presence and quantify them using a tool called the plaque assay
Bakteriofag juga disebut fag adalah virus yang secara khusus menginfeksi bakteri dan kami dapat
mengkonfirmasi keberadaan mereka dan mengukurnya menggunakan alat yang disebut uji plak
Bacteriophages infect their susceptible hosts by first attaching to the bacterial cell wall and injecting
their genetical material
Bakteriofag menginfeksi inangnya yang rentan dengan terlebih dahulu menempel pada dinding sel
bakteri dan menyuntikkan materi genetiknya
the they hijack the cell’s biosynthetic machinery to replicate their DNA and produce numerous prodigy
phage particle which they then release by lysing and killing the host’s cell
mereka membajak mesin biosintetik sel untuk mereplikasi DNA mereka dan menghasilkan banyak
partikel fag ajaib yang kemudian mereka lepaskan dengan melisiskan dan membunuh sel inang
This lytic activity is the basis of a widely used phage enumerating technique
Aktivitas litik ini adalah dasar dari teknik enumerasi fag yang banyak digunakan
Here a bacteriophage mi is first prepared in a molten nutrient broth containing low concentration agar.
Di sini bakteriofag mi pertama kali disiapkan dalam kaldu nutrisi cair yang mengandung agar-agar
konsentrasi rendah.
All bacteria used in the mix should be alive and actively dividing in the log phase of their growth, which
will ensure that a large percentage of the bacteria are viable and able to form a dense lawn around the
plaques.
Semua bakteri yang digunakan dalam campuran harus hidup dan aktif membelah dalam fase log
pertumbuhannya, yang akan memastikan bahwa sebagian besar bakteri dapat bertahan hidup dan
mampu membentuk rumput padat di sekitar plak.
Next this molten bacterial phage agar mix is spread over a more solid concentrated agar nutrient
medium which is already solidified on a petri dish
Selanjutnya campuran agar-agar fag bakteri cair ini disebarkan di atas media nutrisi agar-agar yang lebih
pekat yang sudah dipadatkan pada cawan petri
On incubation at room temperature the low concentration agar phage bacteria broth also solidifies to
form a soft agar overlay. Here the bacterial cells can derive addition nutrients from the bottom layer and
should rapidly multiply to produce a confluent lawn of bacteria
Pada inkubasi pada suhu kamar, kaldu bakteri fag agar konsentrasi rendah juga memadat untuk
membentuk lapisan agar yang lembut. Di sini sel-sel bakteri dapat memperoleh nutrisi tambahan dari
lapisan bawah dan harus berkembang biak dengan cepat untuk menghasilkan kumpulan bakteri yang
menyatu
Howerever as phage particles are also present in the soft layer, this will infect and replicate their genetic
material within the bacteria culminating in cell lyses which releases multiple progeny.
Namun karena partikel fag juga ada di lapisan lunak, ini akan menginfeksi dan mereplikasi materi
genetiknya di dalam bakteri yang berpuncak pada lisis sel yang melepaskan banyak keturunan.
These phage progeny then infect the neighboring cells as the semi solid state of the bacteria phage layer
restricts their movement to more distantly located host cells.
Keturunan fag ini kemudian menginfeksi sel tetangga karena keadaan semi padat dari lapisan bakteri fag
membatasi pergerakannya ke sel inang yang letaknya lebih jauh.
This cycle of infection and lyses continues over multiple rounds killing a large number of bacteria in a
localized area. The effect of the neighboring cells being destroyed is to produce a single circular clear
zone called a Plaque, which can be seen by the naked eye. Effectively amplifying the bacteria lytic
activity of the phage, and enabling their enumeration.
Siklus infeksi dan lisis ini berlanjut selama beberapa putaran membunuh sejumlah besar bakteri di area
lokal. Efek dari penghancuran sel-sel tetangga adalah untuk menghasilkan satu zona bening melingkar
yang disebut Plak, yang dapat dilihat dengan mata telanjang. Secara efektif memperkuat aktivitas litik
bakteri fag, dan memungkinkan pencacahan mereka.
