LAPORAN PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI I
MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN
Disusun Oleh :
Nama : Resli Siboro
Npm : F1D016031

Diketahui Praktikan
Asisten Praktikum

Nopi Ulandasari/F1D0140315 Resli Siboro/F1D016031

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMI PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BENGKULU
2018
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Kolom Winogradsky pertama kali digunakan pada tahun 1880 oleh Sergei
Winogradsky (1856-1953), seorang ahli mikrobiologi Rusia, untuk mempelajari interaksi
kompleks antara kondisi lingkungan dan aktivitas mikroba dan peran pengayaan tanah
dalam isolasi bakteri kultur murni. Banyak ahli mikrobiologi dari waktu, seperti Louis
Pasteur dan Robert Koch terisolasi budaya untuk belajar, tapi pekerjaan Winogradsky
adalah yang pertama untuk mempelajari lingkungan campuran mikroorganisme. Kolom
winogradsky adalah salah satu cara sederhana untuk mempelajari suatu lingkungan alami
di laboratorium. Kolom ini ditemukan oleh ahli mikrobiologi Rusia bernama Sergei
Winogradsky (1856-1953) dan Martinus W. Beijerinck (1851-1931) yang digunakan
sebagai model untuk mempelajari interaksi populasi bakteri pada berbagai komunitas
perairan dan sedimen perairan dan sedimen. Menurut Deacon (2005), Kolom
winogradsky menggambarkan bagaimana mikroorganisme yang berbeda membentuk
hubungan interdependen, dimana aktivitas suatu organisme mampu mempengaruhi
organisme lain untuk tumbuh atau sebaliknya.
Kolom winogradsky terdiri atas lumpur dan sedimen yang dimasukkan kedalam gelas
silinder atau plastik tansparan. Penyusunan dalam bentuk "kolom" memungkinkan
terbentuknya kondisi aerob di permukaan kolom dan kondisi mikroaerofil atau anoxic di
bagian bawah Bagian permukaan kolom terpapar dengan oksigen semakin ke bagian
bawah kolom semakin kekurangan oksigen sampai ke bagian dasar merupakan zona
anaerob. Bagian permukaan dan tepi kolom terpapar dengan cahaya sehingga dapat
menggambarkan spektrum pertumbuhan organisme dari yang memutuhkan oksigen dan
cahaya sampai organisme yang membutuhkan cahaya tetapi tidak membutuhkan oksigen.
Lumpur dan sedimen yang digunakan mengandung atau teraugmentasi dari substrat
senyawa organik karbon, sulfide, dan sulfat. Hal ini yang mengakibatkan perkembangan
sejumlah bakteri heterotrop dan photoautotroph termasuk bakteri sulfur photosintetik
anaerob. Kolom ini dapat diisi dengan tanah, Lumpur, dan air dari berbagai
macam lingkungan dan dapat dimodifikasi dengan kultur pengkayaan. Komunitas bakteri
di alam mempunyai kelimpahan dan diversitas terbanyak misalnya dalam tanah (Atlas,
1988).
Penggunaan metode kolom Winogradsky juga dapat dimanfaatkan dalam upaya
pengurangan limbah atau sampah yang ada di lingkungan. Sistem pengayaan ini akan
membentuk formasi pertumbuhan mikroorganisme dengan kemampuan berbeda dalam
menggunakan sumber karbon sederhana sebagai sumber energi. Metode kolom
Winogradsky dapat diteruskan dengan mengidentifikasi bakteri apa saja yang hidup di
dalam kolom model ekosistem buatan ini, juga dapat dilakukan amplifikasi serta
augmentasi bakteri di dalamnya (Unandy, dkk, 2017).

