Partomuan Simanjuntak
O2, UV
CO2
Karbohidrat
Asetogenin
Terpenoid
Senyawa nitrogen
Glikosida
Pasca Sarjana
Program Ilmu Kefarmasian
Universitas Pancasila, Jakarta
NPC-S2-2012
2012 1
Kimia Bahan Alam (Natural Product Chemistry) :
Salah satu bagian dari ilmu kimia organik yang
mempelajari senyawa kimia yang dihasilkan
oleh organisme hidup yang ditemukan di alam
(tumbuhan, hewan, mikroorganisme dan
sumber alam laut)
Apa bedanya dengan fitokimia (Phytochemistry) ??
NPC-S2-2012 2
Strategi Penelitian
Daftar Pustaka
Etnobotani Jamu
Koleksi
Pengeringan
Penyimpanan
Simplisia
Minyak atsiri
Ekstrak/krud/gubal
Fraksionasi/pemurnian
Kromatografi (KLT, kolom, KCKT)
Senyawa murni/Campuran
Elusidasi struktur kimia
[UV,IR, RMI (proton,karbon), MS]
Struktur kimia
A. Flavonoid
Banyak terdistribusi dalam tumbuhan sebagai
glikosida mempunyai rumus C6-C3-C6
Klasifikasi :
Flavon
Flavonol 1
O B
Flavanon
1'
8
2 2'
Flavanonol
A
5 4
Isoflavon
Kalkon II O
I
Dihidrokalkon Benzoil Cinnamoil
Auron 240-280 nm 300-380 nm
NPC-S2-2012 7
OH
OH
O HO O
HO O
O OH O OH
Flavon Flavanon OH O
OH
Flavonol
OH OH
HO O
HO O HO OH OH
OH O CO CH CH
OH O OH
OH
HO OH OH O
CH
CO CH2 CH2 O
Hidrokalkon Auron
NPC-S2-2012 8
Isolasi hesperidin dari kulit jeruk
Metode A
Eks. PE residu
Ekstraksi dengan MeOH 3x
Eks. MeOH
Kristalisasi dgn
as.asetat encer
Hesperidin rham
(TL. 252-254 oC)
glu
NPC-S2-2012
hesperidin 9
Metode B 200 g kulit jeruk
Maserasi dgn Ca(OH)2 10%
selama 1 malam,
pada suhu kamar, disaring
Filtrat
Disaring kembali dengan
Buchner-funnel (+lapisan celite)
Filtrat berwarna
Diasamkan dengan HCl
hesperidin (pH 4 - 5)
Serbuk putih
Dicuci dengan air
2 senyawa
Hesperidin dan neohesperidin
neohesperidin
NPC-S2-2012 10
Degradasi Hesperidin dengan asam
1 g hesperidin
20 mL etilenglikol/1 mL H2SO4 panaskan dalam
water bath selama 40 menit. Bagian larutan
berwarna kuning dituangkan ke dalam air (50 mL)
Endapan hesperitin
Dicuci dengan air, kristalisasi
dalam etanol
Kristal TL 224-226oC
+ Asam sulfat
+ Rham + glu
NPC-S2-2012 hesperitin 11
Isolasi Naringin dari kulit buah anggur
Grapefruit peel
Ekstrak air
????
