RINGKASAN MATERI

MIKROBIOLOGI
Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Biologi

dari Ibu Nova Wahyuni Pratiwi, M.Sc.

Disusun oleh :

Kelompok 3

Cindy Putri 2003113848

Deva Febiana A Butar Butar 2003113837

Eno Guci Arianda 2003113844

Farah Fadhilah Mappile 2003113837

Ikbar Rofi Albari 2003113830

Koko Rahwanda Saputra 2003113838

Muhammad Haikal Zikra 2003113757

Nur Asikin 2003113840

Rini Santi Widuri 2003113834

Ruli Ingraini Sukma 2003113833

Tiara Nurfadila Fauzi 2003113828

Wan Elisa Islamay 2003113846

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS RIAU

PEKANBARU

2021
 RINGKASAN MATERI

4.5 Karakteristik Perbedaan Strain

Strain memiliki arti varian genetik atau subtipe dari Mikroorganisme
(misalnya virus, bakteri, atau jamur). Pembahasan Strain ini akan berkaitab
dengan isolasi genetik. Isolasi Genetik adalah populasi organisme yang memiliki
sedikit pencampuran genetik dengan organisme lain dalam spesies yang sama,
yang dapat menyebabkan spesiasi. Untuk mengidentifikasi strain ini ada 2
metode, yaitu metode pengetikan fenotipik dan metode pengetikan genotip.

4.5.1 Metode Pengetikan Fenotipik

Metode fenotipik merupakan metode yang mendetwksi karakteristik yang
diekspresikan oleh mikroorganisme, seperti bentu, ukuran, sifat pewarnaan, sifat
biokimia, dan sifat antigen yang dapat diukur tanpa mengacu pada genom-nya.

4.5.1.1. Biochemical Typing (Pengetikan Biokimia)

Penentuan keterkaitan organisme yang berbeda berdasarkan biogram
mereka disebut biotyping. Biotyping juga dapat diartikan sebagai penggolongan
mikroba patogen berdasarkan kemampuannya menggunakan substrat tertentu.
Profil biologis suatu organisme disebut biogram. Penyelidik harus menentukan
variabel profil mana yang memiliki kemampuan diferensiasi terbesar untuk
organisme tertentu.The biograms of organisms are not entirely stable, and several
isotypes may exist from a single isolate. Biogram dapat dipengaruhi oleh regulasi
genetik, manipulasi teknis, dan bertambah atau berkurangnya plasmid. Dalam
banyak kasus, biotyping digunakan bersama dengan metode lain untuk memfilter
mikroorganisme dengan lebih akurat. Strain memiliki pola biokimia yang khas
(Gambar 4.21) and is called a biovar or biotype.

Biotyping may be performed manually or using automated systems.

Fermentasi gula, dekarboksilasi / deaminasi asam amino, uji enzimatis standar
(seperti IMViC, sitrat, dan urease), toleransi terhadap pH, bahan kimia dan
pewarna, hidrolisis senyawa, hemaglutinasi, dan hemolisis adalah beberapa
contoh metode biotipe.
 Mereka menawarkan
beberapa keuntungan
karena kebanyakan
strain dapat diketik.
Namun kerugian
utamanya adalah mereka
memiliki kekuatan
diskriminatif yang
buruk. Variasi ekspresi
gen adalah alasan paling
umum untuk isolat yang
mewakili strain tunggal
berbeda dalam satu atau
lebih reaksi biokimia

4.5.1.2 Pengetikan Serologis (Serological Typing)

Pengetikan serologis atau serotipe didasarkan pada fakta bahwa strain dari
spesies yang sama dapat berbeda dalam determinan antigenik yang diekspresikan
pada permukaan sel. The invention of serological typing concerns a method for
typing antibodies in a sample liquid by means of type-specific antigens and in
particular a method for typing antibodies to the hepatitis C virus and peptide
antigens suitable for this. A further possibility of serological type differentiation
of infections with the HCV types 1, 2, and 3 can be carried out by means of an
indirect ELISA using peptide antigens of the amino acid regions.

4.5.1.3. Genomic Typing

Genomic Typing adalah proses menentukan perbedaan dalam susunan
genetik (genotipe) individu dengan memeriksa urutan DNA individu
menggunakan tes biologis dan membandingkannya dengan urutan individu lain
atau urutan referensi.
 Genomic Typing adalah proses menentukan perbedaan dalam susunan
genetik (genotipe) individu dengan memeriksa urutan DNA individu
menggunakan tes biologis dan membandingkannya dengan urutan individu lain
atau urutan referensi. Saat ini tipe genom mikroorganisme banyak digunakan di
beberapa penelitian mikrobiologi. Ahli taksonomi melakukan penelitian yang
bertujuan untuk menjelaskan dinamika evolusi atau hubungan filogenetik,
genetika populasi mikroorganisme, dan epidemiologi mikroba yang semuanya
mengandalkan data pengetikan genetik untuk diskriminasi antar genotipe. Jenis
mikroba yang berbeda-beda jelas mempengaruhi beberapa bidang penelitian
mikrobiologi terapan. Investigasi epidemiologi wabah penyakit menular dan
pengukuran keragaman genetik dalam kaitannya dengan sifat biologis yang
relevan seperti patogenisitas, resistensi obat, dan kapasitas biodegradasi adalah
contoh nyata. Keragaman di antara molekul asam nukleat memberikan informasi
dasar tentang pengetikan genom.

