BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Hampir 75% permukaan bumi ditutupi oleh air, sehingga sudah tidak asing
bagi kita untuk mengetahui bahwa perairan merupakan lingkungan yang kaya
akan sumber aplikasi bioteknologi dan memberikan solusi potensial beberapa
masalah penting. Organisme akuatik dapat hidup pada rentangan kondisi ekstrim,
seperti pada laut kutub yang sangat dingin, tekanan yang sangat tinggi pada dasar
laut dalam, salinitas tinggi, temperatur yang tinggi, dan kondisi minim sinar
matahari. Berdasarkan hal tersebut, organisme akuatik berkembang melalui jalur
metabolisme yang menakjubkan, mekanisme reproduksi dan adaptasi sensori.
Organisme ini memiliki kekayaan informasi genetik unik dan aplikasi yang
potensial.
Terdapat beberapa potensi masa depan dalam kajian bioteknologi akuatik
karena perairan merupakan salah satu area bioprospek kajian global dalam upaya
menemukan spesies akuatik yang belum pernah terungkap sebelumnya yang
mungkin memiliki nilai komersil. Lingkungan perairan seperti lautan dunia
merupakan sumber kekayaan keanekaragaman hayati yang sangat luar biasa;
untuk dapat bertahan hidup organisme laut harus mampu mengatasi tekanan
ekstrim, suhu yang tinggi, salinitas, dan kondisi lingkungan lainnya. Oleh karena
itu potensi untuk menemukan protein baru dan senyawa bioaktif yang memiliki
potensi komersil pada organisme laut ini sangat tinggi. Sebagai contoh, lebih dari
40 perusahaan melakukan bioprospek di benua Artik, dan berharap dapat
memanfaatkan kekayaan baru organisme Artik dalam es, air dan tanah dibawah
lapisan es. Sektor perikanan secara praktis mengembangkan spesies ikan dengan
modifikasi genetik, akan terus berlanjut untuk mengembangkan area bioteknologi
akuatik untuk memberikan ketersediaan sumber makanan dengan protein tinggi.
Dalam bahasan ini, kita menyadari banyaknya aspek mengagumkan dari
bioteknologi akuatik dengan mengeksplor bagaimana organisme perairan tawar
dan laut dapat digunakan untuk aplikasi bioteknologi. Olehkarena itu dai dalam
makalah ini akan dibahas lebih lanjut hal yang berkaitan dengan pentingnya
bioteknologi akuatik serta aplikasinnya.

B. Rumusan Masalah
1. Bagaimanakah fokus kajian bioteknologi akuatik?
2. Bagaimanakah peran akuakultur (budidaya perairan) dalam meningkatkan
suplai sumber pangan dunia melalui aplikasi bioteknologi serta nilai
ekonomisnya?
3. Bagaimanakah praktik budidaya perikanan serta inovasi untuk
meningkatkan kualitas akuakultur?
4. Bagaimanakah halangan dan keterbatasan akuakultur?
5. Bagaimanakah perkembangan akuakultur masa kini dan masa depan serta
teknik aplikasinya?
6. Bagaimanakah aplikasi bioteknologi akuatik dalam bidang kesehatan dan
lingkungan?
C. Tujuan
1. Menjelaskan fokus kajian bioteknologi akuatik
2. Menjelaskan peran akuakultur (budidaya perairan) dalam meningkatkan
suplai sumber pangan dunia melalui aplikasi bioteknologi serta nilai
ekonomisnya
3. Menjelaskan praktik budidaya perikanan serta inovasi untuk meningkatkan
kualitas akuakultur
4. Menjelaskan halangan dan keterbatasan akuakultur
5. Memaparkan perkembangan akuakultur masa kini dan masa depan serta
teknik aplikasinya
6. Menjelaskan aplikasi bioteknologi akuatik dalam bidang kesehatan dan
lingkungan
 BAB II
ISI

A. Fokus Kajian Bioteknologi Akuatik

Lautan telah menjadi sumber makanan dan sumber daya alam selama
ribuan tahun. Akan tetapi, pertumbuhan polulasi manusia, penangkapan ikan
secara besar-besaran, dan penurunan kondisi lingkungan telah menyebabkan
jatuhnya industri perikanan, yang turut memberikan tekanan bagi beberapa spesies
dan strain sumber daya laut. Meskipun ilmuwan telah mempelajari banyak hal
tentang biologi kelautan, organisme laut yang sangat luas bahkan sampai
mikroorganisme yang ada didalamya, masih belum banyak yang teridentifikasi.
Diperkirakan sekitar 80% organisme di bumi hidup dalam ekosistem akuatik.
Hal ini jelas menunjukakn bahwa perlu adanya banyak penelitian lebih
lanjut mengenai kekayaan potensi laut yang dikombinasikan dengan keadaan
semakin meningkatnya populasi manusia, kebutuhan medis, dan fokus lingkungan
terhadap bumi membuat sains akuatik menjadi kajian yang menarik untuk diteliti
lebih lanjut. Ekosistem akuatik mungkin memiliki jawaban atas beberapa masalah
global. Kajian bioteknologi akuatik di Amerika serikat memprioritaskan
penelitian untuk mengeksplorasi pemanfaatan organisme akuatik diantaranya
untuk:
 Meningkatan suplai sumber pangan dunia
 Pemugaran dan perlindungan ekosistem laut
 Mengidentifikasi senyawa baru yang berguna untuk kesehatan manusia
dan perawatan medis
 Meningkatkan keamanan dan kualitas makanan laut
 Menemukan dan mengembangkan produk baru dan aplikasinya dalam
indusri kimia
 Mencari pendekatan baru untuk monitoring dan pengobatan penyakit
 Meningkatkan pengetahuan proses biologi dan geokimia lingkungan
perairan.
B. Aquaculture (budidaya perairan): Meningkatkan Suplai Sumber Pangan
Dunia melalui Aplikasi Bioteknologi
Populasi manusia saat ini mencapai 6,9 milyar jiwa dan diperkirakan
berpotensi untuk terus bertambah hingga mencapai 9,3 milyar di tahun 2050.
Kehidupan manusia yang terus meningkat menyebabkan semakin meningkatnya
gaya hidup berstandar tinggi untuk memenuhi kebutuhannya sehingga saat ini
muncul banyak kecenderungan untuk mendapatkan makanan bergizi tinggi seperti
daging dan seafood. Permintaan dunia terhadap hasil aquaculture diperkirakan
akan meningkat 70% selama 30 tahun terakhir. Aquaculture (budidaya perairan)
merupakan pengolahan hasil perairan, seperti pengolahan ikan, kerang dan
tumbuhan akuatik untuk tujuan rekreasi atau komersil. Khususnya, marine
aquaculture (budidaya kelautan) disebut mariculture.
Kebutuhan akan hasil laut terus meningkat baik untuk seafood ataupun
hasil lainnya selama 30 tahun terakhir ini dan untuk mencukupinya dibutuhkan
sekitar 50-80 juta ton. Hal tersebut menyebabkan, penagkapan ikan yang
berlebihan, peruskaan habitat dan eksploitasi hasil laut oleh perusahaan perikanan
berdampak pada penurunaan produksi laut dunia dan ketersediaan pangan.
Menurut organisasi pangan dunia (FAO), diperkirakan sekitar setengah dari
persediaan ikan telah dianggap tereksploitasi penuh dan sekitar 30% dianggap
mengalami overeksploitasi, habis dan mengalami pemulihan. Apabila permintaan
terus berkelanjutan dan terus meningkat maka akan mengakibatkan penurunan
kualitas lingkungan perairan yang dapat berakibat kekurangan ikan dan kerang-
kerang konsumsi. Melalui akuakultur diharapkan dapat menciptakan kondisi
lingkungan perairan yang tetap terjaga dengan melakukan upaya pengolahan
sumber daya laut yang lebih baik sehingga dapat mengatasi masalah ini.

Nilai ekonomi akuakultur

Akuakultur di Amerika merupakan salah satu industri yang mengalami
pertimbuhan lebih dari $ 1 milyar setiap tahunnya, yang hanya mencukupi 5%
kebutuhan suplai makanan laut dunia. Akuakultur di Amerika mengalami
peningkatan dua kalilipat pada 10 tahun terakhir dan menghasilkan 100 tumbuhan
dan hewan laut yang berbeda. Beberapa negara di dunia juga secara aktif
mengembangkan akuakultur secara praktis. China merupakan negara nomer 1
yang memproduksi hasil laut, diikuti oleh India, Vietnam, Indonesia, Thailnd,
Bangladesh, Norwegia, Chilie, Filipina, Jepang, Mesir, dan Myanmar, perikanan
Yunani memproduksi sea bass lebih dari 100.000 ton setiap tahun. Norwegia
merupakan negara pemroduksi salmon terbesar di dunia. Kanada memproduksi
lebih dari 70.000 ton salmon dari lautan atlantik dan pasifik yang setiap tahunya
menghasilkan keuntungan sekitar $450 milyar.
Industri perikanan memiliki nilai eknonomis lebih tinggi dibandingkan
dengan peternakan, sebagai contoh dalam peternakan sapi membutuhkan 7 pon
batang padi sebagai pakan untuk menghasilkan 1 pon daging, sedangkan di
perikananan hanya membutuhkan 2 pon makanan ikan untuk dapat menghasilkan
1 pon daging ikan. Contoh lainnya dengan melakukan aquakultur, ikan catfish
yang dibudidayakan dapat tumbuh hampir 20% lebih cepat dibandingkan dengan
pertumbuhan ikan catfish di kondisi alaminya. Meskipun demikain ada juga
beberapa ikan yang tidak bisa dibudidayakan tetapi lebih baik tumbuh di alam
seperti ikan tuna dan ikan todak yang hidup berkelompok di lautan bebas.
Berdasarkan paparan statistik tentang perkembangan industri perikanan dunia saat
ini, menunjukkan bahwa akuakultur merupakan industri yang penting dan
potensial di masa mendatang.

