terbentuk dari tiga rantai peptida, masing-masing berupa heliks
tergulung seperti tali tambang mirip keratin α. Tetapi ada perbedaan antara keratin
α.dan kolagen. Kolagen kaya akan prolina (40%), yang tidak cocok dalam heliks
α. teratur, dan heliks kolagen tidak seketat heliks α.. Kolagen mengandung banyak
glisin (35%) dan asam amino tak lazim 4-hidroksiprolin (5%) serta 5-hidroksilisin
(1%). Disamping itu, kolagen adalah glikoprotein. Unit gula (biasanya disakarida
dari glukosa dan galaktosa. Secara kovalen melekat pada rantai peptida melalui
ikatan glikosida dengan fungsi hidroksil dari 5-hidroksilisin
3. Struktur Tersier
Struktur tersier adalah susunan tiga dimensi semua atom-atom dalam
protein, termasuk rantai samping dan gugus prostetik (atom-atom selain asam
amino) (Gambar 4). Konformasi rantai samping dan posisi berbagai gugus
prostetik adalah bagian dari struktur tersier. Pada protein serat seperti kolagen,
bentuk keseluruhan adalah seperti batang yang panjang, struktur sekunder
menyediakan hampir seluruh informasi tentang struktur tersier. Helik tulang
punggung dari protein tidak melipat dengan sendirinya, dan aspek penting dari
struktur tersier yang tidak dispesifikasi oleh struktur sekunder adalah susunan
atom-atom dari rantai samping.
Untuk suatu protein globular , lebih banyak informasi yang dibutuhkan.
Perlu untuk menentukan cara bagian heliks dan lembaran terlipat untuk
menggulung atau melipat satu sama lain, pada posisi atom-atom rantai samping
dan berbagai gugus prostetik. Interaksi antara rantai samping memainkan peranan
penting dalam pelipatan protein. Pola pelipatan sering membawa residu-residu
yang terpisah jauh dalam urutan asam amino menjadi dekat, dalam struktur tersier
dari protein alami (native protein).
102
rantai samping asam amino. Ketika ikatan ini terbentuk, ikatan tersebut
membatasi pola pelipatan pada rantai polipeptida.
4. Struktur Kuarterner
Suatu protein dapat tersusun lebih dari satu rantai polipeptida, yang
disebut subunit-subunit. Susunan subunit-subunit membentuk struktur kuaterner
pada protein. Interaksi diantara subunit dihubungkan oleh interaksi non kovalen
seperti ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik
Jumlah rantai polipeptida yang menyusun struktur kuarterner berkisar dua
sampai lebih dari selusin dan rantai-rantai tersebut dapat identik atau berbeda.
Umumnya terdapat sebagai dimer, trimer dan tetramer yang berturut-turut terdiri
dari dua, tiga dan empat rantai polipeptida. Rantai-rantai polipeptida ini
berinteraksi satu sama lain secara non kovalen.
Sebagai hasil dari interaksi non kovalen ini, perubahan kecil dalam
struktur pada satu sisi molekul protein dapat menyebabkan perubahan drastis
dalam sifat pada bagian yang berdekatan. Protein yang menunjukan sifat ini
disebut allosterik.
Contoh klasik struktur kuarterner protein dan pengaruhnya pada sifat
adalah hemoglobin (Gambar 19.). Hemoglobin adalah suatu protein allosterik
dengan mioglobin yang terdiri dari rantai polipeptida tunggal. Harus diingat,
interaksi antar sub unit-sub unit protein sering terjadi dan dapat membentuk
struktur yang besar dalam tingkat molekul. Contohnya adalah interaksi monomer-
monomer protein pelindung dari suatu virus yang menghasilkan pelindung
(selubung) virus.
104
a b
Gambar 19. Hemolglobin, salah satu contoh struktur kuartener protein.
a) hemoglobin yang mengikat oksigen ; b) hemoglobin yang telah melepaskan
oksigen (Rolfes&Whitney,2008)
DENATURASI PROTEIN
Protein yang terlipat kedalam konformasi rantai yang normal dan yang
aktif secara faali dikatakan berada dalam keadaan alami (asal). Denaturasi terjadi
ketika protein alami membentang akibat putusnya jembatan disulfida atau
terganggunya daya tarik lemah.
Denaturasi protein mungkin dapat balik (reversible) dan mungkin juga
tidak (irreversible). Protein pada putih telur membentang dan membeku menjadi
bahan serupa karet jika anda merebus telur. Denaturasi ini tak dapat balik karena
protein tersebut tidak mungkin kembali ke keadaan semula. Tidak semua protein
peka panas. Termolisin, yaitu enzim pemotong protein dari Bacillus
thermoproteolyticus yang hidup di sumber air panas, tidak membentang sekalipun
dalam air mendidih. Pada pH yang ekstrim dan banyak bahan-bahan kimia,
terutama pelarut organik dan larutan urea yang pekat, juga dapat menyebabkan
denaturasi tak dapat balik (irreversible) yaitu dengan mengganggu gaya tarik yang
lemah (ikatan hidrogen, ikatan disulfida, inetraksi hidrofobik, gaya elektrostatik).