naringin
Filtrat panas
Didiamkan beberapa lama
NPC-S2-2012
Kristal naringin 12
B. LIPIDA
Terdapat pada semua jaringan tanaman & jaringan
hewan, diklasifikasikan sebagai
2. Lipida majemuk
a. Posfolipida (pada hidrolisisnya memberikan asam
lemak, gliserol, as. posfat dan sen. nitrogen organik
b. Glikolipida (pada hidrolisisnya memberikan asam
lemak, alkohol yang mengandung nitrogen dan
karbohidrat
NPC-S2-2012 13
Lemak dan minyak adalah lipida yang paling banyak terdapat di
alam. Kedua tipe senyawa ini disebut trigliserida sebab
merupakan ester tiga asam lemak dengan trihidroksi alkohol
(gliserol)
CH2 O CO R
CH O CO R
CH2 O CO R
Asam hidroksi
NPC-S2-2012 15
Isolasi trimiristin dan miristisin dari buah pala
CH2OCOC13H27 CH2OH
NPC-S2-2012 17
Penulisan rumus asam lemak
18 : 2 (9c, 12c)
Kimia ruang ik.rangkap 2
NPC-S2-2012 18
c. LIGNAN
Banyak terdapat di alam, mempunyai rumus sebagai C C C
Turunan tetrahidrofuran
Asam guaiaretat
Turunan 1,4-diarilbutana O
O
O O
O O O
O
O O
HOH2C O O
CH2OH
O
Olivil O sesamolin
19
sesamin
Isolasi sesamin dan sesamolin dari minyak biji wijen
100 ml minyak biji wijen
Kr. kolom (p. 10 cm, dia. 3,5 cm;
alumina 75 g; pet.eter 100 ml
2-Me-benzokuinon C6H5 OH
O O
O
p-benzokuinon
3. Naftokuinon (tumbuhan, hewan) 4. Antrakuinon (Rubiaceae,
O O
Polygonacea, Leguminosae)
H3C CH3
O
C2H6 OH
CH3
1
HO OH 5 4
O O
OH
O
Cimafilin
NPC-S2-2012
Ekinokron A Tektokuinon 21
Isolasi senyawa rein dari akar Rheum palmatum (Kelembak)
100 g akar Rheum palmatum
Dihaluskan, diekstraksi dengan air (750 ml)
3x, diuapkan hingga 100 ml
Ekstrak kental
Dipartisi dengan metil isobutil keton pd extractor
continous hingga tidak berwarna, diekstrakjsi
dgn 5% NaHCO3 hingga timbul warna
kemerahan
Ekstrak alkali
Didinginkan, diasamkan hingga pH = 2
Endapan
OH O OH
(200 mg)
COOH
O Rein
22
CH2 C CH CH2
ISOPRENOID (karotenoid, terpenoid, steroid)
CH3
A. Karotenoid
Karotenoid adalah Suatu kelompok senyawa turunan hidrokarbon (karoten) yang
teroksigenasi (santofil) yang terdiri dari dari 8 unit isoprenoid. Karotenoid
dapat diturunkan dari struktur C40H56 yang mempunyai cincin terkonjugasi
ikatan rangkap dua dengan cara
1. Hidrogenasi
2. Dehidrogenasi
3. Siklisasi
Rumus umum untuk karotenoid, garis putus-putus
4. Oksidasi menunjukkan unit isopren (C40H56) (I)
19 20 18'
16 17
15 13' 6'
1 9'
Penomoran 6 9 13 1'
10 15' 7'
5 18 20' 19' 16' 17'
NPC-S2-2012 (II) 23
Penamaan untuk hidrokarbon karotenoid dibentuk dengan cara penambahan
awalan 2 huruf Greek, dimana awalan ini karakteristik untuk 2 gugus akhir C9
Jenis awalan formula struktur
Asiklik y C9H15 III
Sikloheksen b, e C9H15 IV, V
Metilensikloheksan g C9H15 VI
Siklopentan k C9H15 VII
Aril f, c C9H15 VIII, IX
17 16 17 16 6
17 16 16
17 18 17 CH2R
R R R 18
1 3 1 2 1 1
R 2 6 6 6 1
16 2 4 5 6 18 18
18
, y (IV, b ) (V, e ) (VI, g ) (VII, k)
16 16 19 20
17
R 17 R 7
15
6 6 R= 6
14
18 18
NPC-S2-2012 (VIII, f ) (IX, c ) 24
Contoh
e , e - karoten
17 16
1 R
6
18
e
e , c - karoten
16
17 16
R 17 R
1
6 6
18
e
18
NPC-S2-2012 c 25
Nor-karotenoid
19
7 11 15
12,13,20-trinor-b -b -karoten
10 14 15' 7'
18'
R
1
6' 16,17,16',17'-tetranor-e ,e -karoten
6 1'
18
3/7/2018NPC-S2-2012 26
Seko karotenoid
Pemutusan ikatan di antara 2 atom karbon yang berdekatan (atom C1
dan C6 dari suatu siklik) dengan penambahan satu atau lebih atom
hidrogen pada setiap gugus terminal yang kemudian dibangun
kembali disebut sebagai “seko”.
