ELEKTROFORESIS &

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Disusun Oleh:
KELOMPOK IV (EMPAT)
- Maulya Faradina (15020200038); - Rika Amaliah Salam (15020200039)
- Limasshitha Nur Alfiani (15020200040); - Sitti Auliya Luqman (15020200041)
 A. Pengertian Elektroforesis

• Elektroforesis berasal dari bahasa yunani yang mempunyai arti transport atau
perpindahan melalui partikel-partikel listrik.
• Elektroferesis merupakan teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat
berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis juga merupakan metode yang paling
banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler. Secara
umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan
memurnikan fragmen DNA
.
 Prinsip Kerja Elektroforesis

Elektroforesis adalah suatu proses migrasi molekul bermuatan di dalam

suatu media yang bermuatan listrik, dimana kecepatan migrasinya
tergantung pada muatan, ukuran dan bentuk setiap molekul yang terlibat.
Pada saat arus listrik diberikan, molekul bermigrasi melalui
media( biasanya berupa gel), molekul yang kecil akan bermigrasi lebih
cepat dari pada yang besar, sehingga akan terjadi pemisahan
Komponen Elektroforesis

Elektroforesis terdiri dari beberapa komponen utama dalam penggunaanya yaitu:

1. Larutan Elektrolit, yang berfungsi sebagai pembawa komponen. Umumnya berupa
larutan buffer dengan pH tertentu sesuai dengan karakteristik senyawa yang akan
dipisahkan.
2. Media Pemisah, merupakan tempat proses pemisahan terjadi. Media pemisah ini berupa
kertas (selulosa asetat, selulosa nitrat), gel kanji, gel polikrilamid, busa poliuretan atau
agar-agar.
3. Elektroda, merupakan bagian yang paling penting, berfungsi sebagai penghubung arus
listrik dengan media pemisah dan baterai atau arus listrik sebagai sumber energi (source)
pada rangkaian alat.
 Jenis-Jenis Elektroforesis
1. Elektroforesis Kapiler
Elektroforesis kapiler adalah teknik elektroforesis yang memisahkan ion-ion bergantung
pada mobilitas elektroforesisnya dalam medan listrik.
2. Elektroforesis Gel
Elektroforesis gel adalah teknik elektroforesis yang pemisahan molekul dengan media gel
berpori yang dialiri medan listrik.
3. Immunoelectrophoresis
Immunoelectrophoresis adalah teknik elektroforesis yang memisahkan molekul
berdasarkan reaksinya terhadap antibody
4. Electroblotting
Elektroblotting adalah teknik pemisahan asam nukleat dengan menggunakan
membran padat untuk mendeteksi protein tertentu.
5. Pemfokusan Isoelektrik
Pemfokusan isoelektrik adalah teknik elektroforesis dengan resolusi yang tinggi
melalui penciptaan gradient pH. Pemfokusan isoelektrik dilakukan dalam tegangan
listrik yang tinggi agar molekul bisa bergerak hingga titik nol muatannya.
6. Elektroforesis Gel Medan Berdenyut
Elektroforesis gel medan berdenyut digunakan untuk pemisahan molekul yang lebih
besar (tidak bisa melewatipori gel). Elektroforesis gel medan berdenyut dilakukan
dengan cara menerapkan medan listrik yang berubah secara konstan sehingga
protein terpaksa melakukan reorientasi dan kemudian terpecah dari makromolekul.
Elektroforesis immunoelectrophoresis

Elektroforesis Gel
 Faktor- Faktor Yang Mempengaruhi Hasil Elektroforesis
SAMPEL
Sampel yang akan dipisahkan sangat
memungkinkan memberi pengaruh laju
Perpindahan ditinjau dari muatan,
ukuran, dan bentuk molekul. Jumlah
muatan total akan berbanding lurus
dengan laju perpindahan, konsentrasi
muatan yang bermigrasi tergantung pada
pH.
MEDAN
LARUTAN
BUFFER
LISTRIK
Larutan buffer berfungsi untuk mempertahankan
pH di dalam medium pemisah, dan berfungsi
Sumber suatu listik yang stabil
sebagai media penyedia elektrolit pada proses
sangat diperlukan untuk
pergerakan aliran listrik. Larutan buffer harus
memiliki interkasi dengan molekul yang menghasilkan aliran listrik dengan
dipisahkan, dan pH yang digunakan menjadi
tegangan yang konstan
perhatian sehingga kumpulan molekul dapat
dipisahkan satu sama lain tetapi tidak mengalami
perubahan struktur.
 Analisis Elektroforesis
Elektroforesis digunakan secara luas dalam analisis DNA, RNA dan protein.

