ISOLASI DAN INKUBASI PATOGEN

(Laporan Praktikum Klinik Tanaman)

Oleh :
I WAYAN SUANTANA
1810517210007

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
BANJARBARU
2021
 DAFTAR ISI

Halaman
DAFTAR ISI........................................................................................... i
DAFTAR TABEL................................................................................... ii
PENDAHULUAN................................................................................... 1
Latar Belakang............................................................................... 1
Tujuan............................................................................................ 3
BAHAN DAN METODE....................................................................... 4
Bahan dan Alat............................................................................... 4
Bahan................................................................................... 4
Alat....................................................................................... 4
Waktu dan Tempat......................................................................... 4
Prosedur Kerja............................................................................... 4
HASIL DAN PEMBAHASAN............................................................... 6
Hasil............................................................................................... 6
Pembahasan................................................................................... 12
KESIMPULAN....................................................................................... 15
Kesimpulan………………………………………………………. 16
DAFTAR PUSTAKA
 DAFTAR TABEL

Nomor

Halaman

1. Hasil Pengamatan Isolasi Ose Dengan Metode Gores..................... 6

2. Hasil Pengamatan Isolasi Ose Dengan Metode Sebar..................... 7
3. Hasil Pengamatan Buah Bergejala Dengan Media NA................... 8
4. Hasil Pengamatan Buah Bergejala dengan Media PDA.................. 9
5. Hasil Pengamatan Tanah dengan Media NA................................... 10
6. Hasil Pengamatan Tanah dengan Media PDA................................. 11
 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Isolasi merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan atau

memindahkan mikroba tertentu dari suatu lingkungan, sehingga diperoleh kultur
murni atau biakkan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya
berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Beberapa cara yang dilakukan
untuk mengisolasi mikrooraganisme antara cara goresan (streak plate), cara
taburan/tuang (pour plate), cara sebar (spread plate), cara pengenceran (dilution
plate) serta micromanipulator. Berdasarkan uraian diatas, maka dilakukanlah
praktikum mengenai isolasi mikroba ini. Prinsip dari isolasi mikroba adalah
memisahkan suatu jenis mikroba dengan mikroba lain yang berasal dari campuran
bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya
dalam media padat karena dalam padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu
koloni sel yang tetap pada tempatnya (Afrianto, 2004).
Teknik isolasi mikroba adalah suatu usaha untuk menumbuhkan mikroba
diluar dari lingkungan alamiahnya. Mikroorganisme dapat diperoleh dari
lingkungan air, tanah, udara, substrat yang berupa bahan pangan, tanaman dan
hewan. Jenis mikroorganismenya dapat berupa bakteri, khamir, jamur, kapang dan
lain-lain. Populasi mikroba di lingkungan sangat beranekaragam sehingga dalam
mengisolasi diperlukan beberapa tahap penanaman sehingga berhasil diperoleh
koloni tunggal. Koloni yang tunggal ini kemudian yang akan diperbanyak untuk
suatu tujuan penelitian misalnya untuk mengisolasi DNA mikroba yang dapat
mendeteksi mikroba yang telah resistem terhadap suatu antibiotic atau untuk
mengetahui mikroba yang dipakai untuk bioremediasi holokarbon (Ani, 2002).
Isolasi bertujuan untuk memelihara suatu mikroorganisme yaitu bakteri
dan jamur media yang ada serta membedakan bahwa setiap mikroorganisme
memiliki peranan yang berbeda dalam kehidupan, baik yang merugikan maupun
yang menguntungkan. Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan
untuk melangsungkan aktivitas kehidupan dan tidak memerlukan tempat yang
 2
besar, mudah ditumbuhkan dalam media buatan yang dilakukan dalam percobaan
ini, dan tingkat pembiakannya relatif cepat saat inkubasi (Saryono, 2002).
Isolasi suatu galur murni pada prinsipnya dapat dilakukan secara
bertingkat. Tingkat pertama bebas dilakukan secara manual yaitu dengan cara
sejauh mungkin mengencerkannya, sering kali sampai 10 -4 atau 10-6. Tingkat
kedua adalah dengan media yang bersifat selektif bagi mikroba tertentu atau
beberapa mikroba tertentu yang mungkin masih satu golongan. Tingkat ketiga
dari koloni yang seolah-olah yang sudah mungkin masih perlu untuk diencerkan
kembali atau diisolasi ulang agar dapat lebih menyakinkan. Selanjutnya
diperlukan berbagai metode karakteristik sebagai pembuktian bahwa galur isolate
yang diperoleh benar-benar galur murni (Judoamidjojo, 2001).
Media berfungsi untuk menumbuhkan mikroba, isolasi, memperbanyak
jumlah, menguji sifat-sifat fisiologi dan perhitungan jumlah mikroba. Dimana
dalam proses pembuatannya harus disterilisasi dan menerapkan metode aseptis
untuk menghindari kontaminasi pada media. Pada praktikum ini, media yang
digunakan untuk mengisolasi bakteri tidak sama. Media yang digunakan untuk
mengisolasi bakteri adalah medium PDA dan media NA. Dalam melakukan
pengamatan bakteri dalam tanah, dapat dilakukan di dalam laboratorium. Prinsip
dasar dari teknik isolasi ini adalah untuk memisahkan mikroba untuk
mendapatkan biakan murni yang akan diamati. Dalam praktikum ini, medium
tumbuh bakteri yang digunakan adalah medium PDA (Potato Dextros Agar) dan
medium NA (Nutien Agar). Medium PDA biasanya digunakan untuk mengisolasi
jamur dan NA biasanya digunakan untuk mengisolasi bakteri (Fathir, 2009).
Isolasi adalah cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu
dari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur
murni ialah kultur yang sel-sel mikrobianya berasal dari pembelahan dari satu sel
tunggal. Ada berbagai cara untuk mengisolasi bakteri dalam biakan murni yaitu,
cara pengenceran, cara penuangan, cara penggesekan atau penggoresan, cara
penyebaran, cara pengucilan 1 sel dan cara inokulasi pada hewan. Masing-masing
mempunyai kelebihan dan kekurangan. Ada berbagai cara untuk mengisolasi
dalam biakan murni yaitu, cara pengenceran, cara penuanagan, cara penggesekan
 3
atau penggoresan, cara penyebaran, cara pengucilan 1 sel dan cara inokulasi pada
hewan. Masing-masing mempunyai kelebihan dan kekurangan (Waluyo, 2007).

Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah agar mahasiswa mengetahui cara

mengisolasi dan inkubasi patogen.
 BAHAN DAN METODE

Bahan dan Alat

Bahan

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah tanaman terong

bergejala, buah tanaman bergejala, media NA dan PDA, air steril, alkohol 70%,
cling warp dan tanah disekitar tanaman bergejala.

Alat

Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah cawan petri, tabung
reaksi, rak tabung, pinset, shacker, LAF, jarum ose, segitiga perata, botol kaca dan
gunting.

Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Jum’at tanggal 5 November 2021

pukul 16.00-selesai. Bertempat di daerah/ rumah masing-masing mahasiswa.

Prosedur Kerja

Prosedur kerja pada praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Isolasi Pada Tanah Tanaman Tanaman Bergejala
a. Menyiapkan alat dan bahan.
b. Menimbang tanah 10 gram, lalu tambahkan air steril sebanyak 90 ml ke dalam
botol kaca.
c. Menshaker selama 30 menit dengan kecepatan 150 rpm.
d. Memasukkan air steril sebanyak 9 ml ke dalam 4 tabung reaksi.
e. Masukkan suspensi sebanyak 1 ml ke dalam tabung reaksi pertama lalu homo
genkan.
f. Mengambil 1 ml suspensi yang ada di dalam tabung reaksi pertama dan mema
sukkan ke dalam tabung reaksi kedua, lakukan sampai ketujuh tabung.
g. Setelah pengenceran ketujuh mengambil 0,05 ml dan meletakkan pada media
 5
NA dan PDA.
h. Meratakan dengan segitiga perata jika diperlukan.
i. Mengamati hasil isolat setiap hari

2. Isolasi Pada Buah Tanaman Terung

a. Menyiapkan alat dan bahan.
b. Mengambil bagian buah yang diduga sakit.
c. Memotong bagian buah menggunakan gunting.
d. Menyiapkan 3 cawan yang berisi air steril dan 1 cawan berisi alkohol dan bay
clin.
e. Mencelupkan bagian yang sudah dipotong ke dalam masing-masing cawan sel
ama 5 detik. Selanjutnya keringkan pada tisu steril.
f. Memasukkan bagian yang sudah dicelupkan kedalam media PDA dan media
NA.
g. Mengamati hasil isolat setiap hari.

