LAPORAN TUTORIAL

SKENARIO 1

BLOK 7 : JEJAS DAN RESPON IMUN

BIOMOLEKUL DAN ULTRASTRUKTUR BAKTERI

Tutor:

drg. Agustin Wulan Suci Dharmayanti, MDSc

Penyusun oleh Tutorial 13 :

Safril Rachmat Nurcahyo (181610101132)

Varendea Valen W. A (181610101133)

Lies Arifa Tri W. S (181610101134)

Muh. Farid Wian M (181610101135)

Hanifah Syifa H (181610101136)

Filky Nanda M (181610101137)

Mega Ayu Mardiana (181610101138)

Maria Yustina A. D. P (181610101139)

Alya Yamuna Azhari (181610101140)

Noer Azhar Alfa N (181610101141)

FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI

UNIVERSITAS JEMBER

2019
 KATA PENGANTAR

Puji Syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas segala RahmatNya sehingga laporan ini
dapat tersusun hingga selesai. Tidak lupa penyusun juga mengucapkan banyak terimakasih atas
bantuan dari pihak yang telah berkontribusi dalam menyelesaikan laporan tutorial pada Skenario 1 :
Biomolekul dan Ultrastruktur Bakteri, Blok 7 : Jejas dan Respon Imun.

Penulisan laporan ini tidak lepas dari bantuan Tutor pada kelompok Tutorial 13, penyusun
mengucapkan terima kasih kepada drg. Agustin Wulan Suci Dharmayanti, MDSc., selaku Tutor
pada kelompok Tutorial 13 dan semua anggota Tutorial 13 yang telah berpatisipasi dalam proses
pembuatan laporan ini.

Dan harapan penyusun, semoga laporan ini dapat menambah pengetahuan dan pengalaman
bagi para pembaca, untuk ke depannya dapat memperbaiki bentuk maupun menambah isi laporan
agar menjadi lebih baik lagi. Karena keterbatasan pengetahuan maupun pengalaman penyusun,
penyusun yakin masih banyak kekurangan dalam laporan ini, oleh karena itu penulis sangat
mengharapkan saran dan kritik yang membangun dari pembaca demi kesempurnaan laporan ini.

Jember, 9 Mei 2019

Penyusun

2|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 DAFTAR ISI
Kata Pengantar...................................................................................................................2

Daftar Isi..................................................................................................................3

BAB 1. SKENARIO.......................................................................................................4

BAB 2. SESI 1

2.1 Step 1.................................................................................................................. 5

2.2 Step 2.................................................................................................................. 5

2.3 Step 3.................................................................................................................. 7

2.4 Step 4.................................................................................................................. 14

2.5 Step 5.................................................................................................................. 15

BAB 3. SESI 2

3.1 Step 7.................................................................................................................. 16

BAB 4. PENUTUP

4.1 Kesimpulan....................................................................................................... 45

Daftar Pustaka............................................................................................................... 46

3|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 BAB 1

SKENARIO
BIOMOLEKUL DAN ULTRASTRUKTUR BAKTERI
Oleh : Dr. drg. I Dewa Ayu Susilawati, M. Kes drg. Pujiana Endah Lestari, M.Kes

Pada bakteri (prokariota) secara struktural terdapat tiga regio: 1) regio appendages yang
digunakan oleh bakteri untuk attachment, struktur ini dapat berupa flagela dan pili (atau fimbriae);
2) regio cell envelope yang terdiri dari kapsul, dinding sel dan membran sel; dan 3) regio
cytoplamic, yang berisi kromosom (DNA) sel, plasmid, ribosom dan berbagai macam badan inklusi
(inclusion body) serta endospora. Biomolekul penyusun struktur-struktur tersebut berbeda-beda.
Struktur dinding sel bakteri Gram positif berbeda dengan Gram negatif. Dinding sel bakteri Gram-
positif relatif tebal dan terdiri dari banyak lapisan peptidoglikan diselingi dengan asam teikoat yang
berjalan tegak lurus ke lembar peptidoglikan. Struktur dinding sel bakteri Gram-negatif relatif tipis
dan mengandung peptidoglikan jauh lebih sedikit daripada dinding Gram-positif. Juga, tidak ada
asam teikoat. Namun, dinding sel Gram negatif terdiri dari outer membrane yang berada di luar dari
lapisan peptidoglikan. Outer membrane melekat pada lembar peptidoglikan oleh kelompok molekul
lipoprotein yang unik. Outer membrane bakteri Gram negatif terdiri dari lipid bilayer (lapisan ganda
lipid) diselingi dengan protein, menyerupai membran plasma. Outer membrane mengandung
fosfolipid, tapi terutama dibentuk oleh berbagai jenis molekul amfifilik lipopolisakarida (LPS).

4|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 BAB 2. SESI 1
2.1 Step 1
Mengidentifikasi kata-kata sulit:

1. Sel envelope
2. Prokariota
3. Appendages
4. Cytoplasmic
5. Lipid bilayer
6. Badan inklusi
7. Bakteri gram negatif
8. Bakteri gram positif
9. Endospora
10. Asam teikoat
11. Fosfolipid
12. Lipopolisakarida
13. Peptidoglikan
14. Lipoprotein

2.2 Step 2

Mendefinisikan kata-kata sulit:

1. Sel envelope : Mewakili lapisan terluar dari sel bakteri dan secara umum
berguna untuk melindungi sel Selubung sel bakteri berupa
ekstraseluler polisakarida terdiri atas kapsul, membran plasma
dan dinding sel Struktur berlapis lapis yang kompleks, fungsi
umumnya sebagai perlindungan sel, pemeliharaan bentuk sel,
komunikasi sel dengan lingkungan dan stabilitas.
2. Prokariota : Makhluk hidup yang tidak memiliki membran inti sel,
uniseluler. Dibagi 2 : bakteri dan archae. Diameter : 0,2-2µm.
3. Appendages : Bagian tubuh luar/pemanjangan secara alami berupa
tonjolan yang keluar dari tubuh organisme.Dapat digerakkan
secara aktif.
4. Cytoplasmic : Bagian dari sel, terbungkus oleh membran sel. Terdapat
pada sel tumbuhan dan hewan. Fungsi : menyalurkan protein
dan komposisi dalam sel.
5. Lipid bilayer : Pembungkus sel dengan struktur lembut, lentur, dan tipis
5|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 dan memiliki ketebalan 7,5-10nm, tersusun dari
fosfolipid.Penting untuk menjaga bentuk sel dan permeabilitas
selektif, penting unutuk kelangsungan hidup dan fungsi
sel.Hidrofilik dan hidrofobik.
6. Badan Inklusi : Terletak di sel sitoplasma, punya fungsi fiksasi, menyimpan
makanan. Penyimpanan berbagai senyawa kimia dalam bentuk
glanular atau globular di sitoplasma.
7. Bakteri gram negatif : Bakteri yg tidak mempertahankan zat kristal violet sewaktu
pewarnaan sehingga berawarna merah saat dilihat di
mikroskop.3 lapis setebal, membran luar (polisakarida, lipid,
protein)7-9nm, selapis tipis peptidoglikan 2-7nm, membran
dalam.Lipid bilayer karena terdiri dari dua lapis dimana
membran plasma dilapisi oleh outer membran.
8. Bakteri gram positif : Mempertahankan warna violet (biru dibawah mikroskop).
Lapisan tebal peptidoglikan (20-80nm).
9. Endospora : Terjadi ketika bakteri merasa lingkungan sekitar tidak
menguntungkan. Pada dinding sel terdapat asam dipicolinic.
Mekanisme pertahanan sekelompok bakteri saat kekurangan
nutrisi, struktur : core, dinding spora, cortex, coat,
eksosporium. Bentuk istirahat pada bakteri gram positif,
mengandung sedikit sitoplasma dan ribosom.
10. Asam Teikoat : Polimer utama yang terdiri dari gliserol fosfat atau ribitol
fosfat.Terdapat pada dinding sel bakteri gram positif, gliserol,
fosfat dan ribitol (gula alkohol) , Fungsi : mengatur
pembelahan secara normal, sebagai jalan masuk dan keluarnya
ion ke dan dari sel
11. Fosfolipid : Lipid berisi fosfor, komponen utama membran sel, molekul
ini bersifat amfilik (mengandung kepala hidrofilik dan ekor
hidrofobik). Komponen utama dari membran plasma, yang
merupakan lapisan terluar dari sel-sel hewan. Merupakan
bagian dari kelompok besar senyawa organik yang disebut
dengan lipid.
12. Lipopolisakarida : Ditemukan di membran sel bagian luar bakteri gram
negatif, digunakan untuk aktivasi sistem kekebalan. Molekul
besar gabungan dari lipid dan polisakarida, yang terbentuk
dari dinding sel beberapa jenis bakteri.
13. Peptidoglikan : Polimer yang tersusun atas gula dan asam amino yang
merupakan pembentuk membran luar sel pada bakteri.
Penyusun dinding sel, sifat : kaku, berfungsi : melindungi
integritas dan pembentuk sel.
6|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 14. Lipoprotein : Gabungan molekul protein dan lipid. Disintesis dalam
hati. Digunakan untuk mengangkut lipid dari plasma ke
jaringan yang memerlukan energi. Partikel khusus, terdiri dari
polipoprotein, trigliserol, fosfolipid, kolesterol, dan kolesterol
ester.

2.3 Step 3

Identifikasi masalah:

1. Mengapa biomolekul penyusun struktur bakteri berbeda?

2. Mengapa ada outer membran pada bakteri gram negatif dan apa fungsinya?

Jawaban:

1. Mengapa biomolekul penyusun struktur bakteri berbeda?

Struktur penting yang dapat membedakan kepekaan bakteri adalah struktur luar bakteri yang
terdiri dari fimbrae,flagela,kapsul,dan dinding sel.
1) Mikrofibril : Fimbria dan Pili Seks (Adhesin, Lektin, Evasin, dan Aggressin)
Fimbria, disebut juga pili dapat diamati dengan mikroskop elektron pada permukaan
beberapa jenis sel bakteri. Fimbria merupakan mikrofibril serupa rambut berukuran 0,004 –
0,008 mm. Fimbria lebih lurus, lebih tipis dan lebih pendek dibandingkan dengan flagela.
Struktur fimbria serupa dengan flagela, disusun oleh gabungan monomer, membentuk rantai
yang berasal dari membran plasma. Salah satu bakteri yang memiliki banyak fimbria, dapat
menginfeksi saluran urin. Sel berfimbria melekat kepada ruang antar sel, permukaan
hidrofobik, dan reseptor spesifik.
Fungsi fimbria dianggap membantu bakteri untuk bertahan hidup dan berinteraksi dengan
inang. Fungsi fimbria, di antara komponen permukaan sel bakteri yang lainnya, dapat
dianggap memiliki aktivitas fungsional seperti adhesin, lektin, evasin, agresin, dan pili seks.
Pada bakteri patogen yang menyebabkan infeksi, fimbria dan komponen permukaan lainnya
dapat berperan sebagai faktor pelekat spesifik, yang disebut adhesin. Spesifisitas perlekatan
fimbria dapat menyebabkan bakteri menempel dan berkoloni pada jaringan inang spesifik.
Fimbria pada strain E. coli enteropatogen (penyebab diarhe) berfungsi untuk kolonisasi
dalam usus babi dan anak sapi. Pada beberapa jenis bakteri, permukaan sel memiliki protein
membran.
Protein membran pada Streptococcus pyogenes grup A, diketahui sebagai faktor virulensi,
berperan sebagai faktor pelekat (adhesin) pada proses kolonisasi pada faring, perlekatan tidak
terjadi jika protein membran dinetralisasi oleh antiserum spesifik, dapat mencegah fagositosis
( berperan sebagai suatu evasin) dan akhirnya berperan sebagai leukosidal (berperan sebagai
7|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 agresin atau toxin). Fimbria lain yang masuk kelompok protein disebut lektin, ditemukan
pada hewan dan tumbuhan, yang berikatan dengan gula spesifik pada permukaan sel. Sebagai
contoh, perlekatan fimbria E. coli dan Shigella flexneri terhadap sel darah merah dan jaringan
(epitel usus) secara spesifik dihambat oleh D-manosa dan D-metilmanosida. Pada bebrapa
jenis bakteri seperti pada Pseudomonas aeruginosa memiliki fmbria spesifik untuk mengikat
metil-D-galaktosa, L-fruktosa atau D-mannosa pada Vibrio cholerae dan suatu oligosakarida
mengandung D-galaktosa pada Neisseria gonorrhoeae. Fimbria strain N. gonorrhoeae yang
berbeda memperlihatkan variasi antigenik yang sangat besar. Hal ini terjadi karena variasi
unit monomer fimbria yang disusun oleh domain peptida terminal antigenik variabel dan
menyimpan suatu domain peptida non-antigenik., domain peptida non-antigenik dapat
bersifat antigenik hanya pada saat diisolasi dengan senyawa kimia. Variabilitas antigenik dari
fimbria gonococcus nampaknya merupakan tipe lain dari fenomena penolakan sistem imun
inang melalui variasi antigenik parasit. Berdasarkan hal tersebut, fimbria gonococcus disebut
evasin.
Mikrofibril bakteri Gram-negatif, sering disebut pili umum (fimbria) atau sebagai pili
seks. Mikrofibril terdapat secara bebas atau secara simultan pada sel yang sama. Pada
permukaan sel tersebar sekitar100 – 200 fimbria, hanya 1- 4 pili seks ditemukan pada daerah
tertentu. Pili seks berfungsi untuk mendeteksi adanya antigen spesifik atau diduga untuk
meng-inaktifkan bakteriofaga tertentu, yang menempel secara spesifik pada pili seks. Faga
RNA spesifik menempel sepanjang filamen pili seks, sedangkan faga DNA berbentuk filamen
menempel pada ujung pili. Struktur mikrofibril juga dapat dilibatkan dalam meluncur dan
gerak kedutan lambat pada bakteri yang tidak berflagel (translokasi permukaan).
2) Flagella

Flagela merupakan filamen protein uliran (helical) dengan panjang dan diameter yang
sama, dimiliki oleh beberapa bakteri patogen untuk bergerak bebas dan cepat (pergerakan
berenang). Flagela disusun oleh tiga bagian: filamen, hook (sudut), dan basal body (bagian
dasar). Bagian dasar menancap pada membran plasma, disusun oleh suatu tangkai serta satu
atau dua rangkaian cincin yang mengelilinginya dan berhubungan dengan membran plasma,
peptidoglikan, dan pada bakteri Gram-negatif berhubungan dengan membran luar
pembungkus sel.

Berdsarkan jumlah dan lokasi pelekatan flagela, tipe flagela pada sel bakteri
menampakkan bentuk yang khas. Beberapa jenis bakteri seperti pada Pseudomonas memiliki
satu flagela pada bagian salah satu ujung sel yang disebut monotrik. Tipe flagela yang
tersusun atas banyak flagela yang letaknya pada satu ujung sel dikenal sebagai tipe lofotrik,

8|L a p o r a n S k e n a r i o 1
sedangkan apabila letak flagella pada kedua ujung sel dinamakan tipe amfitrik. Kelompok
enterobakteri motil seperti Salmonella atau Bacillus memiliki flagela yang tersebar pada
seluruh permukaan sel, yang disebut peritrik. Jumlah flagela setiap jenis bakteri berbeda
mulai dari sejumlah kecil pada Escherichia coli sampai beberapa ratus per sel, seperti pada
Proteus.

Fungsi utama flagela pada bakteri adalah sebagai alat untuk pergerakan. Flagela bukan
merupakan alat untuk pertahanan hidup. Flagela dapat dipisahkan dengan guncangan atau
dengan putaran dalam alat pengocok seperti sentrifuga. Sel tetap hidup dan memperoleh
motilitas dengan pertumbuhan kembali flagela. Sel bakteri berflagela dapat menghampiri
sumber nutrisi dan menghindari racun dengan menghampiri suatu kemoatraktan atau
meninggalkan senyawa yang tidak diinginkan. Pergerakan sel oleh flagela mendorong sel
dengan putaran melingkar searah sumbu panjangnya, seperti baling-baling.

Putaran flagela dikuatkan oleh arus listrik. Fungsi flagela dibangun oleh respon
kemotaktik, menunjukkan suatu sistem regulasi sensori umpan balik. Flagela ganda memutar
berlawanan dengan arah jarum jam untuk membentuk suatu berkas yang terkoordinir dan
efek pergerakan sel umumnya ke arah nutrisi (kemotaksis positif). Pengaruh adanya senyawa
yang tidak diinginkan,menyebabkan koordinasi menjadi hilang, berkas flagela mengalami
kekacauan, dan sel berputar dan cenderung menjauhi senyawa tersebut. Koordinasi fungsi
flagela melibatkan kemoreseptor, yang disebut “protein pengikat periplasmik”, yang
berinteraksi dalam transpor membran. Koordinasi pergerakan flagela juga melibatkan proses
metilasi suatu protein membran plasma spesifik. Adanya kemoatraktan, proses metilasi
protein tersebut meningkat, sebaliknya dengan adanya racun/senyawa yang tidak diinginkan,
proses metilasi menurun.

Pada beberapa kelompok bakteri spiroket seperti Treponema, Leptospira, dan Borrelia,
bergerak dengan suatu gelombang uliran berjalan, suatu tipe gerakan sel untuk menembus
9|L a p o r a n S k e n a r i o 1
 medium kental. Bakteri tersebut memiliki filamen axial yang serupa flagela yang melilit
mengelilingi sel. Filamen tersebut terdapat dalam daerah periplasma di antara membran luar
dan membran dalam sel. Treponema microdentium membentuk dua filamen dalam setaip
selnya, T. reiteri membentuk enam sampai delapan, dan beberapa spesies membentuk lebih
banyak filamen.

3) Dinding Sel

Dinding sel, ditemukan pada semua bakteri hidup bebas kecuali pada Mycoplasma.
Dinding sel berfungsi melindungi kerusakan sel dari lingkungan bertekanan osmotik rendah
dan memelihara bentuk sel. Hal ini dapat diperlihatkan melalui plasmolisis, dengan
mengisolasi partikel selubung sel setelah sel bakteri mengalami kerusakan secara mekanik,
atau dengan penghancuran oleh lisozim. Jika seluruh sel atau selubung sel diisolasi kemudian
diberi lisozim, partikel dinding sel bakteri (bukan archeabakteria) dapat lisi dengan perlakuan
lisozim tersebut dan membentuk protoplast (Bakteri Gram positif) dan spheroplas (Bakteri
Gram negatif).

Komponen kaku dinding sel eubakteria patogen adalah suatu makromolekul raksasa
berbentuk kantung tunggal atau sakulus, disusun oleh jaringan hubunganlintas peptidoglikan
(murein). Murein dan komponen yang berhubungan terdapat sekitar 2-40% dari berat kering
sel. Komponen glikan disusun oleh dua gula amino, glukosamin dan asam muramat. Struktur
glikan terdapat secara berselang-seling sebagai residu (-1,4 linked N-acetyl-D-glukosamine
(GlcNac) dan N-acetyl-Dmuramicacid [3-0(1’-D-carboxyethyl)-N-acetyl-D-muramic acid]
(contoh, MurNac). Rantai tersebut bervariasi dari 10 sampai 170 unit disakarida. Unit peptida
dan glikan tersebut terikat pada gugus karboksil asam laktat dari MurNac kepada ujung
amino suatu tetrapeptida. Glikotetrapeptida tersebut dihubungkan-lintas (cross-linked)
melalui unit tetrapeptida, membentuk kerangka yang berkesinambungan.

Komponen peptida terikat-asam muramat pada beberapa bakteri adalah tetrapeptida –L-
ala-D-iso-Glu-mesoADP (atauL-Lys)-D-ala. Hubungan-lintas di antara dua rantai
peptidoglikan dapat dilihatkan pada Gambar 3.8 atau melalui suatu letak jembatan peptida
(Gambar 3.9). Pada gambar tersebut mewakili struktur peptidoglikan bakteri E. coli dan
semua eubakteria Gram-negatif, sedangkan S.aureus, Streptococcus, dan eubakteria Gram-
positif lainnya memiliki hubunganlintas melalui suatu letak jembatan peptida yang dapat
disusun oleh satu atau beberapa residu asam amino. Hubungan-lintas langsung pada E. coli
tersebut dapat melalui –D-Ala-ADP- atau –ADP-ADP-, sedangkan bakteri Gram-positif,
hubunganlintas terjadi melalui D-Ala (asam amino)n-L-Lys-jembatan lintas tetapi pada
10 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 beberapa organisme dapat juga termasuk hubungan-lintas melalui jembatan diamin melalui
asam isoglutamat, iso-D-Glu(NH-diamin-NH)-D-Ala. E. coli mengandung 106 pengulangan
unit tetrapeptida-disakarida, atau cukup untuk dua atau tiga lapisan peptidoglikan. Suatu sel
Gram-positif, dapat mengandung peptidoglikan sebanyak 20 kali, cukup untuk 40 lapisan
atau lebih.

4) Selubung Bakteri tahan asam (Acid-fast) dan Bakteri sejenis

Anggota dari genus Mycobacterium dan beberapa spesies Nocardia, yang berwarna
merah dengan pewarna karbolfuksin dan tahan terhadap dekolorosasi dengan alkohol-asam,
disebut acid-fast (tahan-asam). Komponen terwarnai tersebut berhubungan dengan adanya
asam mikolat pada dinding sel bakteri yang utuh. Asam mikolat merupakan pengganti asam
lemak (hiroksi yang terdapat pada Mycobakterium sebagai ester yang terikat pada
polisakarida dinding sel dan sebagai komponen glikolipid yang bebas, kadang-kadang
disebut “cord factor”. Corynebakteri, Nokardiae, dan Mykobakteri penghasil-asam mikolat
diketahui sebagai kelompok bakteri CNM. Kelompok CNM menghasilkan asam mikolat
yang bertambah panjang rantainya mulai dari asam corynemikolat (C30), melalui asam
nokardat (C50) dan asam mikolat (C90), Hanya nokardiae dan mykobakteri yang
menghasilkan asam mikolat terikat-dinding sel.