18'
2,3-seko-e ,e -karoten
2 6 6'
1' 17 16
3
1 R
18 6
4'
3' 18'
5'
7 8' 2'
1 6' 17'
6 8 7' 1'
5 16'
5,6,7,8,1',2',3',4',5',6',7',8'-dodekahidro-b , c ,karoten
NPC-S2-2012 27
O
3'
3
HO e
b 3-hidroksi-b , e -karoten-3'-on
18' O
COOH 3'
6'
3
HO e
b asam 3-hidroksi-3'-okso-b , e -karoten-16-oat
8
7
7,8-didehidro-e , e -karoten
3/7/2018NPC-S2-2012 28
8
7
6
6,7-didehidro-e , e -karoten
OH
3'
O
3
O
HO
5,6,5',6'-diepoksi-5,6,5',6'-tetrahidro-b , b -karoten-3,3'-diol
3/7/2018NPC-S2-2012 29
Isolasi likopen dari tomat
500 g pasta tomat
+ 650 mL MeOH, aduk kuat-kuat, + 350 mL MeOH,
aduk lagi, dibiarkan selama 1-2 jam,
Diaduk dan disaring dgn Buchner funnel
O
OH Asam pimarat
O
santonin O COOH
mentol
COOH
H3C CH3 H3C CH3 H3C CH2 H3C CH3 H3C CH3
Geranial Geraniol
d-limonen -terpinen b -terpinen
3/7/2018NPC-S2-2012 32
3. Monoterpen bisiklik CH 3 CH 3
CH CH CH
3 3 3
CH
3 O O
HC CH CH
3 3 3
CH CH
3 3 Nilam oil
kamfor fencon
-pinen
CH
CH 10 3 CH3
3CH OH
2
H3C CH3
farnesol
-bisabolen
3. Seskuiterpen bisiklik CH
3
CH
3
HC CH
3 3
3/7/2018NPC-S2-2012 kadalena 34
Diterpen
Terbentuk oleh 4 unit isopren, ada 4 jenis
1. Diterpen asiklik
3. Diterpen bisiklik
CH CH CH CH
3 3 3 3
CH CH
CH OH 3 3
2
HC
3 CH
3
Fito l OH
CH
2
CH
2. Diterpen monosiklik 3
OH
CH
3
sklareol
CH CH
3 3
HC CH
3 3
CH OH
2 4. Diterpen trisiklik
HC COOH
3
CH
3
vitamin A1
CH
3 CH
3
NPC-S2-2012 CH 35
3
Asam abietat
Triterpen
Terbentuk oleh 6 unit isopren, dan banyak terdapat dalam bentuk
ester dan glikosida, terdiri dari 3 jenis :
1. Triterpen asiklik 2. Triterpen tetrasiklik
HC
3
HC CH CH
3 3 CH 3
3 21
CH
3 CH
CH CH CH 3
3 3 3 14
1
10
CH
3
HO
H
HC CH H C CH
3 3
3 3 30
skualena
lanosterol
18 22
11 CH CH CH
CH CH CH 3 3 3
CH CH CH 3 3 3
3 3 3
1 CH
CH 3
CH 3
3 HO
HO
HO
H HC CH
HC CH 3 3
HC CH 3 3
3/7/2018NPC-S2-2012 3 3 36
b -amirin lupeol
-amirin
Isolasi D-limonen dari Jeruk, dan pembuatan senyawa derivatnya
100 g krud minyak atsiri
Cl
Destilasi fraksionasi NOCl
NO
NPC-S2-2012 38
Senyawa steroid banyak terdistribusi di alam, dan terdapat sebagai
sterol, asam bile (empedu) dan hormon seks.
5 (trans) 5b (cis)
CH3
CH3 CH3 H R
CH3 H R
H
H H
H H
H 5b -steroid
5 -steroid
3/7/2018NPC-S2-2012 39
Sterol dari tanaman Sterol dari hewan laut
H3C
H3C
CH3 CH3
CH3 CH3
CH3
CH3 CH3 CH3
CH3 CH3
HO HO
H
b -sitosterol Spongesterol
CH3
??
