BIOCHEMISTRY

& MOLECULAR
BIOLOGY

PROTEOMIK
 Integration of Omics
Genomics &
Proteomics Metabolomic
Genotype Transcriptomics

Integrated -omics
Bioinformatics,
Statistical approaches
Model &
Prediction
Biomarker
In vitro / In vivo Discovery Novel
cell-based assays
Network / Pathways
Prediction of
Health & Disease

Phenotype
 Apa itu PROTEOMICS ?
• Proteomik merupakan ilmu yang mempelajari tentang stuktur,
sifat dan fungsi protein pada suatu tingkat seluler dan jaringan.
• Sifat protein yang meliputi ekspresi, kuantitas, pasca translasi,
interaksi dengan protein lain, aktivitas dan sebagainya.
• Proteomik mengkaji proses pembentukan penyakit secara
integratif, proses seluler, dan hubungan berbagai macam
protein di dalam sel atau jaringan (Blackstock & Weir, 1999).
Proteomics
 PROTEOMICS
is inherently more challenging than genomics/transcriptomics

VS
Fungsi Protein
Biomarker

• Proteins are closer to the actual

disease process, in most cases, than
parent genes
• Proteins are ultimate regulators of
cellular function
• Most cancer markers are proteins
• The vast majority of drug targets are
proteins
 LUNG Ca
BIOMARKER DISCOVERY

Clinical Proteomics
 Virus HIV
• CRISPR (Clustered Regularly
Interspaced Short Palindromic
Repeats)
• CCR5 merupakan salah satu protein
permukaan sel yang memfasilitasi virus
HIV masuk ke dalam sel
CCR5
• Virus tidak bisa hidup dan protein
bereplikasi tanpa adanya sel inang
• Jika CCR5 tidak diekspresikan oleh
sel, maka, virus tidak akan bisa
masuk ke dalam sel dan tidak akan
bisa bereplikasi
• Penelitian yang ditujukan untuk
melawan virus HIV salah satunya
adalah memanipulasi gen pada sel
supaya tidak mengekspresikan
protein CCR5
 BERITA
INSPIRATIF

Gelatin merupakan salah satu bahan utama pembuatan

kapsul. Saat ini gelatin masih menjadi permasalahan ditinjau
dari aspek kehalalannya karena sebagian besar diperoleh dari
sumber non-halal. Salah satu sumber penghasil gelatin adalah
kolagen dari kulit dan tulang sapi atau babi. Metode analisis
sumber gelatin yang digunakan pada kapsul keras dengan
metode SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrilamide
Gel Elektrophoresis). Pita protein khas pada hasil SDS-PAGE
untuk sampel sapi adalah 140 kDa, sedangkan sampel babi
adalah 110 kDa.
 RIP
• RIP (Ribosome-Inactivating Protein) merupakan protein yang
terdistribusi luas pada tanaman tingkat tinggi yang digunakan oleh
tanaman untuk pertahanan diri dari gangguan dan penyakit
• RIP dapat digunakan untuk antikanker dan antivirus
• Contoh RIP adalah Ricin dari tanaman Ricinus communis L. (Jarak) dan
Abrin dari tanaman Abrus precatorius L. (Saga)
Analisis Protein
• Pemisahan Protein
– SDS PAGE
– 2D Gel Elektroforesis
– Fraksinasi peptida

• Identifikasi Protein
– Western Bloting
– Elisa / Imunohistokimia
– Spektrofotometri
 SDS-PAGE
• SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate-Poly Acrylamide Gel Electrophoresis) is
analytical technique to separate proteins based on their molecular weight
• SDS (Sodium Dodecyl Sulphate) is an anionic detergent that can form complexes
with protein through hydrophobic interactions and interacts with denatured
proteins to form a strongly negatively charged complex
 Prinsip
SDS PAGE
• Ukuran Protein dinyatakan
dalam daltons (Da) atau
kilodaltons (kDa)
• Dalton = atomic mass unit
Hasil Pemisahan Protein
menggunakan SDS-PAGE
 2D-gel
• Two-dimensional gel electrophoresis (2D gel) is the primary
technique to separates the complex mixture of samples using
two different properties of the proteins.
• In the first dimension, proteins are separated by the isoelectric
point and in the second dimension by the relative molecular
weight.
2D-gel
Isoelectric Point / Isoelectric Focusing (IEF)
Hasil Pemisahan Protein
menggunakan 2D-gel
 Western blotting
• Western blotting is a most common technique used to detect
specific proteins in biological samples. It utilizes simple
principles to separate proteins according to their size and to
bind them to a support allowing their detection with a specific
antibody.
ELISA
ELISA
 Hasil Deteksi Protein
menggunakan Western Blot
 SOAL DISKUSI
1. Sebutkan peran proteomik dalam bidang kesehatan !
2. Sebutkan keunggulan proteomik dibanding genomik !
3. a. Sebutkan fungsi SDS dan pemanasan pada tahap awal
persiapan sampel pada SDS-PAGE !
b. Bagaimanakah prinsip pemisahan/migrasi protein pada
stacking gel dan resolving gel ?
4. Buatlah skema pemisahan protein menggunakan 2D gel !
 Link Video
• Proteomik
https://www.youtube.com/watch?v=TWIYMvIyPJI&t=1s
• SDS-PAGE
https://www.youtube.com/watch?v=toPpdoBYPWo
https://youtu.be/RQ6ku-84mJs
• 2D gel
https://www.youtube.com/watch?v=uwVgfDOpdPI
• Western blotting
https://www.youtube.com/watch?v=qT_AqI-MKJc