3. Isolasi Pada Batang Tanaman Bergejala

a. Menyiapkan alat dan bahan.
b. Memotong batang tanaman bergejala, sebanyak 3 bagian.
c. Memasukkan ke dalam air steril dan tunggu sampai ose keluar.
d. Mengambil 0,05 ml air identifikasi ose dan memasukkannya ke dalam media
NA dan PDA.
e. Meletakkan ose kedalam cawan petri dan meratakan dengan menggunakan seg
itiga perata.
f. Mengamati hasil isolate setiap hari.
 HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Hasil dari praktikum ini berupa beberapa data pengamatan yang dapat
dilihat pada beberapa tabel berikut :
Tabel 1. Hasil Pengamatan Isolasi Ose Dengan Metode Gores
No Gambar Keterangan
1. Pada pengamatan hari pertama,
belum terlihat pertumbuhan
bakteri pada media.

2. Pada pengamatan hari kedua,

pertumbuhan bakteri mulai
terlihat berwarna putih tipis.

3. Pada pengamatan hari ketiga,

pertumbuhan bakteri
berkembang hampir
keseluruhan media.

4. Pada pengamatan hari keempat,

pertumbuhan bakteri terus
berkembang semakin banyak
dan meluas.

5. Pada pengamatan hari kelima,

bakteri tumbuh keseluruh
media, agak tebal dan bewarna
putih pekat.
6. Pada pengamatan hari keenam,
bakteri terus berkembang pada
media berwarna putih pekat
dan tebal.
 7
Tabel 2. Hasil Pengamatan Isolasi Ose Dengan Metode Sebar
No Gambar Keterangan
1. Pada pengamatan hari pertama,
pertumbuhan bakteri belum
terlihat pada media.

2. Pada pengamatan hari kedua,

pertumbuhan bakteri mulai
terlihat berbentuk bulat pada
sebagian media.
3. Pada pengamatan hari ketiga,
pertumbuhan bakteri semakin
melebar keseluruhan media.

4. Pada pengamatan hari ketiga,

semakin banyak dan bentuk
bulatnya semakin membesar.

5. Pada pengamatan hari kelima,

terlihat pertumbuhan bakteri
semakin banyak dan meluas ke
semua bagian media.

6. Pada pengamatan hari keenam,

terlihat bakteri semakin
berkembang dan membesar.
 8
Tabel 3. Hasil Pengamatan Buah Bergejala Dengan Media NA
No Gambar Keterangan
1. Pada hari pertama, pertumbuhan
bakteri belum terlihat pada
media.

2. Pada hari kedua, pertumbuhan

bakteri mulai terlihat pada sisi
potongan buah bergejala dan
bewarna putih.

3. Pada hari ketiga, pertumbuhan

bakteri terus berkembang dan
mulai melebar pada media.

4. Pada hari keempat, bakteri

terlihat membesar dan pada
setiap potongan buah sudah
terselimuti.

5. Pada hari kelima, pertumbuhan

bakteri menyeluruh pada media.

6. Pada hari keenam, semakin

berkembang menyelimuti
potongan buah dan menebal.

Tabel 4. Hasil Pengamatan Buah Bergejala Dengan Media PDA

No Gambar Keterangan
 9
1. Pada hari pertama, belum
terlihat pertumbuhan cendawan
pada media.

2. Pada hari kedua, pertumbuhan

cendawan terlihat pada sisi
bagian potongan buah.

3. Pada hari ketiga, pertumbuhan

cendawan semakin melebar
pada sisi bagian potongan buah.

4. Pada hari keempat, cendawan

tumbuh semkain membesar
berwarna putih kekuningan.

5. Pada hari kelima, pertumbuhan

cendawan semakin membesar
dan potongan buah berubah
menjadi warna coklat.

6. Pada hari keenam,

pertumbuhan cendawan
semakin besar dan tebal serta
potongan buah berwarna coklat
kehitaman.

