B.     Jalur Metabolisme

Sebagian besar reaksi metabolisme dikatalisis oleh enzim sehingga menjadi sebuah reaksi
yang lengkap, tidak hanya mencakup reaktan, intermediet, dan produk dari reaksi seluler tetapi
juga karakteristik sel enzim. Hampir seluruh sel dapat melakukan ratusan hingga ribuan reaksi.
Untuk menangani kompleksitas ini yakni dengan pengelompokan metabolisme menjadi beberapa
bidang, dimulai dengan mempertimbangkan metabolisme dari empat kelompok utama
biomolekul: karbohidrat, lipid, asam amino, dan nucleotida. Dalam masing-masing bidang
metabolisme, kita mengenali urutan yang berbeda dari tiap reaksi metabolismenya, yang disebut
jalur metabolisme. (Horton. 2006: 298)

        1)      Jalur Urutan Reaksi

Jalur metabolisme merupakan  skema sintesis dalam kimia organik. Sebuah jalur
metabolisme adalah serangkaian reaksi di mana hasil reaksi dari tiap tahap merupakan senyawa
pemula untuk tahap reaksi berikutnya. Beberapa jalur metabolisme dapat terdiri dari dua tahap
atau lebih. Hal ini mengakibatkan tidak mudahnya dalam menentukan batas-batas jalur
metabolisme.

Jalur metabolisme setiap individu bisa jadi berbeda-beda. Sebuah metabolisme jalur linear,
seperti biosintesis serin dimana reaksi yang dikatalis enzim dari tiap tahap menghasilkan produk
yang digunakan sebagai substrat untuk langkah berikutnya. ( Gambar 2a ). Jalur umum yang
akan dilalui adalah jalur linear. Sebuah jalur metabolisme siklik, seperti siklus asam sitrat, juga
merupakan urutan langkah enzim -katalis, namun urutannya membentuk loop tertutup,
selanjutnya diregenerasi dengan setiap pergantian siklus ( Gambar 2b ). Hanya ada beberapa
contoh dari jalur metabolisme siklik. Dalam jalur metabolisme spiral, seperti biosintesis asam
lemak, aturan yang sama dari enzim digunakan berulang kali untuk memperpanjang atau
memperpendek molekul tertentu (2c ). Semua reaksi polimerisasi dapat bergabung untuk
membentuk jalur spiral.

Setiap jenis jalur mungkin memiliki titik cabang dimana metabolit masuk atau keluar. Dalam
kebanyakan kasus, kita tidak menekankan sifat percabangan jalur. Untuk  menggambarkan
dasar-dasar metabolisme, kita fokus pada rute utama yang diikuti oleh metabolit yang paling
penting. Kita juga fokus pada jalur yang biasa ditemukan di semua spesies, hal ini merupakan
jalur biokimia yang paling mendasar. (Horton. 2006: 299)

Gambar 2

Ket : Bentuk-bentuk jalur metabolisme. (a) biosintesis serin adalah contoh dari jalur metabolisme
linear. Produk dari setiap tahapnya adalah substrat yang digunakan untuk tahap berikutnya. (b)
Urutan reaksi dalam jalur siklik membentuk loop tertutup. Dalam siklus asam sitrat, gugus asetil
dimetabolisasi melalui reaksi yang menghasilkan siklus intermediet. (c) Dalam biosintesis asam
lemak, jalur spiral, pola enzim yang sama mengkatalisis sebuah pemanjangan progresif rantai
asil. (Horton. 2006: 299)

