Laporan Praktikum Hari, tanggal : Rabu, 15 September 2021

Agro-Eko Biologi Tanah Dosen : Indri Hapsari Fitriyani, S.P, M.Si

Asisten Praktikum :
1. Angelin Septitania Sirait (A14170005)
2. Dede Risna Ayu Ajhari (A14180013)
3. Anra Talpa (A14190065)

PENGAMATAN MORFOLOGI SEL BAKTERI DAN FUNGI

SERTA HIFA DAN SPORA MIKORIZA SP. DENGAN
MENGGUNAKAN MIKROSKOP

Nama : SHAFA SALSABILA LESMANA

NIM : A1401201024
Kelompok :1
Hari Praktikum : Rabu

DIVISI BIOTEKNOLOGI TANAH

DEPARTEMEN ILMU TANAH DAN SUMBERDAYA LAHAN
FAKULTAS PERTANIAN
IPB UNIVERSITY
2021
 I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Mikroorganisme yang berada di alam mempunyai morfologi, struktur dan sifat-
sifat yang khas. Mikroorganisme tanah dapat dikelompokkan menjadi bakteri,
actinomycetes, fungi, alga, dan protozoa. Setiap tanah mempunyai populasi
organisme yang berbeda-beda. Berbagai populasi dan habitat dalam tanah sama-
sama membentuk sebuah ekosistem. Pada suatu ekosistem tanah, berbagai mikroba
berusaha bertahan hidup dengan berkompetisi dalam memperoleh ruang, O2, hara,
H2O, dan kebutuhan hidup lainnya. Pada umumnya, bakteri berbentuk kokus,
batang, dan spiral. Mengamati sel bakteri dalam keadaan hidup cukup sulit diamati,
bukan hanya karena ukurannya yang sangat kecil, tetapi juga karena warna selnya
yang transparan.
Bakteri mempunyai beragam karakteristik yang berbeda. Oleh karena itu,
didalam proses mempelajari dan memahami bakteri diperlukan identifikasi.
Identifikasi dilakukan dengan mencari ciri pada organisme yang belum diketahui
kemudian dibandingkan. Bakteri dapat ditemukan di mana saja karena dapat
menyesuaikan diri di berbagai lingkungan dan bisa menggunakan berbagai sumber
karbon untuk menghasilkan energi. Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan
kontras dengan air. Salah satu cara untuk mengamati bentuk sel bakteri sehingga
mudah untuk diidentifikasi ialah dengan metode pengecatan atau pewarnaan. Hal
tersebut berfungsi untuk mengetahui sifat fisiologisnya yaitu mengetahui reaksi
dinding sel bakteri melalui serangkaian pengecatan. Selain itu, tujuan dari
pewarnaan yaitu untuk memudahkan pengamatan bakteri dengan mikroskop,
memperjelas ukuran dan bentuk bakteri, melihat struktur luar dan dalam seperti
dinding sel dan vakuola, serta meningkatkan kontras mikroorganisme dengan
sekitarnya. Penggolongan bakteri dibagi berdasarkan bentuk tubuhnya,
kedudukan flagela pada selnya, pewarnaan Gram (Gram strain), kebutuhan
oksigen dan cara memperoleh makanan (bahan organik).
Teknik pewarnaan pada bakteri dapat dibedakan menjadi empat macam yaitu,
pengecatan sederhana, pengecatan negatif, pengecatan diferensial dan pengecatan
struktural. Salah satu teknik pewarnaan yang sering digunakan yaitu, pewarnaan
gram. Pewarnaan ini diciptakan pertama kali oleh ahli bakteriologi yang bernama
Christian Gram pada tahun 1884. Menurut Reece et al. (2014), penggolongan
bakteri berdasarkan pewarnaan gram dibagi menjadi dua yaitu, bakteri gram
positif (ungu) dan bakteri gram negatif (merah muda). Bakteri gram positif
memiliki dinding sel lebih sederhana dan banyak mengandung peptidoglikan,
sedangkan bakteri gram negatif memiliki dinding sel lebih kompleks dengan
peptidoglikan lebih sedikit. Perbedaan susunan dinding selnya, menyebabkan
bakteri memiliki sifat ketahanan yang berbeda terhadap panas dan senyawa-
senyawa antibiotika. Gram positif warnanya violet (ungu) karena mengikat zat
warna utama kristal violet, sedangkan Gram negatif berwarna merah jambu karena
melepaskan zat warna utama dan menangkap zat warna penutup fuchsin. Dengan
demikian, perlunya praktikum mengenai morfologi bakteri dan fungi dapat
menambah pengetahuan terakit morfologi mikrob dengan cara mikroskopis.

1.2 Tujuan:
Praktikum ini bertujuan mengamati morfologi sel bakteri dan fungi dengan
menggunakan mikroskop.
 II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Morfologi
Menurut Nurhidayanti et al. (2015), pengamatan morfologi terbagi dua yaitu,
meliputi pengamatan morfologi sel dan pengamatan morfologi koloni. Pengamatan
morfologi sel secara mikroskopik dilakukan pada saat pewarnaan gram, sedangkan
pengamatan morfologi koloni dilakukan setelah mendapatkan biakan murni.
Pengamatan ini meliputi warna, permukaan koloni (halus, kasar), bentuk (form),
tepian koloni (margin), dan elevasi. Pengamatan morfologi mikrob tanah salah
satunya pada bakteri dan fungi perlu dilakukan dengan mengamati hifa, warna dan
bentuk spora serta ada tidaknya sekat pada hifa. Bentuk bakteri yang ada di alam
bisa berupa kokus, spiral, basil (batang) maupun koma yang membentuk suatu
koloni. Elevasi pada bakteri dan fungi dapat dilihat dari isolatnya, biasanya
berbentuk datar, cekung, cembung, pulvinate, umbanate atau plateau. Bentuk
koloni bakteri dan fungi bisa irregular, regular, bulat (circular) atau rhizoid
(Sabdaningsih et al. 2013).

