Pendekatan, Metode, dan

Tantangan pada Penelitian

Mikrobioma
Rizqa Citra Dewi
Magister Ilmu Kedokteran Gigi
 01
Masalah dan standar pengendalian
dalam penelitian mikrobioma
❑ Kualitas kontrol penelitian merupakan hal penting untuk melihat kemungkinan
terjadinya kesalahan sebelumnya., maka dari itu hal ini harus diperhatikan.

01 02

“The placenta harbors a unique
microbiome”
Isi dari jurnal tersebut kemungkinan
tidak benar dengan munculnya jurnal
publikasi lain dengan tahun terbit
terbaru
“Human placenta has no microbiome but can
contain potential pathogens”
Isi dalam jurnal tersebut tidak membenarkan isi
dari jurnal pertama. Hal ini memungkinkan
terjadinya kontaminasi dalam penelitian yang
tidak disadari oleh peneliti.
Kontaminasi
Kontaminasi reagen dan laboratorium dapat berdampak kritis pada analisis
mikrobioma yang berbasis sequence (berurutan). Kontaminasi juga bisa berasal dari
lingkungan, alat, bahkan peneliti sendiri. Untuk mencegah terjadinya kontaminasi
dalam sampel penelitian maka diperlukan pembagian 2 sampel, yaitu sampel kontrol
negative dan kontrol positif
 Sampel kontrol negatif
The Issues Rekomendasi
- Seringkali tidak mungkin untuk - Kontrol sampel
mencegah semua penyebab kontaminasi - Kontrol ekstraksi
- Memerlukan akses masuk ke dalam - Kontrol sequence
laboratorium untuk mencegah terkena - Jangan mencampur bioma
atau menyebabkan splashome (percikan)
- Semua sampel memungkinkan
terjadinya kontaminasi silang meskipun
prosedur penelitian sudah mengikuti
aturan dengan baik
- Jika terjadi kontaminasi, sulit untuk
menemukan penyebab utama
 Sampel kontrol positif
The Issues
- Peneliti terkadang tidak mengetahui
secara menyeluruh mengenai komunitas
yang digunakan pada penelitian
- Bioma lain dapat mempengaruhi sampel
- Terdapat kemungkinan kontrol tidak
berjalan dengan baik
Rekomendasi
- Gunakan ekstraksi pada kontrol positif
- Gunakan sequencing pada kontrol
positif
- Gunakan potensi sampel yang banyak
dan pertimbangkan untuk membuat
komunitas sampel sendiri
Contoh kontrol positif berjalan dengan baik Contoh kontrol positif tidak berjalan dengan
baik
 02
Oxford Nanopore sequencing for
analyzing complex microbiomes
Alat molekuler untuk mengidentifikasi mikrobioma
Terdapat banyak metode untuk mengidentifikasi biomolekul secara spesifik yang terhubung dengan kelompok
mikroorganisme tertentu. Target molekul dapat dilakukan pada :

Pigmen yang unik Lipid

Asam nukleat RNA Protein

Pendekatan sequencing
- Murah
- Cepat
- Langsung memberikan informasi urutan
- Tidak memerlukan pelatihan ekstensif
- Kuantitatif
- Transportable (mudah dibawa)
 Alat
nanopore
sequencing
MinION
Ratusan atau ribuan saluran protein tertanam dalam
membran non konduktor dan pori protein akan dapat
berinteraksi dengan protein yang dilepas ke DNA saat
membuat sequencing library. Ketika tegangan diterapkan
melintasi membran, enzim yang dilepaskan mulai
memasukkan DNA melalui saluran protein dan
menghasilkan arus. Hal terpenting adalah masing-masing
nukleotida memiliki profil kelistrikan yang sedikit
berbeda maka akan menghasilkan arus yang berbeda. Alat
ini sangat kecil dan murah karena hanya mengukur arus
rendah dan dapat dilakukan dengan mudah. Terdapat
software yang melakukan basis pengambilan data dan
analisis.
 RNA Operon Database (rOPBD)

Keuntungan :
- Memperoleh urutan sequencing yang lebih panjang
(10x)
- Menentukan urutan dengan informasi yang lebih
spesifik pada regangan
- Dapat dengan mudah dikarakterisasi menggunakan
NCBI BLAST atau WIMP

Database operon didasarkan pada genom yang

dikumpulkan di RefSeq → jadi jika dapat mendeteksi
operon ribosom RNA, maka juga dapat masuk ke genom
mikroorganisme → sehingga alat tidak mendeteksi fungsi
berdasarkan filogeni ribosom RNA → hasil analisis
terkait langsung dengan gen mikroba beserta fungsinya.
Strain Level

Penelitian ini mengisolasi atau melihat data dari 3.100 strain pneumokokus yang dikumpulkan di empat lokasi geografis
berbeda. Peneliti mengurutkan genom dari semua strain ini atau mengeluarkannya dari database dan peneliti menemukan
total 37.000 gen berbeda. Pada spesies mempunyai strain yang berbeda, namun yang terpenting adalah ketika menemukan
genom inti, yang dimana gen-gen tersebut dimiliki oleh setiap spesies tersebut. Sekitar 15 persen gen yang dapat dideteksi
adalah bagian dari genom inti yang berarti 80-85 persen dari potensi genetik dan secara fungsional berada pada tingkat
strain, bukan pada tingkat genus maupun famili.
- MiniON dan rOPDB dapat menjangkau spesies dan resolusi level
strain dari mikroorganisme
- Deteksi pada rOPDB dapat langsung dihubungkan ke genom
lengkap atau sebagian di NCBI RefSeq
 03
The microbial rare biosphere : Current concepts,
methods and rcological principles
BIOSFER MIKROBA LANGKA

Berdasarkan grafis ini, terdapat beberapa spesies dengan jumlah yang

sangat banyak, dan banyak spesies dengan jumlah yang cenderung sedikit
yang disebut “long tail of tranquil venus curve”
 RARE
- Konsep statistik
- Jumlah sedikit
➔ 1 spesies adalah langka jika
dibandingkan dengan jumlah spesies
lain yang melimpah
Tujuan mempelajari biosfer mikroba langka

❑ Mikrobioma merespon terhadap gangguan seperti polusi

❑ Aktif dalam siklus biogeokimia tertentu
❑ Host untuk interaksi simbion

Biosfer mikroba yang langka selalu ada pada setiap jenis lingkungan dan sebagian besar
kelompok biologis. konsensus mengenai definisi dan metode merupakan hal penting, sehingga
bioinformatika dan perbaikan metodologi lainnya masih diperlukan untuk membedakan mikroba
langka dari artefak molekuler. Sintesis mengenai prinsip ekologi biosfer mikroba langka dapat
berguna untuk membandingkan studi.
Kesimpulan
Banyak publikasi yang membahas isu kontaminasi dalam publikasi
penelitian, khususnya dalam konteks studi mikrobioma. Hal ini menyoroti
adanya kontaminan dalam reagen dan peralatan penelitian, yang
menyebabkan potensi ketidakakuratan dalam hasil eksperimen. Webinar
ini menekankan kurangnya pengendalian yang sesuai pada sebagian besar
publikasi mikrobioma, yang menunjukkan perlunya praktik ilmiah yang
lebih baik. Hal Ini memperkenalkan konsep mikrobioma "keton", yang
mengacu pada kontaminan yang berasal dari peralatan penelitian,
sehingga adanya rekomendasi metode yang menggunakan mutasi in silico
untuk mendeteksi strain dalam data mikrobioma, yang berpotensi untuk
mengembangkan alat yang ampuh untuk kontrol kualitas dalam penelitian.
Thank You