1

Bahan Kuliah : Biokimia

Pemberi materi : Inneke F.M. Rumengan
Hari/tgl
: Rabu, 18 Maret 2015

NUKLEOTIDA DAN ASAM NUKLEAT

1.

Pendahuluan

Nukleotida merupakan senyawa yang sangat penting dalam sel, karena terlibat dalam banyak
fungsi sel seperti prazat asam nukleat, penyimpan energi, pengendali, pentransfer gugus
fungsional dan mediator kerja hormon.
Semua tipe sel (mamalia, bakteri dan tumbuhan) mengandung berbagai senyawa nukleotida dan
turunannya, selain sebagai mononukleotida dan dinukleotida, juga sebagai penyusun
polinukleotida (DNA dan RNA). DNA dan RNA adalah dua senyawa asam nukleat yang sangat
penting dalam sintesis protein dan dalam transmisi informasi genetika melalui pembelahan sel.

2.

Struktur dasar nukleotida

Setiap nukleotida terdiri atas 3 bagian : (1) gugus fosfat HPO =4, (2) Suatu gula pentosa berupa
ribosa atau 2 deoksi ribosa (Gambar 6.1), (3) basa organik yang mengandung nitrogen.

Gambar 1.

Struktur molekul ribosa dan 2 deoksiribosa, masing-masing sebagai komponen

gula pentosa dari RNA dan DNA

Basa yang merupakan bagian dari rantai polinukleotida adalah dari golongan purin (Adenin,
Guanin) dan golongan pirimidin (Sitosin, Timin dan Urasil). Biasanya yang dikehendaki adalah
bentuk keto dan amino. Apabila basa tersebut merupakan bagian dari molekul DNA, perubahan
ke bentuk tautomerik menyebabkan apa yang dikenal dengan mutasi gen. Basa organik lain yang
juga penting antara lain: hipoksantin dan ksantin yang tergolong purin, nikotin amida yang
tergolong piridin, dan flavin. Selain itu ada pula turunan basa yang dijumpai di alam seperti
kafein, teofilin dan lain-lain.

2
Baik RNA maupun DNA mengandung adenin, sitosin dan guanin; hanya DNA yang mengandung
timin, sedangkan urasil hanya terdapat pada RNA. Setiap atom nitrogen atau karbon pada
lingkar purin dan pirimidin diberi nomor tanpa tanda aksen.
Dalam setiap unit nukleotida, gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 dengan ikatan ester,
sedangkan basa terikat pada gula dengan ikatan -N-glikosida ini hanya mungkin terjadi antara
atom C nomor 1 dari gula dengan atom N nomor 9 dari purin, N nomor 3 dari pirimidin dan N
nomor 1 dari piridin. Penomoran pada gula diberi tanda aksen () untuk membedakannya dengan
penomoran pada pirimidin dan purin. Basa-basa pirimidin dan purin dimaksud sebagai berikut :

Gambar 2.
Struktur molekul basa-basa golongan purin dan pirimidin yang merupakan
komponen basa dari RNA dan DNA.
Senyawa yang hanya terdiri dari satu unit nukleotida disebut mononukleotida, dua unit
nukleotida disebut dinukleotida, beberapa unit nukleotida disebut oligonukleotida, dan banyak
unit nukleotida disebut polinukleotida. Di alam nukleotida terdapat sebagai unit pembangun
polinukleotida, dan juga dalam bentuk mononukleotida dan dinukleotida. Jika nukleotida
kehilangan gugus fosfatnya, maka senyawa yang terbentuk disebut nukleosida. Penamaan
senyawa nukleotida memang sering didasarkan pada struktur nukleosida ditambah satu atau lebih
gugus fosfat seperti yang dapat dilihat pada Tabel 1.
Tabel 1. Nama-nama basa yang bersesuaian dengan nukleosida dan mononukleotida yang
mengandung basa yang bersangkutan.
Tipe basa
Basa
Nukleosida*
Mononukleotida*
Purin
Adenin
Adenosin
Adenosin monofosfat
Purin
Guanin
Guanosin
Guanosin monofosfat
Purin
Hipoksantin
Inosin
Inosin monofosfat **
Purin
Xantin
Xantosin
Xantosin monofosfat**
Pirimidin
Sitosin
Sitidin
Sitidin monofosfat
Pirimidin
Timin
Timidin
Timidin monofosfat
Pirimidin
Urasil
Uridin
Uridin monofosfat
* Awalan deoksi atau deoksiribo ditambahkan pada nukleosida atau nukleotida yang
mengandung gula deoksiribosa (penyusun DNA).