2.2 Mikrob tanah

Bakteri merupakan mikroorganisme bersel tunggal dengan konfigurasi selular
prokariotik yang khas, uniseluler dan tidak mengandung struktur yang terbatasi
membran di dalam sitoplasmanya (Saragih 2014). Fungi merupakan
mikroorganisme eukariotik yang tidak dapat membuat makanan atau nutrisinya
sendiri sehingga bersifat heterotroph, nutrisi yang dibutuhkan fungi berupa
senyawa organic seperti nitrogen, karbon dan fosfat (Fajriyanti 2020). Fungi
banyak kita temukan disekitar kita. Fungi tumbuh subur terutama di musim hujan
karena fungi menyukai habitat yang lembap. Beberapa ahli mikologi membagi
fungi menjadi dua kelompok berdasarkan bentuk tubuhnya, yaitu kapang (mold)
dan khamir (yeast). Kebanyakan fungi masuk dalam kelompok kapang. Tubuh
vegetatif kapang berbentuk filamen panjang bercabang yang seperti benang disebut
hifa. Hifa akan memanjang dan menyerap makanan dari permukaan substrat
(tempat hidup fungi), sedangkan fungi dalam kelompok khamir bersifat uniseluler
(berinti satu), bentuknya bulat atau oval (Medhy 2013). Identifikasi bakteri dapat
dilakukan dengan dua cara baik secara morfologi ataupun secara fisiologi,
identifikasi yang dilakukan secara morfologi dapat meliputi bentuk koloni, struktur
koloni, bentuk sel, ukuran sel, dan pewarnaan bakteri. Pengamatan morfologi
kemudian dapat dibagi lagi menjadi dua yaitu pengamatan secara makroskopis dan
mikroskopis, pengaman makroskopis dilakukan dengan cara mengamati
mikroorganisme pada bagian-bagian yang nampak dan dapat dilihat dengan mata
telanjang, sedangkan pengamatan mikroskopis digunakan pada saat ingin
mengamati pergerakan, dan pembelahan secara biner, mengamati bentuk dan
ukuran sel yang alami, yang pada saat mengalami fiksasi panas serta selama proses
pewarnaan.

2.3 Agar miring

Artama (2011) menyatakan, agar miring merupakan salah satu bentuk medium
yang digunakan untuk membiakkan mikroba, terutama yang bersifat aerobik dan
anaerobik fakultatif. Ciri-ciri kultur termasuk pembentukan warna dan bentuk
pertumbuhannya dapat segera diamati pada agar miring. Inokulasi mikroba pada
agar miring dapat dilakukan dengan cara menggoreskan (streak) secara zig-zag
pada permukaan agar miring menggunakan jarum ose yang bagian atasnya
dilengkungkan, atau menusukkan loop pada bagian tengah tabung (stab). Cara
penusukan (stab) yang juga dilakukan pada agar tegak digunakan untuk
menstimulir pertumbuhan mikroba dalam keadaan kekurangan oksigen atau
anaerobik.

2.4 Mikoriza sp.

Tanah sebagai tempat tumbuh tanaman perlu dijaga kelestariannya karena di
dalam tanah, terutama daerah rhizosfer tanaman banyak jasad mikro yang berguna
bagi tanaman. Fungi merupakan mikroorganisme yang memiliki banyak sel
(multiseluler) yang umumnya berbentuk sepeti kapas sehingga mudah diamati
dengan mata. Strukturnya yang menyerupai kapas ini disebut miselium yang
tersusun oleh benang-benang atau filamen yang disebut hifa. Jika diamati di bawah
mikroskop hifa ada yang memiliki dinding pembatas (septat) dan yang tanpa
dinding pembatas (non septat). Salah satunya fungi yang akan dibahas dalam
praktikum kali ini adalah Mikoriza sp.
Mikoriza berasal dari bahasa Yunani yaitu mykes yang artinya cendawan, dan
rhiza artinya akar, sehingga secara harfiah berarti cendawan akar. Mikoriza dapat
berkolonisasi dan berkembang secara simbiosis mutualisme dengan akar tanaman,
sehingga dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman, serta membantu menekan
perkembangan beberapa patogen tanah. Infeksi mikoriza dapat meningkatkan
pertumbuhan tanaman dan kemampuannya memanfaatkan nutrisi terutama unsur P,
Ca, N, Cu, Mn, K, dan Mg (Pulungan 2015). Hal ini disebabkan oleh kolonisasi
mikoriza pada akar tanaman dapat memperluas bidang serapan akar dengan adanya
hifa eksternal yang tumbuh dan berkembang melalui bulu akar (Sari dan
Ermavitalini 2014).
Bagi fungi mikoriza, hifa eksternal berfungsi mendukung fungsi reproduksi
serta untuk transportasi karbon serta hara lainnya kedalam spora, selain fungsinya
untuk menyerap unsur hara dari dalam tanah untuk digunakan oleh tanaman. Tanah
yang subur ditentukan oleh adanya hubungan yang saling menguntungkan antara
akar dan cendawan yang biasa disebut dengan mikoriza. Mikoriza adalah
sekelompok fungi tanah yang bersimbiosis saling menguntungkan dengan akar
tanaman atau pohon, agar fungi ini mendapat pasokan gula cair dari tanaman, dan
sebaliknya fungi ini menukarkannya dalam bentuk air dan unsur hara yang
diperlukan untuk pertumbuhan tanaman. Hubungan asosiasi simbiotik antara
mikoriza dan akar tanaman banyak ditemui dilingkungan alami dan dapat
menghasilkan berbagai keuntungan untuk tanaman inang. Manfaat mikoriza pada
pertumbuhan tanaman yaitu dapat mempercepat pertumbuhan tanaman,
meningkatkan penyerapan unsur hara, meningkatkan ketahanan tanaman terhadap
kekeringan dan kelembaban dan dapat mencegah terjadinya serangan pada tanaman
(Kurnia et al. 2019).

