Skripsi Fix Uty

i
ANALISIS IN SILICO SENYAWA DALAM BERBAGAI

VARIETAS BERAS (Oryza sativa L.) PADA RESEPTOR
ANTIOKSIDAN
SKRIPSI
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Farmasi
NAMA : PUTRI NANDA LUSIANA

NPM : 17330739
PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS FARMASI
INSTITUT SAINS DAN TEKNOLOGI NASIONAL
JAKARTA
MARET 2020
Institut Sains dan Teknologi Nasional

HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
Skripsi ini adalah hasil karya saya sendiri, dan semua sumber baik yang
dikutip maupun dirujuk telah saya nyatakan dengan benar.
NAMA : PUTRI NANDA LUSIANA

NPM : 17330739
TANGGAL : 2 MARET 2020
Putri Nanda Lusiana
ii
HALAMAN PERNYATAAN NON PLAGIAT
Saya yang bertanda tangan di bawah ini :

Nama : Putri Nanda Lusiana
NPM : 17330739
Mahasiswa : Farmasi
Tahun Akademik : 2019/2020
Menyatakan bahwa saya tidak melakukan kegiatan plagiat dalam penulisan Tugas
Akhir yang berjudul “Analisis In Silico Senyawa Dalam Berbagai Varietas Beras
(Oryza sativa L.) Pada Reseptor Antioksidan Dengan Metode Docking”
Apabila suatu saat nanti terbukti saya melakukan plagiat, maka saya akan menerima
sanksi yang telah ditetapkan.
Demikian Surat Pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya.
Jakarta, 2 Maret 2020
Putri Nanda Lusiana
iii
HALAMAN PENGESAHAN
NPM : 17330739
Program Studi : Farmasi
Judul Skripsi : “Analisis In Silico Senyawa Dalam Berbagai Varietas Beras

(Oryza sativa L.) Pada Reseptor Antioksidan Dengan Metode
Docking”.
Telah berhasil dipertahankan di hadapan Dewan Penguji dan diterima

sebagai bagian persyaratan yang diperlukan untuk memperoleh gelar Sarjana
Farmasi pada Program Studi Farmasi, Fakultas Farmasi, Institut Sains Dan
Teknologi Nasional
DEWAN PENGUJI
Pembimbing I : Desy Muliana Wenas, M. Si. ( )
Pembimbing II : Ritha Widyapratiwi, S.Si., MARS., Apt ( )
Pembimbing III : Dr. Esti Mumpuni, M. Si., Apt ( )
Penguji I : Dr. Tiah Rachmatiah, M. Si., Apt ( )
Penguji II : Dra. Herdini, M.Si., Apt. ( )
Penguji II : Saiful Bahri, M.Si ( )
Ditetapkan di : Jakarta
Tanggal : Maret 2020
iv
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur atas kehadirat Allah SWT yang senantiasa
melimpahkan rahmat dan karunia-Nya. Shalawat dan salam tidak lupa pula saya
sampaikan ke pangkuan Nabi Muhammad SAW beserta keluarga dan sahabat
beliau. Berkat bantuan dan dorongan dari semua pihak yang telah membantu
sehingga penyusunan skripsi dengan judul “Analisis In Silico Dalam Berbagai
Varietas Beras (Oryza sativai L.) Pada Reseptor Antioksidan” dapat
diselesaikan. Skripsi ini diajukan untuk memenuhi salah satu syarat memperoleh
gelar Sarjana Farmasi di Program Studi Farmasi, Fakultas Farmasi, Institut Sains
dan Teknologi Nasional. Saya menyadari bahwa, tanpa bantuan dan bimbingan dari
berbagai pihak, dari masa perkuliahan sampai pada penyusunan skripsi ini,
sangatlah sulit bagi saya untuk menyelesaikan skripsi ini. Oleh karena itu, penulis
ingin mengucapkan rasa hormat dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada
Ibu Desy Muliana Wenas, M. Si ; Ibu Ritha Widyapratiwi S.Si., MARS., Apt
dan Ibu Dr. Esti Mumpuni, M. Si., Apt selaku dosen pembimbing dengan penuh
kesabaran telah membimbing, memberikan arahan, saran serta dukungan moril
yang sangat berharga dalam proses penyusunan skripsi ini dari awal hingga akhir.
Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada berbagai pihak :
1. Dekan Fakultas Farmasi Institut Sains dan Teknologi Nasional Jakarta, ibu Dr.
Refdanita, M. Si., Apt.
2. Ketua Program Studi Farmasi, Fakultas Farmasi ISTN Jakarta, ibu Jenny
Pontoan, M. Farm., Apt.
3. Pembimbing Akademik Program Studi Farmasi, Fakultas Farmasi ISTN,
Jakarta, Pak Saiful Bahri, M. Si.
4. Seluruh Dosen Farmasi dan Staf Karyawan Program Studi Farmasi, Fakultas
Farmasi ISTN, Jakarta;
5. Kedua orang tua dan adik serta seluruh keluarga yang tidak henti-hentinya
dengan ketulusan cinta selalu mendoakan dan memberikan dukungan,
semangat dan dorongan secara moril dan materil yang tidak terhingga serta doa
nya selama ini;
v
6. Teman sejawat, teman angkatan 2017 konversi genap Fakultas Farmasi dan
semua pihak yang telah memberikan banyak perhatian, inspirasi, semangat
bantuan serta dukungan selama pendidikan, penelitian dan dalam
menyelesaikan studi skripsi ini yang tidak dapat disebutkan satu persatu.
Sampai jumpa dilain kesempatan;
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan, oleh
karena itu kritik dan saran sangt penulis harapkan. Tidak ada yang pantas diberikan,
selain balasan dari Allah SWT yang Maha Kuasa untuk kemajuan kita bersama.
Akhirnya penulis mengharapkan skripsi ini dapat bermanfaat bagi perkembangan
ilmu pengetahuan di masa yang akan datang.
Jakarta, 2 Maret 2020

Penulis
Putri Nanda Lusiana
vi
HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI TUGAS
AKHIR UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS
Sebagai sivitas akademika Institut Sains Dan Teknologi Nasional, saya yang
bertanda tangan di bawah ini:

NPM : 17330739
Program Studi : Farmasi
Farmasi Fakultas : Farmasi
Jenis karya : Skripsi
demi pengembangan ilmu pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada

Institut Sains dan Teknologi Nasional Hak Bebas Royalti Non eksklusif (Non
exclusive Royalty-Free Right) atas skripsi saya yang berjudul:
Analisis In Silico Senyawa Dalam Varietas Beras (Oryza sativa L.) Pada Reseptor
Antioksidan Dengan Metode Docking.
beserta perangkat yang ada (jika diperlukan). Dengan Hak Bebas Royalti Non
eksklusif ini Institut Sains dan Teknologi Nasional berhak menyimpan, mengalih
media/format-kan, mengelola dalam bentuk pangkalan data (database) softcopy dan
hardcopy, merawat, dan mempublikasikan tugas akhir saya selama tetap
mencantumkan nama saya sebagai penulis/pencipta dan sebagai pemilik Hak Cipta.
Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya.
Dibuat di : Jakarta
Pada tanggal : 2 Maret 2020
Yang menyatakan
(Putri Nanda Lusiana)
vii
ABSTRAK

Program Studi : S1 Farmasi
Judul : Analisis In Silico Dalam Berbagai Varietas Beras (Oryza
sativa L.) Pada Reseptor Antioksidan Dengan Metode
Docking
Varietas beras memiliki potensi sebagai antioksidan dengan penangkapan radikal

bebas. Penelitian ini bertujuan mendapatkan kandidat senyawa dalam varietas
beras yang memiliki afinitas antioksidan dengan molekuler docking dan
menganalisis selektivitas senyawa varietas beras dengan protein target (5FIW,
5YTO, 2F8A). Hasil penelitian menyatakan senyawa pada varietas beras dapat
memiliki potensi sebagai antioksidan dalam tubuh, untuk membuktikan hal
tersebut, sebagai langkah awal dapat dilakukan dengan kimia komputasi
menggunakan molecular docking. Software yang digunakan untuk molecular
docking adalah YASARA, MarvinSketch, PLANTS dan VMD. Penelitian ini
menggunakan tiga macam senyawa pembanding, yaitu vitamin C, vitamin E dan
kursetin. Protein target yang sudah tervalidasi berjumlah 3 reseptor dengan kode
PDB 5FIW (Myeloperoksidase), 5YTO (Superoxide Dismutase dan 2F8A
(Glutathion peroxidase). Berdasarkan penelitian ini telah diperoleh senyawa yang
aktif terhadap masing-masing reseptor dan pembanding, yaitu Tokotrienol dan
Oryzanol pada reseptor dengan kode PDB 5FIW. Proantosianidin, Tokotrienol
dan Oryzanol pada reseptor dengan kode PDB 5YTO. Tokotrienol pada reseptor
dengan kode PDB 2F8A dengan pembanding vitamin E.
Kata Kunci : Antioksidan, Oryza sativa, Molecular docking,

ABSTRACT
Name : Putri Nanda Lusiana

Study Program : Pharmacy
Title : In Silico Analysis in Rice Varities (Oryza sativa L.) Of Anti-
Oxidant Receptors on Docking Method
Rice varieties has potential as an antioxidant with free radicals. The research aim to get
candidates for the rice varieties compound that has antioxidant affinity with molecular
docking and to analyze the selectivity of the rice varieties compound with target
proteins (5FIW, 5YTO, 2F8A). The result of the research that rice varieties can repair
the activity of antioxidant on body, to prove this, as a first step can be done with
computational chemistry using molecular docking. Software used for molecular
docking is YASARA, MarvinSketch, PLANTS and VMD. This research used three
different types of comparison compound, that is Vitamin C, Vitamin E and Quercetin.
The validates target protein consist of 3 receptors with PDB codes 5FIW
(Myeloperoxidase), 5YTO (Superoxide Dismutase dan 2F8A (Glutathion peroxidase).
Based on this research compounds that are active have been obtained on each receptors
that is Tocotrienol and Oryzanol at the receptors with PDB code 5FIW and
Proanthocyanidin, Tocotrienol and Oryzanol at the receptors with PDB code 5YTO.
Tocotrienol at receptor with PDB code 2F8A for comparison of vitamin E.
Keywords: Antioxidant, Oryza sativa, Molecular docking
DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
HALAMAN PERNYATAAN NON PLAGIAT
HALAMAN PENGESAHAN
KATA PENGANTAR............................................................................................v
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH.......................viii
ABSTRAK...........................................................................................................viii
ABSTRACT...........................................................................................................ix
DAFTAR ISI...........................................................................................................x
DAFTAR GAMBAR............................................................................................xii
DAFTAR TABEL...............................................................................................xiii
DAFTAR LAMPIRAN.......................................................................................xiv
BAB 1 PENDAHULUAN......................................................................................1
1.1 Latar Belakang...............................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah...........................................................................................4
1.3 Tujuan Penelitian............................................................................................4
1.4 Manfaat Penelitian..........................................................................................4
BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA.............................................................................5
2.1 Klasifikasi Beras (Oryza sativa L.)................................................................5
2.1.1 Beras Putih (Oryza sativa L.)..................................................................5
2.1.2 Beras Hitam (Oryza sativa Indica.).........................................................6
2.1.3 Beras Merah (Oryza nivara.)...................................................................6
2.1.4 Komponen Bioaktif Beras Sebagai Antioksidan.....................................7
2.2 Radikal Bebas.................................................................................................8
2.3 Pengertian Antioksidan..................................................................................9
2.3.1 Antioksidan Bahan Alamiah..................................................................10
2.3.2 Flavonoid...............................................................................................10
2.3.3 Antosianin..............................................................................................11
2.3.4 Vitamin C..............................................................................................11
2.3.5 Vitamin E...............................................................................................12
2.3.6 Kuersetin................................................................................................13
2.4 Enzim............................................................................................................14
2.5 Enzim Antioksidan.......................................................................................15
2.5.1 Superoksida Dismutase.........................................................................15
2.5.2 Glutation Peroksidase............................................................................16
2.5.3 Myeloperoksidase..................................................................................18

2.6 Reseptor........................................................................................................19
2.6.1 Reseptor 5FIW.......................................................................................20
2.6.2 Reseptor 5YTO......................................................................................20
2.6.3 Reseptor 2F8A.......................................................................................21
2.7 Metode Penapisan In silico (Virtual Screening)..........................................21
2.8 Sofware Yang Digunakan............................................................................26
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN.............................................................29
3.1 Tempat dan Waktu Penelitian......................................................................29
3.2 Bahan Uji Secara Virtual Dalam Data Base................................................29
3.3 Prinsip Percobaan.........................................................................................37
3.4 Alat dan Bahan.............................................................................................37
3.5 Tahapan Penelitian.......................................................................................38
3.6 Metode Penelitian.........................................................................................38
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN................................................................42
4.1 Analisis Reseptor Yang Digunakan.............................................................42
4.2 Analisis Software Yang Digunakan..............................................................44
4.3 Hasil Simulasi Docking................................................................................45
4.4 Eludasi Moda Ikatan Dalam Binding Pocket Reseptor................................52
4.5 Statistik Dengan Uji T..................................................................................66
BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN................................................................69
5.1 KESIMPULAN............................................................................................69
5.2 SARAN........................................................................................................69
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................70
LAMPIRAN..........................................................................................................73
DAFTAR GAMBAR

5
6
6
12
13
13
Gambar 2 7. Mekanisme Enzim SOD..................................................................15
Gambar 2 8. Reaksi Aktivitasi MPO...................................................................18
Gambar 2 9. Reseptor 5FIW................................................................................20
Gambar 2 10. Reseptor 5YTO...............................................................................20
Gambar 2 11. Reseptor 2F8A................................................................................21
Gambar 2 12. PLANTS..........................................................................................26
26
27
27
28
41
43Y
Gambar 4 2. Validasi Reseptor 5YTO.................................................................44

Gambar 4 3. Validasi Reseptor 2F8A..................................................................45
Gambar 4 4. Grafik Score Docking Pada Ligan 5FIW
Gambar 4 5. Grafik Score Docking Pada Ligan 5YTO.......................................48
Gambar 4 6. Grafik Score Docking Pada Ligan 2F8A........................................49

DAFTAR TABEL
Tabel 3 1. Struktur Senyawa Dalam Varietas Beras..............................................29

Tabel 3 2. Struktur Senyawa Pembanding.............................................................35

DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. SK Penetapan Dosen Pembimbing dan Judul Penelitian..................73

Lampiran 2. Preparasi Protein dan Ref_ligand.....................................................74
Lampiran 3. Cara Menjalankan Aplikasi VMD ...................................................87

BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Padi (Oryza sativa L.) merupakan salah satu sumber pangan pokok yang sangat
melimpah di indonesia dan beragam jenis baik tanaman maupun berasnya. Jenis beras
tersebut, antara lain beras putih (Oryza sativa L.), beras merah (Oryza nivara) dan beras
hitam (Oryza sativa Indica). Beras putih (Oryza sativa L.) pada umunya banyak
dimanfaatkan sebagai makanan pokok dan diolah menjadi nasi. Beras putih memiliki
sedikit aleuron dengan kandungan amilosanya sekitar 20%. Beras merah (Oryza nivara)
merupakan bahan pangan pokok diindonesia selain beras putih. Beras merah telah diuji
memiliki nilai yang baik untuk kesehatan dibandingkan beras putih. Kandungan beras
merah yaitu karbohidrat, lemak, protein, serat, mineral, antosianin dan lainnya.
Antosianin pada meras merah merupakan pigmen yang bewarna merah, pigmen tersebut
terdapat pada pericarp dan tegmen (lapisan kulit) beras dan pula pada setiap bagian
gabah. Beras hitam (Oryza sativa Indica) merupakan beras yang bewarna ungu pekat
dan mempunyai kadar serat sebesar 7,5% dan 5,8%. Warna pada beras hitam terdapat
pada pericarp dan endosperm yang menunjukkan bahwa beras hitam memiliki
kandungan antosianin sama halnya dengan beras merah. Beberapa laporan menyatakan
bahwa beras memiliki kandungan nilai kesehatan tinggi berdasarkan senyawa bioaktif
yang berpotensi sebagai antioksidan (Suliartini dkk, 2011).
Varietas beras berpigmen mengandung beberapa senyawa bioaktif sebagai
antioksidan berupa asam fenolik, flavonoid, tokoferol, tokotrienol, antosianin,
proantosianidin, γ-oryzanol dan asam fitat. Senyawa bioaktif yang menyebabkan
pigmen pada beras adalah antosianin dan proantosianidin. Protoantosianidin atau tanin
terkondensasi adalah kelas senyawa fenolik polimer yang terdiri dari unit flavon- 3-ol
(katekin, epikatekin, dan 3-O-galat dan epigalat). Jenis antosianin yang terdapat pada
beras merah maupun beras hitam adalah cyanidin-3-glucoside dan peonidin-3-glucoside
(Goufo dan Trindade 2013).
Radikal bebas adalah suatu molekul yang relatif tidak stabil dengan atom yang
pada orbit terluarnya memiliki (1) satu atau lebih elektron yang tidak berpasangan,
sehingga molekul tersebut menjadi tidak stabil dan menjadi radikal bebas (Robins,
2007). Radikal bebas tersebut banyak terdapat pada lingkungan seperti sinar ultra violet
(UV), asap rokok, radiasi, polusi dari kendaraan maupun pabrik, pestisida, obat-obatan

dan berbagai sumber radikal bebas lainnya. Efek yang dihasilkan dari radikal bebas
yaitu dapat menyebabkan kerusakan pada tingkat biomolekul (misalnya lipid, protein,
DNA) dan berpotensi menimbulkan penyakit seperti kanker, aterosklerosis, diabetes
dan berbagai penyakit degenerative pada manusia (Prawirodiharjo, 2014). Salah satu
cara untuk mencegah adanya reaksi stres oksidatif adalah dengan mengetahui aktivitas
enzim antioksidan seperti myeloperoksidase, superoksida dismutase, dan glutation
peroksidase terhadap senyawa-senyawa yang berpotensi sebagai antioksidan seperti
vitamin C, vitamin E, kuersetin dan lainnya merupakan antioksidan bahan alam, yang
apabila dalam jumlah kecil jika dibandingkan dengan zat yang dioksidasi mampu
menghambat atau memperlambat oksidasi secara bermakna (Suhartono, 2016).
Myeloperoksidase (MPO) adalah enzim antioksidan yang mengandung heme
disekresi oleh sel-sel fagosit setelah adanya aktivasi dari mekanisme respitory burst
yaitu peningkatan langsung kebutuhan oksigen yang tinggi. MPO berperan pada
subspesies leukosit termasuk neutrofil dan juga makrofag dalam plasma sehingga enzim
MPO dapat mengkatalis reactive oxidant species atau radikal bebas (Suhartono, 2016).
Superoksida dismutase (SOD) adalah enzim antioksidan yang dihasilkan oleh
rantai transport elektron pada rantai pernapasan sel yang menghasilkan hidrogen
peroksida. Superoksida dismutase terdiri dari MnSOD dalam motokondria dan CuZn
SOD dalam sitosol. Fungsi enzim superoksida dismutase adalah memberikan
perlindungan terhadap kemungkinan efek superoksida yang merusak organisme
(Suhartono, 2016).
Glutation peroksidase (GPx) adalah enzim antioksidan yang mengandung
selenium dengan mekanismenya yaitu dapat mengkatalis perubahan hidrogen peroksida
dan oksigen yang dibentuk oleh enzim SOD didalam sitosol dan mitokondria (Indrayati,
2014).
Metode in silico menggunakan teknik docking, diperlukan enzim atau reseptor
yang bertanggung jawab pada aktivitas didalam tubuh. Setelah bioinformatika
berkembang, data-data protein yang sudah dianalisa dapat diakses oleh siapapun, baik
data sekuen asam amino-nya maupun struktur 3D yang tersedia, salah satunya di
Protein Data Bank (PDB). Enzim antioksidan yang digunakan pada penelitian diperoleh
dari Protein Data Bank (PDB) antara lain: 5FIW (myeloperoksidase), 5YTO
(superoksida dismutase) dan 2F8A (glutation peroksidase) berdasarkan homo sapiens,
crystal dan non mutans. Ketiga enzim tersebut merupakan reseptor penghambat
aktivitas radikal bebas sehingga dapat dilihat interaksi atau kecocokan antara reseptor
maupun ligan senyawa uji apakah dapat berikatan secara kompetitif dalam mengurangi
atau mencegah oksidasi sel. Pada penelitian sebelumnya oleh Mumpuni Esti tahun 2019
“Skrining Virtual dan Elusidasi Senyawa dalam Bawang Putih (Alium sativum L.)
sebagai Penghambat Reseptor Advanced Glycation End Product”, penambatan molekul
menggunakan software YASARA sebagai preparasi ligan dan protein target,
MarvinSketch sebagai aplikasi yang menggambarkan struktur dua dimensi (2D) dari
hasil preparasi ligan dan protein, PLANTS sebagai simulasi docking dari senyawa uji
dan senyawa pembanding dan VMD sebagai visualisasi senyawa representatif dan
reseptornya dalam bentuk tiga dimensi (3D) terhadap senyawa uji dan senyawa
pembanding yaitu vitamin C, vitamin E dan kuersetin serta senyawa-senyawa lain yang
mengandung flavonoid. 20 senyawa uji yaitu: Tocotrienol, Oryzanol I, Oryzanol II, A-
Oryzanol I, A- Oryzanol II, A- Oryzanol III, C- Oryzanol I, C- Oryzanol II, Gamma-
Oryzanol I, Gamma- Oryzanol II, Gamma- Oryzanol III, Gamma- Oryzanol IV dan
Gamma- Oryzanol V belum diketahui aktivitas antioksidan dengan menggunakan
protein target sebagai ligan (5FIW, 5YTO, 2F8A). Analisis in silico dapat memberikan
gambaran untuk mengetahui aktivitas antioksidan yang mempengaruhi mekanisme
kerja beberapa enzim, sehingga dapat dilakukan penelitian lebih lanjut secara in vitro
dan in vivo seperti melakukan percobaan terhadap hewan uji, pemanfaatan nutrasetikal
dan lainnya.
Metode in vitro dan in vivo lazim digunakan dalam proses penemuan obat.
Komputer menawarkan metode in silico, yakni suatu metode yang menggunakan
kemampuan komputer dalam merancang senyawa kimia dalam berbagai komplemen
dari metode in vitro dan in vivo. Pendekatan penapisan virtual (virtual screening) dapat
digunakan dalam mengidentifikasi senyawa-senyawa aktif dengan target tertentu,
dimana dapat diketahui pula moda ikatannya. Penapisan virtual merupakan penapisan
menggunakan protokol tervalidasi yang biasanya bergantung pada docking maupun
kemiripan farmakofor. Ilmu statistik digunakan untuk menilai manfaat dan akurasi
protokol penapisan virtual. Simulasi docking molekul sering digunakan sebagai acuan
pencarian senyawa aktif yang terdapat dalam SBVS (Structure- Based Virtual
Screening). Pendekatan secara virtual dalam penemuan suatu senyawa khususnya
berasal dari bahan alam yang berpotensi sebagai antioksidan, lebih aman, efektif dan
memenuhi efikasi, menjadi alternatif dengan waktu yang relatif lebih cepat, yakni suatu
penelitian kimia yang mengurangi atau menghilangkan penggunaan zat kimia.
1.2 Rumusan Masalah
1. Apakah 20 senyawa dari 3 jenis varietas beras yaitu beras putih (Oryza sativa L.),
beras hitam (Oryza sativa Indica), dan beras merah (Oryza nivara) memiliki aktivitas
antioksidan pada reseptor (Myeloperoksidase, Superoksida dismutase, Glutation
peroksidase), dengan menggunakan protein target sebagai ligan (5FIW, 5YTO,
2F8A) ?
2. Bagaimana visualisasi ikatan molekul antara senyawa yang aktif sebagai antioksidan
dengan reseptor dan ligan yang digunakan tersebut ?
1.3 Tujuan Penelitian
1. Mendapatkan kandidat senyawa dalam berbagai varietas beras (Oryza sativa L.)
yang memiliki aktivitas antioksidan dengan molecular docking dan menganalisis
selektivitas senyawa dalam berbagai varietas beras (Oryza sativa L.) terhadap enzim
antioksidan dengan protein target (5FIW, 5YTO, 2F8A).
2. Memvisualisasikan ikatan secara molekuler kandidat senyawa dalam berbagai

varietas beras (Oryza sativa L.) yang memberikan aktivitas antioksidan pada sisi
aktif reseptor.
1.4 Manfaat Penelitian
1. Memberikan informasi mengenai mekanisme kerja dan memodelkan interaksi

senyawa dalam berbagai varietas beras (Oryza sativa L.) secara in silico.
2. Mengetahui aktivitas senyawa dalam berbagai varietas beras (Oryza sativa L.)
sebagai enzim antioksidan dengan protein target (5FIW,5YTO, 2F8A).
BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Klasifikasi Beras
2.1.1 Beras putih (Oryza sativa L.)
Kingdom : Plantae
Superdivision : Embryophyta
Division : Tracheophyta
Subdivision : Spermatophyta
Class : Magnoliopsida
Superorder : Lilianae
Order : Poales
Family : Poaceae
Genus : Oryza
Species : Oryza sativa L. (https://itis.gov)
Gambar 2.1 Klasifikasi beras beras putih. (https://itis.gov)
2.1.2 Beras hitam (Oryza sativa Indica)

Kingdom : Plantae
Division : Spermatophyta
Subdivision : Angiospermae
Class : Monocotyledoneae
Order : Poales

Family : Gramineae (Poaceae)
Genus : Oryza
Species : Oryza sativa L. indica
Gambar 2.2 Klasifikasi beras beras hitam. (https://itis.gov)

2.1.3 Beras merah (Oryza nivara)
Division : Spermatophyta
Subdivision : Angiospermae
Class : Monocotyledoneae
Order : Poales
Family : Gramineae (Poaceae)
Genus : Oryza
Species : Oryza nivara
Gambar 2.3 Klasifikasi beras beras merah. (https://itis.gov)

2.1.4 Komponen Bioaktif Beras Sebagai Antioksidan
Padi (Oryza sativa L.) merupakan tanaman pangan utama di dunia yang kaya
akan karbohidrat sehingga menjadi makanan pokok oleh sebagian besar masyarakat. Di
indonesia terdapat banyak beragam jenis baik tanaman maupun berasnya. Jenis beras
tersebut seperti beras putih (Oryza sativa L.), beras merah (Oryza nivara) dan beras
hitam (Oryza sativa Indica). Beras putih (Oryza sativa L.) pada umunya banyak
dimanfaatkan sebagai makanan pokok dan diolah menjadi nasi. Beras putih memiliki
sedikit aleuron dibandingkan dengan beras merah maupun beras hitam, kandungan
amilosa pada beras putih sekitar 20%. Beras merah dan hitam juga merupakan sumber
protein yang baik, sumber mineral seperti selenium, dan juga mengandung unsur gizi
yang baik dan mengandung serat yang cukup tinggi. Beras merah dan hitam juga
mengandung senyawa fitokimia lain seperti fenolat dan lignin serta antosianin.
Antosianin pada meras merah merupakan pigmen yang bewarna merah, pigmen tersebut
terdapat pada pericarp dan tegmen (lapisan kulit) beras dan pula pada setiap bagian
gabah. Antosianin pada beras terdapat pada pericarp dan endosperm (Suliartini, 2011).
Antosianin pada beras berpigmen bermanfaat sebagai penghambatan radikal
bebas karena adanya komponen fenolik sehingga mampu mendonorkan atom hidrogen
kepada radikal bebas defenil pikrilhidrasin. Senyawa fenolik yang terdapat pada beras
antara lain asam galat, asam prokatekuat, asam p-hidroksi benzoat, guaikol, p-kresol,
dan 3,5- silenol. Total nilai senyawa fenolik tertinggi terdapat pada beras hitam dari
pada beras putih, karena beras putih mengalami proses pengupasan hingga
endospermnya saja yang tersisa, sebagian besar senyawa fenolik terkandung pada
aleuron dan bran. Artinya beras yang berpigmen terhadap akitivitas antioksidan dengan
kadar fenol, makin besar kadar total fenol maka semakin besar pula aktivitas
antioksidan (Vichapong dkk, 2010).
Beras mengandung beberapa senyawa bioaktif sebagai antioksidan berupa
asam fenolik, flavonoid, tokoferol, tokotrienol, antosianin, proantosianidin, γ-oryzanol
dan asam fitat. Berdasarkan pigmennya, beras memiliki warna putih, merah, ungu
hingga hitam dan lain-lainya. Senyawa bioaktif yang menyebabkan pigmen pada beras
adalah antosianin dan proantosianidin. Protoantosianidin atau tanin terkondensasi
adalah kelas senyawa fenolik polimer yang terdiri dari unit flavon- 3-ol (katekin,
epikatekin, dan 3-O-galat dan epigalat). Jenis antosianin yang terdapat pada beras
merah maupun beras hitam adalah cyanidin-3-glucoside dan peonidin-3-glucoside
(Goufo dan Trindade 2013)
2.2 Radikal bebas
Radikal bebas dalam illmu kimia adalah atom atau molekul yang mempunyai satu
atau lebih elektron tak berpasangan pada orbital terluarnya, sedangkan oksidan adalah
atom atau molekul yang bersifat dapat menarik elektron. Oleh karena radikal bebas juga
mempunyai sifat sebagai penarik elektron, maka radikal bebas juga bersifat sebagai
oksidan. Tidak semua oksidan adalah radikal bebas, tetapi semua radikal bebas adalah
oksidan. Oksigen (O2) selama ini dianggap sebagai senyawa yang sangat diperlukan
bagi semua mahkluk hidup, akan tetapi yang terjadi adalah sebaliknya. Pada satu sisi,
organisme memerlukan O2 untuk kehidupannya akan tetapi pada sisi lain oksigen justru
bersifat racun. Sifat racun dari O2 tersebut didasarkan atas semua mahkluk hidup pada
proses metabolisme yang melibatkan O2 melalui reaksi oksidasi reduksi. Reaksi tersebut
dapat menghasilkan metabolit-metabolit yang bermanfaat maupun yang merugikan.
Metabolit-metabolit tersebut termasuk beberapa senyawa oksigen reaktif yang berupa
oksidan maupun radikal bebas yang dapat berpengaruh jelek sebagai penyebab
timbulnya proses degeneratif, proses penuaan dini maupun terinduksinya proses
keganasan.
Baru pada dekade terakhir diketahui bahwa metabolisme O2 dan proses oksidasinya
pada sel-sel hidup ternyata dapat membentuk senyawa turunan O2 yang bersifat tidak
stabil dan disebut sebagai Senyawa Oksigen Reaktif (SOR) atau Reactive Oxygen
Species (ROS). SOR ini oleh berbagai kalangan ilmiah dipercaya sebagai pemicu
terjadinya berbagai penyakti degeneratif, misalnya penuaan dini, penyakit degeneratif
antara lain, artritis rheumatoid, Parkinson dan Alzheimer, aterosklerosis, diabetes,
radang kronik dan perubahan neoplastik (kanker). Selain berasal dari hasil metabolisme,
senyawa oksidan dan radikal bebas juga dapat berasal dari polusi udara, pencemaran
lingkungan dan logam berat, yang dimetabolisme sebagai senyawa xenobiotik. Senyawa
oksidan, radikal bebas dan polutan-polutan tersebut secara bersama-sama atau sendiri-
sendiri dapat mengganggu kelangsungan hidup sel yang pada akhirnya dapat
menghentikan proses kehidupan organisme (Suhartono, 2016).
2.3 Pengertian Antioksidan
Antioksidan merupakan molekul atau senyawa yang dapat meredam aktivitas

radikal bebas dengan mencegah oksidasi sel. Antioksidan mencegah kerusakan DNA
akibat reaksi oksidasi di dalam tubuh, sehingga dapat dijadikan salah satu alternatif
untuk menunda atau memperlambat proses penuaan. Antioksidan dibagi menjadi 2 yaitu
antioksidan yang disediakan oleh tubuh atau yang dikenal dengan antioksidan enzimatik
misalnya superoksida dismutase, katalase, glutation peroksida, dan antioksidan yang
diperoleh dari luar tubuh seperti Alpha Lipoic Acid (ALA), Beta Karoten, Vitamin C,
Vitamin E, Zinc, Selenium dan lain-lain. Antioksidan yang berasal dari luar tubuh dapat
ditemukan di dalam makanan sehari-hari misalnya Wortel, minyak ikan, hati, jeruk,
nanas, sayur-sayuran yang berwarna hijau dan lain-lain (Ardhie, 2011). Untuk
mengatasi aktivitas radikal bebas serta senyawa oksidan yang berbahaya, tubuh
memiliki sistem perlindungan yang kompleks dan komperhensif, yang disebut dengan
antioksidan antioksidan enzimatik. Peran antioksidan ini dapat diartikan sebagai suatu
fungsi homeostatis dari organisme untuk menanggulangi akibat-akibat merusak dari
radikal bebas terhadap sel, jaringan dan organ. Antioksidan enzimatik adalah enzim-
enzim yang mengkatalis oksidan maupun radikal bebas yang reaktif menjadi molekuk
yang kurang raktif. Antioksidan enzimatik bekerja untuk menjaga keseimbangan
oksidatif agar tidak terjadi peningkatan jumlah ataukadar oksidan yang berlebihan.
Antioksidan bekerja melindungi sel dan jaringan sasaran dengan cara (Suhartono,
2016):
a) Memusnahkan radikal bebas yang dihasilkan oleh proses oksidatif. Dalam hal
ini peran dari enzim-enzim seperti superoksida dismutase, katalase dan peroksidase
akan melakukan tugas itu.
b) Mengurangi pembentukan radikal bebas.
c) Mengikat ion logam yang terlibat dalam pembentukan radikal bebas, sehingga
pro-oksidan itu tidak dapat bekerja. Contoh : transferrin, seruloplasmin, albumin.
d) Memperbaiki sasaran.
e) Menghancurkan molekul yang rusak dan menggantinya dengan yang baru.
2.3.1 Antioksidan Alamiah
Antioksidan banyak berupa tanaman alam dalam jumlah kecil jika

dibandingkan dengan zat yang dioksidasi, akan tetapi mampu menghambat atau
memperlambat oksidasi secara bermakna. Secara umum antioksidan bahan alam
bekerja melalui 3 macam mekanisme, antara lain:

