LAPORAN PRAKTIKUM Dag Kumpul 2

LAPORAN PRAKTIKUM
DASAR ANALISIS GENETIK

TEMA GEN MYOSTATIN PADA SAPI
Disusun oleh:
Kelompok
I
Asisten Pendamping :
Ivana I. M. Sihontang
Ella Cynthia Artandy
LABORATORIUM GENETIKA DAN PEMULIAAN TERNAK

FAKULTAS PETERNAKAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2018
1
LAPORAN PRAKTIKUM
DASAR ANALISIS GENETIK
Disusun oleh:
Kelompok II
Laksa Ersa Anugratama PT/07146
Arlina Rosyada PT/06729
Asisten Pendamping :
Ivana I. M. Sihontang
Ella Cynthia Artandy
LABORATORIUM GENETIKA DAN PEMULIAAN TERNAK

FAKULTAS PETERNAKAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2018
I
HALAMAN PENGESAHAN
Laporan Praktikum Dasar Analisis Genetik disusun sebagai salah

satu syarat dalam mengikuti mata kuliah Dasar Analisis Genetik di Fakultas
Peternakan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Laporan Praktikum Dasar Analisis Genetik telah disahkan oleh
asisten pendamping pada tanggal November 2018.
Disusun oleh:
Nama NIM Tanda Tangan
Laksa Ersa Anugratama PT/07146 1.
Arlina Rosyada PT/07213 2.
Yogyakarta, November 2018
Asisten Pendamping I Asisten Pendamping II
Ivana I. M. Sihontang Ella Cynthia Artandy

15/385667/PT/07105 15/383747/PT/07020
II
KATA PENGANTAR
Puji syukur penyusun panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa,

sehingga atas limpahan rahmat-Nya penyusun dapat menyelesaikan
laporan Ilmu Pemuliaan Ternak semester ganjil. Penyusun mengucapkan
terima kasih kepada berbagai pihak yang telah membantu dalam
pembuatan laporan ini, di antaranya :
1. Prof. Dr. Ir. Ali Agus, DAA., DEA., IPU. selaku dekan Fakultas
Peternakan Universitas Gadjah Mada Yogyakarta,
2. Prof. Dr. Ir. Sumadi, MS., IPU., Tety Hartatik, S.Pt., Ph.D., IPM., Ir.
Dyah Maharani, S.Pt., MP., Ph.D., IPM., Galuh Adi Insani, S.Pt.,
M.Sc., Akhmad Fathoni, S.Pt., M.Sc., selaku dosen pengampu mata
kuliah Dasar Analisis Genetik Fakultas Peternakan Universitas
Gadjah Mada Yogyakarta,
3. Seluruh Asisten Dasar Analisis Genetik Fakultas Peternakan
Universitas Gadjah Mada Yogyakarta,
4. Laboran Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Ternak,
5. Pihak-pihak yang telah menbantu dan tidak bisa kami sebutkan satu-
persatu.
Penyusun menyadari bahwa laporan ini masih banyak kekurangan,
untuk itu segala kritik dan saran yang konstruktif sangat diharapkan. Kritik
dan saran tersebut kiranya dapat memperbaiki dan meningkatkan kualitas
dan kuantitas penyusun dimasa yang akan datang.
Semoga dengan tersusunnya laporan Dasar Analisis Genetik ini
dapat memberi sumbangsih yang bermanfaat bagi kita semua khususnya
bagi mahasiswa peternakan Universitas Gadjah Mada dalam memperkaya
khasanah budaya serta ilmu yang dimiliki.
Yogyakarta, November 2018
Penyusun
III
DAFTAR ISI Commented [u1]: Lengkapi ya
Halaman
HALAMAN JUDUL ........................................................................................ i
HALAMAN PENGESAHAN .......................................................................... ii
KATA PENGANTAR .................................................................................... iii
DAFTAR ISI .................................................................................................. iv
DAFTAR TABEL .......................................................................................... vi
DAFTAR GAMBAR ..................................................................................... vii
DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................viii
ACARA 1. PRA PRAKTIKUM
KEGIATAN PRAKTIKUM
PEMBAHASAN
KESIMPULAN
KESIMPULAN DAN SARAN
LAMPIRAN
ACARA 2 PENGENALAN ALAT DAN BAHAN DASAR ANALISIS DNA DI

LABORATORIUM ......................................................................................... 1
Tinjauan Pustaka ....................................................................................... 3
Kegiatan Praktikum .................................................................................... 7
Pembahasan ............................................................................................10
Kesimpulan ...............................................................................................16
KRITIK DAN SARAN
Daftar Pustaka..........................................................................................17
Lampiran ................................................................................................... 19
ACARA 3 STUDI REFERENSI, TABULASI DATA GENBANK DAN
PENENTUAN SEKUEN DNA TARGET .....................................................20
Tinjauan Pustaka .....................................................................................20
Kegiatan Praktikum .................................................................................. 26
Pembahasan ............................................................................................30
Kesimpulan ...............................................................................................33
Daftar Pustaka..........................................................................................34
Lampiran ................................................................................................... 35
ACARA 4 ANALISIS DNA DI LABORATORIUM ..................................... 36
Kesimpulan ...............................................................................................43
Daftar Pustaka..........................................................................................44
IV
Lampiran ................................................................................................... 45
ACARA 5 ANALISIS PETA ENZIM RESTRIKSI DAN PERHITUNGAN
FREKUENSI ALEL/GENOTIP .................................................................... 46
Pembahasan ............................................................................................52
Kesimpulan ...............................................................................................54
Daftar Pustaka..........................................................................................55
Lampiran ................................................................................................... 56
ACARA 6 PENSEJAJARAN SEKUEN DATA GENBANK
MENGGUNAKAN BIOEDIT DAN MUSCLE .............................................. 57
Pembahasan ............................................................................................61
Kesimpulan ...............................................................................................63
Daftar Pustaka..........................................................................................64
Lampiran ................................................................................................... 65
PENUTUP .................................................................................................... 66
Kritik .......................................................................................................... 66
Saran ........................................................................................................ 66
LAMPIRAN .................................................................................................. 67
V
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Daftar alat yang digunakan dalam analisis DNA di laboratorium

beserta fungsinya.................................................................................... 7
Tabel 2. Daftar Genbank Accession Number gen Myostatin pada sapi .... 26
Tabel 3. Daftar Genbank Accession Number, primer pengapit, posisi, dan
ukuran produk PCR gen Myostatin ......................................................27
Tabel 4. Daftar Gebank Accession Number pada sapi yang dianalisis pada
enzim restriksi menggunakan BioEdit .................................................. 51
enzim restriksi menggunakan NebCutter ............................................. 51
Tabel 6. Prediksi ukuran fragmen potongan DNA menggunakan enzim
retrksi..................................................................................................... 51
Tabel 7. Daftar Single Nucleotide Polymiorphism (SNPs) pada sampel
penelitian dan genbank pada sapi .......................................................60
penelitian dan genbank pada sapi .......................................................60
VI
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. Mekanisme kerja myostatin dalam pertumbuhan otot dan

diferensiasi ............................................................................................24
Gambar 2. Sekuen Target Spesies Bos Taurus dengan Accession Number
AB076403 .............................................................................................28
AF320998..............................................................................................29
AF348479..............................................................................................29
AF176811..............................................................................................29
Gambar 6. Pensejajaran Sekuen Accession Number AF320998.1 dengan
AB076403.1 menggunakan BioEdit .....................................................60
VII
DAFTAR LAMPIRAN
VIII
ACARA 1
PRA-PRAKTIKUM
Waktu Pelaksanaan : 3 September 2018

Tema Praktikum : Pengumpulan jurnal myostatin
Metode yang dilakukan :
Metode yang digunakan dalam acara Pra-Praktikum yaitu praktikan
diberi tugas mencari studi referensi berdasarkan tugas masing-masing
kelompok. Tugas studi referensi yang dicari mengenai gen target myostatin.
Tugas tersebut dikumpulkan pada masing-masing asisten pendamping
Jumlah Peserta Hadir : 9 Orang
Kegiatan Praktikum
Kegiatan praktikum yang dilakukan dalam acara Pra-Praktikum yaitu
praktikan mendaftar praktikum Dasar Analisis Genetik pada web Elok.
Praktikum mengikuti rangkaian acara Pra-Praktikum seperti asistensi, dan
general pretest. Praktikan mencari studi referensi berdasarkan tugas
masing-masing kelompok. Tugas studi referensi yang dicari mengenai gen
target myostatin. Tugas tersebut dikumpulkan pada masing-masing asisten
pendamping.
Pembahasan
Studi referensi merupakan referensi berupa jurnal internasional
ataupun paper yang digunakan untuk mengetahui data yang akan diteliti
berdasarkan data genbank dari referensi tersebut. Tujuan dari kegiatan
studi referensi dan tabulasi data genbank adalah dapat mengetahui
informasi penting mengenai gen yang ingin dicari seperti accession number,
primer forward, dan primer reverse. Tujuan penentuan gen target adalah
untuk memudahkan dalam analisis lanjutan seperti pensejajaran sekuen
dan restriction mapping. Referensi adalah tulisan tentang sejumlah
informasi terhadap sebuah buku yang ditinjau dan juga telah dinilai sumber
penulisannya.
1
Alat yang digunakan dalam acara Pra-Praktikum yaitu laptop atau
komputer di ruang komputer Perpustakaan Fakultas Peternakan
Universitas Gadjah Mada.
2
ACARA 2
PENGENALAN ALAT DAN BAHAN DASAR ANALISIS DNA DI
LABORATORIUM
Waktu Pelaksanaan : 10 September 2018