2.5 Pewarnaan Gram

Pada umumnya sebelum bakteri diwarnai perlu dilakukan fiksasi. Fungsi
fiksasi, antara lain untuk membunuh bakteri secara cepat dengan relatif tidak
menyebabkan perubahan bentuk dan struktur bakteri, melekatkan bakteri di atas
kaca objek, dan meningkatkan sifat afinitas pewarna. Cara fiksasi yang paling
sering dilakukan dalam pewarnaan bakteri dengan metode pewarnaan Gram.
Pewarnaan gram merupakan salah satu prosedur yang amat penting dan paling
banyak digunakan dalam klasifikasi bakteri. Pewarnaan ini memiliki kemampuan
dalam membedakan suatu kelompok bakteri tertentu dari kelompok lainnya.
Pewarnaan Gram temasuk pewarnaan diferensial, karena dapat membedakan
bakteri yang bersifat Gram positif dari Gram negatif. Bakteri Gram positif dapat
menahan pewarna primer sampah tahap akhir pewarnaan Gram Sel tampak
berwarna ungu, sedangkan Bakteri Gram negatif akan kehilangan pewarna primer
pada saat pembilasan dengan alkohol 95% dan akan menyerap pewarna tandingan
safranin yang berwarna merah. Teknik dalam melihat morfologi bakteri. Hasil
pewarnaan akan menunjukkan bakteri gram positif setelah pengecatan berwarna
ungu dan bakteri gram negatif akan kembali tidak berwarna setelah dekolorisasi
dan warnanya sesuai zat kontras yang diberikan setelah dekolorisasi (Putri et al.
2018).
 III METODE

3.1 Alat dan Bahan

A. Pembuatan Preparat (Metode Pewarnaan)
Alat dan Bahan :

1. Kaca Preparat 3. Pipet 2. Bunsen

4. Mikroskop 5. Larutan kristal violet 6. Larutan iodin

7. Alkohol 96% 8. Safranin 9. Aquades

10. Sediaan bakteri

 B. Pembuatan Preparat Fungi
1. Persiapan biakkan murni
Alat dan Bahan :

1. Jarum ose steril 2. Kapas 3. Tabung reaksi

4. Lampu bunsen 5. Cawan petri berisi 6. Media agar miring

isolat fungi (praktikum
sebelumnya)

2. Pembuatan preparat dari biakkan murni

Alat dan Bahan :

1. Jarum ose steril 2. Kaca preparat 3. Cover glass

4. Biakkan murni fungi 5. Aquades

 3. Pembuatan preparat untuk mengamati morfologi fungi Mikoriza sp.
Alat dan Bahan :

1. Kaca preparat 2. Cover glass 3. Gunting

5. Kutek bening 6. Sampel akar tanaman

4. Pinset
terinfeksi fungi
Mikoriza sp. yang telah
dilakukan pewarnaan
(pewarna biru)

4. Penyaringan spora Mikoriza sp. untuk diamati di mikroskop

Alat dan Bahan :

1. Sekop 2. Ember/wadah/gelas
3. Pengaduk
piala

4. Saringan bertingkat 5. Cawan petri 6. Sampel tanah sekitar 7. Air

(ukuran 250 𝜇m, 125 𝜇m dan perakaran tanaman
63 𝜇m)
 3.2 Prosedur
3.2.1 Prosedur Pembuatan Preparat (Metode Pewarnaan)

Buatlah sediaan pada objek Sesudah didinginkan, Buang zat warna,

gelas, keringkan dan tuang dengan larutan kemudian bubuhi dengan
difiksasi sebanyak 3× di kristal violet dan dibiarkan larutan iodin dan
atas api bunsen selama 5 menit didiamkan kira-kira selama
1-3 menit

Bubuhi dengan cat Bilaslah dengan aquadest,

Bilaslah dengan aquadest penutup (counter stain) lalu semprotkan alkohol
larutan safranin, 96% sampai warna kristal
kemudian didiamkan violet tidak luntur lagi
selama 1-2 menit

Lalu, diamati dengan

menggunakan mikroskop
 3.2.2 Prosedur Pembuatan Preparat Fungi
3.2.2.1 Persiapan biakkan murni

Pertama-tama ambil cawan

Satu macam fungi diambil
petri yang berisi beberapa
dengan menggunakan jarum
bentuk dan warna
ose steril, (yang telah dipanasi
hifa/miselium fungi dari hasil
di atas lampu bunsen selama
isolasi, kemudian tempatkan
beberapa detik)
pada laminar air flow (LAF)

Selanjutnya, gores isolat

Buka kapas pada media
pada media agar miring
agar miring, dan ujung-
di dalam laminar air
ujungnya dipanasi dengan
flow (LAF)
lampu bunsen

Tutup kembali agar miring

dengan menggunakan kapas,
simpan dalam laminar air
flow (LAF). Hasilnya adalah
biakkan murni fungi
3.2.2.2 Pembuatan preparat dari biakkan murni

Ambil hasil tumbuh fungi Ambil dengan jarum ose steril

dalam media agar miring
(biakkan murni fungi), bisa
spora, miselium atau
gabungannya. Lalu, dijadikan
preparate fungi.
hasil tumbuh fungi dalam
media agar miring, masukkan
ke dalam preparat sebanyak 1-2
tetes aquades dan ditutup
dengan cover glass

Amati dibawah mikroskop

bentuk morfologi fungi
3.2.2.3 Prosedur Pembuatan preparat untuk mengamati morfologi fungi
Mikoriza sp.

Potong akar hingga Tutup potongan akar dengan

berukuran 1-2 cm, kemudian menggunakan cover glass
diletakkan di atas kaca yang pinggirnya diolesi
preparat dengan kutek bening

Selanjutnya, amati bentuk

morfologi fungi Mikoriza sp.
dibawah mikroskop. Setelah
diamati bentuk morfologinya
berupa hifa, vesikel, dan
arbuskula pada potongan akar
tersebut
3.2.2.4 Prosedur pembuatan preparat untuk mengamati morfologi fungi
Mikoriza sp.