The number of plaques on a petri dish are reffered to as plaque forming units or PFU’s and providing the
initial bacteriophage concentration was sufficiently dilute should directly correspond to the number of
infective phage particles in the original sample. This technique can also be used for characterization of
plaque morphology, to aid in identification of phage types, or to isolate phage mutans.
Jumlah plak pada cawan petri disebut sebagai unit pembentuk plak atau PFU's dan memberikan
konsentrasi awal bakteriofag cukup encer harus langsung sesuai dengan jumlah partikel fag infektif
dalam sampel asli. Teknik ini juga dapat digunakan untuk karakterisasi morfologi plak, untuk membantu
identifikasi jenis fag, atau untuk mengisolasi mutan fag.
IN THIS LAB YOU WILL LEARN HOW TO PERFORM THE PLAQUE ASSAY FOR ENUMERATING PHAGES
Using the T7 phage of E. Coli as an example
DI LABORATORIUM INI ANDA AKAN MEMPELAJARI CARA MELAKUKAN UJI PLAKAT UNTUK
ENUMERATING FAG
Menggunakan fag T7 dari E. Coli sebagai contoh
MEDIA PREPARATION
PERSIAPAN MEDIA
first identify a suitable medium for the culturing of the host bacterial cells and the bacteriophage
pertama-tama mengidentifikasi media yang cocok untuk kultur sel bakteri inang dan bakteriofag
Here Lysogeny broth or LB medium was used to culture E coli and the T7 phage.
Di sini kaldu Lysogeny atau media LB digunakan untuk membiakkan E coli dan fag T7.
Next take three clean glass bottles and label them with media name and then the first as LB-Broth,
second LB-Bottom Agar, and third with LB Top Agar.
Selanjutnya ambil tiga botol kaca bersih dan beri label dengan nama media dan kemudian yang pertama
sebagai LB-Broth, kedua LB-Bottom Agar, dan ketiga dengan LB Top Agar.
To avoid overflow use bottles which hold twice the final volume the media
If performing the assay in triplicate prepare double the amount of LB Bottom agar
Untuk menghindari meluap gunakan botol yang menampung dua kali volume akhir media
Jika melakukan pengujian dalam rangkap tiga, siapkan dua kali lipat jumlah agar LB Bawah
Now weigh out 4 gram of pre-formulated LB powder in three sets and then transfer one set of weighed
dried media into each bottle
Sekarang timbang 4 gram bubuk LB pra-formulasi dalam tiga set dan kemudian pindahkan satu set
media kering yang ditimbang ke dalam setiap botol
Then using a pH meter and constant stirring, bring the final pH to 7,4 through the addition of sodium
hydroxide or hydrochloric acid
Kemudian dengan menggunakan pH meter dan pengadukan konstan, bawa pH akhir menjadi 7,4 melalui
penambahan natrium hidroksida atau asam klorida
Repeat the water addition and pH adjustment for the other two remaining bottles as well
Ulangi penambahan air dan penyesuaian pH untuk dua botol lainnya juga
Now weigh out three gram of agar powder and add it to the second bottle to make a 1,5% bottom agar
Sekarang timbang tiga gram bubuk agar-agar dan tambahkan ke botol kedua untuk membuat agar-agar
bagian bawah 1,5%
Finally weigh one 1,2 gram of agar and add it to the third bottle to make the 0,6% LB Top agar
Terakhir timbang satu 1,2 gram agar-agar dan tambahkan ke botol ketiga untuk membuat agar-agar Top
0,6%
The broth condition in bottle one does not need an agar addition
Cap the bottle semi tightly and then sterilize the media by autoclaving at 121 oC for 20 minutes
Tutup botol setengah rapat kemudian sterilkan media dengan autoklaf pada 121 C selama 20 menit
suhu o
once complete, remove the media bottles from the autoclave and immediately twist the bottle caps to
close them fully to prevent contamination
setelah selesai, keluarkan botol media dari autoklaf dan segera putar tutup botol untuk menutupnya
sepenuhnya untuk mencegah kontaminasi
Keep the LB Broth and LB Top Agar media on the bench for later use
Simpan media LB Broth dan LB Top Agar di bangku untuk digunakan nanti
Place the LB Bottom agar to cool in a water bath that is preset to approximately 45 oC
Tempatkan agar LB Bottom agar dingin dalam penangas air yang disetel hingga sekitar 45 C o
When the LB Bottom Agar reaches approximately 45 oC, transfer it to the working bench
Selanjutnya tambahkan 450 L kalsium klorida satu moral steril ke dalam agar dasar cair untuk membuat
konsentrasi akhir 2,25 mM (CaCl – 2,25 mM)
Gently swirl the bottle to mix then set out seven clean petri dishes
Putar perlahan botol untuk mencampur lalu siapkan tujuh cawan petri bersih
Label each dish on the bottom with the media name and preparation date.