3
Awalan ribo ditambahkan pada nukleosida atau nukleotida yang mengandung gula ribosa
(penyusun RNA)
** Tidak terdapat pada nukleotida yang menyusun DNA dan RNA, hanya terlibat dalam
metabolisme nukleotida.
3.
Mononukleotida
Senyawa-senyawa mononukleotida yang terdapat di alam ada yang mengandung satu gugus
fosfat disebut nukleosida monofosfat, dua gugus fosfat nukleosida difosfat, dan tiga gugus fosfat
disebut nukleosida trifosfat. Umumnya mononukleotida yang terdapat dalam sel berupa senyawa
nukleosida difosfat (NDP) dan trifosfat (NTP). Baik NDP maupun NTP dapat mengikat MG 2+
atau Ca 2+. Struktur umum dari nukleosida monofosfat, difosfat dan trifosfat dapat dilihat pada
Gambar .3.

Gambar 3.

Struktur umum nukleosida monofosfat, difosfat dan trifosfat.

Banyak senyawa mononukleotida yang mempunyai peran yang sangat penting dalam sel,
diantaranya :
(1).
AMP (adenosin monofosfat).
Selain sebagai komponen asam nukleat, AMP juga merupakan sebagian dari nukleotida penting
lainnya seperti NAD (nikotin adenin dinukleotida) dan FAD (flavin adenin dinukleotida). Dalam
keadaan ketersediaan energi yang cukup, AMP akan mengalami fosfatasi menjadi ADP (adenosin
difosfat) dan selanjutnya ATP (adenosin trifosfat). Ikatan antara gugus fosfat -P-O-Pmengandung sejumlah besar energi yang dapat debebaskan ketika ikatan tersebut putus, dan
digunakan untuk berbagai keperluan biosintesis senyawa, kontraksi otot dan lain-lain.
Mononukleotida lain yang mengandung purin atau pirimidin ribosa seperti GMP, IMP, STP,
UMP, TMP) atau yang sejenis tapi mengandung deoksiribosa (dGMP, dIMP, dSTP, dUMP,
dTMP) juga dapat membentuk di- atau trifosfat, tetapi jarang sebagai penyimpan energi.
Senyawa-senyawa ini mempunyai fungsi khusus sebagai unit-unit nukleotida yang menyusun
molekul RNA dan DNA adalah berupa nukleosida monofosfat, tetapi pada waktu RNA dan DNA
disintesis unit-unti nukleotida yang datang dalam bentuk nukleosida trifosfat. Nanti ketika
terbentuk ikatan antara unit yang satu dengan unit yang berikut, kedua gugus fosfat dilepaskan.
Selain itu ada senyawa AMP siklik atau adenosin 3, 5-siklik fosfat yang berperan dalam
pengaturan metabolisme sel. AMP siklik ini dibentuk dari ATP dengan bantuan adenil silase,
suatu enzim yang terdapat bagian sebelah dalam dari membran sel.

4
(2).
NMN (nikotin amida mononukleotida)
Senyawa ini merupakan bagian dari struktur NAD dan NADP, keduanya dinukleotida pembawa
elektron. Nikotin amida merupakan vitamin, jika kekurangan mengakibatkan penyakit yang
disebut pellagra.
(3).
FMN (flavin mononukleotida).
FMN digolongkan sebagai senyawa pseodo-mononukleotida karena mengandung basa,
dimetilisoaloksazin yang bukan tergolong purin atau pirimidin, dan unit yang terdiri dari 5 atom
karbon bukan suatu senyawa gula tetapi ribotol, suatu alkohol polihidroksida. Tanpa unit fosfat,
senyawa ini disebut riboflavin atau lebih dikenal dengan vitamin B 2. Basa dimetilisoaloksazin
hanya dapat disintesis oleh tumbuhan, tidak oleh hewan. Karena itu essensial bagi hewan.
FMN merupakan gugus prostetik dari suatu molekul protein yang disebut flavoprotein, bisa
berada sendiri atau bergabung dengan AMP membentuk FAD.