Tema Praktikum : Gen Myostatin
Metode yang digunakan dalam acara pengenalan alat/bahan dasar
analisis DNA di laboratorium adalah secara tidak langsung yaiu dengan
mengamati video yang diputarkan oleh asisten, lalu hasil dicatat pada
lembar kerja.
Jumlah Peserta Hadir : 2 Orang
Tinjauan Pustaka
Analisis DNA adalah istilah dari suatu urutan (sekuen) genetik
individu serta dapat digunakan untuk berbagai tujuan. Analisis ini dapat
digunakan untuk mengidentifikasi spesies, tetapi juga dapat membedakan
individu dalam suatu spesies. Jadi, tidak mengherankan jika urutan DNA
dari dua individu spesies yang sama berbeda lebih banyak dibandingkan
dua individu dari spesies berbeda. Misal, urutan DNA manusia memiliki
kemiripan dengan urutan DNA primate (Winaya, 2017).
Prinsip Analisis DNA antara lain adalah pengambilan sampel darah,
isolasi DNA, PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis
(Wahyudi, 2015). Struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA
eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular,
sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein. Prinsip-
prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan
presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi
berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal
sehingga substansi yang lebih berat akanberada di dasar, sedangkan
substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi
3
tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi
dengan kecepatan yang bervariasi (Kimball, 1992).
Analisis DNA memiliki beberapa tahapan salah satunya yaitu Isolasi
DNA. Sebelum melakukan Isolasi DNA, ada beberapa tahapan yang perlu
diperhatikan. Tahapan tersebut antara lain: preparasi ektrak sel, pemurnian
DNA dari ektrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi yang dapat
menghambat pemurnian DNA (Agus dan Sjafaraenan, 2014). Proses isolasi
DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini
harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan
pada dinding sel, membran sel membran plasma dan membran inti baik
dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan
dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak
membran sel dan membran inti, salah satunya adalah detergen
(Dwidjoseputro, 1998).
Kimia lisis dinding sel dapat dilakukan dengan menambhakan
senyawa kimia seperti lisozim, EDTA (ethilendiamin tetraasetat),
dan SDS (sodium dodesil sulfat). Dalam hal ini fungsi EDTA adalah
sebagai perusak sel dengan cara mengikat magnesium. Ion ini berfungsi
untuk memepertahankan integritas sel maupun memepertahankan aktivitas
enzim nuklease yang merusak asam nukleat. Adapun SDS yang
merupakan sejenis deterjen digunakan untuk merusak membran sel. Ini
semua menyebabkan sel menjadi lisis. kotoran sel yang ditimbulkan akibat
perusakan oleh EDTA dan SDS dibersihkan dengan cara sentrifugasi,
sehingga yang tertinggal hanya molekul nukleotida (DNA dan RNA). Untuk
menghilangkan protein dari larutan, digunakan phenol (mengikat protein
dan sebagian kecil RNA) dan chloroform (membersihkan protein dan
4
polisakarida dari larutan). Etanol berfungsi untuk memekatkan,
memisahkan DNA dari larutan dan mengendapkan DNA (Muladno, 2002).
Tahapan analisis DNA antara lain pengambilan sampel darah, isolasi
DNA, PCR (Polymerase Chain Reaction), elektroforesis dan packaging
sampel. Polymerase chain reaction (PCR) adalah suatu proses
pembentukan cetakan DNA secara berulang kali dengan menggunakan
prosedur dan waktu yang tertentu (Wolfe 1993). PCR menggunakan teknik
amplifikasi (perbanyakan) secara spesifik pada suatu segmen DNA secara
in vitro dengan menggunakan DNA polimerase, cetakan (template), DNA
genom, dan primer oligonukleotida yang akan menempel pada segmen
yang akan diamplifikasi (Davis et al., 1994). Prinsip dasar dari teknik PCR
tersebut merupakan adanya enzim DNA polimerase yang digunakan untuk
membuat cetakan dari segmen DNA yang diinginkan (Wolfe 1993). Proses
PCR terdiri dari 3 tahapan, yaitu
1. Denaturasi adalah proses penguraian materi genetik (DNA/RNA)
dari bentuk heliksnya yang dipisahkan dengan suhu 90 - 96 oC.
2. Annealing (pelekatan) atau hibridisasi adalah suatu proses
penempelan primer ke DNA template yang sekarang hanya dalam
satu untai.
3. Polimerisasi (sintesis) adalah suatu proses pemanjangan rantai DNA
baru yang dimulai dari primer
Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat
berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang
paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi
molekuler (Magdeldin, 2012). Elektroforesis gel agarosa adalah teknik
paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin digunakan di laboratorium
klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai cairan biologis (serum,
urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang menggunakan prinsip
elektroforesis zona. Seperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada
medium padat/gel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di
5
bawah pengaruh medan listrik. Migrasi ini tergantung pada muatan listrik,
titik isoelektrik bersih dan massa molekul protein (Jean and Francois, 2010).
Elektroforesis menggunakaan alat antara lain Gel tray, mikropipet,
Parafilm, Mupid-2, UV ilumination. Gel tray berfungsi sebagai tempat
pembuatan gel. Mikropipet berfungsi untuk memudahkan pemindahan
larutan atau cairan dalam volume sangat kecil. Parafilm berfungsi sebgai
alat pipeting dan Mupid-2 berfungsi untuk membaca hasil elektroforesis. UV
Ilumination digunakan untuk menvisualkan DNA setelah diloading atau di
running dalam DNA elektroforesis. Elektroforesis menggunakaan bahan
Loading Dye dan Buffer TBE. Buffer TBE berfungsi sebgai penghantar dalm
proses elektroforesis. Loading Dye berfungsi untuk pemberat agar tidak
keluar dari sumuran (Nugroho dan Rahayu, 2016).
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang
bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-
molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif
berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Magdeldin,
2012). Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak
menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang bermuatan
positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug and
Cummings,1994).
6
Kegiatan Praktikum
Alat dan bahan laboratorium yang digunakan

Tabel 1. Daftar alat yang digunakan dalam analisis DNA di laboratorium
beserta fungsinya
No Nama Alat Gambar Alat Fungsi
1 Ice box Menempatkan

sampel dan ice
gel
2 Ice gel Mempertahankan

suhu
3 Wadah peralatan Menyimpan

peralatan
4 Venoject Menusuk dan

mengambil darah
5 Alat tulis Memberi nama

atau keterangan
pada sampel
6 Vacutainer Menampung
sampel darah
7
7 Tube holder Sebagai pengait
dan penahan
venoject
8 Micropipet Mengatur volume

sampel yang akan
diambil
menggunakan
pipet
9 Tip Wadah untuk
mengambil
larutan sampel
10 Sentrifuge Untuk sentrifugasi
11 Inkubator Untuk inkubasi
12 Microtube Wadah sampel

DNA
13 Tabung GD Melekatkan DNA

column
8
14 PCR tube Sebagai wadah
sampel yang akan
diPCR
15 Alat PCR Melakukan PCR
16 MUPID – 2 (R) Membaca hasil

produk PCR
17 Gel tray Tempat

pembuatan gel
18 UV Membaca hasil
Transiluminator elektroforesis
berdasarkan
pancaran cahaya
dari elektroforesis
19 Vortex Homogenkan
sampel
9
Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, pengamatan analisis
DNA dilakukan dengan beberapa langkah. Langkah pertama yang
dilakukan yaitu pengambilan sampel darah, langkah kedua yang dilakukan
yaitu isolasi DNA, langkah ketiga yaitu PCR (Polymerase Chain Reaction),
dan langkah keempat yaitu elektroforesis dan packaging sampel DNA.
Ternak yang digunakan yaitu Kambing Bligon di Kandang Nutrisi Fakultas
Peternakan UGM. Prinsip analisis sampel DNA adalah pertama
penghancuran atau pelisisan protein dan ekstraksi protein DNA, sehingga
dari sampel darah yang diambil diperoleh DNA.
Pengambilan Sampel Darah
Pengambilan sampel dilakukan pada tanggal 12 September 2018 di
kandang Nutrisi Fakultas Peternakan UGM. Sampel yang digunakan untuk
pengamatan analisis DNA yaitu darah kambing Bligon. Langkah pertama
dalam pengambilan sampel yaitu handling ternak agar ternak tenang dan
mudah dikendalikan dalam pengambilan darah. Bagian tubuh ternak yang
digunakan adalah bagian leher, lebih tepatnya vena jugularis. Leher ternak
dibersihkan dengan alcohol agar bersih dan steril. Pengambilan sampel
darah menggunakan alat ice box, alat tulis, venoject, tube holder,
vacuntainer, dan ice gel. Ice box berfungsi sebagai tempat penyimpanan
darah yang sudah diambil. Ice gel berfungsi mempertahankan suhu dalam
ice box. Alat tulis berfungsi sebagai alat untuk mecatat nama sampel.
Venoject berfungsi sebagai pengambil sampel darah. Vacuntainer
berfungsi sebagai penambun darah yang sudah diambil. Tube holder
berfungsi sebagai penahan saat pengambilan darah. Commented [A2]: TAMBAH LITERATUR TENTANG
PENGAMBILAN SAMPEL, DIJELASKAN TERNAKNYA APA, CARA
Pengambilan sampel DNA untuk analisis genetika molekuler dapat PENGAMBILAN YG DILAKUKAN BAGAIMANA
berasal dari berbagai sumber seperti darah, jaringan tubuh, tulang, feses,
rambut, urin, dan lain-lain. Pengambilan sampel darah pada ruminansia
(sapi, kerbau, kambing, dan domba) dapat dilakukan melalui pembuluh
darah balik pada bagian leher (vena jugularis) sedangkan pada hewan lain
seperti gajah lebih efektif diambil dari pembuluh darah pada telinga. Volume
10
darah yang diambil tergantung kebutuhan dan jenis ternaknya. Pencatatan
identitas ternak dan pemberian label pada tabung sampel sangat penting
untuk keperluan analisis hubungan antara penanda molekuler dengan sifat-
sifat kualitatif dan kuantitatif pada ternak (Hartatik, 2015).
Sampel darah diambil dari vena jugularis menggunakan bantuan
tabung vacuntainer masing-masing sebanyak 6 ml, yang di dalamnya telah
mengandung zat antikaogulan EDTA. Sample darah yang telah diperoleh
dikocok perlahan-lahan agar bercampur dengan EDTA dan selanjutnya
segera disimpan pada suhu 3 sampai 5 0C sampai digunakan untuk analisis
berikutnya (Susilo, et al., 2011).
Isolasi DNA Commented [e3]: DIJELASKAN TERNAK YG DIGUNAKAN,
TAHAPAN PENGAMBILAN SAMPEL, ALASAN WAKTU PENGAMBILAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, beberapa tahapan SAMPEL, LARUTAN YG DIGUNAKAN+ALASANNYA..
isolasi DNA dimulai dari perisapan sampel darah yaitu darah kambing
Bligon. Langkah isolasi DNA dapat dilakukan melalui 3 tahap yaitu tahap
sel lisis, DNA binding, dan tahap pencucian. Langkah isolasi DNA yang
pertama adalah menyiapkan alat dan bahan yang dibutuhkan. Alat yang
digunakan antara lain adalah micropipette, tip, sentrifuge, inkubator,
microtube, dan tabung GD column. Bahan yang digunakan antara lain
adalah sampel darah, enzim proteinase, lisis buffer, etanol absolute, larutan
W1 dan W2, serta elution water.
Tahap sel lisis bertujuan untuk memecah komponen sel. Tahap sel
lisis menggunakan enzim proteinase sebanyak 20 microliter yang di
tambahkan pada darah pada mikrotube, kemudian dihomogenisasi dan
diinkubasi pada suhu 60°C selama 5 menit, setelah di inkubasi ditambah
lisis buffer lalu digojog angka delapan lalu diinkubasi 60°C selama 5 menit
dengan penggojokan setiap 2 menit. Menurut Fauziah (2010) pelisisan
dinding sel dapat dilakukan dengan sentrifuge 10.000 rpm atau dengan
menggunakan larutan pelisis, kemudian dapat ditambahkan RNAse pada
hasil lisis untuk memisahkan DNA dan RNA yang kemudia di inkubasi pada
suhu 60°C bertujuan untuk menyesuaikan suhu enzim pada suhu optimal.
Praktikum yang telah dilakukan telah sesuai yaitu dengan penambahan
11
bahan pelisis proteinase untuk melisiskan dinding sel dan dinkubasi suhu
60°C untuk mengoptimalkan kerja enzim.
DNA binding berfungsi untuk mengikat DNA. Praktikum yang
dilakukan pada tahap ini dengan cara menambah sampel dengan etanol
absolut sehingga DNA murni dapat melekat pada membran tabung
kemudian di sentrifuge 10.000 rpm selama 2 menit. Etanol absolut berfungsi
untuk mengikat DNA murni sehingga melekat pada membran tabung GD
coloum. Menurut Fauziah (2010) pengikatan DNA dapat dilakukan dengan
penetesan larutan presipitasi protein dan kemudian di vortex untuk
menghomogenkan larutan, sehingga DNA tidak lagi menggulung dan
terlihat karena protein histon telah berikatan dengan DNA.
Tahap pencucian dilakukuan menghilangkan komponen organik dan
anorganik selain DNA. Tahap pencucian dilakukan dengan penambahan
W1 dan W2 yang kemudian disentrifuge 10.000 rpm selama 30 detik. Hasil
sentrifuge ditambah elution buffer yang berfungsi sebagai pelarut DNA
murni. DNA yang telah didapat kemudian masuk ke langkah PCR.
PCR Commented [e4]: DIJELASKAN MASING-MASING PROSES
KEGIATAN YG DILAKUKAN BAGAIMANA, WAKTU PROSES, LARUTAN
Tahap PCR dari praktikum yang telah dilakukan ada 5 tahap yaitu YG DIGUNAKAN, HAL-HAL KHUSUS YG DIJELASKAN
predenaturasi, denaturasi, annelling, ekstensi dan final extention. Menurut

