ihhhjhB a b 7
Tubuh makhluk hidup (manusia, hewan dan tumbuh-tumbuhan) tersusun dari beraneka
ragam senyawa-senyawa kimia. Proses kehidupan merupakan serangkaian reaksi-reaksi yang
melibatkan perubahan materi dan transformasi energi. Proses metabolisme yang dilakukan oleh
organisme dimulai dengan terlebih dahulu mengambil zat-zat kimia yang seluruhnya berasal
dari lingkungan organisme tersebut. Ekskresi-sekresi yang dihasilkan organisme akan
dikembalikan lagi ke lingkungannya pada waktu organisme tadi masih hidup. Dan apabila suatu
organisme mati, maka tubuh organisme itu akan dilapukkan oleh jasad renik seperti bakteri-
bakteri menjadi zat-zat kimia yang serupa dengan semula yang diambil dari lingkungannya.
Jadi, organisme hidup tidak lain adalah suatu bentuk fana (tidak lestari), yang dibangun
dari bahan-bahan yang “dipinjam” untuk sementara waktu dari lingkungannya.
Kehidupan dan kematian organisme secara bertahap akan menyebabkan terjadinya
suatu siklus dari zat-zat kimia diantara organisme dan alam lingkungannya.
Dalam bab ini kita akan membahas asam amino sebagai molekul sederhana penyusun
protein dan pembahasan tentang protein itu sendiri. Keseluruhan protein dalam makhluk hidup
yang jenisnya diperkirakan sekitar 10 11 ternyata tersusun dari hanya 20 jenis asam amino. Hal
ini dapat diibaratkan dengan 26 jenis huruf dalam abjad yang dapat menyusun kata, kalimat, dan
buku yang jumlahnya tidak terbatas.
ASAM AMINO
Asam amino adalah suatu golongan senyawa karbon yang mengandung gugus karboksil
(-COOH) dan gugus amino (-NH2). Asam amino yang terbentuk sebagai hasil hidrolisis protein
adalah asam -amino karena gugus amino terletak pada atom karbon yang bersebelahan
dengan gugus karboksil.
R O
CH C OH
NH2
Gugus R atau rantai samping sangat beragam sehingga asam amino dapat dibedakan
berdasarkan perbedaan gugus R-nya. Ada yang hidrofob (seperti glisin dan alanin), ada yang
hidrofil karena mengandung gugus polar seperti OH, COOH atau NH 2 (misalnya tirosin, lisin
dan asam glutamat), ada yang bersifat asam dan ada yang bersifat basa, ada yang mengandung
belerang (misalnya sistein). Gugus R asam amino tersebut berperan dalam menentuka struktur,
kelarutan, serta fungsi biologis dari protein
Karbon pada asam amino merupakan pusat kiral, kecuali pada glisin yang gugus R-
nya adalah atom H. Dengan demikian seluruh asam amino yang diturunkan dari protein (kecuali
glisin) bersifat optik aktif. Semua asam amino alam mempunyai konfigurasi -L yang sejenis
dengan gliseraldehid.
NH2
Ion Zwitter
Sebagaimana kita ketahui, gugus karboksil (-COOH) adalah gugus yang bersifat asam,
sedangkan -NH2 adalah gugus yang bersifat basa. Oleh karena itu, molekul asam amino dapat
mengalami reaksi asam basa intramolekuler membentuk suatu ion dipolar yang disebut ion
zwitter
H O H O
H2N C C OH H3N C C O
R R
asam amino ion zwitter
Sifat Amfoter
Karena mempunyai gugus asam amino dan gugus basa, maka asam amino bersifat
amfoter (dapat bereaksi dengan asam maupun basa). Jika direaksikan dengan asam maka asam
amino akan menjadi suatu kation, sebaliknya jika direaksikan dengan basa maka asam amino
menjadi anion.
H O H O
H3N C C O + H+ H3 N C C OH
R R
ion zwitter kation
H O H O
H3 N C C O + OH H2 N C C O + H2O
R R
ion zwitter anion
Titik Isolistrik
Dalam larutan, muatan asam amino bergantung pada pH larutan. Jika suatu asam amino
yang bermuatan positif ditetesi dengan suatu basa (dinaikkan pH-nya), maka muatan positifnya
akan turun hingga menjadi netral dan seterusnya menjadi muatan negatif. pH pada saat asam
amino tidak bermuatan disebut titik isolistrik. Di bawah titik isolistriknya asam amino
bermuatan positif, sebaliknya bermuatan negatif di atas titik isolistriknya.