C. Praktik Budidaya Perikanan

Tujuan utama akuakultur adalah untuk membudidayakan ikan-ikan
konsumsi manusia. Suatu organisme parairan ditumbuhkan untuk banyak tujuan,
misalnya ikan-ikan kecil dibudidayakan untuk dijual sebagai umpan ikan atau
tujuan rekreasi (sebagai ikan hias). Ikan kecil seperti ikan haring dan sarden
dipanen dalam jumlah besar dimanfaatkan untuk makanan ikan, minyaknya
digunakan untuk makanan ternak, seperti ternak sapi, babi dan ikan lainnya.
Untuk membuat mutiara, maka dibudidayakan kerang laut yang diisolasi dengan
agen tertentu agar terbentuk sekret dan menghasilkan mutiara, persilangan ikan
jenis tertentu untuk menghasilkan bibit unggul, penyebaran stok ikan semua
contoh tersebut merupakan aplikasi dari akuakultur.
Aplikasi akuakultur sangat bervariasi dan hel tersebut tergantung pada
faktor-faktor seperti spesies apa yang ingin dibudidayakan, faktor siklus hidup
suatu spesies, faktor lingkungan yang dibutuhkan untuk tumbuh, dan waktu yang
dibutuhkan untuk mempersiapkan kematangan ikan hingga siap dijual di pasar.
Sebagai contoh telur-telur ikan salmon dan spermanya diambil secara manual dari
stok benih ikan salmon dewasa. Hal tersebut dilakukan sebagai upaya untuk
mengontrol kualitas dan kesehatan ikan yang diproduksi. Pertumbuhan ikan,
kesehatan, kualitas dan warna daging ikan merupakan hal-hal yang perlu
diperhatikan oleh pembudidaya ikan.
Dalam praktik pembudidayaan ikan biasanya telur-telur ikan akan
difertilisasikan di dalam sebuah wadah sampai embrio menetas yang disebut
“fry”, kemudian dipindahkan di akuarium yang lebih besar dengan air mengalir.
Kebanyakan inisiasi pembudidayan ikan didalam ruangan dalam rangka
“perawatan”. Ikan biasanya dapat lepas dari perawatan intensif apabila sudah
mencapai ukuran sebesar jari manusia atau biasa disebut smolts yang selanjutnya
akan dipindahkan pada wadah konsentrasi yang disebut raceways dan bisa
diletakkan di dalam ruangan atau diluar ruangan (Gambar 1). Raceways biasanya
merupakan tangki yang didesain saling terhubung dan dialairi air secara terus
menerus. Tipe raceways seperti ini sangat penting untuk budidaya ikan salmon
dan ikan trout (semacam ikan air tawar) yang biasanya bertahan hidup dengan
melawan arus. Dengan membuat lingkungan mini yang mirip aslinya, akuakultur
berusaha memberikan lingkungan alami bagi ikan sehingga mendukung
pertumbuhan karakter fisik yang sama dengan ikan di alam, seperti perkembangan
sistem otot dan instingnya.
Beberapa spesies ikan dibesarkan dalam tangki raceways hingga mencapai
ukuran yang bisa dijual di pasaran, atau bisa juga dipindahkan ke kolam dangkal
kecil untuk pertumbuhan lebih lanjut sebelum dipanen. Untuk spesies tertentu
termasuk salmon, setelah ikan mencapai ukuran sedang. Ikan tersebut dibesarkan
hingga mencapai kematangan seksual di dalam kandang berjaring, atau tanah
berpagar yang tampak seperti danau, kolam kecil atau estuaria. Peternak kerang
umumnya menggunakan sistem kandang berjaring sebagai tempat pembibitan

dengan sejumlah besar perawatan intesnsif untuk kerang yang belum matang
Gambar 1. Cara pembudidayaan ikan
seperti tiram atau remis yang menempel di rak-rak. Rak yang diletakkan di
lingkungan estuaria sangat mendukung pertumbuhan dam kematangan seksual
kerang dalam kondisi lingkungan laut yang alami (Gambar 2). Biasanya dengan
membudidayakan kerang dalam rak-rak ini dapat meningkatkan produksi kerang
dibandingkan jika kerang hidup di lingkungan alami. Jadi upaya yang dilakukan
dalam akuakultur bisanya dilakukan dengan merubah beberapa teknik budidaya
sebagai usaha untuk meingkatkan hasil dan untuk meminimalisir biaya produksi.
 Peternakan salmon merupakan contoh yang sangat bagus untuk proses
perbesaran. Telur dan sperma dari indukan unggul dibiakkan untuk pertumbuhan
yang cepat selam fertilisasi, dan menghasilkan embrio yang kemudian dipelihara
selama 12 sampai 18 bulan di dalam tanki sampai mencapai ukurang sebesar jari
manusia. Selanjutnya ikan dengan ukuran tersebut dipindahkan kesuatu tempat
berjading yang terletak di laut atau teluk dekan garis pantai. Selama proses ini,
pakan salmon biasanya berupa pelet yang terbuat dari campuran ikan haring,
minyak ikan dan produk ternak (seperti tulang, sisa daging, dan sejenisnya).
Pakan yang diberikan juga mengandung antibiotik, dan pewarna tambahan
sehingga dapat membuat salmon tanpak kemerahan, kemudian ikan juga
diletakkan di bak yang mengandung pestisida untuk menghilangkan kutu dan
parasit laut. Dalam pembudidayaan ikan juga dapat dilakukan modifikasi pakan
misalnya pakan yang terbuat dari sayuran yang kemudian dapat dibandingkan
kefektifannya dalam produksi ikan.

Inovasi dalam budidaya perikanan

Banyak pendekatan inovatif yang dapat digunakan untuk pertumbuhan
ikan sampai sekarang masih terus dikembangkan. Sebagai contoh di Virginia
barat, biologiwan memanfaatkan sisa sumber tambang batubara yang melimpah
dari gunung setempat. Air yang dingin dari pegunungan tersebut dan air tawar
selama musim semi dilewatkan jalur tertentu untuk mengisi beberapa sisa sumber
batubara, sehingga menyediakan lingkungan yang bagus untuk pertumbuhan ikan
forel pelangi (rainbow trout). Pendekatan ini juga penting untuk pengolahan
lingkungan akibat penambangan batubara yang pada umumnya kurang
bermanfaat.
Upaya inovasi budidaya ikan lainnya dapat dilakukan dengan polikultur,
atau biasa disebut akuakultur terintegrasi, yaitu budidaya yang membiakkan lebih
dari satu spesies pada lingkungan terkontrol yang sama. Pembiakan spesies yang
memiliki kebutuahan nutrisi yang sama dalam satu habitat adalah salah satu cara
yang dapat mengoptimalkan sumber air. Polikultur secara praktis dapat juga
menggunakan spesies yang sangat berbeda seperti dengan membiakkan ikan
dengan kerang bersama-sama, atau ikan dengan tumbuhan laut tertentu. Sebagai
contoh, membudidayakan ikan gurame bersama dengan selada air merupakan
salah satu pendekatan polikultur yang efektif. Akar dari selada air menyerap
nutrisi dan produk sisa ikan (seperti nitrogen) dari air yang dimanfaatkan sebagai
pupuk alami untuk mendukung pertumbuhan selada air.
Pendekatan budidaya melalui polikultur juga bisa dilakukan dengan sistem
hidroponik, yaitu suatu sistem yang menggunakan sedikit air yang terus mengalir
untuk menumbuhkan tanaman sayur (seperti tomat dan brokoli) atau herbs
(kemangi dan lokio) yang dikultur di rak-rak dimana air sisa dari tanki ikan dapat
dialirkan. Polikultur dan hidroponik seringkali digunakan bersama ketika ikan
gurame atau lele dibiakkan bersama tumbuhan tilapia. Selain itu inovasi dalam
budidaya perikan dapat dilakukan dengan upaya berikut:
a. Meningkatkan kualitas strain untuk akuakultur
Salah satu strategi yang digunakan untuk meningkatkan kualitas budidaya
ikan adalah dengan menungkatkan kualitas strain. Peningkatan kualitas strain
ikan dapat dilakukan pada tingkat molekuler materi genetik ikan. Saat ini upaya
yang dilakukan para ilmuawan adalah dengan mempelajari mekanisme ekspresi
gen terutama dalam reproduksi ikan, pertumbuhan dan perkembangan. Teknik
cryopreservation dan penyimpanan sampel jaringan dan sel dilakukan pada
temperatur yang sangat rendah (biasanya antara -20°C dan -50°C); dan biasanya
diberi stimulasi hormon untuk menginduksi ikan bertelur dan meningkatkan
pertumbuhan ikan.
Sebagai contoh, ikan dan kerang dapat ditingkatkan kualitasnya dengan
persilangan bibit-bibit unggul yang telah mengalami seleksi. Petani ikan dan
ilmjuwan dapat bekerja sama untuk menentukan karakteristik ikan unggul yang
diharapkan, misalnya dalam populasi ikan lele, tidak semua individu mempunyai
laju pertumbuhan dan karakteristik fisik yang sama, seperti masa otot yang
dibandingkan dengan presentase lemak tubuh. Ilmuwan dapat menggunakan
banyak teknik untuk mengidentifikasi ikan yang dapat tumbuh dengan cepat dan
memiliki massa otot yang berat. Mereka dapat menggunakan teknik suara ultara
untuk mengukur massa otot. Ikan yang memiliki hasil massa otot terberat
 kemudian dibiakkan untuk menghasilkan keturunan yang memiliki peningkatan
massa otot.
Di Arizona, peneliti telah mengembangkan pembiakan seletif untuk
mengidentifikasi udang yang diaklimatisasi untuk ditumbuhkan di air dengan
salinitas rendah. Dimulai dengan penumbuhan larva udang di dalam air tawar
yang ditambahkan garam, kemudian ilmuwan mengkultur udang-udang ini di
dalam tanki yang secara perlahan diberi konsentrasi garam sedikit demi sedikit.
Teknik ini dapat menghasilkan udang berkualitas tinggi, tanpa membutuhkan air
asin, dan air dengan konsentrasi rendah garam dapat dimanfaatkan dan diolah
kembali untuk irigasi lahan buah dan sayuran. Budidaya udang di Arizona dengan
teknik ini memungkinkan produksi udang diwilayah yang jauh dari laut.

b. Meningkatkan kualitas dan keamanan seafood

Teknik pembudidayaan ikan dapat dikombinasi dengan teknik biologi
molekuler untuk menciptakan ikan dan kerang yang memiliki warna, rasa, dan
tekstur yang diinginkan konsumen. Olehkaren itu ilmuwan saat ini banyak
mengembangkan keamanan seafood yang bebas dari patigen dan kontaminan
kimia.
Pusat bioteknologi di Columbia, menggunakan teknik kloning gen untuk
memproduksi astaxanthin, yaitu pigmen yang memberi warna pink pada udang.
Dengan merekombinasi astaxantin dalam makanan ikan ilmuwan juga bisa
mebghasilkan warna merah cerah pada ikan salmon untuk memenuhi selera
konsumen. Para ilmuawan bioteknologi akuatik bekerja dengan berbagai macam
teknik inovatif, seperti dengan memproduksi fragmen restriksi polimorfisme
(RFLP) berbasis chip DNA yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies
ikan konsumsi. Ilmuwan biologi molekuler juga menggunakan teknik molekuler
untuk mengidentifiksi dan mempelajari lebih lanjut tentang gan yang mengkode
toksin organisme laut. Studi ini dapat membatu kita untuk mengerti bagaimana
toksin yang menyebabkan penyakit sehingga kemudian dapat diminimalisir
dampak negatifnya bagi kesehatan manusia.
 Penyelidikan molelular dan tes PCR telah dikembangkan untuk
mendeteksi bakteri, virus, dan parasit yang menginfeksi kerang atau ikan
konsumsi. Peyelidikan gen telah dikembangkan untuk mendeteksi penyakit yang
disebabkan oleh infeksi virus pada udang serta menggunakan penyeidikan gen
untuk mengetahui dampak stres lingkungan terhadap pertumbuhan ikan. Peralatan
tes antibodi juga telah dikembangkan untuk mendeteksi adanya Vibrio cholerae
pada tiram. Tes ini menggunakan antibodi untuk mendeteksi protein dari V.
cholerae, yang merupakan bakteri penyebab kolera dan biasanya banyak
menjangkiti negara berkembang dengan suplai air yang telah terkontaminasi
karena fasilitas pengolahan kotoran yang kurang baik.
Peralatan lain yang dikembangakan para ahli bioteknologi akuatik adalah
dengan membuat vaksin untk banyak patogen yang menyerang ikan dan kerang
budidaya. Sebagai contoh di California, Idaho, Oregon dan Washington telah
mengembangkan vaksin untuk virus yang menyebabkan infeksi homopoietik
nekrosis (IHN), yang banyak menyebabkan kematian pada budidaya ikan salmon
per tahunnya. Vaksin ini dikembangkan dari protein IHN yang diekspresikan pada
bakteri. Vaksin ini berfungsi melindungi ikan dari serangan infeksi IHN, vaksin
ini disuntikkan pada ikan untuk menstimulasi produsi antibodi yang menyerang
virus IHN.