Handoyo dan Ari (2000) proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1)
pra-denaturasi DNA templat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan
primer pada templat (annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan
(5) pemantapan (post-extension). Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan
tahapan berulang (siklus), di mana pada setiap siklus terjadi duplikasi
jumlah DNA.
Predenaturasi dilakukan dengan penambahan DDW buffer ke tube
PCR yang berfungsi untuk medium dalam PCR. Tahap denaturasi terjadi
pembukaan doble helix DNA. Sampel yg telah ditambah DDW buffer
kemudian di tambah primer forward dan primer reverse, saat ini lah terjadi
anneling yaitu penempelan primer pada DNA. Sampel kemudian di tambah
PCR kit yang berfungsi untuk menduplikasi sekuen target sehingga terjadi
12
duplikasi sekuen target. Menurut Prayoga dan Wardani (2015) proses PCR
secara umum berlangsung dalam tiga tahap, yaitu tahap denaturasi, tahap
penempelan (annealing) dan tahap pemanjangan (extension). Tahap
denaturasi dilakukan dengan menaikkan suhu hingga suhu 93° sampai
940C dan bertujuan untuk memecah DNA target dari dua untai menjadi
untaian DNA tunggal yang saling terpisah. Tahap annealing dilakukan pada
suhu 50° sampai 60°C setelah tahap denaturasi bertujuan agar primer
menempel pada DNA target. Tahap extension berlangsung pada suhu 720C
setelah tahap annealing dan bertujuan agar enzim polymerase dapat
melakukan sentesis sehingga berlangsung proses pemajangan untaian
DNA baru.
Produk PCR kemudian di lanjutkan ke proses elektroforesis.
Elektroforesis digunakan dengan tujuan untuk mengetahui ukuran dan
bentuk suatu partikel baik DNA, RNA dan protein. Elektroforesis juga
digunakan untuk fraksionasi yang dapat digunakan untuk mengisolasi
masing-masing komponen dari campurannya, mempelajari fitogenetika,
kekerabatan dan mempelajari penyakit yang diturunkan. Elektroforesis
dalam bidang genetika, digunakan untuk mengetahui ukuran dan jumlah
basa yang dikandung suatu sekuen DNA tertentu (Klug & Cummings,
1994). Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran
fragmen DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti
yang berbeda ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian
atau purifikasi DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai
macam kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies
yang berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger
printing, mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik
atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau
jaringan tertentu, mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai
tipe sel organisme atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan
tertentu, mempelajari evolusi di tingkat molekular, mengetahui variasi
genetik dalam populasi natural di alam, menentukan atau mengidentifikasi
13
berat molekul fragmen DNA, RNA, protein dan aktivitas enzimatik,
menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui PCR,
mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar individu, dan
menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan plasmid
DNA (Fairbanks and Andersen, 1999).
Elektroforesis
Setelah dilakukan praktikum diketahui langkah elektroforesis yaitu
dengan memasukkan geltray ke MUPID-2 (R) minigel elektroforesis system
kemudian di tambahkan buffer TBE (pengenceran 1x) yang berfungsi
sebagai penghantar listrik. Parafilm dan loading dye ditambahkan setelah
penambahan buffer TBE, parafillm berfungsi agar DNA tetap steril dan
loading dye ditambahkan sebagai pemberat dan pewarna. Sampel DNA 5
mikroliter ditambahkan dengan cara pipeting dan dimasukkan ke sumuran
agaros didalam MUPID-2 (R) 50 volt, kemudian di hidupkan dan di tunggu
30 menit, setelah 30 menit matikan MUPID-2(R) dan geltray diangkat dan
diletakkan diatas UV transiluminator untuk dibaca.
Teknik elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari
gel. Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh
faktor-faktor seperti ukuran partikel, komposisi dan konsentrasi gel,
densitas muatan, kuat medan listrik dan sebagainya. Semakin kecil partikel
tesebut, maka pergerakan atau migrasinya akan semakin cepat, karena
matriks gel mengandung jaringan kompleks berupa pori-pori sehingga
partikel-partikel tersebut dapat bergerak melalui matriks tersebut (Brown,
1992). Elektroforesis menggunakan sumber arus listrik searah (DC), ruang
untuk elektroforesis (Comb, Well, platform dan cetakan wadah gel), larutan
buffer (buffer ionik dan loading buffer), matriks elektroforesis, marker dan
gel (Klug & Cummings, 1994).
Secara umum, proses pembuatan gel agarose 0,8% dilakukan
dengan cara mencampurkan bubuk agarosa dengan larutan buffer TAE,
yang kemudian dipanaskan di dalam microwave, selanjutnya dituangkan ke
dalam cetakan yang telah disiapkan dengan comb-nya dan tunggu sampai
14
mengeras. Bubuk agarose yang digunakan sebanyak 0,4 gr dan larutan
running buffer TAE (Trisasetat-EDTA) sebanyak 50 mL yang berperan
untuk memudahkan migrasi dari fragmen DNA berdasarkan perbedaan
kekuatan ionik (Magdeldin, 2012). Gel yang sudah mengeras dimasukkan
ke dalam ruang elektroforesis dan dilakukan penambahan running buffer.
Penambahan running buffer dilakukan dengan tujuan mempermudah
pengerasan gel saat dilakukan pemanasan (Gardner dkk, 1991).Tahap
selanjutnya adalah mencampurkan DNA dengan loading buffer yang
memiliki fungsi membantu sampel turun ke dalam well dan membantu
memonitor berapa lama proses elektroforesis telah berlangsung karena
memiliki pewarna bromofenol biru (Magdeldin, 2012).
Packaging Sample
Packaging sampel dilakukan dengan beberapa cara diantaranya
yaitu sampel diletakkan pada steroform lalu dibungkus dengan
menggunakan plastic wrap dan selanjutnya dibungkus dengan
menggunakan aluminium foil dan diberi nama atau label. Label tersebut
dtuliskan tanggal, nama gen, dan nama genbank. Penulisan primer juga
dapat dilakukan pada saat packaging sampel. Sampel diberi isolasi agar
kencang dan tidak basah saat terkena air. Tahap akhir adalah
pembungkusan dengan plastik. Tujuan utama dari packaging adalah untuk Commented [HN5]: LITERATUR TENTANG SEKUENSING
melindungi produk dari goresan yang bisa membuat produk menjadi rusak
dan agar bisa di sekuensing. Sekuensing DNA adalah proses atau Teknik
penentuan urutan basa nukleotida pada suatu molekul DNA. Urutan
tersebut dikenal sebagai sekuens DNA, yang merupakan informasi paling
mendasar suatu gen atau genom karena mengandung instruksi yang
dibutuhkamn untuk pembentukan tubuh makhluk hidup (Rogers, 2011).
15
Kesimpulan Commented [u6]: TAMBAHKAN ALAT DAN BAHAN YANG
DIGUNAKAN, ALAT YANG DIGUNAKAN, ALAT YG UMUM DAN ALAT
Berdasarkan praktikum analisis DNA yang telah dilakukan, dapat YG SPESIFIK
disimpulkan bahwa analisis DNA adalah istilah dari suatu urutan (sekuen)
genetik individu serta dapat digunakan untuk berbagai tujuan. Tahapan
proses analisis DNA diantaranya adalah pengambilan sampel darah, isolasi
DNA, PCR, elektroforesis dan packaging sampel. Alat dan bahan untuk
pengambilan darah diantaranya adalah ice box, alat tulis, venoject, tube holder,
vacutainer, dan ice gel. Alat dan bahan untuk isolasi DNA adalah micro tube,
mikropipet dan tip, tabung GD column, inkubator, sentrifuge, enzim Proteinase K,
etanol absolut, W1 dan W2, lisis buffer, elution buffer. Polymerase Chain Reacton
(PCR) menggunakan alat dan bahan seperti mikropipet, tip, PCR tube, Mesin
PCR, Mikrotube, Vortex, primer foward, Primer reverse, PCR kit, sampel DNA dan
DDW buffer. Elektroforesis menggunakaan alat dan bahan antara lain Gel tray,
mikropipet, Parafilm, Mupid-2, UV ilumination, Loading Dye dan Buffer TBE. Alat
dan bahan yang digunakan untuk packaging samel DNA diantaranya adalah
plastik wrap.
16
Daftar Pustaka
Adersen, W. R., dan Fairbanks, D.J. 1999. Genetics : The Continuity of Life.
Wadsworth and Brooks/Cole Publishing Companies, Pacific Grove,
CA.
Agus, R., Sjafaranain. 2014. Penuntun Praktikum Genetika. Makassar
Ari, R., dan Handoyo, D.2000. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase
chain reaction (PCR). Unitas. 9:17-29
Brown, T. A. 1992. Molecullar Biology. Academic Press. Oxford
Davis, L., Kuehl, M., Battey, J. 1994. Basic methods : Molecular Biology 2nd
Ed. Appleton & Lange.
Dwidjoseputro. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djambatan. Jakarta
Fauziah, L. 2010. Isolasi DNA.
Gardner. 1991. Fisiologi Tanaman Budidaya. UI Press. Jakarta
Jean dan Francois, G. 2010. Agarose Gel Electrophoresis – Aplications in
Clinical Chemistry. Journal of Medical Biochemistry
Kimball dan John, J. 1992. Biologi. Erlangga. Jakarta.
Klug, W. S. dan Cummings, M. R. 1994. Concept of genetic 4 th ed. Merril
Publishing Co. Ohio
Magdeldin, S. 2012. Gel Electrophoresis – Principles and Basics. InTech
Publisher : Rijeka. Croatia
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha
Muda dan USESE Foundation. Bogor
Prayoga, W. dan Wardani, A. K. 2015. Polymerase chain reaction untuk
deteksi salmonella sp. : a review. Jurnal Pangan dan Agroindustri.
Universitas Brawijaya. Malang
Rogers, K. 2011. New Thinking about Genetics. Britannica Educational
Publishing. New York. Page 132.
Suharsono dan Utut, W. 2006. Pelatihan Singkat Teknik Dasar Pengklonan
Gen. IPB Press. Bogor
Susilo A., Soeparno, Hartatik, T., Artama, W. T. 2011. Amplifikasi dna gen
meat tenderness pada sapi bali (bos sondaicus). Jurnal Ilmu dan
Teknologi Hasil Ternak. Vol 6 (2).
Wahyudi, I. A. 2015. Resensi biologi molekular adalah ilmu yang
menyenangkan dan mudah. Jurnal Teknosains 4(2) : 101-198
Winaya, A. 2017. Teknologi Analisis DNA dalam Penguatan Strategi
Konservasi Genetik Sapi Lokal Indonesia. Prosiding Seminar
17
Teknologi dan Agribisnis Peternakan. Fakultas Peternakan
Universitas Jenderal Soedirman. Page 40 – 52.
Wolfe, S. L. 1993. Molecular and cellular biology. Wadsworth Publishing
Company, Belmont. California
Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.
18
Lampiran Commented [e7]: -LAMPIRAN BERISI KEGIATAN-KEGIATAN
PRAKTIKUM DARI PENGAMATAN PENGAMBILAN SAMPEL-
PACKAGING
-LAMPIRAN LEMBAR KERJA DILETAKKAN DI LAMPIRAN AKHIR
KESELURUHAN PRAKTIKUM (SESUAI FORMAT)
19
ACARA 3
STUDI REFERENSI, TABULASI DATA GENBANK, DAN
PENENTUAN SEKUEN DNA TARGET
Waktu Pelaksanaan : 4 sampai 6 September 2018

