BIOKIMIA FISIKA
PENENTUAN PERUBAHAN KONFORMASI DARI PROTEIN BERDASARKAN
PENGUKURAN KEKENTALAN
DISUSUN OLEH :
NAMA : TENI ASTUTI
NIM : K1A018043
TANGGAL : 12 OKTOBER 2020
- 0,3 M
V = 0,451
- 0,4 M
V = 0,145
Mencari ŋ
• Urea 0,1M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
4,23
:
3,55
: 1,1915
• Urea 0,2M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
1,923
:
3,55
: 0,546
• Urea 0,3M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
2,793
:
3,55
: 0,7859
• Urea 0,4M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
1,023
:
3,55
: 0,2881
Mencari V
• Urea 0,1M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
1,19 : 1 + 2,5 (0,1) V
V : 0,952
• Urea 0,2M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
0,54 : 1 + 2,5 (0,2) V
V : 0,36
• Urea 0,3M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
0,79 : 1 + 2,5 (0,3) V
V : 0,451
• Urea 0,4M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
0,29 : 1 + 2,5 (0,4) V
V : 0,145
4.3 Pembahasan
Protein merupakan makromolekul yang tersusun dari monomer asam amino. Protein
tersusun dalam semua organisme baik organize yang berada pada tingkat tinggi maupun
rendah. Protein berfugsi seagai katalisator, pengangkut dan penyimpan molekul lain
seperti oksigen, mendukung secara mekanis sistem kekebalan tubuh, sebagai transmitor
gerakan syaraf dan mengendalikan pertumbuhan dan perkembangan. Analisa elementer
protein menghasilkan unsure-unsur C H N dan O dan sering juga S. Selain itu, beberapa
protein memiliki unsure-unsur lain terutama P, Fe, Zi, dan Cu (Soerodikoesoemo & Hari,
1989). Protein memiliki beberapa sifat, yaitu:
a. Berat Molekul ; Protein mempunyai berat molekul yang bervariasi dari 5000 sampai
beberapa juta (Girindra,Aisjah, 1990).
b. Protein sebagai Amfoter ; Sifat-sifat protein sebagai amfoter ditentukan oleh gugus-
gugusnya yang dapat mengion. Derajat ionisasi dari asam amino sangat dipengaruhi oleh
pH (Girindra,Aisjah, 1990).
c. Sifat Ionik Protein ; Jika protein banyak mengandung asam amino (yang bersifat asam)
glutamate dan aspartat, protein mempunyai titik isoelektrik yang rendah.
d. Hidrasi Protein ; Beberapa protein dapat membentuk gel. Protein yang cepat membentuk
gel mempunyai strutur tiga dimensi yang bergandengan dengan ikatan hydrogen.
e. Presipitasi / pengendapan protein ; Bila kedalam zat pelarut ditambah sedikit garam,
kelarutan protein meningkat karena daya elektrostatis antara molekul disekelilingnya
turun, peristiwa ini disebut denagan salting-in. Tapi bila konsentrasi garam tinggi,
kelarutan protein turun, peristiwa ini disebut dengan salting-out. Protein dapat
mengendap dalam garam berkonsentrasi tinggi, logam-logam berat, alkohol
(Girindra,Aisjah, 1990).
f. Koagulasi Protein ; misalnya putih telur mula-mula bening, tidak berwarna, bila
dipanaskan berubah menjadi padatan berwarna putih. Peristiwa ini disebut sebagai
koagulasi. Panas dapat menyebabkan koagulasi protein dengan suhu efektif berkisar
antara 38–75oC (Girindra,Aisjah, 1990).
g. Denaturasi Protein ; Denaturasi protein adalah berubahnya susunan ruang lantai
polipeptida suatu molekul protein. Terjadinya denaturasi protein tahap awal pada saat
protein dikenai suhu pemanasan sekitar 50oC. Protein tersebut belum bias dikatakan
rusak, hanya mengalami perubahan struktur sekunder, tersier, kuartener.
Perubahan konformasi dari struktur protein disebut denaturasi protein. Denaturasi protein
adalah berubahnya susunan ruang lantai polipeptida suatu molekul protein. Terjadinya
denaturasi protein tahap awal pada saat protein dikenai suhu pemanasan sekitar 50oC. Protein
tersebut belum bisa dikatakan rusak, hanya mengalami perubahan struktur sekunder, tersier,
kuartener. Denaturasi disebabkan oleh beberapa faktor antara lain:
Penyebab Fisik, denaturasi disebabkan oleh beberapa penyebab fisik, diantaranya:
1. Panas ; Ketika larutan protein dipanaskan secara bertahap di atas suhu kritis, protein
mengalami transisi dari keadaan asli menjadi terdenaturasi.
2. Tekanan ; Denaturasi akibat tekanan terjadi pada suhu 25⁰C jika tekanan yang
diberikan cukup tinggi. Kebanyakan protein mengalami denaturasi pada tekanan 1-12
kbar. Tekanan dapat menyebabkan denaturasi protein karena protein bersifat fleksibel
dan dapat dikompresi.