D. Halangan dan keterbatasan Akuakultur

Meskipun telah banyak dikembangkan teknik dan aplikasi bioteknologi
dalam industri perikanan namun tetap ada hambatan dan keterbatasannya. Tidak
semua spesies dapat dibudidayakan secara ideal melalui akuakultur, kualitas air
yang semakin menurun juga berpotensi menjadi masalah dalam budidaya ikan.
Untuk beberapa spesies ikan, sangat sulit untuk mempertahankan aliran air dengan
konsentrasi nutrisi yang cukup dan dapat mengalirkan sampah secara cepat. Hal
ini banyak terjadi pada spesies ikan laut yang membutuhkan area yang luas untuk
penjelajahan dan tidak dapat bertahan hidup ketika berada pada area terbatas.
Organisme laut biasanya juga memiliki siklus hidup yang panjang dan kompleks
termasuk tahap larva, yang masing-masing tahapan membutuhkan jenis makanan
yang berbeda sebelum mencapai ukuran yang dapat dijual dipasaran. Selama
siklus hidupnya banyak sekali ikan yang masih seukuran jari tidak dapat bertahan
hidup karena perubahan lingkungan yang tidak menentu.
Dalam budidaya perikanan juga mengalami masalah tentang bagaimana
meminimalisir efek penyakit bagi polulasi ikan. Dalam kolam perbesaran ikan
yang padat infeksi bakteri, virus atau patogen dapat secara cepat menyebar, karena
sebagian besar ikan budidaya memiliki resistensi yang sama pada penyakit
tertentu. Masalah lain yaitu berkaitan dengan pembuangan feses hewan dan
sampah dari pertanian tradisional berdampak serius pada lingkungan perairan.
Sampah yang ikut mengalir bersama air ke laut mengandung feses yang tidak
terolah, urin, makanan yang terbuang, sampah tersebut banyak mengandung
nitrogen dan kaya akan fosfor sehingga dapat memicu ledakan pertumbuhan alga
dan masalah lainnya. Banyaknya tumpukan alga yang mati dapat mengurangai
konsentrasi oksigen sehingga berpotensi membunuh ikan.

E. Masa Depan Akuakultur Dan Teknologi Pengembangan

Apa yang terletak pada arah industri budidaya perikanan? Banyak dari
arah masa depan akan melibatkan dalam mengatasi beberapa hambatan dan
keterbatasan yang dijelaskan sebelumnya. Untuk mengurangi kekhawatiran
tentang umpan yang melebihi batas populasi untuk digunakan dalam tepung ikan,
budidaya perikanan banyak mengeksplorasi cara untuk menumbuhkan spesies
pada sumber-sumber makanan yang berbeda yang membutuhkan tepung ikan liar
sedikit atau tidak ada dan minyak. kemajuan dalam budidaya ikan kemungkinan
akan meminimalkan pembuangan limbah dari fasilitas budidaya perairan dan
mengurangi penggunaan antibiotik, pestisida, dan bahan kimia lain yang
digunakan untuk mengobati spesies pertanian. Hal ini juga kemungkinan bahwa
pendekatan polikultur akan menjadi lebih populer sebagai budidaya perikanan
berusaha untuk memaksimalkan sumber daya air. Seperti yang kita bahas di
bagian berikutnya, molekul pendekatan genetik akan memiliki dampak yang kuat
pada budidaya perikanan di masa depan. Menggunakan banyak strategi yang
disajikan dalam bab ini, bersama dengan rekombinan teknologi DNA,
bioteknologi air akan bekerja untuk meningkatkan pertumbuhan dan produktivitas
spesies meningkatkan ketahanan terhadap penyakit dan komposisi genetik dari
spesies makanan penting. biologi molekular akan memiliki dampak yang kuat
pada budidaya perikanan, dari mengidentifikasi gen yang mengontrol reproduksi
dan tempat bertelur ikan dan kerang untuk penciptaan spesies secara genetik
dimodifikasi dengan karakteristik yang diinginkan.
Bekerja pada pemahaman kondisi yang mempengaruhi kematian
organisme laut selama masa kritis dalam memimpin pengembangan awal untuk
praktek pemeliharaan baru yang dapat meningkatkan produktivitas spesies ternak.
Banyak negara secara aktif terlibat dalam penelitian yang berkaitan dengan
pertanian spesies lain yang sulit untuk dinaikkan oleh budidaya. Misalnya. dengan
Departemen Sumber Daya Alam Carolina Selatan yang bereksperimen dengan
teknik budidaya untuk meningkatkan tongkol, ikan yang sangat populer memiliki
nilai komersial tinggi. tongkol berkeliaran dalam air terbuka wilayah laut,
membuat mereka sulit untuk meningkatkan keterbatasan kondisi.
Sejauh ini kita telah mengambil potret untuk melihat industri budidaya
perikanan-salah satu aplikasi tertua dari bioteknologi perairan. Pada bagian ini,
kita telah melihat bahwa budidaya perikanan tidak berbeda dengan banyak
industri: itu manfaat bagi masyarakat tetapi juga menimbulkan beberapa masalah.
Pada bagian berikutnya, kami menjelajahi daerah yang dalam masa pertumbuhan:
genetika molekuler organisme perairan.

Teknologi Genetik dan Organisme Perairan

pengetahuan dasar ekspresi gen dan regulasi pada organisme perairan dan
pemahaman tentang gen yang terlibat dalam proses seperti reproduksi,
pertumbuhan, perkembangan, dan kelangsungan hidup dalam kondisi lingkungan
yang ekstrim akan menjadi penting untuk aplikasi seperti menjaga populasi
spesies laut yang terancam punah, membatasi populasi spesies berbahaya, dan
memajukan manipulasi genetik organisme perairan pengetahuan dasar ekspresi
gen dan regulasi pada organisme perairan dan pemahaman tentang gen yang
terlibat dalam proses seperti reproduksi, pertumbuhan, perkembangan, dan
kelangsungan hidup dalam kondisi lingkungan yang ekstrim akan menjadi penting
untuk aplikasi seperti menjaga populasi spesies laut yang terancam punah,
membatasi populasi spesies berbahaya, dan memajukan manipulasi genetik
organisme perairan.
Di samping itu, patogen yang mempengaruhi hasil sirip dan kulit ikan
pada kerugian besar dalam keuangan setiap tahun. Para ilmuwan yang bekerja
untuk meningkatkan kelangsungan hidup dan pertumbuhan spesies budidaya
perikanan, dan biologi molekuler yang digunakan untuk mempelajari lebih lanjut
tentang sistem kekebalan tubuh spesies air dan kerentanan mereka dan ketahanan
terhadap organisme penyebab penyakit, termasuk transmisi penyakit dan siklus
hidup dari patogen sendiri.
karena Anda akan segera belajar, salah satu aplikasi akhir untuk
meningkatkan pemahaman kita tentang genom organisme akuatik melibatkan
manipulasi genetika dari spesies laut.

Penemuan Dan Kloning Gen Baru

Penemuan gen proses organisme perairan mencakup banyak daerah yang
menarik. Sebagai contoh, banyak penelitian didedikasikan untuk mengidentifikasi
gen baru, belajar tentang faktor lingkungan yang mengontrol ekspresi gen, seperti
efek dari suhu ekstrim dan tekanan dalam laut, identifikasi dasar molekuler
adaptasi yang unik, dan mempelajari genetik dan molekuler faktor-faktor seperti
hormon yang mengontrol reproduksi, pertumbuhan, dan perkembangan organisme
perairan.
Selain untuk mengidentifikasi gen baru, banyak kelompok peneliti yang
terlibat dalam mengidentifikasi mutasi yang terkait dengan penyakit pada ikan.
Akhirnya, informasi akan digunakan dalam pengembangan bebas penyakit pada
stok peternak ikan dengan karakteristik yang dipilih untuk penetasan di AS.
Dengan mengidentifikasi gen perusak yang mungkin memiliki pengaruh negatif
pada ikan, kesehatan, pertumbuhan, dan panjang umur, ilmuwan mengantisipasi
bahwa banyak gen ini dapat diubah atau dihilangkan untuk menghasilkan spesies
yang dapat ditingkatkan untuk budidaya. Menemukan gen yang dapat digunakan
sebagai penyelidikan untuk identifikasi organisme laut mikroskopis seperti
fitoplankton dan zooplankton-sumber makanan penting bagi banyak spesies-akan
membantu para ilmuwan kelautan melihat dampak lingkungan pada genetika
mikroorganisme ini. Ini adalah masalah yang sangat penting untuk memahami
bagaimana organisme mikroskopis mempengaruhi organisme lebih tinggi dalam
rantai makanan.
Gen sedang diidentifikasi sebagai penanda DNA yang dapat digunakan
untuk membedakan persediaan ikan liar dari tempat penetasan-penyediaan tempat.
Ahli biologi tertarik dalam menggunakan tanda tersebut untuk mengidentifikasi
strain yang lebih tahan terhadap penyakit dan menerima budidaya ikan. Tanda
tersebut juga akan memainkan peran penting sebagai ilmuwan mencoba untuk
menentukan dampak dari pelarian tambak pada persediaan asli. Banyak dari gen
penanda adalah spesies-spesifik, dan mereka telah memungkinkan petugas ikan
dan satwa liar untuk menerapkan teknik PCR dalam menyelidiki kasus panen
ilegal dan ikan eceran yang memiliki jatah. Sebagai contoh, di Amerika Serikat
timur laut, blackfish dihargai tabel tarif. Namun pemanenan yang berlebihan dari
blackfish telah menghasilkan batas ukuran yang ketat dan tanggal musiman untuk
panen blackfish. Jika pejabat satwa liar bertemu seseorang yang mereka curigai
sebagai pemburu blackfish dan memanen selama musim tertutup namun pemburu
hanya memiliki potongan di perahu dan bangkai tidak utuh, bagaimana bisa para
pejabat menentukan potongan spesies tersebut? Menggunakan blackfish-spesifik
primer, PCR dapat dijalankan pada DNA diisolasi dari potongan untuk
menentukan apakah potongan tersebut dari blackfish atau tidak.
Kloning gen untuk hormon pertumbuhan (GH) adalah contoh yang sangat
baik bagaimana proses penemuan gen dapat mengarah pada kemajuan di bidang
bioteknologi kelautan. Kita telah membahas bagaimana kloning manusia GH
menyebabkan pengobatan untuk kekerdilan (Bab 3). Ingatlah bahwa GH adalah
hormon yang diproduksi oleh kelenjar pituitari yang distimulasi oleh pertumbuhan
tulang dan sel-sel otot selama masa remaja. Kloning gen salmon GH telah
menyebabkan perkembangan spesies transgenik salmon yang menunjukkan
tingkat pertumbuhan sangat dipercepat dibandingkan dengan strain asli. Kami
menganggap contoh GH secara lebih rinci dalam bagian berikutnya. Sebagai
contoh lain, Universitas Alabama-Birmingham peneliti telah melakukan kloning
gen untuk molt-inhibiting hormon (MIH) dari kepiting biru. Molting (shedding)
dipicu oleh penurunan MIH, menyebabkan produksi kepiting soka yang dapat
dimakan utuh. saat penelitian sedang berjalan untuk memblokir pelepasan MIH
sebagai cara untuk menghasilkan kepiting lunak pada permintaan untuk industri
makanan laut.

