MATA KULIAH
BIOLOGI MOLEKULER
KELOMPOK 03
i
ABSTRAK
Rumput laut Gracilaria changii terutama penting sebagai sumber agar-agar dengan
aplikasi luas dalam industri makanan. Tingginya permintaan agar-agar menyebabkan
penipisan G. changii secara bertahap dalam sumber daya alam. Pembentukan budaya in vitro
G. changii memiliki peran penting dan memungkinkan eksplantasi G. changii tumbuh secara
optimal dalam kondisi terkendali untuk menyediakan pasokan bibit yang konstan,
berkelanjutan dan cukup untuk pertanian Gracilaria. Penelitian ini berfokus pada kultur
mikropropagasi G. Changii di mana berbagai eksogen ous factor sinfluencing sea weed
growth werein vestigated:strength of chosen medium Provasoli's enriched seawater (PES),
jenis dan konsentrasi pupuk/biostimulan, suplementasi zat pengatur pertumbuhan tanaman
dan salinitas air laut. Hasilnya dipresentasikan dalam tingkat pertumbuhan harian eksplan
dan analisis data dilakukan dengan menggunakan ANOVA satu arah. Hasilnya
menunjukkan tingkat pertumbuhan G. changii yang tinggi di 25% PES ditambah dengan
5mgL−1 AMPEP, dan salinitas air laut masing-masing berkisar antara 30 dan 40ppt. Profil
protein dari G. changii yang dikultur jaringan dan pertanian yang dibudidayakan diproduksi
oleh elektroforesis gel natrium dodecyl sulfat-poliakrilamida (SDS-PAGE). Hasilnya
menunjukkan tidak ada perbedaan yang luar biasa dalam profil protein dan menunjukkan
kesesuaian kondisi kultur untuk pertumbuhan G. changii. © 2015 Penulis. Diterbitkan oleh
Elsevier B.V. Ini adalah artikel akses terbuka di bawah lisensi CC BY
ii
Page
ii
KATA PENGANTAR
Dengan menyebut nama Allah SWT yang Maha Pengasih lagi Maha
Penyayang.
Kami panjatkan puja dan puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala
karunia dan rahmat yang telah diberikan-Nya sehingga makalah ini dapat tersusun
hingga selesai. Shalawat dan salam tetap tercurahkan kepada Rasulullah dan
junjunan kita Nabi Muhammad SAW.
Makalah ini telah kami susun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah.
Dalam penyusunannya kami telah berusaha semaksimal mungkin dan mendapatkan
bantuan dari berbagai pihak sehingga dapat memperlancar pembuatan makalah ini.
Untuk itu kami menyampaikan banyak terima kasih kepada semua pihak yang telah
berkontribusi dalam pembuatan makalah ini.
Terlepas dari semua itu, kami menyadari sepenuhnya bahwa masih ada
kekurangan baik dari segi susunan kalimat maupun tata bahasa dan urutan
pembahasannya. Oleh karena itu dengan tangan terbuka kami menerima saran dan
kritik dari pembaca dan tim pengajar agar kami dapat memperbaiki makalah ini.
Penulis
iii
Page
iii
DAFTAR ISI
ABSTRAK...........................................................................................................................ii
KATA PENGANTAR.........................................................................................................iii
DAFTAR ISI.......................................................................................................................4
BAB 1 PEMBAHASAN.....................................................................................................5
A. Pendahuluan.......................................................................................................5
B. Metode...............................................................................................................6
2.1 Persiapan budidaya axenic...........................................................................6
2.2 Pengaruh faktor eksogen terhadap pertumbuhan G. Changii......................7
2.3 Profil protein oleh SDS-PAGE....................................................................8
C. Hasil dan Pembahasan.......................................................................................10
3.1. Pengaruh kekuatan PES..............................................................................10
3.2. Pengaruh pupuk/biostimulan......................................................................11
3.3. Efek fitoregulator........................................................................................12
3.4. Toleransi salinitas.......................................................................................12
3.5. Analisis profil protein oleh SDS-PAGE.....................................................14
D. Kesimpulan........................................................................................................15
DAFTAR PUSTAKA..........................................................................................................16
iv
Page
iv
BAB 1
PEMBAHASAN
1. Pendahuluan
5
seleksi genetik bibit unggul yang akan dilakukan yang pada akhirnya dapat
diterapkan untuk budidaya komersial (Baweja et al., 2009). Di antara 22 spesies
rumput laut Gracilaria yang ditemukan di Malaysia, G. changii telah terbukti
potensinya dalam budidaya laut (Lim dan Phang, 2004; Phang et al., 1996).
