LAPORAN PRATIKUM BIOTEKNOLOGI

FARMASI PRAKTIKUM IV

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Disusun oleh :

Nama : Pramudia Putra Muhawandi

NIM : 200106143

Hari, Tanggal Praktikum : Jumat, 30 Desember 2022

Dosen pengampu : apt. Anis Puji Rahayu, M.Si

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH

BANDUNG 2022
I. Judul Praktikum
Polymerase Chain Reaction (PCR)

II. Tujuan
2.1. Mengetahui prinsip Polymerase Chain Reaction (PCR)
2.2. Mahasiswa dapat memahami teknik dasar PCR

III. Prinsip Percobaan

Polymerase Chain Reaction adalah suatu metode enzimatis untuk melipat
gandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro
(Yuwono, 2006). Daerah mulai molekul DNA dikopi selama PCR, merupakan
segmen yang batas-batasnya sudah ditandai dengan posisi annealing dari
oligonukleotida primer. Primer menempel pada daerah yang sesuai dari beberapa
kopi gena yang akan disintesis. Keluaran hasilnya menjadi spesifik karena gena 10
yang diinginkan secara otomatis terseleksi sebagai hasil dari posisi dimana primer
menempel (Brown, 2006).

Metode PCR sangat sensitif, karena dapat digunakan untuk melipatgandakan

satu molekul DNA. Metode PCR mempunyai kemampuan untuk memperbanyak
jumlah molekul DNA sangat tinggi, maka PCR dapat digunakan untuk mendeteksi
keberadaan DNA dalam jumlah sangat sedikit pada sampel (Brown, 2006).
Polymerase Chain Reaction dapat melipatgandakan fragmen DNA sebesar
200.000 kali setelah 20 siklus selama 220 menit (Yuwono, 2006), menggunakan
DNA template (1µg) dan oligonukleotida primer (1mM) dalam jumlah sedikit
dengan volume akhir campuran 10 – 100 µl.

Berdasarkan prinsip kerjanya, polymerase chain reaction (PCR) merupakan

metode pemeriksaan yang memperbanyak DNA in vitro secara enzimatis
(Feranisa, 2016). Prinsip dari teknik PCR dengan memperbanyak bagian spesifik
dengan enzim DNA polimerase yang diinisiasi oleh pelekatan primer dengan
menghubungkan deoksiribunokleotida trifosfat dalam reaksi termal (Putu, dkk.,
2018).
IV. Alat dan Bahan
4.1 Alat
No. Nama Alat Gambar Kegunaan

1. LAF Meja steril untuk

melakukan kegiatan
(Laminar Air penelitian
Flow)
2. Spin – Untuk memisahkan
down palet dengan substansi
centrifuge dari sampel cair

