REVIEW JURNAL

GENETIKA

Oleh Kelompok 3

1. Siti Kuroisin (12208193013)

2. Miftakhur Rohmah (12208193016)
3. Ika Zulia Nurus S. (12208193025)
4. Inna Viramadhani F. (12208193063)
5. Indah Setiowati (12208193073)
6. Fina Yunita Sari (12208193111)

Judul : Prediksi dan Validasi Gen Esensial Meiosis Mencit Berdasarkan Dinamika Proteome
Spermatogenesis

Karya : Kailun Fang, Qidan Li, Yu Wei, Changyang Zhou, Wenhui Guo, Jiaqi Shen, Ruoxi
Wu, Wenqin Ying, Lu Yu, Jin Zi, Yuxing Zhang, Hui Yang, Siqi Liu, and Charlie Degui
Chen

Metode :

Dalam eksperimen digunakan beberapa prosedur, yaitu desain eksperimental dan alasan
statistik, tikus untuk eksperimen, sinkronisasi spermatogenesis, isolasi spermatosit tikus,
isolasi mouse thy 1 + c-KIT – spermatogonia, analisis histologis, penyebaran dan imunitas
kromosom meiotikfifluoresensi, ekstraksi dan pencernaan protein, fraksinasi peptida pada
HPLC Fase terbalik, deteksi peptida oleh LC-MS/MS, pencaian peptida dan kuantitas
proteinfikatioon oleh Maxquant, analisis informatika proteomik, perbandingan perubahan
kelimpahan transkriptom dan proteom dalam spermatogenesis, pembelajaran mesin untuk
prediksi protein meiosis, generasi tikus knockout gen dengan CRISPR/Cas9 Sistem.

Hasil Review :

Spermatosit dikategorikan dalam beberapa subtahap yang dinilai berdasarkan status

morfologi kromosom. analisis informatika data proteomik yang terkait dengan
spermatogenesis digunakan untuk eksplorasi fungsional gen meiosis tikus. Gen yang terlibat
dalam peristiwa meiosis kritis, seperti rekombinasi homolog dan sinapsis, tidak diidentifikasi
dengan baik. strategi pembelajaran mesin ensemble digunakan untuk memprediksi protein
meiosis-esensial berdasarkan pola kelimpahan yang berbeda antara protein meiosis-esensial
atau non-esensial. Eksplorasi fungsional berdasarkan proteomik tampaknya signifikanfitidak
dapat meningkatkan efek prediksifikota. Zcwpw1 berfungsi dalam perbaikan DNA dan
sinapsis. Baru-baru ini, Zcwpw1 adalah identitasfied sebagai pembaca histone H3K4me3
yang diperlukan untuk perbaikan seng domain PR fiDNADSB dan sinapsis yang bergantung
pada protein nger 9.

Proteomik yang komprehensif karakterisasi sel germinal pada berbagai tahap meiosis
spermatogenesis adalah diselidiki, kelimpahan dinamis dari total 8002 protein membentuk
empat kelompok proteomik di seluruh subtahap meiosis ini, menawarkan wawasan baru
tentang ekspresi protein meiosis. Sebuah model dari pembelajaran mesin yang diawasi
berdasarkan informatika genomik mouse dan dataset proteomik spermatogenesis dibuat
untuk memprediksi gen esensial meiosis, sedangkan prediksinya adalah secara
eksperimentalfied oleh tikus knockout.

Sebanyak 8002 protein diidentifikasified, termasuk 6020 DEP, yang merupakan

kumpulan data proteomik terbesar yang terkait dengan meiosis, menawarkan informasi global
tentang jumlah protein dalam berbagai tahap proses meiosis mamalia. Studi proteomik
komprehensif ini kemungkinan akan memberikan pandangan baru untuk pemahaman
meiosis. Misalnya, secara umum diterima bahwa spermatosit dikategorikan dalam beberapa
subtahap yang dinilai berdasarkan status morfologi kromosom . Berdasarkan kriteria ini, eP
dan mP dikategorikan ke dalam kelompok sel pachytene yang serupa; namun, korelasi
kelimpahan protein mengungkapkan bahwa kedua jenis spermatosit dengan penampilan
serupa ini sangat berbeda. Analisis informatika data proteomik yang terkait dengan
spermatogenesis kemungkinan akan memberikan dasar untuk eksplorasi fungsional gen
meiosis tikus. Gen yang terlibat dalam peristiwa meiosis kritis, seperti rekombinasi homolog
dan sinapsis, tidak diidentifikasi dengan baik.