Amati sampel tanah Masukkan sampel tanah

disekitar perakaran ke dalam ember yang
tanaman berisi air, lalu aduk

Kemudian, saring larutan

tanah dan semprotkan air Diamkan beberapa saat,
pada partikel yang agar partikel besar
tertahan di saringan untuk mengendap
dimasukkan ke dalam
cawan petri

Amati cawan petri di

bawah mikroskop
 IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Metode yang digunakan
Sebelum dilakukan pewarnaan maka sel-sel bakteri harus terlebih dahulu
difiksasi pada gelas objek. Jika sel-sel tidak difiksasi pada gelas objek maka lapisan
sel yang akan diwarnai dapat tercuci selama prosedur pewarnaan. Fiksasi adalah
membunuh bakteri dan membuat sel-sel bakteri tersebut melekat pada gelas objek.
Prosedur yang sering dilakukan terdiri dari penyebaran kultur mikroba pada gelas
objek sehingga terbentuk lapisan sel yang tipis, pengeringan di udara terbuka, dan
fiksasi secara singkat di atas nyala api. Jika kultur diambil dari medium cair maka
penyebaran dapat langsung dilakukan di atas gelas objek yang bersih menggunakan
loop. Tetapi, jika kultur diambil dari agar padat maka sebelumnya di atas gelas
objek harus diberi setetes air, kemudian kultur diambil sedikit dengan ujung loop
yang telah dipijarkan, dan diratakan di atas gelas objek sehingga terbentuk lapisan
tipis. Kesalahan yang sering dilakukan adalah pengambilan kultur yang terlalu
banyak dari agar padat, sehingga akan terbentuk lapisan sel yang terlalu tebal pada
gelas objek. Keadaan ini akan menghasilkan pewarnaan yang kurang baik, terutama
jika di dalam prosedurnya diperlukan tahap pencucian zat warna
(destaining/decolorizing). Dengan adanya sel-sel bakteri yang tebal dan
bertumpuk-tumpuk, sebagian zat warna akan sukar dicuci, dan tetap tertinggal di
antara atau pada sel-sel sehingga hal ini dapat menghasilkan analisa pengamatan
yang salah.
Dalam pewarnaan mikroba, dapat digunakan satu jenis zat warna. Cara ini
disebut pewarnaan sederhana, zat-zat warna yang bisa digunakan untuk pewarnaan
sederhana misalnya bila metilen, fueksen basa, atau violet kristal. Zat-zat warna
tersebut bekerja dengan baik dalam mewarnai bakteri karena zat-zat tersebut
mengandung gugusan fungsional yang dapat membentuk warna (khromofor) dan
bermuatan positif, zat-zat warna demikian disebut zat warna basa, zat-zat warna
yang mengandung kromofor yang bermuatan negatif (anion), disebut zat warna
asam, dan tidak dapat digunakan untuk mewarnai bakteri karena tidak dapat diikat
oleh sel bakteri. Bermacam-macam cara pewarnaan yang dilakukan untuk
mewarnai bakteri merupakan modifikasi atau gabungan dan cara pewarnaan
sederhana.

4.2 Prinsip pewarnaan Gram

Kurniati et al. (2018) menyatakan, pewarnaan Gram mula-mula dikembangkan
oleh seorang ahli histologi yang bernama Christian Gram (1884) yang kemudian
dikembangkan oleh ahli lain. Pewarnaan gram ini memiliki 4 prinsip, yaitu :
1. Pemberian pewarnaan bakteri utama (larutan crystal violet, yang berwarna
ungu).
2. Pengintensifan pewarna bakteri utama dengan menambahkan larutan
mordan.
3. Pencucian (dekolorisasi) dengan larutan alkohol.
4. Pemberian pewarna bakteri penutup (pewarna bakteri lawan), dengan
larutan safranin yang berwarna merah.
4.3 Pewarnaan pada bakteri dan fungi
(Hadioetomo 1990 dalam Kurniati et al. 2018), struktur sel bakteri dapat dilihat
dengan seksama dengan melakukan suatu pewarnaan. Biasanya pewarna yang
digunakan disebut pewarna sederhana. Pewarnaan ini merupakan cara pewarnaan
dengan menggunakan satu macam pewarna bakteri saja. Sebelum diwarnai,
suspense di fiksasi dahulu. Pewarnaan ini dipakai untuk melihat bentuk-bentuk
bakteri. Pewarna bakteri yang digunakan ialah methylene blue, gentians violet,
basic fuchsin atau safranin. Fungsi pewarnaan bakteri terutama memberi warna
pada sel atau bagian-bagiannya, sehingga menambah kontras dan tampak lebih
jelas. Sel-sel bakteri yang tidak diwarnai pada umumnya sukar diamati dengan
mikroskop cahaya biasa, karena sitoplasma sel mempunyai indeks bias yang hampir
sama dengan indeks bias lingkungannya yang bersifat cair. Pewama bakteri adalah
senyawa organik yang terdiri dari gugusan kromofor dan gugusan auksokrom yang
terikat dalam suatu cincin benzena. Gugusan kromofor yang memberikan warna
pada molekul pewarma, dan gugusan auksokrom yang memberikan disosiasi
elektrolit molekul pewama sehingga lebih mullah bereaksi.
Waluyo (2011) menyatakan, dalam pewarnaan gram digunakan beberapa larutan
seperti Gentian violet, iodine, alcohol asam dan Carbol fuchsin, akan tetapi zat
warna pada pewarnaan gram ada dua yaitu:
a. Gentian violet merupakan reagen yang berwarna ungu. Gentian violet ini adalah
pewarna primer (utama) yang akan memberi warna pada mikroorganisme target.
Gentian violet bersifat basa sehingga mampu berikatan dengan sel mikroorganisme
yang bersifat asam. Dengan perlakuan seperti itu, sel mikroorganisme yang
transparan akan terlihat berwarna (ungu)
b. Carbol fuchsin. merupakan reagen berwarna merah magenta ketika larut dalam
air. Dalam larutan bersama fenol (juga disebut asam karbolat) ia disebut carbol
fuchsin dan digunakan untuk untuk pewarnaan Ziehl-Neelsen dan pewarnaan gram.
Carbol fuchsin digunakan untuk mewarnai bakteri sebagai zat warna penutup
(counter stain) atau sebagai zat warna sekunder.