CH3 CH3
HO
Ergosterol
NPC-S2-2012 40
Beberapa penamaan senyawa steroid
Skeleton hidrokarbon tetrasiklik tanpa mempunyai gugus metil pada
atom C-10 dan C-13 dan tanpa rantai samping pada atom C-17
disebut senyawa gonan
H H
13 17 13 17
H H H H
H H H H
H H
5-gonan 5b-gonan
NPC-S2-2012 41
Skeleton hidrokarbon tetrasiklik yang mempunyai gugus metil
pada atom C-10 , tetapi tanpa gugus metil pada atom C-13 dan
tanpa rantai samping pada atom C-17 disebut senyawa estran
H H
13 17 13 17
CH3 H CH3 H
H H H H
H H
5-estran 5b-estran
3/7/2018NPC-S2-2012 42
Skeleton hidrokarbon tetrasiklik yang mempunyai gugus metil
pada atom C-10 dan C-13 dan tanpa rantai samping pada atom
C-17 disebut senyawa androstan
CH3 CH3
13 17 13 17
CH3 H CH3 H
H H H H
H H
5-androstan 5b-androstan
CH3 R CH3 R
H H
CH3 H CH3 H
H H H H
H H
b
17
17
20R 5-kolestan 5b-kolestan
21 H
H3C CH3
20
CH3
NPC-S2-2012 17 44
Konfigurasi seri 5 seri 5b H CH3
21 H
H3C CH3
20R,24S 5-ergostan 5b-ergostan 20 24
CH3
17
21 H3C H
H
H3C CH3
24
20R,24R 5-kampestan 5b-kampestan 20
CH3
17
CH3
H
5-poriferastan 5b-poriferastan
21 H
20R, 24S H3C
20 24
CH3
CH3
17
CH3
20R, 24R 5-stigmastan 5b-stigmastan 21 H
H
H3C CH3
20 24
CH3
17
H H CH3
21 H
20S,22R,23R.24R 5-gorgostan 5b-gorgostan H3C CH3
20 24
NPC-S2-2012 CH3 45
17
Senyawa Nitrogen
Senyawa nitrogen adalah senyawa kimia yang mengandung unsur
nitrogen terdiri dari senyawa alkaloid, asam amino, protein, asam
nukleat, porfirin, pteridin)
A. Alkaloid
Senyawa basa organik yang mengandung atom nitrogen pada cincin
heterosikliknya
Klasifikasi alkaloid menurut Hegnauer
1. Alkaloid sejati (mengandung atom nitrogen pada cincin heterosiklik,
diturunkan dari asam amino, mempunyai sifat toksik)
2. Protoalkaloid (atom nitrogen tidak membentuk cincin heterosiklik,
diturunkan dari asam amino)
3. Pseudoalkaloid (alkaloid yang tidak diturunkan dari asam amino
sebagai prekursornya) O
CH3O CH3
H3C N
HO N
N
CH3O CH2CH2NH2 N
CH3O O N
CH3
N CH3O meskalina
kafein
NPC-S2-2012 kuinin 46
Beberapa uji kualitatif untuk senyawa kimia alkaloid :
NPC-S2-2012 47
Klasifikasi Alkaloid :
1. Alkaloid piridin (nikotin, anabasin, asam nikotinat)
CH2OH
COOH HOH2C OH
N N
N
CH3 CH3
piridin N N N N CH3
(-)-nikotin (-)-anabasin asam nikotinat piridoksin
O O
O
N N
N O
H H H H H
N
(+)-oksimatrin
indolizidin H H H H
N kuinolizidin N N
sekurinin (+)-matrin O
NPC-S2-2012 48
5. Alkaloid tropan (tropan, tropin, ekgonin)
OH
OH
N N N
7.1. Alkaloid benzilisokuinolin CH3O
isokuinolin OCH3
OCH3