1.2 Tujuan
Praktikum mikrobiologi yang berjudul mikrobiologi lingkungan ini bertujuan untuk :
1. Mengetahui jenis bakteri yang hidup di setiap lapisan kolom Winogradsky.
2. Mengetahui prinsip metode penggunaan kolom winogradsky.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Ekosistem Buatan Kolom Winogradsky

Kolom winogradsky adalah salah satu cara sederhana untuk mempelajari cros section
suatu lingkungan alami di laboratorium. Kolom ini ditemukan oleh ahli mikrobiologi Rusia
bernama Sergei Winogradsky (1856-1953) dan Martinus W. Beijerinck (1851-1931) yang
digunakan sebagai model untuk mempelajari interaksi populasi bakteri pada berbagai
komunitas perairan dan sedimen perairan dan sedimen. Menurut Jim Deacon (2005), Kolom
winogradsky menggambarkan bagaimana mikroorganisme yang berbeda membentuk
hubungan interdependen, dimana aktivitas suatu organisme mampu mempengaruhi
organisme lain untuk tumbuh atau sebaliknya. Kolom winogradsky terdiri atas lumpur dan
sedimen yang dimasukkan kedalam gelas silinder atau plastik tansparan.
Kolom Winogradsky merupakan ekosistem buatan yang memungkinkan beragam
mikroorganisme dapat berkembang dan membentuk stratifikasi sesuai dengan kebutuhan
elektron donor dan aseptornya (Badriyah dan Maya, 2015).
Penyusunan dalam bentuk "kolom" memungkinkan terbentuknya kondisi aerob di
permukaan kolom dan kondisi mikroaerofil atau anoxic di bagian bawah . Bagian permukaan
kolom terpapar dengan oksigen semakin ke bagian bawah kolom semakin kekurangan
oksigen sampai ke bagian dasar merupakan zona anaerob. Bagian permukaan dan tepi kolom
terpapar dengan cahaya sehingga dapat menggambarkan spektrum pertumbuhan organisme
dari yang memutuhkan oksigen dan cahaya sampai organisme yang membutuhkan cahaya
tetapi tidak membutuhkan oksigen.
Menurut Atlas (1988), lumpur dan sedimen yang digunakan mengandung atau
teraugmentasi dari substrat senyawa organik karbon, sulfide, dan sulfat. Hal ini yang
mengakibatkan perkembangan sejumlah bakteri heterotrop dan photoautotroph termasuk
bakteri sulfur photosintetik anaerob. Kolom ini dapat diisi dengan tanah, Lumpur, dan air dari
berbagai maca lingkungan dan dapat dimodifikasi dengan kultur pengkayaan. Komunitas
bakteri di alam mempunyai kelimpahan dan diversitas terbanyak misalnya dalam tanah.
Pengetahuan akan komunitas tersebut akan sangat bermanfaat sebagai dasar penelitian
maupun aplikasi selanjutnya.
Kolom ini juga digunakan sebagai model untuk mempelajari interaksi populasi bakteri
pada berbagai komunitas perairan dan sedimen perairan. Kolom Winogradsky
menggambarkan bagaimana mikroorganisme yang berbeda membentuk hubungan
interdependen, dimana aktivitas suatu organisme mampu memengaruhi organisme lain untuk
tumbuh atau sebaliknya. (Munawar. 1996)