Beri label setiap hidangan di bagian bawah dengan nama media dan tanggal persiapan.
Then pour 15 mL of the bottom agar into each of the 7 petri dish
Allow the plates to set for a few hours or overnight at room temperature
Biarkan piring diatur selama beberapa jam atau semalaman pada suhu kamar
Once set, the culture plates can be stored at 4 o-C for several days if needed, upside down to minimize
condensation
Setelah ditetapkan, piring budaya dapat disimpan pada 4 C selama beberapa hari jika diperlukan, turun
o -
Transfer the petri dishes from the 4o-C refrigerator to a 37oC incubator one hour before the assay
Mentransfer piring petri dari 4 C kulkas ke 37 C inkubator satu jam sebelum pengujian tersebut
o - o
The day before the assay is to be performed the E. Coli should be cultured
Tempatkan bakteri untuk tumbuh semalaman dalam inkubator bergoyang yang diatur ke 37 C pada 160
o
rpm
Then on the day of the assay remove the bacterial culture from the incubator
If you are performing the assay in triplicate, prepare double the amount of this culture
Jika Anda melakukan pengujian dalam rangkap tiga, siapkan dua kali lipat jumlah budaya ini
Place these cells to grow into a shaking incubator set to 37 oC at 160 rpm
Tempatkan sel-sel ini untuk tumbuh menjadi inkubator goyang yang diatur ke 37 C pada 160 rpm
o
Next use a spectrophotometer to check when this culture reaches log phase growth, indicated by an
optical density of 0,5 to 0,7
Selanjutnya menggunakan spektrofotometer untuk memeriksa kapan kultur ini mencapai pertumbuhan
fase log, ditunjukkan dengan kerapatan optik 0,5 hingga 0,7
Once the OD reaches this level stop the incubation by transferring the cell culture to the bench.
Setelah OD mencapai tingkat ini, hentikan inkubasi dengan mentransfer kultur sel ke bangku.
Phage titers can vary exponentially accros different phage type and samples.
Titer fag dapat bervariasi secara eksponensial menurut jenis dan sampel fag yang berbeda.
So in order to count the effectively they should be diluted to generate a wide range of phage
concentrations
Jadi untuk menghitung secara efektif mereka harus diencerkan untuk menghasilkan berbagai
konsentrasi fag
On the day of the assay generate a series of phage dilutions ranging from one tenth to one millionth
concentrations following a 10-fold serial phage dilution technique
Pada hari pengujian, hasilkan serangkaian pengenceran fag mulai dari konsentrasi sepersepuluh hingga
sepersejuta mengikuti teknik pengenceran fag serial 10 kali lipat.
