ISOLASI DAN IDENTIFIKASI PATOGEN

Nama : Nawasyifa Atmaja

NIM : B1A016074
Kelompok :1
Rombongan : III
Asisten : Freshyama Daniar Rosy

LAPORAN PRAKTIKUM FITOPATOLOGI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2018
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Tanaman dikelilingi sejumlah besar musuh potensial (biotik) dan

berbagai jenis stres lingkungan abiotik di habitat alami mereka. Hampir semua
ekosistem mengandung berbagai macam bakteri, virus, jamur, nematoda,
tungau, serangga, mamalia dan hewan herbivora lainnya yang berpengaruh
terhadap pengurangan berat dalam produktivitas tanaman. Secara alami,
tanaman melindungi diri dengan memproduksi beberapa senyawa metabolit
sekunder, termasuk terpen, fenolat dan nitrogen (N) dan sulfur (S) terhadap
berbagai mikroorganisme patogen serta cekaman abiotik (Hindersah, 2007).
Perkembangan suatu penyakit didukung oleh tiga faktor, yaitu inang
yang rentan, patogen yang virulen, dan lingkungan yang mendukung. Patogen
terbukti memiliki daya virulensi yaitu keberhasilan untuk menyebabkan suatu
penyakit sebagai ekspresi dari patogenisitas. Gejala layu dan rontok pada daun
seiring dengan perkembangan bercak dapat diduga sebagai akibat dari
substansi yang disekresikan oleh patogen dalam mekanisme penyerangannya
untuk melumpuhkan inang. Substansi yang disekresikan patogen sebagai
penyebab timbulnya penyakit, baik langsung atau tidak langsung adalah enzim,
toksin, zat pengatur tumbuh, dan polisakarida (Semangun, 1996).
Isolasi adalah proses pemisahan mikroorganisme yang diinginkan dari
populasi campuran ke media biakan (buatan) untuk mendapatkan kultur murni.
Inokulasi merupakan perpindahan inokulum dari sumbernya ke dalam tanaman
inang. Inokulasi memiliki arti patogen memiliki peluang yang besar untuk
menyerang inangnya dan menimbulkan penyakit. Hal ini dapat menjelaskan
pengaruh inokulasi yang nyata terhadap intensitas dan luas serangan penyakit
hawar daun. Identifikasi adalah membandingkan gejala yang ada atau yang
ditemukan dengan yang terdapat di dalam buku atau pustaka (Perhutani, 1999).

B. Tujuan

Tujuan acara praktikum kali ini adalah untuk mengetahui penyebab

penyakit dengan cara mengisolasi dan mengidentifikasi patogen penyebab
penyakit pada tumbuhan.
 II. TELAAH PUSTAKA

Mikroorganisme merupakan salah satu makluk hidup yang dapat hidup pada
ekosistem maupun dalam tubuh makluk hidup lainnya. Mikroorganisme terdapat
beberapa yang menguntungkan bagi makluk hidup lainnya tetapi ada juga yang dapat
merugikan bagi makluk hidup lainnya. Menurut habitatnya mikrooganisme ada yang
hidup di udara, tanah, tubuh makluk hidup, dan ada juga yang hidup di air.
Sedangkan menurut kebutuhan oksigennya mikroorganisme ada yang aerob
(membutuhkan oksigen) maupun ada juga yang anaerob (tidak membutuhkan
oksigen). Mikroba tanah yang bersifat anaerob biasanya terletak pada lumpur yang
tergenang air dan tidak ada oksigen yang cukup (Hindersah, 2007).
Isolasi mikroorganisme merupakan proses pengambilan mikroorganisme dari
lingkungannya untuk ditumbuhkan dalam medium baru di laboratorium. Proses
isolasi ini menjadi penting dalam mempelajari identifikasi mikroba, uji morfologi,
fisiologi dan serologi. Pengujian sifat-sifat tersebut di alam terbuka sangat mustahil
dilakukan. Isolat penyebab penyakit atau patogen yang diperoleh dari tumbuhan yang
sakit menunjukkan bahwa patogen adalah berupa cendawan atau fungi. Pengamatan
secara makroskopis terhadap biakan murni isolat pada media PDA menunjukkan
bahwa pada hari pertama setelah tanam terlihat berupa koloni serabut benang tipis,
berwarna putih keruh dan kecoklatan yang merupakan kumpulan miselia. Pada hari
ke-3, mulai terlihat adanya gumpalan-gumpalan kecil yang tidak teratur dan
berwarna putih menyebar tidak merata pada permukaan miselia. Pada hari ke-5,
gumpalan-gumpalan tersebut berubah menjadi berwarna coklat yang disebut dengan
sklerotia.Secara mikroskopis, fungi ini memiliki ciri-ciri antara lain percabangan hifa
yangtampak tegak lurus, memiliki septa atau bersekat, tidak terdapat bentuk konidia
atau bentuk spora serta tidak ditemukannya sambungan apit (clamp connection).
Biakan fungi tumbuh dengan cepat, hanya dalam waktu tiga hari koloninya telah
memenuhi cawan petri dengan media PDA (Achmad & Maisaroh, 2004).
Penyakit tumbuhan dapat dibedakan menjadi dua tipe yaitu penyakit lokal dan
penyakit sistemik. Penyakit lokal merupakan penyakit yang terdapat pada suatu
tempat atau bagian tertentu pada tumbuhan contohnya pada buah, bunga, daun atau
cabang. Penyakit sistemik merupakan penyakit yang menyebar keseluruh bagian
tumbuhan sehingga tumbuhan menjadi sakit. Perkembangan penyakit juga
bergantung pada faktor lingkungan, setelah faktor inang dan patogen. Fungi patogen
dalam perkembangannya dipengaruhi oleh beberapa faktor abiotik yaitu suhu,
kelembaban, oksigen, derajat kemasaman (pH) dan cahaya. Rhizoctonia sp. dapat
memperbanyak diri pada kisaran suhu optimum antara 20 ºC – 30 ºC (Ogoshi et al.,
1985).
 III. MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah LAF, mikroskop
cahaya, cawan petri, jarum ose, object glass, cover glass, sprayer, pinset,
scalpel, bunsen, tisu, dan buku identifikasi.
Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah buah cabai
(Capsicum annum), daun pepaya (Carica papaya), daun cabai (Capsicum
annum), kulit pisang (Musa sp.), isolat patogen hasil peremajaan, akuades, dan
alkohol 70%, dan media PDA.