benzilisokuinolin papaverin
NPC-S2-2012 49
OCH3
CH3O O
O
7.2. Alkaloid bis-benzilisokuinolin N
N O N O CH3
CH3 CH3 H
H O H
O N H
CH3
CH3O
O
ceparantin
trilobin OCH3
7.3. Alkaloid aporfin
CH3O
O
CH3 7.5. Alkaloid kriptopin
N N
HO O CH3 CH3O O
H CH3 H
HO HO CH3 CH3
N N
CH3O O
O O
CH3O CH3O O O
kriptopin protopin
magnoflorin bulbokapnin O
O
O
N CH3
NPC-S2-2012 HO 50
kodein
7.7. Alkaloid emetin 7.8. Alkaloid fenantridin
CH3O
OH
N HO
CH3O
H H
O
CH3
H
emetin, R=CH3 N N
OCH3 O
HN cepaelin, R=H fenantridin likorin
O R
8. Alkaloid kuinolin N
H
HO
N CH3O H
H
CH3O N CH=CH2
N H
kuinolin N OH H
kuinin
9. Alkaloid indol
N
N
CH3
N
NH NH CH3 O OH
OH
indol bufotenin
nigakinon
NPC-S2-2012 51
10. Alkaloid imidazol NH H H
5H2C CH3
N
N
O O N
imidazol pilokarpin
KOH/etanol
Kristal jarum berwarna kuning,
Piperine (0.3 g) HOOC CH O CH2
Endapan +
Disaring, dicuci dengan air dingin, rekristalisasi dengan etanol
piperidine
Kristal berwarna kuning NH
(asam piperat)
NPC-S2-2012 53
Asam amino
Asam amino adalah suatu senyawa kristalin yang tidak berwarna, larut dalam
air, but sparingly dalam pelarut organik. Merupakan senyawa amfoterik
H+ OH-
H3N CHR COOH H3N CHR COO- H2N CHR COO- + H2O
NPC-S2-2012 54
Sintesis asam amino
1. Aminasi asam-asam a-halogen
Br2 2NH3
RCH2-COOH RCHBr-COOH RCHNH2-COOH + NH4Br
2. Sintesis Stecker
KCN NH3 H+
RCHO RCH(OH)CN RCH(NH2)CN RCH(NH2)COOH
3. Reduktive aminasi
RCOCOOH + NH3 R-C(=NH)COOH RCH(NH2)COOH + H2O
4. Sintesis Erlenmeyer azlakton
Ac2O/AcONa NaOH Na/Hg
C6H5CHO + CH2COOH C6H5CH C C C6H5CH C COOH
NHCOC6H5
N O NHCOC6H5
C
C6H5
HCl
C6H5CH2 CH COOH C6H5CH2CH(NH2)COOH + C6H5COOH
NHCOC6H5
5. Diastereoisomer
Metoda ini didasarkan pada pembentukan garam diastereoisomer dari campuran
rasemik dengan basa optis aktif (kuinin, striknin, brusin, kinkonin, kloramfenikol)
NPC-S2-2012 55
Analisis asam amino
Analisis GC dan analisis KLT
10 mg (simplisia)
Suspensikan dalam 20 ml amilalkohol, dijenuhkan dgn as. hidrobromat
anhidrat, dipanaskan pada penangas minyak (165 oC) hingga ½
bagian alkohol hilang dan diuapkan
Preparat
Siap untuk analisis (KLT, GC)
NPC-S2-2012 56
Rf asam amino (analisis KLT) (air-EtOH-as. asetat = 1 : 5 : 0,5). Spray Ninhidrin
Asam amino warna Rf
Asam aspartat violet 0,11
Glisin pink 0,31
A-alanin pink 0,45
Isoleucin pink 0,70
Tirosin pink 0,73
O R
NH
NH
H
O
Protein
Semua kehidupan mengandung sejumlah besar protein yg berbeda.
Perbedaannya adalah susunan/urutan asam amino, kandungan non asam amino,
Bobot molekul, korformasinya.