Metode yang dilakukan pada saat praktikum yaitu mencari studi
referensi dan tabulasi data genbank yang sesuai dengan tema, yaitu
myostatin, kemudian dianalisis melalui situs NCBI. Nucleotide dipilih pada
kolom sebelah kanan, kemudian Accesion Number gen berdasarkan studi
referensi dicari, sehingga keluar hasil GenBank. Data disimpan dalam
bentuk MS. Word.
Jumlah Peserta Hadir : 9 orang
Tinjauan Pustaka
Gen merupakan unit terkecil dari suatu makhluk hidup yang
mengandung substansi hereditas, terdapat di dalam lokus gen. Gen terdiri
dari protein dan asam nukleat (DNA dan RNA), berukuran antara 4 sampai
8 mikron. Gen mempunyai sifat-sifat antara lain mengandung informasi
genetik, mempunyai tugas dan fungsi yang berbeda pada tiap gen, dapat
mengadakan duplikasi pada waktu pembelahan mitosis dan meiosis,
ditentukan oleh susunan kombinasi basa nitrogen, dan sebagai zarah yang
terdapat dalam kromosom. Gen adalah segmen molekul DNA yang
mengandung semua informasi yang diperlukan untuk sintesis produk (rantai
polipeptida atau molekul RNA) yang termasuk rangkaian pengkodean dan
non pengkodean. Terdapat tiga pengertian ekspresi gen, yang pertama
adalah aliran informasi genetik dari gen ke protein, yang kedua merupakan
proses atau pengaturan proses yang dengannya efek suatu gen dapat
diwujudkan, lalu yang ketiga ekspresi gen merupakan perwujudan ciri yang
20
dapat diturunkan yang terjadi pada individu pembawa gen yang
menentukan sifat tersebut (Najamudin, 2001).
Kromosom adalah pembawa bahan keturunan dan mengandung
gen-gen serta merupakan sarana bagi pemindahan gen (bahan keturunan
atau materi genetik) yang mengatur penampilan sifat-sifat keturunan dari
satu generasi ke generasi berikutnya pada organisme. Kromosom
merupakan struktur makromolekul yang memuat DNA yang membawa
informasi genetik dalam sel. DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom.
Sebuah kromosom adalah seberkas DNA yang sangat panjang dan
berkelanjutan, yang terdapat banyak gen unsur regulator dan sekuens
nukleotida lainnya (Haryanto, 2010). Deoxyribonucleic acid atau DNA
merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam makhluk hidup. DNA
merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk hidup
dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu
sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional
maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen dan
intergen (Dwidjoseputro, 1998).
DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap
yang terususun helix ganda (double helix), yang basa nitrogen dan kedua
“benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap
melali ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap seks
makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru kehidupan” karena molekul
ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain (Irianto, 2006).
Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson
dan Francis Crick pada tahun (1953) berdasarkan atas foto difraksi sinar X
yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Berdasarkan atas
data kimia dan fisik, Watson dan Crick membuat model struktur DNA yang
disebut untai ganda (double helix). Untai ganda DNA tersusun oleh dua
rantai polinukleotida yang berpilin. Kedua rantai mempunyai orientasi yang
21
berlawanan (antiparalel) yaitu rantai yang satu mempunyai orientasi 5’ →
3’, sedangkan rantai yang lain berorientasi 3’ → 5’. Kedua rantai tersebut
berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin (A)
dengan thymine (T) dan antara guanine (G) dengan cytosine (C). Ikatan
antara A-T berupa dua ikatan hidrogen, sedangkan antara G—C berupa
tiga ikatan hidrogen sehingga ikatan G—C lebih kuat. Spesfikasi pasangan
basa seperti ini disebut dengan komplementaritas (complementarity)
(Yuwono, 2005).
DNA Mitokondria (disingkat mtDNA) adalah materi genetik DNA yang
terdapat di dalam mitokondria. Mitokondria merupakan organel sel memiliki
struktur khas dengan bentuk bulat lonjong dalam sel. Fungsi mitokondria
adalah untuk memasok energi dalam sel atau biasa disebut tempat respirasi
sel, Energi ini diperoleh dari makanan, di dalam sel mitokondria terdapat
ratusan ribu mitokondria yanng terdapat di sitoplasma sel. Mitokondria
memiliki materi genetik sendiri yang karakteristiknya berbeda dengan
materi genetik di inti sel. Genom Inti diwariskan dari kedua orang tua dan
berisi 46 kromosom. 23 dari ibu dan sisanya dari ayah. Kromosom dalam
DNA Inti relatif lebih lama juga mengandung telomers dan sentromer. DNA
Inti ditemukan di setiap sel tubuh kita. DNA mitokondria terletak di dalam
mitokondria, yang merupakan organel sel, sedangkan DNA inti sel terletak
di dalam inti sel. MtDNA terletak di matriks mitokondria berdekatan dengan
membran dalam mitokondria yaitu tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi
oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping
(Richter, 1988).
Laju mutasi DNA mitokondria lebih tinggi sekitar 10 sampai 17 kali
dibandingkan DNA inti karena mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi
yang efisien. DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah DNA
polimerase γ yang tidak mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses
perbaikan dan pengakuratan dalam replikasi DNA). Tidak adanya aktivitas
ini menyebabkan mtDNA tidak memiliki sistem perbaikan yang dapat
menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA yang tidak akurat ini
22
akan menyebabkan mutasi mudah terjadi. DNA mitokondria diwariskan
hanya dari ibu, sedangkan DNA inti dari kedua orang tua (dari DNA ayah
dan ibu). Proses pembuahan sel, sel sperma hanya berpusi materi DNA
saja, sedangkan bagian-bagian sel sperma lain tidak, sehingga DNA
mitokondria pada anak hanya dari ibu. DNA mitokondria berbentuk
lingkaran, berpilin ganda, sirkular, dan tidak terlindungi membran
(prokariotik), sedangkan bentuk DNA inti panjang tidak sirkuler, double
helix, pada saat akan pembelahan sel berbentuk kromosom. DNA
mitokondria tidak memiliki intron dan semua gen pengkode terletak
berdampingan, sedangkan pada DNA inti terdapat ekson dan intron, pada
saat sintesis protein terjadi pemotongan intron yaitu pada proses mRNA Commented [e8]: PENULISAN DIRAPIKAN
(Bogenhagen, 1999).
Myostatin disandikan oleh gen myostatin yang tersusun atas satu
promotor, tiga ekson, dan dua intron (Zhang et al. 2013). Gen myostatin
atau Growth Differentiations Factor 8 (GDF8) merupakan anggota dari
superfamili Transforming Growth Factor-β (TGF-β) yang mensekresikan
protein untuk mengontrol pertumbuhan dan diferensiasi jaringan tubuh.
Gambar 1 menunjukkan peranan penting myostatin sebagai umpan balik
“feed back negative” pada pertumbuhan massa otot, dimana myostatin
menghambat myogenin sehingga myoblast tidak dapat berdiferensiasi
menjadi myotubes, yang akan berkembang menjadi serat otot. Gen
myostatin merupakan gen yang mengatur pertumbuhan massa otot
(Maulana et al., 2006). Commented [A9]: INTORN, EKSTORN, KROMOSOM
23
Gambar 1. Mekanisme kerja myostatin dalam pertumbuhan otot dan
diferensiasi
(Langley et al., 2002)
Studi referensi merupakan salah satu cara untuk mendorong
mahasiswa belajar secara mandiri dalam memperbarui informasi tentang
perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi terkait analisis genetika
molekuler yang diambil dari jurnal internasional. Penggunaan studi
referensi dalam analisis genetik sebagai bahan pembelajaran mengenai
analisis genetika molekuler yang dapat diakses secara terbuka dan
beragam pembahasannya. Metode studi refeerensi mencakup
pengambilan sampel, isolasi DNA, PCR dan RFLP, serta sekuensing
(Hartatik, 2015).
NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi
kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai
dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein,
Senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, ncbi juga
menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D,
pencarian primer, pencarian conserve domain dan lain sebagainya. NCBI
merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dib
dang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti didunia. Bank
Gen ini bagian dari database nukleotida internasional yang bekerja sama
dengan DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology
Laboratory (EMBL), and GenBank at NCBI. Accession number merupakan
pengenal unik yang diberikan pada catatan urutan DNA atau protein untuk
memungkinkan pelacakan berbagai versi catatan urutan dan urutan terkait
dari waktu ke waktu dalam satu repositori data tunggal. Jumlah accession
dapat digunakan sebagai kunci asing untuk mengacu pada objek urutan,
namun tidak harus ke urutan yang unik. Semua repositori informasi
berurutan menerapkan konsep "nomor aksesi" tapi mungkin melakukannya
dengan variasi yang halus (Widodo, 2010)
24
Primer terbagi dua yaitu primer forward (primer yang berada sebelum
target) dan primer reverse (primer yang berada setelah target). Antar primer
terdapat puluhan hingga ribuan nukleotida yang menandakan panjang
target DNA. Selain enzim polimerase, dibutuhkan dNTPs yang terbagi
dATP (nukleotida berbasis Adenin), dCTP (nukleotida berbasis Sitosin) dan
dTTP (nukleotida berbasis Timin) (Muladno 2002). Primer DNA adalah
sekuens DNA yang komplemen terhadap sekuens yang akan diamplifikasi,
terutama dalam reaksi berantai polimerase (PCR). Batasannya, primer ini
akan menempel pada kedua ujung sekuens DNA yang ingin diamplifikasi
dengan arah yang berkebalikan (utas sense dan antisense). Primer
merupakan komponen PCR yang sangat menentukan akurasi sekuen DNA
yang ingin diamplifikasi. Urutan nukleotida primer akan menjadi penentu
pada bagian mana primer akan menempel (anneal) pada genom. Jika
urutan nukleotidanya tidak sesuai dengan kode gen yang kita inginkan,
dapat dipastikan produk PCR yang dihasilkan akan keliru. Oleh sebab itu,
sebelum melangkah pada tahap amplifikasi dengan PCR, primer yang akan
digunakan harus dipastikan dahulu spesifitasnya. Caranya ialah dengan
membuat desain primer (Fanani dan Fikry, 2012).
Primer yang digunakan dalam amplifikasi umumnya terdiri dari dua
jenis, yakni forward dan reverse. Forward primer bergerak dengan arah 5′
–> 3′ untai DNA template. Sementara reverse primer bergerak dengan arah
3′ –> 5′ untai DNA template. Primer forward untuk menandai ujung depan
untai DNA dan Primer Reverse untuk menandai dari ujung belakang.
Karena DNA terdiri dari 2 untai pilinan ganda (double strand), maka DNA
Primer forward bekerja pada strand yang satu sementara Primer Reverse
bekerja pada untai pilinan yang satunya (Fanani dan Fikry, 2012).
25
Kegiatan Praktikum
Hasil Analisis Genbank

Tabel 2. Daftar Genbank Accession Number gen Myostatin pada sapi
No Spesies Genbank Ukuran Reference
Accession Sekuen
Number Genbank
(bp)
1. Bos AB039748 6691 Tantia, M. S., Vijh, R. K., Commented [A10]: TABEL ATAS DAN BAWAH ISINYA DISAMAIN
Taurus Kumar, S. T. B., Mishra, Commented [A11]: SRY
B., Reecy, J. M. 2006.
Comparative analysis of
GDF 8 (myostatin) in Bos
indicus and Bos Taurus.
Informa healthcare. India
2. Bos AF320998 6660 He, Y.L., Wu, Y.H., Quan,
Taurus F.S., Liu, Y.G., Zhang, Y.
2012. Comparative
analysis of myostatin
gene and promoter
sequences of Qinchuan
and Red Angus cattle.
Gecetics and Molecular
Research. China
3. Bos AF348479 1285 Zhang, R.F., C.Z. Lei,
Taurus C.L. Zhang, X.Y. Lan,
H.J. Zhang, B Bao dan
X.Z. Wang. 2007
Association between
polymorphisms of MSTN
and MYF5 genes and
growth traits in three
chinese cattle breeds.
Asian-Aust. J. Anim. Sci.
20(12) : 1798-1804
4. Bos AF176811 369 Hirai, S., H. Matsumoto, Commented [A12]: DIGANTI MYOSTATIN
Taurus N. Hino, H. Kawachi, T.
Matsui dan H. Yano.
2005. Myostatin inhibits
differentiation of bovine
preadipocyte. Domestic
Animal Endocrinology.
32(2007) : 1-14
26
Tabel 3. Daftar Genbank Accession Number, primer pengapit, posisi, dan
ukuran produk PCR gen Myostatin
No Spesies Genbank Ukuran Primer Posisi Ukuran
Accession Sekuen Sekuen Produk
Number Genban Target PCR
k (bp) (bp)
1. Bos AF320998 6691 Forward 3876 698
Taurus 5’ sampai
CCAGGTCT 4574
ATTTTGGTT
TTAGTGT
3’
Reverse
5’
AAAGATCTG
ACCACAGG
GGA
3’
2. Bos AB076403 6660 Forward 3856 678
Taurus 5’ sampai
CCAGGTCT 4534
ATTTTGGTT
TTAGTGT
3’
Reverse
5’
AAAGATCTG
ACCACAGG
GGA
3’
3. Bos AF348479 1285 Forward 9142 1285

Taurus 5’ sampai
CCCTACAG 10427
AGGCCACT
TCAA
3’
Reverse
5’
CAGTGGAT
CTGAATGA
27
GAACAGCG
AC
3’
4. Bos AF176811 369 Forward 23 369
Taurus 5’ sampai
GGAATCAG 392
GGTTCGATT
CCG
3’
Reverse
5’
TCGATGCT
CTTAGCTGA
GTGTCC
3’