Dinding sel bakteri Mycobakterium tuberculosis mengandung sejumlah peptidoglikan,

arabinan, dan lipid yang seimbang. Lebih dari 50% komponen lipid merupakan asam mikolat
yang teresterifikasi, sedangkan 25% merupakan asam lemak normal. Asam poli-L-glutamat
terikat-peptidoglikan juga terdapat pada Mycobacterium tuberculosis. Struktur dasar
peptidoglikan Corynebacterium diphtheriae, spesies Nocardia, dan M. tuberculosis.. Asam
muramat 6-fosfat merupakan ikatan primer di antara arabinogalaktan terikat-dinding sel,
arabinomanan, dan peptidoglikan. Asam mikolat terikat-dinding sel diesterifikasi melalui C-
5-karboksil dari residu D-arabinosa arabinogalaktan netral.

Polimer dinding sel terbesar kedua, arabinomanan, sangat asam, dapat tersuksinilat dan
teresterifikasi dengan residu inositol-1-fosfat. Glikolipid. Beberapa glikolipid yang tidak
umum yang tidak terikat dinding sel, terdapat pada bakteri acid-fast dan yang berhubungan.
Termasuk didalamnya ialah mikolat trehallosa, sulfolipid,, dan lipooligosakarida, mikosid,
dan lipopolisakarida.

2. Mengapa ada outer membran pada bakteri gram negatif dan apa fungsinya?
Struktur dinding sel bakteri Gram menentukan karakter dari bakteri. Bakteri Gram-positif
memiliki dinding sel yang terdiri dari jala yang yang kaya lapisan peptidoglikan yang
11 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
memungkinkan mereka untuk mempertahankan pewarna. Bakteri Gram-negatif, di sisi lain,
memiliki lapisan peptidoglikan yang sangat tipis, dan karenanya tidak dapat menjebak
molekul pewarna.
Sebuah selubung bakteri Gram-negatif yang khas terdiri dari membran plasma,
periplasma, peptidoglikan dan membran luar. Membran plasma adalah komponen paling
dalam, sedangkan membran luar adalah yang terluar. Ruang di antara kedua struktur disebut
ruang periplasma dan diisi dengan suatu matriks seperti gel disebut periplasma. Satu atau dua
lapisan peptidoglikan yang hadir dalam ruang periplasma.
Membran luar adalah komponen unik dinding sel Gram-negatif. Hal ini tertanam ke
lapisan peptidoglikan melalui seperangkat molekul lipoprotein. Membran luar adalah lapisan
ganda terdiri dari lapisan fosfolipid di sisi dalam, dan lipopolisakarida (LPS) lapisan menuju
sisi luar. LPS ini terdiri rantai samping tertanam ke lipopolisakarida inti. Rantai samping
terdiri dari unit berulang oligosakarida, dan sering menjadi dasar untuk membedakan dan
mengklasifikasikan bakteri ini. Lapisan LPS juga dikenal sebagai endotoksin, dan berfungsi
sebagai faktor virulensi utama. Membran luar adalah selektif permeabel karena adanya protein
membran yang khusus yang disebut porins.

Bakteri Gram-negatif memiliki kemampuan patogen yang kuat karena dinding ganda
membran sel mereka, endotoksin dan mekanisme resistensi obat. Mereka adalah agen
penyebab untuk berbagai infeksi saluran pernapasan, penyakit menular generatif, penyakit
pencernaan, dll. Mereka juga penyebab utama nosokomial (kesehatan terkait) infeksi. Selain
itu, bakteri ini berkembang dan mendapatkan perlawanan multidrug melalui berbagai
mekanisme transfer gen.
Para endotoksin hadir dalam dinding sel mereka dapat memasuki aliran darah
menyebabkan endotoksemia. Hal ini dapat terjadi melalui infeksi sistemik atau lokal atau
melalui bakteri Gram-negatif hadir dalam usus kita sebagai bagian dari mikroflora usus.
Saluran pencernaan manusia adalah rumah bagi berbagai patogen Gram-negatif. Akibatnya,
selama replikasi bakteri ini, endotoksin sedang disintesis terus menerus, dan juga translokasi
12 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
ke darah dalam jumlah rendah. Rendahnya tingkat endotoksin tidak menimbulkan kerusakan
pada tubuh manusia. Namun, tingginya tingkat endotoksin ini menyebabkan peradangan
jaringan, dan juga mengaktifkan berbagai proses seluler dari sistem kekebalan tubuh. Hal ini
juga mengarah ke syok endotoksik atau syok septik dalam kasus yang ekstrim.

13 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
2.4 Step 4
Mapping

 Lipid
 Protein
 Lipoprotein
 LPS
Biomolekul  Fosfolipid
penyususn  Nukleotida
 dll

ultrastruktur

Regio.cell
Regio appendages envelope Regio.
cytoplasmic

Pewarnaan Gram

Gram positif Gram negatif

14 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
2.5 Step 5
Learning Object

1. Mahasiswa mampu menjelaskan mengapa biomolekul penyusun struktur bakteri berbeda

2. Mahasiswa mampu menjelaskan mengapa terdapat outer membran pada bakteri gram
negatif dan fungsinya
3. Mahasiswa mampu menjelaskan jenis/tipe bakteri
4. Mahasiswa mampu menjelaskan metabolisme bakteri secara umum
5. Mahasiswa mampu menjelaskan macam-macam pemeriksaan/uji mikrobiologi

15 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 BAB 3. SESI 2
1.1 Step 7

1. Mahasiswa mampu menjelaskan mengapa biomolekul penyusun struktur bakteri

berbeda
Struktur penting yang dapat membedakan kepekaan bakteri adalah struktur luar bakteri yang
terdiri dari fimbrae,flagela,kapsul,dan dinding sel.
1) Mikrofibril : Fimbria dan Pili Seks (Adhesin, Lektin, Evasin, dan Aggressin)
Fimbria, disebut juga pili dapat diamati dengan mikroskop elektron pada permukaan
beberapa jenis sel bakteri. Fimbria merupakan mikrofibril serupa rambut berukuran 0,004 –
0,008 mm. Fimbria lebih lurus, lebih tipis dan lebih pendek dibandingkan dengan flagela.
Struktur fimbria serupa dengan flagela, disusun oleh gabungan monomer, membentuk rantai
yang berasal dari membran plasma. Salah satu bakteri yang memiliki banyak fimbria, dapat
menginfeksi saluran urin. Sel berfimbria melekat kepada ruang antar sel, permukaan
hidrofobik, dan reseptor spesifik.
Fungsi fimbria dianggap membantu bakteri untuk bertahan hidup dan berinteraksi dengan
inang. Fungsi fimbria, di antara komponen permukaan sel bakteri yang lainnya, dapat dianggap
memiliki aktivitas fungsional seperti adhesin, lektin, evasin, agresin, dan pili seks. Pada bakteri
patogen yang menyebabkan infeksi, fimbria dan komponen permukaan lainnya dapat berperan
sebagai faktor pelekat spesifik, yang disebut adhesin. Spesifisitas perlekatan fimbria dapat
menyebabkan bakteri menempel dan berkoloni pada jaringan inang spesifik. Fimbria pada
strain E. coli enteropatogen (penyebab diarhe) berfungsi untuk kolonisasi dalam usus babi dan
anak sapi. Pada beberapa jenis bakteri, permukaan sel memiliki protein membran.
Protein membran pada Streptococcus pyogenes grup A, diketahui sebagai faktor virulensi,
berperan sebagai faktor pelekat (adhesin) pada proses kolonisasi pada faring, perlekatan tidak
terjadi jika protein membran dinetralisasi oleh antiserum spesifik, dapat mencegah fagositosis (
berperan sebagai suatu evasin) dan akhirnya berperan sebagai leukosidal (berperan sebagai
agresin atau toxin). Fimbria lain yang masuk kelompok protein disebut lektin, ditemukan pada
hewan dan tumbuhan, yang berikatan dengan gula spesifik pada permukaan sel. Sebagai
contoh, perlekatan fimbria E. coli dan Shigella flexneri terhadap sel darah merah dan jaringan
(epitel usus) secara spesifik dihambat oleh D-manosa dan D-metilmanosida. Pada bebrapa
jenis bakteri seperti pada Pseudomonas aeruginosa memiliki fmbria spesifik untuk mengikat
metil-D-galaktosa, L-fruktosa atau D-mannosa pada Vibrio cholerae dan suatu oligosakarida
mengandung D-galaktosa pada Neisseria gonorrhoeae. Fimbria strain N. gonorrhoeae yang
berbeda memperlihatkan variasi antigenik yang sangat besar. Hal ini terjadi karena variasi unit
monomer fimbria yang disusun oleh domain peptida terminal antigenik variabel dan

16 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 menyimpan suatu domain peptida non-antigenik., domain peptida non-antigenik dapat bersifat
antigenik hanya pada saat diisolasi dengan senyawa kimia. Variabilitas antigenik dari fimbria
gonococcus nampaknya merupakan tipe lain dari fenomena penolakan sistem imun inang
melalui variasi antigenik parasit. Berdasarkan hal tersebut, fimbria gonococcus disebut evasin.
Mikrofibril bakteri Gram-negatif, sering disebut pili umum (fimbria) atau sebagai pili seks.
Mikrofibril terdapat secara bebas atau secara simultan pada sel yang sama. Pada permukaan sel
tersebar sekitar100 – 200 fimbria, hanya 1- 4 pili seks ditemukan pada daerah tertentu. Pili
seks berfungsi untuk mendeteksi adanya antigen spesifik atau diduga untuk meng-inaktifkan
bakteriofaga tertentu, yang menempel secara spesifik pada pili seks. Faga RNA spesifik
menempel sepanjang filamen pili seks, sedangkan faga DNA berbentuk filamen menempel
pada ujung pili. Struktur mikrofibril juga dapat dilibatkan dalam meluncur dan gerak kedutan
lambat pada bakteri yang tidak berflagel (translokasi permukaan).
2) Flagella

Flagela merupakan filamen protein uliran (helical) dengan panjang dan diameter yang
sama, dimiliki oleh beberapa bakteri patogen untuk bergerak bebas dan cepat (pergerakan
berenang). Flagela disusun oleh tiga bagian: filamen, hook (sudut), dan basal body (bagian
dasar). Bagian dasar menancap pada membran plasma, disusun oleh suatu tangkai serta satu
atau dua rangkaian cincin yang mengelilinginya dan berhubungan dengan membran plasma,
peptidoglikan, dan pada bakteri Gram-negatif berhubungan dengan membran luar pembungkus
sel.