4. Dinukleotida
Dinukleotida terbentuk jika suatu mononukleotida bergabung melalui pembentukan ikatan
fosfodiester pada gugus 5-OH dari mononukleotida lain. Jadi struktur molekul dinukleotida
secara ringkas dapat ditulis seperti ini : B R P P R B (B = basa, R = ribosa, P = fosfat).
Beberapa senyawa dinukleotida yang penting dalam sel diuraikan secara singkat berikut ini :
(1).
NAD (nikotinamida adenin dinukleotida)
Struktur molekul senyawa ini dapat ditulis secara ringkas sebagai N R P P R A. NAD
merupakan koenzim pertama yang sangat berperan dalam reaksi-reaksi oksidasi. Bagian molekul
yang aktif ada pada nikotin amida yang dalam keadaan teroksidasi berupa NAD +, dan dalam
keadaan tereduksi menampung 2 elektron dan satu proton menjadi NADH. Karena itu senyawa
ini disebut pembawa elektron. Gugus OH pada atom C nomor 2 dari ribosa pada bagian
adenosin, dapat diesterifikasi dengan terikatnya gugus fosfat menjadi NADP. Seperti halnya
NAD, NADP juga merupakan pembawa elektron dan bekerja sama dengan enzim-enzim yang
terlibat dalam reaksi oksidasi reduksi.
(2)
FAD (flavin adenin dinukleotida)
FAD adalah gabungan dari AMP dan FMN (flavin mononukleotida), sehingga dapat ditulis
sebagai F R P P R A. Basa yang disebut flavin biasanya menjadi gugus prostetik enzim
dehidrogenase yang memindahkan elektron dari suksinat atau NADH. FAD terikat secara
kovalen pada suksinat dehidrogenase, sedangkan FMN pada NADH dehidrogenase. Jadi
keduanya merupakan koenzim, dimana bagian yang aktif pada molekulnya terletak pada bagian
flavin.

5. Fungsi biologi nukleotida

Dari uraian sebelumnya, tergambar bahwa selain sebagai satuan senyawa pembangun asam
nukleat, dalam sel nukleotida menjalankan fungsi-fungsi berikut :
(a).
Berperan dalam metabolisme energi : sebagai contoh yang terkenal adalah ATP, suatu
mononukleotida yang menyimpan sejumlah energi kimia yang dibutuhkan untuk berbagai reaksi
yang memungkinkan pergerakan otot, transport aktif, integritas membran sel, dan lain-lain. ATP
juga menjadi donor fosfat untuk pembentukan nukleosida 5- trifosfat lainnya seperti GTP, UTP,
dan STP.
(b).
Mediator fisiologi : telah ditemukan ada senyawa-senyawa nukleotida dan turunannya
yang berperan sebagai mediator dari proses metabolik penting, seperti cAMP dalam
glikogenolisis dan glikogenesis, ADP dalam pengaturan aliran darah koroner, dan lain-lain.
(c).
Komponen koenzim : beberapa senyawa dinukleotida berperan sebagai koenzim yang
terlibat dalam reaksi-reaksi metabolik penting, seperti NAD yang mengandung AMP sebagai
bagian molekulnya berperan dalam reaksi oksidasi-reduksi, dan FAD yang juga mengandung
AMP terlibat dalam reaksi transfer elektron. Selain itu ada pula yang dikenal dengan koenzim A

5
yang mengandung nukleotida dalam bentuk adenosin 3, 5-difosfat, berfungsi dalam
memindahkan gugus asil.
(d).
Senyawa antara yang aktif : banyak senyawa antara dalam berbagai reaksi terikat
sementara dengan nukleotida, sebagai contoh UDP-glukosa dalam sintesis glikogen dan
glikoprotein, serta GDP-manosa, GDP-fukosa, UDP-galaktosa dan SMP-asam sialat dalam
reaksi-reaksi dimana gula ditransfer untuk sintesis glikoprotein.
(e)
pengendali alosterik : banyak rangkaian reaksi metabolik dikendalikan oleh kensentrasi
nukleotida.