3. Thermalcycler Memperbanyak
segmen DNA melalui
PCR

4. Vortex Untukmencampur
cairan dalam
mikrotube
4.2 Bahan
No. Nama Bahan Kegunaan Precaution

1. Tip Wadah penampung Tidak berbahaya

sampel pada ujung
mikropipet
2. Microtube 1.5 Wadah yang Tidak berbahaya
mL digunakan pada alat
sentrifugasi
3. MgCl2 – Free Menstimulasi DNA Bahan tidak berbahaya
PCR Buffer polimerase
4. Nuclease Free Meloloskan DNA dari Bahan tidak berbahaya
Water tabung ke tabung
5. Oligonucleotide Menghasilkan berkas Iritasi mata dan kulit
primer 1 DNA yang lebih
panjang
6. Oligonucleotide Menghasilkan berkas Iritasi mata dan kulit
primer 2 DNA yang lebih
panjang
7. Taq DNA Digunakan pada Bahan tidak berbahaya
polymerase pemisahan (denaturasi)
template DNA
8. Template DNA Untuk molekul baru Bahan tidak berbahaya
dan sama
9. Tube PCR Untuk pembuatan PCR Tidak berbahaya
mix
V. Prosedur
Pertama disiapkan alat dan bahan kemudian dilakukan pembuatan master mix
untuk 5 reaksi dengan cara diambil 10 x MgCl2 Free PCR Buffer sebanyak 12,5
ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna putih lalu dimasukkan kedalam
mikrotube, kemudian ditambahkan MgCl2 sebanyak 7,5 ul menggunakan
mikropipet dan tip berwarna kuning, lalu ditambahkan 50 uM oligonucleotide
primer 1 sebanyak 1,25 ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna kuning,
selanjutnya ditambahkan 50 uM oligonucleotide primer 2 sebanyak 1,25 ul
menggunakan mikropipet dan tip berwarna kuning, lalu ditambahkan template
DNA sebanyak 10 ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna kuning, lalu
ditambahkan 4dNTP sebanyak 6,25 menggunakan mikropipet dan tip berwarna
kuning, lalu ditambahkan Taq DNA Polimerase sebanyak 62,5 menggunakan
mikropipet dan tip berwarna putih, dan terakhir ditambahkan nuclease free water
sebanyak 33,75 ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna putih. Campuran
tersebut kemudian dibagi 3 bagian masing-masing sebanyak 25 mL lalu diambil
menggunakan mikropipet dan tip berwarna putih dan dimasukkan kedalam tube
PCR. Selanjutnya dilakukan proses PCR dengan memakai alat mini PCR yang
terhubung dengan software di laptop yaitu mini PCR, alat ini kemudian
disambungkan dengan laptop menggunakan adaptor lalu disambungkan ke sumber
listrik, alat mini PCR kemudian dibuka tutup nya dengan cara menekan tombol
disisi kanan dan kiri bersamaan tutupnya dibuka, selanjutnya tube PCR yang
berisi kontrol positif, kontrol negatif dan sampel dimasukkan kedalam alat mini
PCR dengan posisi tegak, lalu ditutup, sebelum dilakukan proses PCR dilakukan
setting pada software dahulu dengan cara membuat program kerja sesuai
keperluan, selanjutnya disetting suhu dan waktu proses PCR, pada proses
denaturasi awal menggunakan suhu 94°C dan waktu 420 detik, untuk proses
annealing menggunakan suhu 51°C dengan waktu 60 detik, dan proses elongasi
menggunakan suhu 72°C dengan waktu 60 detik, dan elongasi akhir atau final
extention menggunakan suhu 72°C dengan waktu 420, disetting untuk 30 siklus
lalu di save, untuk memastikan yang telah disetting sudah benar maka dilakukan
pengecekan ulang lalu tombol pada alat mini PCR di on kan dan pada software
diklik save and run, selanjutnya proses PCR berjalan selama 2,5 jam untuk 30
siklus, setelah selesai proses elongasi akhir tidak langsung berhenti karena harus
menurunkan suhu terlebih dahulu, jika proses telah selesai alat mini PCR akan
 berbunyi menandakan proses PCR telah selesai, lalu alat PCR di off kan dan
sampel diambil.

VI. Hasil Pengamatan

6.1 Hasil

Gambar hasil Hasil pengamatan

Pada gambar disamping meunjukkan
bahwa tidak mengahsilkan pita yang
stabil / tidak terdeteksi

6.2 Perhitungan
6.2.1 Master Mix 1

Optimasi suhu Anneling

Reagen Konsentrasi Volume untuk Volume untuk

akhir 1 Rx 5 Rx

10x Mgcl2-free PCR buffer 1x 2,5 µL 12,5 µL

Mgcl2 1,5 µM 1,5 µL 7,5 µL

50 µM Oligoneuleotide 0,5 µM 0,25 µL 1,25 µL

primer 1

50 µM Oligoneuleotide 0,5 µM 0,25 µL 1,25 µL

primer 2

Template DNA 2 µL Isolat 2 µL 10 µL

DNA
 4dNTP 0,2 µM 1,25 µL 6,25 µL

5 U/µL Taq DNA 2,5 U/ µL 12,5 µL 62,5 µL

polymerase

Nuclease free water Add to 25 µL Add to 25 µL Add to 25 µL

6.2.2 Perhitungan Master Mix

1. 10x MgCl2 free PCR buffer
V1. M1 = V2. M2
V1 . 10 = 25 . 1
25
= = 2,5 µL (1x)
10

= 12,5 µL (5x)

2. MgCl2 = 1,5 µL (1x)

= 7,5 µL (5x)
3. Oligonucleotide primer 1
V1. M1 = V2. M2
V1 . 50 = 25 . 0,5
25
= × 0,5 = 0,25 µL (1x)
50
= 1,25 µL (5x)
4. Oligonucleotide primer 2
V1. M1 = V2. M2
V1 . 50 = 25 . 0,5
25
= × 0,5 = 0,25 µL (1x)
50
= 1,25 µL (5x)
5. Template DNA = 2 µL (1x)
= 10 µL (5x)
6. 4dNTP
V1. M1 = V2. M2
V1 . 25 = 25 . 0,2
25
= × 0,2 = 0,2 µL (1x)
25
 = 1 µL (5x)