3. Pengadukan ; Pengadukan mekanik kecepatan tinggi seperti pengocokan, pengulenan,
dan pembuihan menyebabkan protein terdenaturasi. Ketika pengadukan tinggi
dilakukan menggunakan pengaduk berputar maka akan terbentuk kavitasi. Keadaan ini
menyebabkan protein mudah terdenaturasi. Pengadukan yang lebih cepat
menyebabkan tingkat denaturasi yang lebih tinggi.
Penyebab Kimiawi, denaturasi disebabkan oleh beberapa penyebab kimiawi, diantaranya:
1. Derajad keasaman (pH) ; Protein bersifat lebih stabil pada pH di titik isolelektrik
dibandingkan pH lain. Pada pH netral, kebanyakan protein bermuatan negatif dan
hanya sedikit yang bermuatan positif. Denaturasi protein akibat pH kebanyakan
bersifat reversibel. Akan tetapi, pada sejumlah kasus hidrolisis ikatan peptida secara
parsial, deamiadase residu asparagin dan glutamin, dan kerusakan gugus sulfihidril
pada pH alkali dapat menyebabkan denaturasi protein yang bersifat irreversibel.
2. Pelarut Organik ; Pelarut organik mempengaruhi stabilitas interaksi hidrofobik protein,
ikatan hidrogen, dan interaksi elektrostatik. Pada konsentrasi rendah, sejumlah pelarut
organik dapat menstabilkan beberapa enzim terhadap denaturasi. Pada konsentrasi
tinggi, pelarut organik menyebabkan protein terdenaturasi karena efek pelarutan rantai
samping nonpolar.
3. Senyawa Organik ; Sejumlah senyawa organik seperti urea dan guanidin hidroksida
menyebabkan denaturasi protein. Urea dan guanidin pada konsentrasi tinggi
membentuk ikatan hidrogen dan menyebabkan ikatan hidrogen dalam air menjadi
terganggu. Rusaknya ikatan hidrogen antarmolekul air menjadikan air sebagai pelarut
yang baik untuk residu nonpolar. Dampaknya adalah struktur protein terbuka dan
terjadi pelarutan residu nonpolar dari bagian dalam molekul protein.
4. Garam ; Peningkatan stabilitas protein pada kadar garam rendah disebabkan
peningkatan ikatan hidrogen antarmolekul air. Sebaliknya, pada konsentrasi tinggi,
garam mendenaturasi protein karena merusak struktur air sehingga air menjadi pelarut
yang baik untuk residu nonpolar protein (Estiasih, 2016).
Viskositas atau kekentalan merupakan sifat cairan yang berhubungan dengan hambatan untuk
mengalir. Beberapa cairan ada yang dapat mengalir dengan cepat namun ada yang mengalir
secara lambat. Viskositas menentukan kecepatan mengalirnya cairan (Halliday dan Resnick,
2000). Faktor yang mempengaruhi viskositas ialah suhu, kosentrasi larutan, berat molekul
terlarut, dan tekanan (Sani, 2010).
1. Suhu ; Viskositas berbanding terbalik dengan suhu. Jika suhu naik maka viskositas akan
turun, dan begitu sebaliknya.
3. Berat molekul terlarut ; viskositas berbanding lurus dengan berat molekul terlarut.
4. Tekanan ialah semakin tinggi tekanan maka semakin besar viskositas suatu cairan
Percobaan “Penentuan Perubahan Konformasi dari Protein Berdasarkan Pengukuran Kekentalan”
dilakukan dengan menyiapkan viscometer, kemudian dicuci dengan larutan KCl, hal ini
bertujuan agar pengotor pada viscometer hilang ditempatkan dalam penangas.
0,5
0
0,1 0,2 0,3 0,4
0,75
0,5
0,25
0
0,1 0,2 0,3 0,4
Dihitung nilai V dari protein yang dilarutkan di dalam 10mmol/l KCl dan didalam 8mmol/l urea.
Hasil grafik menunjukkan bahwa laju alir konsentrasi urea naik turun. Hal ini tidak sesuai
dengan refferensi yang menyatakan bahwa semakin tinggi konsentrasi maka semakin banyak
protein yang terdenaturasi dan larut sehingga laju alir semakin naik (Sukardo 1997).
V. KESIMPULAN
Protein dapat mengalami perubahan konformasi akibat dari penambahan konsentrasi. semakin
tinggi konsentrasi maka semakin banyak protein yang terdenaturasi dan larut sehingga laju
alir semakin naik
DAFTAR PUSTAKA
- 0,3 M
V = 0,451
- 0,4 M
V = 0,145
Mencari ŋ
• Urea 0,1M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
4,23
:
3,55
: 1,1915
• Urea 0,2M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
1,923
:
3,55
: 0,546
• Urea 0,3M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
2,793
:
3,55
: 0,7859
• Urea 0,4M
𝑡𝑡 𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠𝑠
Ŋ rel :
𝑡𝑡 𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘𝑘
1,023
:
3,55
: 0,2881
Mencari V
• Urea 0,1M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
1,19 : 1 + 2,5 (0,1) V
V : 0,952
• Urea 0,2M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
0,54 : 1 + 2,5 (0,2) V
V : 0,36
• Urea 0,3M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
0,79 : 1 + 2,5 (0,3) V
V : 0,451
• Urea 0,4M
Ŋ rel : 1 + 2,5 c.V
0,29 : 1 + 2,5 (0,4) V
V : 0,145