GPCR SEBAGAI TARGET DESAIN OBAT

Ania de la Nuez Veulens, Rolando Rodríguez

Divisi Kimia Fisik, Pusat Rekayasa Genetika dan Bioteknologi, CIGB

Dosen Pengampu : Prof. Dr Syamsudin .A,M.Biomed,Apt

Farmasi Rumah Sakit

Daviet Dwi Kuncoro
Herayanti Hermawan
ABSTRAK

Reseptor berpasangan protein G (GPCR) adalah target untuk lebih dari 50% obat yang saat ini
ada di pasaran, termasuk sekitar 25% dari 100 obat terlaris.

GPCR sebagai molekul terpenting di bidangnya penemuan dan desain obat saat ini, karena
perannya sebagai reseptor pada proses dasar dalam tubuh, dan terdapat di semua jaringan.

Desain rasional berbasis struktur sangat sulit untuk dilakukan GPCR; struktur yang tersedia
untuk tujuan pemodelan hanya untuk family A.

Penelitian terus berlanjut dan berkembang, menggunakan teknik berbasis struktur gabungan.
PENGANTAR

G-Protein Coupled Receptor (GPCR) merupakan family protein membran yang bertugas
untuk komunikasi antara sel dan lingkungan. Protein mengenali pembawa pesan
ekstraseluler dan mentransduksi sinyal ke sitosol.

GPCR terikat dengan berbagai molekul, termasuk ion, asam amino, peptida, lipid, dan
nukleotida. GPCR mengontrol aktivitas enzim, saluran ion dan transportasi vesikuler, dan
sebagai katalisis pertukaran GDP-GTP pada protein G heterotrimerik.

GPCR berfungsi biologis yang beragam termasuk indera penciuman, rasa dan
penglihatan, dan pengaturan nafsu makan, pencernaan, tekanan darah, reproduksi dan
peradangan
Pengantar lanjutan …

 GPCR tertentu sering kali diekspresikan dalam beberapa jaringan dan ditemukan pada sistem
saraf pusat.

 Semua GPCR diekspresikan di otak, sehingga organ yang paling tergantung dengan aktivitas
GPCR adalah otak.

 Dalam mekanisme transmisi sinaptik dan sebagaian besar indra kita tergantung pada aktivasi
dari GPCR tertentu.

 GPCR terbukti dapat melakukan modulasi obat molekul kecil, menjadi 50% target pada resep
obat dan menjadi target sebagian besar terapi, dan dapat digunakan dalam pengembangan obat
baru.
Karakteristik GPCR

 GPCR merupakan protein membran integral dengan tujuh heliks transmembran.

 Segmen terminal-N adalah ekstraseluler dan segmen terminal-C terletak di sitosol.
 Domain transmembrane terkonservasi diantara GPCR daripada di ekstraseluler atau intraseluler.
 Tanda motif asam amino sebagai GPCR, contoh :
a. Motif LxxxD pada TM II
b. Motif DRY di ujung TM III
c. Motif NPxxY di TM VII
d. Terminal carboxy merupakan peranan di GPCR

 Intraseluler domain III (antara TM III dan TM VI)

 GPCR dibagi dalam 3 family :
1. Family A (mirip rhodopsin)
2. Family B (kelompok reseptor sekretin)
3. Family C (glutamate metabotropic/feromon)
GPCR

I II III IV V VI VII

DXX
LX
N P
XX
Y

D
R
Y
1. Family A

 Kelompok GPCR terbesar dan paling banyak diteliti dari sudut pandang fungsional
structural.
 Yang termasuk dalam reseptor mirip rhodopsin : catecholamine, neuropeptida,
kemokin, glikoprotein, lipid dan reseptor nukleotida.

 Karakteristik family A sebagian besar merupakan asam amino dan jembatan disulfida.

 Pengikatan ligan di transmembran terjadi di rongga TMs, III, V dan VII

 Kristal rodhopsin menunjukan bahwa transmembrane family A berbentuk “bengkok”

dan “miring”
2. Family B

 Family B mengandung reseptor untuk sejumlah besar peptida seperti kalsitonin,

glukagon, pelepasan gonadotropin hormon dan hormon paratiroid.

 Reseptor ini ditandai oleh terminal amino yang relatif panjang yang mengandung
enam residu sistein, yang membentuk jaringan jembatan disulfida.

 Terminal amino ini berfungsi pada sebagian besar ligan, tetapi itu tidak cukup dan
tambahan interaksi ditemukan dalam loop ekstraseluler
3. Family C

 Family C adalah metabotropic yang mengandung metabotropic reseptor

glutamate, reseptor GABA dan reseptor sensor calcium.