6.

Struktur primer polinukleotida

Secara kimia senyawa polinukleotida sama dengan asam nukleat yakni suatu molekul raksasa
yang dibangun dari nukleotida. Ada dua macam asam nukleat yang ada dalam sel yaitu asam
deoksiribonukleat atau DNA (deoxyribonucleic acid) dan asam ribonukleat atau RNA
(ribonucleic acid).
Ikatan antara dua mononukleotida terbentuk antara gugus fosfat dan dua molekul gula. Ikatan
tersebut adalah ikatan fosfodiester, karena molekul asam fosfat terikat pada dua gugus hidroksil
pada kedua molekul gula dengan suatu ikatan ester seperti yang dapat dilihat pada Gambar 10
berikut.

Gambar 4.
Ikatan antara unit-unit nukleotida yaitu ikatan fosfodiester C 3 C 5.
Setiap struktur mempunyai ujung C 5 dan C 3. Jadi penggabungan nukleotida yang baru
terjadi antara gugus fosfat yang terikat pada C 5 dari molekul gula dari suatu nukleotida
dengan gugus OH pada ujung C 3 dari molekul gula dari nukleotida sebelumnya. Demikian
seterusnya terjadi pemanjangan rantai nukleotida pada polinukleotida dengan arah penambahan
nukleotida 3 5.
Garis vertikal untuk molekul gula, dimana basa N ada pada ujung pada posisi C 1. Garis
diagonal dengan huruf P di tengah menggambarkan gugus fosfat yang menghubungkan kedua
nukleotida pada posisi C 3 dari nukleotida yang satu dan C 5 dari nukleotida berikutnya.
Jadi garis ini menggambarkan ikatan fosfodiester.
Rantai primer dari RNA dan DNA hanya berbeda pada molekul gula. Sesuai dengan namanya,
RNA mengandung gula ribosa, sedangkan DNA mengandung gula deoksiribosa yaitu ribosa yang
kehilangan atom O yang mulanya terikat pada atom C 2 sebagai gugus OH. Basa purin yang

6
terikat pada gula baik dari RNA maupun DNA ada 2 macam yaitu adenin dan guanin, akan tetapi
mengenai basa pirimidin, hanya sitosin yang ada pada keduanya, tapi urasil hanya terdapat pada
RNA, sebaliknya timin hanya pada DNA.
Hal yang terpenting dalam struktur asam nukleat tersebut adalah urutan molekul basa pada rantai
polinukleotidanya. Urutan dan jenis bas tersebut itulah yang menjadi informasi genetika yang
kelak ditransfer dari sel ke sel waktu pembelahan sel (mitosis), dan dari inti sel ke ribosom waktu
sintesis protein.

7.

