Modul STR Forensic Test

Bagaimana DNA dapat digunakan untuk menyelesaikan kasus criminal?

DNA dapat digunakan untuk investigasi orang hilang, korban bencana alam, kekerasan HAM,
dan penentuan orang tua atau hubungan keluarga. Pada tempat kejadian perkara (TKP) umumnya
terdapat jejak biologis misalnya darah, semen/mani, ludah/liur, rambut, tulang, bagian kulit atau
bagian daging manusia. Dari berbagai jejak biologis yang mengandung komponen seluler
tersebut dapat digunakan untuk analisis DNA.
Sekuens DNA bagaimana yang dapat digunakan untuk investigasi TKP?
Sekuens DNA manusia sangat besar sekitar 3 milyar urutan basa namun dari semua itu sekitar
0.5 % dapat digunakan sebagai penanda karena memiliki sifat polimorfisme (variasi/perbedan
urutan). Salah satu urutan DNA yang digunakan untuk profiling merupakan urutan basa berulang
pendek atau biasa disebut Short Tandem Repeat (STR).
Terdapat banyak tipe lokus untuk STR. Salah satu contoh yang digunakan untuk profiling DNA
forensik yaitu pada lokus TH01 yang memiliki segmen berulang berupa [Bottom strand AATG /
Top strand TCAT]
Pada lokus TH01 terdapat banyak alternatif bentuk polimorfisme (alel) yang berbeda pada setiap
orang atau jenis ras manusia yaitu jumlah urutan [TCAT] yang terdapat dalam genom. TH01
memiliki setidaknya 20 alel yang berbeda di seluruh dunia. Setiap manusia memiliki setidaknya
2 alel (1 dari ibu dan 1 dari ayah).
Bagaimana untuk mendeteksi STR?
Menggunakan reaksi polimerisasi berantai (PCR) dengan primer spesifik pada kedua sisi target
STR maka jutaan kopian urutan DNA pada alel STR akan terbentuk. Hasil dari jutaan kopian
DNA ini dapat dipisahkan berdasarkan ukurannya menggunakan elektroforesis DNA pada
agarose.

Sekuen STR DNA target pada lokus TH01

GTGATTCCCATTGGCCTGTTCctcccttatttccctcattcattcattcattcattcattcattc
accatggagtctgtgttccctgtgacctgcactcggaagccctgtgtacaggggactgtgtgggc
caggctggataatcggGAGCTTTTCAGCCCACAGGAgg
Gambar 1. Elektroforegram hasil amplifikasi DNA lokus TH01 dari elektroforesis gel agarosa
 DESAIN PRIMER UNTUK PELATIHAN DNA FORENSIK DETEKSI STR

lokus yang digunakan untuk deteksi ada 3 lokus yaitu :

TH01 [Bottom strand AATG / Top strand TCAT] tyrosine hydroxylase

primer yang digunakan (https://strbase.nist.gov/coreSTRs.htm)
Forward : 5'-GTGATTCCCATTGGCCTGTTC-3' (63 oC)
Reverse : 5'-ATTCCTGTGGGCTGAAAAGCTC-3' (64 oC)
bp 152 - 196
Annealing Tm calculator = 60 oC (Primer Concentration 20 µM) https://tmcalculator.neb.com
62 oC(Primer Concentration 100 µM)

VWA [Bottom strand AGAT / Top strand TCTA] von Willebrand factor
F : 5'-GCCCTAGTGGATGATAAGAATAATCAGTATGTG-3' (66 oC)
R : 5'-GGACAGATGATAAATACATAGGATGGATGG-3' (65 oC)
bp 123 - 212
Annealing Tm calculator = 58 oC (Primer Concentration 20 µM)
59 oC(Primer Concentration 100 µM)

FGA : complex tetranucleotide repeat [TTTC] human alpha fibrinogen

F : 5'-GGCTGCAGGGCATAACATTA-3' (61 oC)
R : 5'-ATTCTATGACTTTGCGCTTCAGGA-3' (63 oC)
bp 308 - 465
Annealing Tm calculator = 59 oC (Primer Concentration 20 µM)
61 oC(Primer Concentration 100 µM)
 TAHAPAN ISOLASI DNA PRESTO BUCCAL SWAB

Persiapan :

1. Tambahkan 1 ml elution buffer ke 1 mg carrier RNA. Vortex. Bagi larutan stok ini ke beberapa tube
steril untuk working solution. Simpan suhu -20 C.

2. Larutkan 1 mg proteinase K dengan 0,1 ml ddH2O pH 7,0-8,5. Vortex. Simpan suhu 4 C

3. Campurkan 100 ml etanol absolut dengan 25 ml wash buffer (4 : 1)

Tahap isolasi

1. 1µl carrier RNA + 500 µl S2 Buffer ke dalam tube 1,5 ml steril (simpan untuk langkah 4)

2. koleksi sampel swab menggunakan swab steril. Pasien dilarang makan 30 menit sebelumnya.
Gosok ke dalam mulut pasien 20-30 gosokan.

3. Masukkan ujung swab ke tube 1,5 ml steril (digunting ujungnya). + 500 µl S1 buffer + 20 µl
Proteinase-K lalu vortex. Inkubasi 60 C 10 menit. Setelah itu ambil swab dengan penjepit dan
filtrat dalam tube simpan dulu. Pasang filter column pada tube koleksi dan masukkan swab.
Sentrifugasi 12000 RPM 2 menit. Ambil filtrat dipindah ke tube 1,5 ml yg disimpan sebelumnya.

4. Filtrat ditambah 500 µl S2 buffer (dari langkah 1). Vortex. Inkubasi 60 C selama 10 menit,
vortex tiap 5 menit.

Ambil 200 µl/sampel elution buffer ke tube steril baru, inkubasi 60 C. Simpan dulu untuk
langkah 7.

5. Filtrat + 500 µl etanol absolut. Vortex 10 detik. Pasang GD column dan tube koleksi.
Pindahkan 750 µl campuran ke dalam GD column. Sentrifugasi 12000 RPM 1 menit (dilakukan
sentrifugasi lagi sampai larutan melewati column semuanya). Pindahkan GD column ke tube
koleksi baru

6. Tambahkan 400 µl W1 buffer ke GD column. Sentrifugasi 12000 RPM selama 30 detik. Buang
larutan dari tube koleksi dan pasang kembali. + 600 µl wash buffer (yg sudah ditambah alkohol)
ke GD column. Sentrifugasi 12000 RPM 30 detik. Cairan dibuang, pasang kembali tube koleksi.
Sentrifugasi 3 menit sampai kering pada matriks column.

7. Tahap elusi. Pasang GD column ke mikrotube steril baru + 50 – 100 preheat elution buffer (dari
langkah 4) atau TE atau akuabides pada bagian TENGAH column. Diamkan 3 menit.
Sentrifugasi 12000 RPM 1 menit.
Preparasi Reagen PCR
Master mix PCR : Bioline, MyTaq HS Red Mix, 2x 12,5 µL
Template DNA (200 ng) 3 µL
Primers (20 µM each) 1 µL X 4 primer
Water (dH2O) up to 5,5 µL

Setting Thermal Cycler Biometra

Initial Denaturation 95o C, 5 menit
Denaturation 95o C, 30 detik
Annealing 57o C, 30 detik
Extention 72o C, 30 detik
Final Extention 72o C, 3 menit
Cooling Down 4o C, ~