IDENTIFIKASI PATOGEN PADA TANAH DAN JARINGAN TANAMAN

BAWANG (Allium cepavar aggreratum)

Alfian Dwi Khoirul Annas
2018102003811033
alfiandwikhoirula033@gmail.com

Jurusan Agroteknologi, Fakultas Pertanian-Peternakan, Universitas Muhammadiyah Malang

(University Muhammadiyah Malang), Jl Raya Tlogomas No. 246, Malang, Jawa Timur, Indonesia

ABSTRAK
Penyebab munculnya penyakit tanaman secara garis besar dibagi menjadi 3 golongan
pathogen utama, yaitu jamur (cendawan), bakteri, dan virus. Patogen sendiri merupakan organisme
hidup yang mayoritas bersifat mikro dan mampu untuk dapat menimbulkan penyakit tumbuhan
antara lain yaitu cendawan, virus, bakteri, nematode, spiroplasma dan riketsia. Metode yang
digunakan pada praktikum identifikasi patogen adalah mengambil sedikit baguan jamur / bakteri
yang telah dipurifikasi dengan menggunakan jarum ose, lalu meletakkannya pada kaca preparat
yang telah ditetesi aquadest dan ditutup dengan cover glass, kemudian mengamati dan
mengidentifikasi jamur atau bakteri menggunakan mikroskop melekuler serta mengambil gambar
dokumentasi untuk membandingkan dengan literatur. Hasil yang didapat berupa bakteri P. anantis
penyebab penyakit hawar daun dan jamur Fussarium sp yang menyebabkan penyakit moler yang
ditemukan pada jaringan tanaman bawang, sedangkan jamur Penicillium sp yang menyebabkan
penyakit embun bulu yang ditemukan pada tanah bawang.
Kata kunci : Jamur, bakteri, penyakit

PENDAHULUAN
Penyebab munculnya penyakit
tanaman secara garis besar dibagi menjadi
3 golongan pathogen utama, yaitu jamur
(cendawan), bakteri, dan virus. Patogen
sendiri merupakan organisme hidup yang
mayoritas bersifat mikro dan mampu untuk
dapat menimbulkan penyakit tumbuhan
antara lain yaitu cendawan, virus, bakteri,
nematode, spiroplasma dan riketsia.
Tumbuhan dikatakan sehat atau normal,
apabila tumbuhan tersebut dapat
melaksanakan fungsi - fungsi fisiologisnya
sesuai dengan potensi yang dimiliki oleh
tumbuhan tersebut. Fungsi - fungsi tersebut
meliputi pembelahan, diferensiasi dan
perkembangan sel. Apabila tumbuhan
diganggu patogen dan salah satu
fungsi tersebut terganggu sehingga terjadi
penyimpangan dari keadaan normal, maka
tumbuhan menjadi sakit (Agrios, 1996).
Gejala merupakan perubahan
struktur morfologi, anatomi ataupun
fisiologi tanaman sebagai reaksi
tanggapan terhadap patogen, gejala dapat
dibedakan yaitu gejala primer dan
sekunder. Gejala primer terjadi pada
bagian yang terserang oleh penyebab
penyakit. Gejala sekunder adalah gejala
yang terjadi di tempat lain dari tanaman
sebagai akibat dari kerusakan pada bagian
yang menunjukkan gejala primer (Sinaga,
2006).
Isolasi patogen adalah suatu proses
pengambilan mikroorganisme dari
lingkungannya untuk kemudian
ditumbuhkan dalam suatu medium di
laboratorium. Proses isolasi ini menjadi
penting dalam mempelajari identifikasi
mikrobia, uji morfologi, fisiologi, dan
serologi. Sedangkan pengujian sifat sifat
tersebut di alam terbuka sangat mustahil
untuk dilakukan. Pengisolasian merupakan
suatu cara untuk memisahkan atau
memindahkan mikroba tertentu dari
lingkungannya, sehingga diperoleh kultur
murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-
sel mikrobanya berasal dari pembelahan
dari satu sel tunggal. Manfaat

