ENZIM TANAH

Jenis dan aktivitasnya

Penggunaan Enzim Tanah dalam
hubungan tanaman dan lingkungan

BIOLOGI TANAH S2 1
 ENZIM TANAH
• Sejarah penelitian enzim tanah
• Sifat dan fungsi enzim
• Jenis enzim (intra dan ekstra seluler)
• Nomenclature Enzim
• Pengukuran aktivitas enzim (Km)
• Deskripsi enzim tanah
• Enzim utama dalam tanah
• Sumber enzim dalam tanah
• Penggunaan Enzim Tanah dalam
hubungan tanaman dan lingkungan
BIOLOGI TANAH S2 2
 Sejarah penelitian enzim tanah
• Louis Pasteur tahun 1860 menyatakan bahwa fermentasi dikatalisir
oleh enzim yang berkaitan erat dengan struktur dan proses hidup
dari sel ragi
• Edward Buchner tahun1897 memperlihatkan bahwa enzim terlibat
dalam fermentasi alkohol yang dapat diekstrak dari sel ragi dan
dapat berfungsi secara terpisah dari sel
• Pertama kali dilaporkan oleh WOODS (1899) pada Annual Meeting
of The American Association for the Advancement of Science in
Columbus OHIO.
• Namun demikian sedikit sekali kemajuan dicapai sampai tahun 1950
• Berbagai reaksi enzimatik diperoleh baru setelah tahun 1950
• Sejarah tentang sejarah penelitian enzim tanah ditulis oleh
SKUJINS (1978).

BIOLOGI TANAH S2 3
 References
Burns, R.G. (1982). Enzyme activity in soil: Location and a
possible role in microbial ecology. Soil Biol. Biochem. 14: 423-
427.
Kiss, S., Dracan-Bularda, M., and Radulescu, D. (1975).
Biological significance of enzymes accumulated in soil. Adv.
Agron. 27: 25-87
Nannipieri, P. (1994) The potential use of soil enzymes as
indicators of soil productivity, sustainability, and pollution. In:
Soil biota: management in sustainable farming systems.
Tabatabai, M. A. (1994). Soil enzymes. In “Methods of Soil
Analysis” (R. W. Weaver, J. S. Angle, and P. S. Bottomley, eds.).
Part 2. Microbiological and biochemical properties. p. 775-833.
SSSA Book Series No. 5, Soil Sci. Soc. Am., Madison, WI.

BIOLOGI TANAH S2 4
BIOLOGI TANAH S2 5
BIOLOGI TANAH S2 6
 Definisi Enzim

 Enzim (E) – Suatu protein yang diproduksi oleh

sel yang bertindak sebagai katalis
 Enzim merupakan protein yang dapat
mempercepat reaksi dengan mengurangi
energi aktivasi dari reaksi
 Substrat (S) – Suatu senyawa yang dikatalisir
oleh enzim

BIOLOGI TANAH S2 7
 Enzim

E + S ES E+P
BIOLOGI TANAH S2 8
DESKRIPSI ENZIM
• JENIS ENZIM

Berdasarkan keberadaannya dikenal

• ENZIM INTRA SELULAR
Berada dalam sel

• ENZIM EKSTRASELULAR
Dikeluarkan dari dalam sel untuk degradasi polymer

Berdasarkan kebutuhan dikenal

• ENZIM KONSTITUTIF
Biasanya selalu dibutuhkan dan ada dalam sel

• ENZIM INDUKTIF
Hanya diproduksi bila dibutuhkan dan diatur oleh gen
khusus BIOLOGI TANAH S2 9
 Biomassa mikrobia
Dekomposisi dan mineralisasi dan komposisi
komunitas

Daun/ akar Penghanyutan serasah

yang menua (soluble), fragmentasi Kolonisasi mikrobia
(organik N) & pencampuran oleh
arthropods
Aktivitas enzim
ekstraseluler

Melepaskan senyawa
Mikrobia inorganik ( yang
melepaskan dibutuhkan tanaman
enzim seperti ammonium or
ekstraseluler nitrate (i.e.,
Immobilisasi atau
untuk degradasi mineralisasi)
pelepasan unsur hara
ikatan glukosidik BIOLOGI TANAH S2 10
JENIS ENZIM

• Enzim yang ditemukan dalam tanah

terutama berasal dari mikroorganisme,
tanaman atau fauna tanah.
• Berdasarkan aktivitas dan
keberadaannya dibedakan atas enzim
ekstraseluar dan intra selular yang
berhubungan dengan enzim
metabolisme dan perbanyakan sel,
Keduanya baik sebagai enzim
konstitutif maupun induktif terdapat
dalam tanah BIOLOGI TANAH S2 11
 SUMBER ENZIM DALAM TANAH

 Tumbuhan, hewan tanah, dan mikroorganisme

 Enzime yang terakumulasi dalam tanah
merupakan :
 Enzim bebas (Exoenzymes)
 Endoenzime (cytoplasm, periplasm)

Kiss et al. 1975

BIOLOGI TANAH S2 12
 JENIS ENZIM
• Enzim konstitutif adalah enzim yang selalu ada
dalam jumlah yang relatif konstan dalam sel dan
aktivitasnya tidak dipengaruhi oleh penambahan
substrat. Contohnya enzim Pyrophosphatase.
• Enzim Induktif merupakan enzim yang sangat sedikit
jumlahnya dalam sel tetapi segera meningkat
jumlahnya jika substrat yang dikatalisir meningkat
jumlahnya.
• Enzim Induktif berperan penting dalam pengaturan
atau dekomposisi senyawa organik yang
ditambahkan ke dalam tanah. Enzim
polysaccharidase (selulase) merupakan enzim yang
induktif
BIOLOGI TANAH S2 13
SIFAT DAN KHARAKTERISTIK ENZIM

• PERTAMA, Merupakan katalis terefisien yang dikenal

yang dapat meningkatkan kecepatan reaksi jutaan kali
atau lebih tanpa mengalami alterasi permanen
dibandingkan dengan reaksi tanpa enzim.
• KEDUA, reaksi yang dikatalisir enzim sangat spesifik
• KETIGA, enzim dikendalikan oleh produk oleh sebab itu
bertindak mengendalikan aliran dan konsentrasi
metabolis.
• KEEMPAT, enzim bereaksi pada kondisi fisiologis
normal (temperatur dan tekanan).