1) Pemutusan rantai propagasi dari radikal bebas, misalnya berperan sebagai
donor/akseptor atom hidrogen, sehingga terjadi scavenging atau interceptor
terhadap radikal bebas itu
2) Melalui kelasi terhadap logam transisi sehingga ion-ion logam itu diasingkan
dan efek pro oksidan dari logam dapat dihambat
3) Sebagai quenching pengaruh oksigen.
2.3.2 Flavonoid
Senyawa flavonoid adalah senyawa polifenol yang mempunyai 15 atom karbon

yang tersusun dalam konfigurasi C₆-C₃-C₆, artinya kerangka karbonnya terdiri atas
dua gugus C₆ (cincin benzena tersubstitusi) disambungkan oleh rantai alifatik tiga
karbon. Flavonoid terdapat dalam semua tumbuhan hijau sehingga dapat ditemukan
pada setiap ekstrak tumbuhan. Flavonoid adalah kelas senyawa yang disajikan secara
luas di alam. Hingga saat ini, lebih dari 9000 flavonoid telah dilaporkan, dan jumlah
kebutuhan flavonoid bervariasi antara 20 mg dan 500 mg, terutama terdapat dalam
suplemen makanan termasuk teh, anggur merah, apel, bawang dan tomat. Flavonoid
ditemukan pada tanaman, yang berkontribusi memproduksi pigmen berwarna
kuning, merah, oranye, biru, dan warna ungu dari buah, bunga, dan daun. Flavonoid
termasuk dalam famili polifenol yang larut dalam air (Tian-Yang dkk, 2018).
Fungsi senyawa flavonoid sangat penting bagi tanaman pada pertumbuhan dan
perkembangannya. Fungsi tersebut seperti penarik perhatian hewan pada proses
penyerbukan dan penyebaran benih, stimulant fiksasi nitrogen pada bakteri
Rhizobium, peningkatan pertumbuhan tabung serbuk sari, serta reabsorbsi nutrisi dan
mineral dari proses penuaan daun senyawa juga dipercaya memiliki kemampuan
untuk pertahanan tanaman dari herbivore dan penyebab penyakit serta senyawa ini
membentuk dasar untuk melakukan interaksi alelopati antar tanaman (Andersen dan
Markham, 2006).

2.3.3 Antosianin
Antosianin merupakan golongan flavonoid dengan tiga atom karbon yang diikat
oleh sebuah atom oksigen untuk menghubungkan dua cincin aromatik benzene (C₆H₆)
di dalam struktur utamanya. Antosianin juga merupakan senyawa turunan polifenol
yang keberadaannya sangat melimpah di alam dengan keanekaragaman dalam berbagai
jenis tumbuhan dan memiliki banyak fungsi fisiologis penting pada setiap organisme
hidup. Antosianin selain bertanggung jawab memberikan warna oranye hingga hitam
pada tumbuhan tingkat tinggi, antosianin juga berperan sebagai pelindung dari adanya
cekaman biotik dan abiotik, serta sebagai foto protektor terhadap radiasi sinar UV-B.
Pemanfaataan antosianin pada tumbuhan lebih banyak dipergunakan dalam bidang
pangan; kesehatan (sediaan farmasi); dan industri (kosmetik) karena tidak memiliki
efek berbahaya. Efektifitas antosianin yang baik untuk menjaga kesehatan dan
menurunkan kadar penyakit kronis yaitu apabila mengonsumsi antosianin pada wanita
antara 19,8 – 64,9 mg dan pada pria sekitar 18,4 – 44,1 mg setiap hari (Priska dkk,
2018).
2.3.4 Vitamin C
Vitamin C dengan nama lain ascorbic acid atau L-Asam askorbat, memiliki
rumus kimia C6H8O6 serta berat molekul 176,13. Vitamin C berbentuk hablur atau
serbuk putih atau agak kuning, oleh pengaruh cahaya lambat laun menjadi berwarna
gelap. Dalam keadaan kering, stabil di udara, dalam larutan cepat teroksidasi. Melebur
pada suhu lebih kurang 190o. Vitamin C mudah larut dalam air, agak sukar larut dalam
etanol, tidak larut dalam kloroform, dalam eter dan dalam benzene.
Vitamin C pertama kali dimurnikan oleh ahli biokimia Albert Szent-Gyorgyi

yang bekerja di Canbridge, Inggris. Beliau merumuskan suatu komponen yang disebut
asam heksurat, yang akhirnya menjadi asam askorbat (Vitamin C generasi pertama).
Vitamin C adalah nutrien yang larut dalam air merupakan senyawa organik yang harus
ada pada diet dalam jumlah tertentu untuk mempertahankan integritas dan metabolisme
tubuh yang normal. Nama kimia Vitamin C dari bentuk utamanya yaitu asam askorbat.
Vitamin C disintesis dari D-glukosa dan D-galaktosa dalam tumbuh-tumbuhan dan
sebagian besar hewan. Dalam keadaan kering cukup stabil, tapi dalam keadaan larut,
vitamin ini mudah rusak oleh proses oksidasi terutama bila terkena panas. Oleh karena

sangat mudahnya teroksidasi oleh panas, cahaya dan logam ini maka vitamin C masuk
kedalam golongan antioksidan. Vitamin C diabsorpsi melalui saluran cerna, pada
bagian atas usus halus secara difusi lalu masuk ke peredaran darah melalui vena porta.
Vitamin C terdistribusi luas dalam jaringan tubuh. Eliminasi vitamin C melalui urin
setelah ekskresi dari ginjal. Urin berbentuk utuh dan bentuk garam sulfatnya terjadi
apabila kadarnya dalam darah melewati ambang rangsang ginjal 1,4 mg.
Gambar 2.4 Vitamin C (Sumber https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)
2.3.5 Vitamin E
Vitamin E adalah vitamin yang larut dengan baik dalam lemak dan melindungi
tubuh dari radikal bebas. Vitamin E juga berfungsi mencegah penyakit hati, mengurangi
kelelahan, membantu memperlambat penuaan karena vitamin E berperan dalam suplai
oksigen ke darah sampai dengan ke seluruh organ tubuh. Vitamin E (tokoferol)
merupakan suatu zat penyapu radikal bebas lipofilik dan antioksidan paling banyak
dialam. Vitamin E berfungsi sebagai pelindung terhadap peroksidasi lemak di dalam
membran. Vitamin E terdiri dari struktur tokoferol, dengan berbagai gugus metil
melekat padanya dan sebuah rantai sisi fitil. Diantara struktur tersebut α-tokoferol
adalah antioksidan yang paling kuat. Vitamin E juga menguatkan dinding pembuluh
kapiler darah dan mencegah kerusakan sel darah merah akibat racun.

Gambar 2.5 Vitamin E (Sumber https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)
2.3.6 Kuersetin
Kuersetin merupakan flavonoid golongan flavonol memiliki nama 2-3,4-
dihiroksipenil)-3,5,7-trihidroksil-4H-1-benzopiran-4one. Senyawa ini merupakan
bioflavonoid yang terbentuk dari daridua gugus benzen yang terikat pada cincin
heterocyclicpyrane. Kuersetin merupakan flavonoid yang banyak di jumpai di
alam. Kuersetin sebagai antioksidan dapat melindungi tubuh dari beberapa
penyakit generatif dengan cara menangkap radikal bebas dan menghelat ion
logam transisi .
Gambar 2.6 Kuersetin (Sumber https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)
2.4 Enzim
Enzim adalah suatu katalis biologi atau substansi yang dapat mencepat reaksi
kimia. Berdasarkan mekanisme reaksi yang dikatalisis, The International Union Of

Biochemistry (IUB) telah menetapkan suatu sistem penamaan enzim. Nama enzim
terdiri dari dua bagian, nama pertama menunjukkan tipe reaksi yang dikatalisis serta
diikuti akhiran-ase. Informasi tambahan dapat diberikan pada bagian akhir dalam tanda
kurung. Setiap enzim juga memiliki nomor kode dari Enzyme Commission (EC).
Penomoran enzim terdiri dari atas 4 digit angka dengan digit pertama menunjukkan
kelas, digit kedua menunjukkan subkelas, digit ketiga menunjukkan subkelas, dan digit
keempat menunjukkan spesifitas. Berdasarkan spesifitas reaksi dan substrat, enzim
dikelompokkan ke dalam enam kelas, yaitu oksidoreduktase (kelas I), transferase (kelas
II), hidrolase (kelas III), liase atau sintase kelas (IV), isomerase (kelas V), dan ligase
atau sintetase (kelas VI).
Sebagian besar enzim merupakan protein, tetapi ada pula molekul RNA yang
bersifat katalitik dan dikenal sebagai ribosom. Beberapa enzim memiliki molekul kecil
non-protein atau ion logam yang berpartisipasi dalam pengikatan substrat atau katalisis
reaksi. Komponen ini disebut gugus prostetik, kofaktor, dan koenzim. Jenis dan jumlah
substrat dapat mempengaruhi aktivitas enzim, baik berupa penigkatan aktivitas (induksi
enzim) maupun penurunan aktivitas enzim (inhibisi enzim). Induksi enzim terjadi akibat
peningkatan produksi enzim sedangkan inhibisi enzim terjadi akibat pengikatan
molekul lain baik secara kompetitif maupun non-kompetitif. Inhibitor kompetitif dan
non-kompetitif dibedakan berdasarkan faktor kinetika. Inhibitor kompetitif memiliki
situs aktif yang sama dengan substrat dan peningkatan konsetrasi substrat akan
mengurangi pengaruh inhibisi sedangkan inhibitor non-kompetitif memiliki situs aktif
yang berbeda dengan substrat dan peningkatan kosentrasi substrat tidak akan
berpengaruh pada proses inhibisi. Tanpa adanya enzim kecepatan sebagian reaksi kimia
tidak dapat terukur, bahkan reaksi yang sederhana seperti hidrasi CO₂ dikatalisis oleh
enzim yaitu karbonat anhidrase, pemindahan CO₂ dari jaringan ke darah dan dari darah
ke udara akan kurang sempurna tanpa adanya enzim (Stryer, 2000).
2.5 Enzim Antioksidan

2.5.1 Superokida Dismutase
Superoksida dismutase merupakan antioksidan enzimatik yang dihasilkan oleh

rantai transport elektron pada rantai pernapasan sel yang menghasilkan hidrogen
peroksida. Superoksida dismutase terdiri dari MnSOD (mitokondria) dan CuZn SOD

(sitosol). Superoksida dismutase (SOD) dapat mengubah superoksida menjadi hidrogen
peroksida.
2O₂²⁺ + 2H⁺ → H₂O₂ + O₂
Fungsi enzim superoksida dismutase adalah memberikan perlindungan bagi

organisme aerob terhadap kemungkinan efek superoksida yang merusak. Antioksidan
ini merupakan enzim yang bekerja apabila ada pembantunya yaitu berupa mineral-
mineral seperti tembaga, mangan, yang bersumber pada kacang-kacangan, padi-padian.
Dengan demikian sangat diperlukan sekali mengkonsusmsi bahan tersebut.
Gambar 2.7 Mekanisme Enzim SOD
Enzim superoksida dismutase (SOD) akan mengubah dua molekul radikal

superoksida menjadi satu molekul hidrogen peroksida dan satu molekul oksigen. Untuk
menghilangkan hidrogen peroksida sebelum “reaksi fenton” mengubahnya menjadi
radikal hidroksil, tubuh menggunakan katalase atau glutation peroksidase. Glutation
peroksidase hampir terdapat pada seluruh sel, sedangkan katalase hanya terdapat pada
peroksisom. Enzim SOD tampak kurang efektif tanpa adanya glutation peroksidase
(GPx) atau katalase (CAT), yang berguna untuk menghilangkan hidrogen peroksida.
Wanita lebih banyak mengandung enzim-enzim Mn-SOD dan GPx, dibandingkan pria.
Mn-SOD dianggap sebagai enzim antioksidan intraseluler yang paling penting.

Dalam semua jaringan Mn-SOD hanya memberikan kontribusi antara 10-15% dari total
aktivitas SOD dalam tubuh. Cu-Zn-SOD merupakan enzim intraseluler dan terutama
berlokasi dalam sitosol (sitoplasma), meskipun terdapat dalam jumlah lebih banyak

dibandingkan dengan Mn-SOD tetapi aktivitasnya lebih rendah. Cu-Zn-SOD
mengandung Cu dan Zn pada sisi aktifnya. Cu esensial untuk fungsi katalitik enzim,
sedangkan Zn diperlukan untuk menstabilkan struktur protein enzim (Yuslianti, 2017).
2.5.2 Glutation peroksidase
Glutation (GSH) adalah enzim yang mampu menangkap radikal bebas didalam
sel. Glutation diproduksi di dalam dan di luar sel serta di seluruh organ tubuh, disintesis
didalam sel memerlukan beberapa enzim spesifik dalam proses pembentukannya.
Glutation terdiri dari tiga asam amino yaitu sistin, glisin, dan asam glutamat (Yuslianti,
2017).
Glutation peroksidase (GPx) adalah enzim glutation yang mengandung selenium

dapat mengubah hidrogen peroksida yang dibentuk oleh enzim SOD didalam sitosol
dan mitokondria dengan cara mengoksidasi tripeptida glutation (GSH) menjadi bentuk
yang teroksidasi (GSSH). Selenium pada GPx sisi aktif yang terdapat pada unsur
terletak pada golonganVI pada sistem periodik. Dengan demikian ada unsur kemiripan
antara Se dan sulfur. Hal ini ditunjukkan pada gugus aktif selenosistein, yaitu gugus R-
SeH dapat digantikan oleh R-SH. Selenosistein disandi dalam gen sebagai TGA (UGA
dalam mRNA). Unsur selenium sangat diperlukan dalam diet pada hewan karena
selenium merupakan kofaktor untuk golongan enzim glutation peroksidase. Selain itu,
selenium juga berperan dalam biosintetis hormon tiroid. Selenium merupakan
komponen essensial dari tipe 1 iodotiroin 5’-deidoninase yang yaitu enzim yang
mengubah tiroksin (T₄) menjadi hormon tiroid 3,5,5’-triiodotiroin yang lebih aktif.
Berbagai selenoprotein P terdapat di dalam plasma manusia dan beberapa hewan dan
glikoseleniprotein (10 selenosistein/molekul protein) (Suhartono, 2016).
2GSH + H₂O₂ → GSSH + 2H₂O
Glutation peroksidase (GPx) adalah enzim yang berperan aktif dalam

menghilangkan H₂O₂ dan peroksida lipid oleh glutation (ɣ- glutamil-sisteinilglisin),
regenerasi glutation tereduksi dilakasanakan oleh enzim glutation reduktase dengan
adanya NADPH dari jalur pentosa . Gugus sulfhidril pada glutation (GSH) berupa
tripeptida sederhana (Glu-Cys-Gly), ini dapat berfungsi sebagai donor elektron, dan di

oksidasi menjadi bentuk disulfida (GSSG) selama reaksi tersebut. Apabila sulfida sudah
terbentuk, disulfida harus direduksi kembali menjadi sulfhidril oleh glutation, reaksi
sebagai berikut :
2H₂O + GSSG → H₂O₂ +2GSH
Glutation yang merupakan substrat enzim berupa senyawa tiol dengan berat
molekul rendah. Glutation terdapat pada hewan, tanaman, dan beberapa bakteri. Enzim
glutation peroksidase merupakan protein dengan berat molekul 80.000 dari empat
subunit yang identik, masing-masing mengandung satu atom selenium pada sisi
aktifnya. Selain mengkatalisis H₂O₂, GPx dapat memecahkan senyawa peroksida
lainnya dengan menggunakan GHS sebagai pendonor hidrogen. Senyawa peroksida
yang dapat dikatalisis olej GPx diantaranya : asam lemak hidroperoksida (contohnya
linoleat dan linolenat, hasil peroksida asam), kolestrol 7ꞵ- hidriperoksida dalam jumlah
sedikit, dan berbagai peroksida sintetik misalnya cumene dan t-butil hidroperoksida,
yaitu senyawa yang sering digunakan sebagai penguji enzim in vitro. Sistem glutation
(glutation, glutation peroksidase dan glutation reduktase) adalah kunci pertahanan tubuh
untuk melawan hidrogen peroksida dan peroksida lainnya. Terdapat empat macam
enzim glutation peroksidase
1. Glutation peroksidase sistolik (cGPX), terdistribusi secara luas,

2. Glutation peroksidase fosfolipid hidriperoksidase (PHGPx, dalam plasma untuk
mereduksi lipid hidroperoksida kompleks,
3. Glutation peroksidase plasma (pGPx, dalam plasma darah,
4. Gluatation peroksidase gastrointestinal (GIGPx, hanya terdapat pada hati dan
saluran cerna).
2.5.3 Myeloperoksidase (MPO)
MPO merupakan enzim yang mengandung Fe-Hem dan terdapat didalam

granula neutrofil oral dan diekskresi ke dalam vakuola. Dalam tubuh, MPO akan
mengkatalisis H₂O₂ sebagai oksidan kuat yang dapat mengoksidasi intraseluler
signaling protein, protein heme, glikoprotein, dan lipid.