RNA: Jenis dan fungsi

Pada sel eukariotik RNA terdapat dalam inti sel, ribosom dan sitoplasma, sedangkan DNA selain
terdapat dalam inti sel, juga dalam mitokondria dan khloroplast.
RNA dan DNA hanya pada gula dan salah satu basa pirimidin, dan rantai nukleotidanya. Rantai
molekul DNA membentuk heliks ganda lurus atau lingkar, sedangkan rantai RNA umumnya
rantai tunggal dan lurus, walaupun ada sebagian yang membentuk rantai ganda. Dari segi
struktur kimia, sebenarnya RNA mempunyai potensi yang sama dengan DNA untuk membawa
informasi genetika. Dalam kenyataannya, genom (istilah yang diberikan untuk keseluruhan gen
dalam satu sel) pada kebanyakan sel terkandung pada molekul DNA. Hal ini berkaitan dengan
stabilitas kimia yang lebih besar akibat ketiadaan gugus OH pada atom C 2 dari molekul
gula dalam rantai DNA tersebut (Zubay, 1988). Walaupun demikian genom dari sejumlah virus
hanya terkandung pada molekul RNAnya.
Dalam sel molekul-molekul RNA dapat dibedakan atas 3 jenis berdasarkan ukuran dan
fungsinya. Ukuran molekul dapat dinyatakan dalam satuan kd (kilodalton) jika berdasarkan berat
molekul, bp (base pair berdasarkan jumlah nukleotidanya, atau S (svedberg coefficient) jika
didasarkan pada laju sedimentasi waktu disentrifus yang dalam hal ini tergantung pada densitas,
massa dan bentuk molekulnya.
Tabel berikut memperlihatkan ketiga macam RNA tersebut, yaitu mRNA (m, messenger atau
pembawa informasi), rRNA (r, ribosom), dan tRNA (t, transport atau pengangkut asam amino),
masing-masing dengan jumlah dan ukuran molekulnya, serta fungsinya.
Tabel 2.
Jenis
rRNA
mRNA
tRNA

Jenis, ukuran dan fungsi RNA yang berada dalam sel.

Jumlah molekul
Ukuran molekul
Fungsi biologi
80
35 1100 kd
Komponen ribosom
100 3000 bp
5 23 S
2 - 5
125 1000
Berhubungan dengan ekspresi
75 300 bp
gen
(pembawa
informasi
5 25 S
genetika)
15
23 50 kd
Mengangkut asam amino
70 90 bp
4S

Ketiga macam RNA tersebut disintesis berdasarkan cetakan pada DNA dan dikatalisis oleh enzim
RNA polimerase. Proses ini dikenal dengan transkrip DNA. Pada E. coli, hanya ada satu macam
RNA polimerase yang bertanggung jawab pada pembentukan ketiga macam RNA tersebut, tetapi
pada sel eukariotik ada tiga macam RNA polimerase untuk ketiga macam RNA tersebut. Ketiga
macam RNA polimerase tersebut disebut pol I, pol II, dan pol III. Pol I bertanggung jawab untuk
sintesis rRNA, pol II untuk RNA dalam inti sel yang kebanyakan berupa prazat mRNA, dan pol
III untuk molekul RNA yang kecil-kecil yang merupakan komponen ribosom dan tRNA. RRNA
dan tRNA tergolong RNA struktural, yaitu bagian dari mesin dalam sel yang menyintesis protein,
dan tidak diterjemahkan menjadi protein. Jadi hanya mRNA yang mengandung informasi
genetika yang menyandi protein yang akan disintesis.

