DOSEN PENGAMPU:
Untuk menentukan laju reaksi enzim dan bagaimana reaksi enim berubah persatuan waktu
dikenal sebagai kinetika enzim. Faktor kunci yang mempengaruhi laju reaksi yang dikatalisis
oleh adalah konsentrasi substrat, Perubahan konsentrasi substrat bahwa [S) berubah selama
reaksi in vitro karena substrat diubah menjadi produk. Salah satu pendekatan penyederhanaan
dalam eksperimen kinetik adalah mengukur laju awal (kecepatan awal), yang disebut Vo.
Dalam reaksi khas, enim dapat bereaksi dalam jumlah nanomolar, sedangkan [S] mungkin
lima atau enam kali lipat lebih tinggi. Jika hanya permulaan reaksi yang dipantau (seringkali 60
detik pertama atau kurang), maka perubahan [S] dapat dibatasi hingga beberapa persen, dan [S]
dapat dianggap konstan. Vo kemudian dapat diperiksa sebagai fungsi [S] yang disesuaikan
dengan menggunakan beberapa reaksi.
Pengaruh Kosentrasi Subtrat terhadap Kecepatan Reaksi. Efek pada Vo dari berbagai kosentrasi
[S] ketika konsentrasi enzim dipertahankan konstan ditunjukkan pada Gambar 135, garnbar ini
adalah tampilan plot kinetik vo vs Pada konsentrasi substrat yang relatif rendah, Vo meningkat
hampir secara linier dengan peningkatan [S]. Pada konsentrasi substrat yang lebih tinggi, Vo
meningkat dengan jumlah yang lebih kecil sebagai respons terhadap peningkatan Akhimya,
tercapai suatu titik di mana peningkatan Vo semakin kecil seiring dengan peningkatan [S]. Daerah
Vo pada kurva yang hamper konstan dekat dengan kecepatan maksimum, Vrnax.
Kompleks ES kemudian terurai dalam langkah kedua Yang lebih Iambat untuk menghasilkan
enzim bebas dan produk reaksi P:
Jika reaksi kedua Yang ebih membatasi laju reaksi keseluruhan, laju keseluruhan harus
sebanding dengan konsentrasi spe Yang bereaksi pada langkah kedua, yaitu ES. Pada Saat
tertentu dalam reaksi Yang dikatalisis enzim, enzim ada dalam dua bentuk, bentuk E Yang bebas
atau tidak bergabung dan bentuk gabungan ES. Pada [S] rendah, sebagian besar enzim berada
dalam bentuk E Yang tidak bergabung. Di sini, laju sebanding dengan [S] karena arah persamaan
pertama di atas didorong ke arah pembentukan lebih banyak ES ketika [S] meningkat.
Laju maksimum dari reaksi Yang dikatalisis (Vmax) diamati ketika hampir sen-lua enzim
ada dalam kompleks ES dan [E] semakin kecil. Dalam kondisi ini, enzim jenuh dengan
substratnya, sehingga peningkatan [S] lebih lanjut tidak berpengaruh pada laju. Kondisi ini terjadi
ketika [S] cukup tinggi sehingga pada dasarnya semua enzim bebas telah diubah menjadi bentuk
ES. Efek kejenuhan adalah karakteristik Yang mernbedakan dari katalis enzimabk dan
bertanggung jawab untuk kurva konstan Yang diamati. Pola Yang terlihat pada gambar itu
kadang-kadang disebut sebagai kinetika kejenuhan.
Ketika enzim pertama kali dicampur dengan substrat berlebih, ada periode awal, keadaan
pra-stabil, di mana konsentrasi ES terbentuk. Periode ini biasanya terlalu pendek untuk
diamati dengan mudah, hanya berlangsung beberapa mikrodetik, dan tidak terlihat. Reaksi
dengan cepat mencapai keadaan tunak di mana CES] tetap kirakira konstan dari waktu ke
waktu. vo Yang diukur umumnya mencerminkan Steady State, meskipun vo terbatas pada
bagian awal reaksi. Analisis laju awal ini disebut sebagai kinetika steady State.