1
dilakukannya kultur murni adalah untuk
menelaah atau mengidentifikasi
mikroba, termasuk penelaahan ciri-ciri
kultural, morfologis, fisiologis, maupun
serologis, yang memerlukan suatu
populasi yang terdiri dari satu macam
mikroorganisme saja (Soni, 2014).
Tujuan dari praktikum ini yaitu
mempelajari cara-cara mengisolasi jamur
dan bakteri dari jaringan sakit dan
mengamati aliran bakteri.
BAHAN DAN METODE
Tempat dan Waktu
Pelaksanaan praktikum ini
bertempat di Laboratorium Agronomi 2
Universitas Muhammadiyah Malang, pada
Kamis 25 April 2019, Kamis 2 Mei 2019
dan Kamis 9 Mei 2019 pukul 15.15 - 16.55
WIB.
Bahan dan Alat
Bahan yang digunakan adalah kertas
bekas, plastik bening, clorox 2%, kentang
200 gram, dextrose 18 gram, agar-agar 20
gram, aquadest 1 liter, alumunium foil,
karet gelang, sampel tanah, dan jaringan
tanaman yang terserang penyakit (Bawang
(Allium cepavar aggreratum), Tomat
(Solanum lypopensicum) dan Padi (Oriza
satifa)).
Alat yang digunakan pada
praktikum ini meliputi cawan petri, tabung
reaksi, rak tabung reaksi, pinset, gelas
beker, tabung erlenmeyer, auto clove,
bunsen, oven, skalpel, kompor, LAF, korek
api, timbangan, penyaring kertas, lemari
pendingin, cook borer, wrapping, kertas
saring, alat dokumentasi, alat tulis dan
modul praktikum.
Pelaksanaan percobaan
Menyiapkan alat dan bahan
Metode kerja ini diawali dengan
merendam alat-alat dalam larutan sodium
hypocloride / clorox 2% selama sekitar 1
jam, kemudian membersihkan dan
mengeringkan alat, lalu dibungkus dengan
kertas pembungkus yang disesuaikan
dengan bentuk alat (untuk erlenmeyer
pembungkusan hanya pada bagian mulut)
dan dilakukan dengan hati-hati agar kertas
pembungkus tidak sobek, setelah itu semua
alat dibungkus menggunakan plastik
bening dan diikat dengan karet gelang.
Sterilisasi alat
Metode kerja pada sterilisasi alat
diawali dengan memasukkan aquadest ke
dalam auto clave sampai batas yang telah
ditentukan, kemudian memasukkan semua
alat-alat yang telah dibungkus dengan hati-
hati menatanya, lalu menghidupkan
kompor untuk merebus/mengukus pada
suhu 121⁰C selama 1 jam, setelah itu
meatiakan kompor dan mendiamkan
selama 30 menit agar suhunya turun,
kemudian menyimpan semua alat yang
telah disterililasai.
Pembuatan media PDA (Potato
Dextrose Agar) dan Sterilisasi bahan
Metode kerja pembuatan PDA
dimulai dengan mengupas kentang dan
memotongnya dengan bentuk dadu
berukuran kecil sebanyak 200 gram, lalu
menimbang dextrose sebanyak 18 gram
dan agar-agar sebnyak 20 gram, kamudian
merebus kentang dalam 800 ml aquadest,
lalu menambahkan dextrose dan
menghomogennya, setekah itu menyaring
kentang dengan kertas saring, kemudian
menambahkan aquadest agar volumnya
menjadi 1 liter, lalu menambahkan
dextrose dan menghomogenkannya,
kemudian menambahkan agar-agar sedikit
demi sedikit, setelah itu menyaring dan
memasukkan kedalam tabung erlemeyer