 Reseptor ini dikarakterisasi oleh ujung amino yang panjang dan ekor karboksil.

 Terminal amino dilipat sebagai ligan terpisah mengikat domain yang sering
digambarkan seperti sebuah "perangkap lalat Venus"
 a

Gambar skema family GPCR.

(a) Family A memiliki terminal amino pendek dan domain transmembran "miring" dan "bengkok"

(b) Family B memiliki terminal amino yang relatif panjang yang mengandung residu sistein
(c) Family C memiliki terminal amino panjang yang terlipat sebagai Domain "perangkap lalat
Pengikatan ligan ke GPCR mempromosikan
konformasi perubahan yang mengarah ke kopling G- I II III IV V VI VII

protein, inisiasi jalur transduksi sinyal dan akhirnya

seluler memberikan respons. Studi berdasarkan
paramagnetik elektron resonansi dan spektroskopi
fluoresensi, jika dilihat dari sisi ekstraseluler perlunya
gerakan keluar dari ujung sitoplasma dari TMs III dan Ion channels  
VI, juga rotasi berlawanan arah jarum jam dari TM IP3K
Phospholipases
  G

VI di sekitar heliksnya sumbu. Adenylylcyclase

Receptor kinase
GTP
Heliks lain menyesuaikan posisinya setelah aktivasi.
Setiap GPCR memiliki selektivitasnya sendiri
terhadap protein G. urutan spesifik yang diaktifkan Gi Gs Gq G12,13 

setiap protein G (Gs, Gi, Gq, G12,dll)

GTP GTP GTP GTP

Gambar skema yang menggambarkan 7 heliks dan jalur yang berbeda pada protein G. Setiap GPCR
memiliki selektivitasnya sendiri terhadap protein G tertentu dan setiap protein G memiliki jalur
sinyalnya sendiri.
 Banyak kelas reseptor oligomerisasi konstitutif atau yang diinduksi oleh ligan penting untuk
pensinyalan, tetapi hanya model monomeric yang diterima oleh GPCR.
 Sejak pertengahan Tahun 1990-an, banyak laporan secara berturut-turut menunjukkan
oligomerisasi dari GPCR, contohnya adalah H2 reseptor histamin dan reseptor β2-adrenergic.
Saat ini oligomerisasi diterima secara luas sebagai aspek universal biologi GPCR.
 Beberapa subtipe reseptor terbentuk hetero-oligomer, misalnya :

- angiotensin AT1-AT2 reseptor dan

- reseptor dopamin adenosin-D1 A1, dan

- reseptor "heteromerik"
GPCR dalam Penemuan Obat

 GPCR telah terbukti menjadi target yang sangat baik untuk pengobatan farmasi; bersama dengan
kinase, GPCR merupakan kelas sinyal yang tersaring paling luas target transduksi

 Subfamili ikatan aminogen biogenik GPCR memberikan target yang sangat baik untuk
pengobatan beberapa penyakit sistem saraf pusat, seperti skizofrenia (reseptor D2 / D1 / 5-HT2
campuran), psikosis (reseptor D2 / 5-HT2A campuran), depresi (Reseptor 5-HT1), atau migrain
(reseptor 5-HT1)

 Subfamili GPCR juga merupakan target obat untuk daerah penyakit lain seperti alergi (reseptor
H1), asma (reseptor β2), tukak (reseptor H2), atau hipertensi (antagonis α1, antagonis β1) (Tabel
1).
 Beberapa Obat yang bekerja melalui GPCR

Merk Nama Generik Perusahaan Penyakit Target Reseptor

Claritin loratadine Schering-Plo ugh allergies H1 ant agonist

Zyprexa olanzapine Eli Lilly Tatemoto schizophrenia mixed D2 /D1 /5-HT2

Cozaar losartan Merk & Co hypertension AT1 antagonist

Risperdal risperidone Johnson & Johnson psychosis mixed D2 /5-HT2A

Leuplin/Lupron leup rolide Takeda cancer LH-RH agonist

Neurontin gab apentin Pfizer neurogenic pain GABA B agonist
Allegra/Telfast fexofenadine Aventis allergies H1 ant agonist