BIOLOGI TANAH S2 14
 AKTIVITAS ENZIM TANAH

• Dapat digunakan sebagai pengukur aktivitas

enzimatik komunitas mikroorganisme tanah

• Digunakan sebagai pengukur dampak lingkungan

terhadap aktivitas mikroorganisme tanah

• Pengukuran aktivitas enzimatik kadangkala dapat

menggambarkan aktivitas enzimatik baik didalam
atau diluar sel

BIOLOGI TANAH S2 15
FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI
AKTIVITAS ENZIM

a. pH , mempengaruhi konformasi enzim (aktif

atau inaktif)
b. Temperatur, mempengaruhi konformasi dan
aktivitas enzim
c. Aktivitas mikrobia dan ketersediaan karbon
mempengaruhi produksi enzim baru
d. Kedalaman tanah, makin sedikit
mikrorganisme dan enzim ditemukan seiring
dengan kedalaman dari permukaan tanah

BIOLOGI TANAH S2 16
 Pengukuran Aktivitas Enzim
Tanah…

• Untuk mengukur aktivitas enzim terimmobilisasi,

sejumlah tertentu substrat dapat ditambahkan ke
dalam tanah. Kecepatan pembentukan produk
sebagi hasil kerja enzim dapat ditentukan atau
diukur
• Dalam pengukuran ini haruslah dipisahkan
aktivitas enzim extracellular dari aktivitas enzim
yang berasosisasi dengan enzim dalam sel.

BIOLOGI TANAH S2 17
Cara pemisahan aktivitas enzim tersebut adalah :

1. Secara kimia penggunaan toluene yang

menghambat perbanyakan mikrobia dapat
ditambahkan ke dalam tanah
2. Lamanya waktu reaksi diperpendek untuk
mengurangi peluang peningkatan jumlah
mikrobia
3. Diusahakan agar sel mikrobia tidak rusak.
Sangat tidak diharapkan sel mikrobia rusak,
karena enzim yang ada dalam sitoplasmik
dapat lepas keluar sel

BIOLOGI TANAH S2 18
 Immobilized soil enzyme…

Protein/enzim yang terikat pada koloid mineral

- Tidaklah aktif sebagaimana enzim bebas yang

berada dalam larutan

- Tetapi lebih stabil terhadap perubahan lingkungan

seperti temperatur, perombakan oleh protease, etc.
dibandingkan enzim yang terlarut dalam larutan

BIOLOGI TANAH S2 19
 Immobilized soil enzyme…

Enzim terikat pada koloid tanah (ex. Liat

dan bahan humik) dapat terjadi melalui:
- Interaksi ionik
- Ikatan kovalent
- Ikatan Hydrogen
- Penjerapan enzim oleh koloid tanah
- Mekanisme lainnya

BIOLOGI TANAH S2 20
BIOLOGI TANAH S2 21
BIOLOGI TANAH S2 22
BIOLOGI TANAH S2 23
 Reaksi enzim tertentu
 Hidrolisis ikatan C:
b-Glucosidase mengkatalisir tahap akhir
hidrolisis selulosa
HOH 2C
O HOH 2C
HO
b-glucosidase HO
O
HO O-R + H2O
OH HO OH + R-OH
OH

p-nitrophenyl-b-D-glucoside b-glucoside p-nitrophenol

R= NO 2

BIOLOGI TANAH S2 24
  Mineralisasi Nitrogen

Aminization Ammonification Nitrification

RNH2 NH4+ NO2- NO3- + energy

i.e.=Proteins

BIOLOGI TANAH S2 25
 Dalam tanah Aminisasi dimulai
dengan pelepasan asam amino dari
bahan organik

Amino acid Ammonification Nitrification

Amidohydrolases
Arylamidase Amino acid NH4+ NO2- NO3- + E
activity:
activity (RNH2)
e.g.,
L-Glutaminase activity
L-Asparaginase activity
L-Aspartase activity

BIOLOGI TANAH S2 26
 Arylamidase Activity
NH2

O
NHCCHCH2CH(CH3)2
b-Naphthylamine
NH2 Arylamidase

+ H2O
+
HOOC

CHCH2CH(CH3)2
L-Leucine b-naphthylamide NH2
(Substrate for assay)

Leucine
BIOLOGI TANAH S2 27
 L-Asparaginase activity

COOH COOH

+ H 2O L-Asparaginase
HC NH2 HC NH2 + NH3.

CH2 CH2

CO COOH

NH2

BIOLOGI TANAH S2 28
 L-Aspartase activity

COOK COOK
L-Aspartase
HC NH2 + H2O CH + NH3.

CH2 CH

COOH COOH

BIOLOGI TANAH S2 29
 L-Glutaminase activity

COOH COOH

H C NH2 H C NH2 + NH3.

+ H2O L-Glutaminase

CH2 CH2

CH2 CH2

CO COOH

NH2

BIOLOGI TANAH S2 30
 Amidase activity

Amidase
RCONH2 + H 2O NH3 + RCOOH

BIOLOGI TANAH S2 31
 b-Glucosiminidase Activity in Soils

HO
O HO
O O
HO
NH
O-R + H 2O
b-Glucosaminidase HO
HO OH + R-OH
NH
C=O
C=O
CH3
CH3

p-Nitrophenyl-N-acetyl-b -D- glucosaminide N -acetyl-b-D-glucosaminide p-nitrophenol

(Substrate for assay)

R= NO2

BIOLOGI TANAH S2 32
 Urease activity

O
Urease
NH2C NH2 CO2 + 2NH3
H2O

BIOLOGI TANAH S2 33
 Selected enzyme reactions
 Phosphorus mineralization
O O
Acid or alkaline
RO P O + H 2O phosphatase HO P O + ROH
O O