Myeloperoksidase adalah enzim yang mengandung heme disekresi oleh sel-sel
fagosit setelah adanya aktivasi dari sistema respitory burst. MPO biasanya digunakan
sebagai marker akumulasi neutrofil dalam jaringan dan merupakan marker dari aktiviasi
neutrofil ketika dilakukan pengukuran di plasma (Suhartono, 2016).
Gambar 2.8. Reaksi aktivasi MPO
2.6 Reseptor
Reseptor adalah molekul protein yang secara normal diaktivasi oleh transmitor
atau hormon. Saat ini banyak reseptor yang telah banyak diketahui urutan asam
aminonya. Reseptor obat adalah suatu makro molekul dapat berupa lipoprotein, asam
nukleat yang jelas dan spesifik terdapat dalam jaringan sel hidup, mengandung gugus -
gugus fungsional atau atom - atom terorganisasi. Terdapat empat jenis reseptor utama
yaitu: (Neal, 2006)
1. Agonist (ligand) gated channel terdiri dari subunit protein yang membentuk
pori sentral (misal: reseptor nikotin, reseptor GABA).

2. G-protein coupled receptor yaitu reseptor protein yang mengikat protein G
membentuk suatu kelompok reseptor dengan tujuh heliks yang membentuk
membran. Reseptor ini berkaitan dengan respon fisiologis oleh second messenger.
3. Reseptor inti untuk membentuk hormon steroid dan hormon tiroid terdapat dalam
inti sel yang mengatur transktipsi dan selanjutnya sintesis protein.
4. Kinase-linked receptor adalah reseptor pada permukaan yang mempunyai
aktivitas tirosin kinase intrinsik (misal: reseptor insulin, sitokin dan faktor
pertumbuhan).
Sebagai building block atau unit penyusun dari protein yang memiliki fungsi
sebagai protein transport, protein struktural, enzim, antibodi, neurotransmiter dan
reseptor sel. Asam amino terbagi menjadi dua yakni asam amino endogen yang dapat
dibentuk oleh tubuh manusia atau non esensial dan asam amino eksogen yang diperoleh
dari makanan. Pada struktur asam amino terdapat satu atom C sentral yang mengikat
secara kovalen gugus amino, gugus karboksil, satu atom H dan rantai samping atau
gugus R. Gugus R menunjukkan sifat kimiawi setiap asam amino sebagai ikatan
protein dan fungsi biologis. Gugus R yang berbeda - beda pada tiap jenis asam amino
menentukan struktur, ukuran, muatan elektrik dan dan sifat kelarutan didalam air. Dua
asam amino berikatan melalui suatu ikatan peptida dan membentuk rantai polipeptida
yang tidak bercabang dan akhirnya membentuk suatu protein (Harti, 2014).
2.6.1 Reseptor 5FIW
Reseptor 5FIW merupakan reseptor “Myeloperoxidase” yang terdapat di PDB

(Protein Data Bank) yang memiliki struktur kristal resolusi 1,7 Å pada manusia.
Beberapa ligan unik (native ligand) yang berikatan pada reseptor 5FIW antara lain:
ion chloride, ion calcium, alpha-d-mannose,beta-d-mannose, protophorphyrin ix
containing fe, n-acetyl-d-glucosamine.

Gambar 2.9. Reseptor 5FIW Sumber www.pdb.org.
2.6.2 Reseptor 5YTO
Reseptor 5YTO merupakan reseptor “Superoksida dismutase I (hSOD1)”

dalam kompleks dengan senyawa yang terkait napthalene-catechol pada manusia
yang terdapat di PDB (Protein Data Bank. Beberapa ligan unik (native ligand) yang
berikatan pada reseptor 5YTO antara lain: ion zink, glycerol, penta sulfide-sulfur, 4-
[(1~{R})-2-(naphthalen-2-ylmethylamino)-1-oxidanyl-ethyl]benzene-1,2-diol.
Gambar 2.10. Reseptor 5YTO Sumber www.pdb.org.
2.6.3 Reseptor 2F8A
Reseptor 2F8A merupakan reseptor Selenocysteine menjadi glisin mutan

glutathione peroxidase 1pada manusia yang terdapat di PDB (Protein Data Bank.
Beberapa ligand unik (native ligand) yang berikatan pada reseptor 2F8A ligand
malonic acid.
Gambar 2.11. Reseptor 2F8A Sumber www.pdb.org.
2.7 Metode Penapisan In silico (Virtual Screening)
Penapisan in silico atau virtual screening merupakan cabang ilmu kimia

medisinal yang mengarahkan kepada desain obat. Dalam kaitannya dengan proses
penemuan obat, pendekatan secara in silico dapat digunakan dalam mengidentifikasi
senyawa-senyawa aktif dengan reseptor tertentu. Penapisan in silico menggunakan
protokol tervalidasi yang biasanya bergantung pada docking maupun kemiripan
farmakofor. Penapisan in silico adalah suatu metode komputasi dengan perfoma tinggi
untuk menganalisis suatu data base dari senyawa kimia dan mengidentifikasi kandidat
senyawa obat (Irwin ,2008).
Ada beberapa metode pemodelan komputer yang digunakan dalam proses

penemuan obat diantaranya molecular mechanic, molecular dynamic, quantum
mechanic, dan molecular docking. Molecular mechanic merupakan metode dalam
menganalisa energi pada sebuah atom yang diasumsikan diam sehingga mengurangi
waktu komputasi dan lebih mudah digunakan. Molecular dynamic menggunakan
pendekatan sebaliknya, metode ini memungkinkan perhitungan energi dengan asumsi
atom dalam keadaan bergerak dinamis. Quantum mechanic menggunakan pendekatan
fisika kuantum dalam menghitung energi. Sementara penambatan molekuler (moleculer
docking) merupakan metode yang menerapkan simulasi grafis tiga dimensi yang
mengamati interaksi antara ligand dan reseptor (Gareth, 2003).

Penambahan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang
bertujuan untuk memperkirakan peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein
yang menjadi targetnya (Robinson, 1995). Didalam penambatan molekul, molekul ligan
ditambatkan pada situs aktif atau situs tambat dari suatu protein yang sedang diam
(statik), dengan menyerahkan molekul ko-faktor dan / atau H₂O di dalamnya atau tidak.
Dari sini, diperoleh data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs
aktif atau situs tambat tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-gugus
fungsional ligan yang penting untuk interaksinya, sehingga tidak boleh dihilangkan, dan
gugus-gugus fungsionalnya yang dapat ditingkatkan kekuatan interaksinya. Informasi
ini menjadi petunjuk untuk modifikasi ligan tersebut. Dengan adanya petunjuk tersebut,
modifikasi ligan dan uji in-vitro turunan –turunannya dapat berlangsung secara efisien.
Ada 2 metode dalam perancangan senyawa obat baru yang menggunakan penapisan in
silico yaitu: metode yang didasarkan pada senyawa yang diketahui berikatan dengan
target atau dikenal dengan sebutan ligan (Ligand-Based Drug Design/LBDD) dan
berdasarkan struktur maupun reseptor yang bertanggung jawab atas toksisitas suatu
senyawa dalam tubuh (Struktur-Based Drug Design/ SBDD).
1. Ligand –Based Drug Design (LBDD)

LBDD merupakan metode kimia komputasi yang memanfaatkan informasi sifat
fisikokimia senyawa aktif sebagai landasan mendesain senyawa baru. Dua
metode LBDD yang lazim digunakan adalah pemetaan farmakofor dan
hubungan kuantitatif struktur aktivitas (HKSA).
a. Pemetaan farmakofor
Farmakofor adalah kumpulan gugus-gugus terkait yang mengakibatkan suatu
efek. Susunan geografisnya disebut pola farmakofor, sedangkan letak struktur
pelengkap pada reseptor disebut pola reseptor. Makromolekul suatu reseptor
mengenali susunan gugus fungsi tertentu dalam ruang 3D serta kerapatan
elektrinnya. Ini merupakan pengenalan gugus keseluruhan yang mengakibatkan
suatu interaksi. Inteaksi ini biasanya berupa pengikatan non kovalen. Komponen
farmakofor adalah atom atau gugus fungsi spesifik seperti cincin aromatik,
akseptor, atau donor ikatan H dan pusat muatan hubungan geometri antar gugus
fungsi. Farmakofor juga menghitungkan jarak, sudut ikatan dan torsi dari 3D.
b. Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA)

Hubungan struktur dan sifat adalah pendefinisian empiris kualitatif dan
kuantitatif antara struktur molekul dengan sifat yang teramati. Dalam beberapa
kasus, pendekatan ini serupa dengan pendekatan statistika. Hubungan
Kuantitatif Struktur Aktivitas atau Quantitative Structure-Activity Relationship
(QSAR) memadukan statistika dengan sifat fisikokimia senyawa yang diprediksi
dengan bantuan komputer untuk menurunkan suatu persamaan yang digunakan
untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa. Prediktor yang digunakan dalam
studi QSAR diperoleh dari hasil pengukuran seperti kerapatan, energi ionisasi,
titik didih, massa molekul, momen dipol, tetapan keasaman dan lipofilitas.
Perkembangan lanjut dari QSAR adalah 3D QSAR atau Comperative
Molecular Field Analysis (CoMFA). CoMFA merupakan metode 3D-QSAR
yang menggunakan teknik hubungan kuantitatif antara aktivitas biologi dari
sekelompok senyawa deret homolog dengan sifat tiga dimensinya yang
berkaitan dengan sifat elektronik dan sterik. Dalam metode CoMFA, feel sterik,
elektrostatik, luas permukaan, hidrofibiasitas dan ikatan hidrogen dari molekul
dihubungkan pada deksripsi molekular spesifik. Pelopor perkembangan 3D-
QSAR adalah “Marshall” yang telah mengkormesilkan pendekatan analog aktif
ini dan beberapa teknik desain obat lain dalam program pemodelan molekul
bernama SYBYL.
2. Structure-Based Drug Design (SBDD)
SBDD merupakan metode kimia komputasi yang memanfaatkan informasi dari
struktur protein target guna mencari sisi aktif protein yang berikatan dengan
senyawa. Berdasarkan prediski sisi aktif dapat dirancang senyawa yang
diharapkan berikatan dengan protein target tersebut memiliki aktivitas biologis.
Dengan pemanfaatan informasi dari struktur target maupun sifat fisiko kimia
ligan, dapat dilakukan penapisan uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui
aktif (ligan) pada prediksi sisi aktif protein dan berdasarkan informasi yang
diperoleh maka rancangan senyawa baru diharapkan lebih poten dari senyawa-
senyawa yang sudah ada. Salah satu metode SBDD yang sering digunakan
adalah docking.
Bioinformatika adalah salah satu disiplin ilmu yang melibatkan ilmu biologi,
ilmu komputer, statistika dan teknologi informasi didalamnya (Dimmock, Easton dan
Leppard, 2007). Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola

informasi biologis, penjajaran sekuen (sequence alignment), prediksi struktur untuk
meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis
filogenetik dan analisis ekspresi gen (Wink, 2006). Salah satu topik dalam
bioinformatika adalah penemuan obat. Sebelum teknologi informasi digunakan dalam
proses penemuan obat, pencarian senyawa yang cocok (screening) untuk menjadi calon
obat harus dilakukan secara manual satu per satu dilaboratorium. Hal ini menjadi sangat
mahal dan tidak efisien karena jumlah senyawa yang menjadi obat sangat banyak.
Dengan adanya teknologi informasi yang membantu proses screening dari calon
senyawa obat ini, maka telah berhasil mengurangi biaya riset dan waktu dalam
penemuan obat. Walaupun penelitian di laboratorium tetap dilakukan untuk verifikasi,
jumlah senyawa yang diuji tidak terlalu banyak karena komputer telah memberikan
kandidat beberapa senyawa yang memiliki kriteria paling baik (Gareth, 2003).
Penambahan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang

bertujuan untuk memperkirakan peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein
yang menjadi targetnya (Robinson, 1995). Didalam penambatan molekul, molekul ligan
ditambatkan pada situs aktif atau situs tambat dari suatu protein yang sedang diam
(statik), dengan menyerahkan molekul ko-faktor dan atau H₂O didalamnya atau tidak.
Dari sini, diperoleh data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs
aktif atau situs tambat tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-gugus
fungsional ligan yang penting untuk interaksinya, sehingga tidak boleh dihilangkan, dan
gugus-gugus fungsionalnya yang dapat ditingkatkan kekuatan interaksniya. Informasi
ini menjadi petunjuk untuk modifikasi ligan tersebut. Dengan adanya petunjuk tersebut,
modifikasi ligan dan uji in-vitro dan turunan-turunannya dapat berlangsung secara
efisien.
Interaksi ligan dengan protein terjadi hanya apabila tedapat kecocokan (fit)
bentuk dan volume diantara molekul ligan dan situs aktif atau situs tambat protein
tersebut. Selain itu, gugus-gugus fungsional pada molekul ligan itu harus berada pada
posisi yang memadai dari asam-asam amino yang menjadi pasangannya pada situs aktif
atau situs tambal tersebut (Rosyida, 2016). Kecocokan antara molekul ligan dan situs
aktif atau situs tambat proteinnya adalah demikian spesifik, bagaikan kecocokan lubang
kunci dengan anak kuncinya lock and key. Untuk menuju kecocokan ini, situs aktif atau
situs tambat mendesak pengubahan konformasi ligan. Bersama dengan pengubahan
konformasi tersebut, dibebaskanlah sejumlah energi yang dinamakan energi Gibbs

penambatan (ΔGbind). Pada penambatan molekul, energi terendah yang dibebaskan
oleh ligan dianggap sebagai ΔGbind tersebut.
Dari kecocokan yang telah tercapai, maka konformasi yang dianut oleh molekul
ligan dinamakan konformasi bioaktif (Motiejunas, 2007), sedangkan rangkaian posisi
gugus fungsional yang penting dari ligan pada konformasi bioaktif itu dinamakan
farmakofor (Alvarez, 2005). Metode docking dapat memprediksikan struktur 3D dari
kompleks ligan protein (Foloppe, 2009). Ligan dapat melekat pada binding side protein
sehingga terjadi interaksi antar molekuler. Sebelum melakukan docking perlu dilakukan
validasi internal yaitu validasi RMSD (Root Mean Square Deviation). Validasi RMSD
merupakan validasi dasar dan standar untuk stimulasi docking molekul dengan melihat
kemampuan simulasi untuk mereproduksi pose dan struktur ligan ko-kristal . Fungsi
obyektif yang umumnya digunakan untuk menilai kemampuan ini adalah RMSD.
RMSD menggambarkan penyimpanan (deviasi) jarak pose hasil docking dibandingkan
dengan pose 3D dari ligan target (struktur kode PDB) yang dihitung dan
divisualisasikan dengan menggunakan software untuk visualisasi grafis molekuler
(YASARA dan PYMOL) (Martoprawiro, 1998).