AB076403
28
AF320998

AF348479

AF176811
29
Pembahasan

berdasarkan data genbank dari referensi tersebut. Tujuan dari kegiatan
studi referensi dan tabulasi data genbank adalah dapat mengetahui
informasi penting mengenai gen yang ingin dicari seperti accession number,
primer forward, dan primer reverse. Tujuan penentuan gen target adalah
untuk memudahkan dalam analisis lanjutan seperti pensejajaran sekuen
dan restriction mapping. Referensi adalah tulisan tentang sejumlah
informasi terhadap sebuah buku yang ditinjau dan juga telah dinilai sumber
penulisannya.
Manfaat dari studi referensi antara lain menggali teori-teori dasar dan
konsep yang telah ditemukan oleh para ahli terdahulu, megikuti
perkembangan penelitan dalam bidang yang akan diteliti, memperoleh
orientasi yang lebih luas mengenai topik yang dipilih, memanfaatkan data
sekunder. Manfaat lainnya yaitu menghindarkan duplikasi penelitan.
Manfaat yang cukup penting adalah dapat mempelajari bagaimana cara
mengungkapkan buah pikiran secara sistematis, kritis, dan ekonomis.
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, dapat diketahui bahwa
langkah dari kegiatan studi referensi yang pertama adalah menyiapkan
komputer atau laptop yang terhubung dengan internet, kemudian mencari
jurnal atau bacaan yang memuat informasi data genbank dan menyimpan
data genbank tersebut untuk keperluan analisis. Berdasarkan kegiatan
studi referensi yang telah dilakukan, dapat diketahui primer forward dan
primer reverse dari gen yang didapat. Tabulasi data genbank dilakukan
dengan mengunjungi situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Terdapat tulisan
“nucleotide” pada situs tersebut kemudian dipilih, setelah itu data genbank
dari jurnal atau sumber bacaan yang sudah disimpan kemudian dituliskan
pada kolom yang sudah tersedia di sebelah kanan tulisan “nucleotide”,
maka akan keluar data dari genbank tentang gen yang dicari. Data yang
30
sudah didapat kemudian disalin ke Microsoft word. Penentuan sekuen DNA
target dapat dicari dengan langkah awal mengisikan sekuen primer forward
pada kolom “find in this sequence” pada situs NCBI tadi kemudian klik “find”
maka akan muncul letak sekuen primer forward yang dimaksud. Hal yang
sama dilakukan pada sekuen primer reverse. Sekuen mulai dari awal primer
forward sampai akhir primer reverse merupakan sekuen target. Sekuen
target yang telah diketahui disalin ke Microsoft word, kemudian sekuen
target diblok dan diklik “word count” untuk menghitung jumlah sekuen
target.
Sugiyono (2012) mengatakan bahwa langkah-langkah dalam studi
referensi yaitu yang pertama adalah mendaftar semua variabel yang perlu
diteliti, kemudian mencari setiap variabel pada subject encyclopedia. Tahap
selanjutnya adalah memilih deskripsi bahan-bahan yang diperlukan dari
sumber-sumber yang tersedia lalu memeriksa indeks yang memuat
variabel-variabel dan topik masalah yang diteliti. yang menjadi lebih khusus
adalah mencari artikel-artikel, buku-buku, dan biografi yang sangat
membantu untuk mendapatkan bahan-bahan yang relevan dengan
masalah yang diteliti. Informasi yang relevan ditemukan, peneliti kemudian
mereview dan menyusun bahan pustaka sesuai dengan urutan kepentingan
dan relevansinya dengan masalah yang sedang diteliti. Bahan-bahan
informasi yang diperoleh kemudian dibaca, dicatat, diatur, dan ditulis
kembali. Terakhir proses penulisan penelitian dari bahan-bahan yang telah
terkumpul dijadikan satu dalam sebuah konsep penelitian.
Primer adalah sekuens DNA yang komplemen terhadap sekuens
yang akan diamplifikasi, terutama dalam reaksi berantai polymerase (PCR).
Batasannya, primer ini akan menempel pada kedua ujung sekuens DNA
yang ingin diamplifikasi dengan arah yang berkebalikan
(utas sense dan antisense). Dalam suatu reaksi berantai polimerase
digunakan dua primer, yaitu primer maju dan primer mundur. Kedua primer
ini harus ada dalam reaksi polimerasi agar amplifikasi DNA terjadi (Carson
and Robertson, 2006). Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA,
31
atau bahkan proteinspesifik. Biasanya, primer yang digunakan pada PCR
adalah molekul DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar
fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi. Setelah dilakukan
amplifikasi, terdapat berbagai cara untuk melihat hasilnya. Salah satu
diantaranya adalah elektroforesis gel (Joshsi et al., 2012). Commented [u13]: Tambah pengertian gen target dan tujuan
mendapatkan gen target
Gen target adalah gen yang ditargetkan dalam suatu penelitian. Gen
ini merupakan gen yang terletak dalam sekuens pengapit pada primer
forward dan primer reverse. Tujuan mendapatkan gen target adalah untuk
mengetahui ukuran gen yang ditargetkan dalam data genbank, mengetahui
adanya mutasi gen yang akan diteliti dan menentukan gen yang akan
dilakukan analisis DNA. Berdasarkan hasil praktikum dapat diketahui
bahwa ukuran sekuen dari masing-masing spesies berbeda-beda. Hal ini
dikarenakan sumber referensi dan spesies ternak yang digunakan berbeda-
beda. Ukuran sekuen paling panjang adalah spesies Bos Taurus dengan
accession number AF348479 yang memiliki panjang sekuen yaitu 10492
bp, accession number lainnya AF3209988 yang memiliki panjang sekuen
6691 bp dan accession number AB076403 yang memiliki panjang sekuen
yaitu 6660 bp. Ukuran sekuen paling pendek adalah spesies Bos Taurus
dengan accession number AF176811 yang memiliki panjang sekuen yaitu
417 bp. Gen yang digunakan dalam praktikum adalah gen Myostatin.
Batubara (2017) menjelaskan bahwa myostatin adalah anggota dari
superfamili transforming growth factor (TGF)-β dan memegang peranan
penting dalam peranan penting dalam mengatur pertumbuhan otot dan
kualitas daging. Perbedaan ukuran sekuen tersebut dikarenakan spesies
sapi yang digunakan berbeda. Basa penyusun DNA masing-masing
spesies ternak juga berbeda.
32
Kesimpulan

berdasarkan data genbank dari referensi tersebut. Spesies sapi yang
digunakan pada saat praktikum acara studi referensi, tabulasi data
genbank, dan penentuan sekuen DNA target adalah Bos Taurus dengan
accession number AF320998 dan ukuran sekuen 6691 bp, Bos Taurus
dengan accession number AB076403 dan ukuran sekuen 6600 bp, Bos
Taurus dengan accession number AF348479 dan ukuran sekuen 10492 bp,
Bos Taurus dengan accession number AF176811 dan ukuran sekuen 417
bp. Gen yang digunakan adalah gen Myostatin. Masing-masing spesies
memiliki ukuran sekuen yang berbeda-beda. Hal ini dikarenakan basa
nitrogen penyusun masing-masing spesies juga berbeda.
33
Daftar Pustaka Commented [u14]: Perbaiki semua dapus, perhatikan
penulisan dapus yang benar
Contoh
Carson S, Robertson D. 2006. Manipulation and Expression of Ivana, I., D. Rose, G. Jisoo. 2018. Blackpink. PT. YG Entertaiment.
Seoul.
Recombinant DNA: A Laboratory Manual. Elsevier, Burlington.
Dwidjoseputro. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djambatan. Jakarta.
Fanani dan I. Fikry. 2012. Identifikasi Polimorfisme Gen Sry pada Sapi Bali
(Bos Sondaicus) dengan Menggunakan Metode Pcr-Rflp. Thesis,
Universitas Brawijaya. Malang.
Irianto, K. 2006. Mikrobiologi Jilid 1. Yrama Widya. Bandung.
Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S.
2012. "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic
characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and
Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol.13(2): 73-78.
Langley et al. 2002. Myostatin inhibits myoblast differentiation by down-
regulating MyoD expression. J Biol Chem 277(51): 49831-40.
Maulana, T., Andalusia, Putra, R. E. 2006. Inventarisasi gen myosatin
dalam rangka peningkatan kualitas domba dan kambing di
Indonesia. IPB. Bogor
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha
Muda dan USESE Foundation. Bogor.
Najamudin, R. 2001. Teknik Analisis Genetika. Erlangga. Jakarta.
Sasmito, D. E. K., Rahadian, K., dan Izzati, M. 2014. Karakteristik Primer
pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA:
Mini Review. Seminar Nasional Informatika Medis V. Magister Teknik
Informatika, Fakultas Teknologi Industri, Universitas Islam Indonesia.
Yogyakarta.
Sugiyono. 2012. http://www.pengertianmenurutparaahli.com/pengertian-
referensi/. Diakses pada 3 November 2018 pukul 15.56 WIB.
Widodo, M. 2010. Pengenalan NCBI untuk Analisis DNA, Protein, dan
Senyawa Kimia. Laboratorium Biosistem, Fakultas Matematika dan
Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya. Malang.
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekular. Erlangga. Jakarta.
Zhang, Z. J., Ling, Y. H., Hang, Y. F., Guo, X. F., Zhang, Y. H., Ding, J. P.,
Zhang, X. R. 2013. Polymorphisms of the myostatin gene (MSTN)
and its relationship with growth traits in goat breads. Genetic and
Molecular Research. Vol 12 (2).
34
Lampiran Commented [u15]: Lengkapi ya
Commented [e16]: CEK FORMAT LAMPIRAN
35
ACARA 4
ANALISIS DNA DI LABORATORIUM
Waktu Pelaksanaan : 29 September sampai 29 Oktober 2018

Metode yang digunakan dalam praktikum ini adalah dengan studi
referensi dari beberapa jurnal yang membahas tentang gen MC1R. Nama
gen bank yang terdapat di jurnal dicari menggunakan situs NCBI.
Penentuan sekuen gen target dapat dilakukan dengan cara mencari jarak
antara dimulainya primer forward dengan primer reverse kemudian dicari
besarnya.
Jumlah Peserta Hadir : 9 orang Commented [u17]: idem
Commented [A18]: NNTI JUMLAH PESERTA NYA DIGANTI 9
ORG SEMUA
Tinjauan Pustaka
Sapi Belgian blue merupakan sapi hasil silangan dari sapi lokal
Belgia dari Inggris dengan sapi Durham shorthorn pada tahun 1920 dengan
tujuan sebagai dual purpose animal dan pada tahun 1960-an ditemukan
karakteristik DM pada sapi ini. Sapi Belgian blue terjadi mutasi gen secara
alami yang mengkode MSTN protein yang berperan dalam pengembangan
otot. Ciri-ciri fisik belgian blue yaitu mudah dikenali dari ukurannya yang
bongsor dan otot-ototnya yang menyembul pada pundak, punggung dan
pantat. Rata-rata ukuran sapi jantan mencapai tinggi 1,2 sampai 1,5 m
dengan berat 1.100 sampai 1.250 kg, sedangkan sapi betina dapat
mencapai berat 850 sampai 900 kg. Karakteristik lainnya yaitu mempunyai
relatif sedikit massa tulang, sedikit lemak, persentase karkas minimal 70%
dan persentase potongan daging lebih banyak 20% dari sapi potong lain
(Batubara, 2017) Commented [u19]:
Pengertian analisis dna
Analisis DNA adalah istilah dari suatu urutan (sekuen) genetik Prinsip analisis dna
Tahapan melakukan analisis dna (isolasi dna-genotyping)
Gen yang digunakan untuk kegiatan analisis dna
individu serta dapat digunakan untuk berbagai tujuan. Analisis ini dapat
36
digunakan untuk mengidentifikasi spesies, tetapi juga dapat membedakan
individu dalam suatu spesies. (Winaya, 2017). Prinsip Analisis DNA antara
lain adalah pengambilan sampel darah, isolasi DNA, PCR (Polymerase
Chain Reaction) dan elektroforesis (Wahyudi, 2015). Commented [A20]: DIJELASIN GEN SRY
37
Kegiatan Praktikum Commented [u21]: lengkapi
Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, pengamatan analisis
DNA dilakukan dengan beberapa langkah. Langkah pertama yang
dilakukan yaitu pengambilan sampel darah, langkah kedua yang dilakukan
yaitu isolasi DNA, langkah ketiga yaitu PCR (Polymerase Chain Reaction),
dan langkah keempat yaitu elektroforesis. Commented [u22]:
(+) keseluruhan kegiatan praktikum
Ternak yang digunakan dalam praktikum analisis DNA di (+) prinsip analisis
laboratorium adalah sapi Belgian Blue dengan kode BB 008. Ternak yang
digunakan adalah hasil persilangan antara sapi Brahman dengan sapi BB
menghasilkan keturunan 1, lalu keturunan 1 disilangkan lagi dengan BB,
keturunan persilangan dari keturunan 1 dengan BB inilah yang kita ambil
darahnya. Gen yang diamati untuk analisis DNA adalah gen myostatin.
Tahapan analisis DNA antara lain pengambilan sampel darah, isolasi DNA,
PCR (Polymerase Chain Reaction), elektroforesis dan packaging.
Prinsip analisis DNA
Pengambilan Sample Darah Commented [e23]: CEK TYPO
Ternak yang digunakan dalam praktikum analisis DNA adalah sapi