7. 5U/ µL Taq DNA polymerase

V1. M1 = V2. M2
V1 . 5 = 25 .
2,5
25
= × 2,5 = 12,5 µL (1x)
5
= 62,5 µL (5x)

Diagnose Bordetella pertussis dalam serum

Reagen Konsentrasi akhir pada tabung PCR Volume

PCR
kontrol positif Control negatif Sampel serum
Mix 6
Rx

10x Mgcl2-free PCR buffer 1x 1x 1x 45

Mgcl2 1,5 mM 1,5 mM 1,5 mM 9 nM

50 µM Oligoneuleotide 0,5 µM 0,5 µM 0,5 µM 3 µM

primer 1

50 µM Oligoneuleotide 0,5 µM 0,5 µM 0,5 µM 3 µM

primer 2

Template DNA 2 µL Isolat - 2 µL serum 12 µL

DNA

4dNTP 0,2 mM 0,2 mM 0,2 mM 1,2 mM

5 U/µL Taq DNA 2,5 U/ µL 2,5 U/ µL 2,5 U/ µL 15 U/

polymerase µL

Nuclease free water Add to 25 µL Add to 25 µL Add to 25 µL Add to

25 µL
VII. Diskusi dan Pembahasan
7.1 Diskusi
1. Jelaskan prinsip kerja
thermalcycler Jawab :
Dengan mengontrol suhu, naik dan turun sesuai dengan program yang
dimasukan kedalam komputer PCR tersebut, sehingga proses polymerase
chain reaction (PCR) terjadi.
2. Jelaskan fungsi masing-masing reagen
Jawab :
 Reagen buffer : menyediakan lingkungan yang cocok untuk
aktivitas optimum dan stabilitas DNA polimerase. Buffer ini
mengandung ion Mg2+ yang sangat mempengaruhi setiap tahapan
reaksi PCR.
 MgCl2 : bertindak sebagai kofaktor yang berfungsi menstimulasi
aktivitas DNA polimerase. Dengan adanya MgCl2 ini akan
meningkatkan interaksi primer dengan templat yang membentuk
komplek larut dengan dNTP (senyawa antara). Dalam proses PCR
konsentrasi MgCl2 berpengaruh pada spesifisitas dan perolehan
proses.
 Template DNA : sebagai cetakan untukpembentukan molekul
DNA baru yang sama.
 Primer (Oligonucleotide primer 1 dan 2) : berfungsi sebagai
pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi dan
sekaligus menyediakan gugus hidroksi OHpada ujung 3’ yang
digunakan untuk proses ekstensi DNA.
 dNTP bertindak sebagai building block DNA yang diperlukan
dalam proses ekstensi DNA, dNTP akan menmpel pada gugs OH
pada ujung 3’ dari primer membentuk untai baru yang
komplementer dengan untai template DNA.
 DNA polymerse: sebagai katalis untuk reaksi polimerisasi DNA
pada proses PCR enzim ini diperlukan untuk ekstensi DNA.
 Nuclease free water: digunakan sebagai pelarut
3. Mengapa suhu annealing harus dioptimasi
 Jawab :
Suhu annealing sangat penting untuk dioptimalisasi karena pada tahap
annealing menentukan seberapa optimal primer menempel pada template
DNA. Setiap gen mempunyai primer dengan konsentrasi dan suhu
annealing yang berbeda, sehingga perlu dilakukan optimasi konsentrasi
primer dan suhu annealing agar didapatkan komposisi dan kondisi PCR
yang sesuai sehingga mendapatkan hasil PCR yang optimal.
4. Bagaimana cara menentukan suhu annealing yang tepat
Jawab :
Optimalisasi temperatur annealing dimulai dengan menghitung Melting
Temperature (Tm) dari ikatan primer dan DNA template. Cara termudah
menghitung untuk mendapatkan suhu leleh yang tepat menggunakan
rumus Tm = {(G+C)x4}+{ (A+T)x2}. Rumus standar dapat dilihat di
subbab primer pada komponen PCR. Sedang temperature annealing
biasanya 5ºC dibawah Tm primer yang sebenarnya. Dilakukan PCR
dengan variasi primer dan variasi suhu annealing. Hasil PCR dibandingkan
dengan metode elektroforensis. Band yang tebal, terang, sesuai dengan
ukuran target, dan memiliki konsentrasi yang baik adalah hasil PCR
dengan suhu annealing yang optimal
5. Berapakah rentang suhu annealing yang umum
digunakan Jawab :
Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah 30 – 45 detik.
Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya. Kisaran
temperatur penempelan yang digunakan adalah antara 36°C sampai dengan
72°C, namun suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara 50 – 60°C.
Secara umum suhu annealing yang digunakan berkisar antara 37 - 60°C.
Pemilihan suhu annealing berkaitan dengan Tm primer yang digunakan
untuk proses PCR.
6. Jelaskan bagaimana prinsip diagnosa menggunakan PCR
Jawab :
Prinsip kerjanya memperbanyak (amplifikasi) DNA invitro secara
enzimatis. Teknik PCR telah dikembangkan untuk diagnosis berbagai
penyakit infeksi, seperti hepatitis, HIV, human papillomavirus, dan untuk
mendeteksi M. Tuberculosis. Validasi diagnoss ditentukan dengan
 menghitung sensitifitas. Kapasitas, nilai duga positif dan negative. Akurasi
dari masing- masing hasil diagnosis.