2.8 Software Yang Digunakan
1. Aplikasi PLANTS ( Protein-Ligand ANT System) (Boyle et al., 2011)
Gambar 2.12. PLANTS
Salah satu aplikasi kimia komputasi yang cukup memadai untuk penemuan obat adalah
PLANTS ( Protein-Ligand ANT System). PLANTS digunakan untuk simulasi docking.
Aplikasi ini dapat diunduh secara gratis di http://tcd.uni-konstanz.de/plants_download/.
2. Aplikasi YASARA
Gambar 2.13. YASARA
YASARA merupakan aplikasi untuk pemodelan molekul grafis dan simulasi untuk
Windows dikembangkan sejak tahun 1993. Penggunaan antar muka yang intuitif, grafis,
dan pendukung untuk photorealistic graphics, menampilkan autostereoscopic dan
perangkat input, yang didukung oleh PVL (Portable Vector Languange) kerangka
pengembangan baru yang memberikan akses pada perangkat lunak tradisional. PVL
memungkinkan untuk memvisualisasikan protein menjadi protein terbesar sekalipun
dan memungkinkan untuk dilakukannya simulasi secara real-time dengan keakuratan
yang tinggi pada komputer standar sehinngga molekul yang dikerjakan dapat dinamis

walaupun ada gambar yang statis software untuk visualisasi grafis molekuler
(Martoprawiro, 1998).
3. Aplikasi Chem Sketch/ Marvinsketch
Gambar 2.14. Marvinsketch
Aplikasi ChemSketch atau Marvin sketch merupakan suatu program yang dapat
digunakan untuk menggambarkan dan mengedit struktur, reaksi, atau menghitung
struktur data kimia dengan operasi yang intuifit. Marvinsketch juga dapat menetapkan
stereokimia, charge, valensi, radikal dan isotop untuk setiap atom. Marvin Sketch juga
dapat digunakan untuk penambhan hidrogen dan membuat struktur 2 dimensi dan 3
dimensi. Program ini dapat diunduh secara gratis melalui alamat situs
http://www.chemaxon.com/product/marvin/marvinsketch.
4. Database PDB (Protein Data Bank)
Gambar 2.15. PDB (Protein Data Bank)

Database PDB (Protein Data Bank) adalah data base yang menyimpan model struktur
tiga dimensi protein ataupun asam nukleat hasil penentuan secara eksperimental dengan

kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron yang dapat diakses
melalui www.pdb.org. PDB data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang
menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. Terdapat 2
kriteria protein yaitu protein yang telah terdapat dalam Crystal Structural dan protein
yang masih dalam bentuk Theorytical Structure. Protein dalam bentuk Crystal
Structure telah memlaui proses validasi secara eksperimental baik secara in vitro
maupun in vivo sedangkan Therytical Structure belum melalui proses validasi yang
baik.
5. VMD (Visual Molecular Dinamic)
Gambar 2.16. VMD (Visual Molecular Dinamic)
VMD (Visual Molecular Dinamic) adalah program yang didesain untuk memvisualisasi
dan analisis biopolimer seperti protein, asam nukleat, dan membran. VMD dapat
berjalan di atas platform UNIX, Mac OS dan Microsoft Windows. Selain itu VMD juga
dapat memvisualisasi data-data dari dinamika molekular, simulasi dan lainnya. Program
ini dapat diunduh secara gratis melalui https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd.
. Aplikasi Statitistik R
Aplikasi statistik R merupakan suatu aplikasi yang dikembangkan oleh AT&T bell
Laboratories pada tahun 1970, dimana dapat diunduh secara garis di www.r-
project.com. Pada penelitian ini digunakan aplikasi statistik R versi i386 3.0.1 untuk
pengujian “one tailed test” guna mendapatkan p-value. Aplikasi statistik R bersifat
multiflatform, yakni dapat digunakan baik pada sistem operasi Windows.

BAB 3
METODOLOGI PENELITIAN
.1 Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian ini dilakukan di laboratorium Komputer Fakultas Farmasi Universitas
Pancasila, Srengseng Sawah, Jakarta pada bulan November tahun 2019.
.2 Bahan Uji Secara Virtual Dalam Data Base
3.2.1 Bahan Uji Virtual dalam Data Base
1. Bahan uji yang digunakan dalam metode molecular docking berupa bahan
virtual dalam data base yaitu :
a. Senyawa uji dalam 3 jenis beras putih (Oryza sativa L.), beras hitam (Oryza
sativa Indica), dan beras merah (Oryza nivara) berdasarkan bioaktifnya
Tocotrienol, Oryzanol I, Oryzanol II, A- Oryzanol I, A- Oryzanol II, A-
Oryzanol III, C- Oryzanol I, C- Oryzanol II, Gamma- Oryzanol I, Gamma-
Oryzanol II, Gamma- Oryzanol III, Gamma- Oryzanol IV dan Gamma-
Oryzanol V pada tabel 3.1
b. Senyawa pembanding (vitamin C, vitamin E dan kuersetin).
c. Enzim (myelopeoksidase), (superoksida dismutase) dan (glutation
peroksidase).
d. Protein target yaitu 5FIW, 5YTO dan 2F8A.
Tabel 3.1 Struktur senyawa varietas beras (Oryza sativa L.) yang diunduh pada
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
No. Nama senyawa Nama IUPAC Stuktur kimia

uji
1 Peonidin-3- (2S,3R,4S,5S,6R)-2-[5,7-
glucoside dihydroxy-2-(4-hydroxy-3-
methoxyphenyl)chromenyli
um-3-yl]oxy-6-
(hydroxymethyl)oxane-
3,4,5-triol
2 Sianidin-3- (2S,3R,4S,5S,6R)-2-[2-
glucoside (3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-
dihydroxychromenylium-
3-yl]oxy-6-
3,4,5-triol;chloride
3 Malvidin-3- (2S,3R,4S,5S,6R)-2-[5,7-
glucoside dihydroxy-2-(4-hydroxy-
3,5-
dimethoxyphenyl)chromen
ylium-3-yl]oxy-6-
3,4,5-triol
4 Delphinidin-3- (2S,3R,4S,5S,6R)-2-[5,7-
glucoside dihydroxy-2-(3,4,5-
trihydroxyphenyl)chromen
ylium-3-yl]oxy-6-
3,4,5-triol
5 Pelargonidin-3- (2S,3R,4S,5S,6R)-2-[5,7-
glucoside dihydroxy-2-(4-
hydroxyphenyl)chromenyli
um-3-yl]oxy-6-
3,4,5-triol

6 Procyanidin 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-
2-[[2-(3,4-
dihydroxyphenyl)-5,7-
dihydroxy-3,4-dihydro-
2H-chromen-3-yl]oxy]-
3,4-dihydrochromene-
3,4,5,7-tetrol
7 Proantosianidin (3R)-2-(3,5-dihydroxy-4-
methoxyphenyl)-8-
[(2R,3R,4R)-3,5,7-
trihydroxy-2-(4-
hydroxyphenyl)-3,4-
dihydro-2H-chromen-4-
yl]-3,4-dihydro-2H-
chromene-3,5,7-triol
8 Tocotrienol -methyl-2-[(3E,7E)-4,8,12-
trimethyltrideca-3,7,11-
trienyl]-3,4-
dihydrochromen-6-ol
9 Oryzanol 1 (1R,3S,6R,8S,11R,15S,16S
)-7,7,11,16-tetramethyl-
15-[(2S)-6-methyl-5
methylideneheptan-2-yl]-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
.012,16]octadecanyl] (E)-
3-(4-hydroxy-3-
methoxyphenyl)prop-2-
enoate

10 Oryzanol II [(1S,3R,6S,8R,11S,15R,16
R)-7,7,11,16-tetramethyl-
15-[(2R)-6-methyl-5-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate
11 A-Oryzanol I [7,7,12,16-tetramethyl-15-
(6-methylhept-5-en-2-yl)-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate
12 A-Oryzanol II [(1S,3R,6S,8R,11S,12S,15
R,16R)-7,7,12,16-
tetramethyl-15-[(2R)-6-
methylhept-5-en-2-yl]-6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
.012,16]octadecanyl] 3-(4-
hydroxy-3-
enoate

13 A-Oryzanol III [(1S,3R,6S,8R,11R,12S,15
R,16R)-7,7,12,16-
tetramethyl-15-(6-
methylhept-5-en-2-yl)-6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate
14 C-Oryzanol I [(1S,3R,6S,8R,11S,12S,15
R,16R)-7,7,12,16-
methyl-5-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
hydroxy-3-
enoate
15 C-Oryzanol II [(1S,3R,6S,8R,11S,12S,15
R,16R)-7,7,12,16-
methyl-5-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate

16 Gamma- [(3S,6S,12S,15R,16R)-
Oryzanol I 7,7,12,16-tetramethyl-15-
[(2S)-6-methylhept-5-en-
2-yl]-6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate
17 Gamma- [7,7,12,16-tetramethyl-15-
Oryzanol II (6-methylhept-5-en-2-yl)-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
hydroxy-3-
enoate
18 Gamma- [(1S,3R,6S,12S,15R,16R)-
Oryzanol III 7,7,12,16-tetramethyl-15-
(6-methylhept-5-en-2-yl)-
6-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate

19 Gamma- [(1S,3R,6S,8R,11S,12S,15
Oryzanol IV R,16R)-7,7,12,16-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate
20 Gamma- [(1R,3R,6S,8R,11S,12S,15
Oryzanol V R,16R)-7,7,12,16-
pentacyclo[9.7.0.01,3.03,8
3-(4-hydroxy-3-
enoate
2. Senyawa pembanding
Tabel 3.2 Vitamin C, Vitamin E dan Quercetin.

No Nama senyawa pembanding Struktur kimia
1 Vitamin C
(2R)-2-[(1S)-1,2-dihydroxyethyl]-3,4-dihydroxy-
2H-furan-5-one

2 Vitamin E
(2R)-2,5,7,8-tetramethyl-2-[(4R,8R)-4,8,12-
trimethyltridecyl]-3,4-dihydrochromen-6-ol
3 Quercetin
2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,5,7-
trihydroxychromen-4-one
. Protein target
Tabel 3.3. Struktur kristal target yang diunduh dari http://www.rcsb.org/ : 5FIW, 1V4S,
5YTO dan 2F8A.
No Kode PDB Struktur

1 5FIW
2 5YTO
3 2F8A
.2 Prinsip Percobaan

Penelitian ini dilakukan menggunakan metode molecular docking dengan
mengunduh senyawa – senyawa dalam varietas beras yaitu beras putih, beras merah dan
beras hitam dalam aplikasi PubChem, kemudian dilakukan preparasi ligan dan protein
target dengan aplikasi YASARA. Hasil preparasi ligan digambarkan struktur dua
dimensinya secara manual menggunakan MarvinSketch (program ChemaAxon 5.2).
Aplikasi PLANTS digunakan untuk mensimulasi docking dari senyawa uji yang
dilakukan 1 kali, dipilih nilai yang paling rendah dengan nilai RMSD <5 Å, kemudian
ditentukan senyawa representatif aktif dengan menggunakan aplikasi VMD (Visual
Molecular Dinamic) sebagai visualisasi senyawa representatif dan reseptornya dalam
bentuk 3 dimensi (3D) serta analisis hasil docking terhadap hasil uji in vitro dari
publikasi yang ada. Hasil penapisan virtual tersebut dianalisis dengan menggunakan uji
statistic one tailed paired T-test untuk melihat apakah senyawa berbeda atau tidak
dengan senyawa pembanding Vitamin C, Vitamin E, dan Kuersetin.
.4 Alat dan Bahan

3.4.1 Alat
1. Perangkat keras yang digunakan berupa satu buah laptop ASUS, intel (R) celeron
(R) CPU 100 7U @1,50 GHz, 64-bit Operating System, x-64 based processor,
RAM 4,00 GB.
2. Perangkat lunak : PLANTS untuk docking, MarvinSketch (dari ChemAxon 5.2),
YASARA untuk preparasi ligand, ref_ligand dan protein, VMD.
.5 Tahap Penelitian (Purnomo, 2011)

1. Aplikasi yang dibutuhkan didownload dan diinstal terlebih dahulu seperti
PLANTS, YASARA, MarvinSketch, VMD serta mendownload protein yang
digunakan sebagai reseptor pada protein data bank melalui situs
https://www.rscb.org/.
2. Dilakukan validasi metode molecular docking meliputi preparasi ligan, ref_ligan
dan protein dengan menggunakan aplikasi YASARA dan validasi berdasarkan
nilai RMSD.
3. Dilakukan molecular docking antara ligan (senyawa uji) dengan protein target
sehingga diperoleh score docking.

4. Dilakukan uji statistik one tailed paired T-test untuk melihat apakah senyawa uji
berbeda atau sama aktivitasnya terhadap protein target jika dibandingkan dengan
senyawa induk.
5. Dipilih senyawa – senyawa representatif yang aktif untuk divisualisasi dengan
menggunakan VMD.
.6 Metode Penelitian
1. Preparasi Enzim
a. Struktur komplek protein dalam format (.pdb) didapatkan dari Protein Data
Bank (PDB) di download dari situs http://mm.rcsb.org/
b. Dipreparasi kembali dengan program YASARA.
c. Dari prosedur ini dapat diperoleh dua file yaitu protein.mol2 dan
ref_ligand.mol2.
2. Preparasi Native Ligand, Ligand Senyawa Pembanding, Ligand Senyawa Uji.

a. Dilakukan preparasi native ligand, ligand senyawa pembanding, ligand
senyawa uji dengan MarvinSketch pada pH 7,4.
b. Ligand disimpan sebagai ligand_2D.mrv.
c. Dipilih conformation, lalu klik conformers kemudian disimpan sebagai
ligand.mol2.
d. Prosedur diatas dilakukan untuk native ligand, ligand senyawa pembanding
dan ligand senyawa uji.
3. Optimasi Protein dan Penetapan Nilai RMSD

a. Aplikasi PLANTS dijalankan pada hardware dengan sistem operasi Windows
64 bit melalui Command Prompt (CMD).
b. Native ligand yang sudah dipreparasi, selanjutnya dioptimasi dengan struktur
kristal protein menggunakan program PLANTS untuk memperoleh score
docking.
c. Dilakukan pada protein.
d. Dipilih score terendah lalu disimpan dalam bentuk file mol.2.

e. Dihitung besarnya RMSD dari hasil optimasi dengan referensi hasil
eksperimen atau struktur kristal protein dengan aplikasi YASARA.
4. Docking Ligand Pembanding

a. Dijalankan aplikasi PLANTS pada hardware dengan sistem operasi Windows
64 bit melalui command prompt (CMD).
b. File ligand pembanding yang diperoleh dari prosedur preparasi senyawa
pembanding, kemudian dilakukan docking menggunakan program PLANTS.
c. Diperoleh score docking dari ligand pembanding yang nantinya akan
dibandingkan dengan nilai score docking dari ligand senyawa uji.
5. Docking Ligand Uji Dengan Visualisasi Interaksi Antara Ligand dan Reseptor
a. Dijalankan aplikasi PLANTS dengan hardware dengan sistem operasi
Windows 64 bit melalui Command Prompt (CMD).
b. Dilakukan docking antara masing – masing ligand senyawa uji menggunakan
program PLANTS.
c. Dari hasil docking diperoleh score docking ligand senyawa uji, nilai ini akan
dibandingkan dengan score docking ligand senyawa pembanding sebagai
kontrol positif.
6. Uji Statistik Terhadap Score Hasil Docking.

a. Dilakukan pemasukan data score docking dari senyawa induk dan senyawa uji
pada aplikasi statistik R.
b. Penilaian suatu senyawa dinyatakan aktif apabila p-value yang dihasilkan
lebih dari 0,05 maka dinyatakan tidak ada perbedaan bermakna sedangkan jika
p-value kurang dari 0,05 maka ada perbedaan bermakna.
7. Visualisasi Interaksi Senyawa Pembanding, Senyawa Uji, Native Ligand dan

Reseptor
a. File hasil docking dari masing – masing senyawa induk, senyawa uji dan
native ligand di load kedalam aplikasi VMD.
b. File hasil docking tersebut divisualisasikan dan diinterprestasi untuk diketahui
interaksi asam amino apa saja yang berikatan pada sisi aktif protein beserta
dengan nilai jarak ikatann.