Persamaan MM adalah:
Semua Stilah ini, Vo, Vmax, serta konstanta Yang disebut konstanta Michaelis, Km,
dapat den-gan mudah diukur secara eksperirnental. penurunan persamaan MM dimulai
dengan dua langkah dasar pembentukan dan pemecahan ES. Pada awal reaksi,
konsentrasi produk [P] dapat diabaikan, dan asumsi penyederhanaan dibuat bahwa reaksi
P S (dijelaskan Oleh k-2) dapat diabaikan. Reaksi keseluruhan kemudian berkurang
menjadi:
Vo ditentukan oleh pemecahan ES untuk membentuk produk, Yang ditentukan oleh [ES]
melalui persamaan:
V0 = k2 [ES]
Karena [ES] dalam persamaan di atas tidak mudah diukur secara ekspenmental, ekspresi
alternatif untuk istilah ini harus ditemukan. Pertama, istilah [Et], Yang mewakili konsentrasi
enzim total (jumlah enzim bebas dan enzim tenkat substrat) diperkenalkan. Enzim yang tidak
terikat [E] kemudian dapat diwakili oleh [Et] - [ES]. Juga, karena [S] biasanya jauh lebih
beşar dari [Et], jumlah substrat yang terikat oleh enzim pada waktu tertentu dapat diabaikan
dibandingkan dengan total [S]. Dengen mengingat kondisi ini, langkah-langkah berikut
mengarah ke ekspresi untuk Vo dalam hal parameter yang mudah diukur.
Langkah I L.aju pembentukan dan pemecahan ES ditentukan oleh langkah-langkah yang diatur
oleh konstanta Iaju kl (pemtxntukan) dan k.ı, k2 (penguraian), sesuai dengan ekspresi.
Langkah 2 Sekarang kita membuat asumsİ pentjng: bahwa Iaju reaksi awal mencerminkan keadaan
tunak di mana [ES] konstan yaitu, laju pembentukan ES şama dengan Iaju penguraiannya, ini
disebut asumsi kondisi mapan. Ekspresi dalam Persamaan di ataş dapat disamakan untuk keadaan
tunak, memberikan:
Langkah 3 Dalam serangkaian langkah aljabar, sekarang kita selesaikan Persamaan di ataş untuk
[ES]. Pertama, ruas kiri dikalikan dan ruas kanan dişederhanakan menjadi:
k1([Et] - [ES])[S] = (k-1+k2) [ES]
Menambahkan suku k1 [ES] [S] kedua ruas persamaan dan menyederhanakannya menghasilkan:
istilah (k2 + k-l)/k1 didefinisikan sebagai konstanta Michaelis, Km. Mensubstitusikan ini ke
dalam Persamaan sebelumnya menyederhanakan ekspresi menjadi:
Langkah 4 Sekarang kita dapat menyatakan Vo dalam bentuk [ES]. Menggantikan ruas
kanan persamaan untuk [ES] sehingga persamaan memberikan:
Persamaan İni dapat lebih dişederhanakan. Karena kecepatan maksimum teÖadİ ketika
enzim jenuh (yaitu, dengan [ES] [Et)) Vmax dapat didefinisikan sebagai k2[Et],
Sehingga persamaan menjadi:
Ini adalah persamaan Michaelis-Menten, persamaan Iaju untuk reaksi yang dikatalisis oleh
enzim satu substrat. İni adalah pernyataan hubungan kuantitatif antara kecepatan awal Vo,
kecepatan maksimum Vmax, dan konsentrasi substrat awal [S], semuanya berhubungan melalui
konstanta Michaelis Km. Perhatikan bahwa Km memiliki satuan konsentrasi. Apakah persamaan
tersebut sesuai dengan pengamatan eksperimental? Ya; kita dapat mengkonfirmasi ini dengan
mempertimbangkan situasi pembatas di mana [S] sangat tinggİ atau sangat rendah, sepetti yang
ditunjukkan pada Gambar di bawah ini. Hubungan numerik yang penting muncul dari persamaan
Michaelis-Menten dalam kasus khusus ketika Vo tepat setengah Vmax.