7
(1).
rRNA
rRNA adalah molekul RNA yang terbesar, mencakup sampai sekitar 80 % dari semua RNA
dalam sel. Molekul-molekul rRNA merupakan komponen utama dari ribosom, tempat
berlangsungnya proses translasi dalam biosintesis protein. Dalam sel E.coli terdapat lebih 15.000
ribosom yang mencakup hampir seperempat berat kering sel. rRNA adalah komponen utama
ribosom, mencakup 65 % berat ribosom, sisanya yang 35 % berupa protein. Pada sel prokariotik
ada 3 macam rRNA, sedang pada sel eukariotik ada 4 macam rRNA. Berbagai bentuk rRNA
dalam sel prokariotik dan sel eukariotik terutama berbeda dalam hal ukurannya. Berat sebuah
partikel ribosom, ada 3 macam rRNA yang berbeda menurut ukuran molekulnya, yaitu yang
mempunyai berat molekul 35.000, 550.000 dan 1.100.000 masing-masing terdiri dari 100, 1.500
dan 3.100 nukleotida.
(2).
mRNA
mRNA merupakan salinan DNA yang akan diterjemahkan menjadi protein, karena itu
pembentukan molekul ini merupakan bagian awal dalam sintesis protein. Dengan pertimbangan
ini, maka uraian yang lebih rinci mengenai mRNA ini akan dibicarakan dalam topik bahasan
Sintesis Protein dalam Biokimia II.
Dalam sel eukariotik ada lagi dua macam RNA lain yaitu heterogenous nuclear RNA (hnRNA)
yang merupakan prazat mRNA, dan small nuclear RNA (snRNA) yang terlibat dalam
memproses RNA.
(3).
tRNA
tRNA juga terdiri dari rantai tunggal ribonukleotida tetapi membentuk konfirmasi berlipat. Satu
molekul tRNA tersusun dari 73 93 ribonukleotida, dengan berat molekul antara 23.000
30.000. Setiap asam amino dari ke 20 macam asam amino yang menyusun protein mempunyai
satu atau lebih tRNA yang mengikatnya, membawanya ke ribosom. Setiap tRNA mengandung
trinukleotida yang khas pada bagian lengan di depan yang dikenal dengan antikodon yang akan
berpasangan untuk sementara dengan trinukleotida tertentu pada mRNA yang dikenal dengan
kodon sebagai sandi untuk asam amino tertentu.
Struktur 3 dimensi molekul tRNA telah ditemukan berdasarkan analisis kristalografi sinar X.
Bentuknya seperti daun semanggi. Titik-titik hitam adalah basa-basa N yang jenisnya berbeda
untuk tRNA yang membawa asam amino yang berbeda. Kotak-kotak yang ada pada tempattempat tertentu dengan huruf-huruf didalamnya menunjukan jenis basa yang umum terdapat pada
semua tRNA. Panjang rantai nukleotida berbeda-beda, dan ada tambahan nukleotida terdapat
pada lengan ekstra atau lengan DHU (dihidrouridin). Pada ujung lengan yang mengandung
antikodon, selain ketiga nukleotida yang berupa antikodon ada 4 nukleotida lain lagi,
kesemuanya tidak berpasangan. Pada lengan DHU mengandung sampai 3 residu DHU. Lengan
yang satu lagi yaitu lengan TC yang mengandung nukleosida ribotimidin (T) yang biasanya
tidak terdapat pada RNA, dan nukleosida pseudoridin () yang mempunyai ikatan karbon-karbon
antara basa dan pentosa, suatu keadaan yang tidak biasa juga. Memang ada 8 atau lebih
nukleotida pada semua tRNA yang mengandung basa yang sudah termodifikasi, umumnya akibat
metilasi pada basa yang biasa. Kebanyakan tRNA mempunyai nukleotida yang mengandung
guanin (pG) pada ujung 5, dan semua tRNA mempunyai rangkaian trinukleotida C C A (3)
pada ujung 3. Pada ujung inilah terikat asam amino melalui ikatan ester antara gugus karboksil
asam amino dengan gugus 3 OH dari residu A pada ujung 3 dari tRNA.
Proses ini
dikatalisis oleh enzim aminoasil tRNA sintetase. Sesuai dengan jumlah asam amino yang
menyusun protein, maka ada 20 macam enzim demikian.

Gambar 5.

8.

Struktur molekul tRNA secara umum.

Struktur molekul DNA

Jika pada bab sebelumnya telah dibicarakan mengenai struktur suatu nukleotida dan bagaimana
nukleotida berikatan membentuk rantai polinukleotida. Nukleotida yang menyusun DNA adalah
mempunyai komponen gula deoksiribosa, jadi berupa deoksiribo-nukleotida. Pada bab ini akan
diperlihatkan bagaimana satuan-satuan deoksiribonukleotida berinteraksi satu dengan yang lain
membentuk molekul DNA yang khas.
Deoksiribonukleotida yang menyusun DNA mengandung 4 macam basa : adenin (a), timin (T),
guanin (G), dan sitosin (C). Analisis kimia terhadap kandungan molar basa-basa tersebut
(umumnya disebut komposisi basa) dalam DNA yang diisolasi dari berbagai organisme
menunjukan bahwa [A] = [T] dan [G] = [C], dimana tanda [ ] berarti konsentrasi molar.
Selanjutnya didapatkan fakta bahwa [A + G] = [T + C] atau [purin] = [pirimidin].
Model struktur molekul DNA dikenal dengan model Watson-Crick sesuai dengan nama kedua
orang penemunya, James Watson dan Francis Crick. Mereka menggabungkan data kimia dan
fisika dan menyimpulkan bahwa ada dua rantai yang membentuk molekul DNA, dimana kedua
rantai tersebut terpilin sedemikian membentuk duplex atau double helix (sulur ganda). Dalam
model ini, ikatan gula fosfat menjadi semacam tulang punggung yang mengarah ke sebelah luar,