2)      Lanjutan Metabolisme dengan Tahap Berbeda

Lingkungan intraseluler relatif stabil. Reaksi dalam sel berlangsung pada suhu dan tekanan
moderat (sedang), konsentrasi reaktan  yang rendah, dan pada pH mendekati netral. Kondisi ini
memerlukan banyak katalis enzimatik yang efisien. Namun mengapa begitu banyak reaksi
berbeda yang dilakukan dalam sel hidup? Pada prinsipnya, hal itu harus memungkinkan untuk
melakukan degradasi dan sintesis molekul organik dengan reaksi jauh lebih sedikit. (Horton.
2006: 300)
 Salah satu alasan untuk jalur bertahap adalah reaksi terbatas hanya pada enzim. Setiap situs
aktif mengkatalisis hanya satu langkah dari jalurnya. Sintesis molekul-atau degradasi akibat
mengikuti jalur metabolik yang dilakukan dengan adanya ketersediaan enzim yang sesuai.
Sebagai aturan umum, reaksi enzim-katalisasi tunggal hanya dapat mematahkan atau membentuk
beberapa ikatan kovalen pada satu waktu. Seringkali reaksi melibatkan transfer. (Horton. 2006:
300)

Alasan lain untuk multiple step dalam jalur metabolisme adalah untuk mengendalikan energi
input dan output. Aliran energi dimediasi oleh donor energi dan akseptor yang membawa kuanta
diskrit energi. Seperti yang akan kita lihat, energi yang ditransfer dalam satu langkah reaksi
jarang melebihi 60 kJ molˉ1. Persiapan untuk biosintesis molekul membutuhkan transfer energi
di beberapa titik. Setiap reaksi yang membutuhkan energi sesuai dengan satu langkah dalam
urutan reaksi. Sintesis glukosa dari karbon dioksida dan air membutuhkan asupan energi 2800 kJ
mol-1. Hal ini tidak sesuai secara termodinamika jika untuk mensintesis glukosa dalam satu
langkah (Gambar 3). Demikian pula, sebagian besar energi yang dilepaskan selama proses
katabolik (seperti oksidasi glukosa menjadi karbon dioksida dan air) ditransfer ke akseptor
individu dalam satu langkah pada satu waktu. Efisiensi transfer energi pada setiap langkah
adalah '2800 KJ mol-1 '2800 KJ mol-1 60 kJ mol-1 . (Horton. 2006: 300)

Gambar 3
Ket : Jalur tahapan single-step dan multiple-step. (a) sintesis glukosa tidak dapat dicapai dalam
satu langkah. Tahapan biosintesis digabungkan ke input dari kuanta kecil energi dari ATP dan
NADH. (b) pembakaran glukosa yang tidak terkendali melepaskan sejumlah besar energi
sekaligus. Sebuah jalur multistep enzime yang dikatalisis melepaskan sejumlah energi yang sama
namun sebagian besar pengkonservasian harus dikendalikan. Efisiensi transfer energi pada setiap
tahap tidak pernah mencapai 100%. (Horton. 2006: 301)

3)       Jalur Metabolisme Selalu Diatur

Jalur metabolisme selalu diatur. Organisme bereaksi terhadap kondisi perubahan

lingkungan seperti ketersediaan energi atau nutrisi. Organisme juga menanggapi instruksi
genetik. Sebagai contoh, selama embriogenesis atau reproduksi, metabolisme sel-sel individual
dapat berubah secara drastis. Proses kontrol dapat mempengaruhi banyak sedikitnya tahapan, dan
waktu respon dapat berkisar kurang dari satu detik atau lebih. Respon biologis yang paling cepat,
terjadi dalam milidetik, termasuk perubahan dalam bagian kecil ion melalui membran sel.
Transmisi impuls saraf dan kontraksi otot tergantung pada gerakan ion. Respon  paling cepat
berlangsung cepat, respon lambat biasanya berlangsung lebih lama. (Horton. 1993: 301)

Sebagian besar jalur dilanjutkan dalam satu arah dalam kondisi fisiologis. Ketika
metabolit memasuki lintasan, setiap langkah dari lintasan terjadi secara berurutan, tanpa back up
dan membuang-buang bahan selular atau energi. Biomolekul biasanya disintesis dan didegradasi
melalui jalur yang berbeda, meskipun beberapa langkah umum memungkinkan untuk kedua
jalur, anabolik dan katabolik. Ketika didalam sel, aturan umum dari reaksi biasanya diatur
sehingga hanya dilanjutkan dalam satu arah. (Horton. 2006: 301)

Aliran metabolit melalui jalur ini disebut fluks. Gambaran  sederhana jalur linear yang diawali
dengan substrat A dan berakhir dengan produk P.