Spesies ini dapat ditemukan melimpah di negara-negara hutan hujan tropis seperti
Malaysia dan Thailand (Sasidharan et al., 2008). G. changii dilaporkan
menghasilkan kualitas tinggi agar-agar dan oleh karena itu sangat dituntut untuk
industri produksi agar percobaan (Chan et al., 2004).
Budidaya pertanian laut Rumput laut G. changii komersial yang sehat dan bebas
penyakit dikumpulkan dari Semporna, Sabah dan segera dipindahkan ke Institut
Penelitian Bioteknologi, Universitas Malaysia Sabah. Setelah tiba, sampel
dibersihkan untuk menghilangkan alga epifit dan dibilas dengan air laut yang
diautoklaf. Sterilisasi permukaan dilakukan menurut Yong et al. (2014a). Sampel
diinkubasi dalam larutan antibiotik: 100 mg L-1 penisilin G dan 100 mg L-1
streptomisin sulfat dalam 50% media air laut (PES) yang diperkaya Provasoli
(Provasoli, 1968) selama 48 jam. Sampel kemudian dicuci dengan 3,0 g L-1
povidone iodine dan 15% etanol selama 30 detik, diikuti dengan pembilasan
dengan air laut yang diautoklaf. Rumput laut tersegmentasi dengan panjang 10 cm
6
Page
6
(2014a) dengan air laut yang diautoklaf di bawah fotoperiode 12 jam dan suhu 25
± 1 C.
a) Lima konsentrasi PES yang diuji: 0, 25, 50, 75, dan 100%. Air laut
yang diautoklaf hanya digunakan sebagai kontrol. Kekuatan medium yang
dioptimalkan kemudian digunakan untuk melakukan studi optimasi
parameter berikutnya.
7
d) Kondisi salinitas yang berbeda: 0, 10, 20, 30, dan 40 ppt diuji pada
media PES yang dioptimalkan, pupuk/biostimulan, dan media suplemen
pengatur tumbuh. Eksplan diberi perlakuan selama 4 minggu pada setiap
kondisi percobaan. Media kultur diganti seminggu sekali dan bobot
eksplan dicatat. Tingkat pertumbuhan harian G. changii ditentukan
menurut Yong et al. (2013b) menggunakan rumus GR = [(Wt/W0)1/t -1] ×
100% dimana W0 adalah berat segar awal, dan Wt adalah berat segar akhir
eksplan setelah t hari kultur. Analisis varians satu arah (ANOVA)
dilakukan untuk setiap kelompok perlakuan untuk memverifikasi apakah
perbedaan antara sampel kontrol dan sampel yang diberi perlakuan
signifikan secara statistik. Analisis statistik dilakukan dengan
menggunakan software paket statistik SPSS versi 16, (SPSS, Chicago, IL).
8
Gel pengencer 11,25% disiapkan sesuai dengan Laemmli (1970) yang
mengandung 1,5 M Tris-HCl (pH 8,8), 20% SDS, 10% amonium persulfat dan
TEMED. Gel penyusun (4,8%) dibuat menggunakan 0,5 M Tris–HCl (pH 6,8),
20% SDS, 10% amonium persulfat dan TEMED. Elektroforesis dilakukan pada
150 V selama 9 jam menggunakan Hoefer SE600 Ruby Standard Vertical
Electrophoresis Unit (Amersham Biosciences) dengan menjalankan penyangga
yang terdiri dari 25 mM basa Tris, 192 mM glisin dan 3 mM SDS. Menggunakan
penanda protein ditentukan oleh Nacalai Tesque. Gel diwarnai dengan 0,5%
Coomassie Brilliant Blue R-250 dalam metanol 45% (v/v), 10% (v/v) asam asetat
selama satu jam dan didestained selama 12 jam dalam metanol 20% (v/v) dan
10% (v/v) asam asetat. Gel dicuci dengan air suling sampai jernih sebelum dilihat.