Berdsarkan jumlah dan lokasi pelekatan flagela, tipe flagela pada sel bakteri menampakkan
bentuk yang khas. Beberapa jenis bakteri seperti pada Pseudomonas memiliki satu flagela pada
bagian salah satu ujung sel yang disebut monotrik. Tipe flagela yang tersusun atas banyak
flagela yang letaknya pada satu ujung sel dikenal sebagai tipe lofotrik, sedangkan apabila letak
flagella pada kedua ujung sel dinamakan tipe amfitrik. Kelompok enterobakteri motil seperti
Salmonella atau Bacillus memiliki flagela yang tersebar pada seluruh permukaan sel, yang
disebut peritrik. Jumlah flagela setiap jenis bakteri berbeda mulai dari sejumlah kecil pada
Escherichia coli sampai beberapa ratus per sel, seperti pada Proteus.

17 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Fungsi utama flagela pada bakteri adalah sebagai alat untuk pergerakan. Flagela bukan
merupakan alat untuk pertahanan hidup. Flagela dapat dipisahkan dengan guncangan atau
dengan putaran dalam alat pengocok seperti sentrifuga. Sel tetap hidup dan memperoleh
motilitas dengan pertumbuhan kembali flagela. Sel bakteri berflagela dapat menghampiri
sumber nutrisi dan menghindari racun dengan menghampiri suatu kemoatraktan atau
meninggalkan senyawa yang tidak diinginkan. Pergerakan sel oleh flagela mendorong sel
dengan putaran melingkar searah sumbu panjangnya, seperti baling-baling.

Putaran flagela dikuatkan oleh arus listrik. Fungsi flagela dibangun oleh respon
kemotaktik, menunjukkan suatu sistem regulasi sensori umpan balik. Flagela ganda memutar
berlawanan dengan arah jarum jam untuk membentuk suatu berkas yang terkoordinir dan efek
pergerakan sel umumnya ke arah nutrisi (kemotaksis positif). Pengaruh adanya senyawa yang
tidak diinginkan,menyebabkan koordinasi menjadi hilang, berkas flagela mengalami
kekacauan, dan sel berputar dan cenderung menjauhi senyawa tersebut. Koordinasi fungsi
flagela melibatkan kemoreseptor, yang disebut “protein pengikat periplasmik”, yang
berinteraksi dalam transpor membran. Koordinasi pergerakan flagela juga melibatkan proses
metilasi suatu protein membran plasma spesifik. Adanya kemoatraktan, proses metilasi protein
tersebut meningkat, sebaliknya dengan adanya racun/senyawa yang tidak diinginkan, proses
metilasi menurun.

Pada beberapa kelompok bakteri spiroket seperti Treponema, Leptospira, dan Borrelia,
bergerak dengan suatu gelombang uliran berjalan, suatu tipe gerakan sel untuk menembus
medium kental. Bakteri tersebut memiliki filamen axial yang serupa flagela yang melilit
mengelilingi sel. Filamen tersebut terdapat dalam daerah periplasma di antara membran luar
dan membran dalam sel. Treponema microdentium membentuk dua filamen dalam setaip
selnya, T. reiteri membentuk enam sampai delapan, dan beberapa spesies membentuk lebih
banyak filamen.

3) Dinding Sel

18 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Dinding sel, ditemukan pada semua bakteri hidup bebas kecuali pada Mycoplasma.
Dinding sel berfungsi melindungi kerusakan sel dari lingkungan bertekanan osmotik rendah
dan memelihara bentuk sel. Hal ini dapat diperlihatkan melalui plasmolisis, dengan
mengisolasi partikel selubung sel setelah sel bakteri mengalami kerusakan secara mekanik,
atau dengan penghancuran oleh lisozim. Jika seluruh sel atau selubung sel diisolasi kemudian
diberi lisozim, partikel dinding sel bakteri (bukan archeabakteria) dapat lisi dengan perlakuan
lisozim tersebut dan membentuk protoplast (Bakteri Gram positif) dan spheroplas (Bakteri
Gram negatif).

Komponen kaku dinding sel eubakteria patogen adalah suatu makromolekul raksasa
berbentuk kantung tunggal atau sakulus, disusun oleh jaringan hubunganlintas peptidoglikan
(murein). Murein dan komponen yang berhubungan terdapat sekitar 2-40% dari berat kering
sel. Komponen glikan disusun oleh dua gula amino, glukosamin dan asam muramat. Struktur
glikan terdapat secara berselang-seling sebagai residu (-1,4 linked N-acetyl-D-glukosamine
(GlcNac) dan N-acetyl-Dmuramicacid [3-0(1’-D-carboxyethyl)-N-acetyl-D-muramic acid]
(contoh, MurNac). Rantai tersebut bervariasi dari 10 sampai 170 unit disakarida. Unit peptida
dan glikan tersebut terikat pada gugus karboksil asam laktat dari MurNac kepada ujung amino
suatu tetrapeptida. Glikotetrapeptida tersebut dihubungkan-lintas (cross-linked) melalui unit
tetrapeptida, membentuk kerangka yang berkesinambungan.

Komponen peptida terikat-asam muramat pada beberapa bakteri adalah tetrapeptida –L-
ala-D-iso-Glu-mesoADP (atauL-Lys)-D-ala. Hubungan-lintas di antara dua rantai
peptidoglikan dapat dilihatkan pada Gambar 3.8 atau melalui suatu letak jembatan peptida
(Gambar 3.9). Pada gambar tersebut mewakili struktur peptidoglikan bakteri E. coli dan semua
eubakteria Gram-negatif, sedangkan S.aureus, Streptococcus, dan eubakteria Gram-positif
lainnya memiliki hubunganlintas melalui suatu letak jembatan peptida yang dapat disusun oleh
satu atau beberapa residu asam amino. Hubungan-lintas langsung pada E. coli tersebut dapat
melalui –D-Ala-ADP- atau –ADP-ADP-, sedangkan bakteri Gram-positif, hubunganlintas
terjadi melalui D-Ala (asam amino)n-L-Lys-jembatan lintas tetapi pada beberapa organisme
dapat juga termasuk hubungan-lintas melalui jembatan diamin melalui asam isoglutamat, iso-
D-Glu(NH-diamin-NH)-D-Ala. E. coli mengandung 106 pengulangan unit tetrapeptida-
disakarida, atau cukup untuk dua atau tiga lapisan peptidoglikan. Suatu sel Gram-positif, dapat
mengandung peptidoglikan sebanyak 20 kali, cukup untuk 40 lapisan atau lebih.

19 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
4) Selubung Bakteri tahan asam (Acid-fast) dan Bakteri sejenis

Anggota dari genus Mycobacterium dan beberapa spesies Nocardia, yang berwarna merah
dengan pewarna karbolfuksin dan tahan terhadap dekolorosasi dengan alkohol-asam, disebut
acid-fast (tahan-asam). Komponen terwarnai tersebut berhubungan dengan adanya asam
mikolat pada dinding sel bakteri yang utuh. Asam mikolat merupakan pengganti asam lemak
(hiroksi yang terdapat pada Mycobakterium sebagai ester yang terikat pada polisakarida
dinding sel dan sebagai komponen glikolipid yang bebas, kadang-kadang disebut “cord
factor”. Corynebakteri, Nokardiae, dan Mykobakteri penghasil-asam mikolat diketahui sebagai
kelompok bakteri CNM. Kelompok CNM menghasilkan asam mikolat yang bertambah
panjang rantainya mulai dari asam corynemikolat (C30), melalui asam nokardat (C50) dan
asam mikolat (C90), Hanya nokardiae dan mykobakteri yang menghasilkan asam mikolat
terikat-dinding sel.

Dinding sel bakteri Mycobakterium tuberculosis mengandung sejumlah peptidoglikan,

arabinan, dan lipid yang seimbang. Lebih dari 50% komponen lipid merupakan asam mikolat
yang teresterifikasi, sedangkan 25% merupakan asam lemak normal. Asam poli-L-glutamat
terikat-peptidoglikan juga terdapat pada Mycobacterium tuberculosis. Struktur dasar
peptidoglikan Corynebacterium diphtheriae, spesies Nocardia, dan M. tuberculosis.. Asam
muramat 6-fosfat merupakan ikatan primer di antara arabinogalaktan terikat-dinding sel,
arabinomanan, dan peptidoglikan. Asam mikolat terikat-dinding sel diesterifikasi melalui C-5-
karboksil dari residu D-arabinosa arabinogalaktan netral.

Polimer dinding sel terbesar kedua, arabinomanan, sangat asam, dapat tersuksinilat dan
teresterifikasi dengan residu inositol-1-fosfat. Glikolipid. Beberapa glikolipid yang tidak
umum yang tidak terikat dinding sel, terdapat pada bakteri acid-fast dan yang berhubungan.
Termasuk didalamnya ialah mikolat trehallosa, sulfolipid,, dan lipooligosakarida, mikosid, dan
lipopolisakarida.

2. Mahasiswa mampu menjelaskan mengapa terdapat outer membran pada bakteri gram
negatif dan fungsinya
Struktur dinding sel bakteri Gram menentukan karakter dari bakteri. Bakteri Gram-positif
memiliki dinding sel yang terdiri dari jala yang yang kaya lapisan peptidoglikan yang
memungkinkan mereka untuk mempertahankan pewarna. Bakteri Gram-negatif, di sisi lain,
memiliki lapisan peptidoglikan yang sangat tipis, dan karenanya tidak dapat menjebak
molekul pewarna.
20 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Sebuah selubung bakteri Gram-negatif yang khas terdiri dari membran plasma,
periplasma, peptidoglikan dan membran luar. Membran plasma adalah komponen paling
dalam, sedangkan membran luar adalah yang terluar. Ruang di antara kedua struktur disebut
ruang periplasma dan diisi dengan suatu matriks seperti gel disebut periplasma. Satu atau dua
lapisan peptidoglikan yang hadir dalam ruang periplasma.
Membran luar adalah komponen unik dinding sel Gram-negatif. Hal ini tertanam ke
lapisan peptidoglikan melalui seperangkat molekul lipoprotein. Membran luar adalah lapisan
ganda terdiri dari lapisan fosfolipid di sisi dalam, dan lipopolisakarida (LPS) lapisan menuju
sisi luar. LPS ini terdiri rantai samping tertanam ke lipopolisakarida inti. Rantai samping
terdiri dari unit berulang oligosakarida, dan sering menjadi dasar untuk membedakan dan
mengklasifikasikan bakteri ini. Lapisan LPS juga dikenal sebagai endotoksin, dan berfungsi
sebagai faktor virulensi utama. Membran luar adalah selektif permeabel karena adanya protein
membran yang khusus yang disebut porins.

