Prinsip dasar dari reaksi fotokimia, dimana fotosintesis merupakan bagian dari reaksi fotokimia,

adalah bahwa cahaya sebagai pengendali reaksi, dan harus diserap pertama kali.  Artinya
bahwa harus ada pigmen, yakni molekul yang menyerap cahaya. Sebuah pigmen yang menyerap
semua panjang gelombang dari cahaya dengan efisiensi yang sama akan kelihatan hitam.

Bagaimanapun, kebanyakan pigmen menyerap secara selektif hanya pada panjang gelombang
tertentu dan kemudian diteruskan/disebarkan atau dipantulkan. Cahaya yang disebarkan atau
dipantulkan akan menjadi warna yang menjadi karakteristik dari pigmen tersebut. Warna hijau dari
daun misalnya berasal dari pigmen fotosintesis yakni klorofil.

Klorofil kelihatan hijau karena ia menyerap cahaya biru dan merah yang merupakan batas ujung dari
warna spektrum yang kelihatan, meninggalkan cahaya hijau dari tengah spektrum untuk disebarkan
atau dipantulkan.

Spektrum warna dari visible light (cahaya yang terlihat)

Dengan menggunakan alat yang disebut spectrophotometer, memungkinkan kita untuk mengukur

berapa banyak panjang gelombang dari cahaya yang diserap oleh pigmen. Grafik hasilnya disebut
sebagai absorption spectrum. Sebuah absorption spectrum merupakan alat yang sangat berguna
karena itu merupakan sidik jari molekul dari sebuah pigmen.

Grafik dari absorption spectrum (*)

Setiap molekul yang menyerap cahaya memiliki karakteristik absorption spectrum yang menjadi
kunci identifikasinya. Sebagai contoh ada 4 jenis berbeda dari klorofil, yang ditandai dengan huruf a,
b, c dan d. Meskipun absorption spectrum dari keempatnya mirip dan semuanya digambarkan
sebagai hijau, panjang kelombang yang tepat pada puncak absorbsi akan berbeda satu sama lain.

Peristiwa pertama pada fotosintesis  adalah penyerapan cahaya oleh klorofil, tetapi apa yang
sebenarnya terjadi ketika sebuah pigmen menyerap cahaya?. Penyerapan sebuah photon
berlangsung begitu cepat, dalam hitungan femtodetik (1 fs = 10-15 dt). Energi dari photon ditransfer
ke sebuah elektron milik salah satu atom pada kepala kutub (polar head) dari molekul klorofil. Ingat
bahwa elektron-elektron mengelilingi inti atom pada masing-masing orbitnya. Energi tambahan dari
photon cukup untuk mengatasi gaya tarik antara elektron dengan inti atom dan menarik elektron
keluar menuju ke orbit selanjutnya. Hanya photon dengan energi yang sesuai dalam hal perbedaan
level energi antara dua orbit elektron yang dapat diserap. Hal ini yang menyebabkan mengapa hanya
cahaya dengan panjang gelombang tertentu yang dapat diserap oleh molekul.

Ketika sebuah pigmen menyerap photon (**)

Sebuah molekul klorofil yang telah menyerap sebuah photon dikatakan telah tereksitasi. Molekul
yang tereksitasi memiliki lebih banyak energi dibandingkan ketika dalam kondisi normalnya tak
tereksitasi.

Molekul klorofil yang tereksitasi berada dalam keadaan yang tak stabil dan waktunya singkat, hanya
sepersekian detik bagi molekul untuk melakukan sesuatu dengan energi tambahan tersebut sebelum
kembali ke kondisi normalnya. Ada tiga hal yang dapat dilakukan dengan energi tambahan tersebut
yaitu :

 Terdisipasi menjadi panas,

 Dipancarkan sebagai cahaya (fenomena yang dikenal sebagai fluorescen),

 Energi dilewatkan ke molekul yang lain dalam reaksi fotokimia.

Pada dua hal pertama, elektron kembali ke orbit aslinya sementara yang terakhir, elektron akan
ditransfer dari klorofil ke molekul yang lain dan membawa energi bersamanya.
Klorofil bukanlah satu-satunya pigmen yang ditemukan dalam kloroplas. Ada juga keluarga pigmen
kuning dan oranye yang disebut karotenoid. Karotenoid termasuk karoten, yang oranye dan xantofil,
yang kuning. Karoten utama dalam kloroplas adalah beta-karoten yang terletak di dalam kloroplas
bersama klorofil.

Karotenoid dianggap sebagai pigmen pelengkap, dipercaya bahwa energi cahaya yang diserap
karotenoid di transfer ke klorofil untuk fotosintesis. Karotenoid hanya memiliki sedikit peran
langsung dalam fotosintesis tetapi berperan besar melindungi klorofil dari kerusakan akibat cahaya
berlebihan.

Pigmen karotenoid tidak terbatas hanya pada daun tetapi menyebar diseluruh jaringan tanaman.
Sebagai contoh warna dari akar wortel, yang mengandung beta-karoten tinggi dalam sel akarnya,
dan likopen (pigmen merah oranye) pada tomat yang merupakan keluarga karotenoid.

Karoten dan xantofil juga bertanggung jawab terhadap warna oranye dan kuning pada daun saat
musim gugur. Sebagai respon terhadap panjang hari pendek dan suhu yang lebih dingin, pigmen
kloroplas mulai rusak. Klorofil yang normalnya dilindungi karotenoid, rusak lebih cepat daripada
karotenoid sehingga yang tampak di sepanjang musim gugur sisa karotenoid. Warna merah yang
juga muncul pada beberapa daun di musim gugur, dikarenakan antosianin terlarut dalam air yang
sintesisnya dipicu oleh kondisi yang sama dengan kerusakan klorofil.