Kami sekarang menambahkan enzim GOD ke dalam campuran dan memberikan waktu untuk
bertindak.
Fruktosa mungkin cukup kecil, tetapi tidak cocok secara akurat dan dengan demikian tidak
diubah oleh enzim. Satu-satunya kecocokan yang tepat adalah -d-glukosa.
2.3 Peran Kofaktor dalam Enzim Kompleks
Tidak semua enzim hanya terdiri dari protein, seperti halnya lisozim. Banyak termasuk
komponen kimia tambahan atau kofaktor yang berfungsi sebagai alat. Enzim tersebut dikenal
sebagai enzim yang memenuhi syarat dan memiliki mekanisme reaksi yang lebih rumit.
Kofaktor dapat terdiri dari satu atau lebih ion anorganik (seperti Fe3+, Mg2+, Mn2+, atau
Zn2+) atau lebih molekul organik kompleks, yang dikenal sebagai koenzim. Beberapa enzim
membutuhkan kedua jenis kofaktor. Koenzim adalah senyawa organik yang berikatan dengan
sisi aktif enzim atau di dekatnya. Mereka memodifikasi struktur substrat atau memindahkan
elektron, proton, dan gugus kimia bolak-balik antara enzim dan substrat, menegosiasikan
jarak yang cukup jauh di dalam molekul enzim raksasa. Ketika digunakan, mereka terpisah
dari molekul.
Banyak koenzim yang diturunkan dari prekursor vitamin, yang menjelaskan mengapa kita
membutuhkan pasokan vitamin tertentu yang konstan. Salah satu koenzim yang paling
penting, NAD+ (nicotinamide adenine dinucleotide), berasal dari niacin. Sebagian besar
vitamin yang larut dalam air dari kelompok vitamin B bertindak sebagai prekursor koenzim
sangat mirip dengan niasin.
Otto Heinrich Warburg (1883–1970, Gambar 2.3) menemukan enzim pernapasan sitokrom
oksidase (Gambar 1.14) dan NAD. Penemuannya dan analisis struktural selanjutnya adalah
salah satu jam cemerlang biokimia modern. Dengan tidak adanya niasin dalam makanan,
enzim tertentu (misalnya, dehidrogenase) tidak dapat bekerja secara efektif di dalam tubuh.
Manusia yang terkena akan mengembangkan pellagra, penyakit yang disebabkan oleh
kekurangan vitamin B (niasin). Otto Warburg mengembangkan tes optik yang
memungkinkan untuk mengukur NADH tereduksi pada panjang gelombang 340nm (NAD+
yang teroksidasi tidak menyerap cahaya pada panjang gelombang ini). Sekarang mungkin
untuk mengukur reaksi enzim penting, seperti deteksi glukosa menggunakan glukosa
dehidrogenase (lihat Bab: Bioteknologi Analitik dan Genom Manusia).
Saat ini, vitamin seperti B2 (riboflavin), B12 (sianokobalamin), dan C (asam askorbat)
diproduksi secara besar-besaran menggunakan metode bioteknologi (lihat Bab: Bioteknologi
Putih: Sel sebagai Pabrik Sintetis).
Kofaktor yang terikat secara kovalen pada enzim disebut gugus prostetik. Flavin adenine
dinucleotide bertindak sebagai gugus prostetik untuk TUHAN. Peroksidase dan sitokrom P-
450 mengandung gugus heme, seperti yang ditemukan dalam mioglobin dan hemoglobin.
Kelompok heme itu sendiri terdiri dari cincin porfirin yang menggabungkan ion besi di
pusatnya.
Koenzim, sebaliknya, hanya memiliki ikatan lepas, dan, seperti substrat, mereka mengalami
perubahan dalam proses pengikatan dan digunakan. Tidak seperti substrat, bagaimanapun,
mereka mengikat seluruh host enzim (misalnya, NADH dan NADPH dari hampir semua
dehidrogenase) dan diregenerasi dan didaur ulang di dalam sel (lihat Bagian 2.13). Enzim
yang mengikat koenzim yang sama biasanya mirip satu sama lain dalam mekanisme
kimianya.