Imigran/Imitex sumatriptan Glaxo Smith Kline migrane 5 HT1 agonis t

Serevent salmaterol Glaxo Smith Kline asthma b2 agon ist

Zantac ranitidine Glaxo Smith Kline ulcers H2 ant agonist

Pepcidine famotidine Merk & Co ulcers H2 ant agonist

Zofran ondansetron Glaxo Smith Kline antiemetic 5 -HT3 antagonist

Dovan valsartan Novartis hypertension AT1 antagonist

Duragesic fentanyl Johnson & Johnson pain opioid agonist

GPCR dalam Penemuan Obat

 Saat ini GPCR terdiri dari 50-60% obat di pasaran, termasuk sekitar 25% 100
obat terlaris

 Obat berbasis GPCR saat ini hanya menargetkan ~ 30% dari sekitar 200 yang
diidentifikasi GPCR dalam genom, jadi masih ada peluang besar untuk penemuan
obat lebih lanjut.
Desain Obat Berbasis Struktur

 Desain obat berbasis struktur banyak digunakan di pengembangan obat baru

 Informasi struktur ligan atau target diperlukan untuk pendekatan ini, kemudian dibagi dalam
ligan- atau metode berbasis target.

 Informasi ligan 2D digunakan untuk mengembangkan ligan baru dengan kesamaan struktur atau
pencarian farmakofor 3D untuk identifikasi ligan dengan steric atau electrostatic yang dikenali
pada target situs yang mengikat yang bertanggung jawab atas aktivitas biologis.

 Struktur tiga dimensi dari target protein digunakan untuk mengidentifikasi senyawa yang dapat
mengikat target dengan spesifisitas tinggi, mengakibatkan penghambatan atau aktivasi target dan
sistem efektornya.
Desain Obat Berbasis Ligan

 Ligan GPCR aminergik banyak digunakan pada proses ini, karena memiliki fisika
kimia untuk penyerapan oral.

 Hubungan struktur-aktivitas (SAR) dapat langsung diturunkan dari ligan alam dan
ligan analog. Model farmakofor yang dihasilkan kemudian digunakan untuk
penyaringan virtual untuk mengidentifikasi struktur utama. Molekulnya
dihasilkan dengan cara ini akan berbagi karakteristik ligan dan mungkin memiliki
potensi untuk menggantikan ligan dari reseptor. Ini dicontohkan untuk reseptor β
adrenegik
Molekul yang dihasilkan oleh rancangan obat berbasis ligan akan berbagi fitur kimiawi dari ligan alami.
Baik β-agonis(isoprenalin dan salbutamol) dan β-blocker (propanolol dan atenolol) memiliki kesamaan
fitur kimia yang signifikan dengan adrenalin
 Ligan non aminergik tidak menunjukan sifat fisika kimia untuk penyerapan oral.

 GPCR pengikat peptida, penyaringan kumpulan senyawa yang beragam atau terfokus
merupakan penemuan beberapa obat, non-peptida Ligan GPCRs. diklasifikasikan
sebagai mimetik fungsional karena menimbulkan agonis atau aktivitas antagonis,
tetapi tidak selalu meniru struktur ligan asli

 Contoh untuk penggunaan dari aktivitas-struktur yang diturunkan dari hubungan

peptida untuk mendesain ligan GPCR non-peptidik contohnya reseptor SST, reseptor
opiat, reseptor trombin, hormon pertumbuhan reseptor sekret, dan urotensin II reseptor
 Studi CoMFA memungkinkan modifikasi kimiawi yang bermanfaat atau
merugikan aktivitas biologis

 Studi CoMFA dalam mengoptimalkan ligan yang diarahkan GPCR, misalnya,

untuk reseptor dopamin, reseptor serotonin, reseptor endotelin, dan reseptor
adenosin
Struktur Istimewa

 Struktur istimewa sebagai kerangka molekul tunggal yang mampu menyediakan

ligan untuk berbagai reseptor, dapat menjadi alternatif dalam mencari reseptor
agonis dan antagonis baru.

 Contoh substruktur GPCR istimewa adalah bifenil, 1,1-difenilmetana, xantin, 4-

arilpiperidin, 4-arylpiperazines, dan spiropiperidines

 Obat berbasis benzodiazepin saat ini digunakan untuk beberapa jenis reseptor
sistem saraf pusat dan dalam ligan saluran ion dan GPCR di seluruh tubuh.
Spiropiperidine dapat ditemukan dalam
ligan biogenik reseptor amina serta
dalam senyawa yang bekerja pada
GPCR pengikat kemokin dan peptida.
Struktur ini digunakan untuk reseptor
peptida seperti agonis somatostatin serta
sekret hormon pertumbuhan
 Meskipun penggunaan substruktur yang diistimewakan karena penemuan prospek
untuk mengidentifikasi dengan cepat senyawa baru terhadap target GPCR baru,
selektivitas reseptor harus ditangani secara optimal, karena berbagi senyawa
substruktur yang diistimewakan sering terjadi aktivitas melawan GPCR, dan
bahkan dapat memperoleh aktivitas lain mekanisme GPCR yang belum diketahui,
dengan efek samping yang merugikan
Desain Obat Berbasis Target

 Desain obat berbasis target adalah pendekatan lain untuk menemukan senyawa
yang menunjukkan aktivitas biologis, tetapi membutuhkan struktur tiga dimensi
dari target, hal ini menjadi masalah.

