Dokumen Dari Niguellatp.2

UPDATE
PEMERIKSAAN
MOLEKULER
UNTUK
DIAGNOSIS
PENYAKIT
INFEKSI
MENULAR
Dewi Saroh, S.Si., M.Sc SURAKARTA, 03 JULI 2022
➢ Infectious Disease merupakan masalah kesehatan paling
serius di dunia hingga awal ke abad ke-20, sebelum
penyakit degenerative kronis mendominasi di negara
maju.
➢ Infectious Disease / Penyakit Menular merupakan penyakit
yang disebabkan atau ditularkan oleh mikroorganisme
yang bersifat pathogen yang masuk kedalam tubuh,
berkembang biak, dan menyebabkan infeksi.
➢ Mikroorganisme pathogen tersebut bisa berupa virus,
bakteri, jamur, parasite, dan prion.
➢ Penularan dapat terjadi secara langsung (kontak langsung
dengan carrier), tular vector (gigitan hewan)
DIII TLM STIKES NASIONAL 2

Anthrax Avian Leprosy Botulism Ebola
Mumps Influenza Pediculosis
Herpes Diphtheria
Brucellosis Monkeypox
Zoster Leptospirosis Meningitis
Cryptosporidiosis Varicella Dengue Hantavirua
Influenza
Norovirus
Tuberculosis Babesiosis Fever
Yellow Syphilis
Fever Hepatitis
HIV-AIDS Pneumonia
COVID-19
Lyme Malaria SARS
Rubella MERS-Cov
Pertussis Disease
Chikungunya Typhoid
Chlamydia Encephalitis Zika Smallpox
Rabies Gonorrhea
Tularemia
HPV Rickettsiosis
Giardiasis Measles Scabies
MAIN FOCUS
Hepatitis
COVID-19
Tuberculosis DIII TLM STIKES NASIONAL 5

MYCOBACTERIUM
TUBERCULOSIS
(MTB)
6
▪ Tuberculosis (TB) merupakan salah
satu penyebab kematian terbesar di
Asia-Pasifik, salah satunya Indonesia
▪ Penyakit ini disebabkan oleh

bakteri Mycobacterium tuberculosis
(MTB).
▪ Mycobacteria merupakan organisme

dengan spektrum virulensi yang TUBERCULOSIS
luas.
▪ Dan Myobacterium tuberculosis

merupakan salah satu yang paling
ganas pada manusia.

Source : Nurwidya et al., 2018 – Chonnam Medical Journal
Source : WHO Global Tuberculosis Report, 2021 DIII TLM STIKES NASIONAL 9
Source : Dashboard TB Indonesia https://tbindonesia.or.id/ DIII TLM STIKES NASIONAL 10
Diagnosis TB kurang
memadai. Diagnosis
secara kultur
memerlukan waktu
beberapa minggu
TB → masalah
Kasus TB-MDR dan
Kesehatan
TB-XDR semakin
masyarakat tingkat
tinggi
global
Butuh diagnosis
cepat untuk
menjangkau TB
yang tidak
terdiagnosis dan
tidak terlapor
TES MOLEKULER
Mempercepat
diagnosis utk kasus
TB yang tidak
terdiagnosis dan
tidak dilaporkan
per tahunnya
Meningkaatkan
Diagnostic Mendeteksi
kualitas perawatan
bagi pasien TB
Molecular kerentanan obat
secara cepat
TB
Memberikan hasil
pemeriksaan yang
akurat dan cepat