7. Jelaskan bagaimana menentukan suhu dan durasi masing masing tahapan

PCR (denaturasi, annealing, dan elongasi)
Jawab :
 Denaturasi : Pada tahap ini, ikatan hidrogen DNA terputus
(denaturasi) dan DNA menjadi unting tunggal. Tahap ini
berlangsung pada suhu tinggi, yaitu 94–96 °C. Biasanya, pada
tahap awal PCR, tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit)
untuk memastikan semua unting DNA terpisah. Pemisahan ini
menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat bagi
primer.
 Annealing atau penempelan : Berada setelah proses denaturasi.
Primer menempel pada bagian DNA template yang komplementer
urutan basanya. Tahap ini dilakukan pada suhu sekitar 45 hingga
60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak sesuai
menyebabkan gagalnya penempelan primer atau primer menempel
di sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
 Elongasi atau pemanjangan : Suhu untuk proses ini tergantung dari
jenis DNA polimerase yang dipakai. Dengan Taq polimerase,
proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76 °C. Durasi tahap ini
biasanya 1 menit
8. Jelaskan prinsip real time
PCR Jawab :
Prinsip kerjanya didasarkan pada deteksi fluoresensi yang diproduksi oleh
molekul yang meningkat sejalan dengan berlangsungnya proses PCR. Hal
ini terjadi karena akumulasi produk PCR pada tiap siklus amplifikasi
9. Apa perbedaan reagen real time PCR dan PCR
konvensional Jawab :
 PCR konvensional hanya dapat mendeteksi ada atau tidaknya suatu
kandungan dan mikroorganisme dalam sebuah sampel, contoh
mengetahui kandungan babi dalam suatu makanan, virus serta
 mikroorganisme lain dalam makanan. Tidak hanya itu, PCR
konvensional juga dapat digunakan untuk GMO (Genetically
Modified Organism). Berbeda dengan Real Time PCR atau disebut
dengan Quantitative PCR (qPCR) yang mana tidak hanya
digunakan untuk mendeteksi namun dapat mengetahui jumlahnya.
Salah satu penggunaannya ialah mengetahui jumlah suatu
organisme pathogen dalam bahan pangan sehingga dapat diketahui
makanan tersebut apakah masih layak atau tidak.
 PCR konvensional umumnya menggunakan elektroforesis gel
agarose untuk visualisasi hasil amplifikasinya sehingga
membutuhkan waktu untuk elektroforesis setelah melakukan
serangkaian tahapan PCR. Akan tetapi, real time PCR lebih unggul
akibat sistem pengukuran analisis yang menggunakan probes
sehingga dapat diukur pada tiap siklus reaksinya.
 Amplifikasi deteksi PCR konvensional berdasarkan visualisasi
band agar elektroforesisnya dapat menunjukkan hasil bervariasi
sehingga pembacaannya kerap kali kurang tepat. Real time PCR
menggunakan biomarker berupa fluorescent sehingga dapat
memperlihatkan hasil lebih nyata sebab pewarnaan dan memiliki
sensitifitas yang tinggi dan linearitas cukup luas untuk menjadikan
hasil penentuan kandungan DNA atau RNA sangat akurat.
 Kekurangan PCR konvensional lainnya, yaitu batas deteksi atau
batas kuantitasi kandungan DNA dalam sampel tidak cukup rendah
dan rentang linearitas yang tidak cukup luas. Real Time PCR pada
tahap deteksi dan pengadaan materi dilakukan secara bersamaan.
Deteksi produk PCR dilakukan pada fase eksponensial sehingga
hasil yang diperoleh berada pada rentang daerah dengan
repeatability hasil tinggi.
10. Bagaimana cara mengolah data hasil RT-PCR
Jawab :
Data hasil RT-PCR akan didapatkan dalam entuk kurva eksponensial pada
software komputer dimana Y menunjukkan jumlah cahaya flurescence
yang terserap dan kurva x menunjukkan jumlah siklus PCR yang
 berlangsung. Data tersebut nanti dapat dibandingkan dengan nilai cycle
treshokd (CT). Nilai CT berbanding terbalik dengan konsentrasi gen target
dalam DNA template.