Jika konsentrasi A cukup tinggi, reaksi pertama akan terjadi dan B akan terbentuk. B
akan mulai berfungsi sebagai substrat dalam reaksi kedua dan C akan terbentuk. Akhirnya,
produk P hasil akhir dihasilkan. Aliran material dalam jalur akan terus berlanjut selama pasokan
substrat awal (A) tersedia dan produk akhir (P) akan dipindahkan. Biasanya dalam kondisi yang
paling tidak stabil melalui jalur pada tingkat yang relatif konstan bergantung pada sifat enzim.
Konsentrasi B, C, D, dan E tidak berubah banyak. (Horton. 2006: 301)

Fluks akan menurun jika konsentrasi substrat awal turun di bawah ambang batas tertentu.
Hal ini akan terjadi jika konsentrasi produk akhir meningkat yang nantinya terjadi perubahan
yang akan mempengaruhi semua jalur. Namun dalam hal ini pada konsentrasi normal, terdapat
kontrol regulasi khusus yang mempengaruhi aktivitas enzim tertentu di jalur tersebut. (Horton.
2006: 301)

Terdapat dua pola umum regulasi metabolik yakni feedback inhibition dan feed-forward
inhibition. Feed-back inhibition, pada sistim ini hasil akhir (end product) akan menghambat
pembentukan enzim pertama yang mengawali jalur ini bilamana hasil akhir melebihi yang diperlukan sel.
Gambar di bawah adalah contoh pengaturan metabolisme melalui penghambatan oleh produk akhir
terhadap suatu enzim alosterik atau feedback inhibition.

Reaksi 1

Dalam Gambar,  dapat dijelaskan, huruf A,B,C dan seterusnya menunjukkan senyawa kimia
antara pada lintas ini dan E1 ‐ E5 menunjukan enzim yang bekerja pada setiap tahap. Enzim
pertama pada lintas ini (E1) adalah enzim alosterik. Enzim ini dihambat oleh produk akhir urutan
reaksi. (Horton. 2006: 302)

Feed-forward inhibition terjadi ketika metabolit yang diproduksi di awal mengaktifkan enzim
yang mengkatalisis reaksi jalur berikutnya.

Reaksi 2

Dalam contoh ini, aktivitas enzim E1 (yang mengubah A menjadi B) dikoordinasikan oleh
aktivitas enzim (yang mengubah D menjadi E). Peningkatan konsentrasi metabolit B
meningkatkan fluks melalui jalur tersebut. (Horton. 2006: 302)

Gambar 4
Ket: Peran regulasi terhadap protein kinase. Efek dari sinyal awal diperkuat oleh sinyal cascade.
Fosforilasi oleh protein seluler yang berbeda diaktifkan oleh kinase yang dihasilkan dari rgulasi
yang dikoordinasi pada jalur metabolisme yang berbeda. Beberapa jalur dapat diaktifkan,
sedangkan yang lain terhambat. ˉP merupakan gugus fosfat yang terikat protein. (Horton. 2006:
303)

4)      Evolusi Jalur Metabolisme

Terdapat  banyak lintasan yang memungkinkan untuk pembentukan jalur metabolisme baru.
Kasus yang paling sederhana adalah penambahan langkah terminal baru untuk jalur yang sudah
ada. Pertimbangkan jalur hipotetis Reaksi 1. Jalur kekuatan asli telah diakhiri dengan produksi
metabolit E setelah transformasi empat langkah dari substrat A. Ketersediaan jumlah besar E
mungkin mendukung evolusi (perubahan) enzim baru (dalam hal ini) yang bisa menggunakan E
sebagai substrat untuk membuat P. jalur yang mengarah ke sintesis asparagin dan glutamin dari
jalur aspartat dan glutamat adalah contoh dari jenis jalur evolusi. (Horton. 2006: 303)

