2.

3 Fungi (jamur)
Pada umumnya jamur dibagi menjadi 2 yaitu: khamir (Yeast) dan kapang
(Mold).

2.3.1Khamir.
Khamir adalah bentuk sel tunggal dengan pembelahan secara pertunasan.
Khamir mempunyai sel yang lebih besar daripada kebanyakan bakteri, tetapi khamir
yang paling kecil tidak sebesar bakteri yang terbesar.khamir sangat beragam
ukurannya,berkisar antara 1-5 μm lebarnya dan panjangnya dari 5-30 μm atau lebih.
Biasanya berbentuk telur,tetapi beberapa ada yang memanjang atau berbentuk bola.
Setiap spesies mempunyai bentuk yang khas, namun sekalipun dalam biakan murni
terdapat variasi yang luas dalam hal ukuran dan bentuk.Sel-sel individu, tergantung
kepada umur dan lingkungannya. Khamir tidak dilengkapi flagellum atau organ-organ
penggerak lainnya.

a. Khamir Murni
Khamir yang dapat berkembang biak dengan cara seksual dengan pembentukan
askospora khamir ini diklasifikasikan sebagai Ascomycetes (Saccharomyces cerevisae,
Saccharomyces carlbergesis,Hansenula anomala, Nadsonia sp).
 b. Khamir Liar
Khamir murni yang biasanya terdapat pada kulitanggur. Khamir ini mungkin
digunakan dalam proses fermentasi, meskipun galur yang diperbaiki telah
dikembangkan yang menghasilkan anggur dengan rasa yang lebih enak dengan bau
yang lebih menyenangkan. Khamir liar yang ada dikulit anggur dimatikan dengan
penambahan dioksida belerang pada buah anggur yang telah dihancurkan. Inokulum
galur khamir yang dikehendaki ditambahkan kemudian untuk memfermentasi air
perasan anggur.

c. Khamir Atas
Khamir murni yang cenderung memproduksi gas sangat cepat sewaktu
fermentasi,sehingga khamir itu dibawa kepermukaan. Khamir atas mencakup khamir
yang digunakan dalam pembuatan roti,untuk kebanyakan anggur minuman dan bir
inggris (Saccharomyces cereviceae).

d. Khamir Dasar
Khamir murni yang memproduksi gas secara lebih lamban pada bagian awal
fermentasi. Jadi sel khamir cenderung untuk menetap pada dasar. Galur terpilih
digunakan dalam industri bir lager (Saccharomyces carlsbergensis).

e. Khamir Palsu atau Torulae

Khamir yang didalamnya tidak terdapat atau dikenal tahap pembentukan spora seksual.
Banyak diantaranya yang penting dari segi medis (Cryptococcus neoformans,
Pityrosporum ovale, Candida albicans).

2.3.2 Kapang.
Tubuh atau talus suatu kapang pada dasarnya terdiri dari 2 bagian miselium dan
spora (sel resisten, istirahat atau dorman). Miselium merupakan kumpulan beberapa
filamen yang dinamakan hifa. Setiap hifa lebarnya 5-10 μm, dibandingkan dengan sel
bakteri yang biasanya berdiameter 1 μm. Disepanjang setiap hifa terdapat sitoplasma
bersama.

Ada 3 macam morfologi hifa:

1. Aseptat atau senosit, hifa seperti ini tidak mempunyai dinding sekat atau septum.
2. Septat dengan sel-sel uninukleat, sekat membagi hifa menjadi ruang-ruang atau sel-
sel berisi nucleus tunggal. Pada setiap septum terdapat pori ditengah-tengah yang
memungkinkan perpindahan nucleus dan sitoplasma dari satu ruang keruang yang
lain.setiap ruang suatu hifa yang bersekat tidak terbatasi oleh suatu membrane
sebagaimana halnya pada sel yang khas, setiap ruang itu biasanya dinamakan sel.