Protein Antibeku
Salah satu contoh paling sukses dari identifikasi gen baru dengan aplikasi
menjanjikan melibatkan gen untuk protein antibeku (AFPs). Sebuah Protein A/ F,
dari Massachusetts Inc,, adalah pemimpin dalam produksi protein antibeku.
Banyak AFPs pertama diisolasi dari yang spesies ikan tinggal di bawah seperti
cod utara, yang hidup di lepas pantai timur Kanada, dan ikan Antartika disebut
teleosts, yang tinggal di air sarat es yang dingin-beberapa lingkungan yang paling
parah pada bumi. Selanjutnya, AFPs telah diisolasi dari sejumlah spesies air
dingin lainnya, termasuk winter flounder (Pleuronectes americanus), sculpin
(Myoxocephalus Scorpius), ocean pout (Marcrozoarces americanus), smelt
(Osmerus mordax), dan ikan haring (Clupea harengus). Menariknya, protein
serupa telah ditemukan pada serangga, bakteri. dan organisme lain yang dapat
bertahan hidup pada suhu dingin.
Beberapa jenis AFPs telah ditemukan. Secara struktural, AFPs paling
memiliki heliks alfa yang luas dan diselenggarakan bersama-sama oleh sejumlah
besar jembatan disulfida. AFPs berfungsi untuk menurunkan suhu pembekuan
darah ikan dan cairan ekstraselular, sehingga melindungi ikan dari pembekuan di
perairan laut dingin. Air laut membeku di sekitar -1.8 oC. AFPS yang biasanya
lebih rendah titik beku dari cairan tubuh ikan sekitar 2oC sampai 3oC. Saat ini,
sebagian besar AFPs terisolasi dari darah ikan. Untuk memenuhi tuntutan yang
berat yang diharapkan untuk aplikasi dari AFPs, ilmuwan bekerja pada produksi
rekombinan AFP dalam sel bakteri dan mamalia untuk mengakomodasi
kebutuhan masa depan diantisipasi untuk AFPs di seluruh dunia.
 AFPs melindungi organisme hidup dari pembekuan dalam berbagai cara.
Mereka dapat mengikat permukaan kristal es untuk memodifikasi atau memblokir
pembentukan kristal es, pembekuan cairan pada suhu yang rendah secara biologis,
dan melindungi membran sel dari kerusakan akibat dingin. Karena kemampuan
ini unik, sejumlah aplikasi inovatif untuk protein tertentu sedang dikembangkan.
AFPs yang digunakan untuk membuat ikan dan tanaman transgenik dengan
ditingkatkan ketahanan terhadap suhu dingin dan beku. Misalnya, salmon tidak
dapat menghasilkan molekul antibeku, sehingga mereka mati bila terkena air
hampir membeku. Perairan pesisir dari Kanada timur, terlalu dingin untuk spesies
liar salmon, sedang dipertimbangkan sebagai potensi budidaya habitat tahan beku
spesies salmon transgenik yang mengandung gen AFP.
Urutan gen promoter AFT juga sedang digunakan dalam percobaan DNA
rekombinan untuk merangsang ekspresi transgenik, termasuk GH dalam salmon.
Transkripsi dari urutan promotor AFP dirangsang oleh suhu dingin. Dengan
ligating gen sampai ujung 3’ urutan promotor AFP, promotor AFP dapat
digunakan untuk merangsang transkripsi "dowtrstream" ini cairan gen di bawah
air dingin (Gambar 10.5). Jadi konstruksi promotor gen AFP dapat berfungsi
sebagai vektor transkripsi sangat efektif untuk menuliskan gen asing, yang
mengarah ke peningkatan produksi protein. Konstruksi tersebut mungkin sangat
efektif untuk rekayasa genetika ikan, seperti yang kita bahas dalam bagian
berikutnya.
AFPs telah diperkenalkan ke tanaman seperti tomat untuk menghasilkan
strain transgenik tahan dingin, tetapi ini belum banyak tersedia. Beberapa
tanaman-tanaman komersial memproduksi protein ciyoprotective selefektif AFPs
dari ikan. Untuk tanaman populer seperti gandum, kopi, buah (misalnya, jeruk,
apel, pir, ceri, dan Persik), kedelai, jagung, dan kentang, kerusakan tanaman
akibat suhu dingin adalah masalah seluruh dunia.
Cryoprotection sel manusia, jaringan, dan organ adalah aplikasi medis
menjanjikan AFPs. Seperti ditunjukkan dalam Gambar 10.6, tempat penyimpanan
dingin oosit in vitro yang digunakan untuk pembuahan adalah salah satu aplikasi
yang potensial. AFPs mungkin berguna untuk menyimpan sejumlah jaringan
manusia, termasuk darah, dan untuk pengembangan protokol baru untuk
penyimpanan kriogenik organ tubuh manusia seperti jantung dan hati sebelum
penggunaannya dalam transplantasi bedah.

GAMBAR 10.5 AFP Promotor Merangsang Ekspresi Gen pada ikan transgenik
Sebuah DNA rekombinan plasmid membangun mengandung protein antibeku promotor
gen dari ocean pout melekat pada cDNA untuk hormon pertumbuhan salmon dapat
digunakan untuk memproduksi ikan cepat berkembang untuk budidaya. Transkripsi dari
promotor AFP distimulasi oleh kondisi dingin, sehingga ikan transgenik yang
mengandung konstruksi ini mensintesis sejumlah besar hormon pertumbuhan ketika
mereka dibesarkan di air dingin. Peningkatan produksi hormon pertumbuhan
menyebabkan ikan transgenik tumbuh lebih cepat dari strain nontransgenic asli.

GAMBAR 10.6 AFPs sebagai krioprotektan dari Jaringan Manusia oosit Bovine
diinkubasi selama 24 jam pada suhu 4oC dalam tidak adanya (kontrol) atau adanya
berbagai jenis AFPs atau glikoprotein antibeku (AFGP), jenis karbohidrat yang kaya
AFP, dan kemudian dibuahi dengan sperma sapi. Perhatikan bagaimana oosit AFT-dan
AFGP-diobati menunjukkan tingkat pemupukan mirip dengan oosit segar, sehingga
menunjukkan bahwa AFPs dapat memberikan perlindungan dingin oosit yang akan
mempertahankan kemampuan mereka untuk dibuahi.
Akhirnya, para ilmuwan sedang menyelidiki cara-cara yang AFPs dapat
digunakan untuk meningkatkan umur simpan dan kualitas makanan beku,
termasuk es krim. Perubahan dalam kualitas makanan beku sering terjadi selama
pencairan dan refreezing, seperti ketika Anda membawa makanan pulang dari
toko dan memasukkannya ke dalam fieezer rumah Anda. Ada kemungkinan
bahwa AFPs dapat digunakan untuk mengubah sifat kristalisasi es makanan beku
untuk meningkatkan kualitas mereka secara keseluruhan. ilmuwan bahkan
mengusulkan menggunakan AFPs untuk mengontrol informasi es pada pesawat
dan jalan raya.
Seperti yang Anda lihat, AFPs mungkin berguna untuk beberapa aplikasi
menarik. Niscaya banyak spesies laut yang mengandung banyak gen baru yang
bisa dieksploitasi untuk mendapatkan keuntungan bioteknologi di masa depan.

Gen Hijau
Sebuah contoh luar biasa dari aplikasi penelitian yang melibatkan sebuah
bentuk baru dari gen organisme perairan melibatkan ubur-ubur bercahaya
Aequorea victoria. A. victoria dapat berpendar dan bersinar dalam gelap karena
gen yang mengkode protein yang disebut protein fluorescent hijau (GFP). GFP
menghasilkan cahaya hijau terang saat terkena sinar ultraviolet. telah diperkirakan
bahwa hampir tiga perempat dari semua organisme laut memiliki kemampuan
bioluminescent. Bioluminescence sering digunakan sebagai cara untuk ikan dan
organisme lain untuk menemukan satu sama lain dalam lingkungan laut yang
gelap selama kegiatan kawin. Gen untuk merah, oranye, dan protein fluorescent
kuning telah dikloning dari anemon laut, memperluas palet warna protein yang
tersedia bagi para peneliti. Sebelumnya, kami menyebutkan bahwa fluoresensi
dari beberapa spesies laut yang dibuat oleh bakteri bercahaya seperti Vibrio
harveyi dan Vibrio fischeri (Chapter 5). Osama Shimomura, Martin Chalfie, dan
Rogei Tsien berbagi hadiah Nobel tahun 2008 dalam Kimia untuk penemuan dan
pengembangan GFP.
Para ilmuwan telah mengambil keuntungan dari sifat neon GFP dan
protein lain yang serupa untuk membuat konstruksi reporter gen yang unik. Gen
Reporter memungkinkan peneliti untuk mendeteksi kepentingan ekspresi gen
dalam tabung reaksi, sel, atau bahkan seluruh organ. Reporter gen plasmid
diciptakan oleh ligating gen GFP ke gen yang diinginkan dan kemudian
memperkenalkan reporter plasmid ke dalam jenis sel pilihan. Setelah di dalam sel,
plasmid ini ditranskripsi dan diterjemahkan untuk menghasilkan protein fusi yang
berfluoresensi kemudian terkena sinar ultraviolet. Hanya sel yang memproduksi
protein fusi GFP yang berpendar. Dengan cara ini, para plasmid berfungsi untuk
mendeteksi atau "laporan”,di mana gen diungkapkan.
Pendekatan ini telah banyak digunakan untuk mempelajari proses dasar
ekspresi gen dan regulasi. Ahli biologi telah menggunakan menggunakan GFP-sel
induk embrionik untuk melacak diferensiasi mereka menjadi jenis sel yang
berbeda selama pengembangan embrio. Para ilmuwan juga telah menggunakan
konstruksi reporter gen GFP dengan cara inovatif yang menjanjikan untuk
memajukan diagnose awal medis dan pengobatan (Gambar 10.7b). Misalnya, gen
GFP telah digunakan untuk menentukan pembentukan tumor pada tikus, untuk
mengikuti perkembangan infeksi bakteri dalam usus, untuk memantau kematian
bakteri setelah perawatan antibiotik, dan mempelajari keberadaan kontaminasi
makanan oleh mikroorganisme dalam saluran pencernaan manusia (Gambar
10.7c).
GAMBAR 10.7 Gen GFP Adalah Gen Reporter yang berharga (a) konstruksi reporter
gen GFP dapat dibuat dalam plasmid dengan ligating gen GFP ke gen yang diinginkan.
Dalam contoh ini, gen manusia pengkode protein yang dihasilkan oleh neuron melekat
pada gen GFP dan plasmid diperkenalkan ke dalam sel di cutture. Ini Celtic kemudian
akan mengekspresikan molekul mRNA, yang akan diterjemahkan untuk menghasilkan
protein fusi di mana GFP melekat ke protein manusia hasil kloning. Sel ini memproduksi
protein fusi akan berpendar bila terkena sinar ultraviolet, "melaporkan" Location dari
protein diekspresikan. (b) Sebuah gen reporter GFP digunakan untuk mendeteksi Protein
dalam neuron manusia yang mungkin bertanggung jawab atas kondisi neurodegenerative
disebut penyakit Huntington. (c) plasmid reporter GFP juga telah digunakan untuk
mendeteksi bakteri penyebab penyakit dalam saluran pencernaan manusia, seperti spesies
Campylobocter jejuni ditampilkan di sini menginfeksi sel-sel usus manusia. C. jejuni
adalah contarninant umum ayam, menyebabkan kurang lebih 2,4 juta kasus keracunan
makanan di Amerika Serikat setiap Tahun.