➢ Nucleic Acid Test (NAT) merupakan suatu Teknik yang digunakan untuk mendeteksi urutan
asam nukleat tertentu. Secara umum NAT digunakan untuk mendeteksi / mengidentifikasi
spesies atau subspecies tertentu dari suatu organisme (ex: virus / bakteri yang bersifat
pathogen).
➢ NAT ini digunakan untuk deteksi berdasarkan materi genetic (DNA atau RNA) bukan
berdasarkan antigen atau antibody.
➢ Salah satu contohnya yaitu Nucleic Acid Amplification Test (NAAT) dimana deteksi
berdasarkan pada amplifikasi dari asam nuklet → menggunakan metode Polymerase Chain
Reaction (PCR)
➢ NAAT memiliki keuntungan salah satu dapat mendeteksi deteksi mutasi spesifik pada
resistensi OAT
Whole-genome
Mutasi terjadi pada
sequencing analysis of
basa ke 315 dimana
multidrug-resistant terjadi perubahan dari
Mycobacterium Serin ke Treoinin
tuberculosis from
Java, Indonesia
Tania et.al., 2020 – Journal of Medical Mycrobiology
Mutasi terjadi pada
basa ke 403 dimana
terjadi perubahan dari
Serin ke Leusin

Perkembangan deteksi
molekuler TB, dari nucleic acid
amplification test (NAAT) yang
cepat dan sederhana ke whole
genom sequencing (WGS),
dengan waktu singkat untuk
diagnosis dan pengobatan TB
yang lebih cepat.
Source : MacLean et al., 2020 – Journal of Clinical Microbiology

➢ Pemeriksaan automatic berbasis
kartrid dengan menggunakan prinsip
real-time polymerase chain reaction
(PCR) pada platform GeneXpert.
➢ Tujuannya : identifikasi
Mycobacterium Tuberculosis
Complex (MTBC) dan mutasi pada
Xpert MTB/RIF assay
rifampisin.
➢ Sampel : sputum/dahak
➢ Waktu : < 2 jam
Source : WHO (2021) Operational Handbook on Tuberculosis DIII TLM STIKES NASIONAL 16
Xpert MTB/RIF assay Di rekomendasikan WHO pada kondisi :
1. Pada orang dewasa dengan tanda dan gejala TB paru (sebagai diagnosis
dini)
2. Pada anak dengan tanda dan gejala TB (spl : dahak, aspirasi lambung,
aspirasi nasofaring, tinja)
3. Pada orang dewasa dan anak dengan tanda dan gejala TB meningitis (spl :
cairan serebrospinal)
4. Pada orang dewasa dan anak dengan tanda dan gejala TB ektra-paru
5. Pada orang dewasa dan anak dengan tanda dan gejala TB dengan HIV
positif
➢ Pengembangan dari pemeriksaan
Xpert MTB/RIF dengan sensitivitas
dan keandalan deteksi MTBC dan
RIF yang lebih tinggi.
➢ Peningkatan sensitivitas dengan

menggunakan 2 target (IS6110 dan
IS1081).
➢ Dapat mendeteksi konsentrasi Xpert MTB/RIF Ultra assay

sangat kecil dari “jejak” TB, yang
sesuai untuk digunakan di anak-anak
➢ Spesifisitas Xpert MTB/RIF Ultra yang

lebih rendah.
Source : WHO (2021) Operational Handbook on Tuberculosis
Xpert Ultra direkomendasikan WHO pada situasi berikut :
1. Pada orang dewasa dengan tanda dan gejala TB paru tanpa riwayat TB
sebelumnya atau dengan riwayat pengobatan TB yang jauh (>5 tahun sejak
akhir pengobatan)
2. Pada orang dewasa dengan tanda dan gejala TB paru dan riwayat TB
sebelumnya dengan pengobatan yang berakhir dalam 5 tahun terakhir
3. Pada anak dengan tanda dan gejala TB paru, Xpert Ultra harus digunakan
sebagai tes diagnostik awal untuk TB daripada pemeriksaan mikroskopis apus
atau biakan pada sputum atau aspirasi nasofaring.
4. Pada orang dewasa dan anak-anak dengan tanda dan gejala meningitis TB
5. Pada orang dewasa dan anak-anak dengan tanda dan gejala TB ekstraparu
Source : WHO (2021) Operational Handbook on Tuberculosis

