Riandini Aisyah

Blok Molecular Biology

Fakultas Kedokteran
UMS 2011
Polimorfisme
Keberadaan dua atau lebih alel pada suatu individu atau spesies
(many forms)
- Level fenotipe
- Level protein
- Level DNA
Polimorfisme in DNA level
Restriction Fragment Length Polimorfism (RFLP)
Minisatelit : Variabel Number of Tandem Repeat (VNTR)
Microsatelit : Simple Tandem Repeat (STR)
VNTR /Minisatelit :
Range ukuran antara 1- 20kb
Repeat unit range 9-80bp
Terletak pada non coding region
Jumlah pengulangan (repeat) pada tiap individu
berbeda : the basis of DNA fingerprinting (sidik jari
DNA)
Simple Tandem Repeat (STR)/Microsatelit :
- whole repetitive region <150bp
- unit repeat hanya 1-6bp
- jumlah pengulangan (number of repeat) berbeda tiap
individu : dasar DNA finger printing
- pola minisatelit dan mikrosatelit dapat memberikan
informasi tentang paternity
What do you think of this result?
Single Nucleotide Polimorphism (SNP)
Pada manusia, perbedaan 1 nukleotida tiap ~1kb
RFLP to detect SNP
 Mutasi
The alteration of DNA sequence
Caused trough :
the action of damaging chemicals or
radiation or
the error inherent in DNA replication and repair
reaction
Chromosomal deletion and insertion
Chromosomal inversion
Point Mutation
Perubahan 1 nukleotida :
delesi
insersi
missense
nonsense (create a stop codon)
silent (no amino acid alteration)
Epigenetik
Definisi
Suatu perubahan yang diturunkan BUKAN oleh karena
perbedaan sequence DNA tapi oleh karena KONTROL
ELSPRESI GEN pada saat proliferasi/pembelahan sel

REGULASI EKSPRESI GEN :

DNA metilasi
Histon modifikasi
Small Interference/micro RNA (miRNA)
Modifikasi Histon
Small Interference/micro RNA (miRNA)
DNA metilasi
Penambahan gugus metil (S-adenosyl-methionin) pada
(hanya) sitosin (yang diikuti oleh guanin) menjadi
methylcytosin oleh bantuan enzim DNMTs (DNA metil
transferase)
Pada manusia, DNA metilasi biasa terjadi pada gen
promoter, menyebabkan gen silence
Pada sel kanker :
banyak terjadi metilasi
metilasi pada promoter sehingga menjadi silence
mensupress tumor supressor gen (p53)
Implikasi klinis :
Hipermetilasi pada CpG island digunakan sebagai
marker molekuler kanker
CpG island normally unmethylated
Distribusi CpG island pada genom manusia dan perbedaan
pola metilasi pada sel normal dan sel tumor
Prosedur methylation specific (MS)-PCR untuk deteksi
metilasi pada sel tumor
Unmethylated DNA sequence : C U
Methylated DNA sequence : C C
Me BRCA1

UnMe

Me ER1

UnMe
 SUMMARY

DNA metilasi adalah suatu normal mechanism pada

CpG nucleotide pada non coding gene dan repeat
elements
DNA pada CpG island secara normal tidak termetilasi.
Bila terjadi DNA metilasi pada daerah tsb akan
menyebabkan gen silence
Gene silencing pada pada tumor supressor gen
memicu berkembangnya kanker
DNA hipermetilasi pada CpG island ditemukan pada
semua tipe kanker
Thank You