Belgian blue dengan kode BB 008. Ternak yang digunakan adalah hasil
persilangan antara sapi Brahman dengan sapi BB menghasilkan keturunan
1, lalu keturunan 1 disilangkan lagi dengan BB, keturunan persilangan dari
keturunan 1 dengan BB inilah yang kita ambil darahnya. Batubara (2017)
menyatakan bahwa sapi Belgian blue merupakan sapi hasil silangan dari
sapi lokal Belgia dari Inggris dengan sapi Durham shorthorn pada tahun
1920 dengan tujuan sebagai dual purpose animal dan pada tahun 1960-an
ditemukan karakteristik DM pada sapi ini. Sapi Belgian blue terjadi mutasi
gen secara alami yang mengkode MSTN protein yang berperan dalam
pengembangan otot.
Pengambilan sampel dilakukan pada siang hari, di perusahaan
Widodo Makmur Perkasa yang terletak di Klaten, Jawa Tengah.
Pengambilan sampel darah sapi BB dilakukan pada bagian ekor. Pertama-
38
tama cari titik pada tubuh ternak yang banyak mempunyai pembuluh darah
sehingga akan mempermudah dalam pengambilan darah. Bagian tersebut
sebelumnya dibersihkan dengan alkohol untuk sterilisasi dan meminimalisir
terjadinya infeksi pada ternak setelah dilakukan pengambilan sampel
darah. Posisi ternak yang akan diambil sampel darahnya harus dalam posisi
yang nyaman dan kondisi ternak sapi tenang. Langkah pengambilan darah
adalah mengangkat ekor sapi secara horizontal dengan salah satu tangan
dan tangan lainnya memegang jarum untuk dimasukkan pada vena pada
bagian ekor yang terletak di bagian pangkal ekor di atas letak anus. Tekan
pangkal ekor dengan jari telunjuk untuk menyumbat aliran darah pada vena
sehingga bena terlihat agak mengembang.
Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah proses perusakan atau penghancuran membran
dan dinding sel. Tahapan isolasi DNA meliputi sel lisis, DNA binding,
pencucian (washing) dan pelarutan DNA. Tahap sel lisis yaitu memecah
struktur sel yang terdiri dari komponen organik dan anorganik,
menggunakan enzim Proteinase-K dan lisis buffer. Tahap DNA binding
untuk mengikat DNA murni agar melekat pada membran Tabung GD
Column dengan menggunakan etanol absolut. Tahap pencucian (washing)
untuk menghilangkan seluruh komponen organik atau anorganik kecuali
DNA yang masih tersisa sehingga diperoleh DNA murni. Tahap pelarutan
DNA murni yang terikat pada membran GD Column dilakukan setelah
semua proses lisis dan pencucian selesai dilakukan menggunakan cairan
Elutin buffer.
Alat yang digunakan dalam isolasi DNA adalah microtube, mikropipet
dan tip, tabung GD column, inkubator dan sentrifuge. Tabung GD column
merupakan alat untuk penyaring DNA dan inkubator merupakan alat yang
berfungsi inkubasi. Hartatik (2016) menyatakan bahwa sentrifuge berfungsi
memisahkan senyawa dengan berat molekul yang berbeda dengan
memanfaatkan gaya sentrifugal. Mikrotube berfungsi menampung larutan
dalam satuan mikro liter agar terlindungi dari kebocoran dan ketumpahan
39
selama proses reaksi. Mikropipet dan tip merupakan alat untuk mengambil
cairan dengam ukuran kecil.
Bahan yang digunakan dalam isolasi DNA adalah enzim proteinase
K, etanol absolut, W1 dan W2 serta lisis buffer. W1 dan W2 buffer berfungsi
menghilangkan komponen organik. Elution buffer berfungsi melarutkan
DNA. Nugroho dan Rahayu (2016) menyatakan bahwa enzim Proteinase
K, elution buffer dan buffer lisis berfungsi untuk denaturasi protein sehingga
mudah dipisahkan dengan molekul DNA. Etanol absolut berfungsi
membersihkan DNA dari protein dan sisa polisakarida yang masih
bercampur dengan molekul DNA.
PCR
Polymerase Chain Reacton (PCR) adalah salah satu teknik dalam
biologi molekuler untuk mengamplifikasi atau menggandakan sejumlah
kecil DNA secara in vitro menggunakan system enzimatik dan suhu.
Tahapan PCR yaitu pra-denature DNA dengan suhu 94 sampai 96˚C selasa
5 menit, denaturasi DNA dengan suhu 94˚C selama 30 detik, penempelan
primer (annealing) dengan suhu 62˚C selama 30 detik, pemanjangan primer
(extention) dengan suhu 72˚C selama 30 detik dan pemantapan (post-
extention).
Alat yang digunakan dalam Polymerase Chain Reacton (PCR) yaitu
mikropipet, tip, PCR tube, Mesin PCR, Mikrotube dan Vortex. Mikropipet
berfungsi untuk mengambil sampel berbentuk cairan dengan volume
sangat kecil. Tip digunakan bersama mikropipet untuk mengambil sampel
cair. PCR tube berfungsi sebagai tempat sampel dalam PCR. Mesin PCR
berfungsi untuk amplifikasi sampel DNA. Vortex berfungsi untuk
menghomogenkan sampel.
Bahan yang digunakan dalam PCR adalah primer forward, primer
reverse, PCR kit, sampel DNA dan DDW buffer. Primer foward berfungsi
untuk mengetahui posisi awal gen target. Primer reverse berfungsi untuk
mengetahui posisi akhir gen target. Sampel DNA berfungsi sebagai sampel
yang diuji dan DDW buffer berfungsi sebagai medium PCR. Nugroho dan
40
Rahayu (2016) meyatakan bahwa PCR mix berfungsi untuk
mengamplifikasikan atau menggandakan untaian basa DNA.
Elektroforesis
Elektroforesis merupakan metode pemisahan fragmen DNA
berdasarkan variasi ukuran yaitu dari 100 bp hingga 25 kb. Prinsip
pelaksanaan elektroforesis meliputi preparasi gel, penyetingan gel
aparatus, dan pemisahan fragmen DNA, pengamatan fragmen DNA yang
terpisah dan pengamatan hasil. Langga et al. (2013) menyatakan bahwa
prinsip dasar dari elektroforesis adalah memisahkan molekul berdasarkan
muatan listrik intrinsik. Elektroforesis DNA biasanya digunakan untuk
memisahkan DNA berdasarkan perbedaan ukurannya. Pemisahan DNA
dalam hal ini adalah menggunakan gel agarosa.
Alat yang digunakan dalam elektroforesis adalah Gel tray,
mikropipet, Parafilm, Mupid-2, UV ilumination. Gel tray berfungsi sebagai
tempat pembuatan gel. Parafilm berfungsi sebgai alat pipeting dan Mupid-
2 berfungsi untuk membaca hasil elektroforesis. UV illumination yang
berfungsi untuk membaca hasil elektroforesis berdasarkan pendaran
cahaya dari produk elektroforesis. Bahan yang digunakan Hartatik (2016)
menyatakan bahwa mikropipet dan tip merupakan alat untuk mengambil
cairan dengan ukuran kecil. UV ilumination berfungsi untuk melihat pita
DNA.
Bahan yang digunakan dalam elektroforesis adalah Loading Dye dan
Buffer TBE. Buffer TBE berfungsi sebgai penghantar dalam proses
elektroforesis Nugroho dan Rahayu (2016) meyatakan bahwa Loading Dye
berfungsi sebgai pemberat DNA, sebgai marker visual untuk mengetahui
seberapa jauh pergerakan DNA dalam gel. Gel yang digunakan adalah gel
agarose.
Packaging Sampel
Packaging sampel dilakukan dengan beberapa cara diantaranya
yaitu sampel diletakkan pada steroform lalu dibungkus dengan
menggunakan plastic wrap dan selanjutnya dibungkus dengan
41
menggunakan aluminium foil dan diberi nama atau label. Label tersebut
dtuliskan tanggal, nama gen, dan nama genbank. Penulisan primer juga
dapat dilakukan pada saat packaging sampel. Sampel diberi isolasi agar
kencang dan tidak basah saat terkena air. Tahap akhir adalah
pembungkusan dengan plastik. Tujuan utama dari packaging adalah untuk
melindungi produk dari goresan yang bisa membuat produk menjadi rusak
dan agar bisa di sekuensing.
42
Kesimpulan
Berdasarkan praktikum analisis DNA yang telah dilakukan, dapat
disimpulkan bahwa tahapan proses analisis DNA diantaranya adalah pengambilan
sampel darah, isolasi DNA, PCR, elektroforesis dan packaging sampel. Ternak
yang digunakan dalam pengambilan sampel darah adalah sapi Belgian Blue yang
ada di Widodo Makmur Perkasa, Klaten, Jawa Tengah.
43
Daftar Pustaka
Batubara, A. 2017. Ekspresi gen myostatin dan aplikasinya pada program

pemuliaan kambing. Wartazoa. Vol. 27 (2) : 89-94.
Hartatik, T. 2016. Pendekatan Praktis Deteksi Polimorfisme DNA Sapi Aceh.
Gadjah Mada University Press. Yogyakarta
Nugroho, E.D. dan D. A. Rahayu. 2016. Penuntun Praktikum Bioteknologi.
Deepublish. Yogyakarta Wahyudi, I. A. 2015. Resensi biologi
molekular adalah ilmu yang menyenangkan dan mudah. Jurnal
Teknosains 4(2) : 101-198
Winaya, A. 2017. Teknologi Analisis DNA dalam Penguatan Strategi
Konservasi Genetik Sapi Lokal Indonesia. Prosiding Seminar
Teknologi dan Agribisnis Peternakan. Fakultas Peternakan
Universitas Jenderal Soedirman. Page 40 – 52.
44
Lampiran Commented [e24]: CEK FORMAT
45
ACARA 5
ANALISIS PETA ENZIM RESTRIKSI DAN PERHITUNGAN FREKUENSI
ALEL/GENOTIP
Waktu Pelaksanaan :
Tema Praktikum : Gen MC1R
Pemetaan enzim restriksi menggunakan software BioEdit secara
offline dan NebCutter secara online serta perhitungan frekuensi alel dan
genotip pada satu atau lebih lokus gen MC1R.
Tinjauan Pustaka
Enzim restriksi merupakan enzim yang dapat memotong DNA target