1. Reaksi esterefikasi
Gugus karboksil asam amino dapat diestrifikasi oleh adanya alkohol dalam kondisi
asam.
Gugus fungsi amino dapat diasetilasi dengan senyawa asil klorida atau asam
anhidrida dalam kondisi basa.
3. Reaksi ninhidrin
Ninhidrin adalah reaksi yang berguna untuk mendeteksi asam amino dan
menetapkannya konsentrasinya dalam larutan. Ninhidrin merupakan hidrat dari triketon
siklik dan jika bereaksi dengan asam amino akan menghasilkan warna violet. Reaksinya
adalah sebgaia berikut :
O O O
OH
+ RCHCO2 N + RCHO + CO2
OH + +
NH3 O + 3H2O + H
O O
Perhatikan bahwa asam amino hanya menyumbangkan atom nitrogennya pada warna
violet. Asam amino sisanya diubah menjadi aldehid dan karbon dioksida. Warna violet yang
sama dihasilkan oleh seluruh asam -amino dengan gugus NH2 primer dan ketajaman
(intensitas) setiap warna tergantung pada konsentrasi asam amino. Hanya pirolin yang
cenderung mempunyai gugus amino sekunder (bukan gugus amino sekunder), jadi tidak
berwarna violet jika diberikan reaksi warna ini. Reaksinya menimbulkan warna kuning.
Sifat ini dapat digunakan untuk analisis prolin.
PROTEIN
Protein adalah senyawa terpenting penyusun sel hidup. Istilah protein berasal dari
bahasa Yunani proteious yang berarti pertama atau yang utama Protein terdapat dalam semua
jaringan hidup baik tumbuhan maupun hewan. Fungsi protein sangat beragam. Protein
memberi kekuatan dan kelenturan pada kulit kita; sebagai otot dan urat, protein berfungsi
menggerakkan tulang-tulang kita; protein lain menguatkan gigi dan tulang kita bagaikan baja
menguatkan beton; protein antibodi melindungi kita dari berbagai penyakit; sebagian protein
berfungsi sebagai alat transpor, misalnya transpor oksigen dan nutrien; sebagian lagi berfungsi
sebagai enzim yang memungkinkan reaksi-reaksi metabolisme dapat berlangsung pada suhu
tubuh yang relatif rendah; protein juga merupakan komponen dari sistem saraf.
Protein merupakan polimer dari sekitar 20 jenis asam -amino. Massa molekul
relatifnya berkisar dari 6000 hingga beberapa juta. Unsur utama dalam protein adalah C, H, O
dan N. Banyak juga protein yang mengandung belerang (S) dan dalam jumlah yang lebih sedikit
fosforus (P). Beberapa protein mengandung besi, mangan, tembaga dan iodin. Dalam protein,
asam amino sebagai monomer-monomer yang yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Karena
itu protein disebut juga sebagai polipeptida.
Struktur Protein
ikatan peptida
Ikatan peptida ini merupakan suatu gugus amida yang merupakan struktur dasar rantai
protein, yang hanya menerangkan susunan asam amino pada rantai peptida dengan tidak
memperhatikan kemungkinan adanya interaksi antara sesama asam amino-asam amino.
Rangkaian asam amino dalam satu rantai polipeptida disebut struktur primer protein.
Penentuan susunan asam amino di dalam struktur primer pada hakekatnya adalah sama
dengan penentuan asam amino pada peptida. Insulin sapi adalah protein pertama yang
ditentukan strukturnya. Kini banyak protein telah berhasil ditentukan strukturnya.
2. Struktur sekunder
Oleh karena protein mempunyai rantai asam amino yang panjang, seseorang mungkin
berpikir bahwa bentuk protein adalah amorf atau susah ditentukan. Anggapan seperti itu
tidak benar. Banyak protein telah diisolasi dalam bentuk kristal murni, ternyata polimer
tersebut memiliki bentuk yang beraturan.