➢ Truenat MTB – MTB Plus assay
menggunakan Real Time PCR mikro
berbasis chip.
➢ Tujuan : deteksi semikuantitatif MTBC

langsung dari dahak
➢ Waktu : < 1 jam Truenat MTB,

➢ Jika hasil positif diperoleh dengan Truenat Truenat MTB Plus,
MTB atau MTB Plus, maka dilanjutkan
Truenat MTB-RIF Dx untuk mendeteksi
Truenat MTB-RIF Dx assays
mutasi yang terkait dengan resistensi RIF
➢ Dapat digunakan pada orang dewasa dan

anak-anak dengan tanda dan gejala TB
paru.
➢ TB-LAMP untuk mendeteksi MTBC
langsung dari spesimen dahak berbasis
fluoresense.
➢ Waktu : < 1 jam.
➢ TB-LAMP tidak mendeteksi resistensi

terhadap obat anti-TB.
➢ TB-LAMP dapat digunakan sebagai tes

pengganti untuk pemeriksaan TB-LAMP assay
mikroskopis dahak untuk mendiagnosis
TB paru.
➢ TB-LAMP dapat digunakan sebagai tes

lanjutan bila diperlukan pengujian lebih
lanjut terhadap spesimen sputum-smear
negatif. Source : WHO (2021) Operational Handbook on Tuberculosis DIII TLM STIKES NASIONAL 21
➢ Deteksi mutasi untuk obat line
pertama (INH dan RIF) serta deteksi
mutase pada obat line kedua
(Floroquinole, kanamisin, amikasin)
Line Probe Assay (LPA)
Source : Nurwidya et al., 2018 – Chonnam Medical Journal
24
Source : Eddabra dan Benhassau (2018) - BMC Journal
Source : Eddabra dan Benhassau (2018) - BMC Journal
➢ Menjadi salah satu pilihan paling
baik untuk deteksi Drug
Suseptibility Test (DST) yang
komprehensif dan memberikan hasil
akurat.
➢ NGS dapat memerikan urutan yang

Next Generation
lebih rinci dan akurat dari genom Sequencing (NGS)
karena tidak tergantung pada probe.
➢ Contoh : Deeplex Myc-TB
Source : MacLean et al., 2020 – Journal of Clinical Microbiology DIII TLM STIKES NASIONAL 26
➢ Dapat digunakan untuk deteksi
mikroevolusi dari MTB berdasarkan
garis keturunan antar inang.
➢ Dapat deteksi mutase lain, selain

rifampisin.
Whole Genome
➢ Dapat menghindari hasil positif palsu
pada polimorfisme di rifampisin.
Sequencing (WGS)
➢ Tidak dapat digunakan sebagai alat
diagnosis TB
Kelebihan dan Kekurangan WGS dan NGS
COVID-19
29
▪ Penyakit COVID-19 disebabkan oleh virus
Severe Acute Respiratory Syndrome
Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)
▪ Virus Covid-19 memiliki bentuk bulat

berdiameter 60−200nm dengan banyak
spike pada kapsid virus, dan tergolong ke
dalam virus RNA untai tunggal (26 – 32
kb). COVID-19
▪ Penularan melalui percikan (droplet) dari
hidung atau mulut, yang dikeluarkan
ketika orang dengan COVID-19 batuk,
bersin, atau berbicara
Source : (Bai, Cai, and Zhang, 2020).