Terakhir gel dilihat dan difoto dengan Alpha Innotech Alphaimager HP
MultiImage II.
9
Page
9
3. Hasil dan diskusi Respon
pertumbuhan rumput laut pada parameter yang diuji ditemukan variabel dan
pertumbuhannya tergantung pada parameter eksogen dievaluasi.
G. changii explants yang dikultur pada 25% PES yang diperkaya air laut
umumnya tumbuh lebih baik dan menunjukkan tingkat pertumbuhan tertinggi
(5,52±0,23% hari−1) (Gbr. 1a). Tingkat pertumbuhan terendah diperoleh dari
eksplan yang dibudidayakan di media yang diperkaya PES 50 dan 75% (masing-
masing 0,71±0,29% hari−1 dan 0,95±0,25% hari−1). Kekuatan PES yang rendah
juga ditemukan lebih cocok untuk spesies Gracilaria dalam penelitian sebelumnya
seperti yang dilaporkan oleh Ursi et al. (2008). Karya ini menunjukkan bahwa
efek promosi pertumbuhan terlihat menggunakan konsentrasi PES yang lebih
rendah. Ferreira et al. (2006) melaporkan bahwa tingkat pertumbuhan yang lebih
tinggi diamati untuk kekuatan rendah media seperti PES. Sebagian besar solusi
yang diperkaya dikembangkan untuk ganggang beriklim sedang sebagai mereka
terpapar konsentrasi nutrisi yang tinggi di laut beriklim sedang. Namun, G.
changii adalah spesies rumput laut asli di Malaysia dan beradaptasi dengan air
oliogotrofik tropis yang mengandung konsentrasi nutrisi yang lebih rendah
dibandingkan dengan laut beriklim sedang (Eppley, 1972; Phang, 2006). Dilusi
media PES terbukti ideal untuk mencapai tingkat pertumbuhan yang lebih baik
untuk G. changii. Tingkat kelangsungan hidup eksplan G. changii untuk tes ini
adalah 100% dan tidak ada perbedaan morfologis yang jelas atau kelainan yang
diamati pada eksplan.
10
Page
10
3.2. Pengaruh pupuk/biostimulan
11
regeneration in in vitro cultivated seaweed (Baweja et al., 2009). AMPEP contains
nutrients of nitrogen, asam fosfat dan kalium larut (K2O) yang mendukung
pertumbuhan kalus dan inisiasi tunas (Hurtado et al., 2009) dan berpotensi
menghambat pertumbuhan beberapa epifit (Loureiro et al., 2010).
Semua eksplan G. changii tumbuh antara 10 dan 40ppt dan pertumbuhan optimal
diamati dalam kisaran salinitas antara 30 dan 40ppt. Tingkat pertumbuhan
maksimum pada 30 dan 40ppt masing-masing adalah 6,66±1,50% dan
6,65±1,70%, (Gbr. 1d). Saat ini studi tentang toleransi salinitas disepakati dengan
temuan sebelumnya pada delapan spesies Gracilaria dengan pertumbuhan optimal
pada 35ppt (Raikar et al., 2001). Menurut Bird dan McLachlan (1986), genus
12
Gracilaria dari rentang geografis yang luas tumbuh dengan baik pada salinitas dari
Page
15 hingga 60ppt tetapi secara optimal pada salinitas sekitar 30ppt. Dalam
12
penelitian ini, paparan eksplan terhadap
salinitas yang lebih rendah (0-20ppt) mengakibatkan pengurangan pertumbuhan
dan karakteristik pertumbuhan yang tidak sehat dengan kualitas kultur yang
memburuk (peningkatan tingkat pemutihan). Tingkat kelangsungan hidup eksplan
di bawah salinitas rendah (0-20ppt) adalah nol setelah 14 hari paparan. Salinitas
dilaporkan menjadi salah satu faktor yang mempengaruhi pertumbuhan rumput
laut yang dibudidayakan (Kaliaperumal et al., 1993). Salinitas memberikan
pengaruh kuat pada kapasitas fotosintesis maksimum rumput laut (Ding et al.,
