Nama: Apriza Marfina

NIM

: 4311413029

Prodi : Kimia 001

TUGAS KIMIA KOMPUTASI

1) Berikan contoh masalah-masalah kimia yang dapat diselesaikan
dengan metode kimia komputasi , berkaitan dengan :
a) Hubungan konformasi dengan energi
b) Spektra UV-Vis , NMR , dan IR
c) Mekanisme reaksi kimia terutama pada penentuan energi
struktur transisi
d) Simulasi Monte Carlo dan dinamika molekul
2) Carilah sumber informasi di internet tentang penggunaan kimia
komputasi dalam industri obat terutama dalam mendesain obat
baru. Jelaskan peranan kimia komputasi dalam mengurangi struktur
biaya produksi obat-obatan.
3) Jelaskan sumber informasi

jurnal

internasional

yang

mengggunakan

kimia

komputasi sebagai alat dalam analisis masalah yang dikaji.

4) Berikan beberapa contoh manfaat kimia komputasi

dalam

bertambahnya

jumlah

di

peneliti

tentang

pemebelajaran kimia.
5) Buatlah suatu perbandingan kemampuan beberapa perangkat lunak
kimia komputasi yang tersedia sampai saat ini.

Jawaban
1.

Contoh masalah-masalah kimia

yang dapat diselesaikan dengan

metode komputasi
a.

Hubungan konformasi dengan energy : dapat

mengetahui struktur

molekul berbeda
dari suatu senyawa. Seperti t-butil sikloheksana yang memiliki struktur
molekul kursi
dan perahu

b. Spektra UV Vis, NMR, dan IR : dapat mengetahui sifat spectra UV Vis,

NMR, IR
dan muatan atom bersihnya. Misal muatan atom bersih senyawa turunan
benzene
c.

Mekanisme

reaksi

(penentuan

energy

struktur

transisi)

membantu memprediksi
kemungkinan keadaan transisi yang terjadi, karena keadaan transisi
tidak dapat
diterangkan dengan data eksperimen disebabkan perubahan yang cepat.
d.

Simulasi monte carlo dan dinamika molekuler : dinamika molecular

dalam komputasi
berguna untuk mempelajari sifat molecular seperti molekul organic dalam
larutan dan
senyawa

makromolekul

dalam

proses

metabolisme

serta

memungkinkan
penggambaran struktur, sifat termodinamika dan sifat dinamis dari
system fase
terkondensasi. Sedangkan metode simulasi monte carlo dalam komputasi
dapat untuk
menggambarkan struktur dan energy dalam keseimbangan.
2. Peranan kimia komputasi dalam struktur obat dan mengurangi
biaya produksi obatobatan
a.

Komputer

menawarkan

metode in

silico,

-suatu metode

yang

menggunakan
kemampuan komputer dalam rancang obat- sebagai komplemen dari in
vitro dan in
vivo.

b.

Kemampuan komputasi

yang

meningkat

secara

eksponensial

merupakan peluang
mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat baru.
c.

Perangkat

lunak kimia komputasi

yang dapat digunakan adalah

seperti HyperChem
memberikan

fasilitas

memadai untuk

melihat

bentuk molekul,

menikmati vibrasi
ikatan antar atom yang terekam sebagai spektra infra merah, dan
dinamika perubahan
struktur molekul akibat pengaruh sistem reaksi.
d. Desain obat merupakan proses iterasi dimulai dengan penentuan
senyawa yang
menunjukkan sifat biologi penting dan diakhiri dengan langkah optimasi,
baik dari
profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia.
e.

Tanpa

pengetahuan

lengkap

tentang

proses

biokimia

yang

bertanggungjawab
terhadap

aktivitas

biologis,

hipotesis

desain

obat pada

umumnya

didasarkan pada
pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan
tak aktif.
f.

Keberadaan

komputer

yang

dilengkapi

dengan

aplikasi

kimia

komputasi,
memungkinkan ahli kimia komputasi medisinal menggambarkan senyawa
obat secara
tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi atas dasar kemiripan
dan energi

dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi

(pharmacophore
query).
g. Berbagai senyawa turunan dan analog dapat disintesis secara in
silico atau yang
sering diberi istilah senyawa hipotetik.
3. Contoh jurnal yang berkaitan dengan kimia komputasi
Prediksi Tipe

Aktivitas Senyawa Tabir Surya Homosalat Berdasarkan

Analisis Spektra
Transisi Elektronik Pada Konfigurasi Bentuk Dimer Dan Solut-Solven (Iqmal
Tahir,dkk)
Penelitian ini memprediksi tipe aktivitas senyawa tabir surya homosalat
dengan
berdasarkan

analisis

spektra

transisi

elektronik.