OH OH
O P OR1 + H 2O Phosphodiesterase O P OH + R1OH
OR2 OR2

BIOLOGI TANAH S2 34
  Sulfur mineralization
HOH 2C
O HOH 2C
HO O
HO O-R HO
+ H2O
OH HO OH + R-OH
_
ROSO3 + H2O Arylsulfatase ROHOH
+ H + + SO4 2-.
p-nitrophenyl-b-D-glucoside b-glucoside p-nitrophenol
Arylsulfatase is believed to be partly responsible for S
cycling in soils as it is involved in the mineralization of
organic sulfur compounds to inorganic forms (SO42-) for
plant uptake (Tabatabai, 1994).
 R= aryl group R= NO 2

 Substrate for assay= p-nitrophenyl sulfate

BIOLOGI TANAH S2 35
 Nomenklatur Enzim
• Dalam penamaan atau nomenklatur setiap
nama enzim diberi akhiran ase pada nama
senyawa yang dikatalisir
• Sebagai contoh, urease mengkatalisir konversi
urea menjadi CO2 dan air
• Enzim lainnya diberi nama berdasarkan bentuk
ikatan kimia yang terlibat dalam reaksi atau jenis
perubahan kimia yang terjadi pada molekul
sebagai suatu hasil. e.g trypsin and pepsin

BIOLOGI TANAH S2 36
Nomenklatur Enzim

• Agar lebih sistematis dan tidak membingungkan

dalam penamaan dan identifikasi ratusan ribu
enzim yang ditemukan maka penamaan enzim
oleh the International Enzyme Commission
(EC) menggunakan sistem klasifikasi tahun
1964 yang secara terus menerus diperbaiki dan
diperbaharui. Website yang dapat anda kunjungi
• http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/i
ndex.html

BIOLOGI TANAH S2 37
Nomenklatur Enzim

• Agar lebih sistematis dan tidak membingungkan

dalam penamaan dan identifikasi ratusan ribu
enzim yang ditemukan maka penamaan enzim
oleh the International Enzyme Commission
(EC) menggunakan sistem klasifikasi tahun
1964 yang secara terus menerus diperbaiki dan
diperbaharui. Website yang dapat anda kunjungi
• http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/i
ndex.html

BIOLOGI TANAH S2 38
Nomenklatur Enzim

• Enzim dibagi atas 6 kelas berdasarkan

atas jenis reaksi yang dikatalisir
• Enam kelas tersebut kemudian dibagi lagi
atas subklas dan sub-subklas

BIOLOGI TANAH S2 39
KELAS JENIS ENZYME REAKSI YANG DIKATALISIR

I OXIDO- REAKSI OKSIDASI-REDUKSI

REDUCTASE

II TRANSFERASE TRANSFER GROUP FUNGSIONAL SUATU

MOLEKUL KE BENTUK LAIN

III HYDROLASE HYDROLYSIS SUATU MOLEKUL POLYMER

MENJADI MONOMER PENYUSUNNYA

IV LYASE ATAU PENAMBAHAN SUATU RANTAI GANDA

SYNTHETASE LYASE UNTUK MENGURANGI
SYNTHASE UNTUK MEMPERBANYAK

V ISOMERASE ISOMERASI SUATU MOLEKUL

VI LIGASE PENYATUAN SUATU MOLEKUL DENGAN

PENGGUNAAN ATP

BIOLOGI TANAH S2 40
 KLAS ENZIME

I II III IV V VI

O T H L I L
OXIDO-REDUTASE
LIGASE

TRANFERASE
ISOMERASE
HYDROLASE

LYASE

BIOLOGI TANAH S2 41
 Enzyme biasa ditulis dengan nama dan diikuti
oleh nomor urut (indeks EC)

Sebaga I contoh :
ENDOGLUCANASE (EC 3.2.1.4)

No. urut I merupakan kelas enzyme

urut II merupakan group yang terlibat
urut III sifat/ karakter yang jelas dari group
yang dikatalisir
urut IV nomor urut pendaftaran

BIOLOGI TANAH S2 42
Nomenklatur Enzim

1. Oxidoreductases (reaksi oksidasi-

reduksi)
• 1.1 Terhadap grup fungsional > CH-OH
• 1.2 Terhadap grup fungsional > C=O
• 1.3 Terhadap grup fungsional > C=CH
• 1.4 Terhadap grup fungsional > CH-NH2
• 1.5 Terhadap grup fungsional > CH-NH-
• 1.6 Terhadap grup fungsional NADH, NADPH

BIOLOGI TANAH S2 43
Common Names for: List linked to:

EC 1.1 to EC 1.3 separate up to 50

EC 1.4 to EC 1.97 separate up to 50

EC 2.1 to EC 2.4.1 separate up to 50

EC 2.4.2 to EC 2.9 separate up to 50

EC 3.1 to EC 3.3 separate up to 50

EC 3.4 to EC 3.12 separate up to 50

EC 4 separate up to 50

EC 5 separate up to 50

EC 6 separate up to 50

BIOLOGI TANAH S2 44
Subclass Name Enzyme file type
EC 1 Oxidoreductases
EC 1.1 Acting on the CH-OH group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.2 Acting on the aldehyde or oxo group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.3 Acting on the CH-CH group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.4 Acting on the CH-NH2 group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.5 Acting on the CH-NH group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.6 Acting on NADH or NADPH sub-subclasses up to 50
EC 1.7 Acting on other nitrogenous compounds as donors sub-subclasses up to 50
EC 1.8 Acting on a sulfur group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.9 Acting on a heme group of donors sub-subclasses up to 50
EC 1.10 Acting on diphenols and related substances as donors sub-subclasses up to 50
EC 1.11 Acting on a peroxide as acceptor sub-subclasses up to 50
EC 1.12 Acting on hydrogen as donor sub-subclasses up to 50
EC 1.13 Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases) sub-subclasses up to 50
EC 1.14 Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen sub-subclasses up to 50
EC 1.15 Acting on superoxide radicals as acceptor sub-subclasses up to 50
EC 1.16 Oxidising metal ions sub-subclasses up to 50
EC 1.17 Acting on CH or CH2 groups sub-subclasses up to 50
EC 1.18 Acting on iron-sulfur proteins as donors sub-subclasses up to 50
EC 1.19 Acting on reduced flavodoxin as donor sub-subclasses up to 50
EC 1.20 Acting on phosphorus or arsenic in donors sub-subclasses up to 50
EC 1.21 Acting on X-H and Y-H to form an X-Y bond sub-subclasses up to 50
BIOLOGI TANAH S2 45
EC 1.97 Other oxidoreductases sub-subclasses up to 50
Nomenklatur Enzim