.7 Skema Tahapan Peneli
Preparasi Reseptor Protein
Diakses laman Protein Data Bank
Dilakukan pengunduhan Struktur

Kompleks Protein
Dilakukan preparasi menggunakan

aplikasi YASARA
Dilakukan perhitungan RMSD score
Diperoleh file.protein.mol2,
ref_ligand.mol2 dan ligand.mol2
Preparasi Native Ligand, Kontrol positif

dan ligand uji
Dilakukan preparasi ligand dengan aplikasi

MarvinSketch
Dilakukan peroleh ligand_2D.mrv
Dilakukan pencarian informasi
Didapat file :ligand.mol2
Dilakukan docking dengan aplikasi

PLANTS
Docking Senyawa Kontrol Positif Docking Senyawa Uji

Best Score Senyawa Kontrol Positif Best Score Senyawa Uji
Best Score Senyawa Uji
Gambar 3.1. Skema tahapan penelitian

BAB 4
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Analisis Enzim Antioksidan Yang Digunakan
Docking interaksi protein dan ligan pada penelitian ini digunakan struktur-
struktur protein yang dapat diunduh pada situs https://www.rcsb.org (Protein Data
Bank) dengan mengetik pada kolom search “Myeloperoxidase”, “Superoxide
dismutase”, dan “Gluthation peroxidase” sehingga akan muncul beberapa kode protein
pada laman tersebut. Jenis enzim yang terdapat pada PDB mencapai ribuan enzim,
pemilihan enzim berdasarkan enzim yang digunakan oleh manusia. Tiga (3) enzim
dipilih dan digunakan sebagai reseptor antioksidan, dimana enzim tersebut berperan
dalam penghambatan radikal bebas. Enzim antioksidan pertama yang dipilih yaitu
5FIW merupakan sktuktur kristal dari enzim manusia MPO (Myeloperoxidase 1,7
Angstroms Resolution). Myeloperoksidase adalah enzim antioksidan yang mengandung
heme disekresi oleh sel-sel fagosit setelah adanya aktivasi dari mekanisme respitory
burst yaitu peningkatan langsung kebutuhan oksigen yang tinggi. MPO berperan pada
subspesies leukosit termasuk neutrofil dan juga makrofag dalam plasma sehingga enzim
MPO dapat mengkatalis reactive oxidant species atau radikal bebas (Suhartono, 2016).
Enzim antioksidan kedua yang dipilih yaitu 5YTO merupakan stukrur kristal
Superoxide dismutase 1 (hSOD1) in complex with a nathalene catechol linked
compound pada manusia yang terdapat interaksi antara enzim dengan unik ligand yaitu
GOL (gliserol). Superoksida dismutase merupakan antioksidan enzimatik yang
dihasilkan oleh rantai transport elektron pada rantai pernapasan sel yang menghasilkan
hidrogen peroksida. Superoksida dismutase terdiri dari MnSOD (mitokondria) dan

CuZn SOD (sitosol) (Suhartono, 2016). Superoksida dismutase (SOD) dapat mengubah
superoksida menjadi hidrogen peroksida (Yuslianti, 2017).
Enzim antioksidan ketiga yang dipilih yaitu 2F8A merupakan stuktur kristal
selenocysteine to glycine mutant of human Gluthation peroxidase 1 dengan unik ligand-
nya yaitu MLA (Malonic acid). Glutation peroksidase (GPx) adalah enzim antioksidan
yang mengandung selenium dengan mekanismenya yaitu dapat mengkatalis perubahan
hidrogen peroksida dan oksigen yang dibentuk oleh enzim SOD di dalam sitosol dan
mitokondria (Indrayati, 2014).
Kriteria pemilihan enzim antioksidan yang dapat digunakan dalam metode
molecular docking yaitu struktur dalam bentuk kristal karena bentuknya yang sudah
disesuaikan dengan struktur asli dari respetor serta memiliki nilai resolusi yang baik.
Nilai resolusi atau biasa disebut dengan Root Mean Square Deviation (RMSD) yang
didapatkan dengan validasi reseptor dengan molecular docking.
Tabel 4.1 Hasil validasi beberapa enzim antioksidan
No. Kode PDB Reseptor Skor RMSD (Å)

1 5FIW Myeloperoxidase 4,8683
2 5YTO Superoxide Dismutase 4,4409
1 (hSOD1)
3 2F8A Gluthation Peroxidase 2,3632
1
Setelah divalidasi dipilih reseptor atau enzim antioksidan yang menghasilkan nilai yang
kurang dari 5 Å (Astuti, 2017).
Gambar 4.1 Validasi reseptor 5FIW, hijau = native ligand, merah = hasil docking
terbaik native ligand dengan reseptor.

Gambar 4.2 Validasi reseptor 5YTO, hijau = native ligand, merah = hasil docking
Gambar 4.3 Validasi reseptor 2F8A, hijau = native ligand, merah = hasil docking

4.2 Analisis Sofware Yang Digunakan
Terdapat beberapa software yang digunakan pada serangkaian proses docking
dan visualisasi yang telah tervalidasi dan dapat diunduh secara gratis. Sebelum
dilakukan proses docking, reseptor, senyawa pembanding dan ligand uji harus
dipreparasi terlebih dahulu. Setelah proses docking dilakukan, akan dipilih senyawa
dengan aktivitas terbaik dengan membandingkan score yang dihasilkan dengan score
senyawa pembanding dan dilakukan visualisasi untuk dilihat interaksi senyawa pada
binding site reseptor. Adapun software yang digunakan antara lain
1. YASARA digunakan untuk preparasi dan validasi protein berdasarkan nilai

RMSD.
2. MarvinSketch digunakan untuk preparasi ligand uji dalam bentuk 2D.
3. PLANTS digunakan untuk docking reseptor dan ligand uji/pembanding dan
dihasilkan afinitas ikatan keduanya dalam bentuk score ChemPLP.
4. VMD (Visual Molecular Dinamic) digunakan untuk visualisasi ikatan antar
asam amino dengan senyawa kandidat aktif.
4.3 Hasil Simulasi Docking
Tabel 4.2 Hasil simulasi docking senyawa uji pada enzim (Myloperoxidase) dengan
ligan 5FIW
No. Senyawa uji Score Senyawa Score Score ChemPLP Prediksi

ChemPLP pembanding ChemPLP enzim antioksidan aktivitas
senyawa senyawa 5FIW
uji pembanding (Myloperoxidase)
1. Tocotrienol *** -106,664 Vitamin C -64, 976 -90,9675 Aktif
2. Oryzanol II *** -103,474 Vitamin E -91,3345 Aktif
3. Gamma-oryzanol IV *** -100,772 Quercetin -66,6772 Aktif
4. Oryzanol I *** -100,624 Aktif
5. Gamma-oryzanol I *** -100,451 Aktif
6. A-Oryzanol III *** -100,296 Aktif
7. A-Oryzanol II *** -99,0692 Aktif
8. C-Oryzanol I *** -98,752 Aktif
9. Gamma-oryzanol V *** -98,5826 Aktif
10. Gamma-oryzanol II *** -98,3368 Aktif
11. C-Oryzanol II *** -97,9578 Aktif
12. A-Oryzanol I *** -96,7742 Aktif
13. Gamma-oryzanol III *** -93,5166 Aktif
14. Procyanidin** -89,1467 Inaktif
15. Proantocyanidin** -84,254 Inaktif
16. Peonidin-3 glucoside ** -81,494 Inaktif

17. Cyanidin-3-glucoside** -74,2769 Inaktif
18. Pelargonidin 3- -74,1883 Inaktif
glucoside**
19. Malvidin 3-glucoside** -74,1395 Inaktif
20. Delphinidin 3- -72,5862 Inaktif
glucoside**
Keterangan : * = beras putih
* = beras merah
* = beras hitam
-80
E I I I I III lI II lI II III
ol ol lI ol lI ol ol IV
ol
V
m
in
i en z a n no zan no nol a no n a no n nol nol n
a r a a a z a z a a a
vit co
t y yz ry yz yz ry yz ry yz yz za yz
-85 Or Or A-O Or - Or -O Or -o or or ry or
To A -
A C C- a a -
a - a - o a -
m m m m m
m m m
Ga G a
G a m
G a m
Ga
-90
-91.33
-95 -93.52
-96.77
-97.96 -98.34 -98.58
-100 -99.07 -98.75
-100.62 -100.3 -100.45 -100.77
-105 -103.47
-106.66
-110
senyawa pembanding senyawa uji
Gambar 4.4 Grafik score docking senyawa uji dan senyawa pembanding pada enzim
(Myloperoxidase) dengan ligan 5FIW.
Berdasarkan tabel 4.2 dan gambar 4.4 dapat dilihat bahwa terdapat tiga belas (13)
senyawa dari ketiga varietas beras yang memiliki aktivitas antioksidan terhadap enzim
antioksidan (Myeloperoxidase) yaitu Tocotrienol (-106,664), Oryzanol I (-100,624),
Oryzanol II (-103,474), A-Oryzanol I (-96,7742), A-Oryzanol II (-99,0692), A-Oryzanol
III (-100,296), C-Oryzanol I (-98,752), C-Oryzanol II (-97,9578), Gamma-oryzanol I (-
100,451), Gamma-oryzanol II (-98,3368), Gamma-oryzanol III (-93,5166), Gamma-
oryzanol IV (-100,772), Gamma-oryzanol V (-98,5826). Nilai score paling tinggi
diperoleh pada senyawa Tocotrineol (-106,664).

Tabel 4.3 Hasil simulasi docking senyawa uji pada enzim Superoxide Dismutase 1
(hSOD1) (5YTO) dengan ligan 5YTO
No.
Senyawa uji Score Senyawa Score Score ChemPLP Prediksi
senyawa senyawa 5YTO Superoxide
uji pembanding Dismutase 1
(hSOD1)
1. Tocotrienol *** -99,3361 Vitamin C -59,0589 -50,9587 Aktif
2. Oryzanol I *** -93,1578 Vitamin E -89,5478 Aktif
3. Proantocyanidin** -92,4689 Quercetin -75,7114 Aktif
4. Oryzanol II *** -92,353 Aktif
5. A-Oryzanol I *** -89,5816 Aktif
6. A-Oryzanol III *** -89,038 Aktif
7. Gamma-oryzanol II *** -88,028 Inaktif
8. C-Oryzanol I *** -86,5496 Inaktif
9. Gamma-oryzanol IV *** -86,213 Inaktif
10. C-Oryzanol II *** -85,6482 Inaktif
11. A-Oryzanol II *** -84,9369 Inaktif
12. Gamma-oryzanol III *** -84,8365 Inaktif
13. Gamma-oryzanol V *** -84,5999 Inaktif
14. Gamma-oryzanol I *** -84,4231 Inaktif
15. Procyanidin** -84,0381 Inaktif
16. Delphinidin 3- -82,2948 Inaktif
glucoside**
17. Peonidin-3 glucoside** -82,2518 Inaktif
* = beras merah
* = beras hitam

-82
E n l lI II lI I II
in di no no ol no ol
-84 m ni rie a a n a an
a a ot yz yz ry
z
vit oc
y c Or Or
yz
nt To A-
O Or
-86 oa A-
Pr
-88
-90 -89.55 -89.04

-89.58
-92
-92.47 -92.35
-94 -93.16
-96
-98
-100 -99.34
-102
(Superoxide Dismutase 1 (hSOD1)) ligan 5YTO.
Berdasarkan tabel 4.3 dan gambar 4.5 dapat dilihat bahwa terdapat enam (6) senyawa
dari ketiga varietas beras yang memiliki aktivitas antioksidan terhadap enzim
antioksidan (Superoxide Dismutase 1 (hSOD1)) yaitu Proantocyanidin (-92,4689),
Tocotrienol (-99,3361), Oryzanol I (-93,1578), Oryzanol II I (-92,353), A-Oryzanol I (-
89,5816), A-Oryzanol III (-89,038). Nilai score paling tinggi diperoleh pada senyawa
Tocotrineol (-99,3361).
Tabel 4.4 Hasil simulasi docking senyawa uji pada enzim (Gluthation Peroxidase 1)
dengan ligan 2F8A
No. Senyawa uji Score Senyawa Score Score ChemPLP Prediksi

senyawa senyawa 2F8A (Gluthation

uji pembanding Peroxidase 1)
1. Tocotrienol *** -81,1601 Vitamin C -64, 8933 -64,90008 Aktif
2. Procyanidin** -63,397 Vitamin E -75, 5528 Inaktif
3. Delphinidin 3- -61,2978 Quercetin -61, 9164 Inaktif
glucoside**
7. Pelargonidin 3- -55,5309 Inaktif
glucoside**
8. Proantocyanidin** -50,624 Inaktif
9. Gamma-oryzanol I *** 23,0718 Inaktif
10. Oryzanol I *** 36,7941 Inaktif
11. Gamma-oryzanol V *** 41,8547 Inaktif
12. A-Oryzanol II *** 42,2024 Inaktif
13. A-Oryzanol III *** 45,0453 Inaktif
14. Gamma-oryzanol IV *** 46,6306 Inaktif
15. A-Oryzanol I *** 47,6052 Inaktif
16. Gamma-oryzanol III *** 52,7273 Inaktif
17. Gamma-oryzanol II *** 56,616 Inaktif
18. Oryzanol II *** 64,1039 Inaktif
19. C-Oryzanol I *** 71,9139 Inaktif
20. C-Oryzanol II *** 74,6587 Inaktif
* = beras merah
* = beras hitam
-72
vitamin E Tocotrienol
-73
-74
-75
-76 -75.55
-77
-78
-79
-80
-81
-81.16
-82
(Gluthation Peroxidase 1) dengan ligan 2F8A.

Berdasarkan tabel 4.4 dan gambar 4.6 dapat dilihat bahwa terdapat satu (1) senyawa
dari ketiga varietas beras yang memiliki aktivitas antioksidan terhadap enzim
antioksidan (Gluthation Peroxidase 1) yaitu Tocotrienol (-81,1601).
Dipilih 20 senyawa bioaktif dalam varietas beras meliputi beras putih (Oryza
sativa L.), beras merah (Oryza nivara) dan beras hitam (Oryza sativa Indica) yang diuji
afinitas terhadap enzim antioksidan dengan ligan 5FIW, 5YTO, dan 2F8A secara in
silico dengan menggunakan metode molecular docking pada aplikasi PLANTS
(Protein- Ligand Ant System). Molecular docking (penambatan molekul) merupakan
penelitian dengan menggunakan komputasi yang bertujuan untuk memperkirakan
interaksi dan aktivitas dari suatu ligand dengan reseptor yang umumnya berupa protein.