To obtain statistically siginificant and accurate data perform the serial dilution in triplicate
Untuk mendapatkan data yang signifikan dan akurat secara statistik, lakukan pengenceran serial dalam
rangkap tiga
Melt the solidified LB Top Agar using a microwave and then place it in a water bath that is preset at 45 oC
for 1 hour
Lelehkan LB Top Agar yang telah dipadatkan menggunakan microwave kemudian masukkan ke dalam
penangas air yang telah disetel pada 45 C selama 1 jam
suhu o
Media should be kept at 45oC higher temperature can kill bacteria, media solidifies at lower
temperature
Media harus disimpan pada 45 C yang lebih tinggi dapat membunuh bakteri, media membeku
suhu o
After 1 hour collect the petri dishes containing the bottom agar layer from the incubator
Setelah 1 jam kumpulkan cawan petri yang berisi lapisan agar bawah dari inkubator
Beri label pada pelat dengan konsentrasi fag dan tanggal pengujian
Label each test tube with the serial phage dilution number and designate one as control
Beri label setiap tabung reaksi dengan nomor pengenceran fag seri dan tentukan satu sebagai kontrol
When the LB Top Agar reaches 45oC transfer it to the working bench
Sekarang tambahkan 450 L 1 molar kalsium klorida ke 200 mL agar-agar untuk membuat konsentrasi
akhir 2,25
Next add 35 mL of LB Top Agar and 4 mL of bacterial suspension to a sterile conical tube
Selanjutnya tambahkan 35 mL LB Top Agar dan 4 mL suspensi bakteri ke dalam tabung kerucut steril
Gently swirl to evenly distribute the cells but avoid shaking to prevent foaming
Putar perlahan untuk mendistribusikan sel secara merata tetapi hindari gemetar untuk mencegah
berbusa
Now aliquot 5 mL of this bacteria top agar mix to each 7 test tubes
Sekarang alikuot 5 mL campuran agar-agar atas bakteri ini ke setiap 7 tabung reaksi
perform this step quickly as the media can quickly solidify at room temperature
lakukan langkah ini dengan cepat karena media dapat dengan cepat mengeras pada suhu kamar
Then transfer 100 µL of the serially diluted bacteriophage samples and control media which should be
simply media with no bacteriophage to the respectfully labeled test tubes
Kemudian pindahkan 100 L sampel bakteriofag yang diencerkan secara serial dan media kontrol yang
seharusnya merupakan media sederhana tanpa bakteriofag ke dalam tabung reaksi yang diberi label.
Evenly spread the mix throughout the whole surface by gently swirling the petri plate
Sebarkan campuran secara merata ke seluruh permukaan dengan memutar cawan petri secara perlahan
Once all of the petri plates are layered with the mix allow solidification of the top layer by incubating at
room temperature for 15 minutes
Setelah semua cawan petri berlapis dengan campuran memungkinkan pemadatan lapisan atas dengan
menginkubasi pada suhu kamar selama 15 menit
After completion of these steps, repeat the process for the second and then the third sets of the petri
dishes using the remaining two sets of phage dilutions.
Setelah menyelesaikan langkah-langkah ini, ulangi proses untuk set cawan petri kedua dan ketiga
menggunakan dua set pengenceran fag yang tersisa.
Seal each dish with parafilm and incubate at room temperature for 15 minutes
Tutup setiap cawan dengan parafilm dan inkubasi pada suhu kamar selama 15 menit
Place the culture plate upside down at a suitable temperature for 24 hours or until plaques develop
Tempatkan piring kultur terbalik pada suhu yang sesuai selama 24 jam atau sampai plak berkembang
Here plates were places in a 37 oC incubator for one day, a stimulating growth condition for E. Coli and
the T7 phage
Di sini piring ditempatkan dalam inkubator 37 C selama satu hari, kondisi pertumbuhan yang
o
Plaques will appear after 1 to days of incubation depending on the bacterial species incubation
conditions and the choice of medium
Plak akan muncul setelah 1 sampai hari inkubasi tergantung pada kondisi inkubasi spesies bakteri dan
pilihan media
Begin by checking the plates marked control and ensure that no plaques were formed in this plate. As
this would indicate viral contamination
Mulailah dengan memeriksa pelat bertanda kontrol dan pastikan tidak ada plak yang terbentuk di pelat
ini. Karena ini akan menunjukkan kontaminasi virus
To determine the phage titer in the original sample start with the plates containing the most diluted
phage sample first and count the plaques without removing the lids
Untuk menentukan titer fag dalam sampel asli, mulailah dengan pelat yang berisi sampel fag yang paling
encer terlebih dahulu dan hitung plaknya tanpa melepas tutupnya.
