Oksidasi omega asam lemak merupakan jalur katabolisme minor, namun menjadi jalur
alternatif apabila jalur beta tidak berjalan dengan baik. Enzim oksidasi omega asam lemak
hanya dimiliki oleh beberapa spesies hewan. Ini adalah jalur alternatif untuk oksidasi beta,
daripada melibatkan karbon β, lebih melibatkan oksidasi karbon ω (karbon yang paling jauh
dari gugus karboksil asam lemak). Proses ini biasanya merupakan jalur katabolik minor untuk
asam lemak rantai menengah (10-12 atom karbon), tetapi menjadi lebih penting ketika
oksidasi β rusak.
Dalam vertebrata, enzim untuk oksidasi ω terletak di retikulum endoplasma dari hati
dan ginjal sel, bukan di mitokondria seperti oksidasi β. Langkah-langkah prosesnya adalah
sebagai berikut :
1. Reaksi Hidroksilasi
Oksidasi omega ini, dimulai dari asam lemak yang kemudian produk akhirnya adalah
asam lemak dikarboksilat. Asam lemak karboksilat ini dapat mengalami β-oksidasi dari kedua
ujungnya sampai diperoleh asam dikarboksilat C8 (asam suberat) atau C6 (asam adipat) yang
dapat diekskresi dalam urin. ω-oksidasi dilakukan oleh enzim-enzim hidroksilasi yang
memerlukan sitokrom P-450 dalam mikrosom.