Gambar 136 Ketergantungan kecepatan awal pada konsentrasi substrat
Grafik ini menunjukkan parameter kinetik yang menentukan batas kurva pada [S]
tinggi dan rendah. Pada [S] rendah, Km » [S] dan suku [S] pada penyebut persamaan
Michaelis-Menten. persamaan dişederhanakan menjadi Vo=Vmax[S]/Km dan Vo
menunjukkan ketergantungan linier pada [S], seperti yang diamati di sini. Pada [S] tinggi,
di mana Km, suku Km dalam penyebut persamaan MichaelisMenten menjadi tidak
signifikan dan persamaan disederhanakan menjadi Vo=Vmax; ini konsisten dengen kurva
tinggi yang diamati pada [S] tinggi. Oleh karene itu, persamaan Michaelis-Menten
konsisten dengan ketergantungan yang teramatj dart Vo pada [S], dan bentuk kurva
didefinisikan oleh istilah Vmax/Km pada [S] rendah dan Vmax pada [S] tinggi.Persamaan
MM menggambarkan perilaku kinetik deri banyak sekeli enzim, dan şernua enzim yang
menunjukkan ketergantungan hiperbolik Vo pada [S] dikatakan mengikuti kinetika
Michaelis-Menten. Namun persamaan MM tidak bergantung pada mekanisme reaksi dua
langkah yang relatif sederhana yang dibahas di ataş. Banyak enzim yang mengikut kinetika
MM memiliki mekan[sme yang sangat berbeda, dan enzim yang mengkatalisis reaksi
dengan enam atau delapan langkah yang dapat diidentifikasi sering menunjukkan Xrilaku
kinetik keadaan tunak yang sama.
Meşkipun persamaan MM berlaku untuk banyak enzim, baik beşaran maupun arti Sebenarnya deri
Vmax dan Km dapat berbeda dari enzim ke enzim lainnya. İni adalah batasan pentjng darİ
pendekatan kondisj mapan untuk kinetika enzim.
Persamaan MM dapat ditunjukkan untuk menjelaskan dengan benar kurva Vo vs [S] dari
banyak enzim dengan mempertimbangkan situasi pembatas di mana [S] sangat tinggi atzu sangat
rendah. Pada [Ş rendah, Km [S] dan [S] pada penyebut persamaan MM menjadi Ödak signifkan.
Persamaan dişederhanakan menjadi Vo VmaxIS]/Km dan Vo menunjukkan ketergantungan linier
pada [S], sepetti yang diamatİ di sisi kiri grafik V0 vs pada [S] tinggi, di mana [S] » Km, Km
dalam penyebut persamaan MM menjadi tidak signifikan dan persamaan disederhanakan menjadi
Vo Vmax. İni konsisten dengan daerah tinggi kurva di Vo yang diamati pada [S] tinggi dalam
grafik kinetik. Hubungan numerik yang penting muncul dari perşamaan MM dalam kasus khusus
ketika Vo tepat setengah Vmax.
Dişini:
Vmaks/2=Vmaks[S]/(Km + [S]).
Ini adalah definisi Km yang sangat berguna dan praktis. Km setara dengan
[S] (mM)
Disederhanakan menjadi
Plot 1/Vo vs 1/[S] memberikan garis lurus, perpotongan y adalah 1/Vmax dan perpotongan x
adalah -1/Km.
• Misalnya, untuk reaksi dengan dua langkah, Km = (k2 + k-l)/kl. Jika k2 sebenamya adalah
pembatas laju, maka k2 << k-1, dan Km tereduksi menjadi k-1/k1, yang merupakan
konstanta disosiasi, Kd dari kompleks ES. Dimana kondisi ini berlaku, Km memang
mewakili ukuran afinitas enzim untuk substratnya.
• Namun skenario ini sering tidak berlaku untuk semua enzim karena perbedaan kontribusi
konstanta laju individu terhadap laju reaksi keseluruhan. Jadi Km tidak selalu dapat
dianggap sebagai ukuran sederhana dari afinitas suatu enzim terhadap substratnya.