dengan memutus ikatan gula–fosfat pada DNA (Ahluwalia, 2009). Enzim
restriksi tersebut ditemukan oleh Werner Arber dan Hamilton Smith yang
diisolasi dari mokroorganisme. Secara alamiah bakteri menghasilkan enzim
endonuklease untuk mempertahankan dirinya dari keberadaan DNA asing
yang masuk kedalam sel bakteri. DNA asing masuk kedalam sel bakteri
melalui proses transfer genetik yang terjadi secara alamiah, misalnya virus
bakteriofag, maka bakteri tersebut akan mempertahankan dirinya dari
keberadaan DNA asing tersebut (Promega, 2011).
Enzim restriksi merupakan enzim yang dapat memotong DNA target
dengan memutus ikatan gula–fosfat pada DNA (Ahluwalia, 2009). Enzim
restriksi tersebut ditemukan oleh Werner Arber dan Hamilton Smith yang
diisolasi dari mokroorganisme. Secara alamiah bakteri menghasilkan enzim
endonuklease untuk mempertahankan dirinya dari keberadaan DNA asing
yang masuk kedalam sel bakteri. DNA asing masuk kedalam sel bakteri
melalui proses transfer genetik yang terjadi secara alamiah, misalnya virus
46
bakteriofag, maka bakteri tersebut akan mempertahankan dirinya dari
keberadaan DNA asing tersebut (Promega, 2011).
Berdasarkan tempat pemotonganya, enzim restriksi dibagi menjadi
dua yaitu endonuklease dan eksonuklease. Endonuklease merupakan
enzim restriksi yang memotong di tengah atau dalam DNA target
sedangkan eksonuklease merupakan enzim restriksi yang memotong di
bagian ujung DNA target (Pingoud, 2005 ). Enzim restriksi yang berbeda
memiliki situs pemotongan yang berbeda, namun ada beberapa jenis enzim
restriksi yang diisolasi dari sumber yang berbeda memiliki situs
pemotongan yang sama. Enzim restriksi memiliki palindrom yaitu situs
pengenalan enzim restriksi yang terdiri atas beberapa basa dan memiliki
basa komplemen yang sama. Enzim restriksi dengan situs pengenalan
yang sama tetapi situs pemotonganya berbeda disebut neoshizomer.
Enzim restriksi dengan situs pengenalan dan pemotongan yang sama
disebut isoschizomer. Enzim restriksi yang memiliki situs pengenalan
berbeda tetapi ujung terminasinya identik disebut isocaudomer (Solomon.
et al, 1993).
Enzim restriksi dibagi menjadi 3 tipe berdasarkan komposisi subunit,
posisi pemotongan, spesifisitas sekuens, dan kofaktor yang diperlukan.
Enzim tersebut yaitu enzim restriksi tipe I, enzim restriksi tipe II, dan enzim
restriksi tipe III. Enzim restriksi tipe I memiliki struktur kompleks dengan
multisubunit, memotong DNA secara acak dan jauh dari sekuens
pengenalannya. Enzim restriksi tipe I memiliki pengaruh besar dalam
biokimia, namun mempunyai nilai ekonomis yang rendah karena tidak dapat
menghasilkan potongan fragmen DNA yang diinginkan sehingga tidak
diproduksi. Enzim restriksi tipe II memotong DNA dekat atau pada situs
pengenalan. Enzim ini menghasilkan fragmen-fragmen sesuai dengan yang
diinginkan sehingga biasa digunakan untuk analisis DNA dan kloning gen.
Enzim tipe II yang umum digunakan adalah HhaI, HindIII, EcoRI, dan NotI.
Enzim ini tergolong kecil dengan subunit yang memiliki 200-350 asam
amino dan memerlukan Mg2+ sebagi kofaktor. Enzim restriksi tipe III
47
merupakan enzim restriksi yang tidak digunakan dalam laboratorium. Hal
tersebut dikarenakan enzim ini memotong di luar situs pengenalan dan
membutuhkan dua sekuen dengan orientasi berlawanan pada DNA yang
sama untuk menyelesaikan pemotongan sehingga enzim ini jarang
menghasilkan potongan sempurna.(Promega, 2011).
Enzim restriksi yang umum digunakan dalam bidang biologi molekul
dan teknologi DNA rekombinan adalah enzim restriksi tipe II, karena
memotong DNA pada posisi tertentu di dalam urutan pengenal. Ada tiga
jenis hasil potongan enzim restriksi, yaitu fragmen DNA berujung tumpul
(blunt end), misalnya enzim HaeII –GG/GC; fragmen DNA berujung
5’lengket/lancip (sticky/cohesive end at 5’), misalnya enzim EcoRI-
G/AATTC-; dan fragmen dengan ujung 3’ lengket atau lancip
(sticky/cohesive at 3’), misalnya enzim PstI-CTGCA/G- (Dailami et al.,
2013).
Enzim restriksi memotong DNA double strands dengan memutus
ikatan kovalen di antara fosfat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula
dari deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya. Terdapat dua tipe
hasil pemotongan, ujung rata (blunt end) dan ujung kohesif (sticky end).
Ujung rata (blunt end) dihasilkan ketika dua utas molekul dipotong pada
posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada nukleotida yang tidak
berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap molekul
DNA dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’
atau 3’) menggantung dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand
yang tidak rata ini dapat berpasangan secara spontan dengan basa
pasangannya sehingga disebut sticky (mudah lengket) atau kohesif
(Suharsono dan Widyastuti, 2006).
Susunan gen di dalam individu sel disebut dengan genotip,
sedangkan ekspresi genotip tersebut dinamakan dengan fenotip. Gen
pengendali sifat tertentu diberi simbol huruf pertama dari sifat tersebut.
Lambang huruf besar merupakan karakter dominan, sedangkan huruf kecil
merupakan resesif. Contohnya gen T adalah simbol untuk sifat tinggi,
48
sedangkan gen t untuk sifat pendek. Istilah dominan digunakan karena gen
ini dapat mengalahkan ekspresi gen alel (Glick dan Pasternak, 1994).
Alel merupakan gen-gen yang menempati atau terletak pada lokus
yang sama pda kromosom homolognya yang mempunyai tugas berlawanan
untuk suatu sifat tertentu. Dalam genetika, alel merupakan bentuk-bentuk
alternatif dari gen pada suatu lokus. Alel terbentuk karena adanya variasi
pada urutan basa nitrogen akibat peristiwa mutasi (Bateson, 1992). Genotip
ialah seluruh gen yang dimiliki suatu individu. Genotip yang terekpresikan
menampakan fenotip pada suatu individu. Genotip yang melibatkan alel-alel
pada suatu lokus tunggal dapat menghasilkan genotip yang homozigot.
Keturunan homozigot dapat dihasilkan dari galur murni. Perpaduan
heterozigot dihasilkan dari alel yang berbeda. (Starr and McMillan, 2010).
Asas Hardy-Weinberg menyatakan bahwa frekuensi alel dan
frekuensi genotipe dalam suatu populasi akan tetap konstan, yakni berada
dalam kesetimbangan dari satu generasi ke generasi lainnya kecuali
apabila terdapat pengaruh-pengaruh tertentu yang mengganggu
kesetimbangan tersebut. Pengaruh-pengaruh tersebut meliputi perkawinan
tak acak, mutasi, seleksi, ukuran populasi terbatas, hanyutan genetik, dan
aliran gen. Adalah penting untuk dimengerti bahwa di luar laboratorium,
satu atau lebih pengaruh ini akan selalu ada. Oleh karena itu,
kesetimbangan Hardy-Weinberg sangatlah tidak mungkin terjadi di alam.
Kesetimbangan genetik adalah suatu keadaan ideal yang dapat dijadikan
sebagai garis dasar untuk mengukur perubahan genetik (Hardjosibroto,
1998).
Chi Square adalah salah satu jenis uji komparatif non parametris
yang dilakukan pada dua variabel, dimana skala data kedua variabel adalah
nominal. Uji tersebut biasa digunakan untuk membandingkan nilai
observasi yang diperoleh dengan nilai yang diharap (Lancaster and Seneta,
2005). Hukum keseimbangan Hardy-Weinberg merupakan suatu hukum
yang menyatakan bahwa frekuensi alel dan frekuensi genotip dalam suatu
populasi akan tetap konstan, yakni berada dalam kesetimbangan dalam
49
satu generasi ke generasi lainnya, dengan syarat perkawinan acak, tidak
ada mutasi, tidak ada migrasi, populasi yang besar tak terhingga dan
ketiadaan tekanan seleksi terhadap sifat-sifat tertentu. Kesetimbangan
akan berubah apabiila terdapat pengaruh-pengaruh tertentu yang
menggangu antara lain perkawinan tak acak, mutasi, seleksi, ukuran
populasi terbatas, hanyutan genetik, dan aliran gen (Noor, 2008).
50
Kegiatan Praktikum Commented [u26]: lihat format
buat hasil kelompokmu ya bukan master tahun lalu
Hasil Analisis Peta Enzim Restriksi ganti semua
enzim restriksi menggunakan BioEdit
Enzim Restriksi yang
Genbank Accession
No Ukuran Sekuens digunakan
Number
(berdasarkan jurnal)
1. AB039748 6691 -
2. AF320998 6660 -
3. AF348479 1285 -
4. AF176811 369 -
enzim restriksi menggunakan NebCutter
Enzim Restriksi yang
Genbank Accession
No Ukuran Sekuens digunakan
Number
(berdasarkan jurnal)
1. AB039748 6691 -
2. AF320998 6660 -
3. AF348479 1285 -
4. AF176811 369 -
Tabel 6. Prediksi ukuran fragmen potongan DNA menggunakan enzim
retrksi
51
Pembahasan
Proses analisis enzim restriksi yang dilakukan dengan menggunakan
bioedit yaitu membuka software BioEdit , kemudian klik file dan pilih New
Alignment hingga muncul halaman baru. Klik menu file, pilih import,
kemudian pilih sequeence alignment file yang telah disimpan dalam bentuk
FASTA dari website ncbi.nlm.nih.gov. Blok genbank pada sebelah kiri,
kemudian klik menu sequence, pilih nucleic acid, lalu pilih restriction map
hingga muncul kolom create restriction map. Klik select from list, sehingga
muncul tampilan untuk memilih restriction enzyme yang digunakan untuk
memotong sequence gen, kemudian pilih enzyme yang digunakan
berdasarkan referensi yang telah dipelajari atau diteliti dan klik tanda “>>”
lalu klik ok. Langkah berikutnya adalah klik kolom generate map. Langkah
terakhir adalah scroll ke bagian paling bawah dari restriction map yang
merupakan tampilan restriction table, yaitu menunjukkan bahwa enzim
tersebut memotong pada sequence gen tersebut.
Nebcutter yaitu dengan mengakses situs http://tools.neb.com/NEBcutter2/,
kemudian gen target pada acara penentuan sekuen target disalin ke kotak
kosong yang ada pada situs NEBcutter, lalu tekan tombol submit. Link all
sites ditekan untuk melihat keseluruhan gen. Link atau angka pada site in
sequence yang terletak pada kiri bawah ditekan untuk mengetahui
sekuennya, sehingga muncul letak diman enzim restriksi memotong. Klik
link save as file type untuk menyimpan sekuen yang telah berhasil dicari.
Hasil analisis peta enzim restriksi yang telah dilakukan yaitu tidak
ada enzim restriksi yang digunakan berdasarkan studi referensi yang dicari.
Data tersebut didapat dari studi referensi dengan gebank accession number
AB039748, AF320998, AF348479 dan AF176811. Masing-masing gebank
accession number mempunyai ukuran sekuens yang berbeda-beda, yaitu
6691, 6660, 1285 dan 369. Studi referensi diperlukan untuk memudahkan
peneliti dalam menentukan posisi enzim yang memotong. Hartatik (2016)
menyatakan bahwa pencarian enzim restriksi pada gen target dilakukan
52
dengan melakukan studi referensiterlebih dahulu dan juga
mempertimbangkan ukuran pita DNA yang akan muncul saat visualisasi.
Frekuensi alel dan genotip dapat dilihat berdasarkan ukuran panjang
gelombang dari masing-masing marker. Setiap marker dapat menghasilkan
satu atau lebih ukuran panjang gelombang yang berbeda. Metode
penentuan frekuensi alel dan genotip yaitu apabila pada gambar hanya
ditemukan satu macam ukuran, maka dipastikan individu tersebut bersifat
homosigot dan hanya memiliki satu macam alel. Sebaliknya, apabila
terdapat dua ukuran panjang gelombang dapat diartikan bahwa individu
tersebut bersifat heterosigot (Hartatik, 2015).
53
Kesimpulan

BioEdit dan Nubcutter. Data gebank accession number berdasarkan studi
referensi yang dicari yaitu AB039748, AF320998, AF348479 dan AF176811
dengan masing-masing mempunyai ukuran sekuens yang berbeda-beda,
yaitu 6691, 6660, 1285 dan 369. Hasil analisis peta enzim restriksi yang
telah dilakukan yaitu tidak ada enzim restriksi yang digunakan berdasarkan
studi referensi yang dicari. Frekuensi alel dan genotip dapat dilihat
berdasarkan ukuran panjang gelombang dari masing-masing marker.
54
Daftar Pustaka
55
Lampiran
56
ACARA 6
PENSEJAJARAN SEKUEN DATA GENBANK MENGGUNAKAN
BIOEDIT DAN MUSCLE
Waktu Pelaksanaan : 5 November 2018

Tema Praktikum : Pensejajaran Sekuen dan Mutasi Gen
Metode yang dilakukan pada saat praktikum yaitu Pensejajaran
sekuen dilakukan dengan menggunakan program BioEdit. Dua file genbank
dan sekuen target diimport ke dalam software BioEdit untuk disejajarkan.
Diamati apakah diantara dua genbank dan sekuen target terdapat SNP
ataupun mutasi. Hasil yang diperoleh dimasukkan ke lembar kerja.
Tinjauan Pustaka
Penyejajaran sekuen (sequence alliginment) merupakan penyjajaran

dua atau lebih asam nukleat, protein, atau RNA. Penyejajaran ini digunakan
untuk melihat homologi baik secara keseluruhan atapun parsial, yang
kemudian datanya dapat digunakan untuk melihat hubungan kekerabatan
antar spesies (Mount, 2004). Sequence allignment merupakan metode
dasar yang digunakan analisis sekuens, yang digunakan untuk mempelajari
sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor) (Krane dan
Raymer, 2003).
Sekuensing DNA dapat dimanfaatkan untuk menentukan identitas
maupun fungsi gen atau fragmen DNA lainnya dengan cara
membandingkan sekuens target dengan sekuens DNA lain yang sudah
diketahui. Teknik ini digunakan dalam riset dasar biologi maupun
berbagai bidang terapan seperti DNA barcoding, kedokteran,
bioteknologi, forensik, dan antropologi (Snustad & Simmons, 2003).
Menurut Mount (2004) menyatakan bahwa tujuan dilakukan penyejajaran
57
sekuen, antara lain dapat melihat hubungan evolusi antar sekuen, dapat
menyusun proba atau primer DNA yang digunakan untuk penelitian
biologi molekular, dan dapat melihat area yang berulang pada sekuen
yang berbeda. Tujuan penseajaran sekuen DNA adalah untuk mencari
kemiripan dua buah DNA dengan memeriksa kecocokan nukleotida dari
dua buah DNA. Hartatik (2016) menyatakan bahwa prinsip pensejajaran Commented [u28]: prinsip pensejajaran sekuen
sekuen dapat dilakukan dengan menggunakan software BioEdit versi 7.1.

