PROSES YANG TERJADI

PADA DNA
STRUKTUR DNA
Terdiri dari dua untai rangkaian
nukleotida yang saling melilit
kekanan dengan aksis yang
sama.
Satu lilitan berukuran 36 ,
atau tersusun atas 10,5
pasangan basa.
Struktur utama, yang
merupakan rangkaian
deoksiribosa yang berselang-
seling dengan gugus fosfat,
berada di bagian luar lilitan.
Pasangan basa purin dan
pirimidin dari masing-masing
untaian mengisi bagian dalam
lilitan.
UNTAIAN BENANG DNA
Pasangan benamg DNA bukan identik
tetapi berpasangan.
C berpasangan dengan G, sedangkan A
dengan T.
Kedua benang DNA berpasangan secara
antiparallel.
Urutan basa ditulis dari ujung yang
memiliki fosfat bebas di atom C no 5' dari
gugus deoksiribosanya ke arah ujung
yang memiliki hidroksil bebas di atom
C no 3' dari gugus deoksiribosanya.
Struktur ini sangat sesuai untuk
penyimpanan dan transfer informasi!


IKATAN BASA DALAM DNA
Pasangan basa C-G (merah) dan
A-T (biru) merupakan pasangan
isosterik (bentuk dan ukurannya
sama), sehingga memungkinkan
pengisian ruang antar lilitan yang
tidak dipengaruhi oleh urutan basa
penyusunnya.

Pengisian ruang antar
lilitan.
PENEMUAN STRUKTUR DNA
Franklin memperoleh data
difraksi sinar x (di awal tahun
1950s) yang menunjukkan adanya
2 periodisitas DNA, yakni 3.4
dan 34 .
Watson dan Crick membuat
model 3-D dari data tersebut.
ASAM NUKLEAT
Konformasi B Konformasi
DNA.
Konformasi A Konformasi
RNA.
36 pasangan basa
Struktur penopang - biru;
Basa- abu-abu
RINGKASAN STRUKTUR
ASAM NUKLEAT
RNA MEMILIKI STRUKTUR YANG
BERAGAM
Pasangan basa
Watson-Crick (bagian
yang membentuk
heliks; konformasi A).
Heliks adalah struktur
sekunder.

Perhatikan pasangan
A-U di RNA
DNA juga
dapat
membentuk
struktur
seperti ini.
M1 RNA yang
panjangnya 337
nukleotida sebagai
bagian dari enzim
RNase P (memproses
tRNA) yang dimiliki
oleh E. coli memiliki
banyak struktur hairpin
loops
Rangkaian RNA
acakpun dapat
membentuk struktur
(60-70%)
RNA berukuran
besar
membentuk
struktur
kompleks
Pasangan G-U juga
ditemukan, karena
secara termodinamika
dimungkinkan.
G-U pairs
Beberapa bagian lain dapat
berpasangan sehingga membentuk
lipatan tersier.
RNA MEMBENTUK STRUKTUR TERSIER
RNA
untai
tunggal
dalam
heliks
memilin
ke kanan

Hijau =
Struktur
utama
Intron T. thermophila,
Suatu ribozim (enzim
dari RNA) (1GRZ)
Bentuk kepala palu dari
ribozim (1MME)
tRNA
Phe
dari khamir

(1TRA)
REAKSI PADA ASAM NUKLEAT
Replikasi: Pembentukan salinan tepat dari suatu molekul.
Replikasi DNA merupakan sesuatu yang sangat penting
bagi kehidupan karena hal ini yang memulai pembentukan
keturunan.
Transkripsi: Penyalinan informasi genetik yang disimpan
dalam DNA membentuk RNA
Translasi: Penterjemahan informasi genetik yang telah
tersalin dalam bentuk RNA menjadi polipeptida yang
tersusun atas urutan asam amino tertentu
Fungsi-fungsi ini pada molekul sekompleks DNA, RNA, dan
polipeptida harus dilaksanakan tanpa kesalahan
(kesalahan mengakibatkan mutasi).
Oleh karenanya, perubahan kimia asam nukleat harus
dicegah, dimonitor, dikendalikan, dan diperbaiki bila
diperlukan.
TRANSFORMASI ASAM NUKLEAT
Fisik
Denaturasi (Meleleh)
Renaturasi (Menempel)
Tergores (Aus)
Kimia
Replikasi, sintesis
Pemotongan
Deaminasi
Depurinasi
Crosslinking
Alkilasi
Oksidasi
DENATURASI DNA
Untaian benang DNA dapat
dipisahkan (didenaturasi) oleh
peningkatan suhu, oleh
karenanya disebut pelelehan
DNA.
Proses ini dapat diikuti
dengan mengamati serapan
sinar ultraviolet oleh DNA.
Basa DNA yang berikatan
dengan pasangannya
menyerap sinar uv lebih
sedikit daripada DNA yang
terlepas; hal ini disebut
hypochromism.
PERCOBAAN PELELEHAN DNA
Temperatur pelelehan (melting temperature, T
m
)
adalah titik tengah dari bagian kurva pelelehan yang
linier.
Bagaimana bentuk kurvanya?
UNTAIAN BENANG DNA YANG
TERDENATURASI SEBAGIAN
Gambar mikroskop elektron di
samping menunjukkan DNA yang
mengalami denaturasi sebagian
oleh pemanasan.
Anak panah merah menunjukkan
daerah yang menjadi untai
tunggal, yang tampak seperti
gelembung (bubble).