Some plates might have top many or too few plaques to be counted
Beberapa piring mungkin memiliki banyak atau terlalu sedikit plak untuk dihitung
RESULT
Next generate a table listing the plaque number values for the different dilutions and replicates
Selanjutnya buat tabel yang mencantumkan nilai nomor plak untuk berbagai pengenceran dan ulangan
Then calculate the mean plaque number values for the dilution plate that contained the ideal number of
plaque counts.
Kemudian menghitung nilai rata-rata jumlah plak untuk pelat pengenceran yang berisi jumlah ideal
jumlah plak.
in this example these were the average number of plaques formed in the 10 -3and 10-4 dilution plates
dalam contoh ini adalah jumlah rata-rata plak yang terbentuk pada pelat pengenceran 10 dan 10
-3 -4
Now adjust for phage dilution factor by dividing the obtained mean plaque values by the respective
phage dilution factors
Sekarang sesuaikan faktor pengenceran fag dengan membagi nilai rata-rata plak yang diperoleh dengan
faktor pengenceran fag masing-masing
mean
adjusted for phage dilution factor =
dilution factor
Here the averae number of plaques formed to the 10 -3and 10-4 dilution plate were devided by their
respective dilution factors to obtain the number of plaque forming units of PFU’s in 100 µL of phage
mixture
Di sini jumlah rata-rata plak yang terbentuk pada pelat pengenceran 10 dan 10 dibagi dengan faktor
-3 -4
pengencerannya masing-masing untuk mendapatkan jumlah unit pembentuk plak PFU dalam 100 L
campuran fag
to convert the value to PFU per mL multiply the generated values by 10 as only 100 µL of phage dilution
mix was used during the bacteriophage overaly preparation step producing an additional dilution factor
of 10
untuk mengubah nilai menjadi PFU per mL kalikan nilai yang dihasilkan dengan 10 karena hanya 100 L
campuran pengenceran fag yang digunakan selama langkah persiapan menyeluruh bakteriofag
menghasilkan faktor pengenceran tambahan 10
Finnaltu calculated the average of the values obtained from the different dilution plates. This will give
the average number of PFU’s per mL
The number of PFUs corresponds to the number of infective phage particles in original sample
PFU
Mean = 15 x 106
mL
Finnaltu menghitung rata-rata nilai yang diperoleh dari pelat pengenceran yang berbeda. Ini akan
memberikan jumlah rata-rata PFU per mL
Jumlah PFU sesuai dengan jumlah partikel fag infektif dalam sampel asli
Rata-rata = 15 x 10
6
Starter dibuat dua atau awal isolasi bakteriofag inang dalam kondisi fresh starter awal 24 jam nanti
dibuat starter dua yang diukur nilai OD nya sudah mencapai fase log
bakteriofag bisa diisolasi dari kotoran ayam 10 gram dimasukkan ke dalam 100 mL SM buffer
didapatkan filtrat
Kultur salmonella awal fase log ditambahkan ke dalam 3 mL 0,6% ditambahkan filtrate bakteriofag yang
didapatkan tadi
setelah terbentuk plaque diambil satu kemudian dimasukkan ke dalam 10 ml Sm Buffer yang sudah
ditambahkan 2 tetes kloroform
PEMBUATAN MEDIA LB
membuat 3 media
LB
Tahap penambahan agar untuk pembbuatan bottom agar dan top agar
Media dimasukkan ke dalam water bath untuk menurunkan suhu menjadi 45 derajat
Penambahan CaCL 1 mola berfungsi untuk menstabilkan proses absorbs bakteriofage meninkatkan
jumlah plaque yang terbentuk dimedia double layer
E.coli
Tujuan dari kltur sel inag untu mendapatkan bakteri awal fase log kode o, 5 -0,7 yang siap untuk
dijadikan inang
DILUSI BAKTERIOPHAGE
menggunakan media SM buffer degan dilusi 10 1-10-6
Top agar dimasukkan ked alam tabung sentrifuse kemudian ditambahkan bakkteri inang yang sudah
diuuukur nilai OODnya
DPndahkan ke dalam tabung sentrifuse lain yang kemudian ditambahkan 100 mikrolit baktteriofag dri
stiap pngenceran.
10 1 10 6