 Dengan rodhopsin sapi, struktur tingkat atom GPCR lain nya, khusus nya
potensial obat GPCR belum diketahui.

 Rhodopsin unik di antara GPCR; itu terdiri dari dua bangunan blok, protein opsin
dan secara kovalen secara reversibel ligan terikat, retinal
Rhodopsin terdiri dari dua blok, protein 7TM yang disebut opsin (abu-abu) dan retinal sebagai ligan (hitam)
Retinal melekat pada Lys296 melalui ikatan basa Schiff terprotonasi.
Aktivasi rhodopsin disebabkan oleh perubahan foto-isomer dari 11-cis menjadi -trans retinal.
 Struktur protein 7TM (7 transmembrane heliks) adalah dari bakteriorhodopsin,
tetapi bakteriorhodopsin bukan GPCR, struktur 3D-nya berbeda secara signifikan
dari rhodopsin.

 Dengan tidak adanya struktur yang ditentukan secara eksperimental untuk GPCR,
pemodelan protein komputasi menjadi pendekatan penting untuk berbasis struktur
penemuan obat untuk GPCR
Model GPCR
 Pendekatan paling mudah untuk menentukan file struktur 3D GPCR adalah permodelan homologi.
 Rhodopsin mewakili kerangka structural yang lebih baik untuk pehamaman data eksperimental
yang tersedia untuk reseptor 7TM terkait dan untuk menghasilkan model molekuler yang lebih
baik dari reseptor keluarga A lainnya.
 Metode pemodelan homologi untuk GPCR dengan akurasi yang cukup untuk desain obat berbasis
struktur akan berdampak besar pada penemuan obat. Tantangannya Banyak sasaran minat untuk
pengembangan obat agak rendah identitas urutan (30%) dengan rhodopsin.
 Model homologi berbasis Rhodopsin telah banyak digunakan dikembangkan untuk reseptor
dopamine D2, opiod reseptor dan reseptor adrenergic α2.
Algoritma predict
 tidak hanya pemodelan homologi yang dapat digunakan untuk memperoleh model
GPCR
 Algoritma PREDICT adalah pendekatan de novo untuk pemodelan struktur 3D GPCR
apapun yang tidak didasarkan pada homologi dengan yang diketahui struktur
rhodopsin atau bacteriorhodopsin
 Metode bergantung pada urutan utama dari reseptor itu sendiri dan pada kendala
structural yang diberlakukan oleh lingkungan membran.
 Predict didasarkan pada sifat fisikokimia dari urutan tunggal dan oleh karena itu secara
substansial berbeda dari pendekatan permodelan yang sudah ada dimana
mengandalkan struktur yang diketahui atau beberapa perataan urutan.
 Predict telah didemostrasikan mampu mereproduksi eksperimental yang diketahui
struktur rhodopsin.
 contoh metode model predict adalah dopamine D2, Neurokinin NK1,
dan reseptor neuropeptide Y,Y1.
 Perbaikan perakitan threading (TASSER) adalah metode lain yang
baru-baru ini dikembangkan. Metode ini menggabungkan algoritma
threading dan ab-initio untuk merentang dari homolog ke non homolog
rejimen.
 TASSER menghasilkan prediksi yang masuk akal untuk wilayah loop.
Ini sangat penting dalam pemodelan GPCR sebagai loop ekstraseluler
sering terjadi penting dalam menentukan spesifitas ligan.
 Oleh karena itu, model TASSER ukuran penuh mungkin memiliki
keuntungan substansial dibandingkan metode pemodelan komparatif
tradisional dan kemungkinan besar akan lebih membantu memahami
interaksi ligan dan pesinyalan GPCR.
 Docking dan penyaringan virtual dengan gpcr
model
 Percobaan cross-docking dilakukan dan menunjukkan bahwa penyaringan virtual
melawan status terikat agonis baru dari GPCR terkait adalah cukup selektif untuk
membedakan tidak hanya ligan sejati dari molekul seperti obat yang dipilih secara
acak tetapi juga true hits dari senyawa tidak aktif yang terkait secara kimiawi.
 Diterapkan pada tiga GPCR manusia, reseptor tersebut model cukup akurat untuk