2.2 Macam Organisme yang Tumbuh

Organisme yang dapat tumbuh dalam kondisi anaerobik adalah organisme yang
memfermentasi bahan organik. Fermentasi adalah proses di mana senyawa organik yang
terdegradasi tidak sempurna; Misalnya, ragi memfermentasi gula ke alkohol respirasi
anaerob adalah proses di mana substrat organik benar-benar terdegradasi menjadi CO2,tetapi
menggunakan zat lain selain oksigen sebagai akseptor elektron terminal. Beberapa bakteri
bernafas dengan menggunakan ion nitrat atau sulfat, dengan cara yang sama seperti kita
menggunakan oksigen sebagai akseptor elektron terminal selama respirasi (Deacon 2005)
Beberapa spesies yang menggunakan selulosa misalnya Clostridium mulai tumbuh
ketika oksigen habis dalam sedimen. Semua spesies Clostridium anaerobik karena sel-sel
vegetatif mereka dibunuh oleh paparan oksigen, tetapi mereka dapat bertahan sebagai spora
dalam kondisi aerobik. Clostridium menurunkan selulosa menjadi glukosa dan kemudian
memfermentasi glukosa untuk mendapatkan energi, memproduksi berbagai senyawa organik
sederhana (etanol, asam asetat, asam suksinat, dll) sebagai produk fermentasi akhir ( Deacon
2005).
Sulfur, mengurangi bakteri seperti Desulfovibrio dapat memanfaatkan produk-produk
fermentasi oleh respirasi anaerobik, baik menggunakan sulfat atau bentuk teroksidasi
sebagian lain dari belerang (misalnya tiosulfat) sebagai terminal akseptor elektron,
menghasilkan sejumlah besar H2S dengan proses ini Dalam respirasi aerobik sendiri kita
menggunakan O2 dan mengurangi ke H2O. H2S akan bereaksi dengan besi dalam sedimen,
menghasilkan sulfida besi hitam. Inilah sebabnya mengapa danau sedimen sering hitam.
Namun, beberapa dari atas dengan H2S berdifusi ke dalam kolom air, di mana ia
dimanfaatkan oleh organisme lain Thiobacillus-Thiobacillus yang chemoautotrophs dan
memerlukan sumber energi anorganik. Mereka ditemukan dalam kondisi aerobik yang
mengandung belerang atau sulfida. Metode utama untuk mengisolasi mereka adalah
campuran Menengah Starkey itu, Menengah tiosulfat dan innoculant debu batubara. Metode
lain adalah untuk mengambil sampel tanah dan memasaknya sampai 80 C. Thiobacillus akan
sporolate dan mereka kemudian dapat diisolasi dan tumbuh (Deacon, 2005).
Bakteri sulfur hijau dan ungu memperoleh energi dari reaksi cahaya dan
menghasilkan bahan selular mereka dari CO2 dalam banyak cara yang sama seperti tanaman
lakukan. Namun, ada satu perbedaan penting: mereka tidak menghasilkan oksigen selama
fotosintesis karena mereka tidak menggunakan air sebagai reduktor, melainkan mereka
menggunakan H2S. Bakteri sulfur ungu biasanya memiliki sel besar dan mereka deposit
butiran belerang di dalam sel. Organisme tersebut adalah spesies Thiocapsa. Bakteri sulfur
hijau memiliki sel lebih kecil dan biasanya belerang deposito eksternal. Sulfur (atau sulfat
terbentuk dari itu) yang dihasilkan oleh bakteri fotosintetik kembali ke sedimen di tempat
yang dapat didaur ulang oleh Desulfovibrio - bagian dari siklus sulfur dalam perairan alami
(Deacon, 2005).
Saat kolom tersebut dibuka, akan tercium bau belerang yang disebabkan oleh gas H₂S
dari bakteri-bakteri pereduksi sulfat, contohnya Desulfovibrio sp. Selain itu juga terbentuk
warna kehitam-hitaman di lumpur bagian atas yang disebabkan oleh kegiatan bakteri-bakteri
aerob yang menghasilkan S042- seperti contohnya Thiobacillus sp. dan Beggiatoa sp
(Capuccino, J.G & Sherman, N. 1992).

2.3 Macam-Macam Akumulasi Bakteri

1 Respirasi Aerob
Banyak organisme dapat menggunakan oksigen sebagai penerima hidrogen terakhir,
dalam hal demikian, tidak perlu mereduksi hasil antara lain seperti halnya pada fermentasi,
hasil semacam itu dapat dioksidasi secara sempurna menjadi CO2 Dan H2O. Hal ini
merupakan keuntungan luar biasa bagi organisme itu karena banyaknya energi yang tersedia
dari oksidasi sempurna molekul glukosa lebih besar dari pada energi yang diperoleh dari
fermentasi glukosa. Hal ini terjadi karena jalan bertahap setiap pasangan elektron dari NADH
ke oksigen melalui serangkaian pengangkutan tiga molekul ATP (Pelczar,1986).
2 Respirasi Anaerob
Organisme anaerobik atau anaerob adalah setiap organisme yang tidak memerlukan
oksigen untuk tumbuh. Anaerob obligat akan mati bila terpapar pada oksigen. Ada kelompok
organisme terakhir yang terpisahkan karena organisme ini bukan pula fermentatif. Bakteri ini
adalah anaerob obligat, tetapi bukannya menggunakan hasil antara mtabolismenya,
organisme tersebut menggunakan ion-ion anorganik sebagai penerima elektron terakhir.
Organisme semacam ini dapat dibagi lagi menjadi tiga tipe: pereduksi netrat, pereduksi sulfat,
pereduksi metan (Suriawiria, 1986).
3 Respirasi Mikroaerofilik
Mikroaerofilik respirasi bagi organisme yang dapat menggunakan oksigen, tetapi hanya
pada konsentrasi yang rendah (rentang mikromolar rendah), pertumbuhannya dihambat oleh
level oksigen yang normal (sekitar 200 mikromolar) (Wheeler, 1993).
4 Respirasi Fakultatif Anaerob
Anaerob fakultatif dapat menggunakan oksigen jika tersedia. Organisme aerotoleran
dapat hidup walaupun terdapat oksigen di sekitarnya, tetapi mereka tetap anaerobik karena
mereka tidak menggunakan oksigen sebagai terminal electron acceptor (akseptor elektron
terminal) (Wheeler, 1993).
 BAB III
METODOLOGI PERCOBAAN