4.4 Pewarnaan Gram

Arini (2011), dalam pewarnaan gram diperlukan empat jenis larutan, yaitu
larutan zat warna basa, mordant, pencuci zat warna, dan satu zat warna lainnya
(counterstain) yang berbeda dari zat warna yang pertama. Mordant adalah suatu zat
yang dapat menaikkan afinitas atau pengikatan antara sel dengan zat warna.
Beberapa contoh mordant misalnya asam, basa, garam metal, dan yodium. Dengan
adanya mordant, zat warna akan lebih sukar tercuci. Pencuci warna digunakan
untuk menghilangkan zat warna dari sel bakteri. Beberapa sel bakteri lebih mudah
melepaskan zat warna daripada sel-sel lainnya. Dalam pewarnaan gram dan
pewarnaan diferensial lainnya, perbedaan dari bakteri disebabkan oleh perbedaan
dalam kecepatan melepaskan zat warna oleh sel. Zat warna kedua yang digunakan
setelah sel dicuci dengan larutan pencuci disebut “counter stain” yang berbeda
warnanya dari zat warna pertama. Sel-sel yang tidak dapat segera melepaskan zat
warna setelah pencucian akan tetap berwarna seperti zat warna pertama, sedangkan
sel-sel yang dapat segera melepaskan zat warna setelah pencucian akan mengikat
zat warna kedua. Dalam perwarnaan gram, mula-mula sel bakteri diwarnai dengan
zat warna basa yaitu violet kristal, diikuti perlakuan menggunakan suatu mordant
yaitu larutan yodium (lugol). Sel kemudian dicuci dengan alkohol untuk
menghilangkan violet kristal. Setelah dicuci dengan air, kemudian diwarnai dengan
“counter stain” yaitu safranin. Sel-sel yang tidak dapat melepaskan warna dan akan
tetap berwarna seperti warna kristal violet, yaitu biru-ungu disebut bakteri gram
positif sedangkan sel-sel yang dapat melepaskan violet kristal dan mengikat
safranin sehingga berwarna merah-merah muda disebut bakteri gram-negatif.

4.5 Bakteri Gram positif dan bakteri Gram negatif

Secara umum jenis bakteri secara Gram dapat dibedakan menjadi dua, yaitu
gram positif dan gram negatif. Bakteri yang mempunyai Gram negatif mempunyai
zat lipid yang sangat mudah larut selama pencucian dengan menggunakan alkohol,
sehingga pori yang ada pada dinding sel membesar sehingga menyebabkan
permeabilitas pada dinding sel menjadi besar, dan zat warna yang diserap menjadi
mudah untuk dilepaskan sehingga bakteri menjadi tidak berwarna, sedangkan
bakteri Gram positif mempunyai sifat yang berbeda dibandingkan dengan bakteri
Gram negatif, dimana bakteri Gram positif pada saat proses pencucian dengan
alkohol mengalami denaturasi protein pada dinding selnya, sehingga menyebabkan
proteinnya menjadi keras, kaku dan porinya menjadi kecil sehingga kurang
mempertahankan permeabilitas.
Bakteri gram positif dan gram negatif memiliki struktur yang berbeda,
Perbedaan dari kedua bakteri ini adalah dari struktur dinding selnya. Dinding sel
bakteri gram positif terdiri dari lapisan peptidoglikan homogen dengan ketebalan
sekitar 20-80 nm yang terletak di luar lapisan membrane plasma. Sementara dinding
sel bakteri gram negatif ketebalan lapisan peptidoglikannya antara 2-7 nm dan
dilapisi oleh membran luar dengan ketebalan 7-8 nm. Dengan begini bakteri gram
positif karena memiliki peptidoglikan yang lebih tebal dibandingkan dengan bakteri
gram negatif (Waluyo 2011).

4.6 Identifikasi dan karakterisasi Mikoriza sp.

Mikoriza merupakan suatu bentuk hubungan simbiosis mutualisme antara
cendawan dan perakaran tumbuhan tingkat tinggi. Simbiosis ini terjadi saling
menguntungkan (mutualisme), cendawan memperoleh karbohidrat dan unsur
pertumbuhan lain dari tanaman inang, sebaliknya cendawan memberi keuntungan
kepada tanaman inang, dengan cara membantu tanaman dalam menyerap unsur hara
terutama unsur P. Pengamatan spora Mikoriza sp. dilakukan untuk mengidentifikasi
beberapa morfologinya, seperti identifikasi spora Mikoriza untuk penentuan genus
spora dengan cara pengamatan morfologi warna, bentuk, ukuran, hifa dan ornamen
spora yang dilakukan terhadap akar tanaman pada bagian ujung, pangkal,
pertengahan, ujung percabangan, dan pangkal percabangan (Kurniati et al. 2019).
Menurut Utobo et al. (2011) memang tidak semua jenis mikoriza mampu
membentuk struktur lengkap di dalam sel akar. Beberapa jenis mikoriza mungkin
dapat membentuk vesikula namun jenis lain tidak. Demikian pula dengan
percabangan hifa pembentuk sel auxiliary di dalam tanah. Identifikasi dengan
menggunakan morfologi merupakan jenis identifikasi yang umum digunakan.
Identifikasi ini merupakan dasar identifikasi mikoriza karena hifa dan organ-organ
lainnya seperti arbuskular dan vesikular tidak spesifik untuk setiap spesies.
Beberapa genus seperti Archaeospora tidak hanya membutuhkan karakteristik
morfologi tapi juga membutuhkan data sekuens.
 Tabel 1. Hasil Pengamatan morfologi sel bakteri dan fungi
Jenis Jenis Pengenceran Bentuk Gram Literatur
Tanah Mikrob (+/-)

Bakteri 10-6 Coccus -

Perbesaran : 400 ×
Sumber :
Tanah dari mycocosm.jgi.doe.gov
kebun

Fungi 10-5 Hifa

Bersekat

Sumber :
biodiversitas.mipa.uns.ac.id

Bakteri 10-6 Basil +

Tari dari
lapangan Sumber : jurnal.untan.ac.id
rumput

Fungi 10-5 Hifa

bersekat

Sumber : Researchget.net
 Bakteri 10-6 Basil -

Tanah di
bawah Sumber :
tumpukkan p2k.unhamzah.ac.id
sampah

Fungi 10-5 Hifa

Bersekat

Perbesaran : 1000 ×
Sumber :
mycology.adelaide.edu.au

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan yaitu mengamati morfologi sel