(Gambar anatomi dari enzim lysozyme. Atas: Struktur utama dari lisozim, urutan asam amino
dalam molekul (semua 20 amino alami asam hadir, disingkat menurut internasional tata
nama). Empat jembatan disulfida (S-S) adalah ditampilkan dalam warna. Bawah: Struktur
tersier lisozim, spasial susunan peptida rantai. Untuk memberikan yang lebih baik ikhtisar,
hanya tulang punggung perubahan peptida dan cincin gula dari enzim dan pusat aktifnya
ditampilkan (jembatan disulfida berwarna).)
Enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi (itu berarti mengganggu kedalaman
palung atau lembah), tetapi enzim memungkinkan untuk mencapai keadaan kesetimbangan
lebih cepat. Mereka hanya mempercepat proses yang akan terjadi tanpa mereka, meskipun
dengan kecepatan yang jauh lebih lambat—terkadang sangat lambat.
Bagaimana hal ini dicapai tetap menjadi bahan perdebatan di antara para ahli enzim, dan
tampaknya satu penjelasan tidak cocok untuk semua reaksi enzim.
Kami telah melihat satu kemungkinan dalam lisozim (Gbr. 2.8-2.11) di mana substrat
berubah bentuk oleh enzim dan hanya bisa keluar dari posisi tegang dan memutar (keadaan
menengah) dengan konversi produk.
Sejumlah besar energi yang dibutuhkan untuk reaksi mungkin diperoleh selama pengikatan
substrat ke situs aktif.
Dalam larutan, reaktan hanya disatukan secara kebetulan, sedangkan enzim mendekatkan
mereka ke situs aktifnya, sehingga meningkatkan kemungkinan reaksi.
Di situs aktif, gugus fungsi yang sangat reaktif terkonsentrasi di ruang yang sangat kecil dan
diatur sedemikian rupa sehingga mereka bersentuhan langsung dengan ikatan substrat yang
akan mereka modifikasi, sehingga memastikan paparan yang konstan.
Situs aktif terutama mengandung gugus nonpolar, yang membuatnya menyerupai pelarut
organik nonpolar. Reaksi organik umumnya dipercepat dalam pelarut organik nonpolar,
dibandingkan dengan waktu reaksi dalam air polar. Dalam lingkungan organik situs aktif,
beberapa gugus sisi kutub asam amino bermuatan yang ada menjadi super-reaktif
dibandingkan dengan perilakunya dalam larutan berair.
Semua faktor yang disebutkan sejauh ini membantu menjelaskan mengapa reaksi enzimatik
jauh lebih unggul daripada reaksi kimia yang dikatalisis normal, termasuk yang melibatkan
katalis teknis. Ini juga menjelaskan mengapa enzim terdiri dari molekul rantai yang sangat
besar—ini memungkinkan mereka untuk melipat untuk mengatur gugus reaktif yang
diperlukan di satu tempat pada waktu tertentu.
Molekul enzim bukanlah struktur yang kaku, tetapi fleksibel dan dapat dideformasi.
2.7 Pektinase Meningkatkan Produksi Jus Buah dan Sayur
Jus buah dan sayuran telah menjadi bagian dari gaya hidup sehat modern. Saat jus ditekan
dari buah dan sayuran, pektin bermolekul tinggi mengurangi hasilnya. Setiap pengalengan
rumah tahu pektin, yang diperoleh dari inti apel, sebagai bahan pembentuk gel saat
menyiapkan selai dan jeli. Efek gelling inilah yang tidak diinginkan saat mengekstraksi jus
(Gbr. 2.16).
Pektinase yang berasal dari jamur Aspergillus dan Rhizopus diproduksi dalam kultur
terendam. Produksi pektinase di seluruh dunia adalah sekitar 100 ton. Buah dan sayuran
dicincang dan ditambahkan pektinase untuk mendegradasi pektin rantai panjang. Viskositas
jus berkurang, yang membantu penyaringan, dan hasilnya lebih tinggi.