• Vo dalam hal ini tergantung pada konsentras dua reaktan, [Et] dan [S]. Oleh karena itu, ini
adalah persamaan laju orde kedua dan konstanta kcat/Km adalah konstanta laju orde kedua
dengan unit M-ls-l.
• Ada batas atas kcat/Km, yang ditentukan oleh laju di mana E dan S dapat berdifusi dalam
larutan berair. Batas yang dikendalikan diffusi ini adalah 108 hingga 109 M-ls-l, dan banyak
enzim memiliki kcat/Km di dekat kisaran ini. Enzim tersebut dikatakan telah mencapai
kesempurnaan katalitik.
Salah satu contoh penghambatan enzim reversibel akan dibahas: penghambatan kompetitif.
Inhibitor kompetitif (1) bersaing dengan substrat untuk mengikat sisi aktif enzim. Sementara
inhibitor menempati sisi aktif, inhibitor mencegah pengikatan substrat ke enzim dan menghalangi
reaksi. Banyak inhibitor kompetitif secara struktural mirip dengan substrat dan bergabung dengan
enzim untuk membentuk kompleks EI, tetapi tanpa mengarah ke katalisis. Inhibisi kompetitif dapat
dianalisis secara kuantitatif dengan kinetika steady-state.
Dimana
α= 1 + [I]/K1 and K1 = [E][I]/[EI]. Variabel yang ditentukan secara eksperimental Km, Km yang
diamati dengan adanya inhibitor kompetitif, sering disebut Km "nyata".
Inhibisi Kompetitif
Karena inhibitor kompetitif mengikat secara reversibe! ke enzim, kompetisi dapat menjadi bias
untuk mendukung substrat hanya dengan menambahkan lebih banyak substrat ke reaksi. Ketika
[S] jauh melebihi [I], kemungkinan inhibitor akan mengikat enzim diminimalkan dan reaksi
menunjukkan Vmax normal. Namun, [S] di mana Vo 1/2 Vmax, Km nyata, meningkat dengan
adanya inhibitor oich faktor. Pengaruh ini pada Km yang jelas, dikombinasikan dengan tidak
adanya efek pada Vmax, adalah penghambatan kompetitif dan mudah diungkapkan dalam plot
kinetik timbal balis ganda.
2. Inhibisi Unkompetitif
Inhibisi unkompetitif terjadi dimana inhibitor tidak dapat langsung bereaksi dengan enzim, tetapi
dapat mengikat kompleks enzim-subtrat (ES), sehingga mengalami pembentukan produk. Pada
saat bereaksi dengan enzim, enzim merubah konformasinya membentuk kompleks (ES) dan
menghasilkan produk. Komplek (ES yang tejadi menyebabkan sisi pengikatan inhibitor merubah
konformasinya bersesuaian dengan sini pengikatan. Jika inhibitor mengikat kompleks (ES) dan
terbentuk kompleks enzim subtrat-inhibitor (ESI) maka tidak akan menghasilkan produk
Inhibisi Unkompetitif
3. Inhibisi Campuran
Inhibisi campuran apabila enzim memiliki lebih dari satu pusat aktif enzim. Inhibisi ini enzim
dapat bereasi secara langsung dengan inhibitor membentuk kompleks enzim-inhibitor (EI),
demikian juga enzim dapat bereaksi langsung dengan subtract membentuk kompleks ezim-subtrat
(ES). Pada saat subtrat bereaksi dengan enzim, membentuk kompleks (ES) maka menghasilkan
menghasilkan produk. Jika kompleks enzim-subtrat bereaksi dengan inhibitor membentuk
komples enzim-subtrat-inhibitor (ESI), maka tidak menghasilkan produk. Demikian juga Pada saat
inhibitor bereaksi dengan enzim membentuk Komplek (EI) selanjutnya masih dapat bereaksi
dengan subtrat membentuk kompleks enzim-inhibitor-subtrat (E-I-S), kompleks ini tidak
menghasilkan produk.