B. Metode

1. Isolasi

diambil bagian
sehat dan sakit,
lalu dipotong
1x1cm Disemprot
Sampel
disiapkan alkohol 70%

Inkubasi Dikeringkan
Dibilas
3x24 jam dengan tisu
akuades
steril
Dipindahkan ke
media PDA

2. Peremajaan

Inkubasi
2x24 jam

Isolat hasil isolasi Diambil 1 plug Pindahtanamkan

ke media PDA
baru
 3. Identifikasi

Isolat hasil diletakkan di ditetesi akuades dan

peremajaan diambil object glass ditutup dengan cover glass
1 ose

dicocokkan dengan buku

identifikasi

diamati karakter
morfologi dan
mikromorfologi
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 4.1. Hasil Pengamatan Karakter Makromorfologi dan Karakter

Mikromarfologi Isolasi dan Identifikasi Patogen Rombongan III
Karakter
1 2 3 4
Makromorfologi
Warna Koloni Putih Putih Putih Hitam
Warna Sebalik
Putih Putih Kusam Hitam
Koloni
Tekstur Seperti Seperti
Seperti kapas Kasar
Permukaan kapas kapas
Tepi Koloni Rata Rata Bergerigi Rata
Pola
Konsentris Konsentris Konsentris Konsentris
pertumbuhan
Karakter
1 2 3 4
Mikromorfologi
Hifa Septat Septat Aseptat Septat

Konidia Ada Ada Ada -

Bentuk konidia Bulat Bulat Bulan sabit -

Rhizoid Ada Ada - Ada

Capsicum
Capsicum Carica
Sampel annum Musa sp.
annum (buah) papaya
(daun)
Fusarium Colletrotrichum Fusarium
Patogen Mucor sp.
oxysporum capsici oxysporum
 Gambar 4.1 Hasil Isolasi Daun Gambar 4.2 Hasil Identifikasi
Cabai (Capsicum annum) Pengamatan Mikroskopis

