5.4.2.1.

3 Geser dan Denaturasi

Banyak protein mengalami denaturasi dan mengendap ketika diagitasi dengan kuat. Dalam
keadaan ini, denaturasi terjadi karena penggabungan gelembung udara dan adsorpsi molekul protein ke
antarmuka udara-cair. Karena energi antarmuka udara-cair lebih besar daripada energi fase curah,
protein mengalami perubahan konformasi pada antarmuka. Tingkat perubahan konformasi tergantung
pada fleksibilitas protein. Protein yang sangat fleksibel terdenaturasi lebih mudah pada antarmuka
udara-cair daripada protein kaku. Beberapa proses pengolahan makanan melibatkan tekanan tinggi,
geser, dan suhu tinggi, misalnya, ekstrusi, pencampuran kecepatan tinggi, dan homogenisasi. Ketika
bilah yang berputar menghasilkan laju geser yang tinggi, pulsa subsonik dibuat dan kavitasi juga terjadi
pada ujung bilah. Kedua peristiwa ini berkontribusi pada denaturasi protein. Semakin besar laju geser,
semakin besar derajat denaturasi. Kombinasi suhu tinggi dan gaya geser tinggi menyebabkan ireversibel
denaturasi protein.

5.4.2.2 Perantara Kimia

5.4.2.2.1 pH dan Denaturasi

Protein lebih stabil terhadap denaturasi pada titik isoelektriknya dibandingkan pada pH lainnya.
Pada pH netral, sebagian besar protein bermuatan negatif dan beberapa bermuatan positif. Karena
energi tolakan elektrostatik bersih kecil dibandingkan dengan interaksi menguntungkan lainnya,
sebagian besar protein stabil di sekitar pH netral. Namun, tolakan elektrostatik intramolekul yang kuat
yang disebabkan oleh muatan bersih yang tinggi pada nilai pH yang ekstrim menghasilkan
pembengkakan dan pembukaan molekul protein. Derajat pembukaan lebih besar pada nilai pH basa
ekstrim daripada pada nilai pH asam ekstrim. Perilaku sebelumnya dikaitkan dengan ionisasi sebagian
karboksil, fenolik, dan kelompok sulfhidril yang terkubur yang menyebabkan terurainya rantai
polipeptida saat mereka mencoba untuk mengekspos diri mereka sendiri ke lingkungan berair.
Denaturasi yang diinduksi pH sebagian besar bersifat reversibel.

5.4.2.2.2 Pelarut Organik dan Denaturasi

Pelarut organik mempengaruhi stabilitas interaksi hidrofobik protein, ikatan hidrogen, dan
interaksi elektrostatik dengan cara yang berbeda. Karena rantai samping nonpolar lebih larut dalam
pelarut organik daripada dalam air, pelarut organik melemahkan interaksi hidrofobik. Di sisi lain, karena
stabilitas dan pembentukan ikatan hidrogen peptida ditingkatkan dalam lingkungan permitivitas rendah,
pelarut organik tertentu sebenarnya dapat memperkuat atau mendorong pembentukan ikatan hidrogen
peptida. Misalnya, 2-kloroetanol menyebabkan peningkatan kandungan α-heliks dalam protein globular.
Tindakan pelarut organik pada interaksi elektrostatik ada dua. Pada konsentrasi rendah, beberapa
pelarut organik dapat menstabilkan beberapa enzim terhadap denaturasi. Namun, pada konsentrasi
tinggi, semua pelarut organik menyebabkan denaturasi protein karena efek pelarutannya pada rantai
samping nonpolar.