Inhibisi Campuran
d. Inhibisi Ireversibel
Inhibitor ireversibel mengikat secara kovalen atau menghancurkan gugus fungsi pada enzim yang
penting untuk aktivitas enzim. Inhibitor ini juga dapat menghambat enzim dengan membentuk
asosiasi nonkovalen yang sangat stabil dengan enzim. Contoh Inhibitor kovalen ireversibel dari
protease, kimotripsin, ditunjukkan pada berikut. Chymotrypsin mengandung residu serin reaktif di
sisi. aktifnya yang terlibat erat dalam katalisis pembelahan ikatan peptida. Serin ini akan bereaksi
dengan inhibitor diisopropylfluorophosphate (DIFP) yang memodifikasi residu serin secara
reversibel, dan dengan demikian menghambat aktivitas proteolitik. Berbeda dengan ibuprofen,
aspirin adalah penghambat enzim COX kovalen ireversibel.
Mekanisme Inaktivator.
Inhibitor ireversibel adalah inaktivator berbasis mekanisme (bunuh diri). Senyawa ini relatif tidak
reaktif sampai mereka mengikat sisi aktif enzim tertentu. Inaktivator bunuh diri mengalami
beberapa langkah kimia pertama dari reaksi enzimatik normal, tetapi alih-alih diubah menjadi
produk normal, inaktivator diubah menjadi senyawa yang sangat reaktif yang bergabung secara
ireversibel dengan enzim. Inhibitor ini mendapatkan namanya karena membajak reaksi enzim
normal untuk menonaktifkan enzim. Karena obat yang berfungsi sebagai inaktivator sangat
spesifik untuk enzim targetnya, obat tersebut sering memiliki keuntungan dengan sedikit efek
samping. Contoh inhibitor ini digunakan dalam pengobatan penyakit. Keadaan transisi
Inhibitor enzim ireversibel tidak perlu berikatan secara kovalen dengan enzim jika ikatan
nonkovalen sangat erat sehingga inhibitor jarang berdisosiasi. Inhibitor tersebut biasanya
menyerupai struktur keadaan transisi yang diprediksi dari reaksi dan disebut analog keadaan
transisi. Senyawa ini mengikat lebih erat pada enzim daripada substrat karena mereka lebih cocok
dengan sisi aktif. Misalnya, analog keadaan transisi yang dirancang untuk menghambat enzim
glikolitik aldolase mengikat enzim tersebut lebih dari empat kali lipat lebih erat daripada substrat
sebenarnya. Pengamatan bahwa molekul-molekul tersebut secara efektif merupakan penghambat
enzim yang ireversibel, mendukung konsep bahwa situs aktif enzim paling komplementer dengan
keadaan transisi reaksi. Terakhir, obat anti-HIV yang menghambat fungsi protease yang
dibutuhkan virus sebenarnya adalah analog keadaan transisi.
Enzim memiliki pH optimum di mana aktivitasnya maksimal. Pada nilai pH yang lebih tinggi atau
lebih rendah, aktivitasnya menurun. Ini karena rantai samping asam amino yang dapat terionisasi
yang penting untuk katalisis reaksi, atau mempertahankan struktur enzim, harus mempertahankan
keadaan ionisasi tertentu agar berfungsi dengan baik. Kisaran pH di mana enzim mengalami
perubahan aktivitas dapat memberikan petunjuk tentang jenis residu asam amino yang terlibat
dalam katalisis, Perubahan aktivitas di dekat pH 7,0, misalnya, sering mencerminkan titrasi residu
His. Namun, efek pH pada aktivitas harus ditafsirkan dengan hati-hati, karena dalam lingkungan
protein yang padat, pKa rantai samping asam amino dapat bervariasi secara signifikan dari pka
asam amino bebas dalam larutan. pH optimum untuk aktivitas suatu enzim umumnya mendekati
pH lingkungan di mana enzim berfungsi secara normal. Misalnya, pH optimum pepsin, suatu
enzim pencernaan lambung, adalah sekitar 1,6. PH optimum enzim sitoplasma, glukosa 6-
fosfatase, hepatosit adalah sekitar 7,8
Daftar Pustaka
Sukaryawan, Made, dan Diah, K. 2022. Buku ajar biokimia 1 berbasis kontruktivisme 5
Nelson, D.L., Cox, M.M. 2013. Prinsip Lehninger Biokimia edisi keenam. New York: W.H.