4.5.1.4. Pengetikan Fag

Pengetikan fag adalah metode yang digunakan untuk mendekteksi strain
tunggal bakteri,metode ini digunakan untuk melacak sumber wabah infeksi. Virus
yang menginfeksi bakteri disebut bakteriofag. dan beberapa di antaranya hanya
dapat menginfeksi strain tunggal bakteri. Fag ini digunakan untuk
mengidentifikasi berbagai jenis bakteri dalam satu spesies. Pengetikan fag
memerlukan penggunaan kumpulan standar fag yang berbeda.
 Dalam pengetikan fag, panel fag litik diinokulasi pada inokulum rumput
dari isolat yang sedang diselidiki. Fag yang mampu menimbulkan infeksi litik
pada isolat tersebut menghasilkan zona bening. Pola lisis digunakan untuk
menentukan jenis fag. Stafilokokus dapat diketik berdasarkan jenis fag dan
banyak rumah sakit mengembangkan sistem seperti itu ketika beberapa jenis
organisme menyebabkan infeksi yang mengancam jiwa. Stafilokokus diketik
untuk menentukan apakah isolat tersebut termasuk dalam jenis fag yang lebih
virulen sehingga dapat dilakukan pengendalian metode infeksi yang tepat.

4.5.1.5. ANTIBIOGRAM
Antibiotik merupakan obat yang banyak dipakai oleh infeksi yang
disebabkan oleh bakteri. Antibiotik tidak mutlak bisa membunuh semua bakteri,
hanya bakteri tertentu, ada bakteri lain yang kebal antibiotik (resistan), untuk itu
dibutuhkan adanya pengujian antibiotik pada organisme tertentu dengan bakteri
yang diisolasi untuk mendapatkan gambaran kecenderungan resistansi suatu
antibiotik.

 Apa itu Antibiogram?

Antibiogram adalah uji kepekaan antibiotik yang dilakukan oleh

laboratorium mikrobiologi untuk mencari kemungkinan antibiotik yang dapat
dipakai sebagai terapi. Antibiogram adalah sumber daya penting bagi profesional
perawatan kesehatan yang terlibat dalam memutuskan dan meresepkan terapi
antibiotik. Antibiogram didapat dari hasil pengujian laboratorium untuk
sensitivitas strain bakteri yang diisolasi terhadap antibiotik yang berbeda.

 Tujuan adanya penggunaan Antibiogram

 Membantu pemilihan antibiotik empiris sebelum didapatkan hasil kultur yang
akan menjadi acuan terapi definitive
 Mendapat gambaran kecenderungan terjadinya resistensi sebuah antibiotik.
 Memperlihatkan adanya kejadian luar biasa akibat infeksi bakteri.• Menjadi
panduan penyusunan formularium antibiotik di rumah sakit.

Berdasarkan penelitian di sejumlah rumah sakit di Indonesia;

a) Lebih dari 30% pasien di rumah sakit mendapat antibiotik, 60%-nya adalah untuk
pasien yang tidak terbukti mengalami infeksi bakteri.
 b) Sekitar 13-15% cara pemberian antibiotik adalah tidak tepat.
c) Tujuh puluh persen antibiotik yang digunakan berharga mahal, padahal
antibiotik dengan harga lebih murah masih dapat digunakan.
d) Dua puluh persen komplikasi dapat terjadi akibat penggunaan antibiotik, seperti:
toksisitas ginjal atau infeksi rumah sakit.

Untuk itu, diharapkan supaya tempat-tempat pelayanan medis, seperti rumah sakit, agar
memiliki laboratorium mikrobiologi untuk dapat menguji keresistenan terhadap antibiotik
sehingga tidak ada lagi penyalahgunaan pemakaian antibiotik.

4.5.1.6 Pengetikan Protein

Pengetikan protein bergantung pada perbedaan besar atau kecil dalam
kisaran protein yang dibuat oleh strain yang berbeda. Variasi jenis dan struktur
protein yang diekspresikan oleh bakteri dapat dideteksi dengan beberapa metode.
Protein, glikoprotein, atau polisakarida diekstraksi dari kultur strain
dipisahkan dengan elektroforesis gel natrium dodesil sulfat-poliakrilamida
diwarnai untuk dibandingkan dengan strain lain.