Bakteri Gram-negatif memiliki kemampuan patogen yang kuat karena dinding ganda
membran sel mereka, endotoksin dan mekanisme resistensi obat. Mereka adalah agen
penyebab untuk berbagai infeksi saluran pernapasan, penyakit menular generatif, penyakit
pencernaan, dll. Mereka juga penyebab utama nosokomial (kesehatan terkait) infeksi. Selain
itu, bakteri ini berkembang dan mendapatkan perlawanan multidrug melalui berbagai
mekanisme transfer gen.
Para endotoksin hadir dalam dinding sel mereka dapat memasuki aliran darah
menyebabkan endotoksemia. Hal ini dapat terjadi melalui infeksi sistemik atau lokal atau
melalui bakteri Gram-negatif hadir dalam usus kita sebagai bagian dari mikroflora usus.
Saluran pencernaan manusia adalah rumah bagi berbagai patogen Gram-negatif. Akibatnya,
selama replikasi bakteri ini, endotoksin sedang disintesis terus menerus, dan juga translokasi
ke darah dalam jumlah rendah. Rendahnya tingkat endotoksin tidak menimbulkan kerusakan

21 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 pada tubuh manusia. Namun, tingginya tingkat endotoksin ini menyebabkan peradangan
jaringan, dan juga mengaktifkan berbagai proses seluler dari sistem kekebalan tubuh. Hal ini
juga mengarah ke syok endotoksik atau syok septik dalam kasus yang ekstrim.

3. Mahasiswa mampu menjelaskan jenis/tipe bakteri

 Berdasarkan Cara Memperoleh Makanan
1. Bakteri Autotrof
Bakteri yang dapat membuat bahan organic dari bahan-bahan anorganik. Untuk membuat
bahan-bahan organic, diperlukan energy. Berdasarkan hal itu, bakteri autotrof terdiri atas :
1) Bakteri fotoautotrof
Memperoleh energy dari cahaya, contohnya : Rhodobacter.
2) Bakteri kemoautotrof
Memperoleh energy dari reaksi pemecahan senyawa kimia, contohnya :
Nitrosomonas dan Nitrobacter
2. Bakteri Heterotrof
Bakteri yang memperoleh makanan dari bahan-bahan organic yang ada di sekitarnya
dengan cara menguraikan sisa-sisa tubuh organisme lain menjadi bahan-bahan anorganik
yang berupa mineral-mineral. Mineral-mineral tersebut diperlukan oleh tumbuhan
sebagai unsur hara. Dalam proses penguraian tersebut, beberapa bakteri heterotroph
menggunakan energy dari reaksi pemecahan senyawa kimia. Bakteri tersebut dinamakan
bakteri kemoheterotrof.

22 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen
1. Bakteri Aerob
Bakteri yang hanya tumbuh apabila ada oksigen. Jika tidak ada oksigen, bakteri ini akan
mati. Contohnya : Thiobacillusn dan Bacillus
2. Bakteri Anaerob
Bakteri yang tidak membutuhkan oksigen untuk bertahan hidup.
Bakteri anaerob dibedakan menjadi :
a) Anaerob obligat : bakteri yang tumbuh tanpa adanya oksigen bebas, jika ada
oksigen bebas, bakteri ini akan mati. Contohnya : bakteri
genus clostridium.
b) Anaerob fakultatif : bakteri yang dapat tumbuh, baik ada oksigen maupun tanpa
oksigen bebas. Keadaan oksigen dibawah 20% masih
memungkinkan bakteri ini untuk hidup. Contohnya :
Escherichia coli, Salmonella, dan Staphylococcus. Bakteri
anaerob fakultatif juga terdapat pada rongga mulut, contohnya
: Streptococcus mutans, Streptococcus viridans,
Porphyromonas gingivalis.
c) Anaerob aerotoleran : bakteri yang tidak terpengaruh oleh adanya oksigen.
Adanya oksigen tidak membahayakan bakteri anaerob
aerotoleran, tetapi mereka juga tidak dapat menggunakan
oksigen, contohnya : Lactobacillus.
3. Bakteri MikroAerofil : bakteri yang tumbuh jika ada oksigen bebas dalam jumlah
sedikit (> 0,2 atsmosfer). contohnya: Spirillum minus dan
Helicobacterpylori

23 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Berdasarkan bentuk
1. Coccus :
 Monococcus : Berbentuk bulat, satu-satu. Contohnya adalah Neisseria
gonorrhoe.
 Diplococcus : Berbentuk bulat, bergandengan dua-dua. Contohnya adalah
Diplococcus Pneumoniae.
 Streptococcus : Berbentuk bulat, bergandengan seperti rantai, sebagai hasil
pembelahan sel kesatu atau dua arah dalam satu garis.
Contohnya adalah S. Mutans, S. Thermodophyllus, S. Lactis.
 Staphylococcus : Berbentuk bulat, tersusun seperti untaian buah anggur.
Contohnya adalah S. Aureus.
 Sarcina : Berbentuk bulat, terdiri dari 8 sel yang tersusun dalam
bentuk kubus sebagai hasil pembelahan sel ke 3 arah.
Contohnya adalah Sarcina sp, Micrococcus luteus.
 Tetracoccus : Berbentuk bulat, tersusun dari 4 sel berbentuk bujur
sangkar, sebagai hasil pembelahan sel kedua arah.
Contohnya : Pediococcus cerevisiae.
2. Basil
 Monobasil : (monobacillus) yaitu hanya terdiri atas satu bakteri bentuk basil
yang hidup soliter (sendiri-sendiri). Contoh bakteri bentuk monobasil
adalah Escherichia coli (membentu pembusukan di dalam colon atau
usus besar) dan Salmonella thyposa (bakteri penyebab penyakit
tipus).
 Diplobasil : (diplobacillus) yaitu bakteri basil yang hidup berpasangan dua-dua.
Contoh bakteri berbentuk diplobasil adalah Renibacterium
salmoninarum.
 Streptobasil : (streptobacillus) yaitu bakteri basil yang hidup berkoloni
memanjang membentuk rantai. Contoh bakteri streptobasil adalah
Acetobacter xylinum yang digunakan dalam pembuatan nata de coco
dan Bacillus anthracis (bakteri penyebab penyakit antraks) dan
Streptobacillus moniliformis.
3. Spiral
 Bentuk koma (vibrio) jika lengkungnya kurang dari setengah lingkaran
 Bentuk spiral jika lengkungnya lebih dari setengah lingkaran
 Bentuk spiroseta berupa spiral yang halus dan lentur, lebih berkelok dengan ujung
lebih runcing

24 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
  Berdasarkan pH
 Mikroba asidofil, adalah kelompok mikroba yang dapat hidup pada pH 2,0-5,0.
 Mikroba mesofil (neutrofil), adalah kelompok mikroba yang dapat hidup pada pH 5,5-
8,0.
 Mikroba alkalifil, adalah kelompok mikroba yang dapat hidup pada pH 8,4-9,5. contoh
pH minimum, optimum, dan maksimum untuk beberapa Jenis bakteri adalah sebagai
berikut menurut (waluyo, 2005) dalam buku berjudul mikrobiologi pangan.

pH
NAMA MIKROBA
MINIMUM OPTIMUM MAKSIMUM
Escherichia coli 4,4 6,0 – 7,0 9,0
Proteus vulgaris 4,4 6,0 – 7,0 8,4
Enterobacter aerogenes 4,4 6,0 – 7,0 9,0
Pseudomonas aeruginosa 5,6 6,6 – 7,0 8,0
Clostridium sporongenes 5,0 – 5,8 6,0 – 7,6 8,5 – 9,0
Nitrosomonas sp 7,0 – 7,6 8,0 – 8,8 9,4
Nitrobacter sp 6,6 7,6 – 8,6 10,0
Thiobaccillus 1,0 2,0 – 2,8 4,0 – 6,0
thiooxidans
Lactobaccillus 4,0 – 4,6 5,8 – 6,6 6,8
acidophilus

 Berdasarkan suhu
 Bakteri psikrofilik adalah bakteri yang hidup dan tumbuh pada suhu rendah yaitu
0° – 30°C dengan suhu optimum 15°C. contoh : pseudomonas, flavobakterium
 Bakteri mesofilik dapat tumbuh pada suhu 25° – 37°C dengan suhu optimum 32°C. dapat
ditemukan di tanah, air, tubuh vertebrata. Contoh : Escherichia coli, staphylococcus
aureus.

25 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
  Bakteri termofilik merupakan jenis bakteri yang dapat tumbuh pada daerah yang suhunya
tinggi, lebih dari 40°C. Temperatur optimumnya antara 55 –60°C. dapat ditemukan di
kawah gunung berapi, dan sumber air panas. Contoh : sulfolobus
 Bakteri hipertermofilik hidup dan tumbuh pada kisaran suhu 65°C − 114°C, dengan suhu
optimum 88°C. dapat ditemukan di sumber air panas. Contoh : thermococcus
gammatolerans.

 Berdasarkan tekanan osmotik

 Hipertonik : mikroorganisme yang apabila pH cairan lebih besar
daripada pH plasma darah, menyebabkan cairan hipertonik
terhadap plasma darah.
 Hipotonic : mikrooganisme yang apabila pH cairan lebih kecil daripada
plasma darah maka cairan bersifat hipotonik terhadap plasma
darah.
 Halofilik : salah satu mikroorganisme ekstrimofil yang dapat tumbuh
secara optimal di lingkungan yang tinggi dan membutuhkan
kadar garam tinggi untuk dapat tumbuh secara optimal.
Contohnya Halobacterium.
 Obligat halofilik : bskteri yang hidup secara baik pada lingkungan yang
mengandung garam dengan konsentrasi lebih dari 2%.
 Fakultatif halofilik : bakteri yang dapat hidup secara baik pada media dengan
kandungan sebesar 2%.
 Berdasarkan flagela
 Atrik : bakteri yang tidak mempunyai flagela.
 Monotric : bakteri yang hanya memiliki satu flagela pada salah satu ujung sel bakteri.
Contohnya adalah Pseudomonas aeruginosa.
 Lofotrik : bakteri yang memiliki dua atau lebih flagella di salah satu ujung sel
bakteri. Contohnya adalah Pseudomonas fluorescens.
 Amfitrik : bakteri yang memiliki dua atau lebih flagella dikedua ujung sel bakteri.
Contohnya adalah Spirillum serpens.
 Peritrik : Bakteri yang memiliki flagella diseluruh permukaan sel bakteri.
Contohnya adalah Salmonella typhi.

26 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
4. Mahasiswa mampu menjelaskan metabolisme bakteri secara umum
A. ANABOLISME DAN KATABOLISME

Metabolisme merupakan seluruh peristiwa reaksi-reaksi kimia yang berlangsung dalam sel
makhluk hidup. Metabolisme terdiri atas dua proses, yaitu anabolisme dan katabolisme.

 Anabolisme adalah penyusunan senyawa kimia sederhana menjadi senyawa kimia

atau molekul komplek (Prawirohartono dan Hadisumarto, 1997). Pada peristiwa ini
diperlukan energi dari luar. Energi yang digunakan dalam reaksi ini dapat berupa
energi cahaya ataupun energi kimia. Energi tersebut, selanjutnya digunakan untuk
mengikat senyawa-senyawa sederhana tersebut menjadi senyawa yang lebih
kompleks. Jadi, dalam proses ini energi yang diperlukan tersebut tidak hilang, tetapi
tersimpan dalam bentuk ikatan-ikatan kimia pada senyawa kompleks yang terbentuk.
Energi yang digunakan dalam anabolisme dapat berupa energi cahaya atau energi
kimia. Anabolisme yang menggunakan energi cahaya dikenal dengan fotosintesis,
sedangkan anabolisme yang menggunakan energi kimia dikenal dengan kemosintesis.