Tabel 5. Hasil Pengamatan Tanah Dengan Media NA

No Gambar Keterangan
 10
1. Pada pengamatan hari ke-1,
Pertumbuhan bakteri belum
terlihat pada media NA.

2. Pada pengamatan hari ke-2,

Terlihat pertumbuhan bakteri
yang sangat tipis pada bagian
tengah

3. Pada pengamatan hari ke-3,

bakteri tersebut tidak
berkembang.

4. Pada pengamatan hari ke-4,

belum terlihat perkembangan
dari bakteri tesebut.

5. Pada pengamatan hari ke-5,

bakteri tidak berkembang sama
sekali.

6. Pada pengamatan hari ke-6,

bakteri tersebut tidak
berkembang dikarenakan
terjadinya kontaminasi.

Tabel 6. Hasil Pengamatan Tanah Dengan Media PDA

No Gambar Keterangan
1. Pada hari ke-1, belum terlihat
pertumbuhan mikrooganisme
 11
pada media.

2. Pada hari ke-2, terlihat bakteri

yang tumbuh berbentuk bulat
bintik-bintik pada media.

3. Pada hari ke-3, terlihat

pertumbuhan bakteri semakin
banyak.

4. Pada hari ke-4, terlihat

pertumbuhan bakteri semakin
banyak dan mulai membesar.

5. Pada hari ke-5, terlihat

pertumbuhan bakteri semakin
membesar pada media.

6. Pada hari ke-6, bakteri terus

berkembang dan menyebar
pada seluruh media.