2. Transferases (Meliputi reaksi transfer

group atoms dari molekul donor ke
akseptor)
• 2.1 transfers satu-carbon
• 2.2 transfer group Aldehyde atau ketone
• 2.3 transfer group Acyl
• 2.4 transfer group Glycosyl
• 2.7 transfer group Phosphate
• 2.8 transfer group Sulfur
• 2.9 Transfer group selenium
BIOLOGI TANAH S2 46
EC 2 Transferases

sub-
EC 2.1 Transferring one-carbon groups up to 50
subclasses
sub-
EC 2.2 Transferring aldehyde or ketonic groups up to 50
subclasses
sub-
EC 2.3 Acyltransferases up to 50
subclasses
sub-
EC 2.4 Glycosyltransferases up to 50
subclasses
Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl sub-
EC 2.5 up to 50
groups subclasses
sub-
EC 2.6 Transferring nitrogenous groups up to 50
subclasses
sub-
EC 2.7 Transferring phosphorus-containing groups up to 50
subclasses
sub-
EC 2.8 Transferring sulfur-containing groups up to 50
subclasses
sub-
EC 2.9 Transferring selenium-containing groups up to 50
subclasses

BIOLOGI TANAH S2 47
Nomenklatur Enzim

3. Hydrolases (reactions involving the

hydrolytic cleavage of bonds)
• 3.1 Hidrolisis ikatan ester
• 3.2 Hidrolisis ikatan glycosidic
• 3.4 Hidrolisis ikatan peptide
• 3.5 Hidrolisis ikatan C-N
• 3.6 Hidrolisis ikatan asam anhidrit

BIOLOGI TANAH S2 48
EC 3 Hydrolases

sub-
EC 3.1 Acting on ester bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.2 Glycosylases up to 50
subclasses
sub-
EC 3.3 Acting on ether bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.4 Acting on peptide bonds (peptidases) up to 50
subclasses
Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide sub-
EC 3.5 up to 50
bonds subclasses
sub-
EC 3.6 Acting on acid anhydrides up to 50
subclasses
sub-
EC 3.7 Acting on carbon-carbon bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.8 Acting on halide bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.9 Acting on phosphorus-nitrogen bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.10 Acting on sulfur-nitrogen bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.11 Acting on carbon-phosphorus bonds up to 50
subclasses
sub-
EC 3.12 Acting on sulfur-sulfur bonds up to 50
subclasses
BIOLOGI TANAH S2 49
sub-
EC 3.13 Acting on carbon-sulfur bonds up to 50
subclasses
Nomenklatur Enzim
4. Lyases (Meliputi reaksi pemutusan
ikatan selain melalui hydrolysis atau
oksidasi)
• 4.1 Ikatan Carbon-carbon
• 4.2 Ikatan Carbon-oxygen
• 4.3 Ikatan Carbon-nitrogen
• 4.4 Ikatan Carbon-sulfur

BIOLOGI TANAH S2 50
EC 4 Lyases

EC 4.1 Carbon-carbon lyases sub-subclasses up to 50

EC 4.2 Carbon-oxygen lyases sub-subclasses up to 50

EC 4.3 Carbon-nitrogen lyases sub-subclasses up to 50

EC 4.4 Carbon-sulfur lyases sub-subclasses up to 50

EC 4.5 Carbon-halide lyases sub-subclasses up to 50

EC 4.6 Phosphorus-oxygen lyases sub-subclasses up to 50

EC 4.99 Other lyases sub-subclasses up to 50

BIOLOGI TANAH S2 51
Nomenklatur Enzim

5. Isomerases (reaksi meliputi

racemisasi, epimerisasi, dan cis-trans
isomerisasi)
• 5.1 Racemirisasi and epimerisasi
• 5.2 Cis-trans isomerisasi

BIOLOGI TANAH S2 52
EC 5 Isomerases

sub-
EC 5.1 Racemases and epimerases up to 50
subclasses

sub-
EC 5.2 cis-trans-Isomerases up to 50
subclasses

sub-
EC 5.3 Intramolecular isomerases up to 50
subclasses

Intramolecular transferases sub-

EC 5.4 up to 50
(mutases) subclasses

sub-
EC 5.5 Intramolecular lyases up to 50
subclasses

sub-
EC 5.99 Other isomerases up to 50
subclasses

BIOLOGI TANAH S2 53
Nomenklatur Enzim

6. Ligases (reaksi pembentukan ikatan

yang melibatkan cleavage of ATP)
• 6.1 Pembentukan of C-O bonds
• 6.2 Pembentukan of C-S bonds
• 6.3 Pembentukan of C-N bonds
• 6.4 Pembentukan of C-C bonds

BIOLOGI TANAH S2 54
EC 6 Ligases

EC 6.1 Forming carbon—oxygen bonds sub-subclasses up to 50

EC 6.2 Forming carbon—sulfur bonds sub-subclasses up to 50

Forming carbon—nitrogen
EC 6.3 sub-subclasses up to 50
bonds

EC 6.4 Forming carbon—carbon bonds sub-subclasses up to 50

EC 6.5 Forming phosphoric ester bonds sub-subclasses up to 50

EC 6.6 Forming nitrogen—metal bonds sub-subclasses up to 50

BIOLOGI TANAH S2 55
 ENZIM TANAH

• Pengukuran aktivitas enzim tanah

• Penggunaan Enzim Tanah dalam
hubungan tanaman dan lingkungan

BIOLOGI TANAH S2 56
 KATEGORI ENZIM TANAH
1. Enzim yang berasosisasi dengan organisme hidup
(metabolically active cells in soil; found in cell’s
cytoplasm, bound to cell wall, or as extracellular
enzymes that have been recently produced by the cell)
2. Enzim berasosiasi dengan organ hidup tetapi bukan
sel yang dapat memperbanyak diri (spora, dll.)
3. Enzim yang melekat pada sel yang mati atau sisa-sisa
sel yang dapat menyebar jauh dari organ penghasilnya
4. Enzim yang secara permanen terimmobilisasi dalam
tanah oleh koloid liat dan humus
- Enzim ini dapat tetap aktif untuk waktu yang lama
- Enzim ini dapat berasal dari sel organisme eukariotik
atau prokariotik

BIOLOGI TANAH S2 57
 Kondisi Enzim dalam Tanah

 Enzim dapat dihancurkan oleh protease

 Enzim dapat terlindungi oleh liat dan humus

 Enzim-liat dan enzim-polimer organik

kompleks resisten terhadap proses
denaturasi (kerusakan)

BIOLOGI TANAH S2 58
ASAL ENZIM TANAH

Tanah merupakan bahan alam. Di dalamnya hidup

berbagai mikroorganisme, tanaman dan fauna tanah
yang memproduksi, mengurai dan atau
mentransformasi berbagai senyawa kimia yang tidak
terhitung.