 Katabolisme adalah reaksi pemecahan/pembongkaran senyawa kompleks menjadi

senyawa-senyawa yang lebih sederhana dengan menghasilkan energi yang dapat
digunakan organisme untuk melakukan aktivitasnya. Fungsi reaksi katabolisme
adalah untuk menyediakan energi dan komponen yang dibutuhkan oleh reaksi
anabolisme.

27 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
B. PRODUKSI ENERGI OLEH MIKROBA (RESPIRASI, FERMENTASI DAN
FOTOSINTESIS)
a. Respirasi
1. Respirasi Aerob
a. Glikolisis
Glikolisis merupakan pengubahan glukosa menjadi piruvat dan ATP tanpa
membutuhkan oksigen. Proses glikolisis terdiri atas 10 tahap, yaitu:
a) Tahap 1 : Glukosa yang masuk kedalam sel mengalami fosfolirasi dengan
bantuan enzim heksokinase dan menghasilkan glukosa 6-fosfat.
Untuk keperluan ini ATP diubah menjadi ADP agar diperoleh energi.
b) Tahap 2 : Glukosa 6-fosfat diubah oleh enzim fosfoglukoisomerase menjadi
bentuk isomernya berupa fruktosa 6-fosfat.
c) Tahap 3 : Dengan menggunakan energi hasil perubahan ATP menjadi ADP,
fruktosa 6-fosfat diubah oleh enzim fosfofruktokinase menjadi
fruktosa 1,6-bifosfat.
d) Tahap 4 : Enzim aldolase mengubah fruktosa 1,6-bifosfat menjadi
dihidroksiaseton fosfat dan gliseraldehida fosfat.
e) Tahap 5 : Terjadi perubahan reaksi bolak balik antara dihidroksi aseton fosfat
dengan gliseraldehid fosfat sehingga akhirnya hanya gliseraldehid
fosfat saja yang digunakan untuk reaksi berikutnya.
f) Tahap 6 : Melalui bantuan enzim triosofosfat dehidrogenase, terjadi
perubahan dari gliseraldehid fosfat menjadi 1,3-bifogliserat. Dalam
tahap ini juga terjadi transfer elektron sehingga NAD berubah
menjadi NADH, serta pengikatan fosfat anorganik dari sitoplasma.
g) Tahap 7 : Terjadi perubahan dari 1,3-bifogliserat menjadi 3-fosfogliserat
dengan bantuan enzim fosfogliserokinase. Pada tahap ini juga terjadi
pembentukan dua molekul ATP dengan menggunakan gugus fosfat
yang sudah ada pada reaksi sebelumnya.
h) Tahap 8 : Terjadi perubahan 3-fosfogliserat menjadi 2-fosfogliserat karena
enzim fosfogliseromutase memindahkan gugus fosfatnya.
i) Tahap 9 : Terjadi pembentukan fosfoenol piruvat (PEP) dan 2-fosfogliserat
dengan bantuan enzim enolase, sekaligus juga terjadi pembentukan 2
molekul air.
j) Tahap 10: Terjadi perubahan fosfoenol piruvat (PEP) menjadi asam piruvat
dengan enzim piruvatkinase, serta terjadi pembentukan 2 molekul
ATP
Dengan demikian, pada akhir glikolisis akan dihasilkan 2 molekul asam piruvat
yang berkarbon 3, 2 ATP dan 2 NADH dari setiap perubahan 1 molekul glukosa.

28 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
29 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
b. Dekarboksilasi Oksidatif Asam Piruvat
Dekarboksilasi oksidatif asam piruvat berlangsung didalam mitokondria dan
merupakan reaksi kimia yang mengawali siklus krebs. Dalam peristiwa ini terjadi
perubahan asam piruvat menjadi molekul asetil-KoA. Asetil KoA merupakan
senyawa berkarbon dua. Dalam dua peristiwa ini juga dihasilkan satu molekul
NADH untuk setiap pengubahan molekul asam piruvat menjadi asetil-KoA.

c. Siklus Krebs
Kondisi aerob dalam organisme berlangsung pada dua tahapan berikutnya,
yaitu siklus krebs dan transpor elektron. Pada organisme eukariotik, proses ini
berlangsung pada matriks dalam mitokondira sedangkan pada prokariotik,
berlangsung dalam sitoplasma. Tahapan siklus krebs adalah sebagai berikut:
a) Asam piruvat dari proses glikolisis, selanjutnya masuk ke siklus krebs setelah
bereaksi dengan NAD+ (Nikotinamida adenine dinukleotida) dan ko-enzim A
atau Ko-A, membentuk asetil KoA. Dalam peristiwa ini, CO2 dan NADH
dibebaskan. Perubahan kandungan C dari 3C (asam piruvat) menjadi 2C (asetil
ko-A).
b) Reaksi antara asetil Ko-A (2C) dengan asam oksalo asetat (4C) dan terbentuk
asam sitrat (6C). Dalam peristiwa ini, Ko-A dibebaskan kembali.
c) Asam sitrat (6C) dengan NAD+ membentuk asam alfa ketoglutarat (5C)
dengan membebaskan CO2.
d) Peristiwa berikut agak kompleks, yaitu pembentukan asam suksinat (4C)
setelah bereaksi dengan NAD+ dengan membebaskan NADH, CO2 dan
menghasilkan ATP setelah bereaksi dengan ADP dan asam fosfat anorganik.
e) Asam suksinat yang terbentuk, kemudian bereaksi dengan FAD (Flarine
Adenine Dinucleotida) dan membentuk asam malat (4C) dengan membebaskan
FADH2.
f) Asam malat (4C) kemudian bereaksi dengan NAD+ dan membentuk asam
oksaloasetat (4C) dengan membebaskan NADH, karena asam oksalo asetat
akan kembali dengan asetil ko-A seperti langkah ke 2 di atas. Dapat
30 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
disimpulkan bahwa siklus krebs merupakan tahap kedua dalam respirasi aerob
yang mempunyai tiga fungsi, yaitu menghasilkan NADH, FADH2, ATP serta
membentuk kembali oksaloasetat. Oksaloasetat ini berfungsi untuk siklus krebs
selanjutnya. Dalam siklus krebs, dihasilkan 6 NADH, 2 FADH2, dan 2 ATP.

31 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
d. Transport Elektron
Elektron tersebut berasal dari NADH dan FADH dari suatu substrat ke substrat lain
secara berantai disertai pembentukan ATP melalui proses Fosforilasi oksidatif.
Fosforilasi oksidatif merupakan proses penambahan gugus posfat anorganik ke molekul
ADP. Dalam transpor elektron, yang menjadi penerima elektron terakhir adalah oksigen
sehingga pada akhir peristiwa ini terbentuk O. NADH dan FADH dalam transpor
elektron berfungsi sebagai senyawa pereduksi yangmenghasilkan ion hidrogen. Setiap
molekul NADH yang memasuki rantai transpor elektron akan menghasilkan 3 molekul
ATP, dan setiap molekul FAD akan menghasilkan 2 molekul ATP.

Sehingga didapatkan hasil akhir demikian :

32 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
2. Respirasi Anaerob
a. Fermentasi adalah proses pembebasan energi tanpa oksigen. Ciri-ciri dari
fermentasi adalah:
a) Terjadi pada organisme yang tidak membutuhkan oksigen bebas.
b) Tidak terjadi penyaluran elektron ke siklus krebs dan transpor elektron.
c) Energi (ATP) yang terbentuk lebih sedikit jika dibandingkan dengan respirasi
aerob yaitu 2 molekul ATP setiap mol glukosa.
d) Jalur yang ditempuh ialah glikolisis dan pembentukan alkohol (fermentasi
alkohol) dan pembentukan asam laktat.
e) Menghasilkan produk berupa asam-asam organik, alkohol dan gas.
Organisme anaerobik juga menghasilkan energi, yaitu melalui reaksi-reaksi yang
disebut fermentasi yang menggunakan bahan organik sebagai donor dan akseptor
elektron. Bakteri anaerobik fakultatif dan bakteri anaerobik obligat menggunakan
berbagai macam fermentasi untuk menghasilkan energi. Misalnya pada bakteri
Streptococus lactis menggunakan fermentasi asam laktat untuk perolehan energi yaitu
dengan menguraikan glukosa menjadi asam laktat melalui proses glikolisis, satu
molekul glukosa diubah menjadi dua molekul asam piruvat disertai dengan
pembentukan dua NADH +.
b. Fotosintesis
Fotosintesis adalah suatu proses biokimia pembentukan zat makanan karbohidrat
yang dilakukan oleh tumbuhan, terutama tumbuhan yang mengandung zat hijau
daun atau klorofil. Selain tumbuhan berklorofil, makhluk hidup non-klorofil lain
yang berfotosintesis adalah alga dan beberapa jenis bakteri. Organisme ini
berfotosintesis dengan menggunakan zat hara, karbon dioksida dan air serta
bantuan energi cahaya matahari. Terjadi pada algae, tumbuhan dan beberapa
prokariotik. Terdapat dua reaksi utama, yaitu. Photophosphorylation (reaksi
terang) dan fiksasi karbon dioksida (reaksi gelap).
a) Photophosphorylation (Reaksi terang), Pada reaksi terang, cahaya mengenai
klorofil akan menyebabkan elektron tereksitasi sehingga mempunyai energi
lebih tinggi. Dalam satu rangkaian reaksi kimia, energi tersebut akan diubah
menjadi ATP dan NADPH. Air akan terurai dan melepaskan oksigen sebagai
satu produk reaksi. ATP dan NADPH akan digunakan untuk membuat
karbohidrat pada reaksi gelap.
b) Fiksasi Karbon Dioksida (Reaksi Gelap) Fiksasi karbon dikenal sebagai reaksi
gelap. Enam molekul gas asam arang masuk ke dalam sel melalui stomata dan
akan diikat oleh ribulosa bifosfat (RuBP). RuBP merupakan suatu senyawa
berkarbon 5 yang akan diubah menjadi satu molekul gula. Peristiwa ini terjadi

33 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 di dalam stroma dan telah diperkenalkan oleh Melvin Calvin sehingga
selanjutnya dikenal dengan siklus calvin.

