Upaya Konservasi Berbasis eDNA Pada Badak Sumatera (Dicerorhinus

sumatrensis) di Suaka Rhino Sumatera, Taman Nasional Way Kambas

Usulan Kegiatan Tugas Akhir

Oleh

Wevi Yulinda Saraswati

Yeyen Kurniawati

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMPUNG
2020
PENDAHULUAN

Taman Nasional Way Kambas merupakan salah satu taman nasional yang berada di

Provinsi Lampung. Letak geografis Taman Nasional Way Kambas berada antara 4ᵒ37’-5ᵒ16’

LS dan 105ᵒ33’-105ᵒ54’BT, yang berbatasan langsung dengan pantai selatan Pulau Sumatera

di sisi selatan (Departemen Kehutanan, 2002). Kawasan Taman Nasional Way Kambas telah

ditetapkan untuk melindungi dan melestarikan keanekaragaman hayati dan ekosistemnya

(Balai Taman Nasional Way Kambas, 2010). Ekosistem yang terdapat di Taman Nasional

Way Kambas terdiri dari hutan hujan tropis sekunder dataran rendah, hutan rawa air tawar,

padang alang-alang, seman belukar dan hutan bakau (Kementrian Kehutanan, 2006). Di

Kawasan Taman Nasional Way Kambas memiliki lima mamalia kunci, yaitu gajah sumatera

(Elephas maximus sumatranus), harimau sumatera (Panthera tigris sumatrae), beruang madu

(Helarctos malayanus), tapir (Tapirus indicus), dan badak sumatera (Dicerorhinus

sumatrensis). Taman Nasional Way Kambas memiliki satu pusat konservasi badak sumatera

yaitu, Suaka Rhino Sumatera yang didirikan pada tahun 1996 dengan tujuan untuk

menyediakan kawasan yang luas dan alami yang diharapkan dapat membantu badak sumatera

dalam berkembang biak (Zahrah, 2018).

Suaka Rhino Sumatera didirikan pada tahun 1966 dan merupakan suaka pertama yang

dibangun di Indonesia sesuai dengan rekomendasi Lokakarya Pengembangan Suaka Badak

Sumatera tahun 1994 di Safari Garden Hotel, Cisarua, Bogor. Kawasan ini merupakan

kawasan konservasi yang alami sebagai upaya melindungi dan menjaga kelestarian badak

sumatera. Suaka Rhino Sumatera memiliki tipe ekosistem hutan hujan dataran rendah.

Topografi kawasan Suaka Rhino Sumatera berada pada ketinggian 0-50 mdpl dengan iklim

o o
tropis basah. Secara geografis kawasan Suaka Rhino Sumatera terletak antara 4 59’- 5 05’
 o o
LS dan 105 42’- 105 48’ BT. Pusat pengembangbiakan badak sumatera berada di area seluas

10.000 ha yang dibagi atas dua blok yaitu Blok I (Way Kanan, Way Negara Batin, dan daerah

selatan taman nasional) 9.500 ha dan Blok II (kawasan pantai muara Way kanan) 500 ha (SRS

Way Kambas, 2005).

Suaka Rhino Sumatera dibangun dan dikembangkan dengan konsep pengelolaan yang

terprogram dan terpadu secara semi in situ. Sistem pengelolaan di Suaka Rhino Sumatera

mengadopsi perilaku badak sumatera di habitat alaminya. Badak sumatera merupakan satwa

soliter dan memiliki area jelajah yang luas, dan ketersediaan pakan yang cukup dengan

variasi yang lengkap. Pemeliharaan sealami mungkin adalah upaya untuk meningkatkan

kesejahteraan dan reproduksi badak sumatera. Informasi yang telah dikumpulkan sangat

berguna untuk pemeliharaan badak sumatera yang tepat di habitat alaminya dan dapat

mengetahui lebih banyak tentang kehidupan badak sumatera (SRS Way Kambas, 2005).
 Pada awal kegiatan Suaka Rhino Sumatera terdapat tiga badak sumatera yaitu