5.4.2.2.3 Denaturasi oleh Aditif Berat Molekul Kecil

Beberapa zat terlarut dengan berat molekul kecil, seperti urea, guanidin hidroklorida (GuHCl),
deterjen, gula, dan garam netral mempengaruhi stabilitas protein dalam larutan berair. Sementara urea,
GuHCl, dan deterjen mengacaukan konformasi asli protein, gula cenderung menstabilkan struktur asli.
Dalam kasus garam netral, sementara garam tertentu, seperti sulfat, fosfat, dan garam natrium fluorida,
disebut kosmotrop, menstabilkan struktur protein, garam lain, seperti bromida, iodida, perklorat, dan
tiosianat, disebut sebagai chaotrop, mendestabilisasi struktur protein. Efek stabilisasi atau destabilisasi
aditif berat molekul kecil pada protein diyakini mengikuti mekanisme universal. Hal ini terkait dengan
interaksi preferensial mereka dengan fase air dan permukaan protein. Aditif yang menstabilkan struktur
protein mengikat sangat lemah ke permukaan protein tetapi meningkatkan hidrasi preferensial dari
permukaan protein. Aditif tersebut umumnya dikeluarkan dari wilayah sekitar protein; yaitu, konsentrasi
mereka di dekat protein lebih rendah daripada di larutan massal. Gradien konsentrasi ini mungkin
menciptakan gradien tekanan osmotik yang mengelilingi molekul protein, cukup untuk meningkatkan
suhu denaturasi termal protein. Dalam kasus aditif yang mengganggu kestabilan struktur protein, hal
yang sebaliknya tampaknya benar. Artinya, aditif yang menurunkan stabilitas protein lebih disukai
mengikat permukaan protein dan menyebabkan dehidrasi protein. Dalam kasus seperti itu, molekul air
dikeluarkan dari daerah yang mengelilingi protein dan konsentrasi aditif di daerah yang tidak
mengandung air ini lebih tinggi daripada dalam pelarut curah. Interaksi yang menguntungkan dari aditif
tersebut dengan permukaan protein, terutama permukaan nonpolar, mendorong pembukaan protein
sehingga permukaan nonpolar yang terkubur lebih terbuka untuk interaksi yang menguntungkan dengan
aditif.

5.4.2.2.5 Deterjen dan Denaturasi

Deterjen, seperti sodium dodecyl sulfate (SDS), adalah agen denaturasi protein yang kuat. SDS
pada konsentrasi 3-8 mM mendenaturasi sebagian besar protein globular. Mekanismenya melibatkan
pengikatan preferensial deterjen ke molekul protein yang terdenaturasi. Hal ini menyebabkan
pergeseran keseimbangan antara keadaan asli dan terdenaturasi. Tidak seperti urea dan GuHCl, deterjen
mengikat kuat pada protein terdenaturasi dan ini adalah alasan untuk denaturasi lengkap pada
konsentrasi deterjen yang relatif rendah 3-8 mM. Karena ikatan yang kuat ini, denaturasi yang diinduksi
deterjen tidak dapat diubah. Protein globular yang didenaturasi oleh SDS tidak ada dalam keadaan koil
acak; sebagai gantinya, mereka mengasumsikan bentuk batang -heliks dalam larutan SDS. Bentuk batang
ini dianggap sebagai terdenaturasi.

5.4.2.2.6 Garam Chaotropic dan Denaturasi

Garam mempengaruhi stabilitas protein dalam dua cara berbeda. Pada konsentrasi rendah, ion
berinteraksi dengan proteinmelalui interaksi elektrostatik nonspesifik. Netralisasi elektrostatik muatan
protein ini biasanya menstabilkan struktur protein. Netralisasi muatan penuh oleh ion terjadi pada atau
di bawah kekuatan ion 0,2 M dan tidak bergantung pada sifat garam. Namun, pada konsentrasi yang
lebih tinggi (>1 M), garam memiliki efek spesifik ion yang mempengaruhi stabilitas struktural protein.
Garam seperti Na2SO4 dan NaF meningkatkan, sedangkan NaSCN dan NaClO4 melemahkannya. Struktur
protein lebih dipengaruhi oleh anion daripada kation. Mekanisme efek garam pada stabilitas struktural
protein terkait dengan kemampuan relatifnya untuk mengikat dan mengubah sifat hidrasi protein.
Garam yang menstabilkan protein meningkatkan hidrasi protein dan mengikat secara lemah, sedangkan
garam yang menggoyahkan protein menurunkan hidrasi protein dan mengikat kuat. Efek ini terutama
merupakan konsekuensi dari gangguan energi pada antarmuka protein-air. Pada tingkat yang lebih
mendasar, stabilisasi atau denaturasi protein oleh garam terkait dengan pengaruhnya terhadap struktur
air curah. Garam yang menstabilkan struktur protein juga meningkatkan struktur ikatan hidrogen air,
dan garam yang mengubah sifat protein juga memecah struktur air curah dan menjadikannya pelarut
yang lebih baik untuk molekul apolar.