Apabila interaksi antar asam amino di dalam polipeptida diperhatikan, maka rantai
polipeptida diperkirakan dapat berbentuk heliks (spiral) atau lembaran berlipat (pleated
sheet). Struktur yang dihasilkan tersebut disebut struktur sekunder protein. Ikatan yang
bertanggung jawab dalam pembentukkan struktur adalah ikatan hidrogen. Susunan asam
aminonya pada rantai peptida sedemikian rupa menyebabkan terjadinya ikatan hidrogen
antara atom oksigen pada gugus karbonil dari asam amino yang satu dengan atom hidrogen
pada gugus amino dari asam amino yang lain. Terbentuknya bentuk heliks atau lembaran
berlipat sangat bergantung pada posisi dan jenis asam amino penyusun rantai protein.
4. Struktur kuarterner
Denaturasi Protein
Jika suatu larutan protein, misalnya albumin telur, dipanaskan sampai 60 0C – 700C,
lambat laun larutan itu akan keruh dan akhirnya mengalami koagulasi. Protein yang telah
terkoagulasi itu tidak dapat larut lagi pada pendinginan. Perubahan seperti itu disebut
denaturasi protein. Selain itu denaturasi juga dapat terjadi karena beberapa hal, antara lain :
a. perubahan pH yang ekstrim,
b. pengaruh pelarut seperti alkohol atau aseton,
c. pengaruh zat terlarut seperti urea,
d. detergen,
e. pengguncangan yang intensif.
Protein dalam bentuk alamiahnya disebut protein asli (native), setelah denaturasi
disebut protein terdenaturasi. Protein terdenaturasi hampir selalu kehilangan fungsi biologinya.
Dari penelitian terhadap protein terdenaturasi diketahui bahwa struktur primer protein
(rangkaian asam-asam amino) tidak ada yang rusak. Denaturasi terjadi akibat perubahan
struktur yang lebih tinggi dari protein, terutama struktur tersier dan kuarterner.
Penggolongan Protein
Protein dapat dibeda-bedakan berdasarkan komposisi kimia, bentuk atau fungsi
biologisnya.
- Albumin larut dalam air dan larutan garam, tidak mempunyai asam amino khusus.
- Globulin sedikit larut dalam air tetapi larut dalam larutan garam, tidak mempunyai asam
amino khusus
- Protamin larut dalam etanol 70 – 80 %, tetapi tidak larut dalam air dan etanol absolut. Kaya
akan arginin.
- Histon, larut dalam larutan garam.
- Skeroprotein, tidak larut dalam air atau larutan garam. Kaya akan glisin, alanin dan protein.
Beberapa uji dapat dilakukan untuk mengenal keberadaan protein. Uji-uji itu adalah :
Uji Biuret
Untuk menunjukkan protein dilakukan uji biuret. Zat yang akan diselidiki mula-mula
ditetesi larutan NaOH, kemudian larutan tembaga (II) sulfat encer. Jika terbentuk warna ungu,
berarti zat itu mengandung protein. Uji biuret positif bagi semua zat yang mengandung ikatan
peptida, sehingga juga positif terhadap urea.
Uji Xantoproteat
Uji xantoproteat adalah uji terhadap protein yang mengandung gugus fenil (cincin
benzena). Apabila protein yang mengandung cincin benzena dipanaskan dengan asam nitrat
pekat, maka terbentuk warna kuning yang kemudian menjadi jingga jika dibuat alkalis (basa)
dengan larutan NaOH.
Uji Belerang
Adanya unsur belerang dalam protein dapat ditunjukkan sebagai berikut. Mula-mula
larutan protein dengan larutan NaOH pekat (±M) dipanaskan, kemudian diberi beberapa tetes
larutan timbal asetat. Bila terbentuk endapan hitam (dari PbS) menunjukkan adanya belerang.
ASAM NUKLEAT
Struktur Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biomolekul yang berperan penting dalam penurunan sifat-sifat
genetik dan sintesis protein. Ada dua jenis asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat (DNA =
deoxyribonucleid acid) dan asam ribonukleat (RNA = ribonucleid acid). DNA terdapat dalam
inti sel yaitu dalam kromosom, sedangkan RNA terdapat di luar inti sel, yaitu dalam sitoplasma.
Asam nukleat juga merupakan polimer. Umumnya molekul DNA lebih besar daripada molekul
RNA. Monomer asam nukleat adalah nukleotida. Nukleotida terdiri atas tiga jenis molekul
sederhana, yaitu :
1. Satu basa nitrogen (basa purin dan pirimidin),
NH2 O O NH2 O
H3C
N N NH N NH
N NH
N N N N N N N O
NH2 O O
H H H H H
HO CH2 OH HO CH2 OH
O O
H H H H
H H H H
OH OH OH H
ribosa 2-deoksiribosa
3. Asam fosfat.
O
O P OH
O
Nukleosida
Nukleotida tanpa gugus fosfat disebut nukleosida. Nukleosida adalah suatu N-glikosida
yang merupakan gabungan antara gula dan basa purin atau pirimidin. Di dalam nukleosida basa-
basa pirimidin atau purin melekat pada karbon anomerik (C1) dari gula oleh ikatan -glikosida.