Contoh : albumin
globulin
glutelin
NPC-S2-2012 histon, dll 58
Asam Nukleat
Suatu senyawa polimer yang menagndung posfat, empat basa nitrogen dan
sebuah gula pentosa (DNA) yaitu deoksiribosa (DNA) atau ribosa (RNA)
DNA mengandung 2 basa pirimidin (sitosin dan timin) dan 2 basa purin
(adenin dan guanin)
RNA mempunyai basa yang sama, kecuali timin diganti dengan urasil
Basa pirimidin
NH3 OH OH
H CH3
H N H
H N N
N
21 HO N H
HO N H HO N H
H N H
sitosin tiamin urasil
Basa purin
NH3 OH Gula pentosa
H
5' 5'
N N N
N N HOH3C O OH HOH3C O OH
N1 6 7 H H
2 H NH NH H H 1' H H 1'
H N H3N N
H N NH H 2' H H 2' H
adenin guanin
OH OH OH H
b-D-ribofuranosa b-D-2-deoksiribofuranosa
NPC-S2-2012 59
Nukleosida adalah kombinasi 2 atau lebih asam amino melalui ikatan
b-N-glikosidik
NH3 O
N H
N N
H
H N N O N H
HOH3C HOH3C
O O
H H H H
H H H H
OH OH OH OH
adenosin uridin
NPC-S2-2012 61
O P OH
O basa (A) tiamin adenin
CH2 O O H NH N
P A O
H H A O N CH2
NH N O
H H
P G H2 C
O
N N
O OH G O
P OH P O
C
O basa (G) C O -O P O
CH2 P -O P O
NH H O
O
T T
H H O N CH2
P N HN O
H H
A H2 C N
A O H NH
O OH P O
O P OH T O
(C) T sitosin guanin
O basa P O
-O P O
CH2 O -O P O
H H
H H Cara singkat untuk menunjukkan urutan
O OH basa dari suatu asam nukleat Pasangan-pasangan basa-basa yang dihubungkan
O P OH melalui ikatan hidrogen pada DNA
O
Bagian dari molekul RNA
DNA terdapat dalam inti sel, hanya sejumlah kecil ada di dalam mitokondria dan
kloroplas. Fungsi DNA adalah sebagai gudang penyimpan bahan informasi genetik
dan sintesis protein di dalam sel.
RNA tersebar di seluruh bagian sel, sebagian besar RNA berada di dalam
sitoplasma. Ada 3 jenis RNA yaitu mRNA, mRNA, dan tRNA yang mempunyai
NPC-S2-2012 fungsi berbeda-beda. 62
Porfirin
Senyawa porfirin banyak terdistribusi secara luas pada hewan dan tumbuhan.
Senyawa yang paling dikenal adalah
1. Hemoglobin (zat pewarna di dalam darah, yang berperan dalam reaksi
oksidasi)
2. Klorofil (zat warna pada tumbuhan hijau, yang berperan sebagai suatu
intermediat dalam reduksi proses fotosintetik karbondioksida menjadi
karbohidrat)
3. Sitokrom (suatu zat pereduksi enzim, yang berperan sebagai promotor
respirasi selular)
2 NH N
1 9
20
11
N HN
NPC-S2-2012 17 14 63
CH2
H H HC CH3
CH 3 CH
2
1 B 4 H CH CH2
H A H3C
NH N N N
HC CH HC Fe CH
N HN N N
8 D C 5
H 7 6 H H3C CH3
HC HC
H H H2C CH2
porfirin CH2
CH2
COOH COOH
Heme
CH2 CH2
CH3 CHO
H3C CH2CH3 H3C CH2CH3
N N N N
CH Mg CH CH Mg CH
N N N N
CH
CH CH2
1 : 12 hingga merata. Campuran dibiarkan
H3C
N N selama 20-30 menit, disaring dengan kertas
HC Fe CH
Cl
saring secara gravitas
N N
H3C CH3
HC
H2C CH2
Residu Filtrat
CH2 CH2 Dicuci dgn pelarut
COOH COOH pengekstraksi
Hemin
Fe/HCOOH
Filtrat Gabungan
Dipanaskan hingga 100 oC,
Protoporfirin kmdn dibiarkan hingga dingin
H2/Pd dalam HCOOH pada suhu kamar,
sentrifugasi, dicuci dengan as.
mesoporfirin asetat 50%, air, etanol dan
eter
NPC-S2-2012 Hemin 65
Pteridin
Pteridin adalah suatu pigmen yang dijumpai pada sayap insektisida
dan juga terdapat di dalam bagian kulit dan mata ikan. Rumus kimia
dari senyawa pteridin adalah kombinasi dari cincin pirazin dan
cincin pirimidin N
N 5
6
1
N N
O O O
O
N NH O NH O
N O N NH NH
HN
H2N N N O H2N N NH O H2N N NH C C CH2OH
H2N N N OHOH
isoxantopterin leucopterin eriptropterin
Xantopterin
OH OH
N C
N C CH3
OH
H2N N NH
sepiapterin
3/7/2018NPC-S2-2012 67