Suatu molekul ligand dan protein diprediksikan dengan teknik penempatan sisi aktif
protein (active site) sehingga memberikan hasil yang optimal. Menentukan baik
tidaknya suatu pose interaksi penempatan suatu molekul pada active site dilihat
berdasarkan score docking yang diperoleh dan dihitung sebagai nilai ChemPLP.
Nilai ChemPLP mempresentasikan energi bebas Gibbs, dimana semakin kecil

nilai ∆G interaksi ligan dengan reseptor maka akan stabil. Nilai ChemPLP diperoleh
dari hasil simulasi docking dimana pada awalnya senyawa pembanding dan senyawa uji
digambarkan terlebih dahulu dengan aplikasi ChemSketch, kemudian simulasi docking
dilakukan dengan menggunakan aplikasi PLANTS sehingga diperoleh nilai ChemPLP
pada semua senyawa pembanding dan senyawa uji. Nilai ChemPLP senyawa uji pada
enzim antioksidan yang lebih besar (lebih positif) dari senyawa pembanding
menunjukkan aktivitas yang lebih kuat pada binding site reseptor
Hasil docking dua puluh (20) senyawa dalam ketiga varietas beras (beras putih
(Oryza sativa L.), beras merah (Oryza nivara) dan beras hitam (Oryza sativa Indica)
dengan enzim antioksidan MPO (Myeloperoxidase) dengan ligan 5FIW menunjukkan
kandidat senyawa aktif yang memiliki aktivitas yang lebih baik atau setara dengan
pembandingnya yaitu Vitamin C, Vitamin E dan Quercetin. Tujuan digunakannya
senyawa pembanding ini adalah untuk mengetahui apakah senyawa dalam berbagai
varietas beras memiliki kemampuan sebagai penangkal radikal bebas yang sudah teruji
aktivitasnya sebagai antioksidan. Terdapat tiga belas (13) senyawa yang aktif yaitu pada
golongan oryzanol dan tocotrienol. Dari hasil tabel nilai yang aktif berdasarkan
senyawa uji yaitu tocotrienol dengan best score -106,664, Oryzanol I -100, 624,
Oryzanol II -103, 474, A-Oryzanol I -96,7742, A-oryzanol II -99,0692, A-Oryzanol III
-100,296, C-Oryzanol I -98, 752, C-Oryzanol II -97, 9578, Gamma-Oryzanol I
-100,451, Gamma-Oryzanol II, -98,3368, Gamma-Oryzanol III -93,5166, Gamma-
Oryzanol IV -100,772, Gamma-Oryzanol V – 98,5826. Senyawa uji dikatakan aktif atau
memiliki aktivitas terhadap reseptor apabila memiliki score ChemPLP yang relatif lebih
negatif (kecil) dari native ligand-nya dan dapat dinyatakan lebih baik atau sama dengan
pembandingnya Vitamin C, Vitamin E dan Quercetin. Komposisi steryl ferulate (C-
oryzanol) dari beras Gamma-oryzanol adalah campuran dari steryl ferulat, yang
dibentuk dengan esterifikasi kelompok hidroksil sterol (campesterol, stigmasterol, b-
sitosterol) dengan gugus asam karboksilat dari asam ferulic, sehingga mempengaruhi
sifat antioksidan (Goufo dan Trindade, 2013). Hasil docking berdasarkan tabel tersebut

menandakan bahwa komponen oryzanol memberikan nilai yang cukup tinggi
dibandingkan senyawa pembanding yang berpotensi sebagai antioksidan. Tokotrienol
dan tokoferol secara kolektif dikenal sebagai vitamin E atau tokol, pada mekanisme
antioksidan tokoferol berlangsung efektif pada kosentrasi tertinggi, sehingga tokoferol
cenderung terkonsentrasi di dalam struktur lipid yang terpajan pada tekanan O₂ paling
tinggi. Kemampuan vitamin E dalam mencegah peroksidasi lipid terjadi pada membran
eritosit (Suhartono, 2016).
Hasil docking dua puluh (20) senyawa dalam ketiga varietas beras (beras putih
(Oryza sativa L.), beras merah (Oryza nivara) dan beras hitam (Oryza sativa Indica))
pada enzim antioksidan dengan kode 5YTO, merupakan struktur kristal Superoxide
dismutase 1 (hSOD1) in complex with a nathalene catechol linked compound pada
manusia dari hasil analisis statistik dengan uji t menyatakan bahwa ada enam (6)
senyawa yang mempunyai nilai yang aktif, hal ini menandakan ada aktivitas lebih baik
dari senyawa pembanding. Senyawa aktif tersebut yaitu Proantocyanidin dengan best
score -92,4689, tocotrienol -99,3361, Oryzanol I -93,1578, Oryzanol II -92,353, A-
Oryzanol I -89, 5816, A-Oryzanol III -89,038. Senyawa bioaktif yang menyebabkan
pigmen pada beras adalah antosianin dan proantosianidin yang berpotensi sebagai
antioksidan. Pada beras berpigmen atau berwarna, beras merah bagian aleuronnya
mengandung gen yang memproduksi antosianin (senyawa yang memberi merah atau
ungu), sedangkan pada beras hitam pada aleuron dan endospermia dapat memproduksi
antosianin dengan intensitas tinggi sehingga bewarna ungu pekat mendekati hitam
(Wanti dkk, 2015). Metabolit sekunder utama beras merah adalah proantosianidin
sedangkan beras hitam adalah antosianin (Goufo dan Trindade, 2013).
Hasil docking dua puluh (20) senyawa uji yang dipilih dalam ketiga varietas
beras (beras putih (Oryza sativa L.), beras merah (Oryza nivara) dan beras hitam
(Oryza sativa Indica)) pada enzim antioksidan dengan kode 2F8A stuktur kristal
selenocysteine to glycine mutant of human Gluthation peroxidase 1, tidak terdapat
banyak senyawa yang aktif melainkan hanya tocotrienol. Artinya kebanyakan senyawa
bioaktif dalam varietas beras terhadap enzim glutation peroksidase atau reseptor 2F8A
tidak memiliki aktivitas inhibisi terhadap radikal bebas yang telah di uji berdasarkan
docking dengan senyawa pembandingnya.
4.4 Eludasi Moda Ikatan Dalam Binding Pocket Reseptor

Setelah melakukan proses docking senyawa yang memiliki afiinitas “lebih kuat”
akan dilakukan visualisasi ikatan asam amino dalam binding site menggunakan aplikasi
VMD (Visual Molecular Dinamic). Penggunaan aplikasi ini karena dapat menentukan
jarak ikatan hidrogen senyawa aktif dengan asam amino dari enzim dalam satuan
angstrom (Å). Visualisasi senyawa pada binding site digambarkan dalam bentuk tiga
dimensi (3D), selain itu dapat dilihat asam amino apa saja yang terlibat dalam aktivitas
senyawa aktif dengan enzim SOD, MPO, dan GPx. Berikut ini ditampilkan visualisasi
kandidat senyawa aktif pada VMD.
Tabel 4.5 Hasil visualisasi dengan VMD pada enzim (Myloperoxidase) dengan ligan
5FIW
No. Nama Visualisasi Asam Jarak

senyawa amino ikatan (Å)
yang
terikat
1 Tocotrienol PHE (29) 1,46

1,46 PHE ARG 1,00
1,00 ARG (176) 1,40
1,40 PHE PHE (79)
2 Oryzanol I PHE (29) 1,47

ASP (98) 1,63
THR 1,85

(100)
3 Oryzanol II THR (100) 2,29

PHE (29) 2,60
PHE (29) 2,40
4 A-Oryzanol I TRP (98) 1,59

TRP (98) 1,56

PHE (29) 1,57
TRP (32) 2,26

5 A-Oryzanol II PHE (29) 2,43
PHE (29) 1,39
6 A-Oryzanol III LEU (93) 2,06

PHE (29) 2,51
GLY (90) 1,90

7 C-Oryzanol I THR (100) 2,39
ARG (31) 1,57
PHE (29) 2,54
8 C- Oryzanol II VAL (47) 1,48

THR 1,41
(100) 2,03
PHE (29)

9 Gamma- LEU (84) 1,90
Oryzanol I VAL (47) 1,00
ASP (94) 1,03
10 Gamma- HIS (46) 1,00

Oryzanol II TRP (32) 2,12

PHE (29) 2,44
11 Gamma- LEU 1,67

Oryzanol III (117) 1,77
GLU (36) 2,26
GLU (36)
12 Gamma- ASP (98) 1,76

Oryzanol IV ARG (31) 1,73
HIS (35) 2,41

13 Gamma- VAL 1,25
Oryzanol V (118) 1,57
PHE (45) 1,54
ASP (98)

Hasil analisis visualisasi dengan software VMD pada tabel 4.5 menunjukkan bahwa
asam amino yang diduga berperan penting terhadap afinitas senyawa pada enzim
antioksidan Myeloperoxidase yaitu PHE 29 (Fenilalanina), ARG 176 (Arginin), ASP 98
(Asam aspartat), THR 100 (Treonina), TRP 98 dan TRP 32 (Triptofan), LEU 93 dan
LEU 117 (Leusin), GLY 90 (Glisin), VAL 47 (Valin), HIS 35 dan HIS 46 (Histidin),
serta GLU 36 (Glutamat), sehingga terdapat 13 jenis asam amino yang berperan penting
dalam afinitas senyawa terhadap enzim antioksidan dengan kode 5FIW. Kandungan
asam amino leusin dan valin mempunyai manfaat pada kerusakan hati dan saraf. Leusin
berperan dalam pembentukan insulin yang berlebihan oleh pankreas (Purwaningsih,
2012).
Hasil penentuan jarak ikatan menunjukkan bahwa senyawa dalam ketiga
varietas beras yang aktif sebagai antioksidan terhadap enzim antioksidan dengan kode
5FIW mempunyai residu asam amino yang terikat dengan ligan, ikatan yang terjadi
pada ligan dengan nilai ≤ 5Å sehingga memenuhi persyaratan. Ikatan-ikatan yang dapat
terjadi dari atom yang berikatan seperti ikatan hidrogen (karbonil oksigen berikatan
dengan hidrogen) karena memiliki kecenderungan kuat untuk menarik elektron (Astuti,
2017).
Tabel 4.6 Hasil visualisasi dengan VMD pada enzim (Superoxide Dismutase 1
(hSOD1)) dengan ligan 5YTO
No. Nama senyawa Visualisasi Asam amino Jarak

yang terikat ikatan
(Å)
1 Proanthocyanidin LEU (84) 2,29

HIS (46) 2,33
ILE (104) 2,08

2 Tocotrienol PHE (165) 2,39
PHE (165) 1,00
ASN (42) 1,28
3 Oryzanol I HIS (48) 2,10

PHE (45) 1,99
PHE (45) 2,02

4 Oryzanol II THR (100) 2,32
LEU (117) 2,07
ASN (86) 1,00
5 A-Oryzanol I TRP (32) 2,26

HIS (48) 1,77
HIS (48) 1,97

6 A-Oryzanol III LEU (84) 1,62
PHE (45) 1,56
LEU (84) 2,41
Hasil analisis visualisasi dengan software VMD pada tabel 4.6 menunjukkan asam
amino yang diduga berperan penting terhadap afinitas senyawa pada enzim antioksidan
Superoxide dismutase yaitu LEU 84 dan LEU 117 (Leusin), PHE 165 dan PHE 45
(Fenilalanina), HIS 46 dan HIS 48 (Histidin), THR 100 (Treonina), TRP 32 (Triptofan),

ILE 104 (Isoleusin), dan ASN 86 (Asparagina). Hasil visualisasi terhadap enzim
antioksidan dengan kode 5YTO menunjukkan bahwa residu asam amino tersebut
memenuhi persyaratan jarak ikatan yang nilainya dibawah 5Å dan diatas 1
Tabel 4.7 Hasil visualisasi dengan VMD pada enzim (Gluthation Peroxidase 1) dengan
ligan 2F8A
No. Nama senyawa Visualisasi Asam Jarak

amino ikatan (Å)
yang
terikat
1 Tocotrienol HIS (46) 2,12

VAL (43) 1,56
VAL (43) 2,05
Hasil analisis menggunakan software VMD pada tabel 4.7 diperoleh asam amino yang
diduga berperan penting terhadap afinitas senyawa aktif pada enzim antioksidan dengan
kode (2F8A) Gluthation peroxidase yaitu HIS 46 (Histidin) dan VAL 43 (Valin). Hasil

visualisasi terhadap reseptor 2F8A menunjukkan bahwa residu asam amino tersebut
memenuhi persyaratan jarak ikatan yang nilainya dibawah 5Å dan diatas 1Å.
4.5 Statistik Dengan Uji T

Pengujian statistik salah satunya bertujuan untuk menguji kebenaran dari hasil
analisis yang didapatkan, untuk menolak atau menerima suatu hipotesis
berdasarkam nilai P-value. Statistik uji T digunakan untuk mencari ada atau
tidaknya perbedaan antara dua dari sebuah sampel atau kelompok. Uji T terbagi
menjadi 3 jenis yaitu :
1. One- sample t-test
2. Paired sample t-test
3. Independent sample t-test
Untuk pengujian statistika pada score docking senyawa uji, digunakan one-
sample T-test. Metode ini digunakan untuk membandingkan antara data yang
berasal dari sampel dan satu nilai acuan, apakah terdapat perbedaan bermakna atau
tidak pada kedua data tersebut yang ditentukan oleh nilai p-value. Jika nilai (P ≥
0,05), maka dikatan senyawa uji dan senyawa pembanding tidak ada perbedaan
signifikan, sehingga dapat dikatakan perbedaan score docking antara kedua senyawa
tersebut tidak menunjukkan adanya perbedaan aktivitas yang bermakna. Namun bila
nilai (P < 0,05), maka dapat dikatakan senyawa uji dan senyawa pembanding
memiliki perbedaan aktivitas yang bermakna.
Tabel 4.8 Hasil statistik senyawa representatif aktif pada enzim (Myeloperoxidase)
dengan ligan 5FIW
No Nama senyawa Score Chem PLP Score Chem PLP Nilai p-

5FIW value
Senyawa Senyawa
uji pembanding
1 Tocotrienol*** -106,664 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
2 Oryzanol I*** -100,624 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
3 Oryzanol II*** -103,474 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
4 A-Oryzanol I*** -96,7742 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
5 A-Oryzanol II*** -99,0692 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
6 A-Oryzanol III*** -100,296 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
7 C-Oryzanol I*** -98,752 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
8 C-Oryzanol II*** -97,9578 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
9 Gamma-oryzanol I *** -100,451 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
10 Gamma-oryzanol II*** -98,3368 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)

11 Gamma-oryzanol III*** -93,5166 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
12 Gamma-oryzanol IV*** -100,772 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
13 Gamma-oryzanol V*** -98,5826 -91,3345 -90,9675 (P > 0,05)
Tabel 4.9 Hasil statistik senyawa representatif aktif pada enzim Superoxide Dismutase
1 (hSOD1)) dengan ligan 5YTO

5YTO value
Senyawa uji Senyawa

pembanding
1 Proantocyanidin*** -92,4689 -89,5478 -50,9587 (P > 0,05)
2 Tocotrienol*** -99,3361 -89,5478 -50,9587 (P > 0,05)
3 Oryzanol I*** -93,1578 -89,5478 -50,9587 (P > 0,05)
4 Oryzanol II*** -92,353 -89,5478 -50,9587 (P > 0,05)
5 A-Oryzanol I *** -89,5816 -89,5478 -50,9587 (P > 0,05)
6 A-Oryzanol III *** -89,038 -89,5478 -50,9587 (P > 0,05)
Tabel 4.10 Hasil statistik senyawa representatif aktif pada enzim (Gluthation Peroxidase
1) dengan ligan 2F8A

2F8A value
Senyawa uji Senyawa

pembanding
1 Tocotrienol*** -81,1601 -75,5528 -64,90008 (P > 0,05)
Keterangan :
Nilai p-value < 0,05 maka dinyatakan adanya perbedaan bermakna dengan senyawa
pembanding.
Nilai p-value ≥ 0,05 maka dinyakatan tidak ada perbedaan bermakna dengan senyawa
pembanding.
* = beras putih
* = beras merah
* = beras hitam
Hasil analisis statistik pada tabel 4.8, 4.9, dan 4.10 yaitu pada enzim antioksidan dengan
kode 5FIW, 5YTO, dan 2F8A berdasarkan p-value senyawa uji dan senyawa

pembanding tidak berbeda makna dilihat dari nilai yang diperoleh yaitu > 0,05. One
tailed paired T-test merupakan salah satu uji t dengan sampel yang berpasangan dari
unit yang sama atau kelompok unit yang telah diuji. Sehingga dapat dilihat kecocokan
data antara pasangan sampel yang diuji. Hasil p-value senyawa dalam tiga (3) jenis
varietas beras (Oryza sativa L.) yaitu beras putih, beras merah dan beras hitam tidak
berbeda makna tiga belas (13) senyawa representatif aktif pada reseptor 5FIW, enam (6)
senyawa representatif aktif pada reseptor 5YTO, dan satu (1) senyawa representatif
aktif memiliki kemiripan dengan senyawa pembanding yaitu vitamin C, vitamin E dan
kuersetin. Oleh karena itu disimpulkan bahwa senyawa tersebut berpotensi tinggi
sebagai antioksidan. Penelitian ini dapat dikembangkan menjadi salah satu pilihan
senyawa zat aktif yang diperlukan melalui penelitian lebih lanjut secara in vivo.
BAB 5
KESIMPULAN DAN SARAN
A. KESIMPULAN
1. Hasil simulasi docking 20 senyawa dari 3 jenis varietas beras (Oryza sativa L.)
yaitu beras putih (Oryza sativa L.), beras merah (Oryza nivara), dan beras hitam