B. Pembahasan

Pengisolasian merupakan suatu cara untuk memisahkan atau

memindahkan mikroba tertentu dari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur
murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari
pembelahan dari satu sel tunggal. Manfaat dilakukannya kultur murni adalah
untuk menelaah atau mengidentifikasi mikroba, termasuk penelahaan ciri-ciri
kultural, morfologis, fisiologis, maupun serologis, yang memerlukan suatu
populasi yang terdiri dari satu macam mikroorganisme saja (Soni, 2010).
Isolasi jamur patogen dilakukan di dalam laminar air flow cabinet dengan cara
mengambil hifa jamur yang telah tumbuh dari hasil teknik ruang lembab
dengan menggunakan jarum ose yang telah steril. Setelah itu hifa diletakkan
pada bagian tengah medium PDA steril di dalam cawan petri dan diinkubasi
pada suhu kamar selama 7 hari. Setelah diperoleh biakan murni, isolat
direisolasi pada medium PDA, kemudian jamur tersebut diidentifikasi. Tujuan
dari pemotongan pada bagain yang sakit dan sehat agar saat ditumbuhkan pada
media PDA hifa pada bagian tumbuhan yang sakit akan tumbuh ke bagian
tumbuhan yang sehat (Elfina, 2013). Pemeriksaan mikroskopik dilakukan pada
dengan terlebih dahulu menyeka objek kaca menggunakan kapas direndam
dengan alkohol 95% atau dibakar langsung di atas bunsen untuk membebaskan
slide dari lemak dan bakteri . Kemudian, sampel dari koloni jamur tumbuh
diambil dengan menggunakan jarum ose . Slide diperiksa di bawah mikroskop.
Identifikasi jamur dilakukan oleh mengamati struktur reproduksi, seperti spora,
dan tampilan makroskopisnya (Govindasamy et al., 2014).
 Identifikasi adalah membandingkan gejala yang ada atau yang ditemukan
dengan yang terdapat pada pustaka atau buku identifikasi. Identifikasi mikroba
merupakan salah satu tugas yang penting dilakukan di laboratorium. Mikroba
tidak memiliki ciri-ciri anatomi yang nyata, sehingga identifikasinya
berdasarkan morfologi sifat biakan. Morfolgi mikroorganisme berdasarkan
bentuk, ukuran dan perataan, biasanya belum cukup untuk identifikasi. Ciri-ciri
lainnya seperti perwarnaan, pola pertumbuhan koloni, reaksi pertumbuhan
pada koloni dan penggunaan asam amino sangat membantu dalam identifikasi
mikroba. Menurut Guils et al. (2012), identifikasi biakan mikroorganisme
seringkali memerlukan pemindahan ke biakan segar tanpa terjadi pencemaran.
Pemindahan mikroorganisme ini dilakukan dengan teknik aseptis untuk
mempertahankan kemurnian biakan selama pemindahan berulang kali.
Peremajaan biakan adalah upaya yang dilakukan untuk mempertahankan
sifat alami patogen yang diisolasi. Patogen yang diremajakan adalah jenis
patogen biakan murni yaitu patogen yang terdiri dari satu jenis patogen yang
dibutuhkan tanpaa danya kontaminasi. Perlakuan aseptik dibutuhkan untuk
mendapatkan biakan murni. Peremajaan mikroba bertujuan untuk memperoleh
biakan yang barusehingga diharapkan dapat berkembang biak dengan baik.
Hasil dari peremajaan mikroba adalah mikroba yang masih muda sehingga
dapat digunakan dengan baik sesuai dengan fungsinya. Peremajaan biakan
adalah tindakan pemeliharaan kultur yang penting dalam mikrobiologi untuk
mencegah terjadinya kerusakan sel pathogen. Kerusakan yang dapat terjadi
meliputi penurunan viabilitas dan stabilitas sel bahkan suatu mikroba akan
kehilangan potensinya sebagai suatu mikroba (Black, 1999).
Beberapa patogen yang berhasil diisolasi dan diidentifikasi pada
praktikum rombongan ini yaitu :
1. Fusarium oxysporum
Hasil isolasi patogen tanaman kelompok 1 dan 3 menggunakan daun
cabai dan kulit pisang berpenyakit diidentifikasi penyebab penyakit tersebut
yakni patogen Fusarium oxysporum. Karakter yang dimiliki diantaranya
warna koloni putih, warna sebalik koloni putih, tepi koloni rata, tekstur
permukaan seperti kapas, pola pertumbuhannya konsentris, memiliki
bentuk konidia lonjong dan bulat. Menurut Wallace (2007), morfologi
Fusarium dicirikan dengan struktur tubuh berupa miselium bercabang,
 hialin, dan bersekat (septat). Reproduksi aseksual cendawan ini
menggunakan mikrokonidia yang terletak pada konidiospora yang tidak
bercabang dan makrokonidia yang terletak pada konidiospora bercabang
dan tak bercabang. Makrokonidia dibentuk dari fialid, sedangkan
mikrokonidia berbentuk bulat atau silinder, dan tersusun menjadi rantai.
Menurut Agrios (1996) klasifikasi jamur ini adalah sebagai berikut :
Phylum : Mycota
Sub Phylum : Deuteromycotina
Class : Hyphomycetes
Ordo : Hyphales
Famili : Tuberculariaceae
Genus : Fusarium
Species : Fusarium oxysporum
2. Colletotrichum capsici, merupakan hasil isolasi patogen tanaman yang
diperoleh kelompok 2 menggunakan buah cabai berpenyakit diperoleh
karakter makroskopis dengan warna koloni putih cream, warna sebalik
koloni putih kekuningan, tepi koloni rata, tekstur permukaan seperti kapas
dan pola pertumbuhan konsentris. Karakter mikroskopisnya meliputi hifa
septat, terdapat konidia, bentuk konidia bulat, dan memiliki rhizoid.
Karakter tersebut tergolong dalam spesies Colletotrichum capsici. Menurut
Semangun (1996), Colletotrichum capsici mempunyai konidiofor yang
pendek dan konidia dibentuk dalam aservulus. Colletotrichum capsici
memiliki hifa berseptat, panjang antara 30-90 mikrometer.
Klasifikasi fungi Colletotrichum capsici pada tanaman cabai menurut
Alexopoulus et al. (1996), yaitu:
Kingdom : Fungi
Phylum : Ascomycota
Class : Ascomycetes
Ordo : Melanconiales
Famili : Melanconiaceae
Genus : Colletotrichum
Spesies : Colletotrichum capsici
3. Mucor sp., merupakan hasil isolasi patogen tanaman kelompok 4
menggunakan buah pepaya memiliki karakter diantaranya warna koloni
hitam kehijauan, warna sebalik koloni hitam, tepi koloni rata, tekstur
permukaan kasar dan pola pertumbuhan konsentris, hifa berseptat, tidak
memiliki konidia bulat, ada rhizoid. Menurut Waluyo (2004), karakteristik
Mucor sp. Memiliki hifa nonseptat, spora halus dan teratur, tidak memiliki
stolon dan rizhoid.
Klasifikasi Mucor sp menurut Susanto (2008) adalah sebagai berikut.
Kingdom : Fungi
Phylum : Amastigomycota
Class : Zygomycetes
Ordo : Mucorales
Family : Mucoraceae
Genus : Mucor
Species : Mucor sp
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan, dapat disimpulkan bahwa patogen