3.1 Waktu dan Tempat

Percobaan Teknik Pewarnaan dilaksanakan pada hari kamis, tanggal 8, 15, 22, 29
Maret dan 5, 12 April 2018, pukul 13:00 s/d 15:00 WIB di Laboratorium Mikrobiologi,
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Bengkulu.

3.2 Alat dan Bahan

a.Alat
Alat yang digunakan pada percobaan ini adalah glass tabung, dan kayu penekan.
b.Bahan
Bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah lumpur sawah, Koran bubur, telur
rebus, sarung tangan, masker.
3.3 Prosedur Kerja
1. Kolam Winogradsky
Lumpur 2:1 bubur, lalu dicampur dengan telur dan aduk sampai homogen.
Diupayakan tida ada gelembung gas didalam campuran lumpur. Kemudian, buffer
winogradsky dituang perlahan-lahan ke dalam tabung sampai penuh. Lalu tabung ditutup
dengan alamunium foil dan tabung diletakan dekat sumber cahaya. Tabung diamati setiap 1
minggu 1 kali selama interval waktu 1 bulan. Dan diperhatikan zona-zona yang terbentuk
pada tabung.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil
Dari percobaan yang telah dilakukan maka didapatkan hasil sebagai berikut:
Tabel 1. Hasil pengamatan kolom winogradsky lumpur sawah setelah 5 minggu
pengamatan Waktu (minggu ke -)
1 2 3 4 5
Pemisahan Lumpur Lumpur Lumpur Lumpur Lumpur
lapisan terpisah terpisah terpisah terpisah terpisah
lumpur menjadi 2 menjadi 3 menjadi 4 menjadi 4 menjadi 4
bagian bagian bagian bagian bagian
Warna Air berwarna Air berwarna Air berwarna Air berwarna Air berwarna
lapisan keruh keruh keruh keruh keruh
lumpur Terbentuk Terbentuk Terbentuk Terbentuk
zona zona zona zona
berwarna berwarna berwarna berwarna
hijau hijau hijau hijau
Lumpur Terbentuk Terbentuk Terbentuk
hitam zona zona zona
berwarna berwarna berwarna
keunguuan keunguuan keunguuan
Lumpur Lumpur Lumpur Lumpur
hitam hitam hitam hitam

Setelah dilakukan pengamatan pada setiap minggu maka terlihat hasil seperti pada gambar.
gambar 1 : pengamatan kolom winogradsky pada minggu pertama.

gambar 2 : pengamatan kolom winogradsky pada minggu kedua dimana mulai terbentuk
zona hijau.
gambar 3 : pengamatan kolom winogradsky pada minggu ketiga dimana mulai jelas zona
hijaunya dan mulai terbentuk zona unggu.

gambar 4 : pengamatan kolom winogradsky pada minggu keempat dimana mulai jelas zona
hijaunya dan zona unggu.
gambar 5 : pengamatan kolom winogradsky pada minggu kelima dimana jelas zona hijaunya
dan zona unggu serta terlihat endapan lumpur berwarna hitam.