5. Mahasiswa mampu menjelaskan macam-macam pemeriksaan/uji mikrobiologi

Terdapat beberapa cara untuk identifikasi bakteri antara lain :
a. Pemeriksaan Mikroskopis Pemeriksaan langsung digunakan untuk mengamati pergerakan,
dan pembelahan secara biner, mengamati bentuk dan ukuran sel yang alami, yang pada
saat mengalami fiksasi panas serta selama proses pewarnaan mengakibatkan beberapa
perubahan (Koes Irianto, 2006).
b. Pembiakan Bakteri Pembenihan atau media yaitu campuran bahan-bahan tertentu yang
dapat menumbuhkan bakteri, jamur ataupun parasit, pada derajat keasaman dan inkubasi
tertentu. Pembiakan diperlukan untuk mempelajari sifat bakteri untuk dapat mengadakan
identifikasi, determinasi, atau differensiasi jenis-jenis yang ditemukan. Medium
pembiakan terdiri dari:
a) Medium pembiakan dasar Pembiakan dasar adalah medium pembiakan sederhana
yang mengandung bahan yang umum diperlukan oleh sebagian besar mikroorganisme
dan dipakai juga sebagai komponen dasar untuk membuat medium pembiakan lain.
Medium ini dibuat dari 3 g ekstrak daging, 5 g pepton dan 1000 ml air. Dinamakan
juga bulyon nutrisi . Dengen penambahan 15 agar-agar diperoleh apa yang dinamakan
agar nutrisi atau bulyon agar.
b) Medium pembiakan penyubur (Euriched Medium) Medium pembiakan penyubur
dibuat dari medium pembiakan dasar dengan penambahan bahan lain untuk
mempersubur pertumbuhan bakteri tertentu yang pada medium pembiakan dasar tidak
dapat tumbuh dengan baik. Untuk keperluan ini ke dalam medium pembiakan dasar
sering ditambahkan darah, serum, cairan tubuh, ekstrak hati dan otak (Koes Irianto,
2006).
c) Medium pembiakan selektif digunakan untuk menyeleksi bakteri yang diperlukan dari
campuran dengan bakteri-bakteri lain yang terdapat dalam bahan pemeriksaan.
Dengan penambahan bahan tertentu bakteri yang dicari dapat dipisahkan dengan
mudah. Medium pembiakan ini berdasarkan pada sifat kerjanya dapat dibedakan
dalam selektivitas karena perbedaan tumbuh dan selektivitas karena penghambatan.
c. Pewarnaan bakteri pada umumnya bertujuan untuk mempermudah dalam pengamatan
morfologi bakteri dengan bantuan mikroskop. Bakteri umumnya tidak berwarna dan
hampir tidak terlihat karena kurang kontras dengan air dimana mereka mungkin berada.
Pewarnaan sangat dibutuhkan untuk melihat bakteri dengan sangat jelas baik untuk
pengamatan intraseluler maupun morfologi keseluruhan.

Teknik Pewarnaan pada bakteri dibedakan menjadi empat macam, yaitu :

34 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
a) Pewarnaan sederhana

Pewarnaan sederhana adalah pewarnaan yang menggunakan pewarna tunggal.

Pewarna tunggal yang biasanya digunakan dalam pewarnaan sederhana adalah
Methylene Blue, Basic Fuchsin, dan Crystal Violet. Semua pewarna tersebut dapat
bekerja dengan baik pada bakteri karena bersifat basa dan alkalin (komponen
kromoforiknya bermuatan positif), sedangkan sitoplasma bakteri bersifat basofilik
(suka terhadap basa) sehingga terjadilah gaya tarik antara komponen kromofor pada
pewarna dengan sel bakteri, hal tersebut menyebabkan bakteri dapat menyerap
pewarna dengan baik.

Pewarnaan sederhana bertujuan untuk memberikan kontras antara bakteri dan

latar belakang. Pewarnaan sederhana dilakukan ketika kita ingin mengetahui
informasi tentang bentuk dan ukuran sel bakteri.

b) Pewarnaan negative

Pewarnaan Negatif adalah pewarnaan yang menggunakan pewarna asam seperti

Negrosin, Eosin, atau Tinta India sebagai pewarna utama. Pewarnaan negatif
dilakukan pada bakteri yang sukar diwarnai oleh pewarna sederhana seperti
spirochaeta. Pewarnaan negatif bertujuan untuk memberi warna gelap pada latar
belakang dan tidak memberi warna pada sel bakteri. Hal tersebut dapat terjadi
karena pada pewarnaan negatif, pewarna yang digunakan adalah pewarna asam dan
memiliki komponen kromoforik yang bermuatan negatif, yang juga dimiliki oleh
sitoplasma bakteri. Sehingga pewarna tidak dapat menembus atau berpenetrasi ke
dalam sel bakteri karena negatif charge pada permukaan sel bakteri. Pada
pewarnaan negatif ini, sel bakteri terlihat transparan (tembus pandang).

c) Pewarnaan diferensial

Pewarnaan Diferensial adalah teknik pewarnaan yang dilakukan untuk mengetahui

perebedaan antara sel-sel dari tiap-tiap mikroba. Pewarnaan diferensial
menggunakan dua pewarna atau lebih. Pewarnaan diferensial antara lain meliputi :

Pewarnaan Gram

Pewarnaan gram digunakan untuk membedakan bakteri gram positif dan

bakteri gram negatif berdasarkan sifat fisik dan kimia dinding sel bakteri.
Pewarnaan gram menggunakan pewarna utama Kristal Violet dan pewarna

35 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
tandingan Safranin. Keberhasilan metode ini sangat bergantung pada dinding
sel, maka dari itu metode ini tidak dapat dilakukan pada bakteri yang tidak
memiliki dinding sel seperti genus nacordia dan mycoplasma.

Metode ini diberi nama berdasarkan penemunya, ilmuwan Denmark Hans

Christian Gram (1853–1938) yang mengembangkan teknik ini pada tahun 1884
untuk membedakan antara pneumokokus dan bakteri Klebsiella pneumoniae.
Tujuan dari pewarnaan adalah untuk memudahkan melihat bakteri dengan
mikroskop, memperjelas ukuran dan bentuk bakteri, untuk melihat struktur luar
dan struktur dalam bakteri seperti dinding sel dan vakuola, menghasilkan sifat-
sifat fisik dan kimia yang khas daripada bakteri dengan zat warna, serta
meningkatkan kontras mikroorganisme dengan sekitarnya.

Pewarnaan ini dapat membagi bakteri menjadi gram positif dan gram
negatif berdasarkan kemampuannya untuk menahan pewarna primer (kristal
ungu) atau kehilangan warna primer dan menerima warna tandingan (safranin).
Bakteri gram positif menunjukkan warna biru atau ungu dengan pewarnaan ini,
sedangkan bakteri gram negatif menunjukkan warna merah.

Perbedaan respon terhadap mekanisme pewarnaan gram pada bakteri

adalah didasarkan pada struktur dan komposisi dinding sel bakteri. Bakteri gram
positif mengandung protein dan gram negatif mengandung lemak dalam
presentase lebih tinggi dan dinding selnya tipis. Pemberian alkohol (etanol)
pada praktikum pewarnaan bakteri, menyebabkan terekstraksi lipid sehingga
memperbesar permeabilitas dinding sel. Pewarnaan safranin masuk ke dalam sel
dan menyebabkan sel menjadi berwarna merah pada bakteri gram negatif
sedangkan pada bakteri gram positif dinding selnya terdehidrasi dengan
perlakuan alkohol, pori – pori mengkerut, daya rembes dinding sel dan
membran menurun sehingga pewarna safranin tidak dapat masuk sehingga sel
berwarna ungu, yang merupakan warna dari Kristal Violet.

Perbedaan dinding sel bakteri gram positif daan bakteri gram negatif :

36 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
Hasil pengamatan preparat bakteri gram postif dan gram negatif pada mikroskop :

S. aureus, gram positif E. Coli, gram negatif

Pewarnaan tahan asam

Beberapa spesies bakteri pada genus Mycobacterium, Cryptosporidium

dan Nocardia tidak dapat diwarnai dengan pewarnaan sederhana. Namun,
mikroorganisme ini dapat diwarnai dengan menggunakan Karbol Fuchsin yang
dipanaskan. Panas membuat pewarna dapat terserap oleh sel bakteri karena
panas dapat menghilangkan lapisan lilin pada dinding sel bakteri. Sekali bakteri
tahan asam menyerap karbol fuchsin, maka akan sangat sulit untuk dilunturkan
dengan asam-alkohol, oleh karena itu merka disebut bakteri tahan asam.

Bakteri tahan asam memiliki kadar lemak (asam mycolic) yang tinggi
pada dinding sel mereka. Pada pewarnaan bakteri asam menggunakan metode
Ziehl-Neelsen (juga disebut Hot Stain), bakteri tahan asam akan berwarna
merah karena menyerap pewarna karbol fuchsin yang dipanaskan, karena pada
saat pemanasan dinding sel bakteri yang memiliki banyak lemak membuka

37 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 sehingga pewarna dapat terserap. Namun tidak dapat dilunturkan dengan asam
alkohol karena pada saat suhu normal lemak pada dinding sel bakteri kembali
menutup, sehingga ketika diwarnai dengan pewarna tandingan, yaitu Methylene
Blue, warnanya tetap merah. Berbeda dengan bakteri tidak tahan asam, ia akan
menyerap pewarna tandingan yaitu methylene blue sehingga berwarna biru.

Pada metode Kinyoun-Gabbet, tidak perlu dilakukan pemanasan, maka

dari itu metode Kinyoun-Gabbet juga disebut Cold Stain. Metode Kinyoun-
Gabbet tidak perlu dilakukan dengan pemanasan karena pada pewarna Kinyoun
terdapat alkali fuchsin dengan konsentrasi yang tinggi, sehingga walau tanpa
pemanasan dapat menghilangkan lapisan lilin pada dinding sel bakteri tahan
asam. Komposisi Kinyoun antara lain: alkali fuchsin, fenol, alkohol 95%, dan
aquades. Sebagai pewarna tandingan adalah Gabbet, yang memiliki komposisi
antara lain : methylene blue, asam sulfat 96%, alkohol murni, dan aquades.
Sama seperti pada metode Ziehl-Neelsen, bakteri tahan asam akan berwarna
merah, sedangkan bakteri tidak tahan asam akan berwarna biru.

1. Pewarnaan structural

Pewarnaan struktural ditujukan untuk melihat bagian tertentu bakteri. Yang

termasuk dalam pewarnaan struktural ialah :

a. Pewarnaan spora

Ada dua genus bakteri yang dapat membentuk endospora, yaitu genus
Bacillus dan genus Clostridium. Struktur spora yang terbentuk di dalam tubuh
vegetatif bakteri disebut sebagai “endospora” (endo : dalam, spora : spora) yaitu
spora yang terbentuk di dalam tubuh. Secara sederhana, dapat dikatakan bahwa
endospora merupakan sel yang mengalami dehidrasi dengan dinding yang
mengalami penebalan serta memiliki beberapa lapisan tambahan.

Dengan adanya kemampuan untuk membentuk spora ini, bakteri tersebut

dapat bertahan pada kondisi yang ekstrim.Menurut Pelczar (1986) bakteri yang
dapat membentuk endospore ini dapat hidup dan mengalami tahapan-tahapan
pertumbuhan sampai beberapa generasi, dan spora terbentuk melalui sintesis
protoplasma baru di dalam sitoplasma sel vegetatifnya.