membedakan yang diketahui agonis dari molekul “mirip obat” yang dipilih secara
acak. Yang terpenting mereka dapat mengambil file virtual hit mendaftar agonis sejati
yang struktur kimia sebelumnya tidak pernah digunakan untuk menghasilkan
farmakofor dan memulihkan model reseptor.
 Orphan gpcr
 Meskipun GPCR telah diselidiki secara intensif sebagai target obat baru. Keanekaragaman
strukturan dan fungsional masih menawarkan kesempatan untuk berkembang obat baru.
 Analisis genom manusia urutan menunjukkan bahwa mungkin ada 750 GPCRencoding gen
manusia, dimana sekitar 160 secara fungsional tidak bisa dicirikan dengan baik atas dasar
urutan hemologi atau dengan asosiasi dengan endogen yang diketahui ligan. Ini disebut
sebagai GPCR yatimpiatu yang mengikat ligan yang tidak diketahui.
 Farmakologi terbalik adalah pendekatan yang bias digunakan untuk deorfanisasi GPCR.
Berdasarkan idenya bahwa GPCR adalah target neurotransmitter, peptide, hormone dan
pemancar lainnya.
 Diharapkan GPCR yatimpiatu itu juga diaktifkan oleh pemancar molekul. Kemudian
GPCR yatimpiatu digunakan sebagai target untuk menguji pemancar potensial.
 Deorphanization sukses pertama dari GPCR yatim piatu dilaporkan pada tahun 1988 (5-
reseptor HT1A dan reseptor dopamine D2). Strategi yang digunakan sama yaitu GPCR
yatim piatu diekskresikan melalui transfeksi DNA dalam sel eukariotik, membran sel ini
berada kemudian dijadikan sasaran untuk menentukan pengikatan potensi pemancar.
 Strategi reseptor yatim piatu adalah metode yang terdiri dari mengekspresikan GPCR
yatim piatu oleh transfeksi menjadi jalur sel eukariotik. Menyiapkan jaringan ekstrak
diharapkan berisi pemancar khusus untuk reseptor yatim piatu dan memantau aktivasi
GPCR dengan menerapkan ekstrak jaringan yang difraksi halus di atas garis sel yang
direkayasa ini. Aktivasi GPCR yatim piatu dimonitor dengan mengukur detik
tanggapan utusan. Ekstrak positif difraksinasi biokimia sampai komponen aktifnya
terisolasi dan dikarakterisasi.
 Strategi reseptor yatimpiatu diterapkan pertama kali diterapkan pada tahun 1995 untuk
penemuan neuropeptide baru yang disebut orphanin FQ atau nocipeptin.
 Struktur gpcr baru
 Dari oktober 2007-2008 selama penyuntingan proses tinjauan ini, struktur GPCR baru
dirilis ke public oleh RCSB dan memang begitu dianggap sebagai terobosan besar
untuk struktur biologi. Tiga protein dari keluarga A: manusia β2 reseptor adrenergik,
adenosin A2A manusia reseptor dan reseptor adrenergic β1 dari dari kalkun umum
direkayasa dan kristalisasi menggunakan metode baru yang menghasilkan resolusi
tinggi struktur.
 Meski belum ada model yang dilaporkan dibangun menggunakan salah satu dari
mereka sebagai template, satu-satunya keberadaan struktur merupakan faktor yang
sangat penting meningkatkan pengetahuan tentang keteraturan struktural dan
perbedaan di antara GPCR dan memang akan begitu membantu kami
menghasilkanmodel yang lebih baik.
 kesimpulan

 GPCR dianggap sebagai molekul terpenting di bidang penemuan dan desain obat,
peran mereka sebagai reseptor di banyak proses dasar pada organisme dan kehadiran
mereka di permukaan sel di semua jaringan membuat mereka menjadi target yang
sangat baik.
 Banyak usaha diperlukan, namun dalam deorfanisasi GPCR, mencocokan semua
molekul yang saat ini diketahui dengan ligan. Ada beberapa kelompok yang mencoba
untuk memurnikan, melipat dan mengkristalkan GPCR dengan yang penting terobosan
dan struktur bisa diharapkan di waktu dekat. Ini pasti akan mengubah arah desain
berbasis struktur untuk target GPCR.