bakteri dan fungi secara mikroskopik. Media yang digunakan dalam praktikum ini
adalah media agar miring dengan menerapkan metode pewarnaan sederhana yaitu
pewarnaan Gram. Pewarnaan Gram ini bertujuan untuk membedakan fisiologis
bakteri Gram positif dan bakteri Gram negatif. Pengamatan dilakukan pada ketiga
jenis tanah dengan konsentrasi pengenceran yang berbeda. Hal ini sesuai dengan
literatur yang menyatakan bahwa, untuk bakteri digunakan pengenceran 10-6 dan
untuk fungi digunakan pengenceran 10-5. Jumlah koloni bakteri pada pengenceran
10-6 lebih stabil dibandingkan pada pengenceran 10-5 (Alfiyanti dan Putri 2020).
Data yang tersaji pada tabel 1 menunjukan bahwa, pada tanah kebun dengan
pengenceran 10-6, bakteri yang ditemukan berbentuk coccus serta termasuk ke
dalam bakteri Gram negatif. Susanti et al. (2017) menyatakan bahwa, koloni bakteri
berbentuk bulat memanjang dengan permukaan yang tidak teratur serta berwarna
kekuningan, putih, merah, coklat, dan lainnya. Hal ini sesuai dengan penelitian
yang dilakukan Prihanto et al. (2018), pengamatan pada tanah dari kebun terdapat
mikrob jenis bakteri dengan pengenceran 10-6, bentuknya coccus atau bulat, dengan
Gram negatif, terlihat berwarna merah, seperti dalam bahwa bakteri Gram negatif
akan memberikan warna merah setelah diberikan safranin karena lipid yang
terdapat di dalam pengamatan dinding selnya akan larut pada waktu pencucian
dengan alkohol, salah satu contohnya adalah Pseudomonas aeruginosa. Pada tabel
1 jenis tanah kebun, bakteri yang disajikan yaitu bakteri Sttachybotrys chartum
yang kerap disebut dengan Strachybotrys atra dengan perbesaran 400 ×. Pada
contoh tanah kebun juga terdapat fungi dengan pengenceran 10-5 dengan bentuk
morfologinya hifa bersekat dengan contoh funginya yaitu Sarocladium kiliense.
Pada tanah lapangan rumput dan tanah sampah terdapat bakteri berbentuk
basil atau batang memanjang dengan gram positif sehingga terlihat berwarna violet
atau ungu dilakukan pengamatan dengan menggunakan pengenceran 10-6
contohnya adalah Bacillus subtilis. Pada tabel disajikan gambar Bacillus sp.
sebagai bakteri Gram positif. Genus bacillus ini memiliki bentuk sel basil dengan
ukuran 0,5-2,5 x 1,2-10 μm. Bakteri ini memiliki endospora yang sehingga dapat
bertahan dalam segala jenis kondisi lingkungan seperti dari suhu, pH, dan tingkat
salinitas. Menurut penelitian Marista et al. (2013), kemampuannya dalam
membentuk endospora sangat menguntungkan baginya karena kondisi tanah dapat
berubah-ubah. Kelompok genus bacillus berdasarkan kebutuhan oksigennya dapat
digolongkan ke dalam kelompok aerob atau anaerob. Fungi yang terdapat pada
contoh tanah ini adalah fungi dengan hifa bersekat, dengan contoh funginya yaitu
Byssochlamys spectabilis (Paecilomyces variotii) yang berada di permukaan
bagian atas tanah (top soil).
Pada tanah sampah memiliki gram negatif dengan bakteri berbentuk basil
dengan gram negatif serta morfologi fungi berupa hifa bersekat. Berdasarkan hasil
literatur, tanah sampah mengandung bakteri penghasil lipase, karena
keberadaannya yang dekat dengan tempat penimbunan sampah, seperti makanan
yang membusuk dan limbah rumah tangga (Zulfan et al. 2013). Bakteri dengan
jenis terentu yang ditemukan pada tanah sampah diketahui mampu menjadi
dekomposer, contoh bakteri yang disajikan pada tabel yaitu Pseudomonas
aeruginosa. Bakteri ini memiliki aktivitas enzim amilase, selulase, dan protease
yang mampu berperan penting dalam mempercepat dekomposisi bahan organik.
Selain itu, mempunyai ciri morfologi koloni yang berbentuk tidak beraturan dan
populasinya menyebar, permukaan yang mengkilat, berukuran diameter 1,065 mm,
dan bentuk pada medium miring serupa dengan batang (Zahidah dan Shovitri
2013). Fungi yang disajikan pada tabel yaitu adalah fungi Acremonium dengan
perbesaran 1000 ×.
Perbedaan dari masing-masing mikrob salah satunya dari jenis Gram. Pada
bakteri dengan kelompok gram positif, warna yang ditampilkan adalah biru
keunguan karena menangkap zat warna utama kristal violet, sedangkan bakteri
dalam kelompok negatif berwarna merah muda. Hal ini disebabkan oleh pelepasan
zat warna utama dan penangkapan zat warna penutup safranin. Bentuk bakteri yang
dominan pada tiga tutupan lahan adalah kokus dan basil yang memiliki karakteristik
gram negatif. Hal ini sesuai dengan penelitian Fitri dan Yasmin (2011). Adanya
keragaman bentuk sel bakteri salah satunya karena adanya pengaruh lingkungan
atau habitat dari bakteri tersebut. Selain karena faktor lingkungan, adanya
keragaman bentuk bakteri dipengaruhi oleh usia bakteri dan faktor nutrisi yang
diperlukan untuk regenerasi bakteri dan juga terdapat faktor lain seperti pelunturan
warna, fiksasi, penggunaan counter stain, substrat, dan mengintensifikasi zat warna
(Hartanti 2020). Selain itu, bakteri Gram positif memiliki struktur dinding sel
dengan kandungan peptidoglikan yang tebal sedangkan bakteri Gram negatif
memiliki struktur dinding sel dengan kandungan lipid yang tinggi.
Praktikum kali ini mengamati morfologi hasil biakkan murni fungi dan
mengamati bagian akar yang terinfeksi fungi Mikoriza sp. Bagian akar yang paling
banyak terinfeksi mikoriza adalah bagian ujung cabang akar dan bagian yang paling
sedikit terinfeksi adalah pangkal akar. Infeksi yang dilakukan oleh fungi mikoriza
lebih banyak terjadi pada akar muda di belakang jaringan meristem. Akar muda
memiliki diameter yang lebih kecil dibandingkan dengan akar tua. Hal ini
dipertegas oleh pernyataan Puspitasari et al. (2012) yang menyatakan bahwa,
penetrasi hifa ditentukan oleh besar kecilnya diameter akar. Diameter yang besar
memiliki lapisan epidermis lebih tebal dan menyulitkan penetrasi hifa untuk masuk
ke dalam sel korteks. Media yang digunakan dalam pengamatan Mikoriza sp. adalah
media agar miring. Penggunaan media dalam agar miring ini bertujuan memperluas
goresan (streak) dan mengurangi zat kontaminan. Pengamatan morfologi Mikoriza
sp. diambil dari akar yang terinfeksi Mikoriza sp. dengan ditandai adanya vesikel,
arbuskula, dan hifa. Anggraeny et al. (2017) menyatakan bahwa, Mikoriza
mempunyai struktur yang terdiri dari hifa yang tidak bersekat, dan tumbuh diantara
sel korteks dan didalamnya bercabang, tetapi tidak masuk sampai jaringan stele
(silinder pusat, bagian terdalam dari akar), artinya mikoriza tidak sampai
menginfeksi bagian struktur dalam akar, tetapi hanya sampai bagian struktur luar
dari sistem perakaran. Dengan demikian, mikoriza tidak secara langsung membantu
pertumbuhan bagian tanaman yang spesifik, tetapi mikoriza merupakan
mikroorganime perantara pertumbuhan tanaman dengan menyediakan suplai untuk
mengambil nutrisi di dalam tanah yang biasanya tidak dapat dijangkau oleh
tanaman ketika tanpa adanya mikoriza. Selanjutnya, bagian tanaman yang memiliki
fungsi tersendiri yang mengalirkan dan meneruskan ke seluruh bagian tanaman
lainnya (Widayati 2013).
 V PENUTUP
5.1 Simpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa,
morfologi sel bakteri dan fungi dalam ketiga jenis tanah berbeda-beda
karakteristiknya yang dipengaruhi beberapa faktor yang berhubungan dengan sifat
fisiologisnya. Morfologi sel bakteri dan fungi dapat diamati secara mikroskopis.
Identifikasi morfologi sel bakteri dan fungi membantu pengklasifikasiannya
berdasarkan warna, bentuk, dan kandungan gram pada bakteri yang dipengaruhi
oleh sifat dari bakteri sendiri dan dinding sel pada bakteri. Membedakan
karakterisitik bakteri dapat memanfaatkan pewamaan Gram yang bertujuan
membedakan bakteri Gram positif dan bakteri Gram Negatif.