STRUKTUR VIRUS COVID-19
1. Protein spike(S), berfungsi untuk melekat pada Angiotensin Converting Enzyme-2 (ACE 2) yaitu reseptor dari sel inang (hospes)
dan memediasi terjadinya infeksi
2. Protein membran (M), merupakan protein struktural yang terbanyak dalam virion dan berfungsi memberi bentuk virus
3. Selaput protein (E), merupakan protein yang kecil dan terdapat dalam jumlah kecil pada partikel virus, berfungsi dalam
fasilitasi proses pembentukan dan pelepasan virus.
4. Protein nucleocapsid(N), merupakan satu-satunya protein yang berada dalam nukleokapsid heliks
Source : Afzal, 2020 – Journal of Advaced Research Source : Gunardi, 2021 – Jurnal Kedokteran Meditek
➢ Genom Virus Covid-19 : panjang sekitar 26 – 32 kb, dan mengandung 29.903 nukleotida.
Source : Afzal, 2020 – Journal of Advaced Research Source : Habibzadeh et al., 2021 – Critical Review In Clinical Laboratory Science
DIAGNOSIS COVID-19
Diagnosis Covid-19 yang saat ini berkembang yaitu :
1. Diagnosis molekuler → tujuan deteksi RNA virus
untuk menidentifikasi SARS-CoV-2 baik yang
simtomatik maupun asimtomatik dengan
sensitivitas tinggi.
2. Diagnosis serologi → tujuan untuk identifikasi
respon imun aktif terhadap SARS-CoV-2 dengan
spesifisitas tinggi.
Source : Feng et al., 2021 – Anal Chem Journal DIII TLM STIKES NASIONAL 33
➢ Ada beberapa gen target yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 secara molekuler yaitu
gen E (Envelope), gen N (nukleokapsid), gen S (Spike) dan gen RdRp.
Source : Gunardi, 2021 – Jurnal

Source : Feng et al., 2021 – Anal
Kedokteran Meditek
Chem Journal
Source : Afzal, 2020 – Journal of
Advaced Research
MOLEKULER DIAGNOSIS COVID-19
➢ Molekuler diagnosis COVID-19 diantaranya yaitu:
▪ Real-Time-RT-PCR Assay
▪ Digital PCR
▪ Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) → (with POC / CRISPR Technology)
▪ Nucleic Acid Microarray Assays
▪ Next Generation Sequencing

Realtime RT PCR
➢ Realtime RT PCR atau q-RT PCR merupakan gold standart dari pemeriksaan Covid-19.
➢ RT-PCR mendeteksi apakan adanya RNA virus yang muncul pada sampel pasien.
➢ Prinsip pemeriksaan ini dengan menangkap dan memperjelas material genetik seperti protein S,
protein N dan envelope dari virus. Untuk mengukur viral RNA, RNA perlu ubah menjadi DNA dan
diperbanyak secara berulang dengan mesin PCR, kemudian marker fluorescent akan mendeteksi
virus pada sampel. Jika nilai fluoresen mencapai level tertentu, maka hal ini mengkonfirmasi
presensi dari virus.
➢ Hasil tes positif menginterpretasikan bahwa pasien saat ini sedang terinfeksi oleh virus
➢ Hasil tes negatif menunjukkan bahwa pasien tidak sedang terinfeksi virus atau virus tidak
ditemukan pada spesimen yang digunakan atau kualitas sampel yang diambil rendah atau
pemeriksaan terlalu cepat ataupun terlalu terlambat dilakukan untuk mendeteksi replikasi dari virus.

Realtime RT PCR
Source : Afzal, 2020 – Journal of Advaced Research
Source : Feng et al., 2021 – Anal Chem Journal

Source : Habibzadeh et al., 2021 – Critical Review In Clinical Laboratory Science
DIGITAL PCR
➢ Pada PCR digital, template diisolasi menjadi molekul tunggal dengan membagi campuran
reaksi menjadi ribuan partisi mikroskopis dengan tujuan akhir dari setiap partisi yang
mengandung rata-rata, kurang dari satu salinan template yang diinginkan.
➢ Kuantitas template dalam sampel selanjutnya dihitung menggunakan statistik Poisson
berdasarkan jumlah keseluruhan kompartemen yang amplifikasi positif atau –negative.
➢ Keuntungan PCR digital dibandingkan PCR kuantitatif termasuk kuantifikasi tanpa perlu
kurva kalibrasi, presisi yang lebih tinggi.
➢ Kelemahan PCR digital yaitu alur kerja yang rumit, membutuhkan instrumen dan bahan
habis pakai yang lebih mahal dan juga waktu yang lebih lama.
Source : Habibzadeh et al., 2021 – Critical Review In Clinical Laboratory Science DIII TLM STIKES NASIONAL 39
Digital PCR