Langkah

kajian

dilakukan berupa
pemodelan senyawa homosalat dalam bentuk dimer dan interaksi dengan
pelarut. Kajian
dilakukan dengan langkah optimasi geometri menggunakan metode
semiempirik PM3
yang

dilanjutkan

dengan

analisis

spektra

transisi

elektronik

menggunakan metode
ZINDO/s. Interaksi ikatan hidrogen yang menjadi obyek penelitian adalah
bentuk dimer
molekul senyawa tabir surya dan ikatan hidrogen antara molekul pelarut
dengan molekul
senyawa tabir surya pada gugus-gugus berpotensi membentuk ikatan
hidrogen. Hasil

kajian secara umum menunjukkan pengaruh interaksi ikatan hidrogen

memberikan kecenderungan pergeseran merah namun besarnya nilai
pergeseran tidak signifikan
mendekati

nilai

hasil

eksperimen.

Faktor

interaksi

pergeseran

nilai

dimer

ikatan

hidrogen antara dua

molekul

homosalat

memberikan

maks

dengan

disertai perubahan
jumlah transisi UV

yang terjadi.

Konfigurasi

ikatan hidrogen antara

homosalat dengan etanol menyebabkan terjadinya pergeseran nilai maks

namun jumlah transisi uv yang terjadi relatif tidak berubah.
etan
4) Manfaat Kimia Komputasi untuk Pembelajaran
1. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil
perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.
2. Dapat sebagai alat hitung seperti halnya kalkulator- untuk
membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika
yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian
perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang
dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.
3. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi
4. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya
program tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi,
seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.
5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun
melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul
seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan,
padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada
sistem kimia nyata.
6. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat)
dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan
perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta

peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan

perilaku di tingkat atom.
5. Perbandingan kemampuan beberapa perangkat lunak kimia komputasi
yang tersedia saat ini
a. Gaussian : Gaussian adalah ab initio struktur program
elektronik. Dirancang untuk model berbagai sistem molekuler di bawah
berbagai kondisi, ia melakukan perhitungan nya mulai dari hukum
dasar QM.
b. Gaussum : GaussSum adalah aplikasi GUI yang dapat menganalisis
output dari Gaussian 98/03, ADF, GAMESS (US), GAMESS (Inggris), dan
PC-GAMESS perhitungan untuk mengekstrak dan menghitung informasi
yang berguna. Ini termasuk kemajuan dari siklus SCF, optimasi
geometri, spektrum UV-Vis/IR/Raman, tingkat MO, kontribusi MO dan
banyak lagi.
c. GChemPaint : GChemPaint adalah kimia Editor struktur 2D untuk
desktop Gnome-2. GChemPaint adalah aplikasi dokumen multi dan
adalah server bonobo sehingga kimia yang dapat tertanam dalam
aplikasi Gnome lainnya.
d. Ghemical : Ghemical adalah paket perangkat lunak kimia komputasi
dengan GUI untuk kedua GLUT dan GTK +, dan beberapa visualisasi
3D-alat yang bagus. Hal ini dapat melakukan "semua atom" mekanika
molekul dan dinamika, serta mekanika kuantum (ab initio dan semiempiris) model. Mudah-mudahan menawarkan kerangka yang baik
untuk alat pemodelan molekul generik freeware.
e. GPeriodic : GPeriodic adalah aplikasi tabel periodik untuk Linux. Hal ini
memungkinkan Anda untuk menelusuri melalui tabel periodik unsur
dan melihat informasi rinci tentang masing-masing elemen pada setiap
elemen. 118 elemen saat ini terdaftar.
f. Cn3D : Cn3D adalah alat visualisasi untuk struktur biomolekuler,
urutan, dan keberpihakan urutan. Hal ini juga dapat berfungsi sebagai
aplikasi pembantu untuk web browser dan memungkinkan web browser
untuk menampilkan 3-dimensi struktur dari NCBI Entrez layanan
pengambilan.