BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Isolasi/Ekstraksi DNA Genom

Berikut merupakan hasil dari proses isolasi/ekstraksi DNA genom yang telah
dilakukan:

Gambar 1. Hasil isolasi/ekstraksi DNA genom

Uji kualitatif yang dilakukan untuk mengetahui keberadaan dan kualitas DNA
genom hasil isolasi yaitu dengan menggunakan elektroforesis. Gel agarose hasil
elektroforesis kemudian direndam pada suatu wadah yang berisi larutan etidium
bromida (EtBr) 0,5% selama kurang lebih dua puluh sampai tiga puluh menit. DNA
akan tervisualisasi dari hasil elektroforesis dan perendaman dengan menggunakan
sinar UV (Lathifah 2016).
Fragmen pita dalam Gambar 1 dapat dikelompokan menjadi dua kategori
yaitu pita polimorfik dan pita monomorfik. Pita monomorfik merupakan pita yang
terdapat pada seluruh sampel ikan uji pada ukuran yang sama. Sementara pita
polimorfik merupakan gambaran pita DNA yang muncul pada ukuran tertenu, tetapi
pada ikan uji lain tidak ditemukan pita DNA pada ukuran tersebut (Williams 1990).
4.2 Amplifikasi DNA dan Deteksi Polimorfisme
Di bawah ini merupakan hasil dari amplifikasi DNA:

Gambar 2. Hasil amplifikasi DNA

Berdasarkan pernyataan pada poin 4.1, deteksi polimorfik pada Gambar 2
ditunjukan pada ikan uji 1 dan ikan uji 7. Sampel ikan uji tersebut secara berturut –
turut adalah ikan koi dan ikan mas. Hal tersebut menunjuka kedua sampel ikan uji
tersebut memiliki sifat fenotip berbeda dengan ikan sampel uji lainnya.
Sementara untuk pita monomorfik ditunjukan pada seluruh ikan uji dengan
jarak fragmen sebesar 36,433 dan jarak pasang basa (base pair) sebesar 419,
9192654. Dengan kata lain, seluruh sampel ikan uji yang dijadikan bahan praktikum
kali ini memiliki kesamaan sifat atau kedekatan genetis pada nilai jarak fragmen dan
nilai jarak pasang basa yang telah disebutkan, yaitu 36, 433 dan 419, 9192654.
4.3 Analisis Kekerabatan Genetik Ikan Uji

Gambar 3. Dendogram
Berdasarkan pohon kekerabatan (dendogram) hasil analisis pada Gambar 3
dengan menggunakan OPA – 03, dari sepuluh isolat DNA genom diperoleh 2
kelompok besar. Kelompok pertama terdiri atas ikan koi, ikan barbir, ikan nilem, dan
ikan koki dengan nilai indeks kesamaan sebesar 0,56. Nilai koefisien ini menujukan
bahwa keempat sampel ini memiliki 56% kesamaan genetik. Tingkat kesamaan
tersebut dapat diperoleh sebab keempat sampel ikan tersebut sama – sama berasal
dari keluarga ikan Cyprinidae.
Kelompok kedua yaitu diantaranya adalah ikan komet, ikan mas, ikan koki,
dan ikan nilem. Nilai koefisien dari kelompok kedua ini adalah 0,67. Dengan begitu,
berarti kelompok kedua ini sample ikan – ikannya memiliki nilai kesamaan genetik
sebesar 67%. Nilai ini lebih besar dibandingkan nilai kesamaan genetik dari
kelompok yang pertama. Walaupun berasal dari sama – sama keluarga Cyprinidae,
nilai tersebut belum dapat disebut memiliki kekerabatan yang sangat erat.