3. Septat dengan sel-sel multinukleat, septum membagi hifa menjadi sel-sel dengan
lebih dari satu nukleus dalam setiap ruang.
Jamur tidak dapat hidup secara autotrof, melainkan harus hidup secara heterotrof.
Jamur hidup dengan jalan menguraikan bahan-bahan organik yang ada
dilingkungannya. Umumnya jamur hidup secara saprofit,artinya hidup dari penguraian
sampah sampah-sampah organic seperti bangkai, sisa tumbuhan, makanan dan kayu
lapuk, menjadi bahan-bahan anorganik. Ada pula jamur yang hidup secara parasit
artinya jamur mendapatkan bahan organic dari inangnya misalnya dari manusia,
binatang dan tumbuhan. Adapula yang hidup secara simbiosis mutualisme, yakni hidup
bersama dengan orgaisme lain agar saling mendapatkan untung, misalnya bersimbiosis
dengan ganggang membentuk lumut kerak.
Jamur uniseluler misalnya ragi dapat mencerna tepung hingga terurai menjadi gula,
dan gula dicerna menjadi alkohol. Sedangkan jamur multiseluler misalnya jamur tempe
dapat mengaraikan protein kedelai menjadi protein sederhana dan asam amino.
Makanan tersebut dicerna diluar sehingga disebut pencernaan ekstraseluler, sama seperti
pada bakteri. Caranya,sel-sel yang bekerja mengeluarkan enzim pencernaan. Enzim-
enzim itulah yang bekerja menguraikan molekul-molekul kompleks menjadi molekul-
molekul sederhana.

2.3.3.Anatomi pada fungi (jamur)

Jamur tidak memiliki klorofil, sel pada jamur ada yang uniseluler,ada pula yang
mutiseluler. Dinding sel pada jamur terdiri dari kitin. Jamur multiseluler terbentuk dari
rangkaian sel membentuk benang seperti kapas, yang disebu benang hifa. Hifa memiliki
sekat-sekat yang melintang, tiap-tiap sekat memiliki satu sel, dengan satu atau beberapa
inti sel. Namun adapula hifa yang tidak memiliki sekat melintang, yang mengandung
banyak inti dan disebut senositik. Ada tidaknya sekat pada hifa ini dijadikan dasar
dalam penggolongan jamur. Hifa ada yang berfungsi sebagai pembentuk alat
reproduksi. Misalnya, hifa yang tumbuh menjulang ke atas menjadi sporangiofor yang
artinya pembawa sporangium.sporangium artinya kotak spora. Didalam sporangium
terisi spora. Ada pula hifa yang tumbuh menjadi konidiofor yang artinya pembawa
konidia, yang dapat menghasilkan konidium.
Kumpulan hifa membentuk jaringan benang yang dikenal sebagai miselium.
Miselium inilah yang tumbuh menyebar diatas substrat dan berfungsi sebagai penyerap
makanan dari lingkungannya.
2.3.4 Reproduksi pada jamur (fungi)
Jamur uniseluler berkembang biak dengan cara seksual dan dengan cara
aseksual. Pada perkembangbiakannya yang secara seksual jamur membentuk
tunas,sedangkan secara aseksual jamur membentuk spora askus.
Jamur multiseluler berkembangbiak dengan cara aseksual,yaitu dengan cara
memutuskan benang hifa (fragmentasi),membentuk spora aseksual yaitu
zoospora,endospora dan konidia. Sedangkan perkembangbiakan secara seksual melalui
peleburan antara inti jantan dan inti betina sehingga terbentuk spora askus atau spora
basidium.
Zoospora atau spora kembara adalah spora yang dapat bergerak didalam air
dengan menggunakan flagella. Jadi jamur penghasil zoospore biasanya hidup
dilingkungan yang lembab atau berair.
Endospora adalah spora yang dihasilkan oleh sel dan spora tetap tinggal didalam sel
tersebut, hingga kondisi memungkinkan untuk tumbuh.
 Spora askus atau askospora adalah spora yang dihasilkan melalui perkawinan
jamur Ascomycota. Askospora terdapat didalam askus, biasanya berjumlah 8 spora.
Spora dari perkawinan kelompok jamur Basidiomycota disebut basidiospora.
Basidiospora terdapat didalam basidium,dan biasanya bejumlah empat spora.
Konidia adalah spora yang dihasilkan dengan jalan membentuk sekat melintang
pada ujung hifa atau dengan diferensiasi hingga terbentuk banyak konidia. Jika telah
masak konidia paling ujung dapat melepskan diri.

Gambar morfologi fungi

2.4 Virus
Virus merupakan salah satu jenis mikroorganisme parasit. Virus ini mempunyai
ciri-ciri tidak dimiliki oleh organisme lain. Virus hanya dapat berkembang biak di sel-
sel hidup lain (sifat virus parasit obligat) karenanya, vius dapat dibiakkan pada telur
ayam yang berisi embrio hidup. Untuk bereproduksi virus hanya memerlukan asam
nukleat saja. Ciri lainnya, virus tidak dapat bergerak maupun melakukan aktivitas
metabolisme sendiri. Selain itu irus tidak dapat membelah diri. Virus tidak dapat
diendapkan dengan sentrifugasi biasa, tetapi dapat dikristalkan.