penyebab penyakit pada beberapa sampel yang digunakan setelah dilakukan isolasi
dan identifikasi yaitu Colletrotrichum capsici, Fusarium oxyporum, dan Mucor sp..

B. Saran
Saran yang dapat diberikan untuk praktikum kali ini yaitu sebaiknya baik
praktikan maupun kondisi ruangan saat melakukan isolasi atau peremajaan dapat
meminimalisir adanya kontaminan saat kerja supaya hasil yang didapatkan lebih
optimal.
 DAFTAR REFERENSI

Achmad & Maisaroh, M., 2004. Identifikasi dan Uji Patogenisitas PenyebabPenyakit
Hawar Daun pada Suren (Toona sureni MERR.). Jurnal Manajemen Hutan
Tropika, 10(1), pp. 67-75.
Agrios, G. N., 1996. Ilmu Penyakit Tumbuhan. Yogyakarta: Gadjah Mada
University Press.
Alexopoulos, C.J., Mims, C.W. & Blackwell, M., 1996. Introductory Micology. New
York: John Willey and Sons Publisher.
Black J G. 1999. Microbiology : Principles and Explorations. New Jersey : Prentince
Hall.
Elfina, Y., Ali, M., & Maysaroh, S., 2012. Idenifikasi Gejala dan Penyebab Penyakit
Buah Jeruk Impor Dipenyimpanan di Kota Pekanbaru. Riau: Fakultas
Pertanian Universitas Riau.
Govindasamy, G., Husin, U. A., Syukriani, Y. F., Sudigdoadi, S.,& Mulyana,Y.,
2014. Isolation and Identification of Pathogenic Fungi from Air Conditioners
in Tutorial Rooms of the Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran. Althea
Medical Journal, 1(1), pp. 21-23.
Gulis, V., Ludmila M., & Christiane B. 2012. Two New Tricladium Spesies From
Streams in Alaska. Journal Mycological Society of America, 104(6), pp. 1510-
1516.
Hindersah. 2007. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Aerob dan Fungi dari Lumpur
Kolam Anaerob di Instalasi Pengolahan Air Limbah Bandung. Jurnal Teknik
Lingkungan. 13(2), pp. 1-4.
Ogoshi, A., Sneh, B. & Burpee, L., 1985. Identification of Rhizoctonia sp.
Minnesota: APSPress.
Perhutani. 1999. Selayang Pandang Persemaian Permanen Pongpoklandak KPH
Cianjur. Cianjur: Perum Perhutani Unit III Jawa Barat KPH Cianjur.
Semangun, H. 1996. Pengantar Ilmu Penyakit Tumbuhan. Yogyakarta: Gajah Mada
Univ Press.
Soni, 2010. The Biochemistry and Physiology of Infectious Plant Diseases. New
Jersey: D. Van Nostrand.
Susanto, 2008. Parasitologi Kedokteran. Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas
Indonesia.
Wallace, S., 2007. Fusarium: The Johns Hopkins Microbiology Newsletter. Saudi
Arabia: Johns Hopkins Aramco Healthcare.
Waluyo, L., 2004. Mikrobiologi Umum. Malang: Universitas Muhammadiyah
Malang Press.