dan menyimpannya ke dalam lemari
pendingin.
Isolasi patogen pada jaringan tanaman
Metode kerja isolasi patogen pada
jaringan tanaman diawali dengan
2
membersihkan bagian tanaman dengan meyimpannya selama seminggu pada suhu
aquadest, kemudian memotong bagian ruang.
tanaman berkuran sekitar 0.5 cm sebanyak
Identifikasi
4 potong dengan tiap potongan yang
Metode kerja identifikasi dimulai
memiliki bagian sakit dan sehat, lalu
dengan mengambil sedikit baguan jamur /
mensterilkan sampel dengan mencelupkan
bakteri yang telah dipurifikasi dengan
kedalam sodium hypoclorit selama 3
menggunakan jarum ose, lalu meletakkan
menit, kamudian mencucinya dengan
pada kaca preparat yang telah ditetesi
aquadest steril sebayak 3x dan
aquadest dan ditutup dengan cover glass,
mengeringkan sampel dengan tissue steril,
kemudian mengamati dan mengidentifikasi
setelah itu meletakkan sampel ke dalam
jamur / bakteri menggunakan mikroskop
cawan petri yang telah berisi media PDA
melekuler serta mengambil gambar
dan dilakukan secara aseptic, lalu menutup
dokumentasi untuk membandingkan
dan direkatkan dengan plastik wrap,
dengan literatur.
kemudian disimpan selama 1 minggu pada
suhu ruang. HASIL DAN PEMBAHASAN
Berdasarkan hasil pengamatan pada
Isolasi patogen pada tanah
batang tanaman bawang dan tanah bawang
Metode kerja isolasi patogen pada
ditemukan beberapa jamur dan bakteri
tanah dimulai dengan menimbang tanah
yang berbeda pada tiap sampel.
yang terinfeksi jamur / bakteri dan
memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi Identifikasi pada tanah bawang
9 ml aquadest, lalu menghomogenkannya, Identifikasi pada tanah bawang
kemudian mengambil 1 ml dan ditemukan 1 jenis jamur yaitu Penicillium
dimasukkan ke dalam tabung reaksi kedua sp
berisi 9 ml aquadest dan Penicillium sp
menghomogenkan, lalu mengambil 1 ml
dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi
ketiga berisi 9 ml aquadest, kemudian 1
menutup mulut tabung reaksi dengan
2
plastik wrap, setelah itu mengambil 1 ml
dan menuangkannya ke dlam cawan petri
a b
yang telah berisi media PDA dan
meratakannya, kemudian menutup dan
merekatkan cawan petri dengan plastik
warp, lalu menyimpan selama 1 minggu
pada suhu ruanag.
Purifikasi c d
Metode kerja purifikasi pertama Keterangan : a = hasil isolasi; b = hasil
pengamatan mikroskopis (1 = Hifa, 2 =
yaitu memotong bagian sampel yang telah Spora); c = literatur hasil isolasi; d =
tumbuh jamur beserta medianya dengan literatur mikroskopis.
menguunakan alat cook borer dan
Berdasarkan hasil praktikum yang
mengambilnya dengan jarum ose, lalu telah dilakukan, pada tanah bawang
meletakkan pada cawan petri baru yang terdapat jamur jenis Penicillium sp, jamur
berisi media PDA, kemudian menutup dan ini memiliki keragaman karakter fisiologis,
merekatkannya dengan plastik wrap dan serta memiliki aktivitas enzimatik yang