2.4.1 Morfologi virus

1. Virus berukuran aseluler (tidak mempunyai sel).
2. Virus berukuran amat kecil, jauh lebih kecil daripada bakteri.
3. Virus hanya memiliki sala satu macam asam nukleat (RNA atau DNA).
4. Virus umumnya berupa semacam hablur (kristal) dan bentuknya sangat bervariasi
5. Tubuh virus terdiri atas kepala, kulit(selubung atau kapsid), isi tubuh, dan serabut
ekor.
2.4.2 Anatomi virus
1. Kepala
Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya diselubungi kapsid.
2. Kapsid
Kapsid adalah selubung yang berupa protein. Kapsid terdiri atas bagian-bagian
yang disebut kapsomer. Kapsid juga dapat terdiri atas proten-protein monomer
identik, yang masing-masing terdiri dari rantai polipeptida.
3. Isi tubuh
Isi tubuh yang disebut viorin adalah bahan genetik yakni asam nukleat (DNA
atau RNA), contohnya sebagai berikut:
  Virus yang isi tubuhnya RNA dan bentuknya menyerupai kubus antara lain,
virus radang mulut.
 Virus yang isi tubuhnya RNA, protein, lipida, dan polisakarida, contohnya
paramixovirus.
 Virus yag isi tubuhnya tediri atas RNA, protein, dan banyak lipida, contohnya
virus cacar.
4. Ekor
Ekor virus merupakan alat penancap ketubuh organisme yang diserangnya. Ekor
virus terdiri atas tabung bersumbat yang dilengkapi benang
atau serabut.Pada virus dijumpai asam nukleat yang diselubungi kapsid,
disebut nukleokapsid.

2.4.3 Reproduksi virus

Untuk berkembang biak virus memerlukan tempat atau lingkungan yang hidup.
Oleh karena itu, virus menginfeksi sel bakteri, sel hewan, atau sel tumbuhan untuk
bereproduksi.
Ada dua macam cara virus menginfeksi bakteri, yaitu secara litik an secara
lisogeni. Pada infeksi secara litik, virus akan menghancurkan sel induk setelah berhasil
melakukan reproduksi, sedangkan pada infeksi secara lisogenik,virus tidak
menghancurkan sel bakteri tetapi virus berintregasi dengan DNA sel bakteri, sehingga
jika bakteri membelah atau berkembang biak virus pun ikut membelah.
Pada prinsipnya cara perkembangbiakan virus pada hewan maupun pada tumbuhan
mirip dengan yang berlangsung pada bakteriofag, yaitu melalui fase adsorpsi, sintesis,
dan lisis.