Reaksi-reaksi ini dikatalisir oleh enzim baik intra

maupun ekstraseluler. Kajian tentang enzim ini sangat
penting dan akan memberikan informasi tentang
ekosistem tanah

BIOLOGI TANAH S2 59
Arah Penelitian

Informasi mendasar masih kurang berkenaan

dengan :
1) Asal dan sifat aktivitas enzim tanah.
Hambatan ini meliputi teknologi dalam
ekstraksi dan karakterisasi dalam
percobaan enzim tanah
2) Pentingnya sifat dan karakter enzim
dalam ekosistem tanah

BIOLOGI TANAH S2 60
Arah Penelitian

• Area penelitian juga meliputi transfer

material genetik yang mengatur produksi
enzim tertentu dan faktor tanah yang
mempengaruhi ekspresi enzim, peranan
enzim dalam metabolisme dalam
lingkungan xenobiotik dan polutan logam
serta aktivitas enzimatik pada rhizosfir

BIOLOGI TANAH S2 61
 Kategori Enzim Tanah
Dead intact cell
Resting structure
(i) Intracellular enzymes (vi)

(ii) Periplasmatic enzymes

(V
(V)
(iii) Enzymes attached to outer (vii)
surface of cell membranes Resting structure Dead intact cell
Lysis

(iv) Enzymes released during Living cell Dea

th
Lysis (vi)
cell growth and division Living cell
(iii)
(v) Enzymes within non- (ii)

proliferating cells (spores, (I) Dead

(i) Dead disintegrated
cysts, seeds, endospores) disintegrated
cell cell
(vi) Enzymes attached to dead (vii)
n
sio Secretion
cells and cell debris evi (viii)
/D (vii) Enzyme-substrate complex
th Enzyme-substrate
(vii) Enzymes leaking from intact ro
w
Release complex
G Clay minerals
cells or released from lysed (iv)
Extracellular Extracellular enzymes Clay minerals
cells enzymes
(viii) Enzymes temporarily
associated in enzyme-
Living cellLiving cells Humic acids
substrate complexes
Entraped enzymes
(ix) Enzymes absorbed to Humic acids (x) Adsorbed enzymes (ix)
surfaces of clay minerals Humus-enzyme Clay-enzyme
Humus-enzyme complex Clay-enzyme complex
(x) Enzymes complexed with complex complex
humic colloids

BIOLOGI TANAH S2 62
 KINETIKA ENZIM
• Enzim katalis berbagai reaksi biokimia
• Enzim = suatu protein yang kompleks
• 1 Enzim mengkatalis 100 – 1000.000
reaksi /det
• Satuan yang digunakan ”nkat” (nano katal)
atau IU untuk enzim hidrolisis
• Diasumsikan homogen dalam ruang
(tercampur merata)
• Tidak tergantungBIOLOGI
waktuTANAH S2 65
Pengukuran aktivitas enzim tanah

BIOLOGI TANAH S2 66
Pengukuran aktivitas enzim tanah

• Michaelis-Menten Equation. Modern

kinetic theory proposes that for a chemical
reaction to occur, the reactants must first
come together with sufficient energy to
form an activated transition state. Once
sufficient energy has been attained to form
the activated transition state, the
probability that the chemical reaction will
proceed to the formation of product is
much increased.
BIOLOGI TANAH S2 67
BIOLOGI TANAH S2 68
BIOLOGI TANAH S2 69
• Vmax sangat sulit ditentukan jika jika
data digrafikkan dengan cara ini jika
grafiknya hiperbolik. Oleh sebab itu
sangat sulit mengekstrapolasikan [S]
infinite [S] untuk menentukan Vmax.
• Untuk alasan ini, digunakan Line
weaver-Burke plot

BIOLOGI TANAH S2 70
Jika data diplot dengan cara ini, maka terlihat :

Dari grafik ini sangat mudah untuk menghitung KM dan Vmax.

BIOLOGI TANAH S2 71
 Penentuan Km dan Vmax

Kecepatan reaksi enzimatik tergantung

kepada :
• Konsentrasi substrat
• Konsentrasi enzim

BIOLOGI TANAH S2 72
 Konsentrasi substrat:
V

Untuk enzim yang

Vmax mengikuti kinetik
michaelis menten
V V=Vmax[S]
Km + [S]

[S]

BIOLOGI TANAH S2 73
 Konsentrasi Enzim:
Kecepatan reaksi
meningkat
Kecuali bila secara linier jika
[E]>>[S] konsentrasi
enzim meningkat
sampai seluruh
V substrat
digunakan

[E]

BIOLOGI TANAH S2 74
 Nilai Km dan Vmax dan
diturunkan dari
lineweaver-burke plot
Kinetic profile (untuk pH 7.2)
9.8

V
Vmax =1/y intercept
Vmax
= 1/0.102
= 9.80micromoles/min
Km
Km = -1/ x intercept
= -1/-0.387
= 2.58mM

2.58 [S]

BIOLOGI TANAH S2 75
Line-weaver burke plot
pH 10
1/V
pH 5.5

0.5

pH 7.2
0.102

1/s
-0.387 1.0

BIOLOGI TANAH S2 76
 Tabel dibawah ini merupakan hasil pengukuran sembilan
kecepatan reaksi yang mengandung konsentrasi enzim
10 x 10-9 M yang dibuat dengan 5 konsentrasi substrat

