Bakteri Escherichia coli

Escherichia coli merupakan bakteri berbentuk batang dengan panjang sekitar 2 micrometer dan
diameter 0.5 micrometer. Bakteri ini umumnya hidup pada rentang 20-400 C, optimum pada 370. E. coli
ditemukan pertama kali oleh Theodore Eschetrch pada tahun 1885, dan hingga kini bakteri ini menjadi
salah satu tulang punggung dunia bioteknologi. Hapir semua rekayasa genetika di dunia bioteknologi selalu
melibatkan E.coli, termasuk dalam proses kloning.

E. coli adalah bakteri yang banyak digunakan dalam memanipulasi gen, hal ini dikarenakan
kemudahan dalam mengisolasi DNA (Clark dan Pazdernik, 2009). Kelebihan lainnya adalah mudah
dimanipulasi dan dikultur, tingkat pertumbuhannya cepat dapat menerima gen asing dengan berbagai
macam teknik serta telah banyak diperoleh informasi mengenai genom bakteri tersebut (Mc Kane dan
Kandel, 1996).

Pemilihan penggunaan E-coli sebagai host dalam kloning di antaranya didasarkan pada beberapa
alasan, yaitu:

1. Genetik yang sederhana

Bakteri memiliki materi genetic yang lebih sederhana dibandingkan eukariotik. Misalnya
pada E. coli terdapat sekitar 4.400 gen sedangkan pada manusia sekitar 30.000 gen. Selain itu,
bakteri, termasuk E.coli, tinggal seumur hidup mereka dalam keadaan haploid, tanpa alel kedua
untuk menutupi efek mutasi pada rekayasa protein percobaan.

2. Laju Pertumbuhan

Bakteri biasanya tumbuh lebih cepat dibandingkan organisme yang lebih kompleks.
Misalnya E. coli yang dapat tumbuh pesat pada tingkat satu generasi per dua puluh menit. Dengan
kemampuan pertumbuhan dan replikasi yang cepat memungkinkan dihasilkan produk dengan lebih
cepat.

3. Keselamatan

E. coli secara alami ditemukan di saluran usus manusia dan hewan di mana ia membantu
memberikan nutrisi (vitamin K dan B12) ke host-nya. Dengan demikian penggunaan E-coli sebagai
host dalam kloning untuk memproduksi suatu jenis protein yang akan digunakan oleh manusia atau
makhluk hidup lain menjadi relatif aman.

4. Kemampuan untuk host DNA asing

E-coli juga memiliki kemampuan mutasi yang relatif lebih cepat, sehingga lebih mudah
dibuat menjadi sel kompeten dalam kloning. Selain itu E-coli mudah mengalami transduksi serta
 perubahan plasmid dan vektor, sehingga mudah dimanipulasi untuk dapat menerima gen asing dari
luar.

5. Mudah dikultivasi dalam berbagai medium

E-coli relatif mudah untuk dikultivasi pada berbagai jenis medium, sehingga pemilihan dan
penggunaan medium relatif tidak mempersulit kegiatan kloning.

Walaupun E.coli sebagai host cell juga memiliki kelemahan, di antaranya:

1. Sinyal transkripsi dan translasi spesies lain tidak dikenali dengan baik oleh inang E.coli, sehingga
ekspresi gen-gen heterolog di E.coli lemah.

2. Masalah serius pada ekspresi protein rekombinan pada E.coli, yaitu degradasi protein produk secara
cepat dan seringkali protein rekombinan justru terakumulasi dan membentuk agregat kompak, yang
bersifat inaktif tidak larut (sehingga menghambat proses purifikasi), yang disebut dengan badan
inklusi (inclusion bodies).

3. Efek dari penggumpalan menyebabkan protein menjadi tidak aktif. Hal ini terjadi karena
keterbatasan E.coli dalam membentuk struktur tiga dimensi protein secara benar dalam proses
pelipatan pasca translasi.

Strain Bakteri Escherichia coli

E.coli memiliki banyak strain yang dapat digunakan dalam tahapan rekayasa genetika. Setiap strain
memiliki tingkat efisiensi transformasi yang berbeda-beda dan kemampuan untuk mengekspresikan gen
pengkode. Untuk kloning gen pada kasus di pemicu, E.coli DH5- digunakan sebagai host cell.
Menurut Richana dan Thontowi (2005), sel bakteri yang banyak digunakan sebagai sel kompeten
dalam kloning adalah E. coli DH5 yang merupakan salah satu jenis E. coli yang telah mengalami rekayasa
sehingga mampu mengenali gen bla (-laktamase) sebagai penanda resistensi ampisilin.
Kemampuan untuk Tumbuh dengan Mudah
Kelebihan bakeri strain ini adalah kemampunannya untuk tumbuh dengan mudah sampai 2.5 x 109
sel / ml media kultur yaitu setara dengan > 103 plasmid rekombinan/ml, serta tidak memiliki enzim restriksi
endonuklease. Escherichia coli DH5 dapat tumbuh pada medium garam mineral.
Memiliki Laju Transformasi yang Besar dengan Efisiensi Tinggi
Escherichia coli DH5 dapat tumbuh pada medium garam mineral. E. coli jenis ini mengalami
mutasi pada gen argF (yang mengatur metabolisme arginin dan siklus ornitin). Mutasi pada gen deoR
menyebabkan E. coli DH5 memiliki laju transformasi yang besar dengan efisiensi transformasi >1x109
cfu/g. Namun, mutasi ini menyebabkan laju pertumbuhan yang lebih lambat dibandingkan E. coli ''wild
type''. Escherichia coli DH5 dapat menjaga stabilitas insert dan meningkatkan kualitas dari plasmid
(Woodcock, D.M et al, 1989).

Daftar Pustaka
Casali, Nicola. 2011. Escherichia coli Host Strains. http://www.mfa.od.ua/page34.htm. diakses pada 04
Diakses pada 24 September 2016
Woodcock, D.M., Crowther, D.M., Doherty, J., Jefferson,S., DeCruz, E., Noyer-Weidner, M., Smith, S.S.,
Michael, M.Z., and Graham, M.W., Nucl. Acids Res. (1989) 17, 3469-3478