5.2 Saran
Saran untuk praktikum ini semoga kita dapat memahami atau mengerti
mengenai pengetahuan mendalam tentang biologi tanah. Sehingga kita
mendapatkan pengetahuan yang luas. Harapan saya dapat terjun langsung untuk
melakukan praktikum, namun jika tidak memungkinkan dapat melaksanakannya
secara offline dengan menyaksikan video tutorial untuk menunjang perkuliahan
serta mewakili informasi yang seharusnya didapatkan saat praktikum langsung di
laboratorium. Jika melakukan praktikum secara langsung yaitu dalam melakukan
prosedur praktikum alangkah lebih baik jika melakukannya dengan hati-hati,
dilakukan dengan steril, dari alat hingga lingkunganya. Tujuannya agar
mendapatkan hasil pengamatan yang baik dan tidak terkontaminasi sehingga
menendapatkan hasil yang sesuai dengan literatur lain, serta diperlukannya
penelitian yang lanjut mengenai mengindentifikasi morfologi bakteri dan fungi
guna menambah wawasan.
 DAFTAR PUSTAKA

Alfiyanti E, Putri DH. 2020. Precision of enumeration technique for count of the
number of bacterial cells with the spread plate method. Serambi Biologi
[diunduh 2021.09.14]; 5 (1): 7-10.
DOI: http://dx.doi.org/10.24036/5768RF00.
Anggraeiny Y, Nazip K, dan Santri DJ. 2017. Identifikasi fungi Mikoriza
Arbuskula (FMA) pada rhizosfir tanaman di kawasan revegetasi lahan
penambangan timah di Kecamatan Merawang Kabupaten Bangka dan
sumbangannya pada pembelajaran Biologi SMA. Prosiding Seminar
Nasional Pendidikan IPA. Palembang, Indonesia. Palembang: Smantic
Scholar. hlm 391-403.
Artama T. 2011. Dasar-dasar praktikum mikrobiologi. Jakarta (ID): Universitas
Terbuka.
Arini LDD. 2017. Pemanfaatan bakteri baik dalam pembuatan makanan
fermentasi yang bermanfaat untuk kesehatan. Jurnal Biomedika [diunduh
2021.09.14]; 10(1):1-11.
Fajriyanti AR. 2020. Penelusuran dan isolasi fungi tanah muara sungai desa
kilensari kecamatan panarukan serta skrining aktivitas antibakteri terhadap
Pseudomonas aeruginosa [skripsi]. Bogor (ID): Universitas Jember.
Fitri, L dan Y. Yasmin. 2011. Isolasi dan Pengamatan Morfologi Koloni Bakteri
Kitinolitik. Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi : Biologi Edukasi [diunduh
2021.09.15]; 3(2): 20- 25.
Hartanti DAS. 2020. Isolasi bakteri endofit pelarut fosfat pada tanaman padi Oryza
sativa. Jurnal Matematika dan Ilmu Pengetahuan [diunduh 2021.09.19];
13(1): 8-14. DOI: https://doi.org/10.36456/stigma.13.1.2417.8-14.
[INVAM] International Culture Collection of (Vesicular) Arbuscular Micorrhizal
Fungi. 2017. Arbuscular Mycorrhizal Fungi. West Virginia University.
Istigfainah L. 2018. Identifikasi dan karakterisasi Mikoriza pada tegangan Gmelina
arborea [skripsi]. Makassar (ID): Universitas Hasanuddin.
Jaelani, Irwan. 2014. Bakteri asosiasi pada Karang Pachyseris sp. yang terinfeksi
penyakit BBD (Black Band Disease) di perairan Pulau Barrang Lompo
[skripsi]. Makassar (ID): Universitas Hasanuddin.
Kurnia, Gusmiaty dan Larekeng SH. 2019. Identifikasi dan karakterisasi Mikoriza
pada tegakan nyatoh Palaqium sp. Jurnal Perennial [diunduh 2021.09.13].
15(1): 51-57. DOI: https://doi.org/10.24259/perennial.v15i1.6850.
Marista E, Khotimah S, Linda R. 2013. Bakteri pelarut fosfat hasil isolasi dari tiga
jenis tanah rizosfer tanaman pisang nipah (Musa paradisiaca var. nipah)
di Kota Singkawang. Jurnal Protobiont [diunduh 2021.09.18]; 2(2): 93-
101. DOI: http://dx.doi.org/10.26418/protobiont.v2i2.2749.
Nurhidayati S, Faturrahman, Ghazali M. 2015. Bakteri patogen yang bersosialisasi
dengan Kappaphycus alvarezii (Doty) bergejala penyakit ice-ice. Jurnal
 Sains Teknologi dan Lingkungan [diunduh 2021.09.12]; 1(2): 24-30.
DOI: 10.29303/jstl.v1i2.53.