7.2 Pembahasan
Pada praktikum kali ini dilakukan prosedur polymerase chain reaction
(PCR), yang bertujuan untuk dapat memahami cara dan prinsip dari PCR ini.
PCR memiliki prinsip kerja yaitu dengan memperbanyak bagian spesifik
dengan enzim DNA polimerase yang diinisiasi oleh pelekatan primer dengan
menghubungkan deoksiribunokleotida trifosfat dalam reaksi termal (Putu,
dkk., 2018).
Pada prosedur, digunakan reagen 10x× MgCl2-free PCR buffer, MgCl2,
50 μM oligonucleotide primer 1, 50 μM oligonucleotide primer 2, Template
DNA, 5 U/μL Taq DNA polimerase, Nuclease free water. Adapun beberapa
komponen pada PCR yaitu DNA sample, primers, nucleotides, taq
polymerase, mix buffer, PCR tube. Beberapa aplikasi dari metode PCR yaitu
kloning langsung dari DNA genom atau cDNA, mutagenesis in vitro, dan
rekayasa DNA, genetik sidik jari sampel forensik, tes keberadaan patogen,
diagnosis penyakit genetik prenatal, analisis variasi urutan alel, analisis
struktur RNA hasil transkripsi, jejak genom, dan urutan nukleotida langsung
dari genom DNA dan cDNA.
Pertama disiapkan alat dan bahan kemudian dilakukan pembuatan
master mix untuk 5 reaksi dengan cara diambil 10 x MgCl2 Free PCR Buffer
sebanyak 12,5 ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna putih lalu
dimasukkan kedalam mikrotube, kemudian ditambahkan MgCl2 sebanyak 7,5
ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna kuning, lalu ditambahkan 50 uM
oligonucleotide primer 1 sebanyak 1,25 ul menggunakan mikropipet dan tip
berwarna kuning, selanjutnya ditambahkan 50 uM oligonucleotide primer 2
sebanyak 1,25 ul menggunakan mikropipet dan tip berwarna kuning, lalu
ditambahkan template DNA sebanyak 10 ul menggunakan mikropipet dan tip
berwarna kuning, lalu ditambahkan 4dNTP sebanyak 6,25 menggunakan
mikropipet dan tip berwarna kuning, lalu ditambahkan Taq DNA Polimerase
sebanyak 62,5 menggunakan mikropipet dan tip berwarna putih, dan terakhir
ditambahkan nuclease free water sebanyak 33,75 ul menggunakan mikropipet
dan tip berwarna putih. Campuran tersebut kemudian dibagi 3 bagian masing-
masing sebanyak 25 mL lalu diambil menggunakan mikropipet dan tip
berwarna putih dan dimasukkan kedalam tube PCR. Selanjutnya dilakukan
proses PCR dengan memakai alat mini PCR yang terhubung dengan software
di laptop yaitu mini PCR, alat ini kemudian disambungkan dengan laptop
menggunakan adaptor lalu disambungkan ke sumber listrik, alat mini PCR
kemudian dibuka tutup nya dengan cara menekan tombol disisi kanan dan kiri
bersamaan tutupnya dibuka, selanjutnya tube PCR yang berisi kontrol positif,
kontrol negatif dan sampel dimasukkan kedalam alat mini PCR dengan posisi
tegak, lalu ditutup.
Sebelum dilakukan proses PCR dilakukan setting pada software dahulu
dengan cara membuat program kerja sesuai keperluan, selanjutnya disetting
suhu dan waktu proses PCR, pada proses denaturasi awal menggunakan suhu
94°C dan waktu 420 detik, untuk proses annealing menggunakan suhu 51°C
dengan waktu 60 detik, dan proses elongasi menggunakan suhu 72°C dengan
waktu 60 detik, dan elongasi akhir atau final extention menggunakan suhu
72°C dengan waktu 420, disetting untuk 30 siklus lalu di save, untuk
memastikan yang telah disetting sudah benar maka dilakukan pengecekan
ulang lalu tombol pada alat mini PCR di on kan dan pada software diklik save
and run, selanjutnya proses PCR berjalan selama 2,5 jam untuk 30 siklus,
setelah selesai proses elongasi akhir tidak langsung berhenti karena harus
menurunkan suhu terlebih dahulu, jika proses telah selesai alat mini PCR akan
berbunyi menandakan proses PCR telah selesai, lalu alat PCR di off kan dan
sampel diambil.
Pada praktikum, suhu annealing dihasilkan 51.0ºC, suhu denaturation
94.0 ºC dan suhu extension 72.0 ºC dengan waktu 60 detik. Suhu annealing
sangat berpengaruh terhadap proses penempelan primer pada template DNA.
Suhu annealing yang terlalu tinggi menyebabkan primer tidak menempel
dengan baik pada template hal ini ditandai dengan semakin tipisnya band
yang terbentuk, sedangkan suhu annealing yang rendah menyebabkan primer
akan menempel pada situs penempelan yang tidak spesifik yang kemudian
akan menyebabkan teramplifikasinya fragmen lokus yang tidak diinginkan
(Pertiwi et al., 2015).
 Pada praktikum, didapatkan hasil bahwa pita yang dihasilkan tidak
terlihat dengan jelas. Faktor-faktor yang menentukan keberhasilan PCR
diantaranya adalah 1) konsentrasi dan kualitas DNA, 2) temperatur annealing
dari kedua primer, 3) konsentrasi MgCl2, 4) enzim polimerase, 5) konsentrasi
dan kualitas primer, 6) jumlah siklus PCR, 7) deoksinukleotida triphosphate
(dNTP), dan faktor lain seperti larutan buffer (Setyawati dan Zubaidah, 2021).