Loop Mediated Isothermal Amplification
(LAMP)
➢ Diagnosis COVID-19 terbaru. Metode ini juga menggunakan teknik amplifikasi
molekuler yang dapat mendeteksi materi genomik dengan tingkat efisiensi tinggi dan
waktu yang lebih singkat.
➢ Pada LAMP sintesis DNA target dilakukan pada suhu konstan 60–65oC
menggunakan enzim DNA polimerase dan empat primer yang dirancang khusus
untuk mengenal sekuens DNA target. Penggunaan suhu konstan ini memperpendek
durasi proses amplifikasi, sehingga durasi hasil tes dapat keluar lebih cepat
dibandingkan metode PCR.
➢ Metode ini sangat spesifik dan memiliki sensitivitas yang tinggi, cepat dan lebih
ekonomis.
Source : Gunardi, 2021 – Jurnal Kedokteran Meditek DIII TLM STIKES NASIONAL 41
Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP)
▪ Cas12 diaktifkan oleh dsDNA dengan urutan

penargetan CRISPR (berwarna merah) untuk
membelah ssDNA.
▪ Cas13 mengenali RNA yang mengandung urutan
penargetan CRISPR dan memotong RNA-nya.
▪ Dalam uji fluoresensi, pembelahan menghasilkan
fluoresensi. Dalam uji lateral flow, pembelahan
mengarah pada munculnya test line.
Source : Feng et al., 2021 – Anal Chem Journal

Nucleic Acid Microarray Assay
➢ Microarray merupakan teknik dengan menggabungkan amplifikasi asam nukleat

dengan potensi penyaringan yang tinggi dari teknik microarray
➢ Teknik ini memungkinkan deteksi agen mikroba yang berbeda dengan sensitivitas dan
spesifisitas yang tinggi.
➢ Teknik microarray dapat digunakan untuk mendeteksi coronavirus dengan
menghasilkan cDNA dari RNA dan pelabelan selanjutnya dengan probe spesifik.
Kemudian dimasukkan ke dalam sumur microarray yang dilapisi dengan
oligonukleotida yang menandakan adanya asam nukleat virus.
Source : Habibzadeh et al., 2021 – Critical Review In Clinical Laboratory Science DIII TLM STIKES NASIONAL 43
Nucleic Acid Microarray Assay

Next Generation Sequencing (NGS)
➢ Next generation sequencing (NGS) juga disebut sebagai High throughput sequencing
(HTS). Metode ini dipakai untuk menentukan urutan genomik, digunakan lebih
dari 1 juta pasang basa dalam satu kali pemeriksaan.
➢ Teknik ini, mampu mendiagnosis penyakit herediter, kanker, dan penyakit infeksi serta
untuk melacak wabah (MRSA) di rumah sakit.
➢ Metode ini memiliki akurasi yang tinggi dan pelacakan yang baik untuk menelusuri
sumber penularan. Namun, penggunaan metode tersebut membutuhkan keahlian
khusus dan biaya yang cukup mahal
Source : Gunardi, 2021 – Jurnal Kedokteran Meditek DIII TLM STIKES NASIONAL 45
Kelebihan & Kekurangan NGS, RT-qPCR, LAMP
Source : Gunardi, 2021 – Jurnal Kedokteran Meditek