Pulungan AS. 2015. Biodiversity of Mikoriza in Red Pepper Rhizosfer. Jurnal
Biosains [diunduh 2021.09.19]; 1(3):125-129
Putri YW, Putra AE, Utama BU. 2018. Identifikasi dan karakteristik bakteri asam
laktat yang diisolasi dan vagina wanita usia subur. Jurnal Kesehatan
Andalas [diunduh 2021.09.15]; 7(3): 20-25.
DOI: https://doi.org/10.25077/jka.v7i0.864.
Reece JB, Urry LA, Cain ML, Wasserman, SA, Minorsky P.V, Jackson RB.
2014. Campbell biology. Boston: Pearson.
Sabdaningsih A, Budiharjo dan Kusdiyantini E. 2013. Isolasi dan morfologi koloni
bakteri isolasi alga merah (Rhodophyta) dan Perairan Kutuh Bali. Jurnal
Akademika Biologi [diunduh 2021.09.15]; 2(2): 11-17.
Saragih D. 2014. Enumerasi bakteri di tanah gambut pada beberapa macam tipe
penggunaan lahan. [skripsi]. Riau (ID): Universitas Islam Negri Sultan
Sarif Kasim Riau.
Sari IJ, Putra AP, Hartono A, Tanzil AW, Wahyu D, Stefanie, Viktaria V, Yoshua,
Kantana N. 2017. Identifikasi jenis mikroorganisme pada tanaman kurma di
Kawasan Tangerang. Biospecies [diunduh 2021.09.19]; 10(2): 67-72.
Sari RR, Ermavitalini D. 2014. Identifikasi mikoriza dari lahan Desa
Cabbiya, Pulau Poteran, Sumenep Madura. Jurnal Sains dan Seni Pomits
[diunduh 2021.09.17]; 3(2): 67-70. DOI: 10.12962/j23373520.v3i2.6871.
Utobo, EB, E.N. Ogbodo, A.C. Nwogboga. 2011. Techniques for Extraction
and Quantification of Arbuscular Mycorrhizal Fungi. Jurnal Internasional
[diunduh 2021.09.15]; 2(2): 68-78/
Wardika CM, Hadisutrisno B dan Widada J. 2015. Potensi jamur mikoriza
arbuskular unggul dalam peningkatan pertumbuhan dan kesehatan bibit
tebu (Saccharum officinarum L.) Jurnal Ilmu Pertanian [diunduh
2021.09.18]; 18(2): 84-91. DOI: https://doi.org/10.22146/ipas.9088.
Waluyo, Lud. 2011. Mikrobiologi Umum. Malang (ID): UMM Press.
Widayati E. 2013. Pentingnya keragaman fungsional organisme terhadap
produktivitas lahan. Jurnal Tekno Hutan Tanaman [diunduh 2021.09.17];
6(1): 29-37.
Zahidah, D. dan Maya, S. 2013. Isolasi karakterisasi dan potensi bakteri aerob
sebagai pendegradasi limbah organik. Jurnal Sains dan Seni Pomits
[diunduh 2021.09.18]; 2(1): 2337-3520.
DOI: 10.12962/j23373520.v2i1.2589.
Zulfan S, Yepi K, Dedi A. 2013. Faktor Kontaminasi bakteri E.coli pada makanan
jajanan di lingkungan kantin sekolah. Jakarta (ID): Raja Grafindo
Persada.
 LAMPIRAN

Gambar 1. Salah satu bentuk Gambar 2. Struktur pembentuk Gambar 3. Endomikoriza

spora Mikoriza sp (Gigaspora) Mikoriza sp. perbesaran 400 x (Sumber : INVAM 2017)
(Sumber : Wardika et al. 2015) (Sumber : Istigfainah et al. 2018)

Gambar 4. Salah satu bentuk Gambar 5. Salah satu bentuk Gambar 6. Salah satu bentuk
spora Mikoriza sp. (Glomus) spora Mikoriza sp. (Paraglomus) spora Mikoriza sp. (Gigaspora)
(Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017)

Gambar 7. Salah satu bentuk Gambar 8. Salah satu bentuk Gambar 9. Salah satu bentuk spora
spora Mikoriza sp. (Scutellospora) spora Mikoriza sp. (Acaulospora) Mikoriza sp. (Entrophoospora)
(Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017)

Gambar 10. Salah satu bentuk spora Gambar 11. Salah satu bentuk spora Gambar 12. Salah satu bentuk spora
Mikoriza sp. (Archaeospora) Mikoriza sp. (Funneliformis) Mikoriza sp. (Ambispora)
(Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017)
Gambar 13. Salah satu bentuk spora Gambar 14. Salah satu bentuk spora
Mikoriza sp. (Septoglomus) Mikoriza sp. (Dentiscutata)
(Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017)

Gambar 15. Salah satu bentuk spora Gambar 16. Salah satu bentuk spora Gambar 17. Salah satu bentuk
Mikoriza sp. (Rhizophagus) Mikoriza sp. (Racocetra) spora Mikoriza sp. (Glomus)
(Sumber : INVAM 2017) (Sumber : INVAM 2017) (Sumber : Sari et al. 2017)