Ada banyak contoh evolusi melalui duplikasi gen dan divergensi (misalnya,  laktat
dehidrogenase dan malat dehidrogenase). (Sebagian besar  ditekankan reaksi enzim namun, pada
kenyataannya, banyak enzim dapat mengkatalisis beberapa reaksi yang berbeda menggunakan
substrat struktural  dan produk yang sama). (Horton. 2006: 303)

Beberapa jalur mungkin telah berevolusi "mundur." Sebuah jalur kekuatan primitif telah
memanfaatkan kelimpah metabolit E di lingkungan untuk membuat produk P. Pasokan  E
menjadi habis dari waktu ke waktu terdapat tekanan yang cukup selektif  untuk berevolusi enzim
baru yang bisa memanfaatkan metabolit D untuk mengisi metabolit E. Ketika D membatasi, sel
bisa mendapatkan keuntungan selektif dengan memanfaatkan C untuk membuat lebih banyak
metabolit D. Dengan cara ini jalur moderen lengkap berevolusi dengan retro - evolusi, berturut-
turut menambahkan prekursor sederhana dan memperluas jalur tersebut . Terkadang seluruh jalur
dapat digandakan dan evolusi adaptif berikutnya mengarah ke dua jalur independen dengan
enzim homolog yang mengkatalisis reaksi terkait. Terdapat  bukti yang nyata bahwa jalur yang
mengarah ke biosintesis triptofan dan histidin berevolusi dengan cara ini. Enzim juga dapat
direkrut dari satu jalur untuk digunakan di area lain tanpa harus menduplikasi seluruh jalur.
(Horton. 2006: 304)

Akhirnya, jalur baru dapat berkembang dengan " membalikkan " jalur yang ada. dalam
kebanyakan kasus, terdapat satu langkah dalam jalur yang pada dasarnya tidak dapat diubah.
Kita asumsikan bahwa langkah ketiga dalam jalur hipotetis kami tidak dapat mengkatalisis
konversi D ke C karena reaksi normal jauh dari keseimbangan. Evolusi enzim baru yang dapat
mengkatalisis akan memungkinkan seluruh jalur ini untuk arah yang sebaliknya , mengubah P ke
A. Ini adalah bagaimana jalur glikolisis berevolusi dari jalur biosintesis glukosa. Semua
kemungkinan ini memainkan peran dalam evolusi jalur baru. Terkadang evolusi jalur baru
berkembang dengan kombinasi mekanisme yang berbeda dari evolusi adaptif. Contohnya evolusi
jalur siklus asam sitrat. (Horton. 2006: 304)

C.     Jalur Utama dalam Sel

Dimulai dengan anabolik, atau biosintesis, jalur ini adalah jalur yang paling penting untuk
pertumbuhan dan reproduksi. Semua spesies harus mampu mensintesis sebagian besar biokimia
utamanya, terutama makromolekul seperti DNA , RNA , dan protein. Sebuah gambaran umum
tentang jalur biosintesis ditunjukkan pada Gambar 5. Semua sel memerlukan sumber eksternal
berupa karbon, hidrogen, oksigen, fosfor, dan belerang, ditambah ion anorganik tambahan.
Beberapa spesies, terutama bakteri dan tanaman, dapat tumbuh dan berkembang biak dengan
memanfaatkan sumber-sumber unsur anorganik  penting ini. Spesies ini disebut autotrof.
Sebaliknya, heterotrof memerlukan molekul seperti glukosa organik. Misalnya hewan. (Horton.
2006: 304)

Jalur biosintesis membutuhkan energi. Organisme yang paling kompleks (dari perspektif
biokimia !) adalah autotrof karena mereka dapat menghasilkan energi metabolik dari sinar
matahari atau dengan mengoksidasi molekul anorganik seperti NH4, H2 atau H2S.  Energi dari
reaksi ini digunakan untuk mensintesis energi  kaya senyawa ATP dan mengurangi kekuatan
NADH. Kofaktor ini mentransfer energi mereka untuk reaksi biosintesis. (Horton. 2006: 304)