HEPATITIS
47
HEPATITIS
➢ Hepatitis merupakan masalah Kesehatan di dunia, termasuk Indonesia.
➢ Terdapat lima macam hepatitis yaitu hepatitis A, B, C, D, dan E.
➢ Hepatitis A dan E sering muncul sebagai KLB, ditularkan melalui fecal oral dan biasanya
berhubungan dengan perilaku hidup bersih dan sehat, bersifat akut dan dapat sembuh
dengan baik.
➢ Hepatitis B, C, dan D jarang ditularkan secara parenteral, dapat menjadi kronis dan
menimbulkan cirrhosis atau kanker hati.
➢ Indonesia merupakan negara dengan endemisitas tinggi hepatitis B terbesar kedua di negara
South East Asian Region (SEAR) setelah Myanmar. Diperkirankan terdapat 28 juta penduduk
Indonesia terinfeksi hepatitis B dan C, 14 juta diantaranya berpotensi menjadi kronis, dan dari
yang kronis tersebut 1,4 juta berpotensi untuk menderita kanker hati

Hepatitis A Hepatitis B Hepatitis D Hepatitis C Hepatitis E
HAV HBV HDV HCV HEV
Infective hepatitis serum hepatitis Post transfusion Epidemic/ Entral
hepatitis
virus 27 nm RNA 42 nm DNA 35 nm 30 – 60 nm 32 nm RNA

Hepa virus Incomplete RNA flavi firus
RNA+HBsAg
transmission Feco-oral Paraentral and post transfusion Feco-oral

Sexual low risk 1-5 %
Intrauterine low risk <5%
Incubation p. 2 – 6 weeks 2 – 6 months 2 – 6 months 2 – 6 months 2 – 6 weeks
Chronicity no Yes Yes Yes No

&liver cancer
Immunization Non specific Specific Ig IgM Non specific

-passive Ig Ig
-active HAV vaccine Heptavax HBV Heptavax HBV

danger vaccine vaccine

Viral Hepatitis
Virus Type Genome

HAV Picornavirus ssRNA Linear 7.5 kb -
HBV Hepadnavirus ds/ss DNA Circular 3.2 kb
HCV Flavivirus ssRNA Linear 9,4 kb -
HDV Deltaviriadae ssRNA Circular 1,7 kb -
HEV Calicivirus ssRNA Linear 7.8kb +

RUTE TRANSMISI
Virus Fecal oral Parenteral Sexual Vertical Unknown
HAV Yes Rare Very rare No --
HBV No Common Common Common --
HCV No Common Uncommon Yes Common
HDV No Yes Yes Yes --
HEV Yes No No No --

Phase Infection Hepatitis
Phase 1 – Replikasi virus; pasien asimptomatis pada fase ini.
Phase 2 – Prodromal / Pre-icteric
Phase 3 – Icteric phase
Phase 4 – Convalescent phase; menuju ke kesembuhan. Liver enzymes kembali ke normal.

DIAGNOSTIC TEST : PRE ICTERIC
➢ Peningkatan nilai ALAT dan ASAT, urobilinuria.

➢ Anti-HAV Ig M, HAV-RNA (hepatitis A).
➢ HBsAg, HBeAg, HBV-DNA dan anti-НВс IgM (hepatitis B).
➢ HBsAg, HBeAg, HBV-DNA, anti-НВс IgM dan HDVAg, HDV-RNA (hepatitis delta coinfection).
➢ HCV-RNA (hepatitis C).
➢ Anti-HEV Ig M, HEV-RNA (hepatitis E).

DIAGNOSTIC TEST : ICTERIC
➢ Anti-HAV Ig M, HAV-RNA (hepatitis A).

➢ HBsAg, HBeAg, HBV-DNA dan anti-НВс IgM (hepatitis B).
➢ HBsAg, HBeAg, HBV-DNA, anti-НВс IgM dan HDVAg, anti-HDV IgM, HDV-RNA.(hepatitis delta coinfection)
➢ HCV-RNA, anti-HCVcore IgM dan IgG (acute hepatitis C).
➢ Anti-HEV Ig M, HEV-RNA (hepatitis E).