 Metode Imunoblotting

Produk yang dielektroforesis dipindahkan ke membran nitroselulosa dan

kemudian dipaparkan ke antiserum terhadap regangan spesifik. Antibodi yang terikat
kemudian dideteksi oleh anti-imunoglobulin berlabel enzim

4.5.2.1. Analisis Plasmid

Jumlah dan ukuran plasmid yang dibawa oleh suatu isolat dapat ditentukan
dengan membuat ekstrak plasmid dan dilakukan elektroforesis gel. Tetapi
reproduktifitas metode ini memiliki dampak lain. karena adanya plasmid
berbentuk molekul yang berbeda seperti supercoiled, nicked, atau linear ,yang
masing-masing bermigrasi secara berbeda pada elektroforesis.
4.5.2.2. Restriction Endonuclease Analysis (REA) of Chromosomal DNA
A restriction endonuclease enzymatically cuts DNA at a specific
nucleotide recognition sequence (Fig. 4.25). The number and sizes of restriction
fragments are influenced by the recognition sequence of enzyme and composition
of DNA. DNA bakteri dicerna dengan endonuklease menghasilkan ratusan
fragmen dengan panjang sekitar 0,5 hingga 50 kb dan dapat dipisahkan
berdasarkan ukurannya
menggunakan
elektroforesis gel
agarosa. Strain yang
berbeda dari spesies yang
sama memiliki profil
REA (analisis restriksi
endonuklease) yang
berbeda karena variasi
dalam urutan DNA
mereka.

4.5.2.3. Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) of Chromosomal DNA

PFGE adalah teknik yang mengatasi keterbatasan REA. Ini adalah variasi
elektroforesis gel agarosa di mana orientasi medan listrik melintasi gel berubah
secara berkala. Analisis RFLP DNA bakteri melibatkan pencernaan DNA genom
dengan enzim restriksi langka untuk menghasilkan fragmen besar yang relatif
sedikit. Fragmen restriksi kemudian difraksinasi ukurannya menggunakan PFGE,
yang memungkinkan pemisahan fragmen genom besar. Sidik jari DNA yang
dihasilkan yang diperoleh bergantung pada spesifisitas enzim restriksi yang
digunakan dan urutan genom bakteri. pendekatan baru yang menggabungkan
RFLP dengan ukuran fragmen DNA dengan flow cytometry untuk identifikasi
strain bakteri. Ukuran fragmen DNA dengan flow cytometry ditemukan lebih
cepat dan lebih sensitif daripada PFGE, dan teknik ini juga dapat digunakan untuk
otomatisasi.

4.5.2.6.Polimorfisme Panjang Pembatasan yang Diperkuat

AFLP menggabungkan kekuatan RFLP dengan metode PCR. Caranya
adalah dengan meligasi urutan pengenalan primer ( adaptor ) ke DNA yang akan
dicerna. DNA GEnom total dicerna = menggunakan dua enzim restriksi, yaitu
frekuensi pemotonga rata-rata frekuensi pemotongan lebih tinggi. Adaptor
nukleotida untai ganda biasanya diikat ke fragmen DNA yang berfungsi sebagai
tempat pengikatan primer untuk amplifikasi PCR. Penggunaan primer PCR yang
melengkapi adaptor dan urutan situs restriksi menghasilkan pola amplifikasi
spesifik regangan saat ini, AFLP sebagian besar telah digunakan dalam studi
klinis, tetapi aplikasinya berhasil untuk tipe strain, tipe antrain (Lb. acidophilus
kelompok dan Lb. johnsonii isolat juga telah dilaporkan.

4.5.2.7. Pendekatan PCR Lainnya

Pendekatan berbasi PCR kecuali RAPD dan AfLP telah dimanfaatkan,
pengetikan mokuler ( analisa resatriksi DNa riboaom yang diperkuat. PCR yang
telah terbukti menawarkan kekuatan diskriminatif yang tinggi untuk identifikasi.
PCR palindromik ekstragenik berulang (Rep-PCR), PCR prima rangkap tiga
(TAP-PCR).
4.5.2.8. Analisis Southern Blot dari RFL
Analisis Southern blot hanya mendeteksi fragmen restriksi
tertentu.Caranya adalah DNA dicerna oleh endonuclease fragmen dipisahkan
dengan elektroforesis gel, dan fragmen dipindahkan ke membran nitroselulosa.
Fragmen yang mengandung urutan tertentu kemudian dideteksi dengan probe
DNA berlabel. Variasi dalam jumlah dan ukuran fragmen yang terdeteksi disebut
sebagai pembatasan polimorfisme panjang fragmen ( RFLP).

4.6. Klasifikasi Mikroba Berdasarkan Karakteristik Fenotipik

Mikroorganisme dapat diklasifikasikan atau dibedakan satu sama lain,
dengan kemampuan untuk: tumbuh pada substrat yang berbeda dan / atau
produksi produk akhir yang berbeda, menghasilkan enzim tertentu, menggunakan
oksigen, menjadi motil. Taksonomi mikroba adalah cara dimana mikroorganisme
dapat dikelompokkan bersama. Ada sejumlah kriteria taksonomi yang bisa
digunakan. Misalnya, taksonomi numerik membedakan mikroorganisme, biasanya
bakteri, berdasarkan karakteristik fenotipiknya. Fenotipik adalah kemunculan
mikroba atau manifestasi dari karakter genetik mikroba.