Ada dua jenis spesies autotrophic. Fotoautotrof memperoleh sebagian besar energi mereka
dengan fotosintesis yang mana sumber utama berasal dari karbon.  Kategori ini termasuk bakteri
fotosintesis, ganggang, dan tanaman. Kemoautotrof  memperoleh energi mereka dengan
mengoksidasi molekul anorganik dan memanfaatkannya sebagai sumber karbon. Beberapa
spesies bakteri merupakan kemoautotrof namun  bukan contoh eukariotik. (Horton. 2006: 304)

Heterotrof juga dapat dibagi menjadi dua kategori. Fotoheterotrof adalah organisme
fotosintesis yang membutuhkan senyawa organik sebagai sumber karbon. Terdapat  beberapa
kelompok bakteri yang mampu menangkap energi cahaya tetapi harus bergantung pada beberapa
molekul organik sebagai sumber karbon. Kemoheterotrof adalah organisme non - fotosintetik
yang membutuhkan molekul organik sebagai sumber karbon. (Horton. 2006: 304)

Energi metabolisme biasanya berasal dari pemecahan impor  molekul organik. Kita termasuk
kemoautotrof, sama halnya hewan, sebagian protista, semua  jamur, dan kebanyakan bakteri.
Jalur katabolik utama ditunjukkan pada Gambar 6. Sebagai aturan umum, jalur ini degradatif, 
tidak hanya kebalikan dari jalur biosintesis meskipun mereka memiliki beberapa langkah.
Misalnya, glukoneogenesis dan glycolyis yang tidak identik namun banyak dari reaksi  individu
bekerja sama dengan baik di kedua arah. (Horton. 2006: 305)

Perhatikan bahwa siklus asam sitrat merupakan jalur utama dalam kedua metabolisme
anabolik dan katabolik. Dalam modus biosintesis siklus asam sitrat merupakan sumber prekursor
untuk sintesis asam amino. Dalam modus katabolisme  adalah sumber utama energi untuk
menggerakkan sintesis ATP. Peran utama dari katabolisme adalah untuk meniadakan bentuk
molekul  dan untuk menghasilkan energi untuk digunakan dalam proses lainnya. (Horton. 2006:
305)

Produksi ATP adalah salah satu reaksi yang paling penting dalam metabolisme. Sintesis 
ATP digabungkan ke membran terkait transpor electron. Dalam transpor elektron, energi
koenzim yang tereduksi, seperti NADH, digunakan untuk menghasilkan gradien elektrokimia
proton melintasi membran sel. Energi potensial dari gradien ini dimanfaatkan untuk mendorong
fosforilasi ADP ke ATP. (Horton. 2006: 306)

Gambar 5

Ket: Sekilas jalur anabolik. molekul besar disintesis dari yang lebih kecil dengan menambahkan
karbon (biasanya berasal dari CO2) dan  nitrogen  (biasanya sebagai NH3⁺ ). Jalur utama 
termasuk siklus asam sitrat, yang memasok intermediet dalam biosintesis asam amino, dan
glukoneogenesis, yang menghasilkan produk  glukosa. energi  untuk jalur biosintesis dipasok
oleh cahaya  dalam organisme fotosintetik atau dengan rinciannya molekul anorganik dalam
autotrof  lainnya. (Angka dalam kurung merujuk pada bab  dan bagian dalam buku horton).
(Horton. 2006: 305)

Gambar 6

Ket: Sekilas jalur katabolik. Asam amino, nukleotida, monosakarida, dan asam lemak  dibentuk
oleh hidrolisis enzimatik masing-masing polimer. Mereka kemudian didegradasi pada reaksi
oksidatif dan energi  kekal ATP dan mengurangi koenzim (kebanyakan NADH).  (Angka dalam
kurung merujuk pada bab  dan bagian dalam buku horton). (Horton. 2006: 305)