- Analisis DNA hasil elektroforesis dapat dilakukan dengan pengolahan citra untuk mendapatkan nilai
molekul DNA pada gel hasil elektroforesis. Dan dapat menggunakan beberapa metode untuk
memperbaiki citra DNA hasil elektroforesis yaitu menggunakan filter gaussian serta merubah warna
menjadi skala grayscale.
- Analisis protein serum menggunakan metode elektroforesis secara rutin dilakukan untuk skrining dan
monitor kelainan protein, tidak hanya untuk keganasan sel B, tetapi juga respon imun dan inflamasi.
Metode elektroforesis yang umum digunakan adalah agarose gel electrophoresisdan capillary
electrophoresis
 Polymerase Chain Reaction (PCR)
PCR atau Polymerase Chain Reaction merupakan teknik amplifikasi DNA secara
invitro. PCR merupakan cara yang sensitif, selektif dan sangat cepat untuk
memperbanyak sekuen DNA yang diinginkan. Adapun prinsip dasar dari PCR yaitu:
- Denaturasi; Denaturasi yang tidak lengkap mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA
untai ganda lagi) secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya proses PCR
- Annealing (Penempelan Primer);Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah 30-45 detik.
Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya.
- Pemanjangan Primer (Extention); Produk PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan menggunakan
elektroforesis gel agarosa. Metode ini terdiri atas menginjeksi DNA ke dalam gel agarosa dan menyatukan gel
tersebut dengan listrik.
 Komponen PCR

Empat komponen utama pada proses PCR adalah

(1) DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipat gandakan,
(2) Oligonukleotida (primer), yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25 basa
nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sinstesis rantai DNA. Primer yang
digunakan dalam PCR ada dua, yaitu oligonukleotida yang mempunyai sekuen yang
identik dengan salah satu rantai DNA cetakan pada ujung 5’ – fosfat dan oligonukleotida
dengan sekuen pada ujung 3’–OH rantai DNA cetakan yang lain,
(3) Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), yang terdiri atas dATP, dCTP, dGTP, dTTP
(4) Enzim DNA polymerase, yaitu enzim yang berfungsi sebagai katalis dalam reaksi sintesis
rantai DNA.
TERIMAKSIH
Thanks You!!
Danke:,
 Pertanyaan & Jawaban

Penanya: Syahyu Resvani

Penjawab: Limasshitha Nur Alfiani
Pertanyaan : Apa saja manfaat dari Elektroforesis??
Jawaban:
Elektroforesis sangat bermanfaat untuk mengetahui
a). Nasib dari obat yang diberikan kepada pasien atau binatang percobaan.
b). Dengan analisis elektroforesis perjalanan obat dapat dilacak
c). Alat yang menggunakan tenaga 100 volt/cm secara bertingkat, dapat
memisahkan beberapa senyawa hanya dalam 15 menit
d). Ukuran fragmen DNA dari produk PCR,
e). Memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran,lalu dapat
disequencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA
(Ibnu Dwi Buwonono,dkk.2017):
 Pertanyaan & Jawaban