satu badak sumatera jantan Torgamba yang berasal dari kebun binatang Howletts di

Inggris, satu individu badak sumatera betina Dusun berasal dari kebun binatang

Ragunan, dan satu individu badak sumatera betina Bina berasal dari Taman Safari

Indonesia. Pada tanggal 7 Febuari 2001 badak sumatera betina bernama Dusun mati

karena penyakit penuaan dan pada tanggal 24 April 2011 badak sumatera jantan mati

karena penyakit ginjal. Selanjutnya, pada tahun 2005 dua individu badak sumatera

yang berhasil diselamatkan yaitu Ratu badak sumatera betina berasal dari Taman

Nasional Way Kambas dan Rosa dari Taman Nasional Bukit Barisan Selatan yang

dipindahkan ke Suaka Rhino Sumatera. Tahun 2007 satu individu badak sumatera

jantan bernama Andalas yang didatangkan dari kebun binatang Los Angeles,

Amerika Serikat. Pada tanggal 23 Juni 2012 lahir badak sumatera jantan bernama

Andatu yang lahir hasil perkawinan badak sumatera Andalas dan Ratu. Pada tahun

2015 satu individu badak sumatera jantan bernama Harapan dari kebun binatang

Cincinati, Amerika Serikat tiba di Suaka Rhino Sumatera, Taman Nasional Way

Kambas. Badak sumatera Harapan merupakan kerabat dari badak sumatera Andalas

yang merupakan anak dari pasangan badak sumatera jantan Ipuh dan badak sumatera

betina Emi yang berasal dari Bengkulu dan dikirim ke kebun binatang Cincinati pada

tahun 2001. Kemudian pada tahun 2016 badak sumatera Andalas dan Ratu berhasil

melahirkan badak sumatera betina bernama Delilah.

 Badak sumatera merupakan badak yang memiliki dua cula, yaitu pada bagian

depan memiliki ukuran 25-80 cm dan cula belakang lebih pendek sekitar 10 cm

(Foose dkk., 1997) dengan warna cula abu-abu kehitaman sampai dengan hitam,

warna cula badak sumatera dewasa akan lebih gelap (Groves, 1965). Tinggi badan

badak sumatera 112-145 cm, panjang badan 2,36-3,18 m, dan panjang ekor 35-70 cm.

Berat berkisar 500-1000 kg atau rata-rata 700-800 kg (Nowak, 1965). Badak

sumatera memiliki kulit yang tebal hingga 16 mm, dengan kulit berwarna cokelat

kemerahan dan memiliki lipatan kulit pada bagian pangkal bahu, kaki depan, kaki

belakang, dan memiliki rambut pada kulitnya (Nowak, 1991).

Badak sumatera memiliki habitat yang bervariasi, dari hutan sekunder, dataran

rendah, perbukitan yang dekat dengan sumber air, rawa, dan pegunungan yang

ketinggiannya sampai 2000 mdpl. Faktor terpenting untuk habitat badak sumatera yaitu

cukup makanan, air, dan naungan (Setiawan, 2017). Secara ekologi badak sumatera

memiliki peran penting dalam menjaga keseimbangan ekosistem. Badak sumatera

merupakan hewan mamalia yang dilindungi Undang-undang No. 5 tahun 1990 dan

termasuk dalam The Red Data Book IUCN (International Union For Conservation of

Natural Resources). Spesies ini termasuk dalam status kritis (critically endangered) dan

termasuk dalam daftar Appendix I CITES, artinya tidak boleh diperdagangkan (Zahrah,

2018).
 Badak sumatera memiliki dua cara dalam melakukan urinasi, yaitu dengan

cara urin spray dan urin biasa. Pada perilaku urin spray, badak sumatera di Suaka

Rhino Sumatera biasanya didahului dengan mencium dan mendengus ke area semak-

semak, dan memelintir dengan culanya, kemudian berbalik, dan menggaruk-garuk

kaki belakangnya ke tanah, lalu menendangnya ke semak-semak dan disertai dengan

menyemprotkan urinnya. Sedangkan pada perilaku urin biasa pada badak sumatera,

hanya mengalirkan urinnya kebawah sambil berdiri diam sejenak (Kurniawanto,

2007).