D.     Metabolisme Compartmentation dan Interorgan

Beberapa jalur metabolisme terlokalisasi pada daerah-daerah tertentu dalam sel. Misalnya,
jalur membran terkait transpor elektron digabungkan dalam sintesis ATP terjadi di dalam
membran. Dalam jalur ini bakteri terletak dalam membran plasma dan pada eukariota ditemukan
dalam membran mitokondria. Fotosintesis adalah contoh lain dari jalur membran terkait pada
bakteri dan eukariota. (Horton. 2006: 306)
 Pada eukariota, jalur metabolisme dilokalisasi dalam beberapa batas ruang membran
(Gambar 7). Misalnya, enzim yang mengkatalisis sintesa asam lemak terletak di sitosol,
sedangkan enzim yang mengkatalisis kerusakan asam lemak terletak di dalam mitokondria. Salah
satu konsekuensi dari pembagian ruangan (bidang) yakni  pemisahan kolam metabolit dapat
ditemukan dalam sel. Susunan ini mengizinkan pengoperasian simultan pada jalur metabolisme
yang berlawanan. Compartmentation (pembagian ruangan)  juga dapat menawarkan keuntungan
dari konsentrasi metabolit lokal tinggi dan regulasi yang terkoordinasi enzim. Beberapa enzim
yang mengkatalisis reaksi dalam mitokondria (yang telah berevolusi dari simbiosis prokariota)
dikodekan oleh gen mitokondria, asal ini menjelaskan kompartmentasi mereka. (Horton. 2006:
307)

Ada juga kompartmentasi pada tingkat molekuler. Enzim yang mengkatalisis beberapa jalur
secara fisik diatur dalam kompleks multienzim. Dengan kompleks ini, penyaluran metabolit
mencegah pengenceran melalui difusi. Beberapa enzim mengkatalisis reaksi yang berdekatan
dalam jalur yang terikat membran dan dapat menyebar dengan cepat pada membran untuk
berinteraksi. Sel-sel individual organisme multiseluler menjaga perbedaan konsentrasi 
metabolit, tergantung pada keberadaan transporter spesifik yang memfasilitasi masuk dan keluar
dari metabolit. Selain itu, tergantung pada permukaan sel reseptor dan mekanisme sinyal
transduksi, sel-sel individual merespon sinyal eksternal. (Horton. 2006: 307)

Pada organisme multiseluler, kompartmentasi  juga dapat mengambil bentuk spesialisasi

jaringan. Pembagian kerja di antara jaringan memungkinkan peraturan spesifik dalam proses
metabolisme. Sel-sel dari jaringan yang berbeda dibedakan melalui  kelengkapan enzim. Kita
akrab dengan peran khusus jaringan otot, sel darah merah, dan sel-sel otak, namun
kompartmentasi sel adalah fitur umum bahkan dalam spesies yang sederhana. Dalam
cyanobacteria, misalnya, jalur untuk fiksasi nitrogen yang diasingkan di sel khusus yang disebut
heterosis ( Gambar 8 ) . Pemisahan ini diperlukan karena nitrogenase tidak aktif melalui oksigen
dan sel-sel yang melakukan fotosintesis memerlukan pasokan berlimpah oksigen. (Horton. 2006:
307)

Gambar 7
Ket: Kompartmentasi proses metabolisme dalam sel eukariotik. (Tidak semua jalur dan organel
yang akan ditampilkan). (Horton. 2006: 307)

Gambar 8
Ket: Anabaena spherica. Banyak spesies cyanobacteria  membentuk filamen multiseluler yang
panjang. beberapa  sel-sel khusus telah beradaptasi untuk melaksanakan fiksasi nitrogen.
Heterosis ini menjadi  bulat dan dikelilingi oleh dinding sel yang menebal. Heterosis  terhubung
dengan sel-sel yang berdekatan dengan pori-pori. Pembentukan heterosis adalah contoh dari
kompartmentasi  jalur metabolik. (Horton. 2006: 307)