3
kuat untuk membantik mendegradasi sisa-
sisa organisme. Karakteristik jamur ini
ialah produksi konidia (konidium bulat) di
ujung phaliade-phaliade membentuk rantai
panjang. Rantai-rantai konodia (spora)
bersel tunggal dan diproduksi di ujung
phaliade dan konodium termuda berada
padaa bagian bawah rantai konodia
(Chang, 2007).
Penicillium sp merupakan cendawan
oportunistik yang memiliki gejala serangan
berupa penurunan daya tumbuh apabila
terserang sejak pada masa benih. Spesies
ini memproduksi enzim berupa oxalid acid
dan bersifat toksik terhadap biji. Apabila
menyerang pada tongkol tanaman
Gejalanya ditandai oleh bercak pada kulit
ari biji, bila menginfeksi tongkol secara
optimal menyebabkan pembusukan
(Robinson, 2001).
Identifikasi pada tanaman bawang
Identifikasi patogen pada tanaman
bawang ditemukan 1 jenis jamur dan 1
jenis bakteri yaitu :
Fussarium sp
2
1
a b
c d
Keterangan : a = hasil isolasi; b = hasil
pengamatan mikroskopis (1 = Spora, 2 =
Hifa); c = literatur hasil isolasi; d =
literatur mikroskopis
Hasil pengamatan pada tanaman
bawang terdapat jamur Fussarium sp yang
memiliki ciri berupa hifa yang berwarna
hialin, bersekat dan mempunyai
percabangan. Makrokonidia berbentuk
memanjang dengan kedua ujung lancip
seperti bulan sabit dan memiliki sekat
sebanyak 3 hingga 4 sekat (Sastrahidayat,
2011).
Tanaman yang telah terserang jamur
ini memiliki gejala daun menguning mulai
dari ujung daun hingga pangkal daun dan
terpilin dicabut, namun apabila tanaman
dicabut maka akan terlihat akar pada umbi
membusuk. Pada serangan lanjut, tanaman
akan rebah dan mati (Agrios, 1996).
Sebagai patogen primer, jamur dapat
menginfeksi jaringan inang sebelum ada
serangan jamur patogen lain dan dapat
menimbulkan gejala. Sebagai patogen
sekunder bila jamur menginfeksi tanaman
inang setelah ada serangan jamur patogen
lain, sehingga tingkat serangan menjadi
sedemikian parah. Menurut Isnaini, dkk.
(2004) jamur dapat menyebar melalui
pengangkutan bibit dan tanah yang
terbawa angin atau air atau alat pertanian.
Populasi patogen dapat bertahan secara
alami di dalam tanah dan pada akar-akar
tanaman sakit. Apabila terdapat tanaman
yang peka maka bila terdapat luka pada
akarnya, Foc akan segera menginfeksinya.
P. anantis
a b
a b
Keterangan : a = hasil isolasi; b = hasil
pengamatan mikroskopis; c = literatur
hasil isolasi; d = literatur mikroskopis
Gelaja yang diakibatkan oleh infeksi
bakteri P. anantis berupa muculnya hawar
daun yang tumbuh menuju pangkal daun
dan menyebabkan daun berubah kering.
4
Menurut Conn et al (2012) infeksi P.
ananatis dan P. aglomerans biasanya
dimulai dengan bercak daun ke leher umbi
dan menyebabkan penyakit yang dikenal
sebagai busuk tengah.
Pengamatan molekuler bakteri ini
menunjukkan bakteri ini memiliki warna
pigmen kuning, bergerak, berlendir dan
berbentuk bundar. Menurut Egorova
(2015) spesies ini mempunyai ciri sel
berbentuk basil, gram negatif, tidak
berkapsula, tidak berspora, bergerak,
respirasi anaerob, bersifat motil dan
membentuk koloni berlendir. P. anantis
termasuk dalam genus pantoea.
KESIMPULAN
Cendawan Penicillium sp adalah
penyebab penyakit embun bulu pada
tanaman bawang merah, sedangkan
cendawan Fussarium sp merupakan
cendawan penyebab penyakit moler/layu
adapula yang menyebut penyakit ini
dengan layu fisarium. Bakteri yang
ditemukan termasuk dalam genus Pantoea
yang menyebabkan penyakit hawar daun
dan merupakan bakteri yang lebih sering
menyerang pada saat tanaman masih
menjadi benih / bibit.
DAFTAR PUSTAKA
Agrios, G. N. 1996. Ilmu Penyakit
Tumbuhan. Gajah Mada University
Press. Yogyakarta.
Chang, S. C. 2007. Deuteromycota.
www.dls.ym.edu..tw/041807Deutero
mycota.pdf. 18 Juli 2013
Egorova, M., E. Mazurin, & A.N. Ignatov.
2015. First Report of Pantoea ananatis
Causing Grain Discolouration and
Leaf Blight of Rice in Russia. New
Disease Reports 32: 21.
Isnaini, M. Rohyadi, dan Murdan. 2004.
Identifikasi dan Uji Patogenitas
Jamur-jamur Penyebab Penyakit
Busuk Batang Tanaman Vanili di
Lombok Timur. Fakultas  Pertanian
Universitas Mataram. Mataram
Robinson, Richard. 2001. Biology
Macmillan Science Library.
Macmillan Reference. USA
Sastrahidayat, I. R. 2011. Fitopatologi
(Ilmu Penyakit Tumbuhan).
Universitas Brawijaya Press (UB
Press). Malang. Hal 89-93.
Sinaga. S.M., 2006. Dasar-Dasar Penyakit
Tumbuhan. Penebar Swadaya. Jakarta
Soni. 2014. The Biochemistry and
physiology of infectious plant
diseases. New Jersey: D. Van
Fostrand.