Badak sumatera membutuhkan air atau lumpur sebagai cara mendinginkan

tubuh dengan cara berkubang. Berkubang merupakan proses menyerap panas dari

tubuh badak sumatera ke lingkungungannya. Menurut (Alikodra, 2013), lapisan

tebal lumpur juga berfungsi untuk melindungi badak sumatera dari parasit dan

menjaga kondisi kesehatan kulitnya. Badak sumatera di habitat alaminya menggali

kubangan dengan cara mengais-ngais kaki di tempat tanah yang lembab dengan

dibantu oleh cula nya dari tepi kubangan, sehingga membentuk dinding vertikal di

sisi-sisi kubangan. Menurut (Hoogerwerf, 1970), kubangan yang baru ditempati

badak sumatera, dapat ditandai dengan adanya tingkat kekeruhan dan bau kotoran

yang masih baru di kubangan tersebut. Perilaku membuang kotoran pada kubangan

juga befungsi sebagai cara untuk menandai wilayah jelajah badak sumatera.
 Secara alami badak sumatera juga memiliki perilaku seperti menggesekkan tubuh

ke pohon. Badak sumatera menggesekan tubuhnya ke pohon untuk membersihkan tubuh

dari kotoran dan parasit. Tidak hanya menggesekan badan, tetapi juga menggesekan

kepalanya. Umumnya badak sumatera menggesekan badan/kepalnya selama ± 1 menit

(Alikodra, 2013). Diharapkan akan tertinggal bagian dari tubuh yang merupakan sumber

materi genetik dari sampel kulit pohon bekas gesekan tubuh badak sumatera.

Dari ketiga sampel (bekas gesekan tubuh badak sumatera, air kubangan badak

sumatera, dan urin badak sumatera) maka akan dilakukan uji molekuler untuk

memastikan adanya sumber materi genetik. Apabila dapat dilakukan isolasi DNA dari

data tersebut maka informasi genetis badak sumatera dapat dilakukan dengan metode

non-invasif.

Upaya konservasi badak sumatera telah banyak dilakukan untuk menghindari

kepunahan. Secara umum, perilaku yang ditunjukkan oleh badak sumatera dapat

dipengaruhi oleh faktor dalam (genetik, kondisi psikologis, hormon) dan faktor luar.

Setiap harinya, badak sumatera melakukan kegiatan mencari makan, beristirahat,

menggesekkan tubuh ke pohon, berkubang atau mandi, mengasin, serta kawin

(Alikodra, 2005).

Penurunan berkelanjutan dalam keanekaragaman hayati merupakan krisis dan

tantangan besar bagi manusia di abad ke -21. Tantangan ini sebagian besar terhambat

karena kurangnya pengetahuan tentang distribusi dan kondisi keanekaragaman hayati.

Semua upaya konservasi untuk menyelamatkan keanekaragaman hayati pada

dasarnya tergantung pada pemantauan spesies dan populasi untuk mendapatkan hasil

distribusi yang terpercaya. Pemantauan spesies dan populasi dapat dilakukan

berdasarkan pada biologi badak sumatera termasuk morfologi, habitat, sebaran,

perilaku, dan ekologinya.

Teknik pemantauan ini mengalami kesulitan dikarenakan rendahnya jumlah

individu badak sumatera sehingga kajian tentang keberadaan spesies itu menjadi

sangat penting, informasi tentang satwa tersebut yang diperlukan untuk penyusunan

strategi konservasi, salah satunya dengan melakukan kajian berbasis genetika.

Kajian yang digunakan untuk pengambilan sampel lebih disarankan menggunakan

metode non-invasif (tidak bersentuhan langsung) dengan satwa, karena untuk

mengurangi resiko stress pada satwa tersebut. Analisis molekuler berbasis eDNA

dengan menggunakan beberapa sampel, yaitu feses, bekas pakan, bekas gesekan, air

kubangan, dan urin.

Tujuan Penelitian

Penelitian ini dilakukan di bawah program penelitian Dra. Elly L. Rustiati ,

M.Sc., Eko A. Srihanto, M.Sc. dengan tema ”Konservasi Genetika Badak Sumatera

(Dicerorhinus sumatrensis) di Suaka Rhino Sumatera, Taman Nasional Way

Kambas” yang bekerja sama dengan Yayasan Badak Indonesia (YABI) dan Taman

Nasional Way Kambas. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui adanya

sumber genetik yang tertinggal di pohon bekas gesekan tubuh badak sumatera, air

kubangan badak sumatera, dan urin badak sumatera di Suaka Rhino Sumatera, Taman

Nasional Way Kambas. Apabila ditemukan DNA pada sampel tersebut, maka hasil

penelitian dapat diterapkan dengan metode non-invasif.

METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian ini akan di laksanakan pada bulan Januari - Maret 2020 di Suaka Rhino
Sumatera, Taman Nasional Way Kambas. Analisis biomolekuler akan dilakukan di
Laboratorium Bioteknologi, Balai Veteriner Lampung.

Kegiatan Penelitian

1. Ekspose dan Surat Izin Masuk Kawasan Konservasi (SIMAKSI) Pengurusan

SIMAKSI melalui jurusan biologi untuk disampaikan ke Balai Taman Nasional Way

Kambas melalui Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Ekspose

dan presentasi kegiatan penelitian dilakukan di Balai Taman Nasional Way Kambas

sebagai salah salah satu kelengkapan administrasi untuk mendapatkan SIMAKSI.

Setelah memperoleh SIMAKSI, perizinan selanjutnya ditujukan ke Yayasan Badak

Indonesia (YABI) dan dikoordinasikan dengan Suaka Rhino Sumatera, Taman

Nasional Way Kambas.

2. Pengambilan sampel di Suaka Rhino Sumatera, Taman Nasional Way

Kambas

Pengambilan sampel bekas gesekan tubuh, air kubangan, dan urine badak sumatera

akan dilakukan di Suaka Rhino Sumatera yang akan dibantu oleh staff Suaka

Rhino Sumatera-YABI, Taman Nasional Way Kambas. Alat dan bahan yang

digunakan untuk pengambilan sampel yaitu vacutainer, plastik klip, penggaris,

gunting tanaman, corong, pipet tetes, ice box, lakban, label, alkohol, aquades, dan

pisau steril. Selanjutnya sampel bekas gesekan tubuh, air kubangan, dan urine

badak sumatera akan dianalisis di Laboratorium Bioteknologi, Balai Veteriner

 Lampung. Proses analisis yang dilakukan yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi, dan

elektroforesis.

Peserta Penelitian
Adapun nama mahasiswa penelitian adalah sebagai berikut:

No. Nama NPM Judul

1. Wevi Yulinda Saraswati 1657021015 Ekstraksi environmental DNA

Pada Urin Individu Badak

Sumatera (Dicerorhinus

sumatrensis) di Suaka Rhino

Sumatera, Taman Nasional

Way Kambas

2. Yeyen Kurniawati 1617021042 Ekstraksi environmental DNA

Pada Bekas Gesekan Individu

Badak Sumatera (Dicerorhinus

sumatrensis) di Suaka Rhino

Sumatera, Taman Nasional

Way Kambas
Manfaat Penelitian
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai sumber materi

genetik dalam sampel urin, bekas gesekan tubuh, dan air kubangan individu badak sumatera

sehingga dapat mendukung kajian molekuler berbasis pengambilan sampel secara non-

invasif.

Rancangan Anggaran Biaya

No. Nama Alat Jumlah Harga satuan (Rp) Sub Total

1. Lakban 2 5.000 10.000
2. Plastik 1/4 1 pack 10.000 10.000
3. Alkohol 96% 1 liter 100.000 100.000
4. Aquades 5 liter 10.000 50.000
5. Gunting 1 5000 5000
6. Glove 2 pack 60.000 120.000
7. Masker 2 pack 50.000 100.000
8. Label 1 lembar 15.000 15.000
9. Plastik Ziploc 1 pack 25.000 25.000
10. Cutton bud 1 pack 50.000 50.000
11. Pinset 3 65.000 195.000
12. Penggaris 1 10.000 10.000
13. Vacutainer 10 ml 1 pack 350.000 350.000
14. Gayung 1 10.000 10.000
15. Plastik ziplock 1 pack 50.000 50.000
besar
16. Cutter 2 25.000 50.000
17. Tissue 1 pack 35.000 35.000
18. Marker 1 pak 25.000 25.000
19. Syrinx 1 pack 165.000 165.000
13.750.000