DIAGNOSTIC TEST : POST ICTERIC
➢ Normalisasi bilirubin, ALAT, ASAT, dan parameter lainnya

➢ Anti-HAV Ig G, HAV-RNA (hepatitis A).
➢ Anti-НВс IgM , anti-НBе IgM, later- anti-НВс (total) IgM dan anti-НВс IgG (hepatitis B).
➢ Anti-НВс IgM , anti-НBе IgM, later- anti-НВс (total) IgM dan anti-НВс IgG dan anti-HDV IgG (hepatitis D).
➢ Anti-HCVcore IgG (past hepatitis C).
➢ Anti-HCVcore IgG, anti-HCV NS di hepatitis C fase laten.
➢ Anti-HCVcore IgM and IgG (with IgM predominance), anti-HCV NS and HCV-RNA di hepatitis C fase reaktivasi.
➢ Anti-HEV Ig G (hepatitis E).

DIAGNOSIS HEPATITIS A
➢ **Serology: adanya serum antigen dan imunoglobulin

➢ HAV: IgM anti-HAV: positif saat timbul gejalan; hasil tetap positif hingga 3-6 bulan pasca infeksi primer
➢ Anti-HAV IgG muncul setelah IgM dan umumnya bertahan hingga bertahun tahun.

Source : Nainan et al., 2006 – Clinical Microbiology Review
Schematic Representation of The HAV Genome Organization

Oligonucleotide Primer Used for PCR HAV

DIAGNOSIS HEPATITIS E
➢ Sampel untuk HEV RNA yaitu serum, liver, and stool.

➢ Antibodi Anti-HEV :
▪ IgM (akut)
▪ IgG (kronis)
➢ AST & ALT meningkat beberapa hari sebelum timbul gejala; kembali normal dalam waktu 1-2
bulan setelah keparahan penyakit.

DIAGNOSIS HEPATITIS C
➢ HCV: Anti-HCV; tidak dapat infeksi akut dan kronis
➢ EIA: antibody terhadap protein inti dan protein non struktural; muncul 3-5 bulan secara infeksi.
➢ PCR: digunakan untuk deteksi virus RNA → HCV

ALGORITMA FOR HCV SCREENING
Source : Firdaus et al., 2015 – World Journal of Virology

DIAGNOSIS HEPATITIS B & D
➢ Serology
➢ Test Kimia Darah
▪ AST, ALT, ALP, dan total Bilirubin
➢ Histology--Immunoperoxidase staining
➢ HBV Viral DNA → Penanda DNA virus paling akurat yaitu PCR
➢ Biopsi Liver → untuk menentukan tingkat peradangan dan stadium hepatitis kronis

MOLECULER DIAGNOSIS HBV
➢ Diagnosis laboratorium infeksi HBV sebagian besar didasarkan pada deteksi kekebalan HBsAg. Namun
masalah HBsAg tidak terdeteksi karena mutasi pada epitop atau karena tingkat antigen yang rendah
maka diperlukan pemeriksaan biologi molekuler yang kuat untuk deteksi HBV yang efisien.
➢ Pemeriksaan molekuler HBV diantaranya yaitu :
▪ Polymerase Chain Reaction (PCR)
▪ Ligase Chain Reaction (LCR)
▪ Isothermal Amplification Strategies (LAMP, NASBA)
▪ Rolling Circle Amplification (RCA)
▪ Transcription Mediated Amplification (TMA Reaction)
▪ Strand Displacement Amplification (SDA)
▪ Thermophilic Helicase-Dependent Isothermal Amplification (tHDA)
▪ Next Generation Sequencing (NGS)
▪ Biosensors, Microarray, and Microfluid Devices
Source : Datta et al., 2014 – World Journal of Gastroenterology
Source : Datta et al., 2014 – World Journal of Gastroenterology
TERIMA KASIH
Email : dewisaroh@stikesnas.ac.id
66

Dokumen Dari Niguellatp.2

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Dokumen Dari Niguellatp.2

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

UPDATE

DIII TLM STIKES NASIONAL 2

Tuberculosis DIII TLM STIKES NASIONAL 5

▪ Penyakit ini disebabkan oleh

▪ Mycobacteria merupakan organisme

▪ Dan Myobacterium tuberculosis

DIII TLM STIKES NASIONAL 7

DIII TLM STIKES NASIONAL 12

berdasarkan antigen atau antibody.