38 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Menurut Volk & Wheeler (1988), dalam pengamatan spora bakteri
diperlukan pewarnaan tertentu yang dapat menembus dinding tebal spora.
Contoh dari pewarnaan yang dimaksudkan tersebut adalah dengan penggunaan
larutan Hijau Malakit 5%, dan untuk memperjelas pengamatan, sel vegetatif
juga diwarnai dengan larutan Safranin 0,5% sehingga sel vegetatif ini berwarna
merah, sedangkan spora berwarna hijau. Dengan demikian ada atau tidaknya
spora dapat teramati, bahkan posisi spora di dalam tubuh sel vegetatif juga dapat
diidentifikasi. Namun ada juga zat warna khusus untuk mewarnai spora dan di
dalam proses pewarnaannya melibatkan proses pemanasan, yaitu; spora
dipanaskan bersamaan dengan zat warna tersebut sehingga memudahkan zat
warna tersebut untuk meresap ke dalam dinding pelindung spora bakteri.

Beberapa zat warna yang telah disebutkan di atas, dapat mewarnai spora
bakteri, tidak lepas dari sifat kimiawi dinding spora itu sendiri. Semua spora
bakteri mengandung asam dupikolinat, yang mana subtansi ini tidak dapat
ditemui pada sel vegetatif bakteri, atau dapat dikatakan, senyawa ini khas
dimiliki oleh spora. Dalam proses pewarnaan, sifat senyawa inilah (asam
dupikolinat) yang kemudian dimanfaatkan untuk diwarnai menggunakan
pewarna tertentu, dalam hal ini larutan hijau malakit. Sedangkan menurut
Pelczar (1986), selain subtansi di atas, dalam spora bakteri juga terdapat
kompleks Ca2+ dan asam dipikolinan peptidoglikan.

Terdapat beberapa metode pewarnaan spora bakteri, diantaranya yaitu

metode Schaeffer-Fulton dan metode Dorner. Pada metode Schaeffer-fulton,
pewarna yang digunakan adalah hijau malaksit dan safranin, sedangkan pada
metode Dorner, pewarna yang digunakan adalah carbol fuchsin yang dipanaskan
dan negrosin.

Hasil pengamatan preparat pewarnaan spora bakteri :

39 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Keterangan :

a) Pewarnaan Spora menggunakan metode Schaeffer-Fulton. Pada pewarnaan

ini, spora berwarna hijau dan vegetatif berwarna merah.
b) Pewarnaan spora menggunakan metode Dornen. Pada pewarnaan ini, spora
berwarna merah sedangkan vegetatif tidak berwarna (transparan).
b. Pewarnaan kapsul

Beberapa jenis bakteri mengeluarkan bahan-bahan yang amat berlendir dan

lengket pada permukaan selnya, dan melengkungi dinding sel. Bila bahan
berlendir tersebut kompak dan tampak sebagai suatu bentuk yang pasti (bundar/
lonjong) maka disebut kapsul, tetapi bila bentuknya tidak teratur dan kurang
menempel dengan erat pada sel bakteri disebut selaput lendir.

Kapsul dan lendir tidaklah esensial bagi kehidupan sel, tapi dapat berfungsi
sebagai makanan cadangan, perlindungan terhadap fagositosis (baik dalam
tubuh inang maupun dialam bebas) atau perlindungan terhadap dehidrasi.
Kemampuan menghasilkan kapsul merupakan sifat genetis, tetapi produksinya
sangat dipengaruhi oleh komposisi medium tempat ditumbuhkannya sel-sel
yang bersangkutan. Komposisi medium juga dapat mempengaruhi ukuran
kapsul. Ukuran kapsul berbeda-beda menurut jenis bakterinya dan juga dapat
berbeda diantara jalur-jalur yang berlainan dalam satu spesies.

Pada beberapa jenis bakteri adanya kapsul sebagai petunjuk virulensi.

Semua kapsul bakteri tampaknya dapat larut dalam air. Komposisi kimiawi
kapsul ada yang berupa glukosa (misalnya dektrosa pada leokonostok
mesendteroides), polimer gula amino (misalnya asam hialuronat pada
Staphylococcus piogenik), polipeptida (misalnya polimer asam D-glutamat pada
Bacillus antraksis) atau kompleks polisakarida, dan glikoprotein (misalnya B
disentri).

Pewarnaan kapsul tidak dapat dilakukan sebagaimana melakukan pewarnaan

sederhana, pewarnaan kapsul dilakukan dengan menggabungkan prosedur dari
pewarnaan sederhana dan pewarnaan negatif. Masalahnya adalah ketika kita
memanaskan prepat dengan suhu yang sangat tinggi kapsul akan hancur,
sedangakan apabila kita tidak melakukan pemanasan pada preparat, bakteri akan
40 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
tidak dapat menempel dengan erat dan dapat hilang ketika kita mencuci
preparat.

Pewarnaan kapsul menggunakan pewarna Kristal Violet dan sebagai

pelunturnya adalah Copper Sulfate. Kristal violet memberikan warna ungu
gelap terhadap sel bakteri dan kapsul. Namun kapsul bersifat nonionic, sehingga
pewarna utama tidak dapat meresap dengan kuat pada kapsul bakteri. Copper
sulfate bertindak sebagai peluntur sekaligus counterstain, sehingga mengubah
warna yang sebelumnya ungu gelap menjadi biru muda atau pink. Maka dari itu
pada pewarnaan kapsul, kapsul akan transparan sedangakan sel bakteri dan latar
belakangnya akan berwarna biru muda atau pink.

Hasil pengamatan preparat pada pewarnaan bakteri berkapsul :

41 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
c. Pewarnaan granula

Ada beberapa metode pewarnaan granula, diantaranya adalah Loeffler,

Albert dan Neisser. Dari ketiga metode tersebut, metode yang sering digunakan
adalah metode Neisser, sedangkan metode Albert dan Loeffler kurang popular
karena tidak diajarkan pada praktikum mikrobiologi.

Granula metakromatik disebut juga granula volutin. Granula metakromatik

tidak hanya ditemukan pada Corynebacterium diphteriae tetapi juga di beberapa
bakteri selain bakteri tersebut, fungi, algae, dan protozoa. Granula metakromatik
mengandung polifosfat, asam ribonukleat, dan protein. Granula metakromatik
sangat mungkin mempunyai fungsi sebagai sumber cadangan energi.

Metode Neisser menggunakan pewarna neisser A, neisser B, dan neisser C.

Neisser A mengandung biru metilen, alkohol 96%, asam pekat dan aquades.
Neisser B mengandung kristal violet, alkohol 96%, dan aquades. Sedangkan
neisser C mengandung crysoidine dan aquades. Pada metode neisser, granula
bakteri berwarna biru gelap atau biru hitam (warna dari neisser A ditambah
neisser B), sedangkan sitoplasma bakteri berwarna kuning kecoklatan (warna
dari neisser C). berikut adalah hasil pengamatan preparat pewarnaan bakteri
bergranula:

d. Pewarnaan flagella

Flagel merupakan salah satu alat gerak bakteri. Flagel mengakibatkan

bakteri dapat bergerak berputar. Penyusun flagel adalah sub unit protein yang
disebut flagelin, yang mempunyai berat molekul rendah. Berdasarkan jumlah
dan letak flagelnya, bakteri dibedakan menjadi monotrik, lopotrik, amfitrik,
peritrik dan atrik.
42 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 Prinsip pewarnaan flagella adalah membuat organel tersebut dapat dilihat
dengan cara melapisinya dengan mordant dalam jumlah yang cukup. Dua
metode pewarnaan flagella, yaitu metode Gray dan metode Leifson. Metode
Gray digunakan untuk mendapat hasil yang lebih baik dan mengena walaupun
dalam metode ini tidak dilakukan pencelupan yang khusus. Pada pewarnaan
flagella larutan kristal violet bertindak sebagai pewarna utama, sedangkan asam
tannic dan alumunium kalium sulfat bertindak sebagai mordant. Kristal violet
akan membentuk endapan disekitar flagel, sehingga meningkatkan ukuran nyata
flagel.

43 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 BAB 4. PENUTUP
4.1 Kesimpulan

Struktur sel bakteri memiliki karakteristik yang unik. Ultrastruktur bakteri dibagi menjadi
tiga regio :
 Regio Appendages : flagella, fili, fimbrae
 Regio Cell Envelope : kapsul, dinding sel, membran plasma
 Regio cytoplasmic : sitoplasma, DNA, RNA, plasmid, ribosom, badan inklusi,
Endospora
Setiap komponen penyusun sel bakteri tersebut memiliki struktur dan fungsi yang khsusus
untuk mendukung kelangsungan hidup, pertumbuhan, virulensi serta pertahanan bakteri dari
tekanan (stress) lingkungan. Berdasarkan komponen penyusun dinding sel, maka bakteri dapat
dikelompokkan menjadi bakteri Gram positif yang memiliki satu lapisan tunggal peptidoglikan
dan bakteri Gram negatif yang memiliki tiga lapisan yaitu membran luar, dinding sel dan
membran plasma. Peptidoglikan merupkan komponen utama dari bakteri Gram posistif,
sedangkan lipid merupakan komponen terbesar penyusun bakteri Gram negatif. Hal ini
menyebabkan patogenesis bakteri berbeda – beda di lingkungan host yang berbeda – beda pula.
Beberapa tipe sel bakteri memiliki kelengkapan tambahan seperti mesosom yang merupakan
pelipatan membran plasma ke bagian dalam yang diduga berfungsi sebagai fungsi khusus dan
endospora yang memiliki struktur yang tahan terhadap panas sebgai adaptasi sel ketika berada
dalam lingkungan yang tidak menguntungkan bagi pertumbuhannya.

44 | L a p o r a n S k e n a r i o 1
 DAFTAR PUSTAKA

Alberts, Bruce, Hopkin Johnson, Lewis Raff, Roberts Walter. 2009. Essential Cell
Biology: 3rd Edition. Retrieved on July 20 2015
fromhttp://www.garlandscience.com
Coscun, Unal, kai Simons. 2011. Cell Membrans: The Lipid Perspective. Retrieved on
September 7 2017 from https://publications.mpi-cbg.de/Coskun_2011_4586.pdf
Murwani, Sri. 2015. Dasar-dasar Mikrobiologi Veteriner. Malang : Universitas Brawijaya
Press (UB Press).
Brooks, Geo F., Janet S. Butel, Stephen A. Morse. (2008). Mikrobiologi Kedokteran
Jawetz, Melnick, & Adelberg (Eds. 23). Alih bahasa oleh: Huriawati Hartanto et al.
Jakarta: EGC.
Cano, R.J. dan Colom, J.S. (1986). Microbiology. St. Paul, MN: West Publishing
Company.
Fardiaz, S. (1989). Mikrobiologi Pangan. Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia: Pusat
Antar-Universitas Pangan dan Gizi.
Frazier, W.C. dan Westhoff, D.C. (1979). Food Microbiology. New Delhi, India: Tata
McGraw Hill Company, Ltd.
Tortura, G.J., Funke, B.R. dan Case, C.L. Microbiology. An Introduction. Menlo Park, CA.:
The Benjamin/Cummings Publishing Company, Incu
Youtube.com “Cell Wall Synthesis” EDUKESH Channel
Youtube.com “Peptidoglycan Biosynthesis” McGraw-Hill Animations Channel

45 | L a p o r a n S k e n a r i o 1