Pembahasan

Pada praktikum kali ini yaitu membahas tentang cara dan pengamatan dari
isolasi dan inkubasi pada tanah disekitaran tanaman yang bergejala, batang
 12
tanaman yang bergejala dan buah yang bergejala. Pengamatan dilakukan selama 6
hari, media yang digunakan untuk mengisolasi adalah media NA dan media PDA.
Metode yang digunakan dalam isolasi yaitu metode gores dan metode sebar.
Isolasi merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan atau
memindahkan mikroba tertentu dari suatu lingkungan, sehingga diperoleh kultur
murni atau biakkan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya
berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Prinsip dari isolasi mikroba adalah
memisahkan suatu jenis mikroba dengan mikroba lain yang berasal dari campuran
bermacam-macam mikroba. Isolasi bertujuan untuk memelihara suatu
mikroorganisme yaitu bakteri dan jamur media yang ada serta membedakan
bahwa setiap mikroorganisme memiliki peranan yang berbeda dalam kehidupan,
baik yang merugikan maupun yang menguntungkan.
Pada pengamatan dari ose batang tanaman yang bergejala dengan metode
gores dihari pengamatan yang pertama belum terlihat pertumbuhan bakteri.
Kemudian pada hari pengamatan kedua pertumbuhan bakteri mulai terlihat
berwarna putih tipis, pada pengamatan di hari yang ketiga pertumbuhan bakteri
berkembang hampir keseluruhan media. Pada pengamatan hari yang keempat
pertumbuhan bakteri terus berkembang semakin banyak dan meluas pada media,
dihari pengamatan yang kelima, bakteri tumbuh keseluruh media, agak tebal dan
bewarna putih pekat dan pada pengamatan hari yang keenam bakteri terus
berkembang berwarna putih pekat dan tebal pada media.
Pada pengamatan dari ose batang tanaman yang bergejala dengan metode
sebar dihari pengamatan yang pertama pertumbuhan bakteri belum terlihat.
Kemudian pada hari pengamatan yang kedua pertumbuhan bakteri mulai terlihat
berbentuk bulat pada sebagian pada media, pada pengamatan hari yang ketiga
pertumbuhan bakteri semakin melebar keseluruh media. Lalu pada pengamatan
hari yang keempat bakteri semakin banyak dan bentuk bulatnya semakin
membesar, dihari pengamatan yang kelima terlihat pertumbuhan bakteri semakin
banyak dan meluas ke semua bagian media dan pada pengamatan hari yang
keenam terlihat bakteri semakin berkembang dan membesar pada media.
Pada pengamatan dari buah yang bergejala pada media NA, dihari
pengamatan pertama pertumbuhan bakteri belum terlihat tumbuh pada media.
 13
Kemudia dihari pengamatan yang kedua pertumbuhan bakteri mulai terlihat pada
sisi potongan buah bergejala dan bewarna putih pada media, pada pengamatan
hari yang pengamatan yang ketiga pertumbuhan bakteri terus berkembang dan
mulai melebar pada media. Lalu pengamatan pada hari yang keempat bakteri
terlihat membesar dan pada setiap potongan buah sudah terselimuti, dihari
pengamatan kelima pertumbuhan bakteri menyeluruh pada media dan pada hari
pengamatan keenam semakin berkembang menyelimuti potongan buah dan
menebal pada media.
Pada pengamatan dari buah yang bergejala pada media PDA, dihari
pengamatan yang pertama belum terlihat pertumbuhan cendawan pada media.
Kemudian pada pengamatan hari yang kedua pertumbuhan cendawan terlihat pada
sisi bagian potongan buah, dihari pengamatan yang ketiga pertumbuhan cendawan
semakin melebar pada sisi bagian potongan buah. Lalu pada pengamatan hari
yang keempat cendawan tumbuh semakin membesar berwarna putih kekuningan,
dihari pengamatan yang kelima pertumbuhan cendawan semakin membesar dan
potongan buah berubah menjadi warna coklat dan pada pengamatan hari yang
keenam, pertumbuhan cendawan semakin besar dan tebal serta potongan buah
berwarna coklat kehitaman pada media.
Pada pengamatan dari isolasi tanah pada media NA, dihari pengamatan
yang pertama pertumbuhan bakteri belum terlihat pada media. Kemudian pada
pengamatan hari yang kedua terlihat pertumbuhan bakteri yang sangat tipis pada
bagian tengah, dihari pengamatan yang ketiga bakteri tersebut tidak berkembang.
Lalu pada pengamatan hari yang keempat belum terlihat perkembangan dari
bakteri tesebut dihari pengamatan yang kelima bakteri tidak berkembang sama
sekali dan pada pengamatan hari yang keenam bakteri tersebut tidak berkembang
dikarenakan terjadinya kontaminasi.
Pada pengamatan dari isolasi tnah pada media PDA, dihari pengamatan
yang pertama belum terlihat pertumbuhan mikrooganisme pada media. Kemudian
pengamatan pada hari yang kedua terlihat bakteri yang tumbuh berbentuk bulat
bintik-bintik pada media, dihari pengamatan yang ketiga terlihat pertumbuhan
bakteri semakin banyak pada media. Lalu pada pengamatan hari yang keempat
terlihat pertumbuhan bakteri semakin banyak dan mulai membesar, dihari
 14
pengamatan yang kelima terlihat pertumbuhan bakteri semakin membesar pada
media. Dan pada pengamatan hari yang keenam bakteri terus berkembang dan
menyebar pada seluruh media.
 KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari praktikum ini sebagai berikut:

1. Isolasi merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan atau

memindahkan mikroba tertentu dari suatu lingkungan, sehingga diperoleh
kultur murni atau biakkan murni.
2. Pada praktikum kali ini yaitu membahas tentang cara dan pengamatan dari
isolasi dan inkubasi pada tanah disekitaran tanaman yang bergejala, batang
tanaman yang bergejala dan buah yang bergejala.
3. Pengamatan dilakukan selama 6 hari, media yang digunakan untuk
mengisolasi adalah media NA dan media PDA. Metode yang digunakan
dalam isolasi yaitu metode gores dan metode sebar.
 DAFTAR PUSTAKA

Afrianto. 2004. Menghitung Mikroba Pada Bahan Makanan, Cakrawala Farmasi

FMIPA ITB. Bandung.
Ani. 2002. Buku Penuntun Praktikum Mikrobiologi. IPB Press. Bogor.
Fathir. 2009. Mikrobiologi Dasar. Erlangga. Jakarta.
Judoamidjojo. 2001. Teknologi Fermentasi. UI Press. Bogor.
Saryono. 2002. Isolasi Dan Karakterisasi Jamur Penghasil Inulinase Yang
Tumbuh Pada Umbi Dahlia (Dahlia variabilis). Jurnal Natur Indonesia.
Vol.4(2):171-177.
Waluyo. 2007. Mikrobiologi Umum. UMM Press. Malang.