Penanya: Nur Hijjah

Penjawab: Sitti Auliya Luqman
Pertanyaan: Bagaimana cara perawatan alat Elektroforesis??
Jawaban:
Perawatan Alat Elektroforesis yaitu dengan:
1. Setiap selesai pemakaian alat langsung disiram dengan air keran dan dicuci
2. Simpan alat pada tempatnya dalam keadaan kering
(Trinil Susilowati.2014)
 Pertanyaan & Jawaban
Penanya: Nikita Noviandita
Penjawab: Rika Amaliah Salam
Pertanyaan: Jelaskan Bagaimana Cara Kerja Jika Ingin Melakukan Analisis dengan Elektroforesis
Jawaban: Cara Kerjanya
1. Siapkan gel untuk elektroforesis
2. Jepit gel di dalam tempat gel
3. Masukkan gel ke dalam elektroforesis chamber 1
4. Tuang runnning buffer sampai batas yang tertera dalam elektroforesis chamber
5. Isi sampel yang akan dirunning ke dalam sumuran sumuran yang tersedia di dalam gel
6. Tutup chamber (pastikan kabel merah dan kabel hitam tidak tertukar)
7. Sambungkan ke power supplay dan set tegangan (volt) kuat arus (ampere), dan waktu (menit) kemudian mulai
running
8. Setelah selesai, lepas gel dari kaca dan diperlakukan sesuai dengan kebutuhan
 Pertanyaan & Jawaban

Penanya: Asfira Agus

Penjawab: Maulya Faradina
Pertanyaan: elektroforesis merupakan elektroforesis yang menggunakan gelsebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul. sebutkan 3 macam gel yang di gunakan beserta fungsinya!
Jawaban :
Tiga macam gel yang digunakan dalam elektroforesis adalah:
1. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda oligonukleotida dan
menganalisis hasil ekstensi primer.
2. Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar.
3. Gel agarosa formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem elektroforesis yang
digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran standar.
(Reiner Westermeier.2016)
 Pertanyaan & Jawaban

Penanya: Dewi Safitri

Penjawab: Sitti auliya luqman
Pertanyaan: Hal apakah yang harus di perhatikan di dalam pengusaha elektroforesis kapiler sehingga
dari prinsip kerjanya menghasilkan produk yang maksimal ?
Jawab :
Untuk melakukan pemisahan dengan baik, kita harus menggunakan pH yang tinggi sehingga kedua
spesi tersebut dapat berada dalam bentuk anionnya. Namun ketika pH sudah diatur tinggi, hanya akan
terbentuk satu puncak pada elektroforegram. Hal ini disebabkan karena kedua spesi alam menuju pada
kutub yang sama. Pemisahan dapat tetap dilakukan dengan baik asalkan muatan detektor diatur menjadi
positif dan muatan injektor diatur menjadi negatif.

(Antonius Suwanto,dkk.2019)
 Pertanyaan & Jawaban

Penanya: Andi Ailzah

Penjawab: Rika Amaliah Salam
Pertanyaan: Berikan Contoh-contoh penelitian yang menggunakan elektroforesis ??
Jawab :
Penelitian penggunaan Elektroforesis:
Purwadi (2010) melakukan penelitian tentang penggunaan elektroforesis terhadap protein whey dan
air pemulur pada pembuatan keju Mozzarella yang dipengaruhi oleh suhu koagulasi dan pemuluran.
Elektroforesis yang digunakan tipe SDS-Page, menggunakan media pemisah gabungan poliakrilamida-
natrium dodesil sulfat. Elektroforesis jenis ini memiliki sifat lebih sensitif dan lebih akurat, hanya saja
membutuhkan proses yang lebih lama. Diperoleh hasil bahwa bahwa suhu koagulasi yang baik ialah 30
atau 35 °C,karena kedua suhu tersebut tidak berbeda nyata, maka agar lebih efisien sebaiknya digunakan
suhu 30 °C. Suhu pemuluran semuanya tidak berbeda nyata, sehingga agar lebih efisien digunakan suhu
terendah
 Pertanyaan & Jawaban

namun dengan suhu 70 °C keju yang dihasilkan kurang mulur, sehingga sebaiknya digunakan suhu 75
°C.
Kusumaningrum et all (2014) melakukan penelitian tentang gerak molekul DNA yang terpolarisasi
pada elektroforesis berdasarkan muatan. Penelitian ini melakukan kombinasi alat antara prinsip
elektroforesis dan dielektroforesis terintegrasi perangkat lunak untuk mengukur konsentrasinya.
Pengukuran konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer UV/VIS. Penelitian ini bertujuan untuk
melakukan desain untuk mengukur konsentrasi DNA berdasarkan gambaran yang dihasilkan pada gel
elektroforesis menggunakan perangkat lunak berbasis MatLab.