Kloning pathogen genom perairan

Ahli biologi kelautan tertarik pada kloning genom dari berbagai patogen
laut yang mempengaruhi spesies liar dan ternak sebagai cara untuk belajar tentang
gen organisme ini digunakan untuk mereproduksi dan menyebabkan penyakit.
Pada tahun 2001, para ilmuwan Chili menguraikan genom dari bakteri
Piscirikettsia salmonis. P. salmonis menginfeksi salmon dan menyebabkan
penyakit yang disebut sindrom rickettsial, yang mempengaruhi hati salmon
terinfeksi, menyebabkan kematian mereka. Memerangi Sindrom ini adalah
masalah di seluruh dunia bagi petani salmon. Saat ini, tidak ada pengobatan yang
efektif. Dalam industri salmon Chile saja, sindrom ini menyebabkan kerugian
keuangan sekitar $ 100 juta per tahun. Berbekal informasi tentang genom patogen,
para ilmuwan berusaha untuk meningkatkan sistem kekebalan tubuh spesies
budidaya untuk meningkatkan ketahanan terhadap patogen. Sebagai contoh,
dimungkinkan untuk menyuntikkan gen atau protein dari P. salmonis ke salmon
sebagai vaksin untuk merangsang sistem kekebalan tubuh mereka untuk
mempertahankan terhadap infeksi oleh bakteri.
Penelitian genom yang sama berada di bawah cara untuk memperjelas
genetika Pfiesteria piscicida, sebuah dinoflagellata beracun yang beberapa
ilmuwan percaya bertanggung jawab untuk membunuh ikan besar dan penyakit
kerang di muara Carolina Utara. P. piscicida juga menyebabkan kematian dan
penyakit ikan pada budidaya perikanan dari pertengahan Atlantik ke Gulf Coast.
Pada ikan, P. pisicicida menyebabkan lesi, pendarahan, dan gejala lain yang dapat
menyebabkan kematian ikan yang terinfeksi. Satu alasan patogen ini telah
menarik begitu banyak perhatian, berbatasan dengan histeria di beberapa
masyarakat pesisir dipengaruhi oleh pembunuhan ikan besar, karena bukti
menunjukkan bahwa racun P. piscicida juga dapat memiliki efek kesehatan yang
serius pada manusia.
Para ilmuwan bekerja pada cara untuk menggunakan pendekatan
molekuler dalam pertempuran melawan penyakit dan parasit yang pada dasarnya
menghilangkan penangkapan ikan komersial untuk tiram di beberapa daerah di
Amerika Serikat. Di seluruh negeri, tiram sudah dikepung. Sebagai hasil dari
pemanenan yang berlebihan, polusi, perusakan habitat, parasit dan virus,
penyimpanan tiram yang tidak ada di banyak daerah yang sebelumnya dikenal
sebagai sumber yang kaya tiram untuk konsumsi manusia. protozoa telah
menyebabkan kerusakan besar untuk populasi tiram di Amerika Serikat bagian
timur. Parasit Dermo (perkinsus marinus), SSO (Haplosporidium costale), dan
MSX (Haplospoidium nelsoni) telah menghancurkan tiram bagian timur (Crassos
trea virginica) papulasi di banyak daerah di negeri ini , seperti Teluk Chesapeake
di Maryland dan Teluk Delaware di New Jersey. Masalah serupa telah terjadi
sepanjang cekungan teluk dan California.
 Sampai saat ini, bagian dari kesulitan dalam memerangi penyakit ini
adalah kurangnya jumlah yang cukup dari parasit untuk belajar. Teknik kultur sel
telah digunakan untuk mengatasi masalah ini, dan peneliti sekarang belajar
banyak tentang biologi molekuler dari Dermo, SSO, dan MSX. Teknik molekuler
telah digunakan untuk mempelajari siklus hidup parasit, dan penyelidikan
molekuler sekarang tersedia untuk mereka deteksi di lapangan dan di fasilitas
budidaya perikanan. Untuk contohnya, pendekatan berbasis PCR telah terbukti
sangat efektif untuk deteksi cepat dan sensitif pada Dermo, SSO, dan MSX,
memungkinkan budidaya perikanan untuk mengidentifikasi tiram berpenyakit
sebelum infeksi meluas terjadi (Gambar 10.8).
Sebuah pemahaman yang lebih besar gen yang terlibat dalam sistem
kekebalan tiram juga telah menyebabkan strategi baru untuk mentransfer gen
untuk resistensi penyakit dari spesies seperti tiram Pasifik (Crassostrea gigas) ke
spesies lebih rentan tiram Timur, seperti C. virginica. Dalam masa depan
dimungkinkan untuk membuat spesies tiram transgenik dengan gen yang akan
memberikan perlawanan terhadap kerusakan oleh parasit ini dan lainnya.

GAMBAR 10.8 PCR Bisa Digunakan untuk Mendeteksi DNA dari Patogen tiram
Dermo, SSO, dan MSX merupakan penyebab signifikan kematian pada tiram. PCR dapat
digunakan untuk mendeteksi DNA dari patogen dalam jaringan tiram, membantu para
ilmuwan menentukan kapan parasit ini hadir dalam upaya untuk mengendalikan infeksi
tiram yang dapat memusnahkan populasi besar kerang tersebut. Dalam contoh ini,
perhatikan bahwa DNA sampel dari saluran pencernaan dan insang tiram menunjukkan
adanya DNA untuk Dermo (ditunjukkan oleh panah). M, DNA penanda ukuran.
Genomik dan organisme perairan
Tidak mengherankan, pendekatan genomik yang digunakan untuk
menganalisis genom dari sejumlah spesies air. Sebuah tim ilmuwan internasional
telah menyelesaikan sekuensing genom landak laut. Bulu babi adalah binatang
berkulit lunak, kelompok hewan laut yang mencakup bintang laut dan teripang.
Landak yang diyakini berasal lebih dari 540 juta tahun yang lalu. Genom mereka
telah menarik bagi ahli biologi molekular karena landak berbagi nenek moyang
yang sama dengan manusia. Dari nenek moyang ini superfilum hewan disebut
deuterostoma muncul, termasuk dalam filum ini adalah binatang berkulit lunak,
manusia, dan vertebrata lainnya. Karena deuterostoma lebih erat terkait satu sama
lain daripada binatang tidak superfilum ini, para ilmuwan genom diharapkan
landak laut akan bergenetik mirip dengan manusia. studi genomik komparatif
telah menunjukkan bahwa kita berbagi sekitar 7.000 gen dengan landak, termasuk
gen yang terlibat dalam pendengaran, keseimbangan, pengembangan imunitas.
Oleh karena itu kami berharap bahwa landak akan terus menjadi organisme model
yang sangat berharga dalam bereksperimen untuk mempelajari biologi molekuler
genom baik perairan dan genom manusia.

Manipulasi Genetik dari ikan bersirip dan kerang-kerangan

Para ahli biologi di seluruh dunia menggunakan teknik genetika untuk
menciptakan keturunan ikan bersirip dan kerang-kerangan dengan karakteristik
yang diinginkan seperti meningkatkan tingkat pertumbuhan dan resistansi
penyakit.Table 10.2 menunjukkan contoh dari spesies yang berbeda yang telah
direkayasa secara genetis untuk berbagai keperluan.
Rekayasa genetic spesies: transgenik dan triploids
Kami telah membahas bagaimana organisme transgenik (transgenik) dapat
dibuat. Ikan transgenik, seperti transgenik lainnya, mengandung DNA dari spesies
lain, dan minat ikan transgenik telah meningkat seiring dengan industri budidaya
perikanan. Budidaya perikanan tertarik menggunakan teknik DNA rekombinan
untuk mengatur genetic ikan yang dirancang untuk tumbuh lebih cepat dan sehat.
Seperti terlihat pada Tabel 10.3, banyak spesies telah dimodifikasi secara
genetik untuk aplikasi potensial dalam industri budidaya perikanan. Gen asing
telah dimasukkan ke ikan bersirip dan kerang-kerangan untuk mempercepat
pertumbuhan, meningkatkan toleransi dingin dan ketahanan terhadap penyakit,
dan mengubah kualitas daging untuk meningkatkan kualitas. Meskipun transgenik
strain jagung, kedelai, dan tomat telah digunakan di Amerika Serikat selama
bertahun-tahun, tidak ada ikan transgenik telah disetujui oleh FDA untuk
konsumsi manusia. Sebuah Protein A/F, Inc, telah meminta persetujuan dari
badan ke pasar ikan transgenik yang mengandung gen AFP. Banyak perusahaan
lain juga mencari persetujuan FDA untuk penjualan ikan transgenik. Kuba adalah
negara yang paling progresif di dunia ketika datang ke penggunaan makanan yang
dimodifikasi secara genetik, khususnya seafood. Nila hasil rekayasa genetika
sudah dijual untuk konsumsi manusia di Kuba. Demikian pula, perusahaan
Norwegia telah mengembangkan rekayasa genetika peternakan-mengangkat ikan
nila yang tumbuh hampir dua kali lebih cepat dari nila liar.
Teknologi Bounty Aqua di Massachusetts telah menghasilkan transgenik
salmon Atlantik yang mengandung gen GH dan urutan gen dari salmon Chinook
(Oncorhynchus tshawytscha)-spesies yang menunjukkan kemampuan
pertumbuhan yang lebih cepat dan lebih besar ukurannya daripada kebanyakan
salmon Atlantik, serta peraturan urutan dari organisme mirip belut yang disebut
ocean pout. Salmon Atlantik biasanya berhenti tumbuh di musim dingin, tidak
begitu dengan transgenik yang tumbuh hampir 400% sampai 600% lebih cepat
dari salmon nontransgenic (Gambar 10.9). Ikan tersebut mencapai ukuran pasar
dalam 18 bulan bukan 30 bulan pada umunya. Bounty Aqua telah berusaha
selama lebih dari 30 tahun untuk mendapatkan persetujuan FDA untuk salmon ini
meskipun data menunjukkan tidak ada perbedaan dalam nilai gizi, penampilan,
atau rasa ikan ini dibandingkan dengan salmon liar. Pada tahun 2009, FDA
mengklasifikasikan perubahan rekayasa genetika pada hewan dan obat-obatan
hewan. Pada awal tahun 2011, FDA masih mempertimbangkan persetujuan
mengenai salmon transgenik. Kekhawatiran risiko utama terus menjadi dampak
ekologi dari salmon tersebut. Bounty Aqua mengatakan bahwa semua salmon
transgenik adalah betina dan sekitar 99,8% dari mereka adalah triploids steril
(lihat pembahasan dari triploids dimulai pada halaman berikutnya).
GAMBAR 10.9 Salmon transgenik salmon transgenik, gen hormon pertumbuhan
supercepat, menunjukkan sangat dipercepat tingkat pertumbuhan dibandingkan dengan
strain liar dan strain dalam negeri salmon nontransgenic. Rata-rata, para strain salmon
transgenic beratnya hampir 10 kali lebih banyak daripada salmon nontransgenic.