Tentukan Km and Vmax, menggunakan Line weaver-Burke plot

BIOLOGI TANAH S2 77
 Michaelis-menten
• Akan lebih kompleks untuk reaksi yang
reversible (bolak-balik)

k1 k2
 
Vmax Vmax E+S ES E+P
S P
K K mP k-1 k-2
v  mS
S P
1 
K mS K mP

K m ( S |P ) = substrate/product concentration causing half-maximal rate

( |  )
Vmax = maximal forward/backward rate under zero substrate/product
BIOLOGI TANAH S2 78
 Inhibitors
• Inhibitor binds to free enzyme rendering it
unusable

k1 k2
E+S ES E+P
S
v  Vmax  k-1 k-2
Km  i  S k3 k-3
I
i  1 EI+S
k  i / ki

BIOLOGI TANAH S2 79
 Activation
• Activator binds to free enzyme forming
complex which produces P
• Activation if
’E+S’ => ’EA+P’ k1 k2
> ’E+S’ => ’E+P’ E+S ES E+P
k-1 k-2
k3 k-3
k4 k5
EA+S EAS EA+P
k-4 k-5
BIOLOGI TANAH S2 80
3. PERAN ENZIM TANAH DALAM
PEMBENTUKAN BAHAN HUMIK
• Proses pembentukan substansi humik merupakan salah satu hal yang
sangat sedikit diketahui dalam aspek kimia humus dan salah satu hal yang
penuh perdebatan. Penelitian tentang hal ini terus berlanjut dalam usaha
mengungkap proses tersebut berdasarkan teori dan temuan yang ada di
lapangan.
• Beberapa lintasan (pathway) dalam pembentukan bahan humik selama
perombakan (dekomposisi) sisa-sisa tanaman dan hewan dalam tanah
telah diperkenalkan. Beberapa teori yang terkenal adalah :
Teori klasik yang dipopulerkan Waksman, yang menyatakan bahwa bahan
humik merupakan lignin yang termodifikasi (pathway 1)
namun demikian mayoritas peneliti dewasa ini lebih cendrung menerima
mekanisme yang melibatkan quinones (pathway 2 and 3). Dalam praktek
pathway ke-empatmerupakan proses atau mekanisme yang dapat dianggap
menyerupai proses sebenarnya dalam sintesis asam humat dan asam
fulvat di alam termasuk kondensasi gula-amine (pathway 4).
• Keempat proses atau mekanisme ini mungkin terjadi di semua tanah
tergantung kepada faktor yang mempengaruhi. Pathway lignin mungkin
dominan pada tanah yang jelek drainasenya dan tanah alluvial (gambut,
rawa) sementara pathway polyphenols lebih utama terjadi pada tanah
hutan. Flukstuasi temperatur, kelembaban dan penyinaran yang tajam dan
sering seperti pada iklim kontinental mungkin cendrung mengikuti
mekanisme kondensasi gula-amine.
BIOLOGI TANAH S2 81
BIOLOGI TANAH S2 82
PEMBENTUKAN BAHAN HUMIK

Konsep Flaig tentang pembentukan humus adalah:

• Lignin, dibebaskan dari keterkaitan dengan
selulosa selama dekomposisi residu tanaman,
yang kemudian mengalami pemisahan secara
oksidatif yang membentuk unit struktural utama
(turunan dari fenilpropana).
• Sisi-rantai dari unit bangunan lignin dioksidasi,
sehingga de-methilasi terjadi, dan polifenol yang
dihasilkan diubah menjadi Quinon oleh enzim
polyphenoloxidase
• Quinones yang timbul dari lignin (dan dari sumber
lain) bereaksi dengan senyawa mengandung N
membentuk polimer berwarna gelap

BIOLOGI TANAH S2 83
PEMBENTUKAN BAHAN HUMIK ljt…..

• Peranan mikrobiota tanah sebagai sumber

polyphenols ditekankan oleh Kononova.
Dia menyimpulkan bahwa bahan humik
dibentuk terutama oleh myxobakteria
perombak selulosa dibandingkan dengan
lignin dari hasil dekomposisi.

BIOLOGI TANAH S2 84
PEMBENTUKAN BAHAN HUMIK

Tahapan dalam pembentukan bahan humik dipostulatkan

dalam :
• Fungi menyerang karbohidrat sederhana dan sebagian
protein dan selulosa yang ada pada lapisan meduler,
cambrium,dan cortex dari sisa-sisa jaringan tumbuhan.
• Selulosa dari xylem dirombak oleh myxobacteria
aerobik. Polyphenols yang disintesa oleh myxobacteria
dioksidasi menjadi quinones oleh enzim
polyphenoloxidase enzyme dan quinones selanjutnya
bereaksi dengan senyawa N membentuk bahan humik
berwarna coklat .
• Lignin hasil dekomposisi dilepas selama proses
dekomposisi bertindak sebagai sumber bahan dalam
sintesis humus.
BIOLOGI TANAH S2 85
PEMBENTUKAN BAHAN HUMIK ljt.

Bahan humik untuk beberapa lama dianggap berasal dari

lignin (pathway 1).
• Menurut teori ini lignin tidak digunakan sepenuhnya oleh
mikroorganisme tanah dan residunya menjadi humus
tanah. Perubahan dari lignin sendiri terjadi melalui
hilangnya group methoxyl (OCH3), dengan membentuk
o-hydroxyphenols dan oksidasi rantai alifatik membentuk
COOH groups.
• Bahan yang dimodifikasi merupakan subjek bagi
perubahan yang tidak dikenal yang menghasilkan
pertama asam humat dan asam fulvat. The modified
material is subject to further unknown changes to yield
first humic acids and then fulvic acids.This pathway,
illustrated on the picture , is exemplified by Waksman's 86
BIOLOGI TANAH S2
lignin-protein theory.
Pathway 1 - The lignin theory

BIOLOGI TANAH S2 87
The lignin theory
• The following evidence was cited by Waksman in support of the
lignin theory of humic acid formation:
• Both lignin and humic acid are decomposed with considerable
difficulty by the great majority of fungi and bacteria.
• Both lignin and humic acid are partly soluble in alcohol and pyridine.
• Both lignin and humic acid are soluble in alkali and precipitated by
acids.
• Both lignin and humic acid contain OCH3 groups.
• Both lignin and humic acid are acidic in nature.
• When lignins are warmed with aqueous alkali, they are transformed
into methoxyl-containing humic acids.
• Humic acids have properties similar to oxidized lignins.