2.5 Isolasi Mikroorganisme

Isolasi bakteri adalah suatu cara untuk mendapatkan biakan murni dari biakan
campuran, biakan murni adalah biakan yang terdiri dari satu macam jenis
mikroorganisme yang disebut biakan aseptik. Sedangkan biakan yang memiliki lebih
dari satu jenis mikroba disebut dengan campuran mikroba yang hidup di alam terbuka
jarang ditemui dalam bentuk biakan murni. Pada umumnya mikroba tumbuh dalam
populasi campuran. Untuk dapat mengidentifikasi mikroba termasuk pengyjian fisiologi
yang diperlukan isolasi bentuk (Soetarto 1995: 33).
 Teknis aseptik merupakan suatu cara atau teknik yang bisa digunakan untuk
mensterilkan alat dan bahan dari zat-zat kontaminan. Steril merupakan suatu keadaan
yang bebas dari segala macam bentuk kehidupan mikroba. Pada abad ke 18 orang
mensterilkan hanya cukup dengan mendidihkan medium tersebut elama beberapa jam.
Cara ini bisa mematikan semua benih kehidupan. Caraini digunakan untuk memberikan
bukti bahwa teori abiogenesis adalah tidak mungkin (Ammi 2005: 12).
Bakteri dapat diperoleh dari mana saja. Misalnya dari rongga mulut dan dari tanah
yang banyak sampah-sampahnya. Biasanya kita mengadakan pemiaraan pada sisa
makanan yang sudah basi. Mengadakan pemiaraan pada cawan petri yang sudah berisi
zat makanan atau medium, asalkan medium itu dibiarkan terbuka. Maka sehabis 24 jam
akan kita dapati berpuluh-puluh koloni bakteri dan jamur yang menutupi permukaan
tubuh tersebut (Dwidjoseputro 2008: 11).
Pemindahan dengan kawat inokulasi sebaiknya dari platina atau dari mikrom.
Ujung kawat boleh lurus, boleh juga berupa kolongan yang berdiameter 1-3 mm.. Lebih
dahulu ujung kawat dipijarkan, sedangkan sisanya sampai tangkai cukup dilewatkan
dengan nyala api saja. Setelah ini, ujung kawat disentuhkan suatu koloni. Mulut tabung
tempat pemiaraan itu dipanasi juga setelah sumbatnya diambil. Setelah pengambilan
inokulum (sampel bakteri) selesai, mulut tabung dipanasi lagi kemudian disumbat
seperti semut. Ujung kawat yang membawa inokulum tersebut digesekkan pada medium
baru atau pada suatu kaca benda. Tujuannya akan membuat suatu sediaan (Waluyo
2005: 64).
Cara untuk mendapatkan suatu spesies mikroba dalam suatu piaraan campuran
caranya yaitu dengan mengambil sampel dari udara, air, dari kotoran, kemudian
ditebarkan dalam medium steril maka akan tumbuh beraneka koloni yang masing-
masing mempunyai ciri yang khas. Jika diambil bahan dari satu koloni tersebut,
kemudian bahan itu ditanam di medium yang baru steril, maka bahan itu akan tumbuh
menjadi koloni yang murni asalkan pemindahan di lapukkan dengan cermat menurut
teknik aseptik (Dwidjoseputro 2008: 30).
Isolasi suatu mikroba ialah memindahkan mikrobia tersebut dari
lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam medium
buatan. Faktor-faktor yang perlu diperhatikan dalam melakukan isolasi mikrobia adalah
sifat jenis mikrobia yang akan diisolasi tempat hidup atau mikrobia tersebut, medium
untuk pertumbuhan yang sesuai, cara inkubasi mikrobia, cara menanam mikrobia, cara
menguji bahwa mikrobia yang diisolasikan telah berupa biakan murni dan sesuai
dengan yang dimaksud. Banyak cara yang dilakukan untuk isolasi mikrobia. isolasi
yaitu dapat dengan cara goresan (streak plate method) dan cara taburan (Hadioetomo
1993: 23). Adapun metode isolai mikroba tersebut adalah :
1. Metode cawan gores
Metode ini mempunyai dua keuntungan, yanti menghemat bahan dan waktu. metode
cawan gores yang dilaksanakan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan
terisolasinya mikroorganisme yang diinginkan.
2. Metode cawan tuang
Cara lain untuk memperoleh koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme
adalah dengan mengencerkan specimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan
didinginkan (±500C) yang kemudian dicawankan. Karena konsentrasi sel-sel mikroba
di dalam specimen pada umumnya tidak diketahui sebelumnya, maka pengenceran
perku dilakukan beberapa tahap sehingga sekurang-kurangnya satu diantara cawan
tersebut mengandung koloni terpisah diatas permukaan ataupun di dalam agar.
Metode ini memboroskan bahan dan waktu namun tidak memerlukan keterampilan
yang tinggi.

3. Teknik sebar (spread plate)

Teknik isolasi mikroba dengan cara menyebarkan mikroba pada permukaan media
yang akan digunakan.
4. Teknik pengenceran (dilution method)
Suatu sampel dari suatu suspense yang berupa campuran bermacam-macam spesies
diencerkan dalam suatu tabung yang tersendiri. Dari hasil pengenceran ini kemudian
diambil kira-kira 1 mL untuk diencerkan lebih lanjut. Jika dari pengenceran yang
ketiga ini diambil 0,1 mL untuk disebarkan pada suatu medium padat, kemungkinan
besar kita akan mendapatkan beberapa koloni yang akan tumbuh dalam medium
 tersebut, akan tetapi mungkin juga kita hanya akan memperoleh satu koloni saja.
Dalam hal yang demikian ini dapat kita jadikan piaraan murni. Jika kita belum yakin
bahwa koloni tunggal yang kita peroleh tersebut merupakan koloni yang murni,
maka kita dapat mengulang pengenceran dengan menggunakan koloni ini sebagai
sampel.
5. Teknik micromanipulator
Mengambil satu bakteri dengan mikropipet yang ditempatkan dalam
micromanipulator, kemudian ditempatkan dalam micromanipulator, kemudian
dipempatkan dalam medium encer untuk dibiakkan.
Identifikasi mikrobia adalah salah satu tugas yang lazim dilakukan di
laboratorium. Di laboratorium diagnosti penyakit. Isolasi dan pencirian mikrobia yang
berasal dari penderita penyakit harus dilaksanakan dengan cepat dan tepat sehingga
pengobatan dapat diberikan sedini mungkin. Pencirian mikroorganisme yang diisolasi
dari makanan atau minuman yang terlibat dalam pencemaran makanan harus dilakukan
secepat mungkin agar wabah keracunan akibat makanan atau minuman yang tercemar
dapat dihentikan (Waluyo 2005: 64).