Hartatik (2015) menambahkan bahwa pensejajaran sekuen dilakukan
dengan kontrol sekuens DNA dari GenBank yang diletakkan pada bagian
paling atas, kemudian blok semua file, pilih “Accesory Application” dan
“ClustalW Multiple Alignment”.
Mutasi adalah perubahan pada materi genetik suatu makhluk yang
terjadi secara tiba-tiba dan acak, dan merupakan dasar bagi sumber variasi
organisme hidup yang bersifat terwariskan (heritable). Mutasi dapat terjadi
secara sepontan di alam (spontaneous mutation) dan dapat juga terjadi
melalui induksi (induced mutation). Secara mendasar tidak terdapat
perbedaan antara mulasi yang terjadi secara alami dan mutasi hasil induksi.
Keduanya dapat menimbulkan variasi genetik untuk dijadikan dasar seleksi,
baik scleksi secara alami (evolusi) maupun seleksi secara buatan
(pemuliaan) (Suranto, 2003). Terdapat dua jenis mutasi, yaitu mutasi gen
dan mutasi kromosom. Mutasi gen merupakan perubahan kimiawi pada
satu atau beberapa pasangan basa dalam satu gen tunggal yang
menyebabkan perubahan sifat individu tanpa perubahan jumlah dan
susunan kromosomnya. Mutasi kromosom adalah perubahan yang terjadi
pada kromosom yang disertai dengan perubahan struktur dan jumlah
kromosom (Campbell, 2002). Commented [u29]: (+)akibat mutasi
Single Nucleotide Polymorphism adalah salah satu bentuk variasi

materi genetik yang ditunjukkan oleh perbedaan nukleotida tunggal
(adenina, timina, guanina, sitosina) di dalam susunan rangkaian basa DNA.
SNP merupakan variasi sekuen DNA yang paling banyak dipelajari dalam
farmakogenetik. Berdasarkan letaknya dalam gen, SNP dibedakan menjadi
58
SNP intergenik (iSNP), SNP perigenik (pSNP), dan coding SNP (cSNP).
SNP intergenik yaitu SNP yang berada diantara dua gen penyandi protein
yang berbeda dan berkisar antara 5 sampai 15 juta pada genom manusia.
SNP yang kedua adalah pSNP yang berada pada region non coding, antara
lain region regulatori pada bagian upstream gen dan intron. SNP ini
berkisar antara 200.000 sampai 500.000 pada genom manusia. SNP yang
ketiga adalah cSNP yang berada pada region coding sequence dan
mengakibatkan terjadinya perubahan asam amino. Jumlah cSNP berkisar
antara 50.000 sampai 100.000 pada genom manusia dan merupakan tipe
SNP yang paling banyak dipelajari dalam farmakogenetik, terkait perannya
dalam mempengaruhi respon individu terhadap senyawa obat.
Berdasarkan pengaruhnya terhadap ekpresi gen, SNP dibedakan menjadi
dua kategori, yaitu SNP kausatif dan non kausatif. SNP kausatif
bertanggung jawab secara langsung terhadap perubahan jumlah dan
aktivitas protein hasil ekspresi gen di dalam sel termasuk diantaranya
enzim-enzim pemetabolisme obat, sedangkan SNP non kausatif tidak
mempengaruhi jumlah dan aktivitas protein secara langsung, namun
mempengaruhi keberadaan SNP kausatif dan diwariskan ke generasi
berikutnya. SNP non kausatif berperan sebagai marker genetik yang
mengindikasikan adanya SNP kausatif pada gen tertentu. Marker genetik
ini sangat berguna dalam pembelajaran farmakogenetik, terutama pada
saat SNP kausatif sulit teridentifikasi (Crettol et al., 2010).
59
Kegiatan Praktikum Commented [u30]: Lengkapi sesuai format, hasilnya di sc untuk
masing2 praktikan setelah tabel
Hasil Analisis SNPs

penelitian dan genbank pada sapi
Nama : Laksa Ersa
No Kode SNPs
237 415 480 546 617
1. AF320998.1 T C A C C
2. AB076403.1 C T G T G
penelitian dan genbank pada sapi
Nama : Arlina Rosyada
No Kode SNPs
921 922 924 928 929 931 933 934 943 944 948 950
1. AF348479 G G A G G T C G G G G G
2. AF176811 T T A A T T T A A T T A
Gambar 6. Pensejajaran Sekuen Accession Number AF320998.1 dengan

AB076403.1 menggunakan BioEdit
60
Pembahasan
Berdasarkan hasil praktikum dapat diketahui bahwa setelah proses
pensejajaran sekuen DNA terdapat SNPs. Spesies Bos Taurus dengan
accession number AF320998.1 ketika disejajarkan dengan spesies Bos
Taurus dengan accession number AB076403.A membentuk SNPs pada
sekuen ke 237, 415, 480, 546, 617. Spesies Bos Taurus dengan accession
number AF348479 ketika disejajarkan dengan spesies Bos Taurus dengan
accession number AF176811 membentuk SNPs pada sekuen ke 921, 927,
924, 928, 929, 931, 933, 934, 943, 944, 948, 950. Munculnya SNPs terjadi
karena adanya perbedaan nukleotida tunggal pada susunan basa DNA.
Rusnita (2015) mengatakan bahwa SNP adalah sebuah perubahan
komposisi nukleotida di sekuen DNA pada suatu posisi tertentu. SNP dapat
berguna menjadi direct marker. SNP dapat digunakan untuk pemetaan
penyakit kompleks, identifikasi suatu individu dan analisa tetuanya, serta
identifikasi hybrid. Purves et al. (1998) menambahkan bahwa perbedaan Commented [u31]:
Tambah faktor penyebab munculnya serta sitasi lalu bandingkan
basa protein yang terjadi pada suatu spesies dapat terjadi karna adanya
mutasi. Mutasi adalah perubahan susunan basa nitrogen pada DNA
sehingga menyebabkan suatu individu menjadi abnormal. Terjadinya
mutase memerlukan perantara yang disebut mutagen. Mutagen dapat
berupa faktor-faktor biologis, fisis, maupun kimiawi, sedangkan individu
yang mengalami mutasi disebut mutan.
Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis
sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-
sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan
(mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi,
sedangkan kesenjangan (gap) diasosiasikan dengan proses insersi atau
delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang
terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam
contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama
"ccatgggcaac". Alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang
dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein,
61
yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi
struktur atau fungsi protein tersebut. Selain itu, sequence alignment juga
digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data
sekuens. Perbedaan basa protein yang terjadi pada suatu spesies dapat
terjadi karna adanya mutasi. Mutasi adalah perubahan susunan basa
nitrogen pada DNA sehingga menyebabkan suatu individu menjadi
abnormal. Terjadinya mutase memerlukan perantara yang disebut
mutagen. Mutagen dapat berupa faktor- faktor biologis, fisis, maupun
kimiawi, sedangkan individu yang mengalami mutasi disebut mutan
(Purves et al. 1998).
62
Kesimpulan
Spesies Bos Taurus dengan accession number AF320998.1 ketika

disejajarkan dengan spesies Bos Taurus dengan accession number
AB076403.A membentuk SNPs pada sekuen ke 237, 415, 480, 546, 617.
Spesies Bos Taurus dengan accession number AF348479 ketika
disejajarkan dengan spesies Bos Taurus dengan accession number
AF176811 membentuk SNPs pada sekuen ke 921, 927, 924, 928, 929, 931,
933, 934, 943, 944, 948, 950. Munculnya SNPs terjadi karena adanya
perbedaan nukleotida tunggal pada susunan basa DNA.
63
Daftar Pustaka Commented [u32]: idem
Crettol, S., Petrovic, N., dan Murray, M. 2010. Pharmacogenetics of

phase I and phase II drugs metabolism. Journal of current
pharmaceutical design. Vol. 16 No. 2.
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell. 2002. Biologi Edisi ke-5 Jilid
1. Erlangga. Jakarta.
Krane, D.E. dan M.L. Raymer. 2003. Fundamental Concepts of
Bioinformatics. Benjamin Cummings. San Francisco.
Mount, D.W. 2004. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold
Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press. New York.
Purves, W.K., G.H. Orian, H.C. Heller dan D. Sadava. 1998. Life: The
Science of Biology. Courier companies. USA.
Rusnita, D. 2015. SNPs analysis as a tool in molecular genetics
diagnostics. Journal of MKA. Vol. 38 No. 1.
Snustad, D. Peter dan Michael J. Simmons. 2003. Principles of Genetics
3rd Editions. John Wiley and Sons, Inc. New York.
64
Lampiran
65
PENUTUP
Kritik
Saran
66
LAMPIRAN
Acara 2.
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
Acara 3.
81
82
Acara 4.
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
Acara 5.
96
97
98
99
Acara 6.
100
101

LAPORAN PRAKTIKUM Dag Kumpul 2

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

LAPORAN PRAKTIKUM Dag Kumpul 2

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

LAPORAN PRAKTIKUM

DASAR ANALISIS GENETIK

LABORATORIUM GENETIKA DAN PEMULIAAN TERNAK

LABORATORIUM GENETIKA DAN PEMULIAAN TERNAK

Laporan Praktikum Dasar Analisis Genetik disusun sebagai salah

Yogyakarta, November 2018

Asisten Pendamping I Asisten Pendamping II

Ivana I. M. Sihontang Ella Cynthia Artandy

Puji syukur penyusun panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa,

Yogyakarta, November 2018

KESIMPULAN DAN SARAN

ACARA 2 PENGENALAN ALAT DAN BAHAN DASAR ANALISIS DNA DI

Tabel 1. Daftar alat yang digunakan dalam analisis DNA di laboratorium

Gambar 1. Mekanisme kerja myostatin dalam pertumbuhan otot dan

Waktu Pelaksanaan : 3 September 2018

Waktu Pelaksanaan : 10 September 2018

Alat dan bahan laboratorium yang digunakan

1 Ice box Menempatkan

2 Ice gel Mempertahankan

3 Wadah peralatan Menyimpan

4 Venoject Menusuk dan

5 Alat tulis Memberi nama

8 Micropipet Mengatur volume

10 Sentrifuge Untuk sentrifugasi

11 Inkubator Untuk inkubasi

12 Microtube Wadah sampel

13 Tabung GD Melekatkan DNA

15 Alat PCR Melakukan PCR

16 MUPID – 2 (R) Membaca hasil

17 Gel tray Tempat

predenaturasi, denaturasi, annelling, ekstensi dan final extention. Menurut

Waktu Pelaksanaan : 4 sampai 6 September 2018

Hasil Analisis Genbank

3. Bos AF348479 1285 Forward 9142 1285

Gambar 2. Sekuen Target Spesies Bos Taurus dengan Accession Number

Gambar 4. Sekuen Target Spesies Bos Taurus dengan Accession Number

Gambar 5. Sekuen Target Spesies Bos Taurus dengan Accession Number

Studi referensi merupakan referensi berupa jurnal internasional

Studi referensi merupakan referensi berupa jurnal internasional

Waktu Pelaksanaan : 29 September sampai 29 Oktober 2018

Ternak yang digunakan dalam praktikum analisis DNA adalah sapi

Batubara, A. 2017. Ekspresi gen myostatin dan aplikasinya pada program

Enzim restriksi merupakan enzim yang dapat memotong DNA target

Proses analisis enzim restriksi yang dilakukan dengan menggunakan

Waktu Pelaksanaan : 5 November 2018

Penyejajaran sekuen (sequence alliginment) merupakan penyjajaran

sekuen dapat dilakukan dengan menggunakan software BioEdit versi 7.1.

Single Nucleotide Polymorphism adalah salah satu bentuk variasi

Hasil Analisis SNPs

Gambar 6. Pensejajaran Sekuen Accession Number AF320998.1 dengan

Spesies Bos Taurus dengan accession number AF320998.1 ketika

Crettol, S., Petrovic, N., dan Murray, M. 2010. Pharmacogenetics of

Anda mungkin juga menyukai