REVISI CASE STUDY STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

Nama : Dila Amalia

NIM : 210332626490
Offering : I

1. Prediksikan kelarutan flavoredoxin dan nitric oxide reductase dalam air berdasarkan
struktur permukaan dari kedua protein tersebut. Bandingkanlah struktur permukaan
kedua protein tersebut!

Struktur permukaan flavoredoxin (3BNK)

struktur permukaan nitric oxide reductase (6T6V)

 Berdasarkan pengamatan struktur permukaan kedua protein tersebut
menunjukkan bahwa flavoredoxin memiliki lebih banyak asam amino hidrofilik
daripada nitric oxide reductase. Permukaan flavoredoxin dominan putih, sedangkan
permukaan nitric oxide reductase dominan merah. Flavoredoxin lebih larut dalam air
daripada nitric oxide reductase jika dibandingkan dengan kelarutannya dalam air.

2. Bagaimanakah efek perubahan pH (penambahan asam dan basa) terhadap network

ikatan kimia yang ada dalam struktur flavoredoxin dan NO reductase?

Ikatan kimia seperti ikatan ionik dan ikatan hidrogen, yang ada dalam struktur
protein, dapat berubah karena perubahan pH. Protonasi dan deprotonasi adalah efek
tambahan yang dapat dihasilkan oleh perubahan pH. Ketika lisin (bermuatan positif)
berikatan ionik dengan asam glutamat (bermuatan negatif) dan dipengaruhi oleh
penurunan pH, asam glutamat (bermuatan negatif) mengalami protonasi dengan
menangkap proton (H+) yang mengubah senyawa asam glutamat menjadi tidak
bermuatan atau netral. Akibatnya, ikatan ionik melemah atau terpecah, yang
menyebabkan proses denaturasi protein terjadi.

3. Bagaimanakah efek penambahan logam berat terhadap struktur kedua protein

tersebut?

Jika logam berat ditambahkan ke lingkungan protein, seperti flavoredoxin dan NO

reductase, efeknya dapat berbeda-beda tergantung pada jenis logam berat dan
konsentrasinya. Dikenal sebagai zat beracun, logam berat seperti merkuri (Hg),
kadmium (Cd), dan timbal (Pb) memiliki kemampuan untuk mengubah struktur dan
fungsi protein. Jika ion logam berat dengan muatan positif ditambahkan, mereka akan
menyerang rantai samping yang bermuatan negatif. Akibatnya, ikatan ionik antara
rantai samping bermuatan positif dan rantai samping bermuatan negatif akan melemah
dan pecah, menyebabkan denaturasi protein.

4. Bagaimanakah efek penambahan pelarut organik terhadap struktur flavoredoxin?

Penambahan pelarut organik akan mengubah tetapan dielektrikum protein,

menyebabkan pengendapan protein dan denaturasi protein.

5. Bagaimana efek penambahan reduktor terhadap struktur 3D protein?

 Penambahan reduktor pada protein akan merusak ikatan kovalen yang ada
pada protein, seperti ikatan disulfida, yang menyebabkan denaturasi protein.

6. Bagaimanakah pengaruh kenaikan temperatur terhadap struktur kedua protein

tersebut?

Peningkatan temperatur menyebabkan vibrasi atau peningkatan energi kinetik

pada komponen protein. Ini mengakibatkan pemutusan ikatan di rantai samping
protein, yang menyebabkan proses denaturasi protein.

Resume Video
Salting in : Penambahan kadar garam yang sedikit atau rendah akan meningkatkan kelarutan
protein dalam air. Dalam situasi ini, ion garam akan berinteraksi dengan permukaan
hidrofobik protein dan molekul air secara khusus.

Salting out : Penambahan lebih banyak garam akan meningkatkan konsentrasi garam dan
memungkinkan garam berinteraksi dengan permukaan protein. Karena ikatan ionik air lebih
kecil daripada ikatan ionik garam, garam dan protein berjuang untuk mendapatkan air untuk
melakukan proses solvasi, yang berakhir dengan larutnya garam dan denaturasi protein.