Pada tahun 2004, Yorktown Industries dari Austin, Texas, menjadi berita
utama berita populer ketika mereka mengumumkan mereka telah menciptakan
GloFish, strain transgenik yang mengandung gen protein merah fluolescent ikan
zebra dari anemon laut. Ketika sinar ultraviolet menerangi GloFish, mereka
berpendar merah muda cerah, mereka diperkenalkan sebagai hewan peliharaan
rekayasa genetika pertama kali dijual di Amerika Serikat. Sejumlah kelompok
antibiotechnology menyuarakan protes mereka tentang penggunaan baru dari
rekayasa genetika.
Meskipun spesies transgenik adalah jenis yang paling umum dari spesies
laut rekayasa genetika, sejumlah spesies polyploid telah diciptakan. Polyploids
adalah organisme dengan peningkatan jumlah menyelesaikan set kromosom.
Seperti yang telah kita bahas, kebanyakan hewan dan tanaman spesies diploid
(disingkat 2n, dimana n = jumlah kromosom), yang berarti bahwa mereka
memiliki dua set kromosom X dalam sel somatic mereka dan satu nomor, atau
haploid (n), kromosom dalam gamet mereka. Pada manusia, jumlah haploid
kromosom adalah 23, sehingga jumlah diploid kromosom dalam sel somatik
manusia adalah 46 (2n = 46). Gambar 10.10 adalah representasi sederhana dari
perbedaan antara haploid, diploid, dan spesies polyploid.
Sebagian besar spesies laut polyploid diciptakan sampai saat ini adalah
spesies triploid. Organisme triploid mengandung tiga set kromosom (3n).
Sejumlah teknik yang berbeda dapat digunakan untuk membuat triploids.
Triploids yang biasanya diturunkan dengan menundukkan telur ikan terhadap
perubahan suhu atau perawatan kimia untuk mengganggu pembelahan sel telur.
Telur diperlakukan dengan cara ini matang dengan set ekstra kromosom.
Misalnya, merawat telur dengan colchicine, bahan kimia yang berasal dari
crocus flower (Colchicum autumnale), merupakan salah satu pendekatan umum
untuk menciptakan polypioids (Gambar 10.11a). blok Colchicine pembelahan sel
dengan mengganggu pembentukan mikrotubulus yang diperlukan untuk
pembelahan sel. Akibatnya, para chromosomes bereplikasi dalam sel telur diobati,
tetapi sel-sel ini tidak mampu membagi. Oleh karena itu telur ini memiliki jumlah
kromosom diploid, kromosom dua kali lebih banyak seperti biasa. Pemupukan
seperti sel telur oleh sperma hasil normal sel haploid dalam organisme triploid.
Pendekatan lain untuk memproduksi triploids melibatkan pemupukan telur
haploid normal dengan dua spermatozoa (Gambar 10.11b) Embrio yang
dihasilkan adalah mengandung triploid satu set kromosom dari sel telur dan satu
set dari masing-masing dua sperma yang berbeda.
Poliploidi biasanya mempengaruhi sifat pertumbuhan suatu orginisme.
Misalnya, tipe triploids berkembang lebih pesat, di sebagian besar spesies 10%
sampai 50% lebih cepat dan lebih besar dari sesama diploid normal. Tapi triploids
lebih steril karena mereka menghasilkan gamets dengan jumlah kromosom
abnormal, dalam beberapa kasus triploids mungkin tidak menghasilkan gamet.
Salah satu strain pertama triploid banyak digunakan ikan adalah grass carp triploid
(Ctenopharyngodon idella). Grass carp memiliki nafsu rakus untuk berbagai jenis
vegetasi air. Pada awal 1960-an, ikan U.S dan Layanan kehidupan liar Grass carp
diploid yang asli diimpor ke Malaysia. Pada awal 1980-an, ikan mas triploid
dikembangkan dengan telur suhu ekstrim untuk membuat telur diploid dan
pemupukan telur ini dengan sperma hapioid normal. Triploids tumbuh dengan
cepat dan dapat melebihi 25 pon. Karena kemampuan mereka untuk
mengkonsumsi sejumlah besar vegetasi, ikan mas menjadi sangat populer untuk
mengendalikan pertumbuhan gulma air di kolam air tawar dan danau di seluruh
Amerika Serikat. Grass carp triploid menjadi favorit di kalangan manajer kolam
dan danau, yang bisa persediaan ikan-ikan di danau sebagai cara "alami” untuk
mengendalikan pertumbuhan gulma, meminimalkan kebutuhan untuk
menggunakan dosis besar herbisida kimia.
Tidak semua orang telah senang dengan grass carp triploid. Dalam
beberapa saluran air, karena grass carp melebihi populasi (grass carp memiliki
beberapa predator alami) mereka telah begitu efektif makan melalui vegetasi
akuatik bahwa kualitas air telah berubah secara substansial. Penurunan dramatis
dalam gulma digunakan sebagai habitat oleh ikan, seperti trout dan bass, telah
menyebabkan penurunan memancing di perairan perikanan yang sebelumnya
produktif. Triploid juga telah melarikan diri ke perairan yang berdekatan dengan
habitat asli mereka, yang menyebabkan hilangnya vegetasi di daerah seperti rawa-
rawa dan danau alam awalnya tidak ditargetkan untuk control gulma. Akhirnya,
reproduksi dari ikan-ikan mungkin steril juga telah didokumentasikan.
Kisah sukses poliploidi melibatkan tiram triploid, dikreditkan dengan
menghidupkan kembali, mengurangi industri tiram di Pantai Barat. Produksi tiram
musiman karena sangat dipengaruhi oleh cuaca, pola pembibitan, dan habitat.
Tidak hanya memiliki pengembangan strain triploid dari tiram pacific disediakan
untuk sepanjang tahun panen, tetapi triploid tiram tumbuh secara substansial lebih
besar dari sesama diploid mereka. Diploid biasanya menyimpan gula dalam
jaringan mereka dan kemudian menjadi ramping di musim panas sambil
mengeluarkan energi untuk bertelur. Tiram ramping tidak diinginkan untuk dijual
pasar. Karena triploids tidak bertelur, mereka tumbuh gemuk sepanjang musim
panas, membuat mereka siap memasarkan
Dalam bagian selanjutnya kita memperkenalkan Anda kepada beberapa
yang berharga cara di mana organisme akuatik yang digunakan untuk aplikasi
medis yang penting.

GAMBAR 10.10 Spesies Polyptoid Apakah Variasi Set Comptete sel somatik
Kromosom dari banyak hewan dan sel tumbuhan memiliki jumlah kromosom diploid,
sedangkan gamet memiliki satu set, atau jumlah haploid, kromosom. Polyploids
mengandung tiga atau lebih set kromosom. Kromosom dari suatu organisme dengan
jumlah diploid (2n) dari delapan kromosom yang ditampilkan. Meskipun tetraptoid (4n)
dan pentaptoid (5n) organisme dapat dibuat, sebagian besar spesies laut yang polyploid
triploids (3n).

GAMBAR 10.11 menghasilkan triploid (a) sel telur dapat diolah secara kimia untuk
memblokir gerakan kromosom selama pembelahan sel untuk menghasilkan telur diploid.
(b) ketika sel telur dibuahi oleh sel sperma haproid normaI, keturunan triploid diproduksi.
Triptoid A juga dapat dibuat dengan pembuahan telur haploid normal dengan dua sperma
haploid normal.

F. Aplikasi Bioteknologi Akuatik

Aplikasi Medis Bioteknologi Aquatik
Produk medis yang dihasilkan dari perairan relative sedikit, namun hal ini
secara cepat akan berubah. Ilmuwan percaya bahwa habitat air laut dan air tawar
menawarkan kesempatan yang tak terbatas untuk identifikasi produk medis. Di
masa depan, golongan obat-obat baru dan penting akan berasal dari organisme air,
yang digunakan untuk kepentingan manusia dan dapat digunakan untuk biomedis,
seperti mendiagnosa dan mengobati penyakit. Penelitian bioprospecting spesies
laut sedang berlangsung di seluruh dunia dan hal ini memberikan keyakinan
bahwa perairan akan menghasilkan obat medis baru.
Bioprospecting untuk Isolat Obat dari Laut
Beberapa macam spesies laut diduga mengandung kenyawa penting
biomedis, termasuk antibiotic, molekul antiviral, senyawa anti kanker, dan
insektisida. Sepesies ini termasuk spons laut, anggota phylum Cnadaria (hydras,
ubur-ubur, anemone laut, dan berbagai karang), anggota Phylum Molusca (siput,
tiram, kerang, gurita dan cumi-cumi), dan spesies-speies yang lainnya. Kekayaan
organisme laut yang diteliti sangat banyak dan mengesankan. Berikut ini
beberapa aplikasi potensial medis yang bersal dari produk akuatik.
Osteoporosis, yaitu suatu kondisi yang ditandai dengan hilangnya
progresif massa tulang, yang membuat keropos dan rapuh tulang. Lebih dari 90%
dari sekitar 25 juta orang amerika terkena osteoporosis adalah perempuan.
Pengobatan yang umum dilakukan adalah dengan terapi estrogen, namun obat ini
tidak efektif bagi banyak perempuan dan efek jangka panjang dalam hal kesehatan
dari terapi estrogen adalah yang menjadi perhatiannya. Pengobatan yang lainnya
dengan kalsitonin manusia rekombinan, hormone tiroid yang merangsang
penyerapan kalsium dan kalsifikasi yang menghambat perusakan tulang atau
osteoklas. Para peneliti telah menemukan bahwa beberapa spesies salmon
menghasilkan bentuk kasitonin dengan bioaktivitas yang 20 kalo lebih tinggi dari
kalsitonin manusia. Bentuk cloning kalsitonin salmon sekarang tersedia dalam
bentuk injeksi dan obat semprot hidung (inhalasi).
Pola indah terumbu karang di seuruh dunia diciptakan oleh terumbu
karang. Struktur ini sebagian terdiri dari hidroksiapatit (HA), sebuah komponen
penting dari matriks tulang rawan hewan termasuk manusia. Perusahan
bioteknologi interpore internasional telah mengembangkan teknologi yang
memungkinkan HA di implant kedalam tubuh dalam bentuk balok kecil yang
digunakan untuk mengisi bagian tulang yang retak. Balok-balok ini kemudian
direspon oleh sel-sel local pada jaringan ikat yang memungkinkan percepatan
perbaikan tulang. Akibatnya, pasien tidak perlu melakukan pencangkokan tulang
yang bersal dari bagian lain tubuh mereka. Implant ini dapat berfungsi untuk
mengisi bahan tulang yang hilang disekitar akar gigi.
 Demikian juga, sejumlah perekat telah diidetifkiasi seperti resin yang
dihasilkan oleh kerang-kerang lainnya. Kerang yang berada diantara bebatuan dan
digoncang oleh ombak yang kasar mampu bertahan dikarenakan mempunyai
bentuk protein yang unik yang disebut serat basal (basal fiber). Gambar 10.12.
serat basal beberapa kali lebih keras dan lebih extensible dari tendon manusia
yang lebih keras dari baja. Memerlukan biaya yang tinggi untuk mengisolasi serat
basal dari kerang secara langsung (hampir 10.000 kerang yang diperlukan untuk 1
gram perekat), para ilmuwan menggunakan teknik DNA rekombinan untuk
mengekspresikan gen serat basal pada bakteri dan ragi untuk memproduksi
protein perekat pada skala besar. Meskpun masih beberapa tahun pengembangan
protein ini, namun banyak pertimbangan penggunaan protein ini untuk beragam
keperluan seperti untuk ban mobil, sepatu, perbaikan gigi, dan pelindung tubuh
yang lunak untuk tentara. Potensi penggunaan yang lainnya adalah untuk benang
jahit untuk proses pembedahan dan tendon buatan dan digunakan untuk cangkok
ligament.