Pirimidin dihubungkan melalui N-1 dan purin pada N-9. Berikut ini adalah dua dari empat
nukleosida DNA (strukturnya bernomor sebagaimana basa atau gulanya, kecuali tanda aksen
pada gula).
NH2 NH2
7
N N N1
konfigurasi
2
1
N O 9 N N
5' 5'
HO CH2 HO CH2
O O
1' 1'
H H H H
H 2' H H 2' H
OH H OH H
2'-deoksistidin 2'-deoksiadenosin
Karena banyaknya gugus polar, nukleosida larut dalam air, ikatan N-glikosidanya
mudah dihidrolisis oleh asam (atau enzim) menjadi gula dan basanya, seperti terlihat pada
reaksi dibawah ini :
NH2
N N
N N
NH2
HO CH2 HO CH2 OH
O H2O O N N
H H + H H +
H N N
H H H H H
OH H OH H
2'-deoksiadenosin 2'-deoksi-D-ribosa adenin
N N N N
H H NH2
2. Basa pirimidin
O NH2
H3C NH N
N O N O
H H
timin (T) sitosin (S)
Basa nitrogen dalam RNA adalah adenin (A), guanin (G), urasil (U) dan sitosin (S)
NH
N O
H
urasil (U)
Nukleotida
Nukleotida adalah ester fosfat dimana gugus hidroksil pada gula diesterifikasi oleh
asam fosfat. Pada nukleotida DNA gugus hidroksil 5’ atau 3’ dari 2-deoksi-D-ribosa dapat
diesterifikasi, basa nitrogen dan asam fosfat terikat pada gula pentosa, basa nitrogen terikat pada
atom C nomor 1’, sedangkan asam fosfat terikat pada atom C nomor 5’.
O NH2
H3C N
NH 2'-deoksi--D-ribosa N
N O N N
O
5' 5'
HO CH2 O P O CH2
O O
H H 1' O H H 1'
H 3' H H H
O H OH H
O P O
O
2'-deoksitimidin-3-monofosfat 2'-deoksiadenosin-5'-monofosfat
Pada RNA basa nitrogen urasil sama halnya dengan timin membentuk nukleotida pada N-1 dan
nama-namanya serupa.
O
NH
-D-ribosa
1'
N O
O
5'
O P O CH2
O
O H H 1'
H 2' H
OH OH
5'-monofosfat
Dua molekul nukleotida dapat saling berkaitan melalui gugus fosfat dengan melepas molekul
air. Selanjutnya, dinukleotida itu dapat pula mengikat nukleotida yang lain sehingga membentuk
suatu polimer rantai lurus.
Molekul DNA terdiri dari dua rantai polimer yang melengkung membentuk heliks
ganda. Heliks ganda itu dikukuhkan oleh ikatan hidrogen antara timin dari rantai yang satu
dengan adenin dari rantai yang lainnya, dan antara sitosin dari rantai yang satu dengan guanin
dari rantai lainnya.
Rangkaian nukleotida dalam DNA yang menentukan satu jenis protein disebut gen.
(satu molekul DNA dapat terdiri atas ratusan gen). Suatu gen yang terdiri atas 333 nukleotida
atau 111 kodon dalam susunan yang khas, akan menentukan suatu protein yang terdiri atas
333/3 atau 111 molekul asam amino dalam urutan yang khas.
Bagaimanakah penurunan sifat genetik itu? DNA terdapat dalam struktur sel yang
disebut kromosom. Sebelum suatu sel membelah, lebih dahulu dibuatnya satu set kromosom,
jadi juga satu set DNA, yang identik dengan kromosom lama yang akan diteruskan pada sel
yang baru. Oleh karena itu, sel yang baru mempunyai informasi genetik yang identik dengan sel
asal. Kadang suatu kekliruan terjadi pada pembentukan kromosom baru yang
akanmengakibatkan perubahan sifat genetik. Hal seperti ini disebut mutasi. RNA berperan pada
proses pembuatan protein.