(Oryza sativa Indica.) diperoleh senyawa representatif paling aktif pada yaitu
senyawa tocotrienol dan oryzanol pada reseptor“Myeloperoxidase” dengan
protein target (5FIW). Senyawa yang aktif pada reseptor “Superoxide
Dismutase (SOD)” dengan protein target (5YTO) yaitu proantocyanidin,
tocotrienol dan oryzanol. Senyawa yang paling aktif pada reseptor “Glutathione
peroxidase” dengan protein target (2F8A) hanya senyawa tocotrienol, hal
tersebut menandakan senyawa berpotensi sebagai antioksidan.
2. Hasil visualisasi senyawa representatif yang dilakukan dengan aplikasi VMD
mengindikasikan bahwa adanya interaksi asam amino. Pada enzim antioksidan
myeloperoxidase (5FIW) yaitu PHE 29 (Fenilalanina), ARG 176 (Arginin), ASP
98 (Asam aspartat), THR 100 (Treonina), TRP 98 dan TRP 32 (Triptofan), LEU
93 dan LEU 117 (Leusin), GLY 90 (Glisin), VAL 47 (Valin), HIS 35 dan HIS
46 (Histidin), serta GLU 36 (Glutamat). Pada enzim antioksidan superoxide
dismutase (5YTO) yaitu LEU 84 dan LEU 117 (Leusin), PHE 165 dan PHE 45
(Fenilalanina), HIS 46 dan HIS 48 (Histidin), THR 100 (Treonina), TRP 32
(Triptofan), ILE 104 (Isoleusin), dan ASN 86 (Asparagina). Pada enzim
antioksidan gluthation peroxidase (2F8A) yaitu HIS 46 (Histidin) dan VAL 43
(Valin). Dari hasil pengujian ketiga reseptor tersebut jarak ikatan di bawah 5Å
dan di atas 1Å sehingga memenuhi persyaratan.
B. SARAN
1. Perlunya penelitian pendukung untuk membuktikan hasil dari penelitian
skrining virtual, baik secara in vitro maupun in vivo terkait dugaan aktivitas
senyawa dalam berbagai varietas beras (Oryza sativa L.)
2. Hasil penelitian ini dapat dijadikan landasan untuk mencari senyawa baru
(QSAR) yang memiliki aktivitas penghambatan yang lebih baik pada enzim
antioksidan.
3. Hasil penelitian ini dapat dijadikan landasan untuk penelitian lebih lanjut pada
fitofarmaka maupun nutrasetikal.
DAFTAR PUSTAKA
Ardhie, A.M. (2011). Radikal Bebas dan Peran Antioksidan dalam Mencegah Penuaan.
Medicianus Scientific Journal of Pharmaceutical Development and Medical
Aplication 24 (1), 4-12
Alvarez, J., and Shoichet, B. (2005). Virtual Screening in Drugs Discovery. CRC Press,
Taylor and France 10 (13), 249-280

Andersen, Q.M., and Markham, K. R. (2006) . Flavonoid Chemistry, Biochemistry, and
Applications. Boca. Raton, FL : CRC Press, Taylor & Prancis 10 (13), 1-1129
Astuti, W. Gunawan, R., dan Lelita, R. (2017) . Studi Docking Molekular Senyawa
Kuersetin, Kalkon Dan Turunannya Sebagai Inhibitor Kanker Payudara MC-7
(MICHIGAN CANCER FOUNDATION-7). Jurnal Atomik, 1(2) 90-196.
Boyle, N.M., Banck M, James C.A, Morley, C. Vandermeersch, T., and Hutchison G.R.
(2001) .Power, Discourses and City Trajectories.Open Babel : An open chemical
toolbox. J Cheminform, 2 (1): 1-14
Dimmock, N.J., Easton, A.J., and Leppard, K.N. (2007) . Introduction of Modern
Virology. Blackwell Publishing. 6th edition USA. 531p : 245-379
Foloppe, N., and Chen, I. (2009) . Conformational Sampling and Energetics of Drug-
Like Molecules. Current Medicinal Chemistry, 16, 3381-3413.
Gareth, Thomas. (2003) . Fundamental of Medicinal Chemistry. Wiley, Inggris 304:
Hal 95-107
Goufo, P., and Trindade, H. (2013) . Rice Antioxidants: Phenolic Acids, Flavonoids,
Anthocyanins, Proanthocyanidins, Tocopherols, Tocotrienols, γ-Oryzanol, and
Phytic Acid. Food Science & Nutrition. Vol. 2 (2): 75–104.
Harti, A.S. (2014). Biokimia Kesehatan. Nuha Medika. Yogyakarta. ForVirtual
Screening. 160: Hal 135-150.
Irwin, J.J. (2008) . Community Bencmarks g. J Comput Aided Mol Des. 14(3) , Hal:
193-199
Indrayati, A., Asyarie,S., Suciati, T., dan Retnoningrum, D.S. (2014). Pengaruh Super
Oksidan Dismutase Rekombinan Staphylococcus equerom Terhadap Viabilitas Sel
dan Deposisi Kolagen Pada Sel Fibrolas 3T3 yang dipaparkan UVA. Jurnal
Farmasi Indonesia .ISSN:1693-861EISSN : 2302-4291. Hal: 34-40
Martoprawiro, R. (1998) . Kimia Komputasi. Bandung : Institut Teknologi Bandung
Press. 14(3): 94-99
Motiejunas, D.,and Wade, R. (2007). Structural, Energeticsn and Dynamic Aspects Of
Ligand-Receptor Interaction. Compr Med Chem. 4(2) : Hal:193-213.
Mumpuni, E. (2019). Skrining Virtual dan Eludasi Moda Ikatan Senyawa dalan Bawang
Putih (Allium sativum L.) sebagai Penghambatan Reseptor Advanced Glycation
End Product. Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia. Fakultas Farmasi Universitas
Pancasila. Jakarta. 17(2). Hal:210-217
Neal, M. J. (2006). At a Galance Farmakologi Medis. Penerbit Erlangga. Jakarta. Edisi
5, hal: 45-47.

Prawirodiharjo, E. (2014). Uji Aktivitas Antioksidan Dan Uji Toksisitas Ekstrak Etanol
70% Dan Ekstrak Air Kulit Batang Kayu Jawa (Lannea coromandelica). Jakarta :
UIN Syarif Hidayatullah. 17 (50); Hal 31-40.
Pranowo, H.D., and Hetadi, A.K. (2011). Pengantar Kimia Komputasi. Bandung: Lubuk
Agung. Hal 3-57.
Purwaningsih, S. (2012). Aktivitas Antioksidan dan Komposisi Kimia Keong Matah
Merah (Cheritidea obtusa). Ilmu kelautan. Institut Pertanian Bogor. 17 (1) 39-48.
Priska, M. Peni, N. Carvallo, L., dan Nga, Y.D. (2018). Antosianin dan
Pemanfaatannya. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal of Applied Chemistry) ISSN
2302-7274 Volume 6, No.2 hal: 79-97.
Purnomo, H. (2011). Kimia Komputasi: Molecular Docking PLANTS (Protein Ligand

ANT System). Yogyakarta :Pustaka Pelajar,(200): Hal: 3-187.
Robinson, T. (1995). Kandungan Organik Tumbuhan Tinggi. Bandung : Institut

Teknologi Bandung Press; Hal 191-216.
Robins, L. (2007). Buku Ajar Patologi. Vol 1, Edisi 7, Jakarta: Buku Kedokteran EGC.
(191): Hal 56-178.
Rosyida, A., dan Wedyatmo, D. A. (2016). Pemanfaatan Daun Jati Muda untuk
Pewarnaan Kain Kapas pada Suhu Kamar. Arena Tekstil 29 (2): 115 – 124.
Suhartono, E. (2016). Toksisitas Oksigen Reaktif & Antioksidan di Bidang Kedokteran
dan Kesehatan. Yogyakarta : Gosyen Publishing. ISBN 978-602-1107-80-5.
186p: hal 81-113.
Suliartini, R., Gusti, W., Teguh, P., dan Muhidin, M. (2011). Pengujian Kadar
Antosianin Padi gogo Beras Merah Hasil Koleksi plasma Nutfah Sulawesi
Tenggra. J.Crop Agro 4 (2) :43-48.
Stryer, L. (2000). Biokimia Vol.2 Edisi 4. Jakarta: Buku Kedokteran EGC. Vol 2: hal
714-735.
Tian, Y., Wang N.M., Qing, L., and Kai-shun. B. (2018). Bioactive Flavonoids In
Medicinal Plants: Structure, Activity and Biological Fateasian. Journal of
Pharmaceutical Sciences, 13, Hal 12–23.
Vichapong, J., Sookserm, M., Srijesdaruk, V., Swatsitang, P and Srijaranai, S. (2010).
High Performance Liquid Chromatoghraphyc Analysis of Phenolic Compunds
and Their Antioxidant Activities in Rice Varieties. LWT-Food Science
Technology 43: 1325-1330.

Wanti, S., Andriani, M.A.M., dan Parnanto, N.H.R. (2015). Pengaruh Berbagai Jenis
Beras terhadap Aktivitas Antioksidan pada Angkak oleh Monascus
purpureus.Surakarta. Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret Surakarta..
(26). Hal : 17-20.
Winarno, F.G. (2008). Kimia Pangan dan Gizi. PT. Gramedia Pustaka Utama. Jakarta-.
112 hal : 45-99.
Wink, M. (2006). An Introduction to Molecular Biotechnology. WILY-VCH Verlag
GmbH & Co, Weinheim. Hal 387 – 390.
Yuslianti, E. (2017). Pengantar Radikal Bebas dan Antioksidan. Yogyakarta:
Deepublish. ISBN 978-602-453-456-1. Hal : 14-89.

Lampiran 1. Surat Permohonan Pengambilan Data

Lampiran 2. Preparasi Protein dan Ref_Ligand
1. Preparasi Protein , Ref_ligand, Ligand dan hasil RMSD
Download PDB berikut

A. Preparasi protein
Langkah-langkah :
1. Buka YASARA (klik Shortcut YASARA di Desktop). Load file

5FIW/5YTO/2F8A. PDB ke YASARA (YASARA > File >Load > PDB file...
cari direktori tempat penyimpanan klik “OK”)

2. Delete molekul B cukup pilih molekul A saja, (klik kanan pada tabel molekul B
> delete) atau dengan klike (Edit > Molecul > pilih A saja di bagian tabel
Sequence, Name dan Belongs to or has laku klik “OK” maka akan muncul
seperti gambar berikut:
Hilangkan air dengan cara (Edit > Delete > Residu > hilangkan H₂0 di
Sesquence dan Name di Belongs to > all, kemudian tambahkan hidrogen dengan
cara (Edit > Add Hidrogen to All) kemudian disimpan pilih (file > save as YOB
>klik di object tanda * diganti dengan 5FIW dan disimpan di desktop Docking
plants sebagai YOB.
Sama halnya dengan protein 5YTO dan 2F8A disimpan didesktop Docking
plants sebagai YOB.

Preparasi protein
1. Pilih File > New, Yes. (File > Load, YOB, klik 5FIW.YOB.Ok
2. Untuk melihat ligand (edit > delete> residu Hem 605 > all, lalu save as
other file format, klik 5FIW klik Sybymol, lalu di file name (*) diganti
sebagai protein.mol 2 di file docking plants

Untuk protein 5YTO unik ligand nya yaitu GOL seperti gambar dibawah ini
Untuk protein 2F8A unik ligand nya yaitu MLA seperti gambar dibawah ini

B. Preparasi Ref_ligand
1. Pilih File > New, Yes. (File > load, YOB, klik 5FIW.YOB.OK
2. Untuk melihat ligand (edit > delete> residu Hem 605 > all, nagate name di
centang lalu save as other file format, klik 5FIW klik Sybymol, lalu di file name
(*) diganti sebagai ref_ligand.mol 2 di file Docking plants.

Ref_ligand.mol2 pada 5YTO
Ref_ligand.mol2 2F8A

C. Preparasi ligand
1. Buka marvinSketch
File > Open > Ref_ligand.mol2 Structure > Clean 2D > clean in 2D
Cek protonasi di pH 7,4 (Tools > Protonation >Major Microspecies >

OK). Pilih “Save as” sebagai ligand_2D.mrv

1. Tutup jendela marvinsketch dan membuka kembali marvinsketch yang
baru
2. File > open > ligand_2D.mrv
3. Tools > > conformatin > conformers

4. Simpan hasil pencarian konformasi simpan file di jendela baru File >
Save as > dengan nama ligand dan tipe mol2 (Ligand.mol2). Pengerjaan
sama dilakukan untuk protein 5YTO, 2F8A. Dan untuk senyawa uji maupun
pembanding struktur di Download terlebih dahulu di PubChem dengan cara
berikut.
Disimpan file yang sudah di download di dekstop Docking plants dan

dilakukan persis dengan preparasi ligand di atas.
D. Hasil validasi RMSD dengan YASARA
Validasi RMSD 5FIW

Validasi RMSD 5YTO
Validasi RMSD 2F8A

Lampiran 3. Cara Menjalankan Aplikasi VMD
1. Jalankan VMD
Klik file-New molecul > klik browse untuk mencari file yang akan divisualisasikan (harus
berbentuk pdb) klik load, dan tutup jendela molecule file browser.
2. Klik Graphic Resresentative

3. Klik Create Rep, klik Line pada baris pertama sampai bewarna merah > klik Draw style
> ubah Drawing Method menjadi Bones, Coloring Methode menjadi Resname; klik
selection > pada kotak selected atom ketik “resname UNK” > klik Lines pada baris
pertama sampai bewarna hitam kembali.
4. Klik Line pada baris kedua sampai berwarna merah > Klik Draw style > ubah
Drawing Method menjadi Lines, Coloring Method menjadi Resname; klik
selection > pada kotak selected atom ketik “same residue as within 4 of resname
UNK” > klik Lines pada baris pertama dan kedua sampai kembali berwarna
hitam.

5. Hilangkan asam amino yang tidak terkat pada ligand dengan cara klik Mouse >
klik Move > klik residue.

6. Lihat ikatan ligand dengan asam amino dengan cara klik Mouse > klik Label >
klik Bones.


Skripsi Fix Uty

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Skripsi Fix Uty

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

i

ANALISIS IN SILICO SENYAWA DALAM BERBAGAI

NAMA : PUTRI NANDA LUSIANA

PROGRAM STUDI FARMASI

Institut Sains dan Teknologi Nasional

NAMA : PUTRI NANDA LUSIANA

Putri Nanda Lusiana

Saya yang bertanda tangan di bawah ini :

Demikian Surat Pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya.

Jakarta, 2 Maret 2020

Putri Nanda Lusiana

Nama : Putri Nanda Lusiana

Program Studi : Farmasi

Judul Skripsi : “Analisis In Silico Senyawa Dalam Berbagai Varietas Beras

Telah berhasil dipertahankan di hadapan Dewan Penguji dan diterima

Pembimbing I : Desy Muliana Wenas, M. Si. ( )

Pembimbing II : Ritha Widyapratiwi, S.Si., MARS., Apt ( )

Pembimbing III : Dr. Esti Mumpuni, M. Si., Apt ( )

Penguji I : Dr. Tiah Rachmatiah, M. Si., Apt ( )

Penguji II : Dra. Herdini, M.Si., Apt. ( )

Penguji II : Saiful Bahri, M.Si ( )

Jakarta, 2 Maret 2020

Putri Nanda Lusiana

Nama : Putri Nanda Lusiana

demi pengembangan ilmu pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada

Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya.

(Putri Nanda Lusiana)

Nama : Putri Nanda Lusiana

Varietas beras memiliki potensi sebagai antioksidan dengan penangkapan radikal

Kata Kunci : Antioksidan, Oryza sativa, Molecular docking,

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Name : Putri Nanda Lusiana

Keywords: Antioxidant, Oryza sativa, Molecular docking

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Gambar 4 2. Validasi Reseptor 5YTO.................................................................44

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Tabel 3 1. Struktur Senyawa Dalam Varietas Beras..............................................29

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Lampiran 1. SK Penetapan Dosen Pembimbing dan Judul Penelitian..................73

Institut Sains dan Teknologi Nasional

1.1 Latar Belakang

Institut Sains dan Teknologi Nasional

1.3 Tujuan Penelitian

2. Memvisualisasikan ikatan secara molekuler kandidat senyawa dalam berbagai

1.4 Manfaat Penelitian

1. Memberikan informasi mengenai mekanisme kerja dan memodelkan interaksi

2.1 Klasifikasi Beras

2.1.1 Beras putih (Oryza sativa L.)

Species : Oryza sativa L. (https://itis.gov)

Gambar 2.1 Klasifikasi beras beras putih. (https://itis.gov)

2.1.2 Beras hitam (Oryza sativa Indica)

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Gambar 2.2 Klasifikasi beras beras hitam. (https://itis.gov)

Gambar 2.3 Klasifikasi beras beras merah. (https://itis.gov)

2.3 Pengertian Antioksidan

Antioksidan merupakan molekul atau senyawa yang dapat meredam aktivitas

2.3.1 Antioksidan Alamiah

Antioksidan banyak berupa tanaman alam dalam jumlah kecil jika

Institut Sains dan Teknologi Nasional

Senyawa flavonoid adalah senyawa polifenol yang mempunyai 15 atom karbon