2013; Shameel, 1980; Wong dan Chang, 2000). Salinitas rendah dapat
menyebabkan stres yang menyebabkan berkurangnya efisiensi fotosintesis
(Beauchamp, 2012), ), menyebabkan penurunan tingkat pertumbuhan, yang dapat
dijelaskan melalui penghambatan pembelahan sel selama paparan yang lama
13
13
3.5. Analisis profil protein oleh SDS-PAGE
Tidak ada perubahan visual dalam profil protein antara G. changii yang
dipropagasi mikro dan pertanian yang dibudidayakan diamati (Gbr. 2). Kesamaan
besar diperoleh di antara pola pita utama, variasi pita angka, intensitas pita dan
pola pita, dan tidak ada protein yang diinduksi stres yang diamati. Kesamaan yang
tinggi dalam profil protein antara mikropropagasi dan pertanian yang
dibudidayakan G. changii menunjukkan bahwa eksplan tidak sensitif terhadap
tekanan karena lingkungan yang berbeda. Komposisi rumput laut dapat bervariasi
bahkan dalam spesies yang sama, di bawah lingkungan yang berbeda (media dan
kondisi budaya yang berbeda), menyebabkan serangkaian ekspresi protein yang
berbeda (Contreras et al., 2010; Mahong et al., 2012; Tran et al., 2009; Wang et
al., 2004; Wong et al., 2006; Yong et al., 2013a; Yotsukuraetal.,2012). Organisme
thedifferenceinproteinprofileofan dapat dikaitkan dengan jenis jaringan dan tahap
perkembangan, kondisi internal dan eksternal (Shepard et al., 2000). Profil protein
rumput laut penting untuk memahami perubahan yang terjadi selama
pertumbuhan yang pada gilirannya dapat menyebabkan peningkatan strain kultur.
Tidak ada protein tambahan yang nyata yang diekspresikan menunjukkan
kesesuaian kondisi kultur yang dioptimalkan untuk pertumbuhan G. changii.
14
Page
14
KESIMPULAN
bahwa tidak ada protein yang diinduksi stres yang diproduksi selama in vitro
kondisi budaya. Penelitian ini akan meningkatkan perbanyakan klon dari bibit
berkualitas tinggi yang akan mengarah pada peningkatan
produksi di agar-agar
15
Page
15
References
https://www.sciencedirect.com/
Baweja, P., Sahoo, D., Garcia-Jiménez, P., Robaina, R.R., 2009. Seaweed tissue
culture as applied to biotechnology: problems, achievements and prospects.
Bird, C.J., McLachlan, J., 1986. The effect of salinity on distribution of species
Gracilaria Grev. (Rhodophyta: Gigartinales): an experimental assessment. Bot.
Bixler, H.J., Porse, H., 2011. A decade of change in the seaweed hydrocolloids
industry. J. Appl. Phycol. 23, 321–335.
Chan, C.X., Teo, S.S., Ho, C.L., Othman, R.Y., Phang, S.M., 2004. Optimisation
of RNA extraction for Gracilaria changii (Gracilariales, Rhodophyta). J. Appl.
Phycol. 16, 297–301.
Choi, H.G., Kim, Y.S., Kim, J.H., Lee, S.J., Park, E.J., Ryu, J., Nam, K.W., 2006.
Effects of temperature and salinity on the growth of Gracilaria verrucosa and G.
chorda:
with the potential for mariculture in Korea. J. Appl. Phycol. 18, 269–277.
Contreras, L., Moenne, A., Gaillard, F., Potin, P., Correa, J.A., 2010. Proteomic
analysis and identification of copper-stress-regulated proteins in the marine
alga Scytosiphon gracilis (Phaeophyceae). Aquat. Toxicol. 96, 85–89.
Crouch, I.J., Smith, M.T., Staden, J., Lewis, M.J., 1992. Identification of auxins in
a commercial seaweed concentrate. J. Plant Physiol. 139, 590–594.
16
Page
16