4.2 Pembahasan
Pada praktikum mikrobiologi lingkungan ini dilakukan percobaan kolom winogradsky
dimana yang diganakan pada percobaan kolom ini ialah lumpur sawah. Pada praktikum ini
dilakukan 5 mingu pengamatan. Pada setiap minggu pengamatan terdapat perubahan lapisan
pada kolom winogradsky yang ada.
Pada minggu pertama yang terbenttung hanya 2 lapisan yaitu pemisahan air dan
lumpur dimana lumpur akan mengendap dan air akan berada pada permukaan atas lumpur.
Pada minggu kedua mulai terbentuk 3 zona yaitu endapan lumpur, air yang berwarna keruh
dan diantara air dan permuaan lumpur ada zona berwarna hijau. Hal ini disebabkan karena
adanya aktivitas mikroorganisme fotosintetik yang menimbulkan zona hijau. Pada minggu
ketiga mulai terbentuk zona ungu di atas zona hijau. Menurut literature
Mikroorganisme berkembang biak dan membentuk zona-zona berbeda. Mikroorganisme
aerobik akan berkumpul di permukaan, biasanya alga, cyanobacteria, dan bakteri
pengoksidasi sulfur karena adanya oksigen( Madigan, dkk, 2008).
Pada minggu keempat dan kelima zona – zona yang terbentuk semain jelas terlihat,
selain itu jika dibuka alumunium foilnya akan tercium bau blerang, hal ini karena adanya gas
H2S yang dihasilkn dari aktivitas bakteri pereduksi sulfat.
Adanya pertumbuhan bakteri secara aerob dan anaerob dapat terjadi di dalam kolom
Winogradsky karena adanya mekanisme sintropi. Dalam hal ini, hasil metabolisme dari
bakteri perekduksi sulfat yang menghasilkan gas H2S, digunakan oleh bakteri pengoksidasi
sulfat untuk mengoksidasi sulfat. Selain itu, bakteri metanogen yang menghasilkan gas
CH4 dapat digunakan untuk pertumbuhan bakteri metanotrof yang menggunakan CH4 sebagai
sumber karbon untuk menghasilkan gas CO2 ( Madigan, dkk, 2008) . Secara tidak langsung
dapat diketahui bahwa telah terjadi aliran energi dan siklus materi yang seimbang pada kolom
Winogradsky sehingga dapat terjadi pertumbuhan yang baik pada bakteri kondisi aerob dan
anaerob. Gas-gas yang terbentuk akan membuat terbentuknya rongga udara pada kolom yang
semakin lama akan semakin membesar dan akan mengangkat tanah diatasnya semakin tinggi.
Kebalikan dengan oksigen yang semakin ke bawah semakin berkurang,hidrogen
sulfida makin bertambah ( Madigan, dkk, 2008).
 BAB V
SIMPULAN DAN SARAN
5.1 Simpulan
Dari percobaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa:
1. Prinsip kerja metode kolom winogradsky adalah memisahkan zona – zona
pertumbuhan mikroorganisme sesuai dengan aktivitasnya.
2. Bakteri yang tumbuh pada kolom winogradsky berupa bakteri fotosintetik, bakteri
aerob, bakteri anaerob obligat, bakteri – bakteri pereduksi sulfur.

5.2 Saran
Sebaiknya pada percobaan Mikrobiologi lingkungan selanjutnya disarankan
menggunakan penggabungan data setiap elompok agar ada perbandingan sampel.
 DAFTAR PUSTAKA

Atlas.1988. Ekologi Mikroba. Jakarta: Benjamin Cummings.

Badriyah L dan Maya S. 2015. Biodegradasi Plastik Putih dalam Kolom Winogradsky.
JURNAL SAINS DAN SENI ITS Vol. 4, No.2.
Cappuccino, J. G. 1983. Microbiology: A Laboratory Manual. USA: Addison-Wesley.
Deacon, J. 2005. The Microbial World. Winogradsky column: perpetual life in a tube .
Institute of Cell and Molecular Biology. University of Edinburgh, UK.
Madigan, Martinko and Parker.2008. Brock Biology of Microorganisms 9th. New York:
Prentice-Hall Publishing.
Pelczar MJ dan Chan ECS. 1986, Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI-Press.
Suriawiria, Unus. 1986. Buku Materi Pokok Mikrobiologi. Jakarta: Karunia
akarta.Universitas Terbuka. hlm: 43
Unandy FP, Wibowo NJ , Indah MY. 2017. PENGARUH PENAMBAHAN BAKTERI
TANAH INDIGENUS TERHADAP DEGRADASI LIMBAH BAN KARET
DALAM KOLOM WINOGRADSKY. Yogyakarta : Skripsi
Wheeler dan volk. 1993. Mikrobiologi Dasar. Jakarta: Erlangga. Hlm 30-31