9
sedangkan basa basa pada rantai yang sama terpisah satu dengan yang lain sejauh 3,4 A.
Ternyata pula bahwa basa dari rantai yang satu berikatan hidrogen dengan basa dari rantai yang
lain membentuk pasangan basa purin pirimidin, yaitu selalu antara A T dan G C. Gambar 14
memperlihatkan bagaimana ikatan tersebut terbentuk, yaitu ada 2 ikatan H antara A dan T, dan 3
ikatan H antara G dan C.

Gambar 6.
Ikatan hidrogen antara basa-basa berpasangan A T dan G C pada molekul
heliks ganda DNA
Setiap pasangan basa terletak pada suatu bidang datar, dan bidang tersebut tegak lurus pada
sumbu heliks. Pasangan basa tersebut berotasi sekitar 360 dan ini memungkinkan dalam setiap
satu putaran heliks ada 10 pasang basa. Diameter heliks adalah 20 A, dan berat molekul per
satuan panjang heliks sekitar 2 x 106 permikrometer. Heliks DNA mempunyai dua macam
lekukan pada sebelah luar molekul, yaitu yang tidak begitu dalam disebut minor groove dan
lekukan yang dalam disebut major groove. Kedua lekukan ini cukup besar yang memungkinkan
molekul-molekul protein masuk dan kontak dengan basa.
Heliks pada Gambar 7 tersebut adalah yang berputar ke kanan, berarti jika dilihat dari atas
kebawah menurut arah sumbu heliks, nampak rantai berputar menurut arah jarum jam. Molekulmolekul DNA di alam umumnya yang demikian, tapi ada molekul DNA di alam yang heliksnya
memutar ke kiri. Adanya basa berpasangan tersebut merupakan salah satu sifat penting dari
struktur DNA, karena hal ini berarti urutan basa pada kedua rantai berpadanan (komplementer),
misalnya rantai yang satu mempunyai urutan basa AATGCT, maka rantai yang satu pasti
TTACGA, jika dibaca dengan arah yang sama. Hal ini penting sekali dalam kaitan dengan
mekanisme replikasi DNA, karena dengan demikian cetakan atau urutan basa pada rantai yang
satu ditentukan oleh urutan basa pada rantai yang lainnya.
Kedua rantai polinukleotida pada molekul DNA adalah anti paralel, yaitu ujung 3 OH dari
rantai yang satu, berseberangan dengan ujung 5 P pada rantai lainnya. Pada rantai sebelah kiri
arah dari atas ke bawah 5
3, maka pada rantai sebelah kanan arahnya 5
3. Itulah
sebabnya perlu suatu aturan untuk menyebut urutan basa, yaitu selalu mulai dari arah 5 pada
rantai sebelah kiri. Sebagai contoh jika ditulis ATC, itu berarti trinukleotida P 5 ATC 3
OH.

10

Gambar 7.

Model heliks ganda molekul DNA

Beberapa sifat DNA yang penting diketahui adalah :

(a)
Urutan dan jumlah nukleotida menentukan ciri dari spesies
(b)
Jumlah DNA dalam sel per spesies selalu tetap, ini tergambar pada jumlah
kromosomnya.
(c)
Sel gamet hanya mengandung separuh jumlah DNA dalam sel somatik, sehingga
disebut haploid
(d)
Komposisi basa sama pada spesies tertentu, dan tidak dipengaruhi oleh umur, nutrisi
dan lingkungan, kecuali terjadi mutasi.