BIOLOGI TANAH S2 88
 Pathway 2 and 3
The polyphenol theory

BIOLOGI TANAH S2 89
PATHWAY 2

Pathway 2
BIOLOGI TANAH S2 90
Pathway 2
• Pathway 2 hampir sama dengan pathway 3
kecuali tentang polyphenols disintesis oleh
mikroorganisme dari bahan non lignin sebagai
sumber C (e.g., celulose). Polyphenols
dioksidasi secara enzimatik menjadi quinones
dan kemudian dikonversikan menjadi substansi
humik.
• Dewasa ini teori klasik sudah ditinggalkan oleh
peneliti. Konsep yang menyatakan quinone dan
lignin keduanya disintesis oleh mikroorganisme
dan merupakan unit dasar dari bahan humik
lebih bisa diterima.

BIOLOGI TANAH S2 91
Pathway 2
• Pembentukan substansi coklat sebagai reaksi
yang melibatkan quinones bukanlah peristiwa
yang langka sebaliknya dikenal luas dalam
pembentukan melanine, seperti halnya pada
daging buah yang masak dan sayuran sebagai
lanjutan dari kerusakan fisik dan selama proses
pembentukan lapisan pelindung biji.
• Kemungkinan sumber phenol untuk
pembentukan humus adalah dari lignin,
microorganisme, phenol dalam tanaman tannin.
Dalam hal ini kemungkinan terbesar adalah dari
lignin.
BIOLOGI TANAH S2 92
Pathway 3 – The polyphenol theory

Pathway 3

BIOLOGI TANAH S2 93
PATHWAY 3

• Dalam pathway 3 lignin masih berperan

penting dalam sintesis humus tetapi dalam
cara yang berbeda
• Dalam hal ini aldehide phenolic dan asam
dilepaskan dari lignin sewaktu lignin
dirombak, secara enzimatik oleh
mikroorganisme diubah menjadi quinones,
yang berpolimerisasi dengan atau tanpa
seyawa amino membentuk makromolekul
mirip humus
BIOLOGI TANAH S2 94
Pathway 4 – Kondensasi gula dan amine

• Menurut konsep Pathway 4, gula tereduksi

dan asam amino terbentuk sebagai hasil
samping dari metabolisme
mikroorganisme mengalami polimerisasi
non enzimatik menjadi polimer
mengandung nitrogen seperti halnya
produk yang dihasilkan melalui proses
dehidratasi dengan temperatur sedang.

BIOLOGI TANAH S2 95
Pathway 4 – Kondensasi gula dan amine ljt.

BIOLOGI TANAH S2 96
 Pathway 4 – Kondensasi gula dan amine ljt..

Reaksi kondensasi gula-amine melibatkan penambahan

amine ke group aldehid dari gula membentuk
glycosylamine. Glycosylamine selanjutnya menjadi N-
substituted-1-amino-deoxy-2-ketose yang mengalami
fragmentasi dan formasi rantai 3-carbon aldehid dan
keton, seperti acetol, diacetyl dsb.; dehydrasi dan
pembentukan reducton serta hydroxymethyl furfurals.
Semua senyawa ini:
• Sangat reaktif dan siap berpolimerisasi dengan adanya
asam amino untuk membentu produk berwarna coklat

BIOLOGI TANAH S2 97
 Pathway 4 – Kondensasi gula dan amine ljt..

• Penolakan utama terhadap teori ini adalah pada

kondisi temperatur tanah reaksi ini berlangsung
sangat lambat. Namun demikian perubahan
drastis yang sering terjadi di lingkungan tanah
(seperti membeku dan mencair, basah dan
kering) dengan pencampuran dengan berbagai
preaksi bahan mineral yang memiliki karakter
katalitik dapat mempermudah kondensasi. Hal
yang emnarik dari teori ini adalah bahwa gula
dan asam amino merupakan bahan yang dapat
dihasilkan dalam jumlah yang banyak sebagai
hasil kegiatan mikroorganisme.

BIOLOGI TANAH S2 98
4. Karakteristik bahan humik
• Asam humat- fraksi humik yang tidak larut dalam air
pada kondisi masam (pH < 2) tetapi larut pada pH tinggi
(alkalis). Dapat diekstrak dari tanah dengan
menggunakan berbagai pelarut tetapi tidak larut dalam
asam. Asam humat merupakan komponen terbanyak
dari bahan humik yang dijumpai. Berwarna coklat gelap
sampai hitam.
• Asam fulvat- fraksi humik yang larut dalam air pada
kondisi pH masam amupun alkalis. Tetap berada dalam
larutan setelah pengendapan asam humat melalui
pengasaman larutan. Asam Fulvat berwarna kuning
sampai kuning kecoklatan.
• Humin – fraksi humik yang tidak larut dalam air baik
pada pH masam ataupun alkalis. Humin berwarna hitam.

BIOLOGI TANAH S2 99
4. Karakteristik bahan humik

BIOLOGI TANAH S2 100

4. Properties of humic substances
• Many investigators now belive that all dark colored humic
substances are part of a system of closely related, but not
completely identical, high - molecular - weight polymers. According
to this concept, diferences between humic acids and fulvic acids,
can be explained by variations in molecular weight, numbers of
functional groups (carboxyl, phenolic OH) and extent of
polymerization.

• The postulated relationships are depicted in figure , in which it can

be seen that carbon and oxygen contents, acidity and degree of
polymerization all change systematically with increasing molecular
weight.