Apakah bagian yang mengalami denaturasi paling awal selalu sama
tiap kali DNA didenaturasi menggunakan panas? Kalau ya kenapa,
kalau tidakpun kenapa? Apakah ciri-ciri daerah Bubble?
PELELEHAN DAN PENEMPELAN
(MELTING AND ANNEALING)
DNA
T
m
tergantung pH, kekuatan
ion, panjang DNA, dan
komposisi basa DNA
Denaturasi DNA bersifat dapat
balik (reversible).
Pembentukan DNA double heliks
dari DNA yang mengalami
denaturasi disebut annealing
(penempelan).
Penurunan suhu hingga di bawah
T
m
(perubahan pH, kekuatan ion,
dll.) mengakibatkan annealing.
DENATURASI DAN
ANNEALING
Denaturasi merupakan akibat
dari rusaknya interaksi yang
menstabilkan struktur DNA:
Ikatan Hidrogen
Kumpulan Base
Renaturasi dari untai DNA
yang terpisah terjadi melalui 2
tahap.
Renaturasi dari untai DNA
yang mengalami denaturasi
parsial terjadi melalui 1 tahap
yang cepat
ANNEALING: HIBRIDISASI
Percobaan: DNA manusia dan lalat yang
mengalami denaturasi total.
Cuplikan DNA terdenaturasi dicampur dan
dibiarkan pada suhu ~ 65 C selama
beberapa jam
Dalam kondisi ini basa-basa yang
berpasangan akan mengalami annealing.
Sebagian besar DNA lalat akan anneal
dengan DNA lalat; sedangkan DNA manusia
akan anneal dengan DNA manusia
Beberapa potongan DNA lalat akan anneal
dengan potongan DNA manusia
membentuk hybrid duplexes.
Hal ini menunjukkan adanya bagian yang
sama antara DNA manusia dan lalat
sebagai bukti adanya kesamaan nenek
moyang.
Bagaimana jika DNA
manusia dan simpanse?
REPLIKASI DNA
Pada replikasi DNA, masing-
masing untai DNA berfungsi
sebagai cetakan untuk sintesis
untai pasangannya yang baru,
menghasilkan dua molekul DNA.
Cara ini disebut cara replikasi
semikonservatif.
Replikasi cara semikonservatif
membutuhkan pemisahan untai
DNA (pelelehan sebagian, atau
denaturasi) sehingga untai tetua
menjadi cetakan.
NUCLEIC ACIDS CAN BE
CHEMICALLY ALTERED
Deaminasi
Depurinasi
Crosslinking
Alkilasi
Oksidasi
Apa akibatnya?
DEAMINASI BASA
Basa nukleotida dapat mengalami
kehilangan gugus amino eksosiklik
secra spontan (deamination).
Pada kondisi dalam sel, deaminasi
sitosin dari DNA terjadi dengan
frekuensi satu di antara 10
7
residu
setiap 24 jam.
Deaminasi A dan G terjadi pada
frekuensi 1/10nya.
Can now
pair with
MUTASI KARENA DEAMINASI
Deaminasi C bersifat mutagenik.
Sitosin yang mengalami deaminasi berubah menjadi
urasil
Urasil yang dihasilkan berpasangan dengan A (C
seharusnya berpasangan dengan G)
Hal ini mengakibatkan penggantian G menjadi A di untai
DNA pasangannya
Uracil
TIMIN DALAM DNA MEMUNGKINKAN
KOREKSI ATAS KESALAHAN
Mengapa U hanya ada di RNA, dan T di DNA?
Deaminasi spontan dari C, yang menghasilkan U, sering
terjadi.
Hal ini bersifat mutagenik (kenapa?)
Enzime urasil glikosilase mengenali U di DNA dan
memotong ikatan glikosidanya untuk menghilangkan
basa ini.
Sel mutan yang tidak memiliki urasil glikosilase sering
mengalami mutasi G-C menjadi A-T.
DEPURINASI
Ikatan N-b-glikosil yang
terjadi antara basa nitrogen
dengan gula deoksiribosa
dapat mengalami hidrolisis.
Hal ini terjadi lebih cepat
pada basa purin
dibandingkan dengan basa
primidin.
1/100.000 purin hilang dari
DNA setiap 24 jam.
Depurinasi RNA berlangsung
lebih lambat.
CROSSLINKING OF BASES
Dimer pirimidin dapat
terjadi karena paparan
sinar UV.
Paling sering ditemukan
pada T yang
berdampingan dalam
untai DNA yang sama.
Membentuk siklobutana,
atau dimer berikatan 6-4.
Sinar X dan sinar g
(gamma) dapat
menyebabkan pemecahan
struktur cincin dan
fragmentasi basa
nitrogen.
KERUSAKAN DNA KARENA UV
Pembentukan dimer siklobutan
pirimidin dimer mengakibatkan
tekukan pada heliks DNA.
Hal ini terjadi 50-100 kali setiap detik
pada sel-sel kulit yang disebabkan
oleh sengatan sinar matahari.
Sebagian besar kerusakan ini
dikenali dan segera diperbaiki.
Jika kerusakan tidak diperbaiki,
mutasi permanen akan terjadi.
Mutasi CC menjadi TT terjadi juka
dimer CC salah berpasangan dengan
dua basa adenin. Hal ini yang
ditemukan pada gen p53 pada kasus
kanker kulit.
MUTASI KARENA METILASI
ALKILASI KARENA PAPARAN KIMIA
Dimetilsulfat dapat memetilasi guanin sehingga
menghasilkan O
6
-metilguanin.
Apa akibatnya?
SENYAWA KIMIA PENGALKILASI BERBAHAYA
BAGI ANAK-ANAK DAN MAHLUK HIDUP LAINNYA
Nitrogen mustard. Digunakan pada penangan penyakit Hodgkin
dan tumor otak.
Gejala awal akibat paparan: iritasi pada kulit, mata dan saluran
pernapasan, terasa terbakar dan melepuh.
Dampak jangka panjang: leukemia.