Pada denaturasi yang dapat balik, protein membentang karena adanya
senyawa pendenatur seperti larutan urea pekat tetapi kembali melipat setelah
senyawa tersebut tidak ada. Denaturasi yang dapat atau tak dapat balik cukup
beragam, bergantung pada protein yang bereaksi dan keadaan reaksi.
105
dibandingkan dengan asam amino dengan rantai polar. Dijumpai juga bahwa L-
metionin dan L-histidin diabsorpsi lebih cepat dibandingkan dengan D-isomer.
Transport asam amino dari lumen usus halus ke sel mukosa melalui proses
aktif dengan menggunakan gradien konsentrasi. Mekanisme transport
membutuhkan energi khusus untuk bentuk L dari asam amino. Bentuk D dari
asam amino lebih lambat diserap dibandingkan dengan bentuk L. Tiga
mekanisme transport dideteksi dalam mukosa intestinal. Sistem pertama khusus
untuk monoamino-monokarboksilat atau asam amino netral, sistem kedua untuk
arginin, lisin dan asam amino basic seperti sistin, dan sistem ketiga untuk
dikarboksilat atau asam amino acidic.
Secara umum asam-asam amino setelah diserap oleh usus akan masuk ke
dalam pembuluh darah, yang merupakan percabangan dari vena portal. Vena
portal membawa asam-asam amino tersebut menuju sinusoid hati, dimana akan
terjadi kontak dengan sel-sel epitel hati. Darah yang berasal dari sinusoid hati
kemudian melintas menuju ke sirkulasi umum melalui vena-vena sentral dari hati
menuju ke vena hepatik, yang kemudian masuk ke vena kava kaudal.
Pembentukan Polipeptida
Proses metabolisme protein didahului dengan proses katabolisme
(penguraian) protein menjadi asam amino. Dalam sel, asam amino akan dibentuk
kembali menjadi protein dengan melalui beberapa tahapan. Tahapan tersebut
meliputi proses pembukaan (inisiasi), perpanjangan (elongasi) dan pengakhiran
(terminasi). Proses sintesis protein melibatkan asam amino, transfer RNA
(tRNA), massanger RNA (mRNA) dan ribosom. Dalam sel yang tidak aktif,
terdapat asam amino bebas, tRNA, ribosom dan prekursor mRNA (yaitu
nukleosisde trifosfat bebas). Bila sel memerlukan protein, maka akan terjadi
rangkaian aktivitas yang dimulai dengan : (1) transkripsi mRNA dalam inti sel,
kemudian mRNA masuk ke dalam sitoplasma, (2) asam amino bebas akan
berikatan dengan tRNA membentuk asam amino asil tRNA, (3) amino asil tRNA
akan menempel pada mRNA yang cocok di ribosom, yang selanjutnya akan
menyebabkan asam-asam amino saling berikatan membentuk polipeptida, dan (4)
108
setelah terjadi proses sintesis protein berakhir, mRNA akan terurai menjadi
ribonukleosisdetrifosfat dan ribosom akan kembali terpisah menjadi unit-unitnya.
Langkah pertama dalam proses inisiasi (pembukaan) dibuka oleh N-formil-L-
methionine-transfer RNA complex (fMet-tRNAfMet). Kompleks ini dapat
mengenal initiator kodon (kodon pembuka) AUG (atau GUG) yang merupakan
tanda untuk memulai pengkodean rangkaian protein dalam mRNA dan dapat
membedakan dari AUG internal, yang juga kode dari metionin (atau GUG internal
yang merupakan kode dari valin). oleh N-formil-L-methionine-transfer RNA
complex (fMet-tRNAfMet) dapat memulai sintesis protein karena ada dua
sebab, yaitu : (1) hanya fMet-tRNAfMet yang dapat langsung mengikat P site
(permukaan P) di ribosom sedangkan semua aminoacyl-tRNA hanya dapat mulai
mengikat pada A site (permukaan A) dan (2) hanya fMet-tRNA fMet yang dapat
berikatan dengan hidrogen pada kodon pembuka.
TUGAS
1. Jelaskan peran dan fungsi masing-masing jenis protein yang saudara
ketahui
2. Jelaskan yang menyebabkan perbedaan struktur protein
PUSTAKA
KEGIATAN BELAJAR II
METABOLISME PROTEIN
MATERI PEMBELAJARAN
TUGAS
Buatkan grafik / mindmap tentang metabolisme protein
PUSTAKA