GAMBAR 10.12 Mussels menghasilkan perekat unik yang disebut dengan serat
basal.
Salah satu katagori obat dari laut yang ada untuk menyediakan aplikasi
medis menjanjikan pada bioteknologi peraitan adalah identifikasi antiinflamasi,
senyawa analgesic (penghilang rasa sakit), dan anti kanker yang digunakan untuk
pengobatan manusia. Lebih dari selusin senyawa anti kanker yang berbeda telah
diisolasi dari invertebrate laut, terutama spons laut, tunicates, dan moluska.
Banyak dari senyawa ini dari berbagai tahap uji klinis idealnya akan digunakan
sebagai obat baru dan efektif di pasaran. Beberapa kelompok peneliti sedang
mempelajari makhuk laut berbisa dengan harapan mengidentifikasi zat yang dapat
digunakan untuk mengobati gangguan system saraf.
Siput kerucut laut, spesies yang berpotensi memetikan menghasilkan
konotksin, molekul yang dapat menargetkan reseptor nurotransmiter tertentu
dalam system saraf. Pada tahun 2004, aplikasi FDA obat Prialt (Ziconotide), suatu
peptide conotoxin dimurnikan dari Conus magus siput kerucut laut oleh Elan
Corporatiaon Irlandia. Conotoksin seperti Prialt merupakan sumber baru yang
menjanjikan neurotoksin dengan kemampuan sebagi obat penghilang rasa sakit
yang kuat dengan memblokir jalur saraf yang menyampaikan pesan rsa sakit ke
otak. Prialt telah berhasil digunakan untuk mengobati penyakit kronis seperti sakit
punggung.
Yondelis (trabectedin atau ectinascidin), sebuah obat anti tumor diisolasi
dari gurita laut Ectenascidia turbinate, telah diberikan status obat orphan
(tunggal) oleh Komisi Eropa dan FDA untuk pengobatan sarcoma jaringan lunak
dan kanker ovarium. Yondelis juga dalam percobaan fase II untuk pengobatan
prstat dan kanker payudara. Yondelis mengikat dalam alur kecil DNA dan
menghambat pembelahan sel dengan memblokir protein transkripsi DNA.
Penelitia juga meniliti senyawa antiinflamasi yang ditemukan dalam
ekstrak karang. Senyawa tersebut dapat menyebabkan strategi pengobatan batu
untuk iritasi kulit dan penyakit inflamasi seperti asma dan radang sendi. Table
10.4 contoh daftar senyawa medis yang diisolasi dari organism akuatik.
Organism Produk Medis Kegunaan
African clawed frog Magainins Peptida antimikroba pertama kali ditemukan
(Xenopus laevis) pada kulit katak. Digunakan untuk mengobati
infeksi bakteri.

Coho salmon Calcitonin Hormon yang merangsang penyerapan kalsium

(Oncorhynchus kisutch)
oleh sel-sel tulang. Digunakan untuk mengobati
osteoporosis.
Neovastat

Hammerhead shark
Antiangiogenic senyawa (blok pembentukan
 (Sphyrna lewini) pembuluh darah). Digunakan untuk mengobati
Hirudin
kanker.

Prialt (ziconotide)
Leech Air liur peptida dari lintah sebagai antikoagulan
(Hirudo medicinalis)
Eribulin yang digunakan untuk mengencerkan darah.
Marine cone snail
(Conus magus)
Yondelis Racun peptida sintetik yang digunakan sebagai
Sea sponge (trabectedin)
pereda nyeri untuk mengobati rasa sakit yang
(Halichondria okadai)
parah kronis dan radang sendi.

Sea squirt
(Ecteinascidia turbinate) Kemoterapi senyawa untuk pengobatan kanker
payudara.

Agen antitumor dikembangkan untuk

pengobatan sarkoma jaringan lunak canggih.
Penelitian lain sedang mengembangkan system kultur untuk menyediakan
pasokan yang memadai dari organism besel tunggal yang disebut plankton
Dinoflagellata, yang mengandug komponen yang berguna dalam pengobatan
tumor dan kanker. Baru-baru ini sebuah invertebrate laut yang disebut Bagula
neritina menunjujjkan mengandung sejumlah senyawa yang aktif terhadap
memerapa jenis leukemia. Karena sejumlah besar senyawa ini akan diperlukan
untuk studi manusia, teknik cloning molekuler akan menjadi penting jika senyawa
ini akan di produksi dalam jumlah masal.
Demikian pula, Buntal jepang, atau Blowfish (Rubries fugu), telah
mendapatkan banyak perhatian akhir-akhir ini. (Gambar 10.13). fugu terkenal
karena kemampuannya untuk menelan air dan “mebusungkan”ketika terancam
dan menghasilkan sel racun saraf yang kuat yang disebut tertodoksin (TTX). TTX
adalah salah satu racun yang paling beracun yang pernah ditemukan (hampir
10.000 kali lebih mematikan dari sianida). Di jepang, fugu adalah makanan yang
lezat meskipun mengandung resiko (makan fugu membunuh hampir 100, sebagian
besar dijepang, setiap tahunnya).
 Para ilmuwan telah menggunkan TTX untuk mengembangkan pemahaman
yang lebih besar tentang bagaimana saluran natrium membantu untuk
menghasilkan impuls listrik. TTX adalah racun yang metikan karena bias
menghambat saluran natrium dan mencegah transmisi impuls saraf.
Pemahan bagaimana TTX mempengaruhi chanel natrium telah
menyebabkan pengembangan obat baru yang sedang diuji tidak hanya sebagai
anestesi untuk mengobati pasien dengan berbagai jenis sakit kronis tetapi juga
sebagai agen antikanker pada manusia. Para peneliti juga bekarja dengan
sekuensing genom ikan buntal, yang berisi gen dengan jumlah yang sama dengan
manusia tetapi jauh lebih kecil. Fugu juga mengandung DNA noncoding jauh
lebih sedikit (intron) dari pada genom manusia, sehingga juga dianggap sebagai
organism model yang ideal untuk mempelajari pentingnya intron.
Sebuah Squalamine disebut steroid, pertama kali diidentifikasi pada
Dogfish (Squalus acanthias), tampaknya menjadi agen antijamur ampuh yang
dapat digunakan untuk mengobati infeksi jamur yang mematikan seperti pada
kasus paseien yang terkena AIDS dan kanker. Hui jarang dikembangkan untuk
obat kanker (meskipun mitos bahwa hiu tidak terkena kanker), dan tulang rawan
ikan hiu memiliki senyawa antigiogenic, dan ekstrak tulang rawan ini berada
dalam tahap uji klinis. Angiogeneisi, atau pembentukan pembuluh darah, adalah
proses yang sering diperlukan untuk pertumbuhan dan perkembangan berbagai
jenis tumor. Dengan menghalangi pembentukan pembuluh darah, senyawa
antigiogenetik berasal dari spesies laut ini menjanjikan untuk menghambat
pertumbuhan tumor tertentu.
Selain itu, karena banyak organism akuatik yang hidup dilingkungan yang
keras, para ilmuan optimis bahwa kita bias belajar dari adaptasi organism yang
telah dikembangkan. Sebagai contoh, para peneliti sedang mempelajari organism
laut yang menunjukkan teleransi terhadap sinar ultraviolet, ini mungkin terbukti
menjadi sumber tabir surya alami. Sebagai contoh lain, luka buaya yang sangat
resisten terhadap infeksi, meskipun buaya berenang di perairan yang dipenuhi
mikroba. Para ilmuwan menemukan bahwa buaya menghasilkan peptide
antimikroba yang mampu membunuh mikroba seperti MRSA (metichilin resistant
Straphylococus aureus, yang bertanggung jawab sekitar 70% dai infeksi
mematikan di rumah sakit) yang telah menjadi kebal terhadap antibiotic modern.
Cangkang kepiting bahkan dibuang dari industry crabbing komersial
berperan dalam aplikasi medis bioteknologi akuatik. Kerangka luar atau
eksokseleton dari anggota filum arthropoda yang meliputi kepiting, lobster,
udang, serangga, dan laba-laba merupakan sumber yang kaya kitin dan kitosan. ini
merupakan karbohidrat kompleks yang secara structural mirip dengan selulosa
yang membentuk lapisan luar yang keras dari dinding sel pada tumbuhan.
Selulosa secara luas dikenal sebagai sumber serat pada makanan. Demikian pula,
kitin dan kitosan juga merupakan sumber serat. Makan sayur dan buah-buahan
untuk mendapatkan serat jauh lebih mudah dari pada makan cangkang kepiting.
Meskipun demikian, ekstrak cangkang kepiting dapat dibeli sebagai bedak ditoko-
toko. Banyak krim kulit dan lensa kontak juga mengandung kitin dan kitin telah
digunakan untuk membuat nonallergic benang jahit bedah sehingga tidak perlu
dibongkar dan mempercepat peyembuhan pada manusia.
Sampai saat ini, beberapa obat dari laut memiliki penggunaan luas di pasar
media, namun dalam teknologi DNA rekombinan masa depan akan menyebabkan
peningkatan kemampuan untuk menghasilkan jumlah besar dari senyawa bioaktif
biasanya ditemukan dalam konsentrasi yang sangat rendah pada organism akuatik.

Produk Non Medis

Untuk lebih menghargai potensi perairan dunia kita, kita sekarang melihat
pada sejumlah produk akuatik, dari reagen penelitian untuk suplemen makanan,
yang telah berdampak pada industry bioteknologi.

Produk-produk yang telah berhasil

Keta telah membahas pentingya Tag polymerase, diisolasi dari Thermus
aquaticus archaebakteria yang ditemukan dari sumber air panas yang
memungkinkan untuk pengembangan PCR sebagai alat yang ampuh dalam
biologi molekuler (bab 3). Laut juga telah terbukti sebagai sumber enzim dan
produk lain yang telah memainkan peran penting dalam penelitian dasar dan
terapan. Misalnya, bakteri yang tinggal di dekat hidrotermal (air panas geyser di
dasar laut) telah menghasilkan generasi kedua enzim stabil yang digunakan dalam
PCR dan Modifikasi enzim DNA, termasuk ligase dan enzim restriksi.
Enzim lain dihasilkan oleh bakteri laut memiliki barbagai sifat menarik
yang dapat menyebabkan aplikasi penting di masa depan. Beberapa enzim tahan
terhadap garam, yang membuat mereka ideal untuk industry dengan prosedur
yang melibatkan kadar garam tinggi. Kami telah membahas peran bakteri Vibrio
Harvey bioluminescent dalam mendeteksi pencemaran lingkungan (bab 5).
Spesies laut Vibrio menghasilkan sejumlah protease, termasuk protease yang unik
yang beberapa resisten deterjen yang digunakan dalam banyak proses manufaktur.
Akibatnya banyak deterjen resisten terhadap protease mungkin memiliki aplikasi
potensial untuk menurunkan protein dalam proses pembersihan, termasuk
penggunaanya dalam deterjen untuk menghilangkan noda protein dalam pakaian.
Vibrio juga merupakan sumber kolagenase yang baik, protease yang digunakan
dalam kultur jaringan. Ketika para ilmuwan mencari untuk pertumbuhan sel-sel,
seperti pertumbuhan sel hati dalam kultur, mereka dapat menggunakan kolagenase
untuk mencerna jaringan ikat yang memegang sel-sel menjadi satu sehingga sel-
sel tunggal dapat tersebar ke piring kultur sel.
Produk lain yang berasal dari laut adalah kargenan, bahan pengawet
makan, pasta gigi, dan kosmetik. Ini merupakan polisakarida yang kayak an
sulfat, di ekstrak dari rumput laut merah, telah telah banyak digunakan pada
banyak produk lebih dari 50 tahun. Ada keluarga besar polisakarida karegan.
Mereka memiliki kemampuan untuk membentuk gel dari berbagai kepadatan pada
temperature yang berbeda. Akibatnya karagenan telah digunakan sebagai agen
pengenyal pada saat kita memakannya. Beberapa aplikasi yang paling umum dari
kargenan termasuk kegunaan mereka sebagai penstabil dan bulking agen dalam
permenkaret, susu coklat, bird an anggur, salad dressing, sirup, saus, daging
olahan, perekat, tekstil, pemoles, dan ratusan produk lainnya. Filipina merupakan
produsen terbesar di dunia dari rumput laut merah (rhodophyta), dari mana
karagenan banyak berasal. Ganging merah juga berharga untuk digunakan dalam
rokok, produk rumput laut tipis yang digunakan untuk pembungkus sushi.
Perbaikan dalam pertanian rumput laut memungkinkan untuk peningkatan polimer
alga lainnya, termasuk agar-agar dan asam algina, yang merupakan bahan
penelitian penting yang digunakan untuk membuat medium bakteri dan gel agrosa
untuk elktroforesis DNA.