• The low - molecular - weight fulvic acids have higher oxygen but
lower carbon contents than the high - molecular - weight humic
acids. Fulvic acids contain more functional groups of an acidic
nature, particulary COOH. The total acidities of fulvic acids (900 -
1400 meq/100g) are considerably higher than for humic acids (400 -
870 meq/100g).
BIOLOGI TANAH S2 101
BIOLOGI TANAH S2 102
• BEBERAPA PENELITIAN ENZIM PADA
TANAH GAMBUT

BIOLOGI TANAH S2 103

BIOLOGI TANAH S2 104
BIOLOGI TANAH S2 105
BIOLOGI TANAH S2 106
BIOLOGI TANAH S2 107
BIOLOGI TANAH S2 108
BIOLOGI TANAH S2 109
BIOLOGI TANAH S2 110
BIOLOGI TANAH S2 111
BIOLOGI TANAH S2 112
BIOLOGI TANAH S2 113
 Topik
1. Potensi Rhizobakteria bagi pertumbuhan
tanaman
2. Enzim tanah dan peranannya dalam
proses biogeochemical
3. Bioremediasi lingkungan tercemar

BIOLOGI TANAH S2 114

TERIMAKASIH

BIOLOGI TANAH S2 115

 Penggunaan Enzim Tanah dalam
hubungan tanaman dan lingkungan

• Contoh penelitian yang dilakukan oleh

University of Missouri Bradford Research
Center

BIOLOGI TANAH S2 116

Effectiveness of Grass Buffer
Designs in Reducing
Herbicides Transport in
Surface Runoff
(University of Missouri
Bradford Research Center)

BIOLOGI TANAH S2 117

Contour Buffers Watershed Project
Control-traditional
corn-soybean
rotation

Grass Contour
Buffer-redtop,
brome grass and
birdfoot trefoil

Agroforestry
Contour Buffer- pin
oak, white oak, bur
oak and same
mixture of grasses

BIOLOGI TANAH S2 118

 Control E1, E2: summit
E3: shoulder slope
E4: back slope
E5: foot slope
E6: toe slope

Grass Buffer Agroforestry

BIOLOGI TANAH S2 119

Site of Lysimeter Project at University of Missouri

BIOLOGI TANAH S2 120

Herbisida yang digunakan petani
• Atrazine
• Metolachlor
• Glyphosate

BIOLOGI TANAH S2 121

 Atrazine Transport in Surface Runoff
120
Fallow_Control
100
Relative Atrazine Load (%)

Tall Fescue
80
Hedge+TallFescue
60
Hedge+Native

40

20

0
-2 0 2 4 6 8 10
Distance fromBIOLOGI
SourceTANAH
Area S2
(m) 122
 Metolachlor Transport in Surface Runoff
120
Fallow_Control
Relative Metolachlor Load (%)

100
Tall Fescue
80
Hedge+TallFescue
60
Hedge+Native

40

20

0
-2 0 2 4 6 8 10
Distance fromBIOLOGI
SourceTANAH
Area S2
(m) 123
 Glyphosate Transport in Surface Runoff
140
Fallow_Control
Relative Glyphosate Load (%)

120

100 Tall Fescue

80
Hedge+Native
60

40

20

0
-2 0 2 4 6 8 10
Distance fromBIOLOGI
SourceTANAH
Area S2
(m) 124
Glyphosate and Its Metabolite
Glyphosate

HO O
P NH
HO O O-

Aminomethylphosphonic acid (AMPA)

HO
P NH2
HO O
BIOLOGI TANAH S2 125
 Further Consideration
A robust buffer design needs
to rapidly degrade the
deposited & intercepted
herbicides before they have a
chance to be released to
surface and subsurface flow.

BIOLOGI TANAH S2 126

 Percent of Atrazine Degradation Products in Soil
90 DIHA
% of Atrazine Degradation Products

80 DEHA
HA
70
DIA
60
DEA
50
40
30
20
10
0
Bare ORCH TALL TIMO SMOO SWIT
Grass Treatments

BIOLOGI TANAH S2 127

 Measured Enzymatic Activities

1. Fluorescein Diacetate Hydrolytic (FDA) Activity

(proteases, lipases, and esterases)
2. Dehydrogenase Activity (dehalogenation, biological
oxidation)
3. b-Glucosidase Activity (carbon utilization
efficiency)

BIOLOGI TANAH S2 128

Microbial Enzymatic Potential for Herbicides Degradation
[Fluorescein Diacetate Hydrolytic Activity (FDA; mmole g-1 h-1)]

300 E1, E2: summit

E3: shoulder slope
E4: back slope
250 E5: foot slope
E6: toe slope

200

150

100

Control (A)
50 Agroforestry (B)
Grass (C)

0
BIOLOGI TANAH S2 129
E1 E2 E3 E4 E5 E6
 Dehydrogenase Activity (mmole g-1 h-1)
16
Control (A) E1, E2: summit
14 Agroforestry (B)
E3: shoulder slope
E4: back slope
Grass (C)
E5: foot slope
12
E6: toe slope
10

0
E1 E2 E3 E4 E5 E6
BIOLOGI TANAH S2 130
 b-Glucosidase Activity (mmole g-1 h-1)
4
E1, E2: summit
3.5 E3: shoulder slope
E4: back slope
3 E5: foot slope
E6: toe slope
2.5

1.5

1 Control (A)
Agroforestry (B)
0.5 Grass (C)

0
E1 E2 E3 E4 E5 E6
BIOLOGI TANAH S2 131
14CO Trap
2

BIOLOGI TANAH S2 132

HPLC-FSA

BIOLOGI TANAH S2 133

BIOLOGI TANAH S2 134
 Microbial Mineralization Rates of
Microbial Mineralization Rates (% applied 14C)) Atrazine vs. Microbial Enzymatic Activity
10 10
14CO2 Evolution
9 FDA (0.494)*
9

Microbial Enzymatic Activity

8 dehydrogenase (0.763) 8
7 B-Glucosidase (0.857) 7
6 6
5 5
4 4
3 3
2 2
1 1
0 0

BIOLOGI TANAH S2 135

* correlation coefficient
 KESIMPULAN PENELITIAN

• Contour vegetative buffer across the landscape showed

significantly increased soil enzyme activities compared to
cropped control treatment.
• Soils collected from grass buffers showed the highest microbial
enzymatic activities and herbicide degradation potential.
• Topographic positions did not significantly affect soil microbial
enzymes activities in this study.
• The preliminary results from growth chamber study suggested
dehydrogenase and b-Glucosidase activities showed promise as
useful tools for evaluating the overall herbicide bioremediation
potential of various vetetative buffer designs.

BIOLOGI TANAH S2 136

• See you next ..

BIOLOGI TANAH S2 137