DIII TLM STIKES NASIONAL 14

Source : MacLean et al., 2020 – Journal of Clinical Microbiology

➢ Waktu : < 2 jam

➢ Peningkatan sensitivitas dengan

➢ Dapat mendeteksi konsentrasi Xpert MTB/RIF Ultra assay

➢ Spesifisitas Xpert MTB/RIF Ultra yang

Source : WHO (2021) Operational Handbook on Tuberculosis

➢ Tujuan : deteksi semikuantitatif MTBC

➢ Waktu : < 1 jam Truenat MTB,

➢ Dapat digunakan pada orang dewasa dan

➢ Waktu : < 1 jam.

➢ TB-LAMP tidak mendeteksi resistensi

➢ TB-LAMP dapat digunakan sebagai tes

➢ TB-LAMP dapat digunakan sebagai tes

Line Probe Assay (LPA)

➢ NGS dapat memerikan urutan yang

➢ Contoh : Deeplex Myc-TB

➢ Dapat deteksi mutase lain, selain

▪ Virus Covid-19 memiliki bentuk bulat

Source : (Bai, Cai, and Zhang, 2020).

Diagnosis Covid-19 yang saat ini berkembang yaitu :

1. Diagnosis molekuler → tujuan deteksi RNA virus

untuk menidentifikasi SARS-CoV-2 baik yang

simtomatik maupun asimtomatik dengan

2. Diagnosis serologi → tujuan untuk identifikasi

respon imun aktif terhadap SARS-CoV-2 dengan

Source : Gunardi, 2021 – Jurnal

➢ Molekuler diagnosis COVID-19 diantaranya yaitu:

▪ Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) → (with POC / CRISPR Technology)

▪ Nucleic Acid Microarray Assays

▪ Next Generation Sequencing

DIII TLM STIKES NASIONAL 36

DIII TLM STIKES NASIONAL 37

Source : Afzal, 2020 – Journal of Advaced Research

Source : Feng et al., 2021 – Anal Chem Journal

Source : Habibzadeh et al., 2021 – Critical Review In Clinical Laboratory Science

▪ Cas12 diaktifkan oleh dsDNA dengan urutan

Source : Feng et al., 2021 – Anal Chem Journal

➢ Microarray merupakan teknik dengan menggabungkan amplifikasi asam nukleat

Source : Habibzadeh et al., 2021 – Critical Review In Clinical Laboratory Science

Source : Gunardi, 2021 – Jurnal Kedokteran Meditek

DIII TLM STIKES NASIONAL 48

virus 27 nm RNA 42 nm DNA 35 nm 30 – 60 nm 32 nm RNA

transmission Feco-oral Paraentral and post transfusion Feco-oral

Incubation p. 2 – 6 weeks 2 – 6 months 2 – 6 months 2 – 6 months 2 – 6 weeks

Chronicity no Yes Yes Yes No

Immunization Non specific Specific Ig IgM Non specific

-active HAV vaccine Heptavax HBV Heptavax HBV

DIII TLM STIKES NASIONAL 49

Virus Type Genome

HBV Hepadnavirus ds/ss DNA Circular 3.2 kb

HCV Flavivirus ssRNA Linear 9,4 kb -

HDV Deltaviriadae ssRNA Circular 1,7 kb -

HEV Calicivirus ssRNA Linear 7.8kb +

DIII TLM STIKES NASIONAL 50