Biomassa dan Bioprosesing

Salah satu wilayah yang baru muncul dari bioteknologi kealutan
melibatkan eksplorasi biomassa laut. Kelompok ganggang di perairan merupakan
biomassa, seperti halnya kelompok ikan. Kita telah mengetahui bahwa tanaman
adalah yang memproduksi oksigen melalui proses fotosintesis. Tumbuhan laut
(termasuk rumput laut dan plankton) megubah energy matahari menjadi energy
kimia. Dapatkah energy kimia dari biomassa tersebut dipanen?
Para ilmuwan sedang mneliti cara dimana ganggang dan tanaman dapat digunakan
untuk memproduksi bahan bakar alternative. Sebagai contoh, menggunkan
kemampuan reproduksi ganggang yang cepat untuk menghasilkan hidrokarbon
dan lipid dalam jumlah yang luar biasa untuk memberikan alternative sumber
bahan bakar yang mungkin seperti etanol.
Ilmuwan kelautan mengeksplorasi cara-cara Bioprocesing yang mungkin
melibatkan produk kelautan untuk menghasilkan produk biologi seperti protein
rekombinan. Alga mungkin berpotensi untuk mengekspresikan protein
rekombinan. Para peneliti telah menemukan bahwa mereka dapat membuat
kelimpahan protein, seperti antibody karena ganggang dapat tumbuh dengan skala
yang sangat besar. Selain itu para ilmuan kelautan juga mengeksplorasi bagaiman
organism laut dapat digunakan untuk mensintesis berbagai polimer dan
biomaterial lain, yang dapat digunakan untuk proses industry manufaktur.
Misalnya, protein dari cangkang kerang yang dipertimbangkan sebagai aditif
dalam deterjen, pelarut racun, dan biodegradasi alternative.

Aplikasi lingkungan bioteknologi akuatik

Bakteri dapat digunakan untuk mendeteksi dan menurunkan polusi
lingkungan (dibahas pada bab 5 dan 9). Pada bagian ini, kita akan membahas
bagaimana organisme air dapat digunakan untuk membantu membersihkan dan
mengendalikan pencemaran di habitat mereka.

Antifouling Agen
Biofilming, juga disebut dengan biofouling, mengacu pada pelapisan
organism di permukaan. Permukaan ini meliputi lambung kapal. Lapisan dalam
pipa, dinding semen, dan tumpukan disekitar dermaga, jembatan, dan bangunan.
Biofilming juga terjadi pada permukaan organism laut, terutama kerang.
Di habitat laut ganggang, remis, kerang dan bakteri adalah salah satu
organisme yang biasa menjadi biofilming (gambar 10.4). istilah biofilming
mempunyai arti organisme yang menempel sehingga membentuk sebuah lapisan
biologi.
Biofilming dapat menciptakan masalah yang signifikan, misalnya lapisan
organisme pada lambung kapal dapat dapat mengganggu pergerakan kapal di air,
memperlambat waktu dan mengurangi efiseiensi bahan bakar. Secara tradisional,
agen antifouling menggunakan bahan kimia beracun seperti cat, tembaga dan
merkuri untuk meminimalkan pertumbuhan organisme fouling. Namun hal ini
justru akan memberikan pencemran lingkungan yang lebih. Untuk mengatasi hal
tersebut para peneliti saat ini sedang menyelidiki mekanisme alami yang
digunakan banyak organisme untuk mencegah biofouling.
Para ilmuan menggunakan teknik molekuler untuk menmukan jawaban
dari permasalahan ini. Beberapa organisme diperkirakan menghasilkan zat yang
dapat menghambatadhesi organisme biofilming (gambar 10.15). Seperti rumput
laut Zostra marina dan ganggang menghasilkan senyawa yang mencegah
pertumbuhan bakteri dan jamur. Dalam waktu dekat, senyawa ini dapat digunakan
untuk memproduksi lapisan pelindung untuk menutupi lambung kapal, peralatan
budidaya dan peralatan laiinnya yang rentan terhadap biofilming.
GAMBAR 10.14 Invaders Diinginkan Buat Biofilm Itu Memiliki Dampak Ekonomi
Serius (a) pertumbuhan yang tidak terkendali dari spesies yang tidak diinginkan, seperti
yang dari zebra kerang, menyajikan banyak masalah. (B) kerang, teritip, dan organisme
lain dapat membuat biofilm keras ditampilkan di sini meliputi pipa.

biosensor
Para ilmuan sedang bekerja untuk mengekplorasi penggunaan organisme
air sebagai biosensor untuk mendeteksi polutan dengan konsentrasi rendah dan
senyaw beracun pada saluran air. Strain bakteri bercahaya (biolumiscan) dapat
digunakan sebagai biosensor (bab 5). Beberpa spesies menggunkan biolonescan
untuk nemerangi lingkungan mereka, dan beberapa laiinya digunakan untuk
menemukan pasangan mereka pada samudra dalam yang gelap. Kebanyakan
organisme laun dapat bercahaya karena bersimbiosis dengan bakteri Vibrio
fischeri.
Vibrio fischeri dan straian yang bercahaya laiinya (Vibrio harveyi)
menggunkan Gen LUx yang mengkode enzim luciferase pemancar cahaya.
Sebagai respon terhadap perubahan kondisi lingkungan, intensitas cahaya yang
dipancarkan oleh organisme Vibrio dapat berubah.v karena kemapuan ini bakteri
Vibrio telah digunakan sebagai biosensor untuk mendeteksi polutan seperti bahan
kimia organic dan nitrogen yang berada di lingkungan laut.
Bukan hanya bebepa organisme laut yang berguna untuk mendeteksi
pencemaran lingkungan, namun banyak sepesies laut juga diyakini memiliki jalur
metabolism untuk menurunkan berbagai zat alami mapun buatan. Banyak
penelitian didedikasikan untuk mengambarkan jalur biokimia yang terlibat dalam
proses degradatif untuk menentukan bagaiman organisme laut dapat digunakan
untuk memulihkan atau membersihkan laingkungan dari berbagai zat
berbahayayang masuk kelingkungan laut.

Remediasi lingkungan
Ingat bagaimana organisme asli atau strain rekayasa genetika telah
digunakan untuk menurunkan bahan kimia (bab 5 dan 9). Dalam banyak cara
yang sama, organisme laut memiliki mekanisme unik untuk menurunkan bahan
kimia organic beracun seperti fenol dan toluene, produk minyak yang ditemukan
di pelabuhan.

GAMBAR 10.15 Organisme Laut Banyak Memiliki Mekanisme Antifouling Alam

Banyak organisme laut stasioner melepaskan bahan kimia defensif untuk menciptakan
zona pelindung (ditunjukkan oleh band berwarna gelap di sekitar ini karang laut) di
sekitar mereka. Bahan kimia ini dapat mencegah mikroorganisme fouling dan melindungi
organisme dari predator.

Salah satu teknik yang paling awal digunakan dalam remidiasi kelautan
adalah dengan melibatkan peningkatan kuantitas kerang di daerah tercemar. Para
ilmuan menempatkan rak-rak berisi kerang pada perairan yang tercemar seperti
kerang, tiram, remis. Organisme ini akan menyaring air, merke bertindak seperti
filter untuk menghilangkan limbah seperi senyawa nitrogen dan bahan kimia
organic. Bahan kimia ini, akan diserap dalam jaringan kerang. Setelah periode
waktu yang ditentukan kerang dpat dipanen, sehingga menghilangkan bahan
limbah padda perairan.
Kontaminasi logam berat dari perairan laut merupakan hasil dari banyak
proses industri manufaktur. Sebagai solusi dalam masalah ini para ilmuan telah
mengisolasi bakteri yang mengoksidari logam seperti besi, mangan, nikel dan
kobalt. Beberapa bakteri ini juga dapat digunakan untuk mengektrak logam
penting dari kelas bijih rendah. Selain itu beberpa bakteri laut dan ganging bersel
tunggal mengekspresikan mellothionein, keluarga potein pengikat logam. Spesies
ini berkembang dalam air yang terkontaminasi dengan cadmium dal logam berat
lainnya, diman mereka benar-benar menghilangkan cadmium dari lingkungan
sekitarnya dan kemudian mendegradasi logam beracun ini menjadi produk yang
tidak berbahaya. Para ilmuan mencari cara menggunkan organisme ini untuk
mengekstrak, memulihkan, dan mendaur ulang logam penting dan mahal seperti
emas dan perak dari proses manufaktur.
Banyak organisme laut menghasilkan zat yang berguna hasil dari
pengolahan berbagai bahan limbah. Dengan menggunkan organisme akuatik atau
produk mereka, adalah hal yang mungkin untuk merangsang degradasi limbah
dalam lingkungan alam atau bioreactor. Misalnya, ahli mikrobiologi di USDA
telah bereksperimen dengan metabolism nitrogen pada pertumbuhan koloni
ganggang yang disebut dengan scrubber, sehingga mereka dapat digunakan
sebagai filter alami. Scruber ini bekerja seperti arang di akuarium dalam kerja
mereka mengikat limbah nitrogen. Air yang terkontaminasi dengan kotoran hewan
ternak yang melewati scrubber dan ganging menyerap limbah dengan
metabilismenya. Limbah ini memberikan nutrisi bagi ganging, yang tumbuh
menjadi lapisan yang tebal. Ganggang secara periodic dipanen dengan memotong
dan dibiarkan tumbuh kembali. Air yang dibersihkan dengan cara ini telah
digunakan untuk irigasi dan beberpa ganggang yang dipanen bahkan telah
digunakan sebagai pakan ternak. Percobaan serupa telah dilakukan di florida
menggunakan enceng gondok untuk membersihkan air yang kaya akan fospor,
nitrogen, dan nutrisi lainnya.
 BAB III
PENUTUP

KESIMPULAN
1. Fokus kajian dalam bioteknologi akuatik anatra lain; meningkatan suplai
sumber pangan dunia, pemugaran dan perlindungan ekosistem laut,
mengidentifikasi senyawa baru yang berguna untuk kesehatan manusia
dan perawatan medis, meningkatkan keamanan dan kualitas makanan laut,
menemukan dan mengembangkan produk baru dan aplikasinya dalam
indusri kimia, mencari pendekatan baru untuk monitoring dan pengobatan
penyakit, sert meningkatkan pengetahuan proses biologi dan geokimia
lingkungan perairan.
2. Industri perikanan memiliki nilai ekonomis yang tinggi dan upaya
peningkatan akuakultur dapat dilakukan dengan memodifikasi berbagai
teknik budidaya termasuk hidroponik dan polikultur, meningkatkan
kualitas strain dan meningkatkan nilai gizi serta keamanan produk
makanan laut.
3. Hambatan dan batasan dalam akuakultur diantaranya adalah tidak semua
spesies iakn dapat dibudidayakan, persebaran penyakit yang cepat pada
populasi ikan budidaya, blooming alga yang mengakibatkan kandungan
oksigen berkurang, serta masalah pencemaran air yang mengalir ke laut.
4. Teknik yang digunakan untuk mengembangkan akuakultur dapat
dilakukan dengan; teknologi genetik dan organisme perairan diantaranya
dengan protein antibeku, gen hijau, cloning genom pada pathogen perairan
dan manipulasi genetic.
5. Aplikasi bioteknologi akuataik dapat dimanfaatkan dalam bidang
kesehatan dan lingkungan misalnya sebagai agen bioremidiasi.
 DAFTAR RUJUKAN

Amin, Mohamad. 2009. Pengantar Bioteknologi: Prinsip-prinsip Dasar DNA

Rekombinan. Malang: Jurusan Biologi FMIPA UM

Thierman, W.J, dan Palladino, M.A. 2004. Introduction to Biotechnology. New

York