VIII. Kesimpulan
8.1 Berdasarkan hasil praktikum prinsip PCR itu mereplikasi DNA target yang
melibatkan beberapa tahap dalam siklus berulang. DNA utas ganda sebagai
template DNA akan dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian
didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada
primer menempel (annealing) pada situs spesifik dari target DNA. Pengolahan
data hasil dimana ada dua jenis qPCR yang sering digunakan dalam penelitian
yaitu kuantifikasi absolut dan kuantifikasi relatif. Kuantifikasi absolut
mengacu pada jenis analisis dimana praktikan ingin mengetahui kuantitas atau
banyaknya gen yang diteliti dalam sampel. Sementara untuk kuantifikasi
relatif lebih sering digunakan untuk menganalisis perbedaan fold pada
ekspresi gen tertentu antara kelompok perlakuan yang berbeda.

IX. Daftar Pustaka

Anggun Feranisa (2016). Komparasi Antara Polymerase Chain Reaction (PCR)
dan Loop Mediated Isothermal Amplifaction (CAMP) Dalam Diagnosis
Molekuler. ODONTO Dental Journal Vol. 3 (2).

Acklin, M. W., & Brown, E. C. (2006). The role of religious values in coping with
cancer. Journal of Religion and Health, 22(4), 322-333.
Pertiwi, N.P.N., Mahardika, I.G.N.K dan Watininiasih, N.L. 2015. Optimasi
Amplifikasi DNA Menggunakan Metode PCR (Polymerase Chain
Reaction) Pada Ikan Karang Anggota Famili Pseudochromidae
(DOTTYBACK) untuk Identifikasi Spesies Secara Molekular. Jurnal
Biologi. 19(2): 1-5.
Putu D, Putu S, Inna N. 2018. Teknik perancangan primer untuk sekuen gen
MDR-I varian 1199 pada sampel buffy coat pasien anak dengan LLA.
Jurnal metamorfosa V(1) : 105 - 111.
Retno Setyawati dan Siti Zubaidah (2021). Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu
Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole
(PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Indonesian
Journal Of Laboratory Vol 4 (1) 2021, 36-40.
Yuwono, T. (2006). Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Edisi pertama.
Penerbit Andi Yogyakarta : 1-237
 LAMPIRAN

Alat PCR mini Disiapkan sampel Dilakukan Denaturasi awal

dalam PCR mini pencampuran semua
komponen mix